竹俣直道(工学研究科合成・生物化学専攻生物化学講座) | 京都大学教育研究活動データベース

竹俣直道

タケマタナオミチ

工学研究科合成・生物化学専攻生物化学講座助教

Last Updated :2025/05/02

基本情報

学部兼担

工学部

学内兼務

エネルギー理工学研究所附属カーボンネガティブ・エネルギー研究センター, 兼任教員

学位

修士（学術）(東京大学)

博士（学術）　　(東京大学)

経歴

自 2025年04月, 至現在
立命館大学, 生命科学部生物工学科, 准教授

自 2024年04月, 至現在
国立研究開発法人科学技術振興機構創発研究者

自 2021年10月, 至 2024年03月
京都大学, 大学院工学研究科, 助教

自 2020年11月, 至 2024年03月
国立研究開発法人科学技術振興機構, さきがけ研究員

自 2020年11月, 至 2021年09月
京都大学, 特定研究員

自 2017年01月, 至 2020年10月
インディアナ大学, 博士研究員

自 2018年04月, 至 2020年03月
独立行政法人日本学術振興会, 海外特別研究員

自 2016年09月, 至 2016年12月
東京大学大学院総合文化研究科, 特任研究員

自 2013年04月, 至 2016年03月
独立行政法人日本学術振興会, 特別研究員DC1

ID,URL

ORCID ID
0000-0003-1902-3766
J-Global ID
202001003077590035

researchmap URL

https://researchmap.jp/ntakemata

Last Updated :2025/05/02

研究

研究キーワード

染色体

染色体構造

染色体動態

アーキア

研究分野

ライフサイエンス, 分子生物学

論文

How Do Thermophiles Organize Their Genomes?
Takemata N
Microbes and environments, 2024年01月01日

Chromosomal domain formation by archaeal SMC, a roadblock protein, and DNA structure
Kodai Yamaura; Naomichi Takemata; Masashi Kariya; Ayami Osaka; Sonoko Ishino; Masataka Yamauchi; Tomonori Tamura; Itaru Hamachi; Shoji Takada; Yoshizumi Ishino; Haruyuki Atomi
Nature Communications, 2025年02月19日
この論文にアクセスする：

Capturing chromosome conformation in Crenarchaea.
Elyza Pilatowski-Herzing; Rachel Y Samson; Naomichi Takemata; Catherine Badel; Peter B Bohall; Stephen D Bell
Molecular microbiology, 2024年02月25日

Facultative heterochromatin formation in rDNA is essential for cell survival during nutritional starvation.
Hayato Hirai; Naomichi Takemata; Miki Tamura; Kunihiro Ohta
Nucleic acids research, 2022年04月22日

Multi-scale architecture of archaeal chromosomes.
Naomichi Takemata; Stephen D Bell
Molecular cell, 2020年12月23日

Emerging views of genome organization in Archaea.
Naomichi Takemata; Stephen D Bell
Journal of cell science, 2020年05月18日

Physical and Functional Compartmentalization of Archaeal Chromosomes.
Naomichi Takemata; Rachel Y Samson; Stephen D Bell
Cell, 2019年09月19日

Role of non-coding RNA transcription around gene regulatory elements in transcription factor recruitment.
Naomichi Takemata; Kunihiro Ohta
RNA biology, 2017年01月02日

Local potentiation of stress-responsive genes by upstream noncoding transcription.
Naomichi Takemata; Arisa Oda; Takatomi Yamada; Josephine Galipon; Tomoichiro Miyoshi; Yutaka Suzuki; Sumio Sugano; Charles S Hoffman; Kouji Hirota; Kunihiro Ohta
Nucleic acids research, 2016年06月20日

Dynamic transition of transcription and chromatin landscape during fission yeast adaptation to glucose starvation.
Arisa Oda; Naomichi Takemata; Yoshito Hirata; Tomoichiro Miyoshi; Yutaka Suzuki; Sumio Sugano; Kunihiro Ohta
Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 2015年05月

Antagonistic controls of chromatin and mRNA start site selection by Tup family corepressors and the CCAAT-binding factor.
Ryuta Asada; Naomichi Takemata; Charles S Hoffman; Kunihiro Ohta; Kouji Hirota
Molecular and cellular biology, 2015年03月

High-resolution analysis of chromosome conformation in hyperthermophilic archaea.
Naomichi Takemata; Stephen D Bell
STAR protocols, 2021年06月18日

Chromosome conformation capture assay combined with biotin enrichment for hyperthermophilic archaea.
Naomichi Takemata; Stephen D Bell
STAR protocols, 2021年06月18日

【ゲノムの"ダークマター"長鎖ncRNAが制御する多彩な生命現象】長鎖ncRNAによるクロマチン・転写活性化の制御
太田邦史; 小田有沙; Galipon Josephine; 竹俣直道; 三好知一郎; 廣田耕志
実験医学, 2011年07月

MISC

アーキア染色体が織り成す多様な染色体構造
竹俣直道; 竹俣直道; 竹俣直道; SAMSON Rachel Y.; BELL Stephen D.
日本ゲノム微生物学会年会要旨集, 2021年

超好熱性アーキアの染色体三次元構造
竹俣直道; 竹俣直道; SAMSON Rachel Y.; BELL Stephen D.
極限環境生物学会誌(Web), 2021年

アーキアから探る染色体構造の機能と進化
竹俣直道; 竹俣直道; 竹俣直道; SAMSON Rachel Y.; BELL Stephen D.
日本Archaea研究会講演会要旨集, 2021年

ストレス応答性MAPキナーゼによる分裂酵母ヘテロクロマチンの制御
竹俣直道; 太田邦史; 太田邦史
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016年

グルコース飢餓ストレス応答性のセンス・アンチセンス非コードRNA依存的な遺伝子発現制御機構
石井智子; 小田有沙; 竹俣直道; GALIPON Josephine; HOFFMAN Charles; 太田邦史
日本RNA学会年会要旨集, 2015年

グルコース飢餓ストレス時のセンス・アンチセンス長鎖非コードRNAを介した遺伝子発現制御
小田有沙; 畠山哲央; 竹俣直道; 石井智子; 平田祥人; 合原一幸; 金子邦彦; 太田邦史
日本生化学会大会(Web), 2015年

Tup family corepressorとCCAAT-binding factorによるクロマチン構造変化の拮抗的な制御がmRNA転写開始点を決定する
浅田隆大; 竹俣直道; 太田邦史; 廣田耕志
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014年

RNA-RNA,RNA-タンパク質間相互作用 5.長鎖non-coding RNAによる遺伝子発現・クロマチン修飾制御
竹俣直道; 三木敦子; 太田邦史; 太田邦史
実験医学, 2013年

Long non-coding RNAによる転写制御のRNA-seq解析
小田有沙; 竹俣直道; 鈴木穣; 菅野純夫; 太田邦史; 太田邦史
日本RNA学会年会要旨集, 2012年

Directional RNA-seq及びChIP-seqによるグルコース飢餓応答性長鎖ノンコーディングRNAのゲノムワイド解析
小田有沙; 竹俣直道; 三好知一郎; 鈴木穣; 菅野純夫; 太田邦史
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012年

ヒストン修飾酵素Gcn5およびSet1はlncRNAの転写と協調してグルコース飢餓応答に働く
竹俣直道; 廣田耕志; GALIPON Josephine; 小田有沙; 三好知一郎; 山田貴富; 太田邦史
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012年

ゲノムの“ダークマター”長鎖ncRNAが制御する多彩な生命現象長鎖ncRNAによるクロマチン・転写活性化の制御
太田邦史; 太田邦史; 小田有沙; GALIPON Josephine; 竹俣直道; 三好知一郎; 廣田耕志
実験医学, 2011年

長鎖ノンコーディングRNAの転写によるヒストン修飾制御と遺伝発現制御
竹俣直道; 廣田耕志; GALIPON Josephine; 三好知一郎; HOFFMAN Charles; 太田邦史
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2011年

ノンコーディングRNAの転写を介したクロマチン再編成・ヒストン修飾の制御と遺伝子活性化機構
竹俣直道; 廣田耕志; 廣田耕志; JOSEPHINE Galipon; 三好知一郎; 太田邦史
生化学, 2010年

lncRNAによるストレス種特異的な遺伝子発現の制御
岡崎賢吾; 竹俣直道; 小田有沙; 山田貴富; ガリポンジョゼフィーヌ; 三好知一郎; 鈴木穣; 菅野純夫; HOFFMAN Charles S.; 廣田耕志; 太田邦史
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016年

センス及びアンチセンスlong noncoding RNAによる遺伝子発現の切り替え制御
小田有沙; 竹俣直道; 平田祥人; 石井智子; ガリポンジョゼフィーヌ; 三好知一郎; 鈴木穣; 菅野純夫; HOFFMAN Charlie; 太田邦史
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014年

長鎖ノンコーディングRNAの転写はクロマチン制御因子の呼び込みをポジティブフィードバック的に促進する
竹俣直道; 廣田耕志; 山田貴富; 小田有沙; JOSEPHINE Galipon; 三好知一郎; HOFFMAN Charles; 太田邦史
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013年

分裂酵母のグルコース飢餓応答性long noncoding RNAの発現制御
小田有沙; 竹俣直道; 三好知一郎; 鈴木穣; 菅野純夫; 太田邦史; 太田邦史
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013年

講演・口頭発表等

アーキアSMC複合体を基盤とした染色体ドメイン構造の形成機構
第36回日本Archaea研究会, 2024年07月05日

Eukaryotic-like mechanism of chromosomal domain formation by archaeal SMC, a roadblock NAP, and DNA shape
EMBO Workshop Molecular Biology of Archaea, 2024年06月26日

アーキアの染色体ドメイン形成機構
第41回染色体ワークショップ・第22回核ダイナミクス研究会, 2024年01月30日

アーキアにおける染色体ドメイン構造の形成機構
竹俣直道
第24回極限環境生物学会年会, 2023年08月29日

Molecular Mechanism of SMC-mediated domain formation in archaea
竹俣直道
Gordon Research Conference Chromosome Dynamics, 2023年06月28日

Molecular mechanism of SMC-mediated domain formation in archaea
竹俣直道
第3回 Hi-C 研究会, 2023年05月11日, 招待有り

Long noncoding RNAs stimulate promoter binding of the transcription factor Atf1 by antagonizing the Groucho/Tup1-like corepressors Tup11 and Tup12.
竹俣直道
The 8th International Fission Yeast Meeting, 2015年06月

長鎖ノンコーディングRNAは転写因子の呼び込みをポジティブフィードバック的に促進する
竹俣直道
第32回染色体ワークショップ・第13回核ダイナミクス研究会, 2014年12月

Promoter-associated lncRNA recruits transcriptional activator through a positive feedback mechanism.
竹俣直道
The 9th 3R Symposium, 2014年11月

長鎖ノンコーディングRNAの転写を介したヒストンアセチル化制御機構
竹俣直道
酵母遺伝学フォーラム第46回研究報告会, 2013年09月

SMC複合体とバウンダリー因子によるアーキア染色体の構造化機構
竹俣直道
日本ゲノム微生物学会第17回年会, 2023年03月10日

第三の生物ドメイン「アーキア」はセントロメアをもつか？
竹俣直道
第45回日本分子生物学会年会, 2022年12月02日, 招待有り

SMC複合体とバウンダリー因子によるアーキアTADの形成機構
竹俣直道
第45回日本分子生物学会年会, 2022年12月02日, 招待有り

超好熱性アーキアから探る染色体の構造と機能の進化
竹俣直道
第23回極限環境生物学会年会, 2022年11月13日, 招待有り

アーキアにおける染色体高次構造の制御とその意義
竹俣直道
日本遺伝学会第94回大会, 2022年09月14日, 招待有り

Condensin-mediated organization of archaeal chromosomes
竹俣直道
EMBO Molecular Biology of Archaea 2022, 2022年08月02日

コンデンシンによるアーキア染色体の構造制御
竹俣直道
染色体安定維持研究会, 2022年07月04日, 招待有り

SMC複合体を基盤としたアーキア染色体の構築機構
竹俣直道
第74回日本細胞生物学会大会, 2022年06月29日, 招待有り

アーキアから探る染色体構造の構築原理と進化
竹俣直道
東京農業大学大学院農学研究科バイオサイエンス専攻大学院講義, 2020年10月20日, 招待有り

アーキアから探る染色体構造の構築原理と進化
竹俣直道
第1回NIGバイオロジカルウェビナー, 2020年08月11日, 招待有り

アーキアから探る染色体構造の構築原理とその進化
竹俣直道
第59回がん研先端研究セミナー, 2019年12月20日

Evolution of chromosome folding: insights from archaea
竹俣直道
定量生命科学研究所セミナー, 2019年12月19日

アーキアから探る染色体構造の構築原理とその進化
竹俣直道
東京大学大学院総合文化研究科広域科学専攻セミナー, 2019年12月13日

Promoter-associated ncRNAs induce transcription factor binding during stress response
竹俣直道
第21回Tokyo RNA Club, 2016年07月25日, 招待有り

アーキアから探るゲノム三次元構造の進化
竹俣直道
東京大学農学部AgTechセミナー, 2022年01月07日

Emerging views of chromosome organization in Archaea
竹俣直道; Rachel Y. Samson; Stephen D. Bell
John Innes Centre Young Microbiologists Symposium 2021, 2021年09月14日

アーキアから探るゲノムの構造と機能の進化
竹俣直道; Rachel Y. Samson; Stephen D. Bell
日本遺伝学会第93回大会, 2021年09月08日, 招待有り

外部資金：科学研究費補助金

アーキアから探るSMC複合体の進化
研究活動スタート支援
0701:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
京都大学
竹俣直道
自 2021年08月30日, 至 2024年03月31日, 交付
SMC;アーキア;染色体構造;進化;染色体ドメイン
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K20636/

第三の生物ドメイン「アーキア」がもつ機能未知SMC様タンパク質の研究
学術変革領域研究(A)
学術変革領域研究区分(Ⅲ)
京都大学
竹俣直道
自 2021年09月10日, 至 2023年03月31日, 完了
SMC;アーキア;染色体構造;進化;SMCタンパク質
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-21H05747/

リバースジャイレースによるゲノム構造制御と極限環境への適応
若手研究
小区分43050:ゲノム生物学関連
京都大学
竹俣直道
自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付
DNA超らせん;リバースジャイレース;トポイソメラーゼ;アーキア;超好熱菌;染色体構造
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15083/

アーキアコンデンシンとDNA超らせんによる染色体構造制御
学術変革領域研究(A)
学術変革領域研究区分(Ⅲ)
京都大学
竹俣直道
自 2023年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付
アーキア;染色体三次元構造;SMCタンパク質;DNA超らせん;リバースジャイレース
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-23H04281/

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