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田村 武幸

タムラ タケユキ

化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター 准教授

田村 武幸
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    Last Updated :2022/11/22

    基本情報

    協力講座

    • 情報学研究科, 知能情報学専攻 生命システム情報学, 准教授

    所属学協会

    • IEEE
    • 情報処理学会
    • 電子情報通信学会
    • 日本バイオインフォマティクス学会
    • NPOバイオインフォマティクス・ジャパン

    学位

    • 修士(情報学)(京都大学)
    • 博士(情報学)(京都大学)

    出身大学院・研究科等

    • 京都大学, 大学院情報学研究科修士課程通信情報システム専攻, 修了
    • 京都大学, 大学院情報学研究科博士後期課程通信情報システム専攻, 修了

    出身学校・専攻等

    • 京都大学, 工学部情報学科, 卒業

    出身高等学校

    • 出身高等学校

      東大寺学園高校

    経歴

    • 自 2017年10月, 至 現在
      京都大学, 化学研究所バイオインフォマティクスセンター, 准教授
    • 自 2007年12月, 至 2017年09月
      京都大学, 化学研究所バイオインフォマティクスセンター, 助教
    • 自 2006年04月, 至 2007年11月
      京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター博士研究員, Institute for Chemical Research

    使用言語

    • 英語

    ID,URL

    関連Webサイト

    researchmap URL

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      Last Updated :2022/11/22

      研究

      研究テーマ・研究概要

      • 研究テーマ

        数理代謝工学
      • 研究概要

        代謝ネットワークや遺伝子制御ネットワークの設計と制御に関するアルゴリズム

      研究キーワード

      • 数理代謝工学
      • バイオインフォマティクス
      • アルゴリズム
      • 代謝ネットワーク
      • 遺伝子ネットワーク
      • ブーリアンモデル
      • 流束均衡解析

      研究分野

      • 情報通信, 情報学基礎論
      • 情報通信, 生命、健康、医療情報学
      • 情報通信, 知能情報学

      論文

      • Trimming gene deletion strategies for growth-coupled production in constraint-based metabolic networks: TrimGdel.
        Takeyuki Tamura
        IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics, 2022年06月22日, 査読有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者
      • Dynamic Solution Space Division-Based Methods for Calculating Reaction Deletion Strategies for Constraint-Based Metabolic Networks for Substance Production: DynCubeProd
        Yier Ma; Takeyuki Tamura
        Frontiers in Bioinformatics, 2021年08月13日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • 有用物質生産のための代謝ネットワーク設計
        田村武幸
        JSBi Bioinformatics Review, 2021年05月, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者
      • New and improved algorithms for unordered tree inclusion.
        Tatsuya Akutsu; Jesper Jansson; Ruiming Li; Atsuhiro Takasu; Takeyuki Tamura
        Theor. Comput. Sci., 2021年, 査読有り
      • Efficient Reaction Deletion Algorithms for Redesign of Constraint-based Metabolic Networks for Metabolite Production with Weak Coupling
        Takeyuki Tamura
        IPSJ Transactions on Bioinformatics, 2021年, 査読有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者
      • L1 Norm Minimal Mode-Based Methods for Listing Reaction Network Designs for Metabolite Production.
        Takeyuki Tamura
        IEICE Trans. Inf. Syst., 2021年, 査読有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者
      • Improved Hardness of Maximum Common Subgraph Problems on Labeled Graphs of Bounded Treewidth and Bounded Degree.
        Tatsuya Akutsu; Avraham A. Melkman; Takeyuki Tamura
        Int. J. Found. Comput. Sci., 2020年, 査読有り
      • Circulating Exosomal miRNA Profiles Predict the Occurrence and Recurrence of Hepatocellular Carcinoma in Patients with Direct-Acting Antiviral-Induced Sustained Viral Response.
        Saori Itami-Matsumoto; Michiyo Hayakawa; Sawako Uchida-Kobayashi; Masaru Enomoto; Akihiro Tamori; Kazuyuki Mizuno; Hidenori Toyoda; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu; Takahiro Ochiya; Norifumi Kawada; Yoshiki Murakami
        Biomedicines, 2019年11月03日, 査読有り
      • Toward more accurate prediction of caspase cleavage sites: a comprehensive review of current methods, tools and features.
        Yu Bao; Simone Marini; Takeyuki Tamura; Mayumi Kamada; Shingo Maegawa; Hiroshi Hosokawa; Jiangning Song; Tatsuya Akutsu
        Briefings Bioinform., 2019年, 査読有り
      • A Simple Linear-Time Algorithm for Computing the Centroid and Canonical Form of a Plane Graph and Its Applications.
        Tatsuya Akutsu; Colin de la Higuera; Takeyuki Tamura
        Leibniz International Proceedings in Informatics, LIPIcs, 2018年, 査読有り
      • Computing Minimum Reaction Modifications in a Boolean Metabolic Network.
        Takeyuki Tamura; Wei Lu; Jiangning Song; Tatsuya Akutsu
        IEEE ACM Trans. Comput. Biol. Bioinform., 2018年, 査読有り
      • New and Improved Algorithms for Unordered Tree Inclusion.
        Tatsuya Akutsu; Jesper Jansson; Ruiming Li; Atsuhiro Takasu; Takeyuki Tamura
        29th International Symposium on Algorithms and Computation, ISAAC 2018, December 16-19, 2018, Jiaoxi, Yilan, Taiwan, 2018年, 査読有り
      • Grid-based computational methods for the design of constraint-based parsimonious chemical reaction networks to simulate metabolite production: GridProd.
        Takeyuki Tamura
        BMC Bioinform., 2018年, 査読有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者
      • Discrimination of singleton and periodic attractors in Boolean networks.
        Xiaoqing Cheng; Takeyuki Tamura; Wai-Ki Ching; Tatsuya Akutsu
        Autom., 2017年, 査読有り
      • On the parameterized complexity of associative and commutative unification.
        Tatsuya Akutsu; Jesper Jansson; Atsuhiro Takasu; Takeyuki Tamura
        Theor. Comput. Sci., 2017年, 査読有り
      • Similar subtree search using extended tree inclusion.
        Tomoya Mori; Atsuhiro Takasu; Jesper Jansson; Jaewook Hwang; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        2016 32ND IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON DATA ENGINEERING (ICDE), 2016年, 査読有り
      • Finding Influential Genes Using Gene Expression Data and Boolean Models of Metabolic Networks.
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu; Chun-Yu Lin; Jinn-Moon Yang
        2016 IEEE 16TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOENGINEERING (BIBE), 2016年, 査読有り
      • Finding and Analyzing the Minimum Set of Driver Nodes in control of Boolean Networks.
        Wenpin Hou; Takeyuki Tamura; Wai-Ki Ching; Tatsuya Akutsu
        Adv. Complex Syst., 2016年, 査読有り
      • Computational Methods for Modification of Metabolic Networks
        Takeyuki Tamura; Wei Lu; Tatsuya Akutsu
        COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL, 2015年, 査読有り
      • Similar Subtree Search Using Extended Tree Inclusion.
        Tomoya Mori; Atsuhiro Takasu; Jesper Jansson; Jaewook Hwang; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        IEEE Trans. Knowl. Data Eng., 2015年, 査読有り
      • On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree.
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Avraham A. Melkman; Atsuhiro Takasu
        Theor. Comput. Sci., 2015年, 査読有り
      • Computing Smallest Intervention Strategies for Multiple Metabolic Networks in a Boolean Model.
        Wei Lu; Takeyuki Tamura; Jiangning Song; Tatsuya Akutsu
        J. Comput. Biol., 2015年, 査読有り
      • A Fixed-Parameter Algorithm for Detecting a Singleton Attractor in an AND/OR Boolean Network with Bounded Treewidth.
        Chia-Jung Chang; Takeyuki Tamura; Kun-Mao Chao; Tatsuya Akutsu
        IEICE Trans. Fundam. Electron. Commun. Comput. Sci., 2015年, 査読有り
      • Colony-live -a high-throughput method for measuring microbial colony growth kinetics- reveals diverse growth effects of gene knockouts in Escherichia coli
        Rikiya Takeuchi; Takeyuki Tamura; Toru Nakayashiki; Yuichirou Tanaka; Ai Muto; Barry L. Wanner; Hirotada Mori
        BMC MICROBIOLOGY, 2014年06月, 査読有り
      • Integer Programming-Based Method for Designing Synthetic Metabolic Networks by Minimum Reaction Insertion in a Boolean Model
        Wei Lu; Takeyuki Tamura; Jiangning Song; Tatsuya Akutsu
        PLOS ONE, 2014年03月, 査読有り
      • Efficient exponential-time algorithms for edit distance between unordered trees.
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Daiji Fukagawa; Atsuhiro Takasu
        J. Discrete Algorithms, 2014年, 査読有り
      • On the Parameterized Complexity of Associative and Commutative Unification
        Tatsuya Akutsu; Jesper Jansson; Atsuhiro Takasu; Takeyuki Tamura
        PARAMETERIZED AND EXACT COMPUTATION, IPEC 2014, 2014年
      • On the Parameterized Complexity of Associative and Commutative Unification.
        Tatsuya Akutsu; Jesper Jansson; Atsuhiro Takasu; Takeyuki Tamura
        PARAMETERIZED AND EXACT COMPUTATION, IPEC 2014, 2014年, 査読有り
      • On control of singleton attractors in multiple Boolean networks: integer programming-based method.
        Yushan Qiu; Takeyuki Tamura; Wai-Ki Ching; Tatsuya Akutsu
        BMC Syst. Biol., 2014年, 査読有り
      • On the Complexity of Inference and Completion of Boolean Networks from Given Singleton Attractors
        Hao Jiang; Takeyuki Tamura; Wai-Ki Ching; Tatsuya Akutsu
        IEICE TRANSACTIONS ON FUNDAMENTALS OF ELECTRONICS COMMUNICATIONS AND COMPUTER SCIENCES, 2013年11月, 査読有り
      • Theoretical estimation of metabolic network robustness against multiple reaction knockouts using branching process approximation
        Kazuhiro Takemoto; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 2013年11月01日, 査読有り
      • Flux balance impact degree: a new definition of impact degree to properly treat reversible reactions in metabolic networks
        Yang Zhao; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu; Jean-Philippe Vert
        BIOINFORMATICS, 2013年09月, 査読有り
      • A polynomial-time algorithm for computing the maximum common connected edge subgraph of outerplanar graphs of bounded Degree
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura
        Algorithms, 2013年, 査読有り
      • On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Avraham A. Melkman; Atsuhiro Takasu
        Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2013年, 査読有り
      • Finding optimal control policy in probabilistic Boolean Networks with hard constraints by using integer programming and dynamic programming
        Xi Chen; Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Wai-Ki Ching
        INTERNATIONAL JOURNAL OF DATA MINING AND BIOINFORMATICS, 2013年, 査読有り
      • Integer Programming-Based Approach to Attractor Detection and Control of Boolean Networks
        Tatsuya Akutsu; Yang Zhao; Morihiro Hayashida; Takeyuki Tamura
        IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS, 2012年12月, 査読有り
      • Integer Programming-Based Approach to Attractor Detection and Control of Boolean Networks
        Tatsuya Akutsu; Yang Zhao; Morihiro Hayashida; Takeyuki Tamura
        IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS, 2012年12月, 査読有り
      • A Clique-Based Method Using Dynamic Programming for Computing Edit Distance Between Unordered Trees
        Tomoya Mori; Takeyuki Tamura; Daiji Fukagawa; Atsuhiro Takasu; Etsuji Tomita; Tatsuya Akutsu
        JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2012年10月, 査読有り
      • Finding a Periodic Attractor of a Boolean Network
        Tatsuya Akutsu; Sven Kosub; Avraham A. Melkman; Takeyuki Tamura
        IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2012年09月, 査読有り
      • Finding a Periodic Attractor of a Boolean Network
        Tatsuya Akutsu; Sven Kosub; Avraham A. Melkman; Takeyuki Tamura
        IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2012年09月, 査読有り
      • Singleton and 2-periodic attractors of sign-definite Boolean networks
        Tatsuya Akutsu; Avraham A. Melkman; Takeyuki Tamura
        INFORMATION PROCESSING LETTERS, 2012年01月, 査読有り
      • Analysis of the impact degree distribution in metabolic networks using branching process approximation
        Kazuhiro Takemoto; Takeyuki Tamura; Yang Cong; Wai-Ki Ching; Jean-Philippe Vert; Tatsuya Akutsu
        PHYSICA A-STATISTICAL MECHANICS AND ITS APPLICATIONS, 2012年01月, 査読有り
      • Finding Conserved Regions in Protein Structures Using Support Vector Machines and Structure Alignment
        Tatsuya Akutsu; Morihiro Hayashida; Takeyuki Tamura
        PATTERN RECOGNITION IN BIOINFORMATICS, 2012年, 査読有り
      • A Polynomial-Time Algorithm for Computing the Maximum Common Subgraph of Outerplanar Graphs of Bounded Degree
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura
        MATHEMATICAL FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE 2012, 2012年, 査読有り
      • Efficient exponential time algorithms for edit distance between unordered trees
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Daiji Fukagawa; Atsuhiro Takasu
        Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2012年, 査読有り
      • Network Completion Using Dynamic Programming and Least-Squares Fitting
        Natsu Nakajima; Takeyuki Tamura; Yoshihiro Yamanishi; Katsuhisa Horimoto; Tatsuya Akutsu
        SCIENTIFIC WORLD JOURNAL, 2012年, 査読有り
      • On the Complexity of the Maximum Common Subgraph Problem for Partial k-Trees of Bounded Degree
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura
        ALGORITHMS AND COMPUTATION, ISAAC 2012, 2012年, 査読有り
      • Singleton and 2-periodic attractors of sign-definite Boolean networks
        Tatsuya Akutsu; Avraham A. Melkman; Takeyuki Tamura
        INFORMATION PROCESSING LETTERS, 2012年01月, 査読有り
      • An Efficient Method of Computing Impact Degrees for Multiple Reactions in Metabolic Networks with Cycles
        Takeyuki Tamura; Yang Cong; Tatsuya Akutsu; Wai-Ki Ching
        IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS, 2011年12月, 査読有り
      • Determining a Singleton Attractor of a Boolean Network with Nested Canalyzing Functions
        Tatsuya Akutsu; Avraham A. Melkman; Takeyuki Tamura; Masaki Yamamoto
        JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2011年10月, 査読有り
      • Determining a Singleton Attractor of a Boolean Network with Nested Canalyzing Functions
        Tatsuya Akutsu; Avraham A. Melkman; Takeyuki Tamura; Masaki Yamamoto
        JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2011年10月, 査読有り
      • A clique-based method for the edit distance between unordered trees and its application to analysis of glycan structures
        Daiji Fukagawa; Takeyuki Tamura; Atsuhiro Takasu; Etsuji Tomita; Tatsuya Akutsu
        BMC BIOINFORMATICS, 2011年02月, 査読有り
      • Exact algorithms for computing the tree edit distance between unordered trees
        Tatsuya Akutsu; Daiji Fukagawa; Atsuhiro Takasu; Takeyuki Tamura
        THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 2011年02月, 査読有り
      • Exact algorithms for computing the tree edit distance between unordered trees
        Tatsuya Akutsu; Daiji Fukagawa; Atsuhiro Takasu; Takeyuki Tamura
        THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 2011年02月, 査読有り
      • A clique-based method for the edit distance between unordered trees and its application to analysis of glycan structures
        Daiji Fukagawa; Takeyuki Tamura; Atsuhiro Takasu; Etsuji Tomita; Tatsuya Akutsu
        BMC BIOINFORMATICS, 2011年02月, 査読有り
      • COMPOUND ANALYSIS VIA GRAPH KERNELS INCORPORATING CHIRALITY
        J. B. Brown; Takashi Urata; Takeyuki Tamura; Midori A. Arai; Takeo Kawabata; Tatsuya Akutsu
        JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2010年12月, 査読有り
      • Exact Algorithms for Finding a Minimum Reaction Cut under a Boolean Model of Metabolic Networks
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        IEICE TRANSACTIONS ON FUNDAMENTALS OF ELECTRONICS COMMUNICATIONS AND COMPUTER SCIENCES, 2010年08月, 査読有り
      • Determining a singleton attractor of an AND/OR Boolean network in O(1.587(n)) time
        Avraham A. Melkman; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        INFORMATION PROCESSING LETTERS, 2010年07月, 査読有り
      • Determining a singleton attractor of an AND/OR Boolean network in O(1.587(n)) time
        Avraham A. Melkman; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        INFORMATION PROCESSING LETTERS, 2010年07月, 査読有り
      • Finding Minimum Reaction Cuts of Metabolic Networks Under a Boolean Model Using Integer Programming and Feedback Vertex Sets.
        Takeyuki Tamura; Kazuhiro Takemoto; Tatsuya Akutsu
        IJKDB, 2010年, 査読有り
      • Exact algorithms for finding a minimum reaction cut under a Boolean model of metabolic networks
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences, 2010年, 査読有り
      • Distribution and enumeration of attractors in probabilistic Boolean networks
        M. Hayashida; T. Tamura; T. Akutsu; W. -K. Ching; Y. Cong
        IET SYSTEMS BIOLOGY, 2009年11月, 査読有り
      • On Finding a Fixed Point in a Boolean Network with Maximum Indegree 2
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura
        IEICE TRANSACTIONS ON FUNDAMENTALS OF ELECTRONICS COMMUNICATIONS AND COMPUTER SCIENCES, 2009年08月, 査読有り
      • Algorithms for singleton attractor detection in planar and nonplanar AND/OR Boolean networks
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        Mathematics in Computer Science, 2009年03月, 査読有り
      • Detecting a Singleton Attractor in a Boolean Network Utilizing SAT Algorithms
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        IEICE TRANSACTIONS ON FUNDAMENTALS OF ELECTRONICS COMMUNICATIONS AND COMPUTER SCIENCES, 2009年02月, 査読有り
      • Detecting a Singleton Attractor in a Boolean Network Utilizing SAT Algorithms
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        IEICE TRANSACTIONS ON FUNDAMENTALS OF ELECTRONICS COMMUNICATIONS AND COMPUTER SCIENCES, 2009年02月, 査読有り
      • Completing Networks Using Observed Data
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Katsuhisa Horimoto
        ALGORITHMIC LEARNING THEORY, PROCEEDINGS, 2009年, 査読有り
      • Integer programming-based methods for attractor detection and control of boolean networks
        Tatsuya Akutsu; Morihiro Hayashida; Takeyuki Tamura
        Proceedings of the IEEE Conference on Decision and Control, 2009年, 査読有り
      • Inferring pedigree graphs from genetic distances
        Takeyuki Tamura; Hiro Ito
        IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS, 2008年02月, 査読有り
      • An improved algorithm for detecting a singleton attractor in a Boolean network consisting of AND/OR nodes
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2008年, 査読有り
      • Algorithms for inference, analysis and control of Boolean networks
        Tatsuya Akutsu; Morihiro Hayashida; Takeyuki Tamura
        ALGEBRAIC BIOLOGY, PROCEEDINGS, 2008年, 査読有り
      • Algorithms and complexity analyses for control of singleton attractors in Boolean networks
        Takeyuki Tamura; Morihiro Hayashida; Tatsuya Akutsu; Shu-Qin Zhang; Wai-Ki Ching
        Eurasip Journal on Bioinformatics and Systems Biology, 2008年, 査読有り
      • On Distribution and Enumeration of Attractors in Probabilistic Boolean Networks
        Moribiro Hayashida; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu; Wai-Ki Ching
        OPTIMIZATION AND SYSTEMS BIOLOGY, PROCEEDINGS, 2008年, 査読有り
      • Subcellular location prediction of proteins using support vector machines with alignment of block sequences utilizing amino acid composition
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        BMC BIOINFORMATICS, 2007年11月, 査読有り
      • Approximation algorithms for optimal RNA secondary structures common to multiple sequences
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        IEICE TRANSACTIONS ON FUNDAMENTALS OF ELECTRONICS COMMUNICATIONS AND COMPUTER SCIENCES, 2007年05月, 査読有り
      • Efficient methods for determining DNA probe orders
        Hiro Ito; Kazuo Iwama; Tamura Takeyuki
        IEICE TRANSACTIONS ON FUNDAMENTALS OF ELECTRONICS COMMUNICATIONS AND COMPUTER SCIENCES, 2006年05月, 査読有り
      • Determining a singleton attractor of an AND/OR Boolean network in O(1.587^n) time. Information Processing Letters, Vol. 110, pp. 565-569, 2010.
        Avraham Melkman; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        , ,, 査読有り
      • Journal of Computational Biology, Determining a singleton attractor of a Boolean network with nested canalyzing functions, Vol. 18(0), pp. 1--16, 2011.
        Tatsuya Akutsu; Avraham. A. Melkman; Takeyuki Tamura; Masaki Yamamoto
        , ,, 査読有り
      • An Efficient Method of Computing Impact Degrees for Multiple Reactions in Metabolic Networks with Cycles, IEICE Transactions on Information and Systems, Vol.E94-D, No.12 pp.2393-2399, 2011.
        Takeyuki Tamura; Yang Cong; Tatsuya Akutsu; Wai-Ki Ching
        , ,, 査読有り
      • Finding optimal control policy in probabilistic Boolean networks with hard constraints by using integer programming and dynamic programming(Preliminary version has appeared in BIBM 2010), International Journal of Data Mining and Bioinformatics, in press.
        Xi Chen; Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Wai-Ki Ching
        , ,, 査読有り
      • On Distribution and Enumeration of Attractors in Probabilistic Boolean Networks,IET Systems Biology, Vol. 3, pp. 465-474, (Preliminary version has appeared in OSB 2008) 2009.
        Morihiro Hayashida; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu; Wai-Ki Ching; Yang Cong
        , ,, 査読有り
      • Finding Minimum Reaction Cuts of Metabolic Networks Under a Boolean Model Using Integer Programming and Feedback Vertex Sets.International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics, Vol 1, pp. 14-31, (Preliminary version has appeared in IIBM2009)20
        Takeyuki Tamura; Kazuhiro Takemoto; Tatsuya Akutsu
        , ,, 査読有り

      MISC

      • 遺伝的な距離に基づいた家系図推定問題
        田村 武幸; 伊藤 大雄; 岩間 一雄
        電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2005年01月21日
      • Completing networks using observed data (特集 「知見の創出を目指した情報技術」および一般)
        阿久津 達也; 田村 武幸; 堀本 勝久
        人工知能基本問題研究会, 2010年01月27日
      • 不斉炭素原子を考慮した化合物に対するグラフカーネル法
        浦田 隆史; J.B.Brown; 田村 武幸; 川端 猛夫; 阿久津 達也
        情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), 2008年03月04日
      • AND/OR節点で構成されるブーリアンネットワークの定常状態を検出するアルゴリズムの改良
        田村 武幸; 阿久津 達也
        情報処理学会研究報告アルゴリズム(AL), 2007年09月21日
      • AND/OR節点で構成されるブーリアンネットワークの定常状態を検出するO(1.787^n)時間アルゴリズム
        田村 武幸; 阿久津 達也
        電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2007年05月25日
      • アラインメントとアミノ酸構成比に基づいたサポートベクターマシンによるタンパク質の細胞内局在予測
        田村 武幸; 阿久津 達也
        情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), 2007年03月05日
      • 整数計画と帰還点集合による代謝ネットワークの構造的堅牢性の測定
        田村 武幸; 竹本 和広; 阿久津 達也
        情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO), 2008年09月11日
      • DNA配列のプローブ順序固定に必要な最小フラグメント集合
        田村 武幸; 伊藤 大雄; 岩間 一雄
        電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2003年03月11日
      • Integer Programming and Dynamic Programming-based Methods of Optimizing Control Policy in Probabilistic Boolean Networks with Hard Constraints (バイオ情報学(BIO) Vol.2011-BIO-24)
        Xi Chen; Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Wai-KiChing
        研究報告バイオ情報学(BIO), 2011年03月03日
      • LA-3 DNA配列におけるプローブの順序付けに必要な最小フラグメント集合(A. アルゴリズム・基礎)
        田村 武幸; 土田 大輔; 伊藤 大雄; 岩間 一雄
        情報技術レターズ, 2002年09月13日
      • 代謝ネットワークの最小反応カットを求めるアルゴリズム
        田村 武幸; 竹本 和広; 阿久津 達也
        電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2009年10月09日
      • Efficient Computation of Impact Degrees for Multiple Reactions in Metabolic Networks with Cycles
        Yang Cong; Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu; Wai-KiChing
        研究報告バイオ情報学(BIO), 2009年09月10日
      • Efficient Computation of Impact Degrees for Multiple Reactions in Metabolic Networks with Cycles (バイオ情報学(BIO) Vol.2009-BIO-18)
        CONG YANG; TAMURA TAKEYUKI; AKUTSU TATSUYA
        情報処理学会研究報告, 2009年10月
      • On the minimum number of genes required for discriminating steady states under a Boolean model
        Cheng Xiaoqing; Tamura Takeyuki; Ching Wai-Ki; Akutsu Tatsuya
        情報処理学会第51回バイオ情報学研究会, 2017年09月
      • ブーリアンモデルによる生体ネットワークの統合的な数理モデル化と制御
        田村 武幸
        京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書, 2017年
      • A-008 On Observability of Steady States in a Boolean Network
        Akutsu Tatsuya; Tamura Takeyuki
        情報科学技術フォーラム講演論文集, 2014年08月19日
      • Algorithms for Finding a Largest Common Subtree of Bounded Degree
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; AvrahamA.Melkman; Atsuhiro Takasu
        研究報告アルゴリズム(AL), 2014年01月23日
      • A-002 A Fixed-Parameter Algorithm for Detecting a Singleton Attractor in an AND/OR Boolean Network with Bounded Treewidth
        阿久津 達也; 田村 武幸
        情報科学技術フォーラム講演論文集, 2013年08月20日
      • 無順序木の編集距離の指数時間厳密アルゴリズム
        阿久津 達也; 田村 武幸; 深川 大路; 高須 淳宏
        電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション, 2012年06月14日
      • An Improved Clique-Based Method for Computing Edit Distance between Rooted Unordered Trees
        Tomoya Mori; Takeyuki Tamura; Daiji Fukagawa; Atsuhiro Takasu; Etsuji Tomita; Tatsuya Akutsu
        情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学, 2011年09月06日
      • 無順序木の編集距離を計算する実用的アルゴリズムについて
        深川 大路; 田村 武幸; 高須 淳宏; 富田 悦次; 阿久津 達也
        人工知能基本問題研究会, 2010年07月31日
      • 無順序木の編集距離計算のための厳密アルゴリズム
        阿久津 達也; 深川 大路; 高須 淳宏; 田村 武幸
        情報処理学会研究報告. AL, アルゴリズム研究会報告, 2010年02月26日
      • 整数計画法を用いたブーリアンネットワークの解析・制御手法
        阿久津 達也; 林田 守広; 田村 武幸
        電子情報通信学会技術研究報告. CST, コンカレント工学, 2009年07月30日
      • 確率ブーリアンネットワークのアトラクター検出とブーリアンネットワークとのアトラクターの関係
        林田 守広; 田村 武幸; 阿久津 達也; 程王章王其; 叢 陽
        研究報告バイオ情報学(BIO), 2009年02月26日

      講演・口頭発表等

      • Trimming gene deletion strategies for growth-coupled production in constraint-based metabolic networks: TrimGdel
        田村武幸
        第11回生命医薬情報学連合大会, 2022年09月15日
      • 数理代謝工学による細胞の最適化
        田村武幸
        第四回細胞農業会議, 2022年08月29日
      • Gene deletion algorithms for minimum reaction network design by mixed-integer linear programming for metabolite production in constraint-based models: gDel_minRN
        田村武幸
        第10回生命医薬情報学連合大会, 2021年09月28日
      • Efficient reaction deletion algorithms for redesign of constraint-based metabolic networks for metabolite production with weak coupling
        田村武幸
        情報処理学会バイオ情報学研究会, 2021年03月11日
      • 有用物質を生産する代謝ネットワーク設計の高速アルゴリズム
        田村武幸
        第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), 2020年09月02日
      • 物質生産のための代謝コアネットワークの研究
        田村武幸
        2020年09月01日
      • Algorithms for analyzing and controlling Boolean networks as biological networks
        田村武幸
        International workshop on Boolean networks, 2020年01月09日, 招待有り
      • Growth-coupled overproduction is theoretically possible for most metabolites in Saccharomyces cerevisiae under anaerobic condition
        田村武幸
        The 20th international workshop in systems biology, 2019年11月02日
      • Integer linear programming-based methods for controlling Boolean metabolic networks
        田村武幸
        Qualitative computational modeling for biological networks: A workshop in the 20th international workshop in systems biology, 2019年10月31日, 招待有り
      • Growth-coupled overproduction is theoretically possible for most metabolites in Saccharomyces cerevisiae under anaerobic condition
        田村 武幸
        生命医薬情報学連合大会2019, 2019年09月10日
      • 有用化合物を生産・増産する代謝ネットワークの設計
        田村 武幸
        生命医薬情報学連合大会2019, 2019年09月09日
      • Growth-coupled overproduction is theoretically possible for most metabolites in Saccharomyces cerevisiae under anaerobic conditions
        田村 武幸
        Metabolic Pathway Analysis 2019, 2019年08月14日
      • Growth-coupled overproduction is theoretically possible for most metabolites in Saccharomyces cerevisiae under anaerobic conditions
        田村 武幸
        Intelligent Systems for Molecular Biology 2019, 2019年07月21日
      • Growth-coupled overproduction is theoretically possible for most metabolites in Saccharomyces cerevisiae under anaerobic conditions
        田村 武幸
        19th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, 2019年07月18日, 招待有り
      • 嫌気条件での出芽酵母を用いた生育結合増産の可能性
        田村 武幸
        情報処理学会バイオ情報学研究会, 2019年06月19日
      • Grid-based computational methods for the design of constraint-based parsimonious chemical reaction networks to simulate metabolite production: GridProd.
        田村 武幸
        5th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA2018), 2018年10月14日
      • Computational methods for design of metabolic networks for production of valuable compounds
        田村 武幸
        生命医薬情報学連合大会, 2018年09月20日
      • 有用化合物を生産・増産する代謝ネットワークを設計するアルゴリズム
        田村 武幸
        情報処理学会バイオ情報学研究会, 2018年09月18日
      • 有用物質を生産・増産する準最適な代謝流束均衡モデルのデザイン
        田村 武幸
        第70回日本生物工学会大会, 2018年09月06日
      • Computing minimum reaction modification in a Boolean metabolic network
        Takeyuki Tamura
        2016 Biotech and Pharmaceutical Service Platform - Biological Network Analysis Conference, 2016年11月04日, 招待有り
      • Computing Minimum Reaction Modifications in a Boolean Metabolic Network
        Takeyuki Tamura; Wei Lu; Jiangning Song; Tatsuya Akutsu
        GIW/InCoB2015, 2015年09月
      • 遺伝子の破壊と導入による代謝への影響予測の数理モデル
        田村 武幸
        JSBi生命システム理論研究会 〜細胞状態の理論的解明に向けて〜, 2014年11月18日, 招待有り
      • On the parameterized complexity of associative and commutative unification
        Tatsuya Akutsu; Jesper Jansson; Atsuhiro Takasu; Takeyuki Tamura
        9th International Symposium on Parameterized and Exact Computation (IPEC 2014), 2014年09月
      • On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Avraham A. Melkman; Atsuhiro Takasu
        19th Int. Symp. Fundamentals of Computation Theory (FCT 2013), 2013年
      • Integer programming method for completing ortholog-based gene-protein-reaction network by gene essentiality
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        The 23rd International Conference on Genome Informatics (GIW2012), 2012年12月
      • On the complexity of the maximum common subgraph problem for partial k-trees of bounded degree
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura
        23rd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2012), 2012年12月
      • Efficient exponential time algorithms for edit distance between unordered trees
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Daiji Fukagawa; Atsuhiro Takasu
        23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2012), 2012年07月
      • A polynomial-time algorithm for computing the maximum common subgraph of outerplanar graphs of bounded degree
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura
        37th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS 2012), 2012年
      • Predicting essential genes via impact degree on metabolic networks
        International Symposium on Symbolic Systems Biology (ISSSB’11), 2011年11月16日, Shonan, Japan
      • Measuring structural robustness of metabolic networks under a Boolean model using integer programming and feedback vertex sets
        Takeyuki Tamura; Kazuhiro Takemoto; Tatsuya Akutsu
        2nd International Workshop on Intelligent Informatics in Biology and Medicine (IIBM2009), 2009年
      • Completing networks using observed data
        Tatsuya Akutsu; Takeyuki Tamura; Katsuhisa Horimoto
        20th International Conference on Algorithmic Learning Theory (ALT 2009), 2009年
      • An improved algorithm for detecting a singleton attractor in a Boolean network consisting of AND/OR nodes
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        3rd International Conference on Algebraic Biology (AB2008), 2008年
      • An O(1.787^n)-time algorithm for detecting a singleton attractor in a Boolean network consisting of AND/OR nodes
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu
        16th International Symposium on Fundamentals of Computation Theory (FCT2007), 2007年
      • Imperfectness of data for STS-based physical mapping
        Hiro Ito; Kazuo Iwama; Takeyuki Tamura
        IFIP World Computer Congress, 2004, 2004年
      • バイオプロセスを用いた有用性物質生産技術
        田村武幸, 分担執筆, バイオインフォマティクスを活用した物質生産の効率化
        技術情報協会, 2022年11月
      • バイオサイエンスとインダストリー(B&I)
        田村武幸, 分担執筆, バイオの窓: AIによる代謝ネットワークの設計
        バイオインダストリー協会, 2022年09月
      • Biological Data Mining and Its Applications in Healthcare
        Takeyuki Tamura; Tatsuya Akutsu, 共著, Theory and method of completion for a Boolean regulatory network using observed data
        World Scientific, 2014年01月, 査読無し

      外部資金:科学研究費補助金

      • 有用物質を効率的に生産する代謝ネットワークの設計アルゴリズム
        基盤研究(B)
        小区分61030:知能情報学関連
        京都大学
        田村 武幸
        自 2020年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付
        代謝ネットワーク;制約モデル;増殖連動生産;アルゴリズム;混合整数線形計画法;増殖連動型生産;線形計画問題;流束均衡解析;有用物質生産;生育結合
      • 数理モデルによる生体ネットワーク制御手法の開発
        基盤研究(C)
        京都大学
        田村 武幸
        自 2016年04月01日, 至 2020年03月31日, 完了
        代謝ネットワーク;アルゴリズム;有用物質生産;流束均衡解析モデル;ブーリアンモデル;NP完全問題;流束均衡解析;数理モデル;反応削除戦略;生育結合;線形計画;ブーリアンネットワーク;遺伝子制御ネットワーク;NP完全;整数計画法;定常状態;unification問題;遺伝子ネットワーク;GPRネットワーク;整数線形計画法;細胞の制御;制御方法
      • 細胞の生存 - 自然界における大腸菌の場合
        基盤研究(A)
        奈良先端科学技術大学院大学
        森 浩禎
        自 2016年04月01日, 至 2019年03月31日, 完了
        大腸菌;分子バーコード;population dynamics;混合培養液;遺伝的相互作用;CRISPRi;必須遺伝子;網羅解析;混合培養;細胞生育;モデル化;シミュレーション;網羅的;ネットワーク;分子バーコード欠失株;population;deep sequencing;chemical genomics;相互作用ネットワーク;長期定常期;細胞死;lag;システム生物学;バーコード解析;細胞のモデル化;相互作用解析
      • ブーリアンモデルによる生体ネットワークの統合的な数理モデル化と解析
        若手研究(B)
        京都大学
        田村 武幸
        自 2013年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了
        アルゴリズム;整数線形計画法;遺伝子制御ネットワーク;代謝ネットワーク;ブーリアンモデル;定常状態;制御;固定パラメータ;整数計画法;木幅;NP完全
      • 長期定常期から分裂再開までの細胞の生存戦略
        基盤研究(A)
        奈良先端科学技術大学院大学
        森 浩禎
        自 2013年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了
        E. coli;bar-code;deletion collection;population dynamics;chemical genomics;stationary phase;deep sequencing;バーコード解析;大腸菌population変動解析;長期定常期;ケミカルバイオロジー;大腸菌;分子バーコード;一遺伝子欠失株;deep sequence;貞コピー可動型発現プラスミド;population変動;Multiplex解析;Chemical Genomics;二重欠失株;遺伝的ネットワーク;細胞内ネットワーク
      • ブーリアンモデルによる遺伝子制御ネットワークの解析
        若手研究(B)
        京都大学
        田村 武幸
        自 2011年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了
        遺伝子制御ネットワーク;ブーリアンモデル;定常状態;アルゴリズム;数理モデル;代謝ネットワーク;計算量理論;充足可能性問題;バイオインフォマティクス;整数計画法;動的計画法

      外部資金:その他

      • 生産困難化合物を生成するFBAモデルの代謝ネットワークの設計
        京都大学教育研究振興財団・研究活動推進助成
        自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日
        田村武幸
      list
        Last Updated :2022/11/22

        教育

        担当科目

        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          生命情報学基礎論
          3159, 前期, 情報学研究科, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          生命情報学特論
          3179, 後期, 情報学研究科, 2
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          生命情報学基礎論
          前期, 情報学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          生命情報学基礎論
          前期, 情報学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          生命情報学基礎論
          前期, 情報学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          生命情報学特論
          後期, 情報学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          生命情報学基礎論
          前期, 情報学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          生命情報学特論
          後期, 情報学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          生命情報学基礎論
          前期, 情報学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          生命情報学特論
          後期, 情報学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          生命情報学基礎論
          前期, 情報学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          生命情報学特論
          後期, 情報学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          生命情報学基礎論
          前期, 情報学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          生命情報学特論
          後期, 情報学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          生命情報学基礎論
          前期, 情報学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          生命情報学特論
          後期, 情報学研究科
        list
          Last Updated :2022/11/22

          大学運営

          部局運営(役職等)

          • 自 2013年04月01日, 至 2014年03月31日
            化学研究所講演委員会 委員
          • 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日
            化学研究所広報委員会 委員
          • 自 2017年04月01日, 至 2018年03月31日
            化学研究所情報システム技術委員会 委員
          • 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日
            化学研究所広報委員会 委員
          • 自 2018年04月01日, 至 2019年03月31日
            化学研究所情報システム技術委員会 委員
          • 自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日
            化学研究所講演委員会 委員
          list
            Last Updated :2022/11/22

            学術・社会貢献

            委員歴

            • 自 2022年04月, 至 現在
              月刊バイオインダストリー編集委員, バイオインダストリー協会
            • 自 2020年04月, 至 現在
              専門委員, 電子情報通信学会コンピュテーション研究会
            • 自 2019年01月, 至 現在
              ICBBB Technical Program Committee
            • 自 2019年04月, 至 2021年03月
              理事, 日本バイオインフォマティクス学会
            • 自 2018年04月, 至 2020年03月
              専門委員, 情報処理学会アルゴリズム研究会

            学術貢献活動

            • 第9回生命医薬情報学連合大会ワークショップ「代謝ネットワークの解析と制御」オーガナイザー
              企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等
              田村武幸, 自 2020年09月02日, 至 2020年09月02日

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