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Sugiyama, Naoyuki

Graduate School of Pharmaceutical Sciences, Division of Pharmaceutical Sciences Associate Professor

Sugiyama, Naoyuki
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    Last Updated :2022/05/13

    Basic Information

    Faculty

    • 薬学部

    Professional Memberships

    • 日本生化学会
    • 日本化学会

    Academic Degree

    • 修士(理学)(東京大学)
    • 博士(理学)(東京大学)

    Academic Resume (Graduate Schools)

    • 東京大学, 大学院理学系研究科化学専攻修士課程, 修了
    • 東京大学, 大学院理学系研究科化学専攻博士課程, 修了

    Academic Resume (Undergraduate School/Majors)

    • 東京大学, 理学部化学科, 卒業

    High School

    • High School

      愛知県立時習館高校

    Research History

    • Kyoto University
    • 旧所属 東京大学 大学院理学系研究科 化学専攻 天然物化学研究室, 大学院学生(博士課程),日本学術振興会特別研究員

    Language of Instruction

    • English
    • Japanese

    ID,URL

    researchmap URL

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      Last Updated :2022/05/13

      Research

      Research Topics, Overview of the research

      • Research Topics

        Elucidation of signal transduction mechanism with phosphoproteomic approach
      • Overview of the research

        I am studying development of a method for a large-scale phosphoproteomics using mass spectrometry-based approach. This technogy is applied to identify substrates of protein kinase and monitor thier activities to elucidate cellualr signalumg mechanisms.

      Research Interests

      • The Chemistry of natural products
      • 天然有機化合物

      Research Areas

      • Nanotechnology/Materials, Molecular biochemistry

      Papers

      • Porphyromonas gingivalis induces entero-hepatic metabolic derangements with alteration of gut microbiota in a type 2 diabetes mouse model.
        Yoichiro Kashiwagi; Shunsuke Aburaya; Naoyuki Sugiyama; Yuki Narukawa; Yuta Sakamoto; Masatomo Takahashi; Hayato Uemura; Rentaro Yamashita; Shotaro Tominaga; Satoko Hayashi; Takenori Nozaki; Satoru Yamada; Yoshihiro Izumi; Atsunori Kashiwagi; Takeshi Bamba; Yasushi Ishihama; Shinya Murakami
        Scientific reports, 15 Sep. 2021, Peer-reviewed
      • Identification of Endogenous Kinase Substrates by Proximity Labeling Combined with Kinase Perturbation and Phosphorylation Motifs.
        Tomoya Niinae; Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        Molecular & cellular proteomics : MCP, 27 Jun. 2021, Peer-reviewed
      • 糖尿病マウスにおいて歯周病菌が肝臓代謝機能に及ぼす影響
        柏木 陽一郎; 生川 由貴; 和泉 自泰; 杉山 直幸; 馬場 健史; 石濱 泰; 柏木 厚典; 村上 伸也
        糖尿病, Aug. 2020
      • Proximity Labeling-assisted Identification of Endogenous Kinase Substrates
        Tomoya Niinae; Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        10 Jun. 2020
      • Mass Spectrometry-Based Discovery of in vitro Kinome Substrates.
        Naoyuki Sugiyama
        Mass spectrometry (Tokyo, Japan), 28 Mar. 2020, Peer-reviewed
      • Mass Spectrometry-Compatible Subcellular Fractionation for Proteomics.
        Takeshi Masuda; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Sumio Ohtsuki; Yasushi Ishihama
        Journal of proteome research, 03 Jan. 2020, Peer-reviewed
      • Large-scale Discovery of Substrates of the Human Kinome
        Sugiyama Naoyuki; Imamura Haruna; Ishihama Yasushi
        SCIENTIFIC REPORTS, Jul. 2019, Peer-reviewed
      • Selected Reaction Monitoring of Kinase Activity-Targeted Phosphopeptides
        TAKAHASHI, Chisato; YAZAKI, Tatsuya; SUGIYAMA, Naoyuki; ISHIHAMA, Yasushi
        CHROMATOGRAPHY, May 2019, Peer-reviewed
      • Algal Protein Kinase, Triacylglycerol Accumulation Regulator 1, Modulates Cell Viability and Gametogenesis in Carbon/Nitrogen-Imbalanced Conditions.
        Shinkawa H; Kajikawa M; Nomura Y; Ogura M; Sawaragi Y; Yamano T; Nakagami H; Sugiyama N; Ishihama Y; Kanesaki Y; Yoshikawa H; Fukuzawa H
        Plant & cell physiology, Apr. 2019, Peer-reviewed
      • Comparative proteomics of Helicobacter pylori strains reveals geographical features rather than genomic variations.
        Naoyuki Sugiyama; Satomi Miyake; Miao-Hsia Lin; Masaki Wakabayashi; Hiroyuki Marusawa; Shin Nishiumi; Masaru Yoshida; Yasushi Ishihama
        Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, Feb. 2019, Peer-reviewed
      • The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database
        Yuki Moriya; Shin Kawano; Shujiro Okuda; Yu Watanabe; Masaki Matsumoto; Tomoyo Takami; Daiki Kobayashi; Yoshinori Yamanouchi; Norie Araki; Akiyasu C Yoshizawa; Tsuyoshi Tabata; Mio Iwasaki; Naoyuki Sugiyama; Satoshi Tanaka; Susumu Goto; Yasushi Ishihama
        Nucleic Acids Research, 08 Jan. 2019, Peer-reviewed
      • Phosphoproteomic profiling reveals ABA-responsive phosphosignaling pathways in Physcomitrella patens
        Anna Amagai; Yoshimasa Honda; Shinnosuke Ishikawa; Yurie Hara; Mayuri Kuwamura; Akihisa Shinozawa; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Daisuke Takezawa; Yoichi Sakata; Kazuo Shinozaki; Taishi Umezawa
        Plant Journal, 01 May 2018, Peer-reviewed
      • Blue light and CO2 signals converge to regulate light-induced stomatal opening
        Asami Hiyama; Atsushi Takemiya; Shintaro Munemasa; Eiji Okuma; Naoyuki Sugiyama; Yasuomi Tada; Yoshiyuki Murata; Ken-ichiro Shimazaki
        NATURE COMMUNICATIONS, Nov. 2017, Peer-reviewed
      • Identifications of Putative PKA Substrates with Quantitative Phosphoproteomics and Primary-Sequence-Based Scoring
        Haruna Imamura; Omar Wagih; Tomoya Niinae; Naoyuki Sugiyama; Pedro Beltrao; Yasushi Ishihama
        JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Apr. 2017, Peer-reviewed
      • jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes
        Shujiro Okuda; Yu Watanabe; Yuki Moriya; Shin Kawano; Tadashi Yamamoto; Masaki Matsumoto; Tomoyo Takami; Daiki Kobayashi; Norie Araki; Akiyasu C. Yoshizawa; Tsuyoshi Tabata; Naoyuki Sugiyama; Susumu Goto; Yasushi Ishihama
        NUCLEIC ACIDS RESEARCH, Jan. 2017, Peer-reviewed
      • Large-scale profiling of protein kinases for cellular signaling studies by mass spectrometry and other techniques
        Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        JOURNAL OF PHARMACEUTICAL AND BIOMEDICAL ANALYSIS, Oct. 2016, Peer-reviewed
      • Uncovering Phosphorylation-Based Specificities through Functional Interaction Networks
        Omar Wagih; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Pedro Beltrao
        MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Jan. 2016, Peer-reviewed
      • Human mesenchymal stem cell-engineered hepatic cell sheets accelerate liver regeneration in mice
        Noriko Itaba; Yoshiaki Matsumi; Kaori Okinaka; An Afida Ashla; Yohei Kono; Mitsuhiko Osaki; Minoru Morimoto; Naoyuki Sugiyama; Kazuo Ohashi; Teruo Okano; Goshi Shiota
        SCIENTIFIC REPORTS, Nov. 2015, Peer-reviewed
      • Extended Coverage of Singly and Multiply Phosphorylated Peptides from a Single Titanium Dioxide Microcolumn
        Masaki Wakabayashi; Yutaka Kyono; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        ANALYTICAL CHEMISTRY, Oct. 2015, Peer-reviewed
      • Systematic profiling of the bacterial phosphoproteome reveals bacterium- specific features of phosphorylation
        Miao-Hsia Lin; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        SCIENCE SIGNALING, Sep. 2015, Peer-reviewed
      • LATS1 and LATS2 Phosphorylate CDC26 to Modulate Assembly of the Tetratricopeptide Repeat Subcomplex of APC/C (vol 10, e0118662, 2015)
        Kenta Masuda; Tatsuyuki Chiyoda; Naoyuki Sugiyama; Aldo Segura-Cabrera; Yasuaki Kabe; Arisa Ueki; Kouji Banno; Makoto Suematsu; Daisuke Aoki; Yasushi Ishihama; Hideyuki Saya; Shinji Kuninaka
        PLOS ONE, Apr. 2015, Peer-reviewed
      • PCTK1 Regulates Integrin-Dependent Spindle Orientation via Protein Kinase A Regulatory Subunit KAP0 and Myosin X
        Sayaka Iwano; Ayaka Satou; Shigeru Matsumura; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Fumiko Toyoshima
        MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY, Apr. 2015, Peer-reviewed
      • LATS1 and LATS2 Phosphorylate CDC26 to Modulate Assembly of the Tetratricopeptide Repeat Subcomplex of APC/C
        Kenta Masuda; Tatsuyuki Chiyoda; Naoyuki Sugiyama; Aldo Segura-Cabrera; Yasuaki Kabe; Arisa Ueki; Koji Banno; Makoto Suematsu; Daisuke Aoki; Yasushi Ishihama; Hideyuki Saya; Shinji Kuninaka
        PLOS ONE, Feb. 2015, Peer-reviewed
      • Large-Scale Identification of Phosphorylation Sites for Profiling Protein Kinase Selectivity
        Haruna Imamura; Naoyuki Sugiyama; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama
        JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Jul. 2014, Peer-reviewed
      • Phosphoproteome Analysis of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Sections Mounted on Microscope Slides
        Masaki Wakabayashi; Hiroki Yoshihara; Takeshi Masuda; Mai Tsukahara; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Feb. 2014, Peer-reviewed
      • Inhibition of endocytic vesicle fusion by Plk1-mediated phosphorylation of vimentin during mitosis
        Keisuke Ikawa; Ayaka Satou; Mitsuko Fukuhara; Shigeru Matsumura; Naoyuki Sugiyama; Hidemasa Goto; Mitsunori Fukuda; Masaki Inagaki; Yasushi Ishihama; Fumiko Toyoshima
        CELL CYCLE, Jan. 2014, Peer-reviewed
      • p38-Mediated phosphorylation of Eps15 endocytic adaptor protein
        Yue Zhou; Tomohiro Tanaka; Naoyuki Sugiyama; Satoru Yokoyama; Yuki Kawasaki; Tsutomu Sakuma; Yasushi Ishihama; Ikuo Saiki; Hiroaki Sakurai
        FEBS LETTERS, Jan. 2014, Peer-reviewed
      • Metabolomic profiling of lung and prostate tumor tissues by capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry
        Kenjiro Kami; Tamaki Fujimori; Hajime Sato; Mutsuko Sato; Hiroyuki Yamamoto; Yoshiaki Ohashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Hiroko Onozuka; Atsushi Ochiai; Hiroyasu Esumi; Tomoyoshi Soga; Masaru Tomita
        METABOLOMICS, Apr. 2013, Peer-reviewed
      • Genetics and Phosphoproteomics Reveal a Protein Phosphorylation Network in the Abscisic Acid Signaling Pathway in Arabidopsis thaliana
        Taishi Umezawa; Naoyuki Sugiyama; Fuminori Takahashi; Jeffrey C. Anderson; Yasushi Ishihama; Scott C. Peck; Kazuo Shinozaki
        SCIENCE SIGNALING, Apr. 2013, Peer-reviewed
      • Phosphorylation of BLUS1 kinase by phototropins is a primary step in stomatal opening
        Atsushi Takemiya; Naoyuki Sugiyama; Hiroshi Fujimoto; Toshifumi Tsutsumi; Shota Yamauchi; Asami Hiyama; Yasuomi Tada; John M. Christie; Ken-Ichiro Shimazaki
        Nature Communications, 2013, Peer-reviewed
      • Temporal Profiling of Lapatinib-suppressed Phosphorylation Signals in EGFR/HER2 Pathways
        Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Haruna Imamura; Masaki Wakabayashi; Masaru Tomita; Masatoshi Taniguchi; Takayuki Ueno; Masakazu Toi; Yasushi Ishihama
        MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Dec. 2012, Peer-reviewed
      • Phosphoproteomic Analysis of Rhodopseudomonas palustris Reveals the Role of Pyruvate Phosphate Dikinase Phosphorylation in Lipid Production
        Chia-Wei Hu; Miao-Hsia Lin; Hsuan-Cheng Huang; Wei-Chi Ku; Tsun-Hsuan Yi; Chia-Feng Tsai; Yu-Ju Chen; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Hsueh-Fen Juan; Shih-Hsiung Wu
        JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Nov. 2012, Peer-reviewed
      • Mass spectrum sequential subtraction speeds up searching large peptide MS/MS spectra datasets against large nucleotide databases for proteogenomics
        Mohamed Helmy; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama
        GENES TO CELLS, Aug. 2012, Peer-reviewed
      • mTORC1 is essential for leukemia propagation but not stem cell self-renewal
        Takayuki Hoshii; Yuko Tadokoro; Kazuhito Naka; Takako Ooshio; Teruyuki Muraguchi; Naoyuki Sugiyama; Tomoyoshi Soga; Kimi Araki; Ken-ichi Yamamura; Atsushi Hirao
        JOURNAL OF CLINICAL INVESTIGATION, Jun. 2012, Peer-reviewed
      • LATS1/WARTS phosphorylates MYPT1 to counteract PLK1 and regulate mammalian mitotic progression
        Tatsuyuki Chiyoda; Naoyuki Sugiyama; Takatsune Shimizu; Hideaki Naoe; Yusuke Kobayashi; Jo Ishizawa; Yoshimi Arima; Hiroshi Tsuda; Masaaki Ito; Kozo Kaibuchi; Daisuke Aoki; Yasushi Ishihama; Hideyuki Saya; Shinji Kuninaka
        Journal of Cell Biology, May 2012
      • LATS1/WARTS phosphorylates MYPT1 to counteract PLK1 and regulate mammalian mitotic progression
        Tatsuyuki Chiyoda; Naoyuki Sugiyama; Takatsune Shimizu; Hideaki Naoe; Yusuke Kobayashi; Jo Ishizawa; Yoshimi Arima; Hiroshi Tsuda; Masaaki Ito; Kozo Kaibuchi; Daisuke Aoki; Yasushi Ishihama; Hideyuki Saya; Shinji Kuninaka
        JOURNAL OF CELL BIOLOGY, May 2012, Peer-reviewed
      • Muscle-specific Knock-out of NUAK Family SNF1-like Kinase 1 (NUAK1) Prevents High Fat Diet-induced Glucose Intolerance
        Fumika Inazuka; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Takaya Abe; Go Shioi; Hiroyasu Esumi
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, May 2012, Peer-reviewed
      • Human proteome analysis by using reversed phase monolithic silica capillary columns with enhanced sensitivity
        Mio Iwasaki; Naoyuki Sugiyama; Nobuo Tanaka; Yasushi Ishihama
        JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, Mar. 2012, Peer-reviewed
      • The rice proteogenomics database OryzaPG-DB: development, expansion, and new features
        Mohamed Helmy; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama
        FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, 2012, Peer-reviewed
      • Characterization of kinase inhibitors using different phosphorylation states of colony stimulating factor-1 receptor tyrosine kinase
        Daisuke Kitagawa; Masaki Gouda; Yasuyuki Kirii; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Ikuo Fujii; Yugo Narumi; Kensaku Akita; Koichi Yokota
        JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, Jan. 2012, Peer-reviewed
      • Shotguns in the Front Line: Phosphoproteomics in Plants
        Hirofumi Nakagami; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama; Ken Shirasu
        PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, Jan. 2012, Peer-reviewed
      • Microscale Phosphoproteome Analysis of 10 000 Cells from Human Cancer Cell Lines
        Takeshi Masuda; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama
        ANALYTICAL CHEMISTRY, Oct. 2011, Peer-reviewed
      • In vitro kinase taggingを利用した培養系におけるプロテオーム解析法の開発(Development of proteome mining by in vitro kinase tagging)
        今村 春菜; 高木 俊輔; 杉山 直幸; 若林 真樹; 中野 実; 石濱 泰
        日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Sep. 2011
      • Integrative features of the yeast phosphoproteome and protein-protein interaction map
        Yachie, N; Saito, R; Sugiyama, N; Tomita, M; Ishihama, Y
        PLoS Comput Biol, 27 Jan. 2011
      • A large-scale analysis of protein phosphoryaltion network in abscisic acid signaling
        Umezawa Taishi; Sugiyama Naoyuki; Takahashi Fuminori; Anderson Jeffrey; Ishihama Yasushi; Peck Scott; Shinozaki Kazuo
        Abstracts for Annual Meeting of Japanese Proteomics Society, 2011, Peer-reviewed
      • Integrative Features of the Yeast Phosphoproteome and Protein-Protein Interaction Map
        Nozomu Yachie; Rintaro Saito; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama
        PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, Jan. 2011, Peer-reviewed
      • Detection of Rap1A as a yessotoxin binding protein from blood cell membranes
        Satoru Ujihara; Tohru Oishi; Ryota Mouri; Rie Tamate; Keiichi Konoki; Nobuaki Matsumori; Michio Murata; Yasukatsu Oshima; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama
        BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS, Nov. 2010, Peer-reviewed
      • Binding of diarrheic shellfish poisoning toxins to okadaic acid binding proteins purified from the sponge Halichondria okadai
        Keiichi Konoki; Kaori Saito; Hiroki Matsuura; Naoyuki Sugiyama; Yuko Cho; Mari Yotsu-Yamashita; Kazuo Tachibana
        BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY, Nov. 2010, Peer-reviewed
      • Physiological roles of okadaic acid in the sponge Halichondria okadai
        Keiichi Konoki; Hiroki Matsuura; Kaori Saito; Yuko Cho; Tomofumi Miyamoto; Naoyuki Sugiyama; Seketsu Fukuzawa; Kazuo Tachibana
        Symposium Papers for 52nd Symposium on The Chemistry of Natural Products, 01 Sep. 2010
      • Chemical dephosphorylation for identification of multiply phosphorylated peptides and phosphorylation site determination
        Yutaka Kyono; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama
        RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY, Aug. 2010, Peer-reviewed
      • Large-Scale Comparative Phosphoproteomics Identifies Conserved Phosphorylation Sites in Plants
        Hirofumi Nakagami; Naoyuki Sugiyama; Keiichi Mochida; Arsalan Daudi; Yuko Yoshida; Tetsuro Toyoda; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama; Ken Shirasu
        PLANT PHYSIOLOGY, Jul. 2010, Peer-reviewed
      • ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィー(HAMMOC)による高性能リン酸化プロテオミクス
        京野 完; 杉山 直幸; 岩崎 未央; 冨田 勝; 石濱 泰
        日本プロテオーム学会大会要旨集, 2010, Peer-reviewed
      • リン酸化プロテオーム解析を用いた分子標的薬のin vivo プロファイリング
        杉山 直幸; 京野 完; 吉原 宏樹; 今見 考志; 大沼 澄子; 塚原 麻伊; 冨田 勝; 石濱 泰
        日本プロテオーム学会大会要旨集, 2010, Peer-reviewed
      • Quantitative proteome and phosphoproteome analyses of cultured cells based on SILAC labeling without requirement of serum dialysis
        Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama
        MOLECULAR BIOSYSTEMS, 2010, Peer-reviewed
      • Type 2C protein phosphatases directly regulate abscisic acid-activated protein kinases in Arabidopsis
        Taishi Umezawa; Naoyuki Sugiyama; Masahide Mizoguchi; Shimpei Hayashi; Fumiyoshi Myouga; Kazuko Yamaguchi-Shinozaki; Yasushi Ishihama; Takashi Hirayama; Kazuo Shinozaki
        PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Oct. 2009, Peer-reviewed
      • Identification of DNA-dependent Protein Kinase as a Cofactor for the Forkhead Transcription Factor FoxA2
        Adam Nock; Janice M. Ascano; Tara Jones; Maria J. Barrero; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama; Sohail Malik
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, Jul. 2009, Peer-reviewed
      • Ser/Thr/Tyr Phosphoproteome analysis of pathogenic and non-pathogenic Pseudomonas species
        Ayshwarya Ravichandran; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Sanjay Swarup; Yasushi Ishihama
        PROTEOMICS, May 2009, Peer-reviewed
      • Successive and selective release of phosphorylated peptides captured by hydroxy acid-modified metal oxide chromatography
        Yutaka Kyono; Naoyuki Sugiyama; Koshi Imami; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama
        JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Oct. 2008, Peer-reviewed
      • Large-scale phosphorylation mapping reveals the extent of tyrosine phosphorylation in Arabidopsis
        Naoyuki Sugiyama; Hirofumi Nakagami; Keiichi Mochida; Arsalan Daudi; Masaru Tomita; Ken Shirasu; Yasushi Ishihama
        MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY, May 2008, Peer-reviewed
      • Automated phosphoproteome analysis for cultured cancer cells by two-dimensional nanoLC-MS using a calcined titania/C18 biphasic column
        Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Yutaka Kyono; Masaru Tomita; Yasushi Ishirama
        ANALYTICAL SCIENCES, Jan. 2008, Peer-reviewed
      • Isolation and characterization of okadaic acid binding proteins from the marine sponge Halichondria okadai
        Naoyuki Sugiyama; Keiichi Konoki; Kazuo Tachibana
        BIOCHEMISTRY, Oct. 2007, Peer-reviewed
      • Phosphopeptide enrichment by aliphatic hydroxy acid-modified metal oxide chromatography for nano-LC-MS/MS in proteomics applications
        Naoyuki Sugiyama; Takeshi Masuda; Kosaku Shinoda; Akihiro Nakamura; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama
        MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Jun. 2007, Peer-reviewed
      • Multiple high-throughput analyses monitor the response of E-coli to perturbations
        Nobuyoshi Ishii; Kenji Nakahigashi; Tomoya Baba; Martin Robert; Tomoyoshi Soga; Akio Kanai; Takashi Hirasawa; Miki Naba; Kenta Hirai; Aminul Hoque; Pei Yee Ho; Yuji Kakazu; Kaori Sugawara; Saori Igarashi; Satoshi Harada; Takeshi Masuda; Naoyuki Sugiyama; Takashi Togashi; Miki Hasegawa; Yuki Takai; Katsuyuki Yugi; Kazuharu Arakawa; Nayuta Iwata; Yoshihiro Toya; Yoichi Nakayama; Takaaki Nishioka; Kazuyuki Shimizu; Hirotada Mori; Masaru Tomita
        SCIENCE, Apr. 2007, Peer-reviewed
      • Prediction of liquid chromatographic retention times of peptides generated by protease digestion of the Escherichia coli proteome using artificial neural networks
        Kosaku Shinoda; Masahiro Sugimoto; Nozomu Yachie; Naoyuki Sugiyama; Takeshi Masuda; Martin Robert; Tomoyoshi Soga; Masaru Tomita
        JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, Dec. 2006, Peer-reviewed
      • HybGFS: a hybrid method for genome-fingerprint scanning
        Kosaku Shinoda; Nozomu Yachie; Takeshi Masuda; Naoyuki Sugiyama; Masahiro Sugimoto; Tomoyoshi Soga; Masaru Tomita
        BMC BIOINFORMATICS, Oct. 2006, Peer-reviewed
      • Development of biotin-avidin technology to investigate okadaic acid-promoted cell signaling pathway
        K Konoki; N Sugiyama; M Murata; K Tachibana; Y Hatanaka
        TETRAHEDRON, Nov. 2000, Peer-reviewed
      • Direct observation of binding between biotinylated okadaic acids and protein phosphatase 2A monitored by surface plasmon resonance
        K Konoki; N Sugiyama; M Murata; K Tachibana
        TETRAHEDRON LETTERS, Jan. 1999, Peer-reviewed

      Misc.

      • Enrichment of Tyrosine Phosphopeptides by Ligand Exchange Chromatography for Tyrosine Phosphoproteome Analysis
        中田花菜; 南部早紀; 杉山直幸; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 2020
      • In Vitro Human Kinome Profiling Using Phosphoproteomic Approaches
        杉山直幸; 今村春菜; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 2020
      • Development of Proteome Analysis Exclusively Using Precursor Ion Information
        中井郁那; 富岡亮太; 杉山直幸; 小形公亮; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 2020
      • Development of Microbiome Profiling based on Metaproteomic Analysis
        MOON J.H.; 伊藤麻里子; 杉山直幸; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 2020
      • Phosphotyrosine-selective enrichment of phosphopeptides by ligand exchange chromatography
        中田花菜; 南部早紀; 杉山直幸; 杉山直幸; 石濱泰; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2020
      • Peptide identification by LC/MS-based Proteomics without product ion information
        中井郁那; 富岡亮太; 杉山直幸; 小形公亮; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2020
      • Regulation of lipid accumulation in a green alga, Chlamydomonas reinhardtii (1) Function of protein kinase TAR1
        新川はるか; 太田羽藍; 梶川昌孝; 梶川昌孝; 野村裕子; 小倉真優; 椹木裕里; 山野隆志; 中神弘史; 杉山直幸; 石濱泰; 兼崎友; 吉川博文; 福澤秀哉
        日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2020
      • 酸化金属クロマトグラフィーを用いた新規タンパク質C末端ペプチド濃縮法の開発
        西田紘士; 杉山直幸; 石濱泰
        第67回質量分析総合討論会, May 2019
      • 事後ペプチドシーケンスタグを利用する高精度タンパク質同定
        田畑剛; 吉沢明康; 岩崎未央; 杉山直幸; KAELL Lukas; 石濱泰
        第67回質量分析総合討論会, May 2019
      • 定量的リン酸化プロテオミクスを用いたキノーム活性解析
        吉川侑樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2019
      • 事後ペプチドシーケンスタグの利用によるタンパク質同定の精度向上
        吉沢明康; 田畑剛; 田畑剛; 岩崎未央; 杉山直幸; KAELL Lukas; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2019
      • キャピラリーLCシステムを用いたリン酸化ペプチドの定量
        小森優美; 新苗智也; 高橋知里; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2019
      • プロテオゲノミクスのための解析プラットフォーム開発
        上村駿人; 吉沢明康; 杉山直幸; 奥田修二郎; 石濱泰
        日本分析化学会年会講演要旨集(Web), 2019
      • 人工基質ペプチドを用いたキノーム活性プロファイリング
        杉山直幸; 中園純菜; 八児一隆; 坂本大; CHANG Hsin-Yi; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 2019
      • キナーゼ基質ペプチドライブラリを用いた細胞内チロシンキナーゼ活性計測
        八児一隆; 坂本大; 高橋知里; 杉山直幸; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2019
      • 新規キナーゼ基質同定法の開発と変異型基質リン酸化シグナル解析への応用
        新苗智也; 今見考志; TSAI Chia-Feng; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2019
      • 定量的末端プロテオミクスによる膜タンパク質シェディングサイトの大規模解析
        津曲和哉; 津曲和哉; CHANG C H.; 山本英人; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2019
      • 新生鎖大規模解析のためのピューロマイシン標識ペプチド濃縮法の開発
        内山純貴; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2019
      • In vivoピューロマイシン標識を用いる新生鎖プロテオーム解析法の開発
        内山純貴; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019
      • セリン/スレオニンキナーゼ特異的人工基質ペプチドを用いたキノーム活性計測
        中園純菜; 坂本大; 杉山直幸; 石濱泰
        日本分析化学会年会講演要旨集(Web), 2019
      • 新生ポリペプチド鎖の大規模解析法の開発
        内山純貴; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会第139年会, 2019
      • リン酸化チロシンミミックペプチドプローブを用いたプロテインホスファターゼ濃縮法の開発
        高見祐哉; 津曲和哉; Hsin-Yi Chang; 杉山直幸; 大高章; 石濱泰
        日本薬学会第139年会, 2019
      • プロテオミクスLC/MS/MSにおける高速化の検討
        富岡亮太; 舟橋充央; 小形公亮; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会第139年会, 2019
      • キナーゼ収斂リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング
        吉川侑樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会第139年会, 2019
      • Evaluation of kinase substrate relationships
        Tomoya Niinae; Koshi Imami; Chia-Feng Tsai; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        3rd KBMSSシンポジウム, 2019
      • Tyrosine phosphoproteomics based on immobilized metal ion affinity chromatography
        Saki Nambu; Miho Ogasawara; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        3rd KBMSSシンポジウム, 2019
      • Optimization of LC/MS/MS conditions for deep proteomics with meter-scale C18 monolithic silica capillary columns
        Michio Funahashi; Hironori Achiwa; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        3rd KBMSSシンポジウム, 2019
      • Development of a metaproteomics platform for microbiome analysis
        坂本悠太; 伊藤麻里子; 柏木陽一郎; 野崎剛徳; 村上伸也; 吉沢明康; 杉山直幸; 石濱泰
        3rd KBMSSシンポジウム, 2019
      • ヒメツリガネゴケのアブシシン酸応答変異体を用いたリン酸化プロテオーム解析
        原百合絵; 石川慎之介; 天谷安奈; 桑原真由里; 高橋史憲; 水門佐保; 杉山直幸; 石濱泰; 竹澤大輔; 坂田洋一; 篠崎一雄; 梅澤泰史
        日本植物生理学会年会(Web), 2018
      • マウス臓器および糞便のメタプロテオミクス
        坂本悠太; 伊藤麻里子; 柏木陽一郎; 野崎剛徳; 村上伸也; 吉沢明康; 杉山直幸; 石濱泰
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018
      • Understanding of ABA-dependent phosphosignaling pathways in landplants
        Amagai Anna; Takezawa Daisuke; Takahashi Fuminori; Frank Gubler; Jose Barrero; Scott Peck C; Shinozaki Kazuo; Umezawa Taishi; Honda Yoshimasa; Hara Yurie; Ishikawa Shinnosuke; Kuwamura Mayuri; Shinozawa Akihisa; Sugiyama Naoyuki; Ishihama Yasushi; Sakata Yoischi
        Abstracts for Annual Meeting of Japanese Proteomics Society, 2018
      • Phosphorylation Network Analysis Based on Kinome Profiling
        Sugiyama Naoyuki; Imamura Haruna; Sakamoto Dai; Nakazono Junna; Yachigo Kazutaka; Takahashi Chisato; Chang Hsin-Yi; Ishihama Yasushi
        Abstracts for Annual Meeting of Japanese Proteomics Society, 2018
      • 人工基質ペプチドライブラリを用いた高選択的かつ高感度なキノーム活性計測
        八児一隆; 中園純菜; 坂本大; 高橋知里; CHANG Hsin‐Yi; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2018
      • メタプロテオミクスのためのデータ解析ワークフロー開発
        上村駿人; 伊藤麻里子; 吉沢明康; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2018
      • 細胞抽出タンパク質プールを用いたキナーゼの基質モチーフ解析
        新苗智也; 今見孝志; CHANG Hsin‐Yi; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2018
      • プロテオミクス試料調製用タンパク質固定化StageTipの開発
        西田紘士; 若林真樹; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2018
      • 高分離能nanoLC/MS/MSを用いた高深度ヒトプロテオーム解析
        舟橋充央; 阿知波弘憲; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰
        第25回クロマトグラフィーシンポジウム, 2018
      • プロテアーゼ固定化チップの開発とショットガンプロテオーム解析への応用
        西田紘士; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第25回クロマトグラフィーシンポジウム, 2018
      • Protein Chromatography for Bottom-Up Proteomics to Extend the Proteome Coverage
        Kosuke Ogata; Michio Funahashi; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        第66回アメリカ質量分析学会(ASMS2018), 2018
      • Utilizing peptide sequence tags for controlling false discovery rates in database search
        Akiyasu C. Yoshizawa; Tsuyoshi Tabata; Mio Iwasaki; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        第66回アメリカ質量分析学会(ASMS2018), 2018
      • 表面プロテオームプロファイルは脂肪細胞分類を反映する
        張心儀; 杉山直幸; 石濱泰
        Mass Spectrometry and Proteomics 2018 (MSP2018)(日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会), 2018
      • Metadata Curation for fully utilizing raw MS data in jPOST repository
        Kobayashi, D; Araki, N; Okuda, S; Watanabe, Y; Moriya, Y; Kawano, S; Yamamoto, T; Matsumoto, T; Takami, T; Yoshizawa, A.C; Tabata, T; Iwasaki, M; Sugiyama, N; Tanaka, S; Goto, S; Ishihama, Y
        Mass Spectrometry and Proteomics 2018 (MSP2018)(日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会), 2018
      • Charge-Mounted Positional Separation by Ion Exchange Chromatography for Protein N-Terminal Peptide Enrichment
        ChIh-Hsiang Chang; Eito Yamamoto; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        Mass Spectrometry and Proteomics 2018 (MSP2018)(日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会), 2018
      • プロテオミクスLC/MSの高速化
        舟橋充央; 阿知波弘憲; 山本有希子; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰
        Mass Spectrometry and Proteomics 2018 (MSP2018)(日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会), 2018
      • チロシンキナーゼ特異的人工基質ペプチドを用いたin vitroキノーム活性計測
        八児一隆; 高橋知里; 坂本大; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰
        Mass Spectrometry and Proteomics 2018 (MSP2018)(日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会), 2018
      • キナーゼ基質大規模同定に基づくキナーゼの基質配列指向性評価
        中園純菜; 坂本大; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰
        Mass Spectrometry and Proteomics 2018 (MSP2018)(日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会), 2018
      • Development of simple and rapid LC/MS/MS methods for host cell protein assay
        Michio Funahashi; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        KBMSS2018, 2018
      • Phosphotyrosine-selective immobilized metal ion affinity chromatography
        Saki Nambu; Miho Ogasawara; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        KBMSS2018, 2018
      • Development of serine/threonine kinase-specific substrate peptides for monitoring kinome activity
        Junna Nakazono; Dai Sakamoto; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        KBMSS2018, 2018
      • セリウム錯体を用いた脱リン酸化法のin vitroキナーゼ試験への適用
        八児 一隆; 張 心儀; 杉山 直幸; 石濱 泰
        第41回日本分子生物学会, 2018
      • jPOSTプロジェクトが提供するプロテオミクスデータとその解析ツール
        五斗進; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 山ノ内祥訓; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 岩崎未央; 杉山直幸; 田中聡; 石濱泰
        第41回日本分子生物学会, 2018
      • プロテオーム統合データベースの機能深化
        守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 山ノ内祥訓; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 岩崎未央; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰
        第41回日本分子生物学会, 2018
      • キノーム活性測定に向けたin vitroキナーゼ基質の大規模同定
        中園純菜; 坂本大; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰
        第41回日本分子生物学会, 2018
      • プロテオミクスによる細胞内キナーゼ基質大規模同定法の開発
        新苗 智也; 今見 考志; Tsai Chia-Feng; 杉山 直幸; 石濱 泰
        第41回日本分子生物学会, 2018
      • Metaproteomics of Mouse Tissues and Feces
        坂本悠太; 伊藤麻里子; 柏木陽一郎; 野崎剛徳; 村上伸也; 吉沢明康; 杉山直幸; 石濱泰
        第41回日本分子生物学会, 2018
      • Microenvironmental cues for Adipocyte Commitment: a Crosstalk between Surfaceome and Secretome
        Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        2018 Annual meeting of Taiwan Proteomics Society, 2018
      • メートル長モノリス型シリカカラムを用いたnanoLC/MS/MSシステムにおけるプロテオーム解析条件の最適化
        舟橋充央; 阿知波弘憲; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰
        第29回クロマトグラフィー科学会議, 2018
      • 固定化金属イオンに対する相互作用に基づいたチロシンリン酸化ペプチド濃縮法の開発
        南部早紀; 小笠原実穂; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰
        第29回クロマトグラフィー科学会議, 2018
      • 金属アフィニティークロマトグラフィーによるタンパク質C末端ペプチドの新規濃縮法の開発
        西田 紘士; 杉山 直幸; 石濱 泰
        第29回クロマトグラフィー科学会議, 2018
      • jPOST統合環境の開発
        奥田修二郎; 渡辺由; 守屋勇樹; 河野信; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 山ノ内祥訓; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 岩崎未央; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰
        トーゴ―の日2018シンポジウム, 2018
      • High Resolution Peptide Separation for Illuminating Human Proteome
        Yasushi?Ishihama; Kosuke Ogata; Chih-Hsiang Chang; Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama
        HUPO2018, 2018
      • SCX Chromatography to Isolate Protein N-terminal Peptides for N-terminome Analysis
        Chih-Hsiang Chang; Eito Yamamoto; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Juri Rappsilber; Yasushi Ishihama
        25th International Symposium on Electro- and Liquid Phase-Separation Techniques(ITP2018), 2018
      • Metaproteome Analysis of Mouse Tissues and Feces
        坂本悠太; 伊藤麻里子; 柏木陽一郎; 野崎剛徳; 村上伸也; 杉山直幸; 石濱泰
        25th International Symposium on Electro- and Liquid Phase-Separation Techniques(ITP2018), 2018
      • 固定化金属イオンアフィニティークロマトグラフィーを用いたチロシンリン酸化ペプチド濃縮法の開発
        南部早紀; 小笠原実穂; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰
        BMAS2018 第31回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2018
      • HPLC装置におけるリン酸化分子の吸着評価法の検討
        小森優美; 新苗智也; 今見考志; 杉山直幸; 石濱泰
        BMAS2018 第31回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2018
      • Enrichment of Protein N-terminal Peptides by Charge-Mounted Positional Separation Using Ion Exchange Chromatography
        Chih-Hsiang Chang; Eito Yamamoto; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Juri Rappsilber; Yasushi Ishihama
        国際シンポジウムProteins: From the Cradle to the Grave, 2018
      • timsTOF Pro -PASEFテクノロ ジーを用いたショットガンプロテオミクス
        杉山直幸
        ブルカーMSフォーラム 2018, 2018
      • 表面プラズモン共鳴バイオセンサーによるリン酸化ペプチド‐金属イオン間相互作用解析
        南部早紀; 小笠原実穂; 杉山直幸; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 28 Aug. 2017
      • メートル長モノリス型シリカカラムを用いたnanoLC/MS/MSリン酸化プロテオミクス
        阿知波弘憲; 鎌倉健雄; 杉山直幸; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 28 Aug. 2017
      • リン酸化プロテオーム解析技術を用いたキノームプロファイリング
        杉山直幸; 石濱泰
        分析化学討論会講演要旨集, 13 May 2017
      • データベース検索エンジンを用いたタンパク質同定における特異性向上
        吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 01 May 2017
      • 疾患モデルマウスのメタプロテオーム解析
        坂本悠太; 伊藤麻里子; 柏木陽一郎; 野崎剛徳; 村上伸也; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 01 May 2017
      • jPOST:プロテオーム統合データベースの開発
        守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石澤泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2017
      • jPOST再解析プロトコル:偽陽性と偽陰性の同時減少を目指す
        吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2017
      • プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリ
        奥田修二郎; 渡辺由; 守屋勇樹; 河野信; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2017
      • Toward Comprehensive Identification of Cleavage Sites Generated by Ectodomain Shedding
        Tsumagari K; Yamamoto E; Chang C.H; Sugiyama N; Ishihama Y
        Abstracts for Annual Meeting of Japanese Proteomics Society, 2017
      • jPOST:プロテオーム統合データベースプロジェクト
        奥田修二郎; 渡辺由; 守屋勇樹; 河野信; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰
        日本生化学会大会(Web), 2017
      • タンパク質末端大規模解析に向けた新規タンパク質末端ペプチド濃縮法の開発
        山本英人; 張智翔; 木村迪子; 杉山直幸; 石濱泰
        日本生化学会大会(Web), 2017
      • jPOST:プロテオームデータベースの開発
        守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰
        日本生化学会大会(Web), 2017
      • マルチプレックス解析:深度とスループットの両立
        小形公亮; TSAI Chia‐Feng; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2017
      • jPOST:同定結果のFDR改善を目指す再解析プロトコルの開発
        吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰
        日本生化学会大会(Web), 2017
      • jPOST: Development of reanalysis protocol toward control of false discovery rate in peptide identification
        Akiyasu C. Yoshizawa; Tsuyoshi Tabata; Mio Iwasaki; Yuki Moriya; Shin Kawano; Shujiro Okuda; Yu Watanabe; Tadashi Yamamoto; Masaki Matsumoto; Tomoyo Takami; Daiki Kobayashi; Norie Araki; Naoyuki Sugiyama; Satoshi Tanaka; Susumu Goto; Yasushi Ishihama
        ConBio2017, 2017
      • 異なる細胞株由来タンパク質に対するキナーゼのリン酸化モチーフ解析
        新苗智也; 張心儀; 杉山直幸; 石濱泰
        第28回クロマトグラフィー科学会議, 2017
      • シリカモノリス型カラムを用いた疾患モデルマウスのメタプロテオーム解析
        坂本悠太; 伊藤麻里子; 柏木陽一郎; 野崎剛徳; 村上伸也; 杉山直幸; 石濱泰
        第28回クロマトグラフィー科学会議, 2017
      • アフィニティークロマトグラフィーを用いたリン酸化ペプチドと金属イオンの相互作用解析
        南部早紀; 小笠原実穂; Hsin-Yi Chang; 杉山直幸; 石濱泰
        第28回クロマトグラフィー科学会議, 2017
      • メートル長C18モノリス型シリカキャピラリーカラムと 緩勾配溶出を組み合わせたnanoLC/MS/MSによる タンパク質同定システムの最適化
        舟橋充央; 阿知波弘憲; 山本有希子; Hsin-Yi Chang; 杉山直幸; 石濱泰
        第28回クロマトグラフィー科学会議, 2017
      • Quantitative Analysis of Cleavage Sites Generated by Ectodomain Shedding
        津曲和哉; 山本英人; 張智翔; 杉山直幸; 石濱泰
        新学術領域研究「新生鎖の生物学」平成29 年度第1 回班会議, 2017
      • タンパク質末端大規模解析のためのタンパク質末端ペプチド濃縮法の開発
        山本英人; 張智翔; 木村迪子; 杉山直幸; 石濱泰
        新学術領域研究「新生鎖の生物学」平成29 年度第1 回班会議, 2017
      • Large-Scale Identification of Protein N-Terminal Sites by Mass Spectrometry
        張智翔; 山本英人; 杉山直幸; 石濱泰
        新学術領域研究「新生鎖の生物学」平成29 年度第1 回班会議, 2017
      • jPOST:再解析プロトコルによる同定結果の質的向上
        吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 田中聡; 五斗進; 石濱泰
        トーゴ―の日シンポジウム2017, 2017
      • Reducing false positive identifications for proteome datasets accumulated in jPOST repository
        Yoshizawa A; Tabata T; Moriya Y; Kawano S; Okuda S; Watanabe Y; Yamamoto T; Matsumoto M; Takami T; Kobayashi D; Araki N; Sugiyama N; Tanaka S; Goto S; Ishihama Y
        16th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2017), 2017
      • ヒトおよびマウスの腸内細菌叢メタプロテオーム解析
        伊藤麻里子; 坂本悠太; 杉山直幸; 園村和弘; 松田文彦; 石濱泰
        日本プロテオーム学会2017年大会, 2017
      • N-terminal Arg/Lys Proteases for Shotgun Proteomics
        Chih-Hsiang Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        日本プロテオーム学会2017年大会, 2017
      • Kinase activity profiling by motif-targeting phosphoproteome analysis
        Chia-Feng Tsai; Masaki Wakabayashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        65th ASMS, 2017
      • Controlling false discovery rate in accumulated public proteome dataset
        Akiyasu C. Yoshizawa; Tsuyoshi Tabata; Yuki Moriya; Shin Kawano; Shujiro Okuda; Yu Watanabe; Tadashi Yamamoto; Masaki Matsumoto; Tomoyo Takami; Daiki Kobayashi; Norie Araki; Naoyuki Sugiyama; Satoshi Tanaka; Susumu Goto; Yasushi Ishihama
        65th ASMS, 2017
      • キナーゼ阻害薬と定量的リン酸化プロテオミクスを用いたPKA基質探索
        新苗智也; 小形公亮; 今村春菜; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第65回質量分析総合討論会, 2017
      • 1細胞解析を指向した超高感度プロテオーム解析プラットフォームの開発
        若林真樹; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 02 Sep. 2016
      • 金属錯体生成を利用したリン酸化合物のポジティブイオンモードによる質量分析
        小笠原実穂; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 02 Sep. 2016
      • ヒトキノームの基質特異性および活性プロファイリング
        杉山直幸; 坂本大; 今村春菜; TAECHAWATTANANANT Pasrawin; 石川奈津美; 若林真樹; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 02 Sep. 2016
      • メタプロテオミクスによる腸内細菌叢分析システムの開発
        伊藤麻里子; 若林真樹; 杉山直幸; 園村和弘; 松田文彦; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 02 Sep. 2016
      • 腸内細菌叢メタプロテオーム解析プラットフォームの開発
        伊藤麻里子; 若林真樹; 杉山直幸; 園村和弘; 松田文彦; 石濱泰
        日本生化学会大会(Web), Sep. 2016
      • 金属錯体を用いたリン酸化合物の質量分析法の開発
        小笠原実穂; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本生化学会大会(Web), Sep. 2016
      • 質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”を明瞭化するか
        吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 山本格; 松本雅記; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 五斗進; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 09 May 2016
      • 腸内細菌叢プロテオミクスに向けた分析システムの開発
        伊藤麻里子; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), Mar. 2016
      • リジン脱アセチル化酵素を用いた新規アセチル化ペプチド濃縮技術の開発
        津曲和哉; 橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), Mar. 2016
      • ポリマー多層被覆法を用いたHILIC用モノリス型シリカキャピラリーカラムの開発
        阿知波弘憲; 鎌倉健雄; 市原駿; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), Mar. 2016
      • プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発
        吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡邉由; 山本格; 松本雅記; 高見知世; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 五斗進; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016
      • プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発
        吉沢明康; 田畑剛; 守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知世; 小林大樹; 荒木令江; 杉山直幸; 五斗進; 石濱泰
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016
      • DIAスライスモードを用いたLC/MS/MSによる大規模定量プロテオミクス
        阿知波弘憲; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016
      • プロテオーム統合データベースjPOSTの開発
        五斗進; 奥田修二郎; 渡邉由; 守屋勇樹; 河野信; 山本格; 松本雅記; 高見知代; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016
      • jPOST:プロテオームデータベースプロジェクト
        守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 渡辺由; 山本格; 松本雅記; 高見知世; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 五斗進; 石濱泰
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016
      • プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリの公開
        奥田修二郎; 渡辺由; 守屋勇樹; 河野信; 山本格; 松本雅記; 高見知世; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 田畑剛; 杉山直幸; 五斗進; 石濱泰
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016
      • タンパク質末端大規模解析に向けた新規カルボキシ末端ペプチド濃縮法の開発
        山本英人; 木村迪子; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016
      • 細胞内リン酸化プロテオームプロファイルからキノーム活性を予測する
        高橋知里; 今村春菜; 今村春菜; 矢崎達也; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016
      • 細胞内リン酸化プロテオームプロファイルからキノーム活用を予測する
        高橋知里; 今村春奈; 今村春奈; 矢崎達也; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016
      • データベース構築とキナーゼ基質予測を用いた大規模発現/翻訳後修飾プロテオーム解析
        杉山直幸; 三宅里美; 坂本大; TAECHAWATTANANANT Pasrawin; 若林真樹; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2016
      • キナーゼ特異性を有する基質ペプチドを用いた細胞内キノーム活性計測
        坂本 大; Pasrawin Taechawattananant; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱 泰
        第63回質量分析総合討論会, 2016
      • ターゲットリン酸化プロテオミクスによる大規模キナーゼプロファイリング
        矢崎達也; 高橋知里; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱 泰
        第63回質量分析総合討論会, 2016
      • キナーゼ特異的人工基質を用いた細胞内キノーム活性計測
        坂本 大; 石川 菜津美; Pasrawin TAECHAWATTANANANT; 若林 真樹; 杉山 直幸; 石濱 泰
        日本薬学会第136年会, 2016
      • 細胞膜透過性キナーゼ基質ペプチドを用いた細胞内キノーム活性計測
        石川菜津美; 坂本大; Pasrawin Taechawattananant; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第64回質量分析総合討論会, 2016
      • キナーゼ特異性を有する人工基質ペプチドを用いたヒトキノーム活性プロファイリング
        坂本 大; 石川菜津美; Pasrawin Taechawattananant; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱 泰
        日本プロテオーム学会2016年大会, 2016
      • Quantitative phosphoproteomics approach for kinase-mediated protein phosphorylation stoichiometry
        Pasrawin Taechawattananant; 坂本 大; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱 泰
        ヒトプロテオーム学会2016年大会, 2016
      • Profiling of kinase substrates using in vitro phosphorylation stoichiometry
        Pasrawin Taechawattananant; 坂本 大; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱 泰
        第29回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2016
      • リン酸化プロテオミクスを用いたプロテインキナーゼの構造と基質選択性の相関
        敷田奈都紀; 佐藤綾香; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱 泰
        第29回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2016
      • Profiling Kinome Activities Using Kinase-Specific Substrate Peptides
        Naoyuki Sugiyama; Dai Sakamoto; Haruna Imamura; Pasrawin Taechawattananant; Natsumi Ishikawa; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama
        HUPO2016?, 2016
      • プロテインキナーゼのリン酸化修飾は基質選択性を制御する
        敷田奈都紀; 佐藤綾香; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第39回日本分子生物学会年会, 2016
      • キノーム活性計測に向けたキナーゼ特異的人工基質ペプチドライブラリの創出
        坂本 大; 石川菜津美; Pasrawin Taechawattananant; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱 泰
        第39回日本分子生物学会年会, 2016
      • LATS1/2キナーゼによる後期促進複合体APC/CサブユニットCDC26リン酸化制御
        國仲 慎治; 増田 健太; 千代田 達幸; 杉山 直幸; セグラ-カブレラ・アルド; 加部 泰明; 植木 有紗; 阪埜 浩司; 末松 誠; 青木 大輔; 石濱 泰; 佐谷 秀行
        日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, Dec. 2015
      • jPOST:プロテオーム解析ワークフローの標準化
        守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 山本格; 松本雅記; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 五斗進; 田畑剛; 杉山直幸; 石濱泰
        日本生化学会大会(Web), Dec. 2015
      • ヒメツリガネゴケのABA応答変異株を用いたリン酸化プロテオーム解析
        本多慶匡; 桑村真由里; 杉山直幸; 石濱泰; 竹澤大輔; 坂田洋一; 篠崎一雄; 梅澤泰史; 梅澤泰史
        日本植物学会大会研究発表記録, 01 Sep. 2015
      • 定量的リン酸化プロテオミクスによるがん細胞株大規模プロファイリング
        高橋知里; 矢崎達也; 小形公亮; 佐藤義明; 木村剛之; 小田吉哉; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 21 Aug. 2015
      • Phosphoproteomic analysis of the ABA signaling pathway in Physcomitrella patens
        HONDA YOSHIMASA; SUGIYAMA NAOYUKI; KUWAMURA MAYURI; TERAO RYOSUKE; ISHIZUKA KOZUE; SAKATA YOICHI; TAKEZAWA DAISUKE; ISHIHAMA YASUSHI; SHINOZAKI KAZUO; UMEZAWA TAISHI
        日本植物生理学会年会要旨集, 09 Mar. 2015
      • Shotgun proteomics data analysis workflow using multiple peak lists and multiple search engines
        田畑剛; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015
      • jPOST: Japan Proteome Standard Repository/Database
        守屋勇樹; 河野信; 奥田修二郎; 山本格; 松本雅記; 小林大樹; 荒木令江; 吉沢明康; 五斗進; 田畑剛; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015
      • Novel strategy for enrichment of lysine acetylated peptides using lysine deacetylases
        津曲和哉; 橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015
      • Phosphoproteomic profiling of molecular-targeted drugs by motif-targeting quantitation.
        小形公亮; 矢崎達也; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015
      • A large-scale analysis of phospho-proteins in response to abscisic acid in Physcimitrella patens
        梅澤泰史; 梅澤泰史; 本多慶匡; 杉山直幸; 桑村真由里; 坂田洋一; 竹澤大輔; 石濱泰; 篠崎一雄
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015
      • ゲノム未知ヘリコバクター・ピロリの大規模プロテオーム解析
        三宅里美; Amr El-Guoshy; Miao-Hsia Lin; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会第135年会, 2015
      • モチーフターゲットリン酸化プロテオミクスによる分子標的薬の評価
        小形公亮; 矢崎達也; 林侑生; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会第135年会, 2015
      • 定量的リン酸化プロテオミクスを用いたプロテインキナーゼのリン酸化修飾と活性に関する研究
        敷田奈都紀; 佐藤綾香; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会第135年会, 2015
      • Phosphoproteomic profiling of phosphorylation stoichiometry in kinase-mediated in vitro phosphorylation reaction
        Pasrawin TAECHAWATTANANANT; Dai SAKAMOTO; Masaki WAKABAYASHI; Naoyuki SUGIYAMA; Yasushi ISHIHAMA
        63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 2015
      • キナーゼ特異性を有する基質ペプチドを用いた細胞内キノーム活性計測
        坂本 大; Pasrawin Taechawattananant; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第63回質量分析総合討論会, 2015
      • スプライシングバリアント大規模解析に向けた新規タンパク質N末端ペプチド濃縮法の開発
        木村迪子; 橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本分析化学会年会講演要旨集, 03 Sep. 2014
      • Novel strategy for lysine acetylation discovery in acetylomics
        HASHIMOTO TAKAYUKI; WAKABAYASHI MASAKI; SUGIYAMA NAOYUKI; ISHIHAMA YASUSHI
        質量分析総合討論会講演要旨集, 07 May 2014
      • Phosphoproteomic analysis of the ABA signaling pathway in Physcomitrella patens.
        HONDA YOSHIMASA; SUGIYAMA NAOYUKI; KUWAMURA MAYURI; TERAO RYOSUKE; ISHIZUKA KOZUE; SAKATA YOICHI; TAKEZAWA DAISUKE; SHINOZAKI KAZUO; ISHIHAMA YASUSHI; UMEZAWA TAISHI
        日本植物生理学会年会要旨集, 11 Mar. 2014
      • メートル長モノリスシリカカラムを用いたLC‐MS/MSシステムの開発とヒトプロテオーム一斉解析への挑戦
        鎌倉健雄; 市原駿; 堀江勘太; 岩崎未央; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), Mar. 2014
      • スプライシングバリアント大規模解析に向けた新規タンパク質N末端ペプチド濃縮法の開発
        木村迪子; 橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), Mar. 2014
      • Data Analysis Workflow for a Quantitative Proteogenomics
        杉山直幸; 田畑剛; 三宅里美; 若林真樹; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2014
      • マススペクトル逐次差引法によるショットガンプロテオゲノミクス
        三宅里美; HELMY Mohamed; LIN Miao‐Hsia; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2014
      • PCTK1はPKA調節サブユニットであるKAP0とmyosin Xを通してインテグリン依存的な細胞分裂軸の制御を行う
        IWANO SAYAKA; SATOU AYAKA; MATSUMURA SHIGERU; SUGIYAMA NAOYUKI; ISHIHAMA YASUSHI; TOYOSHIMA FUMIKO
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014
      • 定量リン酸化プロテオミクスによる標的パスウェイのリン酸化動態解析
        矢崎達也; 高木俊輔; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第62回質量分析総合討論会, 2014
      • アセチル化プロテオミクスのためのアセチル化ペプチド濃縮法の開発
        橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第62回質量分析総合討論会, 2014
      • プロテオミクスのデータ処理法とツール
        杉山直幸
        日本プロテオーム学会2014年会, 2014
      • ホルマリン固定パラフィン包埋検体等の組織試料に対する定量的リン酸化プロテオーム解析法の開発
        小椋麻由; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会2014年会, 2014
      • メートル長モノリス型シリカカラムを用いたLC-MS/MSシステムによるヒトプロテオーム解析
        鎌倉健雄; 市原駿; 堀江勘太; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会2014年会, 2014
      • ナローボアメートル長モノリス型シリカカラムを用いたプロテオミクスLC-MS高感度システムの構築
        市原 駿; 鎌倉 健雄; 堀江 勘太; 若林 真樹; 杉山 直幸; 石濱 泰
        BMAS2014 第27回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2014
      • Monitoring Kinome Activities Using the Highly Specific and Sensitive Substrate Peptides
        Naoyuki Sugiyama; Haruna Imamura; Pasrawin Taechawattananant; Dai Sakamoto; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama
        13th Human Proteome Organization World Congress, 2014
      • Motif-targeting phosphopeptide enrichment for quantitative phosphoproteome analysis
        Shunsuke Takagi; Tatsuya Yazaki; Kosuke Ogata; Masaki Wakabayashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        13th Human Proteome Organization World Congress, 2014
      • リジン脱アセチル化酵素を利用した アセチル化プロテオミクス
        橋本貴行; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第87回日本生化学会大会, 2014
      • In vitro phosphorylation profiling of kinase substrates with heat treatment by phosphoproteomic approach
        Pasrawin TAECHAWATTANANANT; Dai SAKAMOTO; Masaki WAKABAYASHI; Naoyuki SUGIYAMA; Yasushi ISHIHAMA
        The 87th Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society, 2014
      • 定量的リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング
        林侑生; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第37回日本分子生物学会年会, 2014
      • Quantitative phosphoproteomic approach for kinase-mediated protein phosphorylation stoichiometry
        Pasrawin TAECHAWATTANANANT; Dai SAKAMOTO; Masaki WAKABAYASHI; Naoyuki SUGIYAMA; Yasushi ISHIHAMA
        14th Asia-Pacific International Symposium on Microscale Separations and Analysis, 2014
      • メートル長C18モノリス型シリカカラムを用いた高分離能二次元ナノLCMSプロテオミクス
        鎌倉健雄; 市原駿; 堀江勘太; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第25回クロマトグラフィー科学会議, 2014
      • ナローボアメートル長HILICモノリス型シリカカラムを用いたプロテオミクスLC-MS高感度システムの構築
        市原 駿; 鎌倉 健雄; 堀江 勘太; 若林 真樹; 杉山 直幸; 石濱 泰
        第25回クロマトグラフィー科学会議, 2014
      • モチーフターゲティング定量法を用いた極微量組織のリン酸化プロテオミクス
        小椋麻由; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第25回クロマトグラフィー科学会議, 2014
      • タンパク質のN末端大規模解析に向けた新規N末端ペプチド濃縮法の開発
        木村 迪子; 橋本 貴行; 若林 真樹; 杉山 直幸; 石濱 泰
        第25回クロマトグラフィー科学会議, 2014
      • ターゲットプロテオミクスによるリン酸化シグナル動態解析
        矢崎達也; 高木俊輔; 小形公亮; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        第25回クロマトグラフィー科学会議, 2014
      • Development of high-sensitivity nanoLC-MS/MS systems using narrow-bore meter-long monolithic silica capillaries at low flow rate
        市原駿; 岩崎未央; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        Chromatography, 01 Nov. 2013
      • 極微量ホルマリン固定パラフィン包埋組織のリン酸化プロテオーム解析手法の確立
        小椋麻由; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 02 Aug. 2013
      • 大規模リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達ネットワーク解析
        杉山直幸; 石濱泰
        日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 31 May 2013
      • 高深度プロテオーム解析法の現状:チロシンリン酸化プロテオームの夜明け
        若林真樹; 岩崎未央; 吉田繁治; 杉山直幸; 石濱泰
        日本細胞生物学会大会要旨集, 15 May 2013
      • リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達解析
        杉山直幸; 石濱泰
        日本植物生理学会年会要旨集, 14 Mar. 2013
      • 陸上植物のアブシジン酸応答に関わるタンパク質リン酸化ネットワークの解析
        梅澤泰史; 杉山直幸; ANDERSON Jeffrey; 高橋史憲; 寺尾亮佑; 石塚梢; 坂田洋一; 竹澤大輔; 石濱泰; PECK Scott; 篠崎一雄
        日本植物生理学会年会要旨集, 14 Mar. 2013
      • In vitroリン酸化修飾を用いた標的キナーゼ基質の定量的リン酸化プロテオミクス
        高木俊輔; 吉田繁治; 今村春菜; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013
      • 遺伝学とリン酸化プロテオミクスの融合によるアブシシン酸シグナル伝達系の包括的な解析
        梅澤泰史; 杉山直幸; 高橋史憲; JEFFEREY Anderson; 石濱泰; SCOTT Peck; 坂田洋一; 竹澤大輔; 篠崎一雄
        日本生化学会大会(Web), 2013
      • 化学的チロシンリン酸化ペプチド濃縮法の開発とリン酸化プロテオーム変動解析への応用
        吉田繁治; KU Wei‐Chi; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰
        日本生化学会大会(Web), Dec. 2012
      • プロテインキナーゼの基質認識要素に関わる計算的および実験的プロファイリング
        今村春菜; 杉山直幸; 若林真樹; 石濱泰
        日本生化学会大会(Web), Dec. 2012
      • Identification of low abundant proteins in human serum through artificial phosphoproteome analysis
        高木俊輔; 今村春菜; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        Chromatography, 07 Nov. 2012
      • リン酸化修飾シグナル病の病態解明に向けた極微量臨床試料解析法の構築
        若林真樹; 増田豪; 吉原宏樹; 杉山直幸; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 08 Aug. 2012
      • 分裂期脱出ネットワークによるG2/M DNA損傷チェックポイント制御(Mitotic exit network as a regulator of G2/M DNA damage checkpoint)
        國仲 慎治; 千代田 達幸; 杉山 直幸; 石濱 泰; 青木 大輔; 佐谷 秀行
        日本癌学会総会記事, Aug. 2012
      • 化学的濃縮法を用いたチロシンリン酸化プロテオーム解析
        吉田繁治; KU Wei‐Chi; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰
        日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2012
      • ゲノムデザイン学:人工解糖系オペロンの転写・翻訳解析
        柘植謙爾; 中東憲治; 富樫貴; 長谷部雅子; 高井幸; 長谷川美紀; 五十嵐康行; 杉山直幸; 石濱泰; 冨田勝; 板谷光泰
        日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 05 Mar. 2012
      • ナノバイオ技術と最新創薬応用研究 第4章 ナノバイオ創薬に向けた細胞機能の解析と評価 1.リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング
        若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        遺伝子医学MOOK, 31 Jan. 2012
      • One-shot nanoLC-MS/MS system to identify 10, 000 phosphopeptides from human samples
        岩崎未央; 若林真樹; 杉山直幸; 田中信男; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012
      • Phosphotyrosine-targeted proteome analysis using chemoselective enrichment
        吉田繁治; KU Wei-Chi; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012
      • Verification of protein kinase-substrate recognition factors by LC-MS/MS
        今村春菜; 杉山直幸; 若林真樹; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012
      • Identification of low abundant proteins through artificial phosphoproteome preparation
        高木俊輔; 今村春菜; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012
      • Development of a Subcellular Fractionation Protocol using Phase Transfer Surfactants
        増田豪; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2012
      • Profiling of Protein Kinase in Plant toward Identification of Tyrosine Kinase
        Ebi Takayuki; Nemoto Keiichiro; Sugiyama Naoyuki; Tomita Masaru; Sawasaki Tatsuya; Ishihaya Yasushi
        Abstracts for Annual Meeting of Japanese Proteomics Society, 2012
      • Large-scale protein phosphorylation analysis by mass spectrometry-based phosphoproteomics
        Wei Chi Ku; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        Neuromethods, 01 Jan. 2012
      • ゲノム中の人工オペロンの配置問題に関する検討
        柘植謙爾; 中東憲治; 富樫貴; 長谷部雅子; 高井幸; 長谷川美紀; 五十嵐康行; 杉山直幸; 佐藤尚美; 平山由明; 石濱泰; 曽我朋義; 冨田勝; 板谷光泰
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012
      • リン酸化プロテオーム解析が解き明かすABAシグナル伝達ネットワーク
        梅澤泰史; 杉山直幸; 高橋史憲; ANDERSON Jeffrey A; PECK Scott C; 石濱泰; 篠崎一雄
        日本植物学会大会研究発表記録, 10 Sep. 2011
      • MSSS: Bioinformatics Method Facilitates Searching Large Set of Peptide Spectra Against Large Nucleotide Databases for Structural- and Onco-proteogenomics
        M. Helmy; N. Sugiyama; M. Tomita; Y. Ishihama
        IN VITRO CELLULAR & DEVELOPMENTAL BIOLOGY-ANIMAL, Jun. 2011
      • Highly sensitive phosphoproteome analysis for minute number of cells
        増田豪; 五十嵐康之; 冨田勝; 並木淳; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011
      • Protein extraction and fractionation for shotgun proteomics
        増田豪; 杉山直幸; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011
      • In vitro phosphoproteomic analysis of protein kinase specificity in substrate recognition
        今村春菜; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011
      • In Vitro Profiling of Human Kinome with Quantitative Phosphoproteomics
        杉山直幸; 石濱泰; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2011
      • チロシンキナーゼ同定に向けた植物タンパク質キナーゼプロファイリング
        海老敬行; 根本圭一郎; 杉山直幸; 冨田勝; 澤崎達也; 石濱泰
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2011
      • ゲノムデザイン学:人工オペロンによる解糖系の構築
        柘植謙爾; 中東謙爾; 富樫貴; 長谷部雅子; 高井幸; 長谷川美紀; 五十嵐康行; 杉山直幸; 石濱泰; 冨田勝; 板谷光泰
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2011
      • プロテインホスファターゼ‐キナーゼ複合体による植物ホルモンアブシジン酸のシグナル伝達制御
        梅澤泰史; 杉山直幸; 高橋史憲; ANDERSON Jefferey; SCOTT Peck; 石濱泰; 篠崎一雄
        生化学, 2011
      • Tyrosine phosphoproteome analysis using hydroxyl acid-modified metal oxide chromatography with selective chemical dephosphorylation
        吉田繁治; KU Wei‐Chi; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰
        生化学, 2011
      • Development of proteome mining by in vitro kinase tagging
        今村春菜; 高木俊輔; 杉山直幸; 若林真樹; 中野実; 石濱泰
        生化学, 2011
      • Development of Titania Particles Used for Phosphopeptide Enrichment in Mass Spectrometry-Based Phosphoproteomics
        KYONO Yutaka; SUGIYAMA Naoyuki; IMAMI Koshi; MIYAZAKI Shota; OHIRA Masayoshi; TOMITA Masaru; ISHIHAMA Yasushi
        Journal of the Mass Spectrometry Society of Japan, 01 Aug. 2010
      • リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達プロファイリング解析
        杉山直幸; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 21 Jul. 2010
      • ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィーを用いた高性能リン酸化プロテオミクスの開発
        京野完; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 01 Jun. 2010
      • ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィーを用いた高性能リン酸化プロテオミクスの開発
        京野完; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 01 Jun. 2010
      • リン酸化プロテオーム解析手法を用いた病害抵抗性機構の解析
        中神弘史; 野村有子; 大井信明; 持田恵一; 杉山直幸; 石濱泰; 白須賢
        日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集, 30 Mar. 2010
      • リン酸化プロテオミクスによる植物免疫シグナリングの解析
        中神弘史; 野村有子; 大井信明; 持田恵一; 杉山直幸; 石濱泰; 白須賢
        日本植物生理学会年会要旨集, 12 Mar. 2010
      • 梯子状ポリエーテル化合物イェッソトキシンとRasタンパク質との相互作用評価
        氏原悟; 玉手理恵; 松森信明; 大石徹; 村田道雄; 杉山直幸; 石濱泰; 冨田勝
        日本化学会講演予稿集, 12 Mar. 2010
      • Onco-proteogenomics: a novel approach to identify cancer-specific mutations combining proteomics and transcriptome deep sequencing
        Mohamed Helmy; Naoyuki Sugiyama; Masaru Tomita; Yasushi Ishihama
        GENOME BIOLOGY, 2010
      • Toward comprehensive analysis of kinase/substrate pairs by in vitro kinase assay coupled with phosphoproteomics
        IMAMURA HARUNA; SUGIYAMA NAOYUKI; TOMITA MASARU; ISHIHAMA YASUSHI
        生化学, 2010
      • 植物病害抵抗性のリン酸化プロテオーム解析
        中神 弘史; 野村 有子; 大井 信明; 持田 恵一; 杉山 直幸; 冨田 勝; 石濱 泰; 白須 賢
        日本プロテオーム学会大会要旨集, 2010
      • プロテオミクスが解き明かす情報伝達ネットワーク リン酸化プロテオーム解析による分子標的薬評価
        杉山直幸; 石濱泰
        実験医学, 01 Oct. 2009
      • リン酸化プロテオミクスを用いたキナーゼ基質の大規模解析
        杉山直幸; 今村春菜; 横田耕一; 冨田勝; 石濱泰
        生化学, 25 Sep. 2009
      • イネとシロイヌナズナにおける比較リン酸化プロテオミクス
        中神弘史; 杉山直幸; ARSALAN Daudi; 石濱泰; 白須賢
        生化学, 25 Sep. 2009
      • 大規模データマイニングからみえるリン酸化プロテオームの全貌
        谷内江望; 斎藤輪太郎; 杉山直幸; 菅原潤一; 冨田勝; 石濱泰
        生化学, 25 Sep. 2009
      • Macroscopic Relationships between Protein Phosphorylation and Physical Interaction
        YACHIE NOZOMU; SAITO RINTARO; SUGIYAMA NAOYUKI; TOMITA MASARU; ISHIHAMA YASUSHI
        生物物理, 20 Sep. 2009
      • リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達解析の新展開 大規模データマイニングからみえるリン酸化プロテオーム全貌
        谷内江 望; 斎藤 輪太郎; 杉山 直幸; 菅原 潤一; 冨田 勝; 石濱 泰
        日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Sep. 2009
      • シロイヌナズナおよびイネにおけるリン酸化部位の大規模解析(リン酸化プロテオミクス)
        中神弘史; 杉山直幸; 持田恵一; DAUDI Arsalan; 冨田勝; 石濱泰; 白須賢
        日本植物生理学会年会要旨集, 16 Mar. 2009
      • Screening of proteins for interaction with ladder-shaped polyethers by polymer-supported ligand
        氏原悟; 毛利良太; 此木敬一; 松森信明; 大石徹; 村田道雄; 杉山直幸; 石濱泰; 冨田勝
        日本化学会講演予稿集, 13 Mar. 2009
      • Selective Elution of Singly and Multiply Phosphopeptides in Aliphatic Hydroxy Acid-Modified Metal Oxide Chromatography (HAMMOC)
        京野完; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2009
      • Quantitative phosphoproteomics of signaling networks in breast cancer cells by dual labeling SILAC
        今見考志; 杉山直幸; 京野完; 冨田勝; 石濱泰; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2009
      • Phosphorylation Site Determination Using Combination of Site-Determining Ions in MS/MS Spectra for Phosphoproteomics
        杉山直幸; 大沼澄子; 塚原麻伊; 冨田勝; 石濱泰
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2009
      • Large-scale comparative phosphoproteomics in plants
        中神弘史; 杉山直幸; 持田恵一; DAUDI Arsalan; 冨田勝; 石濱泰; 白須賢
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2009
      • ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィーにおける多重リン酸化ペプチドの選択的溶出法の検討
        京野完; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 2009
      • 定量的リン酸化プロテオミクスを用いたラパチニブのin vivo薬効評価
        今見考志; 杉山直幸; 京野完; 冨田勝; 石濱泰
        日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009
      • ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィー(HAMMOC法)による高性能リン酸化プロテオミクスの確立
        京野完; 杉山直幸; 五十嵐康行; 冨田勝; 石濱泰
        日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009
      • リン酸プロテオミクスから得られるタンパク質リン酸化情報のネットワーク解析
        阿久澤毅史; 杉山直幸; 今見考志; 冨田勝; 石濱泰; 今村春菜
        日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009
      • 定量的リン酸化プロテオーム解析による分子標的薬評価
        杉山直幸; 京野完; 今見考志; 阿久澤毅史; 大沼澄子; 塚原麻伊; 冨田勝; 石濱泰
        日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009
      • Macroscopic relationships between protein phosphorylation and physical interaction
        YACHIE NOZOMU; SAITO RINTARO; SUGIYAMA NAOYUKI; TOMITA MASARU; ISHIHAMA YASUSHI
        日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009
      • リン酸化プロテオーム解析によるキナーゼ阻害薬評価法の開発
        杉山直幸; 京野完; 今見孝志; 大沼澄子; 塚原麻衣; 冨田勝; 石濱泰
        生化学, Nov. 2008
      • Phosphorylation Profiling of Molecular-Targeting Drug-Treated Cancer Cells by High Performance Phosphoproteomics
        ISHIHAMA Yasushi; ISHIHAMA Yasushi; SUGIYAMA Naoyuki; SUGIYAMA Naoyuki; KYONO Yutaka; KYONO Yutaka; IMAMI Koshi; MASUDA Takeshi; TOMITA Masaru; TOMITA Masaru
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2008
      • Extended coverage of phosphoproteome by hydroxy acid-modified metal oxide chromatography (HAMMOC) in coupled with de-phosphorylation chemistry
        KYONO Yutaka; KYONO Yutaka; SUGIYAMA Naoyuki; SUGIYAMA Naoyuki; TOMITA Masaru; TOMITA Masaru; ISHIHAMA Yasushi; ISHIHAMA Yasushi
        日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2008
      • マルチオミクスによる大腸菌の遺伝・環境変化に対する応答解析
        石井伸佳; 中東憲治; 馬場知哉; ROBERT Martin; 曽我朋義; 金井昭夫; 平沢敬; 那波幹; 平井健太; HOQUE Aminul; HO Pei Yee; 嘉数勇二; 菅原香織; 五十嵐沙織; 原田諭; 増田豪; 杉山直幸; 柚木克之; 荒川和晴; 岩田那由太; 戸谷吉博; 中山洋一; 西岡孝明; 清水和幸; 森浩禎; 冨田勝
        生化学, 2008
      • ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィーの選択的連続溶出法を用いたリン酸化プロテオミクス
        京野完; 杉山直幸; 今見考志; 冨田勝; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 2008
      • ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィーと脱リン酸化誘導体化法を用いた高性能リン酸化プロテオミクス
        京野完; 杉山直幸; 冨田勝; 石濱泰
        生化学, 2008
      • 乳癌細胞におけるエストロゲン誘導シグナル伝達ネットワークのリン酸化プロテオーム解析
        今見考志; 杉山直幸; 京野完; 冨田勝; 石濱泰
        生化学, 2008
      • 修飾チタニアを用いた乳癌細胞のシグナル伝達ダイナミクスのリン酸化プロテオーム解析
        今見考志; 杉山直幸; 京野完; 冨田勝; 石濱泰
        キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 14 Nov. 2007
      • 修飾チタニアを用いたリン酸化ペプチド濃縮法の開発と乳癌細胞におけるシグナル伝達ダイナミクスのプロテオーム解析
        今見考志; 杉山直幸; 京野完; 冨田勝; 石濱泰
        生化学, Nov. 2007
      • Automated Phosphoproteome Analysis for Cancer Cells by Two-Dimensional NanoLC-MS/MS with Calcined Titania
        今見考志; 杉山直幸; 京野完; 冨田勝; 石濱泰
        Chromatography, 31 Oct. 2007
      • 翻訳後修飾プロテオーム解析のためのリン酸化ペプチド濃縮法の開発
        京野完; 杉山直幸; 今見考志; 大沼澄子; 冨田勝; 石濱泰
        バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 01 Jul. 2007
      • ヒドロキシ酸修飾チタニアを用いたリン酸化ペプチド濃縮法における選択性とチタニアの物性の相関
        京野完; 杉山直幸; 大沼澄子; 宮崎将太; 古野正浩; 富田勝; 石濱泰
        質量分析総合討論会講演要旨集, 01 May 2007
      • 大腸菌代謝ネットワークのmulti‐omics解析
        石井伸佳; 中東憲治; 馬場知哉; ROBERT Martin; 曽我朋義; 金井昭夫; 平沢敬; 那波幹; 平井健太; HOQUE Aminul; HO Pei Yee; 嘉数勇二; 菅原香織; 五十嵐沙織; 原田諭; 増田豪; 杉山直幸; 富樫貴; 長谷川美紀; 高井幸; 柚木克之; 柚木克之; 荒川和晴; 岩田那由太; 戸谷吉博; 中山洋一
        高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第6回連携研究会 理研シンポジウム 平成19年, 2007
      • 網羅的ハイスループット解析による大腸菌の遺伝的・環境的変動への応答の観測
        石井伸佳; 中東憲治; 馬場知哉; ROBERT Martin; 曽我朋義; 金井昭夫; 平沢敬; 那波幹; 平井健太; HOQUE Aminul; HO Pei Yee; 嘉数勇二; 菅原香織; 五十嵐沙織; 原田諭; 増田豪; 杉山直幸; 柚木克之; 荒川和晴; 岩田那由太; 戸谷吉博; 中山洋一; 西岡孝明; 清水和幸
        生化学, 2007
      • 酸化金属クロマトグラフィーと超高精度オービトラップ質量分析計を用いたリン酸化プロテオーム解析
        杉山直幸; 大沼澄子; 増田豪; 篠田幸作; 中村明宏; 冨田勝; 石濱泰
        キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集, 12 Nov. 2006
      • Effect of aliphatic hydroxycarboxylic acids on phosphopeptide enrichment using metal oxide-packed microtips
        N. Sugiyama; S. Ohnuma; Y. Igarashi; T. Masuda; M. Tomita; Y. Ishihama
        MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Oct. 2006
      • Comparison of protein abundance estimation methods in single samples
        K. Shinoda; T. Masuda; N. Sugiyama; M. Tomita; Y. Ishihama
        MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, Oct. 2006
      • 大腸菌ダイナミックモデル構築に向けての代謝スナップショットの網羅的収集
        石井伸佳; 馬場知哉; 曽我朋義; 金井昭夫; 中東憲治; 富樫貴; 平沢敬; 那波幹; 平井健太; HOQUE Aminul; 嘉数勇二; 菅原香織; 五十嵐沙織; 原田諭; 増田豪; 杉山直幸; ROBERT Martin; 柚木克之; 荒川和晴; 岩田那由太; 戸谷吉博; 中山洋一; 萩谷聡子; 吉野昌孝; 西岡孝明; 清水和幸; 森浩禎; 冨田勝
        日本分子生物学会年会講演要旨集, 25 Nov. 2005
      • 5 Okadaic Acid-Binding Proteins from the Sponge Halichondria Okadai : a Clue to the Molecular Mechanisms of Self-Resistance
        Sugiyama Naoyuki; Fukatsu Katsushi; Konoki Keiichi; Murata Michio; Tachibana Kazuo
        Symposium on the Chemistry of Natural Products, symposium papers, 2000

      Presentations

      • Large-Scale Discovery of In Vitro Substrates of Human Kinome Using Phosphoproteomics
        Naoyuki Sugiyama; Yuki Yoshikawa; Haruna Imamura; Yasushi Ishihama
        MBSJ2020 Online, 03 Dec. 2020
      • In Vitro Human Kinome Profiling Using Phosphoproteomic Approaches
        N. Sugiyama; H. Imamura; Y. Ishihama
        The 68th Annual Conference on Mass Spectrometry, 11 May 2020
      • In Vitro Profiling of Ser/Thr/Tyr Selectivity of Human Protein Kinome
        Naoyuki Sugiyama; Kazutaka Yachigo; Masato Tsuyuguchi; Takayoshi Kinoshita; Yasushi Ishihama
        18th Human Proteome Organization World Congress, 18 Sep. 2019
      • 人工基質ペプチドを用いたキノーム活性プロファイリング
        杉山直幸; 中園純菜; 八児一隆; 坂本大; CHANG Hsin‐Yi; 石濱泰
        第67回質量分析総合討論会, May 2019
      • 細菌叢の高深度メタプロテオーム解析
        杉山直幸
        Meta-Omics Workshop in Kyoto 2019, 2019
      • Phosphorylation Network Analysis Based on Kinome Profiling
        SUGIYAMA Naoyuki
        Mass Spectrometry and Proteomics 2018, 18 May 2018
      • Human Kinome Profiling using Phosphoproteomic Approaches
        Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama
        KBMSS2018, 03 Feb. 2018, Invited
      • Direct Profiling of Kinome Activities Using Kinase-Specific Substrate Peptides
        Naoyuki Sugiyama; Dai Sakamoto; Junna Nakazono; Kazutaka Yachigo; Hsin-Yi Chang; Yasushi Ishihama
        25th International Symposium on Electro- and Liquid Phase-Separation Techniques(ITP2018), 2018
      • Phosphoproteome and Kinome Profiling Using NanoLC-MS/MS
        Naoyuki Sugiyama
        2nd International BMS Symposium 2018, 2018
      • プロテオーム解析
        杉山直幸
        第1回トランスオミクス若手合宿, 2018
      • プロテオミクスを用いたキナーゼ収斂型シグナルネットワーク解析
        杉山直幸; 石濱 泰
        質量分析フォーラム2017, 19 Jul. 2017, Invited
      • リン酸化プロテオーム解析技術を用いたキノームプロファイリング
        杉山 直幸; 石濱 泰
        第77回分析化学討論会, 2017, Invited
      • Profiling Kinome Activities Using Kinase-Specific Substrate Peptides
        Naoyuki Sugiyama; Dai Sakamoto; Haruna Imamura; Pasrawin Taechawattananant; Natsumi Ishikawa; Masaki Wakabayashi; Yasushi Ishihama
        HUPO2016, 2016
      • ヒトキノームの基質特異性および活性プロファイリング
        杉山直幸; 坂本 大; 今村春菜; Pasrawin Taechawattananant; 石川奈津美; 若林真樹; 石濱 泰
        第29回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2016
      • データベース構築とキナーゼ基質予測を用いた大規模発現/翻訳語修飾プロテオーム解析
        杉山直幸; 三宅里美; 坂本 大; Pasrawin Taechawattananant; 若林真樹; 石濱 泰
        ヒトプロテオーム学会2016年大会, 2016
      • リン酸化プロテオミクスによるキナーゼ活性評価
        杉山 直幸
        第64回質量分析総合討論会, 2016, Invited
      • 高選択的基質ペプチドを用いたヒトキノーム活性測定
        杉山直幸; 坂本 大; 今村春菜; Pasrawin Taechawattananant; 若林真樹; 石濱 泰
        日本プロテオーム学会2015年大会, 2015
      • キノームプロファイリングによる細胞内シグナル伝達の解析
        杉山 直幸
        平成27年度第7回談話会, 2015
      • プロテオミクスによる細胞内リン酸化ネットワーク解析
        杉山 直幸
        ERATO村田脂質活性構造プロジェクト意見交換会, 2015, Invited
      • リン酸化プロテオミクスを用いたキノームプロファイリング
        杉山 直幸
        Japan Spotfire Users Group Meeting 2015, 2015, Invited
      • 大規模プロテオミクスのための解析ワークフローと統合データベース (jPOST)
        杉山 直幸
        生命医薬情報学連合大会2015 年大会, 2015, Invited
      • リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達解析
        杉山直幸; 石濱 泰
        第54回日本植物生理学会大会, 2013, Invited
      • 大規模リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達ネットワーク解析
        杉山直幸; 石濱 泰
        第13回日本蛋白質科学会年会, 2013, Invited

      Books and Other Publications

      • 遺伝子医学MOOK 「ナノバイオ技術と最新創薬応用研究」
        若林真樹; 杉山直幸; 石濱 泰, Joint work, リン酸化プロテオミクスを用いた分子標的薬プロファイリング遺伝子医学
        メディカルドゥ, 2012, Not refereed
      • 細胞工学別冊「明日を拓く新次元プロテオミクス」
        京野 完; 杉山直幸; 石濱 泰, Joint work, 翻訳後修飾プロテオミクスの最前線
        秀潤社, 2009, Not refereed
      • 蛋白質核酸酵素「植物におけるシグナル研究の新展開」
        中神弘史; 杉山直幸; 石濱泰, Joint work, 植物リン酸化プロテオーム解析の最前線
        共立出版, 2009, Not refereed
      • 実験医学「プロテオミクスが解き明かす情報伝達ネットワーク」
        杉山直幸; 石濱 泰, Joint work, リン酸化プロテオーム解析による分子標的薬評価
        羊土社, 2009, Not refereed
      • Pharma VISION NEWS
        石濱 泰; 杉山直幸, Joint work, シグナル伝達プロテオームの最前線
        2008, Not refereed

      Industrial Property Rights

      • キナーゼ基質
        石濱 泰; 杉山 直幸; 坂本 大
      • エチレングリコール及び界面活性剤を含む溶液を用いた細胞分画法
        増田 豪; 杉山直幸
      • 特許4584767, タンパク質のプロテオーム定量分析方法及び装置
        増田 豪; 篠田幸作; 曽我朋義; 冨田 勝; 杉山直幸
      • オカダ酸に結合する新規タンパク質、およびその遺伝子

      Awards

      • 27 Feb. 2010
        日本プロテオーム学会, 日本プロテオーム学会 奨励賞

      External funds: others

      • キノームの活性プロファイル法と制御技術の開発
        先端計測分析技術・機器開発プログラム
        From 01 Sep. 2013, To 31 Mar. 2017
        石濱 泰
      • システム薬理学を基盤とする腫瘍血管指向性糖鎖修飾DDSの開発
        次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム
        From 01 Sep. 2014, To 31 Mar. 2016
        橋田 充
      list
        Last Updated :2022/05/13

        Education

        Teaching subject(s)

        • From Apr. 2013, To Mar. 2014
          Analytical Chemistry 3 (Spectroscopy)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2013, To Mar. 2014
          Medicinal Physical Chemistry Exercise 2
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2013, To Mar. 2014
          Pharmaceutical Laboratory 1 : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2013, To Mar. 2014
          Introduction to Basic Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2013, To Mar. 2014
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2013, To Mar. 2014
          Advanced Basic Physical Chemistry II
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2013, To Mar. 2014
          Seminar in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2013, To Mar. 2014
          Research in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2013, To Mar. 2014
          Laboratory Practice in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2013, To Mar. 2014
          Physical Sciences for Drug Discovery
          Spring, 全学共通科目
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Physical Chemistry 4 (Biophysical Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Analytical Chemistry 3 (Spectroscopy)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Medicinal Physical Chemistry Exercise 2
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Pharmaceutical Laboratory 1 : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Introduction to Basic Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Advanced Basic Physical Chemistry I
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Seminar in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Seminar in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Research in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Research in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Laboratory Practice in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Laboratory Practice in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          Physical Sciences for Drug Discovery
          Spring, 全学共通科目
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Analytical Chemistry 3 (Spectroscopy)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Medicinal Physical Chemistry Exercise 2
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Introduction to Basic Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Advanced Basic Physical Chemistry II
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Laboratory Practice in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Laboratory Practice in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Research in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Research in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Seminar in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Seminar in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Physical Chemistry 4 (Biophysical Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          Pharmaceutical Laboratory 1 : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Analytical Chemistry 3 (Spectroscopy)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Medicinal Physical Chemistry Exercise 2
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Introduction to Basic Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Advanced Basic Physical Chemistry I
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Laboratory Practice in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Research in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Seminar in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Fundamental Chemical Experiments
          Spring, 全学共通科目
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Physical Chemistry 4 (Biophysical Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Pharmaceutical Laboratory 1 : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          ILAS Seminar
          Spring, 全学共通科目
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Analytical Chemistry 3 (Spectroscopy)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Medicinal Physical Chemistry Exercise 2
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Introduction to Physical Chemistry for Drug Discovery
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Fall, 薬学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Advanced Basic Physical Chemistry II
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Laboratory Practice in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Research in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Seminar in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Physical Chemistry 4 (Biophysical Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Pharmaceutical Laboratory 1 : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Analytical Chemistry 3 (Spectroscopy)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Medicinal Physical Chemistry Exercise 2
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Introduction to Physical Chemistry for Drug Discovery
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Fall, 薬学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Advanced Basic Physical Chemistry I
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Laboratory Practice in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Research in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Seminar in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Physical Chemistry 4 (Biophysical Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Pharmaceutical Laboratory 1 : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Analytical Chemistry III (Instrumental Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Analytical Chemistry 3 (Spectroscopy)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Medicinal Physical Chemistry Exercise 2
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Introduction to Physical Chemistry for Drug Discovery
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Medicinal Physical Chemistry Seminar
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Fall, 薬学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Advanced Basic Physical Chemistry II
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Laboratory Practice in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Research in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Seminar in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Physical Chemistry IV (Biophysical Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Physical Chemistry 4 (Biophysical Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Pharmaceutical Laboratory 1 : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Analytical Chemistry III (Instrumental Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Analytical Chemistry 3 (Spectroscopy)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Medicinal Physical Chemistry Exercise 2
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Introduction to Physical Chemistry for Drug Discovery
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Medicinal Physical Chemistry Seminar
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Fall, 薬学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Advanced Basic Physical Chemistry I
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Laboratory Practice in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Research in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Seminar in Basic Biosurface Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Fundamental Chemical Experiments
          Fall, 全学共通科目
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Physical Chemistry IV (Biophysical Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Physical Chemistry 4 (Biophysical Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Basic Laboratory Techniques in Pharmaceutical Sciences
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Pharmaceutical Laboratory I : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Pharmaceutical Laboratory 1 : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Analytical Chemistry III (Instrumental Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Analytical Chemistry 3 (Spectroscopy)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Introduction to Physical Chemistry for Drug Discovery
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Basic Laboratory Techniques in Physical Chemistry
          Fall, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Advanced Basic Physical Chemistry II
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Laboratory Practice in Molecular and Cellular Bioanalysis
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Research in Molecular and Cellular Bioanalysis
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Seminar in Molecular and Cellular Bioanalysis
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Physical Chemistry IV (Biophysical Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Physical Chemistry 4 (Biophysical Chemistry)
          Fall, 薬学部
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Basic Laboratory Techniques in Pharmaceutical Sciences
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Pharmaceutical Laboratory I : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Pharmaceutical Laboratory 1 : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        list
          Last Updated :2022/05/13

          Administration

          School management (title, position)

          • From 01 May 2016, To 31 Mar. 2019
            国際高等教育院 企画評価専門委員会 物理学部会 委員
          • From 01 Apr. 2019, To 31 Mar. 2020
            国際高等教育院 企画評価専門委員会 物理学部会 委員
          • From 01 Apr. 2020, To 31 Mar. 2021
            国際高等教育院 企画評価専門委員会 物理学部会 委員
          • From 01 Apr. 2021, To 31 Mar. 2022
            国際高等教育院 企画評価専門委員会 物理学部会 委員

          Faculty management (title, position)

          • From 01 Apr. 2013, To 31 Mar. 2015
            情報システム委員会 委員
          • From 01 Apr. 2017
            環境・安全衛生委員会委員
          • From 01 Apr. 2017
            情報システム委員会委員
          • From 01 Apr. 2021, To 31 Mar. 2022
            情報セキュリティ委員会 委員
          • From 01 Apr. 2018, To 31 Mar. 2022
            図書委員会 委員

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