基本情報

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  okada.takashi.3zkyoto-u.ac.jp

所属学協会

• 日本数理生物学会

学位

• 2009年03月31日

  東京大学修士（理学）
• 2013年03月25日

  京都大学博士（理学）

出身大学院・研究科等

• 京都大学, 大学院理学研究科博士後期課程物理学・宇宙物理学専攻, 修了
• 東京大学, 大学院理学系研究科修士課程物理学専攻, 修了

出身学校・専攻等

• 東京大学, 理学部物理学科, 卒業

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0002-7769-6857

• J-Global ID

  202201020514289397

researchmap URL

• https://researchmap.jp/tksh_okada

研究

研究キーワード

• 進化生物学
• 集団遺伝学
• 化学反応ネットワーク
• 遺伝子制御ネットワーク

研究分野

• 自然科学一般, 応用数学、統計数学, ネットワーク科学
• ライフサイエンス, 進化生物学, Population genetics, evolutionary biology

論文

• Uncovering the causal relationships in plant-microbe ecosystems: A time series analysis of the duckweed cultivation system for biomass production and wastewater treatment

  Hidehiro Ishizawa; Yosuke Tashiro; Takashi Okada; Daisuke Inoue; Michihiko Ike; Hiroyuki Futamata

  Science of The Total Environment, 2024年12月

  
• Stable States of a Microbial Community Are Formed by Dynamic Metabolic Networks with Members Functioning to Achieve Both Robustness and Plasticity

  Masahiro Honjo; Kenshi Suzuki; Junya Katai; Yosuke Tashiro; Tomo Aoyagi; Tomoyuki Hori; Takashi Okada; Yasuhisa Saito; Hiroyuki Futamata

  Microbes and Environments, 2024年

  
• Origin of diverse phosphorylation patterns in the ERBB system

  Takashi Okada; Hiraku Miyagi; Yasushi Sako; Michio Hiroshima; Atsushi Mochizuki

  Biophysical Journal, 2022年02月

  
• Flux-augmented bifurcation analysis in chemical reaction network systems

  Takashi Okada; Atsushi Mochizuki; Mikio Furuta; Je-Chiang Tsai

  Physical Review E, 2021年06月15日

  
• Pyrophosphate inhibits gluconeogenesis by restricting UDP-glucose formation in vivo

  Ali Ferjani; Kensuke Kawade; Mariko Asaoka; Akira Oikawa; Takashi Okada; Atsushi Mochizuki; Masayoshi Maeshima; Masami Yokota Hirai; Kazuki Saito; Hirokazu Tsukaya

  Scientific Reports, 2018年10月02日

  
• Structural bifurcation analysis in chemical reaction networks

  Takashi Okada; Je-Chiang Tsai; Atsushi Mochizuki

  Physical Review E, 2018年07月30日

  
• Sensitivity and network topology in chemical reaction systems

  TAKASHI OKADA

  PHYSICAL REVIEW E, 2017年

  
• Ligand-concentration sensitivity of a multi-state receptor

  TAKASHI OKADA

  Arxiv, 2017年

  
• Law of localization in chemical reaction networks

  TAKASHI OKADA

  Arxiv, 2016年

  
• Defect branes as Alice strings

  TAKASHI OKADA

  JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS, 2015年

  
• Emergent bubbling geometries in the plane wave matrix model

  TAKASHI OKADA

  Arxiv, 2014年

  
• Exact results for perturbative partition functions of theories with SU(2|4) symmetry

  TAKASHI OKADA

  JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS, 2013年

  
• Solving the Naturalness Problem by Baby Universes in the Lorentzian Multiverse

  TAKASHI OKADA

  PROGRESS OF THEORETICAL PHYSICS, 2012年

  
• Large-N reduction for N=2 quiver Chern-Simons theories on S³ and localization in matrix models

  TAKASHI OKADA

  PHYSICAL REVIEW D, 2012年

  
• Rotating string in doubled geometry with generalized isometries

  TAKASHI OKADA

  PHYSICAL REVIEW D, 2012年

  
• Evidence for duality of conifold from fundamental string

  TAKASHI OKADA

  JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS, 2011年

  
• A realistic extension of gauge-mediated SUSY-breaking model with superconformal hidden sector

  Masaki Asano; Junji Hisano; Takashi Okada; Shohei Sugiyama

  Physics Letters B, 2009年03月

  
• Analysis on a relation between enterprise profit and financial state by using data mining techniques

  TAKASHI OKADA

  NEW FRONTIERS IN ARTIFICIAL INTELLIGENCE, 2007年

  
• Inferring Migration Networks with Time-Lagged F 2 Statistics

  Giulio Isacchini; Takashi Okada; Clemens Schmid; Divyaratan Popli; Benjamin M Peter; Stephan Schiffels; Oskar Hallatschek

  2026年03月12日

  
• Identifying Phenotype-Indicative Molecules from the Structure of Biochemical Reaction Networks

  Yong-Jin Huang; Atsushi Mochizuki; Takashi Okada

  bioRxiv, 2025年10月23日

  
• Uncovering heterogeneous intercommunity disease transmission from neutral allele frequency time series

  Takashi Okada; Giulio Isacchini; QinQin Yu; Oskar Hallatschek

  Proceedings of the National Academy of Sciences, 2025年12月02日

  この論文にアクセスする：

  
• Structural Reduction of Hypergraphs Based on Topology

  Yuji Hirono; Takashi Okada; Hiroyasu Miyazaki; Yoshimasa Hidaka

  Proceedings of Blockchain in Kyoto 2021 (BCK21), 2021年11月10日

  
• Uncovering bifurcation behaviors of biochemical reaction systems from network topology

  TAKASHI OKADA

  SCIENTIFIC REPORTS, 2025年

  
• BayesianSSA: a Bayesian statistical model based on structural sensitivity analysis for predicting responses to enzyme perturbations in metabolic networks

  TAKASHI OKADA

  BMC BIOINFORMATICS, 2024年03月16日

  
• Patterns of change in regulatory modules of chemical reaction systems induced by network modification

  TAKASHI OKADA

  PNAS NEXUS, 2023年12月21日

  
• Patterns of change in regulatory modules of chemical reaction systems induced by network modification

  TAKASHI OKADA

  bioRxiv, 2023年11月24日

  
• Information-transfer characteristics in network motifs

  TAKASHI OKADA

  PHYSICAL REVIEW RESEARCH, 2023年01月24日

  この論文にアクセスする：

  
• Information-transfer characteristics in network motifs

  Fumito Mori; Takashi Okada

  Physical Review Research, 2023年01月24日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Lineage frequency time series reveal elevated levels of genetic drift in SARS-CoV-2 transmission in England

  TAKASHI OKADA

  PLOS PATHOGENS, 2024年

  
• Dynamic sampling bias and overdispersion induced by skewed offspring distributions

  Takashi Okada; Oskar Hallatschek

  Genetics, 2021年03月10日

  
• Flux-augmented bifurcation analysis in chemical reaction network systems

  TAKASHI OKADA

  PHYSICAL REVIEW E, 2021年06月15日

  
• Diagrammatic expansion of information flows in stochastic Boolean networks

  TAKASHI OKADA

  PHYSICAL REVIEW RESEARCH, 2020年12月29日

  
• Finding regulatory modules of chemical reaction systems

  Yuhei Yamauchi; Atsuki Hishida; Takashi Okada; Atsushi Mochizuki

  Physical Review Research, 2023年10月16日

  

MISC

• トポロジーに基づく化学反応ネットワークの構造縮約

  広野雄士; 広野雄士; 岡田崇; 宮崎弘安; 日高義将; 日高義将; 日高義将

  日本物理学会講演概要集(CD-ROM), 2021年

  
• Dynamic sampling bias and overdispersion induced by skewed offspring distributions

  TAKASHI OKADA

  Arxiv, 2022年

  
• Dynamic sampling bias and overdispersion induced by skewed offspring distributions

  TAKASHI OKADA

  GENETICS, 2021年12月10日

  
• Flux-augmented bifurcation analysis in chemical reaction network systems

  Takashi Okada; Atsushi Mochizuki; Mikio Furuta; Je-Chiang Tsai

  Physical Review E, 2021年06月15日

  
• Structural reduction of chemical reaction networks based on topology

  TAKASHI OKADA

  Arxiv, 2021年02月15日

  
• Diagrammatic expansion of information flows in stochastic Boolean networks

  Fumito Mori; Takashi Okada

  Physical Review Research, 2020年12月29日

  
• Structural bifurcation analysis in chemical reaction networks

  Takashi Okada; Je-Chiang Tsai; Atsushi Mochizuki

  Physical Review E, 2018年07月30日

  
• Sensitivity and Network Topology in Chemical Reaction Systems

  TAKASHI OKADA

  Arxiv, 2017年03月30日

  
• Law of localization in chemical reaction networks

  TAKASHI OKADA

  Arxiv, 2016年06月28日

  
• Defect branes as Alice strings

  TAKASHI OKADA

  Arxiv, 2015年

  
• Emergent bubbling geometries in the plane wave matrix model

  TAKASHI OKADA

  Arxiv, 2014年01月20日

  
• Exact results for perturbative partition functions of theories with SU(2|4) symmetry

  TAKASHI OKADA

  JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS, 2013年

  
• Rotating string in doubled geometry with generalized isometries

  TAKASHI OKADA

  PHYSICAL REVIEW D, 2012年05月24日

  
• Large-N reduction for N=2 quiver Chern-Simons theories on S³ and localization in matrix models

  TAKASHI OKADA

  PHYSICAL REVIEW D, 2012年03月02日

  
• Solving the Naturalness Problem by Baby Universes in the Lorentzian Multiverse

  TAKASHI OKADA

  PROGRESS OF THEORETICAL PHYSICS, 2012年

  
• Evidence for Duality of Conifold from Fundamental String

  Takahiro Nishinaka; Takashi Okada; Tadashi Okazaki; Satoshi Yamaguchi

  Journal of High Energy Physics, 2011年07月19日

  
• Asymptotically Vanishing Cosmological Constant in the Multiverse

  Hikaru Kawai; Takashi Okada

  2011年04月10日

  
• A realistic extension of gauge-mediated SUSY-breaking model with superconformal hidden sector

  Masaki Asano; Junji Hisano; Takashi Okada; Shohei Sugiyama

  Physics Letters B, 2009年03月

  

受賞

• 2019年08月17日

  第15回日本数理学会研究奨励賞
• 2019年03月14日

  第13回日本物理学会領域11若手奨励賞
• 2017年09月12日

  第12回素粒子メダル奨励賞（素粒子論グループ）
• 2017年06月29日

  第8回数理デザイン道場ポスター賞（JST/CREST数理デザイン道場）

外部資金：科学研究費補助金

• 適応度進行波モデルと集団遺伝学に基づくクローン干渉を伴う適応進化の解明

  基盤研究(C)

  小区分45020:進化生物学関連

  京都大学

  岡田 崇

  自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  集団遺伝学;進化;ウイルス進化;クローン干渉;領域拡大;コロナウイルス;子孫数分布;季節性インフルエンザ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06347/
• 情報流のパス展開理論と神経ネットワーク活動計測に基づく生物の行動決定機構の解明

  基盤研究(C)

  小区分13010:数理物理および物性基礎関連

  九州大学

  森 史

  自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  複雑ネットワーク;情報流;神経回路;摂動論;全脳イメージング

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K03453/
• 複雑ネットワーク上の情報の流れの理論構築と生物の環境適応機構の解明

  基盤研究(C)

  小区分13010:数理物理および物性基礎関連

  九州大学;電気通信大学

  森 史

  自 2019年04月01日, 至 2023年03月31日, 完了

  複雑ネットワーク;情報流;ブーリアンネットワーク;数理生物学;環境適応

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19K03663/
• 過分散を伴う遺伝的浮動の進化理論と集団遺伝学的統計手法の革新

  基盤研究(C)

  小区分45020:進化生物学関連

  京都大学

  岡田 崇

  自 2025年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付

  集団遺伝学;進化;ウイルス感染動態;機械学習

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K09723/
• 複数入力神経回路の情報流相互作用理論と線虫の超高速計測に基づく演算機構の解明

  基盤研究(C)

  小区分13010:数理物理および物性基礎関連

  九州大学

  森 史

  自 2025年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付

  複雑ネットワーク;情報流;神経回路;摂動論;全脳イメージング

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K07168/

教育

担当科目

• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＤ

  9145, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＣ

  9144, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＢ

  9143, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＢ

  9139, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＡ

  9138, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＡ

  9142, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＤ

  9141, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＣ

  9140, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生物科学特論Ａ

  9011, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＤ

  9145, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＣ

  9144, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＢ

  9143, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＢ

  9139, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＡ

  9138, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＡ

  9142, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＤ

  9141, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＣ

  9140, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生物科学特論Ａ

  9011, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＢ

  9139, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＡ

  9138, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＡ

  9142, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＤ

  9141, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＣ

  9140, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＢ

  9143, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＤ

  9145, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  数理生命科学ゼミナールＩＩＣ

  9144, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生物科学特論Ａ

  9011, 前期, 理学研究科, 2

博士学位審査

• 溶液AFMイメージングと粗視化分子動力学シミュレーションによる酵母コンデンシンの構造モデリング

  小出　洋輝, 理学研究科, 副査

  2025年03月24日

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2024年04月01日

  予算委員会　委員
• 自 2023年04月01日

  情報セキュリティ委員会　委員
• 自 2022年04月01日

  化学物質管理委員会　委員

学術・社会貢献

委員歴

• 自 2023年, 至 2025年

  JSMB-CIJK2025 運営委員, 日本数理生物学会
• 自 2023年, 至 2024年

  領域１１運営委員, 日本物理学会