森 俊文
モリ トシフミ工学研究科 化学理工学専攻物理化学講座 准教授
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Last Updated :2026/08/19
基本情報
学部兼担
学位
経歴
- 自 2026年04月, 至 2028年03月分子科学研究所, 客員准教授
- 自 2024年08月, 至 2024年10月ボストン大学, 客員研究員
- 自 2026年03月, 至 現在京都大学, 大学院工学研究科, 准教授
- 自 2020年10月, 至 2026年02月九州大学, 大学院総合理工学府, 准教授
- 自 2020年10月, 至 2026年02月九州大学, 先導物質化学研究所 分子集積化学部門, 准教授
- 自 2014年04月, 至 2020年09月総合研究大学院大学, 物理科学研究科, 助教
- 自 2013年12月, 至 2020年09月分子科学研究所, 助教
- 自 2013年04月, 至 2013年11月ウィスコンシン大学マディソン校, 化学科, 日本学術振興会海外特別研究員
- 自 2012年10月, 至 2013年03月ウィスコンシン大学マディソン校, 化学科, 博士研究員
- 自 2010年04月, 至 2012年09月スタンフォード大学, 化学科, 博士研究員
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外部リンク
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Last Updated :2026/08/19
研究
研究キーワード
研究分野
論文
- Deep learning of committor and explainable artificial intelligence analysis for identifying reaction coordinatesToshifumi Mori; Kei-ichi Okazaki; Kang Kim; Nobuyuki MatubayasiChemical Physics Reviews, 2026年09月01日
- Moiety-specific mechanism of ATP's hydrotropic action on α-synucleinYusuke Shuto; Toshifumi Mori; Benjamin Kohn; Erik Walinda; Daichi Morimoto; Ulrich Scheler; Masatomo So; Ayako Furukawa; Norio Yoshida; Kenji SugasePhysical Chemistry Chemical Physics, 2026年
- IEPDYN: Integral-equation formalism of population dynamicsKento Kasahara; Ryo Okabe; Chia-en A. Chang; Toshifumi Mori; Nobuyuki MatubayasiThe Journal of Chemical Physics, 2026年03月28日
- Investigating the capabilities of nano-sized graphene and graphene oxide to be a nanosorbent for mixed pesticides in solution: MD simulation studyPrin Tadawattana; Sirin Sittiwanichai; Kyohei Kawashima; Jitti Niramitranon; Toshifumi Mori; Prapasiri PongprayoonChinese Journal of Chemical Engineering, 2026年06月
- Deep learning of committor for ion dissociation and interpretable analysis of solvent effects using atom-centered symmetry functionsKenji Okada; Kazushi Okada; Kei-ichi Okazaki; Toshifumi Mori; Kang Kim; Nobuyuki MatubayasiThe Journal of Chemical Physics, 2026年03月02日
- The priming phosphorylation of KaiC is activated by the release of its autokinase autoinhibitionYoshihiko Furuike; Yasuhiro Onoue; Shinji Saito; Toshifumi Mori; Shuji AkiyamaPNAS Nexus, 2025年04月30日, 査読有り, 責任著者
- Elucidating chiral myosin–induced actin dynamics: From single-filament behavior to collective structuresTakeshi Haraguchi; Kohei Yoshimura; Yasuhiro Inoue; Takuma Imi; Koyo Hasegawa; Taisei Nagai; Hideki Furusawa; Toshifumi Mori; Kenji Matsuno; Kohji ItoProceedings of the National Academy of Sciences, 2026年02月03日
- Exploring the Capabilities of Nanosized Graphene Oxide as a Pesticide Nanosorbent: Simulation StudiesPrin Tadawattana; Kyohei Kawashima; Sirin Sittiwanichai; Jiraroj T-Thienprasert; Toshifumi Mori; Prapasiri PongprayoonACS Omega, 2025年03月11日, 査読有り, 責任著者
- Molecular basis underlying the specificity of an antagonist AA92593 for mammalian melanopsinsKohei Obayashi; Ruisi Zou; Tomoki Kawaguchi; Toshifumi Mori; Hisao TsukamotoJournal of Biological Chemistry, 2025年03月, 査読有り
- Investigating the hyperparameter space of deep neural network models for reaction coordinatesKyohei Kawashima; Takumi Sato; Kei-ichi Okazaki; Kang Kim; Nobuyuki Matubayasi; Toshifumi MoriAPL Machine Learning, 2025年03月01日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
- Divergent Synthesis of Silacycles by Ligand-Controlled Rhodium-Catalyzed Annulation of (2-Hydrosilylaryl)acetylenes.Kazuto Fuji; Kyohei Kawashima; Toshifumi Mori; Kohei Sekine; Yoichiro KuninobuOrganic letters, 2025年02月21日, 査読有り
- Mechanistic insights into the role of cyclodextrin in the regioselective radical CH trifluoromethylation of aromatic compoundsKyohei Kawashima; Xu Lu; Yoichiro Kuninobu; Toshifumi MoriJournal of Computational Chemistry, 2024年09月30日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
- Aggregation of Apo/Glycated Human Serum Albumins and Aptamer-Saturated Graphene Quantum Dot: A Simulation StudySirin Sittiwanichai; Chanya Archapraditkul; Deanpen Japrung; Yasuteru Shigeta; Toshifumi Mori; Prapasiri PongprayoonBiochemistry, 2024年07月02日, 査読有り, 責任著者
- Unveiling interatomic distances influencing the reaction coordinates in alanine dipeptide isomerization: An explainable deep learning approachKazushi Okada; Takuma Kikutsuji; Kei-ichi Okazaki; Toshifumi Mori; Kang Kim; Nobuyuki MatubayasiThe Journal of Chemical Physics, 2024年05月07日, 査読有り, 責任著者
- Carbamoylarylation of Alkenes with N-Aryl Oxamic Acids Involving 1,4-Aryl Migration Via C(aryl)–N Bond CleavageAkira Shiozuka; Di Wu; Kyohei Kawashima; Toshifumi Mori; Kohei Sekine; Yoichiro KuninobuACS Catalysis, 2024年04月19日, 査読有り
- Conformational Dynamics in Proteins: Entangled Slow Fluctuations and Nonequilibrium Reaction EventsJunichi Ono; Yoshihiro Matsumura; Toshifumi Mori; Shinji SaitoThe Journal of Physical Chemistry B, 2023年12月22日, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者
- Tuning the ATP–ATP and ATP–disordered protein interactions in high ATP concentration by altering water modelsToshifumi Mori; Norio YoshidaThe Journal of Chemical Physics, 2023年07月21日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Structural and Dynamic Alteration of Glycated Human Serum Albumin in Schiff Base and Amadori Adducts: A Molecular Simulation StudySirin Sittiwanichai; Deanpen Japrung; Toshifumi Mori; Prapasiri PongprayoonThe Journal of Physical Chemistry B, 2023年06月15日, 査読有り, 責任著者
- Bifunctional 1-Hydroxypyrene Photocatalyst for Hydrodesulfurization via Reductive C(Aryl)–S Bond CleavageDi Wu; Akira Shiozuka; Kyohei Kawashima; Toshifumi Mori; Kohei Sekine; Yoichiro KuninobuOrganic Letters, 2023年05月12日, 査読有り
- Near‐Infrared and Dual Emissions of Diphenylamino Group‐Substituted Malachite Green DerivativesToshiaki Mori; Kohei Sekine; Kyohei Kawashima; Toshifumi Mori; Yoichiro KuninobuEuropean Journal of Organic Chemistry, 2022年08月19日, 査読有り
- Molecular Insights into the Intrinsic Dynamics and Their Roles During Catalysis in Pin1 Peptidyl-prolyl IsomeraseToshifumi Mori; Shinji SaitoThe Journal of Physical Chemistry B, 2022年07月07日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Photoinduced Divergent Deaminative Borylation and Hydrodeamination of Primary Aromatic AminesAkira Shiozuka; Kohei Sekine; Takumi Toki; Kyohei Kawashima; Toshifumi Mori; Yoichiro KuninobuOrganic Letters, 2022年06月17日, 査読有り, 責任著者
- Explaining reaction coordinates of alanine dipeptide isomerization obtained from deep neural networks using Explainable Artificial Intelligence (XAI)Takuma Kikutsuji; Yusuke Mori; Kei-ichi Okazaki; Toshifumi Mori; Kang Kim; Nobuyuki MatubayasiThe Journal of Chemical Physics, 2022年04月21日, 査読有り
- Learning reaction coordinates via cross-entropy minimization: Application to alanine dipeptideYusuke Mori; Kei-ichi Okazaki; Toshifumi Mori; Kang Kim; Nobuyuki MatubayasiJOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2020年08月, 査読有り
- Dissecting the Dynamics during Enzyme Catalysis: A Case Study of Pin1 Peptidyl-Prolyl IsomeraseToshifumi Mori; Shinji SaitoJOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2020年05月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Conformational Excitation and Nonequilibrium Transition Facilitate Enzymatic Reactions: Application to Pin1 Peptidyl–Prolyl IsomeraseToshifumi Mori; Shinji SaitoThe Journal of Physical Chemistry Letters, 2019年02月07日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Excited state non-adiabatic dynamics of the smallest polyene, trans 1,3-butadiene. II. Ab initio multiple spawning simulationsWilliam J. Glover; Toshifumi Mori; Michael S. Schuurman; Andrey E. Boguslavskiy; Oliver Schalk; Albert Stolow; Todd J. MartínezJournal of Chemical Physics, 2018年04月28日, 査読有り
- Excited state non-adiabatic dynamics of the smallest polyene, trans 1,3-butadiene. I. Time-resolved photoelectron-photoion coincidence spectroscopyBoguslavskiy, A.E.; Schalk, O.; Gador, N.; Glover, W.J.; Mori, T.; Schultz, T.; Schuurman, M.S.; Mart{\'i}nez, T.J.; Stolow, A.Journal of Chemical Physics, 2018年04月, 査読有り
- The critical role of dimer formation in monosaccharides binding to human serum albuminPrapasiri Pongprayoon; Toshifumi MoriPhysical Chemistry Chemical Physics, 2018年02月07日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
- Structure and dynamics of solvent molecules inside the polytheonamide B channel in different environments: A molecular dynamics studyMahroof Kalathingal; Takashi Sumikama; Toshifumi Mori; Shigetoshi Oiki; Shinji SaitoPhysical Chemistry Chemical Physics, 2018年02月07日, 査読有り
- Molecular Mechanism Behind the Fast Folding/Unfolding Transitions of Villin Headpiece Subdomain: Hierarchy and HeterogeneityToshifumi Mori; Shinji SaitoJOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2016年11月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- 3D-RISM-MP2 Approach to Hydration Structure of Pt(II) and Pd(II) Complexes: Unusual H-Ahead Mode vs Usual O-Ahead OneShinji Aono; Toshifumi Mori; Shigeyoshi SakakiJOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2016年03月, 査読有り
- Atomic-scale origins of slowness in the cyanobacterial circadian clockJun Abe; Takuya B. Hiyama; Atsushi Mukaiyama; Seyoung Son; Toshifumi Mori; Shinji Saito; Masato Osako; Julie Wolanin; Eiki Yamashita; Takao Kondo; Shuji AkiyamaSCIENCE, 2015年07月, 査読有り, 筆頭著者
- Dynamic heterogeneity in the folding/unfolding transitions of FiP35Toshifumi Mori; Shinji SaitoJOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2015年04月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Molecular Simulation of Water and Hydration Effects in Different Environments: Challenges and Developments for DFTB Based ModelsPuja Goyal; Hu-Jun Qian; Stephan Irle; Xiya Lu; Daniel Roston; Toshifumi Mori; Marcus Elstner; Qiang CuiJOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2014年09月, 査読有り
- Integrated Hamiltonian Sampling: A Simple and Versatile Method for Free Energy Simulations and Conformational SamplingToshifumi Mori; Robert J. Hamers; Joel A. Pedersen; Qiang CuiJOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2014年07月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Photochemical Dynamics of Ethylene Cation C2H4+Baptiste Joalland; Toshifumi Mori; Todd J. Martinez; Arthur G. SuitsJOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS, 2014年04月, 査読有り
- An Explicit Consideration of Desolvation is Critical to Binding Free Energy Calculations of Charged Molecules at Ionic SurfacesToshifumi Mori; Robert J. Hamers; Joel A. Pedersen; Qiang CuiJOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2013年11月, 査読有り
- Exploring the conical intersection seam: The seam space nudged elastic band methodMori, T.; Mart{\'i}nez, T.J.Journal of Chemical Theory and Computation, 2013年02月, 査読有り
- Between ethylene and polyenes - the non-adiabatic dynamics of cis-dienesThomas S. Kuhlman; William J. Glover; Toshifumi Mori; Klaus B. Moller; Todd J. MartinezFARADAY DISCUSSIONS, 2012年04月, 査読有り
- Role of Rydberg States in the Photochemical Dynamics of EthyleneToshifumi Mori; William J. Glover; Michael S. Schuurman; Todd J. MartinezJOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A, 2012年03月, 査読有り, 筆頭著者
- Conical intersections of free energy surfaces in solution: Effect of electron correlation on a protonated Schiff base in methanol solutionToshifumi Mori; Katsuhiro Nakano; Shigeki KatoJOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2010年08月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
- Dynamic electron correlation effect on conical intersections in photochemical ring-opening reaction of cyclohexadiene: MS-CASPT2 studyToshifumi Mori; Shigeki KatoCHEMICAL PHYSICS LETTERS, 2009年07月, 査読有り
- Grignard Reagents in Solution: Theoretical Study of the Equilibria and the Reaction with a Carbonyl Compound in Diethyl Ether SolventToshifumi Mori; Shigeki KatoJOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A, 2009年05月, 査読有り
- Analytical RISM-MP2 free energy gradient method: Application to the Schlenk equilibrium of Grignard reagentToshifumi Mori; Shigeki KatoCHEMICAL PHYSICS LETTERS, 2007年03月, 査読有り
MISC
- Molecular basis underlying specific interaction of mammalian melanopsins with an antagonist AA92593Kohei Obayashi; Ruisi Zou; Toshifumi Mori; Hisao TsukamotobioRxiv, 2024年11月01日
- 超長時間シミュレーションで見るタンパク質のフォールディング過程森 俊文; 斉藤真司生物物理, 2017年, 査読有り, 招待有り
講演・口頭発表等
- Elucidating the role of hierarchical dynamics in biomolecules: From chemical reactions to functionsToshifumi MoriTheoretical Chemistry Institute (TCI) Special Seminar, 2026年07月07日, 招待有り
- 溶液内反応における構造ダイナミクスと化学反応の協奏の理論研究森 俊文第6回IRCCSフォーラム産学共創ワークショップ, 2026年01月14日, 招待有り
- Elucidating the role of hierarchical dynamics in biomolecules: From chemical reactions to biological functionsToshifumi MoriThe International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PacifiChem) 2025, 2025年12月19日, 招待有り
- Uncovering ligand recognition and conformational transition mechanisms using machine learning-based simulationsToshifumi MoriThe International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PacifiChem) 2025, 2025年12月18日, 招待有り
- Hierarchical protein dynamics and their role in conformational transitions and enzyme catalysisToshifumi MoriThe International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PacifiChem) 2025, 2025年12月16日, 招待有り
- 生体分子の動きを読み解き、創り、制御する森 俊文分子研研究会「2050年の生体分子科学を語る」, 2025年10月22日, 招待有り
- シアノバクテリアの時計タンパク質でみる概日リズムの分子起源森 俊文第32回日本時間生物学会学術大会, 2025年10月05日, 招待有り
- 分子シミュレーションで迫る生体分子の構造ダイナミクスと機能森 俊文九重分子科学セミナー2025, 2025年09月20日, 招待有り
- Elucidating the Conformational Dynamics of Proteins During Catalysis and FunctionToshifumi MoriTaiwan Theoretical and Computational Molecular Sciences Association (T2CoMSA) Workshop, 2025年08月21日, 招待有り
- Investigating the roles of ATP in biomolecular environments: from energy source to hydrotropeToshifumi MoriTelluride Science Research Center 2025 Workshop on Protein Dynamics, 2025年07月31日, 招待有り
- 計算科学で迫るKaiCの構造ダイナミクスと化学反応過程森 俊文CyanoClock 7, 2025年06月21日, 招待有り
- Elucidating the Conformational Dynamics of Proteins During Enzyme CatalysisToshifumi Mori11th Asia Pacific Association of Theoretical and Computational Chemistry, 2025年04月25日, 招待有り
- Elucidating the heterogeneous dynamics of proteins during folding and function from molecular simulationsToshifumi MoriSugadaira Winter Workshop 2025 on “the Role of Fluctuations and Dynamics in Bio and Soft Matter”, 2025年01月11日, 招待有り
- 酵素反応の階層的ダイナミクスと反応座標森 俊文レア・イベントの計算科学 第7回ワークショップ, 2024年12月01日, 招待有り
- Revisiting enzyme catalysis from static and dynamic perspectivesToshifumi MoriGreater Boston Area Theoretical Chemistry Seminar, 2024年10月02日, 招待有り
- Theoretical study on the role of dynamics during enzyme catalysisToshifumi MoriPure and Applied Chemistry International Conference 2024, 2024年01月26日, 招待有り
- Theoretical study on the role of protein conformational dynamics during enzyme catalysis森 俊文令和5年度化学系学協会東北大会および日本化学会東北支部80周年記念国際会議;物理化学コロキウム, 2023年09月08日, 招待有り
- Bridging the gap between static and dynamic reaction mechanisms in enzyme catalysisToshifumi MoriMulti-scale Molecular Dynamics Simulation and Machine Learning of Biomolecular Systems Workshop, 2023年08月09日, 招待有り
- Dissecting the heterogeneous dynamics of proteins during folding and catalysisToshifumi MoriTelluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics, 2023年07月27日, 招待有り
- Elucidating the Role of Dynamics During Enzyme Catalysis using Molecular SimulationsToshifumi Mori7th International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University, 2022年12月01日, 招待有り
- タンパク質の変性状態における構造ダイナミクスと溶媒環境依存性の理論的解析森 俊文第60回日本生物物理学会年会;「動的溶液環境が駆動するタンパク質凝集」シンポジウム, 2022年09月28日, 招待有り
- 凝縮系反応の動的機構と反応座標の理論的解明森 俊文「化学反応経路探索のニューフロンティア 2022」シンポジウム, 2022年09月18日, 招待有り
- 生体分子の状態遷移と機能の動力学森 俊文日本化学会第102春季大会;アジア国際シンポジウム―物理化学ディビジョン, 2022年03月23日, 招待有り
- 生体分子の動的構造と機能発現機構の理論的解明森 俊文京都大学福井謙一記念研究センターオンラインシンポジウム, 2022年01月26日, 招待有り
受賞
外部資金：科学研究費補助金
- キネシンモーターコアに共通する一方向運動を生み出す基本原理の実証基盤研究(B)小区分43040:生物物理学関連東京大学矢島 潤一郎自 2025年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付キネシン;モータータンパク質
- KaiCにおけるATP加水分解反応の分子機構と温度補償のメカニズムの理論的解明学術変革領域研究(A)学術変革領域研究区分(Ⅲ)京都大学;九州大学森 俊文自 2025年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付構造ダイナミクス;時計タンパク質;分子シミュレーション;ATP加水分解反応;リン酸化反応
- キラルカラムクロマトグラフィーの分子機構の理論的解明と機能予測モデルの構築挑戦的研究(萌芽)中区分32:物理化学、機能物性化学およびその関連分野九州大学森 俊文自 2024年06月28日, 至 2027年03月31日, 交付分子シミュレーション;構造ダイナミクス;キラルカラム;キラル分子;糖鎖;キラリティ
- 酵素反応の動的反応理論の開拓国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)小区分32010:基礎物理化学関連九州大学森 俊文自 2024年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付構造ダイナミクス;分子シミュレーション;酵素反応;反応速度論;自由エネルギー
- 酵素の構造ダイナミクスと活性制御の分子機構の理論的解明基盤研究(B)小区分32010:基礎物理化学関連九州大学森 俊文自 2024年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付構造ダイナミクス;分子シミュレーション;機械学習;酵素反応;自由エネルギー;遷移状態;深層学習
- キラル分子を光学活性体として得る革新的手法DYASINの開発基盤研究(S)大区分E九州大学友岡 克彦自 2020年08月31日, 至 2025年03月31日, 完了動的不斉誘起;光学活性体;動的キラル分子;静的キラル分子;外的キラル因子
- 酵素反応の動的機構の理論的解明基盤研究(C)小区分32010:基礎物理化学関連九州大学;分子科学研究所森 俊文自 2018年04月01日, 至 2021年03月31日, 完了酵素反応;反応ダイナミクス;分子シミュレーション;遷移経路;自由エネルギー;Pin1;構造励起状態;反応座標探索;交差エントロピー;構造揺らぎ;プロリン異性化酵素
- タンパク質の構造変化と化学反応が織り成す協働的な反応機構の解明新学術領域研究(研究領域提案型)理工系分子科学研究所森 俊文自 2016年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了酵素反応;Pin1;自由エネルギー;反応ダイナミクス;構造揺らぎ;分子シミュレーション;遷移状態;構造変化ダイナミクス;時計タンパク質
- タンパク質の動的構造と機能発現ダイナミクスの分子論的解明若手研究(B)分子科学研究所森 俊文自 2015年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了構造変化ダイナミクス;自由エネルギー;分子シミュレーション;タンパク質;酵素反応;フォールディング;時計タンパク質KaiC;Ubiquitin;Pin1;Villin headpiece;時計タンパク質
- 天然変性タンパク質の動的構造と機能発現機構の分子論的解明研究活動スタート支援分子科学研究所森 俊文自 2014年08月29日, 至 2015年03月31日, 完了構造変化ダイナミクス;自由エネルギー;分子シミュレーション;WWドメイン;フォールディング
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Last Updated :2026/08/19
学術・社会貢献
委員歴
学術貢献活動
- Molecular Science 編集委員企画立案・運営等, 査読分子科学会, 自 2026年09月01日, 至 現在
- アンサンブル編集委員企画立案・運営等, 監修, 査読分子シミュレーション学会, 自 2024年01月01日, 至 2026年12月31日
- 第40回分子シミュレーション討論会実行委員企画立案・運営等分子シミュレーション学会, 自 2026年12月07日, 至 2026年12月09日
- MSAM Satellite Mini-Workshop 世話人企画立案・運営等自 2026年05月27日, 至 2026年05月27日
- Telluride Workshop on Protein Dynamics 世話人企画立案・運営等Telluride Science and Innovation Center, 自 2025年07月28日, 至 2025年07月31日
- 第27回理論化学討論会実行委員企画立案・運営等理論化学会, 自 2025年07月22日, 至 2025年07月24日
