基本情報

所属学協会

• 日本蛋白質科学会
• 日本生化学会
• 日本農芸化学会
• 日本中性子科学会

学位

• 修士（農学）(京都大学)
• 博士（農学）(京都大学)

出身大学院・研究科等

• 京都大学, 大学院農学研究科修士課程農学専攻, 修了
• 京都大学, 大学院農学研究科博士後期課程農学専攻, 修了

出身学校・専攻等

• 京都大学, 農学部, 資源生物科学科, 卒業

出身高等学校

• 出身高等学校

  私立奈良学園高等学校

経歴

• 自 2023年10月, 至 現在

  京都大学, 複合原子力科学研究所, 准教授
• 自 2021年02月, 至 2023年09月

  京都大学, 複合原子力科学研究所, 助教
• 自 2019年04月, 至 2021年01月

  京都大学, 複合原子力科学研究所, 研究員
• 自 2018年04月, 至 2019年03月

  京都大学, 大学院農学研究科, 特定助教
• 自 2017年04月, 至 2018年03月

  京都大学, 大学院農学研究科, 日本学術振興会 特別研究員 (PD)
• 自 2016年04月, 至 2017年03月

  京都大学, 大学院農学研究科, 日本学術振興会 特別研究員 (DC2)

ID,URL

• J-Global ID

  201801017945252764

researchmap URL

• https://researchmap.jp/7000023061

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  酸化的フォールディング酵素PDIファミリータンパク質の分子ダイナミクス解析

• 研究概要

  タンパク質の酸化的フォールディングを担う酵素群であるPDIファミリータンパク質の機能と構造ダイナミクスの相関関係を、生化学的手法とX線および中性子の小角散乱解析をはじめとした物理学的手法により明らかにする。

研究分野

• ライフサイエンス, 応用生物化学

論文

• Mechanistic modeling of amyloid oligomer and protofibril formation in bovine insulin

  Keisuke Yuzu; Hiroshi Imamura; Takuro Nozaki; Yuki Fujii; Shaymaa Mohamed Mohamed Badawy; Ken Morishima; Aya Okuda; Rintaro Inoue; Masaaki Sugiyama; Eri Chatani

  Journal of Molecular Biology, 2024年01月, 査読有り

  
• Structural and Dynamical Changes of Nucleosome upon GATA3 Binding.

  Hisashi Ishida; Atsushi Matsumoto; Hiroki Tanaka; Aya Okuda; Ken Morishima; Paul A Wade; Hitoshi Kurumizaka; Masaaki Sugiyama; Hidetoshi Kono

  Journal of molecular biology, 2023年10月05日, 査読有り

  
• Characterization of K-binding factor involved in water-soluble complex of menaquinone-7 produced by Bacillus subtilis natto

  Toshiyuki Chatake; Yasuhide Yanagisawa; Risa Murakami; Tadanori Ohsugi; Hiroyuki Sumi; Takumi Takata; Aya Okuda; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Masaaki Sugiyama

  The Journal of Biochemistry, 2023年07月07日, 査読有り

  
• Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins Using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance.

  Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Rintaro Inoue; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama

  Angewandte Chemie (International ed. in English), 2023年01月02日, 査読有り, 筆頭著者

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• Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations

  Masahiro Shimizu; Aya Okuda; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Yasuhiro Yunoki; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama

  Scientific Reports, 2022年12月, 査読有り

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• Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach.

  Yasuhiro Yunoki; Atsushi Matsumoto; Ken Morishima; Anne Martel; Lionel Porcar; Nobuhiro Sato; Rina Yogo; Taiki Tominaga; Rintaro Inoue; Maho Yagi-Utsumi; Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Reiko Urade; Kazuki Terauchi; Hidetoshi Kono; Hirokazu Yagi; Koichi Kato; Masaaki Sugiyama

  Communications biology, 2022年03月10日, 査読有り

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• Solution structure of multi-domain protein ER-60 studied by aggregation-free SAXS and coarse-grained-MD simulation.

  Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Masaaki Sugiyama

  Scientific reports, 2021年03月11日, 査読有り, 筆頭著者

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• Histone variant H2A.B-H2B dimers are spontaneously exchanged with canonical H2A-H2B in the nucleosome.

  Rina Hirano; Yasuhiro Arimura; Tomoya Kujirai; Mikihiro Shibata; Aya Okuda; Ken Morishima; Rintaro Inoue; Masaaki Sugiyama; Hitoshi Kurumizaka

  Communications biology, 2021年02月12日, 査読有り

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• Elucidation of the mechanism of subunit exchange in αB crystallin oligomers.

  Rintaro Inoue; Yusuke Sakamaki; Takumi Takata; Kathleen Wood; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Aya Okuda; Masahiro Shimizu; Reiko Urade; Noriko Fujii; Masaaki Sugiyama

  Scientific reports, 2021年01月28日, 査読有り

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• Deuteration Aiming for Neutron Scattering

  Aya Okuda; Rintaro Inoue; Ken Morishima; Tomohide Saio; Yasuhiro Yunoki; Maho Yagi-Utsumi; Hirokazu Yagi; Masahiro Shimizu; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Koichi Kato; Masaaki Sugiyama

  Biophysics and Physicobiology, 2021年, 査読有り, 筆頭著者

  
• Dynamics of proteins with different molecular structures under solution condition.

  Rintaro Inoue; Takashi Oda; Hiroshi Nakagawa; Taiki Tominaga; Tomohide Saio; Yukinobu Kawakita; Masahiro Shimizu; Aya Okuda; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Reiko Urade; Mamoru Sato; Masaaki Sugiyama

  Scientific reports, 2020年12月10日, 査読有り

  
• A novel soybean protein disulphide isomerase family protein possesses dithiol oxidation activity: identification and characterization of GmPDIL6.

  Aya Okuda; Motonori Matsusaki; Taro Masuda; Ken Morishima; Nobuhiro Sato; Rintaro Inoue; Masaaki Sugiyama; Reiko Urade

  Journal of biochemistry, 2020年10月01日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Integral approach to biomacromolecular structure by analytical-ultracentrifugation and small-angle scattering.

  Ken Morishima; Aya Okuda; Rintaro Inoue; Nobuhiro Sato; Yosuke Miyamoto; Reiko Urade; Maho Yagi-Utsumi; Koichi Kato; Rina Hirano; Tomoya Kujirai; Hitoshi Kurumizaka; Masaaki Sugiyama

  Communications biology, 2020年06月08日, 査読有り

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• Regulation of plant ER oxidoreductin 1 (ERO1) activity for efficient oxidative protein folding

  Matsusaki M; Okuda A; Matsuo K; Gekko K; Masuda T; Naruo Y; Hirose A; Kono K; Tsuchi Y; Urade R

  Journal of Biological Chemistry, 2019年11月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Newly developed Laboratory-based Size exclusion chromatography Small-angle x-ray scattering System (La-SSS).

  Inoue R; Nakagawa T; Morishima K; Sato N; Okuda A; Urade R; Yogo R; Yanaka S; Yagi-Utsumi M; Kato K; Omoto K; Ito K; Sugiyama M

  Scientific reports, 2019年, 査読有り

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• Identification and characterization of GmPDIL7, a soybean ER membrane-bound protein disulfide isomerase family protein

  Aya Okuda; Motonori Matsusaki; Taro Masuda; Reiko Urade

  FEBS JOURNAL, 2017年02月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Cooperative Protein Folding by Two Protein Thiol Disulfide Oxidoreductases and ERO1 in Soybean

  Motonori Matsusaki; Aya Okuda; Taro Masuda; Katsunori Koishihara; Ryuta Mita; Kensuke Iwasaki; Kumiko Hara; Yurika Naruo; Akiho Hirose; Yuichiro Tsuchi; Reiko Urade

  PLANT PHYSIOLOGY, 2016年02月, 査読有り

  
• Disulfide bond formation activity of soybean quiescin sulfhydryl oxidase

  Aya Okuda; Motonori Matsusaki; Yuki Higashino; Taro Masuda; Reiko Urade

  FEBS JOURNAL, 2014年12月, 査読有り, 筆頭著者

  

MISC

• 分子機械KaiC6量体による概日リズムの制御

  柚木康弘; 児玉篤治; 矢木真穂; 矢木真穂; 矢木真穂; 守島健; 佐藤信浩; 奥田綾; 清水将裕; 井上倫太郎; 裏出令子; 矢木宏和; 加藤晃; 加藤晃; 加藤晃; 杉山正明

  KURNS-EKR (Web), 2022年

  
• 小角散乱と超遠心分析の協奏的解析(AUC-SAS)による弱会合性タンパク質複合体の構造解析

  守島健; 矢木真穂; 矢木真穂; 矢木真穂; 井上倫太郎; 佐藤信浩; 奥田綾; 裏出令子; 加藤晃一; 加藤晃一; 加藤晃一; 杉山正明

  KURNS-EKR (Web), 2020年

  
• 納豆菌由来水溶性ビタミンK₂の研究

  茶竹俊行; 柳澤泰任; 高田匠; 奥田綾; 守島健; 井上倫太郎; 杉山正明

  KURNS-EKR (Web), 2024年

  
• ウシ由来インスリンのアミロイド核形成に見られるオリゴマーおよびプロトフィブリル形成機構

  柚佳祐; 今村比呂志; 野崎拓郎; 藤井悠生; 守島健; 奥田綾; 井上倫太郎; 杉山正明; 茶谷絵理

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2023年

  
• 溶液散乱と計算手法の統合解析によるシアノバクテリアの時計タンパク質KaiABC複合体の全体構造の解明

  柚木康弘; 松本淳; 守島健; MARTEL Anne; PORCAR Lionel; 佐藤信浩; 與語理那; 與語理那; 與語理那; 富永大輝; 井上倫太郎; 矢木真穂; 矢木真穂; 矢木真穂; 奥田綾; 清水将裕; 裏出令子; 寺内一姫; 河野秀俊; 矢木宏和; 矢木宏和; 加藤晃一; 加藤晃一; 加藤晃一; 杉山正明

  時間生物学, 2022年

  
• セラミド輸送タンパク質CERTの構造解析

  森田さより; 佐藤信浩; 守島健; 奥田綾; 杉木俊彦; 花田賢太郎; 杉山正明; 児嶋長次郎

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2020年

  
• 小胞体分子シャペロンER-60によるペプチド結合様式

  裏出令子; 伊中浩治; 古林直樹; 東野ゆうき; 松崎元紀; 奥田綾; 加茂昌之

  SPring-8/SACLA利用研究成果集(Web), 2018年

  

メディア報道

• 京大、たんぱく質「3ドメイン」で高効率・連結反応成功 計算予測を活用

  日刊工業新聞社, 日刊工業新聞, 2022年12月30日, 新聞・雑誌

  

外部資金：科学研究費補助金

• 量子ビーム相関解析法による生体高分子構造・ダイナミクスの探求

  国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

  中区分14:プラズマ学およびその関連分野

  京都大学

  井上 倫太郎

  自 2019年10月07日, 至 2024年03月31日, 完了

  中性子散乱;重水素化;マルチドメインタンパク質;小角中性子散乱;部分重水素化;SAXS/SANS同時測定;X線・中性子小角散乱同時測定

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19KK0071/
• 区分重水素化試料調製を目指した酵素によるタンパク質ライゲーション技術の確立

  若手研究

  小区分38030:応用生物化学関連

  京都大学

  奥田 綾

  自 2023年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付

  タンパク質ライゲーション;区分同位体標識;マルチドメインタンパク質;中性子小角散乱法

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K13882/

外部資金：その他

• 大豆たん白質複合体の溶液散乱法・超遠心分析・質量分析による統合的解析

  不二たん白質研究振興財団, 研究助成 若手研究者枠

  自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
• 中性子小角散乱による大豆種子貯蔵たん白質構造の解析方法の開発

  不二たん白質研究振興財団, 研究助成 若手研究者枠

  自 2019年04月01日, 至 2020年03月31日
• 中性子小角散乱測定による酸化的フォールディング酵素ER-60のタンパク質分子ダイナミクスの解析

  日本科学協会, 笹川科学研究助成

  自 2019年04月01日, 至 2020年02月28日

教育

担当科目

• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＤ

  2066, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＣ

  2065, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＢ

  2064, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＡ

  2063, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＣ

  2065, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＤ

  2066, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＡ

  2063, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生体分子構造ゼミナールＢ

  2064, 後期, 理学研究科, 2

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2022年06月01日

  量子ビーム生体高分子統合研究センター センター員