基本情報

学部兼担

• 医学部

学位

• 修士（理学）(東京大学)
• 博士（理学）(東京大学)

ID,URL

• J-Global ID

  201801020353159959

researchmap URL

• https://researchmap.jp/7000025208

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  DNA二重鎖切断修復機構の解明

• 研究概要

  放射線などの環境要因や内的要因から自然発生するゲノム切断の多くは切断端が化学修飾された「汚い」切断であり、発がん性の強いDNA損傷である。この「汚い」ゲノム切断の修復はまず切断端を「きれい」（3′末端に水酸基、5′末端にリン酸基が付いた状態）にする必要があるが、分子機構の多くが不明である。山田はこの「汚い」切断を「きれい」な切断にする過程を高解像度で測定するバイオアッセイ系を開発している。

研究キーワード

• ヒト培養細胞
• マウス
• 分裂酵母
• 乳がん
• 女性ホルモン
• DNAトポイソメラーゼ
• DNA修復
• ゲノム二重鎖切断
• 反復配列
• 相同組換え
• 減数分裂

研究分野

• ライフサイエンス, 代謝、内分泌学
• ライフサイエンス, 細胞生物学
• ライフサイエンス, 実験動物学
• ライフサイエンス, 腫瘍生物学
• ライフサイエンス, 分子生物学
• ライフサイエンス, 遺伝学
• ライフサイエンス, ゲノム生物学
• ライフサイエンス, 放射線科学

論文

• A central coupler for recombination initiation linking chromosome architecture to S-phase checkpoint

  Ito Masaru; Miyoshi Tomoichiro; Kugou Kazuto; Yamada Shintaro; Furuichi Masaki; Oda Arisa; Yamada Takatomi; Hirota Kouji; Masai Hisao; Ohta Kunihiro

  GENES & GENETIC SYSTEMS, 2012年12月, 査読有り

  
• ATM suppresses c-Myc overexpression in the mammary epithelium in response to estrogen

  Rifat Ara Najnin; Md Rasel Al Mahmud; Md Maminur Rahman; Shunichi Takeda; Hiroyuki Sasanuma; Hisashi Tanaka; Yasuhiro Murakawa; Naoto Shimizu; Salma Akter; Masatoshi Takagi; Takuro Sunada; Shusuke Akamatsu; Gang He; Junji Itou; Masakazu Toi; Mary Miyaji; Kimiko M. Tsutsui; Scott Keeney; Shintaro Yamada

  Cell Reports, 2023年01月

  
• Physiological concentrations of glucocorticoids induce pathological DNA double‐strand breaks

  Salma Akter; Akihiro Shimba; Koichi Ikuta; Rasel Al Mahmud; Shintaro Yamada; Hiroyuki Sasanuma; Masataka Tsuda; Masakatsu Sone; Yukio Ago; Kenichi Murai; Hisashi Tanaka; Shunichi Takeda

  Genes to Cells, 2022年11月22日, 査読有り

  
• Triple-helix potential of the mouse genome.

  Kaku Maekawa; Shintaro Yamada; Rahul Sharma; Jayanta Chaudhuri; Scott Keeney

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022年05月10日, 査読有り

  
• Restoration of ligatable "clean" double-strand break ends is the rate-limiting step in the rejoining of ionizing-radiation-induced DNA breakage.

  Hiroyuki Sasanuma; Shintaro Yamada; Masataka Tsuda; Shunichi Takeda

  DNA repair, 2020年09月

  
• Maintenance of meiotic crossover against reduced double-strand break formation in fission yeast lacking histone H2A.Z.

  Takatomi Yamada; Shintaro Yamada; Da-Qiao Ding; Yurika Fujita; Emi Takaya; Yasushi Hiraoka; Hiroshi Murakami; Kunihiro Ohta

  Gene, 2020年06月15日, 査読有り

  
• Molecular structures and mechanisms of DNA break processing in mouse meiosis.

  Shintaro Yamada; Anjali Gupta Hinch; Hisashi Kamido; Yongwei Zhang; Winfried Edelmann; Scott Keeney

  Genes & development, 2020年06月01日, 査読有り

  
• UBC13-Mediated Ubiquitin Signaling Promotes Removal of Blocking Adducts from DNA Double-Strand Breaks.

  Remi Akagawa; Hai Thanh Trinh; Liton Kumar Saha; Masataka Tsuda; Kouji Hirota; Shintaro Yamada; Atsushi Shibata; Masato T Kanemaki; Shinichiro Nakada; Shunichi Takeda; Hiroyuki Sasanuma

  iScience, 2020年03月31日, 査読有り

  
• ATM and PRDM9 regulate SPO11-bound recombination intermediates during meiosis.

  Jacob Paiano; Wei Wu; Shintaro Yamada; Nicholas Sciascia; Elsa Callen; Ana Paola Cotrim; Rajashree A Deshpande; Yaakov Maman; Amanda Day; Tanya T Paull; André Nussenzweig

  Nature communications, 2020年02月12日, 査読有り

  
• BRCA1 ensures genome integrity by eliminating estrogen-induced pathological topoisomerase II-DNA complexes.

  Hiroyuki Sasanuma; Masataka Tsuda; Suguru Morimoto; Liton Kumar Saha; Md Maminur Rahman; Yusuke Kiyooka; Haruna Fujiike; Andrew D Cherniack; Junji Itou; Elsa Callen Moreu; Masakazu Toi; Shinichiro Nakada; Hisashi Tanaka; Ken Tsutsui; Shintaro Yamada; Andre Nussenzweig; Shunichi Takeda

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018年11月06日, 査読有り

  
• The conserved histone variant H2A.Z illuminates meiotic recombination initiation.

  Shintaro Yamada; Kazuto Kugou; Da-Qiao Ding; Yurika Fujita; Yasushi Hiraoka; Hiroshi Murakami; Kunihiro Ohta; Takatomi Yamada

  Current genetics, 2018年10月, 査読有り

  
• The histone variant H2A.Z promotes initiation of meiotic recombination in fission yeast.

  Shintaro Yamada; Kazuto Kugou; Da-Qiao Ding; Yurika Fujita; Yasushi Hiraoka; Hiroshi Murakami; Kunihiro Ohta; Takatomi Yamada

  Nucleic acids research, 2018年01月25日, 査読有り

  
• Genomic and chromatin features shaping meiotic double-strand break formation and repair in mice.

  Shintaro Yamada; Seoyoung Kim; Sam E Tischfield; Maria Jasin; Julian Lange; Scott Keeney

  Cell cycle (Georgetown, Tex.), 2017年10月18日, 査読有り

  
• Correlation of Meiotic DSB Formation and Transcription Initiation Around Fission Yeast Recombination Hotspots.

  Shintaro Yamada; Mika Okamura; Arisa Oda; Hiroshi Murakami; Kunihiro Ohta; Takatomi Yamada

  Genetics, 2017年06月, 査読有り

  
• A global view of meiotic double-strand break end resection.

  Eleni P Mimitou; Shintaro Yamada; Scott Keeney

  Science (New York, N.Y.), 2017年01月06日, 査読有り

  
• The Landscape of Mouse Meiotic Double-Strand Break Formation, Processing, and Repair.

  Julian Lange; Shintaro Yamada; Sam E Tischfield; Jing Pan; Seoyoung Kim; Xuan Zhu; Nicholas D Socci; Maria Jasin; Scott Keeney

  Cell, 2016年10月20日, 査読有り

  
• Acetylated Histone H3K9 is associated with meiotic recombination hotspots, and plays a role in recombination redundantly with other factors including the H3K4 methylase Set1 in fission yeast.

  Shintaro Yamada; Kunihiro Ohta; Takatomi Yamada

  Nucleic acids research, 2013年04月01日, 査読有り

  
• A central coupler for recombination initiation linking chromosome architecture to S phase checkpoint.

  Tomoichiro Miyoshi; Masaru Ito; Kazuto Kugou; Shintaro Yamada; Masaki Furuichi; Arisa Oda; Takatomi Yamada; Kouji Hirota; Hisao Masai; Kunihiro Ohta

  Molecular cell, 2012年09月14日, 査読有り

  
• Fission yeast ATF/CREB family protein Atf21 plays important roles in production of normal spores.

  Tomohiko Morita; Takatomi Yamada; Shintaro Yamada; Kouji Matsumoto; Kunihiro Ohta

  Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 2011年02月, 査読有り

  
• Rec8 guides canonical Spo11 distribution along yeast meiotic chromosomes.

  Kazuto Kugou; Tomoyuki Fukuda; Shintaro Yamada; Masaru Ito; Hiroyuki Sasanuma; Saori Mori; Yuki Katou; Takehiko Itoh; Kouji Matsumoto; Takehiko Shibata; Katsuhiko Shirahige; Kunihiro Ohta

  Molecular biology of the cell, 2009年07月, 査読有り

  
• XRCC1 counteracts poly(ADP ribose)polymerase (PARP) poisons, olaparib and talazoparib, and a clinical alkylating agent, temozolomide, by promoting the removal of trapped PARP1 from broken DNA.

  Kouji Hirota; Masato Ooka; Naoto Shimizu; Kousei Yamada; Masataka Tsuda; Mahmoud Abdelghany Ibrahim; Shintaro Yamada; Hiroyuki Sasanuma; Mitsuko Masutani; Shunichi Takeda

  Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 2022年02月23日, 査読有り

  

MISC

• 人とのつながり―NY 研究留学の経験から(ラボレポート、留学編)

  山田真太郎

  実験医学, 2019年01月, 招待有り, 筆頭著者

  
• DNA の傷とがん（後編）（健康のための心と体のメンテナンス）

  山田真太郎

  NY ジャピオン, 2017年09月, 招待有り, 筆頭著者

  
• DNA の傷とがん（前編）（健康のための心と体のメンテナンス）

  山田真太郎

  NY ジャピオン, 2017年09月, 招待有り, 筆頭著者

  
• 次世代シークエンサーによる非コードDNA配列解析

  太田邦史; 久郷和人; 山田真太郎; 小田有沙

  実験医学, 2012年09月, 招待有り

  
• Relationship between meiotic cohesin component Rec8 and DSB proteins

  Kazuto Kugou; Masaru Ito; Tomoyuki Fukuda; Shintaro Yamada; Takehiko Shibata; Katsuhiko Shirahige; Kunihiro Ohta

  GENES & GENETIC SYSTEMS, 2010年12月

  

講演・口頭発表等

• ゲノムが潜在的に取り得る三重らせん構造の特徴の理解

  山田真太郎

  東京都医学総合研究所, 2023年07月12日, 招待有り

  
• DNA二重鎖切断修復と性ホルモンへの早期転写応答の機能的な結び付き

  山田真太郎

  ソーシャルDNAイング, 2023年06月29日, 招待有り

  
• DNA二重鎖切断修復と性ホルモンに対する早期転写応答の機能的な結び付き

  山田真太郎

  国立遺伝学研究所, 2022年12月22日, 招待有り

  
• DNA損傷修復応答の破綻による臓器特異的発がん機構

  山田真太郎

  第45回日本分子生物学会年会 日本生物物理学会 共催, 2022年11月30日, 招待有り

  
• アンドロゲン応答性エンハンサーの全ゲノムでの同定と、エンハンサーにおけるTOP2の機能解析

  Shintaro Yamada

  TOPO 2021, 2021年05月28日, 招待有り

  
• 減数分裂期のDNA切断と修復

  Shintaro Yamada; Eleni P. Mimitou; Julian Lange; Maria Jasin; Scott Keeney

  第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月04日, 招待有り

  
• マウスの減数分裂期のDNA二重鎖切断は反復配列で起こりにくいものの、それでも頻繁に起こっている

  山田 真太郎

  NYU 反復配列シンポジウム 2017, 2017年10月27日, 招待有り

  

受賞

• 2017年08月31日

  2017年FASEB遺伝子組換え・ゲノム再編成学会, トラベルアワード
• 2022年03月22日

  日本医療研究開発機構とニューヨーク科学アカデミー, インターステラ・イニシアチブ同窓プログラム・チームプレゼンテーション優秀賞
• 2008年03月31日

  東京大学理学部, 東京大学理学部学生選抜国際派遣プログラム
• 2007年03月31日

  東京大学理学部, 東京大学理学部生物情報科学学部教育特別プログラム
• 2010年04月01日

  日本学術振興会, 日本学術振興会特別研究員DC1
• 2015年05月09日

  米国日本人医師会, 村瀬九郎医師JMSA奨学金
• 2016年11月16日

  第10回3Rシンポジウム, 第10回3Rシンポジウムベストポスター賞

外部資金：科学研究費補助金

• ホルモン刺激に応じて一過性に発癌関連遺伝子の転写を誘導するDNA配列の網羅的同定

  基盤研究(C)

  小区分50010:腫瘍生物学関連

  京都大学

  山田 真太郎

  自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付

  性ホルモン;DNAトポイソメラーゼ;DNA二重鎖切断;DNA修復;乳癌

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07148/
• 発癌関連転写制御領域（エンハンサー）の網羅的同定の為の国際共同研究

  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

  中区分50:腫瘍学およびその関連分野

  国立研究開発法人理化学研究所

  村川 泰裕

  自 2020年10月27日, 至 2023年03月31日, 交付

  エンハンサー;遺伝子発現;発がん;ヒトゲノム科学;乳がん;遺伝子発現制御;発癌

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20KK0186/
• 放射線等で生じる、異常な付加体が付くゲノム切断端から付加体を除去する機序の解明

  若手研究

  小区分63020:放射線影響関連

  京都大学

  山田 真太郎

  自 2019年04月01日, 至 2021年03月31日, 完了

  DNA二重鎖切断修復;II型DNAトポイソメラーゼ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19K20449/
• ゲノム修復の破綻によりホルモン刺激依存的に癌遺伝子が過剰発現するメカニズムの解明

  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A))

  小区分50010:腫瘍生物学関連

  京都大学

  山田 真太郎

  自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日, 採択

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KK0252/