基本情報

協力講座

• 薬学研究科, 創発医薬科学専攻 創発医薬科学講座, 助教
• 理学研究科, 生物科学専攻 化学生命科学研究領域, 助教

全学メールアドレス

• 全学メールアドレス

  ishii.yuu.6wkyoto-u.ac.jp

学位

• 2019年09月04日

  東北大学博士（生命科学）
• 2010年03月25日

  東北大学修士（生命科学）

出身学校・専攻等

• 東北大学, 理学部生物学科, 卒業

経歴

• 自 2026年01月, 至 現在

  京都大学, 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター, 助教
• 自 2023年04月, 至 現在

  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 客員連携研究員
• 自 2023年07月, 至 2025年12月

  京都大学, 大学院農学研究科, 特定研究員（学振RPD）
• 自 2023年01月, 至 2023年06月

  京都大学, 大学院農学研究科, 学振特別研究員（PD）
• 自 2020年04月, 至 2023年03月

  東北大学, 大学院生命科学研究科 生態発生適応科学専攻, 博士研究員
• 自 2020年04月, 至 2022年12月

  宮城教育大学, 学振特別研究員（PD）
• 自 2019年10月, 至 2020年03月

  東北大学, 大学院生命科学研究科, 助教
• 自 2015年08月, 至 2019年09月

  東北大学, 大学院生命科学研究科, 研究支援員

ID,URL

• J-Global ID

  201601017684770067

• 外部リンク

  https://sites.google.com/view/yuu-ishii/home

researchmap URL

• https://researchmap.jp/YuuIshii

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  刺胞動物と単細胞藻類の細胞内共生の進化メカニズム

• 研究概要

  熱帯・亜熱帯海域の生態系を支える、サンゴやイソギンチャクなどの刺胞動物と単細胞藻類である褐虫藻の細胞内共生がどのように進化してきたのかを明らかにしている。特に生物間の物質のやり取りに着目して、オミクス解析や化学分析、顕微鏡観察などを組み合わせて研究を行っている。

研究キーワード

• 相互作用
• 生態進化
• 共生
• サンゴ
• 褐虫藻

研究分野

• ライフサイエンス, ゲノム生物学
• ライフサイエンス, 進化生物学

論文

• Ecophysiology of Pavlomulina ranunculiformis (Rappephyceae, Haptophyta): Implications for its fundamental niche

  Akari Miyaura; Sai Koide; So Kobayashi; Yuto Hazui; Masanobu Kawachi; Yuu Ishii; Takashi Yoshida; Ryoma Kamikawa

  Phycological Research, 2026年10月

  
• Positive Selection of a Starch Synthesis Gene and Phenotypic Differentiation of Starch Accumulation in Symbiotic and Free-Living Coral Symbiont Dinoflagellate Species

  Yuu Ishii; Shunsuke Kanamori; Ryusaku Deguchi; Masakado Kawata; Shinichiro Maruyama; Takashi Yoshida; Ryoma Kamikawa

  Genome Biology and Evolution, 2025年07月03日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Molecular diversity of green-colored microbial mats from hot springs of northern Japan.

  Yangtsho Gyaltshen; Yuu Ishii; Sophie Charvet; Eleanor Goetz; Shinichiro Maruyama; Eunsoo Kim

  Extremophiles : life under extreme conditions, 2024年08月31日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Detection of evolutionary conserved and accelerated genomic regions related to adaptation to thermal niches in Anolis lizards

  Sakamoto, F.; Kanamori, S.; D{\'i}az, L.M.; C{\'a}diz, A.; Ishii, Y.; Yamaguchi, K.; Shigenobu, S.; Nakayama, T.; Makino, T.; Kawata, M.

  Ecology and Evolution, 2024年, 査読有り

  
• Genetic differentiation and local adaptation of the Japanese honeybee, Apis cerana japonica

  Wakamiya, T.; Kamioka, T.; Ishii, Y.; Takahashi, J.-I.; Maeda, T.; Kawata, M.

  Ecology and Evolution, 2023年10月, 査読有り

  
• Environmental pH signals the release of monosaccharides from cell wall in coral symbiotic alga

  Ishii, Y.; Ishii, H.; Kuroha, T.; Yokoyama, R.; Deguchi, R.; Nishitani, K.; Minagawa, J.; Kawata, M.; Takahashi, S.; Maruyama, S.

  eLife, 2023年08月18日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Establishment of a New Model Sea Anemone for Comparative Studies on Cnidarian-Algal Symbiosis

  Mihirogi, Y.; Kaneda, M.; Yamagishi, D.; Ishii, Y.; Maruyama, S.; Nakamura, S.; Shimoyama, N.; Oohori, C.; Hatta, M.

  Zoological Science, 2023年04月17日, 査読有り

  
• On the origin of appetite: GLWamide in jellyfish represents an ancestral satiety neuropeptide

  Thoma, V.; Sakai, S.; Nagata, K.; Ishii, Y.; Maruyama, S.; Abe, A.; Kondo, S.; Kawata, M.; Hamada, S.; Deguchi, R.; Tanimoto, H.

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2023年04月11日, 査読有り

  
• Does selection occur at the intermediate zone of two insufficiently isolated populations? A whole-genome analysis along an altitudinal gradient

  Yoshida, N.; Morinaga, S.-I.; Wakamiya, T.; Ishii, Y.; Kubota, S.; Hikosaka, K.

  Journal of Plant Research, 2023年03月, 査読有り

  
• Gene expression alterations from reversible to irreversible stages during coral metamorphosis

  Ishii, Y.; Hatta, M.; Deguchi, R.; Kawata, M.; Maruyama, S.

  Zoological Letters, 2022年12月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Genetic basis of orange spot formation in the guppy (Poecilia reticulata)

  Kawamoto, M.; Ishii, Y.; Kawata, M.

  BMC Ecology and Evolution, 2021年12月, 査読有り

  
• Detection of genes positively selected in Cuban Anolis lizards that naturally inhabit hot and open areas and currently thrive in urban areas

  Shunsuke Kanamori; Antonio Cádiz; Luis M. Díaz; Yuu Ishii; Takuro Nakayama; Masakado Kawata

  Ecology and Evolution, 2021年02月, 査読有り

  
• Publisher Correction: Genetic tool development in marine protists: emerging model organisms for experimental cell biology (Nature Methods, (2020), 17, 5, (481-494), 10.1038/s41592-020-0796-x)

  Faktorov{\'a}, D.; Nisbet, R.E.R.; Fern{\'a}ndez Robledo, J.A.; Casacuberta, E.; Sudek, L.; Allen, A.E.; Ares, M.; Arest{\'e}, C.; Balestreri, C.; Barbrook, A.C.; Beardslee, P.; Bender, S.; Booth, D.S.; Bouget, F.-Y.; Bowler, C.; Breglia, S.A.; Brownlee, C.; Burger, G.; Cerutti, H.; Cesaroni, R.; Chiurillo, M.A.; Clemente, T.; Coles, D.B.; Collier, J.L.; Cooney, E.C.; Coyne, K.; Docampo, R.; Dupont, C.L.; Edgcomb, V.; Einarsson, E.; Elustondo, P.A.; Federici, F.; Freire-Beneitez, V.; Freyria, N.J.; Fukuda, K.; Garc{\'i}a, P.A.; Girguis, P.R.; Gomaa, F.; Gornik, S.G.; Guo, J.; Hampl, V.; Hanawa, Y.; Haro-Contreras, E.R.; Hehenberger, E.; Highfield, A.; Hirakawa, Y.; Hopes, A.; Howe, C.J.; Hu, I.; Iba{\~n}ez, J.; Irwin, N.A.T.; Ishii, Y.; Janowicz, N.E.; Jones, A.C.; Kachale, A.; Fujimura-Kamada, K.; Kaur, B.; Kaye, J.Z.; Kazana, E.; Keeling, P.J.; King, N.; Klobutcher, L.A.; L; er, N.; Lassadi, I.; Li, Z.; Lin, S.; Lozano, J.-C.; Luan, F.; Maruyama, S.; Matute, T.; Miceli, C.; Minagawa, J.; Moosburner, M.; Najle, S.R.; Nanjappa, D.; Nimmo, I.C.; Noble, L.; Nov{\'a}k Vanclov{\'a}, A.M.G.; Nowacki, M.; Nu{\~n}ez, I.; Pain, A.; Piersanti, A.; Pucciarelli, S.; Pyrih, J.; Rest, J.S.; Rius, M.; Robertson, D.; Ruaud, A.; Ruiz-Trillo, I.; Sigg, M.A.; Silver, P.A.; Slamovits, C.H.; Jason Smith, G.; Sprecher, B.N.; Stern, R.; Swart, E.C.; Tsaousis, A.D.; Tsypin, L.; Turkewitz, A.; Turn?ek, J.; Valach, M.; Verg{\'e}, V.; von Dassow, P.; von der Haar, T.; Waller, R.F.; Wang, L.; Wen, X.; Wheeler, G.; Woods, A.; Zhang, H.; Mock, T.; Worden, A.Z.; Luke?, J.

  Nature Methods, 2020年05月, 査読有り

  
• Genetic tool development in marine protists: emerging model organisms for experimental cell biology

  Faktorov{\'a}, D.; Nisbet, R.E.R.; Fern{\'a}ndez Robledo, J.A.; Casacuberta, E.; Sudek, L.; Allen, A.E.; Ares, M.; Arest{\'e}, C.; Balestreri, C.; Barbrook, A.C.; Beardslee, P.; Bender, S.; Booth, D.S.; Bouget, F.-Y.; Bowler, C.; Breglia, S.A.; Brownlee, C.; Burger, G.; Cerutti, H.; Cesaroni, R.; Chiurillo, M.A.; Clemente, T.; Coles, D.B.; Collier, J.L.; Cooney, E.C.; Coyne, K.; Docampo, R.; Dupont, C.L.; Edgcomb, V.; Einarsson, E.; Elustondo, P.A.; Federici, F.; Freire-Beneitez, V.; Freyria, N.J.; Fukuda, K.; Garc{\'i}a, P.A.; Girguis, P.R.; Gomaa, F.; Gornik, S.G.; Guo, J.; Hampl, V.; Hanawa, Y.; Haro-Contreras, E.R.; Hehenberger, E.; Highfield, A.; Hirakawa, Y.; Hopes, A.; Howe, C.J.; Hu, I.; Iba{\~n}ez, J.; Irwin, N.A.T.; Ishii, Y.; Janowicz, N.E.; Jones, A.C.; Kachale, A.; Fujimura-Kamada, K.; Kaur, B.; Kaye, J.Z.; Kazana, E.; Keeling, P.J.; King, N.; Klobutcher, L.A.; L; er, N.; Lassadi, I.; Li, Z.; Lin, S.; Lozano, J.-C.; Luan, F.; Maruyama, S.; Matute, T.; Miceli, C.; Minagawa, J.; Moosburner, M.; Najle, S.R.; Nanjappa, D.; Nimmo, I.C.; Noble, L.; Nov{\'a}k Vanclov{\'a}, A.M.G.; Nowacki, M.; Nu{\~n}ez, I.; Pain, A.; Piersanti, A.; Pucciarelli, S.; Pyrih, J.; Rest, J.S.; Rius, M.; Robertson, D.; Ruaud, A.; Ruiz-Trillo, I.; Sigg, M.A.; Silver, P.A.; Slamovits, C.H.; Jason Smith, G.; Sprecher, B.N.; Stern, R.; Swart, E.C.; Tsaousis, A.D.; Tsypin, L.; Turkewitz, A.; Turn?ek, J.; Valach, M.; Verg{\'e}, V.; von Dassow, P.; von der Haar, T.; Waller, R.F.; Wang, L.; Wen, X.; Wheeler, G.; Woods, A.; Zhang, H.; Mock, T.; Worden, A.Z.; Luke?, J.

  Nature Methods, 2020年

  
• Human-specific mutations in VMAT1 confer functional changes and multi-directional evolution in the regulation of monoamine circuits.

  Daiki X Sato; Yuu Ishii; Tomoaki Nagai; Kazumasa Ohashi; Masakado Kawata

  BMC evolutionary biology, 2019年12月02日, 査読有り

  
• Global shifts in gene expression profiles accompanied with environmental changes in cnidarian-dinoflagellate endosymbiosis

  Ishii, Y.; Maruyama, S.; Takahashi, H.; Aihara, Y.; Yamaguchi, T.; Yamaguchi, K.; Shigenobu, S.; Kawata, M.; Ueno, N.; Minagawa, J.

  G3: Genes, Genomes, Genetics, 2019年07月01日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Isolation of uracil auxotroph mutants of coral symbiont alga for symbiosis studies

  Ishii, Y.; Maruyama, S.; Fujimura-Kamada, K.; Kutsuna, N.; Takahashi, S.; Kawata, M.; Minagawa, J.

  Scientific Reports, 2018年12月, 査読有り, 筆頭著者

  

MISC

• 褐虫藻は共生していることをどう感じているのか

  石井悠

  BSJ-review, 2022年11月, 査読有り, 筆頭著者

  
• 褐虫藻が低pH条件でグルコースを分泌するメカニズムと意義

  石井悠; 石井悠; 石井宏憲; 高橋俊一; 高橋俊一; 黒羽剛; 篠原直貴; 横山隆亮; 出口竜作; 西谷和彦; 皆川純; 皆川純; 河田雅圭; 丸山真一朗

  藻類, 2021年

  
• サンゴ共生藻と環境との対話,宿主との対話

  石井悠; 丸山真一朗

  光合成研究, 2020年04月, 査読有り, 筆頭著者

  
• サンゴ共生藻における形質転換技術開発の現状と展望

  石井 悠; 丸山 真一朗

  BSJ-review, 2017年11月, 査読有り, 筆頭著者

  

受賞

• 2023年09月08日

  日本動物学会女性研究者奨励OM賞
• 2018年06月02日

  International Society for Evolutionary Protistology meeting 2018 Travel Award

教育

担当科目

• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ

  9067, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ

  9066, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ

  9065, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ

  9068, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ

  9061, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ

  9064, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ

  9063, 前期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ

  9062, 後期, 理学研究科, 1
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  バイオインフォマティクス

  3768, 前期, 理学部, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物科学特論Ｂ

  9012, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  バイオインフォマティクス

  9136, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  ゲノムインフォマティクス

  C408, 前期, 薬学部, 2

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  化学研究所安全衛生委員会委員
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  化学研究所総務・教務委員会委員