基本情報

学部兼担

• 農学部

全学メールアドレス

• 全学メールアドレス

  aoki.wataru.6akyoto-u.ac.jp

所属学協会

• 「細胞を創る」研究会
• 日本農芸化学会
• 日本生物工学会
• 日本分子生物学会

学位

• 修士（農学）(京都大学)
• 博士（農学）(京都大学)

出身大学院・研究科等

• 京都大学, 大学院農学研究科修士課程応用生命科学専攻, 修了
• 京都大学, 大学院農学研究科博士後期課程応用生命科学専攻, 修了

出身学校・専攻等

• 京都大学, 農学部応用生命科学科, 卒業

出身高等学校

• 出身高等学校

  青森高校, あおもりこうこう

経歴

• 自 2019年12月, 至 現在

  Barcodebody Co., Ltd., 技術委員
• 自 2015年06月, 至 現在

  京都バイオ計測センター, 招聘研究員
• 自 2015年05月, 至 現在

  京都大学大学院 農学研究科, Graduate School of Agriculture, 助教
• 自 2016年10月, 至 2020年03月

  国立研究開発法人 科学技術振興機構, さきがけ研究員
• 自 2013年04月, 至 2015年04月

  独立行政法人 日本学術振興会, 日本学術振興会特別研究員PD
• 自 2010年04月, 至 2013年03月

  独立行政法人 日本学術振興会, 日本学術振興会特別研究員DC1
• 自 2022年02月, 至 現在

  京都大学創発PI

使用言語

• 英語
• 日本語

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0002-3118-9390

• J-Global ID

  201501038005861228

• 研究者番号

  10722184

• 外部リンク

  http://www.tenko.kais.kyoto-u.ac.jp/

関連Webサイト

• http://www.tenko.kais.kyoto-u.ac.jp/
• https://scholar.google.co.jp/citations?user=ulL2ZccAAAAJ&hl=ja

researchmap URL

• https://researchmap.jp/7000011391

研究

研究キーワード

• 生物工学
• 微生物学
• 合成生物学
• プロテインエンジニアリング
• 人工細胞
• ニューラルネットワーク解析
• セロミクス解析
• オミックス解析

研究分野

• ライフサイエンス, ゲノム生物学
• ライフサイエンス, 応用微生物学
• ライフサイエンス, 分子生物学
• ライフサイエンス, システムゲノム科学
• ライフサイエンス, 神経科学一般

論文

• Ammonia Production Using Bacteria and Yeast toward a Sustainable Society

  Yukio Watanabe; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  Bioengineering, 2023年01月07日

  
• Candida albicans新規抗原タンパク質のスクリーニングと免疫誘導能の評価

  芝崎 誠司; 唐崎 美樹; 青木 航; 植田 充美

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, 2021年11月

  
• Massively parallel single-cell genomics of microbiomes in rice paddies

  Wataru Aoki; Masato Kogawa; Shuhei Matsuda; Keisuke Matsubara; Shintaro Hirata; Yohei Nishikawa; Masahito Hosokawa; Haruko Takeyama; Toru Matoh; Mitsuyoshi Ueda

  Frontiers in Microbiology, 2022年11月03日

  
• YAP1 mediates initial cell survival during lorlatinib treatment via AKT signaling in ROS1 ‐rearranged lung cancer

  Masatoshi Yamazoe; Hiroaki Ozasa; Takahiro Tsuji; Tomoko Funazo; Hiroshi Yoshida; Kentaro Hashimoto; Kazutaka Hosoya; Tatsuya Ogimoto; Hitomi Ajimizu; Hironori Yoshida; Ryo Itotani; Yuichi Sakamori; Kiyomitsu Kuninaga; Wataru Aoki; Toyohiro Hirai

  Cancer Science, 2022年10月26日

  
• A critical role of an oxygen-responsive gene for aerobic nitrogenase activity in Azotobacter vinelandii and its application to Escherichia coli

  Ren Takimoto; Yuki Tatemichi; Wataru Aoki; Yuishin Kosaka; Hiroyoshi Minakuchi; Mitsuyoshi Ueda; Kouichi Kuroda

  Scientific reports, 2022年03月09日, 査読有り

  
• Production of Single-Domain Antibodies in Pichia pastoris

  Yusei Matsuzaki; Kaho Kajiwara; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  Methods in Molecular Biology, 2022年, 査読有り

  
• Enzyme systems involved in glucosinolate metabolism in Companilactobacillus farciminis KB1089

  Hiroko Watanabe; Riku Usami; Shigenobu Kishino; Kengo Osada; Yudai Aoki; Hironobu Morisaka; Masatomo Takahashi; Yoshihiro Izumi; Takeshi Bamba; Wataru Aoki; Hiroyuki Suganuma; Jun Ogawa

  Scientific Reports, 2021年12月, 査読有り

  
• Peptide barcoding for one-pot evaluation of sequence–function relationships of nanobodies

  Yusei Matsuzaki; Wataru Aoki; Takumi Miyazaki; Shunsuke Aburaya; Yuta Ohtani; Kaho Kajiwara; Naoki Koike; Hiroyoshi Minakuchi; Natsuko Miura; Tetsuya Kadonosono; Mitsuyoshi Ueda

  Scientific Reports, 2021年12月, 査読有り, 責任著者

  
• Sustainable Biological Ammonia Production towards a Carbon-Free Society

  Yukio Watanabe; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  Sustainability, 2021年08月24日, 査読有り

  
• Specific chemical modification explores dynamic structure of the NqrB subunit in Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae

  Moe Ishikawa; Takahiro Masuya; Hinako Tanaka; Wataru Aoki; Noam Hantman; Nicole L. Butler; Masatoshi Murai; Blanca Barquera; Hideto Miyoshi

  Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics, 2021年08月, 査読有り

  
• Development of a yeast cell surface display method using the SpyTag/SpyCatcher system

  Kaho Kajiwara; Wataru Aoki; Naoki Koike; Mitsuyoshi Ueda

  Scientific Reports, 2021年12月, 査読有り

  
• Identification of a Putative Sensor Protein Involved in Regulation of Vesicle Production by a Hypervesiculating Bacterium, Shewanella vesiculosa HM13

  Fumiaki Yokoyama; Tomoya Imai; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda; Jun Kawamoto; Tatsuo Kurihara

  Frontiers in Microbiology, 2021年02月18日, 査読有り

  
• A three-component monooxygenase from Rhodococcus wratislaviensis may expand industrial applications of bacterial enzymes

  Makoto Hibi; Dai Fukuda; Chihiro Kenchu; Masutoshi Nojiri; Ryotaro Hara; Michiki Takeuchi; Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Kimihiko Mizutani; Yoshihiko Yasohara; Mitsuyoshi Ueda; Bunzo Mikami; Satomi Takahashi; Jun Ogawa

  Communications Biology, 2021年12月, 査読有り

  
• Characterization of xanthine oxidase from Cellulosimicrobium funkei possessing hypoxanthine‐metabolizing activity

  I. Kozono; M. Takeuchi; S. Kozono; A. Satomura; W. Aoki; M. Hibi; J. Ogawa

  Journal of Applied Microbiology, 2021年06月, 査読有り

  
• Neuronal subclass-selective proteomic analysis in Caenorhabditis elegans

  Shunsuke Aburaya; Yuji Yamauchi; Takashi Hashimoto; Hiroyoshi Minakuchi; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  Scientific Reports, 2020年12月, 査読有り, 責任著者

  
• Construction of engineered yeast producing ammonia from glutamine and soybean residues (okara)

  Yukio Watanabe; Kouichi Kuroda; Yuki Tatemichi; Takeharu Nakahara; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  AMB Express, 2020年12月, 査読有り

  
• Evaluation of the yeast surface display system for screening of functional nanobodies

  Kaho Kajiwara; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  AMB Express, 2020年12月, 査読有り

  
• Dramatic dietary shift maintains sequestered toxins in chemically defended snakes

  Tatsuya Yoshida; Rinako Ujiie; Alan H. Savitzky; Teppei Jono; Takato Inoue; Naoko Yoshinaga; Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Hirohiko Takeuchi; Li Ding; Qin Chen; Chengquan Cao; Tein-Shun Tsai; Anslem de Silva; Dharshani Mahaulpatha; Tao Thien Nguyen; Yezhong Tang; Naoki Mori; Akira Mori

  Proceedings of the National Academy of Sciences, 2020年03月17日, 査読有り

  
• YAP1 mediates survival of ALK-rearranged lung cancer cells treated with alectinib via pro-apoptotic protein regulation

  Takahiro Tsuji; Hiroaki Ozasa; Wataru Aoki; Shunsuke Aburaya; Tomoko Yamamoto Funazo; Koh Furugaki; Yasushi Yoshimura; Masatoshi Yamazoe; Hitomi Ajimizu; Yuto Yasuda; Takashi Nomizo; Hironori Yoshida; Yuichi Sakamori; Hiroaki Wake; Mitsuyoshi Ueda; Young Hak Kim; Toyohiro Hirai

  Nature Communications, 2020年12月, 査読有り

  
• Selected reaction monitoring for the quantification of Escherichia coli ribosomal proteins

  Yuishin Kosaka; Wataru Aoki; Megumi Mori; Shunsuke Aburaya; Yuta Ohtani; Hiroyoshi Minakuchi; Mitsuyoshi Ueda

  PLOS ONE, 2020年12月14日, 査読有り, 責任著者

  
• Improved ammonia production from soybean residues by cell surface-displayed l-amino acid oxidase on yeast

  Yukio Watanabe; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 2021年03月24日, 査読有り

  
• A Zeaxanthin-Producing Bacterium Isolated from the Algal Phycosphere Protects Coral Endosymbionts from Environmental Stress

  Keisuke Motone; Toshiyuki Takagi; Shunsuke Aburaya; Natsuko Miura; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  mBio, 2020年02月25日, 査読有り

  
• Domain swapping of complementarity-determining region in nanobodies produced by Pichia pastoris

  Natsuko Miura; Kana Miyamoto; Yuta Ohtani; Kenshi Yaginuma; Shunsuke Aburaya; Yoshinori Kitagawa; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  AMB Express, 2019年12月, 査読有り

  
• High-throughput identification of peptide agonists against GPCRs by co-culture of mammalian reporter cells and peptide-secreting yeast cells using droplet microfluidics

  Kenshi Yaginuma; Wataru Aoki; Natsuko Miura; Yuta Ohtani; Shunsuke Aburaya; Masato Kogawa; Yohei Nishikawa; Masahito Hosokawa; Haruko Takeyama; Mitsuyoshi Ueda

  Scientific Reports, 2019年12月, 査読有り

  
• Temporal proteome dynamics of Clostridium cellulovorans cultured with major plant cell wall polysaccharides

  Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Kouichi Kuroda; Hiroshi Minakuchi; Mitsuyoshi Ueda

  BMC Microbiology, 2019年12月, 査読有り

  
• Peptide barcoding for establishment of new types of genotype–phenotype linkages

  Kana Miyamoto; Wataru Aoki; Yuta Ohtani; Natsuko Miura; Shunsuke Aburaya; Yusei Matsuzaki; Kaho Kajiwara; Yoshinori Kitagawa; Mitsuyoshi Ueda

  PLOS ONE, 2019年04月23日, 査読有り

  
• Evaluation of meter-long monolithic columns for selected reaction monitoring mass spectrometry

  Yuta Ohtani; Shunsuke Aburaya; Hiroyoshi Minakuchi; Natsuko Miura; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  Journal of Bioscience and Bioengineering, 2019年09月, 査読有り

  
• Engineering Antibodies and Alternative Binders for Therapeutic Uses

  Wataru Aoki

  Yeast Cell Surface Engineering, 2019年, 査読有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

  
• Pentenediol-Type Compounds Specifically Bind to Voltage-Dependent Anion Channel 1 in Saccharomyces cerevisiae Mitochondria

  Yufu Unten; Masatoshi Murai; Takenori Yamamoto; Akira Watanabe; Naoya Ichimaru; Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Yasuo Shinohara; Hideto Miyoshi

  Biochemistry, 2019年02月26日, 査読有り

  
• Ruegeria sp. Strains Isolated from the Reef-Building Coral Galaxea fascicularis Inhibit Growth of the Temperature-Dependent Pathogen Vibrio coralliilyticus

  Natsuko Miura; Keisuke Motone; Toshiyuki Takagi; Shunsuke Aburaya; Sho Watanabe; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  Marine Biotechnology, 2019年02月, 査読有り

  
• Detection of betacyanin in red-tube spinach (Spinacia oleracea) and its biofortification by strategic hydroponics

  Sho Watanabe; Yuta Ohtani; Wataru Aoki; Yuko Uno; Yasunori Sukekiyo; Seiichi Kubokawa; Mitsuyoshi Ueda

  PLOS ONE, 2018年09月07日, 査読有り

  
• Molecular and Physiological Study of Candida albicans by Quantitative Proteome Analysis

  Seiji Shibasaki; Miki Karasaki; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  Proteomes, 2018年09月18日, 査読有り

  
• Small RNAs detected in exosomes derived from the MH7A synovial fibroblast cell line with TNF-α stimulation

  Yosuke Takamura; Wataru Aoki; Atsushi Satomura; Seiji Shibasaki; Mitsuyoshi Ueda

  PLOS ONE, 2018年08月10日, 査読有り

  
• Comparative Proteomic Analysis of Lithospermum erythrorhizon Reveals Regulation of a Variety of Metabolic Enzymes Leading to Comprehensive Understanding of the Shikonin Biosynthetic Pathway

  Kojiro Takanashi; Yukimi Nakagawa; Shunsuke Aburaya; Kenta Kaminade; Wataru Aoki; Yuka Saida-Munakata; Akifumi Sugiyama; Mitsuyoshi Ueda; Kazufumi Yazaki

  Plant and Cell Physiology, 2019年01月01日, 査読有り

  
• Alectinib Resistance in ALK-Rearranged Lung Cancer by Dual Salvage Signaling in a Clinically Paired Resistance Model

  Takahiro Tsuji; Hiroaki Ozasa; Wataru Aoki; Shunsuke Aburaya; Tomoko Funazo; Koh Furugaki; Yasushi Yoshimura; Hitomi Ajimizu; Ryoko Okutani; Yuto Yasuda; Takashi Nomizo; Kiyoshi Uemasu; Koichi Hasegawa; Hironori Yoshida; Yoshitaka Yagi; Hiroki Nagai; Yuichi Sakamori; Mitsuyoshi Ueda; Toyohiro Hirai; Young Hak Kim

  Molecular Cancer Research, 2019年01月01日, 査読有り

  
• Protection of Coral Larvae from Thermally Induced Oxidative Stress by Redox Nanoparticles

  Keisuke Motone; Toshiyuki Takagi; Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Natsuko Miura; Hiroyoshi Minakuchi; Haruko Takeyama; Yukio Nagasaki; Chuya Shinzato; Mitsuyoshi Ueda

  Marine Biotechnology, 2018年08月, 査読有り

  
• One-step nanoimprinted hybrid micro-/nano-structure for in situ protein detection of isolated cell array via localized surface plasmon resonance

  Riyaz Ahmad Mohamed Ali; Wilfred Villariza Espulgar; Wataru Aoki; Shu Jiang; Masato Saito; Mitsuyoshi Ueda; Eiichi Tamiya

  Japanese Journal of Applied Physics, 2018年03月01日, 査読有り

  
• Metabolite profiling of the fermentation process of "yamahai-ginjo-shikomi" Japanese sake

  Yohei Tatsukami; Hironobu Morisaka; Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Chihiro Kohsaka; Masafumi Tani; Kiyoo Hirooka; Yoshihiro Yamamoto; Atsushi Kitaoka; Hisashi Fujiwara; Yoshinori Wakai; Mitsuyoshi Ueda

  PLOS ONE, 2018年01月03日, 査読有り

  
• High-throughput evaluation of T7 promoter variants using biased randomization and DNA barcoding

  Ryo Komura; Wataru Aoki; Keisuke Motone; Atsushi Satomura; Mitsuyoshi Ueda

  PLOS ONE, 2018年05月07日, 査読有り

  
• Epoxycyclohexenedione-Type Compounds Make Up a New Class of Inhibitors of the Bovine Mitochondrial ADP/ATP Carrier

  Ayaki Aoyama; Masatoshi Murai; Naoya Ichimaru; Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Hideto Miyoshi

  Biochemistry, 2018年02月13日, 査読有り

  
• Comparative multi-omics analysis reveals diverse latex-based defense strategies against pests among latex-producing organs of the fig tree (Ficus carica)

  Sakihito Kitajima; Wataru Aoki; Daisuke Shibata; Daisuke Nakajima; Nozomu Sakurai; Kazufumi Yazaki; Ryosuke Munakata; Toki Taira; Masaru Kobayashi; Shunsuke Aburaya; Eric Hyrmeya Savadogo; Susumu Hibino; Haruna Yano

  Planta, 2018年06月, 査読有り

  
• Cellomics approach for high-throughput functional annotation of Caenorhabditis elegans neural network

  Wataru Aoki; Hidenori Matsukura; Yuji Yamauchi; Haruki Yokoyama; Koichi Hasegawa; Ryoji Shinya; Mitsuyoshi Ueda

  Scientific Reports, 2018年12月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Apoptosis-derived membrane vesicles drive the cGAS–STING pathway and enhance type I IFN production in systemic lupus erythematosus

  Yasuhiro Kato; JeongHoon Park; Hyota Takamatsu; Hachirou Konaka; Wataru Aoki; Syunsuke Aburaya; Mitsuyoshi Ueda; Masayuki Nishide; Shohei Koyama; Yoshitomo Hayama; Yuhei Kinehara; Toru Hirano; Yoshihito Shima; Masashi Narazaki; Atsushi Kumanogoh

  Annals of the Rheumatic Diseases, 2018年10月, 査読有り

  
• Pinpoint Chemical Modification of the Quinone-Access Channel of Mitochondrial Complex I via a Two-Step Conjugation Reaction

  Wataru Aoki

  Biochemistry, 2017年, 査読有り

  
• Molecular changes in appearance of a cancer cell among normal HEK293T cells

  Chung Jihye; Aburaya Shunsuke; Aoki Wataru; Ueda Mitsuyoshi

  Journal of bioscience and bioengineering, 2017年03月, 査読有り

  
• Folate Biofortification in Hydroponically Cultivated Spinach by the Addition of Phenylalanine

  Sho Watanabe; Yuta Ohtani; Yohei Tatsukami; Wataru Aoki; Takashi Amemiya; Yasunori Sukekiyo; Seiichi Kubokawa; Mitsuyoshi Ueda

  Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2017年06月14日, 査読有り

  
• Definitive screening design enables optimization of LC–ESI–MS/MS parameters in proteomics

  Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Hiroyoshi Minakuchi; Mitsuyoshi Ueda

  Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 2017年12月02日, 査読有り

  
• Aspartic Proteases and Major Cell Wall Components in Candida albicans Trigger the Release of Neutrophil Extracellular Traps

  Marcin Zawrotniak; Oliwia Bochenska; Justyna Karkowska-Kuleta; Karolina Seweryn-Ozog; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda; Andrzej Kozik; Maria Rapala-Kozik

  Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2017年09月21日, 査読有り

  
• Ammonia production from amino acid-based biomass-like sources by engineered Escherichia coli

  Mikami Yosuke; Yoneda Hisanari; Tatsukami Yohei; Aoki Wataru; Ueda Mitsuyoshi

  AMB Express, 2017年12月, 査読有り

  
• Transcriptome and proteome analyses provide insight into laticifer's defense of Euphorbia tirucalli against pests

  Sakihito Kitajima; Kenji Miura; Wataru Aoki; Katsuyuki T. Yamato; Toki Taira; Ryuta Murakami; Shunsuke Aburaya

  Plant Physiology and Biochemistry, 2016年11月, 査読有り

  
• The action of ten secreted aspartic proteases of pathogenic yeast Candida albicans on major human salivary antimicrobial peptide, histatin 5

  Oliwia Bochenska; Maria Rapala-Kozik; Natalia Wolak; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda; Andrzej Kozik

  Acta Biochimica Polonica, 2016年07月08日, 査読有り

  
• Specific Methylation of Asp160 (49 kDa subunit) Located inside the Quinone Binding Cavity of Bovine Mitochondrial Complex I

  Masatoshi Murai; Hiroyuki Inaoka; Takahiro Masuya; Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Hideto Miyoshi

  Biochemistry, 2016年06月14日, 査読有り

  
• Reduction of Synthetic Ubiquinone QT Catalyzed by Bovine Mitochondrial Complex I Is Decoupled from Proton Translocation

  Kenji Okuda; Masatoshi Murai; Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Hideto Miyoshi

  Biochemistry, 2016年01月26日, 査読有り

  
• Inactivation of α1-proteinase inhibitor by Candida albicans aspartic proteases favors the epithelial and endothelial cell colonization in the presence of neutrophil extracellular traps.

  Mariusz Gogol; Dominika Ostrowska; Kinga Klaga; Oliwia Bochenska; Natalia Wolak; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda; Andrzej Kozik; Maria Rapala-Kozik

  Acta Biochimica Polonica, 2015年12月07日, 査読有り

  
• A comparative proteomics study of a synovial cell line stimulated with TNF-α

  Shibasaki Seiji; Karasaki Miki; Aburaya Shunsuke; Morisaka Hironobu; Takeda Yumiko; Aoki Wataru; Kitano Sachie; Kitano Masayasu; Ueda Mitsuyoshi; Sano Hajime; Iwasaki Tsuyoshi

  FEBS Open Bio, 2016年05月, 査読有り

  
• Single cell trapping and cell–cell interaction monitoring of cardiomyocytes in a designed microfluidic chip

  Wilfred Espulgar; Yoshinori Yamaguchi; Wataru Aoki; Daiki Mita; Masato Saito; Jong-Kook Lee; Eiichi Tamiya

  Sensors and Actuators B: Chemical, 2015年02月, 査読有り

  
• Kinin release from human kininogen by 10 aspartic proteases produced by pathogenic yeast Candida albicans

  Kozik Andrzej; Gogol Mariusz; Bochenska Oliwia; Karkowska-Kuleta Justyna; Wolak Natalia; Kamysz Wojciech; Aoki Wataru; Ueda Mitsuyoshi; Faussner Alexander; Rapala-Kozik Maria

  BMC Microbiology, 2015年12月, 査読有り

  
• Inactivation of the Antifungal and Immunomodulatory Properties of Human Cathelicidin LL-37 by Aspartic Proteases Produced by the Pathogenic Yeast Candida albicans

  Maria Rapala-Kozik; Oliwia Bochenska; Marcin Zawrotniak; Natalia Wolak; Grzegorz Trebacz; Mariusz Gogol; Dominika Ostrowska; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda; Andrzej Kozik

  Infection and Immunity, 2015年06月, 査読有り

  
• Inactivation of human kininogen-derived antimicrobial peptides by secreted aspartic proteases produced by the pathogenic yeast Candida albicans

  Oliwia Bochenska; Maria Rapala-Kozik; Natalia Wolak; Wojciech Kamysz; Daria Grzywacz; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda; Andrzej Kozik

  Biological Chemistry, 2015年12月01日, 査読有り

  
• Description of the interaction between Candida albicans and macrophages by mixed and quantitative proteome analysis without isolation

  Kitahara Nao; Morisaka Hironobu; Aoki Wataru; Takeda Yumiko; Shibasaki Seiji; Kuroda Kouichi; Ueda Mitsuyoshi

  AMB Express, 2015年12月, 査読有り

  
• Centrifugal microfluidic platform for single-cell level cardiomyocyte-based drug profiling and screening

  W. Espulgar; W. Aoki; T. Ikeuchi; D. Mita; M. Saito; J.-K. Lee; E. Tamiya

  Lab on a Chip, 2015年, 査読有り

  
• Oral Immunization Against Candidiasis Using Lactobacillus casei Displaying Enolase 1 from Candida albicans

  Seiji Shibasaki; Miki Karasaki; Senji Tafuku; Wataru Aoki; Tomomitsu Sewaki; Mitsuyoshi Ueda

  Scientia Pharmaceutica, 2014年, 査読有り

  
• Integrating reductive and synthetic approaches in biology using man-made cell-like compartments

  Wataru Aoki; Masato Saito; Ri-ichiroh Manabe; Hirotada Mori; Yoshinori Yamaguchi; Eiichi Tamiya

  Scientific Reports, 2015年05月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Evaluation of Mdh1 Protein as an Antigenic Candidate for a Vaccine against Candidiasis

  SHIBASAKI SEIJI; AOKI WATARU; NOMURA TAKASHI; KARASAKI MIKI; SEWAKI TOMOMITSU; UEDA MITSUYOSHI

  Biocontrol Science, 2014年, 査読有り

  
• Time-course proteomic profile ofCandida albicansduring adaptation to a fetal serum

  Wataru Aoki; Tomomi Ueda; Yohei Tatsukami; Nao Kitahara; Hironobu Morisaka; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  Pathogens and Disease, 2013年02月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Secreted aspartic peptidases of Candida albicans liberate bactericidal hemocidins from human hemoglobin

  Oliwia Bocheńska; Maria Rąpała-Kozik; Natalia Wolak; Grażyna Braś; Andrzej Kozik; Adam Dubin; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda; Paweł Mak

  Peptides, 2013年10月, 査読有り

  
• Elucidation of potentially virulent factors of Candida albicans during serum adaptation by using quantitative time-course proteomics

  Wataru Aoki; Yohei Tatsukami; Nao Kitahara; Kazuma Matsui; Hironobu Morisaka; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  Journal of Proteomics, 2013年10月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Detection of Candida albicans by using a designed fluorescence-quenched peptide

  Aoki Wataru; Kitahara Nao; Fujita Aika; Shibasaki Seiji; Morisaka Hironobu; Kuroda Kouichi; Ueda Mitsuyoshi

  Journal of bioscience and bioengineering, 2013年11月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Characterization of Antimicrobial Peptides toward the Development of Novel Antibiotics

  Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  Pharmaceuticals, 2013年08月21日, 査読有り, 筆頭著者

  
• バイオディフェンス—免疫システム分子制御の新たな局面

  芝崎 誠司; 青木 航; 植田 充美

  YAKUGAKU ZASSHI, 2013年11月01日, 査読有り

  
• Candida症の診断と予防を目指したCandida albicansの生化学的解析と分子ディスプレイ技術の応用

  芝崎 誠司; 青木 航; 植田 充美

  YAKUGAKU ZASSHI, 2013年11月01日

  
• An oral vaccine against candidiasis generated by a yeast molecular display system

  Seiji Shibasaki; Wataru Aoki; Takashi Nomura; Ayuko Miyoshi; Senji Tafuku; Tomomitsu Sewaki; Mitsuyoshi Ueda

  Pathogens and Disease, 2013年12月, 査読有り

  
• Design of a novel antimicrobial peptide activated by virulent proteases

  Wataru Aoki; Nao Kitahara; Natsuko Miura; Hironobu Morisaka; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  New Biotechnology, 2012年09月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Design of a Novel Antimicrobial Peptide Activated by Virulent Proteases

  Wataru Aoki; Nao Kitahara; Natsuko Miura; Hironobu Morisaka; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  Chemical Biology & Drug Design, 2012年11月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Profiling of adhesive properties of the agglutinin-like sequence (ALS) protein family, a virulent attribute ofCandida albicans

  Wataru Aoki; Nao Kitahara; Natsuko Miura; Hironobu Morisaka; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  FEMS Immunology & Medical Microbiology, 2012年06月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Next generation of antimicrobial peptides as molecular targeted medicines

  Aoki Wataru; Kuroda Kouichi; Ueda Mitsuyoshi

  Journal of bioscience and bioengineering, 2012年10月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Candida albicans Possesses Sap7 as a Pepstatin A-Insensitive Secreted Aspartic Protease

  Wataru Aoki; Nao Kitahara; Natsuko Miura; Hironobu Morisaka; Yoshihiro Yamamoto; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  PLoS ONE, 2012年02月27日, 査読有り, 筆頭著者

  
• High-throughput screening of improved protease inhibitors using a yeast cell surface display system and a yeast cell chip

  Wataru Aoki; Yuichi Yoshino; Hironobu Morisaka; Keiji Tsunetomo; Hirotaka Koyo; Shinji Kamiya; Noriyuki Kawata; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  Journal of Bioscience and Bioengineering, 2011年01月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Comprehensive characterization of secreted aspartic proteases encoded by a virulence gene family in Candida albicans

  Aoki Wataru; Kitahara Nao; Miura Natsuko; MORISAKA Hironobu; YAMAMOTO Yoshihiro; KURODA Kouichi; UEDA Mitsuyoshi

  The journal of biochemistry, 2011年10月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Characterization of secreted aspartic proteases of Candida albicans

  Wataru Aoki; Nao Kitahara; Hironobu Morisaka; Natsuko Miura; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  Journal of Bioscience and Bioengineering, 2009年11月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Cell-surface modification of non-GMO without chemical treatment by novel GMO-coupled and -separated cocultivation method

  Natsuko Miura; Wataru Aoki; Naoki Tokumoto; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  Applied Microbiology and Biotechnology, 2009年02月, 査読有り

  

MISC

• 試験管内におけるリボソーム生合成の再構成

  小坂唯心; 小坂唯心; 宮脇佑実; 森めぐみ; 油屋駿介; 福山真央; 植田充美; 植田充美; 青木航; 青木航; 青木航

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2022年

  
• YAP1は抗Apoptosis因子Mcl-1とBcl-xLの発現調節を介して,ALK陽性肺癌細胞の初期生存を仲介する

  辻貴宏; 辻貴宏; 辻貴宏; 小笹裕晃; 青木航; 油屋駿介; 船造智子; 山添正敏; 味水瞳; 安田有斗; 野溝岳; 吉田博徳; 阪森優一; 和氣弘明; 和氣弘明; 植田充美; 平井豊博; 金永学

  日本肺癌学会学術集会号, 2020年

  
• 細径化ロングモノリスカラムによるSRMプロテオミクスの高感度化

  大谷優太; 油屋駿介; 油屋駿介; 水口博義; 三浦夏子; 青木航; 青木航; 青木航; 植田充美; 植田充美; 植田充美

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2019年

  
• ヤマカガシ属ヘビRhabdophis pentasupralabialisが蓄積する毒性ステロイドbufadienolideの由来

  氏家里奈子; 竹内寛彦; 城野哲平; CHEN Qin; DING Li; TANG Yezhong; TSAI Tein-Shun; CAO Chengquan; SAVIZTKY Alan; 油屋駿介; 青木航; 吉永直子; 森哲; 森直樹

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2019年

  
• 油糧糸状菌Mortierella alpinaの漏出脂質プロテオーム解析と漏出株の創製

  島田良美; 岸野重信; 油屋駿介; 青木航; 植田充美; 安藤晃規; 安藤晃規; 馬場健史; 小川順; 小川順; 櫻谷英治

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2019年

  
• 高感度なSRMプロテオミクスに向けたモノリスカラムの細径ロング化

  大谷優太; 油屋駿介; 油屋駿介; 水口博義; 三浦夏子; 三浦夏子; 青木航; 青木航; 青木航; 植田充美; 植田充美; 植田充美

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019年

  
• ペプチドバーコードを用いたNanobodyスクリーニングシステムの確立

  宮本佳奈; 三浦夏子; 三浦夏子; 大谷優太; 柳沼謙志; 油屋駿介; 油屋駿介; 青木航; 青木航; 青木航; 植田充美; 植田充美; 植田充美

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018年

  
• 経時的定量プロテオーム解析を用いた細胞内・分泌タンパク質一斉分析によるClostridium cellulovoransの植物構成多糖適応機構の解析

  油屋駿介; 油屋駿介; 青木航; 青木航; 黒田浩一; 植田充美; 植田充美

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2018年

  
• 細径モノリスカラムを用いた高感度プロテオミクスとその感度評価

  大谷優太; 藤井温子; 油屋駿介; 油屋駿介; 水口博義; 三浦夏子; 青木航; 植田充美

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2018年

  
• In vitroでのリボソーム生合成のための試み

  森めぐみ; 宮脇佑実; 油屋駿介; 油屋駿介; 青木航; 青木航; 植田充美; 植田充美

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018年

  
• デザイナーリボソーム構築に向けた試み

  森めぐみ; 宮脇佑実; 油屋駿介; 油屋駿介; 青木航; 青木航; 植田充美; 植田充美

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2018年

  
• メタボロミクス解析を用いた山廃日本酒製造に関わる代謝産物の同定

  油屋駿介; 立上陽平; 森坂裕信; 青木航; 高阪千尋; 油屋駿介; 立上陽平; 森坂裕信; 青木航; 高阪千尋; 谷雅史; 廣岡青央; 廣岡青央; 山本佳宏; 山本佳宏; 北岡篤士; 藤原久志; 若井芳則; 植田充美; 植田充美

  日本生物工学会大会講演要旨集, 2017年

  
• 地球温暖化により消滅の危機にあるサンゴ礁の修復(その1)-Redox nanoparticleによる高温ストレス下でのサンゴ幼生の生存率の向上-

  元根啓佑; 高木俊幸; 高木俊幸; 油屋駿介; 油屋駿介; 新里宙也; 長崎幸夫; 竹山春子; 青木航; 植田充美

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2017年

  
• サンゴ共生体の保護を目指した取り組み-抗活性酸素剤による高温ストレス下でのサンゴ幼生の生存率の向上-

  元根啓佑; 元根啓佑; 高木俊幸; 高木俊幸; 油屋駿介; 油屋駿介; 新里宙也; 長崎幸夫; 竹山春子; 青木航; 植田充美

  日本微生物生態学会大会(Web), 2017年

  
• 神経ネットワークの網羅的解析に向けた「functional cellomics」の開発

  青木航; 青木航; 山内悠至; 松倉秀典; 万沢夫; 橋本崇志; 油屋駿介; 植田充美

  日本生化学会大会(Web), 2017年

  
• ミトコンドリア複合体-Iによる合成ユビキノンQTの還元はプロトン輸送と共役しない

  奥田健司; 村井正俊; 油屋駿介; 青木航; 三芳秀人

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2016年

  
• トシル化学によるミトコンドリア複合体-Iのユビキノン結合部位の特異的メチル化

  稲岡宏幸; 村井正俊; 桝谷貴洋; 油屋駿介; 青木航; 三芳秀人

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2016年

  
• 細胞内・分泌系の同時経時的プロテオーム解析によるClostridium cellulovoransのバイオマス分解に関する考察

  油屋駿介; SHIN Jungwon; 青木航; 青木航; 黒田浩一; 植田充美; 植田充美

  日本生化学会大会(Web), 2015年

  
• ミックスドプロテオームによるCandida albicansとマクロファージの相互作用の解析

  芝崎誠司; 北原奈緒; 唐崎美樹; 青木航; 植田充美

  日本防菌防黴学会年次大会要旨集, 2018年

  
• Pichia pastoris発現系によるCandida albicansプロテアーゼ(Sap)の産生と酵素活性

  芝崎誠司; 唐崎美樹; 唐崎美樹; 青木航; 植田充実

  日本防菌防黴学会年次大会要旨集, 2017年

  
• 超ロングモノリスキャピラリーカラムを用いたプロテオーム解析による関節リウマチ発症機構の解析

  油屋駿介; 森坂裕信; 森坂裕信; 武田裕美子; 芝崎誠司; 芝崎誠司; 青木航; 水口博義; 岩崎剛; 岩崎剛; 佐野充; 植田充美; 植田充美

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015年

  
• Degradation of proteinaceous components of neutrophil extracellular traps by aspartic proteases secreted by pathogenic yeasts, Candida albicans

  M. Gogol; O. Bochenska; N. Wolak; W. Aoki; M. Ueda; A. Kozik; M. Rapala-Kozik

  FEBS JOURNAL, 2014年09月

  
• EP-P35 Characterization of secreted aspartic proteases of Candida albicans(Section VII Enzyme and Protein Engineering)

  Aoki Wataru; Kitahara Nao; Morisaka Hironobu; Miura Natsuko; Kuroda Kouichi; Ueda Mitsuyoshi

  Journal of bioscience and bioengineering, 2009年11月, 筆頭著者

  
• Nanobody Libraries Using Protein Ligation

  Yuki Takaichi; Kaho Kajiwara; Wataru Aoki; Ueda Mitsuyoshi

  The FASEB Journal, 2021年05月, 査読有り

  
• Peptide barcoding for multiplex evaluation of affinities of nanobody libraries

  Takumi Miyazaki; Yusei Matsuzaki; Mitsuyoshi Ueda; Wataru Aoki

  The FASEB Journal, 2021年05月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Development of a Novel Sparse Labeling Method by Machine Learning‐Guided Engineering of Cre‐lox Recombination

  Yuji Yamauchi; Hidenori Matsukura; Mitsuyoshi Ueda; Wataru Aoki

  The FASEB Journal, 2021年05月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Selected Reaction Monitoring Method for The Quantification of Escherichia coli Ribosomal Proteins

  Yuishin Kosaka; Megumi Mori; Mitsuyoshi Ueda; Wataru Aoki

  The FASEB Journal, 2021年05月, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Development and improvement of ‘functional neural cellomics’ to elucidate the structure‐function relationships of neural networks of Caenorhabditis elegans

  Yuji Yamauchi; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  The FASEB Journal, 2020年04月, 査読有り

  
• Peptide barcoding for high‐throughput functional evaluation of antibodies without immobilization

  Wataru Aoki; Yusei Matsuzaki; Yuta Ohtani; Kaho Kajiwara; Kana Miyamoto; Natsuko Miura; Shunsuke Aburaya; Mitsuyoshi Ueda

  The FASEB Journal, 2020年04月, 査読有り, 筆頭著者

  
• A clinical paired resistant model elucidated novel dual salvage signaling that confers alectinibresistance in ALK-rearranged lung cancer.

  Takahiro Tsuji; Hiroaki Ozasa; Wataru Aoki; Shunsuke Aburaya; Tomoko Funazo; Koh Furugaki; Yasushi Yoshimura; Hitomi Ajimizu; Ryoko Okutani; Yuto Yasuda; Takashi Nomizo; Kiyoshi Uemasu; Koichi Hasegawa; Hironori Yoshida; Yoshitaka Yagi; Hiroki Nagai; Yuichi Sakamori; Mitsuyoshi Ueda; Toyohiro Hirai; Young Hak Kim

  AACR annual meeting 2018, 2018年04月, 査読有り

  
• Temporal quantitative proteome analysis reveals dynamic change of cellular and secreted protein profiles of Clostridium cellulovorans depending on carbon sources

  Aburaya Shunsuke; Aoki Wataru; Kuroda Kouichi; Ueda Mitsuyoshi

  FASEB JOURNAL, 2017年04月, 査読有り

  
• Integrating reductive and synthetic approaches in biology using man-made cell-like compartments

  Wataru Aoki; Ryo Komura; Eiichi Tamiya; Mitsuyoshi Ueda

  New Biotechnology, 2016年07月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Analysis of exosomal microRNAs derived from rheumatoid arthritis synovial fibroblasts

  Yosuke Takamura; Atsushi Satomura; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  New Biotechnology, 2016年07月, 査読有り

  
• Components of Candida albicans cell wall involved in mast cell degranulation and extracellular-trap formation in response to fungal infection

  Dominika Ostrowska; Marcin Zawrotniak; Adrianna Proba; Justyna Karkowska-Kuleta; Oliwia Bochenska; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda; Andrzej Kozik; Maria Rapala-Kozik

  New Biotechnology, 2016年07月, 査読有り

  
• Integrating reductive and synthetic approaches in biology using man-made cell-like compartments

  Wataru Aoki; Shun Komura; Eiichi Tamiya; Mitsuyoshi Ueda

  FASEB JOURNAL, 2016年04月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Integrating reductive and synthetic approaches in biology using man-made cell-like compartments

  Wataru Aoki; Shun Komura; Eiichi Tamiya; Mitsuyoshi Ueda

  FASEB JOURNAL, 2016年04月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Contribution of secreted aspartic proteases of pathogenic yeast Candida albicans to the neutralization of antimicrobial function of human high molecular weight kininogen

  O. Bochenska; M. Rapala-Kozik; N. Wolak; W. Kamysz; D. Grzywacz; W. Aoki; M. Ueda; A. Kozik

  FEBS JOURNAL, 2014年09月, 査読有り

  
• Mixed proteome analysis for clarification of the mechanism of infectious candidiasis

  Nao Kitahara; Hironobu Morisaka; Wataru Aoki; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  FASEB JOURNAL, 2014年04月, 査読有り

  
• Candida albicans exhibits a pepstatin A-insensitive secreted aspartic protease as a virulence factor

  Wataru Aoki; Nao Kitahara; Natsuko Miura; Hironobu Morisaka; Yoshihiro Yamamoto; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  FASEB JOURNAL, 2012年04月, 査読有り, 筆頭著者

  
• CONSTRUCTION OF HIGH-THROUGHPUT SINGLE CELL-BASED SYSTEM FOR SCREENING OF INTERACTIVE MOLECULES

  Wataru Aoki; Kouichi Kuroda; Mitsuyoshi Ueda

  IFPT'6: PROGRESS ON POST-GENOME TECHNOLOGIES, PROCEEDINGS, 2009年, 筆頭著者

  

講演・口頭発表等

• Establishment of peptide barcoding for high-throughput evaluation of sequence–affinity relationships of protein binders

  Miyazaki T; Matsuzaki Y; Aoki W; Ueda M

  生物工学若手研究者の集い（若手会）オンラインセミナー2022, 2022年05月

  
• Droplet microfluidicsによるハイスループットバイオロジーの創出

  第3回バイオナノミクス基盤技術研究会, 2018年, 招待有り

  
• Proteome analysis for understanding the cause of rheumatoid arthritis

  Aoki W

  2015 Kyoto University AMGEN Scholars Program, 2015年, 招待有り

  
• 好気性窒素固定細菌Azotobacter vinelandiiにおける好気条件で酸素高感受性ニトロゲナーゼの活性を保つメカニズムの解明

  滝本 廉; 立道 祐輝; 青木 航; 小坂 唯心; 水口 博義; 植田 充美; 黒田 浩一

  第44回日本分子生物学会, 2021年12月

  
• 機械学習駆動Cre–loxエンジニアリングによる新規神経スパースラベリング法の開発

  山内悠至; 植田充美; 青木航

  第44回日本分子生物学会, 2021年12月

  
• Yeast cell surface display of nanobody libraries using protein ligation

  Yuki Takaichi; Kaho Kajiwara; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  Pacifichem 2021, 2021年12月

  
• High-throughput evaluation of nanobody affinities using peptide barcoding

  Takumi Miyazaki; Yusei Matsuzaki; Mitsuyoshi Ueda; Wataru Aoki

  Pacifichem 2021, 2021年12月

  
• Bottom-up genetics for high-throughput reconstruction of biological systems

  Wataru Aoki; Wataru Nakahara; Mitsuyoshi Ueda

  Pacifichem 2021, 2021年12月

  
• Candida albicans新規抗原タンパク質のスクリーニングと免疫誘導能の評価

  芝崎誠司; 唐崎美樹; 青木航; 植田充美

  第94回日本生化学会大会, 2021年11月

  
• Selected reaction monitoring法を用いたリボソーム生合成プロセスの解析

  小坂唯心; 森めぐみ; 植田充美; 青木航

  The 14th Annual Meeting of the Japanese Society for Cell Synthesis Research, 2021年11月

  
• SpyTag/SpyCatcherシステムを用いたナノボディ変異体ライブラリの酵母表層提示

  高市 裕基; 梶原 果穂; 青木 航; 植田 充美

  第73回日本生物工学会大会, 2021年10月

  
• 遊離ナノボディのアフィニティをハイスループットに評価するペプチドバーコーディング

  宮崎拓己; 松崎友星; 青木航; 植田充美

  第73回日本生物工学会大会, 2021年10月

  
• 線虫Caenorhabditis elegansの神経細胞種特異的なプロテオミクス解析

  油屋 駿介; 山内 悠至; 馬場 健史; 植田 充美; 青木 航

  第73回日本生物工学会大会, 2021年10月

  
• 定量的プロテオーム を用いたCandida albicans新規抗原の探索

  芝崎誠司; 唐崎美樹; 青木航; 植田充美

  日本防菌防黴学会第48回年次大会, 2021年09月

  
• シングル人工リボソームの翻訳活性を検出可能な系の構築

  小坂唯心; 宮脇佑実; 森めぐみ; 植田充美; 青木航

  生物工学若手研究者の集い 夏のオンラインセミナー2021, 2021年07月

  
• Nanobody Libraries Using Protein Ligation

  Yuki Takaichi; Kaho Kajiwara; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  ASBMB 2021, 2021年04月

  
• Peptide barcoding for multiplex evaluation of affinities of nanobody libraries

  Takumi Miyazaki; Yusei Matsuzaki; Mitsuyoshi Ueda; Wataru Aoki

  ASBMB 2021, 2021年04月

  
• Development of a Novel Sparse Labeling Method by Machine Learning-Guided Engineering of Cre-lox Recombination

  YAMAUCHI Yuji; MATSUKURA Hidenori; UEDA Mitsuyoshi; AOKI Wataru

  ASBMB 2021, 2021年04月

  
• Selected Reaction Monitoring Method for The Quantification of Escherichia coli Ribosomal Proteins

  Yuishin Kosaka; Megumi Mori; Mitsuyoshi Ueda; Wataru Aoki

  ASBMB 2021, 2021年04月

  
• ペプチドバーコーディング法による 抗GFPナノボディの結合能に重要な残基の同定

  松崎 友星; 青木 航; 植田 充美

  日本農芸化学会2021年度大会, 2021年03月18日

  
• 多様な結合能を持つナノボディを試験管内で作製し評価できる「ペプチドバーコーディング法」

  松崎 友星; 青木 航; 植田 充美

  第43回 日本分子生物学会, 2020年12月02日

  
• L-アミノ酸オキシダーゼ細胞表層提示酵母による食品加工廃棄物からのアンモニア生産効率の向上

  渡邉幸夫; 青木航; 植田充美

  第43回 日本分子生物学会, 2020年12月02日

  
• リボソームタンパク質の包括的な解析のためのselected reaction monitoring

  小坂唯心; 森めぐみ; 青木航; 植田充美

  第43回 日本分子生物学会, 2020年12月02日

  
• 網羅的神経機能解析のための確率的Cre-lox組換えの制御法

  山内悠至; 松倉秀典; 青木航; 植田充美

  第43回 日本分子生物学会, 2020年12月02日

  
• YAP1は抗Apoptosis因子Mcl-1とBcl-xLの発現調節を介してALK陽性肺癌細胞の初期生存を仲介する

  辻 貴宏; 青木 航; 金 永学

  日本肺癌学会, 2020年11月13日

  
• バイオサイエンスデータベース、10年の軌跡とこれから【第2部】

  谷内江 望; 永野 惇; 青木 航; 伊藤 隆司

  トーゴーの日シンポジウム2020, 2020年10月05日, 招待有り

  
• 機能的セル・オミックスによる個体レベルの生命現象の理解

  青木 航

  バイオ計測サイエンス研究部会2020 シンポジウム, 2020年08月24日, 招待有り

  
• Development and improvement of ‘functional neural cellomics’ to elucidate the structure-function relationships of neural networks of Caenorhabditis elegans

  Yuji YAMAUCHI; Wataru AOKI; Mitsuyoshi UEDA

  ASBMB 2020, 2020年04月07日

  
• Peptide barcoding for high-throughput functional evaluation of antibodies without immobilization

  Wataru AOKI; Yusei MATSUZAKI; Yuta OHTANI; Kaho KAJIWARA; Kana MIYAMOTO; Natsuko MIURA; Shunsuke ABURAYA; Mitsuyoshi UEDA

  ASBMB 2020, 2020年04月07日

  
• リボソーム生合成プロセス解析のための Selected reaction monitoring

  小坂唯心; 森めぐみ; 青木航; 植田充美

  日本農芸化学会2021年度大会, 2020年03月18日

  
• l-アミノ酸オキシダーゼ細胞表層提示酵母による食品加工廃棄物からの高効率なアンモニア生産

  渡邉幸夫; 青木航; 植田充美

  日本農芸化学会2021年度大会, 2020年03月18日

  
• 機能的ナノボディ探索に向けた酵母表層提示システムの最適化

  梶原 果穂; 青木 航; 植田 充美

  日本農芸化学会2020年度大会, 2020年03月

  
• 質量分析で生物間相互作用を理解する

  青木 航; 植田 充美

  日本農芸化学会2020年度大会, 2020年03月

  
• 遊離状態のナノボディの結合能をハイスループットに評価できる「ペプチドバーコーディング法」

  松崎 友星; 青木 航; 植田 充美

  日本農芸化学会2020年度大会, 2020年03月

  
• 高感度なSRMプロテオミクスに向けたモノリスカラムの細径ロング化

  大谷 優太; 油屋 駿介; 水口 博義; 三浦 夏子; 青木 航; 植田 充美

  第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月

  
• 線虫神経ネットワークの構造・機能連関の包括的理解を志向した「機能的ニューラル・セル・オミックス」の展開

  山内 悠至; 青木 航; 植田 充美

  第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月

  
• 機能的セルオミックスによる神経ネットワーク機能の網羅的アノテーション

  青木 航

  「JST さきがけ・統合1 細胞解析のための革新的技術基盤領域」-第5 回成果報告会, 2019年12月

  
• 生細胞内分子クラウディング環境の再構成への試み

  田中 遼治; 青木 航; 植田 充美

  第71回日本生物工学会大会, 2019年09月

  
• ペプチドバーコードを付加した抗体の結合能の定量評価

  松崎 友星; 青木 航; 植田 充美

  第71回日本生物工学会大会, 2019年09月

  
• 機能的ナノボディ探索に向けた酵母表層提示システムの最適化

  梶原 果穂; 青木 航; 植田 充美

  第71回日本生物工学会大会, 2019年09月

  
• ボトムアップジェネティクスによる生命現象のハイスループット再構成

  中原 航; 青木 航; 植田 充美

  第71回日本生物工学会大会, 2019年09月

  
• 1細胞セルオミックスによる多細胞ネットワークが織り成す生命現象の解明

  青木 航

  第71回日本生物工学会大会, 2019年09月

  
• Antioxidant-producing bacteria confer stress tolerance to coral endosymbionts

  Keisuke Motone; Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  Marine Biotechnology Conference 2019, 2019年09月

  
• Cellomics approach for high-throughput functional annotation of Caenorhabditis elegans neural network

  Wataru Aoki; Yuji Yamauchi; Mitsuyoshi Ueda

  第57回日本生物物理学会年会, 2019年09月

  
• モノリステクノロジーが切り開く次世代プロテオミクス・メタボロミクス

  青木 航; 植田 充美

  日本プロテオーム学会2019年大会, 2019年07月, 招待有り

  
• Optimization of preparation processes of nanobody in yeast

  Kajo Kajiwara; Kana Miyamoto; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  2019年06月

  
• High–Throughput Evaluation of Antibody Mutants In Vitro Prepared

  Yusei Matsuzaki; Kanam Miyamoto; Yuta Ohtani; Kaho Kajiwara; Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  ASM Microbe 2019, 2019年06月

  
• Phycosphere microbiome manipulation elucidates bacterial contribution to stress resistance of coral endosymbionts

  Keisuke Motone; Shunsuke Aburaya; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  ASM Microbe 2019, 2019年06月

  
• Peptide Barcoding for Establishment of New Types of Genotype–Phenotype Linkages

  Wataru Aoki; Kana Miyamoto; Yuta Ohtani; Natsuko Miura; Shunsuke Aburaya; Yusei Matsuzaki; Kaho Kajiwara; Mitsuyoshi Ueda

  ASM Microbe 2019, 2019年06月

  
• Analysis of neural networks of Caenorhabditis elegans by functional cellomics

  Yuji YAMAUCHI; Hidenori MATSUKURA; Wataru AOKI; Mitsuyoshi UEDA

  American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2019年04月

  
• Advantages of proteomics using meter-long monolithic columns with small inner diameter

  Yuta Ohtani; Shunsuke Aburaya; Hiroyoshi Minakuchi; Natsuko Miura; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2019年04月

  
• Reconstruction of biological subsystems using bottom-up genetics

  Wataru AOKI; Keisuke MOTONE; Mitsuyoshi UEDA

  American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2019年04月

  
• 細径化ロングモノリスカラムによるSRMプロテオミクスの高感度化

  大谷 優太; 油屋 駿介; 水口 博義; 三浦 夏子; 青木 航; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2019年03月

  
• マイクロ流路を利用したハイスループット機能的GPCRアッセイの開発

  青木 航; 柳沼 謙志; 三浦 夏子; 小川 雅人; 西川 洋平; 細川 正人; 竹山 春子; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2019年03月

  
• Improved proteome and metabolome analysis using monolithic columns

  Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda

  京都生体質量分析研究会, 2019年02月, 招待有り

  
• モノリステクノロジーによる次世代オミックス解析

  青木 航

  センシング技術コンソーシアム, 2019年02月, 招待有り

  
• 仮説フリーサイエンスの拡張による生命理解の高速化

  青木 航

  第3回生物機能開発研究所講演会, 2018年12月, 招待有り

  
• 線虫神経ネットワークのハイスループットアノテーション法の開発

  山内悠至; 松倉秀典; 横山治樹; 青木航; 植田充美

  分子生物学会, 2018年11月

  
• 機能的セロミクスを用いた線虫行動の解析

  松倉 秀典; 山内 悠至; 横山 治樹; 青木 航; 植田 充美

  分子生物学会, 2018年11月

  
• マイクロ流路を利用したハイスループットGPCRリガンドアッセイ

  柳沼 謙志; 三浦 夏子; 青木 航; 小川 雅人; 西川 洋平; 細川 正人; 竹山 春子; 植田 充美

  分子生物学会, 2018年11月

  
• in vitroでのリボソーム生合成のための試み

  森 めぐみ; 宮脇 佑実; 油屋 駿介; 青木 航; 植田 充美

  分子生物学会, 2018年11月

  
• ボトムアップジェネティクスによる生物学的システム再構成のハイスループット化

  青木航; 古村 崚; 元根啓佑; 植田充美

  分子生物学会, 2018年11月

  
• ペプチドバーコードを用いたNanobodyスクリーニングシステムの確立

  宮本 佳奈; 三浦 夏子; 大谷 優太; 柳沼 謙志; 油屋 駿介; 青木 航; 植田 充美

  分子生物学会, 2018年11月

  
• 生物学的システム理解の高速化に向けた コンビナトリアル人工ゲノムデザイン法の提唱

  青木航; 元根啓佑; 植田充美

  「細胞を創る」研究会, 2018年10月

  
• 大腸菌破砕液を用いたリボソーム生合成プロセスの再構成の試み

  森 めぐみ; 宮脇 佑実; 油屋 駿介; 青木 航; 植田 充美

  「細胞を創る」研究会, 2018年10月

  
• Cellomics approach for high-throughput functional annotation of Caenorhabditis elegans neural network

  青木 航

  Max Planck Florida Institute-JST(PRESTO) Joint Workshop on Neuroscience and Single Cell Research, 2018年10月, 招待有り

  
• ファンクショナルセロミクスによる神経ネットワークのハイスループットアノテーション

  山内悠至; 松倉秀典; 青木航; 植田充美

  2018年09月

  
• バイアスドランダム化とDNAバーコード付加によるプロモーター変異体のハイスループット解析

  青木航; 古村崚; 元根啓佑; 植田充美

  日本生物工学会, 2018年09月

  
• 神経ネットワーク機能の網羅的解析を目指した バイアスフリーオプトジェネティクスの開発

  青木 航

  細胞凝集研究会, 2018年07月27日, 招待有り

  
• モノリステクノロジーによる次世代プロテオミクス

  青木 航

  基盤医学特論, 2018年06月, 招待有り

  
• 実験計画法を用いたプロテオミクスにおけるLC-MS/MS最適化法の確立

  油屋駿介; 青木航; 植田充美

  生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー, 2018年06月

  
• 神経ネットワークの網羅的解析に向けたfunctional cellomicsの開発

  青木 航; 山内 悠至; 松倉 秀典; 植田 充美

  生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー, 2018年06月

  
• 海洋資源の有効利用と保全への取り組み―大型藻類の有効利用とサンゴ礁の保護―

  元根 啓佑; 青木 航; 黒田 浩一; 植田 充美

  生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー, 2018年06月

  
• Microbial Production and Functional Evaluation of Peptide-tagged single-domain antibody

  宮本 佳奈; 三浦 夏子; 大谷 優太; 柳沼 謙志; 油屋 駿介; 青木 航; 植田 充美

  American Society for Microbiology, 2018年06月

  
• A Novel Approach of High-throughput GPCR Ligand Assay System

  柳沼 謙志; 三浦 夏子; 青木 航; 植田 充美

  American Society for Microbiology, 2018年06月

  
• 経時的定量プロテオーム解析を用いた細胞内・分泌タンパク質一斉分析によるClostridium cellulovoransの植物構成多糖適応機構の解析

  油屋 駿介; 青木 航; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2018年03月

  
• Pichia pastorisを用いたAffibodyとNanobodyの生産

  宮本 佳奈; 三浦 夏子; 大谷 優太; 柳沼 謙志; 青木 航; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2018年03月

  
• 赤茎ホウレンソウの特徴の解析と機能性向上を目指した水耕栽培系の確立

  渡辺 祥; 青木 航; 宇野 祐子; 助清 泰教; 窪川 清一; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2018年03月

  
• マイクロ流路を利用したハイスループットGPCRリガンドアッセイ系の開発

  柳沼 謙志; 三浦 夏子; 青木 航; 小川 雅人; 西川 洋平; 細川 正人; 竹山 春子; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2018年03月

  
• 細径モノリスカラムを用いた高感度プロテオミクスとその感度評価

  大谷 優太; 藤井 温子; 油屋 駿介; 水口 博義; 三浦 夏子; 青木 航; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2018年03月

  
• デザイナーリボソーム構築に向けた試み

  森 めぐみ; 宮脇 佑美; 油屋 駿介; 青木 航; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2018年03月

  
• ボトムアップジェネティクスの実現に向けたin vitro転写翻訳システムの改良

  青木 航; 古村 崚; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2018年03月

  
• サンゴ共生褐虫藻の単離・培養条件の検討

  元根 啓佑; 三浦 夏子; 高木 俊幸; 青木 航; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2018年03月

  
• 神経ネットワークの網羅的解析に向けた“functional cellomics”の開発

  青木 航; 山内 悠至; 松倉 秀典; 万 沢夫; 橋本 崇志; 油屋 駿介; 植田 充美

  日本分子生物学会, 2017年12月

  
• 抗活性酸素剤によるサンゴ幼生の生存率の向上の実現

  元根 啓佑; 高木 俊幸; 油屋 駿介; 青木 航; 三浦 夏子; 竹山 春子; 長崎 幸夫; 新里 宙也; 植田 充美

  日本サンゴ礁学会, 2017年11月

  
• Mixed proteome analysis to elucidate complex symbiotic interactions

  青木 航; 植田 充美

  9th International Conference and Expo on Proteomics and Molecular Medicine, 2017年11月, 招待有り

  
• 遺伝子発現に多様な強度を持つT7プロモーターバリアントの作製

  古村 崚; 青木 航; 元根 啓佑; 植田 充美

  「細胞を創る」研究会, 2017年10月

  
• ニューラルネットワークを網羅的かつハイスループットに解析する新規方法論

  松倉 秀典; 横山 治樹; 青木 航; 植田 充美

  日本生物工学会, 2017年09月

  
• 養液栽培法による非遺伝子組み換えの機能性ホウレンソウの作製

  渡辺 祥; 大谷 優太; 立上 陽平; 青木 航; 雨宮 崇; 助清 泰教; 窪川 清一; 植田 充美

  日本生物工学会, 2017年09月

  
• 「構成的遺伝学」を用いた大腸菌相同組換え機構の解明

  古村 崚; 青木 航; 植田 充美

  日本生物工学会, 2017年09月

  
• メタボロミクス解析を用いた山廃日本酒製造に関わる代謝産物の同定

  油屋 駿介; 立上 陽平; 森坂 裕信; 青木 航; 高阪 千尋; 谷 雅史; 廣岡 青央; 山本 佳宏; 北岡 篤士; 藤原 久志; 若井 芳則; 植田 充美

  日本生物工学会, 2017年09月

  
• 人工細胞を用いた、生命科学における還元的方法と構成的方法の統合

  青木 航; 古村 崚; 植田 充美

  日本生物工学会, 2017年09月

  
• サンゴ共生体の保護を目指した取り組み―抗活性酸素剤による高温ストレス下でのサンゴ幼生の生存率の向上―

  元根 啓佑; 高木 俊幸; 油屋 駿介; 新里 宙也; 長崎 幸夫; 竹山 春子; 青木 航; 植田 充美

  環境微生物系学会合同大会, 2017年08月

  
• 生命動作原理の理解に向けてー新規オミックスアプローチの提案ー

  青木 航

  バイオインフォマティクス相談部会 第一回勉強会, 2017年08月

  
• Folate biofortification in hydroponically cultivated spinach

  青木 航; 渡辺 祥; 立上 陽平; 大谷 優太; 雨宮 崇; 助清 泰教; 窪川 清一; 植田 充美

  SHIMADZU Global Innovation Summit 2017, 2017年07月

  
• Proposal toward coral reef protection from global warming: increased survival rate of redox nanoparticle-treated coral larvae under heat stress

  元根 啓佑; 高木 俊幸; 油屋 駿介; 新里 宙也; 長崎 幸夫; 竹山 春子; 青木 航; 植田 充美

  American Society for Microbiology, 2017年06月

  
• Temporal quantitative proteome analysis reveals dynamic change of cellular and secreted protein profiles of Clostridium cellulovorans depending on carbon sources

  青木 航

  American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2017年04月

  
• High-throughput Functional Annotation of the Caenorhabditis elegans Neural Network

  青木 航; 横山 治樹; 松倉 秀典; 植田 充美

  American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2017年04月

  
• 養液栽培法によるホウレンソウの栄養機能性向上

  渡辺 祥; 立上 陽平; 大谷 優太; 青木 航; 雨宮 崇; 助清 泰教; 窪川 清一; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2017年03月

  
• インフルエンザウイルスの高頻度変異膜タンパク質に対する新規阻害剤スクリーニング系の考案

  西岡 良将; 里村 淳; 青木 航; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2017年03月

  
• 関節リウマチのモデル滑膜繊維芽細胞由来のエクソソームマイクロRNAの解析

  髙村 陽介; 里村 淳; 青木 航; 芝崎 誠司; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2017年03月

  
• 地球温暖化により消滅の危機にあるサンゴ礁の修復（その1） ― Redox nanoparticle による高温ストレス下でのサンゴ幼生の生存率の向上 ―

  元根 啓佑; 高木 俊幸; 油屋 駿介; 新里 宙也; 長崎 幸夫; 竹山 春子; 青木 航; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2017年03月

  
• モノリステクノロジーによる次世代プロテオミクスの展開と新規創薬への応用

  青木 航; 植田 充美

  京都バイオ計測センター研究交流発表会, 2017年03月, 招待有り

  
• Monolith Technologies for Next Generation Proteomics

  青木 航

  Second KU-KUGSA Symposium, 2016年12月, 招待有り

  
• ニューラルネットワークを網羅的かつハイスループットに解析する新規方法論

  横山 治樹; 青木 航; 植田 充美

  日本分子生物学会, 2016年11月

  
• Constructive genetics for ultra-high-throughput molecular biology workflow

  古村 崚; 青木 航; 民谷 栄一; 植田 充美

  International Conference on Single Cell Research, 2016年11月

  
• Monolith technologies for next generation proteomics

  青木 航

  Wageningen University – Kyoto University International Exchange Program, 2016年10月, 招待有り

  
• TOWARDS SINGLE-CEL LEVEL YEAST-MAMMALIAN SCREENING SYSTEM FOR NOVEL BIOACTIVE PEPTIDES ACTING ON G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR

  Takaki Okajima; Wilfred Villariza Espulgar; Wataru Aoki; Masato Saito; Eiichi Tamiya

  MicroTAS, 2016年10月

  
• 意識の謎に光をあてる－オプトジェネティクスの進展－

  青木 航

  京都バイオ計測センターシンポジウム, 2016年08月, 招待有り

  
• Analysis of exosomal microRNAs derived from rheumatoid arthritis synovial fibroblasts

  髙村 陽介; 里村 淳; 青木 航; 植田 充美

  European Congress on Biotechnology, 2016年07月

  
• Xylan培養時におけるClostridium cellulovoransの細胞内・分泌系の同時経時的プロテオミクス

  油屋 駿介; 青木 航; 黒田 浩一; 植田 充美

  生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー, 2016年07月

  
• Integrating reductive and synthetic approaches in biology using man-made cell-like compartments

  古村 崚; 青木 航; 民谷 栄一; 植田 充美

  European Congress on Biotechnology, 2016年07月

  
• Integrating reductive and synthetic approaches in biology using man-made cell-like compartments

  青木 航; 古村 崚; 民谷 栄一; 植田 充美

  American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2016年04月

  
• 新規共存プロテオーム解析法による病原性真菌Candida albicansの免疫細胞マクロファージとの相互作用解析

  北原 奈緒; 青木 航; 森坂 裕信; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2016年03月

  
• 次世代水素エネルギーの安全キャリアとしての活用を目指した 農林水産廃棄物からのアンモニア大量生産系の構築

  青木 航; 植田 充美

  「知」の集積と活用の場 産学官連携協議会, 2016年03月

  
• ムラサキのシコニン生合成経路の解明に向けたプロテオーム解析

  中川 友喜美; 高梨 功次郎; 青木 航; 油屋 駿介; 植田 充美; 矢崎 一史

  日本植物生理学会, 2016年03月

  
• Integrating reductive and constructive approaches in biology using artificial cells

  青木 航

  Integration of Synthetic Biology and Systems Biology of Microbes, 2016年03月, 招待有り

  
• Synthetic approaches for understanding biological phenomena

  青木 航

  University of Bordeaux-Kyoto University Mini-symposium on Biomolecular Science, 2016年01月, 招待有り

  
• Integrating reductive and synthetic approaches in biology using man-made cell-like compartments

  青木 航; 齋藤 真人; 民谷 栄一

  Pacifichem, 2015年12月

  
• 新規共存プロテオーム解析法による病原性真菌Candida albicansの免疫細胞マクロファージの相互作用解析

  北原 奈緒; 青木 航; 森坂 裕信; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本生物工学会, 2015年10月

  
• 超ロングモノリスキャピラリーカラムを用いたプロテオーム解析による関節リウマチ発症機構の解析

  油屋 駿介; 森坂 裕信; 武田 裕美子; 芝崎 誠司; 青木 航; 水口 博義; 岩崎 剛; 佐野 統; 植田 充美

  日本プロテオーム学会, 2015年07月

  
• 人工細胞と次世代シーケンサーを基盤技術として生命科学における還元的方法と構成的方法を融合する

  青木 航; 古村 崚; 齋藤 真人; 眞鍋 理一郎; 森 浩禎; 山口 佳則; 民谷 栄一

  21世紀大腸菌研究会, 2015年06月

  
• 人工細胞と次世代シーケンサーを活用した、 生命科学における還元的方法と構成的方法の融合

  青木 航

  慶応大学 特別講義, 2015年01月, 招待有り

  
• SERS analysis of live human neutrophils’ activation using gold nanoparticles

  Tatsuya Ishibashi; Hiroyuki Yosikawa; Daiki Mita; Takuma Horii; Wataru Aoki; Masayuki Niside; Daisuke Ito; Masato Saito; Atsushi Kumanogoh; Eiichi Tamiya

  Japan-Singapore international workshop on nanophotonics, plasmonics, metamaterials, 2014年12月

  
• 人工細胞と次世代シーケンサーを基盤技術とし、 還元的方法と構成的方法を融合する

  青木 航; 齋藤 真人; 眞鍋 理一郎; 森 浩禎; 山口 佳則; 民谷 栄一

  「細胞を創る」研究会, 2014年11月

  
• 新規共存プロテオーム解析法による病原性真菌Candida albicansの免疫細胞マクロファージの破壊機構の解析

  北原 奈緒; 森坂 裕信; 青木 航; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本生化学会, 2014年10月

  
• 人工細胞と次世代シーケンサーを基盤技術とした、 生命科学における還元的方法と構成的方法の融合

  青木 航; 齋藤 真人; 眞鍋 理一郎; 森 浩禎; 山口 佳則; 民谷 栄一

  無細胞生命科学研究会, 2014年09月

  
• 超並列１細胞ゲノム解析法の開発と細胞完全再構成への応用

  青木 航; 齋藤 真人; 眞鍋 理一郎; 森 浩禎; 山口 佳則; 民谷 栄一

  バイオ関連化学シンポジウム, 2014年09月

  
• 人工細胞を基盤技術として還元的方法と構成的方法を融合する

  青木 航; 齋藤 真人; 眞鍋 理一郎; 森 浩禎; 山口 佳則; 民谷 栄一

  生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー, 2014年07月

  
• Mixed proteome analysis for clarification of the mechanism of infectious candidiasis

  北原 奈緒; 森坂 裕信; 青木 航; 黒田 浩一; 植田 充美

  American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2014年04月

  
• 時間分解定量プロテオームによる病原性真菌Candida albicansの血清適応に寄与する因子の解析

  北原 奈緒; 青木 航; 森坂 裕信; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本分子生物学会, 2013年12月

  
• カンジダ症の発病機構解明をめざした時系列共存プロテオーム解析

  北原 奈緒; 森坂 裕信; 青木 航; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本生物工学会, 2013年09月

  
• Droplet microfluidicsと次世代シーケンサーによる相同組換えに必要十分な因子の決定

  青木 航

  NGS現場の会, 2013年09月

  
• Proteomic profiling of proteins associated with symbiotic conditions in Mesorhizobium loti

  立上 陽平; 南部 真美; 松井 一真; 青木 航; 森坂 裕信; 黒田 浩一; 植田 充美

  American Society for Microbiology, 2013年05月

  
• Candida症の診断と予防を目指した Candida albicansの生化学的解析と 分子ディスプレイ技術の応用

  芝崎 誠司; 青木 航; 植田 充美

  日本薬学会, 2013年03月, 招待有り

  
• 真菌Candida albicansの病原性プロテアーゼの解析と新規抗菌物質のデザイン

  青木 航; 北原 奈緒; 三浦 夏子; 森坂 裕信; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本細菌学会, 2013年03月, 招待有り

  
• 時間分解プロテオームによる病原性真菌Candida albicansの血清適応メカニズムの解明

  青木 航; 立上 陽平; 森坂 裕信; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本分子生物学会, 2012年12月

  
• 時間分解プロテオームによる病原性真菌Candida albicansの動態解析

  青木 航; 植田 充美

  酵母細胞研究会, 2012年11月, 招待有り

  
• TIME-COURSE PROTEOMIC PROFILE OF CANDIDA ALBICANS WITH A LONG MONOLITHIC SILICA CAPILLARY COLUMN

  青木 航; 立上 陽平; 森坂 裕信; 黒田 浩一; 植田 充美

  International Joint Symposium on Single-Cell Analysis, 2012年11月

  
• 共生窒素固定細菌Mesorhizobium lotiのプロテオーム解析

  立上 陽平; 松井 一真; 青木 航; 森坂 裕信; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本生物工学会, 2012年10月

  
• Design of a novel antimicrobial peptide activated by virulent proteases

  青木 航; 北原 奈緒; 三浦 夏子; 森坂 裕信; 黒田 浩一; 植田 充美

  European Congress on Biotechnology, 2012年09月

  
• 病原性プロテアーゼの存在を感知し、特異的に活性を発揮する新規ドラッグデザイン

  青木 航; 北原奈緒; 植田 充美

  生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー, 2012年06月

  
• Secreted aspartic proteinases of Candida albicans release proinflammatory bradykinin-related peptides from human kininogen

  Maria Rapala-Kozik; Oliwia Bocheńska; Mariusz Gogól; Natalia Wolak; Ibeth Guevara-Lora; Wataru Aoki; Mitsuyoshi Ueda; Andrzej Kozik

  American Society for Microbiology, 2012年06月

  
• Candida albicans exhibits a pepstatin A-insensitive secreted aspartic protease as a virulence factor

  青木 航; 北原 奈緒; 三浦 夏子; 森坂 裕信; 山本 佳宏; 黒田 浩一; 植田 充美

  American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2012年04月

  
• 日和見感染真菌Candida albicansの細胞壁プロテオーム解析

  上田 知美; 青木 航; 北原 奈緒; 森坂 裕信; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本生物工学会, 2011年09月

  
• 日和見病原性真菌Candida albicans由来ALS接着タンパク質の特性解析

  青木 航; 三浦 夏子; 森坂 裕信; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本生化学会, 2011年09月

  
• Characterization of ALS isozymes of Candida albicans, an opportunistic pathogen

  青木 航; 三浦 夏子; 黒田 浩一; 植田 充美

  American Society for Microbiology, 2011年05月

  
• カンジダ症の原因菌Candida albicansの病原性を解明する

  青木 航

  生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー, 2010年07月

  
• Characterization of Secreted Aspartic Protease Isozymes of Candida albicans, an opportunistic pathogen

  青木 航; 北原 奈緒; 森坂 裕信; 三浦 夏子; 黒田 浩一; 植田 充美

  American Society for Microbiology, 2010年05月

  
• 酵母Candida albicans由来酸性プロテアーゼの分子解析

  北原 奈緒; 青木 航; 森坂 裕信; 三浦 夏子; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本農芸化学会, 2010年03月

  
• Characterization of secreted aspartic proteases of Candida albicans

  青木 航; 北原 奈緒; 森坂 裕信; 三浦 夏子; 黒田 浩一; 植田 充美

  APBioChEC, 2009年11月

  
• Candida albicans由来分泌型酸性プロテアーゼの特性解析

  青木 航; 北原 奈緒; 森坂 裕信; 三浦 夏子; 黒田 浩一; 植田 充美

  日本生化学会, 2009年10月

  
• 抗菌ペプチドと抑制ペプチド

  青木 航

  技術シーズ勉強会, 2009年09月, 招待有り

  
• Construction of high-throughput single cell-based system for screening of interactive molecules

  青木 航; 黒田 浩一; 植田 充美

  The International Forum of Post-Genome Technologies (IFPT' 6), 2009年09月

  
• Candida albicans由来分泌型酸性プロテアーゼの基質特異性の解析

  青木航; 森坂裕信; 三浦夏子; 黒田浩一; 植田充美

  日本農芸化学会, 2009年03月

  
• Characterization of substrate specificity and protein degradation process of Secreted aspartyl protease from Candida albicans using monolithic chromatography

  青木 航; 森坂 裕信; 植田 充美

  HPLC2008, 2008年09月

  

書籍等出版物

• 論文図表を読む作法 : はじめて出会う実験&解析法も正しく解釈! : 生命科学・医学論文をスラスラ読むためのFigure事典

  牛島, 俊和; 中山, 敬一, 分担執筆, 第7章 網羅的解析

  羊土社, 2022年07月

  京大の蔵書を調べる：

  
• クリーンエネルギー

  渡邉 幸夫; 青木 航; 植田 充美, 分担執筆, カーボンフリーバイオアンモニア生産プラットフォームの開発

  2022年03月

  
• Fungal Biotechnology and Bioengineering

  Shibasaki S; Karasaki M; Aoki W; Ueda M, 分担執筆, Prompt and convenient preparation of oral vaccines using yeast cell surface display

  Springer, 2020年

  
• バイオイノベーションに向けて～バイオテクノロジーの新技術からの新しい視点～

  柳沼 謙志; 青木 航; 植田 充美, 分担執筆, 細胞膜レセプターに対するハイスループットリガンドアッセイの構築

  2019年03月

  
• Proteomics: Advances in Research and Applications

  Aburaya S; Aoki W; Ueda M, Proteome analysis of soft-biomass microbial-degradation using monolith-based nano-LC/MS/MS

  Nova Science Publishers, 2019年

  
• Yeast Cell Surface Engineering

  Aoki W, Engineering antibodies and alternative binders for therapeutic uses

  Springer, 2019年

  
• 人工細胞の創製とその応用

  古村 崚; 青木 航; 植田 充美, 分担執筆, クレイグ・ベンターの戦略

  2017年01月

  
• 生物工学会誌

  青木 航; 植田 充美, 分担執筆, 生命の完全な理解を目指して―構成的遺伝学の提唱によるバイオインターフェイスの新しい視点―

  2016年

  
• バイオサイエンスとインダストリー

  青木 航, 分担執筆, 日本農芸化学会大会見聞記

  2016年

  
• 生物工学会誌

  青木 航, 分担執筆, 第三の生体触媒

  2015年

  
• Candida albicans: Symptoms, Causes and Treatment Options

  Aoki W; Ueda M, New developments in the pathogenesis of Candida albicans: characterization of secreted aspartic proteases and profiling of survival mechanism in blood

  Nova Science Publishers, 2013年

  
• 薬学雑誌

  芝崎 誠司; 青木 航; 植田 充美, 分担執筆, バイオディフェンス―免疫システム分子制御の新たな局面

  2013年

  
• 薬学雑誌

  芝崎 誠司; 青木 航; 植田 充美, 分担執筆, Candida症の診断と予防を目指したCandida albicansの生化学的解析と分子ディスプレイ技術の応用

  2013年

  
• 酵素工学ニュース

  青木 航, 分担執筆, 第35回日本分子生物学会年会学術集会報告

  2013年

  
• バイオエネルギー再燃

  渡邉 幸夫、青木 航, 分担執筆, カーボンフリーバイオアンモニア燃料の開発

  シーエムシー出版, 2021年11月

  京大の蔵書を調べる：

  
• 酵素工学ニュース 第86号

  青木 航, 分担執筆, データ駆動型サイエンスによる高次生命現象の理解

  2021年10月

  
• 細胞 2021年 10月号

  青木 航, 分担執筆, 1細胞プロテオミクスの最先端

  2021年09月

  
• 生物工学会誌 – 99巻6号

  青木 航, 分担執筆, 機能的セル・オミックスによる個体レベルの生命現象の理解

  日本生物工学会, 2021年06月

  
• 月刊「細胞」2020年11月号

  青木 航, 分担執筆, ペプチドバーコーディング法による抗体エンジニアリング

  北隆館, 2020年10月

  
• シングルセル解析でなにがわかるか

  青木 航, 分担執筆, 新規「機能的セロミクス」と「シングルセルゲノム精密編集技術」の融合に向けて

  化学同人, 2020年07月

  京大の蔵書を調べる：

  
• 細胞表層工学の進展

  青木 航, 分担執筆, 医薬展開を目指した抗体および非抗体スキャフォールドバインダーの指向性進化

  2020年04月

  
• バイオイノベーションに向けて～バイオテクノロジーの新技術からの新しい視点～

  青木 航, 分担執筆, 機能的セロミクスによる線虫脳機能の網羅的アノテーション

  2019年03月, 査読無し

  
• AI導入によるバイオテクノロジーの発展

  青木 航, 分担執筆, 脳機能の解明を目指した個体レベルのdata-driven scienceの実装

  2018年02月, 査読無し

  
• 実験医学

  青木 航, 分担執筆, 若手研究者が独創的な研究を生み出すために

  2017年08月, 査読無し

  
• 人工細胞の創製とその応用

  青木 航, 分担執筆, ボトムアップで細胞を理解する「リバース分子生物学」の提唱

  2017年01月, 査読無し

  
• 実験を安全に行うために 第8版

  青木 航, 分担執筆, 2章 試薬の取り扱い

  2017年01月, 査読無し

  

産業財産権

• 特許第5750216号, 新規リンカーを用いた抗菌剤および診断薬

  青木 航

  

外部資金：科学研究費補助金

• ボトムアップジェネティクスによる大腸菌ゲノム相同組み換えのシステム解析

  若手研究

  小区分43060:システムゲノム科学関連

  京都大学

  青木 航

  自 2019年04月01日, 至 2021年03月31日, 完了

  合成生物学;Bottom-up genetics;人工細胞;ボトムアップジェネティクス

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19K16109/
• ドライバー遺伝子陽性肺癌における新規治療戦略の開発

  基盤研究(C)

  小区分53030:呼吸器内科学関連

  京都大学

  小笹 裕晃

  自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了

  肺癌;YAP1;治療初期生存;ドライバー遺伝子;分子標的治療薬;抗癌剤耐性;患者由来癌細胞;プロテオーム解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19K08601/
• リバースオプトジェネティクスの実証と、線虫の「動き」モデリングへの展開

  挑戦的研究(萌芽)

  京都大学

  青木 航

  自 2017年06月30日, 至 2019年03月31日, 完了

  optogenetics;reverse optogenetics;functional cellomics;C. elegans;neural network;Connectome;Reverse optogenetics

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K19452/
• 人工細胞を用いた遺伝学的および合成生物学的手法の融合

  若手研究(B)

  京都大学;大阪大学

  青木 航

  自 2014年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了

  合成生物学;構成的遺伝学;Synthetic biology;遺伝学

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26830139/
• 急速進行性間質性肺炎の病態解明と治療法の開発

  基盤研究(B)

  小区分54020:膠原病およびアレルギー内科学関連

  大阪大学

  高松 漂太

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  急速進行性間質性肺炎;MDA5抗体陽性皮膚筋炎;疾患モデルマウス開発;ナノボディー;中和抗体開発

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03111/
• ユビキノンの新しい生理機能の発掘を目指した細胞内動態の解明

  基盤研究(B)

  小区分38040:生物有機化学関連

  京都大学

  村井 正俊

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  ユビキノン;細胞内輸送;光親和性標識;クリックケミストリー;出芽酵母

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02273/

教育

担当科目

• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生体高分子化学専攻演習２

  CB20, 通年, 農学研究科, 3
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  一般生体高分子化学

  5633, 前期, 農学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生体高分子化学専攻演習１

  CB19, 通年, 農学研究科, 3
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生化学実験

  5669, 通年集中, 農学部, 3
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生体高分子化学専攻実験２

  CC20, 通年, 農学研究科, 6
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生体高分子化学専攻実験１

  CC19, 通年, 農学研究科, 6
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  基礎化学実験

  前期, 全学共通科目
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生体高分子化学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生体高分子化学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生体高分子化学専攻実験

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生体高分子化学専攻演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生体高分子化学専攻演習２

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生体高分子化学専攻演習

  通年, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生体高分子化学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  生化学実験

  前期, 農学部
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生体高分子化学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生体高分子化学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生体高分子化学専攻実験

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生体高分子化学専攻演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生体高分子化学専攻演習２

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生体高分子化学専攻演習

  通年, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生体高分子化学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  生化学実験

  前期, 農学部
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生体高分子化学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生体高分子化学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生体高分子化学専攻演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生体高分子化学専攻演習２

  通年, 農学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生体高分子化学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  生化学実験

  前期, 農学部
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生体高分子化学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生体高分子化学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生体高分子化学専攻演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生体高分子化学専攻演習２

  通年, 農学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生体高分子化学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2019年04月, 至 2020年03月

  生化学実験

  前期, 農学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  Advanced Applied Biochemistry

  後期集中, 農学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  一般生体高分子化学

  前期, 農学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  応用生命科学III

  前期集中, 全学共通科目
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  応用生命科学 III

  前期集中, 農学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生体高分子化学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生体高分子化学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生体高分子化学専攻演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生体高分子化学専攻演習２

  通年, 農学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生体高分子化学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生体高分子構造論

  後期, 農学部
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  生化学実験

  通年集中, 農学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  Advanced Applied Biochemistry

  後期集中, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  一般生体高分子化学

  前期, 農学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  応用生命科学 III

  前期集中, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生体高分子化学専攻実験１

  通年, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生体高分子化学専攻実験２

  通年, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生体高分子化学専攻演習１

  通年, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生体高分子化学専攻演習２

  通年, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生体高分子化学講義

  前期集中, 農学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生体高分子構造論

  後期, 農学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生化学実験

  通年集中, 農学部

学術・社会貢献

委員歴

• 自 2022年05月

  生物工学若手研究者の集い（若手会）オンラインセミナー2022 実行委員, 生物工学若手会
• 自 2021年07月

  生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のオンラインセミナー2021 実行委員, 生物工学若手会
• 自 2020年11月

  生物工学若手研究者の集い 第三回オンラインセミナー 実行委員, 生物工学若手会
• 自 2020年08月

  生物工学若手研究者の集い 第二回オンラインセミナー 実行委員, 生物工学若手会
• 自 2020年07月

  生物工学若手研究者の集い 第一回オンラインセミナー 実行委員, 生物工学若手会
• 自 2020年01月, 至 2022年12月

  副会長, 生物工学若手会
• 自 2019年12月, 至 現在

  生物工学会100周年記念事業準備タスクフォース, 公益社団法人 日本生物工学会
• 自 2018年10月, 至 現在

  評議員, 「細胞を創る」研究会
• 自 2021年01月, 至 2021年12月

  大会実行委員（ジュニア農芸化学会担当）, 日本農芸化学会
• 自 2019年01月, 至 2019年12月

  世話人, 第7回細胞凝集研究会
• 自 2018年01月, 至 2019年12月

  会計, 生物工学若手会
• 自 2018年07月, 至 2019年07月

  実行委員長, 生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー2019
• 自 2018年01月, 至 2018年12月

  プラグラム委員長, 「細胞を創る」研究会
• 自 2018年01月, 至 2018年12月

  大会実行委員（プログラム編成担当）, 日本生物工学会
• 自 2017年01月, 至 2017年12月

  大会運営事務局長, 「細胞を創る」研究会
• 自 2016年01月, 至 2017年12月

  ホームページ・フォーラム, 生物工学若手会
• 自 2016年01月, 至 2016年12月

  大会実行委員（プログラム編成担当）, 日本農芸化学会
• 自 2022年01月, 至 現在

  会長, 生物工学若手会

社会貢献活動

• 時間の終わりまで 物質、生命、心と進化する宇宙

  助言・指導

  講談社, 自 2021年

  
• 二重螺旋 完全版

  助言・指導

  新潮社, 自 2015年

  
• コネクトーム:脳の配線はどのように「わたし」をつくり出すのか

  助言・指導

  草思社, 自 2015年

  
• 「遺伝子」

  講師

  NPO法人近畿バイオインダストリー振興会, 三士業の専門家のためのバイオ講座, 自 2015年10月10日

  
• 抗菌ペプチドと抑制ペプチド

  講師

  NPO法人近畿バイオインダストリー振興会議, 技術シーズ勉強会, 自 2009年09月