基本情報

学部兼担

• 理学部

全学メールアドレス

• 全学メールアドレス

  shiraishi.taro.7kkyoto-u.ac.jp

学位

• 2012年03月22日

  東京大学修士（農学）
• 2020年02月07日

  東京大学博士（農学）

出身大学院・研究科等

• 東京大学, 大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻博士課程, 退学
• 東京大学, 大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻修士課程, 修了

出身学校・専攻等

• 東京大学, 農学部生命化学・工学専修, 卒業

経歴

• 自 2025年06月, 至 現在

  京都大学, 大学院理学研究科 化学専攻, 講師
• 自 2022年04月, 至 2025年05月

  東京大学, 大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻, 助教
• 自 2021年03月, 至 2022年04月

  ETH zürich, Institute of Microbiology, Postdoc
• 自 2019年04月, 至 2021年03月

  東京大学, 大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻, 特任研究員
• 自 2015年04月, 至 2019年03月

  東京大学, 細胞機能工学研究室, 助教

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0002-6540-8029

• J-Global ID

  202201006953843497

researchmap URL

• https://researchmap.jp/utshirag.ecc.u-tokyo

研究

研究分野

• ライフサイエンス, 生物有機化学, 天然物化学

論文

• A Discrete, Iterative Type I Polyketide Synthase System Catalyzing the Formation of Unusual Fatty Acid Chains

  Hao Xu; Taro Shiraishi; Tomohisa Kuzuyama

  Journal of the American Chemical Society, 2026年07月15日

  
• Biosynthesis of Kaitocephalin: A Neuroprotective Natural Product Featuring a Peptide‐Like yet Nonpeptidic Scaffold

  Yukari Maeno; Taro Shiraishi; Naoya Saito; Jun‐ichi Maruyama; Kazuo Shin‐ya; Tomohisa Kuzuyama

  Angewandte Chemie, 2026年03月23日

  
• A novel transformer-based platform for the prediction and design of biosynthetic gene clusters for (un)natural products.

  Tomoki Kawano; Taro Shiraishi; Tomohisa Kuzuyama; Maiko Umemura

  PLoS computational biology, 2026年02月, 査読有り

  
• Chemical richness and diversity of uncultivated ‘Entotheonella’ symbionts in marine sponges

  Maria Dell; Masato Kogawa; Alena B. Streiff; Taro Shiraishi; Alessandro Lotti; Christoph M. Meier; Michelle A. Schorn; Christopher Field; Jackson K. B. Cahn; Hiromi Yokoyama; Yuito Yamada; Eike Peters; Yoko Egami; Yu Nakashima; Karen Co Tan; Christian Rückert; Mohammad Alanjary; Jörn Kalinowski; Tomohisa Kuzuyama; Paco Cardenas; Shirley Pomponi; Detmer Sipkema; Amy Wright; Kentaro Takada; Ikuro Abe; Toshiyuki Wakimoto; Haruko Takeyama; Jörn Piel

  Nature Chemical Biology, 2026年02月, 査読有り

  
• High-throughput prediction of protein–protein interactions uncovers hidden molecular networks in biosynthetic gene clusters

  Yoshitaka Moriwaki; Taro Shiraishi; Yohei Katsuyama; Kenichi Matsuda; Toyoyuki Ose; Atsushi Minami; Hideaki Oikawa; Tomohisa Kuzuyama; Ryuichiro Ishitani; Tohru Terada

  2025年10月27日

  
• Mechanistic Characterization of Diterpene Synthase Pairs for Tricyclic Diterpenes from Cyanobacteria

  Jiayi Yu; Taro Shiraishi; Kizerbo A. Taizoumbe; Yusaku Karasuno; Ayako Yoshida; Makoto Nishiyama; Jeroen S. Dickschat; Tomohisa Kuzuyama

  Journal of the American Chemical Society, 2025年04月09日, 査読有り

  
• In vivo and in vitro Reconstitution of Biosynthesis of N‐Prenylated Phenazines Revealing Diverse Phenazine‐Modifying Enzymes

  Teruhito Kato; Dan Xia; Taro Ozaki; Tomoyo Nakao; Ping Zhao; Makoto Nishiyama; Taro Shiraishi; Tomohisa Kuzuyama

  ChemBioChem, 2025年01月14日, 査読有り, 招待有り

  
• Discovery of type II polyketide synthase-like enzymes for the biosynthesis of cispentacin

  Genki Hibi; Taro Shiraishi; Tatsuki Umemura; Kenji Nemoto; Yusuke Ogura; Makoto Nishiyama; Tomohisa Kuzuyama

  Nature Communications, 2023年12月06日, 査読有り

  
• Complete Biosynthetic Pathway of the Phosphonate Phosphonothrixin: Two Distinct Thiamine Diphosphate-Dependent Enzymes Divide the Work to Form a C–C Bond

  Yuxun Zhu; Taro Shiraishi; Jianwen Lin; Keito Inaba; Atsuro Ito; Yusuke Ogura; Makoto Nishiyama; Tomohisa Kuzuyama

  Journal of the American Chemical Society, 2022年09月21日, 査読有り

  
• Total Synthesis and Stereochemistry Assignment of Nucleoside Antibiotic A-94964

  Xiaofei Shao; Chang Zheng; Peng Xu; Taro Shiraishi; Tomohisa Kuzuyama; Antonio Molinaro; Alba Silipo; Biao Yu

  Angewandte Chemie - International Edition, 2022年03月28日, 査読有り

  
• Biosynthesis of the nucleoside antibiotic angustmycins: identification and characterization of the biosynthetic gene cluster reveal unprecedented dehydratase required for exo-glycal formation

  Taro Shiraishi; Jiaqi Xia; Teruhito Kato; Tomohisa Kuzuyama

  The Journal of Antibiotics, 2021年11月17日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Biosynthetic pathways and enzymes involved in the production of phosphonic acid natural products

  Taro Shiraishi; Tomohisa Kuzuyama

  Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 2021年01月07日, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者

  
• Guanidyl modification of the 1-azabicyclo[3.1.0]hexane ring in ficellomycin essential for its biological activity

  Sumire Kurosawa; Kenichi Matsuda; Fumihito Hasebe; Taro Shiraishi; Kazuo Shin-ya; Tomohisa Kuzuyama; Makoto Nishiyama

  Organic & Biomolecular Chemistry, 2020年, 査読有り

  
• Recent advances in the biosynthesis of nucleoside antibiotics

  Taro Shiraishi; Tomohisa Kuzuyama

  The Journal of Antibiotics, 2019年12月25日, 査読有り, 筆頭著者

  
• The Amipurimycin and Miharamycin Biosynthetic Gene Clusters: Unraveling the Origins of 2-Aminopurinyl Peptidyl Nucleoside Antibiotics

  Taro Shiraishi

  Journal of the American Chemical Society, 2019年05月31日, 査読有り, 筆頭著者

  
• 新奇骨格を創成する革新的生合成マシナリーの開拓

  白石 太郎; 葛山 智久

  ファルマシア, 2019年, 招待有り, 筆頭著者

  
• Biosynthesis of the uridine-derived nucleoside antibiotic A-94964: identification and characterization of the biosynthetic gene cluster provide insight into the biosynthetic pathway

  Taro Shiraishi; Makoto Nishiyama; Tomohisa Kuzuyama

  Organic & Biomolecular Chemistry, 2019年, 査読有り, 筆頭著者

  
• Identification and heterologous expression of the actinoallolide biosynthetic gene cluster

  Inahashi, Y.; Shiraishi, T.; Tak{\'e}, A.; Matsumoto, A.; Takahashi, Y.; ?mura, S.; Kuzuyama, T.; Nakashima, T.

  Journal of Antibiotics, 2018年, 査読有り

  
• Fosfomycin Biosynthesis via Transient Cytidylylation of 2-Hydroxyethylphosphonate by the Bifunctional Fom1 Enzyme

  Cho, S.-H.; Kim, S.-Y.; Tomita, T.; Shiraishi, T.; Park, J.-S.; Sato, S.; Kudo, F.; Eguchi, T.; Funa, N.; Nishiyama, M.; Kuzuyama, T.

  ACS Chemical Biology, 2017年, 査読有り

  
• Biosynthesis of Trehangelin in Polymorphospora rubra K07–0510: Identification of Metabolic Pathway to Angelyl-CoA

  Inahashi, Y.; Shiraishi, T.; Palm, K.; Takahashi, Y.; mura, S.; Kuzuyama, T.; Nakashima, T.

  ChemBioChem, 2016年, 査読有り

  
• Amino-group carrier-protein-mediated secondary metabolite biosynthesis in Streptomyces

  Hasebe, F.; Matsuda, K.; Shiraishi, T.; Futamura, Y.; Nakano, T.; Tomita, T.; Ishigami, K.; Taka, H.; Mineki, R.; Fujimura, T.; Osada, H.; Kuzuyama, T.; Nishiyama, M.

  Nature Chemical Biology, 2016年, 査読有り

  
• Biosynthesis of the antituberculous agent caprazamycin: Identification of caprazol-3"-phosphate, an unprecedented caprazamycin-related metabolite

  Shiraishi, T.; Hiro, N.; Igarashi, M.; Nishiyama, M.; Kuzuyama, T.

  Journal of General and Applied Microbiology, 2016年, 査読有り, 筆頭著者

  

MISC

• カイトセファリンの生合成研究

  前野優香理; 齋藤直也; 白石太郎; 白石太郎; 小川哲弘; 小川哲弘; 丸山潤一; 丸山潤一; 新家一男; 葛山智久; 葛山智久

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2024年

  

受賞

• 2023年09月17日

  浜田賞（日本放線菌学会）

外部資金：科学研究費補助金

• 天然物BGCにコードされた輸送体の解析手法の確立と機能解明

  若手研究

  小区分37020:生物分子化学関連

  東京大学

  白石 太郎

  自 2025年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  天然物化学;輸送体

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K18133/
• 酵素反応情報と予測立体構造情報を考慮した次世代酵素基質複合体予測手法の開発

  基盤研究(B)

  小区分37010:生体関連化学

  東京科学大学

  森脇 由隆

  自 2025年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付

  機械学習;生化学;タンパク質立体構造予測;代謝

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K01890/
• 天然物生合成機構の改変による革新的ペプチド－核酸融合化合物ライブラリーの構築

  研究活動スタート支援

  0601:農芸化学およびその関連分野

  東京大学

  白石 太郎

  自 2022年08月31日, 至 2025年03月31日, 完了

  天然物化学;生合成;ヌクレオシド;ペプチド;化合物ライブラリー;核酸;核酸系化合物;放線菌

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K20567/
• 構造多様性一挙構築型生体反応の集積・予知・創出

  学術変革領域研究(A)

  学術変革領域研究区分(Ⅱ)

  東京大学

  葛山 智久

  自 2022年06月16日, 至 2027年03月31日, 交付

  天然化合物;生合成;酵素;反応機構;結晶構造;生体分子;天然有機化合物;ポリケチド;ホスホン酸;天然物化学;生合成酵素;テルペン

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-22H05120/
• 複雑骨格を創成する革新的生合成マシナリーの開拓と精密機能解析

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  理工系

  東京大学

  葛山 智久

  自 2016年06月30日, 至 2021年03月31日, 完了

  生物活性物質;天然化合物;遺伝子;酵素;生合成;反応機構;電子環状反応;生合成マシナリー;放線菌;ヌクレオシド;ポリケチド;Biosynthesis;nucleoside antibiotic;carbazole;terpene;reaction mechanism;生合成遺伝子;天然物;テルペノイド;ホスホン酸;ポリケタイド;生体触媒;結晶構造解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-16H06453/

教育

担当科目

• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  文系向の基礎化学II

  N355, 後期, 国際高等教育院, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  基礎化学実験

  N308, 後期, 国際高等教育院, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学ゼミナールＩＣ

  7090, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学ゼミナールＩＢ

  7089, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学ゼミナールＩＡ

  7088, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学演習ＩＢ

  7193, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学演習ＩＡ

  7192, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学ゼミナールＩＤ

  7091, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学演習ＩＤ

  7195, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学演習ＩＣ

  7194, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  化学課題研究１６

  5643, 通年集中, 理学部, 12
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生体分子機能論

  7031, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学演習

  3628, 後期, 理学部, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物化学IV

  4614, 前期, 理学部, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  化学実験Ｂ

  8635, 後期, 理学部, 8