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山本 武志

ヤマモト タケシ

理学研究科 化学専攻理論化学講座 助教

山本 武志
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    Last Updated :2022/06/24

    基本情報

    学部兼担

    • 理学部

    学位

    • 修士(理学)(京都大学)
    • 博士(理学)(京都大学)

    使用言語

    • 英語

    ID,URL

    researchmap URL

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      Last Updated :2022/06/24

      研究

      研究テーマ・研究概要

      • 研究テーマ

        溶液内反応や生体分子の理論的研究と分子シミュレーション
      • 研究概要

        溶液内反応や生体分子の振る舞いを量子化学、分子動力学、統計力学などの
        方法によって理論的に調べている。

      論文

      • Critical Role of Deep Hydrogen Tunneling to Accelerate the Antioxidant Reaction of Ubiquinol and Vitamin E
        Taichi Inagaki; Takeshi Yamamoto
        JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2014年01月, 査読有り
      • Accurate and Efficient Treatment of Continuous Solute Charge Density in the Mean-Field QM/MM Free Energy Calculation
        Hiroshi Nakano; Takeshi Yamamoto
        JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2013年01月, 査読有り
      • Including charge penetration effects into the ESP derived partial charge operator
        Hiroshi Nakano; Takeshi Yamamoto
        CHEMICAL PHYSICS LETTERS, 2012年09月, 査読有り
      • Variational calculation of quantum mechanical/molecular mechanical free energy with electronic polarization of solvent
        Hiroshi Nakano; Takeshi Yamamoto
        JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2012年04月, 査読有り
      • Proton-Coupled Electron Transfer of the Phenoxyl/Phenol Couple: Effect of Hartree-Fock Exchange on Transition Structures
        Taichi Inagaki; Takeshi Yamamoto; Shigeki Kato
        JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY, 2011年11月, 査読有り
      • Ab Initio Trajectory Study on Triplet Ketene Photodissociation via Statistical Sampling of the Crossing Seam
        Yusuke Ogihara; Takeshi Yamamoto; Shigeki Kato
        JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2011年08月, 査読有り
      • Multireference coupled-cluster calculation of the dissociation energy profile of triplet ketene
        Yusuke Ogihara; Takeshi Yamamoto; Shigeki Kato
        CHEMICAL PHYSICS LETTERS, 2011年07月, 査読有り
      • Solution reaction space Hamiltonian based on an electrostatic potential representation of solvent dynamics
        Shinji Aono; Takeshi Yamamoto; Shigeki Kato
        JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2011年04月, 査読有り
      • Preferred dissociative mechanism of phosphate monoester hydrolysis in low dielectric environments
        Takeshi Yamamoto
        CHEMICAL PHYSICS LETTERS, 2010年11月, 査読有り
      • Quantum Mechanical Reaction Probability of Triplet Ketene at the Multireference Second-Order Perturbation Level of Theory
        Yusuke Ogihara; Takeshi Yamamoto; Shigeki Kato
        JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A, 2010年09月, 査読有り
      • Proton Transfer Studied Using a Combined Ab Initio Reactive Potential Energy Surface with Quantum Path Integral Methodology
        Kim F. Wong; Jason L. Sonnenberg; Francesco Paesani; Takeshi Yamamoto; Jiff Vanicek; Wei Zhang; H. Bernhard Schlegel; David A. Case; Thomas E. Cheatham; William H. Miller; Gregory A. Voth
        JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2010年09月, 査読有り
      • A wave-function based approach for polarizable charge model: Systematic comparison of polarization effects on protic, aprotic, and ionic liquids
        Hiroshi Nakano; Takeshi Yamamoto; Shigeki Kato
        JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2010年01月, 査読有り
      • A wave-function based approach for polarizable charge model: Systematic comparison of polarization effects on protic, aprotic, and ionic liquids
        Hiroshi Nakano; Takeshi Yamamoto; Shigeki Kato
        JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2010年01月, 査読有り
      • Variational and perturbative formulations of quantum mechanical/molecular mechanical free energy with mean-field embedding and its analytical gradients
        Takeshi Yamamoto
        JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2008年12月, 査読有り
      • Variational and perturbative formulation of QM/MM free energy with mean field embedding
        Takeshi Yamamoto
        Journal of Chemical Physics, 2008年01月01日, 査読有り
      • Ab initio calculation of proton-coupled electron transfer rates using the external-potential representation: A ubiquinol complex in solution
        Takeshi Yamamoto; Shigeki Kato
        JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2007年06月, 査読有り
      • Comment on "comment on Simple reversible molecular dynamics algorithms for Noś-Hoover chain dynamics\\' " [J. Chem. Phys. 110, 3623 (1999)]
        T. Yamamoto
        Journal of Chemical Physics, 2006年06月, 査読有り
      • Connection between the direct and mapping forms of a factorized classical propagator
        T Yamamoto
        JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2006年04月, 査読有り
      • Path-integral virial estimator for reaction-rate calculation based on the quantum instanton approximation
        S Yang; T Yamamoto; WH Miller
        JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2006年02月, 査読有り
      • Path-integral virial estimator based on the scaling of fluctuation coordinates: Application to quantum clusters with fourth-order propagators
        T.M. Yamamoto
        Journal of Chemical Physics, 2005年, 査読有り
      • Cumulative reaction probabilities for the unimolecular dissociation and isomerization reactions of formaldehyde
        T Yonehara; T Yamamoto; S Kato
        CHEMICAL PHYSICS LETTERS, 2004年07月, 査読有り
      • Path integral calculation of thermal rate constants within the quantum instanton approximation: Application to the H+CH4→H 2+CH3 hydrogen abstraction reaction in full Cartesian space
        Y. Zhao; T. Yamamoto; W.H. Miller
        Journal of Chemical Physics, 2004年02月, 査読有り
      • On the efficient path integral evaluation of thermal rate constants within the quantum instanton approximation
        T Yamamoto; WH Miller
        JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2004年02月, 査読有り
      • Semiclassical calculation of thermal rate constants in full Cartesian space: The benchmark reaction D+H2 → DH + H
        T. Yamamoto; W.H. Miller
        Journal of Chemical Physics, 2003年02月, 査読有り
      • Full-dimensional quantum dynamics study on the mode-specific unimolecular dissociation reaction of HFCO
        T Yamamoto; S Kato
        JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2000年05月, 査読有り
      • Quantum dynamics of unimolecular dissociation reaction HFCO→HF+CO
        T. Yamamoto; S. Kato
        Journal of Chemical Physics, 1998年12月, 査読有り
      • Theoretical study of the dissociation reaction HFCO→HF+CO: New ab initio potential function and classical trajectory analysis
        T. Yamamoto; S. Kato
        Journal of Chemical Physics, 1997年10月, 査読有り

      外部資金:科学研究費補助金

      • 超分子自己組織化系の構造予測のための計算手法開発と分子設計への応用
        基盤研究(C)
        小区分32010:基礎物理化学関連
        京都大学
        山本 武志
        自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日, 交付
        自己組織化;分子動力学;超分子;シミュレーション;構造予測;物理化学
      • 分子集積と秩序形成の分子理論
        新学術領域研究(研究領域提案型)
        理工系
        京都大学
        佐藤 啓文
        自 2013年06月28日, 至 2018年03月31日, 完了
        自己集合;マスター方程式;液体の積分方程式理論;粗視化モデル;エネルギーランドスケープ;量子化学;反応ネットワーク;電子状態理論;自由エネルギー;自己組織化系;液体の積分方程式;自己集合化
      • 凝縮相励起状態ダイナミクスの新規な反応シミュレーション手法の開発
        基盤研究(C)
        京都大学
        山本 武志
        自 2012年04月01日, 至 2015年03月31日, 完了
        溶液反応;自由エネルギー;QM/MM;励起状態;統計力学;電子状態;化学反応;溶媒効果;ダイナミクス
      • タンパク質・溶媒場における化学反応の自由エネルギー面
        基盤研究(B)
        京都大学
        山本 武志;加藤 重樹
        完了
        溶液反応;酵素反応;励起状態;自由エネルギー;QM/MM法;化学反応;量子化学;統計力学;溶媒効果;タンパク質;QM/MM;QM・MM法;触媒;溶媒内反応;QM;MM法;溶液内反応
      • 多中心プロトン移動を含むATP加水分解とその自由エネルギープロファイルの理論研究
        新学術領域研究(研究領域提案型)
        複合領域
        京都大学
        山本 武志
        完了
        溶媒和;生物物理;加水分解;酵素反応;分子シミュレーション;量子化学;自由エネルギー;統計力学;化学物理;生体分子
      • 溶液内素過程の化学反応ダイナミックス
        特定領域研究
        理工系
        京都大学
        加藤 重樹
        完了
        理論化学;化学反応;ダイナミックス;溶液;励起状態;酵素反応
      • 第一原理的な量子反応速度理論の開発とその酵素触媒反応への応用
        若手研究(B)
        京都大学
        山本 武志
        完了
        化学反応;反応速度;量子効果;遷移状態理論;経路積分;酵素反応
      • 溶液内・生体内反応の自由エネルギー面とダイナミックス
        基盤研究(B)
        京都大学
        加藤 重樹
        完了
        化学反応;自由エネルギー;ダイナミックス;酵素反応;溶液;RISM-SCF法;分極可能電荷モデル;生体;電子緩和;円錐交差;電荷移動, chemical reactions;free energy surfaces;dynamics;enzymatic reactions;reactions in solution;RISM-SCF method;polarizable charge model
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        Last Updated :2022/06/24

        教育

        担当科目

        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          理論化学ゼミナールIIC
          7042, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          理論化学演習IID
          7147, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          理論化学演習IIA
          7144, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          理論化学演習IIB
          7145, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          理論化学演習IIC
          7146, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          化学課題研究4
          5631, 通年集中, 理学部, 12
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          理論化学ゼミナールIIB
          7041, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          物理化学演習A
          2625, 後期, 理学部, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          理論化学ゼミナールIID
          7043, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          物理化学演習C
          3644, 後期, 理学部, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          理論化学ゼミナールIIA
          7040, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2011年04月, 至 2012年03月
          物理化学演習C
          後期, 理学部
        • 自 2011年04月, 至 2012年03月
          化学課題研究4
          通年, 理学部
        • 自 2011年04月, 至 2012年03月
          量子化学I
          前期, 理学部
        • 自 2012年04月, 至 2013年03月
          化学課題研究4
          通年, 理学部
        • 自 2012年04月, 至 2013年03月
          物理化学演習C
          後期, 理学部
        • 自 2012年04月, 至 2013年03月
          量子化学I
          前期, 理学部
        • 自 2013年04月, 至 2014年03月
          物理化学演習C
          後期, 理学部
        • 自 2013年04月, 至 2014年03月
          化学課題研究4
          通年, 理学部
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          物理化学演習C
          後期, 理学部
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          化学課題研究4
          通年, 理学部
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          理論化学ゼミナールIIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          理論化学ゼミナールIIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          理論化学ゼミナールIIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          理論化学ゼミナールIID
          後期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          理論化学演習IIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          理論化学演習IIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          理論化学演習IIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2014年04月, 至 2015年03月
          理論化学演習IID
          後期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          化学課題研究4
          通年, 理学部
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          物理化学演習C
          後期, 理学部
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          理論化学ゼミナールIIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          理論化学ゼミナールIIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          理論化学ゼミナールIIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          理論化学ゼミナールIID
          後期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          理論化学演習IIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          理論化学演習IIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          理論化学演習IIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2015年04月, 至 2016年03月
          理論化学演習IID
          後期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          化学課題研究4
          通年, 理学部
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          物理化学演習C
          後期, 理学部
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          理論化学ゼミナールIIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          理論化学ゼミナールIIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          理論化学ゼミナールIIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          理論化学ゼミナールIID
          後期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          理論化学演習IIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          理論化学演習IIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          理論化学演習IIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2016年04月, 至 2017年03月
          理論化学演習IID
          後期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          化学課題研究4
          通年, 理学部
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          物理化学演習C
          後期, 理学部
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          理論化学ゼミナールIIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          理論化学ゼミナールIIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          理論化学ゼミナールIIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          理論化学ゼミナールIID
          後期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          理論化学演習IIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          理論化学演習IIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          理論化学演習IIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2017年04月, 至 2018年03月
          理論化学演習IID
          後期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          化学課題研究4
          通年, 理学部
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          物理化学演習C
          後期, 理学部
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          理論化学ゼミナールIIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          理論化学ゼミナールIIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          理論化学ゼミナールIIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          理論化学ゼミナールIID
          後期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          理論化学演習IIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          理論化学演習IIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          理論化学演習IIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2018年04月, 至 2019年03月
          理論化学演習IID
          後期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          化学課題研究4
          通年, 理学部
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          物理化学演習C
          後期, 理学部
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          理論化学ゼミナールIIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          理論化学ゼミナールIIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          理論化学ゼミナールIIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          理論化学ゼミナールIID
          後期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          理論化学演習IIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          理論化学演習IIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          理論化学演習IIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2019年04月, 至 2020年03月
          理論化学演習IID
          後期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          化学課題研究4
          通年, 理学部
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          基礎化学実験
          後期, 全学共通科目
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          物理化学演習C
          後期, 理学部
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          理論化学ゼミナールIIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          理論化学ゼミナールIIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          理論化学ゼミナールIIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          理論化学ゼミナールIID
          後期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          理論化学演習IIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          理論化学演習IIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          理論化学演習IIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2020年04月, 至 2021年03月
          理論化学演習IID
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          化学課題研究4
          通年, 理学部
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          物理化学演習A
          後期, 理学部
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          物理化学演習C
          後期, 理学部
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          理論化学ゼミナールIIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          理論化学ゼミナールIIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          理論化学ゼミナールIIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          理論化学ゼミナールIID
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          理論化学演習IIA
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          理論化学演習IIB
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          理論化学演習IIC
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          理論化学演習IID
          後期, 理学研究科

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