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松本 篤幸

マツモト シゲユキ

医学研究科 人間健康科学系専攻先端基盤看護科学講座 特定准教授

松本 篤幸
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    Last Updated :2022/09/09

    基本情報

    学位

    • 博士(薬学)(大阪大学)
    • 修士(薬学)(大阪大学)

    使用言語

    • 日本語

    ID,URL

    researchmap URL

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      Last Updated :2022/09/09

      研究

      研究テーマ・研究概要

      • 研究テーマ

        深層学習技術によるcryo-EM密度マップデータからの動的情報の抽出
      • 研究概要

        近年のcryo-EMにおける技術革新により、多くのタンパク質分子の3次元立体構造が原子~近原子分解能で決定できるようになった。しかしcryo-EMの解析対象となるタンパク質分子は一般に巨大かつ複雑であり、それらの運動性情報を得ることは困難である。そこで深層学習技術を用い、それらのタンパク質の運動性をcryo-EMの計測データのみから得るためのAIモデルを構築することを目的に研究を行っている。

      研究分野

      • ライフサイエンス, 構造生物化学

      論文

      • Discovery of Small-Molecule Ras Inhibitors that Display Antitumor Activity by Interfering with Ras·GTP-Effector Interaction
        Fumi Shima; Yoko Yoshikawa; Shigeyuki Matsumoto; Tohru Kataoka
        Enzymes, 2013年, 査読有り
      • 2P052 Solution Structure of Variable-type Domain of Receptor for Advanced Glycation Endproducts(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
        Matsumoto Shigeyuki; Yoshida Takuya; Murata Hiroko; Yamamoto Hiroshi; Kobayashi Yuji; Ohkubo Tadayasu
        生物物理, 2006年
      • QAEmap: A Novel Local Quality Assessment Method for Protein Crystal Structures Using Machine Learning
        Ikuko Miyaguchi; Miwa Sato; Akiko Kashima; Hiroyuki Nakagawa; Yuichi Kokabu; Biao Ma; Shigeyuki Matsumoto; Atsushi Tokuhisa; Masateru Ohta; Mitsunori Ikeguchi
        2021年07月09日
      • 深層学習技術を用いたクライオ電子顕微鏡データに潜むタンパク質運動性情報の抽出
        松本 篤幸; 寺山 慧; 奥野 恭史
        生物物理, 2022年06月, 査読有り, 筆頭著者
      • Integrated approach to functional analysis of an ERBB2 variant of unknown significance detected by a cancer gene panel test
        Yohei Harada; Akemi Sato; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Yukari Sagae; Tomonori Abe; Yasuko Aoyagi; Eisaburo Sueoka; Yasushi Okuno; Shinya Kimura; Naoko Sueoka-Aragane
        Cellular Oncology, 2022年01月08日, 査読有り
      • Machine learning to estimate the local quality of protein crystal structures
        Ikuko Miyaguchi; Miwa Sato; Akiko Kashima; Hiroyuki Nakagawa; Yuichi Kokabu; Biao Ma; Shigeyuki Matsumoto; Atsushi Tokuhisa; Masateru Ohta; Mitsunori Ikeguchi
        Scientific Reports, 2021年12月, 査読有り
      • Oncogenic mutations Q61L and Q61H confer active form-like structural features to the inactive state (state 1) conformation of H-Ras protein
        Shigeyuki Matsumoto; Haruka Taniguchi-Tamura; Mitsugu Araki; Takashi Kawamura; Ryo Miyamoto; Chiemi Tsuda; Fumi Shima; Takashi Kumasaka; Yasushi Okuno; Tohru Kataoka
        Biochemical and Biophysical Research Communications, 2021年08月, 査読有り, 筆頭著者
      • Structure-Based de Novo Molecular Generator Combined with Artificial Intelligence and Docking Simulations
        Biao Ma; Kei Terayama; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Yoko Sasakura; Hiroaki Iwata; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno
        Journal of Chemical Information and Modeling, 2021年07月09日, 査読有り
      • Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics
        Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Gert-Jan Bekker; Yuta Isaka; Yukari Sagae; Narutoshi Kamiya; Yasushi Okuno
        Nature Communications, 2021年05月, 査読有り
      • Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity
        Takahiro Yoshizawa; Ken Uchibori; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Biao Ma; Ryo Kanada; Yosuke Seto; Tomoko Oh-hara; Sumie Koike; Ryo Ariyasu; Satoru Kitazono; Hironori Ninomiya; Kengo Takeuchi; Noriko Yanagitani; Satoshi Takagi; Kazuma Kishi; Naoya Fujita; Yasushi Okuno; Makoto Nishio; Ryohei Katayama
        npj Precision Oncology, 2021年04月, 査読有り
      • Extraction of protein dynamics information from cryo-EM maps using deep learning
        Shigeyuki Matsumoto; Shoichi Ishida; Mitsugu Araki; Takayuki Kato; Kei Terayama; Yasushi Okuno
        Nature Machine Intelligence, 2021年02月04日, 査読有り, 筆頭著者
      • E487K-Induced Disorder in Functionally Relevant Dynamics of Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase 2
        Shigeyuki Matsumoto; Mitsugu Araki; Yuta Isaka; Fumie Ono; Kenshiro Hirohashi; Shinya Ohashi; Manabu Muto; Yasushi Okuno
        Biophysical Journal, 2020年08月, 査読有り, 筆頭著者
      • Landscape and function of multiple mutations within individual oncogenes
        Yuki Saito; Junji Koya; Mitsugu Araki; Yasunori Kogure; Sumito Shingaki; Mariko Tabata; Marni B. McClure; Kota Yoshifuji; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Hiroko Tanaka; Takanori Kanai; Satoru Miyano; Yuichi Shiraishi; Yasushi Okuno; Keisuke Kataoka
        Nature, 2020年06月, 査読有り
      • Improvement in predicting drug sensitivity changes associated with protein mutations using a molecular dynamics based alchemical mutation method
        Fumie Ono; Shuntaro Chiba; Yuta Isaka; Shigeyuki Matsumoto; Biao Ma; Ryohei Katayama; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno
        Scientific Reports, 2020年02月, 査読有り
      • Molecular Basis for Allosteric Inhibition of GTP-Bound H-Ras Protein by a Small-Molecule Compound Carrying a Naphthalene Ring.
        Matsumoto S; Hiraga T; Hayashi Y; Yoshikawa Y; Tsuda C; Araki M; Neya M; Shima F; Kataoka T
        Biochemistry, 2018年09月, 査読有り, 筆頭著者
      • Structural transition of solvated H-Ras/GTP revealed by molecular dynamics simulation and local network entropy
        Shota Matsunaga; Yuta Hano; Yuta Saito; Kazuhiro J. Fujimoto; Takashi Kumasaka; Shigeyuki Matsumoto; Tohru Kataoka; Fumi Shima; Shigenori Tanaka
        JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING, 2017年10月, 査読有り
      • Structural basis for intramolecular interaction of post-translationally modified H-Ras•GTP prepared by protein ligation
        Haoliang Ke; Shigeyuki Matsumoto; Yosuke Murashima; Haruka Taniguchi-Tamura; Ryo Miyamoto; Yoko Yoshikawa; Chiemi Tsuda; Takashi Kumasaka; Eiichi Mizohata; Hironori Edamatsu; Tohru Kataoka
        FEBS Letters, 2017年08月, 査読有り
      • Molecular Mechanism for Conformational Dynamics of Ras・GTP Elucidated from In-Situ Structural Transition in Crystal
        Matsumoto Shigeyuki; MiyanoN; BabaS, LiaoJ; KawamuraT; TsudaC; TakedaA; YamamotoM; KumasakaT; KataokaT; ShimaF
        Sci Rep, 2016年05月, 査読有り, 筆頭著者
      • Current status of the development of Ras inhibitors
        Fumi Shima; Shigeyuki Matsumoto; Yoko Yoshikawa; Takashi Kawamura; Masayuki Isa; Tohru Kataoka
        Journal of Biochemistry, 2015年08月, 査読有り
      • In silico discovery of small-molecule Ras inhibitors that display antitumor activity by blocking the Ras-effector interaction
        Fumi Shima; Yoko Yoshikawa; Min Ye; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Jingling Liao; Lizhi Hu; Takeshi Sugimoto; Yuichi Ijiri; Azusa Takeda; Yuko Nishiyama; Chie Sato; Shin Muraoka; Atsuo Tamura; Tsutomu Osoda; Ken-ichiro Tsuda; Tomoya Miyakawa; Hiroaki Fukunishi; Jiro Shimada; Takashi Kumasaka; Masaki Yamamoto; Tohru Kataoka
        PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2013年05月, 査読有り
      • Solution Structure of the Variable-Type Domain of the Receptor for Advanced Glycation End Products: New Insight into AGE−RAGE Interaction†,‡
        Shigeyuki Matsumoto; Takuya Yoshida; Hiroko Murata; Shusaku Harada; Naoko Fujita; Shota Nakamura; Yasuhiko Yamamoto; Takuo Watanabe; Hideto Yonekura; Hiroshi Yamamoto; Tadayasu Ohkubo; Yuji Kobayashi
        Biochemistry, 2008年11月25日, 査読有り, 筆頭著者
      • Enhanced Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model Using Short-Time All-Atom Molecular Dynamics
        Ryo Kanada; Kei Terayama; Atsushi Tokuhisa; Shigeyuki Matsumoto; Yasushi Okuno
        Journal of Chemical Theory and Computation, 2022年03月24日, 査読有り

      MISC

      • SACLA,SPring-8並びにNMRを用いた低分子量Gタンパク質RasのGTP加水分解過程における動的構造解析
        佐伯茉帆; 槇野義輝; 松本篤幸; 河村高志; 南後恵理子; 熊坂崇; 島扶美
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020年
      • Novel Insights into the Structural Perturbation Induced by the Oncogenic Mutations, Q61L and Q61H, in Ras State 1
        Shigeyuki Matsumoto; Haruka Taniguchi-Tamura; Mitsugu Araki; Takashi Kawamura; Ryo Miyamoto; Chiemi Tsuda; Yasushi Okuno; Fumi Shima; Takashi Kumasaka; Tohru Kataoka
        BIOPHYSICAL JOURNAL, 2020年02月
      • 分子動力学計算を用いたアルデヒド脱水素酵素2(ALDH2)非活性型変異体の動的立体構造特性の解析
        松本篤幸; 荒木望嗣; 井阪悠太; 奥野恭史; 奥野恭史
        日本細胞生物学会大会(Web), 2019年
      • rasがん遺伝子産物の新規立体構造情報を利用した分子標的がん治療薬の開発
        錦織 千佳子; 島扶美; 熊坂崇; 松本篤幸; 吉川陽子; 山本雅貴; 片岡徹
        日本放射光学会誌 放射光, 2014年, 査読有り

      講演・口頭発表等

      • スーパーコンピューター「富岳」で挑む 新型コロナウイルス治療薬の探索
        松本篤幸
        【先端人シリーズvol.1】スーパーコンピュータで切り拓く健康と福祉の向上, 2021年12月09日, 招待有り
      • Challenges in Large-scale MD-based Docking Study Targeting SARS-CoV-2 Proteins on Fugaku
        Shigeyuki Matsumoto
        Supercomputing Asia 2021, 2021年03月03日, 招待有り
      • Challenges in Large-scale MD-based Docking Study Targeting SARS-CoV-2 Proteins on Fugaku
        松本篤幸
        The 1st Fugaku Bio-supercomputing Workshop on Cellular-scale Molecular Dynamics Simulations, 2021年01月07日, 招待有り
      • 深層学習技術による cryo-EM密度マップデータに隠された動的情報の抽出
        松本篤幸
        第一回クライオ電子顕微鏡画像からの高度情報処理研究会, 2020年10月23日, 招待有り
      • Sotase Aを利用した翻訳後脂質修飾型Rasの産生と構造物学研究
        村嶋 陽亮; 柯 浩亮; 松本 篤幸; 枝松 裕紀; 片岡 徹
        第14回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム, 2016年08月, 日本薬学会物理系薬学部会
      • Crystal Mounting Method using Humid Air and Hydrophilic Glue Coating For Ambient and Cryogenic Experiments
        Takashi Kumasaka; Masaki Yamamoto; Tohru Kataoka; Fumi Shima; Shigeyuki Matsumoto; Takashi Kawamura; Nobuo Kamiya; Yasufumi Umena; Naoto Yagi; Seiki Baba
        2015 Annual Meeting of the American Crystallographic Association, 2015年07月, American Crystallographic Association, 招待有り
      • 試料雰囲気湿度調整によるRasタンパク質の結晶内構造転移
        熊坂 崇; 馬場 清喜; 宮野 菜央; 河村 高志; 松本 篤幸; 山本 雅貴; 片岡徹; 島扶美
        第15回日本蛋白質科学会年会, 2015年06月, 日本蛋白質科学会
      • GTP結合型H-RasのState 1結晶構造情報に基づく立体構造遷移機構の解明
        松本 篤幸; 宮野 菜央; 馬場 清喜; Liao Jingling; 竹田 あずさ; 山本 雅貴; 熊坂 崇; 片岡 徹; 島 扶美
        第15回日本蛋白質科学会年会, 2015年06月, 日本蛋白質科学会
      • GTP結合型H-Rasの活性調節に関与する立体構造遷移メカニズムの解明
        松本 篤幸
        YIAヤングインベスティゲーターアワード, 2014年10月, 社団法人 神緑会(神戸大学医学部医学科同窓会)
      • AI・シミュレーションによる薬剤開発の迅速化
        田中良尚; 松本篤幸; 奥野恭史, 共著
        羊土社, 2022年08月
      • rasがん遺伝子産物Rasお分子標的としたがん治療薬開発の現状
        島扶美; 吉川陽子; 松本篤幸; 片岡徹, 共著
        2014年
      • The Enzymes, Vol. 34, Inhibitors of the Ras superfamily G-proteins, Part B / Discovery of Small-Molecule Ras Inhibitors that Display Antitumor Activity by Interfering with Ras・GTP?Effector Interaction
        Yoko Yoshikawa; Shigeyuki Matsumoto; Tohru Kataoka, その他
        Elsevier Inc., 2013年12月, 査読無し

      産業財産権

      • 特願2021-125013, Ras/Raf結合阻害化合物
        島扶美; 吉川陽子; 松本篤幸; 槇野義輝; 窪田浩一; 幸瞳; 熊坂崇; 河村高志

      外部資金:科学研究費補助金

      • がん遺伝子産物Rasの動的な構造特性を介した機能発現メカニズムの解明
        若手研究(B)
        国立研究開発法人理化学研究所;神戸大学
        松本 篤幸
        自 2017年04月01日, 至 2022年03月31日, 交付
        Ras;state transition;がん変異体;分子動力学シミュレーション;X線結晶構造解析;立体構造;State遷移;ダイナミクス;NMR;動的平衡
      • 低分子量G蛋白質Rasの翻訳後脂質修飾の役割の構造科学的研究
        基盤研究(B)
        神戸大学
        片岡 徹
        自 2014年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了
        シグナル伝達;蛋白質;癌;脂質;高分子構造・物性
      • 創薬への応用に向けたrasがん遺伝子産物の構造ダイナミクスの分子機構の解明
        基盤研究(B)
        神戸大学
        島 扶美
        自 2014年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了
        医薬分子設計;分子標的薬;がん;シグナル伝達;がん遺伝子;癌
      • 深層学習技術を用いた動的情報からの化合物ータンパク質結合親和性の抽出
        基盤研究(C)
        小区分43020:構造生物化学関連
        京都大学
        松本 篤幸
        自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付
        分子動力学計算;深層学習;結合親和性予測;低分子化合物
      • cryoEM-NMR融合構造解析の確立
        挑戦的研究(開拓)
        中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
        大阪大学
        加藤 貴之
        自 2022年06月30日, 至 2025年03月31日, 交付
        単粒子解析;NMR;融合構造解析;電子顕微鏡

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