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奥田 綾

オクダ アヤ

複合原子力科学研究所 准教授

奥田 綾
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    Last Updated :2024/02/21

    基本情報

    所属学協会

    • 日本蛋白質科学会
    • 日本生化学会
    • 日本農芸化学会
    • 日本中性子科学会

    学位

    • 修士(農学)(京都大学)
    • 博士(農学)(京都大学)

    出身大学院・研究科等

    • 京都大学, 大学院農学研究科修士課程農学専攻, 修了
    • 京都大学, 大学院農学研究科博士後期課程農学専攻, 修了

    出身学校・専攻等

    • 京都大学, 農学部, 資源生物科学科, 卒業

    出身高等学校

    • 出身高等学校

      私立奈良学園高等学校

    経歴

    • 自 2023年10月, 至 現在
      京都大学, 複合原子力科学研究所, 准教授
    • 自 2021年02月, 至 2023年09月
      京都大学, 複合原子力科学研究所, 助教
    • 自 2019年04月, 至 2021年01月
      京都大学, 複合原子力科学研究所, 研究員
    • 自 2018年04月, 至 2019年03月
      京都大学, 大学院農学研究科, 特定助教
    • 自 2017年04月, 至 2018年03月
      京都大学, 大学院農学研究科, 日本学術振興会 特別研究員 (PD)
    • 自 2016年04月, 至 2017年03月
      京都大学, 大学院農学研究科, 日本学術振興会 特別研究員 (DC2)

    ID,URL

    researchmap URL

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      Last Updated :2024/02/21

      研究

      研究テーマ・研究概要

      • 研究テーマ

        酸化的フォールディング酵素PDIファミリータンパク質の分子ダイナミクス解析
      • 研究概要

        タンパク質の酸化的フォールディングを担う酵素群であるPDIファミリータンパク質の機能と構造ダイナミクスの相関関係を、生化学的手法とX線および中性子の小角散乱解析をはじめとした物理学的手法により明らかにする。

      研究分野

      • ライフサイエンス, 応用生物化学

      論文

      • Structural and Dynamical Changes of Nucleosome upon GATA3 Binding.
        Hisashi Ishida; Atsushi Matsumoto; Hiroki Tanaka; Aya Okuda; Ken Morishima; Paul A Wade; Hitoshi Kurumizaka; Masaaki Sugiyama; Hidetoshi Kono
        Journal of molecular biology, 2023年10月05日
      • Characterization of K-binding factor involved in water-soluble complex of menaquinone-7 produced by Bacillus subtilis natto
        Toshiyuki Chatake; Yasuhide Yanagisawa; Risa Murakami; Tadanori Ohsugi; Hiroyuki Sumi; Takumi Takata; Aya Okuda; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Masaaki Sugiyama
        The Journal of Biochemistry, 2023年07月07日
      • Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins Using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance.
        Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Rintaro Inoue; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama
        Angewandte Chemie (International ed. in English), 2023年01月02日, 査読有り, 筆頭著者
      • Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations
        Masahiro Shimizu; Aya Okuda; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Yasuhiro Yunoki; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama
        Scientific Reports, 2022年12月, 査読有り
      • Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach.
        Yasuhiro Yunoki; Atsushi Matsumoto; Ken Morishima; Anne Martel; Lionel Porcar; Nobuhiro Sato; Rina Yogo; Taiki Tominaga; Rintaro Inoue; Maho Yagi-Utsumi; Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Reiko Urade; Kazuki Terauchi; Hidetoshi Kono; Hirokazu Yagi; Koichi Kato; Masaaki Sugiyama
        Communications biology, 2022年03月10日, 査読有り
      • Solution structure of multi-domain protein ER-60 studied by aggregation-free SAXS and coarse-grained-MD simulation.
        Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama
        Scientific reports, 2021年03月11日, 査読有り, 筆頭著者
      • Histone variant H2A.B-H2B dimers are spontaneously exchanged with canonical H2A-H2B in the nucleosome.
        Rina Hirano; Yasuhiro Arimura; Tomoya Kujirai; Mikihiro Shibata; Aya Okuda; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Masaaki Sugiyama; Hitoshi Kurumizaka
        Communications biology, 2021年02月12日, 査読有り
      • Elucidation of the mechanism of subunit exchange in αB crystallin oligomers.
        Rintaro Inoue; Yusuke Sakamaki; Takumi Takata; Kathleen Wood; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Reiko Urade; Noriko Fujii; Masaaki Sugiyama
        Scientific reports, 2021年01月28日, 査読有り
      • Deuteration Aiming for Neutron Scattering
        Aya Okuda; Rintaro Inoue; Ken Morishima; Tomohide Saio; Yasuhiro Yunoki; Maho Yagi-Utsumi; Hirokazu Yagi; Masahiro Shimizu; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Koichi Kato; Masaaki Sugiyama
        Biophysics and Physicobiology, 2021年, 査読有り, 筆頭著者
      • Dynamics of proteins with different molecular structures under solution condition.
        Rintaro Inoue; Takashi Oda; Hiroshi Nakagawa; Taiki Tominaga; Tomohide Saio; Yukinobu Kawakita; Masahiro Shimizu; Aya Okuda; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Mamoru Sato; Masaaki Sugiyama
        Scientific reports, 2020年12月10日, 査読有り
      • A novel soybean protein disulphide isomerase family protein possesses dithiol oxidation activity: identification and characterization of GmPDIL6.
        Aya Okuda; Motonori Matsusaki; Taro Masuda; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Rintaro Inoue; Masaaki Sugiyama; Reiko Urade
        Journal of biochemistry, 2020年10月01日, 査読有り, 筆頭著者
      • Integral approach to biomacromolecular structure by analytical-ultracentrifugation and small-angle scattering.
        Ken Morishima; Aya Okuda; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Yosuke Miyamoto; Reiko Urade; Maho Yagi-Utsumi; Koichi Kato; Rina Hirano; Tomoya Kujirai; Hitoshi Kurumizaka; Masaaki Sugiyama
        Communications biology, 2020年06月08日, 査読有り
      • Regulation of plant ER oxidoreductin 1 (ERO1) activity for efficient oxidative protein folding
        Matsusaki M; Okuda A; Matsuo K; Gekko K; Masuda T; Naruo Y; Hirose A; Kono K; Tsuchi Y; Urade R
        Journal of Biological Chemistry, 2019年11月, 査読有り, 筆頭著者
      • Newly developed Laboratory-based Size exclusion chromatography Small-angle x-ray scattering System (La-SSS).
        Inoue R; Nakagawa T; Morishima K; Sato N; Okuda A; Urade R; Yogo R; Yanaka S; Yagi-Utsumi M; Kato K; Omoto K; Ito K; Sugiyama M
        Scientific reports, 2019年, 査読有り
      • Identification and characterization of GmPDIL7, a soybean ER membrane-bound protein disulfide isomerase family protein
        Aya Okuda; Motonori Matsusaki; Taro Masuda; Reiko Urade
        FEBS JOURNAL, 2017年02月, 査読有り, 筆頭著者
      • Cooperative Protein Folding by Two Protein Thiol Disulfide Oxidoreductases and ERO1 in Soybean
        Motonori Matsusaki; Aya Okuda; Taro Masuda; Katsunori Koishihara; Ryuta Mita; Kensuke Iwasaki; Kumiko Hara; Yurika Naruo; Akiho Hirose; Yuichiro Tsuchi; Reiko Urade
        PLANT PHYSIOLOGY, 2016年02月, 査読有り
      • Disulfide bond formation activity of soybean quiescin sulfhydryl oxidase
        Aya Okuda; Motonori Matsusaki; Yuki Higashino; Taro Masuda; Reiko Urade
        FEBS JOURNAL, 2014年12月, 査読有り, 筆頭著者

      MISC

      • セラミド輸送タンパク質CERTの構造解析
        森田さより; 佐藤信浩; 守島健; 奥田綾; 杉木俊彦; 花田賢太郎; 杉山正明; 児嶋長次郎
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020年
      • 小胞体分子シャペロンER-60によるペプチド結合様式
        裏出令子; 伊中浩治; 古林直樹; 東野ゆうき; 松崎元紀; 奥田綾; 加茂昌之
        SPring-8/SACLA利用研究成果集(Web), 2018年

      メディア報道

      • 京大、たんぱく質「3ドメイン」で高効率・連結反応成功 計算予測を活用
        日刊工業新聞社, 日刊工業新聞, 2022年12月30日, 新聞・雑誌

      外部資金:科学研究費補助金

      • 量子ビーム相関解析法による生体高分子構造・ダイナミクスの探求
        国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
        中区分14:プラズマ学およびその関連分野
        京都大学
        井上 倫太郎
        自 2019年10月07日, 至 2024年03月31日, 交付
        中性子散乱;マルチドメインタンパク質;重水素化;小角中性子散乱;部分重水素化;SAXS/SANS同時測定;X線・中性子小角散乱同時測定
      • 区分重水素化試料調製を目指した酵素によるタンパク質ライゲーション技術の確立
        若手研究
        小区分38030:応用生物化学関連
        京都大学
        奥田 綾
        自 2023年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付
        タンパク質ライゲーション;区分同位体標識;マルチドメインタンパク質

      外部資金:その他

      • 大豆たん白質複合体の溶液散乱法・超遠心分析・質量分析による統合的解析
        不二たん白質研究振興財団, 研究助成 若手研究者枠
        自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
      • 中性子小角散乱による大豆種子貯蔵たん白質構造の解析方法の開発
        不二たん白質研究振興財団, 研究助成 若手研究者枠
        自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日
      • 中性子小角散乱測定による酸化的フォールディング酵素ER-60のタンパク質分子ダイナミクスの解析
        日本科学協会, 笹川科学研究助成
        自 2019年04月01日, 至 2020年02月28日
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        Last Updated :2024/02/21

        教育

        担当科目

        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          生体分子構造ゼミナールD
          2066, 後期, 理学研究科, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          生体分子構造ゼミナールC
          2065, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          生体分子構造ゼミナールB
          2064, 後期, 理学研究科, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          生体分子構造ゼミナールA
          2063, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          生体分子構造ゼミナールC
          2065, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          生体分子構造ゼミナールD
          2066, 後期, 理学研究科, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          生体分子構造ゼミナールA
          2063, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          生体分子構造ゼミナールB
          2064, 後期, 理学研究科, 2

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