基本情報

協力講座

• 情報学研究科, 知能情報学専攻 生命システム情報学, 助教

全学メールアドレス

• 全学メールアドレス

  matsui.motomu.7zkyoto-u.ac.jp

所属学協会

• 日本分子生物学会
• 日本バイオインフォマティクス学会
• 日本進化学会
• 日本微生物生態学会

学位

• 2009年03月27日

  慶應義塾大学修士（政策・メディア）
• 2014年03月23日

  慶應義塾大学博士（学術）

出身学校・専攻等

• 慶應義塾大学, 環境情報学部, 卒業

経歴

• 自 2024年08月, 至 現在

  京都大学, 化学研究所, 助教
• 自 2017年04月, 至 2024年07月

  東京大学, 大学院理学系研究科, 助教
• 自 2015年04月, 至 2017年03月

  東京大学, 大学院理学系研究科, 日本学術振興会 特別研究員 (PD)
• 自 2014年04月, 至 2015年03月

  東京大学, 大学院理学系研究科, 特任研究員
• 自 2009年04月, 至 2012年03月

  慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 日本学術振興会 特別研究員 (DC1)

ID,URL

• J-Global ID

  201801005933091880

• 外部リンク

  https://sites.google.com/site/motomumatsui/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/motomu_matsui

研究

研究キーワード

• 分子系統学
• 微生物生態
• グラフ理論
• Graph Splitting法
• NeTaGFT
• 輪作圃場
• 初期進化
• スーパーファミリー

研究分野

• 情報通信, 生命、健康、医療情報学, バイオインフォマティクス
• ライフサイエンス, 生態学、環境学, 微生物生態学
• ライフサイエンス, 進化生物学, 分子系統学

論文

• Microbiome Datahub: an open-access platform integrating environmental metadata, taxonomy, and functional annotation for comprehensive metagenome-assembled genome datasets

  Hiroshi Mori; Takatomo Fujisawa; Koichi Higashi; Yasuhiro Tanizawa; Zenichi Nakagawa; Hiroyo Nishide; Masaki Fujiyoshi; Yasukazu Nakamura; Ikuo Uchiyama; Motomu Matsui; Takuji Yamada

  Microbiome, 2026年03月16日, 査読有り

  
• Genomic and evolutionary factors influencing the prediction accuracy of optimal growth temperature in prokaryotes

  Seiji Toki; Motomu Matsui; Kento Tominaga; Takao K. Suzuki; Takashi Tsuchimatsu; Wataru Iwasaki

  mSystems, 2026年04月03日, 査読有り

  
• Bac2Feature: an easy-to-use interface to predict prokaryotic traits from 16S rRNA gene sequences

  Masaki Fujiyoshi; Takao K Suzuki; Wataru Iwasaki; Chikara Furusawa; Motomu Matsui

  Bioinformatics Advances, 2025年06月14日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  
• Temporal and fertilizer-dependent dynamics of soil bacterial communities in buckwheat fields under long-term management

  Susumu Morigasaki; Motomu Matsui; Iwao Ohtsu; Yuki Doi; Yusuke Kawano; Ryosuke Nakai; Wataru Iwasaki; Hisayoshi Hayashi; Naoki Takaya

  Scientific Reports, 2024年04月30日, 査読有り, 筆頭著者

  
• NeTaGFT: A similarity network‐based method for trait analysis

  Hirotaka Matsumoto; Motomu Matsui

  Methods in Ecology and Evolution, 2023年11月23日, 査読有り

  
• Nondestructive microbial discrimination using single-cell Raman spectra and random forest machine learning algorithm

  Nanako Kanno; Shingo Kato; Moriya Ohkuma; Motomu Matsui; Wataru Iwasaki; Shinsuke Shigeto

  STAR Protocols, 2022年12月, 査読有り

  
• Lifestyle Evolution Analysis by Binary-State Speciation and Extinction (BiSSE) Model

  Takao K. Suzuki; Motomu Matsui; Sira Sriswasdi; Wataru Iwasaki

  Methods in Molecular Biology, 2022年, 査読有り, 招待有り

  
• 分子系統解析の最前線

  松井 求

  JSBi Bioinformatics Review, 2021年10月, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Machine learning-assisted single-cell Raman fingerprinting for in situ and nondestructive classification of prokaryotes

  Nanako Kanno; Shingo Kato; Moriya Ohkuma; Motomu Matsui; Wataru Iwasaki; Shinsuke Shigeto

  iScience, 2021年09月, 査読有り

  
• Graph Splitting: A Graph-Based Approach for Superfamily-scale Phylogenetic Tree Reconstruction

  Motomu Matsui; Wataru Iwasaki

  Systematic Biology, 2019年08月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus × yedoensis ‘Somei-yoshino’ across the Japanese archipelago

  Tazro Ohta; Takeshi Kawashima; Natsuko O. Shinozaki; Akito Dobashi; Satoshi Hiraoka; Tatsuhiko Hoshino; Keiichi Kanno; Takafumi Kataoka; Shuichi Kawashima; Motomu Matsui; Wataru Nemoto; Suguru Nishijima; Natsuki Suganuma; Haruo Suzuki; Y-h. Taguchi; Yoichi Takenaka; Yosuke Tanigawa; Momoka Tsuneyoshi; Kazutoshi Yoshitake; Yukuto Sato; Riu Yamashita; Kazuharu Arakawa; Wataru Iwasaki

  Journal of Plant Research, 2018年07月, 査読有り

  
• Comprehensive Computational Analysis of Bacterial CRP/FNR Superfamily and Its Target Motifs Reveals Stepwise Evolution of Transcriptional Networks

  Motomu Matsui; Masaru Tomita; Akio Kanai

  GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2013年, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Deep sequencing reveals as-yet-undiscovered small RNAs in Escherichia coli

  Atsuko Shinhara; Motomu Matsui; Kiriko Hiraoka; Wataru Nomura; Reiko Hirano; Kenji Nakahigashi; Masaru Tomita; Hirotada Mori; Akio Kanai

  BMC GENOMICS, 2011年08月, 査読有り

  
• Bioinformatic analysis of post-transcriptional regulation by uORF in human and mouse

  Motomu Matsui; Nozomu Yachie; Yuki Okada; Rintaro Saito; Masaru Tomita

  FEBS LETTERS, 2007年09月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• SPLITS: A new program for predicting split and intron-containing tRNA genes at the genome level

  Junichi Sugahara; Nozomu Yachie; Yasuhiko Sekine; Akiko Soma; Motomu Matsui; Masaru Tomita; Akio Kanai

  In Silico Biology, 2006年, 査読有り

  
• A comprehensive software suite for the analysis of cDNAs

  Kazuharu Arakawa; Haruo Suzuki; Kosuke Fujishima; Kenji Fujimoto; Sho Ueda; Motomu Matsui; Masaru Tomita

  Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 2005年, 査読有り

  

MISC

• シン・近隣結合法:PANJEP法が問い直す系統解析の常識

  松井求; 岩崎渉

  日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 2022年

  
• グラフ理論に基づく新規進化解析手法の開発

  松井 求

  京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書, 2017年

  
• 表紙

  松井求

  日本ゲノム微生物学会ニュースレター, 2014年05月, 招待有り

  
• Cover image

  松井求

  Genome Biology and Evolution, 2013年04月, 招待有り

  

講演・口頭発表等

• Graph Splitting Method Resolves the Early Evolution of Protein Superfamilies

  松井求

  生命医薬情報学連合大会2018年大会, 2018年09月20日

  
• Graph Splitting法でタンパク質スーパーファミリーの進化を俯瞰する

  松井求

  第20回日本進化学会, 2018年08月23日

  
• Graph Splitting Method: Novel Phylogenetic Approach Beyond the Twilight Zone

  松井求

  生命医薬情報学連合大会2015年大会, 2015年10月29日

  
• Graph Splitting法: トワイライトゾーンを越える新たな系統解析手法

  松井求

  第17回日本進化学会, 2015年08月20日

  
• バクテリアにおける転写制御ネットワークの包括的進化解析

  松井求

  第8回日本ゲノム微生物学会, 2014年03月07日

  
• Genome-wide Analysis of novel small Peptide in Escherichia coli

  松井求

  CBI2006, 2006年07月25日

  

受賞

• 2015年10月31日

  研究奨励賞（日本バイオインフォマティクス学会）

外部資金：科学研究費補助金

• 熱帯農地における生物的炭素隔離の実現に必要な機序解明と活用

  基盤研究(B)

  小区分41050:環境農学関連

  東京農工大学

  杉原 創

  自 2024年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付

  土壌炭素隔離;土壌微生物機能;生態系サービス;熱帯農業生態系

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K01889/
• 半乾燥熱帯畑作地における混作技術革新：根圏微生物機能と深層土水の活用

  国際共同研究加速基金(海外連携研究)

  中区分41:社会経済農学、農業工学およびその関連分野

  東京農工大学

  杉原 創

  自 2023年09月08日, 至 2027年03月31日, 交付

  混作;窒素・リン・水循環;持続可能性;微生物群集;深層土

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23KK0122/
• 機能インフォマティクスが解き明かすポストコッホ生態系

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  複合領域

  東京大学

  松井 求

  自 2019年06月28日, 至 2024年03月31日, 完了

  バイオインフォマティクス;微生物ダークマター;ポストコッホ生態系;データベース;機能インフォマティクス;ネットワーク解析;微生物生態;メタゲノム解析;ネットワーク;ポストコッホ生態;微生物生態学;窒素循環;微生物形態;微生物相互作用

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-19H05688/
• 超地球生命体を解き明かすポストコッホ生態学

  新学術領域研究(研究領域提案型)

  複合領域

  筑波大学

  高谷 直樹

  自 2019年06月28日, 至 2024年03月31日, 完了

  微生物;分離培養;イメージング;圃場生態;バイオインフォマティクス;生態;微生物機能;微生物生態

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-ORGANIZER-19H05679/
• 進化的特徴へのゲノム情報解析とAI技術を用いた病原性・共生遺伝子群の発見法の開発

  基盤研究(C)

  小区分39040:植物保護科学関連

  東京大学

  青木 誠志郎

  自 2025年04月01日, 至 2030年03月31日, 交付

  植物微生物相互作用;進化;ゲノム;バイオインフォマティクス;寄生と共生

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K09119/

教育

担当科目

• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生命情報学特論

  3179, 後期, 情報学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生命情報学基礎論

  3159, 前期, 情報学研究科, 2

学術・社会貢献

委員歴

• 自 2022年04月, 至 現在

  理事, 日本バイオインフォマティクス学会
• 自 2020年04月, 至 2022年03月

  監事, 日本バイオインフォマティクス学会