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奥田 綾

オクダ アヤ

複合原子力科学研究所 粒子線基礎物性研究部門 助教

奥田 綾
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    Last Updated :2022/05/14

    基本情報

    所属学協会

    • 日本蛋白質科学会
    • 日本生化学会
    • 日本農芸化学会
    • 日本中性子科学会

    学位

    • 修士(農学)(京都大学)
    • 博士(農学)(京都大学)

    出身大学院・研究科等

    • 京都大学, 大学院農学研究科修士課程農学専攻, 修了
    • 京都大学, 大学院農学研究科博士後期課程農学専攻, 修了

    出身学校・専攻等

    • 京都大学, 農学部資源生物科学科, Department of Bioresource Science, 卒業

    出身高等学校

    • 出身高等学校

      私立奈良学園高等学校

    経歴

    • 自 2021年02月, 至 現在
      京都大学, 複合原子力科学研究所, 助教
    • 自 2019年04月, 至 2021年01月
      京都大学, 複合原子力科学研究所, 研究員
    • 自 2018年04月, 至 2019年03月
      京都大学, 大学院農学研究科, 特定助教
    • 自 2017年04月, 至 2018年03月
      京都大学, 大学院農学研究科, 日本学術振興会 特別研究員 (PD)
    • 自 2016年04月, 至 2017年03月
      京都大学, 大学院農学研究科, 日本学術振興会 特別研究員 (DC2)

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      Last Updated :2022/05/14

      研究

      研究テーマ・研究概要

      • 研究テーマ

        酸化的フォールディング酵素PDIファミリータンパク質の分子ダイナミクス解析
      • 研究概要

        タンパク質の酸化的フォールディングを担う酵素群であるPDIファミリータンパク質の機能と構造ダイナミクスの相関関係を、X線および中性子の小角散乱解析をはじめとした物理学的手法により明らかにする。

      研究分野

      • ライフサイエンス, 応用生物化学

      論文

      • Solution structure of multi-domain protein ER-60 studied by aggregation-free SAXS and coarse-grained-MD simulation.
        Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama
        Scientific reports, 2021年03月11日, 査読有り, 筆頭著者
      • Histone variant H2A.B-H2B dimers are spontaneously exchanged with canonical H2A-H2B in the nucleosome.
        Rina Hirano; Yasuhiro Arimura; Tomoya Kujirai; Mikihiro Shibata; Aya Okuda; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Masaaki Sugiyama; Hitoshi Kurumizaka
        Communications biology, 2021年02月12日, 査読有り
      • Elucidation of the mechanism of subunit exchange in αB crystallin oligomers.
        Rintaro Inoue; Yusuke Sakamaki; Takumi Takata; Kathleen Wood; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Reiko Urade; Noriko Fujii; Masaaki Sugiyama
        Scientific reports, 2021年01月28日, 査読有り
      • Deuteration Aiming for Neutron Scattering
        Aya Okuda; Rintaro Inoue; Ken Morishima; Tomohide Saio; Yasuhiro Yunoki; Maho Yagi-Utsumi; Hirokazu Yagi; Masahiro Shimizu; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Koichi Kato; Masaaki Sugiyama
        Biophysics and Physicobiology, 2021年, 査読有り, 筆頭著者
      • Dynamics of proteins with different molecular structures under solution condition.
        Rintaro Inoue; Takashi Oda; Hiroshi Nakagawa; Taiki Tominaga; Tomohide Saio; Yukinobu Kawakita; Masahiro Shimizu; Aya Okuda; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Mamoru Sato; Masaaki Sugiyama
        Scientific reports, 2020年12月10日, 査読有り
      • A novel soybean protein disulphide isomerase family protein possesses dithiol oxidation activity: identification and characterization of GmPDIL6.
        Aya Okuda; Motonori Matsusaki; Taro Masuda; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Rintaro Inoue; Masaaki Sugiyama; Reiko Urade
        Journal of biochemistry, 2020年10月01日, 査読有り, 筆頭著者
      • Integral approach to biomacromolecular structure by analytical-ultracentrifugation and small-angle scattering.
        Ken Morishima; Aya Okuda; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Yosuke Miyamoto; Reiko Urade; Maho Yagi-Utsumi; Koichi Kato; Rina Hirano; Tomoya Kujirai; Hitoshi Kurumizaka; Masaaki Sugiyama
        Communications biology, 2020年06月08日, 査読有り
      • Regulation of plant ER oxidoreductin 1 (ERO1) activity for efficient oxidative protein folding
        Matsusaki M; Okuda A; Matsuo K; Gekko K; Masuda T; Naruo Y; Hirose A; Kono K; Tsuchi Y; Urade R
        Journal of Biological Chemistry, 2019年11月, 査読有り, 筆頭著者
      • Newly developed Laboratory-based Size exclusion chromatography Small-angle x-ray scattering System (La-SSS).
        Inoue R; Nakagawa T; Morishima K; Sato N; Okuda A; Urade R; Yogo R; Yanaka S; Yagi-Utsumi M; Kato K; Omoto K; Ito K; Sugiyama M
        Scientific reports, 2019年, 査読有り
      • Identification and characterization of GmPDIL7, a soybean ER membrane-bound protein disulfide isomerase family protein
        Aya Okuda; Motonori Matsusaki; Taro Masuda; Reiko Urade
        FEBS JOURNAL, 2017年02月, 査読有り, 筆頭著者
      • Cooperative Protein Folding by Two Protein Thiol Disulfide Oxidoreductases and ERO1 in Soybean
        Motonori Matsusaki; Aya Okuda; Taro Masuda; Katsunori Koishihara; Ryuta Mita; Kensuke Iwasaki; Kumiko Hara; Yurika Naruo; Akiho Hirose; Yuichiro Tsuchi; Reiko Urade
        PLANT PHYSIOLOGY, 2016年02月, 査読有り
      • Disulfide bond formation activity of soybean quiescin sulfhydryl oxidase
        Aya Okuda; Motonori Matsusaki; Yuki Higashino; Taro Masuda; Reiko Urade
        FEBS JOURNAL, 2014年12月, 査読有り, 筆頭著者

      外部資金:科学研究費補助金

      • 量子ビーム相関解析法による生体高分子構造・ダイナミクスの探求
        国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
        中区分14:プラズマ学およびその関連分野
        京都大学
        井上 倫太郎
        自 2019年10月07日, 至 2022年03月31日, 交付
        小角中性子散乱;部分重水素化;SAXS/SANS同時測定;X線・中性子小角散乱同時測定;重水素化

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