基本情報

プロフィール

• プロフィール

   1975年生まれ、栃木県小山市出身。1993年3月 栃木県立栃木高等学校卒業。

学位

• 1999年03月26日

  東京工業大学修士（理学）
• 2002年03月26日

  東京工業大学博士（理学）

出身大学院・研究科等

• 東京工業大学, 大学院生命理工学研究科バイオサイエンス専攻博士後期課程, 修了
• 東京工業大学, 大学院生命理工学研究科バイオサイエンス専攻修士課程, 修了

出身学校・専攻等

• 東京工業大学, 生命理工学部生体機構学科, 卒業

出身高等学校

• 出身高等学校

  栃木県立栃木高等学校

経歴

• 自 2025年04月, 至 現在

  京都大学, 大学院理学研究科 神経ゲノミクス特別講座, 特定助教
• 自 2022年04月, 至 2025年03月

  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 特任助教
• 自 2020年11月, 至 2021年06月

  リージョナルフィッシュ株式会社, 研究開発部 無脊椎育種グループ, 主任研究員 / 研究スペシャリスト
• 自 2019年07月, 至 2020年10月

  広島大学, 大学院統合生命科学研究科 附属臨海実験所, 特任助教 (教育関係共同利用拠点)
• 自 2014年01月, 至 2019年06月

  京都大学, 大学院理学研究科 生物科学専攻 動物学教室, 特定研究員
• 自 2012年04月, 至 2013年03月

  東京工業大学, 大学院生命理工学研究科 生命情報専攻, 特別研究員
• 自 2008年04月, 至 2012年03月

  東京工業大学, 大学院生命理工学研究科 生命情報専攻, 特任助教 (グローバルCOE)
• 自 2007年02月, 至 2008年03月

  フランス国立科学研究センター（CNRS）, マルセイユ発生生物学研究所（IBDM）, 日本学術振興会・海外特別研究員
• 自 2006年02月, 至 2007年02月

  フランス国立科学研究センター（CNRS）, マルセイユ発生生物学研究所（IBDM）, EMBO Long-term Fellow
• 自 2005年04月, 至 2006年01月

  京都大学, 大学院理学研究科 生物科学専攻 動物学教室, JST CREST・研究員
• 自 2002年04月, 至 2005年03月

  京都大学, 大学院理学研究科 生物科学専攻 動物学教室, 日本学術振興会・特別研究員PD
• 自 1999年04月, 至 2002年03月

  東京工業大学, 大学院生命理工学研究科 バイオサイエンス専攻, 日本学術振興会・特別研究員DC1

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0002-9312-7857

• J-Global ID

  200901094700984055

researchmap URL

• https://researchmap.jp/kobaken

研究

研究分野

• ライフサイエンス, 発生生物学
• ライフサイエンス, 細胞生物学, 細胞増殖制御
• ライフサイエンス, 神経科学一般, 神経発生

研究キーワード

• 脊索動物
• 尾索動物
• ホヤ
• オタマジャクシ幼生
• 個体発生
• 胚発生
• 細胞分化
• 細胞増殖
• 細胞周期
• 神経細胞
• 遺伝子
• 遺伝子発現
• 顕微注入
• ゲノム編集
• セルソーター
• RNA-seq
• ATAC-seq
• 1細胞
• シングルセル
• トランスクリプトーム

論文

• Regulators specifying cell fate activate cell cycle regulator genes to determine cell numbers in ascidian larval tissues

  Kenji KOBAYASHI*#; Miki TOKUOKA*#; Hiroaki SATO; Manami ARIYOSHI; Shiori KAWAHARA; Shigeki FUJIWARA; Takeo KISHIMOTO; Yutaka SATOU; (*#: equally contribution & corresponding authors)

  Development, 2022年11月16日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Protein kinases and protein phosphatases encoded in the Ciona robusta genome

  Miki TOKUOKA; Kenji KOBAYASHI; Patrick LEMAIRE; Yutaka SATOU

  Genesis, 2022年03月09日, 査読有り

  
• The gene regulatory system for specifying germ layers in early embryos of the simple chordate

  Miki TOKUOKA; Kazuki MAEDA; Kenji KOBAYASHI; Atsushi MOCHIZUKI; Yutaka SATOU

  Science Advances, 2021年06月09日, 査読有り

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• Using linkage logic theory to control dynamics of a gene regulatory network of a chordate embryo

  Kenji KOBAYASHI, Kazuki MAEDA, Miki TOKUOKA, Atsushi MOCHIZUKI,Yutaka SATOU

  Scientific Reports, 2021年02月17日, 査読有り, 筆頭著者

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• Gata is ubiquitously required for the earliest zygotic gene transcription in the ascidian embryo

  Kaoru S. IMAI; Kenji KOBAYASHI; Willi KARI; Ute ROTHBÄCHER; Naoki OOKUBO; Izumi ODA-ISHII; Yutaka SATOU

  Developmental Biology, 2020年02月15日, 査読有り

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• Controlling cell fate specification system by key genes determined from network structure

  Kenji KOBAYASHI, Kazuki MAEDA, Miki TOKUOKA, Atsushi MOCHIZUKI, Yutaka SATOU

  iScience, 2018年06月29日, 査読有り, 筆頭著者

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• Distinct regulation of Snail in two muscle lineages of the ascidian embryo achieves temporal coordination of muscle development

  Miki TOKUOKA; Kenji KOBAYASHI; Yutaka SATOU

  Development, 2018年06月06日, 査読有り

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• Differential gene expression along the animal-vegetal axis in the ascidian embryo is maintained by a dual functional protein Foxd

  Shin-ichi TOKUHIRO*; Miki TOKUOKA*; Kenji KOBAYASHI*; Atsushi KUBO; Izumi ODA-ISHII; Yutaka SATOU; (*: equally contribution)

  PLoS Genetics, 2017年05月17日, 査読有り, 筆頭著者

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• Tfap2 and Sox1/2/3 cooperatively specify ectodermal fates in ascidian embryos

  Kaoru S. IMAI; Hiroki HIKAWA; Kenji KOBAYASHI; Yutaka SATOU

  Development, 2017年01月01日, 査読有り

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• Differential gene expression in notochord and nerve cord fate segregation in the Ciona intestinalis embryo

  Kenji KOBAYASHI*, Lixy YAMADA*, Yutaka SATOU, Nori SATOH; (*: equally contribution)

  Genesis, 2013年09月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Novel genes involved in canonical Wnt/β-catenin signaling pathway in early Ciona intestinalis embryos

  Shuichi WADA; Mayuko HAMADA; Kenji KOBAYASHI; Nori SATOH

  Development Growth & Differentiation, 2008年05月, 査読有り

  
• Novel genes involved in Ciona intestinalis embryogenesis: Characterization of gene knockdown embryos

  Mayuko HAMADA; Shuichi WADA; Kenji KOBAYASHI; Nori SATOH

  Developmental Dynamics, 2007年07月, 査読有り

  
• Ci-Rga, a gene encoding an MtN3/saliva family transmembrane protein, is essential for tissue differentiation during embryogenesis of the ascidian Ciona intestinalis

  Mayuko HAMADA; Shuichi WADA; Kenji KOBAYASHI; Nori SATOH

  Differentiation, 2005年09月, 査読有り

  
• Microarray analysis of localization of maternal transcripts in eggs and early embryos of the ascidian, Ciona intestinalis

  Lixy YAMADA*; Kenji KOBAYASHI*; Yutaka SATOU; Nori SATOH; (*: equally contribution)

  Developmental Biology, 2005年08月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Morpholino-based gene knockdown screen of novel genes with developmental function in Ciona intestinalis

  Lixy YAMADA*; Eiichi SHOGUCHI*; Shuichi WADA*; Kenji KOBAYASHI*; Yasuaki MOCHIZUKI*; Yutaka SATOU; Nori SATOH; (*: equally contribution)

  Development, 2003年12月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Maternal macho-1 is an intrinsic factor that makes cell response to the same FGF signal differ between mesenchyme and notochord induction in ascidian embryos

  Kenji KOBAYASHI #; Kaichiro SAWADA; Hiroki YAMAMOTO; Shuichi WADA; Hidetoshi SAIGA; Hiroki NISHIDA; (#: corresponding author)

  Development, 2003年11月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Suppression of macho-1-directed muscle fate by FGF and BMP is required for formation of posterior endoderm in ascidian embryos

  Keisuke KONDOH; Kenji KOBAYASHI; Hiroki NISHIDA

  Development, 2003年07月, 査読有り

  
• A genomewide survey of developmentally relevant genes in Ciona intestinalis - IV. Genes for HMG transcriptional regulators, bZip and GATA/Gli/Zic/Snail

  Lixy YAMADA*; Kenji KOBAYASHI*; Bernard DEGNAN; Nori SATOH; Yutaka SATOU; (*: equally contribution)

  Development Genes and Evolution, 2003年06月, 査読有り, 筆頭著者

  
• A genomewide survey of developmentally relevant genes in Ciona intestinalis - II. Genes for homeobox transcription factors

  Shuichi WADA; Miki TOKUOKA; Eiichi SHOGUCHI; Kenji KOBAYASHI; Anna Di GREGORIO; Antonietta SPAGNUOLO; Margherita BRANNO; Yuji KOHARA; Daniel ROKHSAR; Michael LEVINE; Hidetoshi SAIGA; Nori SATOH; Yutaka SATOU

  Development Genes and Evolution, 2003年06月, 査読有り

  
• The draft genome of Ciona intestinalis: Insights into chordate and vertebrate origins

  Dehal P; Satou Y; Campbell RK; Chapman J; Degnan B; De Tomaso A; Davidson B; Di Gregorio A; Gelpke M; Goodstein DM; Harafuji N; Hastings KEM; Ho I; Hotta K; Huang W; Kawashima T; Lemaire P; Martinez D; Meinertzhagen IA; Necula S; Nonaka M; Putnam N; Rash S; Saiga H; Satake M; Terry A; Yamada L; Wang H; Awazu S; Azumi K; Boore J; Branno M; Chin-bow S; DeSantis R; Doyle S; Francino P; Keys DN; Haga S; Hayashi H; Hino K; Imai KS; Inaba K; Kano S; Kobayashi K; Kobayashi M; Lee B; Makabe KW; Manohar C; Matassi G; Medina M; Mochizuki Y; Mount S; Morishita T; Miura S; Nakayama A; Nishizaka S; Nomoto H; Ohta F; Oishi K; Rigoutsos I; Sano M; Sasaki A; Sasakura Y; Shoguchi E; Shin-i T; Spagnuolo A; Stainier D; Suzuki MM; Tassy O; Takatori N; Tokuoka M; Yagi K; Yoshizaki F; Wada S; Zhang C; Hyatt PD; Larimer F; Detter C; Doggett N; Glavina T; Hawkins T; Richardson P; Lucas S; Kohara Y; Levine M; Satoh N; Rokhsar DS

  Science, 2002年12月, 査読有り

  
• Nuclear plasticity and timing mechanisms of the initiation of alkaline phosphatase expression in cytoplasm-transferred blastomeres of ascidians

  Kenji KOBAYASHI #; Hiroki NISHIDA; (#: corresponding author)

  Developmental Biology, 2001年06月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  

MISC

• Microinjection of exogenous nucleic acids into eggs: Ciona species

  Kenji KOBAYASHI; Yutaka SATOU

  Advances in Experimental Medicine and Biology (Transgenic Ascidians), 2018年03月, 査読有り, 招待有り

  
• モルフォリノオリゴヌクレオチドを利用した機能未知遺伝子の探索

  和田修一; 山田力志; 小林健司; 將口栄一; 佐藤矩行

  生化学, 2003年07月, 招待有り

  

外部資金：科学研究費補助金

• ホヤ幼生の神経系細胞の発生過程における細胞増殖制御機構の解明―増殖と分化相関

  基盤研究(C)

  小区分44020:発生生物学関連

  大阪大学

  小林 健司

  自 2024年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  ホヤ;オタマジャクシ幼生;神経系;細胞増殖制御;増殖分化相関

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K09473/