医生物学研究所 生命システム研究部門 助教
血液内科医としてのバックグランド (血液内科専門医・指導医、総合内科専門医) を生かし、がん生物学の研究を行っています。京都大学大学院医学研究科血液内科学講座 (高折晃史教授)、大阪大学大学院生命機能研究科幹細胞・免疫発生研究室 (長澤丘司教授) を経て、現在は京都大学医生物学研究所幹細胞遺伝学分野 (遊佐宏介教授) で、主として以下のテーマに取り組んでいます。
(1) がん細胞におけるクロマチンリモデリング複合体の機能解析
SWI/SNF複合体はクロマチンリモデリング複合体の1つで、ATPの加水分解によって得られるエネルギーを利用してヌクレオソームをスライドあるいは除去することで、オープンクロマチン領域を形成し、転写因子などのゲノムDNAへの結合を可能にします。一部のがんではSWI/SNF複合体構成要素をコードする遺伝子に機能喪失型変異を認める一方、別のがんではSWI/SNF複合体ががん特異的な転写ネットワークの維持に必須です。我々はさまざまながん種をモデルに、ATAC-seq、CAGE-seq、CRISPR-Cas9技術などを駆使して、SWI/SNF複合体の機能解析を行っています。
Aoki et al., Blood 2024; Hyuga et al., ongoing project; Ueda et al., ongoing project; Muzakkiyah et al., ongoing project
(2) がん細胞における塩基レベルでのエンハンサー機能解析
がん細胞では、がん種特異的にエンハンサー領域が活性化していることが知られています。しかし、それらのエンハンサー領域の機能については、未だ包括的に理解されていません。我々はATAC-seqやCAGE-seqなどの技術を用いて、活性エンハンサー候補をゲノムワイドに同定します。さらに、CRISPRi、CRISPRa、Prime Editingなどを駆使して、エンハンサーを構成する配列の機能を1塩基レベルで明らかにします。
Aoki et al., ongoing project
(3) がん細胞とがん微小環境の相互作用
生体内において、がん細胞は特有の微小環境、いわゆる「がん微小環境」によって維持されています。我々は、in situ hybridization技術、遺伝子改変マウス、CRISPRスクリーニングなどを用いて、がん微小環境によるがん細胞の増殖・維持機構の詳細を明らかにします。また、生体内でCas9活性を誘導・制御できる新規技術の開発を行っています。
Aoki et al., Br J Haematol 2021; Ikeda et al., ongoing project