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Dongqing Pan

Graduate School of Pharmaceutical Sciences, Division of Pharmaceutical Sciences Assistant Professor

Dongqing Pan
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    Last Updated :2022/05/13

    Basic Information

    Faculty

    • 薬学部

    Professional Memberships

    • 日本薬学会
    • 日本生化学会

    Academic Degree

    • Master of Science(Nagoya University)
    • PhD, Pharmaceutical Sciences(Kyoto University)

    Academic Resume (Graduate Schools)

    • Nagoya Univeristy, Graduate School of Science, 修了
    • Kyoto University, Graduate School of Pharmaceutical Sciences, 修了

    Academic Resume (Undergraduate School/Majors)

    • Nagoya University, School of Science, 卒業

    Research History

    • From Sep. 2019, To Present
      京都大学大学院薬学研究科, 構造生物薬学分野, 助教
    • From Apr. 2014, To Sep. 2019
      Max-Planck Institute of Molecular Physiology, Department of Mechanistic Cell Biology, Postdoctral fellow
    • From Apr. 2013, To Mar. 2014
      京都大学大学院薬学研究科, 構造生物薬学分野, 特定研究員

    ID,URL

    researchmap URL

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      Last Updated :2022/05/13

      Research

      Research Topics, Overview of the research

      • Research Topics

        The mechanism of protein import into peroxisome, an essential and common organelle in eukaryote cells.

      Research Interests

      • 晶構造解析、細胞小器官、ペルオキシソーム、キネトコア、化学架橋質量分析 biochemistry, structural biology, protein complex, membrane protein, X-ray crystallography, organelle, peroxisome, kinetochore, cross-linking mass spectrometry

      Research Areas

      • Life sciences, Structural biochemistry

      Papers

      • Crystal structure of CmABCB1 multi-drug exporter in lipidic mesophase revealed by LCP-SFX
        Dongqing Pan; Ryo Oyama; Tomomi Sato; Takanori Nakane; Ryo Mizunuma; Keita Matsuoka; Yasumasa Joti; Kensuke Tono; Eriko Nango; So Iwata; Toru Nakatsu; Hiroaki Kato
        IUCrJ, 01 Jan. 2022, Peer-reviewed, Lead author
      • Targeted substrate loop insertion by VCP/p97 during PP1 complex disassembly
        Johannes van den Boom; Anja F. Kueck; Bojana Kravic; Helen Müschenborn; Maike Giesing; Dongqing Pan; Farnusch Kaschani; Markus Kaiser; Andrea Musacchio; Hemmo Meyer
        Nature Structural & Molecular Biology, 25 Nov. 2021, Peer-reviewed
      • Assembly principles and stoichiometry of a complete human kinetochore module
        Kai Walstein; Arsen Petrovic; Dongqing Pan; Birte Hagemeier; Dorothee Vogt; Ingrid R. Vetter; Andrea Musacchio
        Science Advances, Jun. 2021, Peer-reviewed
      • Biochemical and functional characterization of a meiosis-specific Pch2/ORC AAA+ assembly
        María Ascensión Villar-Fernández; Richard Cardoso da Silva; Magdalena Firlej; Dongqing Pan; Elisabeth Weir; Annika Sarembe; Vivek B Raina; Tanja Bange; John R Weir; Gerben Vader
        Life Science Alliance, Nov. 2020, Peer-reviewed
      • Human Condensin I and II Drive Extensive ATP-Dependent Compaction of Nucleosome-Bound DNA.
        Muwen Kong; Erin E Cutts; Dongqing Pan; Fabienne Beuron; Thangavelu Kaliyappan; Chaoyou Xue; Edward P Morris; Andrea Musacchio; Alessandro Vannini; Eric C Greene
        Molecular cell, 02 Jul. 2020, Peer-reviewed
      • Mechanism of centromere recruitment of the CENP-A chaperone HJURP and its implications for centromere licensing
        Dongqing Pan; Kai Walstein; Annika Take; David Bier; Nadine Kaiser; Andrea Musacchio
        Nature Communications, Dec. 2019, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author
      • Simplified Protocol for Cross-linking Mass Spectrometry Using the MS-Cleavable Cross-linker DSBU with Efficient Cross-link Identification.
        Pan D; Brockmeyer A; Mueller F; Musacchio A; Bange T
        Analytical chemistry, Aug. 2018, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author
      • Experimental phase determination with selenomethionine or mercury-derivatization in serial femtosecond crystallography
        Keitaro Yamashita; Naoyuki Kuwabara; Takanori Nakane; Tomohiro Murai; Eiichi Mizohata; Michihiro Sugahara; Dongqing Pan; Tetsuya Masuda; Mamoru Suzuki; Tomomi Sato; Atsushi Kodan; Tomohiro Yamaguchi; Eriko Nango; Tomoyuki Tanaka; Kensuke Tono; Yasumasa Joti; Takashi Kameshima; Takaki Hatsui; Makina Yabashi; Hiroshi Manya; Tamao Endo; Ryuichi Kato; Toshiya Senda; Hiroaki Kato; So Iwata; Hideo Ago; Masaki Yamamoto; Fumiaki Yumoto; Toru Nakatsu
        IUCRJ, Sep. 2017, Peer-reviewed
      • CDK-regulated dimerization of M18BP1 on a Mis 18 hexamer is necessary for CENP-A loading
        Dongqing Pan; Kerstin Klare; Arsen Petrovic; Annika Take; Kai Walstein; Priyanka Singh; Arnaud Rondelet; Alexander W. Bird; Andrea Musacchio
        ELIFE, Jan. 2017, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author
      • Insights from biochemical reconstitution into the architecture of human kinetochores
        John R. Weir; Alex C. Faesen; Kerstin Klare; Arsen Petrovic; Federica Basilico; Josef Fischboeck; Satyakrishna Pentakota; Jenny Keller; Marion E. Pesenti; Dongqing Pan; Doro Vogt; Sabine Wohlgemuth; Franz Herzog; Andrea Musacchio
        NATURE, Sep. 2016, Peer-reviewed
      • An isomorphous replacement method for efficient de novo phasing for serial femtosecond crystallography
        Keitaro Yamashita; Dongqing Pan; Tomohiko Okuda; Michihiro Sugahara; Atsushi Kodan; Tomohiro Yamaguchi; Tomohiro Murai; Keiko Gomi; Naoki Kajiyama; Eiichi Mizohata; Mamoru Suzuki; Eriko Nango; Kensuke Tono; Yasumasa Joti; Takashi Kameshima; Jaehyun Park; Changyong Song; Takaki Hatsui; Makina Yabashi; So Iwata; Hiroaki Kato; Hideo Ago; Masaki Yamamoto; Toru Nakatsu
        SCIENTIFIC REPORTS, Sep. 2015, Peer-reviewed
      • Grease matrix as a versatile carrier of proteins for serial crystallography
        Michihiro Sugahara; Eiichi Mizohata; Eriko Nango; Mamoru Suzuki; Tomoyuki Tanaka; Tetsuya Masudala; Rie Tanaka; Tatsuro Shimamura; Yoshiki Tanaka; Chiyo Suno; Kentaro Ihara; Dongqing Pan; Keisuke Kakinouchi; Shigeru Sugiyama; Michio Murata; Tsuyoshi Inoue; Kensuke Tono; Changyong Song; Jaehyun Park; Takashi Kameshima; Takaki Hatsui; Yasumasa Joti; Makina Yabashi; So Iwata
        NATURE METHODS, Jan. 2015, Peer-reviewed
      • Crystal structure of peroxisomal targeting signal-2 bound to its receptor complex Pex7p-Pex21p
        Dongqing Pan; Toru Nakatsu; Hiroaki Kato
        NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY, Aug. 2013, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author
      • Structures of the pleckstrin homology domain of Saccharomyces cerevisiae Avo1 and its human orthologue Sin1, an essential subunit of TOR complex 2
        Dongqing Pan; Yoshiyuki Matsuura
        ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, Apr. 2012, Peer-reviewed, Lead author

      Misc.

      • ペルオキシソームへのタンパク質輸送に関わる Pex1p:Pex6p:Pex15p複合体の再構成
        中村 優作; 加藤 博章; 潘 東青
        日本生化学会 第94回日本生化学会大会, Nov. 2021
      • ABC 多剤排出トランスポーター薬物複合体の X 線結晶構造解析
        水沼諒; 小田島圭; 三和空知; 潘東青; 瀧川紘; 中津亨; 高須清誠; 加藤博章
        第 42 回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム, Oct. 2021
      • 多剤排出トランスポーターCmABCB1と基質アナログの結晶構造解析
        水沼 諒; 小田島 圭; 三和 空知; 潘 東青; 瀧川 紘; 中津 亨; 高須 清誠; 加藤 博章
        日本薬学会第141年会(広島), Mar. 2021
      • 親和性標識によるP糖タンパク質CmABCB1の基質結合様式の同定
        小田島 圭; 潘 東青; 三和 空知; 水沼 諒; 瀧川 紘; 高須 清誠; 加藤 博章
        日本薬学会第141年会(広島), Mar. 2021
      • ナノディスクに挿入したP糖タンパク質CmABCB1のATPase活性に対する脂質成分の影響
        陳 月; 潘 東青; 加藤 博章
        日本薬学会第141年会(広島), Mar. 2021
      • Candida albicansの多剤排出型ABCトランスポーターCdr1pの精製と機能解析
        筒井 隼一; 陳 月; 中津 亨; 加藤 博章; 潘 東青
        日本薬学会第141年会(広島), Mar. 2021, Last author
      • ヒト CENP-A補填複合体の形成におけるHJURPとMis18複合体の相互作用機構
        潘 東青; Kai Walstein; Annika Take; David Bier; Nadine Kaiser; Andrea Musacchio
        第93回日本生化学会大会, Sep. 2020, Lead author
      • Dynamic process of CDK-regulated assembly of the CENP-A deposition machinery
        Dongqing Pan; Kerstin Klare、Arsen Petrovic、Annika Take; Kai Walstein; Priyanka Singh; Arnaud Rondelet、Alexander Bird; Andrea Musacchio
        2017年度生命科学系学会合同年次大会, Dec. 2017, Lead author
      • X線自由電子レーザーを用いた新規タンパク質の立体構造決定
        山下 恵太郎; 潘 東青; 奥田 智彦; 菅原 道泰; 小段 篤史; 山口 知宏; 村井 智洋; 溝端 栄一; 鈴木 守; 南後 恵理子; 登野 健介; 城地 保昌; 亀島 敬; 初井 宇記; 矢橋 牧名; 岩田 想; 加藤 博章; 吾郷 日出夫; 山本 雅貴; 中津 亨
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), Mar. 2016
      • シリアル結晶学における重原子誘導体を用いた位相決定
        山下恵太郎; 潘東青; 長谷川和也; 菅原道泰; 村井智洋; 小段篤史; 溝端栄一; 鈴木守; 鈴木守; 桝田哲哉; 桝田哲哉; 平田邦生; 加藤博章; 加藤博章; 吾郷日出夫; 熊坂崇; 山本雅貴; 中津亨; 中津亨
        日本結晶学会年会講演要旨集, Oct. 2015
      • De novo structure determination for serial femtosecond crystallography using heavy atom derivatives
        YAMASHITA Keitaro; PAN Dongqing; SUGAHARA Michihiro; AGO Hideo; YAMAMOTO Masaki; NAKATSU Toru; NAKATSU Toru
        生物物理(Web), 18 Aug. 2015
      • シリアルフェムト秒X線結晶構造解析のための試料調製方法
        田中智之; 菅原道泰; 山下鮎美; 小林淳; 田中里枝; 登野健介; 城地保昌; 亀島敬; PARK Jaehyun; SONG Changyong; 初井宇記; 矢橋牧名; 潘東青; 島村達郎; 溝端栄一; 岩田想; 南後恵理子
        日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 26 May 2015
      • X 線自由電子レーザーを用いたタンパク質 X 線結晶 構造解析
        潘東青; 中津亨; 山口知宏; 小段篤史; 小川和浩; 松嶌一樹; 山下恵太郎; 城地保昌; 登野健介; 矢橋牧名; 鈴木守; 南後恵理子; 岩田想; 加藤博章
        日本薬学会第135年会, 27 Mar. 2015
      • SACLAによるABCトランスポーターおよびホタル・ルシフェラーゼのX線結晶構造解析(第2報)
        潘東青; 中津亨; 山口知宏; 小段篤史; 小川和浩; 松嶌一樹; 山下恵太郎; 城地保昌; 登野健介; 矢橋牧名; 鈴木守; 南後恵理子; 岩田想; 加藤博章
        平成26年度日本結晶学会年会, 01 Nov. 2014
      • 創薬ターゲット蛋白質の迅速構造解析法の開発~SACLAにおけるシリアルフェムト秒X線結晶構造解析~
        南後恵理子; 鈴木守; 田中里枝; 登野健介; 城地保昌; 亀島敬; PARK Jaehyun; SONG Changyong; 初井宇記; 矢橋牧名; 潘東青; 小段篤史; 山口知宏; 中津亨; 加藤博章; 田中良樹; 寿野千代; 伊原健太郎; 豊田洋輔; 島村達郎; 溝端栄一; 北郷悠; 高木淳一; 石谷隆一郎; 濡木理; GALLAT Francois‐Xavier; 山田悠介; 松垣直宏; 湯本史明; CHAVAS Leonar; M. G; 岩田想
        日本結晶学会年会講演要旨集,2013,92, 2013
      • ペルオキシソーム局在化シグナルPTS2とPex7,Pex21の三者複合体の結晶構造
        PAN Dongqing; 中津亨; 加藤博章
        日本生化学会大会(Web),85th,3T05-03 (WEB ONLY), 2012

      External funds: Kakenhi

      • ペルオキシソームタンパク質取込機構におけるAAA-ATPase複合体の機能と構造
        Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
        Basic Section 43030:Functional biochemistry-related
        Kyoto University
        潘 東青
        From 01 Apr. 2020, To 31 Mar. 2022, Granted
        ペルオキシソーム;タンパク質輸送;AAA-ATPase
      • Structural basis for alternating access mechanism of ABC multi-drug pump in lipid membrane
        Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
        Basic Section 43040:Biophysics-related
        Kyoto University
        加藤 博章
        From 01 Apr. 2020, To 31 Mar. 2023, Granted
        トランスポーター;立体構造解析;多剤耐性;膜タンパク質;ATP;ATP
      • ペルオキシンリサイクル複合体の構造と制御機構の解明
        Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
        Basic Section 43030:Functional biochemistry-related
        Kyoto University
        潘 東青
        From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2025, Adopted
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        Last Updated :2022/05/13

        Education

        Teaching subject(s)

        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Fundamental Chemical Experiments
          Fall, 全学共通科目
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Pharmaceutical Laboratory I : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Pharmaceutical Laboratory 1 : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Advanced Basic Physical Chemistry II
          Spring, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Laboratory Practice in Basic Analytical Chemistry and Structural Biology
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Research in Basic Biophysical Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Seminar in Basic Biophysical Chemistry
          Year-long, 薬学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Pharmaceutical Laboratory I : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Pharmaceutical Laboratory 1 : Analytical and Physical Chemistry
          Spring, 薬学部

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