基本情報

学位

• 修士（理学）(東京大学)
• 博士（理学）(東京大学)

出身大学院・研究科等

• 東京大学, 大学院理学系研究科修士課程情報科学専攻, 修了
• 東京大学, 大学院理学系研究科博士課程情報科学専攻, 修了

出身学校・専攻等

• 東京大学, 理学部情報科学科, 卒業

出身高等学校

• 出身高等学校

  洛南高等学校

ID,URL

• J-Global ID

  201801000962157848

• 外部リンク

  http://nagasakilab.csml.org/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/m.nagasaki

研究

研究キーワード

• 大規模情報解析
• バイオメディカルインフォマティクス
• バイオインフォマティクス

研究分野

• ライフサイエンス, ゲノム生物学

論文

• LILR genotype imputation with attribute bagging (LIBAG): leukocyte immunoglobulin-like receptor copy number imputation system.

  Seik-Soon Khor; Kouyuki Hirayasu; Yosuke Kawai; Hie Lim Kim; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga

  Frontiers in immunology, 2025年

  
• Genome-wide association and multi-omics analyses provide insights into the disease mechanisms of central serous chorioretinopathy.

  Yuki Mori; Elon H C van Dijk; Masahiro Miyake; Yoshikatsu Hosoda; Anneke I den Hollander; Suzanne Yzer; Akiko Miki; Li Jia Chen; Jeeyun Ahn; Ayako Takahashi; Kazuya Morino; Shin-Ya Nakao; Carel B Hoyng; Danny S C Ng; Ling-Ping Cen; Haoyu Chen; Tsz Kin Ng; Chi Pui Pang; Kwangsic Joo; Takehiro Sato; Yasuhiko Sakata; Atsushi Tajima; Yasuharu Tabara; Kyu Hyung Park; Fumihiko Matsuda; Kenji Yamashiro; Shigeru Honda; Masao Nagasaki; Camiel J F Boon; Akitaka Tsujikawa

  Scientific Reports, 2025年03月, 査読有り

  
• JoGo-LILR caller: Unveiling and navigating the complex diversity of LILRB3-LILRA6 copy number haplotype structures with whole-genome sequencing.

  Masao Nagasaki; Kouyuki Hirayasu; Seik-Soon Khor; Ryoko Otokozawa; Yayoi Sekiya; Yosuke Kawai; Katsushi Tokunaga

  Human immunology, 2025年03月06日

  
• Hybrid Functional Petri Net with Extension for Dynamic Pathway Modeling.

  Ayumu Saito; Masao Nagasaki; Hiroshi Matsuno; Satoru Miyano

  Modeling in Systems Biology, The Petri Net Approach, 2016年

  
• Foundations of Systems Biology - Using Cell Illustrator® and Pathway Databases.

  Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Atsushi Doi; Hiroshi Matsuno; Satoru Miyano

  2009年

  
• Integrating Biopathway Databases for Large-scale Modeling and Simulation.

  Masao Nagasaki; Atsushi Doi; Hiroshi Matsuno; Satoru Miyano

  Second Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2004)(APBC), 2004年

  
• High-risk pathogenic germline variants in blood relatives of BRCA1/2 negative probands

  Reiko Yoshida; Tomoko Kaneyasu; Arisa Ueki; Hideko Yamauchi; Shozo Ohsumi; Shinji Ohno; Daisuke Aoki; Shinichi Baba; Junko Kawano; Naomichi Matsumoto; Masao Nagasaki; Takayuki Ueno; Hitoshi Inari; Yusuke Kobayashi; Junko Takei; Osamu Gotoh; Mitsuyo Nishi; Miki Okamura; Keika Kaneko; Megumi Okawa; Misato Suzuki; Sayuri Amino; Mayuko Inuzuka; Tetsuo Noda; Seiichi Mori; Seigo Nakamura

  Breast Cancer, 2024年07月13日

  
• Genetically Predicted Higher Levels of Caffeic Acid Are Protective Against Ulcerative Colitis: A Comprehensive Metabolome Analysis

  Takeo Naito; Ryuya Osaka; Yoichi Kakuta; Yosuke Kawai; Seik-Soon Khor; Junji Umeno; Katsushi Tokunaga; NCBN Controls WGS Consortium; Hantsue Ishibashi-Ueda; Tsutomu Tomita; Michio Noguchi; Ayako Takahashi; Yu-ichi Goto; Sumiko Yoshida; Kotaro Hattori; Ryo Matsumura; Aritoshi Iida; Yutaka Maruoka; Hiroyuki Gatanaga; Masaya Sugiyama; Satoshi Suzuki; Kengo Miyo; Yoichi Matsubara; Akihiro Umezawa; Kenichiro Hata; Tadashi Kaname; Kouichi Ozaki; Haruhiko Tokuda; Hiroshi Watanabe; Shumpei Niida; Eisei Noiri; Koji Kitajima; Yosuke Omae; Reiko Miyahara; Hideyuki Shimanuki; Yosuke Kawai; Katsushi Tokunaga; Hiroshi Nagai; Yusuke Shimoyama; Rintaro Moroi; Hisashi Shiga; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Atsushi Masamune

  Inflammatory Bowel Diseases, 2024年06月29日

  
• Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging to capture specific cell states.

  Kosuke Tomimatsu; Takeru Fujii; Ryoma Bise; Kazufumi Hosoda; Yosuke Taniguchi; Hiroshi Ochiai; Hiroaki Ohishi; Kanta Ando; Ryoma Minami; Kaori Tanaka; Taro Tachibana; Seiichi Mori; Akihito Harada; Kazumitsu Maehara; Masao Nagasaki; Seiichi Uchida; Hiroshi Kimura; Masashi Narita; Yasuyuki Ohkawa

  Nature communications, 2024年05月08日

  
• Genetic Background of Mesalamine-induced Fever and Diarrhea in Japanese Patients with Inflammatory Bowel Disease

  Kaoru Suzuki; Yoichi Kakuta; Takeo Naito; Tetsuya Takagawa; Hiroyuki Hanai; Hiroshi Araki; Yu Sasaki; Hirotake Sakuraba; Makoto Sasaki; Tadakazu Hisamatsu; Satoshi Motoya; Takayuki Matsumoto; Motoyuki Onodera; Yoh Ishiguro; Hiroshi Nakase; Akira Andoh; Sakiko Hiraoka; Masaru Shinozaki; Toshimitsu Fujii; Takehiko Katsurada; Taku Kobayashi; Mikihiro Fujiya; Takafumi Otsuka; Naoki Oshima; Yasuo Suzuki; Yuichirou Sato; Ryota Hokari; Mitsunori Noguchi; Yuki Ohta; Minoru Matsuura; Yosuke Kawai; Katsushi Tokunaga; Masao Nagasaki; Hisaaki Kudo; Naoko Minegishi; Daisuke Okamoto; Yusuke Shimoyama; Rintaro Moroi; Masatake Kuroha; Hisashi Shiga; Dalin Li; Dermot P B McGovern; Yoshitaka Kinouchi; Atsushi Masamune; MENDEL study group; Kentaro Ikeya; Atsushi Nishida; Shoko Nakagawa; Miki Miura; Takahiko Toyonaga; Kei Onodera

  Inflammatory Bowel Diseases, 2022年01月05日

  
• Parameter estimation of biological pathways using data assimilation and model checking

  Chen Li; Keisuke Kuroyanagi; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  CEUR Workshop Proceedings, 2011年

  
• Towards biopathway modeling and simulation

  Hiroshi Matsuno; Sachie Fujita; Atsushi Doi; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2003年

  
• Mutations of CYP1B1 and FOXC1 genes for childhood glaucoma in Japanese individuals

  Nobuo Fuse; Masae Kimura; Ai Shimizu; Seizo Koshiba; Teruhiko Hamanaka; Makoto Nakamura; Nobuo Ishida; Hiroshi Sakai; Yoko Ikeda; Kazuhiko Mori; Atsushi Endo; Masao Nagasaki; Fumiki Katsuoka; Jun Yasuda; Yoichi Matsubara; Toru Nakazawa; Masayuki Yamamoto

  Japanese Journal of Ophthalmology, 2024年08月19日

  
• Identification of the hybrid gene LILRB5-3 by long-read sequencing and implication of its novel signalling function.

  Kouyuki Hirayasu; Seik-Soon Khor; Yosuke Kawai; Mihoko Shimada; Yosuke Omae; Gen Hasegawa; Yuko Hashikawa; Hiromu Tanimoto; Jun Ohashi; Kazuyoshi Hosomichi; Atsushi Tajima; Hiroyuki Nakamura; Minoru Nakamura; Katsushi Tokunaga; Rikinari Hanayama; Masao Nagasaki

  Frontiers in Immunology. in press, 2024年06月

  
• A genome-wide association study identified PTPN2 as a population-specific susceptibility gene locus for primary biliary cholangitis.

  Yuki Hitomi; Kazuko Ueno; Yoshihiro Aiba; Nao Nishida; Michihiro Kono; Mitsuki Sugihara; Yosuke Kawai; Minae Kawashima; Seik-Soon Khor; Kazuhiro Sugi; Hirotaka Kouno; Hiroshi Kouno; Atsushi Naganuma; Satoru Iwamoto; Shinji Katsushima; Kiyoshi Furuta; Toshiki Nikami; Tomohiko Mannami; Tsutomu Yamashita; Keisuke Ario; Tatsuji Komatsu; Fujio Makita; Masaaki Shimada; Noboru Hirashima; Shiro Yokohama; Hideo Nishimura; Rie Sugimoto; Takuya Komura; Hajime Ota; Motoyuki Kojima; Makoto Nakamuta; Naoyuki Fujimori; Kaname Yoshizawa; Yutaka Mano; Hironao Takahashi; Kana Hirooka; Satoru Tsuruta; Takeaki Sato; Kazumi Yamasaki; Yuki Kugiyama; Yasuhide Motoyoshi; Tomoyuki Suehiro; Akira Saeki; Kosuke Matsumoto; Shinya Nagaoka; Seigo Abiru; Hiroshi Yatsuhashi; Masahiro Ito; Kazuhito Kawata; Akinobu Takaki; Kuniaki Arai; Teruko Arinaga; Masanori Abe; Masaru Harada; Makiko Taniai; Mikio Zeniya; Hiromasa Ohira; Shinji Shimoda; Atsumasa Komori; Atsushi Tanaka; Kazuyoshi Ishigaki; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura

  Hepatology (Baltimore, Md.), 2024年04月23日

  
• The Results of Genetic Analysis and Clinical Outcomes after Stent Deployment in Adult Patients with Isolated Peripheral Pulmonary Artery Stenosis

  Misaki Kanezawa; Hiroto Shimokawahara; Masahiro Tsuji; Kazuki Suruga; Ayane Miyagi; Minako Marunaka; Takashi Mukai; Takahisa Kawaguchi; Ta-Yu Yang; Izumi Yamaguchi; Masao Nagasaki; Fumihiko Matsuda; Hiromi Matsubara

  European Respiratory Journal, 2023年11月23日

  
• Analysis of Genetic Polymorphism of Bitter Taste Receptor TAS2R38 and TAS2R46, and Its Relationship with Eating and Drinking Habits in Japanese ToMMo Subjects

  Michiko YAMAKI; Hiroki SAITO; Takahiro MIMORI; Yoichi SUZUKI; Masao NAGASAKI; Kichiya SUZUKI; Shizuko SATOH-KURIWADA; Noriaki SHOJI; Kunio ISONO; Tomoko GOTO; Hitoshi SHIRAKAWA; Michio KOMAI

  Journal of Nutritional Science and Vitaminology, 2023年10月31日

  
• rs10924104 in the expression enhancer motif of CD58 confers susceptibility to human autoimmune diseases.

  Yuki Hitomi; Kazuko Ueno; Yoshihiro Aiba; Nao Nishida; Yosuke Kawai; Minae Kawashima; Seik-Soon Khor; Sanami Takada; Chisato Iwabuchi; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura

  Human genetics, 2023年11月23日

  
• HLA-DQA1*05 and upstream variants of PPARGC1B are associated with infliximab persistence in Japanese Crohn's disease patients.

  Fumiko Shimoda; Takeo Naito; Yoichi Kakuta; Yosuke Kawai; Katsushi Tokunaga; Yusuke Shimoyama; Rintaro Moroi; Hisashi Shiga; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Atsushi Masamune

  The pharmacogenomics journal, 2023年07月17日

  
• 原発性胆汁性胆管炎の肝組織におけるPOU2AF1とその関連遺伝子の解析

  相葉 佳洋; 伊東 正博; 植野 和子; 人見 祐基; 小森 敦正; 阿比留 正剛; 長岡 進矢; 八橋 弘; 長崎 正朗; 徳永 勝士; 中村 稔

  日本臨床免疫学会総会プログラム・抄録集, 2022年10月

  
• Novel HLA allele associations with susceptibility, staging, symptomatic state, autoimmune hepatitis and hepatocellular carcinoma events for primary biliary cholangitis in the Japanese population.

  Seik-Soon Khor; Kazuko Ueno; Nao Nishida; Minae Kawashima; Yosuke Kawai; Yoshihiro Aiba; Yuki Hitomi; Masao Nagasaki; Minoru Nakamura; Katsushi Tokunaga

  Frontiers in immunology, 2023年05月

  
• Prediction Model with HLA-A*33:03 Reveals Number of Days to Develop Liver Cancer from Blood Test.

  Nao Nishida; Jun Ohashi; Goki Suda; Takehiro Chiyoda; Nobuharu Tamaki; Takahiro Tomiyama; Sachiko Ogasawara; Masaya Sugiyama; Yosuke Kawai; Seik-Soon Khor; Masao Nagasaki; Akihiro Fujimoto; Takayo Tsuchiura; Miyuki Ishikawa; Koichi Matsuda; Hirohisa Yano; Tomoharu Yoshizumi; Namiki Izumi; Kiyoshi Hasegawa; Naoya Sakamoto; Masashi Mizokami; Katsushi Tokunaga

  International journal of molecular sciences, 2023年03月01日

  
• Genetic architecture of the inflammatory bowel diseases across East Asian and European ancestries.

  Zhanju Liu; Ruize Liu; Han Gao; Seulgi Jung; Xiang Gao; Ruicong Sun; Xiaoming Liu; Yongjae Kim; Ho-Su Lee; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki; Junji Umeno; Katsushi Tokunaga; Yoshitaka Kinouchi; Atsushi Masamune; Wenzhao Shi; Chengguo Shen; Zhenglin Guo; Kai Yuan; Shu Zhu; Dalin Li; Jianjun Liu; Tian Ge; Judy Cho; Mark J Daly; Dermot P B McGovern; Byong Duk Ye; Kyuyoung Song; Yoichi Kakuta; Mingsong Li; Hailiang Huang

  Nature genetics, 2023年05月08日

  
• CFH-CFHR1 hybrid genes in two cases of atypical hemolytic uremic syndrome

  Yuka Sugawara; Hideki Kato; Masao Nagasaki; Yoko Yoshida; Madoka Fujisawa; Naoko Minegishi; Masayuki Yamamoto; Masaomi Nangaku

  Journal of Human Genetics, 2023年02月09日

  
• Genome-wide survival analysis for macular neovascularization development in central serous chorioretinopathy revealed shared genetic susceptibility with polypoidal choroidal vasculopathy.

  Yuki Mori; Masahiro Miyake; Yoshikatsu Hosoda; Akiko Miki; Ayako Takahashi; Yuki Muraoka; Manabu Miyata; Takehiro Sato; Hiroshi Tamura; Sotaro Ooto; Ryo Yamada; Kenji Yamashiro; Makoto Nakamura; Atsushi Tajima; Masao Nagasaki; Shigeru Honda; Akitaka Tsujikawa

  Ophthalmology, 2022年09月, 査読有り

  
• パスウェイロジスティック回帰モデルに基づくがんの多様性解析(セッション3B)

  川野 秀一; 島村 徹平; 新井田 厚司; 井元 清哉; 山口 類; 長崎 正朗; 吉田 亮; Print Cristin; 宮野 悟

  日本計算機統計学会シンポジウム論文集, 2010年

  
• Genomic Object Net in JAVA: A Platform for Biopathway Modeling and Simulation

  Nagasaki Masao; Doi Atsushi; Sasaki Makiko; Savoie Christopher J.; Matsuno Hiroshi; Miyano Satoru

  Genome Informatics, 2002年

  
• Protein Dynamics Observations of Lambda Phage by Hybrid Petri Net

  Doi Atsushi; Drath Rainer; Nagasaki Masao; Matsuno Hiroshi; Miyano Satoru

  Genome Informatics, 1999年

  
• Genome-Wide Association Study and Transcriptome of Japanese Patients with Developmental Dysplasia of the Hip Demonstrates an Association with the Ferroptosis Signaling Pathway

  Yu Mori; Kazuko Ueno; Daisuke Chiba; Ko Hashimoto; Yosuke Kawai; Kazuyoshi Baba; Hidetatsu Tanaka; Takashi Aki; Masanori Ogasawara; Naoto Shibasaki; Katsushi Tokunaga; Toshimi Aizawa; Masao Nagasaki

  International Journal of Molecular Sciences, 2023年03月06日

  
• Design and implementation of a hybrid cloud system for large-scale human genomic research

  Masao Nagasaki; Yayoi Sekiya; Akihiro Asakura; Ryo Teraoka; Ryoko Otokozawa; Hiroki Hashimoto; Takahisa Kawaguchi; Keiichiro Fukazawa; Yuichi Inadomi; Ken T. Murata; Yasuyuki Ohkawa; Izumi Yamaguchi; Takamichi Mizuhara; Katsushi Tokunaga; Yuji Sekiya; Toshihiro Hanawa; Ryo Yamada; Fumihiko Matsuda

  Human Genome Variation, 2023年02月08日, 査読有り

  
• 時系列ライフログと妊娠糖尿病の関連解析

  熊谷 沙津希; 越智 大介; 山内 隆史; 和形 麻衣子; 長崎 正朗; 菅原 準一

  糖尿病と妊娠, 2018年11月

  
• 妊娠関連疾患の予防・早期発見のためのヘルスケアデータと多層オミックスデータの統合解析を目指して

  原田 祐希; 越智 大介; 山内 隆史; 山下 理宇; 檜山 聡; 長崎 正朗; 菅原 準一; マタニティログプロジェクトチーム

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, 2016年09月

  
• Parameter estimation of in silico biological pathways with particle filtering towards a petascale computing.

  Nakamura K; Yoshida R; Nagasaki M; Miyano S; Higuchi T

  Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing, 2009年, 査読有り

  
• Sex-Specific Differences in the Transcriptome of the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex in Schizophrenia.

  Zhiqian Yu; Kazuko Ueno; Ryo Funayama; Mai Sakai; Naoki Nariai; Kaname Kojima; Yoshie Kikuchi; Xue Li; Chiaki Ono; Junpei Kanatani; Jiro Ono; Kazuya Iwamoto; Kenji Hashimoto; Kengo Kinoshita; Keiko Nakayama; Masao Nagasaki; Hiroaki Tomita

  Molecular neurobiology, 2022年11月22日

  
• rs2013278 in the multiple immunological-trait susceptibility locus CD28 regulates the production of non-functional splicing isoforms.

  Yuki Hitomi; Yoshihiro Aiba; Kazuko Ueno; Nao Nishida; Yosuke Kawai; Minae Kawashima; Makoto Tsuiji; Chisato Iwabuchi; Sanami Takada; Noriko Miyake; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura

  Human genomics, 2022年10月21日

  
• Longitudinal plasma amino acid profiling with maternal genomic background throughout human pregnancy

  Matsuyuki Shirota; Daisuke Saigusa; Riu Yamashita; Yasutake Kato; Mitsuyo Matsumoto; Junya Yamagishi; Noriko Ishida; Kazuki Kumada; Yuji Oe; Hisaaki Kudo; Junji Yokozawa; Yoko Kuroki; Ikuko Motoike; Fumiki Katsuoka; Masao Nagasaki; Seizo Koshiba; Keiko Nakayama; Osamu Tanabe; Jun Yasuda; Shigeo Kure; Kengo Kinoshita; Hirohito Metoki; Shinichi Kuriyama; Nobuo Yaegashi; Masayuki Yamamoto; Junichi Sugawara

  Medical Mass Spectrometry, 2020年04月16日, 査読有り

  
• rs9459874 and rs1012656 in CCR6/FGFR1OP confer susceptibility to primary biliary cholangitis.

  Yuki Hitomi; Yoshihiro Aiba; Kazuko Ueno; Nao Nishida; Yosuke Kawai; Minae Kawashima; Michio Yasunami; Olivier Gervais; Masahiro Ito; Heather J Cordell; George F Mells; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Makoto Tsuiji; Minoru Nakamura

  Journal of autoimmunity, 2022年01月

  
• まれな変異に重点を置いた尿酸値の遺伝率の研究

  三澤 計治; 三島 英換; 長谷川 嵩矩; 大内 基司; 小島 要; 河合 洋介; 松尾 雅文; 安西 尚彦; 長崎 正朗

  痛風と尿酸・核酸, 2021年07月

  
• まれな変異に重点を置いた尿酸値の遺伝率の研究

  三澤 計治; 三島 英換; 長谷川 嵩矩; 大内 基司; 小島 要; 河合 洋介; 松尾 雅文; 安西 尚彦; 長崎 正朗

  痛風と尿酸・核酸, 2021年07月

  
• Crohn's disease and early exposure to thiopurines are independent risk factors for mosaic chromosomal alterations in patients with inflammatory bowel diseases.

  Yoichi Kakuta; Hideya Iwaki; Junji Umeno; Yosuke Kawai; Masahiro Kawahara; Tetsuya Takagawa; Yusuke Shimoyama; Takeo Naito; Rintaro Moroi; Masatake Kuroha; Hisashi Shiga; Kenji Watanabe; Shiro Nakamura; Hiroshi Nakase; Makoto Sasaki; Hiroyuki Hanai; Yuta Fuyuno; Atsushi Hirano; Takayuki Matsumoto; Hisaaki Kudo; Naoko Minegishi; Minoru Nakamura; Tadakazu Hisamatsu; Akira Andoh; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Yoshitaka Kinouchi; Atsushi Masamune

  Journal of Crohn's & colitis, 2021年11月09日

  
• Machine learning approaches to predict gestational age in normal and complicated pregnancies via urinary metabolomics analysis.

  Takafumi Yamauchi; Daisuke Ochi; Naomi Matsukawa; Daisuke Saigusa; Mami Ishikuro; Taku Obara; Yoshiki Tsunemoto; Satsuki Kumatani; Riu Yamashita; Osamu Tanabe; Naoko Minegishi; Seizo Koshiba; Hirohito Metoki; Shinichi Kuriyama; Nobuo Yaegashi; Masayuki Yamamoto; Masao Nagasaki; Satoshi Hiyama; Junichi Sugawara

  Scientific reports, 2021年09月07日

  
• 複数実験条件下における遺伝子ネットワーク比較のための推定法(セッション4A)

  島村 徹平; 井元 清哉; 山口 類; 長崎 正朗; 宮野 悟

  日本計算機統計学会シンポジウム論文集, 2009年

  
• Antiemetic effects of baclofen in a shrew model of postoperative nausea and vomiting: Whole‐transcriptome analysis in the nucleus of the solitary tract

  Daisuke Konno; Shigekazu Sugino; Tomoko F Shibata; Kazuharu Misawa; Yuka Imamura‐Kawasawa; Jun Suzuki; Kanta Kido; Masao Nagasaki; Masanori Yamauchi

  CNS Neuroscience & Therapeutics, 2022年03月03日

  
• A single-nucleotide-polymorphism in the 5′-flanking region of MSX1 gene as a predictive marker candidate for platinum-based therapy of esophageal carcinoma

  Takahiro Mori; Kazuko Ueno; Katsushi Tokunaga; Yosuke Kawai; Koichi Matsuda; Nao Nishida; Keigo Komine; Sakae Saito; Masao Nagasaki

  Therapeutic Advances in Medical Oncology, 2022年02月24日

  
• Mapping of susceptible variants for cold medicine-related Stevens–Johnson syndrome by whole-genome resequencing

  Yosuke Kawai; Yuki Hitomi; Mayumi Ueta; Seik-Soon Khor; Ken Nakatani; Chie Sotozono; Shigeru Kinoshita; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga

  npj Genomic Medicine, 2021年12月

  
• X Chromosome Contribution to the Genetic Architecture of Primary Biliary Cholangitis.

  Rosanna Asselta; Elvezia M Paraboschi; Alessio Gerussi; Heather J Cordell; George F Mells; Richard N Sandford; David E Jones; Minoru Nakamura; Kazuko Ueno; Yuki Hitomi; Minae Kawashima; Nao Nishida; Katsushi Tokunaga; Masao Nagasaki; Atsushi Tanaka; Ruqi Tang; Zhiqiang Li; Yongyong Shi; Xiangdong Liu; Ma Xiong; Gideon Hirschfield; Katherine A Siminovitch; Marco Carbone; Giulia Cardamone; Stefano Duga; M Eric Gershwin; Michael F Seldin; Pietro Invernizzi

  Gastroenterology, 2021年06月

  
• An international genome-wide meta-analysis of primary biliary cholangitis: novel risk loci and candidate drugs

  Heather J. Cordell; James J. Fryett; Kazuko Ueno; Rebecca Darlay; Yoshihiro Aiba; Yuki Hitomi; Minae Kawashima; Nao Nishida; Seik-Soon Khor; Olivier Gervais; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Ruqi Tang; Yongyong Shi; Zhiqiang Li; Brian D. Juran; Elizabeth J. Atkinson; Alessio Gerussi; Marco Carbone; Rosanna Asselta; Angela Cheung; Mariza de Andrade; Aris Baras; Julie Horowitz; Manuel A.R. Ferreira; Dylan Sun; David E. Jones; Steven Flack; Ann Spicer; Victoria L. Mulcahy; Jinyoung Byan; Younghun Han; Richard N. S; ford; Konstantinos N. Lazaridis; Christopher I. Amos; Gideon M. Hirschfield; Michael F. Seldin; Pietro Invernizzi; Katherine A. Siminovitch; Xiong Ma; Minoru Nakamura; George F. Mells; Katherine A. Siminovitch; Gideon M. Hirschfield; Andrew Mason; Catherine Vincent; Gang Xie; Jinyi Zhang; Ruqi Tang; Xiong Ma; Zhiqiang Li; Yongyong Shi; Andrea Affronti; Piero L. 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Gordon; Jo Ridpath; Theodore Ngatchu; Vijay Paul Bob Grover; Ray G. Shidrawi; George Abouda; L. Corless; Mark Narain; Ian Rees; Ashley Brown; Simon Taylor-Robinson; Joy Wilkins; Leonie Grellier; Paul Banim; Debasish Das; Michael A. Heneghan; Howard Curtis; Helen C. Matthews; Faiyaz Mohammed; Mark Aldersley; Raj Srirajaskanthan; Giles Walker; Alistair McNair; Amar Sharif; Sambit Sen; George Bird; Martin I. Prince; Geeta Prasad; Paul Kitchen; Adrian Barnardo; Chirag Oza; Nurani N. Sivaramakrishnan; Prakash Gupta; Amir Shah; Chris DJ. Evans; Subrata Saha; Katharine Pollock; Peter Bramley; Ashis Mukhopadhya; Stephen T. Barclay; Natasha McDonald; Andrew J. Bathgate; Kelvin Palmer; John F. Dillon; Simon M. Rushbrook; Robert Przemioslo; Chris McDonald; Andrew Millar; Cheh Tai; Stephen Mitchell; Jane Metcalf; Syed Shaukat; Mary Ninkovic; Udi Shmueli; Andrew Davis; Asifabbas Naqvi; Tom JW. Lee; Stephen Ryder; Jane Collier; Howard Klass; Matthew E. Cramp; Nichols Sharer; Richard Aspinall; Deb Ghosh; Andrew C. Douds; Jonathan Booth; Earl Williams; Hyder Hussaini; John Christie; Steven Mann; Douglas Thorburn; Aileen Marshall; Imran Patanwala; Aftab Ala; Julia Maltby; Ray Matthew; Chris Corbett; Sam Vyas; Saket Singhal; Dermot Gleeson; Sharat Misra; Jeff Butterworth; Keith George; Tim Harding; Andrew Douglass; Harriet Mitchison; Simon Panter; Jeremy Shearman; Gary Bray; Michael Roberts; Graham Butcher; Daniel Forton; Zahid Mahmood; Matthew Cowan; Debashis Das; Chin Lye Ch{\textquotesingle}ng; Mesbah Rahman; Gregory C.A. Whatley; Emma Wesley; Aditya M; al; Sanjiv Jain; Stephen P. Pereira; Mark Wright; Palak Trivedi; Fiona H. Gordon; Esther Unitt; Altaf Palejwala; Andrew Austin; Vishwaraj Vemala; Allister Grant; Andrew D. Higham; Alison Brind; Ray Mathew; Mark Cox; Subramaniam Ramakrishnan; Alistair King; Simon Whalley; Jocelyn Fraser; S.J. Thomson; Andrew Bell; Voi Shim Wong; Richard Kia; Ian Gee; Richard Keld; Rupert Ransford; James Gotto; Charles Millson; Brian D. Juran; Elizabeth J. Atkinson; Angela Cheung; Mariza de Andrade; Konstantinos N. Lazaridis; Naga Chalasani; Vel Luketic; Joseph Odin; Kapil Chopra; Aris Baras; Julie Horowitz; Goncalo Abecasis; Michael Cantor; Giovanni Coppola; Aris Economides; Luca A. Lotta; John D. Overton; Jeffrey G. Reid; Alan Shuldiner; Christina Beechert; Caitlin Forsythe; Erin D. Fuller; Zhenhua Gu; Michael Lattari; Alex; er Lopez; John D. Overton; Thomas D. Schleicher; Maria Sotiropoulos Padilla; Karina Toledo; Louis Widom; Sarah E. Wolf; Manasi Pradhan; Kia Manoochehri; Ricardo H. Ulloa; Xiaodong Bai; Suganthi Balasubramanian; Lel; Barnard; Andrew Blumenfeld; Gisu Eom; Lukas Habegger; Alicia Hawes; Shareef Khalid; Jeffrey G. Reid; Evan K. Maxwell; William Salerno; Jeffrey C. Staples; Marcus B. Jones; Lyndon J. Mitnaul

  Journal of Hepatology, 2021年05月

  この論文にアクセスする：

  
• Regional heritability mapping identifies several novel loci (STAT4, ULK4, and KCNH5) for primary biliary cholangitis in the Japanese population

  Olivier Gervais; Kazuko Ueno; Yosuke Kawai; Yuki Hitomi; Yoshihiro Aiba; Mayumi Ueta; Minoru Nakamura; Katsushi Tokunaga; Masao Nagasaki

  European Journal of Human Genetics, 2021年04月09日

  この論文にアクセスする：

  
• High-speed parameter search of dynamic biological pathways from time-course transcriptomic profiles using high-level Petri net

  Chen Li; Jiale Qin; Keisuke Kuroyanagi; Lu Lu; Masao Nagasaki; Miyano Satoru

  Biosystems, 2021年03月

  
• rs1944919 on chromosome 11q23.1 and its effector genes COLCA1/COLCA2 confer susceptibility to primary biliary cholangitis.

  Yuki Hitomi; Yoshihiro Aiba; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Kazuko Ueno; Nao Nishida; Minae Kawashima; Olivier Gervais; Seik-Soon Khor; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura; Makoto Tsuiji

  Scientific reports, 2021年02月25日

  
• Practical guide for managing large-scale human genome data in research

  Tomoya Tanjo; Yosuke Kawai; Katsushi Tokunaga; Osamu Ogasawara; Masao Nagasaki

  Journal of Human Genetics, 2021年01月23日

  
• Digenic mutations in ALDH2 and ADH5 impair formaldehyde clearance and cause a multisystem disorder, AMeD syndrome.

  Masao Nagasaki

  Science advances, 2020年12月18日

  
• Direct reprogramming of human umbilical vein- and peripheral blood-derived endothelial cells into hepatic progenitor cells

  Hiroki Inada; Miyako Udono; Kanae Matsuda-Ito; Kenichi Horisawa; Yasuyuki Ohkawa; Shizuka Miura; Takeshi Goya; Junpei Yamamoto; Masao Nagasaki; Kazuko Ueno; Daisuke Saitou; Mikita Suyama; Yoshihiko Maehara; Wataru Kumamaru; Yoshihiro Ogawa; Sayaka Sekiya; Atsushi Suzuki

  Nature Communications, 2020年12月

  
• A multi-ethnic meta-analysis identifies novel genes, including ACSL5, associated with amyotrophic lateral sclerosis

  Masao Nagasaki

  Communications Biology, 2020年12月, 査読有り

  
• Long non-coding RNA MIR4300HG polymorphisms are associated with postoperative nausea and vomiting: a genome-wide association study

  Masao Nagasaki

  Human Genomics, 2020年12月, 査読有り

  
• Identification of the Novel Variants in Patients With Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension.

  Nobuhiro Yaoita; Kimio Satoh; Taijyu Satoh; Toru Shimizu; Sakae Saito; Koichiro Sugimura; Shunsuke Tatebe; Saori Yamamoto; Tatsuo Aoki; Nobuhiro Kikuchi; Ryo Kurosawa; Satoshi Miyata; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Hiroaki Shimokawa

  Journal of the American Heart Association, 2020年11月03日

  
• The Dynamics of Transcriptional Activation by Hepatic Reprogramming Factors

  Kenichi Horisawa; Miyako Udono; Kazuko Ueno; Yasuyuki Ohkawa; Masao Nagasaki; Sayaka Sekiya; Atsushi Suzuki

  Molecular Cell, 2020年08月

  
• Genome‐Wide Association Study of Lean Nonalcoholic Fatty Liver Disease Suggests Human Leukocyte Antigen as a Novel Candidate Locus

  Masao Nagasaki

  Hepatology Communications, 2020年08月, 査読有り

  
• 尿酸値の失われた遺伝率は、レアバリアントがかなりの部分を説明する

  三澤 計治; 長谷川 嵩矩; 三島 英換; Jutabha Promsuk; 大内 基司; 小島 要; 河合 洋介; 長崎 正朗; 安西 尚彦

  痛風と尿酸・核酸, 2020年07月

  
• 尿酸値の失われた遺伝率は、レアバリアントがかなりの部分を説明する

  三澤 計治; 長谷川 嵩矩; 三島 英換; Jutabha Promsuk; 大内 基司; 小島 要; 河合 洋介; 長崎 正朗; 安西 尚彦

  痛風と尿酸・核酸, 2020年07月

  
• 肥満と肥満にかかわる環境要因を考慮し日本人集団における17形質のゲノム遺伝率および相関

  Olivier Gervais; 植野 和子; 河合 洋介; 人見 祐基; 三澤 計治; 寺口 俊介; Yen-Yen Wang; 徳永 勝士; 長﨑 正朗

  G3: Genes, Genomics, Genetics, 2020年07月, 査読有り

  
• An Integrated Genomic and Transcriptomic Analysis Reveals Candidates of Susceptibility Genes for Crohn's Disease in Japanese Populations.

  Yoichi Kakuta; Ryo Ichikawa; Yuta Fuyuno; Atsushi Hirano; Junji Umeno; Takehiro Torisu; Kazuhiro Watanabe; Akihiro Asakura; Takeru Nakano; Yasuhiro Izumiyama; Daisuke Okamoto; Takeo Naito; Rintaro Moroi; Masatake Kuroha; Yoshitake Kanazawa; Tomoya Kimura; Hisashi Shiga; Takeshi Naito; Motohiro Esaki; Yosuke Kawai; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura; Takayuki Matsumoto; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Michiaki Unno; Atsushi Masamune

  Scientific reports, 2020年06月24日, 査読有り

  
• Common risk variants in NPHS1 and TNFSF15 are associated with childhood steroid-sensitive nephrotic syndrome

  Masao Nagasaki

  Kidney International, 2020年06月, 査読有り

  
• Variants That Affect Function of Calcium Channel TRPV6 Are Associated With Early-Onset Chronic Pancreatitis.

  Atsushi Masamune; Hiroshi Kotani; Franziska Lena Sörgel; Jian-Min Chen; Shin Hamada; Reiko Sakaguchi; Emmanuelle Masson; Eriko Nakano; Yoichi Kakuta; Tetsuya Niihori; Ryo Funayama; Matsuyuki Shirota; Tatsuya Hirano; Tetsuya Kawamoto; Atsuki Hosokoshi; Kiyoshi Kume; Lara Unger; Maren Ewers; Helmut Laumen; Peter Bugert; Masayuki X Mori; Volodymyr Tsvilovskyy; Petra Weißgerber; Ulrich Kriebs; Claudia Fecher-Trost; Marc Freichel; Kalliope N Diakopoulos; Alexandra Berninger; Marina Lesina; Kentaro Ishii; Takao Itoi; Tsukasa Ikeura; Kazuichi Okazaki; Tom Kaune; Jonas Rosendahl; Masao Nagasaki; Yasuhito Uezono; Hana Algül; Keiko Nakayama; Yoichi Matsubara; Yoko Aoki; Claude Férec; Yasuo Mori; Heiko Witt; Tooru Shimosegawa

  Gastroenterology, 2020年05月, 査読有り

  
• Integrated GWAS and mRNA Microarray Analysis Identified IFNG and CD40L as the Central Upstream Regulators in Primary Biliary Cholangitis.

  Kazuko Ueno; Yoshihiro Aiba; Yuki Hitomi; Shinji Shimoda; Hitomi Nakamura; Olivier Gervais; Yosuke Kawai; Minae Kawashima; Nao Nishida; Seik-Soon Kohn; Kaname Kojima; Shinji Katsushima; Atsushi Naganuma; Kazuhiro Sugi; Tatsuji Komatsu; Tomohiko Mannami; Kouki Matsushita; Kaname Yoshizawa; Fujio Makita; Toshiki Nikami; Hideo Nishimura; Hiroshi Kouno; Hirotaka Kouno; Hajime Ohta; Takuya Komura; Satoru Tsuruta; Kazuhiko Yamauchi; Tatsuro Kobata; Amane Kitasato; Tamotsu Kuroki; Seigo Abiru; Shinya Nagaoka; Atsumasa Komori; Hiroshi Yatsuhashi; Kiyoshi Migita; Hiromasa Ohira; Atsushi Tanaka; Hajime Takikawa; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura

  Hepatology communications, 2020年05月, 査読有り

  
• 尿酸値の失われた遺伝率は、 レアバリアントがかなりの部分を説明する

  Kazuharu Misawa; Takanori Hasegawa; Eikan Mishima; Promsuk Jutabha; Motoshi Ouchi; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Masafumi Matsuo; Naohiko Anzai; Masao Nagasaki

  Genetics, 2020年04月, 査読有り

  
• Genetic Analysis of Ulcerative Colitis in Japanese Individuals Using Population-specific SNP Array.

  Daisuke Okamoto; Yosuke Kawai; Yoichi Kakuta; Takeo Naito; Takehiro Torisu; Atsushi Hirano; Junji Umeno; Yuta Fuyuno; Dalin Li; Takeru Nakano; Yasuhiro Izumiyama; Ryo Ichikawa; Keiichiro Hiramoto; Rintaro Moroi; Masatake Kuroha; Yoshitake Kanazawa; Hisashi Shiga; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura; Motohiro Esaki; Takayuki Matsumoto; Dermot P B McGovern; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Atsushi Masamune

  Inflammatory bowel diseases, 2020年02月19日, 査読有り

  
• Cohort Profile: Tohoku Medical Megabank Project Birth and Three-Generation Cohort Study (TMM BirThree Cohort Study): rationale, progress and perspective.

  Shinichi Kuriyama; Hirohito Metoki; Masahiro Kikuya; Taku Obara; Mami Ishikuro; Chizuru Yamanaka; Masato Nagai; Hiroko Matsubara; Tomoko Kobayashi; Junichi Sugawara; Gen Tamiya; Atsushi Hozawa; Naoki Nakaya; Naho Tsuchiya; Tomohiro Nakamura; Akira Narita; Mana Kogure; Takumi Hirata; Ichiro Tsuji; Fuji Nagami; Nobuo Fuse; Tomohiko Arai; Yoshio Kawaguchi; Shinichi Higuchi; Masaki Sakaida; Yoichi Suzuki; Noriko Osumi; Keiko Nakayama; Kiyoshi Ito; Shinichi Egawa; Koichi Chida; Eiichi Kodama; Hideyasu Kiyomoto; Tadashi Ishii; Akito Tsuboi; Hiroaki Tomita; Yasuyuki Taki; Hiroshi Kawame; Kichiya Suzuki; Naoto Ishii; Soichi Ogishima; Satoshi Mizuno; Takako Takai-Igarashi; Naoko Minegishi; Jun Yasuda; Kazuhiko Igarashi; Ritsuko Shimizu; Masao Nagasaki; Osamu Tanabe; Seizo Koshiba; Hiroaki Hashizume; Hozumi Motohashi; Teiji Tominaga; Sadayoshi Ito; Kozo Tanno; Kiyomi Sakata; Atsushi Shimizu; Jiro Hitomi; Makoto Sasaki; Kengo Kinoshita; Hiroshi Tanaka; Tadao Kobayashi; Shigeo Kure; Nobuo Yaegashi; Masayuki Yamamoto

  International journal of epidemiology, 2020年02月01日, 査読有り

  
• Study profile of The Tohoku Medical Megabank Community-Based Cohort Study.

  Atsushi Hozawa; Kozo Tanno; Naoki Nakaya; Tomohiro Nakamura; Naho Tsuchiya; Takumi Hirata; Akira Narita; Mana Kogure; Kotaro Nochioka; Ryohei Sasaki; Nobuyuki Takanashi; Kotaro Otsuka; Kiyomi Sakata; Shinichi Kuriyama; Masahiro Kikuya; Osamu Tanabe; Junichi Sugawara; Kichiya Suzuki; Yoichi Suzuki; Eiichi N Kodama; Nobuo Fuse; Hideyasu Kiyomoto; Hiroaki Tomita; Akira Uruno; Yohei Hamanaka; Hirohito Metoki; Mami Ishikuro; Taku Obara; Tomoko Kobayashi; Kazuyuki Kitatani; Takako Takai-Igarashi; Soichi Ogishima; Mamoru Satoh; Hideki Ohmomo; Akito Tsuboi; Shinichi Egawa; Tadashi Ishii; Kiyoshi Ito; Sadayoshi Ito; Yasuyuki Taki; Naoko Minegishi; Naoto Ishii; Masao Nagasaki; Kazuhiko Igarashi; Seizo Koshiba; Ritsuko Shimizu; Gen Tamiya; Keiko Nakayama; Hozumi Motohashi; Jun Yasuda; Atsushi Shimizu; Tsuyoshi Hachiya; Yuh Shiwa; Teiji Tominaga; Hiroshi Tanaka; Kotaro Oyama; Ryoichi Tanaka; Hiroshi Kawame; Akimune Fukushima; Yasushi Ishigaki; Tomoharu Tokutomi; Noriko Osumi; Tadao Kobayashi; Fuji Nagami; Hiroaki Hashizume; Tomohiro Arai; Yoshio Kawaguchi; Shinichi Higuchi; Masaki Sakaida; Ryujin Endo; Satoshi Nishizuka; Ichiro Tsuji; Jiro Hitomi; Motoyuki Nakamura; Kuniaki Ogasawara; Nobuo Yaegashi; Kengo Kinoshita; Shigeo Kure; Akio Sakai; Seiichiro Kobayashi; Kenji Sobue; Makoto Sasaki; Masayuki Yamamoto

  Journal of epidemiology, 2020年01月11日, 査読有り

  
• 尿酸値の失われた遺伝率は、レアバリアントがかなりの部分を説明する

  三澤 計治; 長谷川 嵩矩; 三島 英換; Jutabha Promsuk; 大内 基司; 小島 要; 河合 洋介; 長崎 正朗; 安西 尚彦

  日本痛風・核酸代謝学会総会プログラム抄録集, 2020年01月

  
• Prevalence of disease-causing genes in Japanese patients with BRCA1/2-wildtype hereditary breast and ovarian cancer syndrome.

  Tomoko Kaneyasu; Seiichi Mori; Hideko Yamauchi; Shozo Ohsumi; Shinji Ohno; Daisuke Aoki; Shinichi Baba; Junko Kawano; Yoshio Miki; Naomichi Matsumoto; Masao Nagasaki; Reiko Yoshida; Sadako Akashi-Tanaka; Takuji Iwase; Dai Kitagawa; Kenta Masuda; Akira Hirasawa; Masami Arai; Junko Takei; Yoshimi Ide; Osamu Gotoh; Noriko Yaguchi; Mitsuyo Nishi; Keika Kaneko; Yumi Matsuyama; Megumi Okawa; Misato Suzuki; Aya Nezu; Shiro Yokoyama; Sayuri Amino; Mayuko Inuzuka; Tetsuo Noda; Seigo Nakamura

  NPJ breast cancer, 2020年06月, 査読有り

  
• Exploring the Novel Susceptibility Gene Variants for Primary Open-Angle Glaucoma in East Asian Cohorts: The GLAU-GENDISK Study.

  Kim YW; Kim YJ; Cheong HS; Shiga Y; Hashimoto K; Song YJ; Kim SH; Choi HJ; Nishiguchi KM; Kawai Y; Nagasaki M; Nakazawa T; Park KH; Kim DM; Jeoung JW

  Scientific reports, 2020年01月, 査読有り

  
• A low-frequency IL4R locus variant in Japanese patients with intravenous immunoglobulin therapy-unresponsive Kawasaki disease

  Yuji Amano; Yohei Akazawa; Jun Yasuda; Kazuhisa Yoshino; Katsuhiko Kojima; Norimoto Kobayashi; Satoshi Matsuzaki; Masao Nagasaki; Yosuke Kawai; Naoko Minegishi; Noriko Ishida; Noriko Motoki; Akira Hachiya; Yozo Nakazawa; Masayuki Yamamoto; Kenichi Koike; Toshikazu Takeshita

  Pediatric Rheumatology, 2019年12月, 査読有り

  
• Construction of JRG (Japanese reference genome) with single-molecule real-time sequencing

  Masao Nagasaki; Yoko Kuroki; Tomoko F. Shibata; Fumiki Katsuoka; Takahiro Mimori; Yosuke Kawai; Naoko Minegishi; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Yoichi Suzuki; Hiroshi Kawame; Fuji Nagami; Takako Takai-Igarashi; Soichi Ogishima; Kaname Kojima; Kazuharu Misawa; Osamu Tanabe; Nobuo Fuse; Hiroshi Tanaka; Nobuo Yaegashi; Kengo Kinoshita; Shiego Kure; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto

  Human Genome Variation, 2019年12月01日

  
• CD45+CD326+ Cells are Predictive of Poor Prognosis in Non-Small Cell Lung Cancer Patients.

  Kota Ishizawa; Mie Yamanaka; Yuriko Saiki; Eisaku Miyauchi; Shinichi Fukushige; Tetsuya Akaishi; Atsuko Asao; Takahiro Mimori; Ryota Saito; Yutaka Tojo; Riu Yamashita; Michiaki Abe; Akira Sakurada; Nhu-An Pham; Ming Li; Yoshinori Okada; Tadashi Ishii; Naoto Ishii; Seiichi Kobayashi; Masao Nagasaki; Masakazu Ichinose; Ming-Sound Tsao; Akira Horii

  Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research, 2019年11月15日, 査読有り

  
• Correction to: High-resolution melt analysis enables simple genotyping of complicated polymorphisms of codon 18 rendering the NUDT15 diplotype.

  Kakuta Y; Izumiyama Y; Okamoto D; Nakano T; Ichikawa R; Naito T; Moroi R; Kuroha M; Kanazawa Y; Kimura T; Shiga H; Kudo H; Minegishi N; Kawai Y; Tokunaga K; Nagasaki M; Kinouchi Y; Suzuki Y; Masamune A; MENDEL study group

  Journal of gastroenterology, 2019年11月, 査読有り

  
• High-resolution melt analysis enables simple genotyping of complicated polymorphisms of codon 18 rendering the NUDT15 diplotype.

  Kakuta Y; Izumiyama Y; Okamoto D; Nakano T; Ichikawa R; Naito T; Moroi R; Kuroha M; Kanazawa Y; Kimura T; Shiga H; Kudo H; Minegishi N; Kawai Y; Tokunaga K; Nagasaki M; Kinouchi Y; Suzuki Y; Masasmune A; MENDEL study group

  Journal of gastroenterology, 2019年10月, 査読有り

  
• Genome-wide association meta-analysis and Mendelian randomization analysis confirm the influence of ALDH2 on sleep durationin the Japanese population.

  Takeshi Nishiyama; Masahiro Nakatochi; Atsushi Goto; Motoki Iwasaki; Tsuyoshi Hachiya; Yoichi Sutoh; Atsushi Shimizu; Chaochen Wang; Hideo Tanaka; Miki Watanabe; Akihiro Hosono; Yuya Tamai; Tamaki Yamada; Taiki Yamaji; Norie Sawada; Kentaro Fukumoto; Kotaro Otsuka; Kozo Tanno; Hiroaki Tomita; Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Atsushi Hozawa; Asahi Hishida; Tae Sasakabe; Yuichiro Nishida; Megumi Hara; Hidemi Ito; Isao Oze; Yohko Nakamura; Haruo Mikami; Rie Ibusuki; Toshiro Takezaki; Teruhide Koyama; Nagato Kuriyama; Kaori Endoh; Kiyonori Kuriki; Tanvir C Turin; Takashima Naoyuki; Sakurako Katsuura-Kamano; Hirokazu Uemura; Rieko Okada; Sayo Kawai; Mariko Naito; Yukihide Momozawa; Michiaki Kubo; Makoto Sasaki; Masayuki Yamamoto; Shoichiro Tsugane; Kenji Wakai; Sadao Suzuki

  Sleep, 2019年06月11日, 査読有り

  
• A 12-kb structural variation in progressive myoclonic epilepsy was newly identified by long-read whole-genome sequencing.

  Takeshi Mizuguchi; Takeshi Suzuki; Chihiro Abe; Ayako Umemura; Katsushi Tokunaga; Yosuke Kawai; Minoru Nakamura; Masao Nagasaki; Kengo Kinoshita; Yasunobu Okamura; Satoko Miyatake; Noriko Miyake; Naomichi Matsumoto

  Journal of human genetics, 2019年05月, 査読有り

  
• A Genome-wide Association Study Identifying RAP1A as a Novel Susceptibility Gene for Crohn's Disease in Japanese Individuals.

  Yoichi Kakuta; Yosuke Kawai; Takeo Naito; Atsushi Hirano; Junji Umeno; Yuta Fuyuno; Zhenqiu Liu; Dalin Li; Takeru Nakano; Yasuhiro Izumiyama; Ryo Ichikawa; Daisuke Okamoto; Hiroshi Nagai; Shin Matsumoto; Katsutoshi Yamamoto; Naonobu Yokoyama; Hirofumi Chiba; Yusuke Shimoyama; Motoyuki Onodera; Rintaro Moroi; Masatake Kuroha; Yoshitake Kanazawa; Tomoya Kimura; Hisashi Shiga; Katsuya Endo; Kenichi Negoro; Jun Yasuda; Motohiro Esaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura; Takayuki Matsumoto; Dermot P B McGovern; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Tooru Shimosegawa; Atsushi Masamune

  Journal of Crohn's & colitis, 2019年04月26日, 査読有り

  
• Construction of full-length Japanese reference panel of class I HLA genes with single-molecule, real-time sequencing

  Takahiro Mimori; Jun Yasuda; Yoko Kuroki; Tomoko F. Shibata; Fumiki Katsuoka; Sakae Saito; Naoki Nariai; Akira Ono; Naomi Nakai-Inagaki; Kazuharu Misawa; Keiko Tateno; Yosuke Kawai; Nobuo Fuse; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Junichi Sugawara; Naoko Minegishi; Kichiya Suzuki; Kengo Kinoshita; Masao Nagasaki; Masayuki Yamamoto

  The Pharmacogenomics Journal, 2019年04月19日, 査読有り

  
• Estimating carrier frequencies of newborn screening disorders using a whole-genome reference panel of 3552 Japanese individuals.

  Yamaguchi-Kabata Y; Yasuda J; Uruno A; Shimokawa K; Koshiba S; Suzuki Y; Fuse N; Kawame H; Tadaka S; Nagasaki M; Kojima K; Katsuoka F; Kumada K; Tanabe O; Tamiya G; Yaegashi N; Kinoshita K; Yamamoto M; Kure S; Tohoku Medical Megabank Project; Study Group

  Human genetics, 2019年03月, 査読有り

  
• Genome analyses for the Tohoku Medical Megabank Project towards establishment of personalized healthcare.

  Jun Yasuda; Kengo Kinoshita; Fumiki Katsuoka; Inaho Danjoh; Mika Sakurai-Yageta; Ikuko N Motoike; Yoko Kuroki; Sakae Saito; Kaname Kojima; Matsuyuki Shirota; Daisuke Saigusa; Akihito Otsuki; Junko Kawashima; Yumi Yamaguchi-Kabata; Shu Tadaka; Yuichi Aoki; Takahiro Mimori; Kazuki Kumada; Jin Inoue; Satoshi Makino; Miho Kuriki; Nobuo Fuse; Seizo Koshiba; Osamu Tanabe; Masao Nagasaki; Gen Tamiya; Ritsuko Shimizu; Takako Takai-Igarashi; Soichi Ogishima; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Junichi Sugawara; Akito Tsuboi; Hideyasu Kiyomoto; Tadashi Ishii; Hiroaki Tomita; Naoko Minegishi; Yoichi Suzuki; Kichiya Suzuki; Hiroshi Kawame; Hiroshi Tanaka; Yasuyuki Taki; Nobuo Yaegashi; Shigeo Kure; Fuji Nagami; Kenjiro Kosaki; Yoichi Sutoh; Tsuyoshi Hachiya; Atsushi Shimizu; Makoto Sasaki; Masayuki Yamamoto

  Journal of biochemistry, 2019年02月01日, 査読有り

  
• Maternity Log study: a longitudinal lifelog monitoring and multiomics analysis for the early prediction of complicated pregnancy.

  Sugawara J; Ochi D; Yamashita R; Yamauchi T; Saigusa D; Wagata M; Obara T; Ishikuro M; Tsunemoto Y; Harada Y; Shibata T; Mimori T; Kawashima J; Katsuoka F; Igarashi-Takai T; Ogishima S; Metoki H; Hashizume H; Fuse N; Minegishi N; Koshiba S; Tanabe O; Kuriyama S; Kinoshita K; Kure S; Yaegashi N; Yamamoto M; Hiyama S; Nagasaki M

  BMJ open, 2019年02月, 査読有り

  
• HLA-VBSeq v2: improved HLA calling accuracy with full-length Japanese class-I panel.

  Wang YY; Mimori T; Khor SS; Gervais O; Kawai Y; Hitomi Y; Tokunaga K; Nagasaki M

  Human genome variation, 2019年, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• NFKB1 and MANBA Confer Disease Susceptibility to Primary Biliary Cholangitis via Independent Putative Primary Functional Variants

  Hitomi Yuki; Nakatani Ken; Kojima Kaname; Nishida Nao; Kawai Yosuke; Kawashima Minae; Aiba Yoshihiro; Nagasaki Masao; Nakamura Minoru; Tokunaga Katsushi

  CELLULAR AND MOLECULAR GASTROENTEROLOGY AND HEPATOLOGY, 2019年02月, 査読有り

  
• Susceptibility Loci for Tanning Ability in the Japanese Population Identified by a Genome-Wide Association Study from the Tohoku Medical Megabank Project Cohort Study.

  Shido K; Kojima K; Yamasaki K; Hozawa A; Tamiya G; Ogishima S; Minegishi N; Kawai Y; Tanno K; Suzuki Y; Nagasaki M; Aiba S

  The Journal of investigative dermatology, 2019年01月, 査読有り

  
• Correction: Allele-specific DNA methylation of disease susceptibility genes in Japanese patients with inflammatory bowel disease.

  Chiba H; Kakuta Y; Kinouchi Y; Kawai Y; Watanabe K; Nagao M; Naito T; Onodera M; Moroi R; Kuroha M; Kanazawa Y; Kimura T; Shiga H; Endo K; Negoro K; Nagasaki M; Unno M; Shimosegawa T

  PloS one, 2019年02月, 査読有り

  
• POGLUT1, the putative effector gene driven by rs2293370 in primary biliary cholangitis susceptibility locus chromosome 3q13.33.

  Hitomi Y; Ueno K; Kawai Y; Nishida N; Kojima K; Kawashima M; Aiba Y; Nakamura H; Kouno H; Kouno H; Ohta H; Sugi K; Nikami T; Yamashita T; Katsushima S; Komeda T; Ario K; Naganuma A; Shimada M; Hirashima N; Yoshizawa K; Makita F; Furuta K; Kikuchi M; Naeshiro N; Takahashi H; Mano Y; Yamashita H; Matsushita K; Tsunematsu S; Yabuuchi I; Nishimura H; Shimada Y; Yamauchi K; Komatsu T; Sugimoto R; Sakai H; Mita E; Koda M; Nakamura Y; Kamitsukasa H; Sato T; Nakamuta M; Masaki N; Takikawa H; Tanaka A; Ohira H; Zeniya M; Abe M; Kaneko S; Honda M; Arai K; Arinaga-Hino T; Hashimoto E; Taniai M; Umemura T; Joshita S; Nakao K; Ichikawa T; Shibata H; Takaki A; Yamagiwa S; Seike M; Sakisaka S; Takeyama Y; Harada M; Senju M; Yokosuka O; Kanda T; Ueno Y; Ebinuma H; Himoto T; Murata K; Shimoda S; Nagaoka S; Abiru S; Komori A; Migita K; Ito M; Yatsuhashi H; Maehara Y; Uemoto S; Kokudo N; Nagasaki M; Tokunaga K; Nakamura M

  Scientific reports, 2019年01月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• 3.5KJPNv2: an allele frequency panel of 3552 Japanese individuals including the X chromosome.

  Shu Tadaka; Fumiki Katsuoka; Masao Ueki; Kaname Kojima; Satoshi Makino; Sakae Saito; Akihito Otsuki; Chinatsu Gocho; Mika Sakurai-Yageta; Inaho Danjoh; Ikuko N Motoike; Yumi Yamaguchi-Kabata; Matsuyuki Shirota; Seizo Koshiba; Masao Nagasaki; Naoko Minegishi; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Atsushi Shimizu; Jun Yasuda; Nobuo Fuse; Gen Tamiya; Masayuki Yamamoto; Kengo Kinoshita

  Human genome variation, 2019年06月, 査読有り

  
• Time-Series Filtering for Replicated Observations via a Kernel Approximate Bayesian Computation

  Takanori Hasegawa; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki

  IEEE Transactions on Signal Processing, 2018年10月, 査読有り

  
• Identification of a two-SNP PLA2R1 Haplotype and HLA-DRB1 Alleles as Primary Risk Associations in Idiopathic Membranous Nephropathy.

  Latt KZ; Honda K; Thiri M; Hitomi Y; Omae Y; Sawai H; Kawai Y; Teraguchi S; Ueno K; Nagasaki M; Mabuchi A; Kaga H; Komatsuda A; Tokunaga K; Noiri E

  Scientific reports, 2018年10月, 査読有り

  
• NUDT15 codon 139 is the best pharmacogenetic marker for predicting thiopurine-induced severe adverse events in Japanese patients with inflammatory bowel disease: a multicenter study.

  Yoichi Kakuta; Yosuke Kawai; Daisuke Okamoto; Tetsuya Takagawa; Kentaro Ikeya; Hirotake Sakuraba; Atsushi Nishida; Shoko Nakagawa; Miki Miura; Takahiko Toyonaga; Kei Onodera; Masaru Shinozaki; Yoh Ishiguro; Shinta Mizuno; Masahiro Takahara; Shunichi Yanai; Ryota Hokari; Tomoo Nakagawa; Hiroshi Araki; Satoshi Motoya; Takeo Naito; Rintaro Moroi; Hisashi Shiga; Katsuya Endo; Taku Kobayashi; Makoto Naganuma; Sakiko Hiraoka; Takayuki Matsumoto; Shiro Nakamura; Hiroshi Nakase; Tadakazu Hisamatsu; Makoto Sasaki; Hiroyuki Hanai; Akira Andoh; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Tooru Shimosegawa; Atsushi Masamune; Yasuo Suzuki

  Journal of gastroenterology, 2018年09月, 査読有り

  
• Functional characterization of 40 CYP2B6 allelic variants by assessing efavirenz 8-hydroxylation.

  Watanabe T; Saito T; Rico EMG; Hishinuma E; Kumondai M; Maekawa M; Oda A; Saigusa D; Saito S; Yasuda J; Nagasaki M; Minegishi N; Yamamoto M; Yamaguchi H; Mano N; Hirasawa N; Hiratsuka M

  Biochemical pharmacology, 2018年09月, 査読有り

  
• 全ゲノムシークエンス解析を用いた感冒薬関連重症薬疹(CM-SJS/TEN)発症に関わる遺伝要因の網羅的探索

  人見 祐基; Khor Seik-Soon; 上田 真由美; 河合 洋介; 外園 千恵; 木下 茂; 長崎 正朗; 徳永 勝士

  MHC: Major Histocompatibility Complex, 2018年09月

  
• Functional Characterization of 21 Allelic Variants of Dihydropyrimidine Dehydrogenase Identified in 1070 Japanese Individuals.

  Hishinuma E; Narita Y; Saito S; Maekawa M; Akai F; Nakanishi Y; Yasuda J; Nagasaki M; Yamamoto M; Yamaguchi H; Mano N; Hirasawa N; Hiratsuka M

  Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals, 2018年08月, 査読有り

  
• Strong Association of the HLA-DR/DQ Locus with Childhood Steroid-Sensitive Nephrotic Syndrome in the Japanese Population.

  Xiaoyuan Jia; Tomoko Horinouchi; Yuki Hitomi; Akemi Shono; Seik-Soon Khor; Yosuke Omae; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki; Yoshitsugu Kaku; Takayuki Okamoto; Yoko Ohwada; Kazuhide Ohta; Yusuke Okuda; Rika Fujimaru; Ken Hatae; Naonori Kumagai; Emi Sawanobori; Hitoshi Nakazato; Yasufumi Ohtsuka; Koichi Nakanishi; Yuko Shima; Ryojiro Tanaka; Akira Ashida; Koichi Kamei; Kenji Ishikura; Kandai Nozu; Katsushi Tokunaga; Kazumoto Iijima

  Journal of the American Society of Nephrology : JASN, 2018年08月, 査読有り

  
• Development and application of a rapid and sensitive genotyping method for pharmacogene variants using the single-stranded tag hybridization chromatographic printed-array strip (STH-PAS).

  Kumondai M; Ito A; Hishinuma E; Kikuchi A; Saito T; Takahashi M; Tsukada C; Saito S; Yasuda J; Nagasaki M; Minegishi N; Yamamoto M; Kaneko A; Teramoto I; Kimura M; Hirasawa N; Hiratsuka M

  Drug metabolism and pharmacokinetics, 2018年08月, 査読有り

  
• Regional genetic differences among Japanese populations and performance of genotype imputation using whole-genome reference panel of the Tohoku Medical Megabank Project.

  Jun Yasuda; Fumiki Katsuoka; Inaho Danjoh; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Sakae Saito; Yumi Yamaguchi-Kabata; Shu Tadaka; Ikuko N Motoike; Kazuki Kumada; Mika Sakurai-Yageta; Osamu Tanabe; Nobuo Fuse; Gen Tamiya; Koichiro Higasa; Fumihiko Matsuda; Nobufumi Yasuda; Motoki Iwasaki; Makoto Sasaki; Atsushi Shimizu; Kengo Kinoshita; Masayuki Yamamoto

  BMC genomics, 2018年07月24日, 査読有り

  
• Analysis of Müller glia specific genes and their histone modification using Hes1-promoter driven EGFP expressing mouse.

  Ueno K; Iwagawa T; Ochiai G; Koso H; Nakauchi H; Nagasaki M; Suzuki Y; Watanabe S

  Scientific reports, 2018年06月07日, 査読有り

  
• Omics research project on prospective cohort studies from the Tohoku Medical Megabank Project.

  Seizo Koshiba; Ikuko Motoike; Daisuke Saigusa; Jin Inoue; Matsuyuki Shirota; Yasutake Katoh; Fumiki Katsuoka; Inaho Danjoh; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Naoko Minegishi; Masao Nagasaki; Takako Takai-Igarashi; Soichi Ogishima; Nobuo Fuse; Shigeo Kure; Gen Tamiya; Osamu Tanabe; Jun Yasuda; Kengo Kinoshita; Masayuki Yamamoto

  Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 2018年06月, 査読有り

  
• 網羅的全ゲノム解析法を駆使した感冒薬関連重症薬疹における疾患感受性遺伝子の同定

  人見 祐基; 上田 真由美; 長崎 正朗; 徳永 勝士

  臨床薬理の進歩, 2018年06月

  
• NELFCD and CTSZ loci are associated with jaundice-stage progression in primary biliary cholangitis in the Japanese population.

  Nao Nishida; Yoshihiro Aiba; Yuki Hitomi; Minae Kawashima; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Kazuko Ueno; Hitomi Nakamura; Noriyo Yamashiki; Tomohiro Tanaka; Sumito Tamura; Akira Mori; Shintaro Yagi; Yuji Soejima; Tomoharu Yoshizumi; Mitsuhisa Takatsuki; Atsushi Tanaka; Kenichi Harada; Shinji Shimoda; Atsumasa Komori; Susumu Eguchi; Yoshihiko Maehara; Shinji Uemoto; Norihiro Kokudo; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura

  Scientific reports, 2018年05月23日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Population-scale whole genome sequencing identifies 271 highly polymorphic short tandem repeats from Japanese population.

  Satoshi Hirata; Kaname Kojima; Kazuharu Misawa; Olivier Gervais; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki

  Heliyon, 2018年05月, 査読有り

  
• Identification of somatic mutations in postmortem human brains by whole genome sequencing and their implications for psychiatric disorders.

  Masaki Nishioka; Miki Bundo; Junko Ueda; Fumiki Katsuoka; Yukuto Sato; Yoko Kuroki; Takao Ishii; Wataru Ukai; Shigeo Murayama; Eri Hashimoto; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Kiyoto Kasai; Tadafumi Kato; Kazuya Iwamoto

  Psychiatry and clinical neurosciences, 2018年04月, 査読有り

  
• 日本人原発性胆汁性胆管炎の疾患感受性遺伝子POU2AF1、PRKCBの役割の検討

  相葉 佳洋; 原田 憲一; 伊東 正博; 人見 祐基; 植野 和子; 小森 敦正; 八橋 弘; 長崎 正朗; 徳永 勝士; 中村 稔

  肝臓, 2018年04月

  
• Clinical and genetic risk factors for decreased bone mineral density in Japanese patients with inflammatory bowel disease.

  Naito T; Yokoyama N; Kakuta Y; Ueno K; Kawai Y; Onodera M; Moroi R; Kuroha M; Kanazawa Y; Kimura T; Shiga H; Endo K; Nagasaki M; Masamune A; Kinouchi Y; Shimosegawa T

  Journal of gastroenterology and hepatology, 2018年03月, 査読有り

  
• Evaluation of reported pathogenic variants and their frequencies in a Japanese population based on a whole-genome reference panel of 2049 individuals.

  Yumi Yamaguchi-Kabata; Jun Yasuda; Osamu Tanabe; Yoichi Suzuki; Hiroshi Kawame; Nobuo Fuse; Masao Nagasaki; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Fumiki Katsuoka; Sakae Saito; Inaho Danjoh; Ikuko N Motoike; Riu Yamashita; Seizo Koshiba; Daisuke Saigusa; Gen Tamiya; Shigeo Kure; Nobuo Yaegashi; Yoshio Kawaguchi; Fuji Nagami; Shinichi Kuriyama; Junichi Sugawara; Naoko Minegishi; Atsushi Hozawa; Soichi Ogishima; Hideyasu Kiyomoto; Takako Takai-Igarashi; Kengo Kinoshita; Masayuki Yamamoto

  Journal of human genetics, 2018年02月, 査読有り

  
• Identification of somatic genetic alterations in ovarian clear cell carcinoma with next generation sequencing

  Yusuke Shibuya; Hideki Tokunaga; Sakae Saito; Kazurou Shimokawa; Fumiki Katsuoka; Li Bin; Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Masayuki Yamamoto; Nobuo Yaegashi; Jun Yasuda

  GENES CHROMOSOMES & CANCER, 2018年02月, 査読有り

  
• Allele-specific DNA methylation of disease susceptibility genes in Japanese patients with inflammatory bowel disease.

  Hirofumi Chiba; Yoichi Kakuta; Yoshitaka Kinouchi; Yosuke Kawai; Kazuhiro Watanabe; Munenori Nagao; Takeo Naito; Motoyuki Onodera; Rintaro Moroi; Masatake Kuroha; Yoshitake Kanazawa; Tomoya Kimura; Hisashi Shiga; Katsuya Endo; Kenichi Negoro; Masao Nagasaki; Michiaki Unno; Tooru Shimosegawa

  PloS one, 2018年03月, 査読有り

  
• Genetic analysis of Japanese primary open-angle glaucoma patients and clinical characterization of risk alleles near CDKN2B-AS1, SIX6 and GAS7

  Yukihiro Shiga; Japan Glaucoma Society Omics Group (JGS-OG); Koji M. Nishiguchi; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Kota Sato; Kosuke Fujita; Mai Takahashi; Kazuko Omodaka; Makoto Araie; Kenji Kashiwagi; Makoto Aihara; Takeshi Iwata; Fumihiko Mabuchi; Mitsuko Takamoto; Mineo Ozaki; Kazuhide Kawase; Nobuo Fuse; Masayuki Yamamoto; Jun Yasuda; Masao Nagasaki; Toru Nakazawa

  PLoS ONE, 2017年12月01日, 査読有り

  
• Security controls in an integrated Biobank to protect privacy in data sharing: rationale and study design

  Takako Takai-Igarashi; Kengo Kinoshita; Masao Nagasaki; Soichi Ogishima; Naoki Nakamura; Sachiko Nagase; Satoshi Nagaie; Tomo Saito; Fuji Nagami; Naoko Minegishi; Yoichi Suzuki; Kichiya Suzuki; Hiroaki Hashizume; Shinichi Kuriyama; Atsushi Hozawa; Nobuo Yaegashi; Shigeo Kure; Gen Tamiya; Yoshio Kawaguchi; Hiroshi Tanaka; Masayuki Yamamoto

  BMC MEDICAL INFORMATICS AND DECISION MAKING, 2017年07月, 査読有り

  
• Analysis of Müller glia specific genes and their histone modification using Hes1-promoter driven EGFP expressing mouse.

  Ueno K; Iwagawa T; Ochiai G; Koso H; Nakauchi H; Nagasaki M; Suzuki Y; Watanabe S

  Scientific reports, 2017年06月, 査読有り

  
• Identification of the functional variant driving ORMDL3 and GSDMB expression in human chromosome 17q12-21 in primary biliary cholangitis

  Yuki Hitomi; Kaname Kojima; Minae Kawashima; Yosuke Kawai; Nao Nishida; Yoshihiro Aiba; Michio Yasunami; Masao Nagasaki; Minoru Nakamura; Katsushi Tokunaga

  SCIENTIFIC REPORTS, 2017年06月, 査読有り

  
• A Histologic Categorization of Aqueous Outflow Routes in Familial Open-Angle Glaucoma and Associations With Mutations in the MYOC Gene in Japanese Patients

  Teruhiko Hamanaka; Masae Kimura; Tetsuro Sakurai; Nobuo Ishida; Jun Yasuda; Masao Nagasaki; Naoki Nariai; Atsushi Endo; Kei Homma; Fumiki Katsuoka; Yoichi Matsubara; Masayuki Yamamoto; Nobuo Fuse

  INVESTIGATIVE OPHTHALMOLOGY & VISUAL SCIENCE, 2017年05月, 査読有り

  
• Genome-Wide Association Study Identifies TLL1 Variant Associated With Development of Hepatocellular Carcinoma After Eradication of Hepatitis C Virus Infection

  Kentaro Matsuura; Hiromi Sawai; Kazuho Ikeo; Shintaro Ogawa; Etsuko Iio; Masanori Isogawa; Noritomo Shimada; Atsumasa Komori; Hidenori Toyoda; Takashi Kumada; Tadashi Namisaki; Hitoshi Yoshiji; Naoya Sakamoto; Mina Nakagawa; Yasuhiro Asahina; Masayuki Kurosaki; Namiki Izumi; Nobuyuki Enomoto; Atsunori Kusakabe; Eiji Kajiwara; Yoshito Itoh; Tatsuya Ide; Akihiro Tamori; Misako Matsubara; Norifumi Kawada; Ken Shirabe; Eiichi Tomita; Masao Honda; Shuichi Kaneko; Sohji Nishina; Atsushi Suetsugu; Yoichi Hiasa; Hisayoshi Watanabe; Takuya Genda; Isao Sakaida; Shuhei Nishiguchi; Koichi Takaguchi; Eiji Tanaka; Junichi Sugihara; Mitsuo Shimada; Yasuteru Kondo; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Yasuhito Tanaka

  GASTROENTEROLOGY, 2017年05月, 査読有り

  
• Genome-wide identification of inter-individually variable DNA methylation sites improves the efficacy of epigenetic association studies

  Tsuyoshi Hachiya; Ryohei Furukawa; Yuh Shiwa; Hideki Ohmomo; Kanako Ono; Fumiki Katsuoka; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Nobuo Fuse; Kengo Kinoshita; Masayuki Yamamoto; Kozo Tanno; Mamoru Satoh; Ryujin Endo; Makoto Sasaki; Kiyomi Sakata; Seiichiro Kobayashi; Kuniaki Ogasawara; Jiro Hitomi; Kenji Sobue; Atsushi Shimizu

  NPJ GENOMIC MEDICINE, 2017年04月, 査読有り

  
• Genome-wide association study using the ethnicity-specific Japonica array: identification of new susceptibility loci for cold medicine-related Stevens-Johnson syndrome with severe ocular complications

  Mayumi Ueta; Hiromi Sawai; Ryosei Shingaki; Yusuke Kawai; Chie Sotozono; Kaname Kojima; Kyung-Chul Yoon; Mee Kum Kim; Kyoung Yul Seo; Choun-Ki Joo; Masao Nagasaki; Shigeru Kinoshita; Katsushi Tokunaga

  JOURNAL OF HUMAN GENETICS, 2017年04月, 査読有り

  
• LRRK2 but not ATG16L1 is associated with Paneth cell defect in Japanese Crohn's disease patients.

  Liu TC; Naito T; Liu Z; VanDussen KL; Haritunians T; Li D; Endo K; Kawai Y; Nagasaki M; Kinouchi Y; McGovern DP; Shimosegawa T; Kakuta Y; Stappenbeck TS

  JCI insight, 2017年03月, 査読有り

  
• Genome-wide association studies identify PRKCB as a novel genetic susceptibility locus for primary biliary cholangitis in the Japanese population

  Minae Kawashima; Yuki Hitomi; Yoshihiro Aiba; Nao Nishida; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Hitomi Nakamura; Atsushi Tanaka; Mikio Zeniya; Etsuko Hashimoto; Hiromasa Ohira; Kazuhide Yamamoto; Masanori Abe; Kazuhiko Nakao; Satoshi Yamagiwa; Shuichi Kaneko; Masao Honda; Takeji Umemura; Takafumi Ichida; Masataka Seike; Shotaro Sakisaka; Masaru Harada; Osamu Yokosuka; Yoshiyuki Ueno; Michio Senju; Tatsuo Kanda; Hidetaka Shibata; Takashi Himoto; Kazumoto Murata; Yasuhiro Miyake; Hirotoshi Ebinuma; Makiko Taniai; Satoru Joshita; Toshiki Nikami; Hajime Ota; Hiroshi Kouno; Hirotaka Kouno; Makoto Nakamuta; Nobuyoshi Fukushima; Motoyuki Kohjima; Tatsuji Komatsu; Toshiki Komeda; Yukio Ohara; Toyokichi Muro; Tsutomu Yamashita; Kaname Yoshizawa; Yoko Nakamura; Masaaki Shimada; Noboru Hirashima; Kazuhiro Sugi; Keisuke Ario; Eiichi Takesaki; Atsushi Naganuma; Hiroshi Mano; Haruhiro Yamashita; Kouki Matsushita; Kazuhiko Yamauchi; Fujio Makita; Hideo Nishimura; Kiyoshi Furuta; Naohiro Takahashi; Masahiro Kikuchi; Naohiko Masaki; Tomohiro Tanaka; Sumito Tamura; Akira Mori; Shintaro Yagi; Ken Shirabe; Atsumasa Komori; Kiyoshi Migita; Masahiro Ito; Shinya Nagaoka; Seigo Abiru; Hiroshi Yatsuhashi; Michio Yasunami; Shinji Shimoda; Kenichi Harada; Hiroto Egawa; Yoshihiko Maehara; Shinji Uemoto; Norihiro Kokudo; Hajime Takikawa; Hiromi Ishibashi; Kazuaki Chayama; Masashi Mizokami; Masao Nagasaki; Katsushi Tokunaga; Minoru Nakamura

  HUMAN MOLECULAR GENETICS, 2017年02月, 査読有り

  
• Monitoring of minimal residual disease in early T-cell precursor acute lymphoblastic leukaemia by next-generation sequencing

  Xiaoqing Pan; Naoki Nariai; Noriko Fukuhara; Sakae Saito; Yukuto Sato; Fumiki Katsuoka; Kaname Kojima; Yoko Kuroki; Inaho Danjoh; Rumiko Saito; Shin Hasegawa; Yoko Okitsu; Aiko Kondo; Yasushi Onishi; Fuji Nagami; Hideyasu Kiyomoto; Atsushi Hozawa; Nobuo Fuse; Masao Nagasaki; Ritsuko Shimizu; Jun Yasuda; Hideo Harigae; Masayuki Yamamoto

  BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY, 2017年01月, 査読有り

  
• STR-realigner: a realignment method for short tandem repeat regions.

  Kojima K; Kawai Y; Misawa K; Mimori T; Nagasaki M

  BMC genomics, 2016年12月, 査読有り

  
• Conditional Rod Photoreceptor Ablation Reveals Sall1 as a Microglial Marker and Regulator of Microglial Morphology in the Retina

  Hideto Koso; Asano Tsuhako; Chen-Yi Lai; Yukihiro Baba; Makoto Otsu; Kazuko Ueno; Masao Nagasaki; Yutaka Suzuki; Sumiko Watanabe

  GLIA, 2016年11月, 査読有り

  
• Variants in the UBR1 gene are not associated with chronic pancreatitis in Japan

  Atsushi Masamune; Eriko Nakano; Tetsuya Niihori; Shin Hamada; Masao Nagasaki; Yoko Aoki; Tooru Shimosegawa

  PANCREATOLOGY, 2016年09月, 査読有り

  
• The Tohoku Medical Megabank Project: Design and Mission

  Shinichi Kuriyama; Nobuo Yaegashi; Fuji Nagami; Tomohiko Arai; Yoshio Kawaguchi; Noriko Osumi; Masaki Sakaida; Yoichi Suzuki; Keiko Nakayama; Hiroaki Hashizume; Gen Tamiya; Hiroshi Kawame; Kichiya Suzuki; Atsushi Hozawa; Naoki Nakaya; Masahiro Kikuya; Hirohito Metoki; Ichiro Tsuji; Nobuo Fuse; Hideyasu Kiyomoto; Junichi Sugawara; Akito Tsuboi; Shinichi Egawa; Kiyoshi Ito; Koichi Chida; Tadashi Ishii; Hiroaki Tomita; Yasuyuki Taki; Naoko Minegishi; Naoto Ishii; Jun Yasuda; Kazuhiko Igarashi; Ritsuko Shimizu; Masao Nagasaki; Seizo Koshiba; Kengo Kinoshita; Soichi Ogishima; Takako Takai-Igarashi; Teiji Tominaga; Osamu Tanabe; Noriaki Ohuchi; Toru Shimosegawa; Shigeo Kure; Hiroshi Tanaka; Sadayoshi Ito; Jiro Hitomi; Kozo Tanno; Motoyuki Nakamura; Kuniaki Ogasawara; Seiichiro Kobayashi; Kiyomi Sakata; Mamoru Satoh; Atsushi Shimizu; Makoto Sasaki; Ryujin Endo; Kenji Sobue; Masayuki Yamamoto

  JOURNAL OF EPIDEMIOLOGY, 2016年09月, 査読有り

  
• Short tandem repeat number estimation from paired-end reads for multiple individuals by considering coalescent tree

  Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Naoki Nariai; Takahiro Mimori; Takanori Hasegawa; Masao Nagasaki

  BMC GENOMICS, 2016年08月, 査読有り

  
• The structural origin of metabolic quantitative diversity

  Seizo Koshiba; Ikuko Motoike; Kaname Kojima; Takanori Hasegawa; Matsuyuki Shirota; Tomo Saito; Daisuke Saigusa; Inaho Danjoh; Fumiki Katsuoka; Soichi Ogishima; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Miyuki Sakurai; Sachiko Hirano; Junichi Nakata; Hozumi Motohashi; Atsushi Hozawa; Shinichi Kuriyama; Naoko Minegishi; Masao Nagasaki; Takako Takai-Igarashi; Nobuo Fuse; Hideyasu Kiyomoto; Junichi Sugawara; Yoichi Suzuki; Shigeo Kure; Nobuo Yaegashi; Osamu Tanabe; Kengo Kinoshita; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto

  SCIENTIFIC REPORTS, 2016年08月, 査読有り

  
• Fine-mapping analysis revealed complex pleiotropic effect and tissue-specific regulatory mechanism of TNFSF15 in primary biliary cholangitis, Crohn's disease and leprosy

  Yonghu Sun; Astrid Irwanto; Licht Toyo-oka; Myunghee Hong; Hong Liu; Anand Kumar Andiappan; Hyunchul Choi; Yuki Hitomi; Gongqi Yu; Yongxiang Yu; Fangfang Bao; Chuan Wang; Xian Fu; Zhenhua Yue; Honglei Wang; Huimin Zhang; Minae Kawashima; Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Minoru Nakamura; Suk-Kyun Yang; Byong Duk Ye; Yosua Denise; Olaf Rotzschke; Kyuyoung Song; Katsushi Tokunaga; Furen Zhang; Jianjun Liu

  SCIENTIFIC REPORTS, 2016年08月, 査読有り

  
• Transition of differential histone H3 methylation in photoreceptors and other retinal cells during retinal differentiation

  Kazuko Ueno; Toshiro Iwagawa; Hiroshi Kuribayashi; Yukihiro Baba; Hiromitsu Nakauchi; Akira Murakami; Masao Nagasaki; Yutaka Suzuki; Sumiko Watanabe

  SCIENTIFIC REPORTS, 2016年07月, 査読有り

  
• Comparison of Boiling and Robotics Automation Method in DNA Extraction for Metagenomic Sequencing of Human Oral Microbes

  Junya Yamagishi; Yukuto Sato; Natsuko Shinozaki; Bin Ye; Akito Tsuboi; Masao Nagasaki; Riu Yamashita

  PLOS ONE, 2016年04月, 査読有り

  
• AP-SKAT: highly-efficient genome-wide rare variant association test.

  Hasegawa T; Kojima K; Kawai Y; Misawa K; Mimori T; Nagasaki M

  BMC genomics, 2016年09月, 査読有り

  
• Construction of 1070 whole-genome Japanese reference panel and bioinformatics

  Masao Nagasaki; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Takahiro Mimori; Yumi Yamaugchi-Kabata

  Seikagaku, 2016年, 査読有り

  
• A Bayesian approach for estimating allele-specific expression from RNA-Seq data with diploid genomes

  Naoki Nariai; Kaname Kojima; Takahiro Mimori; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki

  BMC GENOMICS, 2016年01月, 査読有り

  
• A Comprehensive Genomic Analysis Reveals the Genetic Landscape of Mitochondrial Respiratory Chain Complex Deficiencies

  Masakazu Kohda; Yoshimi Tokuzawa; Yoshihito Kishita; Hiromi Nyuzuki; Yohsuke Moriyama; Yosuke Mizuno; Tomoko Hirata; Yukiko Yatsuka; Yzumi Yamashita-Sugahara; Yutaka Nakachi; Hidemasa Kato; Akihiko Okuda; Shunsuke Tamaru; Nurun Nahar Borna; Kengo Banshoya; Toshiro Aigaki; Yukiko Sato-Miyata; Kohei Ohnuma; Tsutomu Suzuki; Asuteka Nagao; Hazuki Maehata; Fumihiko Matsuda; Koichiro Higasa; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto; Takuya Fushimi; Masaru Shimura; Keiko Kaiho-Ichimoto; Hiroko Harashima; Taro Yamazaki; Masato Mori; Kei Murayama; Akira Ohtake; Yasushi Okazaki

  PLoS Genetics, 2016年01月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• ビッグデータから読み解く生命現象 1070人の日本人全ゲノムリファレンスパネルの情報解析

  長崎正朗; 河合洋介; 小島要; 三森隆広; 山口由美

  生化学, 2016年

  
• Japonica array: improved genotype imputation by designing a population-specific SNP array with 1070 Japanese individuals

  Yosuke Kawai; Takahiro Mimori; Kaname Kojima; Naoki Nariai; Inaho Danjoh; Rumiko Saito; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto; Masao Nagasaki

  JOURNAL OF HUMAN GENETICS, 2015年10月, 査読有り

  
• Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals

  Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Fumiki Katsuoka; Naoki Nariai; Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Junji Yokozawa; Inaho Danjoh; Sakae Saito; Yukuto Sato; Takahiro Mimori; Kaoru Tsuda; Rumiko Saito; Xiaoqing Pan; Satoshi Nishikawa; Shin Ito; Yoko Kuroki; Osamu Tanabe; Nobuo Fuse; Shinichi Kuriyama; Hideyasu Kiyomoto; Atsushi Hozawa; Naoko Minegishi; James Douglas Engel; Kengo Kinoshita; Shigeo Kure; Nobuo Yaegashi; Masayuki Yamamoto

  NATURE COMMUNICATIONS, 2015年08月, 査読有り

  
• Somatic alteration and depleted nuclear expression of BAP1 in human esophageal squamous cell carcinomas

  Takahiro Mori; Makiko Sumii; Fumiyoshi Fujishima; Kazuko Ueno; Masao Nagasaki; Chikashi Ishioka; Natsuko Chiba

  CANCER RESEARCH, 2015年08月, 査読有り

  
• Inter-Individual Differences in the Oral Bacteriome Are Greater than Intra-Day Fluctuations in Individuals

  Yukuto Sato; Junya Yamagishi; Riu Yamashita; Natsuko Shinozaki; Bin Ye; Takuji Yamada; Masayuki Yamamoto; Masao Nagasaki; Akito Tsuboi

  PLOS ONE, 2015年06月, 査読有り

  
• HLA-VBSeq: accurate HLA typing at full resolution from whole-genome sequencing data

  Naoki Nariai; Kaname Kojima; Sakae Saito; Takahiro Mimori; Yukuto Sato; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Jun Yasuda; Masao Nagasaki

  BMC GENOMICS, 2015年01月, 査読有り

  
• Estimating copy numbers of alleles from population-scale high-throughput sequencing data

  Takahiro Mimori; Naoki Nariai; Kaname Kojima; Yukuto Sato; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Masao Nagasaki

  BMC BIOINFORMATICS, 2015年01月, 査読有り

  
• iJGVD: an integrative Japanese genome variation database based on whole-genome sequencing.

  Yamaguchi-Kabata Y; Nariai N; Kawai Y; Sato Y; Kojima K; Tateno M; Katsuoka F; Yasuda J; Yamamoto M; Nagasaki M

  Human genome variation, 2015年, 査読有り

  
• Short tandem repeat number estimation from paired-end sequence reads by considering unobserved genealogy of multiple individuals

  Kaname Kojima; Yosuke Kawai; Naoki Nariai; Takahiro Mimori; Takanori Hasegawa; Masao Nagasaki

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2015年08月, 査読有り

  
• TIGAR2: sensitive and accurate estimation of transcript isoform expression with longer RNA-Seq reads

  Naoki Nariai; Kaname Kojima; Takahiro Mimori; Yukuto Sato; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Masao Nagasaki

  BMC GENOMICS, 2014年12月, 査読有り

  
• An efficient quantitation method of next-generation sequencing libraries by using MiSeq sequencer

  Fumiki Katsuoka; Junji Yokozawa; Kaoru Tsuda; Shin Ito; Xiaoqing Pan; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto

  ANALYTICAL BIOCHEMISTRY, 2014年12月, 査読有り

  
• 胎生期ストレスが胎児のエピゲノム変化および精神行動に及ぼす影響の特定

  兪 志前; 舟山 亮; 植野 和子; 成相 直樹; 小島 要; 小野 千晶; 笠原 好之; 長崎 正朗; 中山 啓子; 富田 博秋

  日本臨床精神神経薬理学会・日本神経精神薬理学会合同年会プログラム・抄録集, 2014年11月, 査読有り

  
• Identification of acquired mutations by whole-genome sequencing in GATA-2 deficiency evolving into myelodysplasia and acute leukemia

  Tohru Fujiwara; Noriko Fukuhara; Ryo Funayama; Naoki Nariai; Mayumi Kamata; Takeshi Nagashima; Kaname Kojima; Yasushi Onishi; Yoji Sasahara; Kenichi Ishizawa; Masao Nagasaki; Keiko Nakayama; Hideo Harigae

  ANNALS OF HEMATOLOGY, 2014年09月, 査読有り

  
• Inference of Gene Regulatory Networks Incorporating Multi-Source Biological Knowledge via a State Space Model with L1 Regularization

  Takanori Hasegawa; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Satoru Miyano; Seiya Imoto

  PLOS ONE, 2014年08月, 査読有り

  
• Validation of multiple single nucleotide variation calls by additional exome analysis with a semiconductor sequencer to supplement data of whole-genome sequencing of a human population

  Ikuko N. Motoike; Mitsuyo Matsumoto; Inaho Danjoh; Fumiki Katsuoka; Kaname Kojima; Naoki Nariai; Yukuto Sato; Yumi Yamaguchi-Kabata; Shin Ito; Hisaaki Kudo; Ichiko Nishijima; Satoshi Nishikawa; Xiaoqing Pan; Rumiko Saito; Sakae Saito; Tomo Saito; Matsuyuki Shirota; Kaoru Tsuda; Junji Yokozawa; Kazuhiko Igarashi; Naoko Minegishi; Osamu Tanabe; Nobuo Fuse; Masao Nagasaki; Kengo Kinoshita; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto

  BMC GENOMICS, 2014年08月, 査読有り

  
• SUGAR: graphical user interface-based data refiner for high-throughput DNA sequencing

  Yukuto Sato; Kaname Kojima; Naoki Nariai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Yosuke Kawai; Mamoru Takahashi; Takahiro Mimori; Masao Nagasaki

  BMC GENOMICS, 2014年08月, 査読有り

  
• An efficient method of exploring simulation models by assimilating literature and biological observational data

  Takanori Hasegawa; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Seiya Imoto; Satoru Miyano

  BIOSYSTEMS, 2014年07月, 査読有り

  
• CSML2SBML: A novel tool for converting quantitative biological pathway models from CSML into SBML

  Chen Li; Masao Nagasaki; Emi Ikeda; Yayoi Sekiya; Satoru Miyano

  BIOSYSTEMS, 2014年07月, 査読有り

  
• SVEM: A Structural Variant Estimation Method Using Multi-mapped Reads on Breakpoints

  Tomohiko Ohtsuki; Naoki Nariai; Kaname Kojima; Takahiro Mimori; Yukuto Sato; Yosuke Kawai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Testuo Shibuya; Masao Nagasaki

  ALGORITHMS FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2014年07月, 査読有り

  
• HapMonster: A Statistically Unified Approach for Variant Calling and Haplotyping Based on Phase-Informative Reads

  Kaname Kojima; Naoki Nariai; Takahiro Mimori; Yumi Yamaguchi-Kabata; Yukuto Sato; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki

  ALGORITHMS FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2014年, 査読有り

  
• iSVP: an integrated structural variant calling pipeline from high-throughput sequencing data

  Takahiro Mimori; Naoki Nariai; Kaname Kojima; Mamoru Takahashi; Akira Ono; Yukuto Sato; Yumi Yamaguchi-Kabata; Masao Nagasaki

  BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2013年12月, 査読有り

  
• A statistical variant calling approach from pedigree information and local haplotyping with phase informative reads

  Kaname Kojima; Naoki Nariai; Takahiro Mimori; Mamoru Takahashi; Yumi Yamaguchi-Kabata; Yukuto Sato; Masao Nagasaki

  BIOINFORMATICS, 2013年11月, 査読有り

  
• Recurrent mutations in multiple components of the cohesin complex in myeloid neoplasms.

  Ayana Kon; Lee-Yung Shih; Masashi Minamino; Masashi Sanada; Yuichi Shiraishi; Yasunobu Nagata; Kenichi Yoshida; Yusuke Okuno; Masashige Bando; Ryuichiro Nakato; Shumpei Ishikawa; Aiko Sato-Otsubo; Genta Nagae; Aiko Nishimoto; Claudia Haferlach; Daniel Nowak; Yusuke Sato; Tamara Alpermann; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Hiroko Tanaka; Kenichi Chiba; Ryo Yamamoto; Tomoyuki Yamaguchi; Makoto Otsu; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Tsuyoshi Nakamaki; Ken Ishiyama; Florian Nolte; Wolf-Karsten Hofmann; Shuichi Miyawaki; Shigeru Chiba; Hiraku Mori; Hiromitsu Nakauchi; H Phillip Koeffler; Hiroyuki Aburatani; Torsten Haferlach; Katsuhiko Shirahige; Satoru Miyano; Seishi Ogawa

  Nature genetics, 2013年10月, 査読有り

  
• Profiling of MicroRNA in Human and Mouse ES and iPS Cells Reveals Overlapping but Distinct MicroRNA Expression Patterns

  Siti Razila Abdul Razak; Kazuko Ueno; Naoya Takayama; Naoki Nariai; Masao Nagasaki; Rika Saito; Hideto Koso; Chen-Yi Lai; Miyako Murakami; Koichiro Tsuji; Tatsuo Michiue; Hiromitsu Nakauchi; Makoto Otsu; Sumiko Watanabe

  PLOS ONE, 2013年09月, 査読有り

  
• TIGAR: transcript isoform abundance estimation method with gapped alignment of RNA-Seq data by variational Bayesian inference

  Naoki Nariai; Osamu Hirose; Kaname Kojima; Masao Nagasaki

  BIOINFORMATICS, 2013年09月, 査読有り

  
• Wnt3a stimulates maturation of impaired neutrophils developed from severe congenital neutropenia patient-derived pluripotent stem cells

  Takafumi Hiramoto; Yasuhiro Ebihara; Yoko Mizoguchi; Kazuhiro Nakamura; Kiyoshi Yamaguchi; Kazuko Ueno; Naoki Nariai; Shinji Mochizuki; Shohei Yamamoto; Masao Nagasaki; Yoichi Furukawa; Kenzaburo Tani; Hiromitsu Nakauchi; Masao Kobayashi; Kohichiro Tsuji

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2013年02月, 査読有り

  
• XiP: a computational environment to create, extend and share workflows

  Masao Nagasaki; Andre Fujita; Yayoi Sekiya; Ayumu Saito; Emi Ikeda; Chen Li; Satoru Miyano

  BIOINFORMATICS, 2013年01月, 査読有り

  
• ChopSticks: High-resolution analysis of homozygous deletions by exploiting concordant read pairs

  Tomohiro Yasuda; Shin Suzuki; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  BMC BIOINFORMATICS, 2012年10月, 査読有り

  
• Transposon mutagenesis identifies genes that transform neural stem cells into glioma-initiating cells

  Hideto Koso; Haruna Takeda; Christopher Chin Kuan Yew; Jerrold M. Ward; Naoki Nariai; Kazuko Ueno; Masao Nagasaki; Sumiko Watanabe; Alistair G. Rust; David J. Adams; Neal G. Copeland; Nancy A. Jenkins

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2012年10月, 査読有り

  
• Epidermal Growth Factor Receptor Tyrosine Kinase Defines Critical Prognostic Genes of Stage I Lung Adenocarcinoma

  Mai Yamauchi; Rui Yamaguchi; Asuka Nakata; Takashi Kohno; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Ayumu Saito; Kazuko Ueno; Yousuke Hatanaka; Ryo Yoshida; Tomoyuki Higuchi; Masaharu Nomura; David G. Beer; Jun Yokota; Satoru Miyano; Noriko Gotoh

  PLOS ONE, 2012年09月, 査読有り

  
• A microarray analysis of gnotobiotic mice indicating that microbial exposure during the neonatal period plays an essential role in immune system development

  Masahiro Yamamoto; Rui Yamaguchi; Kaori Munakata; Kiyoe Takashima; Mitsue Nishiyama; Kyoji Hioki; Yasuyuki Ohnishi; Masao Nagasaki; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Atsushi Ishige; Kenji Watanabe

  BMC GENOMICS, 2012年07月, 査読有り

  
• Whole-genome sequencing of liver cancers identifies etiological influences on mutation patterns and recurrent mutations in chromatin regulators

  Akihiro Fujimoto; Yasushi Totoki; Tetsuo Abe; Keith A. Boroevich; Fumie Hosoda; Ha Hai Nguyen; Masayuki Aoki; Naoya Hosono; Michiaki Kubo; Fuyuki Miya; Yasuhito Arai; Hiroyuki Takahashi; Takuya Shirakihara; Masao Nagasaki; Tetsuo Shibuya; Kaoru Nakano; Kumiko Watanabe-Makino; Hiroko Tanaka; Hiromi Nakamura; Jun Kusuda; Hidenori Ojima; Kazuaki Shimada; Takuji Okusaka; Masaki Ueno; Yoshinobu Shigekawa; Yoshiiku Kawakami; Koji Arihiro; Hideki Ohdan; Kunihito Gotoh; Osamu Ishikawa; Shun-ichi Ariizumi; Masakazu Yamamoto; Terumasa Yamada; Kazuaki Chayama; Tomoo Kosuge; Hiroki Yamaue; Naoyuki Kamatani; Satoru Miyano; Hitoshi Nakagama; Yusuke Nakamura; Tatsuhiko Tsunoda; Tatsuhiro Shibata; Hidewaki Nakagawa

  NATURE GENETICS, 2012年07月, 査読有り

  
• Identifying Gene Pathways Associated with Cancer Characteristics via Sparse Statistical Methods

  Shuichi Kawano; Teppei Shimamura; Atsushi Niida; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Ryo Yoshida; Cristin Print; Satoru Miyano

  IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2012年07月, 査読有り

  
• IRView: a database and viewer for protein interacting regions

  Shigeo Fujimori; Naoya Hirai; Kazuyo Masuoka; Tomohiro Oshikubo; Tatsuhiro Yamashita; Takanori Washio; Ayumu Saito; Masao Nagasaki; Satoru Miyano; Etsuko Miyamoto-Sato

  BIOINFORMATICS, 2012年07月, 査読有り

  
• ClipCrop: a tool for detecting structural variations with single-base resolution using soft-clipping information

  Shin Suzuki; Tomohiro Yasuda; Yuichi Shiraishi; Satoru Miyano; Masao Nagasaki

  BMC BIOINFORMATICS, 2011年12月, 査読有り

  
• High Performance Hybrid Functional Petri Net Simulations of Biological Pathway Models on CUDA

  Georgios Chalkidis; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, 2011年11月, 査読有り

  
• Frequent pathway mutations of splicing machinery in myelodysplasia

  Kenichi Yoshida; Masashi Sanada; Yuichi Shiraishi; Daniel Nowak; Yasunobu Nagata; Ryo Yamamoto; Yusuke Sato; Aiko Sato-Otsubo; Ayana Kon; Masao Nagasaki; George Chalkidis; Yutaka Suzuki; Masashi Shiosaka; Ryoichiro Kawahata; Tomoyuki Yamaguchi; Makoto Otsu; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Ken Ishiyama; Hiraku Mori; Florian Nolte; Wolf-Karsten Hofmann; Shuichi Miyawaki; Sumio Sugano; Claudia Haferlach; H. Phillip Koeffler; Lee-Yung Shih; Torsten Haferlach; Shigeru Chiba; Hiromitsu Nakauchi; Satoru Miyano; Seishi Ogawa

  NATURE, 2011年10月, 査読有り

  
• CSO validator: improving manual curation workflow for biological pathways

  Euna Jeong; Masao Nagasaki; Emi Ikeda; Yayoi Sekiya; Ayumu Saito; Satoru Miyano

  BIOINFORMATICS, 2011年09月, 査読有り

  
• Hybrid Petri net based modeling for biological pathway simulation

  Hiroshi Matsuno; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  NATURAL COMPUTING, 2011年09月, 査読有り

  
• A Novel Network Profiling Analysis Reveals System Changes in Epithelial-Mesenchymal Transition

  Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Yukako Shimada; Yasuyuki Hosono; Atsushi Niida; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Takashi Takahashi; Satoru Miyano

  PLOS ONE, 2011年06月, 査読有り

  
• Systems biology model repository for macrophage pathway simulation

  Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Andre Fujita; Georg Tremmel; Kazuko Ueno; Emi Ikeda; Euna Jeong; Satoru Miyano

  BIOINFORMATICS, 2011年06月, 査読有り

  
• Estimating Genome-Wide Gene Networks Using Nonparametric Bayesian Network Models on Massively Parallel Computers

  Y Tamada; S Imoto; H Araki; M Nagasaki; C Print; D S Charnock-Jones; S Miyano

  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2011年05月, 査読有り

  
• MIRACH: efficient model checker for quantitative biological pathway models

  Chuan Hock Koh; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Chen Li; Limsoon Wong; Satoru Miyano

  BIOINFORMATICS, 2011年03月, 査読有り

  
• Ontology-based instance data validation for high-quality curated biological pathways

  Euna Jeong; Masao Nagasaki; Kazuko Ueno; Satoru Miyano

  BMC BIOINFORMATICS, 2011年02月, 査読有り

  
• N-cadherin expression is a potential survival mechanism of gefitinib-resistant lung cancer cells

  Mai Yamauchi; Ikuyo Yoshino; Rui Yamaguchi; Teppei Shimamura; Masao Nagasaki; Seiya Imoto; Atsushi Niida; Fumiaki Koizumi; Takashi Kohno; Jun Yokota; Satoru Miyano; Noriko Gotoh

  AMERICAN JOURNAL OF CANCER RESEARCH, 2011年, 査読有り

  
• Sign: large-scale gene network estimation environment for high performance computing.

  Tamada Y; Shimamura T; Yamaguchi R; Imoto S; Nagasaki M; Miyano S

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2011年, 査読有り

  
• Modelling the Molecular Interactions in the Flower Developmental Network of Arabidopsis thaliana.

  Kaufmann K; Nagasaki M; Jáuregui R

  Studies in health technology and informatics, 2011年, 査読有り

  
• Cell illustrator 4.0: a computational platform for systems biology.

  Nagasaki M; Saito A; Jeong E; Li C; Kojima K; Ikeda E; Miyano S

  Studies in health technology and informatics, 2011年02月, 査読有り

  
• Simulation-Based Validation of the p53 Transcriptional Activity with Hybrid Functional Petri Net.

  Doi A; Nagasaki M; Matsuno H; Miyano S

  Studies in health technology and informatics, 2011年, 査読有り

  
• Constructing biological pathway models with hybrid functional petri nets.

  Doi A; Fujita S; Matsuno H; Nagasaki M; Miyano S

  Studies in health technology and informatics, 2011年, 査読有り

  
• Online model checking approach based parameter estimation to a neuronal fate decision simulation model in Caenorhabditis elegans with hybrid functional Petri net with extension

  Chen Li; Masao Nagasaki; Chuan Hock Koh; Satoru Miyano

  MOLECULAR BIOSYSTEMS, 2011年, 査読有り

  
• SiGN-SSM: Open source parallel software for estimating gene networks with state space models

  Tamada, Y.; Yamaguchi, R.; Imoto, S.; Hirose, O.; Yoshida, R.; Nagasaki, M.; Miyano, S.

  Bioinformatics, 2011年, 査読有り

  
• Poster: Comprehensive pharmacogenomic pathway screening by data assimilation.

  Takanori Hasegawa; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Seiya Imoto; Satoru Miyano

  IEEE 1st International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences(ICCABS), 2011年

  
• Comprehensive Pharmacogenomic Pathway Screening by Data Assimilation

  Takanori Hasegawa; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Seiya Imoto; Satoru Miyano

  BIOINFORMATICS RESEARCH AND APPLICATIONS, 2011年05月, 査読有り

  
• Model-free unsupervised gene set screening based on information enrichment in expression profiles

  Atushi Niida; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Andre Fujita; Teppei Shimamura; Satoru Miyano

  BIOINFORMATICS, 2010年12月, 査読有り

  
• Phosphoproteomics-Based Modeling Defines the Regulatory Mechanism Underlying Aberrant EGFR Signaling

  Shinya Tasaki; Masao Nagasaki; Hiroko Kozuka-Hata; Kentaro Semba; Noriko Gotoh; Seisuke Hattori; Jun-ichiro Inoue; Tadashi Yamamoto; Satoru Miyano; Sumio Sugano; Masaaki Oyama

  PLOS ONE, 2010年11月, 査読有り

  
• Whole-genome sequencing and comprehensive variant analysis of a Japanese individual using massively parallel sequencing

  Akihiro Fujimoto; Hidewaki Nakagawa; Naoya Hosono; Kaoru Nakano; Tetsuo Abe; Keith A. Boroevich; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Tetsuo Shibuya; Michiaki Kubo; Satoru Miyano; Yusuke Nakamura; Tatsuhiko Tsunoda

  NATURE GENETICS, 2010年11月, 査読有り

  
• Identification of granger causality between gene sets

  André Fujita; João Ricardo Sato; Kaname Kojima; Luciana Rodrigues Gomes; Masao Nagasaki; Mari Cleide Sogayar; Satoru Miyano

  Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010年08月, 査読有り

  
• DA 1.0: parameter estimation of biological pathways using data assimilation approach

  Chuan Hock Koh; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Limsoon Wong; Satoru Miyano

  BIOINFORMATICS, 2010年07月, 査読有り

  
• An efficient biological pathway layout algorithm combining grid-layout and spring embedder for complicated cellular location information

  Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  BMC BIOINFORMATICS, 2010年06月, 査読有り

  
• Gene Set-Based Module Discovery Decodes cis-Regulatory Codes Governing Diverse Gene Expression across Human Multiple Tissues

  Atsushi Niida; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  PLOS ONE, 2010年06月, 査読有り

  
• The systems approach to the prespore-specific activation of sigma factor SigF in Bacillus subtilis

  Jin Hwan Do; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  BIOSYSTEMS, 2010年06月, 査読有り

  
• Time-dependent structural transformation analysis to high-level Petri net model with active state transition diagram

  Chen Li; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Satoru Miyano

  BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2010年04月, 査読有り

  
• Inferring dynamic gene networks under varying conditions for transcriptomic network comparison

  Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  BIOINFORMATICS, 2010年04月, 査読有り

  
• Cell Illustrator 4.0: a computational platform for systems biology.

  Nagasaki M; Saito A; Jeong E; Li C; Kojima K; Ikeda E; Miyano S

  In silico biology, 2010年, 査読有り

  
• Modelling the molecular interactions in the flower developmental network of Arabidopsis thaliana.

  Kaufmann K; Nagasaki M; Jáuregui R

  In silico biology, 2010年, 査読有り

  
• Collocation-based sparse estimation for constructing dynamic gene networks.

  Shimamura, T.; Imoto, S.; Nagasaki, M.; Yamauchi, M.; Yamaguchi, R.; Fujita, A.; Tamada, Y.; Gotoh, N.; Miyano, S.

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2010年, 査読有り

  
• Gene regulatory network clustering for graph layout based on microarray gene expression data.

  Kojima K; Imoto S; Nagasaki M; Miyano S

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2010年, 査読有り

  
• Comparison of gene expression profiles produced by CAGE, illumina microarray and real time RT-PCR.

  Fujita A; Nagasaki M; Imoto S; Saito A; Ikeda E; Shimamura T; Yamaguchi R; Hayashizaki Y; Miyano S

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2010年, 査読有り

  
• A novel meta-analysis approach of cancer transcriptomes reveals prevailing transcriptional networks in cancer cells.

  Atsushi Niida; Seiya Imoto; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Satoru Miyano

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2010年01月, 査読有り

  
• A state space representation of VAR models with sparse learning for dynamic gene networks.

  Kojima K; Yamaguchi R; Imoto S; Yamauchi M; Nagasaki M; Yoshida R; Shimamura T; Ueno K; Higuchi T; Gotoh N; Miyano S

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2010年01月, 査読有り

  
• Cell illustrator 4.0: A computational platform for systems biology

  Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Euna Jeong; Chen Li; Kaname Kojima; Emi Ikeda; Satoru Miyano

  In Silico Biology, 2010年, 査読有り

  
• Modelling the molecular interactions in the flower developmental network of arabidopsis thaliana

  Kerstin Kaufmann; Masao Nagasaki; Ruy Jáuregui

  In Silico Biology, 2010年, 査読有り

  
• Network Profiling Analysis for Generating Modulator-Dependent Gene Networks

  Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Atsushi Niida; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Satoru Miyano

  2010 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE WORKSHOPS (BIBMW), 2010年, 査読有り

  
• Discovering functional gene pathways associated with cancer heterogeneity via sparse supervised learning

  Shuichi Kawano; Teppei Shimamura; Atsushi Niida; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Ryo Yoshida; Cristin Print; Satoru Miyano

  Proceedings - 2010 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, BIBM 2010, 2010年, 査読有り

  
• Ligand-based gene expression profiling reveals novel roles of glucocorticoid receptor in cardiac metabolism

  Noritada Yoshikawa; Masao Nagasaki; Motoaki Sano; Satori Tokudome; Kazuko Ueno; Noriaki Shimizu; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Makoto Suematsu; Keiichi Fukuda; Chikao Morimoto; Hirotoshi Tanaka

  AMERICAN JOURNAL OF PHYSIOLOGY-ENDOCRINOLOGY AND METABOLISM, 2009年06月, 査読有り

  
• Orengedokuto and berberine improve indomethacin-induced small intestinal injury via adenosine

  Yoko Watanabe-Fukuda; Masahiro Yamamoto; Naoko Miura; Masato Fukutake; Atsushi Ishige; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Junzo Takeda; Kenji Watanabe

  JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY, 2009年05月, 査読有り

  
• Analysis of PPARα-dependent and PPARα-independent transcript regulation following fenofibrate treatment of human endothelial cells

  Hiromitsu Araki; Yoshinori Tamada; Seiya Imoto; Ben Dunmore; Deborah Sanders; Sally Humphrey; Masao Nagasaki; Atsushi Doi; Yukiko Nakanishi; Kaori Yasuda; Yuki Tomiyasu; Kousuke Tashiro; Cristin Print; D. Stephen Charnock-Jones; Satoru Kuhara; Satoru Miyano

  Angiogenesis, 2009年04月09日, 査読有り

  
• Recursive regularization for inferring gene networks from time-course gene expression profiles

  Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Rui Yamaguchi; Andre Fujita; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2009年04月, 査読有り

  
• Simulation-based model checking approach to cell fate specification during Caenorhabditis elegans vulval development by hybrid functional Petri net with extension

  Chen Li; Masao Nagasaki; Kazuko Ueno; Satoru Miyano

  BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2009年04月, 査読有り

  
• BFL: a node and edge betweenness based fast layout algorithm for large scale networks

  Tatsunori B. Hashimoto; Masao Nagasaki; Kaname Kojima; Satoru Miyano

  BMC BIOINFORMATICS, 2009年01月, 査読有り

  
• Parameter estimation of in silico biological pathways with particle filtering towards a petascale computing

  Kazuyuki Nakamura; Ryo Yoshida; Masao Nagasaki; Satoru Miyano; Tomoyuki Higuchi

  Pacific Symposium on Biocomputing 2009, PSB 2009, 2009年, 査読有り

  
• Unraveling dynamic activities of autocrine pathways that control drug-response transcriptome networks.

  Yoshinori Tamada; Hiromitsu Araki; Seiya Imoto; Masao Nagasaki; Atsushi Doi; Yukiko Nakanishi; Yuki Tomiyasu; Kaori Yasuda; Ben Dunmore; Deborah Sanders; Sally Humphreys; Cristin Print; D Stephen Charnock-Jones; Kousuke Tashiro; Satoru Kuhara; Satoru Miyano

  Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing, 2009年, 査読有り

  
• Better decomposition heuristics for the maximum-weight connected graph problem using betweenness centrality

  Takanori Yamamoto; Hideo Bannai; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2009年, 査読有り

  
• Gene networks viewed through two models

  Miyano, S.; Yamaguchi, R.; Tamada, Y.; Nagasaki, M.; Imoto, S.

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2009年, 査読有り

  
• Bayesian learning of biological pathways on genomic data assimilation

  Ryo Yoshida; Masao Nagasaki; Rui Yamaguchi; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Tomoyuki Higuchi

  BIOINFORMATICS, 2008年11月, 査読有り

  
• ExonMiner: Web service for analysis of GeneChip Exon array data

  Kazuyuki Numata; Ryo Yoshida; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Seiya Imoto; Satoru Miyano

  BMC BIOINFORMATICS, 2008年11月, 査読有り

  
• Fast grid layout algorithm for biological networks with sweep calculation

  Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  BIOINFORMATICS, 2008年06月, 査読有り

  
• Systematic reconstruction of TRANSPATH data into Cell System Markup Language

  Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Chen Li; Euna Jeong; Satoru Miyano

  BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2008年06月, 査読有り

  
• Rule-based reasoning for system dynamics in cell systems.

  Jeong E; Nagasaki M; Miyano S

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2008年, 査読有り

  
• A novel strategy to search conserved transcription factor binding sites among coexpressing genes in human.

  Hatanaka, Y.; Nagasaki, M.; Yamaguchi, R.; Obayashi, T.; Numata, K.; Fujita, A.; Shimamura, T.; Tamada, Y.; Imoto, S.; Kinoshita, K.; Nakai, K.; Miyano, S.

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2008年, 査読有り

  
• PREDICTING DIFFERENCES IN GENE REGULATORY SYSTEMS BY STATE SPACE MODELS

  Rui Yamaguchi; Seiya Imoto; Mai Yamauchi; Masao Nagasaki; Ryo Yoshida; Teppei Shimamura; Yosuke Hatanaka; Kazuko Ueno; Tomoyuki Higuchi; Noriko Gotoh; Satoru Miyano

  GENOME INFORMATICS 2008, VOL 21, 2008年, 査読有り

  
• An efficient grid layout algorithm for biological networks utilizing various biological attributes

  Kaname Kojima; Masao Nagasaki; Euna Jeong; Mitsuru Kato; Satoru Miyano

  BMC BIOINFORMATICS, 2007年03月, 査読有り

  
• AYUMS: an algorithm for completely automatic quantitation based on LC-MS/MS proteome data and its application to the analysis of signal transduction

  Ayumu Saito; Masao Nagasaki; Masaaki Oyama; Hiroko Kozuka-Hata; Kentaro Semba; Sumio Sugano; Tadashi Yamamoto; Satoru Miyano

  BMC BIOINFORMATICS, 2007年01月, 査読有り

  
• Cell system ontology: representation for modeling, visualizing, and simulating biological pathways.

  Euna Jeong; Masao Nagasaki; Ayumu Saito; Satoru Miyano

  In silico biology, 2007年, 査読有り

  
• Identification of activated transcription factors from microarray gene expression data of Kampo medicine-treated mice

  Rui Yamaguchi; Masahiro Yamamoto; Seiya Imoto; Masao Nagasaki; Ryo Yoshida; Kenji Tsuiji; Atsushi Ishige; Hiroaki Asou; Kenji Watanabe; Satoru Miyano

  GENOME INFORMATICS 2007, VOL 18, 2007年, 査読有り

  
• Conversion from biopax to CSO for system dynamics and visualization of biological pathway

  Euna Jeong; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  GENOME INFORMATICS 2007, VOL 18, 2007年, 査読有り

  
• Computational genome-wide discovery of aberrant splice variations with exon expression profiles

  Ryo Yoshida; Kazuyuki Numata; Seiya Imoto; Masao Nagasaki; Atsushi Doi; Kazuko Ueno; Satoru Miyano

  PROCEEDINGS OF THE 7TH IEEE INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS AND BIOENGINEERING, VOLS I AND II, 2007年, 査読有り

  
• Simulation-based validation of the p53 transcriptional activity with hybrid functional Petri net

  Atsushi Doi; Masao Nagasaki; Hiroshi Matsuno; Satoru Miyano

  In Silico Biology, 2006年01月04日, 査読有り

  
• Genomic data assimilation for estimating hybrid functional Petri net from time-course gene expression data.

  Nagasaki, M.; Yamaguchi, R.; Yoshida, R.; Imoto, S.; Doi, A.; Tamada, Y.; Matsuno, H.; Miyano, S.; Higuchi, T.

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2006年, 査読有り

  
• A statistical framework for genome-wide discovery of biomarker splice variations with GeneChip Human Exon 1.0 ST Arrays.

  Yoshida R; Numata K; Imoto S; Nagasaki M; Doi A; Ueno K; Miyano S

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2006年, 査読有り

  
• Cell fate simulation model of gustatory neurons with MicroRNAs double-negative feedback loop by hybrid functional Petri net with extension.

  Saito A; Nagasaki M; Doi A; Ueno K; Miyano S

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2006年, 査読有り

  
• A combined pathway to simulate CDK-dependent phosphorylation and ARF-dependent stabilization for p53 transcriptional activity.

  Doi A; Nagasaki M; Ueno K; Matsuno H; Miyano S

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2006年, 査読有り

  
• Modeling and estimation of dynamic EGFR pathway by data assimilation approach using time series proteomic data.

  Tasaki S; Nagasaki M; Oyama M; Hata H; Ueno K; Yoshida R; Higuchi T; Sugano S; Miyano S

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2006年, 査読有り

  
• [Dynamic pathway modeling language: CSML].

  Nagasaki M; Doi A; Miyano S

  Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 2005年12月, 査読有り

  
• Automatic drawing of biological networks using cross cost and subcomponent data.

  Kato M; Nagasaki M; Doi A; Miyano S

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2005年, 査読有り

  
• Computational modeling of biological processes with petri net-based architecture

  Masao Nagasaki; Atushi Doi; Hiroshi Matsuno; Satoru Miyano

  Bioinformatics Technologies, 2005年, 査読有り

  
• A versatile petri net based architecture for modeling and simulation of complex biological processes.

  Nagasaki M; Doi A; Matsuno H; Miyano S

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2004年, 査読有り

  
• Constructing biological pathway models with hybrid functional Petri Nets

  Atsushi Doi; Sachie Fujita; Hiroshi Matsuno; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  In Silico Biology, 2004年, 査読有り

  
• Genomic Object Net: I. A platform for modelling and simulating biopathways.

  Nagasaki M; Doi A; Matsuno H; Miyano S

  Applied bioinformatics, 2003年, 査読有り

  
• Genomic Object Net: II. Modelling biopathways by hybrid functional Petri net with extension.

  Doi A; Nagasaki M; Fujita S; Matsuno H; Miyano S

  Applied bioinformatics, 2003年, 査読有り

  
• Recreating biopathway databases towards simulation

  Masao Nagasaki; Atsushi Doi; Hiroshi Matsuno; Satoru Miyano

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2003年, 査読有り

  
• Distributed Client-Server System Architecture for High Performance Simulations on Genomic Object Net

  Tomokazu Kono; Ryuhei Noda; Hironori Kitakaze; Masao Nagasaki; Atsushi Doi; Hiroshi Matsuno; Satoru Miyano

  The 14th International Conference on Genome Informatics,pp.616-620, 2003年

  
• Hybrid Petri net representation of Gene Regulatory Network

  Hiroshi Matsuno; Atsushi Doi; Masao Nagasaki; Satoru Miyano

  Proceedings of Pacific Syuposium on Biocomputing 2000, 2000年, 査読有り

  

MISC

• MEGA-FISH: Multi-omics Extensible GPU-Accelerated FISH Processing Framework for Huge-Scale Spatial Omics

  Yuma Ito; Kosuke Tomimatsu; Masao Nagasaki; Hiroshi Ochiai; Yasuyuki Ohkawa

  2024年12月09日

  
• ゲノムワイド関連解析(GWAS)を用いた日本人原発性胆汁性胆管炎(PBC)感受性遺伝子の同定

  人見 祐基; 植野 和子; 相葉 佳洋; 西田 奈央; 河野 通大; 杉原 実樹; 河合 洋介; 川嶋 実苗; Khor Seik-Soon; 石垣 和慶; 長崎 正朗; 徳永 勝士; 中村 稔

  MHC: Major Histocompatibility Complex, 2024年09月

  
• 抗原提示補助シグナル分子の遺伝的バリアントに起因する自己免疫疾患感受性の分子機序の解明

  人見 祐基; 植野 和子; 相葉 佳洋; 西田 奈央; 河合 洋介; 川嶋 実苗; Khor Seik-Soon; 長崎 正朗; 徳永 勝士; 中村 稔

  MHC: Major Histocompatibility Complex, 2023年09月

  
• HISにも通じるサーバ接続の新たな取り組み クラウドとオンプレミスのハイブリッドサーバの構築及び運用の要諦 当施設における経験から

  山口 泉; 長崎 正朗

  新医療, 2022年07月

  
• 日本人原発開放隅角緑内障感受性遺伝子領域におけるリスクアレルの臨床的特徴

  橋本和軌; 志賀由己浩; 西口康二; 三宅正裕; 山城健児; 河合洋介; 長崎正朗; 中澤徹

  日本緑内障学会抄録集, 2018年

  
• ヒト口腔細菌叢の日内変動性

  佐藤行人; 山岸潤也; 山下理宇; 篠崎夏子; 長崎正朗; 坪井明人

  日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2015年

  
• 口腔細菌叢メタゲノム解析におけるDNA抽出方法の検討

  山岸潤也; 佐藤行人; 山下理宇; 篠崎夏子; 長崎正朗; 坪井明人

  日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2015年

  
• メタゲノム解析における歯垢試料の影響の評価指標について

  篠崎夏子; 篠崎夏子; 山岸潤也; 佐藤行人; 長崎正朗; 坪井明人; 山下理宇

  日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2015年

  
• 歯垢を中心とした口腔内細菌叢解析の基盤整備

  山下理宇; 佐藤行人; 山岸潤也; 篠崎夏子; 長崎正朗; 坪井明人

  日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2015年

  
• 次世代シークエンサーを用いた新規発達緑内障遺伝子の探索

  清水愛; 新堀哲也; 青木洋子; 松原洋一; 舟山亮; 長嶋剛史; 中山啓子; 渡邉亮; 長崎正朗; 布施昇男; 中澤徹

  日本眼科学会雑誌, 2013年

  
• 様々な免疫形質と関連するCD28領域におけるスプライシング制御バリアントの同定

  人見祐基; 相葉佳洋; 植野和子; 西田奈央; 河合洋介; 川嶋実苗; 築地信; 岩渕千里; 高田紗奈美; 三宅紀子; 長崎正朗; 徳永勝士; 中村稔; 中村稔

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2022年

  
• 日本人1070人の全ゲノム解析で同定された21種のDihydropyrimidine dehydrogenaseレアバリアント活性変化

  菱沼英史; 菱沼英史; 菱沼英史; 成田瑶子; 齋藤さかえ; 前川正充; 赤井文香; 中西悠悦; 安田純; 長崎正朗; 山本雅之; 山本雅之; 山口浩明; 眞野成康; 平澤典保; 平澤典保; 平塚真弘; 平塚真弘; 平塚真弘; 平塚真弘

  医薬品毒性機序研究会要旨(Web), 2019年

  
• Physical Activity and Periodontal Bacteria in Saliva among Japanese Adults

  Cong Huang; Riu Yamashita; Yukuto Sato; Haruki Momma; Junko Kawashima; Bin Ye; Shota Sugiyama; Masakazu Nanno; Akito Tsuboi; Masao Nagasaki; Ryoichi Nagatomi

  MEDICINE AND SCIENCE IN SPORTS AND EXERCISE, 2017年05月

  
• 次世代シークエンサーを用いた日本人の全ゲノムシークエンスと遺伝的多様性の包括的解析

  藤本明洋; 中川英刀; 細野直哉; 中野かおる; 阿部哲雄; 長崎正朗; 山口類; 渋谷哲朗; 久保充明; 宮野悟; 宮野悟; 中村祐輔; 中村祐輔; 角田達彦

  統計関連学会連合大会講演報告集, 2011年

  
• ゲノム医科学における国内外のヒトゲノム解析の状況およびハイブリッドクラウド計算環境の構築と活用

  長崎正朗; 長崎正朗; 山口泉; 川口喬久; 寺岡亮; 稲富雄一; 深沢圭一郎; 関谷勇司; 塙敏博; 大川恭行; WANG Yen Yen; OLIVIER Gervais; KHOR Seik-Soon; 植野和子; 浅倉章宏; 浅倉章宏; 関谷弥生; 関谷弥生; 人見祐基; 人見祐基; 小野彰; 男澤良子; 男澤良子; 河合洋介; 前原一満; 南里豪志; 村田健史; 橋本洋希; 橋本洋希; 丹生智也; 小笠原理; 山田亮; 松田文彦; 徳永勝士

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021年

  
• 原発性胆汁性胆管炎(PBC)感受性遺伝子CCR6/FGFR1OPにおけるprimary functional variantsの同定

  人見祐基; 相葉佳洋; 植野和子; 西田奈央; 河合洋介; 川嶋実苗; 安波道朗; GERVAIS Olivier; 長崎正朗; 徳永勝士; 築地信; 中村稔; 中村稔

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2021年10月

  
• クラウドサーバとオンプレミスサーバを組み合わせたハイブリッドシステムの構築と活用

  山口泉; 川口喬久; 寺岡亮; 稲富雄一; 深沢圭一郎; 関谷勇司; 塙敏博; 大川恭行; 王妍雁; GREVAIS Oliver; KHOR Seik-Soon; 植野和子; 浅倉章宏; 浅倉章宏; 関谷弥生; 関谷弥生; 人見祐基; 人見祐基; 小野彰; 男澤良子; 男澤良子; 河合洋介; 前原一満; 南里豪志; 村田健史; 橋本洋希; 橋本洋希; 徳永勝士; 松田文彦; 山田亮; 長崎正朗; 長崎正朗

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2021年10月

  
• Java RMI による Genomic Object Net の分散オブジェクト化(バイオエンジニアリングI)

  河野 智一; 北風 裕教; 長崎 正朗; 土井 淳; 松野 浩嗣; 宮野 悟

  講演論文集, 2004年03月06日

  
• レアバリアントが尿酸値の失われた遺伝率のかなりの割合を説明する

  三澤計治; 三澤計治; 三島英換; 大内基司; 長谷川嵩矩; 小島要; 小島要; 河合洋介; 長崎正朗; 長崎正朗; 安西尚彦; 安西尚彦; 阿部高明; 山本雅之; 山本雅之

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2018年

  
• Haplotype関連解析の検出力のシミュレーション研究

  三澤計治; 三澤計治; 河合洋介; 河合洋介; 小島要; 小島要; 長谷川嵩矩; 長谷川嵩矩; 長崎正朗; 長崎正朗

  日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 2015年

  
• 複数サンプルハイスループットシークエンスデータからの未観測遺伝子系図を用いたマイクロサテライトリピート数推定

  小島要; 河合洋介; 成相直樹; 三森隆広; 長谷川嵩矩; 長崎正朗

  統計関連学会連合大会講演報告集, 2015年

  
• 生命をシステムとして理解するための計算戦略 : Cell Illustrator の開発

  長崎 正朗; 斉藤 あゆむ; 宮野 悟

  計測と制御 = Journal of the Society of Instrument and Control Engineers, 2010年08月10日

  
• IDENTIFICATION OF ACQUIRED MUTATIONS BY WHOLE-GENOME SEQUENCING IN MONOMAC SYNDROME EVOLVING INTO MYELODYSPLASIA AND ACUTE LEUKEMIA

  T. Fujiwara; N. Fukuhara; R. Funayama; N. Nariai; M. Kamata; T. Nagashima; K. Kojima; Y. Onishi; Y. Sasahara; K. Ishizawa; M. Nagasaki; K. Nakayama; H. Harigae

  HAEMATOLOGICA, 2014年06月

  
• Common disease解析の最前線 9.ポリジェニックモデルによるゲノム情報解析の最前線

  OLIVIER Gervais; 河合洋介; 長崎正朗; 長崎正朗

  遺伝子医学, 2021年04月

  
• 原発性胆汁性胆管炎(PBC)感受性遺伝子領域を対象とした機能的遺伝子多型(causal variant)の同定

  人見 祐基; 河合 洋介; 植野 和子; 西田 奈央; 川嶋 実苗; 相葉 佳洋; 築地 信; 長崎 正朗; 中村 稔; 徳永 勝士

  MHC: Major Histocompatibility Complex, 2019年09月

  
• Longitudinal Analysis of Relationships between Individual Fatty Acids and Gestational Diabetes Mellitus in Maternity Log Study.

  Satsuki Kumatani; Ochi Daisuke; Yamauchi Takafumi; Tsunemoto Yoshiki; Wagata Maiko; Tanabe Osamu; Minegishi Naoko; Hiyama Satoshi; Nagasaki Masao; Sugawara Junichi

  REPRODUCTIVE SCIENCES, 2019年03月

  
• GWAS and RNA Expression Analysis for Gestational Hypertension using Time-Series Home Blood Pressure Data in Maternity Log Study.

  Yoshiki Tsunemoto; Takafumi Yamauchi; Daisuke Ochi; Satsuki Kumatani; Takahiro Mimori; Kaname Kojima; Riu Yamashita; Maiko Wagata; Fumiki Katsuoka; Osamu Tanabe; Naoko Minegishi; Satoshi Hiyama; Masao Nagasaki; Junichi Sugawara

  REPRODUCTIVE SCIENCES, 2019年03月

  
• Correlation Network Analysis of Maternal Lifelogs and Plasma Metabolites in Maternity Log Study.

  Takafumi Yamauchi; Daisuke Ochi; Takahiro Mimori; Yoshiki Tsunemoto; Satsuki Kumatani; Maiko Wagata; Riu Yamashita; Osamu Tanabe; Naoko Minegishi; Nobuo Yaegashi; Satoshi Hiyama; Masao Nagasaki; Junichi Sugawara

  REPRODUCTIVE SCIENCES, 2019年03月

  
• 原発性胆汁性胆管炎(PBC)感受性遺伝子領域に起因する発症機序の解明におけるゲノム編集技術の応用

  人見祐基; 人見祐基; 河合洋介; 河合洋介; 植野和子; 植野和子; 西田奈央; 川嶋実苗; 相葉佳洋; GERVAIS Olivier; GERVAIS Olivier; KHOR Seik-Soon; KHOR Seik-Soon; 築地信; 長崎正朗; 長崎正朗; 中村稔; 中村稔; 徳永勝士; 徳永勝士

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2019年

  
• 日本人集団におけるシスタチンCの線形混合モデルによるゲノム情報解析

  GERVAIS Olivier; GERVAIS Olivier; 河合洋介; 河合洋介; KHOR Seik-Soon; KHOR Seik-Soon; 植野和子; 植野和子; 人見祐基; WANG Yen-Yen; 徳永勝士; 徳永勝士; 長崎正朗; 長崎正朗

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2019年

  
• 原発性胆汁性胆管炎(PBC)感受性遺伝子領域を対象とした機能的遺伝子多型(causal variant)の同定

  人見祐基; 人見祐基; 河合洋介; 河合洋介; 植野和子; 植野和子; 西田奈央; 川嶋実苗; 相葉佳洋; 築地信; 長崎正朗; 長崎正朗; 中村稔; 中村稔; 徳永勝士; 徳永勝士

  MHC (Web), 2019年

  
• 日本人3554人の全ゲノム解析から同定されたジヒドロピリミジナーゼ遺伝子多型におけるバリアント酵素の機能変化

  成田瑶子; 菱沼英史; 齋藤さかえ; 安田純; 安田純; 長崎正朗; 前川正充; 小田彰史; 平澤典保; 平澤典保; 平塚真弘; 平塚真弘; 平塚真弘

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2019年

  
• Estimating frequency of pathogenic variants in a Japanese population by using the whole-genome reference panel of ToMMo

  Yumi Yamaguchi-Kabata; Jun Yasuda; Osamu Tanabe; Yoichi Suzuki; Hiroshi Kawame; Nobuo Fuse; Masao Nagasaki; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Fumiki Katsuoka; Sakae Saito; Inaho Danjoh; Ikuko N. Motoike; Riu Yamashita; Seizo Koshiba; Daisuke Saigusa; Gen Tamiya; Shigeo Kure; Nobuo Yaegashi; Yoshio Kawaguchi; Fuji Nagami; Shinichi Kuriyama; Junichi Sugawara; Naoko Minegishi; Atsushi Hozawa; Soichi Ogishima; Hideyasu Kiyomoto; Takako Takai-Igarashi; Kengo Kinoshita; Masayuki Yamamoto

  HUMAN GENOMICS, 2018年03月

  
• 全ゲノムシークエンス解析を用いた感冒薬関連重症薬疹(CM-SJS/TEN)発症に関わる遺伝要因の網羅的探索

  人見祐基; KHOR Seik-Soon; 上田真由美; 河合洋介; 外園千恵; 木下茂; 長崎正朗; 徳永勝士

  MHC (Web), 2018年

  
• 日本人の5塩基短鎖重複反復配列のプロファイルと高解像度の反復配列タイピングの検証

  齊藤真梨恵; 平田智士; 小島要; 三澤計治; 三森隆広; GERVAIS Olivier; 河合洋介; 人見祐基; 徳永勝士; 中村稔; 中村稔; 長崎正朗

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2018年

  
• マタニティログ調査と妊娠期間および出産後のeQTL解析

  長崎正朗; 長崎正朗; 長崎正朗; 山下理宇; 柴田朋子; 川嶋順子; 恒元淑希; 恒元淑希; 越智大介; 越智大介; 山内隆史; 山内隆史; 熊谷沙津希; 熊谷沙津希; 原田祐希; 原田祐希; 三森隆広; 三森隆広; 勝岡史城; 勝岡史城; 峯岸直子; 峯岸直子; 田邊修; 田邊修; 檜山聡; 菅原準一; 菅原準一

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2018年

  
• 妊娠高血圧症候群の発症予測に向けた時系列ライフログ解析

  山内 隆史; 越智 大介; 恒元 淑希; 和形 麻衣子; 原田 祐希; 山下 理宇; 田邉 修; 八重樫 伸生; 檜山 聡; 長崎 正朗; 菅原 準一

  日本妊娠高血圧学会雑誌, 2017年09月

  
• プライバシ保護ゲノム解析のための秘密計算フィッシャー正確検定の実装評価

  長谷川 聡; 濱田 浩気; 三澤 計治; 千田 浩司; 荻島 創一; 長﨑 正朗

  マルチメディア，分散協調とモバイルシンポジウム2017論文集, 2017年06月21日

  
• プライバシ保護ゲノム解析のための秘密計算フィッシャー正確検定の実装評価

  長谷川聡; 濱田浩気; 三澤計治; 三澤計治; 千田浩司; 荻島創一; 荻島創一; 長崎正朗; 長崎正朗

  情報処理学会シンポジウムシリーズ(CD-ROM), 2017年06月21日

  
• 卵巣明細胞がんを引き起こす遺伝子変異の発見(Discovery of gene alterations causing ovarian clear cell carcinoma)

  Shibuya Yusuke; Tokunaga Hideki; Saito Sakae; Kojima Kaname; Li Bin; Nagasaki Masao; Yasuda Jun; Yaegashi Nobuo

  日本婦人科腫瘍学会雑誌, 2017年06月

  
• Genome-wide association study identifies novel susceptibility loci for tanning ability in Japanese population

  K. Shido; K. Kojima; A. Hozawa; S. Ogishima; N. Minegishi; Y. Kawai; G. Tamiya; K. Tanno; K. Yamasaki; S. Aiba; Y. Suzuki; M. Nagasaki

  JOURNAL OF INVESTIGATIVE DERMATOLOGY, 2017年05月

  
• DICHOTOMOUS EFFECTS OF ATG16L1 AND LRRK2 IN MODULATING PANETH CELL DEFECT IN JAPANESE AND NORTH AMERICAN CROHN'S DISEASE PATIENTS

  Ta-Chiang Liu; Takeo Naito; Zhenqiu Liu; Kelli VanDussen; Talin Haritunians; Dalin Li; Katsuya Endo; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki; Yoshitaka Kinouchi; Dermot McGovern; Tooru Shimosegawa; Yoichi Kakuta; Thaddeus S. Stappenbeck

  GASTROENTEROLOGY, 2017年04月

  
• POPULATION-OPTIMIZED SNP ARRAY REVEALS RAP1A AS A NOVEL CANDIDATE SUSCEPTIBILITY GENE FOR CROHN'S DISEASE IN JAPANESE INDIVIDUALS

  Yoichi Kakuta; Yosuke Kawai; Takeo Naito; Atsushi Hirano; Junji Umeno; Keiichiro Hiramoto; Masatake Kuroha; Yoshitake Kanazawa; Tomoya Kimura; Katsuya Endo; Yoshitaka Kinouchi; Motohiro Esaki; Masao Nagasaki; Tooru Shimosegawa

  GASTROENTEROLOGY, 2017年04月

  
• Identification of Somatic Genetic Alterations in Ovarian Clear Cell Carcinomas with Next Generation Sequencing.

  Yusuke Shibuya; Sakae Saito; Kaname Kojima; Bin Li; Hideki Tokunaga; Masao Nagasaki; Jun Yasuda; Nobuo Yaegashi

  REPRODUCTIVE SCIENCES, 2017年03月

  
• 早発型発達緑内障における原因遺伝子の探索

  布施 昇男; 木村 雅恵; 清水 愛; 河合 洋介; 小島 要; 長崎 正朗; 濱中 輝彦; 石田 誠夫; 中村 誠; 酒井 寛; 池田 陽子; 森 和彦; 中澤 徹; 勝岡 史城; 安田 純; 山本 雅之

  日本眼科学会雑誌, 2017年03月

  
• 日本人2049人の全ゲノム解析から同定された8種のDHPレアバリアント活性変化

  成田瑶子; 菱沼英史; 齋藤さかえ; 安田純; 長崎正朗; 前川正充; 小田彰史; 平澤典保; 平塚真弘; 平塚真弘; 平塚真弘

  日本薬学会東北支部大会講演要旨集, 2017年

  
• 複数の研究機関が持つゲノムデータを相互に開示せず分析する解析手法を開発

  三澤計治; 三澤計治; 長谷川聡; 濱田浩気; 千田浩司; 荻島創一; 荻島創一; 長崎正朗; 長崎正朗

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2017年

  
• 次世代シークエンサーを用いた卵巣明細胞腺癌の遺伝子変異の探索

  渋谷 祐介; 齋藤 さかえ; 小島 要; 李 賓; 徳永 英樹; 長崎 正朗; 安田 純; 八重樫 伸生

  日本癌学会総会記事, 2016年10月

  
• マルチオミクスが解き明かす疾患生物学 日本人多層オミックス参照パネルの拡張

  小柴 生造; 三枝 大輔; 元池 育子; 小島 要; 城田 松之; 齋藤 智; 勝岡 史城; 河合 洋介; 山口 由美; 田邉 修; 長崎 正郎; 安田 純; 木下 賢吾; 山本 雅之

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, 2016年09月

  
• プライバシ保護ゲノム解析のための秘密計算フィッシャー正確検定 (情報セキュリティ)

  長谷川 聡; 濱田 浩気; 千田 浩司; 荻島 創一; 三澤 計治; 長﨑 正朗

  電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 2016年07月14日

  
• 秘密計算フィッシャー正確検定(2)標本数が多い場合 (情報セキュリティ)

  濱田 浩気; 長谷川 聡; 千田 浩司; 荻島 創一; 三澤 計治; 長崎 正朗

  電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 2016年07月14日

  
• 秘密計算フィッシャー正確検定(1)標本数が少ない場合 (情報セキュリティ)

  千田 浩司; 長谷川 聡; 濱田 浩気; 荻島 創一; 三澤 計治; 長﨑 正朗

  電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報, 2016年07月14日

  
• 卵巣明細胞腺癌を引き起こす遺伝子変異の発見(Discovery of gene alterations causing ovarian clear cell carcinoma)

  渋谷 祐介; 徳永 英樹; 安田 純; 長崎 正朗; 斎藤 さかえ; 小島 要; 李 賓; 八重樫 伸生

  日本婦人科腫瘍学会雑誌, 2016年06月

  
• マタニティログ調査:ヘルスケアデータと多層オミックスデータによる妊娠関連疾患の予防・早期発見に向けたコホート調査

  原田祐希; 越智大介; 山内隆史; 山下理宇; 高井貴子; 荻島創一; 峯岸直子; 田邉修; 田邉修; 栗山進一; 栗山進一; 布施昇男; 八重樫伸生; 八重樫伸生; 山本雅之; 山本雅之; 檜山聡; 長崎正朗; 菅原準一; 菅原準一

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016年

  
• Estimation of allele frequency of pathological variants based on whole-genome sequencing of 1070 Japanese individuals

  Yumi Yamaguchi-Kabata; Yosuke Kawai; Kaname Kojima; Naoki Nariai; Takahiro Mimori; Yukuto Sato; Fumiki Katsuoka; Jun Yasuda; Masayuki Yamamoto; Masao Nagasaki

  GENES & GENETIC SYSTEMS, 2015年12月

  
• 日本人全ゲノムファレンスパネルの構築と今後

  長崎正朗; 安田純; 勝岡史城; 成相直樹; 小島要; 河合洋介; 山口由美; 横澤潤二; 檀上稲穂; 齊藤さかえ; 佐藤行人; 三森隆弘; 津田薫; 齊藤るみ子; PAN Xiaoquing; 西川聡; 伊藤信; 黒木陽子; 田邉修; 布施昇男; 栗山進一; 清元秀泰; 寶澤篤

  日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 2015年09月

  
• SUGAR: graphical user interface-based high-resolution data cleaning tool for high-throughput sequencing data

  Yukuto Sato; Kaname Kojima; Naoki Nariai; Yumi Yamaguchi-Kabata; Yosuke Kawai; Masao Nagasaki

  GENES & GENETIC SYSTEMS, 2014年12月

  
• Nonparametric inference of population demography from SNP data

  Yosuke Kawai; Yukuto Sato; Yumi Yamaguchi; Naoki Nariai; Sachiyo Sugimoto; Takahiro Mimori; Kaname Kojima; Masao Nagasaki

  GENES & GENETIC SYSTEMS, 2014年12月

  
• Construction of Japanese Whole Genome Information and Data Analysis in Tohoku Medical Megabank Organization

  Masao Nagasaki

  GENES & GENETIC SYSTEMS, 2014年12月

  
• 食道扁平上皮癌でのBAP1遺伝子変異によるGIS期移行異常(BAP1 mutation somatically occurring in a human esophageal squamous cell carcinoma abrogates G1-S transition)

  森 隆弘; 住井 真紀子; 斎木 由利子; 長崎 正朗; 千葉 奈津子; 石岡 千加史

  日本癌学会総会記事, 2014年09月

  
• 腎疾患個別化医療実現に向けた健常人ゲノムコホートの構築

  清元 秀泰; 阿部 倫昭; 奥田 拓史; 岡村 将史; 宮崎 真理子; 寳澤 篤; 栗山 進一; 高井 貴子; 長崎 正朗; 峯岸 直子; 安田 純; 森 建文; 中谷 純; 菅原 準一; 八重樫 伸生; 佐藤 博; 山本 雅之; 伊藤 貞嘉

  日本腎臓学会誌, 2014年05月

  
• 眼疾患と遺伝子 緑内障のゲノム解析 次世代医療・個別化医療に向けて

  布施 昇男; 清水 愛; 木村 雅恵; 高野 良真; 石 棟; 宮澤 晃子; 国松 志保; 劉 孟林; 渡邉 亮; 安田 正幸; 横山 悠; 檜森 紀子; 津田 聡; 山本 耕太郎; 中澤 徹; 安田 純; 勝岡 史城; 小島 要; 成相 直樹; 松本 光代; 元池 育子; 長崎 正朗; 木下 賢吾; 五十嵐 和彦; 山本 雅之; 新堀 哲也; 青木 洋子; 松原 洋一; 舟山 亮; 長嶋 剛史; 中山 啓子; 眞島 行彦; 船山 智代; 田中 光一; 原田 高幸; 阿部 春樹; 福地 健郎; 安田 典子; 出田 秀尚; 鄭 暁東; 白石 敦; 大橋 裕一; 石田 誠夫; 原 岳; 金森 章泰; 山田 裕子; 中村 誠; 酒井 寛; Richards Julia E

  日本眼科学会雑誌, 2014年03月

  
• 歯垢検体の保存温度および保存期間による細菌叢への影響

  篠崎夏子; 山岸潤也; 佐藤行人; 山下理宇; 山田拓司; 長崎正朗; 坪井明人

  日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2014年

  
• The Activation of the Wnt3a/beta-Catenin Pathway Induced Maturation of Impaired Neutrophils as Well as the Endoplasmic Reticulum Stress in Induced Pluripotent Stem Cell Derived from a Severe Congenital Neutropenia Patient with ELANE Mutation

  Takafumi Hiramoto; Yasuhiro Ebihara; Yoko Mizoguchi; Kazuhiro Nakamura; Kiyoshi Yamaguchi; Kazuko Ueno; Naoki Nariai; Shinji Mochizuki; Shohei Yamamoto; Masao Nagasaki; Yoichi Furukawa; Kenzaburo Tani; Hiromitsu Nakauchi; Masao Kobayashi; Kohichiro Tsuji

  MOLECULAR THERAPY, 2013年06月

  
• Recurrent Mutations of Multiple Components of Cohesin Complex in Myeloid Neoplasms

  Ayana Kon; Lee-Yung Shih; Masashi Minamino; Masashi Sanada; Yuichi Shiraishi; Yasunobu Nagata; Kenichi Yoshida; Yusuke Okuno; Masashige Bando; Shumpei Ishikawa; Aiko Sato-Otsubo; Genta Nagae; Claudia Haferlach; Daniel Nowak; Yusuke Sato; Tamara Alpermann; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Hiroko Tanaka; Kenichi Chiba; Ryo Yamamoto; Tomoyuki Yamaguchi; Makoto Otsu; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Tsuyoshi Nakamaki; Ken Ishiyama; Florian Nolte; Wolf-Karsten Hofmann; Shuichi Miyawaki; Shigeru Chiba; Hiraku Mori; Hiromitsu Nakauchi; H. Phillip Koeffler; Hiroyuki Aburatani; Torsten Haferlach; Katsuhiko Shirahige; Satoru Miyano; Seishi Ogawa

  BLOOD, 2012年11月

  
• Frequent splicing pathway mutations and aberrant RNA splicing in myelodysplasia

  Kenichi Yoshida; Masashi Sanada; Yuichi Shiraishi; Daniel Nowak; Yasunobu Nagata; Ryo Yamamoto; Yusuke Sato; Aiko Sato-Otsubo; Ayana Kon; Masao Nagasaki; George Chalkidis; Yutaka Suzuki; Masashi Shiosaka; Ryoichiro Kawahata; Tomoyuki Yamaguchi; Makoto Otsu; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Ken Ishiyama; Hiraku Mori; Florian Nolte; Wolf-Karsten Hofmann; Shuichi Miyawaki; Sumio Sugano; Claudia Haferlach; H. Phillip Koeffler; Lee-Yung Shih; Torsten Haferlach; Shigeru Chiba; Hiromitsu Nakauchi; Satoru Miyano; Seishi Ogawa

  CANCER RESEARCH, 2012年04月

  
• EGF receptor tyrosine kinase defines critical prognostic genes of stage IA lung adenocarcinoma

  Asuka Nakata; Mai Yamauchi; Rui Yamaguchi; Takashi Kohno; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Ayumu Saito; Kazuko Ueno; Yousuke Hatanaka; Ryo Yoshida; Tomoyuki Higuchi; Masaharu Nomura; David G. Beer; Jun Yokota; Satoru Miyano; Noriko Gotoh

  CANCER RESEARCH, 2012年04月

  
• Mutations of cohesin genes in myeloid malignancy

  Ayana Kon; Masashi Sanada; Kenichi Yoshida; Yuichi Shiraishi; Yasunobu Nagata; Yusuke Sato; Aiko Sato-Otsubo; Masao Nagasaki; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Ken Ishiyama; Hiraku Mori; Shuichi Miyawaki; H. Phillip Koeffler; Lee-Yung Shih; Shigeru Chiba; Satoru Miyano; Seishi Ogawa

  CANCER RESEARCH, 2012年04月

  
• 2SD-04 「京」による大規模遺伝子ネットワーク推定(2SD スーパーコンピューティング:分子ネットワークと細胞内ダイナミクス,シンポジウム,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

  玉田 嘉紀; Shimamura Teppei; Yamaguchi Rui; Niida Atsushi; Saito Ayumu; Kataoka Yuto; Imoto Seiya; Nagasaki Masao; Miyano Satoru

  生物物理, 2012年

  
• Frequent Pathway Mutations of Splicing Machinery in Myelodysplasia

  Kenichi Yoshida; Masashi Sanada; Yuichi Shiraishi; Daniel Nowak; Yasunobu Nagata; Ryo Yamamoto; Yusuke Sato; Aiko Sato-Otsubo; Ayana Kon; Masao Nagasaki; George Chalkidis; Yutaka Suzuki; Makoto Otsu; Naoshi Obara; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Ken Ishiyama; Hiraku Mori; Florian Nolte; Wolf-Karsten Hofmann; Shuichi Miyawaki; Sumio Sugano; Claudia Haferlach; H. Phillip Koeffler; Lee-Yung Shih; Torsten Haferlach; Shigeru Chiba; Hiromitsu Nakauchi; Satoru Miyano; Seishi Ogawa

  BLOOD, 2011年11月

  
• Functional Analysis of SRSF2 Mutations in Myelodysplastic Syndromes and Related Disorders

  Ayana Kon; Masashi Sanada; Kenichi Yoshida; Yasunobu Nagata; Yuichi Shiraishi; Yusuke Sato; Aiko Sato-Otsubo; Ryo Yamamoto; Masao Nagasaki; Yutaka Suzuki; Tomoyuki Yamaguchi; Makoto Otsu; Sumio Sugano; Shigeru Chiba; H. Phillip Koeffler; Lee-Yung Shih; Hiromitsu Nakauchi; Satoru Miyano; Seishi Ogawa

  BLOOD, 2011年11月

  
• Mutational Spectrum Analysis of Interesting Correlation and Interrelationship Between RNA Splicing Pathway and Commonly Targeted Genes in Myelodysplastic Syndrome

  Yasunobu Nagata; Masashi Sanada; Ayana Kon; Kenichi Yoshida; Yuichi Shiraishi; Aiko Sato-Otsubo; Hiraku Mori; Ken Ishiyama; Mamiko Sakata-Yanagimoto; Naoshi Obara; Masao Nagasaki; Shuichi Miyawaki; Shigeru Chiba; Satoru Miyano; Shih Lee Yung; H. Phillip Koeffler; Seishi Ogawa

  BLOOD, 2011年11月

  
• ダウン症候群に合併した一過性骨髄増殖症(TAM)および急性巨核芽球性白血病(AMKL)の全エクソンシーケンス

  吉田 健一; 土岐 力; 朴 明子; 永田 安伸; 王 汝南; 白石 友一; 真田 昌; 昆 彩菜; 佐藤 亜衣子; 長崎 正朗; 宮野 悟; 金兼 弘和; 川上 清; 加藤 剛二; 小島 勢二; 林 泰秀; 伊藤 悦朗; 小川 誠司

  小児がん, 2011年11月

  
• ウイルス性肝細胞がんの全ゲノムシークエンス解析(Whole Genome Sequencing and Analysis of Virus-related Hepatocellular Carcinoma)

  中川 英刀; 藤本 明洋; 角田 達彦; 長崎 正朗; 柴田 龍弘; 十時 泰; 上野 昌樹; 川上 由育; 山田 晃正; 茶山 一彰; 山上 裕機; 宮野 悟; 中村 祐輔

  日本癌学会総会記事, 2011年09月

  
• 心筋細胞におけるグルココルチコイド受容体の役割の解明

  丸山 崇子; 吉川 賢忠; 長崎 正朗; 井元 清哉; 宮野 悟; 徳留 さとり; 佐野 元昭; 福田 恵一; 清水 宣明; 森本 幾夫; 田中 廣壽

  日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, 2010年12月

  
• Critical prognostic genes for stage I lung cancer are identified from normal growth factor-regulated gene network by overcoming cancer heterogeneity

  Noriko Gotoh; Mai Yamauchi; Rui Yamauchi; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Ayumu Saito; Kazuko Ueno; Yousuke Hatanaka; Ryo Yoshida; Tomoyuki Higuchi; Masaharu Nomura; Takashi Kohno; Jun Yokota; David G. Beer; Satoru Miyano

  CANCER RESEARCH, 2010年04月

  
• Ligand-based gene expression profiling reveals novel roles of glucocorticoid receptor in the cardiomyocytes

  Noritada Yoshikawa; Motoaki Sano; Satori Tokudome; Noriaki Shimizu; Takako Maruyama; Masao Nagasaki; Seiya Imoto; Satoru Miyano; Yusuke Tagata; Shinobu Nishitani; Kenji Takehana; Keiichi Fukuda; Chikao Morimoto; Hirotoshi Tanaka

  ENDOCRINE JOURNAL, 2010年03月

  
• Identification of new biomarkers and molecular targets of lung cancers by systems biology approach

  Mai Yamauchi; Rui Yamaguchi; Masao Nagasaki; Teppei Shimamura; Seiya Imoto; Ayumu Saito; Kazuko Ueno; Yousuke Hatanaka; Ryo Yoshida; Kazuyuki Okeguchi; Takashi Kohno; Jun Yokota; Satoru Miyano; Noriko Gotoh

  CANCER RESEARCH, 2009年05月

  
• 動的ネットワーク構造探索の計算イニシアティブ バイオマーカー・分子標的探索のための動的ネットワークを予測する計算科学的方法の開発

  井元 清哉; 山口 類; 島村 徹平; 玉田 嘉紀; 長崎 正朗; 斉藤 あゆむ; 植野 和子; 畑中 洋亮; 吉田 亮; 樋口 知之; 山内 麻衣; 後藤 典子; 宮野 悟

  日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, 2008年11月

  
• グルココルチコイド 心筋細胞におけるグルココルチコイド受容体標的遺伝子の解明

  吉川 賢忠; 長崎 正朗; 井元 清哉; 宮野 悟; 徳留 さとり; 佐野 元昭; 福田 恵一; 清水 宣明; 森本 幾夫; 田中 廣壽

  日本内分泌学会雑誌, 2008年09月

  
• ペトリネットによる転写制御ネットワークのモデリングと統計的推測

  吉田 亮; 長崎 正郎; 山口 類; 井元 清哉; 宮野 悟; 樋口 知之

  情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学, 2008年06月26日

  
• ダイナミックパスウェイモデリング言語:CSML (ゲノムから生命システムへ) -- (ゲノムから情報科学)

  長崎 正朗; 土井 淳; 宮野 悟

  蛋白質核酸酵素, 2005年12月

  
• 生命パスウエイのモデル化・可視化技術と創薬研究への応用

  土井淳; 長崎正朗; 松野浩嗣; 宮野悟

  月刊薬事, 2004年

  
• An intronic SNP in a RUNX1 binding site of SLC22A4, encoding an organic cation transporter, is associated with rheumatoid arthritis

  S Tokuhiro; R Yamada; XT Chang; A Suzuki; Y Kochi; T Sawada; M Suzuki; M Nagasaki; M Ohtsuki; M Ono; H Furukawa; M Nagashima; S Yoshino; A Mabuchi; A Sekine; S Saito; A Takahashi; T Tsunoda; Y Nakamura; K Yamamoto

  NATURE GENETICS, 2003年12月

  
• バイオパスウエイモデリングとシミュレーションを実現するためのシステム-Genomic Object Net-

  長崎正朗; 土井淳; 松野浩嗣; 宮野悟

  人工知能学会誌, 2002年

  

講演・口頭発表等

• ハイブリッドクラウド構築とゲノム情報解析の効率的な運用に関した研究

  長﨑正朗

  学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 第 14回シンポジウム, 2022年07月08日

  
• 日本人の公開可能な長鎖型集団パネル構築とその意義について

  長﨑 正朗

  PacBio ユーザーグループミーティング 2022, 2022年05月17日

  
• ゲノム医科学における国内外のヒトゲノム解析の状況 およびハイブリッドクラウド計算環境の構築と活用

  長﨑 正朗

  第44回日本分子生物学会年会, 2021年12月02日

  
• ハイブリッドクラウド構築とゲノム情報解析の効率的な運用に関した研究

  長﨑正朗

  学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 第 13 回シンポジウム, 2021年07月09日

  
• Accelerating the pace of research in Kyoto University

  Masao Nagasaki

  AWS Public Sector Summit Online 2021, 2021年04月15日, 招待有り

  
• 日本人集団のタンパク質発現量と関連するゲノム遺伝子座との統合解析

  長﨑 正朗

  日本人類遺伝学会第65回大会, 2020年

  
• Genome-Wide mapping of 4,483 protein QTLs Of the 743 Japanese population

  Masao Nagasaki

  The American Society of Human Genetics (ASHG) 2020 Virtual Meeting, 2020年

  
• ヒトゲノム情報統合解析に向けた京都大学ゲノム医学センターのハイブリッドクラウドシステム構築について

  長﨑 正朗

  AWS Summit Online JAPAN 2020, 2020年, 招待有り

  
• 尿酸値の失われた遺伝率は、 レアバリアントがかなりの部分を説明する

  三澤 計治; 長谷川 嵩矩; 三島 英換; Promsuk Jutabha; 大内 基司; 小島 要; 河合 洋介; 松尾 雅文; 安西 尚彦; 長崎 正朗

  日本バイオインフォマティクス学会, 2020年09月02日

  
• ロングリードシークエンス解析の実際と大規模ゲノム情報の利用

  長﨑 正朗

  NPBPPP2020合同年会ONLINE, 2020年, 招待有り

  
• Towards HLA-VBSeq v3: An HLA calling package for HLA class I and II.

  Masao Nagasaki

  The American Society of Human Genetics (ASHG) 2019 Annual Meeting, 2019年

  
• Development and application of biomedical methods to facilitate the detection of disease-causing variants based on whole genome data from Japanese

  Masao Nagasaki

  The 3rd JCS Council Forum on Basic CardioVascular Research(BCVR 2019), 2019年, 招待有り

  
• Genome cohort projects in Japan and biomedical analyses toward the discoveries of disease-causing variants

  Masao Nagasaki

  Genome Expo 2019, 2019年, 招待有り

  
• HLA-VBSeq v2: enhancements of HLA genotyping accuracy from WGS data with full-length Japanese HLA sequences

  Masao Nagasaki

  European Human Genetics Conference（ESHG 2019), 2019年

  
• Association between Longitudinal Lifelog and Preterm Birth in Maternity Log Study

  Masao Nagasaki

  65th Annual Scientific Meeting of the Society-for-Reproductive-Investigation (SRI), 2018年

  
• Impact of Continuous Maternal Life-Log Monitoring for Prediction of Hypertensive Disorders of Pregnancy in Maternity Log Study

  Masao Nagasaki

  65th Annual Scientific Meeting of the Society-for-Reproductive-Investigation (SRI), 2018年

  
• Longitudinal Lifestyle Monitoring in "Maternity Log Study" to Predict Preterm Birth

  Masao Nagasaki

  64th Annual Scientific Meeting of the Society-for-Reproductive-Investigation (SRI), 2017年

  
• The TMM150K Genome Cohort Project: Progress of Genome Information Analysis and Future

  長﨑 正朗

  第12回国際ゲノム会議, 2017年

  
• 日本人の全ゲノム情報基盤構築とバイオインフォマティクス

  長﨑 正朗

  第２回東京大学ゲノム医科学機構シンポジウム, 2017年

  
• Whole genome reference panel of two thousand Japanese individuals andbioinformatics in ToMMo

  長﨑 正朗

  東北メディカル・メガバンク計画 合同研究会, 2017年

  
• 2049人の日本人全ゲノムリファレンスパネルと今後

  長﨑 正朗

  東北メディカル・メガバンク計画 合同研究会, 2017年

  
• Two thousand Japanese whole genome reference panel and reference genome in ToMMo

  長﨑 正朗

  2016 Taiwan-Japan Joint Conference in Genetics and Genomics, 2016年

  
• 日本人ゲノム情報基盤構築とバイオインフォマティクス

  長﨑 正朗

  ゲノムテクノロジー第164委員会 第5期キックオフシンポジウム, 2016年

  
• 日本人2049人の全ゲノムリファレンスパネルの構築と今後

  長﨑 正朗

  第23回日本遺伝子診療学会大会, 2016年

  
• Whole genome reference panel of two thousand Japanese individuals andbioinformatics in ToMMo

  長﨑 正朗

  The American Society of Human Genetics (ASHG) 2016 Annual Meeting, 2016年

  
• Two thousand Japanese whole genome reference panel in Japan and Bioinformatics

  長﨑 正朗

  The European Society of Human Genetics (ESHG) 2016 Annual Meeting, 2016年

  
• Two Thousand Whole-Genome Reference Panel and Towards Optimized Reference Genome in Japan

  長﨑 正朗

  The Fourth Kyoto Symposium on Bioinformatics for Next Generation Sequencing with Applications in Human Genetics, 2016年

  
• Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of thousands Japanese individuals and bioinformatics

  長﨑 正朗

  The 13th International Congress of Human Genetics (ICHG2016), 2016年

  
• Towards Japanese Reference Genome Importance of Data Representation and Annotation

  長﨑 正朗

  BIoHackerthon 2016, 2016年

  
• Thousands Japanese Whole Genome Reference Panel and Bioinformatics in ToMMo

  長﨑 正朗

  The 11th International Workshop on Advanced Genomics, 2015年

  
• 東北メディカル・メガバンク計画の全ゲノムリファレンスパネルの構築と今後

  長﨑 正朗

  NGS現場の会・第４回研究会, 2015年

  
• ジャポニカアレイ®と東北メディカル・メガバンク機構の全ゲノムリファレンスパネル活用

  長﨑 正朗

  セミナー「ジャポニカアレイ®と東北メディカル・メガバンク機構の全ゲノムリファレンスパネル活用」, 2015年

  
• Whole Genome Reference Panel of One Thousand Japanese Individuals and Bioinformatics in ToMMo

  長﨑 正朗

  The American Society of Human Genetics (ASHG) 2015 Annual Meeting, 2015年

  
• ヒト全ゲノム解析とビックデータ

  長﨑 正朗

  日本分析学会 第74回分析化学討論会, 討論主題５ 複雑・曖昧・網羅性に挑戦する生命分析化学, 2014年

  
• 【地域の取り組み】医療情報と遺伝情報を集積して個別化医療を実現

  長﨑 正朗

  医療ビッグデータ・サミット2014, 2014年

  
• ヒト全ゲノム解析とビッグデータ個別化医療、予防の基盤構築

  長﨑 正朗

  ヘルスケアデバイス・システム技術分科会, 2014年

  
• 東北メディカル・メガバンク機構の大規模ゲノムコホートと計算インフラ

  長﨑 正朗

  HPCI戦略プログラム：新生命科学分野開拓とスーパーコンピュータ「京」, 2014年

  
• 東北メディカル・メガバンク機構におけるゲノム情報基盤の構築と情報解析

  長﨑 正朗

  第86回日本遺伝学会WS16 大量データ時代の新しいゲノム遺伝学, 2014年

  
• 東北メディカル・メガバンクにおけるパーソナルゲノムの利活用のセキュリティポリシー

  長﨑 正朗

  生命医薬連合大会年会、2K2 パーソナルゲノムの利活用とプライバシー保護, 2014年

  
• ジャポニカアレイを用いた疑似フルシーケンスサービスの有用性とimputationの可能性

  長﨑 正朗

  生命医薬連合大会年会、2W6 センター・オブ・イノベーション東北拠点の目指す社会, 2014年

  
• Data management and bioinformatics of thousands Japanese whole-genome project

  長﨑 正朗

  Karolinska-Tohoku Joint Symposium on Medical Sciences, 2014年

  
• Introduction to the Tohoku Medical Megabank Organization and What is Happening in the Human Reference Genome?

  長﨑 正朗

  Biohackaton 2014, 2014年

  
• 東北人1000人ゲノム計画関連のインシリコ解析の状況とバイオインフォマティクス

  長﨑 正朗

  Japanese Society of Bioinformatics (JSBi), 2013年

  
• Bioinformatics and Data Management of High Throughput Sequencing Data from Prospective Cohort Study at Tohoku Medical Megabank Project

  長﨑 正朗

  The American Society of Human Genetics (ASHG) 2013, 2013年

  
• Thousands Japanese Whole Genome Sequencing and Bioinformatics at Tohoku Medical Megabank Organization

  長﨑 正朗

  Genome Informatics Workshop (GIW) 2013, 2013年

  
• Data Management and Bioinformatics of High Throughput Sequencing Data from Prospective Cohort Study at Tohoku Medical Megabank Project

  長﨑 正朗

  21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 12th European Conference on Computational Biology (ISMB&ECCB), 2013年

  
• Data Management and Bioinformatics of High Throughput Sequencing Data from Prospective Cohort Study at Tohoku Medical Megabank

  長﨑 正朗

  Japanese Society of Bioinformatics (JSBi), 2013年

  
• 日本人高深度全ゲノム参照パネルのインシリコ解析の状況とバイオインフォマティクス

  長﨑 正朗

  日本人類遺伝学会 第58回大会, 2013年

  
• Genome Explosion and its Data Management and Bioinformatics on Supercomputer: the Prospective Genome Cohort Study in Japan

  長﨑 正朗

  The 2nd HD Physiology International Symposium 2013: Multi-Level Systems Biology, 2013年

  
• Towards thousands Japanese whole genome project and its data management and bioinformatics

  長﨑 正朗

  Fukuoka International Symposium on Genomics & Epigenomics 2013, 2013年

  
• 高深度全ゲノムシーケンシング解析の現状と課題

  長﨑 正朗

  apanese Society of Bioinformatics (JSBi), 2013年

  
• iSVP: an integrated structural variant calling pipeline from high-throughput sequencing data

  長﨑 正朗

  Genome Informatics Workshop (GIW) 2013, 2013年

  

書籍等出版物

• 遺伝学の百科事典

  公益財団法人 遺伝学普及会 日本遺伝学会 編, Pp198

  丸善出版, 2022年01月

  
• ヒトの分子遺伝学第５版

  Tom Strachan; Andrew P Read; 戸田達史; 井上聡; 松本直通, Pp313-363 (訳者)

  メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2021年

  
• Hybrid functional Petri net with extension for dynamic pathway modeling.

  Saito A; Nagasaki M; Matsuno H; Miyano S, 共著, Modeling in Systems Biology – The Petri Net Approach (Pp101–120)

  Springer, 2010年

  
• Foundations of Systems Biology - Using Cell Illustrator and Pathway Databases.

  Nagasaki M; Saito A; Doi A; Matsuno H; Miyano S, 共著

  Springer, 2009年

  
• システム生物学がわかる

  土井; 長﨑正朗; 斉藤あゆむ; 宮野悟, 共著

  共立出版, 2007年

  
• 遺伝子医学36号,特集：Common disease解析の最前線

  Gervais Olivier; 河合 洋介; 長﨑 正朗, 分担執筆, ポリジェニックモデルによるゲノム情報解析の最前線

  メディカルドゥ, 2021年04月01日

  
• NGSアプリケーション 実験プロトコール

  長﨑 正朗

  2016年, 査読無し

  
• ジャポニカアレイの設計と全ゲノムインピュテーションによる活用

  河合洋介; 三森隆広; 小島要; 成相直樹; 長﨑正朗, 共著

  月刊メディカル・サイエンス・ダイジェスト, 2015年05月25日

  

受賞

• 2011年10月

  IEEE (The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc.), IEEE BioVis 2011 Contest Award

  Georgios Chalkidis, Georg Tremmel, Satoru Miyano, Masao Nagasaki
• 2017年08月

  情報処理学会DICOMO2017実行委員会, 最優秀論文賞

  プライバシ保護ゲノム解析のための秘密計算フィッシャー正確検定の実装評価

外部資金：科学研究費補助金

• ビッグデータによる近視の総合的病態解明

  基盤研究(B)

  小区分56060:眼科学関連

  京都大学

  辻川 明孝

  自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付

  近視;高度近視

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H03092/
• 日本人集団ゲノムワイドクロマチン相互作用情報と構造多型との関連解析と疾患要因探索

  基盤研究(B)

  小区分48040:医化学関連

  京都大学

  長崎 正朗

  自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付

  構造多型;クロマチン構造;大規模ゲノム情報解析;長鎖型シークエンサ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02681/
• 多角的アプローチによる加齢黄斑変性とパキコロイド新生血管の病態解明

  基盤研究(B)

  小区分56060:眼科学関連

  京都大学

  三宅 正裕

  自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日, 交付

  中心性漿液性脈絡網膜症;パキコロイド;機械学習;人工知能;ゲノムワイド関連解析;ゲノムワイド生存解析;加齢黄斑変性

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20H03841/
• 妊娠期間中の時系列多層情報解析による疾病前兆や病態進行の予測技術開発と適用

  基盤研究(B)

  京都大学;東北大学

  長崎 正朗

  自 2018年07月18日, 至 2021年03月31日, 完了

  ライフログ;オミクス;メタボローム;妊娠期間;出産;統合解析;ロジスティック回帰;多層オミクス;リスク予測;多変量解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18KT0015/
• 妊娠期間中の遺伝子発現変動と遺伝要因との関連性の探索によるデータベース構築

  基盤研究(B)

  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連

  京都大学

  長崎 正朗

  自 2018年04月01日, 至 2021年03月31日, 完了

  RNAシークエンシング;eQTL;妊娠期間;遺伝要因探索;全ゲノムシークエンシング;マタニティログ;RNS-Seq;全ゲノム;トランスクリプトーム;データベース;妊婦

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H03326/
• 三世代男系由来Ｙ染色体パネル作成とその応用

  基盤研究(B)

  小区分56040:産婦人科学関連

  東北大学

  鈴木 吉也

  自 2018年04月01日, 至 2021年03月31日, 完了

  男性不妊;ゲノム解析;リファレンスパネル;精子;Y染色体;SNP;精液;DNAパネル

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H02940/
• 骨格筋機能とサルコペニアに関連する消化管ミクロビオームの基盤研究

  基盤研究(A)

  東北大学

  永富 良一

  自 2015年04月01日, 至 2019年03月31日, 完了

  食品摂取頻度;トマト;歯ブラシ;口腔内メタゲノム;筋力低下;サルコペニア;口腔内細菌叢;糞便細菌叢;歯磨き時間;喫煙;骨格筋;損傷;回復;MRI;ミクロビオーム;唾液;便

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15H01827/
• 服薬コンプライアンスを改善する、患者に応じて見せる糖尿病シミュレーションモデル

  基盤研究(C)

  日本医科大学

  工藤 光洋

  自 2012年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了

  糖尿病;血糖値;シミュレーションモデル

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24590639/
• ヒト数千人規模ncRNAの網羅的探索と機能予測をスパコンで一気通貫に実現する技術

  挑戦的萌芽研究

  東北大学;東京大学

  長崎 正朗

  自 2011年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了

  次世代シーケンサ;次世代シークエンサ;トランスクリプトーム;RNA-Seq;lincRNA;ベイズ法;スーパーコンピュータ;高性能シークエンサ;数理統計モデル

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23650150/
• ネットワーク解析による薬剤応答パスウェイの解析法の研究

  基盤研究(B)

  東京大学

  宮野 悟

  自 2010年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了

  遺伝子ネットワーク;薬剤応答パスウェイ;動的モデル;シミュレーション;パ スウェイ解析;ベイジアンネットワーク;ペトリネット;状態空間モデル;がん;パスウェイ解析;ベトリネット;薬剤応答パスウェィ;Bayesiamネットワーク

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22300099/
• 計算とシミュレーションによるがんシステム学の創成

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  複合領域

  東京大学

  宮野 悟

  自 2010年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了

  がん;システム生物学;ゲノム科学;バイオインフォマティクス;統計的モデリング;遺伝統計学;スーパーコンピュータ;遺伝子ネットワーク;シークエンス解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-22134004/
• 内因性I型インターフェロン産生細胞を介した漢方薬の感染防御機構の研究

  基盤研究(B)

  慶應義塾大学

  渡辺 賢治

  自 2009年04月01日, 至 2012年03月31日, 完了

  十全大補湯;インターフェロンα;toll like receptor;MyD88;ノックアウトマ;ノックアウトマウス;toll like receptor 4

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21390224/
• 動的な生体内パスウェイモデルの特徴因子と遺伝子多型・機能との関係に関する研究

  基盤研究(B)

  東邦大学

  日紫喜 光良

  自 2009年04月01日, 至 2012年03月31日, 完了

  バイオインフォマティクス;生体内パスウェイ解析;シミュレーション;多型;パスウェイ;CSML;グラフ探索;SNP;ASTD;ペトリネット;パスウェイシミュレーション;Consumer Health Informatics

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21310132/
• 動的パスウェイへの高機能ペトリネットを用いた視覚的モデル検査手法の開発と適用

  若手研究(B)

  東京大学

  長崎 正朗

  自 2008年04月01日, 至 2010年03月31日, 完了

  ペトリネット;オントロジー;視覚的デバッグ;モデル検査;OWL;HFPNe;細胞分化;ASTD

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20700265/
• 高機能ペトリネットによる動的生命パスウェイモデルの視覚的デバッグ手法の開発と適用

  若手研究(B)

  東京大学

  長崎 正朗

  自 2006年04月01日, 至 2008年03月31日, 完了

  ペトリネット;マイクロアレイ;パラメータ推定;モデル選択;視覚的デバッグ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18700285/
• 遺伝子ネットワークによる創薬ターゲットパスウェイのイン・シリコ探索技術

  基盤研究(B)

  東京大学

  宮野 悟

  自 2006年04月01日, 至 2009年03月31日, 完了

  遺伝子ネットワーク;システム生物学;シミュレーション;遺伝子発現マイクロアレイデータ;創薬ターゲット遺伝子;Fenofibrate;Gefitinib;漢方薬;マイクロアレイ;タンパク質相互作用;自己分泌パスウェイ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18300097/
• イン・シリコ生命ネットワーク構築のための遺伝子ネットワーク推定とシミュレーション

  特定領域研究

  生物系

  東京大学

  宮野 悟

  自 2005年04月01日, 至 2010年03月31日, 完了

  遺伝子ネットワーク;システム生物学;モデリング;シミュレーション;マイクロアレイ;パスウェイモデリング;タンパク質相互作用;CSML;タンパク質ネットワーク;システムバイオロジー;マイクロアレイ解析;ベイジアンネットワーク;Petriネット

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17017008/
• がん発生・抑止機構の計算機モデル化によるシステム的理解と新分子標的推定手法の開発

  特定領域研究

  生物系

  山口大学

  松野 浩嗣

  自 2005年04月01日, 至 2006年03月31日, 完了

  生命パスウェイ;シミュレーション;ペトリネット;ニューラルネットワーク;破綻部位推定

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17014067/

外部資金：その他

• 精神疾患の個別化医療を実現するためのゲノム・空間オミクス多施設共同研究」 研究分担者

  日本医療研究開発機構

  自 2022年06月01日, 至 2027年03月31日

  徳永　勝士
• 心不全治療における次世代医療基盤確立に向けたゲノム・オミックス解析とデータシェアリング

  日本医療研究開発機構

  自 2022年07月01日, 至 2023年03月31日

  坂田　泰彦
• 孤発性筋萎縮性側索硬化症の双方向トランスレーショナル研究による病態介入標的の同定と核酸医薬の開発研究

  日本医療研究開発機構

  自 2021年07月01日, 至 2025年03月31日

  祖父江　元
• B型肝炎の個別化医療を目指した臨床ゲノム解析に関する研究と肝炎データストレージの利活用

  日本医療研究開発機構

  自 2023年04月01日, 至 2025年03月31日

  徳永　勝士
• 長鎖・短鎖シーケンシング技術の統合による構造変異の検出と非翻訳領域情報を駆使した未診断症例の解決

  日本医療研究開発機構

  自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日

  小崎　健次郎
• 筋萎縮性側索硬化症克服のためのDeep-Phenotypingの統合解析を通じた治療開発研究

  日本医療研究開発機構

  自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日

  祖父江　元
• 将来の創薬を念頭に置いた心不全発症・増悪リスク層別化マーカーの開発

  日本医療研究開発機構

  自 2020年04月01日, 至 2023年03月31日

  坂田 泰彦

教育

担当科目

• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  ゲノム医学 II

  S003, 後期集中, 医学研究科, 4
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  ゲノム科学と医療

  M022, 後期, 医学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  次世代シークエンス技術を用いたゲノム解析とその応用

  S001, 後期集中, 医学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  ゲノム医学 I

  S002, 前期, 医学研究科, 4
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  ゲノム医学 I

  前期, 医学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  ゲノム医学 II

  後期, 医学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  次世代シークエンス技術を用いたゲノム解析とその応用

  後期集中, 医学研究科
• 自 2020年04月, 至 2021年03月

  ゲノム科学と医療

  後期, 医学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  ゲノム医学 I

  前期, 医学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  ゲノム医学 II

  後期, 医学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  次世代シークエンス技術を用いたゲノム解析とその応用

  後期集中, 医学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  ゲノム科学と医療

  後期, 医学研究科