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岡田 大瑚

オカダ ダイゴ

医学研究科 附属ゲノム医学センター ゲノム情報科学 助教

岡田 大瑚
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    Last Updated :2024/06/27

    基本情報

    学部兼担

    • 医学部

    所属学協会

    • 日本基礎老化学会
    • 日本人工知能学会
    • 日本人類遺伝学会

    学位

    • 博士(医科学)(京都大学)
    • 修士(医科学)(京都大学)

    出身大学院・研究科等

    • 京都大学, 大学院医学研究科博士後期課程医科学専攻, 修了
    • 京都大学, 大学院医学研究科修士課程医科学専攻, 修了

    出身学校・専攻等

    • 京都大学, 農学部資源生物科学科, 卒業

    経歴

    • 自 2021年04月, 至 現在
      京都大学大学院医学研究科, ゲノム医学センター, 助教
    • 自 2019年04月, 至 2021年03月
      日本学術振興会特別研究員DC2

    使用言語

    • 日本語
    • 英語

    ID,URL

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      Last Updated :2024/06/27

      研究

      研究キーワード

      • バイオインフォマティクス
      • 老化
      • 統計遺伝学
      • 計算生物学

      研究分野

      • 情報通信, 統計科学
      • ライフサイエンス, ゲノム生物学
      • 情報通信, 生命、健康、医療情報学
      • ライフサイエンス, システムゲノム科学

      論文

      • Data mining method of single-cell omics data to evaluate a pure tissue environmental effect on gene expression level
        Daigo Okada; Jianshen Zhu; Kan Shota; Yuuki Nishimura; Kazuya Haraguchi
        arXiv, 2024年06月11日, 筆頭著者, 責任著者
      • The opposite aging effect to single cell transcriptome profile among cell subsets.
        Daigo Okada
        bioRxiv, 2024年05月03日, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者
      • Data-driven detection of age-related arbitrary monotonic changes in single-cell gene expression distributions.
        Jian Hao Cheng; Daigo Okada
        PeerJ, 2024年, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • Visualization of the landscape of the read alignment shape of ATAC-seq data using Hellinger distance metric.
        Jian Hao Cheng; Cheng Zheng; Ryo Yamada; Daigo Okada
        Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 2023年11月21日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • Delving into gene-set multiplex networks facilitated by a k-nearest neighbor-based measure of similarity
        Cheng Zheng; Man Wang; Ryo Yamada; Daigo Okada
        Computational and Structural Biotechnology Journal, 2023年10月11日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • Application of a mathematical model to clarify the statistical characteristics of a pan-tissue DNA methylation clock.
        Daigo Okada
        GeroScience, 2023年10月03日, 査読有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者
      • Plasma proteins as potential biomarkers of aging of single tissue and cell type.
        Daigo Okada
        Biogerontology, 2023年09月14日, 査読有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者
      • Bioinformatic Identification of Potential RNA Alterations on the Atrial Fibrillation Remodeling from Human Pulmonary Veins
        Wataru Igarashi; Daichi Takagi; Daigo Okada; Daiki Kobayashi; Miho Oka; Toshiro Io; Kuniaki Ishii; Kyoichi Ono; Hiroshi Yamamoto; Yosuke Okamoto
        International Journal of Molecular Sciences, 2023年06月22日, 査読有り
      • Data-driven identification and classification of nonlinear aging patterns reveals the landscape of associations between DNA methylation and aging.
        Daigo Okada; Jian Hao Cheng; Cheng Zheng; Tatsuro Kumaki; Ryo Yamada
        Human genomics, 2023年02月11日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • Mathematical model for the relationship between single-cell and bulk gene expression to clarify the interpretation of bulk gene expression data.
        Daigo Okada; Cheng Zheng; Jian Hao Cheng
        Computational and structural biotechnology journal, 2022年09月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • Comparative Study of Transcriptome in the Hearts Isolated from Mice, Rats, and Humans.
        Daigo Okada; Yosuke Okamoto; Toshiro Io; Miho Oka; Daiki Kobayashi; Suzuka Ito; Ryo Yamada; Kuniaki Ishii; Kyoichi Ono
        Biomolecules, 2022年06月20日, 査読有り, 筆頭著者
      • Cell population-based framework of genetic epidemiology in the single-cell omics era.
        Daigo Okada; Cheng Zheng; Jian Hao Cheng; Ryo Yamada
        BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology, 2021年11月25日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • Data-driven comparison of multiple high-dimensional single-cell expression profiles.
        Daigo Okada; Jian Hao Cheng; Cheng Zheng; Ryo Yamada
        Journal of human genetics, 2021年11月01日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • Genome-wide association study of individual differences of human lymphocyte profiles using large-scale cytometry data.
        Daigo Okada; Naotoshi Nakamura; Kazuya Setoh; Takahisa Kawaguchi; Koichiro Higasa; Yasuharu Tabara; Fumihiko Matsuda; Ryo Yamada
        Journal of human genetics, 2020年11月23日, 査読有り, 筆頭著者
      • Interpretation of omics data analyses.
        Ryo Yamada; Daigo Okada; Juan Wang; Tapati Basak; Satoshi Koyama
        Journal of human genetics, 2020年05月08日, 査読有り
      • Decomposition of a set of distributions in extended exponential family form for distinguishing multiple oligo-dimensional marker expression profiles of single-cell populations and visualizing their dynamics.
        Daigo Okada; Ryo Yamada
        PloS one, 2020年04月10日, 査読有り, 筆頭著者
      • Extension of Sinkhorn Method: Optimal Movement Estimation of Agents Moving at Constant Velocity
        Daigo Okada; Naotoshi Nakamura; Takuya Wada; Ayako Iwasaki; Ryo Yamada
        Transactions of the Japanese Society for Artificial Intelligence, 2019年09月01日, 査読有り, 筆頭著者
      • LAVENDER: latent axes discovery from multiple cytometry samples with non-parametric divergence estimation and multidimensional scaling reconstruction
        Naotoshi Nakamura, Daigo Okada, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Koichiro Higasa, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Ryo Yamada
        bioRxiv, 2019年06月18日
      • An intersection network based on combining SNP coassociation and RNA coexpression networks for feed utilization traits in Japanese Black cattle.
        Daigo Okada; Satoko Endo; Hirokazu Matsuda; Shinichiro Ogawa; Yukio Taniguchi; Tomohiro Katsuta; Toshio Watanabe; Hiroaki Iwaisaki
        Journal of animal science, 2018年06月29日, 査読有り, 筆頭著者

      MISC

      • 加齢ゲノミクス研究における合計、相対、絶対分子発現量の間の関係性:シンプルな理論的考察
        岡田大瑚
        Jxiv, 2024年02月, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者
      • 「注目論文:Our Focus on Genetics」大規模サイトメトリーデータを用いた、ヒトリンパ球プロファイルの個人差を対象とするゲノムワイド関連解析
        岡田大瑚
        2021年12月
      • 多次元尺度法を用いたフローサイトメトリーデータからの特徴統計量の抽出およびトランスクリプトームデータとの対応関係の評価
        岡田大瑚; 中村直俊; 瀬藤和也; 川口喬久; 奈良原舞子; 日笠幸一郎; 田原康玄; 松田文彦; 山田亮
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016年
      • 多次元フローサイトメトリーデータの分布異同定量に基づくヒト免疫応答の個人差の解析
        中村直俊; 岡田大瑚; 瀬藤和也; 川口喬久; 奈良原舞子; 日笠幸一郎; 田原康玄; 松田文彦; 山田亮
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016年

      講演・口頭発表等

      • 1細胞RNA-seqデータ解析による、 加齢に伴うトランスクリプトーム多様性の変化の包括的分析
        岡田大瑚
        第47回日本基礎老化学会大会, 2024年06月16日
      • 1細胞トランスクリプトームデータを用いた遺伝子セット間の関係の探索
        Cheng Zheng; Man Wang; Ryo Yamada; Daigo Okada
        日本人類遺伝学会第67回大会, 2022年12月15日
      • ATAC-seqデータの形の情報は生物学的知見をもたらす
        Jian Hao Cheng; Cheng Zheng; Ryo Yamada; Daigo Okada
        日本人類遺伝学会第67回大会, 2022年12月15日
      • 1細胞発現プロファイルとバルク遺伝子発現解析の関係を表現する数理モデル
        Daigo Okada; Cheng Zheng; Jian hao Cheng
        日本人類遺伝学会第67回大会, 2022年12月15日
      • Information geometric approach to embed multiple single cell expression profiles into low dimensional coordinate space
        Daigo Okada; Jian Hao Cheng; Ryo Yamada
        Pacifichem 2021, 2021年12月18日
      • 非線形な加齢変化に着目した 老化に対するDNAメチル化バイオマーカーの探索と分類
        Daigo Okada; Jian hao Cheng; Cheng Zheng; Ryo Yamada
        日本人類遺伝学会第66回大会, 2021年10月16日
      • Combinations of SNPs associated with Rheumatoid Arthritis in Japanese populations by LAMPLINK
        Mio Shibata; Aika Terada; Takahisa Kawaguchi; Yoichiro Kamatani; Izumi Yamaguchi; Daigo Okada; Kazuhisa Nagashima; Koichiro Ohmura; Yasuharu Tabara; Fumihiko Matsuda; Jun Sese; Ryo Yamada
        第2回京都大学医薬系研究交流サロン, 2021年04月
      • Kernel DEEF: 1細胞発現データを低次元空間上の1点で表す新手法
        Daigo Okada; Jian Hao Cheng; Cheng Zheng; Ryo Yamada
        第2回京都大学医薬系研究交流サロン, 2021年04月
      • Functional data analysis in transcriptomics
        Cheng Zheng; Daigo Okada; Jian Hao Cheng; Ryo Yamada
        第2回京都大学医薬系研究交流サロン, 2021年04月
      • Application of functional approaches to sets of epigenomic data
        Jian Hao Cheng; Daigo Okada; Cheng Zheng; Ryo Yamada
        第2回京都大学医薬系研究交流サロン, 2021年04月
      • 拡大指数型分布族分解法(DEEF法)によるエピゲノムプロファイルのデータドリブンな異同定量
        岡田大瑚; Cheng Jian Hao; Zheng Cheng; Feng Yi Huan; 山田亮
        日本人類遺伝学会第65回大会, 2020年11月
      • 拡大指数型分布族分解法(DEEF法)を用いたエピゲノムプロファイルの異同とその加齢変化の可視化
        岡田大瑚; Cheng Jian Hao; Zheng Cheng; Feng Yi Huan; 山田亮
        酵母遺伝学フォーラム第53回研究報告会, 2020年09月
      • 細胞集団プロファイルの軌跡の可視化
        岡田大瑚; 山田亮
        京都大学 医薬系研究交流サロン, 2020年01月
      • Epistatic combinations of multiple SNPs commonly confirmed in two different case-control studies of rheumatoid arthritis in Japanese populations.
        M. Shibata; A. Terada; D. Okada; T. Kawaguchi; I. Yamaguchi; Y. Kamatani; F. Matsuda; J. Sese; R. Yamada
        ASHG 2019 Annual Meeting, 2019年10月
      • Visualization of comprehensively changes in whole cell subsets after influenza vaccination
        D. Okada; N. Nakamura; K. Setoh; T. Kawaguchi; M. Narahara; K. Higasa; Y. Tabara, F; Matsuda; R. Yamada
        VIZBI 2019, 2019年03月
      • 大規模シングルセル発現データを用いた細胞集団プロファイル全体の異同の解析
        岡田大瑚; 中村直俊; 瀬藤和也; 川口喬久; 奈良原舞子; 日笠幸一郎; 田原康玄; 松田文彦; 山田亮
        第 41 回日本分子生物学会年会, 2018年11月
      • フローサイトメトリーデータとゲノム / トランスクリプトームデータを組み合わせたヒト免疫表現型の個人差の解析
        岡田大瑚; 中村直俊; 瀬藤和也; 川口喬久; 奈良原舞子; 日笠幸一郎; 田原康玄; 松田文彦; 山田亮
        日本人類遺伝学会第62回大会, 2017年11月
      • 季節性インフルエンザワクチンに対する免疫応答から個人差を抽出する
        中村直俊; 岡田大瑚; 瀬藤和也; 川口喬久; 奈良原舞子; 日笠幸一郎; 田原康玄; 松田文彦; 山田亮
        日本人類遺伝学会第62回大会, 2017年11月
      • Extension of sinkhorn method: optimal movement estimation of agents under law of inertia
        Daigo Okada; Naotoshi Nakamura; Yosuke Fujii; Takuya Wada; Ayako Iwasaki; Ryo Yamada
        Conference of the International Federation of Classification Societies, 2017年08月
      • Bistable individual variability in the immune response to seasonal influenza vaccination
        Naotoshi Nakamura; Daigo Okada; Kazuya Setoh; Takahisa Kawaguchi; Maiko Narahara; Koichiro Higasa; Yasuharu Tabara; Fumihiko Matsuda; Ryo Yamada
        Keystone Symposia, 2017年05月
      • 季節性インフルエンザワクチンに対する免疫応答の個人差の解析
        中村直俊; 岡田大瑚; 瀬藤和也; 川口喬久; 奈良原舞子; 日笠幸一郎; 田原康玄; 松田文彦; 山田亮
        第90回日本薬理学会年会, 2017年03月
      • ANALYZING INDIVIDUAL HETEROGENEITY IN THE IMMUNE RESPONSE TO SEASONAL INFLUENZA VACCINATION
        N. Nakamura; D. Okada; K. Setoh; T. Kawaguchi; M. Narahara; K. Higasa; Y. Tabara; F. Matsuda; R. Yamada
        Human Genome Meeting, 2017年02月
      • EXTRACTING THE FEATURE STATISTICS OF FLOW-CYTOMETRY DATA USING MULTIDIMENSIONAL SCALING AND EVALUATING THEIR CORRESPONDENCE WITH TRANSCRIPTOME DATA
        D. Okada; N. Nakamura; K. Setoh; T. Kawaguchi; M. Narahara; K. Higasa; Y. Tabara; F. Matsuda; R. Yamada
        Human Genome Meeting, 2017年02月
      • 多次元フローサイトメトリーデータの分布異同定量に基づくヒト免疫応答の個人差の解析
        中村直俊; 岡田大瑚; 瀬藤和也; 川口喬久; 奈良原舞子; 日笠幸一郎; 田原康玄; 松田文彦; 山田亮
        第39回日本分子生物学会年会, 2016年12月
      • 多次元尺度法を用いたフローサイトメトリーデータからの特徴統計量の抽出およびトランスクリプトームデータとの対応関係の評価
        岡田大瑚; 中村直俊; 瀬藤和也; 川口喬久; 奈良原舞子; 日笠幸一郎; 田原康玄; 松田文彦; 山田亮
        第39回日本分子生物学会年会, 2016年12月
      • SNP共関連およびRNA共発現の情報を利用した遺伝子ネットワークの推定
        岡田大瑚; 遠藤聡子; 松田洋和; 小川伸一郎; 谷口幸雄; 勝田智博; 渡邊敏夫; 杉本喜憲; 祝前博明
        日本畜産学会第121回大会, 2016年03月
      • ポストGWAS時代の遺伝統計学 : オミクス解析と機械学習でヒト疾患を俯瞰する
        岡田, 随象, 分担執筆, 大規模1細胞データを用いた遺伝統計解析
        羊土社, 2023年05月

      外部資金:科学研究費補助金

      • 幾何学と関数データ解析による医学・生命科学の時空間データマイニング
        研究活動スタート支援
        1002:人間情報学、応用情報学およびその関連分野
        京都大学
        岡田 大瑚
        自 2021年08月30日, 至 2023年03月31日, 完了
        幾何学;関数データ解析;老化;オミックス;生命情報学;オミックス解析;画像解析;データマイニング;エピゲノム;バイオインフォマティクス;画像;幾何;眼科学

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