基本情報

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  shirai.kazumasa.7jkyoto-u.ac.jp

所属学協会

• 日本進化学会
• 日本植物生理学会

学位

• 2012年03月27日

  九州大学修士（システム生命科学）
• 2015年03月25日

  九州大学博士（理学）

出身学校・専攻等

• 九州大学, 理学部生物学科, 卒業

経歴

• 自 2026年09月, 至 現在

  京都大学, 大学院理学研究科, 講師
• 自 2026年04月, 至 2026年08月

  京都大学, 大学院理学研究科, 特定研究員
• 自 2024年10月, 至 2026年03月

  九州工業大学, 先端研究・社会連携本部 合成生物工学研究センター, 助教
• 自 2024年04月, 至 2024年09月

  京都大学, 理学研究科, 特定研究員
• 自 2020年04月, 至 2024年03月

  九州工業大学, 情報工学部 生命情報工学科, 研究員
• 自 2017年10月, 至 2020年03月

  九州工業大学, 情報工学部, 特任助教
• 自 2015年04月, 至 2017年09月

  九州工業大学, 情報工学部, 研究員

ID,URL

• J-Global ID

  201801009591637679

researchmap URL

• https://researchmap.jp/kazushirai

研究

研究キーワード

• 転写開始点選択
• ダイコン
• 植物ゲノム
• 進化
• ゲノム進化
• 分子進化学
• 集団遺伝学

研究分野

• ライフサイエンス, ゲノム生物学

論文

• Salicylic acid signaling controls the colonization behavior of Colletotrichum tofieldiae in Arabidopsis thaliana

  Norhafizah Binti Sidek; Shiho Itoh; Toru Aramaki; Yuji Yamasaki; Hisashi Tsujimoto; Kazumasa Shirai; Kousuke Hanada

  Frontiers in Plant Science, 2026年04月15日, 査読有り

  
• Arabidopsis LOHN1 peptide modulates lateral root spacing under the control of systemic nitrogen-satiety signaling

  Kazuhiro Ito; Tomoya Sonoda; Yuki Hisanaga; Kentaro P. Iwata; Chieko Goto; Kazumasa Shirai; Mana Goto; Ayu Yamamoto; Atsushi Mabuchi; Takumi Higaki; Boseok Song; Juntaro Negi; Takamasa Suzuki; Hidehiro Fukaki; Kousuke Hanada; Koh Iba; Kensuke Kusumi

  Current Biology, 2025年10月, 査読有り

  
• Cryptochromes Induce Genome-Wide Changes in Alternative Transcription Start Site Selection in Arabidopsis

  Yoshito Oka; Kazumasa Shirai; Izumi Kimura; Tomoo Shimada; Kousuke Hanada; Tomonao Matsushita

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 2025年06月, 査読有り

  
• Florigen-producing cells express FPF1-LIKE PROTEIN 1 to accelerate flowering and stem growth in Arabidopsis.

  Hiroshi Takagi; Nayoung Lee; Andrew K Hempton; Savita Purushwani; Michitaka Notaguchi; Kota Yamauchi; Kazumasa Shirai; Yaichi Kawakatsu; Susumu Uehara; William G Albers; Benjamin L R Downing; Shogo Ito; Takamasa Suzuki; Takakazu Matsuura; Izumi C Mori; Nobutaka Mitsuda; Daisuke Kurihara; Tomonao Matsushita; Young Hun Song; Yoshikatsu Sato; Mika Nomoto; Naoyuki Uchida; Yasuomi Tada; Kousuke Hanada; Josh T Cuperus; Christine Queitsch; Takato Imaizumi

  Developmental cell, 2025年02月25日, 査読有り

  
• Florigen-producing cells express FPF1-LIKE PROTEIN 1 that accelerates flowering and stem growth in long days with sunlight red/far-red ratio in Arabidopsis.

  Hiroshi Takagi; Nayoung Lee; Andrew K Hempton; Savita Purushwani; Michitaka Notaguchi; Kota Yamauchi; Kazumasa Shirai; Yaichi Kawakatsu; Susumu Uehara; William G Albers; Benjamin L R Downing; Shogo Ito; Takamasa Suzuki; Takakazu Matsuura; Izumi C Mori; Nobutaka Mitsuda; Daisuke Kurihara; Tomonao Matsushita; Young Hun Song; Yoshikatsu Sato; Mika Nomoto; Yasuomi Tada; Kousuke Hanada; Josh T Cuperus; Christine Queitsch; Takato Imaizumi

  bioRxiv : the preprint server for biology, 2024年04月29日

  
• Alternative localization of HEME OXYGENASE 1 in plant cells regulates cytosolic heme catabolism

  Yingxi Chen; Kohji Nishimura; Mutsutomo Tokizawa; Yoshiharu Y Yamamoto; Yoshito Oka; Tomonao Matsushita; Kousuke Hanada; Kazumasa Shirai; Shoji Mano; Takayuki Shimizu; Tatsuru Masuda

  Plant Physiology, 2024年05月28日, 査読有り

  
• LHT1/MAC7 contributes to proper alternative splicing under long-term heat stress and mediates variation in the heat tolerance of Arabidopsis

  Kazuho Isono; Kotaro Nakamura; Kousuke Hanada; Kazumasa Shirai; Mao Ueki; Keisuke Tanaka; Takashi Tsuchimatsu; Satoshi Iuchi; Masatomo Kobayashi; Izumi Yotsui; Yoichi Sakata; Teruaki Taji

  PNAS Nexus, 2023年11月01日, 査読有り

  
• A de novo gene originating from the mitochondria controls floral transition in Arabidopsis thaliana.

  Tomoyuki Takeda; Kazumasa Shirai; You-Wang Kim; Mieko Higuchi-Takeuchi; Minami Shimizu; Takayuki Kondo; Tomokazu Ushijima; Tomonao Matsushita; Kazuo Shinozaki; Kousuke Hanada

  Plant molecular biology, 2022年10月28日, 査読有り

  
• Positive selective sweeps of epigenetic mutations regulating specialized metabolites in plants

  Kazumasa Shirai; Mitsuhiko P. Sato; Ranko Nishi; Masahide Seki; Yutaka Suzuki; Kousuke Hanada

  Genome Research, 2021年05月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Genome-Wide Association Study of Local Thai Indica Rice Seedlings Exposed to Excessive Iron

  Reunreudee Kaewcheenchai; Phanchita Vejchasarn; Kousuke Hanada; Kazumasa Shirai; Chatchawan Jantasuriyarat; Piyada Juntawong

  Plants, 2021年04月, 査読有り

  
• Degree of Functional Divergence in Duplicates Is Associated with Distinct Roles in Plant Evolution

  Akihiro Ezoe; Kazumasa Shirai; Kousuke Hanada

  Molecular Biology and Evolution, 2021年04月, 査読有り

  
• Contribution of Functional Divergence Through Copy Number Variations to the Inter-Species and Intra-Species Diversity in Specialized Metabolites

  Kazumasa Shirai; Kousuke Hanada

  Frontiers in Plant Science, 2019年11月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Tyr82 Amino Acid Mutation in PB1 Polymerase Induces an Influenza Virus Mutator Phenotype

  Tadasuke Naito; Kazumasa Shirai; Kotaro Mori; Hidetaka Muratsu; Hiroshi Ushirogawa; Ryosuke L. Ohniwa; Kousuke Hanada; Mineki Saito

  Journal of Virology, 2019年09月, 査読有り

  
• Distinct gene expression signatures induced by viral transactivators of different HTLV-1 subgroups that confer a different risk of HAM/TSP

  Tadasuke Naito; Jun-ichirou Yasunaga; Yuichi Mitobe; Kazumasa Shirai; Hiroe Sejima; Hiroshi Ushirogawa; Yuetsu Tanaka; Tatsufumi Nakamura; Kousuke Hanada; Masahiro Fujii; Masao Matsuoka; Mineki Saito

  Retrovirology, 2018年11月, 査読有り

  
• A Highly Specific Genome-Wide Association Study Integrated with Transcriptome Data Reveals the Contribution of Copy Number Variations to Specialized Metabolites in Arabidopsis thaliana accessions

  Kazumasa Shirai; Fumio Matsuda; Ryo Nakabayashi; Masanori Okamoto; Maho Tanaka; Akihiro Fujimoto; Minami Shimizu; Kazuo Shinozaki; Motoaki Seki; Kazuki Saito; Kousuke Hanada

  MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, 2017年12月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Mutant selection in the self-incompatible plant radish (Raphanus sativus L. var. sativus) using two-step TILLING

  Kaori Kohzuma; Motoko Chiba; Soichiro Nagano; Toyoaki Anai; Miki U. Ueda; Riichi Oguchi; Kazumasa Shirai; Kousuke Hanada; Kouki Hikosaka; Nobuharu Fujii

  BREEDING SCIENCE, 2017年06月, 査読有り

  
• High prevalence of non-synonymous substitutions in mtDNA of cichlid fishes from Lake Victoria

  Kazumasa Shirai; Nobuyuki Inomata; Shinji Mizoiri; Mitsuto Aibara; Yohey Terai; Norihiro Okada; Hidenori Tachida

  GENE, 2014年12月, 査読有り, 筆頭著者

  

MISC

• Evolutionary rates in the Cichlid Fishes of the Three Great Lakes in East Africa

  Kazumasa Shirai; Nobuyuki Inomata; Mitsuto Aibara; Shinji Mizoiri; Yohey Terai; Norihiro Okada; Hidenori Tachida

  GENES & GENETIC SYSTEMS, 2012年12月

  

講演・口頭発表等

• ゲノム配列に基づいた被子植物種 ごとの炭素固定能力推定モデルの開発

  白井一正

  日本生態学会, 2026年03月12日, 招待有り

  
• 環境変化に応じた植物の転写開始点制御の網羅的解明

  白井一正

  日本進化学会, 2023年08月31日

  
• 日本栽培ダイコンの進化とその起源

  白井一正; 花田耕介

  日本進化学会, 2019年08月08日

  
• 栽培ダイコンの起源を探る

  白井一正

  東北大学 セミナー, 2018年11月21日, 招待有り

  

書籍等出版物

• 合成生物学ハンドブック

  木賀 大介; 蓮沼 誠久; 木賀 大介; 瀧ノ上 正浩; 大竹 和正; 豊田 太郎; 赤嶺 柚希; 車 兪澈; 市橋 伯一; Praful Gagrani; 上村 淳; 小林 徹也; 遠藤 慧; 齊藤 博英; 小野 紘貴; 清水 義宏; 小坂 唯心; 青木 航; 野地 博行; 皆川 慶嘉; 相馬 悠希; 清水 浩; 西田 敬二; 相澤 康則; 金子 真也; 野村M. 慎一郎; 松林 英明; 堀 豊; 山村 雅幸; 松田 史生; 浜田 道昭; 蓮沼 誠久; 柘植 謙爾; 柿澤 茂行; 石川 聖人; 松永 朋子; 青木 遼太; 松永 幸大; 井上 真男; 三宅 良磨; 大木 健二; 金岡 良典; 堀 克敏; 吉本 将悟; 籠谷 勇紀; 重廣 司; 伊川 友活; 田村 あずみ; Aa Haeruman Azam; 千原 康太郎; 氣駕 恒太郎; 浦島 匡; 鯵坂 勝美; 阪中 幹祥; 佐藤 文彦; 山田 泰之; Ogbonna Sochi Judith; 金井 貴蓉; 山野–足立 範子; 大政 健史; 坂井 伶平; 白井 一正; 花田 耕介; Much Zaenal Fanani; 關 光; 松村 浩由; 木下 俊則; 林 優紀; 田中 謙也; 鈴木 研志; 花井 泰三; 駒 大輔; 大橋 博之; 藤原 良介; 棟方 涼介; 南 博道; 中川 明; 武田 知己; 山本 碩満; 湯澤 賢; 加藤 俊介; 本田 孝祐; 戸谷 吉博; 由里本 博也; 阪井 康能; 渡辺 智; 中西 周次; 田畑 裕; 中島田 豊; 福居 俊昭; 若井 暁; 庄司 信一郎; 金森 崇; 末次 正幸; 中町 優斗; 加藤 敬行; 菅 裕明; 古橋 麻衣; 竹内 昌治; 酒井 友希; 守屋 健太; 石崎 公庸; 岩崎 秀雄; 廣田 隆一; 村中 俊哉; 小保方 潤一; 畑 貴之; 佐藤 壮一郎; 松尾 充啓; 野尻 秀昭; 新谷 政己; 前田 太郎; 松尾 真紀子; 小宮 健; 太田 努; 竹下 あすか; 久保田 唯史; 高江 可奈子; 田中 幹人; 川本 思心; 林 真理; 吉澤 剛; 見上 公一; 村瀬 泰菜; 菱山 豊; 四ノ宮 成祥; 三成 寿作; 標葉 隆馬; 藤原 慶, 共著, 第2章 植物学・農業分野への応用 第1節 植物の合成生物学

  (株)エヌ・ティー・エス, 2026年06月

  京大の蔵書を調べる：

  

受賞

• 2021年10月04日

  優秀発表賞（植物インフォマティクス研究会）
• 2020年12月12日

  口頭発表優秀賞（日本育種学会中国地域育種談話会）

外部資金：科学研究費補助金

• 沖縄産野生ダイコンが持つ高温耐性遺伝子の解明

  基盤研究(C)

  小区分39030:園芸科学関連

  京都大学

  白井 一正

  自 2026年04月01日, 至 2029年03月31日, 交付

  高温耐性;環境適応;遺伝資源;アブラナ科;新規ゲノム構築

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26K08788/
• ゲノム解析に基づく被子植物の炭素固定能力を制御する遺伝子の解明

  学術変革領域研究(A)

  学術変革領域研究区分(Ⅳ)

  九州工業大学;京都大学

  白井 一正

  自 2024年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  遺伝子ファミリー;炭素固定能力;被子植物

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-24H01519/
• 日本大根栽培品種の根の成長促進に関わる遺伝子の同定

  若手研究

  小区分39010:遺伝育種科学関連

  九州工業大学

  白井 一正

  自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  ダイコン;進化;ゲノム;栽培化;人為選択

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K14870/
• ゲノム配列に基づいた被子植物種ごとの炭素固定能力推定モデルの開発

  学術変革領域研究(A)

  学術変革領域研究区分(Ⅳ)

  九州工業大学

  白井 一正

  自 2022年06月16日, 至 2024年03月31日, 完了

  炭素固定能力;被子植物;機械学習;ゲノム;遺伝子ファミリー

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-22H05731/
• バナナの抗菌性ペプチドの網羅的探索

  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

  中区分39:生産環境農学およびその関連分野

  九州工業大学

  花田 耕介

  自 2018年10月09日, 至 2022年03月31日, 完了

  バナナ;抗菌性ペプチド;フザリウム;短い遺伝子;抗菌ペプチド;ペプチド

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18KK0176/