川又生吹(理学研究科物理学・宇宙物理学専攻量子光学講座) | 京都大学教育研究活動データベース

川又生吹

カワマタイブキ

理学研究科物理学・宇宙物理学専攻量子光学講座准教授

Last Updated :2025/04/23

基本情報

学部兼担

理学部

全学メールアドレス

全学メールアドレス
kawamata.ibuki.8pkyoto-u.ac.jp

所属学協会

自 2024年06月, 至現在
物理学会

自 2021年04月, 至現在
CBI学会

化学とマイクロ・ナノシステム学会

生物物理学会

応用物理学会

学位

2014年03月24日
東京大学博士（情報理工学）

2011年03月24日
東京大学修士（情報理工学）

出身学校・専攻等

東京大学, 理学部情報科学科, 卒業

経歴

自 2023年12月, 至現在
京都大学, 大学院理学研究科物理学・宇宙物理学専攻, 准教授

自 2020年02月, 至 2023年11月
お茶の水女子大学, 基幹研究院自然科学, 助教クロスアポイントメント（兼任）

自 2016年04月, 至 2023年11月
東北大学, 大学院工学研究科ロボティクス専攻, 助教

自 2017年04月, 至 2018年03月
Technical University of Munich, Visiting researcher

自 2014年04月, 至 2016年03月
東北大学大学院工学研究科バイオロボティクス専攻

自 2011年04月, 至 2014年03月
日本学術振興会特別研究員 DC1

ID,URL

J-Global ID
201801005123148380
研究者番号
30733977
外部リンク
https://ibuki-kawamata.org/

researchmap URL

https://researchmap.jp/IbukiKawamata

Last Updated :2025/04/23

研究

研究キーワード

DNAナノテクノロジー

DNAオリガミ

DNA コンピュータ

分子ロボティクス

分子サイバネティクス

反応拡散系

パターン形成

組み合わせ最適化

分子動力学シミュレーション

アクティブマター

DNAハイドロゲル

研究分野

情報通信, 生命、健康、医療情報学, 分子サイバネティクス、分子計算、分子プログラミング、DNAコンピュータ

自然科学一般, 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理, アクティブマター、DNA反応拡散系、DNAゲル

ナノテク・材料, ナノ材料科学, DNAオリガミ、DNAナノテクノロジー

情報通信, ロボティクス、知能機械システム, 分子ロボット

論文

Intra- and Interbead Communications by an Anchored DNA Structure and Cascaded DNA Reactions
Ibuki Kawamata; Satoru Yoshizawa; Keita Abe; Masahiro Takinoue; Shin-Ichiro M. Nomura; Satoshi Murata
ACS Synthetic Biology, 2025年03月14日, 筆頭著者, 責任著者

Logic-Gated Modulation of Cell Migration via Mesoscale Mechanical Uncaging Effects
Deepak Karna; Shin Watanabe; Grinsun Sharma; Arpit Sharma; Yaorong Zheng; Ibuki Kawamata; Yuki Suzuki; Hanbin Mao
ACS Nano, 2025年02月21日

Transmembrane DNA Sequence Signaling via Hybridization
Kai Yoshida; Keita Abe; Yusuke Sato; Ibuki Kawamata; Richard James Archer; Hideaki T. Matsubayashi; Shogo Hamada; Satoshi Murata; Shin-ichiro Nomura
2024年07月16日

Non-catalytic role of phosphoinositide 3-kinase in mesenchymal cell migration through non-canonical induction of p85β/AP2-mediated endocytosis
Hideaki T. Matsubayashi; Jack Mountain; Nozomi Takahashi; Abhijit Deb Roy; Tony Yao; Amy F. Peterson; Cristian Saez Gonzalez; Ibuki Kawamata; Takanari Inoue
Nature Communications, 2024年03月23日, 査読有り

Autonomous assembly and disassembly of gliding molecular robots regulated by a DNA-based molecular controller
Ibuki Kawamata; Kohei Nishiyama; Daiki Matsumoto; Shosei Ichiseki; Jakia J. Keya; Kohei Okuyama; Masatoshi Ichikawa; Arif Md. Rashedul Kabir; Yusuke Sato; Daisuke Inoue; Satoshi Murata; Kazuki Sada; Akira Kakugo; Shin-ichiro M. Nomura
Science Advances, 2024年05月31日, 査読有り, 筆頭著者
この論文にアクセスする：

Chemo-mechanical forces modulate the topology dynamics of mesoscale DNA assemblies
Deepak Karna; Eriko Mano; Jiahao Ji; Ibuki Kawamata; Yuki Suzuki; Hanbin Mao
Nature Communications, 2023年10月13日, 査読有り, 責任著者

Multi-Reconfigurable DNA Origami Nanolattice Driven by the Combination of Orthogonal Signals
Kotaro Watanabe; Ibuki Kawamata; Satoshi Murata; Yuki Suzuki
JACS Au, 2023年04月27日, 査読有り

Collective Cargo Transport and Sorting with Molecular Swarms
Nathanael Aubert-Kato; Geoff Nitschke; Ibuki Kawamata; Akira Kakugo
The 2023 Conference on Artificial Life, 2023年, 査読有り

Self-replication and Mutation of Polymeric Molecules Simulated by Simplified Chemistry
Taisei Mori; Ibuki Kawamata; Satoshi Murata
2022 Tenth International Symposium on Computing and Networking Workshops (CANDARW), 2022年11月, 査読有り

Algorithmic Design of 3D Wireframe RNA Polyhedra
Antti Elonen; Ashwin Karthick Natarajan; Ibuki Kawamata; Lukas Oesinghaus; Abdulmelik Mohammed; Jani Seitsonen; Yuki Suzuki; Friedrich C. Simmel; Anton Kuzyk; Pekka Orponen
ACS Nano, 2022年09月30日, 査読有り

Lipid bilayer-assisted dynamic self-assembly of hexagonal DNA origami blocks into monolayer crystalline structures with designed geometries
Yuki Suzuki; Ibuki Kawamata; Kotaro Watanabe; Eriko Mano
iScience, 2022年05月, 査読有り

Algorithmic design of 3D wireframe RNA polyhedra
Antti Elonen; Ashwin K. Natarajan; Ibuki Kawamata; Lukas Oesinghaus; Abdulmelik Mohammed; Jani Seitsonen; Yuki Suzuki; Friedrich C. Simmel; Anton Kuzyk; Pekka Orponen
2022年04月28日

Autonomous and Programmable Strand Generator Implemented as DNA and Enzymatic Chemical Reaction Cascade
Ibuki Kawamata; Shin-ichiro M. Nomura; Satoshi Murata
New Generation Computing, 2022年02月27日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

Web Server with a Simple Interface for Coarse-grained Molecular Dynamics of DNA Nanostructures
Yudai Yamashita; Kotaro Watanabe; Satoshi Murata; Ibuki Kawamata
Chem-Bio Informatics Journal, 2021年04月30日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

Chemo-Mechanical Modulation of Cell Motions Using DNA Nanosprings
Deepak Karna; Morgan Stilgenbauer; Sagun Jonchhe; Kazuya Ankai; Ibuki Kawamata; Yunxi Cui; Yao-Rong Zheng; Yuki Suzuki; Hanbin Mao
Bioconjugate Chemistry, 2021年02月17日, 査読有り

大学の枠を超えたオンライン生体分子デザインコンペティションの取り組み
村田智; 葛谷明紀; 藤原慶; 平順一; 川又生吹; 佐藤佑介; 瀧ノ上正浩; 野村 M; 慎一郎; 角五彰; 堀豊; 安部桂太
工学教育, 2021年, 査読有り

Cascaded pattern formation in hydrogel medium using the polymerisation approach
Keita Abe; Satoshi Murata; Ibuki Kawamata
Soft Matter, 2021年, 査読有り, 最終著者, 責任著者

A large, square-shaped, DNA origami nanopore with sealing function on a giant vesicle membrane
Shoji Iwabuchi; Ibuki Kawamata; Satoshi Murata; Shin-ichiro M. Nomura
Chemical Communications, 2021年, 査読有り

DNA Ring Motif with Flexible Joints
Shiyun Liu; Satoshi Murata; Ibuki Kawamata
Micromachines, 2020年10月31日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

Large Deformation of a DNA-Origami Nanoarm Induced by the Cumulative Actuation of Tension-Adjustable Modules.
Yuki Suzuki; Ibuki Kawamata; Kohei Mizuno; Satoshi Murata
Angewandte Chemie (International ed. in English), 2020年04月06日, 査読有り, 責任著者

Turing-completeness of asynchronous non-camouflage cellular automata
Tatsuya Yamashita; Teijiro Isokawa; Ferdinand Peper; Ibuki Kawamata; Masami Hagiya
Information and Computation, 2020年03月, 査読有り

Design Automation of Polyomino Set That Self-Assembles into a Desired Shape
Matsumura, Yuta; Kawamata, Ibuki; Murata, Satoshi
26th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA 26), 2020年, 査読有り

DNA Origami “Quick” Refolding Inside of a Micron-Sized Compartment
Taiki Watanabe; Yusuke Sato; Hayato Otaka; Ibuki Kawamata; Satoshi Murata; Shin-Ichiro M. Nomura
Molecules, 2020年01月, 査読有り

Isothermal amplification of specific DNA molecules inside giant unilamellar vesicles
Yusuke Sato; Ken Komiya; Ibuki Kawamata; Satoshi Murata; Shin-ichiro M. Nomura
CHEMICAL COMMUNICATIONS, 2019年08月, 査読有り

Pattern Formation on Discrete Gel Matrix Based on DNA Computing
Hosoya Takuto; Kawamata Ibuki; Nomura Shin-ichiro M; Murata Satoshi
NEW GENERATION COMPUTING, 2019年01月, 査読有り

Diffusion modulation of DNA by toehold exchange
Thanapop Rodjanapanyakul; Fumi Takabatake; Keita Abe; Ibuki Kawamata; Shinichiro M. Nomura; Satoshi Murata
Physical Review E, 2018年05月31日, 査読有り

Construction of T-Motif-Based DNA Nanostructures through Enzymatic Reactions.
Ryo Kageyama; Ibuki Kawamata; Kaori Tanabe; Yuki Suzuki; Shin-Ichiro M Nomura; Satoshi Murata
Chembiochem : a European journal of chemical biology, 2018年04月16日, 査読有り

Revolving Vernier Mechanism Controls Size of Linear Homomultimer
Takeo Uchida; Keita Abe; Yuma Endo; Shosei Ichiseki; Satoru Akita; Shiyun Liu; Sho Aradachi; Masataka Saito; Akihiko Fukuchi; Taiyo Kikkawa; Theo Dammaretz; Ibuki Kawamata; Yuki Suzuki; Shin-ichiro M. Nomura; Satoshi Murata
SMALL, 2017年11月, 査読有り, 責任著者

Stepping operation of a rotary DNA origami device
Takahiro Tomaru; Yuki Suzuki; Ibuki Kawamata; Shin-ichiro M. Nomura; Satoshi Murata
CHEMICAL COMMUNICATIONS, 2017年07月, 査読有り

DNA cytoskeleton for stabilizing artificial cells
Chikako Kurokawa; Kei Fujiwara; Masamune Morita; Ibuki Kawamata; Yui Kawagishi; Atsushi Sakai; Yoshihiro Murayama; Shin-ichiro M. Nomura; Satoshi Murata; Masahiro Takinoue; Miho Yanagisawa
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2017年07月, 査読有り

Discretization of Chemical Reactions in a Periodic Cellular Space
Fumi Takabatake; Ibuki Kawamata; Ken Sugawara; Satoshi Murata
NEW GENERATION COMPUTING, 2017年07月, 査読有り

Unzipping and shearing DNA with electrophoresed nanoparticles in hydrogels
Keitel Cervantes-Salguero; Ibuki Kawamata; Shin-ichiro M. Nomura; Satoshi Murata
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, 2017年06月, 査読有り

Micrometer-sized molecular robot changes its shape in response to signal molecules
Yusuke Sato; Yuichi Hiratsuka; Ibuki Kawamata; Satoshi Murata; Shin-ichiro M. Nomura
SCIENCE ROBOTICS, 2017年03月, 査読有り

Non natural tiny-wet machine: Molecular robot.
Yusuke Sato; Yuichi Hiratsuka; Ibuki Kawamata; Satoshi Murata; Shin-ichiro M. Nomura
International Symposium on Micro-NanoMechatronics and Human Science, MHS 2017, Nagoya, Japan, December 3-6, 2017, 2017年, 査読有り

Evolutionary optimization of self-assembly in a swarm of bio-micro-robots.
Nathanaël Aubert-Kato,Charles Fosseprez,Guillaume Gines; Ibuki Kawamata; Quang Huy Dinh; Leo Cazenille; Andre Estevez-Torres; Masami Hagiya; Yannick Rondelez; Nicolas Bredèche
Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO 2017, Berlin, Germany, July 15-19, 2017, 2017年, 査読有り

Turing-completeness of asynchronous non-camouflage cellular automata
Tatsuya Yamashita; Teijiro Isokawa; Ferdinand Peper; Ibuki Kawamata; Masami Hagiya
Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2017年, 査読有り

How to Develop Students’ Creativity? ~A Case of Student Competition of Biomolecular Design
Satoshi Murata; Ibuki Kawamata; Shin-ichiro M. Nomura
Proceeding of IEEE-ICCSE2016, 2016年08月, 査読有り, 招待有り

Reversible Gel-Sol Transition of a Photo-Responsive DNA Gel
Daisuke Kandatsu; Keitel Cervantes-Salguero; Ibuki Kawamata; Shogo Hamada; Shin-ichiro M. Nomura; Kenzo Fujimoto; Satoshi Murata
CHEMBIOCHEM, 2016年06月, 査読有り

Supramolecular 1-D polymerization of DNA origami through a dynamic process at the 2-dimensionally confined air-water interface
Yusuke Yonamine; Keitel Cervantes-Salguero; Kosuke Minami; Ibuki Kawamata; Waka Nakanishi; Jonathan P. Hill; Satoshi Murata; Katsuhiko Ariga
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, 2016年05月, 査読有り

Design Automation of Nucleic Acid Reaction System Simulated by Chemical Kinetics based on Graph Rewriting Model
Ibuki Kawamata; Masami Hagiya
Evolutionary Computation in Gene Regulatory Network Research, 2016年02月05日

Universal Totalistic Asynchonous Cellular Automaton and Its Possible Implementation by DNA
Teijiro Isokawa; Ferdinand Peper; Ibuki Kawamata; Nobuyuki Matsui; Satoshi Murata; Masami Hagiya
UNCONVENTIONAL COMPUTATION AND NATURAL COMPUTATION, UCNC 2016, 2016年, 査読有り

Discrete DNA Reaction-Diffusion Model for Implementing Simple Cellular Automaton
Ibuki Kawamata; Satoru Yoshizawa; Fumi Takabatake; Ken Sugawara; Satoshi Murata
UNCONVENTIONAL COMPUTATION AND NATURAL COMPUTATION, UCNC 2016, 2016年, 査読有り

Pattern Formation and Computation by Autonomous Chemical Reaction Diffusion Model Inspired by Cellular Automata
Ibuki Kawamata; Takuto Hosoya; Fumi Takabatake; Ken Sugawara; Shin-ichiro M. Nomura; Teijiro Isokawa; Ferdinand Peper; Masami Hagiya; Satoshi Murata
2016 FOURTH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON COMPUTING AND NETWORKING (CANDAR), 2016年, 査読有り

Yusuke Yonamine, Keitel Cervantes-Salguero, Waka Nakanishi, Ibuki Kawamata, Kosuke Minami, Hirokazu Komatsu, Satoshi Murata, Jonathan P. Hillab, Katsuhiko Ariga.
Yusuke Yonamine; Keitel Cervantes-Salguero; Waka Nakanishi; Ibuki Kawamata; Kosuke Minami; Hirokazu Komatsu; Satoshi Murata; Jonathan; P. Hillab; Katsuhiko Ariga
Physical Chemistry Chemical Physics, 2015年, 査読有り

In situ 2D-extraction of DNA wheels by 3D through-solution transport
Yusuke Yonamine; Keitel Cervantes-Salguero; Waka Nakanishi; Ibuki Kawamata; Kosuke Minami; Hirokazu Komatsu; Satoshi Murata; Jonathan P. Hill; Katsuhiko Ariga
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, 2015年, 査読有り

On DNA-based gellular automata
Masami Hagiya; Shaoyu Wang; Ibuki Kawamata; Satoshi Murata; Teijiro Isokawa; Ferdinand Peper; Katsunobu Imai
Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2014年, 査読有り

Abstraction of graph-based models of bio-molecular reaction systems for efficient simulation
Ibuki Kawamata; Nathanael Aubert; Masahiro Hamano; Masami Hagiya
Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2012年, 査読有り

IT for synthetic biology and DNA nanotechnology.
Masami Hagiya; Fumiaki Tanaka; Ibuki Kawamata
ACM Crossroads, 2010年, 査読有り

Automatic Design of DNA Logic Gates Based on Kinetic Simulation
Ibuki Kawamata; Fumiaki Tanaka; Masami Hagiya
DNA COMPUTING AND MOLECULAR PROGRAMMING, 2009年, 査読有り

MISC

分子群ロボットの構築
川又生吹; 角五彰
ファルマシア, 2025年04月

フォーカストセッションFS05 分子ロボティクス研究会「動け、細胞/人工細胞フォーラム」
多田隈尚史; 川又生吹; 佐藤佑介; 小宮健; 豊田太郎
CBI学会誌, 2025年

Programming Pattern Formation by DNA Reaction-diffusion System with Designed Base Sequences
Keita ABE; Satoshi MURATA; Ibuki KAWAMATA
Seibutsu Butsuri, 2025年

化学反応系によるリザバー計算 (解説)
川又生吹; 龔逸鳴
現代化学, 2024年

研究最前線 "Autonomous assembly and disassembly of gliding molecular robots regulated by a DNA-based molecular controller"
川又生吹
分子サイバネティクスニュースレター,, 2024年

口頭発表O04 『分子ロボティクス-1-』
小宮健; 川又生吹; 多田隈尚史
CBI学会誌, 2024年

実験自動化による人工多細胞体の作製と観察への取り組みと今後の展望
川又生吹; 清水稜; Richard J. Archer; 野村 M. 慎一郎
実験の自動化・自律化によるR&Dの効率化と運用方法, 2023年12月

DNA オリガミ法で作るナノ構造体
川又生吹
化学とマイクロ・ナノシステム学会誌, 2023年10月, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

口頭発表O7 『分子ロボティクス/レギュラトリサイエンス』
川又生吹
CBI学会誌, 2022年12月, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

口頭発表O8 『創薬応用 (3)/分子ロボティクス』
本間光貴; 川又生吹
CBI学会誌, 2022年12月, 最終著者

第6回分子ロボティクス年次大会活動報告
川又生吹
学術変革領域（A) Molecular Cybernetics News Letter 分子サイバネティクスニュースレター, 2022年12月, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

Advancement of Computer-aided Design Software and Simulation tools for Nucleic acid Nanostructures and DNA Origami
Ibuki Kawamata
DNA Origami: Structures, Technology, and Applications, 2022年05月, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

Development of Browser-Based Software for Intuitively Manipulating and Integrating DNA Nanostructures
Ibuki Kawamata; Sho Aradachi; Satoshi Murata
60th Annual Conference of the Society of Instrument and Control Engineers of Japan (SICE), 2021年09月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

新刊情報 "DNA origami入門基礎から学ぶDNAナノ構造体の設計技法"
川又生吹
分子サイバネティクスニュースレター, 2021年

研究最前線 "Cascaded pattern formation in hydrogel medium using the polymerisation approach"
川又生吹
分子サイバネティクスニュースレター, 2021年

口頭発表３「ADME・毒性 / バイオインフォマティックス / 分子ロボティクス / その他」
夏目やよい; 川又生吹
CBI学会誌, 2021年

<口頭発表3> 分子ロボティクス
佐藤佑介; 川又生吹; 小宮健
CBI学会誌, 2020年12月

Programmable reactions and diffusion using DNA for pattern formation in hydrogel medium
Keita Abe; Ibuki Kawamata; Shin Ichiro; M. Nomura; Satoshi Murata
Molecular Systems Design and Engineering, 2019年06月01日

マイクロ流路デバイスによるゲル微粒子の合成とゲルオートマトンへの応用
西諒也; 川又生吹; 宮元展義
高分子学会予稿集(CD-ROM), 2018年08月29日

自己集合サイズがプログラム可能なDNAナノモジュールの設計
LIU Shiyun; 安部桂太; 内田健央; 遠藤佑真; 秋田賢; 市堰翔成; 荒舘笙; 斎藤正崇; 吉川太陽; 福地成彦; 川又生吹; 野村M.慎一郎; 村田智
形の科学シンポジウム講演予稿集(Web), 2018年06月

DNA反応拡散系によるハイドロゲル媒質中への濃度勾配パターンの形成と制御
安部桂太; 川又生吹; 鈴木勇輝; 野村M; 慎一郎; 村田智
形の科学シンポジウム講演予稿集(Web), 2018年06月

DNAオリガミを用いて膜に穴を開ける:φ12nm人工チャネルの設計と機能評価
岩渕祥璽; 片山航一郎; 川又生吹; 鈴木勇輝; 村田智; 野村M.慎一郎
形の科学シンポジウム講演予稿集(Web), 2018年06月

Non natural tiny-wet machine: Molecular robot
Sato Yusuke; Sato Yusuke; Hiratsuka Yuichi; Kawamata Ibuki; Murata Satoshi; Nomura M. Shin-Ichiro
MHS 2017 - 28th 2017 International Symposium on Micro-NanoMechatronics and Human Science, 2018年02月28日

環境応答能を有するらせん状DNAオリガミナノ構造体の構築
水野康平; 鈴木勇輝; 川又生吹; 野村慎一郎; 村田智
自律分散システム・シンポジウム(CD-ROM), 2018年01月28日

DNA反応拡散系によるゲル媒質中でのパターン形成
安部桂太; 川又生吹; 鈴木勇輝; 野村M; 慎一郎; 村田智
自律分散システム・シンポジウム(CD-ROM), 2018年01月28日

Robustness of DNA Strand Displacement Systems (accepted)
Takashi Nakakuki; Jun-ichi Imura; Ibuki Kawamata; Satoshi Murata
5th IFAC Conference on Analysis and Control of Chaotic Systems, 2018年

臨床検査は人工知能AIをどのように利用できるか 4.アメーバ型分子ロボットの可能性
佐藤佑介; 佐藤佑介; 川又生吹; 野村M.慎一郎
医療と検査機器・試薬, 2017年06月10日

【臨床検査は人工知能AIをどのように利用できるか】アメーバ型分子ロボットの可能性
佐藤佑介; 川又生吹; 野村 M. 慎一郎
医療と検査機器・試薬, 2017年06月

膜アンカー型温度応答性高分子が誘起する巨大リポソームの凝集と融合
飛田航; 森本展之; 川又生吹; 村田智; 野村M.慎一郎
高分子学会予稿集(CD-ROM), 2017年05月15日

周期的状態遷移セルを持つ非同期セルオートマトンとその計算能力
礒川悌次郎; PEPER Ferdinand; 川又生吹; 松井伸之; 村田智; 萩谷昌巳
自律分散システム・シンポジウム(CD-ROM), 2017年01月30日

ヘアピンDNA連鎖反応を用いたリポソームの凝集制御
大瀧悠登; 川又生吹; 高畠芙弥; 野村M慎一郎; 村田智
自律分散システム・シンポジウム(CD-ROM), 2017年01月30日

DNAナノテクノロジー : 構造をつくり,計算し,ナノロボットを動かす(第6回)DNAナノ構造のためのソフトウェア
川又生吹
現代化学 = Chemistry today, 2016年09月

DNA鎖置換反応のロバスト性に関する一考察
大曲智隆; 中茎隆; 川又生吹; 村田智
自動制御連合講演会講演論文集, 2016年

21aPS-4 DNA架橋ゲルにおける時空間的なゾル-ゲル転移の反応拡散モデル
高畠芙弥; 川又生吹; 菅原研; 村田智
日本物理学会講演概要集, 2015年

テラヘルツ波による分子マシンシステムのコントロールに向けて : ソリトンを利用したバイオナノネットワークの制御 (SSI2012特集 : つながる/つなげるシステム・情報技術)
平林美樹; 川又生吹; 萩谷昌己
計測自動制御学会論文集, 2013年11月

Analysis on THz Applications for DNA Nanomachines
M. Hirabayashi; I. Kawamata; M. Hagiya; H. Kojima; K. Oiwa
2013 38TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON INFRARED, MILLIMETER, AND TERAHERTZ WAVES (IRMMW-THZ), 2013年

テラヘルツ波による分子マシンシステムのコントロールに向けて:—ソリトンを利用したバイオナノネットワークの制御—
平林美樹; 川又生吹; 萩谷昌己; 小嶋寛明; 大岩和弘
計測自動制御学会論文集, 2013年

26aXZC-3 生体分子マシンの総合設計のためのモジュール化アルゴリズムの検証(26aXZC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
平林美樹; 川又生吹; 萩谷昌己; 小嶋寛明; 大岩和弘
日本物理学会講演概要集, 2013年

In Silico Design Control of the Trade-Off Balance in Robustness and Fragility of Logical Circuits Using DNA Nanostructures
Miki Hirabayashi; Ibuki Kawamata; Masami Hagiya; Hiroaki Kojima; Kazuhiro Oiwa
2012 12TH IEEE CONFERENCE ON NANOTECHNOLOGY (IEEE-NANO), 2012年

Abstraction of DNA Graph Structures for Efficient Enumeration and Simulation
Ibuki Kawamata; Fumiaki Tanaka; Masami Hagiya
研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）, 2011年07月11日

DNAセンサ, DNAアクチュエータ, DNAロボット
川又生吹; 平林美樹; 西川明男
日本ロボット学会誌, 2010年12月15日

Towards a controllable 3D DNA nanostructure
Fumiaki Tanaka; Akio Nishikawa; Ibuki Kawamata; Masami Hagiya
7th Annual Conference on Foundations of Nanoscience: Self-Assembled Architectures and Devices, FNANO 2010, 2010年12月01日

書籍等出版物

DNA origami入門: 基礎から学ぶDNAナノ構造の設計技法
川又生吹; 鈴木勇輝; 村田智, 共著, 全13章中11章
2021年05月

分子ロボティクス概論 : 分子のデザインでシステムをつくる
分子ロボティクス研究会; 村田, 智
CBI学会, 2019年
京大の蔵書を調べる：

DNA分子デザインのすべて : BIOMOD虎の巻
分子ロボティクス研究会
情報計算化学生物学会, 2016年
京大の蔵書を調べる：

受賞

2010年06月17日
ISNSCE Award(International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming)

2018年10月28日
Grand Prize(BIOMOD)

2017年11月22日
1st place for Grid Graph Widest Improvement ranking(The Order/Degree Problem Co)

2013年10月31日
Excellent Poster Award(情報計算化学生物学会)

2016年03月15日
若手奨励賞(新学術領域分子ロボティクス領域会議)

2023年05月14日
Lab on a Chip outstanding research award(一般社団法人化学とマイクロ・ナノシス)

2023年11月05日
Grand Prize(BIOMOD)

2019年10月27日
3rd place for Grand Prize(BIOMOD)

2009年11月02日
Gold medal(iGEM)

2012年11月04日
Gold for Project Award(BIOMOD)

2013年11月03日
3rd place for Grand Prize(BIOMOD)

2014年11月02日
3rd place for Grand Prize(BIOMOD)

2015年11月01日
Grand Prize(BIOMOD)

2016年10月30日
2nd place of Grand Prize(BIOMOD)

外部資金：科学研究費補助金

分子シミュレーションと実験自動化による大規模DNA構造体設計手法の開発
基盤研究(C)
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
東北大学
川又生吹
自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付
DNAナノテクノロジー;DNAオリガミ;DNAタイル;組み合わせ最適化;配列設計;分子ロボティクス;トラス型構造体
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K12255/

分子群ロボティクス：分子群ロボットによる仕事の検証と社会実装課題の提案
基盤研究(A)
中区分13:物性物理学およびその関連分野
京都大学;北海道大学
角五彰
自 2021年04月05日, 至 2024年03月31日, 交付
分子群ロボット;アクティブマター;集団運動;分子ロボット;群ロボット;DNAコンピューター;リザバーコンピューティング
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H04434/

ミニマル人工脳のための記憶・学習分子回路の開発
学術変革領域研究(A)
学術変革領域研究区分(Ⅳ)
九州工業大学
中茎隆
自 2020年11月19日, 至 2025年03月31日, 交付
DNAコンピューティング;分子コンピューティング;記憶と学習;可塑性
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-20H05971/

時空間分子プログラミングの新展開
基盤研究(A)
中区分62:応用情報学およびその関連分野
東北大学
村田智
自 2020年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付
空間分子プログラミング;DNAコンピューティング;反応拡散系;マテリアライゼーション;時空間分子プログラミング;ＤＮＡコンピューティング
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20H00618/

Optimization of molecular robot swarms for the emergence of collective behaviors
国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
中区分62:応用情報学およびその関連分野
お茶の水女子大学
オベル加藤ナタナエル
自 2019年10月07日, 至 2024年03月31日, 交付
Molecular Robotics;Collective Behaviors;Swarm;Microfluidics;Reaction-Diffusion;Quality-Diversity;Evolutionary Algorithm
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19KK0261/

DNA膜モチーフによる人工膜システムの創成
挑戦的研究(萌芽)
中区分62:応用情報学およびその関連分野
東北大学
村田智
自 2018年06月29日, 至 2020年03月31日, 完了
DNA分子膜;人工細胞;分子ロボティクス;DNA膜;DNAモチーフ;人工膜
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K19830/

DNAオリガミ超分子の合理設計に向けた新規プラットフォーム開発
若手研究
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
東北大学
川又生吹
自 2018年04月01日, 至 2021年03月31日, 完了
DNAオリガミ;DNAナノテクノロジー;DNAコンピュータ;データベース;設計ソフトウェア;分子ロボティクス;分子サイバネティクス;DNA超分子
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K18144/

分子ロボティクスによる糖尿病モデルマウス血糖値制御法の研究
基盤研究(A)
東京工業大学
小長谷明彦
自 2017年04月01日, 至 2020年03月31日, 完了
分子ロボティクス;DNAコンピュータ;糖尿病
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17H00769/

分子ロボットの行動プログラミングのための制御系構築
基盤研究(A)
東北大学
村田智
自 2015年04月01日, 至 2019年03月31日, 完了
分子ロボット;DNAコンピューティング;シーケンス制御;レギュレータ;DNAコンピュータ;分子ロボティクス
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15H01715/

核酸を用いたプログラム可能な反応拡散系の設計および実装に関する研究
研究活動スタート支援
東北大学
川又生吹
自 2014年08月29日, 至 2016年03月31日, 完了
DNAコンピュータ;分子プログラミング;反応拡散系;パターン形成;ゲルオートマトン;DNAコンピューティング;分子計算;セルオートマトン;分子ロボティクス
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26880002/

構造化ゲルと化学反応場の協働による運動創発
新学術領域研究(研究領域提案型)
理工系
東京大学
萩谷昌己
自 2012年06月28日, 至 2017年03月31日, 完了
分子ロボティクス;分子コンピューティング;知能ロボティクス;ゲルアクチュエータ;ゲル反応拡散場;ゲルオートマトン;ナノマシン;ナノバイオ;ナオ材料;ソフトコンピューティング;ナノ材料
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-24104005/

ＤＮＡナノエンジニアリングによる分子ロボティクスの創成
基盤研究(S)
東北大学
村田智
自 2010年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了
分子ロボティクス;DNAナノエンジニアリング;DNAナノ構造;機能性ゲル;自律分散システム;分子デバイス;分散・協調;コンパートメント;自己集合;人工光クロスリンク;DNAオリガミ;リポソーム;インターフェース
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22220001/

Last Updated :2025/04/23

教育

担当科目

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
物理科学課題研究Ｑ８
5217, 通年集中, 理学部, 12

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
現代物理学
3250, 後期, 理学部, 1

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
物理学情報処理論１
2236, 後期, 理学部, 2

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
物理科学課題演習Ｂ８（後）
8281, 後期, 理学部, 5

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
物理科学課題演習Ｂ８（前）
8280, 前期, 理学部, 5

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
時空間秩序･生命物理ゼミナールＢ
2028, 後期, 理学研究科, 2

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
時空間秩序･生命物理ゼミナールＡ
2027, 前期, 理学研究科, 2

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
実験物理学特論ⅠⅠⅠ－１
2209, 前期, 理学研究科, 2

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
時空間秩序･生命物理ゼミナールＤ
2030, 後期, 理学研究科, 2

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
時空間秩序･生命物理ゼミナールＣ
2029, 前期, 理学研究科, 2

自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
実験物理学特論ⅠⅠⅠ－２
2210, 前期, 理学研究科, 2

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