基本情報

協力講座

• 理学研究科, 物理学・宇宙物理学（物理学第一分野）専攻 核物性学講座, 助教

全学メールアドレス

• 全学メールアドレス

  shimizu.masahiro.3nkyoto-u.ac.jp

学位

• 2015年03月23日

  京都大学修士（理学）
• 2018年03月26日

  京都大学博士（理学）

出身学校・専攻等

• 慶應義塾大学, 理工学部化学科, 卒業

経歴

• 自 2024年12月, 至 2025年02月

  スタンフォード大学, 客員助教
• 自 2023年09月, 至 現在

  京都大学, 複合原子力科学研究所, 助教
• 自 2023年04月, 至 2023年08月

  京都大学, 複合原子力科学研究所, 特任助教
• 自 2020年04月, 至 2023年08月

  京都大学, 複合原子力科学研究所, 研究員
• 自 2018年04月, 至 2020年03月

  金沢大学, 新学術創成研究機構, 博士研究員

ID,URL

• J-Global ID

  201901014010270576

researchmap URL

• https://researchmap.jp/r76ll9

研究

研究分野

• ライフサイエンス, 生物物理学

論文

• Size-exclusion chromatography–small-angle neutron scattering system optimized for an instrument with medium neutron flux

  Ken Morishima; Rintaro Inoue; Tatsuo Nakagawa; Masahiro Shimizu; Ritsuki Sakamoto; Tatsuro Oda; Koichi Mayumi; Masaaki Sugiyama

  Journal of Applied Crystallography, 2025年02月11日

  
• SAXSと粗視化分子動力学シミュレーションを駆使した生体分子の構造アンサンブル解析

  清水 将裕; 杉山 正明

  Seibutsu Butsuri, 2024年07月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Asymmetric fluctuation of overlapping dinucleosome studied by cryo-electron microscopy and small-angle X-ray scattering

  Masahiro Shimizu; Hiroki Tanaka; Masahiro Nishimura; Nobuhiro Sato; Kayo Nozawa; Haruhiko Ehara; Shun-ichi Sekine; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Yoshimasa Takizawa; Hitoshi Kurumizaka; Masaaki Sugiyama

  PNAS Nexus, 2024年10月27日, 査読有り, 筆頭著者

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• Genome-wide mapping and cryo-EM structural analyses of the overlapping tri-nucleosome composed of hexasome-hexasome-octasome moieties

  Masahiro Nishimura; Takeru Fujii; Hiroki Tanaka; Kazumitsu Maehara; Ken Morishima; Masahiro Shimizu; Yuki Kobayashi; Kayo Nozawa; Yoshimasa Takizawa; Masaaki Sugiyama; Yasuyuki Ohkawa; Hitoshi Kurumizaka

  Communications Biology, 2024年01月08日

  
• Dynamic action of an intrinsically disordered protein in DNA compaction that induces mycobacterial dormancy

  Akihito Nishiyama; Masahiro Shimizu; Tomoyuki Narita; Noriyuki Kodera; Yuriko Ozeki; Akira Yokoyama; Kouta Mayanagi; Takehiro Yamaguchi; Mariko Hakamata; Amina Kaboso Shaban; Yoshitaka Tateishi; Kosuke Ito; Sohkichi Matsumoto

  Nucleic Acids Research, 2023年12月04日, 査読有り

  
• Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance

  Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Rintaro Inoue; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama

  Angewandte Chemie International Edition, 2022年11月08日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations

  Masahiro Shimizu; Aya Okuda; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Yasuhiro Yunoki; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama

  Scientific Reports, 2022年06月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

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• Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach.

  Yasuhiro Yunoki; Atsushi Matsumoto; Ken Morishima; Anne Martel; Lionel Porcar; Nobuhiro Sato; Rina Yogo; Taiki Tominaga; Rintaro Inoue; Maho Yagi-Utsumi; Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Reiko Urade; Kazuki Terauchi; Hidetoshi Kono; Hirokazu Yagi; Koichi Kato; Masaaki Sugiyama

  Communications biology, 2022年03月10日, 査読有り

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• An ultrafast piezoelectric Z-scanner with a resonance frequency above 1.1 MHz for high-speed atomic force microscopy

  Masahiro Shimizu; Chihiro Okamoto; Kenichi Umeda; Shinji Watanabe; Toshio Ando; Noriyuki Kodera

  Review of Scientific Instruments, 2022年01月01日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Elucidation of the mechanism of subunit exchange in αB crystallin oligomers

  Rintaro Inoue; Yusuke Sakamaki; Takumi Takata; Kathleen Wood; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Reiko Urade; Noriko Fujii; Masaaki Sugiyama

  Scientific Reports, 2021年12月, 査読有り

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• Architecture of zero-latency ultrafast amplitude detector for high-speed atomic force microscopy

  Kenichi Umeda; Chihiro Okamoto; Masahiro Shimizu; Shinji Watanabe; Toshio Ando; Noriyuki Kodera

  Applied Physics Letters, 2021年11月01日, 査読有り

  
• Solution structure of multi-domain protein ER-60 studied by aggregation-free SAXS and coarse-grained-MD simulation

  Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama

  Scientific Reports, 2021年03月, 査読有り, 筆頭著者

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• Deuteration Aiming for Neutron Scattering

  Aya Okuda; Rintaro Inoue; Ken Morishima; Tomohide Saio; Yasuhiro Yunoki; Maho Yagi-Utsumi; Hirokazu Yagi; Masahiro Shimizu; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Koichi Kato; Masaaki Sugiyama

  Biophysics and Physicobiology, 2021年, 査読有り

  
• Dynamics of proteins with different molecular structures under solution condition

  Rintaro Inoue; Takashi Oda; Hiroshi Nakagawa; Taiki Tominaga; Tomohide Saio; Yukinobu Kawakita; Masahiro Shimizu; Aya Okuda; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Mamoru Sato; Masaaki Sugiyama

  Scientific Reports, 2020年12月, 査読有り

  
• Interactions of HP1 Bound to H3K9me3 Dinucleosome by Molecular Simulations and Biochemical Assays

  Shuhei Watanabe; Yuichi Mishima; Masahiro Shimizu; Isao Suetake; Shoji Takada

  Biophysical Journal, 2018年04月, 査読有り

  
• Reconstruction of Atomistic Structures from Coarse-Grained Models for Protein–DNA Complexes

  Masahiro Shimizu; Shoji Takada

  Journal of Chemical Theory and Computation, 2018年02月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Near-atomic structural model for bacterial DNA replication initiation complex and its functional insights

  Masahiro Shimizu; Yasunori Noguchi; Yukari Sakiyama; Hironori Kawakami; Tsutomu Katayama; Shoji Takada

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2016年12月, 査読有り, 筆頭著者

  

MISC

• 溶液散乱と計算手法の統合解析によるシアノバクテリアの時計タンパク質KaiABC複合体の全体構造の解明

  柚木康弘; 松本淳; 守島健; MARTEL Anne; PORCAR Lionel; 佐藤信浩; 與語理那; 與語理那; 與語理那; 富永大輝; 井上倫太郎; 矢木真穂; 矢木真穂; 矢木真穂; 奥田綾; 清水将裕; 裏出令子; 寺内一姫; 河野秀俊; 矢木宏和; 矢木宏和; 加藤晃一; 加藤晃一; 加藤晃一; 杉山正明

  時間生物学, 2022年

  
• 低酸素環境と疾患(がん、感染症)の分子論 低酸素休眠抗酸菌の主要タンパク質Mycobacterial DNA-binding protein 1(My cobacterial DNA-binding protein 1, a major protein in hypoxic dormant mycobacteria)

  西山 晃史; 古寺 哲幸; 清水 将裕; Savitskaya Anna; Enany Shymaa; 真柳 浩太; 山口 雄大; 尾関 百合子; 立石 善隆; 松本 壮吉

  日本細菌学雑誌, 2021年02月

  

講演・口頭発表等

• 天然変性タンパク質における“変性状態”の理解を目指した溶液散乱研究

  清水 将裕; 守島 健; 奥田 綾; 井上 倫太郎; 西山 晃史; 松本 壮吉; 杉山 正明

  第61回日本生物物理学会年会, 2023年11月16日, 招待有り

  
• MD計算を用いたマルチドメインタンパク質ER-60のSANSプロファイルの解析

  清水 将裕; 奥田 綾; 井上 倫太郎; 裏出 令子; 杉山 正明

  日本中性子科学会第23回年会, 2023年09月13日

  
• 計算モデリングによるタンパク質ライゲーション反応効率予測法の研究

  清水 将裕; 奥田 綾; 井上 倫太郎; 裏出 令子; 杉山 正明

  第23回日本蛋白質科学会年会, 2023年07月05日

  
• X線小角散乱プロファイルと粗視化分子動力学計算に基づく4ドメインタンパク質 ER-60 の構造研究

  清水 将裕; 奥田 綾; 守島 健; 柚木 康弘; 井上 倫太郎; 佐藤 信浩; 裏出 令子; 杉山 正明

  第22回日本蛋白質科学会年会, 2022年06月08日

  
• X線小角散乱データと粗視化分子動力学計算に基づく生体分子の構造ダイナミクスの解明

  清水 将裕; 奥田 綾; 守島 健; 柚木 康弘; 佐藤 信浩; 井上 倫太郎; 裏出 令子; 杉山 正明

  第59回日本生物物理学会年会, 2021年11月26日, 招待有り

  
• 細胞表面動態の高精度計測を目指した高速原子間力顕微鏡装置の開発

  清水将裕; 岡本千優; 今井大達; 渡辺信嗣; 安藤敏夫; 古寺哲幸

  第57回日本生物物理学会年会, 2019年09月24日, 招待有り

  
• Visualization of biomolecules by applying solution scattering data to molecular dynamics simulations

  Masahiro Shimizu

  Mariage of computational and experimental techniques for solution small-angle scattering, 2019年09月13日, 招待有り

  
• 高速AFMによる天然変性タンパク質CAMPの構造動態観察

  成田 知恕; 池田 真教; 清水将裕; 田中 耕三; 古寺 哲幸

  第56回日本生物物理学会年会, 2018年09月15日

  
• 高速AFM観察結果を解析するための粗視化分子動力学計算手法の開発

  清水将裕; 成田 知恕; 室 郁弥; 紺野 宏紀; 古寺 哲幸

  第56回日本生物物理学会年会, 2018年09月15日

  
• タンパク質DNA複合体のマルチスケールモデリング; 粗視化モデルから原子モデル構造の構築

  清水将裕; 高田彰二

  第10回分子科学討論会, 2016年09月14日

  
• バクテリアのDNA複製開始複合体の構造モデリングとその機能解析

  清水将裕; 野口泰徳; 崎山友香里; 川上広宜; 片山勉; 高田彰二

  第17回日本蛋白質科学会年会, 2016年06月21日, 招待有り

  
• 構成論的アプローチによる生体内銅イオン輸送の制御機構解明

  清水将裕; 古川良明

  日本化学会第93春季年会, 2013年03月23日

  

産業財産権

• 特許7273408, 特開2021-004859, 特願2019-120245, 走査型プローブ顕微鏡およびＺ駆動装置

  古寺哲幸; 清水将裕; 安藤敏夫

  

受賞

• 2016年11月27日

  学生発表賞（日本生物物理学会）
• 2017年06月21日

  若手奨励賞（日本蛋白質科学会）

教育

担当科目

• 自 2024年, 至 2024年

  研究倫理・研究公正（理工系）

  前期集中, 大学院共通, 0.5
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＣ

  2065, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＢ

  2064, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＡ

  2063, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＤ

  2066, 後期, 理学研究科, 2

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2022年06月01日

  量子ビーム生体高分子統合研究センター センター員