山置佑大(エネルギー理工学研究所エネルギー利用過程研究部門)

山置佑大

ヤマオキユウダイ

エネルギー理工学研究所エネルギー利用過程研究部門助教

Last Updated :2025/05/26

基本情報

協力講座

エネルギー科学研究科, エネルギー基礎科学専攻エネルギー物質科学講座, 助教

所属学協会

日本化学会

日本核酸化学会

日本蛋白質科学会

日本分子生物学会

日本核磁気共鳴学会

日本RNA学会

日本生物物理学会

学位

修士（理学）(立命館大学)

博士（エネルギー科学）(京都大学)

経歴

自 2020年04月, 至現在
京都大学, エネルギー理工学研究所, 助教

自 2016年02月, 至 2020年03月
京都大学, エネルギー理工学研究所, 研究員

自 2013年04月, 至 2015年03月
日本学術振興会特別研究員

使用言語

日本語

英語

ID,URL

ORCID ID
0000-0002-8927-4985
J-Global ID
201801015797365179
研究者番号
00778095
外部リンク
http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/bio/

researchmap URL

https://researchmap.jp/read0125

Last Updated :2025/05/26

研究

研究テーマ・研究概要

研究テーマ
分子混在環境下における生体高分子の構造、ダイナミクス、相互作用の解析とその応用
研究概要
生体内では、多種多様な生体高分子が非常に高密度に混在しているにも関わらず、多様な反応が混線することなく制御されており、精製過程を経ることなく並行して多段階の反応が可能な高効率な物質合成システムが確立されています。NMR法などを用いることで、実際にこれらの生体高分子が働く生きた細胞内等でその立体構造、ダイナミクス、相互作用や活性などを知り、これらの制御方法を学ぶことで高効率、かつ、低エネルギー消費の物質創出システムの構築を目指しています。

研究キーワード

DNA複製

生物物理学

ダイナミクス

分子間相互作用

構造生物学

アミロイド

木質バイオマス

RNAアプタマー

リグニン

細胞構造生物学

核酸化学

高圧

リボザイム

i-motif

グアニン四重鎖

in-cell NMR

核酸構造

研究分野

ライフサイエンス, 生物物理学

ライフサイエンス, 構造生物化学

ナノテク・材料, 生体化学

ナノテク・材料, 生物分子化学

論文

NMR characterization of the structure of the intrinsically disordered region of human origin recognition complex subunit 1, hORC1, and of its interaction with G-quadruplex DNAs
Afaf Eladl*; Yudai Yamaoki*; Keisuke Kamba*; Shoko Hoshina; Haruka Horinouchi; Keiko Kondo; Shou Waga; Takashi Nagata; Masato Katahira (*: equally contributed)
Biochemical and Biophysical Research Communications, 2023年10月, 査読有り, 筆頭著者

Complex formation of an RNA aptamer with a part of HIV-1 Tat through induction of base triples in living human cells proved by in-cell NMR
Omar Eladl*; Yudai Yamaoki*; Keiko Kondo; Takashi Nagata; Masato Katahira (*: equally contributed)
International Journal of Molecular Sciences, 2023年05月, 査読有り, 筆頭著者

Shedding light on the base-pair opening dynamics of nucleic acids in living human cells
Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Keiko Kondo; Tomoki Sakamoto; Shohei Takami; Masato Katahira
Nature Communications, 2022年11月, 査読有り, 筆頭著者
この論文にアクセスする：

Detection of interaction between an RNA aptamer and its target compound in living human cells using 2D in-cell NMR
Omar Eladl*; Yudai Yamaoki*; Keiko Kondo; Takashi Nagata; Masato Katahira (*: equally contributed)
Chemical Communications, 2022年11月, 査読有り, 筆頭著者

Small-angle X-ray scattering data of a guanine-rich DNA derived from the promoter region of c-MYC gene in solution
Kohei Miyauchi; Hiroshi Imamura; Yudai Yamaoki; Minoru Kato
Data in Brief, 2022年05月, 査読有り

Detection of parallel and antiparallel DNA triplex structures in living human cells using in-cell NMR
Tomoki Sakamoto*; Yudai Yamaoki*; Takashi Nagata; Masato Katahira (*: equally contributed)
Chemical Communications (Selected as a HOT article), 2021年06月, 査読有り, 筆頭著者

Investigation of the interaction of human origin recognition complex subunit 1 with G-quadruplex DNAs of human c-myc promoter and telomere regions
Afaf Eladl*; Yudai Yamaoki*; Shoko Hoshina; Haruka Horinouchi, Keiko; Kondo; Shou Waga; Takashi Nagata; Masato Katahira (*: equally contributed)
International Journal of Molecular Sciences, 2021年03月, 査読有り, 筆頭著者

Paper crafting for introduction of an alpha-helix of proteins
Hiroshi Imamura; Yudai Yamaoki
Ritsumeikan Higher Educational Studies, 2021年03月, 査読有り

Observation of nucleic acids inside living human cells by in-cell NMR spectroscopy
Yamaoki Y, Nagata T, Sakamoto T, Katahira M.
Biophys. Physicobiol., 2020年, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者

Recent progress of in-cell NMR of nucleic acids in living human cells
Yamaoki, Y., Nagata, T., Sakamoto, T., Katahira, M.
Biophys. Rev., 2020年, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者

RNA sequence and length contribute to RNA-induced conformational change of TLS/FUS
Hamad, N, Mashima, T, Yamaoki, Y, Kondo, K, Yoneda, R, Oyoshi, T, Kurokawa, R, Nagata, T, Katahira, M
Sci. Rep., 2020年, 査読有り

The anti-prion RNA aptamer R12 disrupts the Alzheimer’s disease-related complex between prion and amyloid β
Iida, M; Mashima, T; Yamaoki, Y; So, M; Nagata, T; Katahira, M
FEBS J., 2019年, 査読有り

Versatility of RNA-Binding Proteins in Living Cells
Riki Kurokawa; Akihide Takeuchi; Nobuyuki Shiina; Masato Katahira; Takefumi Yamashita; Yoko Matsuno; Keisuke Hitachi; Shinsuke Ishigaki; Nesreen Haamad; Ryoma Yoneda; Naomi Ueda; Kei Iida; Motoyasu Hosokawa; Masatoshi Hagiwara; Mamiko Iida; Tsukasa Mashima; Yudai Yamaoki; Masatomo So; Takashi Nagata; Gen Sobue; Keiko Kondo; Hiroki Watanabe; Takayuki Uchihashi
Biomedical Sciences, 2019年, 査読有り

Analysis of Interactions between Telomeric i-Motif DNA and a Cyclic Tetraoxazole Compound
Sedghi; Masoud S*; Yamaoki, Y*; Ma, Y; Marchand, A; Winnerdy, F. R; Gabelica, V; Phan, A. T; Katahira, M; Nagasawa, K (*: equally contributed)
ChemBioChem, 2018年11月, 査読有り, 筆頭著者

Multiplicity in Long Noncoding RNA in Living Cells
Kurokawa, R; Komiya, R; Oyoshi, T; Matsuno, Y; Tani, H; Katahira, M; Hitachi, K; Iwashita, Y; Yamashita, T; Kondo, K; Yoneda, R; Yamaoki, Y; Ueda, N; Mashima, T; Kobayashi, N; Nagata, T; Kiyoishi, A; Miyake, M; Kano, F; Murata, M; Hamad, N; Sasaki, K; Shoji, N
Biomed. Sci., 2018年08月, 査読有り

Selective alkylation of T-T mismatched DNA using vinyldiaminotriazine-acridine conjugate
Kazumitsu Onizuka; Akira Usami; Yudai Yamaoki; Tomohito Kobayashi; Madoka E. Hazemi; Tomoko Chikuni; Norihiro Sato; Kaname Sasaki; Masato Katahira; Fumi Nagatsugi
Nucleic Acids Research, 2018年02月16日, 査読有り
この論文にアクセスする：

The first successful observation of in-cell NMR signals of DNA and RNA in living human cells
Yudai Yamaoki; Ayaka Kiyoishi; Masayuki Miyake; Fumi Kano; Masayuki Murata; Takashi Nagata; Masato Katahira
Physical Chemistry Chemical Physics (Selected as a HOT article), 2018年02月07日, 査読有り, 筆頭著者

Development of an RNA aptamer that acquires binding capacity against HIV-1 Tat protein via G-quadruplex formation in response to potassium ions
Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Tsukasa Mashima; Masato Katahira
Chemical Communications, 2017年07月, 査読有り, 筆頭著者

K+-responsive off-to-on switching of hammerhead ribozyme through dual G-quadruplex formation requiring no heating and cooling treatment
Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Tsukasa Mashima; Masato Katahira
Biochemical and Biophysical Research Communications, 2015年12月, 査読有り, 筆頭著者
この論文にアクセスする：

Boosting of activity enhancement of K+-responsive quadruplex hammerhead ribozyme
Yudai Yamaoki; Tsukasa Mashima; Takashi Nagata; Masato Katahira
Chemical Communications, 2015年, 査読有り, 筆頭著者
この論文にアクセスする：

An FT-IR study on packing defects in mixed β-aggregates of poly(L-glutamic acid) and poly(D-glutamic acid): a high-pressure rescue from a kinetic trap
Yamaoki, Y; Imamura, H; Fulara, A; Wójcik, S; Bożycki, Ł; Kato, M; Keiderling, T. A; Dzwolak, W
J. Phys. Chem. B, 2012年05月, 査読有り, 筆頭著者

MISC

The binding of human origin recognition complex subunit 1 to various G-quadruplex structure
Shou Waga; Yudai Yamaoki; Kensei Horie; Tomoki Sakamoto; Chihiro Nakayama; Taisei Masunaga; Keiko Kondo; Takashi Nagata; Masato Katahira
The 15th International Symposium of Advanced Energy Science, 2024.12.10-13, 2024年12月10日

The analysis of translational and rotational motion of bio-molecules in nucleic acid condensates by NMR
Riki Kurokawa; Yudai Yamaoki; Makoto Shimizu; Aika Kawakami; Keiko Kondo; Tomoki Sakamoto; Takashi Nagata; Masato Katahira
The 15th International Symposium of Advanced Energy Science, 2024.12.10-13, 2024年12月10日

Investigation of the structure and interaction of an RNA aptamer targeting α-synuclein using NMR
X. Li; Y. Yamaoki; O. Eladl; T. Nagata; K. Murakami; M. Katahira
The 15th International Symposium of Advanced Energy Science, 2024.12.10-13, 2024年12月10日

In-cell NMR法によるヒト生細胞内における核酸の構造、ダイナミクス、リガンド相互作用の解析
山置佑大; 永田崇; 近藤敬子; 阪本知樹; Eladl Omar; 片平正人
第47回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場, 2024.11.27-29 2024年11月27日 2024年11月27日, 2024年11月27日

NMRを用いたαシヌクレインを標的とするRNAアプタマーの構造と相互作用の解析
Li Xiang; 山置佑大; Eladl Omar; 永田崇; 村上一馬; 片平正人; Xiang Li; Yudai Yamaoki; Omar Eladl; Takashi Nagata; Kazuma Murakami; Masato Katahira
第47回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場, 2024.11.27-29 2024年11月27日, 2024年11月27日

液液相分離による核酸から成るコンデンセートのダイナミクスのNMR法を用いた解析
清水まこと; 川上愛加; 山置佑大; 近藤敬子; 阪本知樹; 永田崇; 片平正人
第47回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場, 2024.11.27-29 2024年11月27日 2024年11月27日, 2024年11月27日

In-cell NMR study on structure, dynamics, and interaction with ligands of nucleic acids in living human cells
Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Tomoki Sakamoto; Omar Eladl; Keiko Kondo; Masato Katahira
4th Switzerland-Japan Biomolecular Chemistry Symposium (SJBCS2024), Obaku Plaza on the Uji Campus, Kyoto University, SJBCS2024 organizing committee, 2024年11月07日

NMR Analysis of Nucleic Acids in Molecular Crowding Environments
永田崇; 阪本知樹; 清水まこと; 川上愛加; 近藤敬子; 山置佑大; 片平正人
第63回NMR討論会（2024）, 北海道大学学術交流会館, 日本核磁気共鳴学会, 2024年10月30日

In-cell NMR法によるヒト細胞内におけるHIV Tat捕捉RNAアプタマーと標的分子との相互作用の解析
山置佑大; Eladl Omar; 近藤敬子; 永田崇; 片平正人
第18回バイオ関連化学シンポジウム, つくば国際会議場, 日本化学会生体機能関連化学部会・日本化学会バイオテクノロジー部会, 2024年09月12日

In-cell NMR study on structure, dynamics, and ligand interactions of nucleic acids in living human cells
Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Tomoki Sakamoto; Omar Eladl; Keiko Kondo; Masato Katahira
"XXV International Round Table on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids (IRT2024)" , "Katsushika Campus, Tokyo University of Science", International Society of Nucleosides, Nucleotides, & Nucleic Acide, and The Japan Society of Nucleic Acids Chemistry, 2024年09月03日

DNA-RNAハイブリッドグアニン四重鎖の構造およびリガンドとの相互作用の分光学的解析
堀江健生; 増永泰成; 山置佑大; 近藤敬子; 中山千尋; 永田崇; 片平正人
第24回若手NMR研究会, タカオネ（東京都八王子市）, 若手NMR研究会, 2024年09月02日

Investigation of the structure and interaction of an RNA aptamer targeting α-synuclein using NMR
Xiang Li; Yudai Yamaoki; Omar Eladl; Takashi Nagata; Kazuma Murakami; Masato Katahira
第24回若手NMR研究会, タカオネ（東京都八王子市）, 若手NMR研究会, 2024年09月02日

In-cell NMR analysis on base-pair opening dynamics and interactions with ligands of nucleic acids in living human cells
Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Tomoki Sakamoto; Omar Eladl; Keiko Kondo; Masato Katahira
2024 IUPAB CONGRESS + 62nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 2024.06.24-28, 2024年06月

Structure, dynamics, and interaction with ligands of nucleic acids in living human cells analyzed by in-cell NMR
Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Tomoki Sakamoto; Omar Eladl; Keiko Kondo; Masato Katahira
the 3rd International Symposium on Biofunctional Chemistry (ISBC2024), Toyoda Auditorium, Nagoya University, Nagoya, Aichi, Japan, Division of Biofunctional Chemistry, The Chemical Society of Japan, 2024年04月24日

NMR法によるDNA-RNA;ハイブリッドグアニン四重鎖構造と特異性が予想される化合物との相互作用解析
増永泰成; 山置佑大; 中山千尋; 近藤敬子; 永田崇; 片平正人
第46回日本分子生物学会年会, 神戸ポートアイランド, 2023.12.6-8, 2023年12月

分子込み合い環境中における三重鎖構造DNAの塩基対開閉ダイナミクスのNMR法による解析
阪本知樹; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
第46回日本分子生物学会年会, 神戸ポートアイランド, 2023.12.6-8, 2023年12月

NMR法によるDNA-RNA ハイブリッドグアニン四重鎖構造とペプチドの相互作用解析
増永泰成; 山置佑大; 中山千尋; 近藤敬子; 永田崇; 片平正人
第61回日本生物物理学会年会, 名古屋国際会議場, 2023.11.14-16, 2023年11月

In-cell NMR study of the structure and interaction of an RNA aptamer targeting HIV-1 Tat within living human cells
Omar Eladl; Yudai Yamaoki; Keiko Kondo; Takashi Nagata; Masato Katahira
ISNAC 2023, Miyazaki Civic Plaza, 2023.11.1-3, 2023年11月

DNA液滴の内部環境をNMRで調べる試み
永田崇; 山置佑大; 川上愛加; 近藤敬子; 阪本知樹; 片平正人
第62回NMR討論会(2023), 横須賀芸術劇場, 2023.11.7-9, 2023年11月, 査読有り

分子込み合い環境がDNA三重鎖構造の塩基対の開閉ダイナミクスに及ぼす影響の解析
阪本知樹; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
第62回NMR討論会(2023), 横須賀芸術劇場, 2023.11.7-9, 2023年11月, 査読有り

In-cell NMR法によるヒト細胞内におけるHIV Tat捕捉RNAアプタマーと標的分子との相互作用の解析
山置佑大; Eladl Omar; 近藤敬子; 永田崇; 片平正人
第62回NMR討論会(2023), 横須賀芸術劇場, 2023.11.7-9, 2023年11月, 査読有り

Unveiling Atomic-Level Insights into the Influence of Molecular Crowding Environments on Base-Pair Opening/Closing Dynamics in Parallel DNA Triplex Structures
Tomoki Sakamoto; Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Masato; Katahira
ISNAC 2023, Miyazaki Civic Plaza, 2023.11.1-3, 2023年11月

ヒト生細胞内核酸の構造ダイナミクスの in-cell NMR法による解析
山置佑大; 永田崇; 近藤敬子; 阪本知樹; Eladl Omar; 片平正人
第17回バイオ関連化学シンポジウム, 第38回生体機能関連化学シンポジウム, 第26回バイオテクノロジー部会シンポジウム, 東京理科大学野田キャンパス薬学部, 2023.9.8-10, 2023年09月

Analyzing Dynamics of Base-Pair Opening in DNA Triplex Structures under Molecular Crowding Environment
Tomoki Sakamoto; Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Masato Katahira
ISMAR 2023, Brisbane, 2023.8.20-25, 2023年08月

ヒト生細胞内におけるDNA三重鎖構造形成の初観測および分子込み合い環境下におけるDNA三重鎖構造の塩基対開閉ダイナミクスの解析
阪本知樹; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
第103回日本化学会2023,東京理科大学野田キャンパス, 2023.3.22-25, 2023年03月

核酸から成る液滴のNMR法を用いた物理化学的解析
川上愛加; 山置佑大; 近藤敬子; 阪本知樹; 永田崇; 片平正人
第45回日本分子生物学会年会日本生物物理学会共催, 幕張メッセ, 2022.11.30-12.2, 2022年12月

Base-pair opening dynamics and interactions with ligands of nucleic acids in living human cells studied by in-cell NMR
Yudai Yamaoki; Omar Eladl; Keiko Kondo; Tomoki Sakamoto; Takashi Nagata; Masato Katahira
ISNAC 2022, Tokyo Univ. Sci., 2022.11.2-4, 2022年11月02日, 査読有り

In-cell NMR法によるヒト生細胞内における核酸の塩基対開閉ダイナミクスの解析
山置佑大; 永田崇; 近藤敬子; 阪本知樹; Eladl Omar; 片平正人
第61回NMR討論会(2022), 高知県立県民文化ホール, 2022.11.8-10, 2022年11月, 査読有り

分子込み合い環境下におけるDNA三重鎖構造の塩基対の開閉ダイナミクスの緩和分散法を用いた解析
阪本知樹; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
第61回NMR討論会(2022), 高知県立県民文化ホール, 2022.11.8-10, 2022年11月, 査読有り

ヒト生細胞内環境における三重鎖DNA分子の構造及びダイナミクスの解析
阪本知樹; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
第60回日本生物物理学会年会,2022.9.28-30, 函館アリーナ・函館市民会館、ハイブリッド, 2022年09月28日

Investigation of the structural dynamics and interactions of RNAs in living human cells by in-cell NMR
Yudai Yamaoki; Omar Eladl; Keiko Kondo; Tomoki Sakamoto; Takashi Nagata; Masato Katahira
第23回日本RNA学会,みやこめっせ,京都, 2022.7.20-22, 2022年07月

The structure and dynamics of DNA and RNA in living human cells studied by in-cell NMR
Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Tomoki Sakamoto; Shohei Takami; Masato Katahira
Pacifichem 2021, virtual, 2021年12月16日, 査読有り

NMR法によるDNA-RNAハイブリッドグアニン四重鎖とアルギニンーグリシンリッチペプチドの相互作用解析
中山千尋; 山置佑大; 近藤敬子; 永田崇; 片平正人
第 44 回日本分子生物学会年会, 2021.12.1-3, パシフィコ横浜, 2021年12月

Study of the Interaction Between Human Origin Recognition Complex Subunit 1 and G-quadruplex Forming Nucleic Acids
Afaf Eladl; Yudai Yamaoki; Shoko Hoshina; Haruka Horinouchi; Keiko Kondo; Takashi Nagata; Shou Waga; Masato Katahira
Joint Conference of ISMAR-APNMR-NMRSJ-SEST 2021, on-line, 21.08.23-27, 2021年08月22日, 査読有り

In-cell NMR Analysis of the Structure and Dynamics of Hairpin and G-quadruplex Structures in the Living Human Cells
Yamaoki Y; Nagata T; Kondo K; Sakamoto T; Takami S; Katahira M
Joint Conference of ISMAR-APNMR-NMRSJ-SEST 2021, on-line, 21.08.23-27, 2021年08月22日, 査読有り

In-cell NMR analysis of the DNA triplex structures inside the living human cells
Sakamoto T; Yamaoki Y; Nagata T; Katahira M
Joint Conference of ISMAR-APNMR-NMRSJ-SEST 2021, on-line, 21.08.23-27, 2021年08月22日, 査読有り

Investigation of the interaction between human origin recognition complex subunit 1 and G-rich DNAs
A. Eladl; Y. Yamaoki; S. Hoshina; H. Horinouchi, K; Kondo; O. Eladl; T. Nagata; S. Waga
第43 回日本分子生物学会年会, 2020.12.2-4, オンライン開催, 2020年12月

In-cell NMR法を用いた非標準構造を形成する核酸の構造安定性の解析
阪本知樹; 山置佑大; 加納ふみ; 村田昌之; 永田崇; 片平正人
第100回日本化学会年会, 2020.3.22-25, 東京理科大学, 2020年03月22日

In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内のDNAおよびRNAの構造安定性評価
山置佑大, 永田崇, 高見昇平, 阪本知樹, 片平正人
第58回NMR討論会(2019)(NMR討論会・SEST2019連合大会), 川崎市コンベンションホール(川崎)2019.11.7-9 2019年11月, 2019年11月09日

In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内核酸の構造およびダイナミクスの評価
山置佑大, 永田崇, 清石彩華, 三宅雅之, 加納ふみ, 村田昌之, 片平正人
第57回日本生物物理学会年会, シーガイア(宮崎), 2019.9.24-26, 2019年09月

In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内の核酸の構造と安定性の評価
山置佑大; 永田崇; 清石彩華; 三宅雅之; Lin Kuan-Heng; 高見昇平; 加納ふみ; 村田昌之; 片平正人
第21回日本RNA学会年会, 東京大学, 2019.07.17-19, 2019年07月

Disruption of the Alzheimer’s disease-related complex between prion and amyloid β by an anti-prion aptamer
T. Mashima; M. Iida; Y. Yamaoki; M. So; T. Nagata; M. Katahira
Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry (CISNAC) 2019, Konan University, 2019.07.22-24, 2019年07月

In-cell NMR studies on structure and dynamics of DNA and RNA introduced inside the living human cells
Yamaoki Y; Nagata T; Kiyoishi A; Miyake M; Lin K; Takami S; Kano F; Murata M; Katahira M
ISNAC2018, Kyoto Univ (Kyoto), 2018.11.7-9, 2018年11月

In-cell NMR法によるヒト細胞内DNAおよびRNAの観測
山置佑大; 清石彩華; 三宅雅之; 加納ふみ; 村田昌之; 永田崇; 片平正人
第56回NMR討論会首都大学東京（八王子市）, 2017.11.14-16, 2017年11月

Development of K+-responsive Tat-binding RNA aptamer and hammerhead ribozyme
Y. Yamaoki
FIBER FUTURE COLLEGE 35, 2017年01月, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者

プリオンタンパク質とプリオンタンパク質を標的とするRNA分子のAβ線維化への影響
飯田真美子; 真嶋司; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
第54回日本生物物理学会年会、つくば国際会議場（つくば市）、2016.11.25-27, 2016年11月

K+-responsive Activation of Ribozyme System via Structural Transition from Duplex to Dual-quadruplex Requiring no Heating and Cooling Treatment
Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Tsukasa Mashima; Masato Katahira
The XXVIIth International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems, 国立京都国際会館（京都市）、2016.21-26, 2016年08月

カリウムイオンを認識して活性をオフからオンへと切り替えるTat結合RNAアプタマーおよびハンマーヘッドリボザイムの開発
山置佑大; 永田崇; 真嶋司; 片平正人
新学術領域「柔らかな分子系」第 16 回ワークショップ, 2016年06月

Creation of novel Tat-binding aptamer and ribozyme whose activities switch on in response to K+ via quadruplex formation
Y. Yamaoki; T. Mashima; T. Nagata; M. Katahira
The 41st International Symposium on Nucleic Acids Chemistry.Fukuoka, 2014年11月

カリウムイオン濃度を感知して活性がオンになるインテリジェントリボザイムの創製
山置佑大; 真嶋司; 櫻井佑; 原ゆかり; 永田崇; 片平正人
第14回日本RNA学会年会, 仙台, 2012.7.18-20, 2012年07月

分子クラウディング環境が三重鎖構造DNAの構造ダイナミクスに与える影響のNMR法を用いた解析
阪本知樹; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
学術変革領域研究(A)「物質共生」領域会議, 九州大学病院キャンパス, 2023年05月16日

分子クラウディング環境が三重鎖構造DNAの構造ダイナミクスに与える影響のNMR法を用いた解析
阪本知樹; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
学術変革領域研究(A)「物質共生」若手シンポジウム, 九州大学病院キャンパス, 2023年05月15日

分子込み合い環境中における三重鎖構造DNAの塩基対開閉ダイナミクスのNMR法による解析
阪本知樹; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
第45回日本分子生物学会年会日本生物物理学会共催, 幕張メッセ, 2022.11.30-12.2, 2022年12月

NMR法による核酸のコンデンセートおよびヒト生細胞内における核酸の塩基対開閉ダイナミクスの解析
山置佑大; 永田崇; 川上愛加; 阪本知樹; ELADL Omar; 近藤敬子; 片平正人
第45回日本分子生物学会年会日本生物物理学会共催, 幕張メッセ, 2022.11.30-12.2, 2022年12月

In-cell NMR法による非標準構造を形成するDNAのヒト生細胞内観測
阪本知樹; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月

Promoter associated non-coding RNA, pncRNA, can diminish the aggregation of TLS caused by shearing stress
Hamad NH; Mashima T; Yamaoki Y; Kondo K; Yoneda R; Kurokawa R; Nagata T; Katahira, M
第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場(福岡)2019.12.3-6, 2019年12月

ヒト生細胞内における核酸の非標準構造および構造安定性のin-cell NMR法を用いた解析
阪本知樹; 山置佑大; 加納ふみ; 村田昌之; 永田崇; 片平正人
第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場(福岡)2019.12.3-6, 2019年12月

In-cell NMR法によるヒト生細胞内の核酸の構造およびダイナミクスの解析
山置佑大; 永田崇; 阪本知樹; 高見昇平; 加納ふみ; 村田昌之; 片平正人
第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場(福岡)2019.12.3-6, 2019年12月

In-cell NMR法によるヒト生細胞内における核酸‐リガンド相互作用の解析
高見昇平; 山置佑大; 加納ふみ; 村田昌之; 坂本秦一; 原田和雄; 永田崇; 片平正人
第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場(福岡)2019.12.3-6, 2019年12月

The observation of in-cell NMR signals of nucleic acids in living human cells
Yamaoki Y; Kiyoishi A; Miyake M; Lin KH; Kano F; Murata M; Nagata T; Katahira M
7th International Meeting of Quadruplex Nucleic Acids, Changchun, 2019.09.06-09, 2019年09月

Fractionation and analysis of lignin-carbohydrate complex using lignin-degrading enzymes
Saho Kashima; Hiroshi Nishimura; Shizuka Sakon; Misato Yamada; Yasuhiro Shimane; Yukari Ohta; Keiko Kondo; Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Masato Katahira; Takashi Watanabe
1st International Lignin Symposium (ILS), 20190914, Hokkaido Univ., 2019年09月

The interaction analysis of a cyclic tetraoxazole with telomeric i-motif DNA
Masoud, S. S; Yamaoki, Y; Ma, Y; Marchand, A; Winnerdy, F. R; Gabelica, V; Phan, A. T; Katahira, M; Nagasawa, K
Japan Society of Nucleic Acids Chemistry, 2018年11月

In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内の核酸の解析
山置佑大; 永田崇; 清石彩華; 三宅雅之; Lin Kuan-Heng; 高見昇平; 加納ふみ; 村田昌之; 片平正人
第41回日本分子生物学会年会, パシフィコ横浜(横浜)2018.11.28-30, 2018年11月

An RNA aptamer disrupts the interaction of prion protein with Amyloid β
Iida M; Mashima T; Yamaoki Y; So M; Nagata T; Katahira M
第56回日本生物物理学会年会、岡山大学 (岡山)、2018.9.15-17, 2018年09月

In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内のDNAおよびRNAの構造とダイナミクスの解析
山置佑大; 永田崇; 清石彩華; 三宅雅之; 加納ふみ; 村田昌之; 片平正人
第57回NMR討論会札幌コンベンションセンター（札幌市）, 2018.9.18-20, 2018年09月

Fractionation and analysis of lignin-carbohydrate complex in wood cell wall
Saho Kashima; Hiroshi Nishimura; Shizuka Sakon; Misato Yamada; Yukari Ohta; Keiko Kondo; Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Masato Katahira; Takashi Watanabe
The 3rd Asia Research Node Symposium on Humanosphere Science, NCHU, Taiwan, 20180926: P19, 2018年09月

Observation of imino proton signals of DNA and RNA introduced inside the living human cells by using in-cell NMR spectroscopy
Yamaoki Y; Nagata T; Kiyoishi Y; Miyake M; Kano F; Murata M; Katahira M
XXVIII International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems, Univ Col Dublin (Ireland), 2018.8.19-24, 2018年08月

抗プリオンアプタマーによるプリオンタンパク質とアミロイドβの相互作用の阻害
飯田真美子; 真嶋司; 山置佑大; 宗正智; 永田崇; 片平正人
第20回日本RNA学会年会2018.7.9-11ホテルコスモスクエア国際交流センター(大阪), 2018年07月

Detection of different conformational changes of Translocated in liposarcoma, TLS, upon its binding to various nucleic acids
Nesreen Hamad; Tsukasa Mashima; Yudai Yamaoki; Hiroki Watanabe; Takayuki Uchihashi; Riki Kurokawa; Takashi Nagata; Masato Katahira
第18回日本蛋白質科学会年会2018.06.26-28, 朱鷺メッセ (新潟), 2018年06月

Interaction of a cyclic tetraoxazole with i-motif DNA and its effects on this structure
Masoud, S; Yamaoki, Y; Ma, Y; Katahira, M; Nagasawa, K
The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry, 2017年11月

Interaction between non-coding RNA and TLS/FUS protein, and structural change
Mashima, T; Nagata, T; Hamad, N; Ozawa, S; Yamaoki, Y; Kondo, K; Watanabe, H; Yoneda, R; Uchihashi, T; Kurokawa, R; Katahira, M
The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry, 2017年11月

Selective alkylation of T-T mismatched bases in DNA
Onizuka K; Usami, A; Yamaoki, Y; KObayashi, T; Hazemi, M; Chikuni, T; Katahira, M; Nagatsugi, F
The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry, 2017年11月

Analysis of Lignin-Carbohydrate Complexes in woody biomass by using NMR
Shizuka Sakon; Hiroshi Nishimura; Misato Yamada; Yukari Ohta; Keiko Kondo; Yudai Yamaoki; Takashi Nagata; Masato Katahira; Takashi Watanabe
HSS2017 and 7th ISSH meeting, Bogor, Indonesia (poster), 2017年11月

Sphingombium sp. YG1由来guaiacylglycerol-β-guaiacyl ether - Cα位酸化酵素の酵素学的解析と利用
前田亜鈴悠; 宋晶; 西真郎; 黒澤佳奈子; 市川淳子; 塩谷美夏; 山置佑大; 永田崇; 片平正人; 山田美沙登; 渡辺隆司; 大田ゆかり
第62回リグニン討論会, 名古屋大学（名古屋）2017.10.26-27, 2017年10月

フラグメント分子軌道法を活用したリグニンβ-O-4還元開裂酵素の機能改変
嶋根康弘; 黒澤佳奈子; 市川淳子; 前田亜鈴悠; 布浦拓郎; 山置佑大; 永田崇; 片平正人; 高谷光; 吉田亮太; 中村正治; 渡辺隆司; 大田ゆかり
第62回リグニン討論会, 名古屋大学（名古屋）2017.10.26-27, 2017年10月

Sphingombium sp. YG1由来guaiacylglycerol-β-guaiacyl ether - Cα位酸化酵素の酵素学的解析と利用
前田亜鈴悠; 宋晶; 西真郎; 黒澤佳奈子; 市川淳子; 塩谷美夏; 山置佑大; 永田崇; 片平正人; 山田美紗登; 西村裕志; 渡辺隆司; 大田ゆかり
第62回リグニン討論会、名古屋大学, poster, 2017年10月

プリオンアプタマーはアルツハイマー病に関与するプリオン蛋白質とAβオリゴマーの複合体の形成を阻害する
飯田真美子; 真嶋司; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
第55回生物物理学会、熊本大学（熊本市）、2017.9.19-21, 2017年09月

Conformational change detection of translocated in liposarcoma, TLS, upon binding to various RNAs
Nesreen Hamad; Tsukasa Mashima; Yudai Yamaoki; Keiko Kondo; Takashi Nagata; Masato Katahira
第19回日本RNA学会年会2017.7.19-21富山国際会議場(富山), 2017年07月

Invention of RNA aptamer and ribozyme whose activities switch on in response to K+ via G-quadruples formation
Yamaoki, Y; Mashima, T; Nagata, T; Katahira, M
6th International Meeting on Quadruplex Nucleic Acids, 2017年05月

Development of K+-responsive RNA aptamer and ribozyme, and in-cell NMR of nucleic acids in human cells
Y. Yamaoki; A. Kiyoishi; T. Mashima; F. Kano; M. Murata; T. Nagata; M. Katahira
International Symposium for NMR of Nucleic Acids,Gyeongsang National Univ. (Korea),2017.1.17, 2017年01月, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者

木質バイオマスにおける超分子構造とステレオ選択的な酵素反応及び核酸のin-cell NMR
山置佑大; 永田一真; 清石彩華; 西村裕志; 加納ふみ; 村田昌之; 大田ゆかり; 渡辺隆司; 永田崇; 片平正人
第55回NMR討論会, 広島国際会議場, Oral, 2016年11月

海洋性細菌に由来するリグニンβ-O-4還元開裂酵素GST4の解析
嶋根康弘; 前田亜鈴悠; 塩谷美夏; 黒澤佳奈子; 市川淳子; 布浦拓郎; 山置佑大; 永田崇; 片平正人; 高谷光; 吉田亮太; 中村正治; 渡辺隆司; 大田ゆかり
第61回リグニン討論会、京都大学（宇治市）、2016.10.27-28, 2016年10月

カリウムイオン応答性Tat結合RNAアプタマーおよびハンマーヘッドリボザイムの創製およびin-cell NMR法による細胞内核酸の観測
山置佑大; 清石彩華; 真嶋司; 加納ふみ; 村田昌之; 永田崇; 片平正人
第10回バイオ関連化学シンポジウム、第31回生体機能関連化学シンポジウム、第19回バイオテクノロジー部会シンポジウム、石川県立音楽堂（金沢市）、2016.9.7-9.9, 2016年09月

Invention of K+-responsive Tat-binding RNA aptamer and hammerhead ribozyme, and in-cell NMR of nucleic acids
Yudai Yamaoki; Ayaka Kiyoishi; Tsukasa Mashima; Fumi Kano; Masayuki Murata; Takashi Nagata; Masato Katahira
The 43rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry, 熊本大学（熊本市）, 2016.9.27-29, 2016年09月

プリオン蛋白質とそれを標的とする RNA 分子の A β線維化への影響
飯田真美子; 真嶋司; 山置佑大; 永田崇; 片平正人
第16回日本蛋白質科学会年会、福岡国際会議場（福岡市）、2016.6.7-6.9, 2016年06月

K+-responsive activation of dual-quadruplex forming ribozyme system requiring no heating and cooling treatment
Yudai Yamaoki; Tsukasa Mashima; Takashi Nagata; Masato Katahira
The RNA Society of Japan 18th Annual Meeting AND The 21st Annual Meeting of the RNA Society 国立京都国際会館（京都市）,2016.6.28-7.2, 2016年06月

Tandem GGA repeat G-quadruplex as an anti-prion protein aptamer and a K+-responsive structural/functional switching device
T. Nagata; T. Mashima; Y. Yamaoki; F. Nishikawa; Y.O. Kamatari; S. Nishikawa; K. Kuwata; M. Katahira
Aptamer 2016, St Hilda's College, Oxford, UK, 2016.4.4-5, 2016年04月

カリウムイオンを認識して活性がスイッチングするTat結合RNAアプタマーおよびハンマーヘッドリボザイムの創製
山置佑大; 真嶋司; 永田崇; 片平正人
第９回バイオ関連化学シンポジウム、熊本, 2015年10月

CCND1転写抑制とテロメア短縮をもたらすTLS/FUSによる非コードRNAとDNA認識機構のNMR法による解明
近藤敬子; 真嶋司; 山置佑大; 大吉崇文; 黒川理樹; 永田崇; 片平正人
第37回日本分子生物学会年会.横浜, 2014年11月

Development of Tat-binding aptamer and ribozyme which switch their activities in response to K+
Y. Yamaoki; T. Mashima; T. Nagata; M. Katahira
第52回日本生物物理学会年会.札幌,2014.9.25-27, 2014年09月

カリウムイオンを感知して自らの活性をスイッチングするTat捕捉アプタマーおよびリボザイムの創製
山置佑大; 真嶋司; 永田崇; 片平正人
第16回日本RNA学会年会.名古屋, 2014年07月

Development of quadruplex hammerhead ribozyme which switches on its ribozyme activity: introduction of quadruplex-forming complementary DNA to repress a basal activity
Y. Yamaoki; T. Mashima; T. Nagata; M. Katahira
第36回日本分子生物学会年会.神戸, 2013年12月

Dual-quadruplex forming ribozyme distinctly switches on its activity in response to K+
Y. Yamaoki; T. Mashima; T. Nagata; M. Katahira
The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2013.Yokohama, 2013年11月

カリウムイオンによって活性がスイッチングする四重鎖リボザイムの創製：四重鎖形成相補鎖によるスイッチング性能の向上
山置佑大; 真嶋司; 永田崇; 片平正人
第15回日本RNA学会年会.松山, 2013年07月

Creation of Novl Ribozyme whose Activity Switches on in Response to K+ via Quadruples Formation
Yamaoki, Y; Mashima, T; Sakurai, Y; Hara, Y; Kodaki, T; Nagata, T; Katahira, M
第35回日本分子生物学会年会.福岡, 2012年12月

カリウムイオン依存的な四重鎖構造形成によって活性がオンになるインテリジェントリボザイムの創製
Yamaoki, Y; Mashima, T; Sakurai, Y; Hara, Y; Nagata, T; Katahira, M
日本生物物理学会第50回年会.名古屋, 2012年09月

Development of intelligent ribozyme whose activity switches on in response to K＋ｖia quadruplex formation
Y. Yamaoki; T. Mashima; Y. Sakurai; Y. Hara; T. Nagata; M. Katahira
The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry，2012, 2012年, 査読有り

四重鎖形成可能な相補鎖DNAを導入することによる四重鎖リボザイムのカリウムイオン濃度依存的な活性スイッチングの高効率化
Yamaoki Yudai; Mashima Tsukasa; Nagata Takashi; Katahira Masato
生物物理, 2013年

抗プリオン活性を示すアプタマー及びカリウムイオンに感応して活性がスイッチングするインテリジェントリボザイム
片平正人; 真嶋司; 山置佑大; 永田崇; 西川富美子; 西川諭; 鎌足雄司; 桑田一夫
日本生物物理学会第51回年会.京都, 2013年10月

講演・口頭発表等

In-cell NMR法によるヒト生細胞内における核酸の構造、ダイナミクス、リガンド相互作用の解析
山置佑大; 永田崇; 近藤敬子; 阪本知樹; Eladl Omar; 片平正人
第47回日本分子生物学会年会, 2024年11月27日, 招待有り

In-cell NMR法によるヒト生細胞内環境下の核酸の構造およびダイナミクスの解析
山置佑大
第21回若手NMR研究会, 2021年09月22日, 招待有り

In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内核酸の構造およびダイナミクスの評価
山置佑大
第57回日本生物物理学会年会, 2019年09月24日, 招待有り

In-cell NMR法によるヒト細胞内DNAおよびRNAの観測
山置佑大
第19回若手NMR研究会, 2018年08月, 招待有り

Evaluation of the structural stability and dynamics of nucleic acids inside the living cells by using in-cell NMR spectroscopy
Nagata T; Yamaoki Y; Katahira M
The 18th Annual Meeting of the Protein Society of Japan, 2018年06月28日, 招待有り

Development of K+-responsive Tat-binding RNA aptamer and hammerhead ribozyme
Yamaoki, Y
FIBER FUTURE COLLEGE 35, 2017年01月, 招待有り

Development of K+-responsive RNA aptamer and ribozyme, and in-cell NMR of nucleic acids in human cells
Yamaoki, Y
International Symposium for NMR of Nucleic Acids, 2017年01月, 招待有り

書籍等出版物

核酸のin-cell NMR：ヒト生細胞内環境における塩基対開閉ダイナミクスの解析
永田崇; 山置佑大; 片平正人, 共著
日本分光学会, 分光研究, 74(2), 2025年06月

In-cell NMR法によるヒト細胞内核酸の構造生物学的解析
山置佑大; 永田崇; 片平正人, 共著
月刊「細胞」57 (4) 72-75, ニュー・サイエンス社, 2025年03月

Experimental Approaches of NMR Spectroscopy -Methodology and Application to Life Science and Material Science 2nd Edition
Takashi Nagata; Yudai Yamaoki; Masato Katahira, 共著, Chapter 12: In cell NMR of Nucleic Acids in Living Human Cells: Structure, Dynamics, and Interactions
Springer, 2023年

生命金属ダイナミクス～生体内における金属の挙動と制御～
山置佑大; 永田崇; 片平正人, 分担執筆, pp. 198-204 "金属原子によるRNA立体構造形成とその生理活性のスイッチングへの応用"
NTS, 2021年01月

ヒト生細胞中における核酸NMRシグナルの初計測
山置佑大; 永田崇; 片平正人, 共著
生物物理誌, 2019年02月, 査読無し

ヒト生細胞中のDNAおよびRNAのNMRシグナル観測に初めて成功
山置佑大; 永田崇; 片平正人
新学術領域「柔らかな分子系」ニュースレター第54号（平成30年2月号）, 2018年02月, 査読無し

カリウムイオンを感知して自律的に自らの活性をスイッチングするRNA アプタマーの開発
山置佑大; 永田崇; 真嶋司; 片平正人
新学術領域「柔らかな分子系」ニュースレター第48号（平成29年8月号）, 2017年08月, 査読無し

受賞

2019年09月25日
日本生物物理学会, 日本生物物理学会若手招待講演賞

2016年09月28日
第43回国際核酸化学シンポジウム運営委員会, 第43回国際核酸化学シンポジウム優秀ポスター賞

2016年08月21日
The Organizing Committee of International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS), 第27回 ICMRBS若手研究者賞

2015年03月01日
京都大学エネルギー理工学研究所, 平成26年度京都大学エネルギー理工学研究所表彰

2014年08月
日本RNA学会年会, 第16回日本RNA学会年会優秀賞

外部資金：科学研究費補助金

In-cell NMR法を用いたヒト生細胞内核酸の構造安定性および相互作用の評価
若手研究
小区分43020:構造生物化学関連
京都大学
山置佑大
自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了
in-cell NMR;核酸;三重鎖構造;グアニン四重鎖構造;ダイナミクス;相互作用;RNAアプタマー;ステム-ループ構造;分子混雑;四重鎖構造;構造安定性;分子間相互作用;四重鎖核酸;ヒト細胞
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19K16054/

細胞内外で活性をスイッチする機能性核酸のIn-cell NMR法等を用いた創製
若手研究(B)
京都大学
山置佑大
自 2017年04月01日, 至 2020年03月31日, 完了
in-cell NMR;四重鎖核酸;リボザイム;アプタマー;カリウムイオン
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K14515/

細胞の外と内とで蛋白質捕捉活性がオフからオンに切り替わる機能性RNAの創製
挑戦的萌芽研究
京都大学
片平正人
自 2016年04月01日, 至 2018年03月31日, 完了
RNAアプタマー;Tat蛋白質;スイッチング;NMR;4重鎖;カリウムイオン;Ｔａｔ蛋白質;ＮＭＲ;４重鎖;機能性核酸;構造変化;FRET;構造遷移;機能性RNA
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16K14678/

環境に応じて酵素活性・アプター活性がスイッチングする自律的な機能性核酸の創製
挑戦的萌芽研究
京都大学
片平正人
自 2014年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了
RNA酵素;カリウムイオン;Ｉｎ　ｃｅｌｌ　ＮＭＲ;立体構造;4重鎖;RNAアプタマー;Tatタンパク質;In cell NMR;リボザイム;４重鎖;アプタマー
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26650014/

細胞内環境下におけるエピゲノム修飾を含む核酸の構造ダイナミクス解析
基盤研究(C)
小区分37010:生体関連化学
京都大学
山置佑大
自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付
核酸;in-cell NMR法;構造ダイナミクス;エピゲノム修飾
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K05314/

Last Updated :2025/05/26

大学運営

部局運営(役職等)

自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
宇治事業場衛生管理者会議委員

自 2022年01月01日, 至 2022年12月31日
エネルギー理工学研究所講演企画委員会委員

自 2021年04月01日, 至 2023年03月31日
エネルギー理工学研究所研究支援部広報室

自 2020年04月01日
エネルギー理工学研究所安全衛生委員会委員

自 2021年04月01日, 至 2023年03月31日
エネルギー理工学研究所共同利用・共同研究推進室

自 2020年04月01日
エネルギー理工学研究所将来構想検討委員会委員

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書籍等出版物

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外部資金：科学研究費補助金

大学運営

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学術貢献活動

社会貢献活動

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