基本情報

学部兼担

• 工学部

所属学協会

• American Society for Microbiology
• 日本水環境学会

学位

• 修士（工学）(京都大学)
• 博士（工学）(京都大学)

経歴

• 自 2016年10月, 至 現在

  京都大学, 大学院工学研究科 都市環境工学専攻, 助教
• 自 2019年01月, 至 2019年08月

  Monash University, Visiting Researcher
• 自 2018年08月, 至 2018年12月

  University of Melbourne, Visiting Researcher

ID,URL

• J-Global ID

  201601000196666536

researchmap URL

• https://researchmap.jp/7000018112

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  環境水中の薬剤耐性腸内細菌科細菌のゲノム解析

研究キーワード

• One Health
• ゲノム解析
• 薬剤耐性菌
• 腸内細菌科細菌

研究分野

• 環境・農学, 環境影響評価

論文

• Recommendations of Key Elements within an Integrated Monitoring Framework of Antimicrobial Resistance for Asian Countries

  Ryo Honda; Manish Kumar; Mardalisa; Rongxuan Wang; Muhammad Adnan Sabar; Tushara Chaminda; Kwanrawee Sirikanchana; Prasert Makkeaw; Sulfikar; Feng Ju; Guangming Jiang; Bing Li; Chart Chiemchaisri; Ryota Gomi; Mohan Amarasiri; Henrietta Venter; Masateru Nishiyama; Toru Watanabe; Masaru Ihara; Ikuro Kasuga; Kozo Watanabe; Satoru Suzuki

  Environmental Science & Technology Letters, 2023年12月26日

  
• Genomic surveillance of antimicrobial-resistant Escherichia coli in fecal sludge and sewage in Uganda

  Ryota Gomi; Yasufumi Matsumura; Masaki Yamamoto; Mai Tanaka; Allan John Komakech; Tomonari Matsuda; Hidenori Harada

  Water Research, 2024年01月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Development of two microbial source tracking markers for detection of wastewater-associated Escherichia coli isolates

  Ryota Gomi; Eiji Haramoto; Hiroyuki Wada; Yoshinori Sugie; Chih-Yu Ma; Sunayana Raya; Bikash Malla; Fumitake Nishimura; Hiroaki Tanaka; Masaru Ihara

  Science of The Total Environment, 2023年03月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Emergence of rare carbapenemases (FRI, GES-5, IMI, SFC and SFH-1) in Enterobacterales isolated from surface waters in Japan

  Ryota Gomi; Yasufumi Matsumura; Michio Tanaka; Masaru Ihara; Yoshinori Sugie; Tomonari Matsuda; Masaki Yamamoto

  Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2022年04月27日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Chromosomal integration of blaCTX-M genes in diverse Escherichia coli isolates recovered from river water in Japan

  Ryota Gomi; Masaki Yamamoto; Michio Tanaka; Yasufumi Matsumura

  Current Research in Microbial Sciences, 2022年06月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  この論文にアクセスする：

  
• Genomic dissection of Klebsiella pneumoniae infections in hospital patients reveals insights into an opportunistic pathogen

  Claire L. Gorrie; Mirjana Mirčeta; Ryan R. Wick; Louise M. Judd; Margaret M. C. Lam; Ryota Gomi; Iain J. Abbott; Nicholas R. Thomson; Richard A. Strugnell; Nigel F. Pratt; Jill S. Garlick; Kerrie M. Watson; Peter C. Hunter; David V. Pilcher; Steve A. McGloughlin; Denis W. Spelman; Kelly L. Wyres; Adam W. J. Jenney; Kathryn E. Holt

  Nature Communications, 2022年05月, 査読有り

  
• Occurrence of class 1 integrons carrying two copies of the blaGES-5 gene in carbapenem-non-susceptible Citrobacter freundii and Raoultella ornithinolytica isolated from wastewater

  Ryota Gomi; Tomonari Matsuda; Masaki Yamamoto; Michio Tanaka; Thomas Jové; Pei-Hsin Chou; Yasufumi Matsumura

  Journal of Global Antimicrobial Resistance, 2021年07月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  この論文にアクセスする：

  
• Detection of plasmid contigs in draft genome assemblies using customized Kraken databases.

  Ryota Gomi; Kelly L Wyres; Kathryn E Holt

  Microbial Genomics, 2021年04月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Molecular Characterization of a Multidrug-Resistance IncF Plasmid Carrying mcr-3.1 in an Escherichia coli Sequence Type 393 Strain of Wastewater Origin.

  Ryota Gomi; Tomonari Matsuda; Masaki Yamamoto; Michio Tanaka; Satoshi Ichiyama; Minoru Yoneda; Yasufumi Matsumura

  International Journal of Antimicrobial Agents, 2019年07月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Molecular Analysis of a blaIMP-1-Harboring Class 3 Integron in Multidrug-Resistant Pseudomonas fulva.

  Masaki Yamamoto; Yasufumi Matsumura; Ryota Gomi; Tomonari Matsuda; Satoshi Nakano; Miki Nagao; Michio Tanaka; Satoshi Ichiyama

  Antimicrobial agents and chemotherapy, 2018年08月, 査読有り

  
• Pathotyping of Escherichia coli isolated from community toilet wastewater and stored drinking water in a slum in Bangladesh

  H. Harada; Y. Fujimori; R. Gomi; Md.N. Ahsan; S. Fujii; A. Sakai; T. Matsuda

  Letters in Applied Microbiology, 2018年06月01日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Characteristics of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in wastewater revealed by genomic analysis

  Ryota Gomi; Tomonari Matsuda; Masaki Yamamoto; Pei-Hsin Chou; Michio Tanaka; Satoshi Ichiyama; Minoru Yoneda; Yasufumi Matsumura

  Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2018年05月01日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Occurrence of clinically important lineages, including the ST131 C1-M27 subclone, among extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli in wastewater.

  Ryota Gomi; Tomonari Matsuda; Yasufumi Matsumura; Masaki Yamamoto; Michio Tanaka; Satoshi Ichiyama; Minoru Yoneda

  Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2017年08月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Rapid identification of different Escherichia coli ST131 clades.

  Yasufumi Matsumura; Johann D D Pitout; Gisele Peirano; Rebekah DeVinney; Taro Noguchi; Masaki Yamamoto; Ryota Gomi; Tomonari Matsuda; Satoshi Nakano; Miki Nagao; Michio Tanaka; Satoshi Ichiyama

  Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2017年07月, 査読有り

  
• Whole-genome analysis of antimicrobialresistant and extraintestinal pathogenic Escherichia coli in river water

  Ryota Gomi; Tomonari Matsuda; Yasufumi Matsumur; Masaki Yamamoto; Michio Tanaka; Satoshi Ichiyama; Minoru Yoneda

  Applied and Environmental Microbiology, 2017年, 査読有り, 筆頭著者

  
• Global Escherichia coli Sequence Type 131 Clade with bla(CTX-M-27) Gene

  Yasufumi Matsumura; Johann D. D. Pitout; Ryota Gomi; Tomonari Matsuda; Taro Noguchi; Masaki Yamamoto; Gisele Peirano; Rebekah DeVinney; Patricia A. Bradford; Mary R. Motyl; Michio Tanaka; Miki Nagao; Shunji Takakura; Satoshi Ichiyama

  Emerging Infectious Diseases, 2016年11月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Interspecies Dissemination of a Mobilizable Plasmid Harboring bla(IMP-19) and the Possibility of Horizontal Gene Transfer in a Single Patient

  Masaki Yamamoto; Yasufumi Matsumura; Ryota Gomi; Tomonari Matsuda; Michio Tanaka; Miki Nagao; Shunji Takakura; Shinji Uemoto; Satoshi Ichiyama

  Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2016年09月, 査読有り

  
• Assessment of Genetic Markers for Tracking the Sources of Human Wastewater Associated Escherichia coli in Environmental Waters

  Ahmed Warish; Cheryl Triplett; Ryota Gomi; Pradip Gyawali; Leonie Hodgers; Simon Tozeti

  Environmental Science & Technology, 2015年08月, 査読有り

  
• Characterization of Pathogenic Escherichia coli in River Water by Simultaneous Detection and Sequencing of 14 Virulence Genes

  Ryota Gomi; Tomonari Matsuda; Yuji Fujimori; Hidenori Harada; Yasuto Matsui; Minoru Yoneda

  Environmental Science & Technology, 2015年06月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Fecal Source Tracking in Water by Next-Generation Sequencing Technologies Using Host-Specific Escherichia coli Genetic Markers

  Ryota Gomi; Tomonari Matsuda; Yasuto Matsui; Minoru Yoneda

  Environmental Science & Technology, 2014年08月, 査読有り, 筆頭著者

  

MISC

• 水環境中のカルバペネム耐性腸内細菌目細菌のゲノム解析

  五味良太; 松村康史; 田中美智男; 杉江由規; 松田知成; 山本正樹; 井原賢

  環境衛生工学研究, 2023年

  
• 琵琶湖および流域河川における薬剤耐性大腸菌の存在実態とその起源

  杉江由規; MA Chih-Yu; Tang Yu; ZHAO Bo; 五味良太; 西村文武; 田中宏明; 井原賢

  土木学会論文集 G(環境)(Web), 2022年

  
• 流域データ及びRep-PCR DNAフィンガープリンティング法を用いた大和川における大腸菌の起源推定 (京都大学環境衛生工学研究会 第35回シンポジウム講演論文集) -- (一般講演)

  五味 良太; 松井 康人; 米田 稔

  環境衛生工学研究 : 京都大学環境衛生工学研究会機関誌, 2013年07月

  
• Rep-PCR DNAフィンガープリンティング法を利用した大和川水系における大腸菌の起源推定に関する研究 (京都大学環境衛生工学研究会 第34回シンポジウム講演論文集)

  五味 良太; 松井 康人; 米田 稔

  環境衛生工学研究 : 京都大学環境衛生工学研究会機関誌, 2012年07月

  

講演・口頭発表等

• 下水由来大腸菌を検出するための遺伝子マーカーの開発

  五味良太; 原本英司; 和田浩幸; 杉江由規; MA Chih-Yu; RAYA Sunayana; MALLA Bikash; 西村文武; 田中宏明; 井原賢

  日本水環境学会年会講演集, 2023年

  
• 関西地方の河川から単離したESBL産生大腸菌のゲノム解析

  五味良太; 山本正樹; 田中美智男; 松村康史

  第25回日本水環境学会シンポジウム, 2022年09月

  
• 雨天時の下水処理場および河川における微生物濃度の変動

  井原賢; 杉江由規; YU Zaizhi; 西田光希; MA Yu; ZHAO Bo; 和田浩幸; PARK Kyong-Soo; TANG Yu; 五味良太; 西村文武; 田中宏明

  日本水環境学会シンポジウム講演集, 2022年

  
• 琵琶湖,及び周辺河川における薬剤耐性大腸菌の存在実態と起源推定

  杉江由規; TANG Yu; ZHAO Bo; 五味良太; 西村文武; 田中宏明; MA Chih-Yu; 井原賢

  日本水環境学会年会講演集, 2022年

  
• 環境水中に潜む耐性菌のモニタリング

  五味良太

  第95回日本感染症学会学術講演会, 2021年05月, 招待有り

  
• ベトナム国Nhue川の流下に伴う河川糞便汚染源の変化と飲食物汚染源との関係

  田中麻衣; 原田英典; 藤井滋穂; Min Li Chua; 五味良太

  日本水環境学会年会講演集, 2019年03月08日

  
• IS26-mediated reorganization of a multidrug-resistance IncF plasmid carrying mcr-3.1

  Ryota Gomi

  The 2019 MGE meeting, 2019年02月

  
• 全ゲノム解析を取り入れた河川水中の薬剤耐性大腸菌の実態解明

  五味 良太; 松田知成; 松村康史; 山本正樹; 田中美智男; 一山智; 米田稔

  第20回日本水環境学会シンポジウム, 2017年09月

  
• 琵琶湖南湖から検出される大腸菌の全ゲノム解析

  井原賢; 田村太一; 五味良太; 林東範; 劉思瑶; 馬緻宇; 山下尚之; 田中宏明

  第20回日本水環境学会シンポジウム, 2017年

  
• 大和川における病原性大腸菌の存在実態

  五味良太; 松田知成; 米田稔

  日本水環境学会シンポジウム講演集, 2016年09月13日

  
• 河川水中における病原性大腸菌の実態調査

  五味良太; 松田知成; 松井康人; 米田稔

  第50回日本水環境学会年会, 2016年03月

  
• Microbial source tracking of Escherichia coli reveals humans as a major source of fecal contamination in the Yamato River, Japan

  Gomi, R; Matsuda, T; Matsui, Y; Yoneda, M

  18th International Symposium on Health-Related Water Microbiology, 2015年09月

  
• Novel genetic markers for identifying sources of fecal contamination in environmental water

  Gomi, R; Matsuda, T; Matsui, Y; Yoneda, M

  Environmental Health 2013, 2013年03月

  

書籍等出版物

外部資金：科学研究費補助金

• 全ゲノム解析による河川水中の薬剤耐性腸内細菌科細菌の実態解明

  若手研究

  小区分63040:環境影響評価関連

  京都大学

  五味 良太

  自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了

  薬剤耐性菌;腸内細菌科細菌;ゲノム解析;河川;腸内細菌科

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19K20461/
• アジア・アフリカの都市下水の全ゲノム解析による多剤耐性大腸菌プロファイリング

  挑戦的研究(萌芽)

  中区分22:土木工学およびその関連分野

  京都大学

  原田 英典

  自 2018年06月29日, 至 2023年03月31日, 完了

  多剤耐性大腸菌;都市下水;アジア・アフリカ;全ゲノム解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K18881/
• 環境水中の腸内細菌科細菌が保有する薬剤耐性プラスミドの構造解析及び伝達性評価

  若手研究

  小区分63040:環境影響評価関連

  京都大学

  五味 良太

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  薬剤耐性菌;ゲノム解析;プラスミド;腸内細菌科細菌;大腸菌

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K18038/
• アフリカ都市周縁貧困地域の水・衛生由来下痢リスク構造と気候変動影響の解明

  基盤研究(B)

  小区分22060:土木環境システム関連

  京都大学

  原田 英典

  自 2024年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付

  水・衛生;下痢リスク;気候変動;サブサハラ・アフリカ;都市周縁貧困地区

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K01014/

教育

担当科目

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  環境工学解析演習

  3290, 後期, 工学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  情報基礎演習［工学部］

  T006, 前期, 国際高等教育院, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  現代科学技術特論（4回コース）

  i055, 後期, 工学研究科, 0.5
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  現代科学技術特論（8回コース）

  i056, 後期, 工学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  現代科学技術特論（12回コース）

  i060, 後期, 工学研究科, 1.5
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  環境工学実験２

  3154, 後期, 工学部, 3
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  環境工学解析演習

  3290, 後期, 工学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  情報基礎演習［工学部］

  T006, 前期, 国際高等教育院, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  現代科学技術特論（4回コース）

  i055, 後期, 工学研究科, 0.5
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  現代科学技術特論（8回コース）

  i056, 後期, 工学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  現代科学技術特論（12回コース）

  i060, 後期, 工学研究科, 1.5
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  環境工学実験２

  3154, 後期, 工学部, 3
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  現代科学技術特論（12回コース）

  i060, 後期, 工学研究科, 1.5
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  環境工学実験２

  3154, 後期, 工学部, 3
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  環境工学解析演習

  3290, 後期, 工学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  情報基礎演習［工学部］

  T006, 前期, 国際高等教育院, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  現代科学技術特論（8回コース）

  i056, 後期, 工学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  現代科学技術特論（4回コース）

  i055, 後期, 工学研究科, 0.5
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  基礎化学実験

  前期, 全学共通科目
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  環境工学実験２

  後期, 工学部
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  環境工学実験２

  後期, 工学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  情報基礎演習［工学部］（地球工学科）

  前期, 全学共通科目
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  現代科学技術特論（12回コース）

  後期, 工学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  現代科学技術特論（4回コース）

  後期, 工学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  現代科学技術特論（8回コース）

  後期, 工学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  環境工学実験2

  後期, 工学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  環境工学解析演習

  後期, 工学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  情報基礎演習［工学部］（地球工学科）

  前期, 全学共通科目
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  現代科学技術特論（12回コース）

  後期, 工学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  現代科学技術特論（4回コース）

  後期, 工学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  現代科学技術特論（8回コース）

  後期, 工学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  環境工学実験2

  後期, 工学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  環境工学解析演習

  後期, 工学部