基本情報

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  kawaguchi.shinichi.7fkyoto-u.ac.jp

所属学協会

• 日本分子生物学会

学位

• 1995年03月25日

  大阪大学修士（理学）
• 1998年03月25日

  大阪大学博士（理学）

出身学校・専攻等

• 大阪大学, 理学部生物学科, 卒業

経歴

• 自 2026年04月, 至 現在

  京都大学, 大学院生命科学研究科, 特定講師
• 自 2025年04月, 至 2026年03月

  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 助教
• 自 2014年10月, 至 2024年09月

  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 助教
• 自 2005年07月, 至 2014年09月

  テマセク生命科学研究所（シンガポール）, リサーチフェロー
• 自 2004年04月, 至 2005年03月

  NECソフト株式会社, 主任研究員
• 自 2002年04月, 至 2004年03月

  日本学術振興会, 海外特別研究員
• 自 2000年09月, 至 2004年03月

  カーネギー研究所（米国）, ポスドク研究員
• 自 1998年10月, 至 2000年08月

  理化学研究所（播磨）, 基礎科学特別研究員
• 自 1998年04月, 至 1998年09月

  理化学研究所（和光）, 奨励研究員
• 自 1995年04月, 至 1998年03月

  日本学術振興会, 特別研究員（DC1）

ID,URL

• J-Global ID

  201901012347836480

researchmap URL

• https://researchmap.jp/1234567890abc

研究

研究分野

• ライフサイエンス, 分子生物学, 生化学
• ライフサイエンス, 構造生物化学, バイオインフォマティックス
• ライフサイエンス, 発生生物学, 生殖細胞

論文

• Transcriptional repression of reaper by Stand still ensures female germline development in Drosophila

  Masaya Matsui; Shinichi Kawaguchi; Toshie Kai

  PLOS Genetics, 2026年03月05日, 査読有り

  
• Squash ensures Spindle-E-dependent heterotypic ping-pong amplification of piRNAs in the Drosophila ovary

  XIN XU; Iki Taichiro; Kawaguchi Shinichi; Kai Toshie

  bioRxiv, 2025年12月15日, 責任著者

  
• Pathogenesis and potential therapeutic targets of trichorhinophalangeal syndrome; lessons obtained from animal studies.

  Naoya Saeki; Rinna Kanai; Sayuri Tatsuta; Shinichi Kawaguchi; Masatsune Itoh; Shinsuke Ohba; Makoto Abe

  Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists, 2025年09月25日, 査読有り

  
• Factories without walls: The molecular architecture and functions of non-membrane organelles in small RNA-guided genome protection

  Shinichi Kawaguchi; Wakana Isshiki; Toshie Kai

  Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects, 2025年06月, 査読有り, 筆頭著者

  
• In silico screening by AlphaFold2 program revealed the potential binding partners of nuage-localizing proteins and piRNA-related proteins

  Kawaguchi Shinichi; Xu Xin; Soga Takashi; Yamaguchi Kenta; Kawasaki Ryuuya; Shimouchi Ryota; Date Susumu; Kai Toshie

  eLife, 2025年04月22日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• HemK2 functions for sufficient protein synthesis and RNA stability through eRF1 methylation during Drosophila oogenesis

  Fengmei Xu; Ritsuko Suyama; Toshifumi Inada; Shinichi Kawaguchi; Toshie Kai

  Development, 2024年07月15日, 査読有り, 責任著者

  
• Tejas functions as a core component in nuage assembly and precursor processing in Drosophila piRNA biogenesis.

  Yuxuan Lin; Ritsuko Suyama; Shinichi Kawaguchi; Taichiro Iki; Toshie Kai

  The Journal of cell biology, 2023年10月02日, 査読有り

  
• miRNA/siRNA-directed pathway to produce noncoding piRNAs from endogenous protein-coding regions ensures Drosophila spermatogenesis

  Taichiro Iki; Shinichi Kawaguchi; Toshie Kai

  Science Advances, 2023年07月21日, 査読有り

  
• The Tudor Domain-Containing Protein, Kotsubu (CG9925), Localizes to the Nuage and Functions in piRNA Biogenesis in D. melanogaster.

  Lin-Xenia Lim; Wakana Isshiki; Taichiro Iki; Shinichi Kawaguchi; Toshie Kai

  Frontiers in molecular biosciences, 2022年, 査読有り

  
• Drosophila MARF1 ensures proper oocyte maturation by regulating nanos expression.

  Shinichi Kawaguchi; Mizuki Ueki; Toshie Kai

  PloS one, 2020年, 査読有り, 筆頭著者

  
• Structural comparison between the open and closed forms of citrate synthase from Thermus thermophilus HB8.

  Eiji Kanamori; Shin-Ichi Kawaguchi; Seiki Kuramitsu; Tsutomu Kouyama; Midori Murakami

  Biophysics and physicobiology, 2015年, 査読有り

  
• Biosynthetic mode can determine the mechanism of protein quality control.

  Rupali Prasad; Shinichi Kawaguchi; Davis T W Ng

  Biochemical and biophysical research communications, 2012年08月31日, 査読有り

  
• Cell biology. Sensing ER stress.

  Shinichi Kawaguchi; Davis T W Ng

  Science (New York, N.Y.), 2011年09月30日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Interplay of substrate retention and export signals in endoplasmic reticulum quality control.

  Shinichi Kawaguchi; Chia-Ling Hsu; Davis T W Ng

  PloS one, 2010年11月24日, 査読有り, 筆頭著者

  
• A nucleus-based quality control mechanism for cytosolic proteins.

  Rupali Prasad; Shinichi Kawaguchi; Davis T W Ng

  Molecular biology of the cell, 2010年07月01日, 査読有り

  
• Regulation of microtubule assembly and organization in mitosis by the AAA+ ATPase Pontin.

  Daniel Ducat; Shin-Ichi Kawaguchi; Hongbin Liu; John R Yates 3rd; Yixian Zheng

  Molecular biology of the cell, 2008年07月, 査読有り

  
• The EDEM and Yos9p families of lectin-like ERAD factors.

  Kazue Kanehara; Shinichi Kawaguchi; Davis T W Ng

  Seminars in cell & developmental biology, 2007年12月, 査読有り

  
• SnapShot: ER-associated protein degradation pathways.

  Shinichi Kawaguchi; Davis T W Ng

  Cell, 2007年06月15日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Crystal structure of the conserved protein TTHA0727 from Thermus thermophilus HB8 at 1.9 A resolution: A CMD family member distinct from carboxymuconolactone decarboxylase (CMD) and AhpD.

  Kaori Ito; Ryoichi Arai; Emiko Fusatomi; Tomomi Kamo-Uchikubo; Shin-Ichi Kawaguchi; Ryogo Akasaka; Takaho Terada; Seiki Kuramitsu; Mikako Shirouzu; Shigeyuki Yokoyama

  Protein science : a publication of the Protein Society, 2006年05月, 査読有り

  
• Expression and purification of recombinant human histones.

  Yoshinori Tanaka; Maki Tawaramoto-Sasanuma; Shinichi Kawaguchi; Tsutomu Ohta; Kinya Yoda; Hitoshi Kurumizaka; Shigeyuki Yokoyama

  Methods (San Diego, Calif.), 2004年05月, 査読有り

  
• Characterization of a Drosophila centrosome protein CP309 that shares homology with Kendrin and CG-NAP.

  Shin-ichi Kawaguchi; Yixian Zheng

  Molecular biology of the cell, 2004年01月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Crystal structure of the CENP-B protein-DNA complex: the DNA-binding domains of CENP-B induce kinks in the CENP-B box DNA

  Y Tanaka; O Nureki; H Kurumizaka; S Fukai; S Kawaguchi; M Ikuta; J Iwahara; T Okazaki; S Yokoyama

  EMBO JOURNAL, 2001年12月, 査読有り

  
• Substrate recognition mechanism of thermophilic dual-substrate enzyme.

  H Ura; T Nakai; S I Kawaguchi; I Miyahara; K Hirotsu; S Kuramitsu

  Journal of biochemistry, 2001年07月, 査読有り

  
• Structure of the EMAPII domain of human aminoacyl-tRNA synthetase complex reveals evolutionary dimer mimicry.

  L Renault; P Kerjan; S Pasqualato; J Ménétrey; J C Robinson; S Kawaguchi; D G Vassylyev; S Yokoyama; M Mirande; J Cherfils

  The EMBO journal, 2001年02月01日, 査読有り

  
• The crystal structure of the ttCsaA protein: an export-related chaperone from Thermus thermophilus.

  S Kawaguchi; J Müller; D Linde; S Kuramitsu; T Shibata; Y Inoue; D G Vassylyev; S Yokoyama

  The EMBO journal, 2001年02月01日, 査読有り, 筆頭著者

  
• 1P019高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来クエン酸シンターゼリガンド複合体のX線結晶構造解析

  村上 緑; 金森 英司; 河口 真一; 倉光 成紀; 横山 茂之; 神山 勉

  生物物理, 2001年

  
• Free energy requirement for domain movement of an enzyme.

  J Ishijima; T Nakai; S Kawaguchi; K Hirotsu; S Kuramitsu

  The Journal of biological chemistry, 2000年06月23日, 査読有り

  
• The molecular structure of hyperthermostable aromatic aminotransferase with novel substrate specificity from Pyrococcus horikoshii.

  I Matsui; E Matsui; Y Sakai; H Kikuchi; Y Kawarabayasi; H Ura; S Kawaguchi; S Kuramitsu; K Harata

  The Journal of biological chemistry, 2000年02月18日, 査読有り

  
• Structural genomics projects in Japan.

  S Yokoyama; Y Matsuo; H Hirota; T Kigawa; M Shirouzu; Y Kuroda; H Kurumizaka; S Kawaguchi; Y Ito; T Shibata; M Kainosho; Y Nishimura; Y Inoue; S Kuramitsu

  Progress in biophysics and molecular biology, 2000年, 査読有り

  
• Structure of Thermus thermophilus HB8 aspartate aminotransferase and its complex with maleate.

  T Nakai; K Okada; S Akutsu; I Miyahara; S Kawaguchi; R Kato; S Kuramitsu; K Hirotsu

  Biochemistry, 1999年02月23日, 査読有り

  
• The novel substrate recognition mechanism utilized by aspartate aminotransferase of the extreme thermophile Thermus thermophilus HB8.

  Y Nobe; S Kawaguchi; H Ura; T Nakai; K Hirotsu; R Kato; S Kuramitsu

  The Journal of biological chemistry, 1998年11月06日, 査読有り

  
• Crystallization and preliminary X-ray characterization of aspartate aminotransferase from an extreme thermophile, Thermus thermophilus HB8.

  T Nakai; K Okada; S Kawaguchi; R Kato; S Kuramitsu; K Hirotsu

  Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography, 1998年09月01日, 査読有り

  
• Thermodynamics and molecular simulation analysis of hydrophobic substrate recognition by aminotransferases.

  S i Kawaguchi; S Kuramitsu

  The Journal of biological chemistry, 1998年07月17日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Cloning and characterization of the uvrD gene from an extremely thermophilic bacterium, Thermus thermophilus HB8.

  Y Hiramatsu; R Kato; S Kawaguchi; S Kuramitsu

  Gene, 1997年10月15日, 査読有り

  
• Enzyme flexibility: a new concept in recognition of hydrophobic substrates.

  S Kawaguchi; Y Nobe; J Yasuoka; T Wakamiya; S Kusumoto; S Kuramitsu

  Journal of biochemistry, 1997年07月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Separation of heat-stable proteins from Thermus thermophilus HB8 by two-dimensional electrophoresis.

  S Kawaguchi; S Kuramitsu

  Electrophoresis, 1995年06月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Homologous ligation: a novel cloning method.

  S Kawaguchi; S Kuramitsu

  Trends in genetics : TIG, 1994年12月, 査読有り, 筆頭著者

  
• [Mechanism of enzyme reaction].

  S Kawaguchi; S Kuramitsu

  Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 1994年05月, 査読有り, 筆頭著者

  
• Construction of aminotransferase chimeras and analysis of their substrate specificity.

  K Miyazawa; S Kawaguchi; A Okamoto; R Kato; T Ogawa; S Kuramitsu

  Journal of biochemistry, 1994年03月, 査読有り

  

MISC

• AlphaFold2を利用して、新規なタンパク質間相互作用ペアを発見する〜機能解析の新展開

  河口真一

  HPSC (High Performance Scientific Computing) News, 2024年03月, 筆頭著者, 責任著者

  
• 高度好熱菌酵素は分子の揺らぎをうまく使い分けている

  中井 忠志; 宮原 郁子; 広津 建; 宇良 秀明; 河口 真一; 倉光 成紀

  日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集, 1998年12月01日

  
• 酵素のダイナミズム : 基質の炭素鎖数に応じた酵素の誘導適合

  石嶋 潤; 中井 忠志; 河口 真一; 広津 建; 倉光 成紀

  日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集, 1998年12月01日

  
• 高度好熱菌アスパラギン酸アミノ基転移酵素の構造変化

  中井 忠志; 岡田 健吾; 宮原 郁子; 広津 建; 河口 真一; 倉光 成紀

  生物物理, 1998年09月07日

  
• 好熱菌丸ごと一匹プロジェクト

  倉光 成紀; 河口 真一

  バイオサイエンスとインダストリー = Bioscience & industry, 1996年09月01日

  
• 根粒菌由来の常温菌型および好熱菌型アミノ基転移酵素

  河口 真一; 倉光 成紀

  日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集, 1996年08月

  
• 高度好熱菌Thermus thermophilus由来アスパラギン酸アミノ基転移酵素の疎水性基質認識機構の解析

  延 優子; 河口 真一; 加藤 龍一; 倉光 成紀

  日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集, 1996年08月

  
• 高度好熱菌のDNAヘリカーゼのクローニング

  平松 佳晃; 加藤 龍一; 河口 真一; 倉光 成紀

  日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集, 1996年08月01日

  
• 高度好熱菌由来のアミノ基転移酵素の結晶構造

  岡田健吾; 中井忠志; 延優子; 河口真一; 岡本明弘; 加藤龍一; 倉光成紀; 広津建

  日本結晶学会誌, 1996年

  
• ENZYMES THAT RECOGNIZE 2 DIFFERENT KINDS OF SUBSTRATE

  S KURAMITSU; S KAWAGUCHI; A OKAMOTO

  PROTEIN ENGINEERING, 1994年09月

  

講演・口頭発表等

• AlphaFoldを用いたタンパク質間相互作用のin silicoスクリーニング

  河口真一

  京都バイオ計測センター研究交流発表会2025, 2025年10月02日, 招待有り

  

外部資金：科学研究費補助金

• 包括的なmRNAの塩基修飾解析が明らかにする生殖幹細胞の維持と分化のメカニズム

  基盤研究(C)

  小区分43060:システムゲノム科学関連

  大阪大学

  河口 真一

  自 2019年04月01日, 至 2022年03月31日, 完了

  エピトランスクリプトーム;塩基修飾;生殖幹細胞;ナノポア;Direct-mRNA-seq;ナノポア;ポリA鎖長

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19K06628/

学術・社会貢献

学術貢献活動

• 第４８回日本分子生物学会マッチングイベント「AlphaFold界隈の人、この指とまれ！」

  企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

  河口真一, 自 2025年12月04日, 至 2025年12月04日