基本情報

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  kawaguchi.risa.3rkyoto-u.ac.jp

学位

• 2017年03月24日

  東京大学博士（科学）
• 2014年03月26日

  東京大学修士（科学）

出身学校・専攻等

• 東京大学, 理学部生物情報科学科, 卒業

経歴

• 自 2024年12月, 至 現在

  東京大学, 大学院薬学系研究科, 准教授
• 自 2023年04月, 至 現在

  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 人工知能研究センター（インテリジェントバイオインフォマティクス研究チーム）, 外来研究員
• 自 2022年05月, 至 現在

  京都大学 iPS細胞研究所, 未来生命科学開拓部門, 講師
• 自 2019年04月, 至 2022年03月

  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 人工知能研究センター, 外来研究員
• 自 2019年04月, 至 2022年04月

  コールドスプリングハーバー研究所（米国）, ポストドクトラルフェロー
• 自 2017年04月, 至 2020年03月

  国立がん研究センター研究所, がん分子修飾制御学分野, 外来研究員
• 自 2017年04月, 至 2019年03月

  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 人工知能研究センター, 日本学術振興会特別研究員（PD）
• 自 2014年04月, 至 2017年03月

  東京大学, 新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻, 博士課程、日本学術振興会特別研究員（DC1）

ID,URL

• J-Global ID

  201801007866743153

• 外部リンク

  https://carushi.github.io/cb_lab/index.html

researchmap URL

• https://researchmap.jp/cawatchm

研究

研究分野

• ライフサイエンス, 分子生物学
• ライフサイエンス, システムゲノム科学
• 情報通信, 生命、健康、医療情報学

論文

• Preface

  Kawaguchi, R.K.; Iwakiri, J.

  Methods in Molecular Biology, 2023年

  
• Erratum: Identification of lysine methylation in the core GTPase domain by GoMADScan (PLoS ONE (2019) 14: 8 (e0219436) DOI: 10.1371/journal.pone.0219436)

  Yoshino, H.; Yin, G.; Kawaguchi, R.; Popov, K.I.; Temple, B.; Sasaki, M.; Kofuji, S.; Wolfe, K.; Kofuji, K.; Okumura, K.; Randhawa, J.; Malhotra, A.; Majd, N.; Ikeda, Y.; Shimada, H.; Kahoud, E.R.; Haviv, S.; Iwase, S.; Asara, J.M.; Campbell, S.L.; Sasaki, A.T.

  PLoS ONE, 2019年

  
• A feedback amplifier circuit with Notch and E2A orchestrates T-cell fate and suppresses the innate lymphoid cell lineages during thymic ontogeny.

  Kazuko Miyazaki; Kenta Horie; Hitomi Watanabe; Reiko Hidaka; Rinako Hayashi; Norihito Hayatsu; Kentaro Fujiwara; Rei Kuwata; Takuya Uehata; Yotaro Ochi; Makoto Takenaka; Risa Karakida Kawaguchi; Koichi Ikuta; Osamu Takeuchi; Seishi Ogawa; Katsuto Hozumi; Georg A Holländer; Gen Kondoh; Taishin Akiyama; Masaki Miyazaki

  Genes & development, 2025年02月04日

  
• RNAelem: An Algorithm for Discovering Sequence-Structure Motifs in RNA Bound by RNA-Binding Proteins

  Hiroshi Miyake; Risa Karakida Kawaguchi; Hisanori Kiryu

  Bioinformatics Advances, 2024年09月28日

  
• The transcriptional legacy of developmental stochasticity

  Sara Ballouz; Risa Karakida Kawaguchi; Maria T. Pena; Stephan Fischer; Megan Crow; Leon French; Frank M. Knight; Linda B. Adams; Jesse Gillis

  Nature Communications, 2023年11月09日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Comprehensive in virio structure probing analysis of the influenza A virus identifies functional RNA structures involved in viral genome replication

  Naoki Takizawa; Risa Karakida Kawaguchi

  Computational and Structural Biotechnology Journal, 2023年10月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• RNA Secondary Structure Alteration Caused by Single Nucleotide Variants

  Risa Karakida Kawaguchi; Hisanori Kiryu

  Methods in Molecular Biology, 2023年01月, 筆頭著者, 責任著者

  
• Genome-Wide RNA Secondary Structure Prediction

  Risa Karakida Kawaguchi; Hisanori Kiryu

  Methods in Molecular Biology, 2023年01月, 筆頭著者, 責任著者

  
• Learning single-cell chromatin accessibility profiles using meta-analytic marker genes

  Risa Karakida Kawaguchi; Ziqi Tang; Stephan Fischer; Chandana Rajesh; Rohit Tripathy; Peter K Koo; Jesse Gillis

  Briefings in Bioinformatics, 2022年12月22日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Prevalent and dynamic binding of the cell cycle checkpoint kinase Rad53 to gene promoters

  Yi-Jun Sheu; Risa Karakida Kawaguchi; Jesse Gillis; Bruce Stillman

  eLife, 2022年12月15日, 査読有り

  
• Assessing Versatile Machine Learning Models for Glioma Radiogenomic Studies across Hospitals.

  Risa K Kawaguchi; Masamichi Takahashi; Mototaka Miyake; Manabu Kinoshita; Satoshi Takahashi; Koichi Ichimura; Ryuji Hamamoto; Yoshitaka Narita; Jun Sese

  Cancers, 2021年07月19日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Fine-Tuning Approach for Segmentation of Gliomas in Brain Magnetic Resonance Images with a Machine Learning Method to Normalize Image Differences among Facilities

  Satoshi Takahashi; Masamichi Takahashi; Manabu Kinoshita; Mototaka Miyake; Risa Kawaguchi; Naoki Shinojima; Akitake Mukasa; Kuniaki Saito; Motoo Nagane; Ryohei Otani; Fumi Higuchi; Shota Tanaka; Nobuhiro Hata; Kaoru Tamura; Kensuke Tateishi; Ryo Nishikawa; Hideyuki Arita; Masahiro Nonaka; Takehiro Uda; Junya Fukai; Yoshiko Okita; Naohiro Tsuyuguchi; Yonehiro Kanemura; Kazuma Kobayashi; Jun Sese; Koichi Ichimura; Yoshitaka Narita; Ryuji Hamamoto

  Cancers, 2021年03月19日, 査読有り

  
• Intraductal transplantation models of human pancreatic ductal adenocarcinoma reveal progressive transition of molecular subtypes

  Koji Miyabayashi; Lindsey A. Baker; Astrid Deschenes; Benno Traub; Giuseppina Caligiuri; Dennis Plenker; Brinda Alagesan; Pascal Belleau; Siran Li; Jude Kendall; Gun Ho Jang; Risa Karakida Kawaguchi; Tim D.D. Somerville; Herve Tiriac; Chang-Il Hwang; Richard A. Burkhart; Nicholas J. Roberts; Laura D. Wood; Ralph H. Hruban; Jesse Gillis; Alexander Krasnitz; Christopher R. Vakoc; Michael Wigler; Faiyaz Notta; Steven Gallinger; Youngkyu Park; David A. Tuveson

  Cancer Discovery, 2020年07月23日, 査読有り

  
• Identification of lysine methylation in the core RAS GTPase domain by GoMADScan

  Hirofumi Yoshino; Guowei Yin; Risa Kawaguchi; Konstantin I. Popov; Brenda Temple; Mika Sasaki; Satoshi Kofuji; Kara Wolfe; Kaori Kofuji; Koichi Okumura; Jaskirat Randhawa; Akshiv Malhotra; Nazanin Majd; Yoshiki Ikeda; Hiroko Shimada; Emily Rose Kahoud; Sasson Haviv; Shigeki Iwase; John M. Asara; Sharon L. Campbell; Atsuo T. Sasaki

  PLOS ONE, 2019年08月, 査読有り, 筆頭著者

  
• IMP dehydrogenase-2 drives aberrant nucleolar activity and promotes tumorigenesis in glioblastoma.

  Satoshi Kofuji; Akiyoshi Hirayama; Alexander Otto Eberhardt; Risa Kawaguchi; Yuki Sugiura; Oltea Sampetrean; Yoshiki Ikeda; Mikako Warren; Naoya Sakamoto; Shuji Kitahara; Hirofumi Yoshino; Daisuke Yamashita; Kazutaka Sumita; Kara Wolfe; Lisa Lange; Satsuki Ikeda; Hiroko Shimada; Noriaki Minami; Akshiv Malhotra; Shin Morioka; Yuki Ban; Maya Asano; Victoria L Flanary; Annmarie Ramkissoon; Lionel M L Chow; Juri Kiyokawa; Tomoyuki Mashimo; Greg Lucey; Sergey Mareninov; Tatsuya Ozawa; Nobuyuki Onishi; Koichi Okumura; Jumpei Terakawa; Takiko Daikoku; Trisha Wise-Draper; Nazanin Majd; Kaori Kofuji; Mika Sasaki; Masaru Mori; Yonehiro Kanemura; Eric P Smith; Dimitrios Anastasiou; Hiroaki Wakimoto; Eric C Holland; William H Yong; Craig Horbinski; Ichiro Nakano; Ralph J DeBerardinis; Robert M Bachoo; Paul S Mischel; Wataru Yasui; Makoto Suematsu; Hideyuki Saya; Tomoyoshi Soga; Ingrid Grummt; Holger Bierhoff; Atsuo T Sasaki

  Nature cell biology, 2019年08月, 査読有り

  
• reactIDR: Evaluation of the statistical reproducibility of high-throughput structural analyses towards a robust RNA structure prediction

  河口 理紗; 木立 尚孝; 岩切 淳一; 瀬々 潤

  BMC Bionifromatics, 2019年03月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Machine-learning approach to predict prognosis from MRI images and genomic features in glioblastoma

  Kawaguchi Risa; Takahashi Masamichi; Miyake Mototaka; Ichimura Koichi; Hamamoto Ryuji; Narita Yoshitaka; Sese Jun

  CANCER SCIENCE, 2018年01月, 査読有り

  
• グリオブラストーマにおけるMRI画像およびゲノム情報を利用した機械学習手法による予後予測

  河口 理紗; 高橋 雅道; 三宅 基隆; 市村 幸一; 浜本 隆二; 成田 善孝; 瀬々 潤

  日本癌学会総会記事, 2017年09月, 査読有り

  
• 網羅的構造予測及び再現性を考慮したハイスループット構造解析によるRNA二次構造の全体像の解明

  河口 理紗

  東京大学, 2017年03月

  
• Parallel computation of genome-scale RNA secondary structure to detect structural constraints on human genome

  Risa Kawaguchi; Hisanori Kiryu

  BMC BIOINFORMATICS, 2016年05月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Split-alignment of genomes finds orthologies more accurately

  Martin C. Frith; Risa Kawaguchi

  Genome Biology, 2015年05月21日, 査読有り

  

MISC

• 異なるコホート間におけるグリオーマ遺伝子プロファイル予測のための機械学習手法

  高橋雅道; 河口理紗; 河口理紗; 高橋慧; 三宅基隆; 木下学; 市村幸一; 浜本隆二; 成田善孝; 瀬々潤; 瀬々潤; 瀬々潤

  日本癌学会学術総会抄録集(Web), 2019年

  
• GTP METABOLIC SWITCH LEADS TO NUCLEOLAR TRANSFORMATION AND MALIGNANT GROWTH OF GLIOBLASTOMA

  Kofuji Satoshi; Akiyoshi Hirayama; Naoya Sakamoto; Kazutaka Sumita; Hirofumi Yoshino; Mikako Warren; Risa Kawaguchi; Tatsuya Ozawa; Nobuyuki Onishi; Kara Wolfe; Koichi Okumura; Annmarie Ramkissoon; Lionel M. L. Chow; Akshiv Malhotra; Jumpei Terakawa; Takiko Daikoku; Trisha Wise-Draper; Nazanin Majd; Kaori Kofuji; Mika Sasaki; Masaru Mori; Dimitrios Anastasiou; Hiroaki Wakimoto; Holger Bierhoff; Craig M. Horbinski; Wataru Yasui; Hideyuki Saya; Tomoyoshi Soga; Eric Holland; Ingrid Grummt; Paul Mischel; Atsuo Sasaki

  NEURO-ONCOLOGY, 2017年11月

  
• GTP結合タンパク質PIP4Kβによって制御される,PI(5)Pの標的タンパク質の網羅的探索系の構築

  高橋宏隆; 壽美田一貴; 河口理紗; 河口理紗; 小藤智史; 小藤智史; 笠原亜希子; 井上竜也; 櫻井秀敬; 和田直也; 久保田一石; 佐々木敦朗; 澤崎達也

  日本生化学会大会(Web), 2017年

  

書籍等出版物

• 実験デザインからわかるマルチオミクス研究実践テキスト : 実験・解析・応用まで現場で使えるプログラムコード付き完全ガイド

  大澤, 毅; 島村, 徹平, 分担執筆, scATAC-Seqによる転写制御解析

  羊土社, 2025年04月

  京大の蔵書を調べる：

  
• 実験医学別冊マルチオミクス : データ駆動時代の疾患研究 : がん、老化、生活習慣病 : 最新のオミクス統合で挑む標的探索と病態解明

  河口理紗; 岩崎未央, 分担執筆, 1細胞レベルのマルチオミクス解析のための基盤技術

  羊土社, 2023年09月

  京大の蔵書を調べる：

  
• RNA Structure Prediction, Methods in Molecular Biology

  Risa Karakida Kawaguchi; Junichi Iwakiri, 共編者(共編著者)

  Humana, New York., 2023年02月

  京大の蔵書を調べる：

  
• 実験医学増刊 Vol.35 No.10 がん代謝 ワールブルグを超えて全容解明に挑む

  河口 理紗, 共著, 第2章 がん特異的な代謝 7. GTP代謝

  羊土社, 2017年06月, 査読無し

  

外部資金：科学研究費補助金

• 一細胞オミクス解析の揺らぎを利用した転写因子の細胞種特異的パイオニアネス予測

  若手研究

  小区分43050:ゲノム生物学関連

  京都大学

  河口 理紗

  自 2023年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  エピゲノム;一細胞解析;機械学習;転写制御;大規模解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K14165/

教育

担当科目

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  Global Frontier in Life Science A

  1018, 前期, 生命科学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  Global Frontier in Life Science A

  1018, 前期, 生命科学研究科, 2

学外学位論文審査

• MODEC: an unsupervised clustering method integrating omics data for identifying cancer subtypes

  張 妍婷, 東京大学, 日本, 副査

  2023年01月12日

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2023年10月01日, 至 2026年03月31日

  CiRA研究インターンシップ委員会
• 自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日

  情報管理委員会

学術・社会貢献

委員歴

• 自 2023年04月, 至 2025年03月

  理事, 研究会幹事, 日本バイオインフォマティクス学会
• 自 2021年09月, 至 2021年09月

  プログラム委員, IIBMP2021
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  運営委員, 生命科学系フロンティアミーティング
• 自 2014年, 至 2019年

  運営委員, 生命情報科学若手の会
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  代表, 生命情報科学若手の会
• 自 2015年04月, 至 2016年03月

  学生代表, 生命情報科学若手の会
• 自 2013年, 至 2015年

  Organizing committee, Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB)

社会貢献活動

• ゲノムで決まること・決まらないこと―ゲノム配列からエピゲノムを予測する人工知能

  講師

  情報処理学会, IPSJ-ONE, 至 2025年03月15日

  
• キャリアセミナー

  パネリスト, 講師

  東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻, 大学院入学セミナー, 自 2023年04月04日

  
• ズレも積もれば発見となる～コンピュータと見つける生物システムの謎～

  出演, 講師

  京都大学iPS細胞研究所, CiRAカフェ, 自 2023年01月28日

  
• 東京大学理学部 進学選択シンポジウム

  出演

  自 2021年04月22日

  
• 次世代を担う大学先端研究者によるスーパープレゼンテーション大学出張講義スペシャル

  出演

  河合塾みらいぶプラス, 「大学では学問しよう、研究しよう」, 自 2018年11月27日