基本情報

協力講座

• 情報学研究科, 知能情報学専攻 生命システム情報学, 助教

所属学協会

• 情報処理学会
• 日本バイオインフォマティクス学会

学位

• 修士（情報学）(京都大学)
• 博士（情報学）(京都大学)

出身大学院・研究科等

• 京都大学, 大学院情報学研究科修士課程知能情報学専攻, Department of Intelligence Science and Technology, 修了
• 京都大学, 大学院情報学研究科博士後期課程知能情報学専攻, Department of Intelligence Science and Technology, 修了

出身学校・専攻等

• 同志社大学, 工学部インテリジェント情報工学科, 卒業

出身高等学校

• 出身高等学校

  学校法人ヴィアトール学園 洛星高等学校

経歴

• 自 2018年04月01日

  京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター, 助教
• 自 2016年04月01日

  京都大学 iPS細胞研究所, 特定研究員
• 自 2015年11月01日

  京都大学 iPS細胞研究所, 日本学術振興会 特別研究員 (PD)
• 自 2015年10月01日

  京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター, 日本学術振興会 特別研究員 (PD)
• 自 2014年04月01日

  京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター, 日本学術振興会 特別研究員 (DC2)
• 自 2013年04月01日

  同志社大学 文化情報学部, 実習助手

プロフィール

• プロフィール

  2015年京都大学大学院情報学研究科博士後期課程修了。情報学博士。京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター、京都大学iPS細胞研究所を経て、2018年より京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター助教（情報学研究科知能情報学専攻協力講座）。専門はバイオインフォマティクスに関連するアルゴリズム開発及び細胞のマルチオミックスデータ解析である。日本バイオインフォマティクス学会及び情報処理学会の会員。

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0003-3483-0056

• J-Global ID

  201801006323904398

• 外部リンク

  https://kdb.iimc.kyoto-u.ac.jp/profile_private/ja.22dad5ec779719b8.html

関連Webサイト

• http://rdb.kuicr.kyoto-u.ac.jp/researchers/view/tomoya+mori
• http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~tmori/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/7000023223

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  シングルセルオミクス解析，バイオインフォマティクス，グラフ理論に関するアルゴリズム開発、

• 研究概要

  空間オミクス解析アルゴリズム，細胞系譜推定および比較アルゴリズム，およびグラフ構造データに関するアルゴリズムの開発

研究キーワード

• 空間オミクス解析
• シングルセルオミクス解析
• 離散アルゴリズム
• バイオインフォマティクス

研究分野

• 情報通信, 生命、健康、医療情報学

論文

• On the complexity of tree edit distance with variables

  Tatsuya Akutsu; Tomoya Mori; Naotoshi Nakamura; Satoshi Kozawa; Yuhei Ueno; Thomas N Sato

  33rd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2022), 2022年12月, 査読有り

  
• Alignment of single-cell trajectory trees with CAPITAL

  Reiichi Sugihara; Yuki Kato; Tomoya Mori; Yukio Kawahara

  Nature Communications, 2022年10月14日, 査読有り

  
• Attractor detection and enumeration algorithms for Boolean networks

  Tomoya Mori; Tatsuya Akutsu

  Computational and Structural Biotechnology Journal, 2022年05月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Identification of periodic attractors in Boolean networks using a priori information

  Ulrike Münzner; Tomoya Mori; Marcus Krantz; Edda Klipp; Tatsuya Akutsu

  PLOS Computational Biology, 2022年01月, 査読有り

  
• Comparison of pseudoknotted RNA secondary structures by topological centroid identification and tree edit distance

  Feiqi Wang; Tatsuya Akutsu; Tomoya Mori

  Journal of Computational Biology, 2020年, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Novel computational model of gastrula morphogenesis to identify spatial discriminator genes by self-organizing map (SOM) clustering.

  Tomoya Mori; Haruka Takaoka; Junko Yamane; Cantas Alev; Wataru Fujibuchi

  Scientific reports, 2019年08月29日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Euler string-based compression of tree-structured data and its application to analysis of RNAs

  Liu L; Mori T; Zhao Y; Hayashida M; Akutsu T

  Current Bioinformatics, 2018年, 査読有り

  
• An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data

  Yuki Kato; Tomoya Mori; Kengo Sato; Shingo Maegawa; Hiroshi Hosokawa; Tatsuya Akutsu

  BIOINFORMATICS, 2017年01月, 査読有り

  
• Development of enhanced reduced representation bisulfite sequencing method for single-cell methylome analysis

  Yamane J; Mori T; Taniyama N; Kobayashi K; Fujibuchi W

  Genomics and Computational Biology, 2017年, 査読有り

  
• Development of 3D tissue reconstruction method from single-cell RNA-seq data

  Mori T; Yamane J; Kobayashi K; Taniyama N; Tano T; Fujibuchi W

  Genomics and Computational Biology, 2017年, 査読有り, 筆頭著者

  
• Exact Identification of the Structure of a Probabilistic Boolean Network from Samples

  Xiaoqing Cheng; Tomoya Mori; Yushan Qiu; Wai-Ki Ching; Tatsuya Akutsu

  IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2016年11月, 査読有り

  
• A likelihood-free filtering method via approximate Bayesian computation in evaluating biological simulation models

  Takanori Hasegawa; Atsushi Niida; Tomoya Mori; Teppei Shimamura; Rui Yamaguchi; Satoru Miyano; Tatsuya Akutsu; Seiya Imoto

  COMPUTATIONAL STATISTICS & DATA ANALYSIS, 2016年02月, 査読有り

  
• Similar Subtree Search Using Extended Tree Inclusion

  Tomoya Mori; Atsuhiro Takasu; Jesper Jansson; Jaewook Hwang; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu

  IEEE TRANSACTIONS ON KNOWLEDGE AND DATA ENGINEERING, 2015年12月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Stochastic simulation of Boolean rxncon models: towards quantitative analysis of large signaling networks

  Tomoya Mori; Max Flottmann; Marcus Krantz; Tatsuya Akutsu; Edda Klipp

  BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2015年08月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Genomic data assimilation using a higher moment filtering technique for restoration of gene regulatory networks

  Takanori Hasegawa; Tomoya Mori; Rui Yamaguchi; Teppei Shimamura; Satoru Miyano; Seiya Imoto; Tatsuya Akutsu

  BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2015年03月, 査読有り

  
• An Efficient Data Assimilation Schema for Restoration and Extension of Gene Regulatory Networks Using Time-Course Observation Data

  Takanori Hasegawa; Tomoya Mori; Rui Yamaguchi; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Tatsuya Akutsu

  JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2014年11月, 査読有り

  
• A Clique-Based Method Using Dynamic Programming for Computing Edit Distance Between Unordered Trees

  Tomoya Mori; Takeyuki Tamura; Daiji Fukagawa; Atsuhiro Takasu; Etsuji Tomita; Tatsuya Akutsu

  JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2012年10月, 査読有り, 筆頭著者

  

MISC

• 1細胞RNA-seqデータを用いた細胞状態遷移経路アラインメント法の開発

  杉原 礼一; 加藤 有己; 森 智弥; 河原 行郎

  RNA Frontier Meeting 2022, 2022年10月

  
• CAPITALによるシングルセルデータの疑似時系列比較解析

  加藤 有己; 杉原 礼一; 森 智弥; 河原 行郎

  第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月

  
• Alignment of complex single-cell trajectories with CAPITAL

  Yuki Kato; Reiichi Sugihara; Tomoya Mori; Yukio Kawahara

  28th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2020), 2020年07月

  
• 根付き順序木の圧縮における分割型文法とオイラー文字列との比較

  劉 立偉; 森 智弥; 趙 楊; 林田 守広; 阿久津 達也

  電子情報通信学会技術研究報告, 2015年

  
• Evaluating Effectiveness of Accessibility to Infer RNA-RNA Interactions

  Yuki Kato; Tomoya Mori; Kengo Sato; Shingo Maegawa; Hiroshi Hosokawa; Tatsuya Akutsu

  研究報告バイオ情報学（BIO）, 2013年09月12日

  
• An Improved Clique-Based Method for Computing Edit Distance between Rooted Unordered Trees

  Tomoya Mori; Takeyuki Tamura; Daiji Fukagawa; Atsuhiro Takasu; Etsuji Tomita; Tatsuya Akutsu

  情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学, 2011年09月06日

  
• An improved clique-based method for computing edit distance between unordered trees and its application to comparison of glycan structures

  Tatsuya Akutsu; Tomoya Mori; Takeyuki Tamura; Daiji Fukagawa; Atsuhiro Takasu; Etsuji Tomita

  Proceedings of the International Conference on Complex, Intelligent and Software Intensive Systems, CISIS 2011, 2011年, 査読有り

  

講演・口頭発表等

• Periodic attractor identification using a priori information in Boolean networks

  Tomoya Mori; Ulrike Münzner; Marcus Kranz; Edda Klipp; Tatsuya Akutsu

  International Conference On Intelligent Computing, 2022年08月09日

  
• 空間トランスクリプトームの自己組織化マップクラスタリングによる三次元組織インシリコ再構築

  森 智弥

  第３回幹細胞情報学研究イニシアチブ研究会, 2021年07月12日, 招待有り

  
• 分岐を考慮した時系列シングルセルデータのアラインメント

  杉原 礼一; 加藤 有己; 森 智弥; 河原 行郎

  第61回BIO研究発表会, 2020年03月12日

  
• 自己組織化マップによるマウス原腸胚構造 in silico 三次元再構築と空間識別遺伝子の同定

  森 智弥

  第42回 日本分子生物学会年会, 2019年12月03日

  
• Novel computational model of gastrula morphogenesis to identify spatial discriminator genes by self-organizing map (SOM) clustering

  Tomoya Mori

  Japan-Germany International Workshop 2019-1 The Human Cell Type Authentication Initiative, 2019年05月15日, 招待有り

  
• In silico 3D tissue reconstruction

  Tomoya Mori

  Japan-Germany International Workshop 2018-1 The Human Cell Type Authentication Initiative, 2018年04月

  
• Development of ab initio 3D reconstruction algorithm for mid-gastrula mouse embryo from transcriptome using kernel self-organizing map

  Tomoya Mori

  Single Cell Science Symposium “Technology Meets Biology”, 2017年07月

  
• Development of 3D tissue reconstruction method from single-cell RNA-seq data

  Tomoya Mori

  2nd Challenges in Computational Biology: Gene Expression Data Analysis, 2016年12月

  
• 無順序木間の編集距離計算のための動的計画法を用いたクリークに基づく手法

  森 智弥

  生命情報科学若手の会, 2014年10月

  
• A clique-based method using dynamic programming for unordered tree edit distance problem

  Tomoya Mori

  The 12th International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology,, 2012年07月

  
• An improved clique-based method for computing edit distance between rooted unordered trees

  Tomoya Mori

  情報処理学会バイオ情報学研究会, 2011年09月

  

書籍等出版物

• RNA Structure Prediction, Methods in Molecular Biology

  Feiqi Wang; Tatsuya Akutsu; Tomoya Mori, 分担執筆, Metrics for RNA Secondary Structure Comparison

  Humana, New York, 2023年01月

  京大の蔵書を調べる：

  
• 実験医学別冊 空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド

  森 智弥; 藤渕 航, 分担執筆, 遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析

  羊土社, 2022年12月

  京大の蔵書を調べる：

  
• 実験医学増刊34(17):再生医療と疾患解明の鍵となる組織幹細胞

  森 智弥; 藤渕 航, 分担執筆, 精密細胞分類に基づく幹細胞・分化細胞の評価

  羊土社, 2016年10月, 査読無し

  京大の蔵書を調べる：

  

産業財産権

• 特願PCT/JP2018/04 7908, 個々の細胞情報から細胞高次元情報を推定する装置・方法・プログラム

  藤渕航; 森智弥

  
• 特願2017-250042, 個々の細胞情報から組織高次元情報を推定する装置、方法、プログラム

  藤渕航; 森智弥

  

受賞

• 2011年

  情報処理学会 バイオ情報学研究会, バイオ情報学研究会 学生奨励賞
• 2013年

  情報処理学会, 情報処理学会 山下記念研究賞

教育

担当科目

• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生命情報学基礎論

  3159, 前期, 情報学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生命情報学特論

  3179, 後期, 情報学研究科, 2
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生命情報学特論

  後期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生命情報学基礎論

  前期, 情報学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生命情報学特論

  後期, 情報学研究科

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  化学研究所広報委員会 委員
• 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会 委員
• 自 2020年04月01日, 至 2021年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会委員
• 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日

  化学研究所情報システム技術委員会委員

学術・社会貢献

委員歴

• 自 2022年04月, 至 現在

  論文誌数理モデル化と応用編集委員会, 情報処理学会
• 自 2021年03月, 至 現在

  Review Editor, Frontiers in Genetics
• 自 2021年04月, 至 現在

  論文誌バイオ情報学編集委員会, 情報処理学会
• 自 2019年04月, 至 現在

  調査研究運営委員会 バイオ情報学研究運営委員, 情報処理学会