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長﨑 正朗

ナガサキ マサオ

学際融合教育研究推進センター スーパーグローバルコース医学生命系ユニット 特定教授

長﨑 正朗
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    Last Updated :2022/05/14

    基本情報

    学位

    • 修士(理学)(東京大学)
    • 博士(理学)(東京大学)

    出身大学院・研究科等

    • 東京大学, 大学院理学系研究科修士課程情報科学専攻, 修了
    • 東京大学, 大学院理学系研究科博士課程情報科学専攻, 修了

    出身学校・専攻等

    • 東京大学, 理学部情報科学科, 卒業

    出身高等学校

    • 出身高等学校

      洛南高等学校

    ID,URL

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      Last Updated :2022/05/14

      研究

      研究キーワード

      • 大規模情報解析
      • バイオメディカルインフォマティクス
      • バイオインフォマティクス

      研究分野

      • ライフサイエンス, ゲノム生物学

      論文

      • Antiemetic effects of baclofen in a shrew model of postoperative nausea and vomiting: Whole‐transcriptome analysis in the nucleus of the solitary tract
        Daisuke Konno; Shigekazu Sugino; Tomoko F Shibata; Kazuharu Misawa; Yuka Imamura‐Kawasawa; Jun Suzuki; Kanta Kido; Masao Nagasaki; Masanori Yamauchi
        CNS Neuroscience & Therapeutics, 2022年03月03日
      • A single-nucleotide-polymorphism in the 5′-flanking region of MSX1 gene as a predictive marker candidate for platinum-based therapy of esophageal carcinoma
        Takahiro Mori; Kazuko Ueno; Katsushi Tokunaga; Yosuke Kawai; Koichi Matsuda; Nao Nishida; Keigo Komine; Sakae Saito; Masao Nagasaki
        Therapeutic Advances in Medical Oncology, 2022年02月24日
      • Mapping of susceptible variants for cold medicine-related Stevens–Johnson syndrome by whole-genome resequencing
        Yosuke Kawai; Yuki Hitomi; Mayumi Ueta; Seik-Soon Khor; Ken Nakatani; Chie Sotozono; Shigeru Kinoshita; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga
        npj Genomic Medicine, 2021年12月
      • X Chromosome Contribution to the Genetic Architecture of Primary Biliary Cholangitis.
        Rosanna Asselta; Elvezia M Paraboschi; Alessio Gerussi; Heather J Cordell; George F Mells; Richard N Sandford; David E Jones; Minoru Nakamura; Kazuko Ueno; Yuki Hitomi; Minae Kawashima; Nao Nishida; Katsushi Tokunaga; Masao Nagasaki; Atsushi Tanaka; Ruqi Tang; Zhiqiang Li; Yongyong Shi; Xiangdong Liu; Ma Xiong; Gideon Hirschfield; Katherine A Siminovitch; Marco Carbone; Giulia Cardamone; Stefano Duga; M Eric Gershwin; Michael F Seldin; Pietro Invernizzi
        Gastroenterology, 2021年06月
      • An international genome-wide meta-analysis of primary biliary cholangitis: novel risk loci and candidate drugs
        Heather J. Cordell; James J. Fryett; Kazuko Ueno; Rebecca Darlay; Yoshihiro Aiba; Yuki Hitomi; Minae Kawashima; Nao Nishida; Seik-Soon Khor; Olivier Gervais; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Ruqi Tang; Yongyong Shi; Zhiqiang Li; Brian D. Juran; Elizabeth J. Atkinson; Alessio Gerussi; Marco Carbone; Rosanna Asselta; Angela Cheung; Mariza de Andrade; Aris Baras; Julie Horowitz; Manuel A.R. Ferreira; Dylan Sun; David E. Jones; Steven Flack; Ann Spicer; Victoria L. Mulcahy; Jinyoung Byan; Younghun Han; Richard N. S; ford; Konstantinos N. Lazaridis; Christopher I. Amos; Gideon M. Hirschfield; Michael F. Seldin; Pietro Invernizzi; Katherine A. Siminovitch; Xiong Ma; Minoru Nakamura; George F. Mells; Katherine A. Siminovitch; Gideon M. Hirschfield; Andrew Mason; Catherine Vincent; Gang Xie; Jinyi Zhang; Ruqi Tang; Xiong Ma; Zhiqiang Li; Yongyong Shi; Andrea Affronti; Piero L. Almasio; Domenico Alvaro; Pietro Andreone; Angelo Andriulli; Francesco Azzaroli; Pier Maria Battezzati; Antonio Benedetti; MariaConsiglia Bragazzi; Maurizia Brunetto; Savino Bruno; Vincenza Calvaruso; Vincenzo Cardinale; Giovanni Casella; Nora Cazzagon; Antonio Ciaccio; Barbara Coco; Agostino Colli; Guido Colloredo; Massimo Colombo; Silvia Colombo; Laura Cristoferi; Carmela Cursaro; Lory Saveria Croc{\`{e } }; Andrea Crosignani; Daphne D'Amato; Francesca Donato; Gianfranco Elia; Stefano Fagiuoli; Carlo Ferrari; Annarosa Floreani; Andrea Galli; Edoardo Giannini; Ignazio Grattagliano; Pietro Lampertico; Ana Lleo; Federica Malinverno; Clara Mancuso; Fabio Marra; Marco Marzioni; Sara Massironi; Alberto Mattalia; Luca Miele; Chiara Milani; Lorenzo Morini; Filomena Morisco; Luigi Muratori; Paolo Muratori; Grazia A. Niro; Sarah O'Donnell; Antonio Picciotto; Piero Portincasa; Cristina Rigamonti; Vincenzo Ronca; Floriano Rosina; Giancarlo Spinzi; Mario Strazzabosco; Mirko Tarocchi; Claudio Tiribelli; Pierluigi Toniutto; Luca Valenti; Maria Vinci; Massimo Zuin; Hitomi Nakamura; Seigo Abiru; Shinya Nagaoka; Atsumasa Komori; Hiroshi Yatsuhashi; Hiromi Ishibashi; Masahiro Ito; Kiyoshi Migita; Hiromasa Ohira; Shinji Katsushima; Atsushi Naganuma; Kazuhiro Sugi; Tatsuji Komatsu; Tomohiko Mannami; Kouki Matsushita; Kaname Yoshizawa; Fujio Makita; Toshiki Nikami; Hideo Nishimura; Hiroshi Kouno; Hirotaka Kouno; Hajime Ota; Takuya Komura; Yoko Nakamura; Masaaki Shimada; Noboru Hirashima; Toshiki Komeda; Keisuke Ario; Makoto Nakamuta; Tsutomu Yamashita; Kiyoshi Furuta; Masahiro Kikuchi; Noriaki Naeshiro; Hironao Takahashi; Yutaka Mano; Seiji Tsunematsu; Iwao Yabuuchi; Yusuke Shimada; Kazuhiko Yamauchi; Rie Sugimoto; Hironori Sakai; Eiji Mita; Masaharu Koda; Satoru Tsuruta; Hiroshi Kamitsukasa; Takeaki Sato; Naohiko Masaki; Tatsuro Kobata; Nobuyoshi Fukushima; Yukio Ohara; Toyokichi Muro; Eiichi Takesaki; Hitoshi Takaki; Tetsuo Yamamoto; Michio Kato; Yuko Nagaoki; Shigeki Hayashi; Jinya Ishida; Yukio Watanabe; Masakazu Kobayashi; Michiaki Koga; Takeo Saoshiro; Michiyasu Yagura; Keisuke Hirata; Atsushu Tanaka; Hajime Takikawa; Mikio Zeniya; Masanori Abe; Morikazu Onji; Shuichi Kaneko; Masao Honda; Kuniaki Arai; Teruko Arinaga-Hino; Etsuko Hashimoto; Makiko Taniai; Takeji Umemura; Satoru Joshita; Kazuhiko Nakao; Tatsuki Ichikawa; Hidetaka Shibata; Satoshi Yamagiwa; Masataka Seike; Koichi Honda; Shotaro Sakisaka; Yasuaki Takeyama; Masaru Harada; Michio Senju; Osamu Yokosuka; Tatsuo K; a; Yoshiyuki Ueno; Kentaro Kikuchi; Hirotoshi Ebinuma; Takashi Himoto; Michio Yasunami; Kazumoto Murata; Masashi Mizokami; Kazuhito Kawata; Shinji Shimoda; Yasuhiro Miyake; Akinobu Takaki; Kazuhide Yamamoto; Katsuji Hirano; Takafumi Ichida; Akio Ido; Hirohito Tsubouchi; Kazuaki Chayama; Kenichi Harada; Yasuni Nakanuma; Yoshihiko Maehara; Akinobu Taketomi; Ken Shirabe; Yuji Soejima; Akira Mori; Shintaro Yagi; Shinji Uemoto; H. Egawa; Tomohiro Tanaka; Noriyo Yamashiki; Sumito Tamura; Yasuhiro Sugawara; Norihiro Kokudo; Richard Sturgess; Christopher Healey; Andrew Yeoman; Anton VJ. Gunasekera; Paul Kooner; Kapil Kapur; V. Sathyanarayana; Yiannis Kallis; Javaid Subhani; Rory Harvey; Roger McCorry; Paul Rooney; David Ramanaden; Richard Evans; Thiriloganathan Mathialahan; Jaber Gasem; Christopher Shorrock; Mahesh Bhalme; Paul Southern; Jeremy A. Tibble; David A. Gorard; Susan Jones; George Mells; Victoria Mulcahy; Brijesh Srivastava; Matthew R. Foxton; Carole E. Collins; David Elphick; Mazn Karmo; Francisco Porras-Perez; Michael Mendall; Tom Yapp; Minesh Patel; Rol; Ede; Joanne Sayer; James Jupp; Neil Fisher; Martyn J. Carter; Konrad Koss; Jayshri Shah; Andrzej Piotrowicz; Glyn Scott; Charles Grimley; Ian R. Gooding; Simon Williams; Judith Tidbury; Guan Lim; Kuldeep Cheent; Sass Levi; Dina Mansour; Matilda Beckley; Coral Hollywood; Terry Wong; Richard Marley; John Ramage; Harriet M. Gordon; Jo Ridpath; Theodore Ngatchu; Vijay Paul Bob Grover; Ray G. Shidrawi; George Abouda; L. Corless; Mark Narain; Ian Rees; Ashley Brown; Simon Taylor-Robinson; Joy Wilkins; Leonie Grellier; Paul Banim; Debasish Das; Michael A. Heneghan; Howard Curtis; Helen C. Matthews; Faiyaz Mohammed; Mark Aldersley; Raj Srirajaskanthan; Giles Walker; Alistair McNair; Amar Sharif; Sambit Sen; George Bird; Martin I. Prince; Geeta Prasad; Paul Kitchen; Adrian Barnardo; Chirag Oza; Nurani N. Sivaramakrishnan; Prakash Gupta; Amir Shah; Chris DJ. Evans; Subrata Saha; Katharine Pollock; Peter Bramley; Ashis Mukhopadhya; Stephen T. Barclay; Natasha McDonald; Andrew J. Bathgate; Kelvin Palmer; John F. Dillon; Simon M. Rushbrook; Robert Przemioslo; Chris McDonald; Andrew Millar; Cheh Tai; Stephen Mitchell; Jane Metcalf; Syed Shaukat; Mary Ninkovic; Udi Shmueli; Andrew Davis; Asifabbas Naqvi; Tom JW. Lee; Stephen Ryder; Jane Collier; Howard Klass; Matthew E. Cramp; Nichols Sharer; Richard Aspinall; Deb Ghosh; Andrew C. Douds; Jonathan Booth; Earl Williams; Hyder Hussaini; John Christie; Steven Mann; Douglas Thorburn; Aileen Marshall; Imran Patanwala; Aftab Ala; Julia Maltby; Ray Matthew; Chris Corbett; Sam Vyas; Saket Singhal; Dermot Gleeson; Sharat Misra; Jeff Butterworth; Keith George; Tim Harding; Andrew Douglass; Harriet Mitchison; Simon Panter; Jeremy Shearman; Gary Bray; Michael Roberts; Graham Butcher; Daniel Forton; Zahid Mahmood; Matthew Cowan; Debashis Das; Chin Lye Ch{\textquotesingle}ng; Mesbah Rahman; Gregory C.A. Whatley; Emma Wesley; Aditya M; al; Sanjiv Jain; Stephen P. Pereira; Mark Wright; Palak Trivedi; Fiona H. Gordon; Esther Unitt; Altaf Palejwala; Andrew Austin; Vishwaraj Vemala; Allister Grant; Andrew D. Higham; Alison Brind; Ray Mathew; Mark Cox; Subramaniam Ramakrishnan; Alistair King; Simon Whalley; Jocelyn Fraser; S.J. Thomson; Andrew Bell; Voi Shim Wong; Richard Kia; Ian Gee; Richard Keld; Rupert Ransford; James Gotto; Charles Millson; Brian D. Juran; Elizabeth J. Atkinson; Angela Cheung; Mariza de Andrade; Konstantinos N. Lazaridis; Naga Chalasani; Vel Luketic; Joseph Odin; Kapil Chopra; Aris Baras; Julie Horowitz; Goncalo Abecasis; Michael Cantor; Giovanni Coppola; Aris Economides; Luca A. Lotta; John D. Overton; Jeffrey G. Reid; Alan Shuldiner; Christina Beechert; Caitlin Forsythe; Erin D. Fuller; Zhenhua Gu; Michael Lattari; Alex; er Lopez; John D. Overton; Thomas D. Schleicher; Maria Sotiropoulos Padilla; Karina Toledo; Louis Widom; Sarah E. Wolf; Manasi Pradhan; Kia Manoochehri; Ricardo H. Ulloa; Xiaodong Bai; Suganthi Balasubramanian; Lel; Barnard; Andrew Blumenfeld; Gisu Eom; Lukas Habegger; Alicia Hawes; Shareef Khalid; Jeffrey G. Reid; Evan K. Maxwell; William Salerno; Jeffrey C. Staples; Marcus B. Jones; Lyndon J. Mitnaul
        Journal of Hepatology, 2021年05月
      • Regional heritability mapping identifies several novel loci (STAT4, ULK4, and KCNH5) for primary biliary cholangitis in the Japanese population
        Olivier Gervais; Kazuko Ueno; Yosuke Kawai; Yuki Hitomi; Yoshihiro Aiba; Mayumi Ueta; Minoru Nakamura; Katsushi Tokunaga; Masao Nagasaki
        European Journal of Human Genetics, 2021年04月09日
      • High-speed parameter search of dynamic biological pathways from time-course transcriptomic profiles using high-level Petri net
        Chen Li; Jiale Qin; Keisuke Kuroyanagi; Lu Lu; Masao Nagasaki; Miyano Satoru
        Biosystems, 2021年03月
      • rs1944919 on chromosome 11q23.1 and its effector genes COLCA1/COLCA2 confer susceptibility to primary biliary cholangitis.
        Yuki Hitomi; Yoshihiro Aiba; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Kazuko Ueno; Nao Nishida; Minae Kawashima; Olivier Gervais; Seik-Soon Khor; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura; Makoto Tsuiji
        Scientific reports, 2021年02月25日
      • Practical guide for managing large-scale human genome data in research
        Tomoya Tanjo; Yosuke Kawai; Katsushi Tokunaga; Osamu Ogasawara; Masao Nagasaki
        Journal of Human Genetics, 2021年01月23日
      • Digenic mutations in ALDH2 and ADH5 impair formaldehyde clearance and cause a multisystem disorder, AMeD syndrome.
        Masao Nagasaki
        Science advances, 2020年12月18日
      • Direct reprogramming of human umbilical vein- and peripheral blood-derived endothelial cells into hepatic progenitor cells
        Hiroki Inada; Miyako Udono; Kanae Matsuda-Ito; Kenichi Horisawa; Yasuyuki Ohkawa; Shizuka Miura; Takeshi Goya; Junpei Yamamoto; Masao Nagasaki; Kazuko Ueno; Daisuke Saitou; Mikita Suyama; Yoshihiko Maehara; Wataru Kumamaru; Yoshihiro Ogawa; Sayaka Sekiya; Atsushi Suzuki
        Nature Communications, 2020年12月
      • A multi-ethnic meta-analysis identifies novel genes, including ACSL5, associated with amyotrophic lateral sclerosis
        Masao Nagasaki
        Communications Biology, 2020年12月, 査読有り
      • Long non-coding RNA MIR4300HG polymorphisms are associated with postoperative nausea and vomiting: a genome-wide association study
        Masao Nagasaki
        Human Genomics, 2020年12月, 査読有り
      • Identification of the Novel Variants in Patients With Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension.
        Nobuhiro Yaoita; Kimio Satoh; Taijyu Satoh; Toru Shimizu; Sakae Saito; Koichiro Sugimura; Shunsuke Tatebe; Saori Yamamoto; Tatsuo Aoki; Nobuhiro Kikuchi; Ryo Kurosawa; Satoshi Miyata; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Hiroaki Shimokawa
        Journal of the American Heart Association, 2020年11月03日
      • The Dynamics of Transcriptional Activation by Hepatic Reprogramming Factors
        Kenichi Horisawa; Miyako Udono; Kazuko Ueno; Yasuyuki Ohkawa; Masao Nagasaki; Sayaka Sekiya; Atsushi Suzuki
        Molecular Cell, 2020年08月
      • Genome‐Wide Association Study of Lean Nonalcoholic Fatty Liver Disease Suggests Human Leukocyte Antigen as a Novel Candidate Locus
        Masao Nagasaki
        Hepatology Communications, 2020年08月, 査読有り
      • 尿酸値の失われた遺伝率は、レアバリアントがかなりの部分を説明する
        三澤 計治; 長谷川 嵩矩; 三島 英換; Jutabha Promsuk; 大内 基司; 小島 要; 河合 洋介; 長崎 正朗; 安西 尚彦
        痛風と尿酸・核酸, 2020年07月
      • 尿酸値の失われた遺伝率は、レアバリアントがかなりの部分を説明する
        三澤 計治; 長谷川 嵩矩; 三島 英換; Jutabha Promsuk; 大内 基司; 小島 要; 河合 洋介; 長崎 正朗; 安西 尚彦
        痛風と尿酸・核酸, 2020年07月
      • 肥満と肥満にかかわる環境要因を考慮し日本人集団における17形質のゲノム遺伝率および相関
        Olivier Gervais; 植野 和子; 河合 洋介; 人見 祐基; 三澤 計治; 寺口 俊介; Yen-Yen Wang; 徳永 勝士; 長﨑 正朗
        G3: Genes, Genomics, Genetics, 2020年07月, 査読有り
      • An Integrated Genomic and Transcriptomic Analysis Reveals Candidates of Susceptibility Genes for Crohn's Disease in Japanese Populations.
        Yoichi Kakuta; Ryo Ichikawa; Yuta Fuyuno; Atsushi Hirano; Junji Umeno; Takehiro Torisu; Kazuhiro Watanabe; Akihiro Asakura; Takeru Nakano; Yasuhiro Izumiyama; Daisuke Okamoto; Takeo Naito; Rintaro Moroi; Masatake Kuroha; Yoshitake Kanazawa; Tomoya Kimura; Hisashi Shiga; Takeshi Naito; Motohiro Esaki; Yosuke Kawai; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura; Takayuki Matsumoto; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Michiaki Unno; Atsushi Masamune
        Scientific reports, 2020年06月24日, 査読有り
      • Common risk variants in NPHS1 and TNFSF15 are associated with childhood steroid-sensitive nephrotic syndrome
        Masao Nagasaki
        Kidney International, 2020年06月, 査読有り
      • Variants That Affect Function of Calcium Channel TRPV6 Are Associated With Early-Onset Chronic Pancreatitis.
        Atsushi Masamune; Hiroshi Kotani; Franziska Lena Sörgel; Jian-Min Chen; Shin Hamada; Reiko Sakaguchi; Emmanuelle Masson; Eriko Nakano; Yoichi Kakuta; Tetsuya Niihori; Ryo Funayama; Matsuyuki Shirota; Tatsuya Hirano; Tetsuya Kawamoto; Atsuki Hosokoshi; Kiyoshi Kume; Lara Unger; Maren Ewers; Helmut Laumen; Peter Bugert; Masayuki X Mori; Volodymyr Tsvilovskyy; Petra Weißgerber; Ulrich Kriebs; Claudia Fecher-Trost; Marc Freichel; Kalliope N Diakopoulos; Alexandra Berninger; Marina Lesina; Kentaro Ishii; Takao Itoi; Tsukasa Ikeura; Kazuichi Okazaki; Tom Kaune; Jonas Rosendahl; Masao Nagasaki; Yasuhito Uezono; Hana Algül; Keiko Nakayama; Yoichi Matsubara; Yoko Aoki; Claude Férec; Yasuo Mori; Heiko Witt; Tooru Shimosegawa
        Gastroenterology, 2020年05月, 査読有り
      • Integrated GWAS and mRNA Microarray Analysis Identified IFNG and CD40L as the Central Upstream Regulators in Primary Biliary Cholangitis.
        Kazuko Ueno; Yoshihiro Aiba; Yuki Hitomi; Shinji Shimoda; Hitomi Nakamura; Olivier Gervais; Yosuke Kawai; Minae Kawashima; Nao Nishida; Seik-Soon Kohn; Kaname Kojima; Shinji Katsushima; Atsushi Naganuma; Kazuhiro Sugi; Tatsuji Komatsu; Tomohiko Mannami; Kouki Matsushita; Kaname Yoshizawa; Fujio Makita; Toshiki Nikami; Hideo Nishimura; Hiroshi Kouno; Hirotaka Kouno; Hajime Ohta; Takuya Komura; Satoru Tsuruta; Kazuhiko Yamauchi; Tatsuro Kobata; Amane Kitasato; Tamotsu Kuroki; Seigo Abiru; Shinya Nagaoka; Atsumasa Komori; Hiroshi Yatsuhashi; Kiyoshi Migita; Hiromasa Ohira; Atsushi Tanaka; Hajime Takikawa; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura
        Hepatology communications, 2020年05月, 査読有り
      • 尿酸値の失われた遺伝率は、 レアバリアントがかなりの部分を説明する
        Kazuharu Misawa; Takanori Hasegawa; Eikan Mishima; Promsuk Jutabha; Motoshi Ouchi; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Masafumi Matsuo; Naohiko Anzai; Masao Nagasaki
        Genetics, 2020年04月, 査読有り
      • Genetic Analysis of Ulcerative Colitis in Japanese Individuals Using Population-specific SNP Array.
        Daisuke Okamoto; Yosuke Kawai; Yoichi Kakuta; Takeo Naito; Takehiro Torisu; Atsushi Hirano; Junji Umeno; Yuta Fuyuno; Dalin Li; Takeru Nakano; Yasuhiro Izumiyama; Ryo Ichikawa; Keiichiro Hiramoto; Rintaro Moroi; Masatake Kuroha; Yoshitake Kanazawa; Hisashi Shiga; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura; Motohiro Esaki; Takayuki Matsumoto; Dermot P B McGovern; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Atsushi Masamune
        Inflammatory bowel diseases, 2020年02月19日, 査読有り
      • Cohort Profile: Tohoku Medical Megabank Project Birth and Three-Generation Cohort Study (TMM BirThree Cohort Study): rationale, progress and perspective.
        Shinichi Kuriyama; Hirohito Metoki; Masahiro Kikuya; Taku Obara; Mami Ishikuro; Chizuru Yamanaka; Masato Nagai; Hiroko Matsubara; Tomoko Kobayashi; Junichi Sugawara; Gen Tamiya; Atsushi Hozawa; Naoki Nakaya; Naho Tsuchiya; Tomohiro Nakamura; Akira Narita; Mana Kogure; Takumi Hirata; Ichiro Tsuji; Fuji Nagami; Nobuo Fuse; Tomohiko Arai; Yoshio Kawaguchi; Shinichi Higuchi; Masaki Sakaida; Yoichi Suzuki; Noriko Osumi; Keiko Nakayama; Kiyoshi Ito; Shinichi Egawa; Koichi Chida; Eiichi Kodama; Hideyasu Kiyomoto; Tadashi Ishii; Akito Tsuboi; Hiroaki Tomita; Yasuyuki Taki; Hiroshi Kawame; Kichiya Suzuki; Naoto Ishii; Soichi Ogishima; Satoshi Mizuno; Takako Takai-Igarashi; Naoko Minegishi; Jun Yasuda; Kazuhiko Igarashi; Ritsuko Shimizu; Masao Nagasaki; Osamu Tanabe; Seizo Koshiba; Hiroaki Hashizume; Hozumi Motohashi; Teiji Tominaga; Sadayoshi Ito; Kozo Tanno; Kiyomi Sakata; Atsushi Shimizu; Jiro Hitomi; Makoto Sasaki; Kengo Kinoshita; Hiroshi Tanaka; Tadao Kobayashi; Shigeo Kure; Nobuo Yaegashi; Masayuki Yamamoto
        International journal of epidemiology, 2020年02月01日, 査読有り
      • Study profile of The Tohoku Medical Megabank Community-Based Cohort Study.
        Atsushi Hozawa; Kozo Tanno; Naoki Nakaya; Tomohiro Nakamura; Naho Tsuchiya; Takumi Hirata; Akira Narita; Mana Kogure; Kotaro Nochioka; Ryohei Sasaki; Nobuyuki Takanashi; Kotaro Otsuka; Kiyomi Sakata; Shinichi Kuriyama; Masahiro Kikuya; Osamu Tanabe; Junichi Sugawara; Kichiya Suzuki; Yoichi Suzuki; Eiichi N Kodama; Nobuo Fuse; Hideyasu Kiyomoto; Hiroaki Tomita; Akira Uruno; Yohei Hamanaka; Hirohito Metoki; Mami Ishikuro; Taku Obara; Tomoko Kobayashi; Kazuyuki Kitatani; Takako Takai-Igarashi; Soichi Ogishima; Mamoru Satoh; Hideki Ohmomo; Akito Tsuboi; Shinichi Egawa; Tadashi Ishii; Kiyoshi Ito; Sadayoshi Ito; Yasuyuki Taki; Naoko Minegishi; Naoto Ishii; Masao Nagasaki; Kazuhiko Igarashi; Seizo Koshiba; Ritsuko Shimizu; Gen Tamiya; Keiko Nakayama; Hozumi Motohashi; Jun Yasuda; Atsushi Shimizu; Tsuyoshi Hachiya; Yuh Shiwa; Teiji Tominaga; Hiroshi Tanaka; Kotaro Oyama; Ryoichi Tanaka; Hiroshi Kawame; Akimune Fukushima; Yasushi Ishigaki; Tomoharu Tokutomi; Noriko Osumi; Tadao Kobayashi; Fuji Nagami; Hiroaki Hashizume; Tomohiro Arai; Yoshio Kawaguchi; Shinichi Higuchi; Masaki Sakaida; Ryujin Endo; Satoshi Nishizuka; Ichiro Tsuji; Jiro Hitomi; Motoyuki Nakamura; Kuniaki Ogasawara; Nobuo Yaegashi; Kengo Kinoshita; Shigeo Kure; Akio Sakai; Seiichiro Kobayashi; Kenji Sobue; Makoto Sasaki; Masayuki Yamamoto
        Journal of epidemiology, 2020年01月11日, 査読有り
      • 尿酸値の失われた遺伝率は、レアバリアントがかなりの部分を説明する
        三澤 計治; 長谷川 嵩矩; 三島 英換; Jutabha Promsuk; 大内 基司; 小島 要; 河合 洋介; 長崎 正朗; 安西 尚彦
        日本痛風・核酸代謝学会総会プログラム抄録集, 2020年01月
      • Prevalence of disease-causing genes in Japanese patients with BRCA1/2-wildtype hereditary breast and ovarian cancer syndrome.
        Tomoko Kaneyasu; Seiichi Mori; Hideko Yamauchi; Shozo Ohsumi; Shinji Ohno; Daisuke Aoki; Shinichi Baba; Junko Kawano; Yoshio Miki; Naomichi Matsumoto; Masao Nagasaki; Reiko Yoshida; Sadako Akashi-Tanaka; Takuji Iwase; Dai Kitagawa; Kenta Masuda; Akira Hirasawa; Masami Arai; Junko Takei; Yoshimi Ide; Osamu Gotoh; Noriko Yaguchi; Mitsuyo Nishi; Keika Kaneko; Yumi Matsuyama; Megumi Okawa; Misato Suzuki; Aya Nezu; Shiro Yokoyama; Sayuri Amino; Mayuko Inuzuka; Tetsuo Noda; Seigo Nakamura
        NPJ breast cancer, 2020年, 査読有り
      • Exploring the Novel Susceptibility Gene Variants for Primary Open-Angle Glaucoma in East Asian Cohorts: The GLAU-GENDISK Study.
        Kim YW; Kim YJ; Cheong HS; Shiga Y; Hashimoto K; Song YJ; Kim SH; Choi HJ; Nishiguchi KM; Kawai Y; Nagasaki M; Nakazawa T; Park KH; Kim DM; Jeoung JW
        Scientific reports, 2020年01月, 査読有り
      • A low-frequency IL4R locus variant in Japanese patients with intravenous immunoglobulin therapy-unresponsive Kawasaki disease
        Yuji Amano; Yohei Akazawa; Jun Yasuda; Kazuhisa Yoshino; Katsuhiko Kojima; Norimoto Kobayashi; Satoshi Matsuzaki; Masao Nagasaki; Yosuke Kawai; Naoko Minegishi; Noriko Ishida; Noriko Motoki; Akira Hachiya; Yozo Nakazawa; Masayuki Yamamoto; Kenichi Koike; Toshikazu Takeshita
        Pediatric Rheumatology, 2019年12月, 査読有り
      • Construction of JRG (Japanese reference genome) with single-molecule real-time sequencing
        Masao Nagasaki; Yoko Kuroki; Tomoko F. Shibata; Fumiki Katsuoka; Takahiro Mimori; Yosuke Kawai; Naoko Minegishi; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Yoichi Suzuki; Hiroshi Kawame; Fuji Nagami; Takako Takai-Igarashi; Soichi Ogishima; Kaname Kojima; Kazuharu Misawa; Osamu Tanabe; Nobuo Fuse; Hiroshi Tanaka; Nobuo Yaegashi; Kengo Kinoshita; Shiego Kure; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto
        Human Genome Variation, 2019年12月01日
      • CD45+CD326+ Cells are Predictive of Poor Prognosis in Non-Small Cell Lung Cancer Patients.
        Kota Ishizawa; Mie Yamanaka; Yuriko Saiki; Eisaku Miyauchi; Shinichi Fukushige; Tetsuya Akaishi; Atsuko Asao; Takahiro Mimori; Ryota Saito; Yutaka Tojo; Riu Yamashita; Michiaki Abe; Akira Sakurada; Nhu-An Pham; Ming Li; Yoshinori Okada; Tadashi Ishii; Naoto Ishii; Seiichi Kobayashi; Masao Nagasaki; Masakazu Ichinose; Ming-Sound Tsao; Akira Horii
        Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research, 2019年11月15日, 査読有り
      • Correction to: High-resolution melt analysis enables simple genotyping of complicated polymorphisms of codon 18 rendering the NUDT15 diplotype.
        Kakuta Y; Izumiyama Y; Okamoto D; Nakano T; Ichikawa R; Naito T; Moroi R; Kuroha M; Kanazawa Y; Kimura T; Shiga H; Kudo H; Minegishi N; Kawai Y; Tokunaga K; Nagasaki M; Kinouchi Y; Suzuki Y; Masamune A; MENDEL study group
        Journal of gastroenterology, 2019年11月, 査読有り
      • High-resolution melt analysis enables simple genotyping of complicated polymorphisms of codon 18 rendering the NUDT15 diplotype.
        Kakuta Y; Izumiyama Y; Okamoto D; Nakano T; Ichikawa R; Naito T; Moroi R; Kuroha M; Kanazawa Y; Kimura T; Shiga H; Kudo H; Minegishi N; Kawai Y; Tokunaga K; Nagasaki M; Kinouchi Y; Suzuki Y; Masasmune A; MENDEL study group
        Journal of gastroenterology, 2019年10月, 査読有り
      • Genome-wide association meta-analysis and Mendelian randomization analysis confirm the influence of ALDH2 on sleep durationin the Japanese population.
        Takeshi Nishiyama; Masahiro Nakatochi; Atsushi Goto; Motoki Iwasaki; Tsuyoshi Hachiya; Yoichi Sutoh; Atsushi Shimizu; Chaochen Wang; Hideo Tanaka; Miki Watanabe; Akihiro Hosono; Yuya Tamai; Tamaki Yamada; Taiki Yamaji; Norie Sawada; Kentaro Fukumoto; Kotaro Otsuka; Kozo Tanno; Hiroaki Tomita; Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Atsushi Hozawa; Asahi Hishida; Tae Sasakabe; Yuichiro Nishida; Megumi Hara; Hidemi Ito; Isao Oze; Yohko Nakamura; Haruo Mikami; Rie Ibusuki; Toshiro Takezaki; Teruhide Koyama; Nagato Kuriyama; Kaori Endoh; Kiyonori Kuriki; Tanvir C Turin; Takashima Naoyuki; Sakurako Katsuura-Kamano; Hirokazu Uemura; Rieko Okada; Sayo Kawai; Mariko Naito; Yukihide Momozawa; Michiaki Kubo; Makoto Sasaki; Masayuki Yamamoto; Shoichiro Tsugane; Kenji Wakai; Sadao Suzuki
        Sleep, 2019年06月11日, 査読有り
      • A 12-kb structural variation in progressive myoclonic epilepsy was newly identified by long-read whole-genome sequencing.
        Takeshi Mizuguchi; Takeshi Suzuki; Chihiro Abe; Ayako Umemura; Katsushi Tokunaga; Yosuke Kawai; Minoru Nakamura; Masao Nagasaki; Kengo Kinoshita; Yasunobu Okamura; Satoko Miyatake; Noriko Miyake; Naomichi Matsumoto
        Journal of human genetics, 2019年05月, 査読有り
      • A Genome-wide Association Study Identifying RAP1A as a Novel Susceptibility Gene for Crohn's Disease in Japanese Individuals.
        Yoichi Kakuta; Yosuke Kawai; Takeo Naito; Atsushi Hirano; Junji Umeno; Yuta Fuyuno; Zhenqiu Liu; Dalin Li; Takeru Nakano; Yasuhiro Izumiyama; Ryo Ichikawa; Daisuke Okamoto; Hiroshi Nagai; Shin Matsumoto; Katsutoshi Yamamoto; Naonobu Yokoyama; Hirofumi Chiba; Yusuke Shimoyama; Motoyuki Onodera; Rintaro Moroi; Masatake Kuroha; Yoshitake Kanazawa; Tomoya Kimura; Hisashi Shiga; Katsuya Endo; Kenichi Negoro; Jun Yasuda; Motohiro Esaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura; Takayuki Matsumoto; Dermot P B McGovern; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Tooru Shimosegawa; Atsushi Masamune
        Journal of Crohn's & colitis, 2019年04月26日, 査読有り
      • Construction of full-length Japanese reference panel of class I HLA genes with single-molecule, real-time sequencing
        Takahiro Mimori; Jun Yasuda; Yoko Kuroki; Tomoko F. Shibata; Fumiki Katsuoka; Sakae Saito; Naoki Nariai; Akira Ono; Naomi Nakai-Inagaki; Kazuharu Misawa; Keiko Tateno; Yosuke Kawai; Nobuo Fuse; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Junichi Sugawara; Naoko Minegishi; Kichiya Suzuki; Kengo Kinoshita; Masao Nagasaki; Masayuki Yamamoto
        The Pharmacogenomics Journal, 2019年04月19日, 査読有り
      • Estimating carrier frequencies of newborn screening disorders using a whole-genome reference panel of 3552 Japanese individuals.
        Yamaguchi-Kabata Y; Yasuda J; Uruno A; Shimokawa K; Koshiba S; Suzuki Y; Fuse N; Kawame H; Tadaka S; Nagasaki M; Kojima K; Katsuoka F; Kumada K; Tanabe O; Tamiya G; Yaegashi N; Kinoshita K; Yamamoto M; Kure S; Tohoku Medical Megabank Project; Study Group
        Human genetics, 2019年03月, 査読有り
      • Genome analyses for the Tohoku Medical Megabank Project towards establishment of personalized healthcare.
        Jun Yasuda; Kengo Kinoshita; Fumiki Katsuoka; Inaho Danjoh; Mika Sakurai-Yageta; Ikuko N Motoike; Yoko Kuroki; Sakae Saito; Kaname Kojima; Matsuyuki Shirota; Daisuke Saigusa; Akihito Otsuki; Junko Kawashima; Yumi Yamaguchi-Kabata; Shu Tadaka; Yuichi Aoki; Takahiro Mimori; Kazuki Kumada; Jin Inoue; Satoshi Makino; Miho Kuriki; Nobuo Fuse; Seizo Koshiba; Osamu Tanabe; Masao Nagasaki; Gen Tamiya; Ritsuko Shimizu; Takako Takai-Igarashi; Soichi Ogishima; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Junichi Sugawara; Akito Tsuboi; Hideyasu Kiyomoto; Tadashi Ishii; Hiroaki Tomita; Naoko Minegishi; Yoichi Suzuki; Kichiya Suzuki; Hiroshi Kawame; Hiroshi Tanaka; Yasuyuki Taki; Nobuo Yaegashi; Shigeo Kure; Fuji Nagami; Kenjiro Kosaki; Yoichi Sutoh; Tsuyoshi Hachiya; Atsushi Shimizu; Makoto Sasaki; Masayuki Yamamoto
        Journal of biochemistry, 2019年02月01日, 査読有り
      • Maternity Log study: a longitudinal lifelog monitoring and multiomics analysis for the early prediction of complicated pregnancy.
        Sugawara J; Ochi D; Yamashita R; Yamauchi T; Saigusa D; Wagata M; Obara T; Ishikuro M; Tsunemoto Y; Harada Y; Shibata T; Mimori T; Kawashima J; Katsuoka F; Igarashi-Takai T; Ogishima S; Metoki H; Hashizume H; Fuse N; Minegishi N; Koshiba S; Tanabe O; Kuriyama S; Kinoshita K; Kure S; Yaegashi N; Yamamoto M; Hiyama S; Nagasaki M
        BMJ open, 2019年02月, 査読有り
      • HLA-VBSeq v2: improved HLA calling accuracy with full-length Japanese class-I panel.
        Wang YY; Mimori T; Khor SS; Gervais O; Kawai Y; Hitomi Y; Tokunaga K; Nagasaki M
        Human genome variation, 2019年, 査読有り
      • NFKB1 and MANBA Confer Disease Susceptibility to Primary Biliary Cholangitis via Independent Putative Primary Functional Variants
        Hitomi Yuki; Nakatani Ken; Kojima Kaname; Nishida Nao; Kawai Yosuke; Kawashima Minae; Aiba Yoshihiro; Nagasaki Masao; Nakamura Minoru; Tokunaga Katsushi
        CELLULAR AND MOLECULAR GASTROENTEROLOGY AND HEPATOLOGY, 2019年, 査読有り
      • Susceptibility Loci for Tanning Ability in the Japanese Population Identified by a Genome-Wide Association Study from the Tohoku Medical Megabank Project Cohort Study.
        Shido K; Kojima K; Yamasaki K; Hozawa A; Tamiya G; Ogishima S; Minegishi N; Kawai Y; Tanno K; Suzuki Y; Nagasaki M; Aiba S
        The Journal of investigative dermatology, 2019年01月, 査読有り
      • Correction: Allele-specific DNA methylation of disease susceptibility genes in Japanese patients with inflammatory bowel disease.
        Chiba H; Kakuta Y; Kinouchi Y; Kawai Y; Watanabe K; Nagao M; Naito T; Onodera M; Moroi R; Kuroha M; Kanazawa Y; Kimura T; Shiga H; Endo K; Negoro K; Nagasaki M; Unno M; Shimosegawa T
        PloS one, 2019年, 査読有り
      • POGLUT1, the putative effector gene driven by rs2293370 in primary biliary cholangitis susceptibility locus chromosome 3q13.33.
        Hitomi Y; Ueno K; Kawai Y; Nishida N; Kojima K; Kawashima M; Aiba Y; Nakamura H; Kouno H; Kouno H; Ohta H; Sugi K; Nikami T; Yamashita T; Katsushima S; Komeda T; Ario K; Naganuma A; Shimada M; Hirashima N; Yoshizawa K; Makita F; Furuta K; Kikuchi M; Naeshiro N; Takahashi H; Mano Y; Yamashita H; Matsushita K; Tsunematsu S; Yabuuchi I; Nishimura H; Shimada Y; Yamauchi K; Komatsu T; Sugimoto R; Sakai H; Mita E; Koda M; Nakamura Y; Kamitsukasa H; Sato T; Nakamuta M; Masaki N; Takikawa H; Tanaka A; Ohira H; Zeniya M; Abe M; Kaneko S; Honda M; Arai K; Arinaga-Hino T; Hashimoto E; Taniai M; Umemura T; Joshita S; Nakao K; Ichikawa T; Shibata H; Takaki A; Yamagiwa S; Seike M; Sakisaka S; Takeyama Y; Harada M; Senju M; Yokosuka O; Kanda T; Ueno Y; Ebinuma H; Himoto T; Murata K; Shimoda S; Nagaoka S; Abiru S; Komori A; Migita K; Ito M; Yatsuhashi H; Maehara Y; Uemoto S; Kokudo N; Nagasaki M; Tokunaga K; Nakamura M
        Scientific reports, 2019年01月, 査読有り
      • 3.5KJPNv2: an allele frequency panel of 3552 Japanese individuals including the X chromosome.
        Shu Tadaka; Fumiki Katsuoka; Masao Ueki; Kaname Kojima; Satoshi Makino; Sakae Saito; Akihito Otsuki; Chinatsu Gocho; Mika Sakurai-Yageta; Inaho Danjoh; Ikuko N Motoike; Yumi Yamaguchi-Kabata; Matsuyuki Shirota; Seizo Koshiba; Masao Nagasaki; Naoko Minegishi; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Atsushi Shimizu; Jun Yasuda; Nobuo Fuse; Gen Tamiya; Masayuki Yamamoto; Kengo Kinoshita
        Human genome variation, 2019年, 査読有り
      • Time-Series Filtering for Replicated Observations via a Kernel Approximate Bayesian Computation
        Takanori Hasegawa; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki
        IEEE Transactions on Signal Processing, 2018年10月, 査読有り
      • Identification of a two-SNP PLA2R1 Haplotype and HLA-DRB1 Alleles as Primary Risk Associations in Idiopathic Membranous Nephropathy.
        Latt KZ; Honda K; Thiri M; Hitomi Y; Omae Y; Sawai H; Kawai Y; Teraguchi S; Ueno K; Nagasaki M; Mabuchi A; Kaga H; Komatsuda A; Tokunaga K; Noiri E
        Scientific reports, 2018年10月, 査読有り
      • NUDT15 codon 139 is the best pharmacogenetic marker for predicting thiopurine-induced severe adverse events in Japanese patients with inflammatory bowel disease: a multicenter study.
        Yoichi Kakuta; Yosuke Kawai; Daisuke Okamoto; Tetsuya Takagawa; Kentaro Ikeya; Hirotake Sakuraba; Atsushi Nishida; Shoko Nakagawa; Miki Miura; Takahiko Toyonaga; Kei Onodera; Masaru Shinozaki; Yoh Ishiguro; Shinta Mizuno; Masahiro Takahara; Shunichi Yanai; Ryota Hokari; Tomoo Nakagawa; Hiroshi Araki; Satoshi Motoya; Takeo Naito; Rintaro Moroi; Hisashi Shiga; Katsuya Endo; Taku Kobayashi; Makoto Naganuma; Sakiko Hiraoka; Takayuki Matsumoto; Shiro Nakamura; Hiroshi Nakase; Tadakazu Hisamatsu; Makoto Sasaki; Hiroyuki Hanai; Akira Andoh; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Tooru Shimosegawa; Atsushi Masamune; Yasuo Suzuki
        Journal of gastroenterology, 2018年09月, 査読有り
      • Functional characterization of 40 CYP2B6 allelic variants by assessing efavirenz 8-hydroxylation.
        Watanabe T; Saito T; Rico EMG; Hishinuma E; Kumondai M; Maekawa M; Oda A; Saigusa D; Saito S; Yasuda J; Nagasaki M; Minegishi N; Yamamoto M; Yamaguchi H; Mano N; Hirasawa N; Hiratsuka M
        Biochemical pharmacology, 2018年09月, 査読有り
      • 全ゲノムシークエンス解析を用いた感冒薬関連重症薬疹(CM-SJS/TEN)発症に関わる遺伝要因の網羅的探索
        人見 祐基; Khor Seik-Soon; 上田 真由美; 河合 洋介; 外園 千恵; 木下 茂; 長崎 正朗; 徳永 勝士
        MHC: Major Histocompatibility Complex, 2018年09月
      • Functional Characterization of 21 Allelic Variants of Dihydropyrimidine Dehydrogenase Identified in 1070 Japanese Individuals.
        Hishinuma E; Narita Y; Saito S; Maekawa M; Akai F; Nakanishi Y; Yasuda J; Nagasaki M; Yamamoto M; Yamaguchi H; Mano N; Hirasawa N; Hiratsuka M
        Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals, 2018年08月, 査読有り
      • Strong Association of the HLA-DR/DQ Locus with Childhood Steroid-Sensitive Nephrotic Syndrome in the Japanese Population.
        Xiaoyuan Jia; Tomoko Horinouchi; Yuki Hitomi; Akemi Shono; Seik-Soon Khor; Yosuke Omae; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki; Yoshitsugu Kaku; Takayuki Okamoto; Yoko Ohwada; Kazuhide Ohta; Yusuke Okuda; Rika Fujimaru; Ken Hatae; Naonori Kumagai; Emi Sawanobori; Hitoshi Nakazato; Yasufumi Ohtsuka; Koichi Nakanishi; Yuko Shima; Ryojiro Tanaka; Akira Ashida; Koichi Kamei; Kenji Ishikura; Kandai Nozu; Katsushi Tokunaga; Kazumoto Iijima
        Journal of the American Society of Nephrology : JASN, 2018年08月, 査読有り
      • Development and application of a rapid and sensitive genotyping method for pharmacogene variants using the single-stranded tag hybridization chromatographic printed-array strip (STH-PAS).
        Kumondai M; Ito A; Hishinuma E; Kikuchi A; Saito T; Takahashi M; Tsukada C; Saito S; Yasuda J; Nagasaki M; Minegishi N; Yamamoto M; Kaneko A; Teramoto I; Kimura M; Hirasawa N; Hiratsuka M
        Drug metabolism and pharmacokinetics, 2018年08月, 査読有り
      • Regional genetic differences among Japanese populations and performance of genotype imputation using whole-genome reference panel of the Tohoku Medical Megabank Project.
        Jun Yasuda; Fumiki Katsuoka; Inaho Danjoh; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Sakae Saito; Yumi Yamaguchi-Kabata; Shu Tadaka; Ikuko N Motoike; Kazuki Kumada; Mika Sakurai-Yageta; Osamu Tanabe; Nobuo Fuse; Gen Tamiya; Koichiro Higasa; Fumihiko Matsuda; Nobufumi Yasuda; Motoki Iwasaki; Makoto Sasaki; Atsushi Shimizu; Kengo Kinoshita; Masayuki Yamamoto
        BMC genomics, 2018年07月24日, 査読有り
      • Analysis of Müller glia specific genes and their histone modification using Hes1-promoter driven EGFP expressing mouse.
        Ueno K; Iwagawa T; Ochiai G; Koso H; Nakauchi H; Nagasaki M; Suzuki Y; Watanabe S
        Scientific reports, 2018年06月07日, 査読有り
      • Omics research project on prospective cohort studies from the Tohoku Medical Megabank Project.
        Seizo Koshiba; Ikuko Motoike; Daisuke Saigusa; Jin Inoue; Matsuyuki Shirota; Yasutake Katoh; Fumiki Katsuoka; Inaho Danjoh; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Naoko Minegishi; Masao Nagasaki; Takako Takai-Igarashi; Soichi Ogishima; Nobuo Fuse; Shigeo Kure; Gen Tamiya; Osamu Tanabe; Jun Yasuda; Kengo Kinoshita; Masayuki Yamamoto
        Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 2018年06月, 査読有り
      • 網羅的全ゲノム解析法を駆使した感冒薬関連重症薬疹における疾患感受性遺伝子の同定
        人見 祐基; 上田 真由美; 長崎 正朗; 徳永 勝士
        臨床薬理の進歩, 2018年06月
      • NELFCD and CTSZ loci are associated with jaundice-stage progression in primary biliary cholangitis in the Japanese population.
        Nao Nishida; Yoshihiro Aiba; Yuki Hitomi; Minae Kawashima; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Kazuko Ueno; Hitomi Nakamura; Noriyo Yamashiki; Tomohiro Tanaka; Sumito Tamura; Akira Mori; Shintaro Yagi; Yuji Soejima; Tomoharu Yoshizumi; Mitsuhisa Takatsuki; Atsushi Tanaka; Kenichi Harada; Shinji Shimoda; Atsumasa Komori; Susumu Eguchi; Yoshihiko Maehara; Shinji Uemoto; Norihiro Kokudo; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura
        Scientific reports, 2018年05月23日, 査読有り
      • Population-scale whole genome sequencing identifies 271 highly polymorphic short tandem repeats from Japanese population.
        Satoshi Hirata; Kaname Kojima; Kazuharu Misawa; Olivier Gervais; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki
        Heliyon, 2018年05月, 査読有り
      • Identification of somatic mutations in postmortem human brains by whole genome sequencing and their implications for psychiatric disorders.
        Masaki Nishioka; Miki Bundo; Junko Ueda; Fumiki Katsuoka; Yukuto Sato; Yoko Kuroki; Takao Ishii; Wataru Ukai; Shigeo Murayama; Eri Hashimoto; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Kiyoto Kasai; Tadafumi Kato; Kazuya Iwamoto
        Psychiatry and clinical neurosciences, 2018年04月, 査読有り
      • 日本人原発性胆汁性胆管炎の疾患感受性遺伝子POU2AF1、PRKCBの役割の検討
        相葉 佳洋; 原田 憲一; 伊東 正博; 人見 祐基; 植野 和子; 小森 敦正; 八橋 弘; 長崎 正朗; 徳永 勝士; 中村 稔
        肝臓, 2018年04月
      • Clinical and genetic risk factors for decreased bone mineral density in Japanese patients with inflammatory bowel disease.
        Naito T; Yokoyama N; Kakuta Y; Ueno K; Kawai Y; Onodera M; Moroi R; Kuroha M; Kanazawa Y; Kimura T; Shiga H; Endo K; Nagasaki M; Masamune A; Kinouchi Y; Shimosegawa T
        Journal of gastroenterology and hepatology, 2018年03月, 査読有り
      • Evaluation of reported pathogenic variants and their frequencies in a Japanese population based on a whole-genome reference panel of 2049 individuals.
        Yumi Yamaguchi-Kabata; Jun Yasuda; Osamu Tanabe; Yoichi Suzuki; Hiroshi Kawame; Nobuo Fuse; Masao Nagasaki; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Fumiki Katsuoka; Sakae Saito; Inaho Danjoh; Ikuko N Motoike; Riu Yamashita; Seizo Koshiba; Daisuke Saigusa; Gen Tamiya; Shigeo Kure; Nobuo Yaegashi; Yoshio Kawaguchi; Fuji Nagami; Shinichi Kuriyama; Junichi Sugawara; Naoko Minegishi; Atsushi Hozawa; Soichi Ogishima; Hideyasu Kiyomoto; Takako Takai-Igarashi; Kengo Kinoshita; Masayuki Yamamoto
        Journal of human genetics, 2018年02月, 査読有り
      • Identification of somatic genetic alterations in ovarian clear cell carcinoma with next generation sequencing
        Yusuke Shibuya; Hideki Tokunaga; Sakae Saito; Kazurou Shimokawa; Fumiki Katsuoka; Li Bin; Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Masayuki Yamamoto; Nobuo Yaegashi; Jun Yasuda
        GENES CHROMOSOMES & CANCER, 2018年02月, 査読有り
      • Allele-specific DNA methylation of disease susceptibility genes in Japanese patients with inflammatory bowel disease.
        Hirofumi Chiba; Yoichi Kakuta; Yoshitaka Kinouchi; Yosuke Kawai; Kazuhiro Watanabe; Munenori Nagao; Takeo Naito; Motoyuki Onodera; Rintaro Moroi; Masatake Kuroha; Yoshitake Kanazawa; Tomoya Kimura; Hisashi Shiga; Katsuya Endo; Kenichi Negoro; Masao Nagasaki; Michiaki Unno; Tooru Shimosegawa
        PloS one, 2018年, 査読有り
      • Genetic analysis of Japanese primary open-angle glaucoma patients and clinical characterization of risk alleles near CDKN2B-AS1, SIX6 and GAS7
        Yukihiro Shiga; Japan Glaucoma Society Omics Group (JGS-OG); Koji M. Nishiguchi; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Kota Sato; Kosuke Fujita; Mai Takahashi; Kazuko Omodaka; Makoto Araie; Kenji Kashiwagi; Makoto Aihara; Takeshi Iwata; Fumihiko Mabuchi; Mitsuko Takamoto; Mineo Ozaki; Kazuhide Kawase; Nobuo Fuse; Masayuki Yamamoto; Jun Yasuda; Masao Nagasaki; Toru Nakazawa
        PLoS ONE, 2017年12月01日, 査読有り
      • Security controls in an integrated Biobank to protect privacy in data sharing: rationale and study design
        Takako Takai-Igarashi; Kengo Kinoshita; Masao Nagasaki; Soichi Ogishima; Naoki Nakamura; Sachiko Nagase; Satoshi Nagaie; Tomo Saito; Fuji Nagami; Naoko Minegishi; Yoichi Suzuki; Kichiya Suzuki; Hiroaki Hashizume; Shinichi Kuriyama; Atsushi Hozawa; Nobuo Yaegashi; Shigeo Kure; Gen Tamiya; Yoshio Kawaguchi; Hiroshi Tanaka; Masayuki Yamamoto
        BMC MEDICAL INFORMATICS AND DECISION MAKING, 2017年07月, 査読有り
      • Analysis of Müller glia specific genes and their histone modification using Hes1-promoter driven EGFP expressing mouse.
        Ueno K; Iwagawa T; Ochiai G; Koso H; Nakauchi H; Nagasaki M; Suzuki Y; Watanabe S
        Scientific reports, 2017年06月, 査読有り
      • Identification of the functional variant driving ORMDL3 and GSDMB expression in human chromosome 17q12-21 in primary biliary cholangitis
        Yuki Hitomi; Kaname Kojima; Minae Kawashima; Yosuke Kawai; Nao Nishida; Yoshihiro Aiba; Michio Yasunami; Masao Nagasaki; Minoru Nakamura; Katsushi Tokunaga
        SCIENTIFIC REPORTS, 2017年06月, 査読有り
      • A Histologic Categorization of Aqueous Outflow Routes in Familial Open-Angle Glaucoma and Associations With Mutations in the MYOC Gene in Japanese Patients
        Teruhiko Hamanaka; Masae Kimura; Tetsuro Sakurai; Nobuo Ishida; Jun Yasuda; Masao Nagasaki; Naoki Nariai; Atsushi Endo; Kei Homma; Fumiki Katsuoka; Yoichi Matsubara; Masayuki Yamamoto; Nobuo Fuse
        INVESTIGATIVE OPHTHALMOLOGY & VISUAL SCIENCE, 2017年05月, 査読有り
      • Genome-Wide Association Study Identifies TLL1 Variant Associated With Development of Hepatocellular Carcinoma After Eradication of Hepatitis C Virus Infection
        Kentaro Matsuura; Hiromi Sawai; Kazuho Ikeo; Shintaro Ogawa; Etsuko Iio; Masanori Isogawa; Noritomo Shimada; Atsumasa Komori; Hidenori Toyoda; Takashi Kumada; Tadashi Namisaki; Hitoshi Yoshiji; Naoya Sakamoto; Mina Nakagawa; Yasuhiro Asahina; Masayuki Kurosaki; Namiki Izumi; Nobuyuki Enomoto; Atsunori Kusakabe; Eiji Kajiwara; Yoshito Itoh; Tatsuya Ide; Akihiro Tamori; Misako Matsubara; Norifumi Kawada; Ken Shirabe; Eiichi Tomita; Masao Honda; Shuichi Kaneko; Sohji Nishina; Atsushi Suetsugu; Yoichi Hiasa; Hisayoshi Watanabe; Takuya Genda; Isao Sakaida; Shuhei Nishiguchi; Koichi Takaguchi; Eiji Tanaka; Junichi Sugihara; Mitsuo Shimada; Yasuteru Kondo; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Yasuhito Tanaka
        GASTROENTEROLOGY, 2017年05月, 査読有り
      • Genome-wide identification of inter-individually variable DNA methylation sites improves the efficacy of epigenetic association studies
        Tsuyoshi Hachiya; Ryohei Furukawa; Yuh Shiwa; Hideki Ohmomo; Kanako Ono; Fumiki Katsuoka; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Nobuo Fuse; Kengo Kinoshita; Masayuki Yamamoto; Kozo Tanno; Mamoru Satoh; Ryujin Endo; Makoto Sasaki; Kiyomi Sakata; Seiichiro Kobayashi; Kuniaki Ogasawara; Jiro Hitomi; Kenji Sobue; Atsushi Shimizu
        NPJ GENOMIC MEDICINE, 2017年04月, 査読有り
      • Genome-wide association study using the ethnicity-specific Japonica array: identification of new susceptibility loci for cold medicine-related Stevens-Johnson syndrome with severe ocular complications
        Mayumi Ueta; Hiromi Sawai; Ryosei Shingaki; Yusuke Kawai; Chie Sotozono; Kaname Kojima; Kyung-Chul Yoon; Mee Kum Kim; Kyoung Yul Seo; Choun-Ki Joo; Masao Nagasaki; Shigeru Kinoshita; Katsushi Tokunaga
        JOURNAL OF HUMAN GENETICS, 2017年04月, 査読有り
      • LRRK2 but not ATG16L1 is associated with Paneth cell defect in Japanese Crohn's disease patients.
        Liu TC; Naito T; Liu Z; VanDussen KL; Haritunians T; Li D; Endo K; Kawai Y; Nagasaki M; Kinouchi Y; McGovern DP; Shimosegawa T; Kakuta Y; Stappenbeck TS
        JCI insight, 2017年03月, 査読有り
      • Genome-wide association studies identify PRKCB as a novel genetic susceptibility locus for primary biliary cholangitis in the Japanese population
        Minae Kawashima; Yuki Hitomi; Yoshihiro Aiba; Nao Nishida; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Hitomi Nakamura; Atsushi Tanaka; Mikio Zeniya; Etsuko Hashimoto; Hiromasa Ohira; Kazuhide Yamamoto; Masanori Abe; Kazuhiko Nakao; Satoshi Yamagiwa; Shuichi Kaneko; Masao Honda; Takeji Umemura; Takafumi Ichida; Masataka Seike; Shotaro Sakisaka; Masaru Harada; Osamu Yokosuka; Yoshiyuki Ueno; Michio Senju; Tatsuo Kanda; Hidetaka Shibata; Takashi Himoto; Kazumoto Murata; Yasuhiro Miyake; Hirotoshi Ebinuma; Makiko Taniai; Satoru Joshita; Toshiki Nikami; Hajime Ota; Hiroshi Kouno; Hirotaka Kouno; Makoto Nakamuta; Nobuyoshi Fukushima; Motoyuki Kohjima; Tatsuji Komatsu; Toshiki Komeda; Yukio Ohara; Toyokichi Muro; Tsutomu Yamashita; Kaname Yoshizawa; Yoko Nakamura; Masaaki Shimada; Noboru Hirashima; Kazuhiro Sugi; Keisuke Ario; Eiichi Takesaki; Atsushi Naganuma; Hiroshi Mano; Haruhiro Yamashita; Kouki Matsushita; Kazuhiko Yamauchi; Fujio Makita; Hideo Nishimura; Kiyoshi Furuta; Naohiro Takahashi; Masahiro Kikuchi; Naohiko Masaki; Tomohiro Tanaka; Sumito Tamura; Akira Mori; Shintaro Yagi; Ken Shirabe; Atsumasa Komori; Kiyoshi Migita; Masahiro Ito; Shinya Nagaoka; Seigo Abiru; Hiroshi Yatsuhashi; Michio Yasunami; Shinji Shimoda; Kenichi Harada; Hiroto Egawa; Yoshihiko Maehara; Shinji Uemoto; Norihiro Kokudo; Hajime Takikawa; Hiromi Ishibashi; Kazuaki Chayama; Masashi Mizokami; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura
        HUMAN MOLECULAR GENETICS, 2017年02月, 査読有り
      • Monitoring of minimal residual disease in early T-cell precursor acute lymphoblastic leukaemia by next-generation sequencing
        Xiaoqing Pan; Naoki Nariai; Noriko Fukuhara; Sakae Saito; Yukuto Sato; Fumiki Katsuoka; Kaname Kojima; Yoko Kuroki; Inaho Danjoh; Rumiko Saito; Shin Hasegawa; Yoko Okitsu; Aiko Kondo; Yasushi Onishi; Fuji Nagami; Hideyasu Kiyomoto; Atsushi Hozawa; Nobuo Fuse; Masao Nagasaki; Ritsuko Shimizu; Jun Yasuda; Hideo Harigae; Masayuki Yamamoto
        BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY, 2017年01月, 査読有り
      • STR-realigner: a realignment method for short tandem repeat regions.
        Kojima K; Kawai Y; Misawa K; Mimori T; Nagasaki M
        BMC genomics, 2016年12月, 査読有り
      • Conditional Rod Photoreceptor Ablation Reveals Sall1 as a Microglial Marker and Regulator of Microglial Morphology in the Retina
        Hideto Koso; Asano Tsuhako; Chen-Yi Lai; Yukihiro Baba; Makoto Otsu; Kazuko Ueno; Masao Nagasaki; Yutaka Suzuki; Sumiko Watanabe
        GLIA, 2016年11月, 査読有り
      • Variants in the UBR1 gene are not associated with chronic pancreatitis in Japan
        Atsushi Masamune; Eriko Nakano; Tetsuya Niihori; Shin Hamada; Masao Nagasaki; Yoko Aoki; Tooru Shimosegawa
        PANCREATOLOGY, 2016年09月, 査読有り
      • The Tohoku Medical Megabank Project: Design and Mission
        Shinichi Kuriyama; Nobuo Yaegashi; Fuji Nagami; Tomohiko Arai; Yoshio Kawaguchi; Noriko Osumi; Masaki Sakaida; Yoichi Suzuki; Keiko Nakayama; Hiroaki Hashizume; Gen Tamiya; Hiroshi Kawame; Kichiya Suzuki; Atsushi Hozawa; Naoki Nakaya; Masahiro Kikuya; Hirohito Metoki; Ichiro Tsuji; Nobuo Fuse; Hideyasu Kiyomoto; Junichi Sugawara; Akito Tsuboi; Shinichi Egawa; Kiyoshi Ito; Koichi Chida; Tadashi Ishii; Hiroaki Tomita; Yasuyuki Taki; Naoko Minegishi; Naoto Ishii; Jun Yasuda; Kazuhiko Igarashi; Ritsuko Shimizu; Masao Nagasaki; Seizo Koshiba; Kengo Kinoshita; Soichi Ogishima; Takako Takai-Igarashi; Teiji Tominaga; Osamu Tanabe; Noriaki Ohuchi; Toru Shimosegawa; Shigeo Kure; Hiroshi Tanaka; Sadayoshi Ito; Jiro Hitomi; Kozo Tanno; Motoyuki Nakamura; Kuniaki Ogasawara; Seiichiro Kobayashi; Kiyomi Sakata; Mamoru Satoh; Atsushi Shimizu; Makoto Sasaki; Ryujin Endo; Kenji Sobue; Masayuki Yamamoto
        JOURNAL OF EPIDEMIOLOGY, 2016年09月, 査読有り
      • Short tandem repeat number estimation from paired-end reads for multiple individuals by considering coalescent tree
        Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Naoki Nariai; Takahiro Mimori; Takanori Hasegawa; Masao Nagasaki
        BMC GENOMICS, 2016年08月, 査読有り
      • The structural origin of metabolic quantitative diversity
        Seizo Koshiba; Ikuko Motoike; Kaname Kojima; Takanori Hasegawa; Matsuyuki Shirota; Tomo Saito; Daisuke Saigusa; Inaho Danjoh; Fumiki Katsuoka; Soichi Ogishima; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Miyuki Sakurai; Sachiko Hirano; Junichi Nakata; Hozumi Motohashi; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Naoko Minegishi; Masao Nagasaki; Takako Takai-Igarashi; Nobuo Fuse; Hideyasu Kiyomoto; Junichi Sugawara; Yoichi Suzuki; Shigeo Kure; Nobuo Yaegashi; Osamu Tanabe; Kengo Kinoshita; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto
        SCIENTIFIC REPORTS, 2016年08月, 査読有り
      • Fine-mapping analysis revealed complex pleiotropic effect and tissue-specific regulatory mechanism of TNFSF15 in primary biliary cholangitis, Crohn's disease and leprosy
        Yonghu Sun; Astrid Irwanto; Licht Toyo-oka; Myunghee Hong; Hong Liu; Anand Kumar Andiappan; Hyunchul Choi; Yuki Hitomi; Gongqi Yu; Yongxiang Yu; Fangfang Bao; Chuan Wang; Xian Fu; Zhenhua Yue; Honglei Wang; Huimin Zhang; Minae Kawashima; Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Minoru Nakamura; Suk-Kyun Yang; Byong Duk Ye; Yosua Denise; Olaf Rotzschke; Kyuyoung Song; Katsushi Tokunaga; Furen Zhang; Jianjun Liu
        SCIENTIFIC REPORTS, 2016年08月, 査読有り
      • Transition of differential histone H3 methylation in photoreceptors and other retinal cells during retinal differentiation
        Kazuko Ueno; Toshiro Iwagawa; Hiroshi Kuribayashi; Yukihiro Baba; Hiromitsu Nakauchi; Akira Murakami; Masao Nagasaki; Yutaka Suzuki; Sumiko Watanabe
        SCIENTIFIC REPORTS, 2016年07月, 査読有り
      • Comparison of Boiling and Robotics Automation Method in DNA Extraction for Metagenomic Sequencing of Human Oral Microbes
        Junya Yamagishi; Yukuto Sato; Natsuko Shinozaki; Bin Ye; Akito Tsuboi; Masao Nagasaki; Riu Yamashita
        PLOS ONE, 2016年04月, 査読有り
      • AP-SKAT: highly-efficient genome-wide rare variant association test.
        Hasegawa T; Kojima K; Kawai Y; Misawa K; Mimori T; Nagasaki M
        BMC genomics, 2016年, 査読有り
      • Construction of 1070 whole-genome Japanese reference panel and bioinformatics
        Masao Nagasaki; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Takahiro Mimori; Yumi Yamaugchi-Kabata
        Seikagaku, 2016年, 査読有り
      • A Bayesian approach for estimating allele-specific expression from RNA-Seq data with diploid genomes
        Naoki Nariai; Kaname Kojima; Takahiro Mimori; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki
        BMC GENOMICS, 2016年, 査読有り
      • A Comprehensive Genomic Analysis Reveals the Genetic Landscape of Mitochondrial Respiratory Chain Complex Deficiencies
        Masakazu Kohda; Yoshimi Tokuzawa; Yoshihito Kishita; Hiromi Nyuzuki; Yohsuke Moriyama; Yosuke Mizuno; Tomoko Hirata; Yukiko Yatsuka; Yzumi Yamashita-Sugahara; Yutaka Nakachi; Hidemasa Kato; Akihiko Okuda; Shunsuke Tamaru; Nurun Nahar Borna; Kengo Banshoya; Toshiro Aigaki; Yukiko Sato-Miyata; Kohei Ohnuma; Tsutomu Suzuki; Asuteka Nagao; Hazuki Maehata; Fumihiko Matsuda; Koichiro Higasa; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto; Takuya Fushimi; Masaru Shimura; Keiko Kaiho-Ichimoto; Hiroko Harashima; Taro Yamazaki; Masato Mori; Kei Murayama; Akira Ohtake; Yasushi Okazaki
        PLoS Genetics, 2016年, 査読有り
      • ビッグデータから読み解く生命現象 1070人の日本人全ゲノムリファレンスパネルの情報解析
        長崎正朗; 河合洋介; 小島要; 三森隆広; 山口由美
        生化学, 2016年
      • Japonica array: improved genotype imputation by designing a population-specific SNP array with 1070 Japanese individuals
        Yosuke Kawai; Takahiro Mimori; Kaname Kojima; Naoki Nariai; Inaho Danjoh; Rumiko Saito; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto; Masao Nagasaki
        JOURNAL OF HUMAN GENETICS, 2015年10月, 査読有り
      • Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals
        Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Fumiki Katsuoka; Naoki Nariai; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Junji Yokozawa; Inaho Danjoh; Sakae Saito; Yukuto Sato; Takahiro Mimori; Kaoru Tsuda; Rumiko Saito; Xiaoqing Pan; Satoshi Nishikawa; Shin Ito; Yoko Kuroki; Osamu Tanabe; Nobuo Fuse; Shinichi Kuriyama; Hideyasu Kiyomoto; Atsushi Hozawa; Naoko Minegishi; James Douglas Engel; Kengo Kinoshita; Shigeo Kure; Nobuo Yaegashi; Masayuki Yamamoto
        NATURE COMMUNICATIONS, 2015年08月, 査読有り
      • Somatic alteration and depleted nuclear expression of BAP1 in human esophageal squamous cell carcinomas
        Takahiro Mori; Makiko Sumii; Fumiyoshi Fujishima; Kazuko Ueno; Masao Nagasaki; Chikashi Ishioka; Natsuko Chiba
        CANCER RESEARCH, 2015年08月, 査読有り
      • Inter-Individual Differences in the Oral Bacteriome Are Greater than Intra-Day Fluctuations in Individuals
        Yukuto Sato; Junya Yamagishi; Riu Yamashita; Natsuko Shinozaki; Bin Ye; Takuji Yamada; Masayuki Yamamoto; Masao Nagasaki; Akito Tsuboi
        PLOS ONE, 2015年06月, 査読有り
      • HLA-VBSeq: accurate HLA typing at full resolution from whole-genome sequencing data
        Naoki Nariai; Kaname Kojima; Sakae Saito; Takahiro Mimori; Yukuto Sato; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Jun Yasuda; Masao Nagasaki
        BMC GENOMICS, 2015年01月, 査読有り
      • Estimating copy numbers of alleles from population-scale high-throughput sequencing data
        Takahiro Mimori; Naoki Nariai; Kaname Kojima; Yukuto Sato; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Masao Nagasaki
        BMC BIOINFORMATICS, 2015年01月, 査読有り
      • iJGVD: an integrative Japanese genome variation database based on whole-genome sequencing.
        Yamaguchi-Kabata Y; Nariai N; Kawai Y; Sato Y; Kojima K; Tateno M; Katsuoka F; Yasuda J; Yamamoto M; Nagasaki M
        Human genome variation, 2015年, 査読有り
      • Short tandem repeat number estimation from paired-end sequence reads by considering unobserved genealogy of multiple individuals
        Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Naoki Nariai; Takahiro Mimori; Takanori Hasegawa; Masao Nagasaki
        Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2015年, 査読有り
      • TIGAR2: sensitive and accurate estimation of transcript isoform expression with longer RNA-Seq reads
        Naoki Nariai; Kaname Kojima; Takahiro Mimori; Yukuto Sato; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Masao Nagasaki
        BMC GENOMICS, 2014年12月, 査読有り
      • An efficient quantitation method of next-generation sequencing libraries by using MiSeq sequencer
        Fumiki Katsuoka; Junji Yokozawa; Kaoru Tsuda; Shin Ito; Xiaoqing Pan; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto
        ANALYTICAL BIOCHEMISTRY, 2014年12月, 査読有り
      • 胎生期ストレスが胎児のエピゲノム変化および精神行動に及ぼす影響の特定
        兪 志前; 舟山 亮; 植野 和子; 成相 直樹; 小島 要; 小野 千晶; 笠原 好之; 長崎 正朗; 中山 啓子; 富田 博秋
        日本臨床精神神経薬理学会・日本神経精神薬理学会合同年会プログラム・抄録集, 2014年11月, 査読有り
      • Identification of acquired mutations by whole-genome sequencing in GATA-2 deficiency evolving into myelodysplasia and acute leukemia
        Tohru Fujiwara; Noriko Fukuhara; Ryo Funayama; Naoki Nariai; Mayumi Kamata; Takeshi Nagashima; Kaname Kojima; Yasushi Onishi; Yoji Sasahara; Kenichi Ishizawa; Masao Nagasaki; Keiko Nakayama; Hideo Harigae
        ANNALS OF HEMATOLOGY, 2014年09月, 査読有り
      • Inference of Gene Regulatory Networks Incorporating Multi-Source Biological Knowledge via a State Space Model with L1 Regularization
        Takanori Hasegawa; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Satoru Miyano; Seiya Imoto
        PLOS ONE, 2014年08月, 査読有り
      • Validation of multiple single nucleotide variation calls by additional exome analysis with a semiconductor sequencer to supplement data of whole-genome sequencing of a human population
        Ikuko N. Motoike; Mitsuyo Matsumoto; Inaho Danjoh; Fumiki Katsuoka; Kaname Kojima; Naoki Nariai; Yukuto Sato; Yumi Yamaguchi-Kabata; Shin Ito; Hisaaki Kudo; Ichiko Nishijima; Satoshi Nishikawa; Xiaoqing Pan; Rumiko Saito; Sakae Saito; Tomo Saito; Matsuyuki Shirota; Kaoru Tsuda; Junji Yokozawa; Kazuhiko Igarashi; Naoko Minegishi; Osamu Tanabe; Nobuo Fuse; Masao Nagasaki; Kengo Kinoshita; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto
        BMC GENOMICS, 2014年08月, 査読有り
      • SUGAR: graphical user interface-based data refiner for high-throughput DNA sequencing
        Yukuto Sato; Kaname Kojima; Naoki Nariai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Yosuke Kawai; Mamoru Takahashi; Takahiro Mimori; Masao Nagasaki
        BMC GENOMICS, 2014年08月, 査読有り
      • An efficient method of exploring simulation models by assimilating literature and biological observational data
        Takanori Hasegawa; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Seiya Imoto; Satoru Miyano
        BIOSYSTEMS, 2014年07月, 査読有り
      • CSML2SBML: A novel tool for converting quantitative biological pathway models from CSML into SBML
        Chen Li; Masao Nagasaki; Emi Ikeda; Yayoi Sekiya; Satoru Miyano
        BIOSYSTEMS, 2014年07月, 査読有り
      • SVEM: A Structural Variant Estimation Method Using Multi-mapped Reads on Breakpoints
        Tomohiko Ohtsuki; Naoki Nariai; Kaname Kojima; Takahiro Mimori; Yukuto Sato; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Testuo Shibuya; Masao Nagasaki
        ALGORITHMS FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2014年, 査読有り
      • HapMonster: A Statistically Unified Approach for Variant Calling and Haplotyping Based on Phase-Informative Reads
        Kaname Kojima; Naoki Nariai; Takahiro Mimori; Yumi Yamaguchi-Kabata; Yukuto Sato; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki
        ALGORITHMS FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2014年, 査読有り
      • iSVP: an integrated structural variant calling pipeline from high-throughput sequencing data
        Takahiro Mimori; Naoki Nariai; Kaname Kojima; Mamoru Takahashi; Akira Ono; Yukuto Sato; Yumi Yamaguchi-Kabata; Masao Nagasaki
        BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2013年12月, 査読有り
      • A statistical variant calling approach from pedigree information and local haplotyping with phase informative reads
        Kaname Kojima; Naoki Nariai; Takahiro Mimori; Mamoru Takahashi; Yumi Yamaguchi-Kabata; Yukuto Sato; Masao Nagasaki
        BIOINFORMATICS, 2013年11月, 査読有り
      • Recurrent mutations in multiple components of the cohesin complex in myeloid neoplasms.
        Ayana Kon; Lee-Yung Shih; Masashi Minamino; Masashi Sanada; Yuichi Shiraishi; Yasunobu Nagata; Kenichi Yoshida; Yusuke Okuno; Masashige Bando; Ryuichiro Nakato; Shumpei Ishikawa; Aiko Sato-Otsubo; Genta Nagae; Aiko Nishimoto; Claudia Haferlach; Daniel Nowak; Yusuke Sato; Tamara Alpermann; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Hiroko Tanaka; Kenichi Chiba; Ryo Yamamoto; Tomoyuki Yamaguchi; Makoto Otsu; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Tsuyoshi Nakamaki; Ken Ishiyama; Florian Nolte; Wolf-Karsten Hofmann; Shuichi Miyawaki; Shigeru Chiba; Hiraku Mori; Hiromitsu Nakauchi; H Phillip Koeffler; Hiroyuki Aburatani; Torsten Haferlach; Katsuhiko Shirahige; Satoru Miyano; Seishi Ogawa
        Nature genetics, 2013年10月, 査読有り
      • Profiling of MicroRNA in Human and Mouse ES and iPS Cells Reveals Overlapping but Distinct MicroRNA Expression Patterns
        Siti Razila Abdul Razak; Kazuko Ueno; Naoya Takayama; Naoki Nariai; Masao Nagasaki; Rika Saito; Hideto Koso; Chen-Yi Lai; Miyako Murakami; Koichiro Tsuji; Tatsuo Michiue; Hiromitsu Nakauchi; Makoto Otsu; Sumiko Watanabe
        PLOS ONE, 2013年09月, 査読有り
      • TIGAR: transcript isoform abundance estimation method with gapped alignment of RNA-Seq data by variational Bayesian inference
        Naoki Nariai; Osamu Hirose; Kaname Kojima; Masao Nagasaki
        BIOINFORMATICS, 2013年09月, 査読有り
      • Wnt3a stimulates maturation of impaired neutrophils developed from severe congenital neutropenia patient-derived pluripotent stem cells
        Takafumi Hiramoto; Yasuhiro Ebihara; Yoko Mizoguchi; Kazuhiro Nakamura; Kiyoshi Yamaguchi; Kazuko Ueno; Naoki Nariai; Shinji Mochizuki; Shohei Yamamoto; Masao Nagasaki; Yoichi Furukawa; Kenzaburo Tani; Hiromitsu Nakauchi; Masao Kobayashi; Kohichiro Tsuji
        PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2013年02月, 査読有り
      • XiP: a computational environment to create, extend and share workflows
        Masao Nagasaki; Andre Fujita; Yayoi Sekiya; Ayumu Saito; Emi Ikeda; Chen Li; Satoru Miyano
        BIOINFORMATICS, 2013年01月, 査読有り
      • ChopSticks: High-resolution analysis of homozygous deletions by exploiting concordant read pairs
        Tomohiro Yasuda; Shin Suzuki; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        BMC BIOINFORMATICS, 2012年10月, 査読有り
      • Transposon mutagenesis identifies genes that transform neural stem cells into glioma-initiating cells
        Hideto Koso; Haruna Takeda; Christopher Chin Kuan Yew; Jerrold M. Ward; Naoki Nariai; Kazuko Ueno; Masao Nagasaki; Sumiko Watanabe; Alistair G. Rust; David J. Adams; Neal G. Copeland; Nancy A. Jenkins
        PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2012年10月, 査読有り
      • Epidermal Growth Factor Receptor Tyrosine Kinase Defines Critical Prognostic Genes of Stage I Lung Adenocarcinoma
        Mai Yamauchi; Rui Yamaguchi; Asuka Nakata; Takashi Kohno; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Ayumu Saito; Kazuko Ueno; Yousuke Hatanaka; Ryo Yoshida; Tomoyuki Higuchi; Masaharu Nomura; David G. Beer; Jun Yokota; Satoru Miyano; Noriko Gotoh
        PLOS ONE, 2012年09月, 査読有り
      • A microarray analysis of gnotobiotic mice indicating that microbial exposure during the neonatal period plays an essential role in immune system development
        Masahiro Yamamoto; Rui Yamaguchi; Kaori Munakata; Kiyoe Takashima; Mitsue Nishiyama; Kyoji Hioki; Yasuyuki Ohnishi; Masao Nagasaki; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Atsushi Ishige; Kenji Watanabe
        BMC GENOMICS, 2012年07月, 査読有り
      • Whole-genome sequencing of liver cancers identifies etiological influences on mutation patterns and recurrent mutations in chromatin regulators
        Akihiro Fujimoto; Yasushi Totoki; Tetsuo Abe; Keith A. Boroevich; Fumie Hosoda; Ha Hai Nguyen; Masayuki Aoki; Naoya Hosono; Michiaki Kubo; Fuyuki Miya; Yasuhito Arai; Hiroyuki Takahashi; Takuya Shirakihara; Masao Nagasaki; Tetsuo Shibuya; Kaoru Nakano; Kumiko Watanabe-Makino; Hiroko Tanaka; Hiromi Nakamura; Jun Kusuda; Hidenori Ojima; Kazuaki Shimada; Takuji Okusaka; Masaki Ueno; Yoshinobu Shigekawa; Yoshiiku Kawakami; Koji Arihiro; Hideki Ohdan; Kunihito Gotoh; Osamu Ishikawa; Shun-ichi Ariizumi; Masakazu Yamamoto; Terumasa Yamada; Kazuaki Chayama; Tomoo Kosuge; Hiroki Yamaue; Naoyuki Kamatani; Satoru Miyano; Hitoshi Nakagama; Yusuke Nakamura; Tatsuhiko Tsunoda; Tatsuhiro Shibata; Hidewaki Nakagawa
        NATURE GENETICS, 2012年07月, 査読有り
      • Identifying Gene Pathways Associated with Cancer Characteristics via Sparse Statistical Methods
        Shuichi Kawano; Teppei Shimamura; Atsushi Niida; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Ryo Yoshida; Cristin Print; Satoru Miyano
        IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2012年07月, 査読有り
      • IRView: a database and viewer for protein interacting regions
        Shigeo Fujimori; Naoya Hirai; Kazuyo Masuoka; Tomohiro Oshikubo; Tatsuhiro Yamashita; Takanori Washio; Ayumu Saito; Masao Nagasaki; Satoru Miyano; Etsuko Miyamoto-Sato
        BIOINFORMATICS, 2012年07月, 査読有り
      • ClipCrop: a tool for detecting structural variations with single-base resolution using soft-clipping information
        Shin Suzuki; Tomohiro Yasuda; Yuichi Shiraishi; Satoru Miyano; Masao Nagasaki
        BMC BIOINFORMATICS, 2011年12月, 査読有り
      • High Performance Hybrid Functional Petri Net Simulations of Biological Pathway Models on CUDA
        Georgios Chalkidis; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2011年11月, 査読有り
      • Frequent pathway mutations of splicing machinery in myelodysplasia
        Kenichi Yoshida; Masashi Sanada; Yuichi Shiraishi; Daniel Nowak; Yasunobu Nagata; Ryo Yamamoto; Yusuke Sato; Aiko Sato-Otsubo; Ayana Kon; Masao Nagasaki; George Chalkidis; Yutaka Suzuki; Masashi Shiosaka; Ryoichiro Kawahata; Tomoyuki Yamaguchi; Makoto Otsu; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Ken Ishiyama; Hiraku Mori; Florian Nolte; Wolf-Karsten Hofmann; Shuichi Miyawaki; Sumio Sugano; Claudia Haferlach; H. Phillip Koeffler; Lee-Yung Shih; Torsten Haferlach; Shigeru Chiba; Hiromitsu Nakauchi; Satoru Miyano; Seishi Ogawa
        NATURE, 2011年10月, 査読有り
      • CSO validator: improving manual curation workflow for biological pathways
        Euna Jeong; Masao Nagasaki; Emi Ikeda; Yayoi Sekiya; Ayumu Saito; Satoru Miyano
        BIOINFORMATICS, 2011年09月, 査読有り
      • Hybrid Petri net based modeling for biological pathway simulation
        Hiroshi Matsuno; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        NATURAL COMPUTING, 2011年09月, 査読有り
      • A Novel Network Profiling Analysis Reveals System Changes in Epithelial-Mesenchymal Transition
        Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Yukako Shimada; Yasuyuki Hosono; Atsushi Niida; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Takashi Takahashi; Satoru Miyano
        PLOS ONE, 2011年06月, 査読有り
      • Systems biology model repository for macrophage pathway simulation
        Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Andre Fujita; Georg Tremmel; Kazuko Ueno; Emi Ikeda; Euna Jeong; Satoru Miyano
        BIOINFORMATICS, 2011年06月, 査読有り
      • Estimating Genome-Wide Gene Networks Using Nonparametric Bayesian Network Models on Massively Parallel Computers
        Y Tamada; S Imoto; H Araki; M Nagasaki; C Print; D S Charnock-Jones; S Miyano
        IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2011年05月, 査読有り
      • MIRACH: efficient model checker for quantitative biological pathway models
        Chuan Hock Koh; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Chen Li; Limsoon Wong; Satoru Miyano
        BIOINFORMATICS, 2011年03月, 査読有り
      • Ontology-based instance data validation for high-quality curated biological pathways
        Euna Jeong; Masao Nagasaki; Kazuko Ueno; Satoru Miyano
        BMC BIOINFORMATICS, 2011年02月, 査読有り
      • N-cadherin expression is a potential survival mechanism of gefitinib-resistant lung cancer cells
        Mai Yamauchi; Ikuyo Yoshino; Rui Yamaguchi; Teppei Shimamura; Masao Nagasaki; Seiya Imoto; Atsushi Niida; Fumiaki Koizumi; Takashi Kohno; Jun Yokota; Satoru Miyano; Noriko Gotoh
        AMERICAN JOURNAL OF CANCER RESEARCH, 2011年, 査読有り
      • Sign: large-scale gene network estimation environment for high performance computing.
        Tamada Y; Shimamura T; Yamaguchi R; Imoto S; Nagasaki M; Miyano S
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2011年, 査読有り
      • Modelling the Molecular Interactions in the Flower Developmental Network of Arabidopsis thaliana.
        Kaufmann K; Nagasaki M; Jáuregui R
        Studies in health technology and informatics, 2011年, 査読有り
      • Cell illustrator 4.0: a computational platform for systems biology.
        Nagasaki M; Saito A; Jeong E; Li C; Kojima K; Ikeda E; Miyano S
        Studies in health technology and informatics, 2011年, 査読有り
      • Simulation-Based Validation of the p53 Transcriptional Activity with Hybrid Functional Petri Net.
        Doi A; Nagasaki M; Matsuno H; Miyano S
        Studies in health technology and informatics, 2011年, 査読有り
      • Constructing biological pathway models with hybrid functional petri nets.
        Doi A; Fujita S; Matsuno H; Nagasaki M; Miyano S
        Studies in health technology and informatics, 2011年, 査読有り
      • Online model checking approach based parameter estimation to a neuronal fate decision simulation model in Caenorhabditis elegans with hybrid functional Petri net with extension
        Chen Li; Masao Nagasaki; Chuan Hock Koh; Satoru Miyano
        MOLECULAR BIOSYSTEMS, 2011年, 査読有り
      • SiGN-SSM: Open source parallel software for estimating gene networks with state space models
        Tamada, Y.; Yamaguchi, R.; Imoto, S.; Hirose, O.; Yoshida, R.; Nagasaki, M.; Miyano, S.
        Bioinformatics, 2011年, 査読有り
      • Poster: Comprehensive pharmacogenomic pathway screening by data assimilation.
        Takanori Hasegawa; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Seiya Imoto; Satoru Miyano
        IEEE 1st International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences(ICCABS), 2011年
      • Comprehensive Pharmacogenomic Pathway Screening by Data Assimilation
        Takanori Hasegawa; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Seiya Imoto; Satoru Miyano
        BIOINFORMATICS RESEARCH AND APPLICATIONS, 2011年, 査読有り
      • Model-free unsupervised gene set screening based on information enrichment in expression profiles
        Atushi Niida; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Andre Fujita; Teppei Shimamura; Satoru Miyano
        BIOINFORMATICS, 2010年12月, 査読有り
      • Phosphoproteomics-Based Modeling Defines the Regulatory Mechanism Underlying Aberrant EGFR Signaling
        Shinya Tasaki; Masao Nagasaki; Hiroko Kozuka-Hata; Kentaro Semba; Noriko Gotoh; Seisuke Hattori; Jun-ichiro Inoue; Tadashi Yamamoto; Satoru Miyano; Sumio Sugano; Masaaki Oyama
        PLOS ONE, 2010年11月, 査読有り
      • Whole-genome sequencing and comprehensive variant analysis of a Japanese individual using massively parallel sequencing
        Akihiro Fujimoto; Hidewaki Nakagawa; Naoya Hosono; Kaoru Nakano; Tetsuo Abe; Keith A. Boroevich; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Tetsuo Shibuya; Michiaki Kubo; Satoru Miyano; Yusuke Nakamura; Tatsuhiko Tsunoda
        NATURE GENETICS, 2010年11月, 査読有り
      • Identification of granger causality between gene sets
        André Fujita; João Ricardo Sato; Kaname Kojima; Luciana Rodrigues Gomes; Masao Nagasaki; Mari Cleide Sogayar; Satoru Miyano
        Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010年08月, 査読有り
      • DA 1.0: parameter estimation of biological pathways using data assimilation approach
        Chuan Hock Koh; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Limsoon Wong; Satoru Miyano
        BIOINFORMATICS, 2010年07月, 査読有り
      • An efficient biological pathway layout algorithm combining grid-layout and spring embedder for complicated cellular location information
        Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        BMC BIOINFORMATICS, 2010年06月, 査読有り
      • Gene Set-Based Module Discovery Decodes cis-Regulatory Codes Governing Diverse Gene Expression across Human Multiple Tissues
        Atsushi Niida; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        PLOS ONE, 2010年06月, 査読有り
      • The systems approach to the prespore-specific activation of sigma factor SigF in Bacillus subtilis
        Jin Hwan Do; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        BIOSYSTEMS, 2010年06月, 査読有り
      • Time-dependent structural transformation analysis to high-level Petri net model with active state transition diagram
        Chen Li; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Satoru Miyano
        BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2010年04月, 査読有り
      • Inferring dynamic gene networks under varying conditions for transcriptomic network comparison
        Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        BIOINFORMATICS, 2010年04月, 査読有り
      • Cell Illustrator 4.0: a computational platform for systems biology.
        Nagasaki M; Saito A; Jeong E; Li C; Kojima K; Ikeda E; Miyano S
        In silico biology, 2010年, 査読有り
      • Modelling the molecular interactions in the flower developmental network of Arabidopsis thaliana.
        Kaufmann K; Nagasaki M; Jáuregui R
        In silico biology, 2010年, 査読有り
      • Collocation-based sparse estimation for constructing dynamic gene networks.
        Shimamura, T.; Imoto, S.; Nagasaki, M.; Yamauchi, M.; Yamaguchi, R.; Fujita, A.; Tamada, Y.; Gotoh, N.; Miyano, S.
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2010年, 査読有り
      • Gene regulatory network clustering for graph layout based on microarray gene expression data.
        Kojima K; Imoto S; Nagasaki M; Miyano S
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2010年, 査読有り
      • Comparison of gene expression profiles produced by CAGE, illumina microarray and real time RT-PCR.
        Fujita A; Nagasaki M; Imoto S; Saito A; Ikeda E; Shimamura T; Yamaguchi R; Hayashizaki Y; Miyano S
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2010年, 査読有り
      • A novel meta-analysis approach of cancer transcriptomes reveals prevailing transcriptional networks in cancer cells.
        Atsushi Niida; Seiya Imoto; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Satoru Miyano
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2010年01月, 査読有り
      • A state space representation of VAR models with sparse learning for dynamic gene networks.
        Kojima K; Yamaguchi R; Imoto S; Yamauchi M; Nagasaki M; Yoshida R; Shimamura T; Ueno K; Higuchi T; Gotoh N; Miyano S
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2010年01月, 査読有り
      • Cell illustrator 4.0: A computational platform for systems biology
        Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Euna Jeong; Chen Li; Kaname Kojima; Emi Ikeda; Satoru Miyano
        In Silico Biology, 2010年, 査読有り
      • Modelling the molecular interactions in the flower developmental network of arabidopsis thaliana
        Kerstin Kaufmann; Masao Nagasaki; Ruy Jáuregui
        In Silico Biology, 2010年, 査読有り
      • Network Profiling Analysis for Generating Modulator-Dependent Gene Networks
        Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Atsushi Niida; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Satoru Miyano
        2010 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE WORKSHOPS (BIBMW), 2010年, 査読有り
      • Discovering functional gene pathways associated with cancer heterogeneity via sparse supervised learning
        Shuichi Kawano; Teppei Shimamura; Atsushi Niida; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Ryo Yoshida; Cristin Print; Satoru Miyano
        Proceedings - 2010 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, BIBM 2010, 2010年, 査読有り
      • Ligand-based gene expression profiling reveals novel roles of glucocorticoid receptor in cardiac metabolism
        Noritada Yoshikawa; Masao Nagasaki; Motoaki Sano; Satori Tokudome; Kazuko Ueno; Noriaki Shimizu; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Makoto Suematsu; Keiichi Fukuda; Chikao Morimoto; Hirotoshi Tanaka
        AMERICAN JOURNAL OF PHYSIOLOGY-ENDOCRINOLOGY AND METABOLISM, 2009年06月, 査読有り
      • Orengedokuto and berberine improve indomethacin-induced small intestinal injury via adenosine
        Yoko Watanabe-Fukuda; Masahiro Yamamoto; Naoko Miura; Masato Fukutake; Atsushi Ishige; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Junzo Takeda; Kenji Watanabe
        JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY, 2009年05月, 査読有り
      • Analysis of PPARα-dependent and PPARα-independent transcript regulation following fenofibrate treatment of human endothelial cells
        Hiromitsu Araki; Yoshinori Tamada; Seiya Imoto; Ben Dunmore; Deborah Sanders; Sally Humphrey; Masao Nagasaki; Atsushi Doi; Yukiko Nakanishi; Kaori Yasuda; Yuki Tomiyasu; Kousuke Tashiro; Cristin Print; D. Stephen Charnock-Jones; Satoru Kuhara; Satoru Miyano
        Angiogenesis, 2009年04月09日, 査読有り
      • Recursive regularization for inferring gene networks from time-course gene expression profiles
        Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Andre Fujita; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2009年04月, 査読有り
      • Simulation-based model checking approach to cell fate specification during Caenorhabditis elegans vulval development by hybrid functional Petri net with extension
        Chen Li; Masao Nagasaki; Kazuko Ueno; Satoru Miyano
        BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2009年04月, 査読有り
      • BFL: a node and edge betweenness based fast layout algorithm for large scale networks
        Tatsunori B. Hashimoto; Masao Nagasaki; Kaname Kojima; Satoru Miyano
        BMC BIOINFORMATICS, 2009年01月, 査読有り
      • Parameter estimation of in silico biological pathways with particle filtering towards a petascale computing
        Kazuyuki Nakamura; Ryo Yoshida; Masao Nagasaki; Satoru Miyano; Tomoyuki Higuchi
        Pacific Symposium on Biocomputing 2009, PSB 2009, 2009年, 査読有り
      • Unraveling dynamic activities of autocrine pathways that control drug-response transcriptome networks.
        Yoshinori Tamada; Hiromitsu Araki; Seiya Imoto; Masao Nagasaki; Atsushi Doi; Yukiko Nakanishi; Yuki Tomiyasu; Kaori Yasuda; Ben Dunmore; Deborah Sanders; Sally Humphreys; Cristin Print; D Stephen Charnock-Jones; Kousuke Tashiro; Satoru Kuhara; Satoru Miyano
        Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing, 2009年, 査読有り
      • Better decomposition heuristics for the maximum-weight connected graph problem using betweenness centrality
        Takanori Yamamoto; Hideo Bannai; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2009年, 査読有り
      • Gene networks viewed through two models
        Miyano, S.; Yamaguchi, R.; Tamada, Y.; Nagasaki, M.; Imoto, S.
        Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2009年, 査読有り
      • Bayesian learning of biological pathways on genomic data assimilation
        Ryo Yoshida; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Tomoyuki Higuchi
        BIOINFORMATICS, 2008年11月, 査読有り
      • ExonMiner: Web service for analysis of GeneChip Exon array data
        Kazuyuki Numata; Ryo Yoshida; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Seiya Imoto; Satoru Miyano
        BMC BIOINFORMATICS, 2008年11月, 査読有り
      • Fast grid layout algorithm for biological networks with sweep calculation
        Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        BIOINFORMATICS, 2008年06月, 査読有り
      • Systematic reconstruction of TRANSPATH data into Cell System Markup Language
        Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Chen Li; Euna Jeong; Satoru Miyano
        BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2008年06月, 査読有り
      • Rule-based reasoning for system dynamics in cell systems.
        Jeong E; Nagasaki M; Miyano S
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2008年, 査読有り
      • A novel strategy to search conserved transcription factor binding sites among coexpressing genes in human.
        Hatanaka, Y.; Nagasaki, M.; Yamaguchi, R.; Obayashi, T.; Numata, K.; Fujita, A.; Shimamura, T.; Tamada, Y.; Imoto, S.; Kinoshita, K.; Nakai, K.; Miyano, S.
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2008年, 査読有り
      • PREDICTING DIFFERENCES IN GENE REGULATORY SYSTEMS BY STATE SPACE MODELS
        Rui Yamaguchi; Seiya Imoto; Mai Yamauchi; Masao Nagasaki; Ryo Yoshida; Teppei Shimamura; Yosuke Hatanaka; Kazuko Ueno; Tomoyuki Higuchi; Noriko Gotoh; Satoru Miyano
        GENOME INFORMATICS 2008, VOL 21, 2008年, 査読有り
      • An efficient grid layout algorithm for biological networks utilizing various biological attributes
        Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Euna Jeong; Mitsuru Kato; Satoru Miyano
        BMC BIOINFORMATICS, 2007年03月, 査読有り
      • AYUMS: an algorithm for completely automatic quantitation based on LC-MS/MS proteome data and its application to the analysis of signal transduction
        Ayumu Saito; Masao Nagasaki; Masaaki Oyama; Hiroko Kozuka-Hata; Kentaro Semba; Sumio Sugano; Tadashi Yamamoto; Satoru Miyano
        BMC BIOINFORMATICS, 2007年01月, 査読有り
      • Cell system ontology: representation for modeling, visualizing, and simulating biological pathways.
        Euna Jeong; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Satoru Miyano
        In silico biology, 2007年, 査読有り
      • Identification of activated transcription factors from microarray gene expression data of Kampo medicine-treated mice
        Rui Yamaguchi; Masahiro Yamamoto; Seiya Imoto; Masao Nagasaki; Ryo Yoshida; Kenji Tsuiji; Atsushi Ishige; Hiroaki Asou; Kenji Watanabe; Satoru Miyano
        GENOME INFORMATICS 2007, VOL 18, 2007年, 査読有り
      • Conversion from biopax to CSO for system dynamics and visualization of biological pathway
        Euna Jeong; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        GENOME INFORMATICS 2007, VOL 18, 2007年, 査読有り
      • Computational genome-wide discovery of aberrant splice variations with exon expression profiles
        Ryo Yoshida; Kazuyuki Numata; Seiya Imoto; Masao Nagasaki; Atsushi Doi; Kazuko Ueno; Satoru Miyano
        PROCEEDINGS OF THE 7TH IEEE INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS AND BIOENGINEERING, VOLS I AND II, 2007年, 査読有り
      • Simulation-based validation of the p53 transcriptional activity with hybrid functional Petri net
        Atsushi Doi; Masao Nagasaki; Hiroshi Matsuno; Satoru Miyano
        In Silico Biology, 2006年01月04日, 査読有り
      • Genomic data assimilation for estimating hybrid functional Petri net from time-course gene expression data.
        Nagasaki, M.; Yamaguchi, R.; Yoshida, R.; Imoto, S.; Doi, A.; Tamada, Y.; Matsuno, H.; Miyano, S.; Higuchi, T.
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2006年, 査読有り
      • A statistical framework for genome-wide discovery of biomarker splice variations with GeneChip Human Exon 1.0 ST Arrays.
        Yoshida R; Numata K; Imoto S; Nagasaki M; Doi A; Ueno K; Miyano S
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2006年, 査読有り
      • Cell fate simulation model of gustatory neurons with MicroRNAs double-negative feedback loop by hybrid functional Petri net with extension.
        Saito A; Nagasaki M; Doi A; Ueno K; Miyano S
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2006年, 査読有り
      • A combined pathway to simulate CDK-dependent phosphorylation and ARF-dependent stabilization for p53 transcriptional activity.
        Doi A; Nagasaki M; Ueno K; Matsuno H; Miyano S
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2006年, 査読有り
      • Modeling and estimation of dynamic EGFR pathway by data assimilation approach using time series proteomic data.
        Tasaki S; Nagasaki M; Oyama M; Hata H; Ueno K; Yoshida R; Higuchi T; Sugano S; Miyano S
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2006年, 査読有り
      • [Dynamic pathway modeling language: CSML].
        Nagasaki M; Doi A; Miyano S
        Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 2005年12月, 査読有り
      • Automatic drawing of biological networks using cross cost and subcomponent data.
        Kato M; Nagasaki M; Doi A; Miyano S
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2005年, 査読有り
      • Computational modeling of biological processes with petri net-based architecture
        Masao Nagasaki; Atushi Doi; Hiroshi Matsuno; Satoru Miyano
        Bioinformatics Technologies, 2005年, 査読有り
      • A versatile petri net based architecture for modeling and simulation of complex biological processes.
        Nagasaki M; Doi A; Matsuno H; Miyano S
        Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2004年, 査読有り
      • Constructing biological pathway models with hybrid functional Petri Nets
        Atsushi Doi; Sachie Fujita; Hiroshi Matsuno; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        In Silico Biology, 2004年, 査読有り
      • Genomic Object Net: I. A platform for modelling and simulating biopathways.
        Nagasaki M; Doi A; Matsuno H; Miyano S
        Applied bioinformatics, 2003年, 査読有り
      • Genomic Object Net: II. Modelling biopathways by hybrid functional Petri net with extension.
        Doi A; Nagasaki M; Fujita S; Matsuno H; Miyano S
        Applied bioinformatics, 2003年, 査読有り
      • Recreating biopathway databases towards simulation
        Masao Nagasaki; Atsushi Doi; Hiroshi Matsuno; Satoru Miyano
        Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2003年, 査読有り
      • Distributed Client-Server System Architecture for High Performance Simulations on Genomic Object Net
        Tomokazu Kono; Ryuhei Noda; Hironori Kitakaze; Masao Nagasaki; Atsushi Doi; Hiroshi Matsuno; Satoru Miyano
        The 14th International Conference on Genome Informatics,pp.616-620, 2003年
      • Hybrid Petri net representation of Gene Regulatory Network
        Hiroshi Matsuno; Atsushi Doi; Masao Nagasaki; Satoru Miyano
        Proceedings of Pacific Syuposium on Biocomputing 2000, 2000年, 査読有り

      MISC

      • Common disease解析の最前線 9.ポリジェニックモデルによるゲノム情報解析の最前線
        OLIVIER Gervais; 河合洋介; 長崎正朗; 長崎正朗
        遺伝子医学, 2021年
      • 原発性胆汁性胆管炎(PBC)感受性遺伝子領域を対象とした機能的遺伝子多型(causal variant)の同定
        人見 祐基; 河合 洋介; 植野 和子; 西田 奈央; 川嶋 実苗; 相葉 佳洋; 築地 信; 長崎 正朗; 中村 稔; 徳永 勝士
        MHC: Major Histocompatibility Complex, 2019年09月
      • Longitudinal Analysis of Relationships between Individual Fatty Acids and Gestational Diabetes Mellitus in Maternity Log Study.
        Satsuki Kumatani; Ochi Daisuke; Yamauchi Takafumi; Tsunemoto Yoshiki; Wagata Maiko; Tanabe Osamu; Minegishi Naoko; Hiyama Satoshi; Nagasaki Masao; Sugawara Junichi
        REPRODUCTIVE SCIENCES, 2019年03月
      • GWAS and RNA Expression Analysis for Gestational Hypertension using Time-Series Home Blood Pressure Data in Maternity Log Study.
        Yoshiki Tsunemoto; Takafumi Yamauchi; Daisuke Ochi; Satsuki Kumatani; Takahiro Mimori; Kaname Kojima; Riu Yamashita; Maiko Wagata; Fumiki Katsuoka; Osamu Tanabe; Naoko Minegishi; Satoshi Hiyama; Masao Nagasaki; Junichi Sugawara
        REPRODUCTIVE SCIENCES, 2019年03月
      • Correlation Network Analysis of Maternal Lifelogs and Plasma Metabolites in Maternity Log Study.
        Takafumi Yamauchi; Daisuke Ochi; Takahiro Mimori; Yoshiki Tsunemoto; Satsuki Kumatani; Maiko Wagata; Riu Yamashita; Osamu Tanabe; Naoko Minegishi; Nobuo Yaegashi; Satoshi Hiyama; Masao Nagasaki; Junichi Sugawara
        REPRODUCTIVE SCIENCES, 2019年03月
      • 原発性胆汁性胆管炎(PBC)感受性遺伝子領域に起因する発症機序の解明におけるゲノム編集技術の応用
        人見祐基; 人見祐基; 河合洋介; 河合洋介; 植野和子; 植野和子; 西田奈央; 川嶋実苗; 相葉佳洋; GERVAIS Olivier; GERVAIS Olivier; KHOR Seik-Soon; KHOR Seik-Soon; 築地信; 長崎正朗; 長崎正朗; 中村稔; 中村稔; 徳永勝士; 徳永勝士
        日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2019年
      • 日本人集団におけるシスタチンCの線形混合モデルによるゲノム情報解析
        GERVAIS Olivier; GERVAIS Olivier; 河合洋介; 河合洋介; KHOR Seik-Soon; KHOR Seik-Soon; 植野和子; 植野和子; 人見祐基; WANG Yen-Yen; 徳永勝士; 徳永勝士; 長崎正朗; 長崎正朗
        日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2019年
      • 原発性胆汁性胆管炎(PBC)感受性遺伝子領域を対象とした機能的遺伝子多型(causal variant)の同定
        人見祐基; 人見祐基; 河合洋介; 河合洋介; 植野和子; 植野和子; 西田奈央; 川嶋実苗; 相葉佳洋; 築地信; 長崎正朗; 長崎正朗; 中村稔; 中村稔; 徳永勝士; 徳永勝士
        MHC (Web), 2019年
      • 日本人3554人の全ゲノム解析から同定されたジヒドロピリミジナーゼ遺伝子多型におけるバリアント酵素の機能変化
        成田瑶子; 菱沼英史; 齋藤さかえ; 安田純; 安田純; 長崎正朗; 前川正充; 小田彰史; 平澤典保; 平澤典保; 平塚真弘; 平塚真弘; 平塚真弘
        日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2019年
      • Estimating frequency of pathogenic variants in a Japanese population by using the whole-genome reference panel of ToMMo
        Yumi Yamaguchi-Kabata; Jun Yasuda; Osamu Tanabe; Yoichi Suzuki; Hiroshi Kawame; Nobuo Fuse; Masao Nagasaki; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Fumiki Katsuoka; Sakae Saito; Inaho Danjoh; Ikuko N. Motoike; Riu Yamashita; Seizo Koshiba; Daisuke Saigusa; Gen Tamiya; Shigeo Kure; Nobuo Yaegashi; Yoshio Kawaguchi; Fuji Nagami; Shinichi Kuriyama; Junichi Sugawara; Naoko Minegishi; Atsushi Hozawa; Soichi Ogishima; Hideyasu Kiyomoto; Takako Takai-Igarashi; Kengo Kinoshita; Masayuki Yamamoto
        HUMAN GENOMICS, 2018年03月
      • 全ゲノムシークエンス解析を用いた感冒薬関連重症薬疹(CM-SJS/TEN)発症に関わる遺伝要因の網羅的探索
        人見祐基; KHOR Seik-Soon; 上田真由美; 河合洋介; 外園千恵; 木下茂; 長崎正朗; 徳永勝士
        MHC (Web), 2018年
      • 日本人の5塩基短鎖重複反復配列のプロファイルと高解像度の反復配列タイピングの検証
        齊藤真梨恵; 平田智士; 小島要; 三澤計治; 三森隆広; GERVAIS Olivier; 河合洋介; 人見祐基; 徳永勝士; 中村稔; 中村稔; 長崎正朗
        日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2018年
      • マタニティログ調査と妊娠期間および出産後のeQTL解析
        長崎正朗; 長崎正朗; 長崎正朗; 山下理宇; 柴田朋子; 川嶋順子; 恒元淑希; 恒元淑希; 越智大介; 越智大介; 山内隆史; 山内隆史; 熊谷沙津希; 熊谷沙津希; 原田祐希; 原田祐希; 三森隆広; 三森隆広; 勝岡史城; 勝岡史城; 峯岸直子; 峯岸直子; 田邊修; 田邊修; 檜山聡; 菅原準一; 菅原準一
        日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2018年
      • 妊娠高血圧症候群の発症予測に向けた時系列ライフログ解析
        山内 隆史; 越智 大介; 恒元 淑希; 和形 麻衣子; 原田 祐希; 山下 理宇; 田邉 修; 八重樫 伸生; 檜山 聡; 長崎 正朗; 菅原 準一
        日本妊娠高血圧学会雑誌, 2017年09月
      • プライバシ保護ゲノム解析のための秘密計算フィッシャー正確検定の実装評価
        長谷川 聡; 濱田 浩気; 三澤 計治; 千田 浩司; 荻島 創一; 長﨑 正朗
        マルチメディア,分散協調とモバイルシンポジウム2017論文集, 2017年06月21日
      • プライバシ保護ゲノム解析のための秘密計算フィッシャー正確検定の実装評価
        長谷川聡; 濱田浩気; 三澤計治; 三澤計治; 千田浩司; 荻島創一; 荻島創一; 長崎正朗; 長崎正朗
        情報処理学会シンポジウムシリーズ(CD-ROM), 2017年06月21日
      • 卵巣明細胞がんを引き起こす遺伝子変異の発見(Discovery of gene alterations causing ovarian clear cell carcinoma)
        Shibuya Yusuke; Tokunaga Hideki; Saito Sakae; Kojima Kaname; Li Bin; Nagasaki Masao; Yasuda Jun; Yaegashi Nobuo
        日本婦人科腫瘍学会雑誌, 2017年06月
      • Genome-wide association study identifies novel susceptibility loci for tanning ability in Japanese population
        K. Shido; K. Kojima; A. Hozawa; S. Ogishima; N. Minegishi; Y. Kawai; G. Tamiya; K. Tanno; K. Yamasaki; S. Aiba; Y. Suzuki; M. Nagasaki
        JOURNAL OF INVESTIGATIVE DERMATOLOGY, 2017年05月
      • DICHOTOMOUS EFFECTS OF ATG16L1 AND LRRK2 IN MODULATING PANETH CELL DEFECT IN JAPANESE AND NORTH AMERICAN CROHN'S DISEASE PATIENTS
        Ta-Chiang Liu; Takeo Naito; Zhenqiu Liu; Kelli VanDussen; Talin Haritunians; Dalin Li; Katsuya Endo; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Dermot McGovern; Tooru Shimosegawa; Yoichi Kakuta; Thaddeus S. Stappenbeck
        GASTROENTEROLOGY, 2017年04月
      • POPULATION-OPTIMIZED SNP ARRAY REVEALS RAP1A AS A NOVEL CANDIDATE SUSCEPTIBILITY GENE FOR CROHN'S DISEASE IN JAPANESE INDIVIDUALS
        Yoichi Kakuta; Yosuke Kawai; Takeo Naito; Atsushi Hirano; Junji Umeno; Keiichiro Hiramoto; Masatake Kuroha; Yoshitake Kanazawa; Tomoya Kimura; Katsuya Endo; Yoshitaka Kinouchi; Motohiro Esaki; Masao Nagasaki; Tooru Shimosegawa
        GASTROENTEROLOGY, 2017年04月
      • Identification of Somatic Genetic Alterations in Ovarian Clear Cell Carcinomas with Next Generation Sequencing.
        Yusuke Shibuya; Sakae Saito; Kaname Kojima; Bin Li; Hideki Tokunaga; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Nobuo Yaegashi
        REPRODUCTIVE SCIENCES, 2017年03月
      • 早発型発達緑内障における原因遺伝子の探索
        布施 昇男; 木村 雅恵; 清水 愛; 河合 洋介; 小島 要; 長崎 正朗; 濱中 輝彦; 石田 誠夫; 中村 誠; 酒井 寛; 池田 陽子; 森 和彦; 中澤 徹; 勝岡 史城; 安田 純; 山本 雅之
        日本眼科学会雑誌, 2017年03月
      • 日本人2049人の全ゲノム解析から同定された8種のDHPレアバリアント活性変化
        成田瑶子; 菱沼英史; 齋藤さかえ; 安田純; 長崎正朗; 前川正充; 小田彰史; 平澤典保; 平塚真弘; 平塚真弘; 平塚真弘
        日本薬学会東北支部大会講演要旨集, 2017年
      • 複数の研究機関が持つゲノムデータを相互に開示せず分析する解析手法を開発
        三澤計治; 三澤計治; 長谷川聡; 濱田浩気; 千田浩司; 荻島創一; 荻島創一; 長崎正朗; 長崎正朗
        日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2017年
      • 次世代シークエンサーを用いた卵巣明細胞腺癌の遺伝子変異の探索
        渋谷 祐介; 齋藤 さかえ; 小島 要; 李 賓; 徳永 英樹; 長崎 正朗; 安田 純; 八重樫 伸生
        日本癌学会総会記事, 2016年10月
      • マルチオミクスが解き明かす疾患生物学 日本人多層オミックス参照パネルの拡張
        小柴 生造; 三枝 大輔; 元池 育子; 小島 要; 城田 松之; 齋藤 智; 勝岡 史城; 河合 洋介; 山口 由美; 田邉 修; 長崎 正郎; 安田 純; 木下 賢吾; 山本 雅之
        日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, 2016年09月
      • プライバシ保護ゲノム解析のための秘密計算フィッシャー正確検定 (情報セキュリティ)
        長谷川 聡; 濱田 浩気; 千田 浩司; 荻島 創一; 三澤 計治; 長﨑 正朗
        電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 2016年07月14日
      • 秘密計算フィッシャー正確検定(2)標本数が多い場合 (情報セキュリティ)
        濱田 浩気; 長谷川 聡; 千田 浩司; 荻島 創一; 三澤 計治; 長崎 正朗
        電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 2016年07月14日
      • 秘密計算フィッシャー正確検定(1)標本数が少ない場合 (情報セキュリティ)
        千田 浩司; 長谷川 聡; 濱田 浩気; 荻島 創一; 三澤 計治; 長﨑 正朗
        電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 2016年07月14日
      • 卵巣明細胞腺癌を引き起こす遺伝子変異の発見(Discovery of gene alterations causing ovarian clear cell carcinoma)
        渋谷 祐介; 徳永 英樹; 安田 純; 長崎 正朗; 斎藤 さかえ; 小島 要; 李 賓; 八重樫 伸生
        日本婦人科腫瘍学会雑誌, 2016年06月
      • マタニティログ調査:ヘルスケアデータと多層オミックスデータによる妊娠関連疾患の予防・早期発見に向けたコホート調査
        原田祐希; 越智大介; 山内隆史; 山下理宇; 高井貴子; 荻島創一; 峯岸直子; 田邉修; 田邉修; 栗山進一; 栗山進一; 布施昇男; 八重樫伸生; 八重樫伸生; 山本雅之; 山本雅之; 檜山聡; 長崎正朗; 菅原準一; 菅原準一
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016年
      • Estimation of allele frequency of pathological variants based on whole-genome sequencing of 1070 Japanese individuals
        Yumi Yamaguchi-Kabata; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Naoki Nariai; Takahiro Mimori; Yukuto Sato; Fumiki Katsuoka; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto; Masao Nagasaki
        GENES & GENETIC SYSTEMS, 2015年12月
      • 日本人全ゲノムファレンスパネルの構築と今後
        長崎正朗; 安田純; 勝岡史城; 成相直樹; 小島要; 河合洋介; 山口由美; 横澤潤二; 檀上稲穂; 齊藤さかえ; 佐藤行人; 三森隆弘; 津田薫; 齊藤るみ子; PAN Xiaoquing; 西川聡; 伊藤信; 黒木陽子; 田邉修; 布施昇男; 栗山進一; 清元秀泰; 寶澤篤
        日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 2015年09月
      • SUGAR: graphical user interface-based high-resolution data cleaning tool for high-throughput sequencing data
        Yukuto Sato; Kaname Kojima; Naoki Nariai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki
        GENES & GENETIC SYSTEMS, 2014年12月
      • Nonparametric inference of population demography from SNP data
        Yosuke Kawai; Yukuto Sato; Yumi Yamaguchi; Naoki Nariai; Sachiyo Sugimoto; Takahiro Mimori; Kaname Kojima; Masao Nagasaki
        GENES & GENETIC SYSTEMS, 2014年12月
      • Construction of Japanese Whole Genome Information and Data Analysis in Tohoku Medical Megabank Organization
        Masao Nagasaki
        GENES & GENETIC SYSTEMS, 2014年12月
      • 食道扁平上皮癌でのBAP1遺伝子変異によるGIS期移行異常(BAP1 mutation somatically occurring in a human esophageal squamous cell carcinoma abrogates G1-S transition)
        森 隆弘; 住井 真紀子; 斎木 由利子; 長崎 正朗; 千葉 奈津子; 石岡 千加史
        日本癌学会総会記事, 2014年09月
      • 腎疾患個別化医療実現に向けた健常人ゲノムコホートの構築
        清元 秀泰; 阿部 倫昭; 奥田 拓史; 岡村 将史; 宮崎 真理子; 寳澤 篤; 栗山 進一; 高井 貴子; 長崎 正朗; 峯岸 直子; 安田 純; 森 建文; 中谷 純; 菅原 準一; 八重樫 伸生; 佐藤 博; 山本 雅之; 伊藤 貞嘉
        日本腎臓学会誌, 2014年05月
      • 眼疾患と遺伝子 緑内障のゲノム解析 次世代医療・個別化医療に向けて
        布施 昇男; 清水 愛; 木村 雅恵; 高野 良真; 石 棟; 宮澤 晃子; 国松 志保; 劉 孟林; 渡邉 亮; 安田 正幸; 横山 悠; 檜森 紀子; 津田 聡; 山本 耕太郎; 中澤 徹; 安田 純; 勝岡 史城; 小島 要; 成相 直樹; 松本 光代; 元池 育子; 長崎 正朗; 木下 賢吾; 五十嵐 和彦; 山本 雅之; 新堀 哲也; 青木 洋子; 松原 洋一; 舟山 亮; 長嶋 剛史; 中山 啓子; 眞島 行彦; 船山 智代; 田中 光一; 原田 高幸; 阿部 春樹; 福地 健郎; 安田 典子; 出田 秀尚; 鄭 暁東; 白石 敦; 大橋 裕一; 石田 誠夫; 原 岳; 金森 章泰; 山田 裕子; 中村 誠; 酒井 寛; Richards Julia E
        日本眼科学会雑誌, 2014年03月
      • 歯垢検体の保存温度および保存期間による細菌叢への影響
        篠崎夏子; 山岸潤也; 佐藤行人; 山下理宇; 山田拓司; 長崎正朗; 坪井明人
        日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2014年
      • The Activation of the Wnt3a/beta-Catenin Pathway Induced Maturation of Impaired Neutrophils as Well as the Endoplasmic Reticulum Stress in Induced Pluripotent Stem Cell Derived from a Severe Congenital Neutropenia Patient with ELANE Mutation
        Takafumi Hiramoto; Yasuhiro Ebihara; Yoko Mizoguchi; Kazuhiro Nakamura; Kiyoshi Yamaguchi; Kazuko Ueno; Naoki Nariai; Shinji Mochizuki; Shohei Yamamoto; Masao Nagasaki; Yoichi Furukawa; Kenzaburo Tani; Hiromitsu Nakauchi; Masao Kobayashi; Kohichiro Tsuji
        MOLECULAR THERAPY, 2013年06月
      • Recurrent Mutations of Multiple Components of Cohesin Complex in Myeloid Neoplasms
        Ayana Kon; Lee-Yung Shih; Masashi Minamino; Masashi Sanada; Yuichi Shiraishi; Yasunobu Nagata; Kenichi Yoshida; Yusuke Okuno; Masashige Bando; Shumpei Ishikawa; Aiko Sato-Otsubo; Genta Nagae; Claudia Haferlach; Daniel Nowak; Yusuke Sato; Tamara Alpermann; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Hiroko Tanaka; Kenichi Chiba; Ryo Yamamoto; Tomoyuki Yamaguchi; Makoto Otsu; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Tsuyoshi Nakamaki; Ken Ishiyama; Florian Nolte; Wolf-Karsten Hofmann; Shuichi Miyawaki; Shigeru Chiba; Hiraku Mori; Hiromitsu Nakauchi; H. Phillip Koeffler; Hiroyuki Aburatani; Torsten Haferlach; Katsuhiko Shirahige; Satoru Miyano; Seishi Ogawa
        BLOOD, 2012年11月
      • Frequent splicing pathway mutations and aberrant RNA splicing in myelodysplasia
        Kenichi Yoshida; Masashi Sanada; Yuichi Shiraishi; Daniel Nowak; Yasunobu Nagata; Ryo Yamamoto; Yusuke Sato; Aiko Sato-Otsubo; Ayana Kon; Masao Nagasaki; George Chalkidis; Yutaka Suzuki; Masashi Shiosaka; Ryoichiro Kawahata; Tomoyuki Yamaguchi; Makoto Otsu; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Ken Ishiyama; Hiraku Mori; Florian Nolte; Wolf-Karsten Hofmann; Shuichi Miyawaki; Sumio Sugano; Claudia Haferlach; H. Phillip Koeffler; Lee-Yung Shih; Torsten Haferlach; Shigeru Chiba; Hiromitsu Nakauchi; Satoru Miyano; Seishi Ogawa
        CANCER RESEARCH, 2012年04月
      • EGF receptor tyrosine kinase defines critical prognostic genes of stage IA lung adenocarcinoma
        Asuka Nakata; Mai Yamauchi; Rui Yamaguchi; Takashi Kohno; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Ayumu Saito; Kazuko Ueno; Yousuke Hatanaka; Ryo Yoshida; Tomoyuki Higuchi; Masaharu Nomura; David G. Beer; Jun Yokota; Satoru Miyano; Noriko Gotoh
        CANCER RESEARCH, 2012年04月
      • Mutations of cohesin genes in myeloid malignancy
        Ayana Kon; Masashi Sanada; Kenichi Yoshida; Yuichi Shiraishi; Yasunobu Nagata; Yusuke Sato; Aiko Sato-Otsubo; Masao Nagasaki; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Ken Ishiyama; Hiraku Mori; Shuichi Miyawaki; H. Phillip Koeffler; Lee-Yung Shih; Shigeru Chiba; Satoru Miyano; Seishi Ogawa
        CANCER RESEARCH, 2012年04月
      • 2SD-04 「京」による大規模遺伝子ネットワーク推定(2SD スーパーコンピューティング:分子ネットワークと細胞内ダイナミクス,シンポジウム,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
        玉田 嘉紀; Shimamura Teppei; Yamaguchi Rui; Niida Atsushi; Saito Ayumu; Kataoka Yuto; Imoto Seiya; Nagasaki Masao; Miyano Satoru
        生物物理, 2012年
      • Frequent Pathway Mutations of Splicing Machinery in Myelodysplasia
        Kenichi Yoshida; Masashi Sanada; Yuichi Shiraishi; Daniel Nowak; Yasunobu Nagata; Ryo Yamamoto; Yusuke Sato; Aiko Sato-Otsubo; Ayana Kon; Masao Nagasaki; George Chalkidis; Yutaka Suzuki; Makoto Otsu; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Ken Ishiyama; Hiraku Mori; Florian Nolte; Wolf-Karsten Hofmann; Shuichi Miyawaki; Sumio Sugano; Claudia Haferlach; H. Phillip Koeffler; Lee-Yung Shih; Torsten Haferlach; Shigeru Chiba; Hiromitsu Nakauchi; Satoru Miyano; Seishi Ogawa
        BLOOD, 2011年11月
      • Functional Analysis of SRSF2 Mutations in Myelodysplastic Syndromes and Related Disorders
        Ayana Kon; Masashi Sanada; Kenichi Yoshida; Yasunobu Nagata; Yuichi Shiraishi; Yusuke Sato; Aiko Sato-Otsubo; Ryo Yamamoto; Masao Nagasaki; Yutaka Suzuki; Tomoyuki Yamaguchi; Makoto Otsu; Sumio Sugano; Shigeru Chiba; H. Phillip Koeffler; Lee-Yung Shih; Hiromitsu Nakauchi; Satoru Miyano; Seishi Ogawa
        BLOOD, 2011年11月
      • Mutational Spectrum Analysis of Interesting Correlation and Interrelationship Between RNA Splicing Pathway and Commonly Targeted Genes in Myelodysplastic Syndrome
        Yasunobu Nagata; Masashi Sanada; Ayana Kon; Kenichi Yoshida; Yuichi Shiraishi; Aiko Sato-Otsubo; Hiraku Mori; Ken Ishiyama; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Naoshi Obara; Masao Nagasaki; Shuichi Miyawaki; Shigeru Chiba; Satoru Miyano; Shih Lee Yung; H. Phillip Koeffler; Seishi Ogawa
        BLOOD, 2011年11月
      • ダウン症候群に合併した一過性骨髄増殖症(TAM)および急性巨核芽球性白血病(AMKL)の全エクソンシーケンス
        吉田 健一; 土岐 力; 朴 明子; 永田 安伸; 王 汝南; 白石 友一; 真田 昌; 昆 彩菜; 佐藤 亜衣子; 長崎 正朗; 宮野 悟; 金兼 弘和; 川上 清; 加藤 剛二; 小島 勢二; 林 泰秀; 伊藤 悦朗; 小川 誠司
        小児がん, 2011年11月
      • ウイルス性肝細胞がんの全ゲノムシークエンス解析(Whole Genome Sequencing and Analysis of Virus-related Hepatocellular Carcinoma)
        中川 英刀; 藤本 明洋; 角田 達彦; 長崎 正朗; 柴田 龍弘; 十時 泰; 上野 昌樹; 川上 由育; 山田 晃正; 茶山 一彰; 山上 裕機; 宮野 悟; 中村 祐輔
        日本癌学会総会記事, 2011年09月
      • 心筋細胞におけるグルココルチコイド受容体の役割の解明
        丸山 崇子; 吉川 賢忠; 長崎 正朗; 井元 清哉; 宮野 悟; 徳留 さとり; 佐野 元昭; 福田 恵一; 清水 宣明; 森本 幾夫; 田中 廣壽
        日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, 2010年12月
      • Critical prognostic genes for stage I lung cancer are identified from normal growth factor-regulated gene network by overcoming cancer heterogeneity
        Noriko Gotoh; Mai Yamauchi; Rui Yamauchi; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Ayumu Saito; Kazuko Ueno; Yousuke Hatanaka; Ryo Yoshida; Tomoyuki Higuchi; Masaharu Nomura; Takashi Kohno; Jun Yokota; David G. Beer; Satoru Miyano
        CANCER RESEARCH, 2010年04月
      • Ligand-based gene expression profiling reveals novel roles of glucocorticoid receptor in the cardiomyocytes
        Noritada Yoshikawa; Motoaki Sano; Satori Tokudome; Noriaki Shimizu; Takako Maruyama; Masao Nagasaki; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Yusuke Tagata; Shinobu Nishitani; Kenji Takehana; Keiichi Fukuda; Chikao Morimoto; Hirotoshi Tanaka
        ENDOCRINE JOURNAL, 2010年03月
      • Identification of new biomarkers and molecular targets of lung cancers by systems biology approach
        Mai Yamauchi; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Ayumu Saito; Kazuko Ueno; Yousuke Hatanaka; Ryo Yoshida; Kazuyuki Okeguchi; Takashi Kohno; Jun Yokota; Satoru Miyano; Noriko Gotoh
        CANCER RESEARCH, 2009年05月
      • 動的ネットワーク構造探索の計算イニシアティブ バイオマーカー・分子標的探索のための動的ネットワークを予測する計算科学的方法の開発
        井元 清哉; 山口 類; 島村 徹平; 玉田 嘉紀; 長崎 正朗; 斉藤 あゆむ; 植野 和子; 畑中 洋亮; 吉田 亮; 樋口 知之; 山内 麻衣; 後藤 典子; 宮野 悟
        日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, 2008年11月
      • グルココルチコイド 心筋細胞におけるグルココルチコイド受容体標的遺伝子の解明
        吉川 賢忠; 長崎 正朗; 井元 清哉; 宮野 悟; 徳留 さとり; 佐野 元昭; 福田 恵一; 清水 宣明; 森本 幾夫; 田中 廣壽
        日本内分泌学会雑誌, 2008年09月
      • ペトリネットによる転写制御ネットワークのモデリングと統計的推測
        吉田 亮; 長崎 正郎; 山口 類; 井元 清哉; 宮野 悟; 樋口 知之
        情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学, 2008年06月26日
      • ダイナミックパスウェイモデリング言語:CSML (ゲノムから生命システムへ) -- (ゲノムから情報科学)
        長崎 正朗; 土井 淳; 宮野 悟
        蛋白質核酸酵素, 2005年12月
      • 生命パスウエイのモデル化・可視化技術と創薬研究への応用
        土井淳; 長崎正朗; 松野浩嗣; 宮野悟
        月刊薬事, 2004年
      • An intronic SNP in a RUNX1 binding site of SLC22A4, encoding an organic cation transporter, is associated with rheumatoid arthritis
        S Tokuhiro; R Yamada; XT Chang; A Suzuki; Y Kochi; T Sawada; M Suzuki; M Nagasaki; M Ohtsuki; M Ono; H Furukawa; M Nagashima; S Yoshino; A Mabuchi; A Sekine; S Saito; A Takahashi; T Tsunoda; Y Nakamura; K Yamamoto
        NATURE GENETICS, 2003年12月
      • バイオパスウエイモデリングとシミュレーションを実現するためのシステム-Genomic Object Net-
        長崎正朗; 土井淳; 松野浩嗣; 宮野悟
        人工知能学会誌, 2002年

      講演・口頭発表等

      • ハイブリッドクラウド構築とゲノム情報解析の効率的な運用に関した研究
        長﨑正朗
        学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 第 13 回シンポジウム, 2021年07月09日
      • Accelerating the pace of research in Kyoto University
        Masao Nagasaki
        AWS Public Sector Summit Online 2021, 2021年, 招待有り
      • 日本人集団のタンパク質発現量と関連するゲノム遺伝子座との統合解析
        長﨑 正朗
        日本人類遺伝学会第65回大会, 2020年
      • Genome-Wide mapping of 4,483 protein QTLs Of the 743 Japanese population
        Masao Nagasaki
        The American Society of Human Genetics (ASHG) 2020 Virtual Meeting, 2020年
      • ヒトゲノム情報統合解析に向けた京都大学ゲノム医学センターのハイブリッドクラウドシステム構築について
        長﨑 正朗
        AWS Summit Online JAPAN 2020, 2020年, 招待有り
      • 尿酸値の失われた遺伝率は、 レアバリアントがかなりの部分を説明する
        三澤 計治; 長谷川 嵩矩; 三島 英換; Promsuk Jutabha; 大内 基司; 小島 要; 河合 洋介; 松尾 雅文; 安西 尚彦; 長崎 正朗
        日本バイオインフォマティクス学会, 2020年09月02日
      • ロングリードシークエンス解析の実際と大規模ゲノム情報の利用
        長﨑 正朗
        NPBPPP2020合同年会ONLINE, 2020年, 招待有り
      • Towards HLA-VBSeq v3: An HLA calling package for HLA class I and II.
        Masao Nagasaki
        The American Society of Human Genetics (ASHG) 2019 Annual Meeting, 2019年
      • Development and application of biomedical methods to facilitate the detection of disease-causing variants based on whole genome data from Japanese
        Masao Nagasaki
        The 3rd JCS Council Forum on Basic CardioVascular Research(BCVR 2019), 2019年, 招待有り
      • Genome cohort projects in Japan and biomedical analyses toward the discoveries of disease-causing variants
        Masao Nagasaki
        Genome Expo 2019, 2019年, 招待有り
      • HLA-VBSeq v2: enhancements of HLA genotyping accuracy from WGS data with full-length Japanese HLA sequences
        Masao Nagasaki
        European Human Genetics Conference(ESHG 2019), 2019年
      • Association between Longitudinal Lifelog and Preterm Birth in Maternity Log Study
        Masao Nagasaki
        65th Annual Scientific Meeting of the Society-for-Reproductive-Investigation (SRI), 2018年
      • Impact of Continuous Maternal Life-Log Monitoring for Prediction of Hypertensive Disorders of Pregnancy in Maternity Log Study
        Masao Nagasaki
        65th Annual Scientific Meeting of the Society-for-Reproductive-Investigation (SRI), 2018年
      • Longitudinal Lifestyle Monitoring in "Maternity Log Study" to Predict Preterm Birth
        Masao Nagasaki
        64th Annual Scientific Meeting of the Society-for-Reproductive-Investigation (SRI), 2017年
      • The TMM150K Genome Cohort Project: Progress of Genome Information Analysis and Future
        長﨑 正朗
        第12回国際ゲノム会議, 2017年
      • 日本人の全ゲノム情報基盤構築とバイオインフォマティクス
        長﨑 正朗
        第2回東京大学ゲノム医科学機構シンポジウム, 2017年
      • Whole genome reference panel of two thousand Japanese individuals andbioinformatics in ToMMo
        長﨑 正朗
        東北メディカル・メガバンク計画 合同研究会, 2017年
      • 2049人の日本人全ゲノムリファレンスパネルと今後
        長﨑 正朗
        東北メディカル・メガバンク計画 合同研究会, 2017年
      • Two thousand Japanese whole genome reference panel and reference genome in ToMMo
        長﨑 正朗
        2016 Taiwan-Japan Joint Conference in Genetics and Genomics, 2016年
      • 日本人ゲノム情報基盤構築とバイオインフォマティクス
        長﨑 正朗
        ゲノムテクノロジー第164委員会 第5期キックオフシンポジウム, 2016年
      • 日本人2049人の全ゲノムリファレンスパネルの構築と今後
        長﨑 正朗
        第23回日本遺伝子診療学会大会, 2016年
      • Whole genome reference panel of two thousand Japanese individuals andbioinformatics in ToMMo
        長﨑 正朗
        The American Society of Human Genetics (ASHG) 2016 Annual Meeting, 2016年
      • Two thousand Japanese whole genome reference panel in Japan and Bioinformatics
        長﨑 正朗
        The European Society of Human Genetics (ESHG) 2016 Annual Meeting, 2016年
      • Two Thousand Whole-Genome Reference Panel and Towards Optimized Reference Genome in Japan
        長﨑 正朗
        The Fourth Kyoto Symposium on Bioinformatics for Next Generation Sequencing with Applications in Human Genetics, 2016年
      • Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of thousands Japanese individuals and bioinformatics
        長﨑 正朗
        The 13th International Congress of Human Genetics (ICHG2016), 2016年
      • Towards Japanese Reference Genome Importance of Data Representation and Annotation
        長﨑 正朗
        BIoHackerthon 2016, 2016年
      • Thousands Japanese Whole Genome Reference Panel and Bioinformatics in ToMMo
        長﨑 正朗
        The 11th International Workshop on Advanced Genomics, 2015年
      • 東北メディカル・メガバンク計画の全ゲノムリファレンスパネルの構築と今後
        長﨑 正朗
        NGS現場の会・第4回研究会, 2015年
      • ジャポニカアレイ®と東北メディカル・メガバンク機構の全ゲノムリファレンスパネル活用
        長﨑 正朗
        セミナー「ジャポニカアレイ®と東北メディカル・メガバンク機構の全ゲノムリファレンスパネル活用」, 2015年
      • Whole Genome Reference Panel of One Thousand Japanese Individuals and Bioinformatics in ToMMo
        長﨑 正朗
        The American Society of Human Genetics (ASHG) 2015 Annual Meeting, 2015年
      • ヒト全ゲノム解析とビックデータ
        長﨑 正朗
        日本分析学会 第74回分析化学討論会, 討論主題5 複雑・曖昧・網羅性に挑戦する生命分析化学, 2014年
      • 【地域の取り組み】医療情報と遺伝情報を集積して個別化医療を実現
        長﨑 正朗
        医療ビッグデータ・サミット2014, 2014年
      • ヒト全ゲノム解析とビッグデータ個別化医療、予防の基盤構築
        長﨑 正朗
        ヘルスケアデバイス・システム技術分科会, 2014年
      • 東北メディカル・メガバンク機構の大規模ゲノムコホートと計算インフラ
        長﨑 正朗
        HPCI戦略プログラム:新生命科学分野開拓とスーパーコンピュータ「京」, 2014年
      • 東北メディカル・メガバンク機構におけるゲノム情報基盤の構築と情報解析
        長﨑 正朗
        第86回日本遺伝学会WS16 大量データ時代の新しいゲノム遺伝学, 2014年
      • 東北メディカル・メガバンクにおけるパーソナルゲノムの利活用のセキュリティポリシー
        長﨑 正朗
        生命医薬連合大会年会、2K2 パーソナルゲノムの利活用とプライバシー保護, 2014年
      • ジャポニカアレイを用いた疑似フルシーケンスサービスの有用性とimputationの可能性
        長﨑 正朗
        生命医薬連合大会年会、2W6 センター・オブ・イノベーション東北拠点の目指す社会, 2014年
      • Data management and bioinformatics of thousands Japanese whole-genome project
        長﨑 正朗
        Karolinska-Tohoku Joint Symposium on Medical Sciences, 2014年
      • Introduction to the Tohoku Medical Megabank Organization and What is Happening in the Human Reference Genome?
        長﨑 正朗
        Biohackaton 2014, 2014年
      • 東北人1000人ゲノム計画関連のインシリコ解析の状況とバイオインフォマティクス
        長﨑 正朗
        Japanese Society of Bioinformatics (JSBi), 2013年
      • Bioinformatics and Data Management of High Throughput Sequencing Data from Prospective Cohort Study at Tohoku Medical Megabank Project
        長﨑 正朗
        The American Society of Human Genetics (ASHG) 2013, 2013年
      • Thousands Japanese Whole Genome Sequencing and Bioinformatics at Tohoku Medical Megabank Organization
        長﨑 正朗
        Genome Informatics Workshop (GIW) 2013, 2013年
      • Data Management and Bioinformatics of High Throughput Sequencing Data from Prospective Cohort Study at Tohoku Medical Megabank Project
        長﨑 正朗
        21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 12th European Conference on Computational Biology (ISMB&ECCB), 2013年
      • Data Management and Bioinformatics of High Throughput Sequencing Data from Prospective Cohort Study at Tohoku Medical Megabank
        長﨑 正朗
        Japanese Society of Bioinformatics (JSBi), 2013年
      • 日本人高深度全ゲノム参照パネルのインシリコ解析の状況とバイオインフォマティクス
        長﨑 正朗
        日本人類遺伝学会 第58回大会, 2013年
      • Genome Explosion and its Data Management and Bioinformatics on Supercomputer: the Prospective Genome Cohort Study in Japan
        長﨑 正朗
        The 2nd HD Physiology International Symposium 2013: Multi-Level Systems Biology, 2013年
      • Towards thousands Japanese whole genome project and its data management and bioinformatics
        長﨑 正朗
        Fukuoka International Symposium on Genomics & Epigenomics 2013, 2013年
      • 高深度全ゲノムシーケンシング解析の現状と課題
        長﨑 正朗
        apanese Society of Bioinformatics (JSBi), 2013年
      • iSVP: an integrated structural variant calling pipeline from high-throughput sequencing data
        長﨑 正朗
        Genome Informatics Workshop (GIW) 2013, 2013年

      書籍等出版物

      • 遺伝子医学36号,特集:Common disease解析の最前線
        Gervais Olivier; 河合 洋介; 長﨑 正朗, 分担執筆, ポリジェニックモデルによるゲノム情報解析の最前線
        メディカルドゥ, 2021年04月01日
      • NGSアプリケーション 実験プロトコール
        長﨑 正朗
        2016年, 査読無し
      • ジャポニカアレイの設計と全ゲノムインピュテーションによる活用
        河合洋介; 三森隆広; 小島要; 成相直樹; 長﨑正朗, 共著
        月刊メディカル・サイエンス・ダイジェスト, 2015年05月25日

      外部資金:科学研究費補助金

      • ビッグデータによる近視の総合的病態解明
        基盤研究(B)
        小区分56060:眼科学関連
        京都大学
        辻川 明孝
        自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付
        近視;高度近視
      • 日本人集団ゲノムワイドクロマチン相互作用情報と構造多型との関連解析と疾患要因探索
        基盤研究(B)
        小区分48040:医化学関連
        京都大学
        長崎 正朗
        自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付
        構造多型;クロマチン構造;大規模ゲノム情報解析;長鎖型シークエンサ
      • 多角的アプローチによる加齢黄斑変性とパキコロイド新生血管の病態解明
        基盤研究(B)
        小区分56060:眼科学関連
        京都大学
        三宅 正裕
        自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日, 交付
        中心性漿液性脈絡網膜症;パキコロイド;機械学習;人工知能;ゲノムワイド関連解析;ゲノムワイド生存解析;加齢黄斑変性
      • 妊娠期間中の時系列多層情報解析による疾病前兆や病態進行の予測技術開発と適用
        基盤研究(B)
        京都大学;東北大学
        長崎 正朗
        自 2018年07月18日, 至 2021年03月31日, 完了
        ライフログ;オミクス;メタボローム;妊娠期間;出産;統合解析;ロジスティック回帰;多層オミクス;リスク予測;多変量解析
      • 妊娠期間中の遺伝子発現変動と遺伝要因との関連性の探索によるデータベース構築
        基盤研究(B)
        小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
        京都大学
        長崎 正朗
        自 2018年04月01日, 至 2021年03月31日, 完了
        RNAシークエンシング;eQTL;妊娠期間;遺伝要因探索;全ゲノムシークエンシング;マタニティログ;RNS-Seq;全ゲノム;トランスクリプトーム;データベース;妊婦
      • 三世代男系由来Y染色体パネル作成とその応用
        基盤研究(B)
        小区分56040:産婦人科学関連
        東北大学
        鈴木 吉也
        自 2018年04月01日, 至 2021年03月31日, 完了
        男性不妊;ゲノム解析;リファレンスパネル;精子;Y染色体;SNP;精液;DNAパネル
      • 骨格筋機能とサルコペニアに関連する消化管ミクロビオームの基盤研究
        基盤研究(A)
        東北大学
        永富 良一
        自 2015年04月01日, 至 2019年03月31日, 完了
        食品摂取頻度;トマト;歯ブラシ;口腔内メタゲノム;筋力低下;サルコペニア;口腔内細菌叢;糞便細菌叢;歯磨き時間;喫煙;骨格筋;損傷;回復;MRI;ミクロビオーム;唾液;便
      • 服薬コンプライアンスを改善する、患者に応じて見せる糖尿病シミュレーションモデル
        基盤研究(C)
        日本医科大学
        工藤 光洋
        自 2012年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了
        糖尿病;血糖値;シミュレーションモデル
      • ヒト数千人規模ncRNAの網羅的探索と機能予測をスパコンで一気通貫に実現する技術
        挑戦的萌芽研究
        東北大学;東京大学
        長崎 正朗
        自 2011年04月28日, 至 2013年03月31日, 完了
        次世代シーケンサ;次世代シークエンサ;トランスクリプトーム;RNA-Seq;lincRNA;ベイズ法;スーパーコンピュータ;高性能シークエンサ;数理統計モデル
      • ネットワーク解析による薬剤応答パスウェイの解析法の研究
        基盤研究(B)
        東京大学
        宮野 悟
        自 2010年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了
        遺伝子ネットワーク;薬剤応答パスウェイ;動的モデル;シミュレーション;パ スウェイ解析;ベイジアンネットワーク;ペトリネット;状態空間モデル;がん;パスウェイ解析;ベトリネット;薬剤応答パスウェィ;Bayesiamネットワーク
      • 計算とシミュレーションによるがんシステム学の創成
        新学術領域研究(研究領域提案型)
        複合領域
        東京大学
        宮野 悟
        自 2010年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了
        がん;システム生物学;ゲノム科学;バイオインフォマティクス;統計的モデリング;遺伝統計学;スーパーコンピュータ;遺伝子ネットワーク;シークエンス解析
      • 内因性I型インターフェロン産生細胞を介した漢方薬の感染防御機構の研究
        基盤研究(B)
        慶應義塾大学
        渡辺 賢治
        完了
        十全大補湯;インターフェロンα;toll like receptor;MyD88;ノックアウトマ;ノックアウトマウス;toll like receptor 4
      • 動的な生体内パスウェイモデルの特徴因子と遺伝子多型・機能との関係に関する研究
        基盤研究(B)
        東邦大学
        日紫喜 光良
        完了
        バイオインフォマティクス;生体内パスウェイ解析;シミュレーション;多型;パスウェイ;CSML;グラフ探索;SNP;ASTD;ペトリネット;パスウェイシミュレーション;Consumer Health Informatics
      • 動的パスウェイへの高機能ペトリネットを用いた視覚的モデル検査手法の開発と適用
        若手研究(B)
        東京大学
        長崎 正朗
        完了
        ペトリネット;オントロジー;視覚的デバッグ;モデル検査;OWL;HFPNe;細胞分化;ASTD
      • 高機能ペトリネットによる動的生命パスウェイモデルの視覚的デバッグ手法の開発と適用
        若手研究(B)
        東京大学
        長崎 正朗
        完了
        ペトリネット;マイクロアレイ;パラメータ推定;モデル選択;視覚的デバッグ
      • 遺伝子ネットワークによる創薬ターゲットパスウェイのイン・シリコ探索技術
        基盤研究(B)
        東京大学
        宮野 悟
        完了
        遺伝子ネットワーク;システム生物学;シミュレーション;遺伝子発現マイクロアレイデータ;創薬ターゲット遺伝子;Fenofibrate;Gefitinib;漢方薬;マイクロアレイ;タンパク質相互作用;自己分泌パスウェイ
      • イン・シリコ生命ネットワーク構築のための遺伝子ネットワーク推定とシミュレーション
        特定領域研究
        生物系
        東京大学
        宮野 悟
        完了
        遺伝子ネットワーク;システム生物学;モデリング;シミュレーション;マイクロアレイ;パスウェイモデリング;タンパク質相互作用;CSML;タンパク質ネットワーク;システムバイオロジー;マイクロアレイ解析;ベイジアンネットワーク;Petriネット
      • がん発生・抑止機構の計算機モデル化によるシステム的理解と新分子標的推定手法の開発
        特定領域研究
        生物系
        山口大学
        松野 浩嗣
        完了
        生命パスウェイ;シミュレーション;ペトリネット;ニューラルネットワーク;破綻部位推定

      外部資金:その他

      • B型肝炎ウイルスおよびヒトゲノムの解析に基づくクリニカルシークエンスに向けた研究/バイオバンクToMMoとの連携、ゲノム解析(Imputation)による宿主因子の探索、遺伝情報学的解析手法の開発
        日本医療研究開発機構
        自 2019年04月01日, 至 2021年03月31日
        徳永 勝士
      • NGS技術を駆使した遺伝学的解析による家族性乳がんの原因遺伝子同定と標準化医療構築/遺伝学・情報科学的解析による原因遺伝子候補の絞り込み
        日本医療研究開発機構
        自 2016年05月25日, 至 2022年03月31日
        中村 清吾
      • クラウド計算環境を利用したゲノム医科学研究の倫理・技術課題の調査と実践/クラウド環境におけるゲノム解析ワークフローの構築
        日本医療研究開発機構
        自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日
        徳永 勝士
      • 長鎖・短鎖シーケンシング技術の統合による構造変異の検出と非翻訳領域情報を駆使した未診断症例の解決
        日本医療研究開発機構
        自 2020年04月01日, 至 2022年03月31日
        小崎 健次郎
      • 筋萎縮性側索硬化症克服のためのDeep-Phenotypingの統合解析を通じた治療開発研究
        日本医療研究開発機構
        自 2020年04月01日, 至 2022年03月31日
        祖父江 元
      • 将来の創薬を念頭に置いた心不全発症・増悪リスク層別化マーカーの開発
        日本医療研究開発機構
        自 2020年04月01日, 至 2022年03月31日
        坂田 泰彦
      list
        Last Updated :2022/05/14

        教育

        担当科目

        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          ゲノム医学 I
          前期, 医学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          ゲノム医学 II
          後期, 医学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          次世代シークエンス技術を用いたゲノム解析とその応用
          後期集中, 医学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          ゲノム科学と医療
          後期, 医学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          ゲノム医学 I
          前期, 医学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          ゲノム医学 II
          後期, 医学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          次世代シークエンス技術を用いたゲノム解析とその応用
          後期集中, 医学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          ゲノム科学と医療
          後期, 医学研究科

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