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稲垣 宗一

イナガキ ソウイチ

理学研究科 生物科学専攻分子植物科学講座 教授

稲垣 宗一
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    Last Updated :2026/10/20

    基本情報

    学部兼担

    • 理学部

    全学メールアドレス

    • 全学メールアドレス

      inagaki.soichi.4ukyoto-u.ac.jp

    学位

    • 2004年03月25日
      名古屋大学修士(農学)
    • 2008年03月25日
      名古屋大学博士(農学)

    出身学校・専攻等

    • 名古屋大学, 農学部応用生物科学科, 卒業

    経歴

    • 自 2026年04月, 至 現在
      京都大学, 大学院理学研究科 生物科学専攻, 教授
    • 自 2019年09月, 至 2026年03月
      東京大学大学院, 大学院理学系研究科 生物科学専攻, 准教授
    • 自 2017年10月, 至 2021年03月
      国立研究開発法人科学技術振興機構, さきがけ研究者
    • 自 2012年01月, 至 2019年08月
      情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所, 助教

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      Last Updated :2026/10/20

      研究

      研究分野

      • ライフサイエンス, 遺伝学
      • ライフサイエンス, 分子生物学
      • ライフサイエンス, 植物分子、生理科学
      • ライフサイエンス, 応用分子細胞生物学
      • ライフサイエンス, ゲノム生物学

      論文

      • MBD8 is required for LDL2-mediated transcriptional repression downstream of H3K9me2 in Arabidopsis
        Shusei Mori; Akihisa Osakabe; Juliarni; Yuriko Tanaka; Mami Hirayama; Soichi Inagaki; Tetsuji Kakutani
        Nucleic Acids Research, 2026年05月05日, 責任著者
      • WIND1 controls cell fate transition through coordinately integrating histone acetylation and deacetylation-mediated transcriptional reprogramming during somatic embryogenesis
        Akira Iwase; Arika Takebayashi; Fu-Yu Hung; Ayako Kawamura; Yetkin Çaka Ince; Yasuhiro Kadota; Soichi Inagaki; Takamasa Suzuki; Ken Shirasu; Keiko Sugimoto
        Molecular Plant, 2026年05月, 査読有り
      • A Temperature Increase Induces Atf1/Pcr1‐Dependent Rapid Depletion of Histones in Transcriptionally Activated Gene Bodies in Fission Yeast
        Arata Hoshino; Takuya Kajitani; Masaya Oki; Tetsuji Kakutani; Soichi Inagaki
        Genes to Cells, 2026年03月, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • The circadian clock gates lateral root development
        Sota Nomoto; Allen Mamerto; Shiho Ueno; Akari E Maeda; Saori Kimura; Kosuke Mase; Ayano Kato; Takamasa Suzuki; Soichi Inagaki; Satomi Sakaoka; Norihito Nakamichi; Todd P. Michael; Hironaka Tsukagoshi
        2026年01月15日
      • Comparative characterization of chromatin-targeting mechanisms across seven H3K4 methyltransferases in Arabidopsis.
        Satoyo Oya; Susumu Uehara; Hideko Watabe; Juliarni; Yutaka Kodama; Shusei Mori; Akihisa Osakabe; Naoto Tanaka; Takumi Noyori; Mayumi Takahashi; Mika Nomoto; Yasuomi Tada; Tetsuji Kakutani; Soichi Inagaki
        Plant communications, 2026年01月05日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • Sexual life cycle establishes the unicellular red algae Cyanidiophyceae as a genetically tractable model for eukaryotic evolution
        Shunsuke Hirooka; Takayuki Fujiwara; Mark Seger; Soichi Inagaki; Shota Yamashita; Dai Tsujino; Ryo Onuma; Yu Kanesaki; Satoru Watanabe; Yuu Hirose; Ryudo Ohbayashi; Mari Takusagawa; Baifeng Zhou; Reiko Tomita; Fumi Yagisawa; Peter Lammers; Atsuko H Iwane; Shin-ya Miyagishima
        The Plant Cell, 2026年07月02日
      • The transcriptional repressors IAA5 and IAA29 participate in DNA damage-induced stem cell death in Arabidopsis roots
        Naoki Takahashi; Nobuo Ogita; Toshiya Koike; Kohei Nishimura; Soichi Inagaki; Ye Zhang; Takumi Higaki; Masaaki Umeda
        Plant Physiology, 2025年07月03日, 査読有り
      • H3K4me2 orchestrates H2A.Z and Polycomb repressive marks in Arabidopsis
        Takumi Noyori; Shusei Mori; Satoyo Oya; Haruki Nishio; Hiroshi Kudoh; Soichi Inagaki; Tetsuji Kakutani
        Nature Communications, 2025年05月29日, 査読有り, 責任著者
      • Control of plasma membrane-associated actin polymerization specifies the pattern of the cell wall in xylem vessels.
        Saku T Kijima; Takema Sasaki; Yuichiro Kikushima; Daisuke Inoue; Shingo Sakamoto; Yuki Kondo; Soichi Inagaki; Masatoshi Yamaguchi; Nobutaka Mitsuda; Yoshihisa Oda
        Nature communications, 2025年02月26日, 査読有り
      • Centrophilic retrotransposon integration via CENH3 chromatin in Arabidopsis
        Sayuri Tsukahara; Alexandros Bousios; Estela Perez-Roman; Sota Yamaguchi; Basile Leduque; Aimi Nakano; Matthew Naish; Akihisa Osakabe; Atsushi Toyoda; Hidetaka Ito; Alejandro Edera; Sayaka Tominaga; Juliarni; Kae Kato; Shoko Oda; Soichi Inagaki; Zdravko Lorković; Kiyotaka Nagaki; Frédéric Berger; Akira Kawabe; Leandro Quadrana; Ian Henderson; Tetsuji Kakutani
        Nature, 2025年01月01日, 査読有り
      • H3K9 methylation regulates heterochromatin silencing through incoherent feedforward loops
        Kannosuke Yabe; Asuka Kamio; Satoyo Oya; Tetsuji Kakutani; Mami Hirayama; Yuriko Tanaka; Soichi Inagaki
        Science Advances, 2024年06月28日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • Arabidopsis SDG proteins mediate Polycomb removal and transcription-coupled H3K36 methylation for gene activation
        Nobutoshi Yamaguchi; Wang Yicong; Masato Abe; Yuka Kadoya; Takeru Saiki; Kanae Imai; Xuejing Wang; Taiko To; Soichi Inagaki; Takamasa Suzuki; Tetsuji Kakutani; Toshiro Ito
        2024年03月11日
      • Cotranscriptional demethylation induces global loss of H3K4me2 from active genes in Arabidopsis
        Shusei Mori; Satoyo Oya; Mayumi Takahashi; Kazuya Takashima; Soichi Inagaki; Tetsuji Kakutani
        The EMBO Journal, 2023年10月18日, 査読有り, 責任著者
      • Tandemly repeated genes promote RNAi-mediated heterochromatin formation via an antisilencing factor, Epe1, in fission yeast
        Takahiro Asanuma; Soichi Inagaki; Tetsuji Kakutani; Hiroyuki Aburatani; Yota Murakami
        Genes & Development, 2022年12月20日, 査読有り
      • Transcription-coupled and epigenome-encoded mechanisms direct H3K4 methylation
        Satoyo Oya; Mayumi Takahashi; Kazuya Takashima; Tetsuji Kakutani; Soichi Inagaki
        Nature Communications, 2022年08月11日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
      • Silencing and anti-silencing mechanisms that shape the epigenome in plants.
        Soichi Inagaki
        Genes & genetic systems, 2022年02月23日, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者
      • Transcription-coupled and epigenome-encoded mechanisms direct H3K4 methylation
        Satoyo Oya; Mayumi Takahashi; Kazuya Takashima; Tetsuji Kakutani; Soichi Inagaki
        bioRxiv, 2021年06月03日, 最終著者, 責任著者
      • Alterations in hormonal signals spatially coordinate distinct responses to DNA double-strand breaks in Arabidopsis roots
        Naoki Takahashi; Soichi Inagaki; Kohei Nishimura; Hitoshi Sakakibara; Ioanna Antoniadi; Michal Karady; Karin Ljung; Masaaki Umeda
        Science Advances, 2021年06月, 査読有り
      • H3K27me3 demethylases alter HSP22 and HSP17.6C expression in response to recurring heat in Arabidopsis
        Nobutoshi Yamaguchi; Satoshi Matsubara; Kaori Yoshimizu; Motohide Seki; Kouta Hamada; Mari Kamitani; Yuko Kurita; Yasuyuki Nomura; Kota Nagashima; Soichi Inagaki; Takamasa Suzuki; Eng-Seng Gan; Taiko To; Tetsuji Kakutani; Atsushi J. Nagano; Akiko Satake; Toshiro Ito
        Nature Communications, 2021年06月, 査読有り
      • Chromatin-based mechanisms to coordinate convergent overlapping transcription.
        Soichi Inagaki; Mayumi Takahashi; Kazuya Takashima; Satoyo Oya; Tetsuji Kakutani
        Nature plants, 2021年03月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • Author Correction: RNA interference-independent reprogramming of DNA methylation in Arabidopsis.
        Taiko Kim To; Yuichiro Nishizawa; Soichi Inagaki; Yoshiaki Tarutani; Sayaka Tominaga; Atsushi Toyoda; Asao Fujiyama; Frédéric Berger; Tetsuji Kakutani
        Nature plants, 2021年02月
      • The complex world of genetic systems for elaborate gene regulation that enables flexible plant life.
        Soichi Inagaki
        Genes & genetic systems, 2021年, 招待有り
      • RNA interference-independent reprogramming of DNA methylation in Arabidopsis.
        Taiko Kim To; Yuichiro Nishizawa; Soichi Inagaki; Yoshiaki Tarutani; Sayaka Tominaga; Atsushi Toyoda; Asao Fujiyama; Frédéric Berger; Tetsuji Kakutani
        Nature plants, 2020年11月30日, 査読有り, 筆頭著者
      • Removal of repressive histone marks creates epigenetic memory of recurring heat in Arabidopsis
        Nobutoshi Yamaguchi; Satoshi Matsubara; Kaori Yoshimizu; Motohide Seki; Kouta Hamada; Mari Kamitani; Yuko Kurita; Soichi Inagaki; Takamasa Suzuki; Eng-Seng Gan; Taiko To; Tetsuji Kakutani; Atsushi J. Nagano; Akiko Satake; Toshiro Ito
        BioRxiv, 2020年05月
      • Primed histone demethylation regulates shoot regenerative competency.
        Ishihara H; Sugimoto K; Tarr PT; Temman H; Kadokura S; Inui Y; Sakamoto T; Sasaki T; Aida M; Suzuki T; Inagaki S; Morohashi K; Seki M; Kakutani T; Meyerowitz EM; Matsunaga S
        Nature communications, 2019年04月, 査読有り
      • Histone acetylation orchestrates wound-induced transcriptional activation and cellular reprogramming in Arabidopsis.
        Bart Rymen; Ayako Kawamura; Alice Lambolez; Soichi Inagaki; Arika Takebayashi; Akira Iwase; Yuki Sakamoto; Kaori Sako; David S Favero; Momoko Ikeuchi; Takamasa Suzuki; Motoaki Seki; Tetsuji Kakutani; François Roudier; Keiko Sugimoto
        Communications biology, 2019年, 査読有り
      • Gene‐body chromatin modification dynamics mediate epigenome differentiation in  Arabidopsis
        Soichi Inagaki; Mayumi Takahashi; Aoi Hosaka; Tasuku Ito; Atsushi Toyoda; Asao Fujiyama; Yoshiaki Tarutani; Tetsuji Kakutani
        The {EMBO} Journal, 2017年04月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • DNA damage inhibits lateral root formation by up-regulating cytokinin biosynthesis genes in Arabidopsis thaliana
        La Ode Muhammad Muchdar Davis; Nobuo Ogita; Soichi Inagaki; Naoki Takahashi; Masaaki Umeda
        GENES TO CELLS, 2016年11月, 査読有り
      • High-Throughput Analysis of T-DNA Location and Structure Using Sequence Capture
        Soichi Inagaki; Isabelle M. Henry; Meric C. Lieberman; Luca Comai
        PLOS ONE, 2015年10月, 査読有り, 筆頭著者
      • Hairy Root Transformation Using Agrobacterium rhizogenes as a Tool for Exploring Cell Type-Specific Gene Expression and Function Using Tomato as a Model
        Mily Ron; Kaisa Kajala; Germain Pauluzzi; Dongxue Wang; Mauricio A. Reynoso; Kristina Zumstein; Jasmine Garcha; Sonja Winte; Helen Masson; Soichi Inagaki; Fernan Federici; Neelima Sinha; Roger B. Deal; Julia Bailey-Serres; Siobhan M. Brady
        PLANT PHYSIOLOGY, 2014年10月, 査読有り
      • What triggers differential DNA methylation of genes and TEs: Contribution of body methylation?
        S. Inagaki; T. Kakutani
        Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, 2012年, 招待有り, 筆頭著者
      • Programmed induction of endoreduplication by DNA double-strand breaks in Arabidopsis
        Sumiko Adachi; Kazunori Minamisawa; Yoko Okushima; Soichi Inagaki; Kaoru Yoshiyama; Youichi Kondou; Eli Kaminuma; Mika Kawashima; Tetsuro Toyoda; Minami Matsui; Daisuke Kurihara; Sachihiro Matsunaga; Masaaki Umeda
        PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2011年06月, 査読有り
      • CELL-CYCLE CONTROL AND PLANT DEVELOPMENT
        Soichi Inagaki; Masaaki Umeda
        INTERNATIONAL REVIEW OF CELL AND MOLECULAR BIOLOGY, VOL 291, 2011年, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者
      • Autocatalytic differentiation of epigenetic modifications within the Arabidopsis genome.
        Soichi Inagaki; Asuka Miura-Kamio; Yasukazu Nakamura; Falong Lu; Xia Cui; Xiaofeng Cao; Hiroshi Kimura; Hidetoshi Saze; Tetsuji Kakutani
        The EMBO journal, 2010年10月20日, 査読有り, 筆頭著者
      • Control of genic DNA methylation in Arabidopsis
        Soichi Inagaki; Tetsuji Kakutani
        JOURNAL OF PLANT RESEARCH, 2010年05月, 査読有り, 筆頭著者
      • An Arabidopsis jmjC-domain protein protects transcribed genes from DNA methylation at CHG sites
        Soichi Inagaki; Asuka Miura; Miyuki Nakamura; Akie Kobayashi; Hidetoshi Saze; Tetsuji Kakutani
        GENES & GENETIC SYSTEMS, 2009年12月, 査読有り
      • A Link among DNA Replication, Recombination, and Gene Expression Revealed by Genetic and Genomic Analysis of TEBICHI Gene of Arabidopsis thaliana
        Soichi Inagaki; Kenzo Nakamura; Atsushi Morikami
        PLOS GENETICS, 2009年08月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • An Arabidopsis jmjC domain protein protects transcribed genes from DNA methylation at CHG sites
        Asuka Miura; Miyuki Nakamura; Soichi Inagaki; Akie Kobayashi; Hidetoshi Saze; Tetsuji Kakutani
        EMBO JOURNAL, 2009年04月, 査読有り, 筆頭著者
      • Arabidopsis TEBICHI, with helicase and DNA polymerase domains, is required for regulated cell division and differentiation in meristems
        S Inagaki; T Suzuki; M Ohto; H Urawa; T Horiuchi; K Nakamura; A Morikami
        PLANT CELL, 2006年04月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • TONSOKU is expressed in S phase of the cell cycle and its defect delays cell cycle progression in Arabidopsis
        T Suzuki; S Nakajima; S Inagaki; M Hirano-Nakakita; K Matsuoka; T Demura; H Fukuda; A Morikami; K Nakamura
        PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 2005年05月, 査読有り
      • A novel Arabidopsis gene TONSOKU is required for proper cell arrangement in root and shoot apical meristems
        T Suzuki; S Inagaki; S Nakajima; T Akashi; M Ohto; M Kobayashi; M Seki; K Shinozaki; T Kato; S Tabata; K Nakamura; A Morikami
        PLANT JOURNAL, 2004年05月, 査読有り

      MISC

      • Dynamics of gene-body histone modifications mediates heterochromatin silencing in Arabidopsis
        Soichi Inagaki; Mayumi Takahashi; Tetsuji Kakutani
        GENES & GENETIC SYSTEMS, 2016年12月
      • Transgenerational establishment of CG and non-CG DNA methylation patterns in Arabidopsis
        To Taiko; Yoshiaki Tarutani; Kae Kato; Soichi Inagaki; Tasuku Ito; Mayumi Takahashi; Atsushi Toyoda; Asao Fujiyama; Colot Vincent; Tetsuji Kakutani
        GENES & GENETIC SYSTEMS, 2016年12月
      • 腋芽形成に異常を示すシロイヌナズナchestnut変異体の解析
        森上敦; 稲垣宗一; 大藤雅章; 塚越啓央; 塚越啓央; 中村研三
        日本植物生理学会年会要旨集, 2014年
      • Genome maintenance mechanism in polyploid plants
        Soichi Inagaki; Shin Nishigaki; Masaaki Umeda
        GENES & GENETIC SYSTEMS, 2012年12月
      • Analysis of function of Arabidopsis TEBICHI gene in meristem and organ development
        Soichi Inagaki; Kenzo Nakamura; Atsushi Morikami
        PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 2007年
      • Response of Arabidopsis TSA1 and TSA1-likeGenes to wounding and jasmonic acid
        S Inagaki; M Shamoto; T Suzuki; A Morikami; K Nakamura
        PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 2006年
      • Functional analysis of Arabidopsis TEBICHEE gene which is involved in both maintenance of meristem structure and cell division.
        S Inagaki; T Suzuki; M Ohto; H Urawa; T Horiuchi; K Nakamura; A Morikami
        PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 2005年
      • Root meristem maintenance and cell division control
        A Morikami; T Suzuki; S Inagaki; K Nakamura
        PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 2004年
      • Characterization of a novel Arabidopsis mutant with disorganized meristem structure
        S Inagaki; T Suzuki; M Ohto; K Nakamura; A Morikami
        PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 2003年

      講演・口頭発表等

      • エピゲノムによる植物の環境適応制御
        稲垣宗一
        日本植物生理学会第62回年会シンポジウム「フィールドでの植物応答の制御に向けた植物環境適応機構の解明」, 2021年03月15日, 招待有り
      • アンチセンス転写を介したクロマチン制御と植物の環境応答
        稲垣宗一
        日本植物学会第84回大会シンポジウム「植物環境応答の頑健性と柔軟性」, 2020年09月20日, 招待有り
      • Control of convergently transcribed genes through modulating gene-body chromatin modification
        Soichi Inagaki
        Gordon Research Conference on Epigenetics, 2019年07月24日, 招待有り
      • エピゲノム分化と植物発生に重要な"gene body"クロマチン修飾動態の解析
        稲垣 宗一
        日本発生生物学会秋季シンポジウム, 2016年10月20日, 招待有り
      • Genetic disseiction of DNA damage response and endopolyploidy in Arabidopsis
        Inagaki, S
        2012 CSHL Syposium:The Biology of Plants, 2012年
      • Genetics of DNA methylation in genes and transposons in Arabidopsis
        Kakutani T; Saze H; Miura A; Inagaki S; Kobayashi A; Nakamura M; Tsukahara S; Fu Y
        第32回分子生物学会年会シンポジウムEmerging power of epigenomics in life science, 2009年12月10日
      • シロイヌナズナのjumonjiドメイン蛋白質が転写されている遺伝子のDNAメチル化を防ぐ
        稲垣宗一; 三浦明日香; 中村みゆき; 小林啓恵; 佐瀬英俊; 角谷徹仁
        日本遺伝学会第81回大会, 2009年09月16日

      受賞

      • 2020年09月18日
        日本遺伝学会奨励賞

      外部資金:科学研究費補助金

      • エピゲノム情報読み取り機構とその機能の解明
        基盤研究(B)
        小区分43050:ゲノム生物学関連
        東京大学
        稲垣 宗一
        自 2025年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付
        エピゲノム;リーダー
      • H3K9メチル化によるヘテロクロマチン化ブレーキ制御のメカニズム解明
        挑戦的研究(萌芽)
        中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
        東京大学
        稲垣 宗一
        自 2024年06月28日, 至 2027年03月31日, 交付
        ヘテロクロマチン;エピゲノム;ヒストン修飾;植物;転写抑制
      • 非コード転写とエピゲノムによる植物の環境応答制御機構の解明
        基盤研究(B)
        小区分38060:応用分子細胞生物学関連
        東京大学
        稲垣 宗一
        自 2024年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付
        エピゲノム;非コード転写;シロイヌナズナ;環境応答;植物;転写制御;非コードRNA
      • 植物の不均一環境変動への応答を支える多層的エピゲノム制御機構
        学術変革領域研究(A)
        学術変革領域研究区分(Ⅲ)
        沖縄科学技術大学院大学
        佐瀬 英俊
        自 2020年11月19日, 至 2025年03月31日, 完了
        エピゲノム制御;環境ストレス;植物ゲノム;病原体応答;環境応答
      • 不均一環境変動に対する植物のレジリエンスを支える多層的情報統御の分子機構
        学術変革領域研究(A)
        学術変革領域研究区分(Ⅲ)
        京都大学
        松下 智直
        自 2020年11月19日, 至 2025年03月31日, 交付
        植物;環境応答;不均一環境;レジリエンス
      • 遺伝学とナチュラルバリエーションを用いた倍数体植物のDNA ダメージ 耐性機構の解明
        若手研究(B)
        国立遺伝学研究所
        稲垣 宗一
        自 2011年04月01日, 至 2013年03月31日, 完了
        植物;倍数性;ゲノム維持;遺伝;DNA損傷;シロイヌナズナ;相同組換え
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        Last Updated :2026/10/20

        教育

        担当科目

        • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
          生物科学課題研究11
          8714, 通年集中, 理学部, 12
        • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
          植物分子遺伝学II
          8731, 後期, 理学部, 2
        • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
          生物学セミナーB
          4732, 後期, 理学部, 2
        • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
          生物学実習D
          3765, 後期集中, 理学部, 2
        • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
          分子生物学II
          2703, 後期, 理学部, 2
        • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
          植物分子遺伝学ゼミナールB
          8521, 後期, 理学研究科, 2
        • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
          植物分子遺伝学ゼミナールA
          8520, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
          植物分子遺伝学特論A
          8560, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
          植物分子遺伝学ゼミナールD
          8523, 後期, 理学研究科, 2
        • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
          植物分子遺伝学ゼミナールC
          8522, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
          植物分子遺伝学特論B
          8561, 後期, 理学研究科, 2

        非常勤講師

        • 自 2026年10月01日, 至 2027年03月31日
          東京大学, 理学部
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          Last Updated :2026/10/20

          大学運営

          部局運営(役職等)

          • 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日
            理学研究科 大学院教育常任委員会委員

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