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岡嵜 友輔

オカザキ ユウスケ

化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター 助教

岡嵜 友輔
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    Last Updated :2025/12/03

    基本情報

    協力講座

    • 薬学研究科, 創発医薬科学専攻 創発医薬科学講座, 助教
    • 理学研究科, 生物科学専攻 生体分子情報学講座, 助教

    所属学協会

    • 日本バイオインフォマティクス学会
    • アメリカ微生物学会(ASM)
    • 国際微生物生態学会(ISME)
    • 日本陸水学会
    • 日本微生物生態学会

    学位

    • 修士（理学）(京都大学)
    • 博士（理学）(京都大学)

    出身大学院・研究科等

    • 京都大学, 大学院理学研究科生物科学専攻修士課程, 修了
    • 京都大学, 大学院理学研究科生物科学専攻博士後期課程, 修了

    出身学校・専攻等

    • 京都大学, 理学部理学科, 卒業

    経歴

    • 自 2023年04月, 至 現在
      京都大学, 創発PI
    • 自 2020年12月, 至 現在
      京都大学, 化学研究所, 助教
    • 自 2018年04月, 至 2020年11月
      日本学術振興会特別研究員（PD)
    • 自 2015年04月, 至 2018年03月
      日本学術振興会特別研究員（DC1)
    • 自 2012年04月, 至 2015年03月
      三菱総合研究所 研究員

    ID,URL

    関連Webサイト

    researchmap URL

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      Last Updated :2025/12/03

      研究

      研究テーマ・研究概要

      • 研究テーマ

        淡水湖をフィールドとした微生物生態学

      • 研究概要

        琵琶湖をはじめとする大水深淡水湖を主な対象とした微生物生態学に取り組んでいる。フィールド（湖沼調査）・ドライ（大規模環境ゲノム解析）・ウェット（培養実験・顕微鏡観察）の3つのアプローチを併用しながら、コンパクトかつ網羅的な研究が可能な湖ならではの強みを活かし、微生物学、生態学、さらには生命科学全般の諸問題に答えうる研究への展開を目指している。

      研究キーワード

      • ウイルス
      • 細菌
      • メタゲノム
      • 琵琶湖
      • 陸水学
      • 微生物生態学

      研究分野

      • ライフサイエンス, ゲノム生物学
      • ライフサイエンス, 進化生物学
      • ライフサイエンス, 生態学、環境学
      • ライフサイエンス, 水圏生命科学

      論文

      • Giant viruses specific to deep oceans show persistent presence and activity.
        Wenwen Liu; Komei Nagasaka; Junyi Wu; Hiroki Ban; Ethan Mimick; Lingjie Meng; Russell Y Neches; Mohammad Moniruzzaman; Takashi Yoshida; Yosuke Nishimura; Hisashi Endo; Yusuke Okazaki; Hiroyuki Ogata
        mSystems, 2025年11月12日
      • Ecophysiology and global dispersal of the freshwater SAR11-IIIb genus Fontibacterium
        Clafy Fernandes; Markus Haber; Paul Layoun; Maria-Cecilia Chiriac; Paul-Adrian Bulzu; Rohit Ghai; Vojtech Kasalicky; Tanja Shabarova; Hans-Peter Grossar; Jason Woodhouse; Kasia Piwosz; Cecilia Alonso; Juan Zanetti; David P. Hamilton; Maxon Ngochera; Shin-ichi Nakano; Yusuke Okazaki; Michaela M. Salcher
        Nature Microbiology, 2025年08月15日, 査読有り
      • Ecological success in freshwater lakes: insights from novel cultivated lineages of the abundant Nanopelagicales order.
        Chiriac, M.C.; Layoun, P.; Fernandes, C.; Szoke-Nagy, T.; Kasalicky, V.; Okazaki, Y.; Woodhouse, J.; Grossart, H.-P.; Piwosz, K.; Znachor, P.; Sonntag, B.; Callieri, C.; Orlić, S.; Sommaruga, R.; Lepère, C.; Biderre-Petit, C.; Tammert, H.; Herlemann, D.P.R.; Ślusarczyk, M.; Bednarska, A.; Banciu, H.L.; Zalewski, M.; Woźniczka, A.; Ghai, R.; Salcher, M.M.; Haber, M.
        Microbiome, 2025年, 査読有り
      • Couples in the deep: dissolved organic and microbial communities in the oxygenated hypolimnion of a deep freshwater lake
        Morimaru Kida; Ayuri Ohira; Yusuke Okazaki; Yasuhiko T. Yamaguchi; Akiko S. Goto; Kazuhide Hayakawa; Hiroshi Nishimura
        2025年09月25日
      • Genome-resolved year-round dynamics reveal a broad range of giant virus microdiversity
        Yue Fang; Lingjie Meng; Jun Xia; Yasuhiro Gotoh; Tetsuya Hayashi; Keizo Nagasaki; Hisashi Endo; Yusuke Okazaki; Hiroyuki Ogata
        mSystems, 2024年12月26日, 査読有り
      • Taxon-specific contributions of microeukaryotes to biological carbon pump in the Oyashio region
        Qingwei Yang; Yanhui Yang; Jun Xia; Hideki Fukuda; Yusuke Okazaki; Toshi Nagata; Hiroyuki Ogata; Hisashi Endo
        ISME Communications, 2024年11月04日, 査読有り
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      • Contrasting defense strategies of oligotrophs and copiotrophs revealed by single-cell-resolved virus–host pairing of freshwater bacteria
        Yusuke Okazaki; Yohei Nishikawa; Ryota Wagatsuma; Haruko Takeyama; Shin-ichi Nakano
        ISME Communications, 2025年05月21日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • Spatiotemporal dynamics of giant viruses within a deep freshwater lake reveal a distinct dark-water community
        Liwen Zhang; Lingjie Meng; Yue Fang; Hiroyuki Ogata; Yusuke Okazaki
        The ISME Journal, 2024年09月23日, 査読有り, 最終著者, 責任著者
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      • Gene transfer among viruses substantially contributes to gene gain of giant viruses.
        Junyi Wu; Lingjie Meng; Morgan Gaïa; Hiroyuki Hikida; Yusuke Okazaki; Hisashi Endo; Hiroyuki Ogata
        Molecular biology and evolution, 2024年08月02日, 査読有り
      • 技術が拓く湖沼微生物生態学の最前線
        岡崎友輔
        陸水学雑誌, 2024年02月, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者
      • DiGAlign: Versatile and Interactive Visualization of Sequence Alignment for Comparative Genomics
        Yosuke Nishimura; Kohei Yamada; Yusuke Okazaki; Hiroyuki Ogata
        Microbes and Environments, 2024年03月, 査読有り
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      • A 1.5-Mb continuous endogenous viral region in the arbuscular mycorrhizal fungus Rhizophagus irregularis
        Hongda Zhao; Ruixuan Zhang; Junyi Wu; Lingjie Meng; Yusuke Okazaki; Hiroyuki Hikida; Hiroyuki Ogata
        Virus Evolution, 2023年, 査読有り
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      • A rapid genome-wide analysis of isolated giant viruses using MinION sequencing.
        Hiroyuki Hikida; Yusuke Okazaki; Ruixuan Zhang; Thi Tuyen Nguyen; Hiroyuki Ogata
        Environmental microbiology, 2023年08月05日, 査読有り
      • Metagenomic analysis of ecological niche overlap and community collapse in microbiome dynamics
        Hiroaki Fujita; Masayuki Ushio; Kenta Suzuki; Masato S. Abe; Masato Yamamichi; Yusuke Okazaki; Alberto Canarini; Ibuki Hayashi; Keitaro Fukushima; Shinji Fukuda; E. Toby Kiers; Hirokazu Toju
        Frontiers in Microbiology, 2023年11月15日, 査読有り
      • Facilitative interaction networks in experimental microbial community dynamics
        Hiroaki Fujita; Masayuki Ushio; Kenta Suzuki; Masato S. Abe; Masato Yamamichi; Yusuke Okazaki; Alberto Canarini; Ibuki Hayashi; Keitaro Fukushima; Shinji Fukuda; E. Toby Kiers; Hirokazu Toju
        Frontiers in Microbiology, 2023年04月11日, 査読有り
      • A Fast and Easy Method to Co-extract DNA and RNA from an Environmental Microbial Sample
        Yusuke Okazaki; Tuyen Thi Nguyen; Arisa Nishihara; Hisashi Endo; Hiroyuki Ogata; Shin-ichi Nakano; Hideyuki Tamaki
        Microbes and Environments, 2023年, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • Characterization of a bloom-associated alphaproteobacterial lineage, ‘Candidatus Phycosocius’: insights into freshwater algal-bacterial interactions
        Yuuhiko Tanabe; Haruyo Yamaguchi; Masaki Yoshida; Atsushi Kai; Yusuke Okazaki
        ISME Communications, 2023年03月11日, 査読有り
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      • Long-Read-Resolved, Ecosystem-Wide Exploration of Nucleotide and Structural Microdiversity of Lake Bacterioplankton Genomes
        Yusuke Okazaki; Shin-ichi Nakano; Atsushi Toyoda; Hideyuki Tamaki
        mSystems, 2022年08月08日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
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      • Ecogenomics sheds light on diverse lifestyle strategies in freshwater CPR.
        Maria-Cecilia Chiriac; Paul-Adrian Bulzu; Adrian-Stefan Andrei; Yusuke Okazaki; Shin-Ichi Nakano; Markus Haber; Vinicius Silva Kavagutti; Paul Layoun; Rohit Ghai; Michaela M Salcher
        Microbiome, 2022年06月04日, 査読有り
      • Microdiversity and phylogeographic diversification of bacterioplankton in pelagic freshwater systems revealed through long-read amplicon sequencing
        Yusuke Okazaki; Shohei Fujinaga; Michaela M. Salcher; Cristiana Callieri; Atsushi Tanaka; Ayato Kohzu; Hideo Oyagi; Hideyuki Tamaki; Shin-ichi Nakano
        Microbiome, 2021年01月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
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      • Long-read metagenomics using PromethION uncovers oral bacteriophages and their interaction with host bacteria
        Koji Yahara; Masato Suzuki; Aki Hirabayashi; Wataru Suda; Masahira Hattori; Yutaka Suzuki; Yusuke Okazaki
        Nature Communications, 2021年01月, 査読有り, 最終著者
      • Describing macroecological patterns in microbes: Approaches for comparative analyses of operational taxonomic unit read number distribution with a case study of global oceanic bacteria
        Ryosuke Nakadai; Yusuke Okazaki; Shunsuke Matsuoka
        Environmental DNA, 2020年10月, 査読有り
      • Genome‐resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus‐host interactions in a deep freshwater lake
        Yusuke Okazaki; Yosuke Nishimura; Takashi Yoshida; Hiroyuki Ogata; Shin‐ichi Nakano
        Environmental Microbiology, 2019年12月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community.
        Satoshi Hiraoka; Yusuke Okazaki; Mizue Anda; Atsushi Toyoda; Shin-Ichi Nakano; Wataru Iwasaki
        Nature communications, 2019年01月11日, 査読有り
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      • Widespread Dominance of Kinetoplastids and Unexpected Presence of Diplonemids in Deep Freshwater Lakes
        Indranil Mukherjee; Yoshikuni Hodoki; Yusuke Okazaki; Shohei Fujinaga; Kako Ohbayashi; Shin-ichi Nakano
        Frontiers in Microbiology, 2019年10月16日, 査読有り
      • The Broad Habitat Spectrum of the CL500-11 Lineage (Phylum Chloroflexi), a Dominant Bacterioplankton in Oxygenated Hypolimnia of Deep Freshwater Lakes
        Yusuke Okazaki; Michaela M. Salcher; Cristiana Callieri; Shin-ichi Nakano
        Frontiers in Microbiology, 2018年11月27日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
      • Hidden in plain sight—highly abundant and diverse planktonic freshwater Chloroflexi
        Maliheh Mehrshad; Michaela M Salcher; Yusuke Okazaki; Shin-ichi Nakano; Karel Šimek; Adrian-Stefan Andrei; Rohit Ghai
        Microbiome, 2018年10月02日, 査読有り
      • Distributions and geochemical behaviors of oxyanion-forming trace elements and uranium in the Hövsgöl–Baikal–Yenisei water system of Mongolia and Russia
        Akihito Mochizuki; Takahiro Murata; Ko Hosoda; Toshiya Katano; Yuji Tanaka; Tetsuro Mimura; Osamu Mitamura; Shin ichi Nakano; Yusuke Okazaki; Yuko Sugiyama; Yasuhiro Satoh; Yasunori Watanabe; Ayuriin Dulmaa; Chananbaatar Ayushsuren; Darmaa Ganchimeg; Valentin V. Drucker; Vladimir A. Fialkov; Masahito Sugiyama
        Journal of Geochemical Exploration, 2018年05月, 査読有り
      • Ubiquity and quantitative significance of bacterioplankton lineages inhabiting the oxygenated hypolimnion of deep freshwater lakes
        Yusuke Okazaki; Shohei Fujinaga; Atsushi Tanaka; Ayato Kohzu; Hideo Oyagi; Shin-ichi Nakano
        ISME JOURNAL, 2017年10月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
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      • Vertical partitioning of freshwater bacterioplankton community in a deep mesotrophic lake with a fully oxygenated hypolimnion (Lake Biwa, Japan)
        Yusuke Okazaki; Shin-Ichi Nakano
        ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS, 2016年10月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者
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      • A novel alphaproteobacterial ectosymbiont promotes the growth of the hydrocarbon-rich green alga Botryococcus braunii
        Yuuhiko Tanabe; Yusuke Okazaki; Masaki Yoshida; Hiroshi Matsuura; Atsushi Kai; Takashi Shiratori; Ken-ichiro Ishida; Shin-ichi Nakano; Makoto M. Watanabe
        SCIENTIFIC REPORTS, 2015年07月, 査読有り
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      • Seasonal dominance of CL500-11 bacterioplankton (phylum Chloroflexi) in the oxygenated hypolimnion of Lake Biwa, Japan
        Yusuke Okazaki; Yoshikuni Hodoki; Shin-ichi Nakano
        FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 2013年01月, 査読有り, 筆頭著者
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      MISC

      • 世界の湖の好気的深水層で優占するCL500-11細菌
        岡嵜 友輔
        日本微生物生態学会誌, 2025年03月01日
      • パンドラウイルスにおける大きなゲノム断片の水平伝播
        疋田弘之; ZHANG Ruixuan; CHEN Jingjie; 岡嵜友輔; 緒方博之
        日本微生物生態学会大会(Web), 2024年
      • 夏季成層期におけるイシク・クル湖の微生物相
        程木義邦; 中野伸一; MUKHERJEE Indranil; 岡崎友輔; 齋藤圭; 大久保賢治; SATYLKANOV Rysbek; 朴紫暎; 杉山雅人
        日本陸水学会大会講演要旨集, 2018年
      • ナノポアシークエンスによる巨大ウイルスゲノムの解析手法評価
        疋田弘之; 岡崎友輔; 緒方博之
        日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021年
      • 大水深淡水湖のユニークな微生物生態系
        岡崎友輔
        海洋化学研究, 2022年04月, 筆頭著者
      • 湖沼の微生物生態系が教えてくれること
        岡﨑 友輔
        日本微生物生態学会誌, 2021年
      • 一杯の湖水に秘められた難題
        岡崎友輔
        生物工学会誌, 2020年11月, 筆頭著者
      • ネオウイルス学に出会うまで
        岡崎友輔
        ネオウイルス学ニュースレター, 2019年11月, 筆頭著者
      • 琵琶湖堆積物からの過去100年のウイルス叢復元の試み
        本庄三恵; 槻木玲美; 加三千宣; 岡崎友輔; 木村成子; 吉田天士; 左子芳彦; 工藤洋
        日本生態学会大会講演要旨(Web), 2019年
      • メタゲノム解析でひも解く淡水湖のファージの多様性と生態
        岡崎友輔; 西村陽介; 吉田天士; 緒方博之; 中野伸一
        日本微生物生態学会大会(Web), 2019年
      • 育志賞の受賞にあたって
        岡崎 友輔
        陸水学雑誌 = Japanese journal of limnology, 2018年05月
      • 琵琶湖沖に生息する細菌・ウイルスのメタゲノム解析
        岡崎 友輔
        京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書, 2017年
      • P-19 琵琶湖表層における生物生産が深水層の細菌群集に与える影響(A.水圏生態系,ポスター発表)
        岡崎 友輔; 中野 伸一
        日本微生物生態学会講演要旨集, 2010年

      講演・口頭発表等

      • Genomic individuality of lake bacteria at the single-cell level reflects their ecological strategies
        Okazaki Y.
        International Meeting of the Microiological Society of Korea 2025 (MSK2025), 2025年10月, 招待有り
      • Hypolimnion-specific bacteria in a monomictic lake modulate their gene expression to survive winter holomixis
        Okazaki Y.; Toyoda A.; Kurokawa K.; Nakano S.; Tamaki H.
        Symposium of Aquatic Microbial Ecology (SAME18), 2025年09月
      • 大水深湖を対象とした微生物環境ゲノムデータベースの構築
        岡嵜友輔; Liwen Zhang; 緒方博之
        日本陸水学会 第89回大会, 2025年09月
      • Unraveling genomic diversification in lake bacterioplankton through high-resolution eco-genomics
        Yusuke Okazaki
        The 19th International Symposium on River and Lake Environment, 2024年11月, 招待有り
      • シングルセルゲノム解析を用いた環境ウイルスの宿主同定と感染率評価
        岡崎友輔
        第37回日本微生物生態学会大会, 2024年10月, 招待有り
      • 深水層の微生物生態系に迫る新技術の進撃
        岡崎友輔
        日本陸水学会第88回大会, 2024年10月
      • Low Infection Rate and Heterogeneous Virus-Host Interaction Among Freshwater Bacteria Revealed at the Single-Cell Resolution
        Okazaki Y; Nishikawa Y; Wagatsuma R; Takeyama H; Nakano S
        Viruses of Microbes meeting 2024, 2024年07月
      • 大水深淡水湖を対象とした微生物網羅的環境ゲノムデータベースの構築
        岡崎友輔; 大八木英夫; 程木義邦; 知北和久; 齋藤圭; 中野伸一
        日本陸水学会 第87回大会, 2023年10月
      • High-resolution microbial eco-genomics in deep freshwater lakes
        Yusuke Okazaki
        13th Asian Symposium on Microbial Ecology, 2023年11月30日, 招待有り
      • Single-cell genomics uncovers microbial genomic microdiversity and virus-host interactions that had eluded high-resolution metagenomics
        Okazaki Y; Nishikawa Y; Wagatsuma R; Takeyama H; Nakano S
        The Local Pangenome workshop, 2023年10月
      • Single cell genomics uncovered uncultured virus-host links in a deep freshwater lake
        Okazaki Y; Nishikawa Y; Wagatsuma R; Takeyama H; Nakano S
        Symposium of Aquatic Microbial Ecology (SAME17), 2023年08月
      • “湖の微生物生態系”を対象としたゲノム・多型・遺伝子発現の網羅的比較解析
        岡崎友輔; 中野 伸一; 豊田 敦; 玉木 秀幸
        日本微生物生態学会第35回大会, 2022年11月01日
      • 湖沼深⽔層の細菌の⽣態学
        岡崎友輔; 中野伸一
        日本陸水学会第86回大会, 2022年09月
      • Long-read-resolved, ecosystem-wide exploration of nucleotide and structural microdiversity of lake bacterioplankton genomes
        Yusuke Okazaki; Shin-ichi Nakano; Atsushi Toyoda; Hideyuki Tamaki
        18th International Symposium on Microbial Ecology, 2022年08月
      • Long- and short-read-resolved microdiversity of lake bacterioplankton genomes
        岡崎友輔
        METAGENOMICS FORUM, 2022年04月, 招待有り
      • ロングリード解析で拓くメタゲノムビニングの限界と環境細菌ゲノムの微小多様性
        岡崎友輔; 中野伸一; 豊田敦; 玉木秀幸
        微生物生態学会第34回大会, 2021年10月
      • ロングリードメタゲノム解析で拓く環境微生物の多様性
        岡崎友輔
        大隅基礎科学創成財団 微生物コンソーシアム, 2021年10月, 招待有り
      • 湖内および湖間の細菌のゲノム多様性の解明
        岡崎友輔; 藤永承平; 田中敦; 高津文人; 大八木英夫; 中野伸一
        日本陸水学会第85回大会, 2021年09月
      • Ecogenomics of bacteria and viruses in the water column of Lake Biwa
        Yusuke Okazaki
        35th Congress of the International Society of Limnology, 2021年08月
      • 大水深淡水湖のユニークな微生物生態系
        岡崎友輔
        京都化学者クラブ 第374 回例会, 2021年08月, 招待有り
      • ロングリードアンプリコンシーケンスで紐解く湖沼細菌の系統内多様性
        岡崎友輔
        2021 PacBio Japan Virtual User Group Meeting, 2021年05月, 招待有り

      受賞

      • 2022年09月18日
        日本陸水学会, 日本陸水学会 二〇二二年度 吉村賞
      • 2018年03月
        日本学術振興会, 第8回 育志賞

      メディア報道

      • ゲノムから地球規模の循環まで。湖に棲む微生物を多角的に探究する。「環境微生物・ウイルスのドライな謎にウェットに迫る」
        K.U. RESEARCH, https://research.kyoto-u.ac.jp/documentary/d040/, 2022年09月, インターネットメディア
      • Exposing the Bacterial Enigma of the Lake - Microbial Ecologist Yusuke OKAZAKI
        NHK World, Science View, 2023年07月, テレビ・ラジオ番組

      外部資金：科学研究費補助金

      • 未培養ウイルスの宿主は誰か？：環境中のウイルスと細菌のゲノムをつなぐ
        若手研究
        小区分45040:生態学および環境学関連
        京都大学
        岡崎 友輔
        自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付
        微生物生態学;シングルセルゲノム解析;琵琶湖;ウイルス;細菌;メタゲノム
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15182/
      • 溶存有機物の長期残存性を規定する分子複雑性とその規定要因の解明
        基盤研究(B)
        小区分63010:環境動態解析関連
        神戸大学
        木田 森丸
        自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付
        溶存有機物;長期残存性;微生物;分子多様性;低分子
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03733/
      • ウイルスによる赤潮崩壊現象を裏打ちする分子生態学的メカニズムに関する研究
        基盤研究(A)
        中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
        高知大学
        長崎 慶三
        自 2022年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付
        赤潮プランクトン;ウイルス;糖鎖認識機構;巨大蛋白質;長鎖反復配列;赤潮;二本鎖DNAウイルスHaV;特異的感染性;感受性;クローン多様性;生え戻り現象;高度アミノ酸反復領域;長鎖反復アミノ酸長鎖配列;糖鎖;宿主特異性
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H00385/
      • 無光層―太陽光の届かない水圏―に棲息する巨大ウイルスの生態
        基盤研究(A)
        中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
        京都大学
        緒方 博之
        自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付
        巨大ウイルス;無光層;生態;進化;深海
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H00384/
      • 湖沼の深水層に卓越する未知の有機物循環系の解明
        基盤研究(A)
        中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
        京都大学
        中野 伸一
        自 2022年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付
        湖沼深水層;有機物動態;高分子溶存有機物;沈降粒子;微生物ループ
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H00382/
      • 微生物窒素ポンプ：貧栄養水域への未知の栄養塩供給経路を実証する
        基盤研究(B)
        小区分63010:環境動態解析関連
        滋賀県琵琶湖環境科学研究センター
        山口 保彦
        自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 交付
        溶存有機物;窒素循環;アミノ酸;細菌;窒素同位体
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H03584/
      • 湖沼深水層に特有の微生物ループの解明
        挑戦的研究(萌芽)
        京都大学
        中野 伸一
        自 2017年06月30日, 至 2019年03月31日, 完了
        湖沼;深水層;微生物ループ;CL500-11細菌;キネトプラスチド鞭毛虫;ピコ植物プランクトン;微生物群集組成;細菌;原生生物;鞭毛虫;湖沼深水層;群集ゲノム解析;食物連鎖
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K19289/
      • 細菌由来サブミクロン粒子が生物ポンプを駆動する可能性の探索
        基盤研究(B)
        小区分63010:環境動態解析関連
        滋賀県琵琶湖環境科学研究センター
        山口 保彦
        自 2024年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付
        有機物動態;D-アミノ酸;窒素循環;微生物;琵琶湖
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K03078/
      • 溶存有機物の長期残存性を規定する分子複雑性とその規定要因の解明
        基盤研究(B)
        小区分63010:環境動態解析関連
        神戸大学
        木田 森丸
        自 2022年04月01日, 至 2025年03月31日, 交付
        溶存有機物;微生物;複雑多様性;琵琶湖;FT-ICR MS;細菌;分子複雑性;水圏有機地球化学;長期残存性;分子多様性;低分子
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K24987/
      • 湖沼で優占する細菌の難培養性の背景にある適応進化の解明
        特別研究員奨励費
        小区分38020:応用微生物学関連
        京都大学
        岡崎 友輔
        自 2025年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25KF0056/
      • 湖の深水層で優占する難培養細菌群の効率的単離法の確立とその生理生態の実験的検証
        若手研究
        小区分38020:応用微生物学関連
        京都大学
        岡崎 友輔
        自 2025年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付
        微生物生態学;難培養微生物;湖沼微生物学
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K18161/

      外部資金：その他

      • 湖間比較で拓く高解像度な生態系多様性研究基盤
        国立研究開発法人 科学技術振興機構, 創発的研究支援事業
        自 2023年04月01日, 至 2030年03月31日
        岡崎友輔
      • 先端的環境ゲノム解析で迫る原核生物の種内ゲノム多様化の謎
        京都大学教育研究振興財団 令和3年度 研究活動推進助成
        自 2021年07月01日, 至 2022年03月31日
        岡崎友輔
      • 環境微生物・ウイルスのドライな謎にウェットに迫る
        京都大学創立 125 周年記念ファンド【くすのき・125】
        自 2021年09月13日, 至 2025年03月31日
        岡崎友輔
      list
        Last Updated :2025/12/03

        教育

        担当科目

        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ
          9061, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          バイオインフォマティクス特論
          9154, 後期集中, 理学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ
          9068, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ
          9064, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ
          9063, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ
          9062, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ
          9067, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ
          9066, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ
          9065, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          研究計画作文演習Ｂ
          8403, 通年不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          研究計画作文演習Ａ
          8402, 通年不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          薬学実験コーチング演習Ａ
          8301, 通年不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          創薬情報科学特論
          8207, 後期不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          バイオインフォマティクス
          3768, 前期, 理学部, 2
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          バイオインフォマティクス
          9136, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          生物科学特論Ｂ
          9012, 後期, 理学研究科, 2
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          ゲノムインフォマティクス
          C408, 前期, 薬学部, 2
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          創発医薬科学研究Ａ
          8406, 通年不定, 薬学研究科, 4
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          創発医薬科学研究Ｃ
          8408, 通年不定, 薬学研究科, 4
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          創発医薬科学研究Ｂ
          8407, 通年不定, 薬学研究科, 4
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          科学論文解読演習Ｂ
          8405, 通年不定, 薬学研究科, 2
        • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
          科学論文解読演習Ａ
          8404, 通年不定, 薬学研究科, 2
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          研究計画作文演習Ｂ
          8403, 通年不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          研究計画作文演習Ａ
          8402, 通年不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          薬学実験コーチング演習Ａ
          8301, 通年不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ
          9068, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ
          9067, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ
          9066, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ
          9062, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ
          9061, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ
          9065, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ
          9064, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ
          9063, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          バイオインフォマティクス
          3768, 前期, 理学部, 2
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          バイオインフォマティクス
          9136, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          生物科学特論Ｂ
          9012, 後期, 理学研究科, 2
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          ゲノムインフォマティクス
          C408, 前期, 薬学部, 2
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          創発医薬科学研究Ｃ
          8408, 通年不定, 薬学研究科, 4
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          創発医薬科学研究Ｂ
          8407, 通年不定, 薬学研究科, 4
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          創発医薬科学研究Ａ
          8406, 通年不定, 薬学研究科, 4
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          科学論文解読演習Ａ
          8404, 通年不定, 薬学研究科, 2
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          バイオインフォマティクス理論
          1113, 後期不定, 薬学研究科, 2
        • 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日
          科学論文解読演習Ｂ
          8405, 通年不定, 薬学研究科, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          基礎化学実験
          N308, 前期, 国際高等教育院, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          研究計画作文演習Ａ
          8402, 通年不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          薬学実験コーチング演習Ａ
          8301, 通年不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          創薬情報科学特論
          8207, 後期不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          研究計画作文演習Ｂ
          8403, 通年不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ
          9062, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ
          9061, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ
          9065, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ
          9064, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ
          9063, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ
          9066, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ
          9068, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ
          9067, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクス特論
          9137, 後期, 理学研究科, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクス
          9136, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          生物科学特論Ｂ
          9012, 後期, 理学研究科, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクス
          3768, 前期, 理学部, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオ情報スキル
          5001, 通年不定, 薬学研究科, 4
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          創発医薬科学研究Ａ
          8406, 通年不定, 薬学研究科, 4
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          創発医薬科学研究Ｂ
          8407, 通年不定, 薬学研究科, 4
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          ゲノムインフォマティクス
          C408, 前期, 薬学部, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          バイオインフォマティクス理論
          1113, 後期不定, 薬学研究科, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          科学論文解読演習Ａ
          8404, 通年不定, 薬学研究科, 2
        • 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日
          科学論文解読演習Ｂ
          8405, 通年不定, 薬学研究科, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          科学論文解読演習Ａ
          8404, 通年不定, 薬学研究科, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ
          9062, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          バイオ情報スキル
          5001, 通年不定, 薬学研究科, 4
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          生物科学特論Ｂ
          9012, 後期, 理学研究科, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          薬学実験コーチング演習Ａ
          8301, 通年不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ
          9063, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ
          9066, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ
          9065, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          バイオインフォマティクス
          3768, 前期, 理学部, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ
          9061, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ
          9068, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ
          9067, 前期, 理学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          研究計画作文演習Ａ
          8402, 通年不定, 薬学研究科, 1
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          創発医薬科学研究Ａ
          8406, 通年不定, 薬学研究科, 4
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          バイオインフォマティクス
          9136, 前期, 理学研究科, 2
        • 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ
          9064, 後期, 理学研究科, 1
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクス
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクス
          前期, 理学部
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＡ
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＢ
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＣ
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＤ
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＡ
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＢ
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＣ
          前期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクスゼミナールＩＩＤ
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオ情報スキル
          通年不定, 薬学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクス特論
          後期, 理学研究科
        • 自 2021年04月, 至 2022年03月
          バイオインフォマティクス理論
          後期不定, 薬学研究科

        非常勤講師

        • 自 2024年04月01日, 至 2024年09月30日
          バイオインフォマティクス
          週2時間　合計6時間 , 京都大学, 理学部
        • 自 2023年04月01日, 至 2023年09月30日
          バイオインフォマティクス
          週2時間　合計6時間, 京都大学, 理学部
        • 自 2022年04月01日, 至 2022年09月30日
          バイオインフォマティクス
          期間内120時間, 理学部
        list
          Last Updated :2025/12/03

          大学運営

          部局運営(役職等)

          • 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日
            化学研究所安全衛生委員会委員
          • 自 2021年04月01日, 至 2022年03月31日
            化学研究所広報委員会委員
          list
            Last Updated :2025/12/03

            学術・社会貢献

            委員歴

            • 自 2025年04月, 至 2027年03月
              日本微生物生態学会評議員
            • 自 2025年01月, 至 2026年12月
              日本陸水学会英文誌編集委員
            • 自 2023年01月, 至 2024年12月
              将来計画ワーキンググループ, 日本陸水学会
            • 自 2022年02月, 至 2025年12月
              企画委員, 日本陸水学会

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