基本情報

学位

• 博士（農学）(岡山大学)
• 修士（農学）(岡山大学)

出身大学院・研究科等

• 岡山大学, 大学院環境生命科学研究科博士前期課程生物生産科学専攻, 修了
• 岡山大学, 大学院環境生命科学研究科博士後期課程農生命科学専攻, 修了

出身学校・専攻等

• 岡山大学, 農学部総合農業科学科, 卒業

経歴

• 自 2022年08月, 至 現在

  京都大学 医生物学研究所, 助教
• 自 2022年08月, 至 現在

  京都大学 大学院生命科学研究科, 助教
• 自 2021年06月, 至 2022年07月

  京都大学 ウイルス・再生医科学研究所（2022年4月,医生物学研究所に改称）, 特定助教
• 自 2019年04月, 至 2021年06月

  日本学術振興会, 海外特別研究員
• 自 2016年12月, 至 2021年06月

  Duke University School of Medicine, Department of Cell Biology, Tata Lab, 博士研究員
• 自 2016年10月, 至 2016年11月

  日本学術振興会, 特別研究員 (PD, DC1 より切替)
• 自 2014年04月, 至 2016年09月

  日本学術振興会, 特別研究員 (DC1)

プロフィール

• プロフィール

  岡山大にてウシ卵管機能調節機構の解明をテーマとして学位を取得いたしました。2016年12月よりDuke University・Purushothama Rao Tata Lab (North Carolina, USA) において、博士研究員として呼吸器（肺および気管）の幹細胞に関する研究を遂行し、Stem Cell Biology ならびに NGS 解析の知識と技術を得ました。大学院時ならびに博士研究員時のバックグラウンドを活かし、2021年6月より京都大学ウイルス・再生医科学研究所 (2022年4月、医生物学研究所に改称）・組織恒常性システム分野において、組織再生・リモデリングにおける細胞間・臓器間連携メカニズムや、疾患・組織修復時に認められる性差のメカニズムなどについて研究を遂行しております。共同研究のお誘い等お問い合わせはこちらのメールアドレスにどうぞ: kobayashi.yoshihiko.2p at kyoto-u.ac.jp

使用言語

• 日本語
• 英語

ID,URL

• J-Global ID

  201801003278786819

researchmap URL

• https://researchmap.jp/yoshi_kobayashi

研究

研究キーワード

• 肺
• 組織再生
• Mint-ChIP
• Single-cell ATAC-seq
• Single-cell RNA-seq
• 卵管
• 呼吸器
• 組織幹細胞

研究分野

• ライフサイエンス, 実験動物学
• ライフサイエンス, 動物生理化学、生理学、行動学
• ライフサイエンス, 応用分子細胞生物学
• ライフサイエンス, 分子生物学
• ライフサイエンス, 皮膚科学
• ライフサイエンス, 呼吸器内科学

論文

• Sex differences in resilience to ferroptosis underlie sexual dimorphism in kidney injury and repair

  Ide S*; Ide K*; Abe K*; Kobayashi Y; Kitai H; McKey J; Strausser SA; O’Brien LL; Tata A; Tata PR; Souma T. *Contributed equally.

  Cell Reports, 2022年11月, 査読有り

  
• Coupled myovascular expansion directs cardiac growth and regeneration

  DeBenedittis P; Karpurapu A; Henry A; Thomas MC; McCord TJ; Brezitski K; Prasad A; Baker CE; Kobayashi Y; Shah SH; Kontos CD; Tata PR; Lumbers RT; Karra R

  Development, 2022年09月15日, 査読有り

  
• Multi-apical polarity of alveolar stem cells and their dynamics during lung development and regeneration

  Konkimalla A; Konishi S; Kobayashi Y; Murthy PKL; Macadlo L; Mukherjee A; Elmore Z; Kim S; Pendergast AM; Lee PJ; Asokan A; Knudsen L; Bravo-Cordero JJ; Tata A; Tata PR

  iScience, 2022年09月, 査読有り

  
• Lung Stem Cells in Development, Health and Disease - Epithelial stem cells at the intersection of tissue regeneration and pulmonary fibrosis

  Plate M; Kobayashi Y; Chambers RC; Tata PR

  European Respiratory Society Publications (ERS Monograph), 2021年04月, 査読有り, 招待有り

  
• Human distal lung maps and lineage hierarchies reveal a bipotent progenitor

  Murthy PKL*, Sontake V*, Tata A, Kobayashi Y, Macadlo L, Okuda K, Conchola AS, Nakano S, Gregory S, Miller LA, Spence JR, Engelhardt JF, Boucher RC, Rock JR, Randell SH, Tata PR, *Contributed equally.

  Nature, 2022年04月07日, 査読有り

  
• Single-cell meta-analysis of SARS-CoV-2 entry genes across tissues and demographics.

  Muus C*; Luecken MD*; Eraslan G*; Sikkema L*; Waghray A*; Heimberg G*; Kobayashi Y*; Vaishnav ED*; Subramanian A*; Smilie C*; Jagadeesh KA*; Duong ET*; Fiskin E*; Triglia ET*; Ansari M*; Cai P*; Lin B*; Buchanan J*; Chen S*; Shu J*; Haber AL*; Chung H*; Montoro DT*; Adams TS; Aliee H; Allon SJ; Andrusivova Z; Angelidis I; Ashenberg O; Bassler K; Becavin C; Benhar I; Bergenstrahle J; Bergenstrahle L; Bolt L; Braun E; Bui LT; Callori S; Chaffin M; Chichelnitskiy E; Chiou J; Conlon TM; Cuoco MS; Cuomo ASE; Deprez M; Duclos G; Finem D; Fischer DS; Ghazanfar S; Gillich A; Giotti B; Gould J; Guo M; Gutierrez AJ; Habermann AC; Harvey T, He P; Hou X; Hu L; Hu Y; Jaiswal A; Ji L; Jiang P; Kapellos TS; Kuo CS; Larsson L; Leney-Greene MA; Lim K; Litvinukova M; Ludwig LS; Lukassen S; Luo W; Maatz H; Madissoon E; Mamanova L; Manakongtreecheep K; Marquette CH; Mayr CH; Mbano IM; McAdams AM; Nabhan AN; Nyquist SK; Penland L; Poirion OB; Poli S; Qi C; Queen R; Reichart D; Rosas I; Schupp JC; Shea CV; Shi X; Sinha R; Sit RV; Slowikowski K; Slyper M; Smith NP; Sountoulidis A; Strunz M; Sullivan TB; Sun D; Talavera-Lopez C; Tan P; Tantivit J; Travaglini KJ; Tucker NR; Vernon K; Wadsworth MH; Waldman J; Wang X; Yan W; Zhao W; Ziegler CGK; The NHLBI LungMAP; Consortium; The Human Cell; Atlas Lung Biological Network. *Contributed equally.

  Nature Medicine, 2021年03月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Ferroptotic stress promotes the accumulation of pro-inflammatory proximal tubular cells in maladaptive renal repair.

  Ide S*, Kobayashi Y*, Ide K, Strausser SA, Abe K, Herbek S, O’Brien LL, Crowley SD, Barisoni L, Tata A, Tata PR, Souma T. *Contributed equally.

  eLife, 2021年07月19日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Human lung stem cell-based alveolospheres provide insights into SARS-CoV-2 mediated interferon responses and pneumocyte dysfunction

  Katsura H*; Sontake V*; Tata A*; Kobayashi Y*; Edwards CE*; Heaton BE; Konkimalla A; Asakura T; Mikami Y; Fritch EJ; Lee PJ; Heaton NS; Boucher RC; Randell SH; Baric RS; Tata PR. *Contributed equally.

  Cell Stem Cell, 2020年10月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Persistence of a regeneration-associated, transitional alveolar epithelial cell state in pulmonary fibrosis

  Kobayashi Y; Tata A; Konkimalla A; Katsura H; Lee RF; Ou J; Banovich NE; Kropski JA; Tata PR

  Nature Cell Biology, 2020年07月13日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Myoepithelial Cells of Submucosal Glands Can Function as Reserve Stem Cells to Regenerate Airways after Injury.

  Tata A; Kobayashi Y; Chow RD; Tran J; Desai A; Massri AJ; McCord TJ; Gunn MD; Tata PR

  Cell Stem Cell, 2018年05月, 査読有り

  
• Niche-mediated BMP/SMAD signaling regulates lung alveolar stem cell proliferation and differentiation

  Chung M; Bujnis M; Barkauskas CE; Kobayashi Y; Hogan BLM

  Development, 2018年05月01日, 査読有り

  
• Pulmonary Neuroendocrine Cells: Sensors and Sentinels of the Lung.

  Kobayashi Y; Tata PR

  Developmental Cell, 2018年05月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Remodeling of bovine oviductal epithelium by mitosis of secretory cells

  Ito S; Kobayashi Y; Yamamoto Y; Kimura K; Okuda K

  Cell and Tissue Research, 2016年11月, 査読有り

  
• Regulation of bovine oviductal NO synthesis by follicular steroids and prostaglandins

  Kobayashi Y; Yamamoto Y; Kageyama S; Hirayama H; Kimura K; Okuda K

  Reproduction, 2016年06月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Roles of EDNs in regulating oviductal NO synthesis and smooth muscle motility in cows

  Kobayashi Y; Yoshimoto Y; Yamamoto Y; Kimura K; Okuda K

  Reproduction, 2016年06月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Summer heat stress affects prostaglandin synthesis in the bovine oviduct

  Kobayashi Y; Wakamiya K; Kohka M; Yamamoto Y; Okuda K

  Reproduction, 2013年08月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Identification of distinct non-myogenic skeletal-muscle-resident mesenchymal cell populations.

  Leinorth AP; Mirando AJ; Rouse D; Kobayashi Y; Tata PR; Rueckert HE; Liao Y; Long JT; Chakkalakal JV; Hilton MJ

  Cell Reports, 2022年05月10日, 査読有り

  
• Epigenetic basis of oncogenic-Kras-mediated epithelial-cellular proliferation and plasticity

  Murthy PKL; Xi R; Arguijo D; Everitt JI; Kocak DD; Kobayashi Y; Bozec A; Vicent A; Ding S; Crawford GE; Hsu D; Tata PR; Reddy T; Shen X

  Developmental Cell, 2022年02月, 査読有り

  
• Chromatin Remodeling of Colorectal Cancer Liver Metastasis is Mediated by an HGF-PU.1-DPP4 Axis.

  Wang L; Wang E; Balcazar JP; Wu Z; Xiang K; Wang Y; Huang Q; Negrete M; Chen K; Li W; Fu Y; Dohlman A; Mines R; Zhang L; Kobayashi Y; Chen T; Shi G; Shen JP; Kopetz S; Tata PR; Moreno V; Gersbach C; Crawford G; Hsu D; Huang E; Bu P; Shen X

  Advanced Science, 2021年08月10日, 査読有り

  
• Secretory Cells Dominate Airway CFTR Expression and Function in Human Airway Superficial Epithelia

  Okuda K; Dang H*; Kobayashi Y*; Carraro G*; Nakano S; Chen G; Kato T; Asakura T; Gilmore RC; Morton LC; Lee RE; Mascenik T; Yin W; Cardenas SMB; O’Neal YK; Minnick CE; Chua M; Quinney NL; Gentzsch M; Anderson CW; Ghio A; Matsui H; Nagase T; Ostrowski LE; Grubb BR; Olsen JC; Randell SH; Stripp BR; Tata PR; O'Neal WK; Boucher RC. *Contributed equally.

  American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, 2020年12月15日, 査読有り

  
• A versatile oblique plane microscope for large-scale and high-resolution imaging of subcellular dynamics

  Sapoznik E; Chang B; Huh J; Ju RJ; Azarova EV; Pohlkamp T; Welf ES; Broadbent D; Carisey AF; Stehbens SJ; Lee K; Marín A; Hanker AB; Schmidt JC; Arteaga CL; Yang B; Kobayashi Y; Tata PR; Kruithoff R; Doubrovinski K; Shepherd DP; Millett-Sikking A; York AG; Dean KM; Fiolka RP

  eLife, 2020年11月12日, 査読有り

  
• Yolk-sac-derived macrophages progressively expand in the mouse kidney with age

  Ide S; Yahara Y; Kobayashi Y; Strausser SA; Ide K; Watwe A; Xu-Vanpala S; Privratsky JR; Crowley SD; Shinohara ML; Alman BA; Souma T

  eLife, 2020年04月17日, 査読有り

  
• Essential role for InSyn1 in dystroglycan complex integrity and cognitive behaviors in mice.

  Uezu A; Hisey E; Kobayashi Y; Gao Y; Bradshaw TW; Devlin P; Rodriguiz R; Tata PR; Soderling S

  eLife, 2019年12月, 査読有り

  
• IL-1 and TNFα Contribute to the Inflammatory Niche to Enhance Alveolar Regeneration.

  Katsura H; Kobayashi Y; Tata PR; Hogan BLM

  Stem Cell Reports, 2019年04月, 査読有り

  
• Acute stimulation of a smooth muscle constrictor by oestradiol-17β via GPER1 in bovine oviducts

  Nishie T; Kobayashi Y; Kimura K; Okuda K

  Reproduction in Domestic Animals, 2018年, 査読有り

  
• Adrenomedullin regulates the speed of oviductal fluid flow in cattle

  Yoshimoto Y; Nishie T; Ito S; Kobayashi Y; Yamamoto Y; Okuda K; Kimura K

  Molecular Reproduction and Development, 2017年08月, 査読有り

  
• Local effect of lysophosphatidic acid on prostaglandin production in the bovine oviduct

  Yoshimoto Y; Kobayashi Y; Woclawek-Potocka I; Sinderewicz E; Yamamoto Y; Kimura K; Okuda K

  Reproduction, Fertility and Development, 2017年04月, 査読有り

  
• Endothelin as a local regulating factor in the bovine oviduct

  Yamamoto Y; Kohka M; Kobayashi Y; Woclawek-Potocka I; Okuda K

  Reproduction, Fertility and Development, 2016年, 査読有り

  
• Purified Culture Systems for Bovine Oviductal Stromal Cells

  Yamamoto Y; Kobayashi Y; Okuda K

  Journal of Reproduction and Development, 2014年02月, 査読有り

  

講演・口頭発表等

• 肺胞組織修復過程に一過性に出現する上皮細胞状態と、肺胞線維化との関係性

  小林 芳彦

  第22回日本再生医療学会総会, シンポジウム「呼吸器の幹細胞・オルガノイド研究の現状と再生医療の実現に向けて」, 2023年03月23日, 招待有り

  
• 肺胞組織修復過程に出現する一過性の上皮細胞状態

  日本肺サーファクタント・界面医学会第58回学術研究会, シンポジウム「肺構成細胞からみた肺環境の恒常性と再生修復」, 2022年09月24日, 招待有り

  
• Reservoir of tissue-resident stem cells for regeneration of airway epithelium

  Yoshihiko Kobayashi; Aleksandra Tata; Purushothama Rao Tata

  第19回幹細胞シンポジウム, 2022年05月28日

  
• 組織修復時に一過性に認められる上皮細胞種と、慢性呼吸器疾患におけるその蓄積

  小林芳彦

  第62回日本呼吸器学会学術講演会, シンポジウム「肺の微小環境と疾患病態」, 2022年04月23日, 招待有り

  
• Accumulation of regeneration-specific transitional cell state in pulmonary fibrosis

  Kobayashi Y; Tata A; Tata PR

  Online Trial Meeting 2020, the Japansese Society of Developmental Biologists, 2020年09月25日

  
• Accumulation of regeneration-specific transitional cell state in pulmonary fibrosis

  Kobayashi Y; Tata A; Tata PR

  53rd Annual Meeting of the Japansese Society of Developmental Biologists, 2020年05月

  
• Dynamic uni- and multi-potent progenitors contribute to airway glandular tissue regeneration.

  Kobayashi Y; Tata, PR

  Cold Spring Harbor Laboratory Meeting – Stem Cell Biology, 2019年09月18日

  
• 基底膜下 stem-like cells による卵管上皮組織リモデリング

  小林 芳彦; 伊藤 さやか; 木村 康二; 奥田 潔

  第109回日本繁殖生物学会大会, 2016年09月

  
• A system for remodeling the oviductal epithelium by stem-like cells

  Kobayashi Y; Yamamoto Y; Kimura K; Okuda K

  75th Annual Meeting of Society for Developmental Biology, 2016年08月06日

  
• Regulation of nitric oxide synthesis and spontaneous waves of contraction and relaxation

  Kobayashi Y; Yoshimoto Y; Yamamoto Y; Kimura K; Okuda K

  International Conference on Biology and Pathology of Reproduction in Domestic Animals, 2015年09月28日

  
• Interaction between nitric oxide and endothelin-1 in the bovine oviduct

  Kobayashi Y; Yamamoto Y; Okuda K

  9th International Ruminant Reproduction Symposium, 2014年08月26日

  
• Effects of ovarian steroid hormones and prostaglandins on nitric oxide synthesis in the bovine oviduct.

  Kobayashi Y; Yamamoto Y; Kageyama S; Hirayama H; Okuda K

  47th Annual Meeting of Society for the Study of Reproduction, 2014年07月19日

  
• 卵管におけるエンドセリンと一酸化窒素の相互調節

  小林 芳彦; 山本 ゆき; 奥田 潔

  第18回日本生殖内分泌学会学術集会, 2013年12月

  
• ウシ卵管における性ステロイドによる一酸化窒素の合成制御

  小林 芳彦; 幸岡 美紗; 山本 ゆき; 奥田 潔

  第106回日本繁殖生物学会大会, 2013年09月

  
• Prostaglandins regulate the production of nitric oxide by cultured bovine oviductal epithelial and stromal cells

  Kobayashi Y; Yamamoto Y; Okuda K

  46th Annual Meeting of Society for the Study of Reproduction, 2013年07月25日

  
• 卵管における一酸化窒素の合成制御メカニズム

  小林 芳彦; 山本 ゆき; 奥田 潔

  おかやまバイオアクティブ研究会第43回シンポジウム, 2013年06月

  
• ウシ卵管における性ステロイドによる一酸化窒素の合成制御

  小林 芳彦; 幸岡 美紗; 山本 ゆき; 奥田 潔

  日本畜産学会第116回大会, 2013年03月

  
• 卵管における一酸化窒素産生の局所的調節機構

  小林 芳彦; 奥田 潔

  第17回日本生殖内分泌学会学術集会, 2012年12月

  
• ウシ卵管における一酸化窒素産生の局所的調節機構

  小林 芳彦; 奥田 潔

  第105回日本繁殖生物学会大会, 2012年09月

  
• Effect of elevated temperatures on prostaglandin synthesis in bovine oviductal epithelial cells.

  Kobayashi Y; Wakamiya K; Sakumoto R; Okuda K

  2012年08月15日

  
• ウシ卵管における一酸化窒素産生に及ぼす prostaglandin E2 の影響

  小林 芳彦; 作本 亮介; 奥田 潔

  日本畜産学会第115回大会, 2012年03月

  
• ウシ卵管上皮細胞における prostaglandin 合成に及ぼす培養温度の影響

  小林 芳彦; 若宮 香理; 作本 亮介; Acosta Tomas J; 高橋 昌志; 奥田 潔

  第104回日本繁殖生物学会大会, 2011年09月

  

書籍等出版物

• 実験医学 - Lab Report ラボ立ち上げ期の新米PIのもとで - 理系大学院修了後の選択の一例

  小林芳彦

  羊土社, 2021年10月

  
• Lung Stem Cells in Development, Health and Disease - Epithelial stem cells at the intersection of tissue regeneration and pulmonary fibrosis

  Manuela Plate; Yoshihiko Kobayashi; Rachel Clare Chambers; Purushothama Rao Tata

  European Respiratory Society Publications, 2021年04月

  
• 実験医学 - Current topics 肺胞再生において一過性に出現する上皮細胞と、肺線維症におけるその蓄積

  小林芳彦, 単著

  羊土社, 2020年12月

  

産業財産権

• 特願2022-519551, Lung fibrosis model and methods of using the same.

  Tata PR; Tata A; Konkimalla A; Kobayashi Y

  

外部資金：科学研究費補助金

• 卵巣ステロイドホルモンによる非生殖器官の組織リモデリングメカニズム

  若手研究

  小区分42030:動物生命科学関連

  京都大学

  小林 芳彦

  自 2022年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付

  皮膚;妊娠;女性ホルモン;組織リモデリング

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15023/