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西村 芳樹

ニシムラ ヨシキ

理学研究科 生物科学専攻分子植物科学講座 助教

西村 芳樹
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    Last Updated :2022/05/14

    基本情報

    学部兼担

    • 理学部

    所属学協会

    • 日本植物形態学会
    • 日本植物生理学会
    • 日本植物学会

    学位

    • 修士（理学）(東京大学)
    • 博士（理学）(東京大学)

    出身大学院・研究科等

    • 東京大学, 大学院理学系研究科生物科学専攻修士課程, 修了
    • 東京大学, 大学院理学系研究科生物科学専攻博士課程, 修了

    経歴

    • 自 2008年09月01日
      2008.9- 京都大学大学院理学研究科 助教, -
    • 自 2006年07月01日
      2006.7-2008.8 東京大学 分子生物学研究所 助教, -
    • 自 2003年04月01日
      2003.4-2006.6 アメリカ合衆国 コーネル大学ボイストンプソン研究所 ポスドク, -
    • 自 2001年04月01日
      2001.4-2003.3 東京大学大学院 ポスドク, -

    使用言語

    • 英語

    ID,URL

    関連Webサイト

    researchmap URL

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      Last Updated :2022/05/14

      研究

      研究テーマ・研究概要

      • 研究テーマ

        葉緑体／ミトコンドリア核様体のダイナミズムを探る

      • 研究概要

        細胞内共生説によれば、葉緑体やミトコンドリアはかつて独立した細菌で、それぞれシアノバクテリアやα-proteobacteriaに近縁であったと推定されています。その進化史を反映するように、葉緑体やミトコンドリアには独自のゲノム「葉緑体／ミトコンドリアゲノム」が存在しています。葉緑体／ミトコンドリアゲノムは数多くの光合成遺伝子や呼吸に関わる遺伝子をコードしており、光合成や呼吸の中枢として地球上の生命活動を支えています。葉緑体／ミトコンドリアゲノムはさらに多様なタンパク質と結合し折り畳まれることで、「葉緑体／ミトコンドリア核様体」と呼ばれる構造を形成しています。葉緑体／ミトコンドリア核様体は、葉緑体やミトコンドリアにおける染色体ともいうべき構造物であり、DNA複製・修復・遺伝子発現・遺伝の中枢として機能していますが、私はその詳細な構造や制御機構の解明を目指しています。

      研究キーワード

      • 葉緑体DNA、 ミトコンドリアDNA、核様体、 母性遺伝、 mRNA安定性、 光ピンセット

      研究分野

      • ライフサイエンス, 植物分子、生理科学

      論文

      • Three genomes in the algal genus Volvox reveal the fate of a haploid sex-determining region after a transition to homothallism.
        Kayoko Yamamoto; Takashi Hamaji; Hiroko Kawai-Toyooka; Ryo Matsuzaki; Fumio Takahashi; Yoshiki Nishimura; Masanobu Kawachi; Hideki Noguchi; Yohei Minakuchi; James G Umen; Atsushi Toyoda; Hisayoshi Nozaki
        Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021年05月25日
      • HBD1 protein with a tandem repeat of two HMG-box domains is a DNA clip to organize chloroplast nucleoids in Chlamydomonas reinhardtii
        Mari Takusagawa; Yusuke Kobayashi; Yoichiro Fukao; Kumi Hidaka; Masayuki Endo; Hiroshi Sugiyama; Takashi Hamaji; Yoshinobu Kato; Isamu Miyakawa; Osami Misumi; Toshiharu Shikanai; Yoshiki Nishimura
        Proceedings of the National Academy of Sciences, 2021年05月18日
      • The Pentatricopeptide Repeat Protein PGR3 Is Required for the Translation of petL and ndhG by Binding Their 5′ UTRs
        Haruka Higashi; Yoshinobu Kato; Tomoya Fujita; Shintaro Iwasaki; Masayuki Nakamura; Yoshiki Nishimura; Mizuki Takenaka; Toshiharu Shikanai
        Plant and Cell Physiology, 2021年01月13日
      • Holliday Junction Resolvase MOC1 Maintains Plastid and Mitochondrial Genome Integrity in Algae and Bryophytes.
        Yusuke Kobayashi; Masaki Odahara; Yasuhiko Sekine; Takashi Hamaji; Sumire Fujiwara; Yoshiki Nishimura; Shin-Ya Miyagishima
        Plant physiology, 2020年12月
      • A non-photosynthetic green alga illuminates the reductive evolution of plastid electron transport systems
        Motoki Kayama; Jun-Feng Chen; Takashi Nakada; Yoshiki Nishimura; Toshiharu Shikanai; Tomonori Azuma; Hideaki Miyashita; Shinichi Takaichi; Yuichiro Kashiyama; Ryoma Kamikawa
        BMC Biology, 2020年12月
      • Chloroplast nucleoids as a transformable network revealed by live imaging with a microfluidic device
        Yoshitaka Kamimura; Hitomi Tanaka; Yusuke Kobayashi; Toshiharu Shikanai; Yoshiki Nishimura
        Communications Biology, 2018年05月, 査読有り
      • Identification of Holliday junction resolvases crucial for the chloroplast nucleoid morphology and segregation
        Yusuke Kobayashi; Osami Misumi; Yoshiki Nishimura
        PLANT MORPHOLOGY, 2018年
      • Finding Holliday Junction Resolvases: A Crucial Factor for Chloroplast Nucleoid Segregation
        Kobayashi Y; Misumi O; Nishimura Y
        Cytologia, 2017年12月, 査読有り, 招待有り
      • Gene Regulatory Networks for the Haploid-to-Diploid Transition of Chlamydomonas reinhardtii
        Sunjoo Joo; Yoshiki Nishimura; Evan Cronmiller; Ran Ha Hong; Thamali Kariyawasam; Ming Hsiu Wang; Nai Chun Shao; Saif-El-Din El Akkad; Takamasa Suzuki; Tetsuya Higashiyama; Eonseon Jin; Jae-Hyeok Lee
        PLANT PHYSIOLOGY, 2017年09月, 査読有り
      • Holliday junction resolvases mediate chloroplast nucleoid segregation
        Yusuke Kobayashi; Osami Misumi; Masaki Odahara; Kota Ishibashi; Masafumi Hirono; Kumi Hidaka; Masayuki Endo; Hiroshi Sugiyama; Hiroshi Iwasaki; Tsuneyoshi Kuroiwa; Toshiharu Shikanai; Yoshiki Nishimura
        SCIENCE, 2017年05月, 査読有り
      • Dynamic Interplay between Nucleoid Segregation and Genome Integrity in Chlamydomonas Chloroplasts
        Masaki Odahara; Yusuke Kobayashi; Toshiharu Shikanai; Yoshiki Nishimura
        PLANT PHYSIOLOGY, 2016年12月, 査読有り
      • PCR-based Assay for Genome Integrity after Methyl Methanesulfonate Damage in Physcomitrella patens.
        Masaki Odahara; Takayuki Inouye; Yoshiki Nishimura; Yasuhiko Sekine
        bio-protocol, 2016年05月10日, 査読有り
      • Sequence of the Gonium pectorale Mating Locus Reveals a Complex and Dynamic History of Changes in Volvocine Algal Mating Haplotypes
        Takashi Hamaji; Yuko Mogi; Patrick J. Ferris; Toshiyuki Mori; Shinya Miyagishima; Yukihiro Kabeya; Yoshiki Nishimura; Atsushi Toyoda; Hideki Noguchi; Asao Fujiyama; Bradley J. S. C. Olson; Tara N. Marriage; Ichiro Nishii; James G. Umen; Hisayoshi Nozaki
        G3-GENES GENOMES GENETICS, 2016年05月, 査読有り
      • C-Terminal Region of Sulfite Reductase Is Important to Localize to Chloroplast Nucleoids in Land Plants
        Yusuke Kobayashi; Takuto Otani; Kota Ishibashi; Toshiharu Shikanai; Yoshiki Nishimura
        GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2016年05月, 査読有り
      • A Cyan Fluorescent Reporter Expressed from the Chloroplast Genome of Marchantia polymorpha
        Christian R. Boehm; Minoru Ueda; Yoshiki Nishimura; Toshiharu Shikanai; Jim Haseloff
        PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 2016年02月, 査読有り
      • Eukaryotic Components Remodeled Chloroplast Nucleoid Organization during the Green Plant Evolution
        Yusuke Kobayashi; Mari Takusagawa; Naomi Harada; Yoichiro Fukao; Shohei Yamaoka; Takayuki Kohchi; Koichi Hori; Hiroyuki Ohta; Toshiharu Shikanai; Yoshiki Nishimura
        GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2016年01月, 査読有り
      • RECA plays a dual role in the maintenance of chloroplast genome stability in Physcomitrella patens
        Masaki Odahara; Takayuki Inouye; Yoshiki Nishimura; Yasuhiko Sekine
        PLANT JOURNAL, 2015年11月, 査読有り
      • Development of Gateway Binary Vector Series with Four Different Selection Markers for the Liverwort Marchantia polymorpha
        Kimitsune Ishizaki; Ryuichi Nishihama; Minoru Ueda; Keisuke Inoue; Sakiko Ishida; Yoshiki Nishimura; Toshiharu Shikanai; Takayuki Kohchi
        PLOS ONE, 2015年09月, 査読有り
      • Algae Sense Exact Temperatures: Small Heat Shock Proteins Are Expressed at the Survival Threshold Temperature in Cyanidioschyzon merolae and Chlamydomonas reinhardtii
        Yusuke Kobayashi; Naomi Harada; Yoshiki Nishimura; Takafumi Saito; Mami Nakamura; Takayuki Fujiwara; Tsuneyoshi Kuroiwa; Osami Misumi
        GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2014年10月, 査読有り
      • chlB Requirement for Chlorophyll Biosynthesis under Short Photoperiod in Marchantia polymorpha L.
        Minoru Ueda; Ayumi Tanaka; Kazuhiko Sugimoto; Toshiharu Shikanai; Yoshiki Nishimura
        GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2014年, 査読有り
      • Distribution of the Sex-Determining Gene MID and Molecular Correspondence of Mating Types within the Isogamous Genus Gonium (Volvocales, Chlorophyta)
        Takashi Hamaji; Patrick J. Ferris; Ichiro Nishii; Yoshiki Nishimura; Hisayoshi Nozaki
        PLoS ONE, 2013年05月16日, 査読有り
      • Subfunctionalization of Sigma Factors during the Evolution of Land Plants Based on Mutant Analysis of Liverwort (Marchantia polymorpha L.) MpSIG1
        Minoru Ueda; Tsuneaki Takami; Lianwei Peng; Kimitsune Ishizaki; Takayuki Kohchi; Toshiharu Shikanai; Yoshiki Nishimura
        GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2013年, 査読有り
      • Composition and physiological function of the chloroplast NADH dehydrogenase-like complex in Marchantia polymorpha
        Minoru Ueda; Tetsuki Kuniyoshi; Hiroshi Yamamoto; Kazuhiko Sugimoto; Kimitsune Ishizaki; Takayuki Kohchi; Yoshiki Nishimura; Toshiharu Shikanai
        PLANT JOURNAL, 2012年11月, 査読有り
      • Composition and physiological function of the chloroplast NADH dehydrogenase-like complex in Marchantia polymorpha
        Minoru Ueda; Tetsuki Kuniyoshi; Hiroshi Yamamoto; Kazuhiko Sugimoto; Kimitsune Ishizaki; Takayuki Kohchi; Yoshiki Nishimura; Toshiharu Shikanai
        PLANT JOURNAL, 2012年11月, 査読有り
      • Gsp1 Triggers the Sexual Developmental Program Including Inheritance of Chloroplast DNA and Mitochondrial DNA in Chlamydomonas reinhardtii
        Yoshiki Nishimura; Toshiharu Shikanai; Soichi Nakamura; Maki Kawai-Yamada; Hirofumi Uchimiya
        PLANT CELL, 2012年06月, 査読有り
      • 緑藻クラミドモナスから母性遺伝の謎に挑む
        西村芳樹
        海洋と生物, 2012年
      • Molecular mechanism of maternal inheritance and sexual differentiation
        Yoshiki Nishimura
        PLANT MORPHOLOGY, 2011年, 査読有り
      • Molecular mechanism of cytoplasmic inheritance — 101 years of challenges —
        Yoshiki Nishimura
        PLANT MORPHOLOGY, 2011年, 査読有り
      • Differential Replication of Two Chloroplast Genome Forms in Heteroplasmic Chlamydomonas reinhardtii Gametes Contributes to Alternative Inheritance Patterns
        Yoshiki Nishimura; David B. Stern
        GENETICS, 2010年08月, 査読有り
      • Principal component and hierarchical clustering analysis of metabolites in destructive weeds; polygonaceous plants
        Atsuko Miyagi; Hideyuki Takahashi; Kentaro Takahara; Takayuki Hirabayashi; Yoshiki Nishimura; Takafumi Tezuka; Maki Kawai-Yamada; Hirofumi Uchimiya
        METABOLOMICS, 2010年03月, 査読有り
      • Uniparental inheritance of cpDNA and the genetic control of sexual differentiation in Chlamydomonas reinhardtii
        Yoshiki Nishimura
        JOURNAL OF PLANT RESEARCH, 2010年03月, 査読有り
      • [Maturation and longevity of mRNA in chloroplasts: the functions of PPR proteins in RNA editing and the molecular mechanisms of RNA stability control in chloroplasts].
        Nishimura Y; Shikanai T; Tanpakushitsu kakusan; koso. Protein; nucleic acid; enzyme, vo; Suppl
        Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 2009年12月, 査読有り
      • Genome analysis and its significance in four unicellular algae, Cyanidioschyzon merolae, Ostreococcus tauri, Chlamydomonas reinhardtii, and Thalassiosira pseudonana (vol 121, pg 3, 2008)
        Osami Misumi; Yamato Yoshida; Keiji Nishida; Takayuki Fujiwara; Takayuki Sakajiri; Syunsuke Hirooka; Yoshiki Nishimura; Tsuneyoshi Kuroiwa
        JOURNAL OF PLANT RESEARCH, 2008年03月, 査読有り
      • Genome analysis and its significance in four unicellular algae, Cyanidioshyzon merolae, Ostreococcus tauri, Chlamydomonas reinhardtii, and Thalassiosira pseudonana
        Osami Misumi; Yamato Yoshida; Keiji Nishida; Takayuki Fujiwara; Takayuki Sakajiri; Syunsuke Hirooka; Yoshiki Nishimura; Tsuneyoshi Kuroiwa
        JOURNAL OF PLANT RESEARCH, 2008年01月, 査読有り
      • [Maternal inheritance of chloroplast DNA: active destruction of male DNA].
        Nishimura Y; Tanpakushitsu kakusan; koso. Protein; nucleic acid; enzyme, vo; Suppl
        Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme., 2005年11月, 査読有り
      • Antisense transcript and RNA processing alterations suppress instability of polyadenylated mRNA in chlarnydornonas chloroplasts
        Y Nishimura; EA Kikis; SL Zimmer; Y Komine; DB Stern
        PLANT CELL, 2004年11月, 査読有り
      • Genome sequence of the ultrasmall unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 10D
        M Matsuzaki; O Misumi; T Shin-I; S Maruyama; M Takahara; SY Miyagishima; T Mori; K Nishida; F Yagisawa; K Nishida; Y Yoshida; Y Nishimura; S Nakao; T Kobayashi; Y Momoyama; T Higashiyama; A Minoda; M Sano; H Nomoto; K Oishi; H Hayashi; F Ohta; S Nishizaka; S Haga; S Miura; T Morishita; Y Kabeya; K Terasawa; Y Suzuki; Y Ishii; S Asakawa; H Takano; N Ohta; H Kuroiwa; K Tanaka; N Shimizu; S Sugano; N Sato; H Nozaki; N Ogasawara; Y Kohara; T Kuroiwa
        NATURE, 2004年04月, 査読有り
      • Pelargonium embryogenesis: cytological investigations of organelles in early embryogenesis from the egg to the two-celled embryo
        H Kuroiwa; Y Nishimura; T Higashiyama; T Kuroiwa
        SEXUAL PLANT REPRODUCTION, 2002年06月, 査読有り
      • An mt(+) gamete-specific nuclease that targets mt(-) chloroplasts during sexual reproduction in C-reinhardtii
        Y Nishimura; O Misumi; K Kato; N Inada; T Higashiyama; Y Momoyama; T Kuroiwa
        GENES & DEVELOPMENT, 2002年05月, 査読有り
      • Pollen tube attraction by the synergid cell
        T Higashiyama; S Yabe; N Sasaki; Y Nishimura; S Miyagishima; H Kuroiwa; T Kuroiwa
        SCIENCE, 2001年08月, 査読有り
      • Effects of chloroplast DNA content on the cell proliferation and aging in Chlamydomonas reinhardtii
        O Misumi; Y Nishimura; T Kuroiwa
        JOURNAL OF PLANT RESEARCH, 2001年06月, 査読有り
      • The chloroplast clpP gene, encoding a proteolytic subunit of ATP-dependent protease, is indispensable for chloroplast development in tobacco
        T Shikanai; K Shimizu; K Ueda; Y Nishimura; T Kuroiwa; T Hashimoto
        PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 2001年03月, 査読有り
      • Effects of chloroplast DNA content on the cell proliferation and aging in Chlamydomonas reinhardtii
        O. Misumi; Y. Nishimura; T. Kuroiwa
        Journal of Plant Research, 2001年, 査読有り
      • Molecular mechanism of cytoplasmic inheritance: Active digestion of mt- cpDNA as a driving force for maternal inheritance in Chlamydomonas reinhardtii
        Yoshiki Nishimura
        PLANT MORPHOLOGY, 2001年, 査読有り
      • Characterization of novel cytokinesis-defective mutants of Chlamydomonas reinhardtii
        O. Misumi; Y. Nishimura; T. Kuroiwa
        Cytologia, 2000年, 査読有り
      • Comparative analysis of DNA synthesis activity in plastid-nuclei and mitochondrial-nuclei simultaneously isolated from cultured tobacco cells
        A Sakai; T Suzuki; N Nagata; N Sasaki; Y Miyazawa; C Saito; N Inada; Y Nishimura; T Kuroiwa
        PLANT SCIENCE, 1999年01月, 査読有り
      • Isolation and phenotypic characterization of Chlamydomonas reinhardtii mutants defective in chloroplast DNA segregation
        O Misumi; L Suzuki; Y Nishimura; A Sakai; S Kawano; H Kuroiwa; T Kuroiwa
        PROTOPLASMA, 1999年, 査読有り
      • Active digestion of mt+derived chloroplast DNA in individual zygotes of Chlamydomonas reinhardtii revealed by the Optical tweezers.
        Nishimura, Y; Misumi, O; Matsunaga, S; Higashiyama. T; Yokota, A; Kuroiwa, T
        Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999年, 査読有り
      • Comparative analysis of DNA synthesis activity in plastid-nuclei and mitochondrial-nuclei simultaneously isolated from cultured tobacco cells
        A Sakai; T Suzuki; N Nagata; N Sasaki; Y Miyazawa; C Saito; N Inada; Y Nishimura; T Kuroiwa
        PLANT SCIENCE, 1999年01月, 査読有り
      • The biparental transmission of the mitochondrial genome in Chlamydomonas reinhardtii visualized in living cells
        Y Nishimura; T Higashiyama; L Suzuki; O Misumi; T Kuroiwa
        EUROPEAN JOURNAL OF CELL BIOLOGY, 1998年10月, 査読有り
      • The biparental transmission of the mitochondrial genome in Chlamydomonas reinhardtii visualized in living cells
        Y Nishimura; T Higashiyama; L Suzuki; O Misumi; T Kuroiwa
        EUROPEAN JOURNAL OF CELL BIOLOGY, 1998年10月, 査読有り
      • Optical isolation of individual mitochondria of Physarum polycephalum for PCR analysis
        T Kuroiwa; K Ishibashi; H Takano; T Higashiyama; N Sasaki; Y Nishimura; S Matsunaga
        PROTOPLASMA, 1996年, 査読有り

      MISC

      • Plastoquinone-mediated electron transport in a non-photosynthetic plastid of the heterotrophic green alga Hyalogonium sp.
        Motoki Kayama; Jun-Feng Chen; Takashi Nakada; Yoshiki Nishimura; Toshiharu Shikanai; Hideaki Miyashita; Yuichiro Kashiyama; Ryoma Kamikawa
        VIII ECOP-ISOP 2019, 2019年07月, 査読有り
      • オートファジーに依存した緑藻Chlamydomonas reinhardtiiの生存と油脂蓄積
        梶川 昌孝; 山内 万里花; 新川 はるか; 田中 学; 幡野 恭子; 西村 芳樹; 加藤 美砂子; 福澤 秀哉
        藻類, 2019年03月
      • 緑色植物における葉緑体DNAリガーゼのバクテリア型から真核生物型への機能移譲
        浜地貴志; 小林優介; 山岡尚平; 鹿内利治; 西村芳樹
        日本植物学会大会研究発表記録, 2019年
      • 母性遺伝メカニズムの解明に向けたクラミドモナス有性生殖のゲノム編集アプローチ
        浜地貴志; 山岡尚平; 鹿内利治; 西村芳樹
        日本植物学会大会研究発表記録, 2018年09月01日
      • ゲノム編集の時代における「緑の酵母」クラミドモナスの復権
        浜地貴志; 西村芳樹
        生物工学会誌, 2018年08月25日
      • オートファジーを欠損させた緑藻における窒素欠乏応答異常
        梶川昌孝; 山内万里香; 新川はるか; 田中学; 幡野恭子; 西村芳樹; 加藤美砂子; 福澤秀哉
        第59回日本植物生理学会年会要旨集, 2018年03月
      • オートファジーを欠損した緑藻における窒素欠乏応答異常
        梶川昌孝; 山内万里花; 新川はるか; 田中学; 幡野恭子; 西村芳樹; 奥公秀; 阪井康能; 加藤美砂子; 加藤美砂子; 福澤秀哉
        日本植物学会大会研究発表記録, 2017年09月01日
      • 葉緑体ゲノムの分配はHollidayジャンクション解離酵素MOC1により保障される
        小林 優介; 三角 修己; 西村 芳樹
        ライフサイエンス 新着論文レビュー, 2017年05月, 招待有り
      • 葉緑体核様体コア因子の多様性と進化
        小林優介; 田草川真理; 田草川真理; 原田尚実; 深尾陽一朗; 深尾陽一朗; 山岡尚平; 河内孝之; 堀孝一; 太田啓之; 太田啓之; 鹿内利治; 西村芳樹
        日本植物学会大会研究発表記録, 2015年09月01日
      • Identification of a gene which is in the intermediate stage of gene loss from chloroplast genome in Marchantia polymorpha
        Ueda, M; Tanaka, A; Shikanai, T; Nishimura, Y
        日本分子生物学会、第35回年会、於 神戸ポートアイランド、2013年12月, 2013年, 査読有り
      • ゼニゴケ葉緑体RNAポリメラーゼシグマ因子(MpSIG1)の機能解析から明らかとなった陸上植物進化におけるシグマ因子の機能分化
        上田 実; 高見 常明; Peng Lianwei; 鹿内 利治; 西村 芳樹
        日本植物生理学会シンポジウム、第52回年会、於 京都産業大学、2012年3月, 2013年, 査読有り
      • Maintenance of chloroplast genome stability by a homolog of RecA
        Masaki Odahara; Takayuki Inouye; Yoshiki Nishimura; Yasuhiko Sekine
        GENES & GENETIC SYSTEMS, 2012年12月
      • Chloroplast genetic engineering technology in Marchantia polymorpha(L.).
        Minoru Ueda; Tetsuki Kuniyoshi; Hiroshi Yamamoto; Kazuhiko Sugimoto; Yoshiki Nishimura; Toshiharu Shikanai
        Marchantia Workshop 2012, 2012年
      • ゼニゴケ葉緑体RNAポリメラーゼシグマ因子(Mpsig1)変異体の解析から明らかとなった陸上植物シグマ因子の機能分化
        上田 実; 高見 常明; Peng Lianwei; 石崎 公庸; 河内 孝之; 鹿内 利治; 西村 芳樹
        日本分子生物学会、第35回年会、於 パシフィコ横浜、2011年12月, 2011年, 査読有り
      • Development of a novel selectable marker for liverwort (Marchantia polymorpha).
        Ueda M; Ishizaki K; Yamato K. T; Kohchi T; Shikanai T; Nishimura Y
        Marchantia workshop 2010, March 11-12, 2010, Kyoto, Japan, 2010年, 査読有り
      • 新規ゼニゴケ核ゲノム形質転換選抜用マーカーの開発
        上田 実; 石崎 公庸; 大和 勝幸; 河内 孝之; 鹿内 利治; 西村 芳樹
        日本植物生理学会、 第51回年会、於 熊本大学、2010年3月, 2010年, 査読有り
      • Antisense transcript suppress instability of polyadenylated mRNA in Chlamydomonas chloroplasts
        Yoshiki Nishimura; Hirofumi Uchimiya; David B. Stern
        PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 2007年
      • 葉緑体の増殖とmultiple FtsZ ringの形成について
        黒岩晴子; 森稔幸; 宮城島進也; 高原学; 西村芳樹; 黒岩常祥
        日本植物学会大会研究発表記録, 2002年09月20日
      • Molecular mechanism of maternal inheritance of chloroplast in Chlamydomonas - a maternal nuclease that targets paternal chloroplasts
        Y Nishimura; O Misumi; T Higashiyama; T Kuroiwa
        PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 2002年
      • 光ピンセットにより明らかにされたクラミドモナスの-接合子における雄由来葉緑体DNAの選択的分解
        西村 芳樹; 三角 修己; 松永 幸大; 東山 哲也; 横田 明穂; 黒岩 常祥
        電子顕微鏡, 2000年05月01日
      • ACTIVE DEGRADATION OF PATERNAL CHLOROPLAST GENOME IN SINGLE ZYGOTE REVEALED WITH OPTICAL TWEEZERS.
        NISHIMURA Yoshiki; HIGASHIYAMA Tetsuya; MISUMI Osami; KUROIWA Tuneyoshi; YOKOYA Akiho
        Plant and cell physiology, 1999年03月
      • 顕微操作によるChlamydomonas reinhardtiiの細胞質遺伝機構の分子生物学的解析
        西村 芳樹; 東山 哲也; 松永 幸大; 鈴木 玲奈; 酒井 敦; 高野 博嘉; 河野 重行; 黒岩 常祥
        日本植物学会大会研究発表記録 = Proceedings of the annual meeting of the Botanical Society of Japan, 1997年09月

      講演・口頭発表等

      • Sequencing the mating type locus of the isogamous colonial Gonium pectorale
        15th International Conference on the Cell & Molecular Biology of Chlamydomonas, 2013年06月06日
      • RecAホモログによる葉緑体ゲノム安定性の維持
        第54回日本植物生理学会年会, 2013年03月22日, 日本植物生理学会
      • 緑藻クラミドモナスの生殖とオルガネラ遺伝をつなぐ遺伝子を探る
        第54回日本植物生理学会年会, 2013年03月22日, 日本植物生理学会
      • 母性遺伝を操る生殖プログラムの構造
        日本植物学会第76回大会, 2012年09月16日, 日本植物学会
      • 単細胞緑藻クラミドモナスにおいて細胞質遺伝はGsp1によって制御される
        日本植物形態学会第24回大会, 2012年09月14日, 日本植物形態学会
      • Gsp1 triggers a sexual developmental program including the cytoplasmic inheritance in Chlamydomonas reinhardtii
        15th International conference on the cell & molecular biology of Chlamydomonas, 2012年06月06日

      受賞

      • 2009年
        日本植物学会, 日本植物学会奨励賞
      • 2000年
        日本植物形態学会, 日本植物形態学会奨励賞
      • 2000年
        フジ産経グループ科学技術賞
      • 2003年
        Boyce Thompson Institute for Plant Research, Francic Goelet Distingished Postdoctoral Fellowship Award

      メディア報道

      • 葉緑体のDNA折りたたむ「クリップ」の仕組み発見 京大チ ーム
        毎日新聞, 2021年05月10日, 新聞・雑誌
      • 葉緑体の分裂、連続観察 京大グループ
        読売新聞, 2018年06月18日, 新聞・雑誌
      • 「京都大学、葉緑体の染色体分離の瞬間をとらえた－葉緑体核様体の柔軟なネット ワーク構造を解明－
        日経バイオテクOnline, 2018年05月23日, インターネットメディア
      • 京大など、葉緑体増殖の基礎的仕組みを解明
        日本経済新聞, 2017年05月15日, 新聞・雑誌
      • Holliday junction discovery in chloroplasts.
        Scientific inquirer, 2017年05月14日, インターネットメディア
      • Disentangling chloroplast genetics, Scientists isolate a critical gene for plant health.
        Science Daily, 2017年05月11日, インターネットメディア
      • 母性遺伝のしくみを解明
        共同通信, 2006年01月24日
      • ミトコンドリアDNA の母性遺伝機構、粘菌・脊椎動物で共通—東大が解明
        日刊工業新聞, 2006年01月24日, 新聞・雑誌

      外部資金：科学研究費補助金

      • 細胞周期が司る葉緑体核様体の固体ー液体相転移の分子機構を探る
        学術変革領域研究(A)
        学術変革領域研究区分(Ⅲ)
        京都大学
        西村 芳樹
        自 2021年09月10日, 至 2023年03月31日, 採択
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-21H05748/
      • DNAスーパーコイルを核とする葉緑体核様体制御機構の解明
        基盤研究(B)
        小区分44030:植物分子および生理科学関連
        京都大学
        西村 芳樹
        自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付
        葉緑体DNA;核様体
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02504/
      • 葉緑体母性遺伝を御する
        新学術領域研究(研究領域提案型)
        生物系
        京都大学
        西村 芳樹
        自 2019年04月01日, 至 2021年03月31日, 交付
        母性遺伝;葉緑体DNA;有性生殖;緑藻;葉緑体ゲノム;ミトコンドリアゲノム
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-19H04861/
      • 機能性ポリアミドによる緑藻の生殖プログラムのハッキング
        挑戦的研究(萌芽)
        中区分44:細胞レベルから個体レベルの生物学およびその関連分野
        京都大学
        西村 芳樹
        自 2018年06月29日, 至 2020年03月31日, 完了
        機能性ポリアミド;緑藻クラミドモナス;接合;細胞透過性;緑藻;生殖;生殖プログラム;シスエレメント
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K19337/
      • 葉緑体がもつ染色体「核様体」のダイナミズムに挑む
        基盤研究(B)
        小区分44030:植物分子および生理科学関連
        京都大学
        西村 芳樹
        自 2018年04月01日, 至 2021年03月31日, 交付
        葉緑体核様体;DNA ligase;DNA 修復;相同組換え;葉緑体DNA;核様体;DNA リガーゼ;葉緑体;葉緑体DNA複製・修復;ゲノム安定性
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H02460/
      • 葉緑体遺伝を御する
        新学術領域研究(研究領域提案型)
        生物系
        京都大学
        西村 芳樹
        自 2017年04月01日, 至 2019年03月31日, 完了
        葉緑体DNA;ミトコンドリアDNA;母性遺伝;葉緑体;進化;相同組換え;緑藻クラミドモナス;植物;遺伝学
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-17H05840/
      • 葉緑体核様体ネットワークのダイナミクスを止揚する
        挑戦的萌芽研究
        京都大学
        西村 芳樹
        自 2016年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了
        葉緑体DNA;核様体;マイクロ流体デバイス;ホリデイジャンクション解離酵素;葉緑体核様体;ライブイメージング;葉緑体ゲノム;植物;遺伝学;進化
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16K14768/
      • 光ピンセットとマイクロ流路の融合が拓く母性遺伝の分子機構
        挑戦的萌芽研究
        京都大学
        西村 芳樹
        自 2014年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了
        光ピンセット;マイクロ流路;ミトコンドリア;片親遺伝;遺伝学;ミトコンドリアDNA;葉緑体DNA;mtDNA;母性遺伝;クリプトコッカス
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26650111/
      • 母性遺伝の分子プログラム解読に挑む
        若手研究(A)
        京都大学
        西村 芳樹
        完了
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23687006/
      • 被子植物型ＮＤＨ複合体構築の進化的戦略
        基盤研究(A)
        京都大学
        鹿内 利治
        自 2010年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了
        葉緑体;NDH;サイクリック電子伝達;光合成;アセンブリ;進化;シロイヌナズナ;ゼニゴケ;サイクイック電子伝達;レドックス調節;電子伝達;分子シャペロン;アッセンブリー;コケ植物
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22247005/
      • 母性遺伝の分子機構を探る
        若手研究(B)
        京都大学
        西村 芳樹
        完了
        母性遺伝;cpDNA;mtDNA;遺伝学;光ピンセット;進化
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19770050/

      外部資金：その他

      • 葉緑体における新機能RNAの合成と安定化技術の開発
        ＪＳＴ戦略的創造研究推進制度（個人研究型）　（個人研究推進事業：さきがけ研究２１‐ＰＲＥＳＴＯ）
        自 2009年, 至 2011年
        西村芳樹
      • 葉緑体の遺伝子発現制御と母性遺伝の基幹に迫る
        JSPS　最先端・次世代研究開発支援プログラム
        自 2010年, 至 2013年
        西村芳樹
      • 葉緑体の遺伝子発現制御と母性遺伝の基幹に迫る
        最先端・次世代研究開発支援プログラム
        自 2010年, 至 2013年
        西村 芳樹
      list
        Last Updated :2022/05/14

        教育

        担当科目

        • 自 2011年04月, 至 2012年03月
          生物学実習Ｄ　（３）
          後期, 理学部
        • 自 2011年04月, 至 2012年03月
          生物学セミナ－Ｂ　（２）
          後期, 理学部
        • 自 2011年04月, 至 2012年03月
          生物科学課題研究１１
          通年, 理学部
        • 自 2012年04月, 至 2013年03月
          生物学セミナ－Ｂ
          後期, 理学部
        • 自 2012年04月, 至 2013年03月
          生物学実習Ｄ
          後期, 理学部
        • 自 2012年04月, 至 2013年03月
          生物科学課題研究１１
          通年, 理学部
        • 自 2013年04月, 至 2014年03月
          生物学実習Ｄ
          後期, 理学部
        • 自 2013年04月, 至 2014年03月
          生物学セミナ−Ｂ
          後期, 理学部
        • 自 2013年04月, 至 2014年03月
          生物科学課題研究１１
          通年, 理学部
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          生物学実習Ｄ
          後期, 理学部
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          生物学セミナ－Ｂ
          後期, 理学部
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          生物科学課題研究１１
          通年, 理学部
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＡ
          前期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＢ
          後期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＣ
          前期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＤ
          後期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          植物分子遺伝学特論Ａ
          前期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          植物分子遺伝学特論Ｂ
          後期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＡ
          前期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＢ
          後期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＣ
          前期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＤ
          後期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          植物分子遺伝学特論Ａ
          前期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          植物分子遺伝学特論Ｂ
          後期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          生物学セミナ－Ｂ
          後期, 理学部
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          生物学実習Ｄ
          後期, 理学部
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          生物科学課題研究１１
          通年, 理学部
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＡ
          前期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＢ
          後期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＣ
          前期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＤ
          後期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          植物分子遺伝学特論Ａ
          前期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          植物分子遺伝学特論Ｂ
          後期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          植物科学のフロンティア
          前期, 全学共通科目
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          生物学セミナ－Ｂ
          後期, 理学部
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          生物学実習Ｄ
          後期集中, 理学部
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          生物科学課題研究１１
          通年, 理学部
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＡ
          前期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＢ
          後期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＣ
          前期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＤ
          後期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          植物分子遺伝学特論Ａ
          前期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          植物分子遺伝学特論Ｂ
          後期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          植物科学のフロンティア
          前期, 全学共通科目
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          生物学セミナ－Ｂ
          後期, 理学部
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          生物学実習Ｄ
          後期集中, 理学部
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          生物科学課題研究１１
          通年, 理学部
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          基礎生物学実験Ｉ
          後期集中, 理学部
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          基礎生物学実験II
          後期集中, 理学部
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＡ
          前期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＢ
          後期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＣ
          前期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＤ
          後期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          植物分子遺伝学特論Ａ
          前期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          植物分子遺伝学特論Ｂ
          後期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          植物科学のフロンティア
          前期, 全学共通科目
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          生物学セミナ－Ｂ
          後期, 理学部
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          生物学実習Ｄ
          後期集中, 理学部
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          生物科学課題研究１１
          通年, 理学部
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＡ
          前期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＢ
          後期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＣ
          前期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＤ
          後期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          植物分子遺伝学特論Ａ
          前期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          植物分子遺伝学特論Ｂ
          後期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          植物科学のフロンティア
          前期, 全学共通科目
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          生物学セミナ－Ｂ
          後期, 理学部
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          生物学実習Ｄ
          後期集中, 理学部
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          生物科学課題研究１１
          通年, 理学部
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＡ
          前期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＢ
          後期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＣ
          前期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＤ
          後期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          植物分子遺伝学特論Ａ
          前期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          植物分子遺伝学特論Ｂ
          後期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          植物科学のフロンティア
          前期, 全学共通科目
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          生物学セミナ－Ｂ　（２）
          後期, 理学部
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          生物学実習Ｄ　（３）
          後期集中, 理学部
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          生物科学課題研究１１
          通年, 理学部
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＡ
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＢ
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＣ
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          植物分子遺伝学ゼミナールＤ
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          植物分子遺伝学特論Ａ
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          植物分子遺伝学特論Ｂ
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          生物学セミナ－Ｂ　（２）
          後期, 理学部
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          生物学実習Ｄ　（３）
          後期集中, 理学部
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          生物科学課題研究１１
          通年, 理学部
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          細胞と分子の基礎生物学実験
          後期, 理学部
        list
          Last Updated :2022/05/14

          大学運営

          部局運営(役職等)

          • 自 2014年04月01日, 至 2015年03月31日
            理学研究科放射線委員会委員
          • 自 2015年04月01日, 至 2016年03月31日
            理学研究科放射線委員会委員
          • 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日
            理学研究科SACRA広報・社会連携部門委員会　広報小委員会委員

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