基本情報

学位

• 修士（農学）(東京大学)
• 博士（農学）(東京大学)

ID,URL

• J-Global ID

  201401027363573944

researchmap URL

• https://researchmap.jp/7000009120

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  膜タンパク質の構造生物学

• 研究概要

  タンパク質は、生体の多様な機能を支える重要な働きを担っている。このようなタンパク質の機能を理解するには、タンパク質の立体構造情報が必須である。私は、膜タンパク質を主な研究対象とし、その立体構造を解明するとともに、タンパク質の構造変化や、タンパク質を標的とする化合物の探索、相互作用の解明などを目指した研究を行っている。

論文

• Time-resolved serial femtosecond crystallography reveals early structural changes in channelrhodopsin.

  Kazumasa Oda; Takashi Nomura; Takanori Nakane; Keitaro Yamashita; Keiichi Inoue; Shota Ito; Johannes Vierock; Kunio Hirata; Andrés D Maturana; Kota Katayama; Tatsuya Ikuta; Itsuki Ishigami; Tamaki Izume; Rie Umeda; Ryuun Eguma; Satomi Oishi; Go Kasuya; Takafumi Kato; Tsukasa Kusakizako; Wataru Shihoya; Hiroto Shimada; Tomoyuki Takatsuji; Mizuki Takemoto; Reiya Taniguchi; Atsuhiro Tomita; Ryoki Nakamura; Masahiro Fukuda; Hirotake Miyauchi; Yongchan Lee; Eriko Nango; Rie Tanaka; Tomoyuki Tanaka; Michihiro Sugahara; Tetsunari Kimura; Tatsuro Shimamura; Takaaki Fujiwara; Yasuaki Yamanaka; Shigeki Owada; Yasumasa Joti; Kensuke Tono; Ryuichiro Ishitani; Shigehiko Hayashi; Hideki Kandori; Peter Hegemann; So Iwata; Minoru Kubo; Tomohiro Nishizawa; Osamu Nureki

  eLife, 2021年03月23日, 査読有り

  
• S1PR3-G12-biased agonist ALESIA targets cancer metabolism and promotes glucose starvation.

  Masayasu Toyomoto; Asuka Inoue; Kei Iida; Masatsugu Denawa; Isao Kii; Francois Marie Ngako Kadji; Takayuki Kishi; Dohyun Im; Tatsuro Shimamura; Hiroshi Onogi; Suguru Yoshida; So Iwata; Junken Aoki; Takamitsu Hosoya; Masatoshi Hagiwara

  Cell chemical biology, 2021年02月02日, 査読有り

  
• Structure of the dopamine D2 receptor in complex with the antipsychotic drug spiperone.

  Dohyun Im; Asuka Inoue; Takaaki Fujiwara; Takanori Nakane; Yasuaki Yamanaka; Tomoko Uemura; Chihiro Mori; Yuki Shiimura; Kanako Terakado Kimura; Hidetsugu Asada; Norimichi Nomura; Tomoyuki Tanaka; Ayumi Yamashita; Eriko Nango; Kensuke Tono; Francois Marie Ngako Kadji; Junken Aoki; So Iwata; Tatsuro Shimamura

  Nature communications, 2020年12月22日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• The Crystal Structure of Angiotensin II Type 2 Receptor with Endogenous Peptide Hormone

  Hidetsugu Asada; Asuka Inoue; Francois Marie Ngako Kadji; Kunio Hirata; Yuki Shiimura; Dohyun Im; Tatsuro Shimamura; Norimichi Nomura; Hiroko Iwanari; Takao Hamakubo; Osamu Kusano-Arai; Hiromi Hisano; Tomoko Uemura; Chiyo Suno; Junken Aoki; So Iwata

  Structure, 2019年12月, 査読有り

  
• Structural basis for the substrate recognition of aminoglycoside 7′′-phosphotransferase-Ia from Streptomyces hygroscopicus

  Mihoko Takenoya; Tatsuro Shimamura; Ryuji Yamanaka; Yuya Adachi; Shinsaku Ito; Yasuyuki Sasaki; Akira Nakamura; Shunsuke Yajima

  Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications, 2019年09月01日, 査読有り

  
• Structures of the 5-HT 2A receptor in complex with the antipsychotics risperidone and zotepine

  Kanako Terakado Kimura; Hidetsugu Asada; Asuka Inoue; Francois Marie Ngako Kadji; Dohyun Im; Chihiro Mori; Takatoshi Arakawa; Kunio Hirata; Yayoi Nomura; Norimichi Nomura; Junken Aoki; So Iwata; Tatsuro Shimamura

  Nature Structural and Molecular Biology, 2019年02月01日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• High-viscosity sample-injection device for serial femtosecond crystallography at atmospheric pressure

  Shimazu Y; Tono K; Tanaka T; Yamanaka Y; Nakane T; Mori C; Terakado Kimura K; Fujiwara T; Sugahara M; Tanaka R; Doak RB; Shimamura T; Iwata S; Nango E; Yabashi M

  J. Appl. Cryst., 2019年, 査読有り

  
• Crystal structure of the human angiotensin II type 2 receptor bound to an angiotensin II analog.

  Asada H; Horita S; Hirata K; Shiroishi M; Shiimura Y; Iwanari H; Hamakubo T; Shimamura T; Nomura N; Kusano-Arai O; Uemura T; Suno C; Kobayashi T; Iwata S

  Nature structural & molecular biology, 2018年07月, 査読有り

  
• Crystal Structures of Human Orexin 2 Receptor Bound to the Subtype-Selective Antagonist EMPA.

  Ryoji Suno; Kanako Terakado Kimura; Takanori Nakane; Keitaro Yamashita; Junmei Wang; Takaaki Fujiwara; Yasuaki Yamanaka; Dohyun Im; Shoichiro Horita; Hirokazu Tsujimoto; Maki S Tawaramoto; Takatsugu Hirokawa; Eriko Nango; Kensuke Tono; Takashi Kameshima; Takaki Hatsui; Yasumasa Joti; Makina Yabashi; Keiko Shimamoto; Masaki Yamamoto; Daniel M Rosenbaum; So Iwata; Tatsuro Shimamura; Takuya Kobayashi

  Structure (London, England : 1993), 2018年01月02日, 査読有り, 責任著者

  
• A three-dimensional movie of structural changes in bacteriorhodopsin

  Eriko Nango; Antoine Royant; Minoru Kubo; Takanori Nakane; Cecilia Wickstrand; Tetsunari Kimura; Tomoyuki Tanaka; Kensuke Tono; Changyong Song; Rie Tanaka; Toshi Arima; Ayumi Yamashita; Jun Kobayashi; Toshiaki Hosaka; Eiichi Mizohata; Przemyslaw Nogly; Michihiro Sugahara; Daewoong Nam; Takashi Nomura; Tatsuro Shimamura; Dohyun Im; Takaaki Fujiwara; Yasuaki Yamanaka; Byeonghyun Jeon; Tomohiro Nishizawa; Kazumasa Oda; Masahiro Fukuda; Rebecka Andersson; Petra Bath; Robert Dods; Jan Davidsson; Shigeru Matsuoka; Satoshi Kawatake; Michio Murata; Osamu Nureki; Shigeki Owada; Takashi Kameshima; Takaki Hatsui; Yasumasa Joti; Gebhard Schertler; Makina Yabashi; Ana-Nicoleta Bondar; Jorg Standfuss; Richard Neutze; So Iwata

  SCIENCE, 2016年12月, 査読有り

  
• Membrane protein structure determination by SAD, SIR, or SIRAS phasing in serial femtosecond crystallography using an iododetergent

  Takanori Nakane; Shinya Hanashima; Mamoru Suzuki; Haruka Saiki; Taichi Hayashi; Keisuke Kakinouchi; Shigeru Sugiyama; Satoshi Kawatake; Shigeru Matsuoka; Nobuaki Matsumori; Eriko Nango; Jun Kobayashi; Tatsuro Shimamura; Kanako Kimura; Chihiro Mori; Naoki Kunishima; Michihiro Sugahara; Yoko Takakyu; Shigeyuki Inoue; Tetsuya Masuda; Toshiaki Hosaka; Kensuke Tono; Yasumasa Joti; Takashi Kameshima; Takaki Hatsui; Makina Yabashi; Tsuyoshi Inoue; Osamu Nureki; So Iwata; Michio Murata; Eiichi Mizohata

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2016年11月, 査読有り

  
• High-resolution crystal structure of the therapeutic antibody pembrolizumab bound to the human PD-1

  Shoichiro Horita; Yayoi Nomura; Yumi Sato; Tatsuro Shimamura; So Iwata; Norimichi Nomura

  SCIENTIFIC REPORTS, 2016年10月, 査読有り

  
• Haem-dependent dimerization of PGRMC1/Sigma-2 receptor facilitates cancer proliferation and chemoresistance

  Yasuaki Kabe; Takanori Nakane; Ikko Koike; Tatsuya Yamamoto; Yuki Sugiura; Erisa Harada; Kenji Sugase; Tatsuro Shimamura; Mitsuyo Ohmura; Kazumi Muraoka; Ayumi Yamamoto; Takeshi Uchida; So Iwata; Yuki Yamaguchi; Elena Krayukhina; Masanori Noda; Hiroshi Handa; Koichiro Ishimori; Susumu Uchiyama; Takuya Kobayashi; Makoto Suematsu

  NATURE COMMUNICATIONS, 2016年03月, 査読有り

  
• Structure and Mechanism of the Mammalian Fructose Transporter GLUT5

  Gregory Verdon; Norimichi Nomura; Hae Joo Kang; Tatsuro Shimamura; Yayoi Nomura; Saba Abdul Hussien; Aziz Abdul Qureshi; Mathieu Coincon; Yumi Sato; Yoshiko Nakada-Nakura; Takeshi Murata; Takuya Kobayashi; Michihiro Kasahara; So Iwata; David Drew

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2016年02月, 査読有り

  
• 5B35: Serial Femtosecond Crystallography (SFX) of Ground State Bacteriorhodopsin Crystallized from Bicelles Determined Using 7-keV X-ray Free Electron Laser (XFEL) at SACLA

  Nakane T; Hanashima S; Suzuki M; Saiki H; Hayashi T; Kakinouchi K; Sugiyama S; Kawatake S; Matsuoka S; Matsumori N; Nango E; Kobayashi J; Shimamura T; Kimura K; Mori C; Kunishima N; Sugahara M; Takakyu Y; Inoue S; Masuda T; Hosaka T; Tono K; Joti Y; Kameshima T; Hatsui T; Yabashi M; Inoue T; Nureki O; Iwata S; Murata M; Mizohata E

  Worldwide Protein Data Bank, 2016年, 査読有り

  
• Native sulfur/chlorine SAD phasing for serial femtosecond crystallography

  Takanori Nakane; Changyong Song; Mamoru Suzuki; Eriko Nango; Jun Kobayashi; Tetsuya Masuda; Shigeyuki Inoue; Eiichi Mizohata; Toru Nakatsu; Tomoyuki Tanaka; Rie Tanaka; Tatsuro Shimamura; Kensuke Tono; Yasumasa Joti; Takashi Kameshima; Takaki Hatsui; Makina Yabashi; Osamu Nureki; So Iwata; Michihiro Sugahara

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2015年12月, 査読有り

  
• Structure and mechanism of the mammalian fructose transporter GLUT5

  Norimichi Nomura; Gregory Verdon; Hae Joo Kang; Tatsuro Shimamura; Yayoi Nomura; Yo Sonoda; Saba Abdul Hussien; Aziz Abdul Qureshi; Mathieu Coincon; Yumi Sato; Hitomi Abe; Yoshiko Nakada-Nakura; Tomoya Hino; Takatoshi Arakawa; Osamu Kusano-Arai; Hiroko Iwanari; Takeshi Murata; Takuya Kobayashi; Takao Hamakubo; Michihiro Kasahara; So Iwata; David Drew

  NATURE, 2015年10月, 査読有り

  
• Diverse application platform for hard X-ray diffraction in SACLA (DAPHNIS): application to serial protein crystallography using an X-ray free-electron laser

  Kensuke Tono; Eriko Nango; Michihiro Sugahara; Changyong Song; Jaehyun Park; Tomoyuki Tanaka; Rie Tanaka; Yasumasa Joti; Takashi Kameshima; Shun Ono; Takaki Hatsui; Eiichi Mizohata; Mamoru Suzuki; Tatsuro Shimamura; Yoshiki Tanaka; So Iwata; Makina Yabashi

  JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION, 2015年05月, 査読有り

  
• Native sulfur/chlorine SAD phasing for serial femtosecond crystallography

  Takanori Nakane; Changyong Song; Mamoru Suzuki; Eriko Nango; Jun Kobayashi; Tetsuya Masuda; Shigeyuki Inoue; Eiichi Mizohata; Toru Nakatsu; Tomoyuki Tanaka; Rie Tanaka; Tatsuro Shimamura; Kensuke Tono; Yasumasa Joti; Takashi Kameshima; Takaki Hatsui; Makina Yabashi; Osamu Nureki; So Iwata; Michihiro Sugahara

  Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, 2015年, 査読有り

  
• Grease matrix as a versatile carrier of proteins for serial crystallography

  Michihiro Sugahara; Eiichi Mizohata; Eriko Nango; Mamoru Suzuki; Tomoyuki Tanaka; Tetsuya Masudala; Rie Tanaka; Tatsuro Shimamura; Yoshiki Tanaka; Chiyo Suno; Kentaro Ihara; Dongqing Pan; Keisuke Kakinouchi; Shigeru Sugiyama; Michio Murata; Tsuyoshi Inoue; Kensuke Tono; Changyong Song; Jaehyun Park; Takashi Kameshima; Takaki Hatsui; Yasumasa Joti; Makina Yabashi; So Iwata

  NATURE METHODS, 2015年01月, 査読有り

  
• Proteoliposome-based Selection of a Recombinant Antibody Fragment Against the Human M2 Muscarinic Acetylcholine Receptor

  Suharni; Yayoi Nomura; Takatoshi Arakawa; Tomoya Hino; Hitomi Abe; Yoshiko Nakada-Nakura; Yumi Sato; Hiroko Iwanari; Mitsunori Shiroishi; Hidetsugu Asada; Tatsuro Shimamura; Takeshi Murata; Takuya Kobayashi; Takao Hamakubo; So Iwata; Norimichi Nomura

  Monoclonal Antibodies in Immunodiagnosis and Immunotherapy, 2014年12月, 査読有り

  
• Crystal Structure of a Symmetric Football-Shaped GroEL:GroES2-ATP14 Complex Determined at 3.8Å Reveals Rearrangement between Two GroEL Rings.

  Koike-Takeshita A; Arakawa T; Taguchi H; Shimamura T

  Journal of molecular biology, 2014年10月, 査読有り, 責任著者

  
• [X-ray structure of histamine H1 receptor].

  Shimamura T

  Nihon yakurigaku zasshi. Folia pharmacologica Japonica, 2014年07月, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

  
• [Structural biology and molecular targets].

  Shimamura T; Iwata S

  Nihon rinsho. Japanese journal of clinical medicine, 2012年11月, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者

  
• Conformational transition of the lid helix covering the protease active site is essential for the ATP-dependent protease activity of FtsH

  Ryoji Suno; Masakazu Shimoyama; Akiko Abe; Tatsuro Shimamura; Natsuka Shimodate; Yo-hei Watanabe; Yoshinori Akiyama; Masasuke Yoshida

  FEBS LETTERS, 2012年09月, 査読有り

  
• Platform for the rapid construction and evaluation of GPCRs for crystallography in Saccharomyces cerevisiae

  Mitsunori Shiroishi; Hirokazu Tsujimoto; Hisayoshi Makyio; Hidetsugu Asada; Takami Yurugi-Kobayashi; Tatsuro Shimamura; Takeshi Murata; Norimichi Nomura; Tatsuya Haga; So Iwata; Takuya Kobayashi

  MICROBIAL CELL FACTORIES, 2012年06月, 査読有り

  
• G-protein-coupled receptor inactivation by an allosteric inverse-agonist antibody

  Tomoya Hino; Takatoshi Arakawa; Hiroko Iwanari; Takami Yurugi-Kobayashi; Chiyo Ikeda-Suno; Yoshiko Nakada-Nakura; Osamu Kusano-Arai; Simone Weyand; Tatsuro Shimamura; Norimichi Nomura; Alexander D. Cameron; Takuya Kobayashi; Takao Hamakubo; So Iwata; Takeshi Murata

  NATURE, 2012年02月, 査読有り

  
• Structure of histamine H1 receptor

  Tatsuro Shimamura

  Seikagaku, 2012年, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

  
• Production of the stable human histamine H₁ receptor in Pichia pastoris for structural determination.

  Shiroishi M; Kobayashi T; Ogasawara S; Tsujimoto H; Ikeda-Suno C; Iwata S; Shimamura T

  Methods (San Diego, Calif.), 2011年12月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Crystal Structure-Based Virtual Screening for Fragment-like Ligands of the Human Histamine H-1 Receptor

  Chris de Graaf; Albert J. Kooistra; Henry F. Vischer; Vsevolod Katritch; Martien Kuijer; Mitsunori Shiroishi; So Iwata; Tatsuro Shimamura; Raymond C. Stevens; Iwan J. P. de Esch; Rob Leurs

  JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2011年12月, 査読有り

  
• Cloning, expression and purification of the anion exchanger 1 homologue from the basidiomycete Phanerochaete chrysosporium

  Natsuko Tokuda; Kiyohiko Igarashi; Tatsuro Shimamura; Takami Yurugi-Kobayashi; Mitsunori Shiroishi; Keisuke Ito; Taishi Sugawara; Hidetsugu Asada; Takeshi Murata; Norimichi Nomura; So Iwata; Takuya Kobayashi

  PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION, 2011年09月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Structure of the human histamine H-1 receptor complex with doxepin

  Tatsuro Shimamura; Mitsunori Shiroishi; Simone Weyand; Hirokazu Tsujimoto; Graeme Winter; Vsevolod Katritch; Ruben Abagyan; Vadim Cherezov; Wei Liu; Gye Won Han; Takuya Kobayashi; Raymond C. Stevens; So Iwata

  NATURE, 2011年07月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Evaluation of the Pichia pastoris expression system for the production of GPCRs for structural analysis

  Hidetsugu Asada; Tomoko Uemura; Takami Yurugi-Kobayashi; Mitsunori Shiroishi; Tatsuro Shimamura; Hirokazu Tsujimoto; Keisuke Ito; Taishi Sugawara; Takanori Nakane; Norimichi Nomura; Takeshi Murata; Tatsuya Haga; So Iwata; Takuya Kobayashi

  MICROBIAL CELL FACTORIES, 2011年04月, 査読有り

  
• Crystal Structure of Glucansucrase from the Dental Caries Pathogen Streptococcus mutans

  Keisuke Ito; Sohei Ito; Tatsuro Shimamura; Simone Weyand; Yasuaki Kawarasaki; Takumi Misaka; Keiko Abe; Takuya Kobayashi; Alexander D. Cameron; So Iwata

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2011年04月, 査読有り, 筆頭著者

  
• The alternating access mechanism of transport as observed in the sodium-hydantoin transporter Mhp1

  Simone Weyand; Tatsuro Shimamura; Oliver Beckstein; Mark S. P. Sansom; So Iwata; Peter J. F. Henderson; Alexander D. Cameron

  JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION, 2011年01月, 査読有り

  
• Towards structure determination for G protein-coupled receptor

  Takuya Kobayashi; Mitsunori Shiroishi; Tatsuro Shimamura; Takami Yurugi; Hidetsugu Asada; Tomoya Hino; Takatoshi Arakawa; Takeshi Murata; Norimichi Nomura; So Iwata

  JOURNAL OF PHARMACOLOGICAL SCIENCES, 2011年, 査読有り

  
• Cysteine-to-serine shuffling using a Saccharomyces cerevisiae expression system improves protein secretion: case of a nonglycosylated mutant of miraculin, a taste-modifying protein

  Keisuke Ito; Taishi Sugawara; Ayako Koizumi; Ken-ichiro Nakajima; Akiko Shimizu-Ibuka; Mitsunori Shiroishi; Hidetsugu Asada; Takami Yurugi-Kobayashi; Tatsuro Shimamura; Tomiko Asakura; Takumi Misaka; So Iwata; Takuya Kobayashi; Keiko Abe

  BIOTECHNOLOGY LETTERS, 2011年01月, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of a glucansucrase from the dental caries pathogen Streptococcus mutans

  Keisuke Ito; Sohei Ito; Tatsuro Shimamura; Yasuaki Kawarasaki; Keiko Abe; Takumi Misaka; Takuya Kobayashi; So Iwata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2010年09月, 査読有り

  
• Bulky high-mannose-type N-glycan blocks the taste-modifying activity of miraculin

  Keisuke Ito; Taishi Sugawara; Ayako Koizumi; Ken-ichiro Nakajima; Akiko Shimizu-Ibuka; Mitsunori Shiroishi; Hidetsugu Asada; Takami Yurugi-Kobayashi; Tatsuro Shimamura; Tomiko Asakura; Katsuyoshi Masuda; Masaji Ishiguro; Takumi Misaka; So Iwata; Takuya Kobayashi; Keiko Abe

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, 2010年09月, 査読有り

  
• Molecular Basis of Alternating Access Membrane Transport by the Sodium-Hydantoin Transporter Mhp1

  Tatsuro Shimamura; Simone Weyand; Oliver Beckstein; Nicholas G. Rutherford; Jonathan M. Hadden; David Sharples; Mark S. P. Sansom; So Iwata; Peter J. F. Henderson; Alexander D. Cameron

  SCIENCE, 2010年04月, 査読有り, 筆頭著者

  
• The catalytic efficiency (k(cat)/K-m) of the class A beta-lactamase Toho-1 correlates with the thermal stability of its catalytic intermediate analog

  Yasushi Nitanai; Tatsuro Shimamura; Takuro Uchiyama; Yoshikazu Ishii; Michiyo Takehira; Katsuhide Yutani; Hiroshi Matsuzawa; Masashi Miyano

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, 2010年04月, 査読有り

  
• Fluorescence-based optimization of human bitter taste receptor expression in Saccharomyces cerevisiae

  Taishi Sugawara; Keisuke Ito; Mitsunori Shiroishi; Natsuko Tokuda; Hidetsugu Asada; Takami Yurugi-Kobayashi; Tatsuro Shimamura; Takumi Misaka; Norimichi Nomura; Takeshi Murata; Keiko Abe; So Iwata; Takuya Kobayashi

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2009年05月, 査読有り

  
• Improvement of crystal quality by surface mutations of beta-lactamase Toho-1

  Tatsuro Shimamura; Yasushi Nitanai; Takuro Uchiyama; Hiroshi Matsuzawa

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2009年04月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Comparison of functional non-glycosylated GPCRs expression in Pichia pastoris

  Takami Yurugi-Kobayashi; Hidetsugu Asada; Mitsunori Shiroishi; Tatsuro Shimamura; Saeko Funamoto; Naoko Katsuta; Keisuke Ito; Taishi Sugawara; Natsuko Tokuda; Hirokazu Tsujimoto; Takeshi Murata; Norimichi Nomura; Kazuko Haga; Tatsuya Haga; So Iwata; Takuya Kobayashi

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2009年03月, 査読有り

  
• Crystallization of the hydantoin transporter Mhp1 from Microbacterium liquefaciens

  Tatsuro Shimamura; Shunsuke Yajima; Shun'ichi Suzuki; Nicholas G. Rutherford; John O'Reilly; Peter J. F. Henderson; So Iwata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, 2008年12月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Structure and Molecular Mechanism of a Nucleobase-Cation-Symport-1 Family Transporter

  Simone Weyand; Tatsuro Shimamura; Shunsuke Yajima; Shun' ichi Suzuki; Osman Mirza; Kuakarun Krusong; Elisabeth P. Carpenter; Nicholas G. Rutherford; Jonathan M. Hadden; John O' Reilly; Pikyee Ma; Massoud Saidijam; Simon G. Patching; Ryan J. Hope; Halina T. Norbertczak; Peter C. J. Roach; So Iwata; Peter J. F. Henderson; Alexander D. Cameron

  SCIENCE, 2008年10月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Advanced method for high-throughput expression of mutated eukaryotic membrane proteins in Saccharomyces cerevisiae

  Keisuke Ito; Taishi Sugawara; Mitsunori Shiroishi; Natsuko Tokuda; Azusa Kurokawa; Takumi Misaka; Hisayoshi Makyio; Takami Yurugi-Kobayashi; Tatsuro Shimamura; Norimichi Nomura; Takeshi Murata; Keiko Abe; So Iwata; Takuya Kobayashi

  BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2008年07月, 査読有り

  
• Molecular mechanism of energy conservation in polysulfide respiration

  Mika Jormakka; Ken Yokoyama; Takahiro Yano; Masatada Tamakoshi; Satoru Akimoto; Tatsuro Shimamura; Paul Curmi; So Iwata

  NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY, 2008年07月, 査読有り

  
• Crystal structure of squid rhodopsin with intracellularly extended cytoplasmic region

  Tatsuro Shimamura; Kenji Hiraki; Naoko Takahashi; Tetsuya Hori; Hideo Ago; Katsuyoshi Masuda; Koji Takio; Masaji Ishiguro; Masashi Miyano

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2008年06月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Crystal structure of a human membrane protein involved in cysteinyl leukotriene biosynthesis

  Hideo Ago; Yoshihide Kanaoka; Daisuke Irikura; Bing K. Lam; Tatsuro Shimamura; K. Frank Austen; Masashi Miyano

  NATURE, 2007年08月, 査読有り

  
• Structure of a hyperthermophilic archaeal homing endonuclease, I-Tsp061I: Contribution of cross-domain polar networks to thermostability

  Hitoshi Nakayama; Tatsuro Shimamura; Takahito Imagawa; Nobuaki Shirai; Takashi Itoh; Yoshihiko Sako; Masashi Miyano; Haruhiko Sakuraba; Toshihisa Ohshima; Norimichi Nomura; Hideaki Tsuge

  JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2007年01月, 査読有り

  
• Leu(309) plays a critical role in the encapsulation of substrate protein into the internal cavity of GroEL

  A Koike-Takeshita; T Shimamura; K Yokoyama; M Yoshida; H Taguchi

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2006年01月, 査読有り

  
• Crystal structure of the native chaperonin complex from Thermus thermophilus revealed unexpected asymmetry at the cis-cavity

  T Shimamura; A Koike-Takeshita; K Yokoyama; R Masui; N Murai; M Yoshida; H Taguchi; S Iwata

  STRUCTURE, 2004年08月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Crystallization and preliminary X-ray analysis of pseudo-merohedrally twinned crystals of the full-length beta(2) subunit of the Kv1 K+ channel from Rattus norvegicus

  T Shimamura; O Shamotienko; S Akhtar; JO Dolly; S Iwata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2004年05月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Crystallization of the chaperonin GroEL-GroES complex from Thermus thermophilus HB8

  T Shimamura; A Koike-Takeshita; K Yokoyama; M Yoshida; H Taguchi; S Iwata

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2003年09月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Acyl-intermediate structures of the extended-spectrum class A beta-lactamase, Toho-1, in complex with cefotaxime, cephalothin, and benzylpenicillin

  T Shimamura; A Ibuka; S Fushinobu; T Wakagi; M Ishiguro; Y Ishii; H Matsuzawa

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2002年11月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  

MISC

• 膜蛋白質のSFXによる迅速位相決定を志向したヨウ素含有界面活性剤の開発

  中根崇智; 花島慎弥; 鈴木守; 鈴木守; 斎木悠; 林太一; 垣之内啓介; 垣之内啓介; 杉山成; 杉山成; 川竹悟史; 川竹悟史; 松岡茂; 松岡茂; 松森信明; 南後恵理子; 小林淳; 島村達郎; 木村香菜子; 森千寿; 国島直樹; 菅原道泰; 高久陽子; 井上茂之; 井上茂之; 桝田哲哉; 桝田哲哉; 保坂俊彰; 登野健介; 城地保昌; 亀島敬; 初井宇記; 矢橋牧名; 井上豪; 濡木理; 岩田想; 岩田想; 村田道雄; 村田道雄; 溝端栄一

  日本結晶学会年会講演要旨集, 2016年11月17日

  
• シリアルフェムト秒X線結晶構造解析のための試料調製方法

  田中智之; 菅原道泰; 山下鮎美; 小林淳; 田中里枝; 登野健介; 城地保昌; 亀島敬; PARK Jaehyun; SONG Changyong; 初井宇記; 矢橋牧名; 潘東青; 島村達郎; 溝端栄一; 岩田想; 南後恵理子

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2015年05月26日

  
• AAA+プロテアーゼFtsHのATP依存的な構造変化にともなう基質ポリペプチド鎖分解メカニズム

  寿野良二; 島村達郎; 阿部明子; 日野智也; 渡辺洋平; 下立夏香; 秋山芳展; 岩田想; 吉田賢右

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2013年05月31日

  
• Strategy for the structure determination of G protein-coupled receptor

  Takuya Kobayashi; Mitsunori Shiroishi; Hidetsugu Asada; Takami Yurugi; Tatsuro Shimamura; So Iwate

  JOURNAL OF PHARMACOLOGICAL SCIENCES, 2012年

  
• 膜結合型AAA+プロテアーゼFtsHのATP結合による基質ポリペプチド分解メカニズム

  寿野良二; 島村達郎; 阿部明子; 日野智也; 下立夏香; 渡辺洋平; 秋山芳展; 岩田想; 吉田賢右

  日本生化学会大会(Web), 2012年

  
• Molecular Basis of the "Alternate Access Model" in the Cation-Substrate Symporter Mhp1 from Computer Simulations and X-Ray Crystallography

  Oliver Beckstein; Tatsuro Shimamura; Simone Weyand; Nicholas G. Rutherford; Jonathan M. Hadden; David Sharples; So Iwata; Peter J. F. Henderson; Alexander D. Cameron; Mark S. P. Sansom

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2010年01月

  

講演・口頭発表等

• Serial Femtosecond crystallography using LCP crystals at SACLA

  Tatsuro Shimamura

  AsCA 2018/CRYSTAL 32, 2018年12月02日, The Asian Crystallographic Association, 招待有り

  
• Structure of the human histamine H1 receptor with doxepin.

  Tatsuro Shimamura

  International Union of Crystallography, XXII Congress and General Assembly., 2011年08月29日, International Union of Crystallography, 招待有り

  

産業財産権

• 特許第5750700号, アゴニストの親和性を亢進する抗ヒトアデノシンA2a受容体モノクローナル抗体

  小笠原 諭; 日野 智也; 島村 達郎; 荒川 孝俊; 万木 貴美; 寿野 千代; 村田 武士; 小林 拓也; 岩田 想

  
• アゴニストの親和性を亢進する抗ヒトアデノシンA2a受容体モノクローナル抗体

  小笠原 諭; 日野 智也; 島村 達郎; 荒川 孝俊; 万木 貴美; 寿野 千代; 村田 武士; 小林 拓也; 岩田 想

  

外部資金：科学研究費補助金

• 新規抗精神病薬の開発に役立てることを目指したアミン受容体の構造解析

  基盤研究(B)

  小区分43020:構造生物化学関連

  京都大学

  島村 達郎

  自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付

  受容体;構造解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02414/
• Gタンパク質共役型受容体の動的構造解析への挑戦

  挑戦的研究(萌芽)

  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野

  京都大学

  島村 達郎

  自 2020年07月30日, 至 2022年03月31日, 交付

  受容体;X線自由電子レーザー

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20K21392/
• GPCRのバイアス型シグナル機構の構造基盤

  基盤研究(B)

  小区分43020:構造生物化学関連

  京都大学

  島村 達郎

  自 2018年04月01日, 至 2021年03月31日, 交付

  Gタンパク質共役型受容体;受容体;X線;シグナル伝達

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H02388/
• 分子量の小さいGPCRのクライオ電子顕微鏡を用いた単粒子解析の挑戦

  挑戦的研究(萌芽)

  京都大学

  島村 達郎

  自 2017年06月30日, 至 2019年03月31日, 完了

  構造解析;GPCR;電子顕微鏡;G蛋白質共役型受容体

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K19349/
• 新規xenobiotics ABCトランスポーターの構造機能と生物学的意義の解析

  基盤研究(C)

  東京農業大学

  矢嶋 俊介

  自 2015年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了

  Ｘ線結晶構造解析;コンフォメーション変化;非天然化合物;ゲノム解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15K07369/
• コンフォメーション固定化抗体を用いた哺乳類の胆汁酸輸送体の結晶構造解析

  基盤研究(C)

  京都大学

  野村 紀通

  自 2015年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了

  膜タンパク質;抗体;X線結晶構造解析;創薬ターゲット;高脂血症;胆汁酸;トランスポーター;コレステロール;膜蛋白質

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15K06968/
• G蛋白質非依存的な情報伝達を行い、抗癌剤の標的であるケモカイン受容体の構造解析

  基盤研究(B)

  京都大学

  島村 達郎

  自 2015年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了

  結晶構造解析;Gタンパク質共役型受容体;シグナル伝達;タンパク質;G蛋白質共役型受容体;蛋白質;癌

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15H04338/
• 分子選択的創薬に向けたセロトニン受容体のX線結晶構造解析

  若手研究(B)

  京都大学

  木村 香菜子

  自 2014年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  ヒト膜タンパク質;X線結晶構造解析;ヒト膜受容体;ヒト膜蛋白質

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26840021/
• 立体構造に基づくGPCRとリガンドの相互作用の解明

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  理工系

  京都大学

  島村 達郎

  自 2014年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了

  GPCR;リガンド

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-26102725/
• ヒト由来膜輸送体の結晶構造解析への挑戦

  挑戦的萌芽研究

  京都大学

  島村 達郎

  自 2013年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了

  膜輸送体;結晶構造解析;創薬;輸送体;トランスポーター;X線結晶構造解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25650023/
• 次世代抗ヒスタミン薬の開発に役立つヒスタミン受容体の構造解析

  基盤研究(B)

  京都大学

  島村 達郎

  自 2012年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了

  アレルギー;花粉症;GPCR;結晶構造解析;ヒスタミン

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24370044/
• アロステリック抗体を用いたアデノシン受容体の構造解析

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  複合領域

  京都大学

  島村 達郎

  自 2012年04月01日, 至 2014年03月31日, 完了

  GPCR;アデノシン受容体;抗体;結晶構造解析;構造解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-24121715/
• 活性型GPCRの構造解析への挑戦

  挑戦的萌芽研究

  京都大学

  島村 達郎

  自 2011年04月28日, 至 2013年03月31日, 完了

  X線結晶解析;受容体;GPCR;膜タンパク質;構造解析;G蛋白質共役型受容体;X線結晶構造解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23657074/
• X線結晶構造解析による核酸塩基一陽イオン共輸送体の輸送機構の解明

  基盤研究(B)

  京都大学

  島村 達郎

  完了

  X線結晶解析;輸送体;ヒダントイン;トランスポーター;交互アクセスモデル;膜タンパク質;X線結晶構造解析;交互アクセス機構;X線結晶構造解;Mhp1

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21370043/

教育

担当科目

• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  タンパク質のかたちを観る／生命現象を観る

  前期, 全学共通科目