基本情報

学位

• 博士（薬学）(大阪大学)
• 修士（薬学）(大阪大学)

使用言語

• 日本語

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0001-9329-6362

• J-Global ID

  201301036864119951

researchmap URL

• https://researchmap.jp/7000003947

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  深層学習技術によるcryo-EM密度マップデータからの動的情報の抽出

• 研究概要

  近年のcryo-EMにおける技術革新により、多くのタンパク質分子の3次元立体構造が原子～近原子分解能で決定できるようになった。しかしcryo-EMの解析対象となるタンパク質分子は一般に巨大かつ複雑であり、それらの運動性情報を得ることは困難である。そこで深層学習技術を用い、それらのタンパク質の運動性をcryo-EMの計測データのみから得るためのAIモデルを構築することを目的に研究を行っている。

研究分野

• ライフサイエンス, 構造生物化学

論文

• Precision spatiotemporal analysis of large-scale compound–protein interactions through molecular dynamics simulation

  Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Ryo Kanada; Biao Ma; Mitsugu Araki; Shuntaro Chiba; Atsushi Tokuhisa; Hiroaki Iwata; Shoichi Ishida; Yoshinobu Akinaga; Kei Terayama; Ryosuke Kojima; Yohei Harada; Kazuhiro Takemura; Teruki Honma; Akio Kitao; Yasushi Okuno

  PNAS Nexus, 2025年02月27日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Conversion of an agonistic anti-TNFR2 biparatopic antibody into an antagonist by insertion of peptide linkers into the hinge region

  Takuya Otsuki; Shigeyuki Matsumoto; Junso Fujita; Tomoko Miyata; Keiichi Namba; Ryo Kanada; Yasushi Okuno; Haruhiko Kamada; Hiroaki Ohno; Hiroki Akiba

  2025年02月15日

  
• Generating Free-energy Landscapes and Mapping Conformational Transition Pathways from cryo-EM Images using a Deep Isometric Autoencoder

  Kimihiro Yamazaki; Mutsuyo Wada; Yuichiro Wada; Atsushi Tokuhisa; Kento Ohga; Akira Nakagawa; Yoshinobu Akinaga; Yoko Sasakura; Takashi Katoh; Shigeyuki Matsumoto; Yasushi Okuno

  2025年03月05日

  
• kMoL: an open-source machine and federated learning library for drug discovery

  Romeo Cozac; Haris Hasic; Jun Jin Choong; Vincent Richard; Loic Beheshti; Cyrille Froehlich; Takuto Koyama; Shigeyuki Matsumoto; Ryosuke Kojima; Hiroaki Iwata; Aki Hasegawa; Takao Otsuka; Yasushi Okuno

  Journal of Cheminformatics, 2025年02月25日, 査読有り

  
• Receptor-independent regulation of Gα13 by alpha-1-antitrypsin C-terminal peptides

  Yonghak Park; Shigeyuki Matsumoto; Kosuke Ogata; Biao Ma; Ryo Kanada; Yuta Isaka; Norihito Arichi; Xiaowen Liang; Ritsuko Maki; Tohru Kozasa; Yasushi Okuno; Hiroaki Ohno; Yasushi Ishihama; Fumiko Toyoshima

  Journal of Biological Chemistry, 2024年12月, 査読有り, 責任著者

  
• Constructing a graph neural network-based artificial intelligence model to predict drug-induced phospholipidosis potential

  Yoshinobu Igarashi; Aki Hasegawa; Shigeyuki Matsumoto; Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno; Hiroshi Yamada

  Fundamental Toxicological Sciences, 2024年11月, 査読有り

  
• Synergistic involvement of the NZF domains of the LUBAC accessory subunits HOIL-1L and SHARPIN in the regulation of LUBAC function

  Yusuke Toda; Hiroaki Fujita; Koshiki Mino; Takuto Koyama; Seiji Matsuoka; Toshie Kaizuka; Mari Agawa; Shigeyuki Matsumoto; Akiko Idei; Momoko Nishikori; Yasushi Okuno; Hiroyuki Osada; Minoru Yoshida; Akifumi Takaori-Kondo; Kazuhiro Iwai

  Cell Death & Disease, 2024年11月11日, 査読有り

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• cryoMDM; Molecular simulation Driven structural Matching Approach to Estimate Variety of Atomic Three-dimensional Model Based on Noisy cryoEM Single Particle Images.

  Atsushi Tokuhisa; Yoshinobu Akinaga; Yoko Sasakura; Kei Terayama; Shigeyuki Matsumoto; Takayuki Kato; Yasushi Okuno

  2024年11月01日

  
• Molecular Dynamics Unveils Multiple-Site Binding of Inhibitors with Reduced Activity on the Surface of Dihydrofolate Reductase

  Mitsugu Araki; Toru Ekimoto; Kazuhiro Takemura; Shigeyuki Matsumoto; Yunoshin Tamura; Hironori Kokubo; Gert-Jan Bekker; Tsutomu Yamane; Yuta Isaka; Yukari Sagae; Narutoshi Kamiya; Mitsunori Ikeguchi; Yasushi Okuno

  Journal of the American Chemical Society, 2024年10月12日, 査読有り

  
• Developing a GNN-based AI model to predict mitochondrial toxicity using the bagging method

  Yoshinobu Igarashi; Ryosuke Kojima; Shigeyuki Matsumoto; Hiroaki Iwata; Yasushi Okuno; Hiroshi Yamada

  The Journal of Toxicological Sciences, 2024年, 査読有り

  
• A macrocyclic kinase inhibitor overcomes triple resistant mutations in EGFR-positive lung cancer

  Mai Suzuki; Ken Uchibori; Tomoko Oh-hara; Yumi Nomura; Ryusei Suzuki; Ai Takemoto; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Yukari Sagae; Mutsuko Kukimoto-Niino; Yusuke Kawase; Mikako Shirouzu; Yasushi Okuno; Makoto Nishio; Naoya Fujita; Ryohei Katayama

  npj Precision Oncology, 2024年02月23日, 査読有り

  
• ChemGLaM: Chemical-Genomics Language Models for Compound-Protein Interaction Prediction

  Takuto Koyama; Hayato Tsumura; Shigeyuki Matsumoto; Ryunosuke Okita; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  2024年02月15日

  
• Small-molecule RAS/RAF Binding Inhibitors Allosterically Disrupt RAF Conformation and Exert Efficacy Against a Broad Spectrum of RAS-driven Cancers

  Fumi Shima; Yoko Yoshikawa; Yoshiteru Makino; Hirokazu Kubota; Takashi Kawamura; Shigeyuki Matsumoto; Hitomi Yuki; Akira Shibaike; Megumi Okamura; Tomoyo Okada; Manabu Horikawa; Kazumasa Horie; Michiyo Koyanagi-Aoi; Takashi Aoi; Tohru Kataoka; Teruki Honma; Takashi Kumasaka; Hiroo Koyama

  2024年01月23日

  
• VGAE-MCTS: A New Molecular Generative Model Combining the Variational Graph Auto-Encoder and Monte Carlo Tree Search

  Hiroaki Iwata; Taichi Nakai; Takuto Koyama; Shigeyuki Matsumoto; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2023年11月22日, 査読有り

  
• Quantitative analysis of protein dynamics using a deep learning technique combined with experimental cryo-EM density data and MD simulations

  Shigeyuki Matsumoto; Shoichi Ishida; Kei Terayama; Yasuhshi Okuno

  Biophysics and Physicobiology, 2023年06月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Improving Compound–Protein Interaction Prediction by Self-Training with Augmenting Negative Samples

  Takuto Koyama; Shigeyuki Matsumoto; Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2023年07月17日, 査読有り, 責任著者

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• クライオEM密度マップからのタンパク質ダイナミクス情報推定

  寺山 慧; 石田 祥一; 松本 篤幸; 奥野 恭史

  生物工学会誌, 2022年11月, 招待有り

  
• Novel Calcium-Binding Ablating Mutations Induce Constitutive RET Activity and Drive Tumorigenesis.

  Junya Tabata; Takashi Nakaoku; Mitsugu Araki; Ryunosuke Yoshino; Shinji Kohsaka; Ayaka Otsuka; Masachika Ikegami; Ayako Ui; Shin-Ichiro Kanno; Keiko Miyoshi; Shigeyuki Matsumoto; Yukari Sagae; Akira Yasui; Masakazu Sekijima; Hiroyuki Mano; Yasushi Okuno; Aikou Okamoto; Takashi Kohno

  Cancer research, 2022年09月27日, 査読有り

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• Discovery of Small-Molecule Ras Inhibitors that Display Antitumor Activity by Interfering with Ras·GTP-Effector Interaction

  Fumi Shima; Yoko Yoshikawa; Shigeyuki Matsumoto; Tohru Kataoka

  Enzymes, 2013年, 査読有り

  
• 2P052 Solution Structure of Variable-type Domain of Receptor for Advanced Glycation Endproducts(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

  Matsumoto Shigeyuki; Yoshida Takuya; Murata Hiroko; Yamamoto Hiroshi; Kobayashi Yuji; Ohkubo Tadayasu

  生物物理, 2006年

  
• QAEmap: A Novel Local Quality Assessment Method for Protein Crystal Structures Using Machine Learning

  Ikuko Miyaguchi; Miwa Sato; Akiko Kashima; Hiroyuki Nakagawa; Yuichi Kokabu; Biao Ma; Shigeyuki Matsumoto; Atsushi Tokuhisa; Masateru Ohta; Mitsunori Ikeguchi

  2021年07月09日

  
• 深層学習技術を用いたクライオ電子顕微鏡データに潜むタンパク質運動性情報の抽出

  松本 篤幸; 寺山 慧; 奥野 恭史

  生物物理, 2022年06月, 査読有り, 筆頭著者

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• Integrated approach to functional analysis of an ERBB2 variant of unknown significance detected by a cancer gene panel test

  Yohei Harada; Akemi Sato; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Yukari Sagae; Tomonori Abe; Yasuko Aoyagi; Eisaburo Sueoka; Yasushi Okuno; Shinya Kimura; Naoko Sueoka-Aragane

  Cellular Oncology, 2022年01月08日, 査読有り

  
• Machine learning to estimate the local quality of protein crystal structures

  Ikuko Miyaguchi; Miwa Sato; Akiko Kashima; Hiroyuki Nakagawa; Yuichi Kokabu; Biao Ma; Shigeyuki Matsumoto; Atsushi Tokuhisa; Masateru Ohta; Mitsunori Ikeguchi

  Scientific Reports, 2021年12月, 査読有り

  
• Oncogenic mutations Q61L and Q61H confer active form-like structural features to the inactive state (state 1) conformation of H-Ras protein

  Shigeyuki Matsumoto; Haruka Taniguchi-Tamura; Mitsugu Araki; Takashi Kawamura; Ryo Miyamoto; Chiemi Tsuda; Fumi Shima; Takashi Kumasaka; Yasushi Okuno; Tohru Kataoka

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 2021年08月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Structure-Based de Novo Molecular Generator Combined with Artificial Intelligence and Docking Simulations

  Biao Ma; Kei Terayama; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Yoko Sasakura; Hiroaki Iwata; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2021年07月09日, 査読有り

  
• Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics

  Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Gert-Jan Bekker; Yuta Isaka; Yukari Sagae; Narutoshi Kamiya; Yasushi Okuno

  Nature Communications, 2021年05月, 査読有り

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• Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity

  Takahiro Yoshizawa; Ken Uchibori; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Biao Ma; Ryo Kanada; Yosuke Seto; Tomoko Oh-hara; Sumie Koike; Ryo Ariyasu; Satoru Kitazono; Hironori Ninomiya; Kengo Takeuchi; Noriko Yanagitani; Satoshi Takagi; Kazuma Kishi; Naoya Fujita; Yasushi Okuno; Makoto Nishio; Ryohei Katayama

  npj Precision Oncology, 2021年04月, 査読有り

  
• Extraction of protein dynamics information from cryo-EM maps using deep learning

  Shigeyuki Matsumoto; Shoichi Ishida; Mitsugu Araki; Takayuki Kato; Kei Terayama; Yasushi Okuno

  Nature Machine Intelligence, 2021年02月04日, 査読有り, 筆頭著者

  
• E487K-Induced Disorder in Functionally Relevant Dynamics of Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase 2

  Shigeyuki Matsumoto; Mitsugu Araki; Yuta Isaka; Fumie Ono; Kenshiro Hirohashi; Shinya Ohashi; Manabu Muto; Yasushi Okuno

  Biophysical Journal, 2020年08月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Landscape and function of multiple mutations within individual oncogenes

  Yuki Saito; Junji Koya; Mitsugu Araki; Yasunori Kogure; Sumito Shingaki; Mariko Tabata; Marni B. McClure; Kota Yoshifuji; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Hiroko Tanaka; Takanori Kanai; Satoru Miyano; Yuichi Shiraishi; Yasushi Okuno; Keisuke Kataoka

  Nature, 2020年06月, 査読有り

  
• Improvement in predicting drug sensitivity changes associated with protein mutations using a molecular dynamics based alchemical mutation method

  Fumie Ono; Shuntaro Chiba; Yuta Isaka; Shigeyuki Matsumoto; Biao Ma; Ryohei Katayama; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  Scientific Reports, 2020年02月, 査読有り

  
• Molecular Basis for Allosteric Inhibition of GTP-Bound H-Ras Protein by a Small-Molecule Compound Carrying a Naphthalene Ring

  Shigeyuki Matsumoto; Toshiki Hiraga; Yuki Hayashi; Yoko Yoshikawa; Chiemi Tsuda; Mitsugu Araki; Masahiro Neya; Fumi Shima; Tohru Kataoka

  Biochemistry, 2018年09月11日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Structural transition of solvated H-Ras/GTP revealed by molecular dynamics simulation and local network entropy

  Shota Matsunaga; Yuta Hano; Yuta Saito; Kazuhiro J. Fujimoto; Takashi Kumasaka; Shigeyuki Matsumoto; Tohru Kataoka; Fumi Shima; Shigenori Tanaka

  JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING, 2017年10月, 査読有り

  
• Structural basis for intramolecular interaction of post-translationally modified H-Ras•GTP prepared by protein ligation

  Haoliang Ke; Shigeyuki Matsumoto; Yosuke Murashima; Haruka Taniguchi-Tamura; Ryo Miyamoto; Yoko Yoshikawa; Chiemi Tsuda; Takashi Kumasaka; Eiichi Mizohata; Hironori Edamatsu; Tohru Kataoka

  FEBS Letters, 2017年08月, 査読有り

  
• Molecular Mechanism for Conformational Dynamics of Ras･GTP Elucidated from In-Situ Structural Transition in Crystal

  Matsumoto Shigeyuki; MiyanoN; BabaS, LiaoJ; KawamuraT; TsudaC; TakedaA; YamamotoM; KumasakaT; KataokaT; ShimaF

  Sci Rep, 2016年05月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Current status of the development of Ras inhibitors

  Fumi Shima; Shigeyuki Matsumoto; Yoko Yoshikawa; Takashi Kawamura; Masayuki Isa; Tohru Kataoka

  Journal of Biochemistry, 2015年08月, 査読有り

  
• In silico discovery of small-molecule Ras inhibitors that display antitumor activity by blocking the Ras-effector interaction

  Fumi Shima; Yoko Yoshikawa; Min Ye; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Jingling Liao; Lizhi Hu; Takeshi Sugimoto; Yuichi Ijiri; Azusa Takeda; Yuko Nishiyama; Chie Sato; Shin Muraoka; Atsuo Tamura; Tsutomu Osoda; Ken-ichiro Tsuda; Tomoya Miyakawa; Hiroaki Fukunishi; Jiro Shimada; Takashi Kumasaka; Masaki Yamamoto; Tohru Kataoka

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2013年05月, 査読有り

  
• Solution Structure of the Variable-Type Domain of the Receptor for Advanced Glycation End Products: New Insight into AGE−RAGE Interaction†,‡

  Shigeyuki Matsumoto; Takuya Yoshida; Hiroko Murata; Shusaku Harada; Naoko Fujita; Shota Nakamura; Yasuhiko Yamamoto; Takuo Watanabe; Hideto Yonekura; Hiroshi Yamamoto; Tadayasu Ohkubo; Yuji Kobayashi

  Biochemistry, 2008年11月25日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Enhanced Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model Using Short-Time All-Atom Molecular Dynamics

  Ryo Kanada; Kei Terayama; Atsushi Tokuhisa; Shigeyuki Matsumoto; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Theory and Computation, 2022年03月24日, 査読有り

  

MISC

• AI用学習データ作成のための高・低分解能の蛋白質結晶構造比較

  宮口郁子; 鹿島亜季子; 佐藤美和; 中田一人; 馬彪; 松本篤幸; 徳久淳師; 大田雅照; 池口満徳

  日本細胞生物学会大会(Web), 2019年

  
• 3D-CNNを活用したポケット予測に関する研究。

  馬場剛史; 小甲裕一; 佐藤美和; 中川寛之; 宮口郁子; MA Biao; 松本篤幸; 徳久淳師; 大田雅照; 池口満徳; 池口満徳

  構造活性相関シンポジウム講演要旨集, 2019年

  
• SACLA,SPring-8並びにNMRを用いた低分子量Gタンパク質RasのGTP加水分解過程における動的構造解析

  佐伯茉帆; 槇野義輝; 松本篤幸; 河村高志; 南後恵理子; 熊坂崇; 島扶美

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020年

  
• Novel Insights into the Structural Perturbation Induced by the Oncogenic Mutations, Q61L and Q61H, in Ras State 1

  Shigeyuki Matsumoto; Haruka Taniguchi-Tamura; Mitsugu Araki; Takashi Kawamura; Ryo Miyamoto; Chiemi Tsuda; Yasushi Okuno; Fumi Shima; Takashi Kumasaka; Tohru Kataoka

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2020年02月

  
• 分子動力学計算を用いたアルデヒド脱水素酵素2(ALDH2)非活性型変異体の動的立体構造特性の解析

  松本篤幸; 荒木望嗣; 井阪悠太; 奥野恭史; 奥野恭史

  日本細胞生物学会大会(Web), 2019年

  
• rasがん遺伝子産物の新規立体構造情報を利用した分子標的がん治療薬の開発

  錦織 千佳子; 島扶美; 熊坂崇; 松本篤幸; 吉川陽子; 山本雅貴; 片岡徹

  日本放射光学会誌 放射光, 2014年, 査読有り

  

講演・口頭発表等

• 計算科学的アプローチによる実践的なタンパク質-化合物相互作用評価

  松本篤幸

  第97回日本薬理学会年会, 2023年12月14日, 招待有り

  
• Iterative Data Augmentation of near boundary negative samples Compound-Protein Interaction Prediction

  Takuto Koyama; Shigeyuki Matsumoto; Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Intelligent Systems for Molecular Biology/European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB), 2023年07月24日

  
• 生命科学におけるAI・シミュレーション・実験融合. メディカルAIコース

  松本篤幸

  メディカルAI, 2022年10月25日, 招待有り

  
• MDシミュレーションと機械学習技術の融合によるcryo-EM密度マップからのタンパク質動的情報の抽出

  松本篤幸

  MOEフォーラム2022, 2022年10月13日, 招待有り

  
• 機械学習技術と分子動力学計算を用いたcryo-EMマップからのタンパク質運動性情報の抽出

  松本篤幸; 石田祥一; 寺山慧; 奥野恭史

  第60回日本生物物理学会年会, 2022年09月28日, 招待有り

  
• スーパーコンピューター「富岳」で挑む 新型コロナウイルス治療薬の探索

  松本篤幸

  【先端人シリーズvol.1】スーパーコンピュータで切り拓く健康と福祉の向上, 2021年12月09日, 招待有り

  
• Challenges in Large-scale MD-based Docking Study Targeting SARS-CoV-2 Proteins on Fugaku

  Shigeyuki Matsumoto

  Supercomputing Asia 2021, 2021年03月03日, 招待有り

  
• Challenges in Large-scale MD-based Docking Study Targeting SARS-CoV-2 Proteins on Fugaku

  松本篤幸

  The 1st Fugaku Bio-supercomputing Workshop on Cellular-scale Molecular Dynamics Simulations, 2021年01月07日, 招待有り

  
• 深層学習技術による cryo-EM密度マップデータに隠された動的情報の抽出

  松本篤幸

  第一回クライオ電子顕微鏡画像からの高度情報処理研究会, 2020年10月23日, 招待有り

  
• Sotase Aを利用した翻訳後脂質修飾型Rasの産生と構造物学研究

  村嶋 陽亮; 柯 浩亮; 松本 篤幸; 枝松 裕紀; 片岡 徹

  第14回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム, 2016年08月, 日本薬学会物理系薬学部会

  
• Crystal Mounting Method using Humid Air and Hydrophilic Glue Coating For Ambient and Cryogenic Experiments

  Takashi Kumasaka; Masaki Yamamoto; Tohru Kataoka; Fumi Shima; Shigeyuki Matsumoto; Takashi Kawamura; Nobuo Kamiya; Yasufumi Umena; Naoto Yagi; Seiki Baba

  2015 Annual Meeting of the American Crystallographic Association, 2015年07月, American Crystallographic Association, 招待有り

  
• 試料雰囲気湿度調整によるRasタンパク質の結晶内構造転移

  熊坂 崇; 馬場 清喜; 宮野 菜央; 河村 高志; 松本 篤幸; 山本 雅貴; 片岡徹; 島扶美

  第15回日本蛋白質科学会年会, 2015年06月, 日本蛋白質科学会

  
• GTP結合型H-RasのState 1結晶構造情報に基づく立体構造遷移機構の解明

  松本 篤幸; 宮野 菜央; 馬場 清喜; Liao Jingling; 竹田 あずさ; 山本 雅貴; 熊坂 崇; 片岡 徹; 島 扶美

  第15回日本蛋白質科学会年会, 2015年06月, 日本蛋白質科学会

  
• GTP結合型H-Rasの活性調節に関与する立体構造遷移メカニズムの解明

  松本 篤幸

  YIAヤングインベスティゲーターアワード, 2014年10月, 社団法人 神緑会(神戸大学医学部医学科同窓会)

  

書籍等出版物

• AI・シミュレーションが切り拓くドラッグリポジショニング

  松本篤幸; 岩田浩明; 奥野恭史, 共著

  北隆館, 2024年12月

  
• 大規模MD計算によるCOVID-19治療薬探索

  松本篤幸, 分担執筆, 巻頭グラビア

  北隆館, 2023年01月25日

  
• クライオ電子顕微鏡計測データからタンパク質の柔らかさを推定するAIシステム「DEFMap」の開発

  松本篤幸; 徳久淳師, 分担執筆, 第7章第1節

  エヌ・ティー・エヌ, 2023年01月20日

  京大の蔵書を調べる：

  
• AI・シミュレーションによる薬剤開発の迅速化

  田中良尚; 松本篤幸; 奥野恭史, 共著

  羊土社, 2022年08月

  
• rasがん遺伝子産物Rasを分子標的としたがん治療薬開発の現状

  島扶美; 吉川陽子; 松本篤幸; 片岡徹, 共著

  2014年

  
• The Enzymes, Vol. 34, Inhibitors of the Ras superfamily G-proteins, Part B / Discovery of Small-Molecule Ras Inhibitors that Display Antitumor Activity by Interfering with Ras･GTP?Effector Interaction

  Yoko Yoshikawa; Shigeyuki Matsumoto; Tohru Kataoka, その他

  Elsevier Inc., 2013年12月, 査読無し

  

産業財産権

• 特願2021-125013, Ras/Raf結合阻害化合物

  島扶美; 吉川陽子; 松本篤幸; 槇野義輝; 窪田浩一; 幸瞳; 熊坂崇; 河村高志

  

外部資金：科学研究費補助金

• がん遺伝子産物Rasの動的な構造特性を介した機能発現メカニズムの解明

  若手研究(B)

  京都大学;国立研究開発法人理化学研究所;神戸大学

  松本 篤幸

  自 2017年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了

  Ras;がん変異体;X線結晶構造解析;分子動力学計算;動的平衡;state transition;分子動力学シミュレーション;立体構造;State遷移;ダイナミクス;NMR

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K15106/
• 低分子量G蛋白質Rasの翻訳後脂質修飾の役割の構造科学的研究

  基盤研究(B)

  神戸大学

  片岡 徹

  自 2014年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  シグナル伝達;蛋白質;癌;脂質;高分子構造・物性

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26293065/
• 創薬への応用に向けたrasがん遺伝子産物の構造ダイナミクスの分子機構の解明

  基盤研究(B)

  神戸大学

  島 扶美

  自 2014年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了

  医薬分子設計;分子標的薬;がん;シグナル伝達;がん遺伝子;癌

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26293026/
• 深層学習技術を用いた動的情報からの化合物ータンパク質結合親和性の抽出

  基盤研究(C)

  小区分43020:構造生物化学関連

  京都大学

  松本 篤幸

  自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  分子動力学計算;親和性予測;深層学習;結合親和性予測;低分子化合物

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06112/
• cryoEM-NMR融合構造解析の確立

  挑戦的研究(開拓)

  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野

  大阪大学

  加藤 貴之

  自 2022年06月30日, 至 2025年03月31日, 交付

  クライオ電子顕微鏡;単粒子解析;NMR;ハイブリッド構造解析;融合構造解析;電子顕微鏡

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K18359/
• フィロウイルスの増殖機構の分子構造基盤の解明と制御法の開発

  基盤研究(A)

  中区分49:病理病態学、感染・免疫学およびその関連分野

  京都大学

  野田 岳志

  自 2024年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  エボラウイルス;ヌクレオカプシド;抗ウイルス薬

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24H00609/