基本情報

学部兼担

• 工学部

学内兼務

• 学際融合教育研究推進センター, スーパーグローバルコース 化学系ユニット

学位

• 修士（理学）(東京大学)
• 博士（理学）(東京大学)

使用言語

• 英語
• 日本語

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0001-8112-8169

• J-Global ID

  201501035428102456

• 研究者番号

  00753146

researchmap URL

• https://researchmap.jp/7000011464

研究

研究分野

• ナノテク・材料, 高分子材料, 超分子ヒドロゲル; コアセルベート
• ナノテク・材料, 構造有機化学、物理有機化学

論文

• Molecular technologies in life innovation: Novel molecular technologies for labeling and functional control of proteins under live cell conditions

  Itaru Hamachi; Shigeki Kiyonaka; Tomonori Tamura; Ryou Kubota

  Molecular Technology: Materials Innovation, 2019年02月06日

  
• Cell‐Like Synthetic Supramolecular Soft Materials Realized in Multicomponent, Non‐/Out‐of‐Equilibrium Dynamic Systems

  Ryou Kubota; Itaru Hamachi

  Advanced Science, 2024年02月

  
• Emergence of Dynamic Instability by Hybridizing Synthetic Self-Assembled Dipeptide Fibers with Surfactant Micelles

  Shogo Torigoe; Kazutoshi Nagao; Ryou Kubota; Itaru Hamachi

  Journal of the American Chemical Society, 2024年02月26日

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• 生体分子センシングや薬剤放出の多段階制御を可能とする超分子ヒドロゲル

  中村 圭佑; 窪田 亮; 浜地 格

  バイオサイエンスとインダストリー / バイオサイエンスとインダストリー編集委員会 編, 2021年, 査読有り

  
• Supramolecular–Polymer Composite Hydrogels: From In Situ Network Observation to Functional Properties

  Ryou Kubota

  Bulletin of the Chemical Society of Japan, 2023年08月15日

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• Visualizing Formation and Dynamics of a Three-Dimensional Sponge-like Network of a Coacervate in Real Time

  Ryou Kubota; Taro Hiroi; Yuriki Ikuta; Yuchong Liu; Itaru Hamachi

  Journal of the American Chemical Society, 2023年08月10日

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• Four distinct network patterns of supramolecular/polymer composite hydrogels controlled by formation kinetics and interfiber interactions

  Keisuke Nakamura; Ryou Kubota; Takuma Aoyama; Kenji Urayama; Itaru Hamachi

  Nature Communications, 2023年03月27日

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• Temporal Stimulus Patterns Drive Differentiation of a Synthetic Dipeptide-Based Coacervate

  Ryou Kubota; Shogo Torigoe; Itaru Hamachi

  Journal of the American Chemical Society, 2022年08月09日

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• Phototriggered Spatially Controlled Out-of-Equilibrium Patterns of Peptide Nanofibers in a Self-Sorting Double Network Hydrogel

  Keisuke Nakamura; Wataru Tanaka; Kei Sada; Ryou Kubota; Takuma Aoyama; Kenji Urayama; Itaru Hamachi

  JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2021年11月, 査読有り

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• An adaptive supramolecular hydrogel comprising self-sorting double nanofibre networks (vol 13, pg 165, 2018)

  Hajime Shigemitsu; Takahiro Fujisaku; Wataru Tanaka; Ryou Kubota; Saori Minami; Kenji Urayama; Itaru Hamachi

  NATURE NANOTECHNOLOGY, 2018年03月, 査読有り

  
• Coordination chemogenetics for activation of GPCR-type glutamate receptors in brain tissue.

  Kento Ojima; Wataru Kakegawa; Tokiwa Yamasaki; Yuta Miura; Masayuki Itoh; Yukiko Michibata; Ryou Kubota; Tomohiro Doura; Eriko Miura; Hiroshi Nonaka; Seiya Mizuno; Satoru Takahashi; Michisuke Yuzaki; Itaru Hamachi; Shigeki Kiyonaka

  Nature communications, 2022年06月16日

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• Shape-selective one-step synthesis of branched gold nanoparticles on the crystal surface of redox-active Pd-II-macrocycles

  Yutaro Yamashita; Shohei Tashiro; Yoshiki Ishii; Takayuki Uchihashi; Nobuyuki Matsushita; Ryou Kubota; Mitsuhiko Shionoya

  DALTON TRANSACTIONS, 2022年01月

  
• Microscopic Imaging Techniques for Molecular Assemblies: Electron, Atomic Force, and Confocal Microscopies

  Ryou Kubota; Wataru Tanaka; Itaru Hamachi

  Chemical Reviews, 2021年05月04日, 査読有り, 招待有り

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• Face-selective adsorption of a prochiral compound on the chiral pore-surface of a metal–macrocycle framework (MMF) directed towards stereoselective reactions

  Shohei Tashiro; Tsutomu Umeki; Ryou Kubota; Mitsuhiko Shionoya

  Faraday Discussions, 2021年, 査読有り

  
• Control of seed formation allows two distinct self-sorting patterns of supramolecular nanofibers

  Ryou Kubota; Kazutoshi Nagao; Wataru Tanaka; Ryotaro Matsumura; Takuma Aoyama; Kenji Urayama; Itaru Hamachi

  Nature Communications, 2020年12月, 査読有り, 筆頭著者

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• Protein-responsive protein release of supramolecular/polymer hydrogel composite integrating enzyme activation systems

  Hajime Shigemitsu; Ryou Kubota; Keisuke Nakamura; Tomonobu Matsuzaki; Saori Minami; Takuma Aoyama; Kenji Urayama; Itaru Hamachi

  Nature Communications, 2020年12月, 査読有り, 筆頭著者

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• Force generation by a propagating wave of supramolecular nanofibers

  Ryou Kubota; Masahiro Makuta; Ryo Suzuki; Masatoshi Ichikawa; Motomu Tanaka; Itaru Hamachi

  Nature Communications, 2020年12月, 査読有り, 筆頭著者

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• In Situ Real-time Confocal Imaging of a Self-assembling Peptide-grafted Polymer Showing pH-responsive Hydrogelation

  Ryou Kubota; Shogo Torigoe; Shuang Liu; Itaru Hamachi

  Chemistry Letters, 2020年11月05日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Core–shell metal–macrocycle framework (MMF): spatially selective dye inclusion through core-to-shell anisotropic transport along crystalline 1D-channels connected by epitaxial growth

  Shohei Tashiro; Shinya Mitsui; David W. Burke; Ryou Kubota; Nobuyuki Matsushita; Mitsuhiko Shionoya

  CrystEngComm, 2020年, 査読有り

  
• The Power of Confocal Laser Scanning Microscopy in Supramolecular Chemistry: In situ Real‐time Imaging of Stimuli‐Responsive Multicomponent Supramolecular Hydrogels

  Ryou Kubota; Keisuke Nakamura; Shogo Torigoe; Itaru Hamachi

  ChemistryOpen, 2020年01月, 査読有り

  
• pH Nanosensor Using Electronic Spins in Diamond

  Takahiro Fujisaku; Ryotaro Tanabe; Shinobu Onoda; Ryou Kubota; Takuya F. Segawa; Frederick T.-K. So; Takeshi Ohshima; Itaru Hamachi; Masahiro Shirakawa; Ryuji Igarashi

  ACS Nano, 2019年10月22日, 査読有り

  
• Post-assembly Fabrication of a Functional Multicomponent Supramolecular Hydrogel Based on a Self-Sorting Double Network

  Wataru Tanaka; Hajime Shigemitsu; Takahiro Fujisaku; Ryou Kubota; Saori Minami; Kenji Urayama; Itaru Hamachi

  Journal of the American Chemical Society, 2019年03月27日, 査読有り

  
• On-cell coordination chemistry: Chemogenetic activation of membrane-bound glutamate receptors in living cells

  Ryou Kubota; Shigeki Kiyonaka; Itaru Hamachi

  Methods in Enzymology, 2019年, 査読有り, 筆頭著者

  
• Chemogenetic Approach Using Ni(II) Complex–Agonist Conjugates Allows Selective Activation of Class A G-Protein-Coupled Receptors

  Ryou Kubota; Wataru Nomura; Takuma Iwasaka; Kento Ojima; Shigeki Kiyonaka; Itaru Hamachi

  ACS Central Science, 2018年09月26日, 査読有り

  
• Imaging-Based Study on Control Factors over Self-Sorting of Supramolecular Nanofibers Formed from Peptide- and Lipid-type Hydrogelators

  Ryou Kubota; Shuang Liu; Hajime Shigemitsu; Keisuke Nakamura; Wataru Tanaka; Masato Ikeda; Itaru Hamachi

  Bioconjugate Chemistry, 2018年06月20日, 査読有り

  
• An adaptive supramolecular hydrogel comprising self-sorting double nanofibre networks

  Hajime Shigemitsu; Takahiro Fujisaku; Wataru Tanaka; Ryou Kubota; Saori Minami; Kenji Urayama; Itaru Hamachi

  Nature Nanotechnology, 2018年02月01日, 査読有り

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• Rational synthesis of benzimidazole[3]arenes by CuII-catalyzed post-macrocyclization transformation

  Shohei Tashiro; Tsutomu Umeki; Ryou Kubota; Mitsuhiko Shionoya

  Chemical Science, 2018年, 査読有り

  
• In situ real-time imaging of self-sorted supramolecular nanofibres

  Onogi, Shoji; Shigemitsu, Hajime; Yoshii, Tatsuyuki; Tanida, Tatsuya; Ikeda, Masato; Kubota, Ryou; Hamachi, Itaru

  Nature Chemistry, 2016年, 査読有り

  
• Allosteric activation of membrane-bound glutamate receptors using coordination chemistry within living cells

  Kiyonaka, Shigeki; Kubota, Ryou; Michibata, Yukiko; Sakakura, Masayoshi; Takahashi, Hideo; Numata, Tomohiro; Inoue, Ryuji; Yuzaki, Michisuke; Hamachi, Itaru

  Nature Chemistry, 2016年, 査読有り

  
• Non-covalent immobilisation of p-toluenesulfonic acid in a porous molecular crystal for size-specific acid-catalysed reactions

  Tashiro, Shohei; Yonezawa, Hirotaka; Kubota, Ryou; Umeki, Tsutomu; Shionoya, Mitsuhiko

  Chemical Communications, 2016年, 査読有り

  
• Chiral metal-macrocycle frameworks: supramolecular chirality induction and helicity inversion of the helical macrocyclic structures

  Kubota, Ryou; Tashiro, Shohei; Shionoya, Mitsuhiko

  Chemical Science, 2016年, 査読有り

  
• ナノ空間での分子吸着の瞬間を捉えた! : X線回折測定を用いた分子吸着過程のスナップショット観察

  窪田 亮; 田代 省平; 塩谷 光彦

  化学 = Chemistry, 2015年01月

  
• Protein recognition using synthetic small-molecular binders toward optical protein sensing in vitro and in live cells

  Kubota, Ryou; Hamachi, Itaru

  Chemical Society Reviews, 2015年, 査読有り

  
• 学部生に伝える研究最前線

  島野 亮; 松永 隆佑; 窪田 亮; 田代 省平; 塩谷 光彦; 中島 保寿; 泉 賢太郎

  東京大学理学系研究科・理学部ニュース, 2015年01月

  
• Simultaneous Arrangement of up to Three Different Molecules on the Pore Surface of a Metal-Macrocycle Framework: Cooperation and Competition

  Tashiro, Shohei; Umeki, Tsutomu; Kubota, Ryou; Shionoya, Mitsuhiko

  Angewandte Chemie-International Edition, 2014年, 査読有り

  
• In situ X-ray snapshot analysis of transient molecular adsorption in a crystalline channel

  Kubota, Ryou; Tashiro, Shohei; Shiro, Motoo; Shionoya, Mitsuhiko

  Nature Chemistry, 2014年, 査読有り

  
• 電磁シールド材料間の接続部性能に関する研究 : スリット状接続部透過後の電界位相変化の解析及び定式化(研究速報)

  窪田 亮; 三枝 健二; 吉野 涼二

  電子情報通信学会論文誌. B, 通信, 2013年01月

  
• Palladium- or proton-induced submicro spherical aggregation of macrocyclic amphiphiles in aqueous solution

  Tashiro, Shohei; Kubota, Ryou; Kawagoe, Minori; Shionoya, Mitsuhiko

  Dalton Transactions, 2013年, 査読有り

  
• Non-covalent surface modification of metal-macrocycle framework with mono-substituted benzenes

  Kubota, Ryou; Tashiro, Shohei; Umeki, Tsutomu; Shionoya, Mitsuhiko

  Supramolecular Chemistry, 2012年, 査読有り

  
• Metal-Macrocycle Framework (MMF): Supramolecular Nano-Channel Surfaces with Shape Sorting Capability

  Tashiro, Shohei; Kubota, Ryou; Shionoya, Mitsuhiko

  Journal of the American Chemical Society, 2012年, 査読有り

  

受賞

• 2017年03月25日

  日本化学会, 日本化学会第97春季年会　講演賞（学術）
• 2017年03月25日

  日本化学会, 王立化学会, PCCP prize
• 2016年09月10日

  日本化学会, 第10回バイオ関連シンポジウム講演賞
• 2013年03月25日

  東京大学大学院理学系研究科, 東京大学理学系研究科　研究奨励賞
• 2020年03月

  日本化学会 , 若い世代の特別講演証
• 2021年01月07日

  日本化学会 , 第70回進歩賞

外部資金：科学研究費補助金

• 前生命環境の超分子化学

  若手研究

  小区分37010:生体関連化学

  京都大学

  窪田 亮

  自 2020年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了

  超分子;コアセルベート;液液相分離;ヒドロゲル;非平衡散逸系;超分子化学;自己集合;相分離;ペプチド;非平衡;人工生命

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20K15400/
• 細胞内シグナルネットワークを解読するMetallo-chemogenetics

  若手研究

  小区分37010:生体関連化学

  京都大学

  窪田 亮

  自 2018年04月01日, 至 2020年03月31日, 完了

  超分子化学;金属錯体;Gタンパク質共役受容体;ケモジェネティクス;細胞;ヒドロゲル;ソフトマテリアル;ケミカルバイオロジー;金属錯体化学;ケモジェネティックス;超分子;動物個体;in vivo;核内受容体

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K14333/
• 細胞表層配位化学による膜タンパク質の機能プログラミング

  研究活動スタート支援

  京都大学

  窪田 亮

  自 2015年08月28日, 至 2017年03月31日, 完了

  金属錯体;化学遺伝学;GPCR;リガンド作動性イオンチャネル;遺伝子工学;膜タンパク質受容体;部位特異的変異導入;Gタンパク質共役受容体;グルタミン酸受容体;アドレナリン受容体;超分子化学;蛋白質;シグナル伝達;分子認識;細胞・組織;配位結合;ケミカルバイオロジー

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15H06318/
• 階層的自己組織化を鍵とする生き物のような超分子マテリアル創発

  基盤研究(B)

  小区分37010:生体関連化学

  京都大学

  窪田 亮

  自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  超分子化学;ヒドロゲル;自己集合;非平衡;反応拡散;超分子;多成分;非平衡散逸系

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02195/
• 階層的自己組織化を鍵とする生き物のような超分子マテリアル創発

  基盤研究(B)

  小区分37010:生体関連化学

  京都大学

  窪田 亮

  自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  超分子化学;ヒドロゲル;階層構造;非平衡;反応拡散;自己集合;超分子;多成分;非平衡散逸系

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K23462/

教育

担当科目

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生化学II

  7064, 後期, 工学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  有機化学基礎及び演習

  7103, 前期, 工学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  先端生物化学続論

  P836, 前期集中, 工学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生物有機化学

  H813, 後期, 工学研究科, 1.5
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  先端生物化学

  H836, 前期, 工学研究科, 3
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生化学II

  7064, 後期, 工学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  先端生物化学続論

  P836, 前期集中, 工学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  先端生物化学

  H836, 前期, 工学研究科, 3
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生化学II

  7064, 後期, 工学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  先端生物化学続論

  P836, 前期集中, 工学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生命化学基礎（先端化学）

  7426, 後期, 工学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  先端生物化学

  H836, 前期, 工学研究科, 3
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生物有機化学

  H813, 後期, 工学研究科, 1.5