基本情報

全学メールアドレス

• 全学メールアドレス

  shiomi.akifumi.5vkyoto-u.ac.jp

所属学協会

• 自 2021年04月, 至 現在

  日本機械学会
• 自 2019年04月, 至 現在

  日本生物物理学会
• 自 2015年04月, 至 現在

  日本脂質生化学会
• 自 2014年04月, 至 現在

  日本生化学会

学位

• 2017年03月23日

  京都大学修士（工学）
• 2020年03月23日

  京都大学博士（工学）

出身学校・専攻等

• 京都大学, 工学部工業化学科, 卒業

経歴

• 自 2025年04月, 至 現在

  京都大学, 白眉センター, 特定准教授, 京都大学白眉研究者
• 自 2022年04月, 至 2025年03月

  特定国立研究開発法人理化学研究所, 新宅マイクロ流体工学理研白眉チーム, 基礎科学特別研究員
• 自 2023年04月, 至 2024年03月

  University of California, Los Angeles, Bioengineering, Visiting scholar
• 自 2020年04月, 至 2022年03月

  特定国立研究開発法人理化学研究所, 新宅マイクロ流体工学理研白眉チーム, 特別研究員
• 自 2017年04月, 至 2020年03月

  京都大学, 大学院工学研究科, 日本学術振興会特別研究員DC1

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0002-9277-2301

• J-Global ID

  202001000612096810

• 研究者番号

  60880557

researchmap URL

• https://researchmap.jp/akifumi_shiomi

研究

研究キーワード

• 1細胞RNAシーケンシング
• リン脂質
• 形質膜
• セルメカニクス

研究分野

• ライフサイエンス, 生物有機化学, リン脂質
• ライフサイエンス, 細胞生物学, 細胞形態
• ライフサイエンス, 生物物理学, 細胞の機械特性

論文

• Identification of a transient receptor potential channel that is regulated by phospholipid asymmetry

  Riku Nakanishi; Akira Murakami; Emi Sasaki; Masaki Tsuchiya; Miki Suzuki; Akifumi Shiomi; Kohjiro Nagao; Tomohiko Taguchi; Masato Umeda; Kunitoshi Uchida; Yuji Hara

  bioRxiv, 2026年08月10日

  
• Abstract Tu0066: The Role of Type VIII Collagen in Modulating Endothelial Cell Stiffness in Inflammation

  Qian Li; Lifang Ye; Karina Bender; Jonathan Phan; Akifumi Shiomi; Sriharsha Talapaneni; Yonghong Meng; Dino Di Carlo; Yin Tintut; Linda Demer; Jeffrey Hsu

  Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology, 2025年04月

  
• Proteostatic defect drives biophysical remodeling that triggers cell competition

  Wonjae Song; Mai Yukitake; Kei Kozawa; Nanami Sato; Jiaying Wen; Zehao Dai; Susumu Ishikawa; Akifumi Shiomi; Hirofumi Shintaku; Seiichiro Ishihara; Hisashi Haga; Yasuyuki Fujita

  iScience, 2026年08月, 査読有り

  
• Δ9–fatty Acid Desaturase Regulates Cell Membrane Deformation

  Kohjiro Nagao; Takumi Oka; Akifumi Shiomi; Ayano Ochi; Yuji Hara; Hiroyuki Saito; Masato Umeda

  MEMBRANE, 2026年04月06日, 査読有り

  
• High-throughput mechanical phenotyping and transcriptomics of single cells.

  Akifumi Shiomi; Taikopaul Kaneko; Kaori Nishikawa; Arata Tsuchida; Takashi Isoshima; Mayuko Sato; Kiminori Toyooka; Kentaro Doi; Hidekazu Nishikii; Hirofumi Shintaku

  Nature communications, 2024年05月17日, 査読有り, 筆頭著者

  この論文にアクセスする：

  
• Secretory GFP reconstitution labeling of neighboring cells interrogates cell–cell interactions in metastatic niches

  Misa Minegishi; Takahiro Kuchimaru; Kaori Nishikawa; Takayuki Isagawa; Satoshi Iwano; Kei Iida; Hiromasa Hara; Shizuka Miura; Marika Sato; Shigeaki Watanabe; Akifumi Shiomi; Yo Mabuchi; Hiroshi Hamana; Hiroyuki Kishi; Tatsuyuki Sato; Daigo Sawaki; Shigeru Sato; Yutaka Hanazono; Atsushi Suzuki; Takahide Kohro; Tetsuya Kadonosono; Tomomi Shimogori; Atsushi Miyawaki; Norihiko Takeda; Hirofumi Shintaku; Shinae Kizaka-Kondoh; Satoshi Nishimura

  Nature Communications, 2023年12月05日, 査読有り

  
• The mechanosensitive ion channel PIEZO1 promotes satellite cell function in muscle regeneration

  Kotaro Hirano; Masaki Tsuchiya; Akifumi Shiomi; Seiji Takabayashi; Miki Suzuki; Yudai Ishikawa; Yuya Kawano; Yutaka Takabayashi; Kaori Nishikawa; Kohjiro Nagao; Eiji Umemoto; Yasuo Kitajima; Yusuke Ono; Keiko Nonomura; Hirofumi Shintaku; Yasuo Mori; Masato Umeda; Yuji Hara

  Life Science Alliance, 2022年11月, 査読有り

  
• Extreme deformability of insect cell membranes is governed by phospholipid scrambling

  Akifumi Shiomi; Kohjiro Nagao; Nobuhiro Yokota; Masaki Tsuchiya; Utako Kato; Naoto Juni; Yuji Hara; Masayuki X. Mori; Yasuo Mori; Kumiko Ui-Tei; Motohide Murate; Toshihide Kobayashi; Yuri Nishino; Atsuo Miyazawa; Akihisa Yamamoto; Ryo Suzuki; Stefan Kaufmann; Motomu Tanaka; Kazuya Tatsumi; Kazuyoshi Nakabe; Hirofumi Shintaku; Semen Yesylevsky; Mikhail Bogdanov; Masato Umeda

  Cell Reports, 2021年06月, 査読有り, 筆頭著者

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• Changes in the physicochemical properties of fish cell membranes during cellular senescence.

  Akifumi Shiomi; Kohjiro Nagao; Hisae Kasai; Yuji Hara; Masato Umeda

  Bioscience, biotechnology, and biochemistry, 2020年03月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Cell surface flip-flop of phosphatidylserine is critical for PIEZO1-mediated myotube formation.

  Masaki Tsuchiya; Yuji Hara; Masaki Okuda; Karin Itoh; Ryotaro Nishioka; Akifumi Shiomi; Kohjiro Nagao; Masayuki Mori; Yasuo Mori; Junichi Ikenouchi; Ryo Suzuki; Motomu Tanaka; Tomohiko Ohwada; Junken Aoki; Motoi Kanagawa; Tatsushi Toda; Yosuke Nagata; Ryoichi Matsuda; Yasunori Takayama; Makoto Tominaga; Masato Umeda

  Nature communications, 2018年05月24日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  

MISC

• 毛利隆元急死をめぐる毒殺説の形成――赤川元保・和智誠春誅殺事件の再検討

  塩見晃史

  歴史研究, 2026年04月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• 須々万沼城の戦い再考

  塩見 晃史

  歴史研究, 2025年02月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• ELASTomics：細胞の力学特性と遺伝子発現の統合解析法

  塩見 晃史; 金子 泰洸; ポール; 西川 香里; 土田 新; 新宅 博文

  生物物理, 2025年01月, 査読有り, 筆頭著者

  
• リン脂質輸送による細胞の変形能制御

  塩見晃史; 長尾耕治郎; 梅田眞郷

  生化学, 2022年01月, 筆頭著者

  
• リン脂質スクランブラーゼにより昆虫細胞は高い変形能を獲得する

  塩見 晃史; 長尾 耕治郎; 梅田 眞郷

  実験医学, 2021年11月, 筆頭著者

  
• ショウジョウバエのリン脂質輸送タンパク質 : ユニークな形質膜のリン脂質の組成と分布 (特集 脂質ワールド) -- (種を越えた脂質の働き)

  長尾 耕治郎; 塩見 晃史; 梅田 眞郷

  生体の科学, 2016年05月

  

講演・口頭発表等

• Mechano sequencing of single cells

  Hirofumi Shintaku; Akifumi Shiomi; Misa Minegishi; Keiji Nozaki; Junichi Murai; Taikopaul Kaneko

  Pacifichem 2025, 2026年12月18日, 招待有り

  
• 細胞の力学特性と遺伝子発現の統合解析を可能にするシングルセル解析手法の開発

  塩見 晃史; 金子 泰洸ポール; 西川 香里; Di Carlo Dino; 新宅 博文

  第48回 日本分子生物学会年会, 2025年12月04日, 招待有り

  
• 細胞の力学特性を制御する分子機構を解き明かす

  塩見晃史

  白眉セミナー, 2025年11月18日, 招待有り

  
• マイクロ流路を用いた細胞変形能と遺伝子発現の統合解析法の開発

  塩見 晃史; 金子 泰洸ポール; 西川 香里; Dino Di Carlo; 新宅 博文

  第16回マイクロ・ナノ工学シンポジウム, 2025年11月11日

  
• Identification of the mechanical causality of extruding directionality of loser cells under cell competition by mechanical inference integrated with cell surface tension

  Jin Kitamura; Junichi Murai; Akifumi Shiomi; Misa Minegishi; Mahmoud N. Abdelmoez; Taikopaul Kaneko; Hirofumi Shintaku

  GloBIAS Bioimage Analysis Conference, 2025年10月26日

  
• 異分野融合の架け橋〜西国の覇者の上洛からセルメカニクスまで

  塩見晃史

  京都を学ぶ 〜知がつなぐ時代と分野の架け橋〜, 2025年10月24日, 招待有り

  
• がん細胞における力学特性と遺伝子発現の統合解析法

  塩見 晃史; 金子 泰洸ポール; 西川 香里; Dino Di Carlo; 新宅 博文

  第84回日本癌学会学術総会, 2025年09月25日, 招待有り

  
• Nano-electrokinetics が隠れた転写動態と単一細胞の確率的挙動を結びつける

  新宅 博文; 塩見 晃史; 金子 泰洸ポール; 峯岸 美紗; 鳥井 孝太郎; 土田 新

  第63回日本生物物理学学会年会, 2025年09月26日, 招待有り

  
• ELASTomics: combined analysis of mechanical phenotype and transcriptome during aging

  Akifumi Shiomi; Taikopaul Kaneko; Kaori Nishikawa; Hirofumi Shintaku

  The ageing genome: from mechanisms to disease EMBL Symposium, 2025年06月12日

  
• Spatio-tensional transcriptomics to dissect mechanical cell-cell interaction

  Junichi Murai; Mahmoud N. Abdelmoez; Akifumi Shiomi; Misa Minegishi; Taikopaul Kaneko; Hirofumi Shintaku

  Physics and Chemistry of Microfluidics Gordon Research Conference, 2025年06月04日

  
• MECHANOmics: Combined analysis of mechanical phenotype of cell deformability and transcriptome at single-cell resolution

  Akifumi Shiomi; Taikopaul Kaneko; Kaori Nishikawa; Dino Di Carlo; Hirofumi Shintaku

  2025 Physics and Chemistry of Microfluidics Gordon Research Conference, 2025年06月04日

  
• Development of Microfluidic Sequence Automation for Spatio-tensional Transcriptomics

  Junichi Murai; Mahmoud N. Abdelmoez; Akifumi Shiomi; Misa Minegishi; Taikopaul Kaneko; Hirofumi Shintaku

  Physics and Chemistry of Microfluidics Gordon Research Seminar, 2025年05月31日

  
• 細胞の力学特性と遺伝子発現の統合解析法

  塩見 晃史; 金子 泰洸ポール; 西川 香里; 土田 新; Dino Di Carlo; 新宅 博文

  第15回マイクロ・ナノ工学シンポジウム, 2024年11月27日

  
• Integration of mechanical phenotyping and transcriptomics by ELASTomics and MECHANOmics

  Akifumi Shiomi; Taikopaul Kaneko; Kaori Nishikawa; Dino Di Carlo; Hirofumi Shintaku

  The 52nd Naito Conference, 2024年10月03日

  
• Combined analysis of static and dynamic cell-mechanics with unbiased transcriptomics for thousands of single cells

  Akifumi Shiomi; Taikopaul Kaneko; Kaori Nishikawa; Dino Di Carlo; Hirofumi Shintaku

  IUPAB2024, 2024年06月25日

  
• Combined analysis of static and dynamic cell mechanics with unbiased transcriptomics for thousands of single cells

  Akifumi Shiomi; Taikopaul Kaneko; Kaori Nishikawa; Dino Di Carlo; Hirofumi Shintaku

  International Symposium on Mechanical control of biological self-organization, 2024年06月18日

  
• Combined Analysis of Cell Mechanics and Transcriptome

  Akifumi Shiomi

  IEEE-NEMS 2024, 2024年05月03日, 招待有り

  
• 細胞力学と遺伝子発現の統合解析

  塩見晃史; 金子泰洸ポール; 西川香里; 新宅博文

  日本生物物理学会第61回年会, 2023年11月14日, 招待有り

  
• ELASTOMICS: HIGH-THROUGHPUT MECHANICAL PHENOTYPING AND TRANSCRIPTOMICS OF SINGLE CELLS

  塩見晃史; 金子泰洸ポール; 西川香里; 新宅博文

  microTAS 2023, 2023年10月16日

  
• ELASTomics: Combined analysis of mechanical phenotype of cellular surface and transcriptome at single-cell resolution

  塩見晃史; 金子泰洸ポール; 西川香里; 新宅博文

  2023 Physics and Chemistry of Microfluidics Gordon Research Conference, 2023年06月07日

  
• ELASTomics: Combined analysis of mechanical phenotype of cellular surface and transcriptome at single-cell resolution

  塩見晃史; 金子泰洸ポール; 西川香里; 新宅博文

  2023 Physics and Chemistry of Microfluidics Gordon Research Seminar, 2023年06月04日

  
• 老化における細胞の膜張力と遺伝子発現の統合解析

  塩見 晃史; 金子 泰洸ポール; 西川 香里; 新宅 博文

  第13回マイクロ・ナノ工学シンポジウム, 2022年11月16日

  
• 細胞の機械特性と遺伝子発現の統合解析

  塩見 晃史; 金子 泰洸ポール; 西川 香里; 新宅 博文

  第95回日本生化学会大会, 2022年11月09日

  
• 微小電気穿孔法を用いた細胞の膜張力と遺伝子発現の統合解析

  塩見 晃史; 金子 泰洸ポール; 西川 香里; 新宅 博文

  シングルセルゲノミクス研究会2022FES, 2022年08月30日

  
• Profiling of membrane-mechanical phenotype and gene expression in thousands of single cells

  Akifumi Shiomi; Taikopaul Kaneko; Kaori Nishikawa; Hirofumi Shintaku

  Pacifichem 2021, 2021年12月21日

  
• 微小電気穿孔法を用いた細胞膜の機械特性と遺伝子発現の統合解析

  塩見 晃史; 金子 泰洸ポール; 西川 香里; 新宅 博文

  第59回日本生物物理学会年会, 2021年11月25日

  
• トランスクリプトーム解析を組み合わせた細胞膜の機械特性計測

  塩見 晃史; 金子 泰洸ポール; 西川 香里; 新宅 博文

  日本機械学会2021年度年次大会, 2021年09月07日

  
• リン脂質スクランブラーゼによる細胞変形能の制御

  塩見 晃史; 長尾 耕治郎; 従二 直人; 村手 源英; 小林 俊秀; 鈴木 量; 田中 求; 程 久美子; 新宅 博文; 梅田 眞郷

  第93回 日本生化学会大会, 2020年09月15日, 招待有り

  
• リン脂質スクランブラーゼXKRによる昆虫細胞膜の高粘弾性変形能

  塩見 晃史; 長尾 耕治郎; 山本 暁久; 鈴木 量; 田中 求; 梅田 眞郷

  第57回 日本生物物理学会年会, 2019年09月24日

  
• 昆虫細胞の形質膜における特異な膜構築機構と変形能の解明

  塩見 晃史; 長尾 耕治郎; 山本暁久; 鈴木量; 田中 求; 梅田眞郷

  第92回 日本生化学会大会, 2019年09月18日

  
• Extreme deformability of insect cell membranes is acquired by constitutive scrambling of phospholipids.

  Masato Umeda; Akifumi Shiomi; Kohjiro Nagao

  2019 Lipids, Molecular & Cellular Biology of Gordon Research Conferences

  
• リン脂質スクランブラーゼXKRによる特異な膜構築機構と変形能

  塩見晃史; 長尾耕治郎; 遠矢楓; 鈴木量; 田中求; 程久美子; 梅田眞郷

  第91回日本生化学会大会

  
• リン脂質スクランブラーゼXKRによる細胞変形能の制御機構とその生理機能

  塩見晃史; 長尾耕治郎; 従二直人; 鈴木量; 田中求; 原雄二; 梅田眞郷

  第60回日本脂質生化学会

  
• 昆虫細胞の特異な膜構築機構と変形能

  塩見晃史; 長尾耕治郎; 従二直人; 鈴木量; 田中求; 程久美子; 梅田眞郷

  第90回日本生化学会大会(ConBio2017)

  
• Remarkable deformability of insect cell is supported by constitutively active phospholipid scramblase.

  Kohjiro Nagao; Akifumi Shiomi; Masato Umeda

  Lipids, Molecular & Cellular Biology of Gordon Research Conferences 2017

  
• 昆虫細胞の特異な膜構築と変形能

  塩見晃史; 長尾耕治郎; 巽和也; 中部主敬; 鈴木量; 田中求; 梅田眞郷

  第59回日本脂質生化学会

  

書籍等出版物

• 微小電気穿孔法による細胞の力学特性と遺伝子発現の統合解析

  塩見 晃史; 北村 仁; 村井 潤一; 金子 泰洸ポール; 峯岸 美紗; 新宅 博文, 共著, 月刊「細胞」

  2026年03月

  
• 白眉センターだより Vol.23

  共編者(共編著者)

  2026年02月

  
• 次世代バイオテクノロジーへの招待

  塩見, 尚史; 塩見, 晃史

  大学教育出版, 2021年11月

  京大の蔵書を調べる：

  
• 生命科学が解き明かす食と健康

  塩見, 尚史; 塩見, 晃史, 共著

  大学教育出版, 2020年04月

  京大の蔵書を調べる：

  
• 生命科学が解き明かす体の秘密

  塩見, 尚史; 塩見, 晃史, 共著

  大学教育出版, 2017年06月

  京大の蔵書を調べる：

  

受賞

• 2025年11月21日

  研究開発奨励賞(一般財団法人エヌエフ基金)
• 2025年04月24日

  日本機械学会奨励賞
• 2024年12月17日

  JST-CREST 多細胞 若手の会 2024 YORC発表賞
• 2024年06月28日

  IUPAB2024 Student and Early Career Researcher Poster Award
• 2023年02月17日

  Sysmex賞（シスメックス株式会社）
• 2021年11月01日

  若手招待講演賞（日本生物物理学会）
• 2019年09月18日

  日本生化学会若手優秀発表賞
• 2019年09月25日

  日本生物物理学会学生発表賞
• 2022年02月01日

  優秀講演論文表彰（日本機械学会）

外部資金：科学研究費補助金

• 細胞の力学特性から解き明かす細胞競合

  若手研究

  小区分44010:細胞生物学関連

  京都大学

  塩見 晃史

  自 2025年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付

  力学特性;多細胞;エレクトロポレーション;細胞競合

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K18469/
• 多細胞が織りなす協調的な力学秩序解析法の開発

  学術変革領域研究(A)

  学術変革領域研究区分(Ⅲ)

  京都大学

  塩見 晃史

  自 2025年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  力学特性;1細胞RNA-seq;エレクトロポレーション;空間情報

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-25H01806/
• 細胞の遺伝子発現と力学的境界条件が織りなすオルガノイドの生体秩序

  学術変革領域研究(A)

  学術変革領域研究区分(Ⅲ)

  国立研究開発法人理化学研究所

  塩見 晃史

  自 2023年04月01日, 至 2025年03月31日, 完了

  1細胞RNA-seq;力学特性;細胞表面張力;変形能;エレクトロポレーション;マイクロ流路;細胞競合;機械特性;1細胞RNAシーケンシング;遺伝子発現;細胞集団ダイナミクス;オルガノイド;トラックエッチド膜;細胞老化

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-23H04724/
• 1細胞の機械特性と遺伝子発現解析の統合

  若手研究

  小区分44010:細胞生物学関連

  国立研究開発法人理化学研究所

  塩見 晃史

  自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 完了

  1細胞RNA-seq;機械特性;細胞表面張力;変形能;遺伝子発現;エレクトロポレーション;トラックエッチド膜;細胞老化;リン脂質;オミックス解析;膜張力;老化

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15113/
• 脂質分子動態に基づく骨格筋再生機構の全容解明

  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

  中区分59:スポーツ科学、体育、健康科学およびその関連分野

  静岡県立大学

  原 雄二

  自 2021年10月07日, 至 2025年03月31日, 完了

  脂質動態;脂質配向性;骨格筋再生;筋衛星細胞;骨格筋幹細胞;筋再生;機械受容イオンチャネル;細胞分裂;細胞融合;リン脂質;筋管形成;超解像イメージング;膜脂質動態

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21KK0174/
• ナノ電気穿孔を用いた1細胞ダイナミクス計測法の創成

  挑戦的研究(開拓)

  中区分28:ナノマイクロ科学およびその関連分野

  京都大学;国立研究開発法人理化学研究所

  新宅 博文

  自 2021年07月09日, 至 2024年03月31日, 完了

  1細胞;RNA-sequencing;マイクロ流体工学;オミクス;電気泳動;造血幹細胞

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K18194/

教育

担当科目

• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  ILASセミナー

  Z001, 前期, 国際高等教育院, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  Global Frontier in Life Science A

  1018, 前期集中, 生命科学研究科, 2

学術・社会貢献

委員歴

• 自 2024年04月, 至 2025年03月

  2024年分野別専門委員, 日本生物物理学会

学術貢献活動

• 

  京都を学ぶ～知がつなぐ時代と分野の架け橋～

  企画立案・運営等

  塩見晃史, 自 2025年10月24日, 至 2025年10月24日