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本田 瑞季

ホンダ ミズキ

医学研究科 メディカルイノベーションセンター 特定助教

本田 瑞季
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    Last Updated :2022/08/06

    基本情報

    所属学協会

    • 自 2020年01月, 至 現在
      日本発生生物学会
    • 日本分子生物学会

    学位

    • 修士(医科学)(九州大学)
    • 博士(医学)(九州大学)

    経歴

    • 自 2020年10月, 至 現在
      国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)ACT-X 研究員(兼任)
    • 自 2020年04月, 至 現在
      京都大学大学院, 医学研究科 メディカルイノベーションセンター, 特定助教
    • 自 2018年10月, 至 2020年03月
      九州大学大学院, 医学研究院 発生再生医学分野, 助教
    • 自 2018年04月, 至 2018年09月
      九州大学大学院, 医学研究院 発生再生医学分野, 学術研究員

    プロフィール

    • プロフィール

      大学院時代は発生時期や領域で固有のふるまいを示す神経幹細胞分化制御機構を解明するため、シグナル伝達やエピジェネティックな制御を中心に研究に取り組んできた。しかし、「神経幹細胞はなぜ発生時期や領域で固有のふるまいをするのか?」という根本的な謎の解明には、空間情報に基づいたオミクス解析が必要であると感じた。そこで、学位取得後より発生遺伝学とエピゲノム情報解析を専門とする研究室へ異動し、脳の空間的な発現制御を解明するための空間オミクス法の開発に取り組み、 今に至る。


      ラボ HP はこちら→  https://oki-lab.jp/

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      Last Updated :2022/08/06

      研究

      研究キーワード

      • トランスクリプトミクス
      • 神経幹細胞
      • RNA-seq
      • ゲノミクス解析
      • シグナル伝達
      • 発生・分化
      • エピジェネティクス
      • 神経発生

      研究分野

      • ライフサイエンス, 神経科学一般
      • ライフサイエンス, 発生生物学
      • ライフサイエンス, システムゲノム科学
      • ライフサイエンス, 分子生物学

      論文

      • Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with mouse tissue sections
        Mizuki Honda, Ryuichi Kimura, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Kaori Tanaka, Yasuyuki Ohkawa, Shinya Oki
        STAR Protocols, 2022年04月, 査読有り, 筆頭著者
      • Neural stem/precursor cells dynamically change their epigenetic landscape to differentially respond to BMP signaling for fate switching during brain development
        Sayako Katada; Jun Takouda; Takumi Nakagawa; Mizuki Honda; Katsuhide Igarashi; Takuya Imamura; Yasuyuki Ohkawa; Shoko Sato; Hitoshi Kurumizaka; Kinichi Nakashima
        Genes & Development, 2021年11月01日, 査読有り
      • High-depth spatial transcriptome analysis by photo-isolation chemistry
        Mizuki Honda; Shinya Oki; Ryuichi Kimura; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Kaori Tanaka; Chikara Meno; Yasuyuki Ohkawa
        Nature Communications, 2021年07月, 査読有り, 筆頭著者
      • High resolution spatial transcriptome analysis by photo-isolation chemistry
        Mizuki Honda, Shinya Oki, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Kaori Tanaka, Chikara Meno, Yasuyuki Ohkawa
        bioRxiv, 2020年03月, 筆頭著者
      • PRMT1 regulates astrocytic differentiation of embryonic neural stem/precursor cells
        Mizuki Honda; Kinichi Nakashima; Sayako Katada
        JOURNAL OF NEUROCHEMISTRY, 2017年09月, 査読有り, 筆頭著者

      講演・口頭発表等

      • Photo-Isolation Chemistryによる高解像度かつ高深度空間トランスクリプトーム解析
        本田 瑞季
        名古屋市立大学 第14回IBSセミナー, 2021年12月16日, 招待有り
      • 光照射した領域に限定した 高深度空間トランスクリプトーム法の開発
        本田 瑞季
        第64回日本神経化学会大会 公募シンポジウム【最先端技術をつかって神経系細胞の生涯を理解する】, 2021年10月01日, 招待有り
      • 光照射した領域に限定した高深度空間トランスクリプトーム法の開発
        本田 瑞季
        早稲田大学講演会(オンライン), 2021年02月19日, 招待有り
      • Photo-Isolation Chemistryによる高解像度の空間的トランスクリプトーム技術
        本田 瑞季; 木村 龍一; 原田 哲仁; 前原 一満; 田中 かおり; 大川 恭行; 沖 真弥
        第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月04日, 招待有り
      • High resolution spatial transcriptomics method focusing on photo-isolation chemistry
        CSHL Meeting: Systems Biology-Global Regulation of Gene Expression, 2020年03月14日
      • High resolution spatial RNA-seq method focusing on photo-irradiated region
        Mizuki Honda
        Lecture, Yonsei University, 2019年10月24日, 招待有り
      • High resolution spatial transcriptomics method by photo-isolation chemistry
        Mizuki Honda
        EMBL Multiomics Symposium_2019, Flash talk and Poster, 2019年09月11日
      • 公共のChIP-seqデータをフル活用できるChIP-Atlas
        本田 瑞季
        弟41回日本分子生物学会年会, 2018年11月28日
      • 胎生期の神経幹細胞における発生時期依存的なBMP応答性変化の分子機構
        本田 瑞季
        応用幹細胞医科学部門リトリート, 2017年06月09日
      • エピジェネティクスによる神経幹細胞の分化制御
        本田 瑞季
        新学術領域研究「生殖細胞のエピゲノムダイナミクスとその制御」, 2016年07月27日
      • 胎生期マウス神経幹細胞におけるアルギニンメチル基転移酵素PRMT1の 機能解析
        本田 瑞季
        生化学若い研究者の会 九州支部セミナー, 2014年05月03日, 招待有り

      書籍等出版物

      • Photo-Isolation Chemistry:光照射による高解像度かつ高感度なトランスクリプトーム技術
        本田 瑞季; 沖 真弥
        実験医学 39(14), 2021年09月
      • 局所的かつ高深度の空間トランスクリプトーム技術 – Photo-Isolation Chemistry
        沖 真弥; 本田 瑞季, 実験医学別冊 最強のステップU Pシリーズ エピゲノムをもっと見るためのクロマチン解析実践プロトコール
        実験医学別冊「クロマチン解析プロトコール」, 2020年12月
      • Human Neural Stem Cells (From Generation to Differentiation and Application)
        Mizuki Honda; Kinichi Nakashima; Sayako Katada, 分担執筆, Human neural stem cells: from generation through differentiation to application
        Springer, 2018年, 査読無し
      • アレルギー・免疫
        本田 瑞季; 堅田明子; 中島欽一, 分担執筆, エピジェネティクスの基礎(エピジェネティクスを制御する分子機構)
        医薬ジャーナル社, 2014年12月, 査読無し

      外部資金:科学研究費補助金

      • 関心領域に限定可能なRNA-seq法の開発
        挑戦的研究(萌芽)
        中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
        京都大学;九州大学
        本田 瑞季
        自 2019年06月28日, 至 2021年03月31日, 完了
        RNA-seq;光学技術;トランスクリプトーム;ゲノム解析技術;光工学技術
      • 加齢に伴う神経幹細胞の機能低下と認知症発症機序の解明
        若手研究
        小区分48040:医化学関連
        京都大学
        本田 瑞季
        自 2022年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付
        神経幹細胞;神経新生;認知機能;加齢

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