基本情報

学部兼担

• 薬学部

所属学協会

• ヒトプロテオーム機構
• American Society for Mass Spectrometry
• 日本分子生物学会
• 日本質量分析学会
• クロマトグラフィー科学会
• 日本薬学会
• 日本プロテオーム学会

学位

• 2022年03月23日

  京都大学博士（薬科学）
• 2022年03月23日

  京都大学博士（薬学）
• 修士（薬科学）(京都大学)

経歴

• 自 2024年07月, 至 2024年12月

  スイス連邦工科大学チューリッヒ校, 客員研究員
• 自 2019年05月, 至 2022年03月

  京都大学大学院薬学研究科, 薬科学専攻 製剤機能解析学分野, 特定助教
• 自 2022年04月, 至 現在

  京都大学大学院薬学研究科, 創発医薬科学専攻生体分子計測学分野, 助教

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0002-0634-3990

• J-Global ID

  201901014265841461

researchmap URL

• https://researchmap.jp/ogata_kk

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  リン酸化プロテオーム分析技術開発とタンパク質機能解析への応用

• 研究概要

  リン酸化プロテオーム解析のための分析手法の研究開発を行っている。リン酸化プロテオミクスにより同定される大量のリン酸化部位がタンパク質構造・機能に及ぼす影響の評価を主たる研究テーマとしている。

研究キーワード

• タンパク質リン酸化
• 液体クロマトグラフィー
• 質量分析
• プロテオミクス

研究分野

• ライフサイエンス, ゲノム生物学

論文

• The mitotic STAG3–cohesin complex shapes male germline nucleome

  Masahiro Nagano; Bo Hu; Kosuke Ogata; Fumiya Umemura; Yukiko Ishikura; Shinnosuke Suzuki; Christos C. Katsifis; Masanori Yoshinaga; Gabriele Litos; Kota Nagasaka; Wen Tang; Yoshiaki Nosaka; Hiromichi Sasada; Hanbo Wang; Daichi Kondo; Yoshitaka Katou; Ken Mizuta; Yukihiro Yabuta; Hiroshi Ohta; Francisca Nathalia de Luna Vitorino; Hiroshi Arima; Takafumi Ichikawa; Michele Gabriele; Jacek Majewski; Benjamin A. Garcia; Osamu Takeuchi; Shosei Yoshida; Anders S. Hansen; Jan-Michael Peters; Yasushi Ishihama; Mitinori Saitou

  Nature Structural & Molecular Biology, 2025年11月

  
• Bottom-up proteomics under acidic conditions using protease type XIII from Aspergillus saitoi

  Ryota Tomioka; Ayana Tomioka; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  bioRxiv, 2025年06月01日

  
• Detecting Protein Higher-Order Structural Changes Using Kinase as a Phospho-Labeler

  Asato Maeda; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  bioRxiv, 2025年05月12日

  
• Visible light-mediated photocatalytic coupling between tetrazoles and carboxylic acids for biomolecule labelling

  Takuro Matsuoka; Ryosuke Takasaki; Hiroki Akiba; Kosuke Ogata; Akira Hattori; Norihito Arichi; Hideaki Kakeya; Sho Yamasaki; Yasushi Ishihama; Hiroaki Ohno; Shinsuke Inuki

  Chemical Communications, 2025年

  この論文にアクセスする：

  
• Receptor-independent regulation of Gα13 by alpha-1-antitrypsin C-terminal peptides

  Yonghak Park; Shigeyuki Matsumoto; Kosuke Ogata; Biao Ma; Ryo Kanada; Yuta Isaka; Norihito Arichi; Xiaowen Liang; Ritsuko Maki; Tohru Kozasa; Yasushi Okuno; Hiroaki Ohno; Yasushi Ishihama; Fumiko Toyoshima

  Journal of Biological Chemistry, 2025年02月

  
• High-Recovery Desalting Tip Columns for a Wide Variety of Peptides in Mass Spectrometry-Based Proteomics

  Eisuke Kanao; Shunsuke Tanaka; Ayana Tomioka; Kosuke Ogata; Tetsuya Tanigawa; Takuya Kubo; Yasushi Ishihama

  Analytical Chemistry, 2024年12月31日

  この論文にアクセスする：

  
• AP-1B regulates interactions of epithelial cells and intraepithelial lymphocytes in the intestine

  Matsumoto, R.; Ogata, K.; Takahashi, D.; Kinashi, Y.; Yamada, T.; Morita, R.; Tanaka, K.; Hattori, K.; Endo, M.; Fujimura, Y.; Sasaki, N.; Ohno, H.; Ishihama, Y.; Kimura, S.; Hase, K.

  Cellular and Molecular Life Sciences, 2024年12月

  
• UniScore, a unified and universal measure for peptide identification by multiple search engines

  Tsuyoshi Tabata; Akiyasu C Yoshizawa; Kosuke Ogata; Chih-Hsiang Chang; Norie Araki; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  Molecular & Cellular Proteomics, 2025年07月

  
• Leveraging pretrained deep protein language model to predict peptide collision cross section

  Ayano Nakai-Kasai; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama; Toshiyuki Tanaka

  Communications Chemistry, 2025年05月06日

  この論文にアクセスする：

  
• Prediction of Protein Half-lives from Amino Acid Sequences by Protein Language Models

  Tatsuya Sagawa; Eisuke Kanao; Kosuke Ogata; Koshi Imami; Yasushi Ishihama

  bioRxiv, 2024年09月14日

  
• Highly sequence-specific, timing-controllable m6A demethylation by modulating RNA-binding affinity of m6A erasers

  Kenko Otonari; Yuri Asami; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama; Shiroh Futaki; Miki Imanishi

  Chemical Communications, 2025年

  この論文にアクセスする：

  
• Protein N-Terminomics Reveals Major Proteases in Regulating Beige Adipocyte Differentiation

  Hsin-Yi Chang; Chih-Hsiang Chang; Hiroshi Nishida; Kaho Takamuro; Kosuke Ogata; Kuan-Chieh Peng; Li-Chun Lin; Yii-Jwu Lo; Tsui-Chin Huang; Yasushi Ishihama

  bioRxiv, 2022年08月02日

  
• Quantitation of Host Cell Proteins by Capillary LC/IMS/MS/MS in Combination with Rapid Digestion on Immobilized Trypsin Column Under Native Conditions

  Ryota Tomioka; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  Mass Spectrometry, 2024年, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• In vitro reconstitution of epigenetic reprogramming in the human germ line

  Yusuke Murase; Ryuta Yokogawa; Yukihiro Yabuta; Masahiro Nagano; Yoshitaka Katou; Manami Mizuyama; Ayaka Kitamura; Pimpitcha Puangsricharoen; Chika Yamashiro; Bo Hu; Ken Mizuta; Taro Tsujimura; Takuya Yamamoto; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama; Mitinori Saitou

  Nature, 2024年05月20日, 査読有り

  
• Retention time prediction for post-translationally modified peptides: Ser, Thr, Tyr-phosphorylation

  Taylor Battellino; Darien Yeung; Haley Neustaeter; Vic Spicer; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama; Oleg V. Krokhin

  Journal of Chromatography A, 2024年03月, 査読有り

  
• Extending the Coverage of Lys-C/Trypsin-Based Bottom-up Proteomics by Cysteine S-Aminoethylation

  Ryota Tomioka; Ayana Tomioka; Kosuke Ogata; Hsin-Ju Chan; Li-Yu Chen; Ulises H. Guzman; Yue Xuan; Jesper V. Olsen; Yu-Ju Chen; Yasushi Ishihama

  Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 2024年01月29日, 査読有り

  
• One thousand samples per day capillary-flow LC/MS/MS for high-speed, high-sensitivity and in-depth proteomics

  Ayana Tomioka; Ryota Tomioka; Issei Mori; Yosuke Isobe; Makoto Arita; Koshi Imami; Eisuke Kanao; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  bioRxiv, 2023年06月07日

  
• Motif-Targeting Phosphoproteome Analysis of Cancer Cells for Profiling Kinase Inhibitors

  Kosuke Ogata; Shunsuke Takagi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  Cancers, 2022年12月23日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Acetic Acid Ion Pairing Additive for Reversed-Phase HPLC Improves Detection Sensitivity in Bottom-up Proteomics Compared to Formic Acid

  Taylor Battellino; Kosuke Ogata; Victor Spicer; Yasushi Ishihama; Oleg Krokhin

  Journal of Proteome Research, 2022年12月08日, 査読有り

  
• Temperature Dependence of Retention Behavior of Phosphorylated Peptides in Ion-Pair Reversed-Phase Liquid Chromatography

  Kosuke OGATA; Yasushi ISHIHAMA

  CHROMATOGRAPHY, 2022年10月20日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Motif-Centric Phosphoproteomics to Target Kinase-Mediated Signaling Pathways

  Chia-Feng Tsai; Kosuke Ogata; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  Cell Reports Methods, 2022年01月24日, 査読有り, 筆頭著者

  この論文にアクセスする：

  
• CoolTip: Low-Temperature Solid-Phase Extraction Microcolumn for Capturing Hydrophilic Peptides and Phosphopeptides

  Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  Molecular & Cellular Proteomics, 2021年11月, 査読有り, 筆頭著者

  この論文にアクセスする：

  
• IRAK1-Dependent Regnase-1-14-3-3 Complex Formation Controls Regnase-1-Mediated mRNA Decay

  Kotaro Akaki; Kosuke Ogata; Yuhei Yamauchi; Noriki Iwai; Ka Man Tse; Fabian Hia; Atsushi Mochizuki; Yasushi Ishihama; Takashi Mino; Osamu Takeuchi

  eLife, 2021年10月12日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Phosphatidylserine-Deficient Small Extracellular Vesicle is a Major Somatic Cell-Derived sEV Subpopulation in Blood

  Akihiro Matsumoto; Yuki Takahashi; Kosuke Ogata; Shimpei Kitamura; Naoki Nakagawa; Aki Yamamoto; Yasushi Ishihama; Yoshinobu Takakura

  iScience, 2021年08月20日, 査読有り

  
• Nanoscale Solid-Phase Isobaric Labeling for Multiplexed Quantitative Phosphoproteomics

  Kosuke Ogata; Chia-Feng Tsai; Yasushi Ishihama

  Journal of Proteome Research, 2021年08月06日, 査読有り, 筆頭著者

  この論文にアクセスする：

  
• Sequence-Specific Model for Predicting Peptide Collision Cross Section Values in Proteomic Ion Mobility Spectrometry

  Chih-Hsiang Chang; Darien Yeung; Victor Spicer; Kosuke Ogata; Oleg Krokhin; Yasushi Ishihama

  Journal of Proteome Research, 2021年07月02日, 査読有り

  
• Effect of Phosphorylation on the Collision Cross Sections of Peptide Ions in Ion Mobility Spectrometry

  Kosuke Ogata; Chih-Hsiang Chang; Yasushi Ishihama

  Mass Spectrometry, 2020年, 査読有り, 筆頭著者

  この論文にアクセスする：

  
• Extending the Separation Space with Trapped Ion Mobility Spectrometry Improves the Accuracy of Isobaric Tag-Based Quantitation in Proteomic LC/MS/MS.

  Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  Analytical Chemistry, 2020年06月16日, 査読有り, 筆頭著者

  この論文にアクセスする：

  
• Retention Order Reversal of Phosphorylated and Unphosphorylated Peptides in Reversed-Phase LC/MS

  Kosuke OGATA; Oleg V. KROKHIN; Yasushi ISHIHAMA

  Analytical Sciences, 2018年09月10日, 査読有り, 筆頭著者

  この論文にアクセスする：

  
• Ubiquitination at the lysine 27 residue of the parkin ubiquitin-like domain is suggestive of a new mechanism of parkin activation

  Jun-Yi Liu; Tsuyoshi Inoshita; Kahori Shiba-Fukushima; Shigeharu Yoshida; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama; Yuzuru Imai; Nobutaka Hattori

  Human Molecular Genetics, 2022年03月21日, 査読有り

  

MISC

• 瞬速プロテオミクスの創成:高速・高感度LC/MS/MSシステムの開発

  小形公亮; 富岡郁那; 富岡亮太; 垣内大斗; 森一成; 森一成; 有田誠; 有田誠; 今見考志; 金尾英佑; 金尾英佑; 石濱泰; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2024年

  
• マシンガンプロテオミクスによる空間プロテオームイメージング

  富岡郁那; 富岡亮太; 小形公亮; 森一晟; 森一晟; 有田誠; 有田誠; 今見孝志; 杉山直幸; 石濱泰; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2023年

  
• Deep profiling of proteome structural changes with enzymatic reactions

  Kosuke Ogata; Asato Maeda; Yuka Muramarsu; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  HUPO2022, 2022年12月

  
• カルシウムイオンの添加によるリン酸化タンパク質のトリプシン消化効率の改善

  小形公亮; 石濱泰

  第45回日本分子生物学会年会, 2022年12月

  
• 小さなセルの大きな世界-高感度分析技術が照らしだすシングルセルプロテオーム

  小形公亮; 石濱泰

  化学, 2022年

  
• In vitroリン酸化タグを用いたタンパク質の構造変化検出法の開発

  前田朝登; 小形公亮; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2022年

  
• イオンモビリティスペクトロメトリーによる新次元ペプチド分離

  小形公亮; CHANG Chih-Hsiang; YEUNG Darien; SPICER Victor; KROKHIN Oleg; 石濱泰; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2022年

  
• 微量試料測定に向けた高速プロテオーム解析システムの高感度化検討

  中井郁那; 富岡亮太; 杉山直幸; 小形公亮; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2022年

  
• 切断基質ペプチドプローブを用いたプロテアーゼ濃縮法の開発

  渡邉佑太; 新苗智也; 小形公亮; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2021年

  
• 配列特異的なアミノ酸の相対衝突断面積に基づくペプチドイオンモビリティ予測

  小形公亮; CHANG Chih-Hsiang; YEUNG Darien; SPICER Victor; KROKHIN Oleg; 石濱泰; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2021年

  
• ナノLC/イオンモビリティスペクトロメトリー/MSを用いた新規プロテオーム解析手法の開発

  中井郁那; 富岡亮太; 杉山直幸; 小形公亮; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2021年

  
• DIAプロテオミクスにおける混合MS/MSスペクトログラム分解法の開発

  町田和典; 上村京也; 田畑剛; 小形公亮; 吉沢明康; 吉井和佳; 田中利幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2022年

  
• イオン移動度分光法におけるペプチドイオンの衝突断面積に及ぼすリン酸化の影響【JST・京大機械翻訳】|||

  Ogata Kosuke; Chang Chih-Hsiang; Ishihama Yasushi

  Mass Spectrometry (Web), 2021年

  このMISCにアクセスする：

  
• Trypsin Limited Proteolysis Strategy towards in-depth Structural Proteomics

  Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  68th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 2020年06月

  
• 温度制御逆相クロマトグラフィーによるプロテオーム解析

  小形公亮; 富岡亮太; 石濱泰

  第68回 質量分析総合討論会, 2020年05月

  
• LC/IMS/MSにおける前駆体イオン情報のみを用いるプロテオーム解析法の開発

  中井郁那; 富岡亮太; 杉山直幸; 小形公亮; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2020年

  
• プロダクトイオン情報を用いないLC/MSによるプロテオーム解析法の開発

  中井郁那; 富岡亮太; 杉山直幸; 小形公亮; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2020年

  
• Gradient Refocusing Strategies for Shotgun Proteomics with Meter-Scale Monolithic Silica Capillary Columns

  Kosuke Ogata; Ryota Tomioka; Michio Funahashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  8th Asia-Oceania Mass Spectrometry Conference, 2020年01月

  
• メートル長モノリス型シリカカラムとグラジエント再濃縮を用いた高深度プロテオミクス

  小形公亮; 富岡亮太; 舟橋充央; 杉山直幸; 石濱泰

  第30回クロマトグラフィー科学会議, 2019年12月

  
• In-depth Proteome Analysis Using Meter-Scale Monolithic Silica Capillary Columns with Subsequent Gradient Refocusing

  Kosuke Ogata; Ryota Tomioka; Michio Funahashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  49th International Symposium on High Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques, 2019年12月

  
• プロテオミクスLC/MSにおけるリン酸化ペプチドの保持挙動

  小形公亮; 杉山直幸; KROKHIN Oleg V; 石濱泰

  第17回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム, 2019年09月

  
• イオンモビリティ分離により加速する高深度ヒトプロテオーム解析

  小形 公亮

  日本プロテオーム学会2019年大会・第70回日本電気泳動学会総会合同大会, 2019年07月, 招待有り

  
• プロテオミクスLC/MS/MSにおける高速化の検討

  富岡 亮太; 舟橋 充央; 小形 公亮; 張 心儀; 杉山 直幸; 石濱 泰

  日本薬学会年会要旨集, 2019年03月

  
• Additional Separation Space by Trapped Ion Mobility Spectrometry Improves Accuracy of Isobaric Tag-based Quantitation

  Kosuke Ogata; Tomoya Niinae; Chia-Feng Tsai; Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  Keystone Symposium on Proteomics and its Application to Translational and Precision Medicine (D3), 2019年

  
• Next generation StageTip for capturing extremely hydrophilic peptides

  Kosuke Ogata; Chia-Feng Tsai; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  The 67th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 2019年

  
• 逆相LC/MSにおけるリン酸化/非リン酸化ペプチドの溶出順序の逆転

  小形公亮; KROHKIN Oleg V.; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2018年

  
• High Resolution Peptide Separation for Illuminating Human Proteome

  Yasushi Ishihama; Kosuke Ogata; Chih-Hsiang Chang; Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama

  HUPO2018, 2018年

  
• Protein chromatography for bottom-up proteomics to extend the proteome coverage

  Kosuke Ogata; Michio Funahashi; Hsin-Yi Chang; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  The 66th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 2018年

  
• キナーゼ阻害薬と定量的リン酸化プロテオミクスを用いたPKA基質探索

  新苗智也; 小形公亮; 今村春菜; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  第65回質量分析総合討論会, 2017年

  
• マルチプレックス解析:深度とスループットの両立

  小形公亮; TSAI Chia‐Feng; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2017年

  
• Highly sensitive quantitative phosphoproteomics and primary-sequence-based scoring reveals putative substrates of ERK.

  Kosuke Ogata; Haruna Imamura; Chia-Feng Tsai; Masaki Wakabayashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  16th Human Proteome Organisation World Congress, 2017年

  
• High sensitivity and high throughput phosphoproteomics with micro-scale TMT labeling.

  Kosuke Ogata; Chia-Feng Tsai; Masaki Wakabayashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  21st International Mass Spectrometry Conference, 2016年

  
• 定量的リン酸化プロテオミクスによるがん細胞株大規模プロファイリング

  高橋知里; 矢崎達也; 小形公亮; 佐藤義明; 木村剛之; 小田吉哉; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2015年08月21日

  
• モチーフ標的定量法を用いた分子標的薬のリン酸化プロテオームプロファイリング

  小形 公亮; 矢崎 達也; 若林 真樹; 杉山 直幸; 石濱 泰

  日本プロテオーム学会2015年会, 2015年

  
• ターゲットプロテオミクスによるリン酸化シグナル動態解析

  矢崎達也; 高木俊輔; 小形公亮; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  第25回クロマトグラフィー科学会議, 2014年

  
• Motif-targeting phosphopeptide enrichment for quantitative phosphoproteome analysis

  Shunsuke Takagi; Tatsuya Yazaki; Kosuke Ogata; Masaki Wakabayashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  13th Human Proteome Organization World Congress, 2014年

  
• モチーフターゲットリン酸化プロテオミクスによる分子標的薬の評価

  小形 公亮; 矢崎 達也; 林 侑生; 若林 真樹; 杉山 直幸; 石濱 泰

  日本薬学会第135年会, 2014年

  
• シグナル伝達経路解明に向けたキナーゼ基質モチーフ標的型リン酸化プロテオミクス

  小形公亮; Chia-Feng Tsai; 杉山直幸; 石濱泰

  第44回日本分子生物学会年会, 2021年12月01日

  

講演・口頭発表等

• Enhancing LiP-MS Structural Proteomics with Multi-Protease Complete Digestion Strategies

  Kosuke Ogata; Yuka Muramatsu; Roko Nakashima; Yuna Hiranuma; Asato Maeda; Yasushi Ishihama

  20th Asia-Pacific International Symposium on Microscale Separations and Analysis, 2025年09月19日

  
• 高感度定量リン酸化プロテオミクスのための基盤技術の開発

  小形公亮

  第36回クロマトグラフィー科学会議, 2025年09月17日, 招待有り

  
• 黒麹菌プロテアーゼを用いた酸性条件消化に基づくプロテオミクス

  富岡亮太; 富岡郁那; 宇野心陽; 金尾英佑; 小形公亮; 石濱泰

  第37回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2025年08月28日

  
• Phospho-labeler: in vitro kinase reaction based structural proteomics captures the alteration of RNA-binding proteome

  Kosuke Ogata; Asato Maeda; Yasushi Ishihama

  15th international symposium on proteomics in the health and life sciences, 2025年08月19日

  
• マルチオミクスによるタンパク質複合体界面リン酸化修飾部位の包括的解析

  小形公亮; Jürgen Jänes; Emmanuel Matabaro; 石濱泰; Pedro Beltrao

  日本プロテオーム学会2025年大会, 2025年08月07日, 招待有り

  
• 高速・高感度LC/MS/MSシステムが拓く瞬速プロテオミクス

  小形公亮

  Bruker MSフォーラム2025, 2025年07月17日, 招待有り

  
• Leveraging Diverse Protease Specificities to Improve Proteinase K Cleavage Site Detection in LiP-MS-Based Structural Proteomics

  Kosuke Ogata; Yuka Muramatsu; Roko Nakashima; Yuna Hiranuma; Asato Maeda; Yasushi Ishihama

  PBA2025, 2025年07月15日, 招待有り

  
• Development and Application of a Sub-Minute Gradient Capillary LC/MS/MS for Robust and High Throughput Proteomics

  Kosuke Ogata; Ayana Tomioka; Ryota Tomioka; Hiroto Kakiuchi; Eisuke Kanao; Koshi Imami; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  第73回アメリカ質量分析学会（ASMS2025）, 2025年06月04日

  
• Elucidating the host and viral determinants of treatment response in chronic hepatitis B

  Kosuke Ogata

  Seminar, Weill Cornell Medical Colledge, 2025年05月30日, 招待有り

  
• Multi-omics evaluation to reveal the molecular functions of protein phosphorylation

  小形公亮

  CVC Seminar series, Emory University, 2025年05月27日, 招待有り

  
• 限定的酵素反応に基づくタンパク質局所構造変化の包括的解析

  小形 公亮; 平沼 侑奈; 村松 邑香; 前田 朝登; 石濱 泰

  第32回クロマトグラフィーシンポジウム, 2025年05月16日

  
• Proteomic analysis of protein conformational changes based on the in vitro kinase reaction

  Kosuke Ogata; Asato Maeda; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  EMBL Conference Quantitative biology to molecular mechanisms, 2024年11月21日

  
• プロテオミクスに基づく大規模ペプチドイオン移動度解析

  小形公亮

  第85回イオン反応研究会オンライン講演会, 2024年09月25日, 招待有り

  
• プロテオミクスLC/MSにおける電子励起解離の活用

  小形公亮; 谷口優斗; 柴田猛; 石濱泰

  JPrOS2024 & JSCP20th (22nd JHUPO & 20th JSCP), 2024年06月28日, 招待有り

  
• 逆相固相抽出・イオンモビリティ分離およびin vitroキナーゼ反応に基づく高感度定量リン酸化プロテオーム解析基盤の開発

  小形公亮

  JPrOS2024 & JSCP20th (22nd JHUPO & 20th JSCP), 2024年06月26日, 招待有り

  
• 電子誘起解離を用いたタンデム質量分析によるN末端プロテオミクス

  小形公亮; 谷口優斗; 柴田猛; 石濱泰

  第72回質量分析総合討論会, 2024年06月10日

  
• Re-exploring Zirconia Chromatography to Enhance Phosphoproteome Coverage

  Kosuke Ogata; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  73rd Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 2024年06月06日

  
• 瞬速プロテオミクスの創成：高速・高感度LC/MS/MSシステムの開発

  小形 公亮; 富岡 郁那; 富岡 亮太; 垣内 大斗; 森 一成; 有田 誠; 今見 考志; 金尾 英佑; 石濱 泰

  日本薬学会第144年会, 2024年03月30日, 招待有り

  
• 瞬速プロテオミクスの開発

  小形公亮; 富岡郁那; 富岡亮太; 石濱泰

  学変Aタンパク質寿命・第1回領域会議・ユビキチン研究会, 2024年02月10日

  
• 慢性B型肝炎ウイルス感染ヒト初代肝細胞においてIFNαがプロテオームに及ぼす影響

  Kosuke Ogata; Antonis Athanasiadis; Leon Seifer; George Dangas; Yingpu Yu; Christopher Jones; Taylor Shue; Alfred Jiang; Chenhui Zou; Corrine Quirk; Kelly-Marie Powel; William M. Schneider; Charles M. Rice; Ype P. de Jong; Yasushi Ishihama; Lefteris Michailidis

  第46回日本分子生物学会年会, 2023年12月07日

  
• 学習済み大規模タンパク質言語モデルによるペプチドのイオン移動度の予測

  小形公亮; 中井彩乃; 田中利幸; 石濱泰

  第43回キャピラリー電気泳動シンポジウム (SCE2023), 2023年12月01日

  
• 酵素反応効率に基づくプロテオーム規模基質タンパク質構造評価法の開発

  小形 公亮; 前田 朝登; 村松 邑香; 杉山 直幸; 石濱 泰

  第34回クロマトグラフィー科学会議, 2023年10月27日

  
• Ultrahigh throughput proteomics with high-speed and high-sensitivity LC/MS/MS system.

  Ayana Tomioka; Ryota Tomioka; Hiroto Kakiuchi; Issei Mori; Makoto Arita; Koshi Imami; Eisuke Kanao; Kosuke Ogata; Yasushi Ishihama

  3rd International BMS Symposium 2023 in Kyoto, 2023年10月07日, 招待有り

  
• 酵素反応による基質選択的サブプロテオーム解析法の開発

  小形公亮; 前田朝登; 村松邑香; 杉山直幸; 石濱泰

  第20回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム(PPF2023), 2023年08月31日

  
• Enzyme-based marking of proteome structures (EZMAP) to identify structural features of the proteome

  Kosuke Ogata; Asato Maeda; Yuka Muramatsu; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  AOMSC-KSMS 2023, 2023年08月20日

  
• プロテオームにおける限定的タンパク質消化産物の選択的計測

  小形公亮; 村松邑香; 前田朝登; 杉山直幸; 石濱泰

  第35回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2023年07月28日

  
• 質量分析によるプロテオーム立体構造解析のための酵素反応の開拓

  小形公亮; 前田朝登; 村松邑香; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会 2023年大会, 2023年07月26日

  
• プロテオーム試料を基質とした酵素反応における基質タンパク質構造の影響

  小形公亮; 前田朝登; 村松邑香; 杉山直幸; 石濱泰

  第71回質量分析総合討論会, 2023年05月17日

  
• Proteomic investigation of the effects of substrate protein structures on the enzymatic reactions

  Kosuke Ogata; Asato Maeda; Yuka Muramatsu; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  11th AOHUPO and 7th AOAPO, 2023年05月07日

  
• 酵素反応を用いた基質標的型構造プロテオミクス

  小形公亮

  第20回北里疾患プロテオーム研究会, 2023年03月16日, 招待有り

  
• イオンモビリティ分離が拓くプロテオミクスの新次元

  小形公亮

  第24回質量分析学会中部談話会, 2023年03月02日, 招待有り

  
• 酵素反応を用いた基質構造変化の包括的解析

  小形公亮; 前田朝登; 杉山直幸; 石濱泰

  第33回クロマトグラフィー科学会議, 2022年11月03日

  
• 高感度構造プロテオミクスのためのタンパク質フットプリント法の開発

  小形公亮; 前田朝登; 杉山直幸; 石濱泰

  第34回 バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2022年09月03日

  
• タンパク質限定標識法による構造プロテオミクスの高感度化

  小形公亮; 前田朝登; 杉山直幸; 石濱泰

  日本プロテオーム学会2022年大会, 2022年08月09日

  
• イオンモビリティスペクトロメトリーによる新次元ペプチド分離

  小形公亮; Chih-Hsiang Chang; Darien Yeung; Victor Spicer; Oleg Krokhin; 石濱泰

  第70回質量分析総合討論会, 2022年06月22日

  
• Proteomic profiling of peptide collision cross-sections with trapped ion mobility spectrometry

  Kosuke Ogata; Chih-Hsiang Chang; Darien Yeung; Victor Spicer; Oleg Krokhin; Yasushi Ishihama

  The 10th Asia-Oceania Human Proteome Organization Congress, 2021年06月30日

  
• プロテオミクスLC/MSにおけるリン酸化ペプチドの保持挙動

  小形 公亮; 杉山 直幸; KROKHIN Oleg V; 石濱 泰

  PPF2019 第17回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム, 2019年09月02日

  
• 逆相LC/MSにおけるリン酸化/非リン酸化ペプチドの溶出順序の逆転

  小形 公亮; KROKHIN Oleg V; 石濱 泰

  第 31回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2018年08月28日

  
• マルチプレックス解析：深度とスループットの両立

  小形 公亮; TSAI Chia-Feng; 若林 真樹; 杉山 直幸; 石濱 泰

  日本プロテオーム学会2017年大会, 2017年07月26日, 招待有り

  
• 多重安定同位体標識を用いる高深度定量リン酸化プロテオミクスにおける高感度化

  小形 公亮; TSAI Chia-Feng; 若林 真樹; 杉山 直幸; 石濱 泰

  日本質量分析学会 第64回質量分析総合討論会, 2016年05月18日

  
• イオンモビリティ分離により加速する高深度ヒトプロテオーム解析

  小形公亮

  日本プロテオーム学会2019年大会（JHUPO 第17回大会）/第70回 日本電気泳動学会総会, 2019年07月26日, 招待有り

  
• キナーゼ基質モチーフ標的型リン酸化プロテオミクス

  小形公亮

  第19回 北里疾患プロテオーム研究会, 2022年03月16日, 招待有り

  
• Digging into Phosphoproteome by Peptide Ion Mobility Separation

  Post-Translational Modifications in Proteomics and Cell Signaling, 2022年03月10日, 招待有り

  
• プロテオミクスLC/MS/MSにおける感度向上を目的とした移動相添加剤の検討

  小形 公亮; Taylor Battellino; Victor Spicer; Oleg Krokhin; 石濱 泰

  第32回クロマトグラフィー科学会議, 2021年11月26日

  
• 配列特異的なアミノ酸の相対衝突断面積に基づくペプチドイオンモビリティ予測

  小形公亮; Chih-Hsiang Chang; Darien Yeung; Victor Spicer; Oleg Krokhin; 石濱泰

  第33回バイオメディカル分析科学シンポジウム, 2021年09月02日

  
• Proteome-wide profiling of the position specific amino acid contributions to the peptide collision cross-sections

  Kosuke Ogata; Chih-Hsiang Chang; Darien Yeung; Victor Spicer; Oleg Krokhin; Yasushi Ishihama

  PBA2021 31st International Symposium on Pharmaceutical and Biomedical Analysis, 2021年08月31日

  
• プロテオミクスイオンモビリティ分離におけるペプチド衝突断面積予測

  小形公亮; Chih-Hsiang Chang; Darien Yeung; Victor Spicer; Oleg Krokhin; 石濱泰

  日本プロテオーム学会2021年大会, 2021年07月20日, 招待有り

  
• 高感度・高スループット プロテオミクスのための要素技術

  小形公亮

  AMR Webinar プロテオミクス最前線, 2020年11月16日, 招待有り

  
• Gradient Refocusing Strategies for Shotgun Proteomics with Meter-Scale Monolithic Silica Capillary Columns

  Kosuke Ogata; Ryota Tomioka; Michio Funahashi; Naoyuki Sugiyama; Yasushi Ishihama

  AOMSC2020, 2020年01月06日

  
• メートル長モノリス型シリカカラムとグラジエント再濃縮を用いた高深度プロテオミクス

  小形公亮; 富岡亮太; 舟橋充央; 杉山直幸; 石濱泰

  第30回クロマトグラフィー科学会議, 2019年12月06日

  
• Peptide Separation and Quantitation by SRM and PRM: Kinome-Centric Analysis

  Yasushi Ishihama; Kosuke Ogata; Hsin-Yi Chang

  Short course in Frontier Sciences and Technology: Data Analysis in Quantitative Proteomics, 2019年09月08日, 招待有り

  

外部資金：科学研究費補助金

• MSサイレンシングによる時空間プロテオミクス

  挑戦的研究(萌芽)

  中区分47:薬学およびその関連分野

  京都大学

  石濱 泰

  自 2020年07月30日, 至 2022年03月31日, 完了

  質量分析;プロテオミクス;タンパク質構造;化学修飾;リン酸化修飾

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20K21478/
• 天然ステルスエキソソームの解析とデリバリーキャリア開発への応用

  基盤研究(B)

  小区分90120:生体材料学関連

  京都大学

  高橋 有己

  自 2020年04月01日, 至 2024年03月31日, 完了

  細胞外小胞;エキソソーム;ホスファチジルセリン;血中滞留性

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20H04533/
• リン酸化修飾ストイキオメトリー計測に基づく相互作用制御リン酸化部位の包括的解析

  若手研究

  小区分47020:薬系分析および物理化学関連

  京都大学

  小形 公亮

  自 2025年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  タンパク質リン酸化;プロテオミクス;キナーゼ;質量分析;液体クロマトグラフィー

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K18607/

外部資金：その他

• リン酸化修飾タンパク質構造ダイナミクスの包括的解析

  国立研究開発法人科学技術振興機構, ACT-X 生命現象と機能性物質

  自 2023年10月01日, 至 2026年03月31日
• Host determinants of innate immunity and viral infection under hypoxia

  国立研究開発法人日本医療研究開発機構, 医療分野国際科学技術共同研究開発推進事業

  自 2022年10月31日, 至 2023年03月31日

  研究代表者
• 生体試料中プロテオフォームの一斉計測システムの開発

  中谷医工計測振興財団, 奨励研究助成

  自 2023年04月01日, 至 2025年03月31日

  研究代表者

教育

担当科目

• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  基礎化学実験

  N308, 後期, 国際高等教育院, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  創薬物理化学特論Ｂ

  8202, 前期不定, 薬学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  基盤薬品製剤設計学実習

  4203, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  研究計画作文演習Ｂ

  8403, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  研究計画作文演習Ａ

  8402, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  薬学実験コーチング演習Ａ

  8301, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  薬学研究特論Ⅱ

  6006, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  薬学研究概論

  6002, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  基盤薬品製剤設計学演習

  2303, 通年不定, 薬学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  科学論文解読演習Ｂ

  8405, 通年不定, 薬学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  科学論文解読演習Ａ

  8404, 通年不定, 薬学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  創薬物理化学概論

  8101, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  創薬物理化学概論

  1217, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  基盤物理化学特論II

  1212, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  基盤薬品製剤設計学実験

  3203, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  創発医薬科学研究Ｃ

  8408, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  創発医薬科学研究Ｂ

  8407, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  創発医薬科学研究Ａ

  8406, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  薬学専門実習 I

  C901, 前期, 薬学部, 3
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  研究計画作文演習Ｂ

  8403, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  研究計画作文演習Ａ

  8402, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  基盤薬品製剤設計学実習

  4203, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  基盤薬品製剤設計学実習

  4203, 後期前期, 薬学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  薬学実験コーチング演習Ａ

  8301, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  創薬物理化学特論Ｂ

  8202, 前期不定, 薬学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  創薬物理化学特論Ａ

  8201, 前期不定, 薬学研究科, 1
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  創薬物理化学概論

  8101, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  薬学研究特論Ⅱ

  6006, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  薬学研究概論

  6002, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  科学論文解読演習Ｂ

  8405, 通年不定, 薬学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  科学論文解読演習Ａ

  8404, 通年不定, 薬学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  基盤物理化学特論II

  1212, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  基盤物理化学特論I

  1211, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  基盤薬品製剤設計学演習

  2303, 通年不定, 薬学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  基盤薬品製剤設計学演習

  2303, 後期前期, 薬学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  創薬物理化学概論

  1217, 前期不定, 薬学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  薬学専門実習 I

  C901, 前期, 薬学部, 3
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  創発医薬科学研究Ｃ

  8408, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  基盤薬品製剤設計学実験

  3203, 後期前期, 薬学研究科, 4
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  創発医薬科学研究Ｂ

  8407, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  創発医薬科学研究Ａ

  8406, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  基盤薬品製剤設計学実験

  3203, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  研究計画作文演習Ｂ

  8403, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  研究計画作文演習Ａ

  8402, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  薬学実験コーチング演習Ａ

  8301, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  薬学専門実習 I

  C901, 前期, 薬学部, 3
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  創発医薬科学研究Ｂ

  8407, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  創発医薬科学研究Ａ

  8406, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  薬学専門実習１

  A901, 前期, 薬学部, 4
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  科学論文解読演習Ｂ

  8405, 通年不定, 薬学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  科学論文解読演習Ａ

  8404, 通年不定, 薬学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  薬学実験コーチング演習Ａ

  8301, 通年不定, 薬学研究科, 1
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  創発医薬科学研究Ａ

  8406, 通年不定, 薬学研究科, 4
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  科学論文解読演習Ａ

  8404, 通年不定, 薬学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  研究計画作文演習Ａ

  8402, 通年不定, 薬学研究科, 1

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  情報システム委員会　委員