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清水 将裕

シミズ マサヒロ

複合原子力科学研究所 粒子線基礎物性研究部門 助教

清水 将裕
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    Last Updated :2024/05/23

    基本情報

    協力講座

    • 理学研究科, 物理学・宇宙物理学(物理学第一分野)専攻 核物性学講座, 助教

    全学メールアドレス

    • 全学メールアドレス

      shimizu.masahiro.3nkyoto-u.ac.jp

    学位

    • 2015年03月23日
      京都大学修士(理学)
    • 2018年03月26日
      京都大学博士(理学)

    出身学校・専攻等

    • 慶應義塾大学, 理工学部化学科, 卒業

    経歴

    • 自 2023年09月, 至 現在
      京都大学, 複合原子力科学研究所, 助教
    • 自 2023年04月, 至 2023年08月
      京都大学, 複合原子力科学研究所, 特任助教
    • 自 2020年04月, 至 2023年03月
      京都大学, 複合原子力科学研究所, 研究員
    • 自 2018年04月, 至 2020年03月
      金沢大学, 新学術創成研究機構, 博士研究員

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      Last Updated :2024/05/23

      研究

      研究分野

      • ライフサイエンス, 生物物理学

      論文

      • Genome-wide mapping and cryo-EM structural analyses of the overlapping tri-nucleosome composed of hexasome-hexasome-octasome moieties
        Masahiro Nishimura; Takeru Fujii; Hiroki Tanaka; Kazumitsu Maehara; Ken Morishima; Masahiro Shimizu; Yuki Kobayashi; Kayo Nozawa; Yoshimasa Takizawa; Masaaki Sugiyama; Yasuyuki Ohkawa; Hitoshi Kurumizaka
        Communications Biology, 2024年01月08日
      • Dynamic action of an intrinsically disordered protein in DNA compaction that induces mycobacterial dormancy
        Akihito Nishiyama; Masahiro Shimizu; Tomoyuki Narita; Noriyuki Kodera; Yuriko Ozeki; Akira Yokoyama; Kouta Mayanagi; Takehiro Yamaguchi; Mariko Hakamata; Amina Kaboso Shaban; Yoshitaka Tateishi; Kosuke Ito; Sohkichi Matsumoto
        Nucleic Acids Research, 2023年12月04日, 査読有り
      • Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance
        Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Rintaro Inoue; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama
        Angewandte Chemie International Edition, 2022年11月08日, 査読有り, 筆頭著者
      • Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations
        Masahiro Shimizu; Aya Okuda; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Yasuhiro Yunoki; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama
        Scientific Reports, 2022年06月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach.
        Yasuhiro Yunoki; Atsushi Matsumoto; Ken Morishima; Anne Martel; Lionel Porcar; Nobuhiro Sato; Rina Yogo; Taiki Tominaga; Rintaro Inoue; Maho Yagi-Utsumi; Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Reiko Urade; Kazuki Terauchi; Hidetoshi Kono; Hirokazu Yagi; Koichi Kato; Masaaki Sugiyama
        Communications biology, 2022年03月10日, 査読有り
      • An ultrafast piezoelectric Z-scanner with a resonance frequency above 1.1 MHz for high-speed atomic force microscopy
        Masahiro Shimizu; Chihiro Okamoto; Kenichi Umeda; Shinji Watanabe; Toshio Ando; Noriyuki Kodera
        Review of Scientific Instruments, 2022年01月01日, 査読有り, 筆頭著者
      • Elucidation of the mechanism of subunit exchange in αB crystallin oligomers
        Rintaro Inoue; Yusuke Sakamaki; Takumi Takata; Kathleen Wood; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Reiko Urade; Noriko Fujii; Masaaki Sugiyama
        Scientific Reports, 2021年12月, 査読有り
      • Architecture of zero-latency ultrafast amplitude detector for high-speed atomic force microscopy
        Kenichi Umeda; Chihiro Okamoto; Masahiro Shimizu; Shinji Watanabe; Toshio Ando; Noriyuki Kodera
        Applied Physics Letters, 2021年11月01日, 査読有り
      • Solution structure of multi-domain protein ER-60 studied by aggregation-free SAXS and coarse-grained-MD simulation
        Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama
        Scientific Reports, 2021年03月, 査読有り, 筆頭著者
      • Deuteration Aiming for Neutron Scattering
        Aya Okuda; Rintaro Inoue; Ken Morishima; Tomohide Saio; Yasuhiro Yunoki; Maho Yagi-Utsumi; Hirokazu Yagi; Masahiro Shimizu; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Koichi Kato; Masaaki Sugiyama
        Biophysics and Physicobiology, 2021年, 査読有り
      • Dynamics of proteins with different molecular structures under solution condition
        Rintaro Inoue; Takashi Oda; Hiroshi Nakagawa; Taiki Tominaga; Tomohide Saio; Yukinobu Kawakita; Masahiro Shimizu; Aya Okuda; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Mamoru Sato; Masaaki Sugiyama
        Scientific Reports, 2020年12月, 査読有り
      • Interactions of HP1 Bound to H3K9me3 Dinucleosome by Molecular Simulations and Biochemical Assays
        Shuhei Watanabe; Yuichi Mishima; Masahiro Shimizu; Isao Suetake; Shoji Takada
        Biophysical Journal, 2018年04月, 査読有り
      • Reconstruction of Atomistic Structures from Coarse-Grained Models for Protein–DNA Complexes
        Masahiro Shimizu; Shoji Takada
        Journal of Chemical Theory and Computation, 2018年02月, 査読有り, 筆頭著者
      • Near-atomic structural model for bacterial DNA replication initiation complex and its functional insights
        Masahiro Shimizu; Yasunori Noguchi; Yukari Sakiyama; Hironori Kawakami; Tsutomu Katayama; Shoji Takada
        PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2016年12月, 査読有り, 筆頭著者

      MISC

      • 溶液散乱と計算手法の統合解析によるシアノバクテリアの時計タンパク質KaiABC複合体の全体構造の解明
        柚木康弘; 松本淳; 守島健; MARTEL Anne; PORCAR Lionel; 佐藤信浩; 與語理那; 與語理那; 與語理那; 富永大輝; 井上倫太郎; 矢木真穂; 矢木真穂; 矢木真穂; 奥田綾; 清水将裕; 裏出令子; 寺内一姫; 河野秀俊; 矢木宏和; 矢木宏和; 加藤晃一; 加藤晃一; 加藤晃一; 杉山正明
        時間生物学, 2022年
      • 低酸素環境と疾患(がん、感染症)の分子論 低酸素休眠抗酸菌の主要タンパク質Mycobacterial DNA-binding protein 1(My cobacterial DNA-binding protein 1, a major protein in hypoxic dormant mycobacteria)
        西山 晃史; 古寺 哲幸; 清水 将裕; Savitskaya Anna; Enany Shymaa; 真柳 浩太; 山口 雄大; 尾関 百合子; 立石 善隆; 松本 壮吉
        日本細菌学雑誌, 2021年02月

      講演・口頭発表等

      • 天然変性タンパク質における“変性状態”の理解を目指した溶液散乱研究
        清水 将裕; 守島 健; 奥田 綾; 井上 倫太郎; 西山 晃史; 松本 壮吉; 杉山 正明
        第61回日本生物物理学会年会, 2023年11月16日, 招待有り
      • MD計算を用いたマルチドメインタンパク質ER-60のSANSプロファイルの解析
        清水 将裕; 奥田 綾; 井上 倫太郎; 裏出 令子; 杉山 正明
        日本中性子科学会第23回年会, 2023年09月13日
      • 計算モデリングによるタンパク質ライゲーション反応効率予測法の研究
        清水 将裕; 奥田 綾; 井上 倫太郎; 裏出 令子; 杉山 正明
        第23回日本蛋白質科学会年会, 2023年07月05日
      • X線小角散乱プロファイルと粗視化分子動力学計算に基づく4ドメインタンパク質 ER-60 の構造研究
        清水 将裕; 奥田 綾; 守島 健; 柚木 康弘; 井上 倫太郎; 佐藤 信浩; 裏出 令子; 杉山 正明
        第22回日本蛋白質科学会年会, 2022年06月08日
      • X線小角散乱データと粗視化分子動力学計算に基づく生体分子の構造ダイナミクスの解明
        清水 将裕; 奥田 綾; 守島 健; 柚木 康弘; 佐藤 信浩; 井上 倫太郎; 裏出 令子; 杉山 正明
        第59回日本生物物理学会年会, 2021年11月26日, 招待有り
      • 細胞表面動態の高精度計測を目指した高速原子間力顕微鏡装置の開発
        清水将裕; 岡本千優; 今井大達; 渡辺信嗣; 安藤敏夫; 古寺哲幸
        第57回日本生物物理学会年会, 2019年09月24日, 招待有り
      • Visualization of biomolecules by applying solution scattering data to molecular dynamics simulations
        Masahiro Shimizu
        Mariage of computational and experimental techniques for solution small-angle scattering, 2019年09月13日, 招待有り
      • 高速AFMによる天然変性タンパク質CAMPの構造動態観察
        成田 知恕; 池田 真教; 清水将裕; 田中 耕三; 古寺 哲幸
        第56回日本生物物理学会年会, 2018年09月15日
      • 高速AFM観察結果を解析するための粗視化分子動力学計算手法の開発
        清水将裕; 成田 知恕; 室 郁弥; 紺野 宏紀; 古寺 哲幸
        第56回日本生物物理学会年会, 2018年09月15日
      • タンパク質DNA複合体のマルチスケールモデリング; 粗視化モデルから原子モデル構造の構築
        清水将裕; 高田彰二
        第10回分子科学討論会, 2016年09月14日
      • バクテリアのDNA複製開始複合体の構造モデリングとその機能解析
        清水将裕; 野口泰徳; 崎山友香里; 川上広宜; 片山勉; 高田彰二
        第17回日本蛋白質科学会年会, 2016年06月21日, 招待有り
      • 構成論的アプローチによる生体内銅イオン輸送の制御機構解明
        清水将裕; 古川良明
        日本化学会第93春季年会, 2013年03月23日

      産業財産権

      • 特許7273408, 特開2021-004859, 特願2019-120245, 走査型プローブ顕微鏡およびZ駆動装置
        古寺哲幸; 清水将裕; 安藤敏夫

      受賞

      • 2016年11月27日
        学生発表賞(日本生物物理学会)
      • 2017年06月21日
        若手奨励賞(日本蛋白質科学会)
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        Last Updated :2024/05/23

        教育

        担当科目

        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          生体分子構造ゼミナールC
          2065, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          生体分子構造ゼミナールB
          2064, 後期, 理学研究科, 2
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          生体分子構造ゼミナールA
          2063, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          生体分子構造ゼミナールD
          2066, 後期, 理学研究科, 2
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          Last Updated :2024/05/23

          大学運営

          部局運営(役職等)

          • 自 2022年06月01日
            量子ビーム生体高分子統合研究センター センター員

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