炭竈享司(生命科学研究科統合生命科学専攻遺伝機構学講座) | 京都大学教育研究活動データベース

炭竈享司

スミカマタカシ

生命科学研究科統合生命科学専攻遺伝機構学講座特定講師

Last Updated :2026/03/12

基本情報

全学メールアドレス

全学メールアドレス
sumikama.takashi.7nkyoto-u.ac.jp

所属学協会

自 2019年09月, 至現在
日本分子生物学会

自 2019年03月, 至現在
毒素シンポジウム

自 2012年01月, 至現在
日本生理学会

自 2011年10月, 至現在
米国生物物理学会

自 2004年12月, 至現在
日本生物物理学会

学位

2005年03月25日
名古屋大学修士（理学）

2008年03月25日
名古屋大学博士（理学）

出身学校・専攻等

名古屋大学, 理学部化学科, 卒業

経歴

自 2025年06月, 至現在
金沢大学, ナノ生命科学研究所, 協力研究員

自 2025年06月, 至現在
京都大学, 大学院生命科学研究科, 特定講師

自 2020年04月, 至 2025年05月
金沢大学, ナノ生命科学研究所, 特任助教

自 2020年11月, 至 2024年05月
科学技術振興機構, さきがけ研究者

自 2018年04月, 至 2020年03月
金沢大学, ナノ生命科学研究所, 博士研究員

自 2010年02月, 至 2018年03月
福井大学, 医学部, 特命助教

自 2008年10月, 至 2010年01月
分子科学研究所, 博士研究員

自 2008年04月, 至 2008年09月
名古屋大学, 理学研究科, G-COE研究員

プロフィール

プロフィール
ラボのホームページ

ID,URL

ORCID ID
0000-0003-3696-5720
J-Global ID
201801017644376360
研究者番号
30579412
外部リンク
https://www.researchgate.net/profile/Takashi-Sumikama

researchmap URL

https://researchmap.jp/sumikama

Last Updated :2026/03/12

研究

研究分野

ライフサイエンス, 生物物理学

ナノテク・材料, 基礎物理化学

自然科学一般, 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

ライフサイエンス, 生理学

論文

The dynamic basis of G-protein recognition and activation by a GPCR
Kazuhiro Kobayashi; Kouki Kawakami; Toshiki E. Matsui; Shun Yokoi; Masahiro Fukuda; Tomohiro J. Narita; Hiroki Arai; Mai Tambo; Takashi Sumikama; Manae Tatsumi; Keitaro Yamashita; Junki Koyanagi; Mai Kugawa; Hisako Ikeda; Ayumi Sumino; Ayori Mitsutake; Brian K. Kobilka; Asuka Inoue; Hideaki E. Kato
Nature, 2026年03月11日, 査読有り

SimHS-AFMfit-MD: An Integrative Approach for Inferring Alpha-Actinin Atomic Conformational Dynamics
Kien Xuan Ngo; Takashi Sumikama; Rémi Vuillemot; Han Gia Nguyen; Ngan Thi Phuong Le; Sergei Grudinin
Nano Letters, 2026年03月11日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

CaMKIIα holoenzymes self-organize into worm-like mesoscale clusters
Taisei Suzuki; Takashi Sumikama; Keisuke Matsushima; Kodai Hasegawa; Ayumi Sumino; Kenichi Umeda; Noriyuki Kodera; Tamoghna Das; Carsten Beta; Hideji Murakoshi; Mikihiro Shibata
bioRxiv, 2026年01月23日, 筆頭著者

Structural dynamics of mixed-subunit CaMKIIα/β heterododecamers filmed by high-speed AFM
Keisuke Matsushima; Takashi Sumikama; Taisei Suzuki; Mizuho Ito; Yutaro Nagasawa; Ayumi Sumino; Holger Flechsig; Tomoki Ogoshi; Kenichi Umeda; Noriyuki Kodera; Hideji Murakoshi; Mikihiro Shibata
Nature Communications, 2025年12月24日, 査読有り

電位依存性Na+チャネルの協同的開口機構
角野歩; 炭竈享司; 柴田幹大; 入江克雅
生物物理, 2025年11月, 査読有り, 招待有り, 責任著者

Conformational dynamics of actin filaments crosslinked with alpha-actinin and their roles in suppressing cofilin-induced helical shortening and cluster formation
Kien Xuan Ngo; Takashi Sumikama; Rémi Vuillemot; Han Gia Nguyen; Ngan Thi Phuong Le; Sergei Grudinin; Taro QP Uyeda
bioRxiv, 2025年11月16日, 筆頭著者, 責任著者

Visualizing Molecular-Scale 3D Distributions of Ionic Liquids in Electric Double-Layer Capacitor by 3D Scanning Force Microscopy with Variable Tip/Sample Bias Voltages
Takahiko Ikarashi; Takashi Sumikama; Kaito Hirata; Ryo Sakakibara; Takumi Yoshino; Kazuki Miyata; Keisuke Miyazawa; Sunao Shimizu; Yoshihiro Iwasa; Takeshi Fukuma
ACS Applied Materials & Interfaces, 2025年09月17日, 査読有り, 筆頭著者

Structural basis of the hepatitis B virus X protein in complex with DDB1
Hiroki Tanaka; Joao Diogo Dias; Basile Jay; Shunsuke Kita; Mina Sasaki; Hiroyuki Takeda; Naoki Kishimoto; Shunsuke Sasaki; Shogo Misumi; Masashi Mizokami; Christine Neuveut; Takashi Sumikama; Mikihiro Shibata; Katsumi Maenaka; Shinichi Machida
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2025年06月17日, 査読有り

High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Fluctuations and Dimer Splitting of the N-Terminal Domain of GluA2 Ionotropic Glutamate Receptor-Auxiliary Subunit Complex
Ayumi Sumino; Takashi Sumikama; Yimeng Zhao; Holger Flechsig; Kenichi Umeda; Noriyuki Kodera; Hiroki Konno; Motoyuki Hattori; Mikihiro Shibata
ACS Nano, 2024年09月10日, 査読有り, 筆頭著者

Revealing the Mechanism Underlying 3D‐AFM Imaging of Suspended Structures by Experiments and Simulations
Mohammad Shahidul Alam; Marcos Penedo; Takashi Sumikama; Keisuke Miyazawa; Kaori Hirahara; Takeshi Fukuma
Small Methods, 2024年06月21日, 査読有り, 責任著者

Voltage sensors of a Na+ channel dissociate from the pore domain and form inter-channel dimers in the resting state
Ayumi Sumino; Takashi Sumikama; Mikihiro Shibata; Katsumasa Irie
Nature Communications, 2023年12月19日, 査読有り, 責任著者

Computation of topographic and three-dimensional atomic force microscopy images of biopolymers by calculating forces
Takashi Sumikama
Biophysical Reviews, 2023年11月27日, 査読有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

Updating view of membrane transport proteins by simulation studies
Takashi Sumikama; Ben Corry; Junichi Ono; Chigusa Kobayashi; Kei-ichi Okazaki
Biophysics and Physicobiology, 2023年11月02日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

The structural basis of divalent cation block in a tetrameric prokaryotic sodium channel
Katsumasa Irie; Yoshinori Oda; Takashi Sumikama; Atsunori Oshima; Yoshinori Fujiyoshi
Nature Communications, 2023年07月15日, 査読有り

Imaging single CaMKII holoenzymes at work by high-speed atomic force microscopy
Shotaro Tsujioka; Ayumi Sumino; Yutaro Nagasawa; Takashi Sumikama; Holger Flechsig; Leonardo Puppulin; Takuya Tomita; Yudai Baba; Takahiro Kakuta; Tomoki Ogoshi; Kenichi Umeda; Noriyuki Kodera; Hideji Murakoshi; Mikihiro Shibata
Science Advances, 2023年06月30日, 査読有り

Antithetic effects of agonists and antagonists on the structural fluctuations of TRPV1 channel
Ayumi Sumino; Yimeng Zhao; Daichi Mukai; Takashi Sumikama; Leonardo Puppulin; Motoyuki Hattori; Mikihiro Shibata
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2023年05月16日, 査読有り

Intuitive interpretation of heterochromatin and euchromatin through rapid Hi-C analysis
Takashi Sumikama; Takeshi Fukuma
bioRxiv, 2022年10月28日, 筆頭著者, 責任著者

Computed Three-Dimensional Atomic Force Microscopy Images of Biopolymers Using the Jarzynski Equality
Takashi Sumikama; Filippo Federici Canova; David Z. Gao; Marcos Penedo; Keisuke Miyazawa; Adam S. Foster; Takeshi Fukuma
The Journal of Physical Chemistry Letters, 2022年06月09日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

Vectorial insertion of a β-helical peptide into membrane: A theoretical study on polytheonamide B
Mahroof Kalathingal; Takashi Sumikama; Shigetoshi Oiki; Shinji Saito
Biophysical Journal, 2021年09月, 査読有り

Conductance selectivity of Na+ across the K+ channel via Na+ trapped in a tortuous trajectory
Kenichiro Mita; Takashi Sumikama; Masayuki Iwamoto; Yuka Matsuki; Kenji Shigemi; Shigetoshi Oiki
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021年03月23日, 査読有り, 筆頭著者

Computed Atomic Force Microscopy Images of Chromosomes by Calculating Forces with Oscillating Probes
Takashi Sumikama; Adam S. Foster; Takeshi Fukuma
Journal of Physical Chemistry C, 2020年01月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

Queueing arrival and release mechanism for K+ permeation through a potassium channel
Takashi Sumikama; Shigetoshi Oiki
Journal of Physiological Sciences, 2019年08月, 査読有り, 筆頭著者

High-speed AFM reveals accelerated binding of agitoxin-2 to a K+ channel by induced fit
Ayumi Sumino; Takashi Sumikama; Takayuki Uchihashi; Shigetoshi Oiki
Science Advances, 2019年07月, 査読有り, 筆頭著者

Capturing the Freeze-Drying Dynamics of NaCl Nanoparticles Using THz Spectroscopy
Katsuhiro Ajito; Yuko Ueno; Jae-Young Kim; Takashi Sumikama
Journal of the American Chemical Society, 2018年10月, 査読有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

Origins of Heat Evolution in Mixing Water and Dimethyl Sulfoxide
Kazuko Mizuno; Takashi Sumikama; Yoshinori Tarnai; Masahiko Tani
2018 43rd International Conference on Infrared, Millimeter, and Terahertz Waves (IRMMW-THz), 2018年09月, 査読有り

チャネルの入口がイオンの透過速度を決める
炭竈享司; 老木成稔
生物物理, 2018年01月, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者

Structure and dynamics of solvent molecules inside the polytheonamide B channel in different environments: a molecular dynamics study
Mahroof Kalathingal; Takashi Sumikama; Toshifumi Mori; Shigetoshi Oiki; Shinji Saito
Physical Chemistry Chemical Physics, 2018年, 査読有り

Digitalized K+ Occupancy in the Nanocavity Holds and Releases Queues of K+ in a Channel
Takashi Sumikama; Shigetoshi Oiki
Journal of the American Chemical Society, 2016年08月, 査読有り, 筆頭著者

Origin of the Shape of Current-Voltage Curve through Nanopores: A Molecular Dynamics Study
Takashi Sumikama
Scientific Reports, 2016年05月, 査読有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

膜内KcsAカリウムチャネルの原子間力顕微鏡による構造と動態解析
角野歩; 山本大輔; 炭竈享司; 岩本真幸; 出羽毅久; 老木成稔
生物物理, 2015年01月, 査読有り, 招待有り

Mechanism of ion permeation through a model channel: Roles of energetic and entropic contributions
Takashi Sumikama; Shinji Saito; Iwao Ohmine
Journal of Chemical Physics, 2013年10月28日, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

The Open Gate Structure of the Membrane-Embedded KcsA Potassium Channel Viewed From the Cytoplasmic Side
Ayumi Sumino; Takashi Sumikama; Masayuki Iwamoto; Takehisa Dewa; Shigetoshi Oiki
Scientific Reports, 2013年01月, 査読有り

Cycle Flux Algebra for Ion and Water Flux through the KcsA Channel Single-File Pore Links Microscopic Trajectories and Macroscopic Observables
Shigetoshi Oiki; Masayuki Iwamoto; Takashi Sumikama
PLoS ONE, 2011年01月, 査読有り

A mesoscopic approach to understanding the mechanisms underlying the ion permeation on the discrete-state diagram
Shigetoshi Oiki; Masayuki Iwamoto; Takashi Sumikama
Journal of General Physiology, 2010年09月, 査読有り

Mechanism of ion permeation in a model channel: Free energy surface and dynamics of K+ ion transport in an anion-doped carbon nanotube
Takashi Sumikama; Shinji Saito; Iwao Ohmine
Journal of Physical Chemistry B, 2006年10月, 査読有り, 筆頭著者

MISC

Imaging of mesoscopic-scale dynamics of CaMKII clusters by high-speed AFM
Taisei Suzuki; Takashi Sumikama; Keisuke Matsushima; Hideji Murakoshi; Mikihiro Shibata
Biophysical Journal, 2026年02月, 査読有り

Adjacent β subunits in CaMKIIα/β hetero-oligomers enable sustained activation and F-actin binding revealed by HS-AFM and mathematical modeling
Keisuke Matsushima; Takashi Sumikama; Hideji Murakoshi; Mikihiro Shibata
Biophysical Journal, 2026年02月, 査読有り

SimHS-AFMfit-MD: An Integrative Approach to Deciphering Alpha-Actinin Atomic Conformational Dynamics
Kien Xuan Ngo; Takashi Sumikama; Rémi Vuillemot; Han Gia Nguyen; Ngan Thi Phuong Le; Sergei Grudinin
bioRxiv, 2025年04月10日, 筆頭著者, 責任著者

Structural dynamics of mixed-subunit CaMKIIα/β heterododecamers filmed by high-speed AFM
Keisuke Matsushima; Takashi Sumikama; Taisei Suzuki; Mizuho Ito; Yutaro Nagasawa; Ayumi Sumino; Holger Flechsig; Tomoki Ogoshi; Kenichi Umeda; Noriyuki Kodera; Hideji Murakoshi; Mikihiro Shibata
bioRxiv, 2025年05月21日

Voltage Sensors of Na+ Channels Dissociate from the Pore Domain and Form Inter-Channel Dimers in the Resting State: Implications for Cooperative Activation
Ayumi Sumino; Takashi Sumikama; Mikihiro Shibata; Katsumasa Irie
Journal of Physiological Sciences, 2025年03月, 査読有り

Clustering mechanism of AMPA receptor revealed by high-speed atomic force microscopy observation
Takashi Sumikama; Ayumi Sumino; Yimeng Zhao; Motoyuki Hattori; Mikihiro Shibata
Journal of Physiological Sciences, 2025年03月, 査読有り, 筆頭著者

Visualizing single-molecule nanodynamics of AMPA-type glutamate receptors by high-speed atomic force microscopy
Mikihiro Shibata; Ayumi Sumino; Takashi Sumikama; Yimeng Zhao; Motoyuki Hattori
Biophysical Journal, 2025年02月, 査読有り

Computational biophysics of atomic force microscopy—an IUPAB-sponsored workshop
Damien Hall; Holger Flechsig; Takashi Sumikama
Biophysical Reviews, 2023年12月22日, 査読有り, 最終著者

High-speed AFM reveals fluctuations and dimer splitting of the N-terminal domain of GluA2-γ2
Ayumi Sumino; Takashi Sumikama; Yimeng Zhao; Holger Flechsig; Kenichi Umeda; Noriyuki Kodera; Motoyuki Hattori; Mikihiro Shibata
bioRxiv, 2023年12月20日, 筆頭著者

Interchannel dimerization of the dissociated voltage-sensor domains of voltage-gated Na+ channels in the resting state
Ayumi Sumino; Takashi Sumikama; Mikihiro Shibata; Katsumasa Irie
Research Square, 2023年05月09日

Dissociation and inter-channel dimerization of voltage-sensor domains (VSD) of voltage-gated Na+ channel in the resting state
Ayumi Sumino; Takashi Sumikama; Leonardo Puppulin; Mikihiro Shibata; Katsumasa Irie
Journal of Physiological Sciences, 2023年05月, 査読有り

Biophysical Reviews Issue Focus call: Computational biophysics of atomic force microscopy
Takashi Sumikama; Damien Hall; Holger Flechsig
Biophysical Reviews, 2023年02月01日, 査読有り, 筆頭著者

The structural basis of the divalent cation blocking on tetrameric cation channel
Katsumasa Irie; Yoshinori Oda; Takashi Sumikama; Atsunori Oshima; Yoshinori Fujiyoshi
Research Square, 2023年01月11日

Evolutionarily acquired activity-dependent transformation of the CaMKII holoenzyme
Shotaro Tsujioka; Ayumi Sumino; Yutaro Nagasawa; Takashi Sumikama; Holger Flechsig; Leonardo Puppulin; Takuya Tomita; Yudai Baba; Takahiro Kakuta; Tomoki Ogoshi; Kenichi Umeda; Noriyuki Kodera; Hideji Murakoshi; Mikihiro Shibata
bioRxiv, 2023年01月10日

Molecular mechanism of ion selectivity through the KcsA K+ channel
Takashi Sumikama; Kenichiro Mita; Shigetoshi Oiki
Journal of Physiological Sciences, 2020年03月, 査読有り, 筆頭著者

Computing Atomic Force Microscopy Images of Chromosomes using Polymer Simulation
Takashi Sumikama
Biophysical Journal, 2020年02月, 査読有り, 筆頭著者

Induced-Fit Pathway Accelerated Binding of Agitoxin-2 to A K+ Channel Imaged by HS-AFM
Ayumi Sumino, Takashi Sumikama, Takayuki Uchihashi, Shigetoshi Oiki
Biophysical Journal, 2020年02月, 査読有り

An alternative permeation mechanism through the K+ channel
Takashi Sumikama; Shigetoshi Oiki
Journal of Physiological Sciences, 2018年03月, 査読有り, 筆頭著者

A Letter to Editors —生物物理誌への提言—
Takashi SUMIKAMA
Seibutsu Butsuri, 2018年, 査読有り, 筆頭著者, 最終著者, 責任著者

High-speed AFM revealed single-molecule blocking dynamics of a scorpion toxin on the KcsA potassium channel
Ayumi Sumino; Takayuki Uchihashi; Takashi Sumikama; Shigetoshi Oiki
Journal of Physiological Sciences, 2017年03月, 査読有り

A 3-D movie of ion permeation through ion channel at the atomic level filmed by computer simulation
Takashi Sumikama; Shigetoshi Oiki
Journal of Physiological Sciences, 2017年03月, 査読有り, 筆頭著者

K+ Occupancy in the Cavity Determines the Ion Permeation Rate through the KV1.2 Channel
Takashi Sumikama; Shigetoshi Oiki
Biophysical Journal, 2017年02月, 査読有り, 筆頭著者

Bridging ion permeation and ion selectivity through K+ channel
Takashi Sumikama; Kenichiro Mita; Shigetoshi Oiki
Journal of Physiological Sciences, 2016年03月, 査読有り, 筆頭著者

Visualization of fluctuating motions of the selectivity filter in the potassium channel: A computational study.
Takashi Sumikama; Shigetoshi Oiki
Journal of Physiological Sciences, 2015年03月, 査読有り, 筆頭著者

2P221 Kv1.2でのイオン透過における透過パターンの解析(13C. 生体膜・人工膜:興奮・チャネル,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))
Sumikama Takashi; Saito Shinji; Oiki Shigetoshi
生物物理, 2014年

2P222 K^+チャネルの中心空洞内の水の配向は静電的相互作用を増強する(13C.生体膜・人工膜:興奮・チャンネル,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))
Sumikama Takashi; Saito Shinji; Oiki Shigetoshi
生物物理, 2013年

2SCA-01 カリウムイオンチャネルKcsAのゲート開閉とリンクした脂質膜中での集合・離散ダイナミクス(2SCA 最新イオンチャネル1分子科学 : 素過程から疾患克服まで,シンポジウム,日本生物物理学会第51回年会(2013年度))
角野歩; 山本大輔; 炭竈享司; 岩本真幸; 出羽毅久; 老木成稔
生物物理, 2013年

Dependency of Ion Permeation Pattern on K+ Concentration through the Kv1.2 Channel
Takashi Sumikama; Shinji Saito; Shigetoshi Oiki
Biophysical Journal, 2013年01月, 査読有り, 筆頭著者

Proton permeation and pH-dependent gating of polytheonamide B
Yuka Matsuki; Kenichiro Mita; Takashi Sumikama; Masayuki Iwamoto; Hirofumi Shimizu; Shigetoshi Oiki
Journal of Physiological Sciences, 2013年, 査読有り

Role of the central cavity in ion permeation through the K+ channel: Ion permeation mechanism visualized by computational simulation.
Takashi Sumikama; Shinji Saito; Shigetoshi Oiki
Journal of Physiological Sciences, 2012年03月, 査読有り, 筆頭著者

3PT165 Kv1.2チャネルでの選択的イオン透過(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
Sumikama Takashi; Saito Shinji; Oiki Shigetoshi
生物物理, 2012年

2G1558 原子間力顕微鏡によるカリウムイオンチャネルKcsAの脂質膜中でのゲート開閉構造の直接観察(生体膜・人工膜,口頭発表,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
Sumino Ayumi; Sumikama Takashi; Iwamoto Masayuki; Dewa Takahisa; Oiki Shigetoshi
生物物理, 2012年

Role of Central Cavity in Ion Permeation through the Kv1.2 Channel
Takashi Sumikama; Shinji Saito; Shigetoshi Oiki
Biophysical Journal, 2012年01月, 査読有り, 筆頭著者

3P234 K+チャネルにおけるイオン透過の微視的機構の濃度依存性(生体膜・人工膜-興奮・チャネル,第48回日本生物物理学会年会)
Sumikama Takashi; Oiki Shigetoshi; Saito Shinji; Ohmine Iwao
生物物理, 2010年

Microscopic Mechanism of Ion Permeation through K+ Channel
Takashi Sumikama; Iwao Ohmine; Shigetoshi Oiki
Biophysical Journal, 2010年01月, 査読有り, 筆頭著者

3P-200 モデルチャネルとK^+チャネルにおけるイオン透過機構の理論的研究(生体膜/人工膜・興奮,チャネル,第46回日本生物物理学会年会)
Sumikama Takashi; Sato Hiroko; Saito Shinji; Ohmine Iwao
生物物理, 2008年

3P126 ナノポアにおけるイオン透過機構の理論的解析(水・水和/電解質,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
炭竈享司; 斉藤真司; 大峰巌
生物物理, 2007年

1P572 Mechanism of Ion Permeation in Model Channel; Free Energy Surface and Dynamics of K^+ Ion Transport in Anion-doped Carbon Nanotube(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
Sumikama Takashi; Saito Shinji; Ohmine Iwao
生物物理, 2006年

2P260 イオンチャネルのアナロジーとしてのカーボンナノチューブにおけるイオン移動の理論的研究(生体膜・人工膜 C) 興奮・チャンネル))
炭竃享司; 斉藤真司; 大峰巌
生物物理, 2005年

2P222 カーボンナノチューブにおけるイオン移動の理論的研究(生体膜・人工膜 C) 興奮・チャンネル)
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巌
生物物理, 2004年

講演・口頭発表等

Characterising the Molecular Origin of Gating and Permeability of Small Molecules through Pannexin-2 for Channel-Targeted Therapies
Kunal Rai; Himanshu Joshi; 炭竈享司
日本生理学会, 2026年03月12日

Imaging of Mesoscopic-Scale Dynamics of CAMKII Clusters by High-Speed AFM
鈴木大晴; 炭竈享司; 松島啓介; 村越秀治; 柴田幹大
Biophysical Society 70th Annual Meeting, 2026年02月23日

Adjacent β Subunits in CAMKIIα/β Hetero-Oligomers Enable Sustained Acctivation and F-Actin Binding Revealed by HS-AFM and Mathematical Modeling
松島啓介; 炭竈享司; 村越秀治; 柴田幹大
Biophysical Society 70th Annual Meeting, 2026年02月23日

Hi-CデータからA/Bコンパートメントへの新たな分類手法に基づくヘテロクロマチンとユークロマチンの解釈
炭竈享司; 三浦尚; 平谷伊智朗; 福間剛士
日本分子生物学会, 2025年12月05日

高速AFMと数理モデルによるCaMKIIα/βヘテロ12量体のサブユニット配置とF-actin局在化機構の機能予測
松島啓介; 炭竈享司; 村越秀治; 柴田幹大
日本分子生物学会, 2025年12月04日

高速AFMによる活性化状態依存的CaMKIIクラスター形成ダイナミクスの観察と分子間相互作用の解析
鈴木大晴; 炭竈享司; 村越秀治; 柴田幹大
日本分子生物学会, 2025年12月03日

液中オープンループ電位顕微鏡による分子配向検出実験に向けたHOPG基板上への鉛フタロシアニン薄膜作成条件の検討
小川大翔; 炭竈享司; 福間剛士
日本応用物理学会, 2025年09月09日

3次元走査型力顕微鏡によるイオン液体/SrTiO₃界面構造のバイアス依存性の調査
張皓輝; 炭竈享司; 宮田一輝; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
日本応用物理学会, 2025年09月09日

Visualizing Bias-Dependent Changes in Ionic Liquid-SrTiO₃ Interface Structures by 3D scanning force microscopy
Haohui Zhang; Takashi Sumikama; Kazuki Miyata; Sunao Shimizu; Yoshihiro Iwasa; Takeshi Fukuma
The 26th International Conference on Non-contact Atomic Force Microscopy (NC-AFM2025), 2025年08月06日

A novel classification method for A/B compartments from Hi-C data providing insight into heterochromatin and euchromatin organization
Takashi Sumikama
International Symposium: Genome Architecture and Function, 2025年11月25日

理論・シミュレーションと実験の狭間
炭竈享司
凝縮系の構造・反応ダイナミクスから機能創発への展開, 2025年10月31日, 招待有り

B型肝炎ウイルス転写制御に機能するHBx-DDB1複合体の構造機能解析
田中大貴; Joao Diogo Dias; Basile Jay; 喜多俊介; 佐々木実奈; Christine Neuveu; 炭竈享司; 柴田幹大; 前仲勝実; 町田晋一
日本ウィルス学会学術集会, 2025年10月30日

生体分子の機能推定のための高速原子間力顕微鏡動画に基づく理論的考察
炭竈享司
日本生物物理学会, 2025年09月25日, 招待有り

高速AFMによるCaMKIIα/βヘテロオリゴマーの構造と動態の観察
松島啓介; 炭竈享司; 村越秀治; 柴田幹大
日本生物物理学会, 2025年09月24日

高速AFMによる分子間相互作用を介したCaMKIIクラスターダイナミクスの観察
鈴木大晴; 炭竈享司; 村越秀治; 柴田幹大
日本生物物理学会, 2025年09月24日

3次元原子間力顕微鏡を用いたヒトの染色体内部計測で取得されるフォースカーブの探針走査速度依存性の検証
水野雄介; 児島亮平; 炭竈享司; 目黒牧子; 岡野直子; 堀家慎一; 平原佳織; 宮澤佳甫; 福間剛士
日本応用物理学会, 2024年03月23日

高速原子間力顕微鏡で明らかにしたAMPA受容体のクラスター形成機構
炭竈享司; 角野歩; Yimeng Zhao; 服部素之; 柴田幹大
日本生理学会, 2025年03月18日

電位依存性ナトリウムチャネルの静止状態における電位センサーのポアからの解離とチャネル間架橋：協同的活性化機構の示唆
角野歩; 炭竈享司; 柴田幹大; 入江克雅
日本生理学会, 2025年03月17日

高速AFMによるCaMKIIヘテロ12量体の一分子イメージング
松島啓介; 炭竈享司; 村越秀治; 柴田幹大
生物物理学会中部支部会, 2025年03月18日

高速AFMによるCaMKII集合体のナノ構造観察
鈴木大晴; 炭竈享司; 村越秀治; 柴田幹大
生物物理学会中部支部会, 2025年03月18日

Visualizing single-molecule nanodynamics of AMPA-type glutamate receptors by high-speed atomic force microscopy
Mikihiro Shibata; Ayumi Sumino; Takashi Sumikama; Yimeng Zhao; Motoyuki Hattori
Biophysical Society 69th Annual Meeting, 2025年02月18日

Theoretical and/or Computational Life Sciences for Experiments
炭竈享司
理研R-CCS Café, 2024年12月20日

Mechanism of catalytic function of biological ion channel: molecular dynamics simulations
炭竈享司
12th Singapore International Chemistry Conference, 2024年12月10日

Development of United Atom Model for Ionic Liquids and Studying Their Structure and Dynamics on Gold Surfaces Under Various Bias Voltages
Md Fahim Newaz; 張皓輝; 炭竈享司; 福間剛士
Materials Research Society, 2024年12月03日

Imaging mechanism of three-dimensional atomic force microscopy of flexible molecules in non-equilibrium processes
炭竈享司
32nd International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM32), 2024年11月20日

原子間力顕微鏡を用いた細胞内オルガネラの３次元構造の可視化技術とその理論基盤
炭竈享司
極限環境生物学会シンポジウム, 2024年11月04日, 招待有り

Phosphorylation-dependent clustering mechanism of CaMKII revealed by high-speed AFM
鈴木大晴; 炭竈享司; 村越秀治; 柴田幹大
Science for Neuroscience, 2024年10月09日

Single-molecule nanodynamics of AMPA-type glutamate receptors by high-speed atomic force microscopy
柴田幹大; 角野歩; 炭竈享司; 服部素之
Science for Neuroscience, 2024年10月07日

Computational simulations supporting observations by atomic force microscopy
炭竈享司
The Second International Symposium of Nano Life Science: Nano Biotechnology, Biophysics and Computation (NanoBioCoM2024), 2024年09月26日, Rencontres du Vietnam, 招待有り

Insights into chromatin organization obtained by a rapid classification of A/B compartments from Hi-C data
炭竈享司; 三浦尚; 平谷伊智朗; 福間剛士
21st IUPAB & 62nd BSJ Joint Congress 2024, 2024年06月28日

A Machine Learning Approach to Classify Force Curves of Nuclear Elasticity Measurements
Fahim M. Newaz; Sivashanmugan Kundan; 炭竈享司; 平田英周; 福間剛士
21st IUPAB & 62nd BSJ Joint Congress, 2024年06月27日

HS-AFM reveals the structural role of CaMKII in synaptic structural plasticity
鈴木大晴; 炭竈享司; 村越秀治; 柴田幹大
21st IUPAB & 62nd BSJ Joint Congress 2024, 2024年06月25日

Development of the nano imaging technique for elucidating 3D internal structure of mitotic chromosomes by in-cell AFM
児島亮平; 宮澤佳甫; 炭竈享司; 目黒牧子; 今立呼南; 岡野直子; 堀家慎一; 平原佳織; 福間剛士
学術変革領域（クロススケール新生物学）第4回領域会議, 2024年05月30日

Computational and theoretical studies in collaboration with experiments to elucidate biological phenomena
炭竈享司
International Conference on Theoretical and High Performance Computational Chemistry 2024, 2024年04月21日, Computer Network Information Center, Chinese Academy of Sciences (CNIC, CAS), Huazhong Agricultural University, 招待有り

オープンループ電位顕微鏡を用いたイオン液体/金(111)界面における分子スケール電荷分布の電極電位依存性の調査
五十嵐陽彦; 炭竈享司; 平田海斗; 宮澤佳甫; 清水直; 岩佐義宏; 宮田一輝; 福間剛士
日本応用物理学会, 2024年03月23日, 招待有り

高速原子間力顕微鏡による膜タンパク質のナノスケールイメージング
柴田幹大; 角野歩; 炭竈享司
日本解剖学会, 2024年03月21日, 招待有り

高速AFMによるスパイン構造的可塑性におけるCaMKIIの構造的役割の解明
鈴木大晴; 炭竈享司; 村越秀治; 柴田幹大
生物物理学会中部支部会, 2024年03月19日

Unrevealing the mechanism underlying 3D-AFM imaging of unsupported structures by AFM experiment and MD simulations
Mohammad S. Alam; Marcos Penedo; 炭竈享司; 宮澤佳甫; 福間剛士
31st International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM31), 2023年12月08日

Molecular-scale 3D Imaging of Ionic Liquid/Au Interfaces with Different Ionic Liquid Cations by 3D Scanning Force Microscopy
張皓輝; 五十嵐陽彦; 榊原涼; Fahim M. Newaz; 炭竈享司; 宮田一輝; 宮澤佳甫; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
31st International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM31), 2023年12月08日

A Machine Learning for the Classification of Force Curves in Nuclear Elasticity Measurement
Fahim M. Newaz; Sivashanmugan Kundan; 炭竈享司; 平田英周; 福間剛士
31st International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM31), 2023年12月07日

K+チャネルでの選択的イオン透過とNa+チャネルのゲーティングの新機構
炭竈享司
日本生物物理学会, 2023年11月15日, 招待有り

Molecular mechanism of selective ion permeation through the K+ channels: A computational study
炭竈享司
The 10th Federation of the Asian and Oceanian Physiological Societies Congress, 2023年11月01日, 招待有り

Molecular-Scale 3D Imaging of Force and Potential Distributions at Ionic Liquid - Au Interfaces with Variable Tip/Sample Bias Voltages
福間剛士; 五十嵐陽彦; 炭竈享司; 宮田一輝; 宮澤佳甫; 清水直; 岩佐義宏
24th International Conference on Non-contact Atomic Force Microscopy, 2023年09月28日

AFM image computations by force calculation and combined studies of AFM and MD simulations
炭竈享司
The First International Symposium of Nano Life Science: Nano Biotechnology, Biosensor, Computation (NanoBiocom2023), 2023年09月18日, 招待有り

オープンループ電位顕微鏡によるイオン液体/金電極界面におけるサブナノメートルスケール電荷分布の可視化
五十嵐陽彦; 炭竈享司; 平田海斗; 宮田一輝; 宮澤佳甫; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
日本応用物理学会, 2023年09月22日

スタティックモード3次元走査型力顕微鏡によるイオン液体/金(111)電極界面構造の電極電位依存性の調査
張皓輝; 五十嵐陽彦; 炭竈享司; 宮田一輝; 宮澤佳甫; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
日本応用物理学会, 2023年09月22日

Chromosome modeling by polymer simulation and comparison with 3D-AFM measurements
炭竈享司
第５回ゲノム生物物理学セミナー, 2023年08月28日, 招待有り

Molecular-Scale 3D-SFM Imaging of Ionic Liquid/Au Electrode Interface Structures and Its Tip/Sample Bias Dependence
五十嵐陽彦; 炭竈享司; 榊原涼; 吉野巧; 宮田一輝; 宮澤佳甫; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
9th Multifrequency AFM conference, 2023年06月14日

Bias dependence of molecular-scale 3D structures at ionic liquid/Au interface investigated by three-dimensional scanning force microscopy
五十嵐陽彦; 炭竈享司; 榊原涼; 吉野巧; 宮田一輝; 宮澤佳甫; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
EM-NANO2023, 2023年06月06日

A development of rapid classification method of A/B compartments based on Hi-C and an insight into structural dynamics of A/B compartments
炭竈享司
第３回Hi-C研究会, 2023年05月11日

Hi-C データからのヘテロクロマチンとユークロマチンの新規高速識別法とヘテロクロマチンとユークロマチンの直感的解釈
炭竈享司; 福間剛士
生物物理学会中部支部会, 2023年03月31日

イオン液体/金電極界面構造の分子スケール3D-SFM観察とその探針および電極電位依存性
五十嵐陽彦; 炭竈享司; 榊原涼; 吉野巧; 宮田一輝; 宮澤佳甫; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
日本応用物理学会, 2023年03月16日

休止状態の電位依存性Na+チャネルにおける電位センサードメインのポアからの解離と二量体化によるチャネル間架橋
角野歩; 炭竈享司; Leonardo Puppulin; 柴田幹大; 入江克雅
日本生理学会, 2023年03月14日

Hi-Cデータからのヘテロクロマチンとユークロマチンの新規識別法によるヘテロクロマチンとユークロマチンの解釈
炭竈享司; 福間剛士
日本分子生物学会, 2022年11月30日

Hi-Cデータからのヘテロクロマチンとユークロマチンの高速識別法
炭竈享司
6th NanoLSI Symposium, 2022年11月14日

Development of a Method for Visualizing Nanometer-Scale Three-Dimensional Structures of Chromosomes by Three-Dimensional Atomic Force Microscopy
児島亮平; 宮澤佳甫; 寺前奎吾; 炭竈享司; 目黒牧子; 今立呼南; 岡野直子; 堀家慎一; 平原佳織; 福間剛士
AVS 68th INTERNATIONAL SYMPOSIUM & EXHIBITION, 2022年11月07日

Simulations vs. experiments – three case studies
炭竈享司
Sci-Mix in Kanazawa 2022: Change the World by Green Innovation and Science, 2022年10月07日, 招待有り

Hi-Cデータからの直感的なヘテロクロマチンとユークロマチンの識別法
炭竈享司; 福間剛士
日本生物物理学会, 2022年09月30日

Computation of three-dimensional atomic force microscopy images
炭竈享司
Computational Biophysics of Atomic Force Microscopy – A Lecture-based Workshop, 2022年09月20日, 招待有り

3次元走査型力顕微鏡によるDEME-TFSIとBMI-TFSIイオン液体/金(111)電極界面構造のバイアス依存性の比較
張皓輝; 五十嵐陽彦; 榊原涼; 炭竈享司; 宮田一輝; 宮澤佳甫; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
日本応用物理学会, 2022年09月21日

細胞核内部の3 次元構造を可視化する3D-AFMの開発
児島亮平; 宮澤佳甫; Mohammad S. Alam; Sivashanmugan Kundan; 炭竈享司; 太村理沙; 福間剛士
日本応用物理学会, 2022年09月20日

Visualizing 3D internal structure of cell nucleus by 3D-AFM
児島亮平; 宮澤佳甫; Mohammad S. Alam; Sivashanmugan Kudan; 炭竈享司; 太村理沙; 福間剛士
AFM BioMed Conference 2022, 2022年08月30日

Visualizing Bias-Dependent Changes in Ionic Liquid/Au Interface Structures by 3D Scanning Force Microscopy
五十嵐陽彦; 榊原涼; 吉野巧; 宮澤佳甫; 炭竈享司; 宮田一輝; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
The 23rd International Conference on Non-contact Atomic Force Microscopy (NC-AFM 2022 conference), 2022年08月02日

Computational prediction of 3D-AFM image of biopolymers
炭竈享司
学術変革領域（クロススケール新生物学）第２回領域会議, 2022年07月28日

Establishment of the method for visualizing 3D internal structure of Organelles by 3D-AFM
児島亮平; 宮澤佳甫; Mohammad S. Alam; Sivashanmugan Kundan; 寺前圭吾; 炭竈享司; 目黒牧子; 今立呼南; 岡野直子; 太村理沙; 堀家慎一; 平原佳織; 福間剛士
学術変革領域（クロススケール新生物学）第２回領域会議, 2022年07月28日

Na+イオンは曲がりくねった経路を通ってKcsA K+チャネルをゆっくり透過する
炭竈享司; 三田建一郎; 老木成稔
日本生理学会, 2022年03月18日

Movies of binding and unbinding of biomolecules and analyses on them
炭竈享司
5th NanoLSI Symposium, 2022年03月01日, 招待有り

Simulation: Computational Microscope
炭竈享司
2nd WPI NanoLSI-iCeMS Joint Symposium on Nanometrology and Advanced Materials, 2022年01月13日, 招待有り

Development of 3D-AFM to visualize nanometer-scale three-dimensional structures of chromosomes in liquid
児島亮平; 宮澤佳甫; 寺前圭吾; 炭竈享司; 目黒牧子; 今立呼南; 岡野直子; 堀家慎一; 平原佳織; 福間剛士
学術変革領域（クロススケール新生物学）キックオフミーティング, 2021年12月13日

Visualization of nanometer-scale three-dimensional structures of chromosomes by three-dimensional atomic force microscopy
児島亮平; 宮澤佳甫; 寺前奎吾; 炭竈享司; 目黒牧子; 今立呼南; 岡野直子; 堀家慎一; 平原佳織; 福間剛士
29th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM29), 2021年12月09日

Investigation of Subnanometer-Scale Structures of Ionic Liquid/Au Electrode Interfaces by 3D-SFM
五十嵐陽彦; 榊原涼; 吉野巧; 宮澤佳甫; 炭竈享司; 宮田一輝; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
29th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM29), 2021年12月09日

Establishment of a method for visualizing nanometer-scale three-dimensional structures of chromosomes by three-dimensional atomic force microscopy
児島亮平; 宮澤佳甫; 目黒牧子; 炭竈享司; 今立呼南; 岡野直子; 堀家慎一; 平原佳織; 福間剛士
The 9 International Symposium on Surface Science (ISSS-9), 2021年11月29日

Investigation of Subnanometer-Scale Structures of Ionic Liquid/Au Electrode Interfaces by 3D-SFM
五十嵐陽彦; 榊原涼; 吉野巧; 宮澤佳甫; 炭竈享司; 宮田一輝; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
The 9 International Symposium on Surface Science (ISSS-9), 2021年11月29日

生体高分子の3D-AFM像の走査速度依存性の理論予測
炭竈享司; Filippo Federici Canova; David Z. Gao; Adam S. Foste; 福間剛士
日本生物物理学会, 2021年11月25日

3D-SFMを用いたバイアス電圧に依存して変化するイオン液体/金電極界面構造のサブナノスケール構造解析
五十嵐陽彦; 榊原涼; 吉野巧; 宮澤佳甫; 炭竈享司; 宮田一輝; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
第11回イオン液体討論会, 2021年11月18日

カリウムチャネルのK+/Na+選択性分子機構
三田建一郎; 炭竈享司; 岩本真幸; 老木成稔
生理学研究所研究会「細胞システム理解のためのシグナル応答原理解明の最前線」, 2021年09月16日

3D-SFMを用いたバイアス電圧に依存して変化するイオン液体/金電極界面構造のサブナノスケール構造解析
五十嵐陽彦; 榊原涼; 吉野巧; 宮澤佳甫; 炭竈享司; 宮田一輝; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
電気化学秋季大会, 2021年09月08日

イベント指向解析による高速原子間力顕微鏡動画の解析
炭竈享司
日本応用物理学会, 2021年03月17日

Visualization of nanometer-scale three-dimensional structures chromosomes with three-dimensional atomic force microscopy
児島亮平; 宮澤佳甫; 炭竈享司; 目黒牧子; 今立呼南; 岡野直子; 堀家慎一; 平原佳織; 福間剛士
The 28th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM28), 2020年12月10日

Investigation of Subnanometer-Scale Structures of Ionic Liquid/Au Electrode Interfaces by 3D-SFM
榊原涼; 五十嵐陽彦; 吉野巧; 宮澤佳甫; 炭竈享司; 宮田一輝; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
The 28th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM28), 2020年12月10日

Mechanism of ion permeation and selectivity through the K+ channel: A molecular dynamics study
炭竈享司
Frontiers of Computational Physics from meV to MeV, 2020年12月08日, 招待有り

分裂期の染色体の3D-AFM像のシミュレーションによる予測と実測との比較
炭竈享司; 宮澤佳甫; 目黒牧子; 児島亮平; 岡野直子; 堀家慎一; Adam S. Foster; 福間剛士
日本分子生物学会, 2020年12月04日

3D-SFMを用いたバイアス電圧に依存して変化するイオン液体/金電極界面構造のサブナノスケール構造解析
五十嵐陽彦; 榊原涼; 吉野巧; 宮澤佳甫; 炭竈享司; 宮田一輝; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
表面真空学会, 2020年11月21日

Development of 3D-AFM for visualizing 3D structures of inside of chromosomes with nanometer-scale resolution
宮澤佳甫; 目黒牧子; 堀家慎一; 炭竈享司; 日笠山拓; 原田昌征; 福間剛士
8th Multifrequency AFM Conference, 2020年10月28日

カリウムチャネル選択性フィルタ内のイオン選択的ダイナミクス
三田建一郎; 炭竈享司; 岩本真幸; 老木成稔
生理研研究会「イオンチャネルと生体膜のダイナミクス：構造生物学の先にあるもの」, 2020年10月06日

分裂期の染色体の3D-AFM像の理論予測と実測との比較
炭竈享司; 宮澤佳甫; 目黒牧子; 児島亮平; 岡野直子; 堀家慎一; Adam S. Foster; 福間剛士
日本生物物理学会, 2020年09月16日

KcsA K+チャネルでのイオン選択性の分子機構（誌上開催）
炭竈享司; 三田建一郎; 老木成稔
日本生理学会, 2020年03月18日

3次元原子間力顕微鏡を用いた染色体のナノスケール3次元内部構造観察
児島亮平; 宮澤佳甫; 岡野直子; 目黒牧子; 堀家慎一; 炭竈享司; 日笠山拓; 今立呼南; 平原佳織; 福間剛士
日本応用物理学会, 2020年03月13日

3D-SFMによるバイアス電圧に依存して変化するイオン液体/金電極界面構造のサブナノスケール３次元観察
榊原涼; 吉野巧; 五十嵐陽彦; 宮澤佳甫; 炭竈享司; 宮田一輝; 清水直; 岩佐義宏; 福間剛士
日本応用物理学会, 2020年03月13日

Computing Atomic Force Microscopy Images of Chromosomes Using Polymer Simulation
炭竈享司; Adam S. Foster; 福間剛士
Biophysical Society 64th Annual Meeting, 2020年02月19日

Induced-fit pathway accelerated binding of Agitoxin-2 to a K+ Channel imaged by HS-AFM
角野歩; 炭竈享司; 内橋貴之; 老木成稔
Biophysical Society 64th Annual Meeting, 2020年02月17日

Toward elucidating a relation between computed atomic force microscopy image and actual structure using machine learning
炭竈享司; Niko Oinonen; Fedor Urtev; Adam. S. Foster; 福間剛士
The 1st International Conference on Big Data and Machine Learning in Microscopy, 2020年01月16日

間期と分裂期の染色体の3D-AFM像の理論的予測
炭竈享司; 宮澤佳甫; Adam S. Foster; 福間剛士
日本分子生物学会, 2019年12月06日

高速AFMによるサソリ毒ペプチドが効率的にK+チャネルを阻害する仕組みの解明
角野歩; 炭竈享司; 内橋貴之; 老木成稔
日本分子生物学会, 2019年12月05日, 招待有り

Computational prediction of 3D-AFM images of chromosomes
炭竈享司
Joint UBI-NanoLSI workshop "Trends in Molecular Biophysics of Living Cells", 2019年11月20日, 招待有り

染色体のナノスケール3次元内部構造を可視化するための液中3次元原子間力顕微鏡（3D-AFM）の開発
宮澤佳甫; 目黒牧子; 堀家慎一; 炭竈享司; 日笠山拓; 原田昌征; 福間剛士
日本生物物理学会, 2019年09月25日

染色体の3D-AFM像と実像の関係の理論的解明
炭竈享司; 宮澤佳甫; Adam S. Foster; 福間剛士
日本生物物理学会, 2019年09月25日

染色体のナノスケール3次元立体構造観察のための3次元原子間力顕微鏡（3D-AFM）の開発
宮澤佳甫; 目黒牧子; 堀家慎一; 炭竈享司; 中山響介; 日笠山拓; 原田昌征; 児島亮平; 福間剛士
日本応用物理学会, 2019年09月18日

分子シミュレーションで見る毒の作用機序：海綿由来毒ポリセオナミドの細胞膜への挿入
炭竈享司; Mahroof Kalathingal; 老木成稔; 斉藤真司
トキシンシンポジウム, 2019年09月12日

3D-AFM像の理論予測とHS-AFMの動画解析
炭竈享司
第2回CREST会議（研究課題：高速原子間力顕微鏡１分子計測のデータ同化による生体分子4次元構造解析法の開発）, 2019年03月29日, 招待有り

染色体の3D-AFM像の理論予測
炭竈享司; 福間剛士
生物物理中部支部会, 2019年03月26日

Towards elucidating the physical origin of force in AFM measurements and a method analyzing dynamics observed by HS-AFM
炭竈享司
WPI-NanoLSI workshop “Trends in Computational Molecular Biophysics”, 2018年11月04日, 招待有り

チャネル機能が見える：KcsA チャネルのイオン透過と新しい張力感受性モダリティ
岩本真幸; 炭竈享司; 浦久保博一; 老木成稔
生理研研究会「シグナル動態の可視化と操作に基づく多階層機能解析の新展開」, 2018年09月28日, 招待有り

Na+イオンはKcsA K+チャネルを遅いが透過する
炭竈享司; 三田建一郎; 老木成稔
日本生物物理学会, 2018年09月15日

Studying ion channels in reconstituted membrane using atomic force microscopy
角野歩; 炭竈享司; 内橋貴之; 老木成稔
日本生物物理学会, 2018年09月15日, 招待有り

Origins Of Heat Generation On Mixing Water And Dimethyl Sulfoxide
水野和子; 炭竈享司; 玉井良則; 谷正彦
43rd International Conference on Infrared, Millimeter, and Terahertz Waves (IRMMW-THz), 2018年09月13日

K+チャネルでのイオンの透過と選択性の誤謬：どこで何を間違えたか？
炭竈享司
蛋白研研究会「構造情報に基づいた膜イオン輸送タンパク質の生理機能の解明に向けて」, 2018年09月04日, 招待有り

Computational modeling of chromosomes and carbon nanotubes as a probe of atomic force microscopy
炭竈享司; 宮澤佳甫; 日笠山拓; 中山響介; 原田昌征; 福間剛士
Biophysical Society Thematic Meeting on the Genome Biophysics: Integrating Genomics and Biophysics to Understand Structural and Functional Aspects of Genomes, 2018年08月20日

KcsAチャネルでのK+とNa+の選択的透過のMDシミュレーションによる再現
炭竈享司
第3回イオンチャネル研究会チャネルフェニックス, 2018年07月19日, 招待有り

K+チャネルでの新たなイオン透過機構の解明
炭竈享司; 老木成稔
日本生理学会, 2018年03月28日

高速AFMによるサソリ毒ペプチドとK+チャネルの結合動態解析
角野歩; 炭竈享司; 内橋貴之; 老木成稔
生物物理学会中部支部会, 2018年03月05日

イオンチャネルにおけるノックオン機構は本当に重要か？ーその2ー
炭竈享司; 老木成稔
生物物理学会中部支部会, 2018年03月05日

Knock-on is not a canonical mechanism for K+ permeation through potassium channels
炭竈享司; 老木成稔
Biophysical Society 62nd Annual Meeting, 2018年02月19日

Is Knock-on the Canonical Mechanism for the Ion Permeation through a Potassium Channel?
炭竈享司; 老木成稔
新学術領域研究「動的秩序と機能」第6回国際シンポジウム, 2018年01月21日

K+チャネルを通る電流のMichaelis-Menten様の飽和の分子論的説明
炭竈享司; 老木成稔
分子シミュレーション討論会, 2017年11月29日

Water orientation in nanocavity of the Kv1.2 channel and its role in ion permeation: A molecular dynamics study
炭竈享司
Workshop on Reaction and Structural Dynamics in Condensed Phases, 2017年11月13日, 招待有り

何がK+チャネルでのイオンの透過速度を決めるか？：分子動力学シミュレーションによる研究
炭竈享司
ナノ計測勉強会2017, 2017年10月12日, 招待有り

高速AFMによるK+チャネルKcsAとポア結合性サソリ毒ペプチドAgtx2の一分子結合動態解析
角野歩; 内橋貴之; 炭竈享司; 老木成稔
日本生物物理学会, 2017年09月20日

KcsAチャネルからのイオンの自発的流出
炭竈享司; 老木成稔
日本生物物理学会, 2017年09月19日

K+チャネルでのイオン透過におけるイオンと水分子の相互作用の重要性
炭竈享司
第2回イオンチャネル研究会チャネル七夕, 2017年08月01日, 招待有り

計算科学は膜イオン輸送の実験をどこまで再現できるか？：K+チャネルでのイオン透過
炭竈享司
蛋白研研究会「膜イオン輸送の学際研究：計算科学から医学まで」, 2017年07月28日, 招待有り

分布関数の時間発展で生体内現象を解析する：K+チャネルにおけるイオン透過を例に
炭竈享司
第16回計算分子化学コロキウム, 2017年06月21日, 招待有り

イオンチャネルでのイオン透過を分布関数の時間発展で捉える
炭竈享司; 老木成稔
理論化学討論会, 2017年05月17日

イオンチャネルを通るイオン透過における水分子の役割：モデルチャネルとK+チャネルを例に
炭竈享司
福井大学遠赤外領域開発研究センターセミナー, 2017年05月10日, 招待有り

コンピュータシミュレーションによって原子レベルで撮影されたイオンチャネルを通るイオン透過の3D動画
炭竈享司; 老木成稔
日本生理学会, 2017年03月28日, 招待有り

水：その異常性とK+チャネルの機能との関係
炭竈享司
第3回「水シグナリングの分子動態から病態へ」研究会, 2017年03月08日, 招待有り

イオンチャネルにおけるノックオン機構は本当に重要か？
炭竈享司; 老木成稔
生物物理学会中部支部会, 2017年03月06日

K+ Occupancy in the Cavity Determines the Ion Permeation Rate through the Kv1.2 Channel
炭竈享司; 老木成稔
Biophysical Society 61st Annual Meeting, 2017年02月15日

ナノキャビティでのK+の占有がKv1.2チャネルを通るK+の滑走を引き起こす
炭竈享司; 老木成稔
日本生物物理学会, 2016年11月25日

Multi-scale Dynamics of Ion Permeation through Potassium Channels
炭竈享司; 老木成稔
International Symposium on Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems ( MSCRS2016 ), 2016年10月11日

チャネルを流れるイオンと水：ナノチューブの水・ナノ空洞の水
老木成稔; 炭竈享司; 松木悠佳; 岩本真幸
生理研研究会「膜システムの機能的・構造的統合」, 2016年09月09日, 招待有り

電流ー電圧曲線の意味を再考する
炭竈享司
第1回イオンチャネル研究会チャネルどんたく, 2016年07月08日, 招待有り

K+チャネルを通るイオン透過と選択性をつなぐ
炭竈享司; 三田建一郎; 老木成稔
日本生理学会, 2016年03月22日

Difference in ion permeation mechanism through the Kv1.2 and KcsA channels: A molecular dynamics study
炭竈享司; 老木成稔
The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies, 2015年12月17日

イオン透過と選択性を記述する速度論モデル
炭竈享司; 三田建一郎; 老木成稔
日本生物物理学会, 2015年09月15日

K+チャネルの選択性フィルタの構造揺らぎのコンピュターシミュレーションによる可視化
炭竈享司; 老木成稔
日本生理学会, 2015年03月21日

Fluctuation of carbonyl backbone of the selectivity filter of the Kv1.2 channel during K+ permeation
炭竈享司; 老木成稔
The 45th NIPS International Symposium, co-sponsored by The Journal of Physiology "Cutting-edge approaches towards the functioning mechanisms of membrane proteins", 2014年11月27日

疎水性水和の分子論的説明；弱い水素結合C-H•••OH2の形成が"アノマリー"をもたらす
水野和子; 炭竈享司; 玉井良則
第37回溶液化学シンポジウム, 2014年11月13日

Kv1.2でのイオン透過における透過パターンの解析
炭竈享司; 斉藤真司; 老木成稔
日本生物物理学会, 2014年09月26日

弱い水素結合C—H•••OH2を用いる疎水性水和の分子論的説明
水野和子; 炭竈享司; 玉井良則
分子科学討論会, 2014年09月21日

The Ratio of Flux of Water Molecules over that of Ions through Ion Channel Reflects Interactions between Channel and Ions
炭竈享司
OIST Workshops "Single Protein Dynamics in Cellulo 2014: Spatio-Temporal, Structural and Quantitative Analyses", 2014年04月21日

Hydrophobic Cavity in the Potassium Channels: Anomalous Nanospace Controlling Ion Conduction
炭竈享司; 斉藤真司; 老木成稔
3rd International Conference on Molecular Simulation, 2013年11月19日

カリウムイオンチャネルKcsAのゲート開閉とリンクした脂質膜中での集合・離散ダイナミクス
角野歩; 山本大輔; 炭竈享司; 岩本真幸; 出羽毅久; 老木成稔
日本生物物理学会, 2013年10月29日, 招待有り

K+チャネルの中心空洞内の水の配向は静電的相互作用を増強する
炭竈享司; 斉藤真司; 老木成稔
日本生物物理学会, 2013年10月29日

ジメチルスルホキシドの疎水性水和において観測される水の変角振動バンドの高波数シフト: CH•••OH2の関与と高波数シフトの原因
水野和子; 玉井良則; 炭竈享司
第36回溶液化学シンポジウム, 2013年10月09日

カリウムチャネルKcsAの脂質膜中での開閉構造と機能：一分子計測による統合的アプローチ
角野歩; 炭竈享司; 岩本真幸; 出羽毅久; 老木成稔
第23回バイオ・高分子シンポジウム, 2013年07月24日

ポリセオナミドBのプロトン透過とpH依存性ゲーティング
松木悠佳; 三田建一郎; 炭竈享司; 岩本真幸; 清水啓史; 老木成稔
日本生理学会, 2013年03月29日

Dependency of Ion Permeation Pattern on K+ Concentration through the Kv1.2 Channel
炭竈享司; 斉藤真司; 老木成稔
Biophysical Society 57th Annual Meeting, 2013年02月03日

Kv1.2チャネルでの選択的イオン透過
炭竈享司; 斉藤真司; 老木成稔
日本生物物理学会, 2012年09月24日

K+チャネルでのイオン透過における中心空洞の役割: 計算機シミュレーションにより可視化されたイオン透過のメカニズム
炭竈享司; 斉藤真司; 老木成稔
日本生理学会, 2012年03月29日

Role of Central Cavity in Ion Permeation through the Kv1.2 Channel
炭竈享司; 斉藤真司; 老木成稔
Biophysical Society 56th Annual Meeting, 2012年02月27日

K+チャネルでのイオンの捕獲半径とその濃度依存性
炭竈享司
分子高次系機能解明のための分子科学先端計測法の開拓による素過程的理解第１５回ミニ公開シンポジウム「イオンチャネル研究の現状とこれからについて考える」, 2012年01月23日, 招待有り

K+チャネルにおけるイオンの透過と選択性の交差点
炭竈享司
平成２３年度「若手研究者による分野間連携研究プロジェクト」NINS program for cross-disciplinary study 山中＆古谷プロジェクト冬の合同会議, 2012年01月13日, 招待有り

イオンチャネルの透過を捉える:流れるイオンと水分子の配列を見る
老木成稔; 岩本真幸; 炭竈享司; 三田建一郎
中部日本生理学会, 2011年11月01日

計算機シミュレーションで見るイオンチャネルにおけるイオン透過
炭竈享司; 老木成稔
中部日本生理学会, 2011年11月01日

K+チャネルでのイオン透過における中心空洞の役割とその濃度依存性
炭竈享司; 斉藤真司; 老木成稔
分子科学討論会, 2011年09月22日

Role of Central Cavity in Ion Permeation through K+ Channel
炭竈享司; 斉藤真司; 老木成稔
日本生物物理学会, 2011年09月18日

K+チャネルにおけるイオンの透過パターンの解析
炭竈享司
次世代スーパーコピュータプロジェクトナノ分野グランドチャレンジ研究開発ナノ統合拠点イオンチャネル No.2, 2010年12月02日, 招待有り

モデルチャネルでのイオン透過におけるエネルギーとエントロピーの役割
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
分子シミュレーション討論会, 2010年11月24日

K+チャネルにおけるイオン透過の微視的機構の濃度依存性
炭竈享司; 老木成稔; 斉藤真司; 大峯巖
日本生物物理学会, 2010年09月22日

Microscopic Mechanism of Ion Permeation through K+ Channel
炭竈享司; 老木成稔; 大峯巖
Biophysical Society 54th Annual Meeting, 2010年02月22日

NaCl水溶液の結晶化過程とテラヘルツ分光
炭竈享司; 斉藤真司; 味戸克裕; 久々津直哉
分子科学討論会, 2009年09月21日

K+チャネルにおけるイオン透過の微視的機構
炭竈享司
分子高次系機能解明のための分子科学先端計測法の開拓による素過程的理解第７回ミニ公開シンポジウム「イオンチャネルの構造ダイナミクスII」, 2009年08月31日, 招待有り

Roles of Ion Hydration in Chemistry: Freezing of NaCl solution and Ion Permeation through Model Channel
炭竈享司; 斉藤真司; 味戸克裕; 大峯巖
International Symposium on “Reaction Dynamics of Many-Body Chemical Systems”, 2009年06月23日

モデルチャネルとK+チャネルにおけるイオン透過機構の理論的解析
炭竈享司; 佐藤寛子; 斉藤真司; 大峯巖
日本生物物理学会, 2008年12月05日

モデルチャネルにおけるイオン透過のボトルネックとその起源
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
生理学研究所研究会「膜機能分子ダイナミクスの分子機構解明に向けて」, 2008年09月05日, 招待有り

負電荷を付加したカーボンナノチューブにおけるイオン透過機構の理論的解析
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
フラーレン・ナノチューブ総合シンポジウム, 2008年03月05日

ナノポアにおけるイオン透過機構の理論的解析
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
日本生物物理学会, 2007年12月23日

ナノポアにおけるイオン透過機構の理論的解析
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
分子科学討論会, 2007年09月18日

モデルチャネルにおけるイオン透過機構；アニオンを付加したカーボンナノチューブにおけるK+イオンのダイナミクスとイオン透過に関する自由エネルギー面
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
理論化学討論会, 2007年05月17日

Mechanism of Ion Permeation in a Model Channel; Free Energy Surface and Dynamics of K+ Ion Transport in an Anion-Doped Carbon Nanotube
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
The 21st Century COE-RCMS International Conference on Elucidation and Creation of Molecular Functions, 2007年01月10日

Mechanism of Ion Permeation in a Model Channel; Free Energy Surface and Dynamics of K+ Ion Transport in an Anion-Doped Carbon Nanotube
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
Fifth East Asian Biophysics Symposium & Forty-Fourth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 2006年11月14日

モデルチャネルにおけるイオン透過機構の理論的研究
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
分子構造総合討論会, 2006年09月21日

イオンチャネルのアナロジーとしてのカーボンナノチューブにおけるイオン移動の理論的研究
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
日本生物物理学会, 2005年11月24日

イオンチャネルのアナロジーとしてのカーボンナノチューブにおけるイオン移動の理論的研究
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
分子構造総合討論会, 2005年09月29日

イオンチャネルのアナロジーとしてのカーボンナノチューブにおけるイオン移動の理論的研究
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
理論化学討論会, 2005年05月17日

カーボンナノチューブにおけるイオン移動の理論的研究
炭竈享司; 斉藤真司; 大峯巖
日本生物物理学会, 2004年12月14日

産業財産権

特許5704630, 特開2012-005953, 特願2010-143847, 晶析過程制御方法および装置
味戸克裕; 上野祐子; 久々津直哉; 芳賀恒之; 斉藤真司; 炭竈享司

受賞

2018年03月29日
入澤宏・彩記念若手研究奨励賞（日本生理学会）

2017年03月06日
最優秀発表賞（日本生物物理学会中部支部）

メディア報道

金沢大と生理学研究所、記憶を司るタンパク質CaMKIIのリング構造を発見
日本経済新聞, 電子版, 2025年12月25日, 新聞・雑誌

神経伝達タンパク質の動きを世界初撮影
北國新聞, 28面, 2024年08月30日, 新聞・雑誌

金大、脳の記憶や学習に重要なAMPA受容体のナノスケールでの動きを撮影成功
マイナビニュース, 2024年08月27日, インターネットメディア

High-speed atomic force microscopy reveals dynamic behavior of brain receptors
EurekAlert!, 2024年08月26日, インターネットメディア

Atomic force microscopy in 3D
EurekAlert!, 2024年07月03日, インターネットメディア

柔らかい分子、立体的に可視化
北國新聞, 26面, 2024年07月03日, 新聞・雑誌

電位依存性Na+チャネルの意外な構造と分子間相互作用の発見！
和歌山県, わかやま県政ニュース, 2023年12月21日, インターネットメディア

Sodium channel investigation
EurekAlert!, 2023年12月20日, インターネットメディア

「電位依存症Ｎａ＋チャネル」の意外な構造と分子間相互作用
株式会社官庁通信社, 文教速報デジタル版, 2023年12月19日, インターネットメディア

Ion channel block unraveled
EurekAlert!, 2023年08月04日, インターネットメディア

Experiments provide insights into the molecular mechanism for memory and learning
EurekAlert!, 2023年06月30日, インターネットメディア

Experiments reveal chilli-sensitive molecular structure fluctuation changes in TRPV1
EurekAlert!, 2023年05月14日, インターネットメディア

Imaging slower moving molecules in biopolymers
Nature index, 2022年10月28日, インターネットメディア

Simulating 3D-AFM images for systems not in equilibrium
EurekAlert!, 2022年06月30日, インターネットメディア

金沢大、3次元原子間力顕微鏡像を予測する新たなシミュレーション手法を開発
日本経済新聞, 電子版, 2022年06月14日, 新聞・雑誌

細胞内のイオンの流れ解明
中日新聞, 14面, 2021年05月19日, 新聞・雑誌

カリウムチャネルの謎解明
科学新聞, 2021年04月30日, 新聞・雑誌

イオン通り道の謎解明
北國新聞, 28面, 2021年04月16日, 新聞・雑誌

イオンの流れ方解明
福井新聞, 26面, 2021年04月16日, 新聞・雑誌

New study challenges 'established' mechanism about selectivity of cellular ion channels
EurekAlert!, 2021年03月01日, インターネットメディア

Mechanism of scorpion toxin inhibition of K+ channel elucidated using high-speed AFM
EurekAlert!, 2019年07月03日, インターネットメディア

体内のカリウムイオンやりとり
読売新聞, 31面, 2016年11月18日, 新聞・雑誌

外部資金：科学研究費補助金

高速AFMによる記憶形成のタンパク質基盤解明
基盤研究(A)
中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
金沢大学
柴田幹大
自 2025年04月01日, 至 2029年03月31日, 交付
1分子イメージング・ナノ計測;記憶・学習;一分子計測・操作;記憶タンパク質;高速原子間力顕微鏡
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25H00972/

イオンチャネルのイオン分別能を究める
基盤研究(B)
小区分47020:薬系分析および物理化学関連
和歌山県立医科大学
入江克雅
自 2024年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付
イオン選択性;イオンチャネル;構造解析;電気生理;分子動力学計算
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K02168/

原子間力顕微鏡による分子の構造と運動の同時計測法の理論開発と実在の分子への適用
基盤研究(B)
小区分28040:ナノバイオサイエンス関連
金沢大学
炭竈享司
自 2024年04月01日, 至 2028年03月31日, 交付
原子間力顕微鏡;分子動力学;アクチン;粗視化モデル
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K01308/

イオンチャネルの多量体化の機構の解明とその生理的意義
若手研究(B)
金沢大学;福井大学
炭竈享司
自 2017年04月01日, 至 2020年03月31日, 完了
イオンチャネル;細胞膜;分子動力学法;シミュレーション;分子動力学;タンパク質;膜;相互作用;膜挿入;トキシン;チャネル;多量体形成
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K17768/

カリウムチャネルにおけるイオン選択性と透過機構を統一的に記述する理論の開発
若手研究(B)
福井大学
炭竈享司
自 2014年04月01日, 至 2016年03月31日, 完了
イオンチャネル;イオン透過;イオン選択性;分子動力学法;シミュレーション;モデルチャネル;分子動力学
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26870232/

チャネル機能発現における膜上集合・離散動態の新しい機構の解明
基盤研究(A)
福井大学
老木成稔
自 2014年04月01日, 至 2017年03月31日, 完了
lipid bilayer;single-channel current;membrane lipid;clustering;channel gating;チャネル;細胞膜;集合・離散;ゲーティング;蛋白質;走査プローブ顕微鏡;生理学;イオンチャネル;膜蛋白質;原子間力顕微鏡
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26253014/

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