Researchers Information System

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Taniguchi, Yuichi

Institute for Advanced Study Professor

Taniguchi, Yuichi
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    Last Updated :2025/04/23

    Basic Information

    Affiliated programs (koza)

    • Graduate School of Biostudies, 統合生命科学専攻 多元生命科学 生体構造解析学講座, 教授

    Concurrent Affiliation

    • Graduate School of Biostudies, 生命科学研究科附属生命動態研究センター連携研究員

    Professional Memberships

    • The Biophysical Society of Japan

    Academic Degree

    • Master of Science(Osaka University)
    • Doctor of Philosophy in Engineering(Osaka University)

    Academic Resume (Graduate Schools)

    • Osaka University, Department of Systems and Human Science, Graduate School of Engineering Science, 修了
    • Osaka University, Department of Mechanical Science and Bioengineering, Graduate School of Engineering Science, 修了

    Academic Resume (Undergraduate School/Majors)

    • Osaka University, Department of Systems Science, School of Engineering Science, 卒業

    High School

    • High School

      岐阜県立関高等学校

    Research History

    • From Oct. 2023, To Mar. 2029
      Japan Science and Technology Agency (JST), Core Research for Evolutionary Science and Technology (CREST), Principal Investigator
    • From Apr. 2021, To Mar. 2026
      Suntory Rising Stars Encouragement Program in Life Sciences (SunRiSE), SunRiSE Fellow
    • From Oct. 2015, To Mar. 2019
      Japan Science and Technology Agency (JST), Precursory Research for Embryonic Science and Technology (PRESTO), PRESTO Researcher
    • From Apr. 2021, To Mar. 2023
      Kyoto University, Research Center for Dynamic Living Systems, Team Leader
    • From Oct. 2020, To Present
      Osaka University, Graduate School of Frontier Biosciences, Adjunct Professor
    • From Oct. 2020, To Present
      Kyoto University, Graduate School of Biostudies, Professor
    • From Oct. 2020, To Present
      Kyoto University, Institute for Advanced Study, Professor
    • From Apr. 2020, To Mar. 2023
      RIKEN, Center for Biosystems Dynamics Research, Team Leader
    • From Sep. 2011, To Sep. 2020
      Osaka University, Graduate School of Frontier Biosciences, Adjunct Associate Professor
    • From Jun. 2011, To Mar. 2020
      RIKEN, Quantitative Biology Center, Unit Leader
    • From Sep. 2006, To May 2011
      Harvard University, Department of Chemistry and Chemical Biology, Postdoctoral Fellow
    • From Apr. 2006, To Aug. 2006
      Osaka University, Graduate School of Frontier Biosciences, Researcher

    Language of Instruction

    • Japanese
    • English

    ID,URL

    researchmap URL

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      Last Updated :2025/04/23

      Research

      Research Interests

      • Biophysics
      • Systems Biology
      • Genome
      • Super-computing
      • Microscopy
      • Molecular Dynamics Simulation
      • Machine Learning
      • Single Molecule Biology / Single Cell Biology
      • Lithography
      • Next Generation Sequencing
      • Proteome

      Papers

      • PISA: versatile microscope for 3D single molecule light sheet imaging
        Yuichi Taniguchi; Kazuya Nishimura; Yamato Yoshida; Sooyeon Kim; Latiefa Kamarulzaman; David G. Priest; Masae Ohno
        bioRxiv, 07 Dec. 2024
      • Recent methodological advances towards single-cell proteomics
        Sooyeon Kim; Latiefa Kamarulzaman; Yuichi Taniguchi
        Proceedings of the Japan Academy, Series B, 11 Oct. 2023, Peer-reviewed, Invited, Last author, Corresponding author
      • iNucs: inter-nucleosome interactions
        Mehrdad Oveisi; Manu Shukla; Nogayhan Seymen; Masae Ohno; Yuichi Taniguchi; Sunil Nahata; Remco Loos; Ghulam J Mufti; Robin C Allshire; Stefan Dimitrov; Mohammad M Karimi
        Bioinformatics, 01 Dec. 2021, Peer-reviewed
      • Hi-CO: 3D genome structure analysis with nucleosome resolution
        Masae Ohno; Tadashi Ando; David Priest; Yuichi Taniguchi
        Nature Protocols, 28 May 2021, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
      • PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics
        Soya Shinkai; Masaki Nakagawa; Takeshi Sugawara; Yuichi Togashi; Hiroshi Ochiai; Ryuichiro Nakato; Yuichi Taniguchi; Shuichi Onami
        NAR Genomics and Bioinformatics, 01 Jun. 2020, Peer-reviewed
      • BHi-Cect: a top-down algorithm for identifying the multi-scale hierarchical structure of chromosomes
        Vipin Kumar; Simon Leclerc; Yuichi Taniguchi
        Nucleic Acids Research, 18 Mar. 2020, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
      • Resolving 3D Higher-order Molecular Structure of the Genome
        Yuichi TANIGUCHI; Masae OHNO
        Seibutsu Butsuri, 25 Nov. 2019, Peer-reviewed, Invited, Lead author, Corresponding author
      • Proteome-wide Quantification of Labeling Homogeneity at the Single Molecule Level
        Simon Leclerc; Youri Arntz; Yuichi Taniguchi
        Journal of Visualized Experiments, 19 Apr. 2019, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
      • Simultaneous Measurements of RNA Molecules Transcribed from Mitochondrial Division or Fusion Genes in Single Cells
        Yamato Yoshida; Yuichi Taniguchi
        CYTOLOGIA, 25 Mar. 2019, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
      • Simultaneous Single-Cell Measurements Demonstrate a Positive Correlation between RNA Copy Number for Mitochondrial Division and Fusion Genes and Mitochondrial Fragmentation
        Yamato Yoshida; Yuichi Taniguchi
        CYTOLOGIA, 25 Mar. 2019, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
      • Sub-nucleosomal Genome Structure Reveals Distinct Nucleosome Folding Motifs
        Masae Ohno; Tadashi Ando; David G. Priest; Vipin Kumar; Yamato Yoshida; Yuichi Taniguchi
        Cell, 24 Jan. 2019, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
      • Extending Single Molecule Imaging to Proteome Analysis by Quantitation of Fluorescent Labeling Homogeneity in Complex Protein Samples
        Simon Leclerc; Youri Arntz; Yuichi Taniguchi
        Bioconjugate Chemistry, 15 Aug. 2018, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
      • Nucleosome-level 3D organization of the genome
        Masae Ohno; David G. Priest; Yuichi Taniguchi
        Biochemical Society Transactions, 19 Jun. 2018, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
      • Micro-patterned agarose gel devices for single-cell high-throughput microscopy of E. coli cells
        David G. Priest; Nobuyuki Tanaka; Yo Tanaka; Yuichi Taniguchi
        SCIENTIFIC REPORTS, 21 Dec. 2017, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
      • Autofluorescence imaging of tissue samples using super-high sensitivity fluorescence microscopy
        Yuichi Taniguchi
        Global Imaging Insights, 17 Sep. 2017, Peer-reviewed, Lead author, Last author, Corresponding author
      • 1分子蛍光顕微鏡による1細胞内遺伝子発現の可視化
        谷口, 雄一
        顕微鏡, 30 Aug. 2015, Peer-reviewed, Invited, Lead author, Last author, Corresponding author
      • Genome-Wide Analysis of Protein and mRNA Copy Numbers in Single Escherichia coli Cells with Single-Molecule Sensitivity
        Yuichi Taniguchi
        Methods in Molecular Biology, 2015, Peer-reviewed, Lead author, Last author, Corresponding author
      • Protein Expression Analyses at the Single Cell Level
        Masae Ohno; Peter Karagiannis; Yuichi Taniguchi
        Molecules, 05 Sep. 2014, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
      • 単一細胞レベルで遺伝子発現の多様性
        谷口, 雄一
        日本微生物生態学会誌, 01 Mar. 2014, Peer-reviewed, Invited, Lead author, Last author, Corresponding author
      • 単一の生細胞におけるプロテオームとトランスクリプトームとを単一分子検出感度で定量化する
        谷口, 雄一
        ライフサイエンス新着論文レビュー, Oct. 2010, Peer-reviewed, Invited, Lead author, Last author, Corresponding author
      • Quantifying E. coli Proteome and Transcriptome with Single-Molecule Sensitivity in Single Cells
        Y. Taniguchi; P. J. Choi; G.-W. Li; H. Chen; M. Babu; J. Hearn; A. Emili; X. S. Xie
        Science, 30 Jul. 2010, Peer-reviewed, Lead author
      • The forward and backward stepping processes of kinesin are gated by ATP binding
        Yuichi Taniguchi; Toshio Yanagida
        BIOPHYSICS, 15 Oct. 2008, Peer-reviewed, Lead author
      • Thermal fluctuations biased for directional motion in molecular motors
        Yoshiharu Ishii; Yuichi Taniguchi; Mitsuhiro Iwaki; Toshio Yanagida
        Biosystems, Jul. 2008, Peer-reviewed
      • Single molecule thermodynamics in biological motors
        Yuichi Taniguchi; Peter Karagiannis; Masayoshi Nishiyama; Yoshiharu Ishii; Toshio Yanagida
        Biosystems, Apr. 2007, Peer-reviewed, Lead author
      • Entropy rectifies the Brownian steps of kinesin
        Yuichi Taniguchi; Masayoshi Nishiyama; Yoshiharu Ishii; Toshio Yanagida
        Nature Chemical Biology, 09 Nov. 2005, Peer-reviewed, Lead author
      • Single molecule processes on the stepwise movement of ATP-driven molecular motors
        Masayoshi Nishiyama; Hideo Higuchi; Yoshiharu Ishii; Yuichi Taniguchi; Toshio Yanagida
        Biosystems, Sep. 2003, Peer-reviewed
      • Detection of Thermal Processes of Protein Function
        Yoshiharu Ishii; Yasunori Komori; Takuya Okada; Mitsuhiro Iwaki; Yuichi Taniguchi; Toshio Yanagida
        Single Molecules, 02 Aug. 2002, Peer-reviewed

      Misc.

      • Chapter 1 Single molecule nano-bioscience: Fluctuations and adaptive biological molecular machines
        Toshio Yanagida; Jim Kozuka; Takuya Okada; Yuichi Taniguchi; Mitsuhiro Iwaki; Yoshiharu Ishii
        Handai Nanophotonics, 2007
      • 1分子・1細胞網羅的遺伝子発現解析
        谷口雄一
        Protein Community, Mar. 2011, Invited, Lead author, Last author, Corresponding author

      Presentations

      • ゲノムの分子モデリング
        谷口雄一
        プラズマ種子科学研究会, 06 Jan. 2025, Invited
      • Nucleosome-level 3D organization of the genome
        Taniguchi, Y
        16th International Symposium on Nanomedicine (ISNM2023), 21 Nov. 2023, Invited
      • ヌクレオソーム分解能での ゲノムの3次元構造解析
        谷口雄一
        第2回Philosophy研究会, 16 Sep. 2023, Invited
      • ゲノムDNAの3次元構造解析技術の開発
        谷口雄一
        第15回中谷賞授賞式・受賞講演, 24 Feb. 2023, Invited
      • 3次元1分子蛍光イメージング技術の開発
        谷口雄一
        第5回晝馬輝夫光科学賞授賞式・受賞講演, 31 Jan. 2023
      • 分子解像度での生命理解に向けて
        谷口雄一
        第7回IPRフロンティアセミナー, 13 Apr. 2023, Invited
      • 3D molecular structure analysis of the genome by coupling next-generation DNA sequencing and molecular dynamics simulation
        Taniguchi, Y
        The 45th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan, 02 Dec. 2022, Invited
      • Nucleosome-level 3D organization of the genome
        Taniguchi, Y
        HUST lecture, Huazhong University of Science and Technology, 25 Nov. 2022, Invited
      • シングルセルにおける遺伝子発現ダイナミクスの定量化
        谷口雄一
        第9回日本リウマチ学会ベーシックリサーチカンファレンス, 18 Nov. 2022, Invited
      • 1分子イメージング法を利用した超高感度生化学分析法の開発
        谷口雄一
        学術変革領域研究(B)「機能性ラマンプローブによる革新的多重イメージング」オンラインセミナー, 01 Nov. 2022
      • Nucleosome-level 3D organization of the genome
        Taniguchi, Y
        15th Asia-Pacific Physics Conference (APPC15), 23 Aug. 2022, Invited
      • Nucleosome-level 3D organization of the genome
        Taniguchi, Y
        2nd WPI NanoLSI-iCeMS Joint Symposium, 13 Jan. 2022, Invited
      • Nucleosome-level 3D organization of the genome
        Taniguchi, Y
        Pacifichem 2021, 19 Dec. 2021, Invited
      • 生命の設計図「ゲノム」の形を探る
        谷口雄一
        第39回大阪科学賞表彰式・記念講演, 27 Nov. 2021, Invited
      • 1分子検出に基づく次世代型生化学分析法の開発
        谷口雄一
        ARO協議会第8回学術集会, 10 Sep. 2021, Invited
      • Nucleosome-level 3D organization of the genome
        Taniguchi, Y
        CMUH-iCeMS Joint Meeting, 31 Jul. 2021
      • Nucleosome-level 3D organization of the yeast genome
        Taniguchi, Y
        Cold Spring Harbor Asia Conference: Yeast and life science, 24 Jun. 2021, Invited
      • 1分子感度の生化学分析技術の開発(JST成果技術による医療研究開発への挑戦-医学・医療上の課題解決に向けて-)
        谷口雄一
        AMED難治性疾患実用化研究事業2020年度成果報告会, 07 Jun. 2021, Invited
      • 1分子感度での生化学分析
        谷口雄一
        第75回日本口腔科学会学術集会, 13 May 2021, Invited
      • Molecular-resolved biology for understanding complex biosystems
        Taniguchi, Y
        iCeMS-MacDiarmid Institute Online Workshop, 15 Apr. 2021, Invited
      • Revealing nucleosome-resolved 3D genome architecture
        Taniguchi, Y
        RIKEN BDR Symposium 2021, 01 Mar. 2021, Invited
      • Nucleosome-level 3D organization of the genome.
        Taniguchi, Y
        RIKEN Life Science Retreat, 07 Feb. 2020, Invited
      • ゲノムの3次元高次分子構造を解く
        谷口雄一
        東京大学生物科学セミナー, 15 Jan. 2020, Invited
      • Towards 'molecularistic' modeling of biology
        Taniguchi, Y
        POSTECH-APCTP Symposium, 13 Jan. 2020, Invited
      • 3D nucleosome-resolution genome structure analysis
        Taniguchi, Y
        Seoul National University Seminar, 10 Jan. 2020, Invited
      • ヌクレオソーム配列構造による遺伝子制御
        谷口雄一
        第42回日本分子生物学会年会, 06 Dec. 2019, Invited
      • 3D nucleosome-resolution genome structure analysis.
        Taniguchi, Y
        14th Asia-Pacific Physics Conference (APPC14), 20 Nov. 2019, Invited
      • ヌクレオソーム分解能でのゲノム3次元構造の定量解析
        谷口雄一
        定量生物学の会キャラバン, 07 Nov. 2019, Invited
      • 1分子電気泳動解析
        谷口雄一
        第69回日本電気泳動学会シンポジウム, 25 Oct. 2019, Invited
      • Towards molecular-resolved biology
        Taniguchi, Yuichi
        第57回日本生物物理学会年会, 24 Sep. 2019, Invited
      • ゲノム DNA の3次元分子構造解析技術
        谷口雄一
        大阪大学蛋白質研究所セミナー, 30 Aug. 2019, Invited
      • 細胞内でゲノムはどのような構造で収納されているか?
        谷口雄一
        第31回高遠分子細胞生物学シンポジウム, 23 Aug. 2019, Invited
      • 分子レベルでの生命理解のための新技術
        東京大学先端的バイオ計測法研究会, 07 May 2019, Invited
      • 1分子感度での『分子診断法』の開発
        谷口雄一
        第63回理研イブニングセミナー, 03 Apr. 2019, Invited
      • 生命システムを測る新技術の開発を目指して
        谷口雄一; 大野雅恵
        バイオファーマジャパン2019, 20 Mar. 2019, Invited
      • 1細胞内多階層オミックス動態の連関性
        谷口雄一
        さきがけ成果報告会, 17 Mar. 2019, Invited
      • Nucleosome-level 3D organization of the genome.
        Taniguchi, Y
        12th International workshop on approaches to single cell analysis, 04 Mar. 2019, Invited
      • 超高解像度3Dゲノム構造解析による細胞のエピゲノム状態の理解
        谷口雄一
        第91回日本生化学会年会, 24 Sep. 2018, Invited
      • 3D nucleosome organization of the genome.
        Taniguchi, Y
        RIKEN seminar, 30 Aug. 2018, Invited
      • サブヌクレオソーム分解能Hi-Cによるゲノムの微細な折り畳み原理の解析
        谷口雄一
        第2回Hi-C研究会, 04 Jul. 2018, Invited
      • 超高感度での液体内の生体分子・病原性分子の定量化
        谷口雄一
        第47回理研イブニングセミナー, 23 May 2018, Invited
      • 1細胞遺伝子発現のばらつきとゆらぎの全ゲノム共通則
        谷口雄一
        大阪大学細胞内ネットワークのダイナミクスワークショップ, 31 Jan. 2018, Invited
      • 1細胞システム生物学の将来展望
        谷口雄一
        JST-CRDS俯瞰ワークショップ, 09 Oct. 2017, Invited
      • Understanding 3D genome structure in mulitiscale from the nucleosome to whole choromosome level
        Taniguchi, Yuichi
        第55回日本生物物理学会年会, 21 Sep. 2017, Invited
      • 3D nucleosome organization of the genome
        Taniguchi, Y
        Gordon Research Conference: Genome Architecture in Cell Fate & Disease,, 04 Jul. 2017, Invited
      • サブヌクレオソーム分解能でのゲノムの3次元構造決定
        谷口雄一
        第3回生命情報研究会, 29 May 2017, Invited
      • サブヌクレオソーム分解能でゲノムの3次元構造を決定する
        谷口雄一
        第1回広島大学生物、物理、数学の融合研究に関するセミナー, 28 Apr. 2017, Invited
      • 超高解像度3次元ゲノム構造解析
        谷口雄一
        第56回よこはまNMR研究会, 03 Mar. 2017, Invited
      • Towards understanding the linkage between multiple omics layers.
        Taniguchi, Y
        11th International workshop on approaches to single cell analysis, 17 Nov. 2016, Invited
      • High-resolution 3D chromosome structure analysis
        Taniguchi, Y
        CDB Retreat, 29 Sep. 2016, Invited
      • Genome-wide analysis of nucleosome 3D chromatin structure
        Taniguchi, Y
        Yokohama RIKEN seminar, 12 Sep. 2016, Invited
      • 細胞の個性を定量化する
        谷口雄一
        山口大学医学部助教会セミナー, 27 May 2016, Invited
      • 1細胞内オミックス動態のモデル化
        谷口雄一
        生命動態の分子メカニズムと数理シンポジウム, 26 Mar. 2016, Invited
      • 1細胞内オミックス動態の連関性
        谷口雄一
        生命機能数理モデル検討会, 09 Mar. 2016, Invited
      • 単一細胞における1分子レベルでのmRNA・タンパク質発現ゆらぎの動態観察
        谷口雄一
        第38回日本分子生物学会年会, 02 Dec. 2015, Invited
      • 1細胞遺伝子発現動態のゲノムワイド解析とモデル化
        谷口雄一
        物性談話会, 23 Jan. 2015, Invited
      • 単一大腸菌細胞における遺伝子発現のゆらぎ・ばらつきの定量化
        谷口雄一
        日本顕微鏡学会超微形態解析研究部会主催研究会, 22 Nov. 2014, Invited
      • 全ゲノムスケールでの遺伝子発現ノイズ・動態の1分子レベルでの定量化
        谷口雄一
        第87回日本生化学会年会, 15 Oct. 2014, Invited
      • Mining genome-wide datasets of single-cell gene expressions at single-molecule resolution
        Taniguchi, Y
        52th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 27 Sep. 2014, Invited
      • 1細胞毎の個性のばらつきを1分子感度で定量化する
        谷口雄一
        QBiCスプリングコース, 03 Mar. 2014, Invited
      • 遺伝子発現の確率性と記憶性
        谷口雄一
        第36回日本分子生物学会, 04 Dec. 2013, Invited
      • 単一細胞レベルでの遺伝子発現の多様性
        谷口雄一
        第29回日本微生物生態学会, 25 Nov. 2013, Invited
      • Information dynamics in gene expression processes
        Taniguchi, Y
        51th Annual Meeting of;the Biophysical;Society of Japan, 28 Oct. 2013, Invited
      • 遺伝子発現の分布性
        谷口雄一
        少数性生物学トレーニングコース, 31 Jul. 2013, Invited
      • 遺伝子発現過程のシステムバイオロジー
        谷口雄一
        顕微鏡学会第69回学術講演会, 22 May 2013, Invited
      • Towards understanding heterogeneous gene expressions at single cell levels
        Taniguchi, Y
        RNAi, MicroRNAs & Single Cell Biology, 01 May 2013, Invited
      • 単一細胞レベルでの遺伝子発現のばらつきの法則性
        谷口雄一
        第7回日本ゲノム微生物学会, 09 Mar. 2013, Invited
      • 単一細胞レベルでの遺伝子発現のばらつきの法則性
        谷口雄一
        定量オミックスワークショップ, 22 Jan. 2013, Invited
      • Quantifying the E. coli proteome and transcriptome with single-molecule sensitivity in single cells
        Taniguchi, Y
        6th AYRCOB, 20 Dec. 2012, Invited
      • 1細胞スケールでの遺伝子発現の複雑性を理解する
        谷口雄一
        日本分子生物学会第35回年会, 11 Dec. 2012, Invited
      • 遺伝子発現のノイズ性の起源
        谷口雄一
        超階層シグナル伝達研究の新展開シンポジウム, 01 Oct. 2012, Invited
      • Examining origins of noise in gene expression
        Taniguchi, Y
        50th Annual Meeting of;the Biophysical;Society of Japan, 23 Sep. 2012, Invited
      • 1生細胞内の遺伝子発現の定量化とモデル化
        谷口雄一
        第4回定量生物学の会年会, 09 Jan. 2012, Invited
      • Quantifying the E. coli proteome and transcriptome with single-molecule sensitivity in single cells
        Taniguchi, Y
        MicroRNAs & Single Molecule Biology Europe 2011 Symposium, 01 Nov. 2011, Invited
      • Quantifying the E. coli proteome and transcriptome with single-molecule sensitivity in single cells
        Taniguchi, Y
        Biological Symposium, National Institute of Genetics, 05 Aug. 2011, Invited
      • Single molecules meet systems biology
        Taniguchi, Y
        RIKEN CDB-QBiC Joint Symposium – Towards Innovation in Developmental Cell Biology: The Impact of Emerging Technologies, 30 Jun. 2011, Invited
      • Single molecules meet systems biology – Quantifying the E. coli proteome and transcriptome with single-molecule sensitivity in single cells
        Taniguchi, Y; Choi, P. J; Li, G; Chen, H; Babu, M; Emili, A; Xie, X. S
        Bio-IT World Expo 2011, 13 Apr. 2011, Invited
      • 単一の生細胞におけるプロテオームとトランスクリプトームとを単一分子検出感度で定量化する
        Taniguchi, Y; Choi, P. J; Li, G; Chen, H; Babu, M; Emili, A; Xie, X. S
        東京大学複雑系生命システム研究センターセミナー, 02 Dec. 2010, Invited
      • Quantifying the Escherichia coli proteome and transcriptome with single-molecule sensitivity in single cells
        Taniguchi, Y; Choi, P. J; Li, G; Chen, H; Babu, M; Emili, A; Xie, X. S
        The 64th iCeMS Seminar/CeMI Seminar Series 18, 30 Nov. 2010, Invited
      • Quantifying the Escherichia coli proteome and transcriptome with single-molecule sensitivity in single cells
        Taniguchi, Y; Choi, P. J; Li, G; Chen, H; Babu, M; Emili, A; Xie, X. S
        The 48th annual meeting of the Biophysical Society in Japan, 21 Sep. 2010, Invited
      • Global single molecule protein and mRNA expression profiling in single live cells
        Taniguchi, Y; Choi, P. J; Li, G; Chen, H; Babu, M; Emili, A; Xie, X. S
        Watching Biomolecules in Action, 17 Dec. 2009, Invited
      • キネシンのステップ運動発生のキネティクス
        谷口雄一; 西山雅祥; 石井由晴; 柳田敏雄
        第43回日本生物物理学会年会, 24 Nov. 2005
      • 自由エネルギー地形により描かれるキネシン1分子の確率的な運動
        谷口雄一; 西山雅祥; 石井由晴; 柳田敏雄
        第41回日本生物物理学会年会, 24 Sep. 2003, Invited
      • 分子解像度での生命理解に向けて
        谷口雄一
        東大物性研ワークショップ:開放系トポロジーと生体・量子・統計物理, 30 Mar. 2022, Invited

      Books and Other Publications

      • Single-Molecule Science
        Kumar, Vipin; Leclerc, Simon; Taniguchi, Yuichi, Contributor, Chapter 9 Single molecule detection in the study of gene expression
        Cambridge University Press, 26 May 2022
      • 細胞 2020年11月号 単一細胞レベル解析の新技術
        谷口, 雄一; 大野, 雅恵, Contributor, ゲノム3次元構造解析の最前線
        ニュー・サイエンス社, 23 Oct. 2020
      • Minorities and small numbers from molecules to organisms in biology : toward a new understanding of biological phenomena
        Taniguchi, Yuichi, Contributor, Chapter 13 Thinking small numbers: When, where, and how many molecules there are in the cell
        Springer, 03 Nov. 2018
      • 定量生物学 : 生命現象を定量的に理解するために
        谷口, 雄一, Contributor, 第1章 遺伝子発現の定量生物学
        化学同人, 31 Jul. 2018
      • シングルセル解析プロトコール : わかる!使える!1細胞特有の実験のコツから最新の応用まで
        谷口, 雄一; 吉田, 大和, Contributor, 発展編第1章 多階層シングルセルオミクス解析
        羊土社, 27 Sep. 2017
      • シングルセル解析プロトコール : わかる!使える!1細胞特有の実験のコツから最新の応用まで
        大野, 雅恵; 谷口, 雄一, Contributor, プロトコール編第3章 ゆらぎ・ばらつきの諸問題
        羊土社, 27 Sep. 2017
      • 少数性生物学
        谷口, 雄一, Contributor, 第13章 少数を探す──細胞の中の分子はいつどこに何個あるのか
        日本評論社, 17 Mar. 2017
      • 細胞工学 34巻3号 特集 次世代生物学の扉を開く1細胞解析法
        谷口, 雄一, Contributor, 1細胞遺伝子発現動態のゲノムワイド解析とモデル化
        学研メディカル秀潤社, 22 Feb. 2015
      • 生体の化学 65巻5号 増大特集 生命動態システム科学
        谷口, 雄一, Contributor, 第5-1章 1細胞遺伝子発現解析
        医学書院, 15 Oct. 2014
      • パリティ 2014年10月号
        谷口, 雄一, Contributor, 細菌の意思決定
        丸善, 25 Sep. 2014
      • 1分子ナノバイオ計測 : 分子から生命システムを探る革新的技術
        谷口, 雄一, Contributor, 第13章 転写翻訳1細胞定量測定
        化学同人, 05 Jul. 2014
      • 細胞工学 33巻1号 特集 生命システムのロバストネスとは何か?
        谷口, 雄一, Contributor, 第1部第1章 遺伝子発現のロバストネス
        学研メディカル秀潤社, 22 Dec. 2013
      • 現代化学 2011年11月号 特集 実用化に向かう1分子計測
        谷口, 雄一, Contributor, 細胞内遺伝子発現の1分子計測
        東京化学同人, 18 Oct. 2011
      • 細胞を創る・生命システムを創る : 合成生物学が挑む生命機能の再構築と計算機シミュレーション, 医療・社会との関わり
        谷口, 雄一, Contributor, 1細胞内の確率論的な遺伝子発現をモデル化する
        羊土社, 20 Apr. 2011

      Industrial Property Rights

      • 特許JP6086366号、US9880378号、EP2983029号, 顕微鏡、焦準器具、及び試料台保持器具
        谷口雄一; 西村和哉
      • WO/2010/138960, Methods and systems for single-molecule RNA expression profiling
        Xie, X. S; Sims, P. A; Greenleaf, W. J; Taniguchi, Y; Shiroguchi, K; Kim, S
      • 特願2017-177070, データ解析装置、プログラム及び記録媒体、並びにデータ解析方法
        谷口雄一; Leclerc Simon
      • 特願2017-252438, 分光分析装置、分光分析方法、プログラム、記録媒体及び顕微鏡
        谷口雄一; 城村雅恵

      Awards

      • 08 Mar. 2024
        第52回市村学術賞貢献賞(市村清新技術財団)
      • 27 Nov. 2021
        第39回大阪科学賞(大阪府・大阪市・大阪科学技術センター)
      • 03 Feb. 2022
        第18回日本学術振興会賞
      • 24 Feb. 2023
        第15回中谷賞奨励賞(中谷医工計測技術振興財団)
      • 07 Mar. 2023
        第5回晝馬輝夫光科学賞(光科学技術研究振興財団)
      • 31 Jan. 2022
        第9回京都SМI中辻賞
      • 20 Apr. 2022
        令和4年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰 科学技術賞(研究部門)
      • 2001
        大阪大学, 大阪大学基礎工学部賞(首席卒業)
      • 2016
        理化学研究所, 第1回理研産業連携貢献賞
      • 2019
        科学技術振興機構, JSTさきがけ「1細胞解析」分野 ライジングスター賞
      • 2021
        大阪府、大阪市、一般財団法人大阪科学技術センター, 大阪科学賞
      • 2022
        日本学術振興会, 日本学術振興会賞

      Media Coverage

      • 市村賞
        日本経済新聞, 朝刊32面, 19 Apr. 2024, Paper
      • 第15回中谷賞・技術開発研究助成決定
        朝日新聞, 朝刊, 15 Mar. 2023
      • 第15回中谷賞決定
        日本経済新聞, 朝刊, 14 Mar. 2023
      • 谷口・京大教授「発展に励む」 晝馬輝夫光科学賞 浜松で贈呈式
        静岡新聞, 10 Mar. 2023
      • 光科学財団、「昼馬輝夫光科学賞」の谷口教授に贈呈式
        日本経済新聞, 07 Mar. 2023
      • 晝馬輝夫 光科学賞 谷口雄一京大高等研究院教授が受賞 光科技研振興財団
        電波新聞, 朝刊5面, 01 Mar. 2023, Paper
      • 顕微鏡開発 晝馬輝夫光科学賞 谷口教授(京大研究院)受賞
        静岡新聞, 01 Feb. 2023
      • 晝馬輝夫光科学賞に谷口・京大教授 蛍光顕微鏡の技術を開発
        朝日新聞デジタル, 01 Feb. 2023
      • 京大谷口氏,「第5回晝馬輝夫 光科学賞」を受賞
        Optronics Online, 31 Jan. 2023
      • 【第18回 日本学術振興会賞に25氏】その活動が日本の学術研究の推進力に
        科学新聞, 4面, 14 Jan. 2022
      • 大阪科学賞 京大・谷口教授が受賞 阪大・千葉教授も
        毎日新聞 地方版 京都, 23面, 12 Oct. 2021
      • 阪大・千葉教授が受賞 大阪科学賞 京大の谷口教授も
        毎日新聞, 朝刊19面, 06 Oct. 2021
      • 大阪科学賞に千葉、谷口両教授
        中日新聞, 朝刊14面, 03 Oct. 2021
      • 大阪科学賞に阪大と京大の教授
        NHK関西, 30 Sep. 2021
      • 大阪科学賞に千葉、谷口氏
        神戸新聞, 27面, 29 Sep. 2021
      • 大阪科学賞に京大・谷口教授ら
        京都新聞, 24面, 29 Sep. 2021
      • 大阪科学賞に千葉氏と谷口氏
        産経新聞, 22面, 29 Sep. 2021
      • 大阪科学賞に阪大教授ら2人
        読売新聞, 29面, 29 Sep. 2021
      • 大阪科学賞に千葉氏・谷口氏
        朝日新聞, 27面, 29 Sep. 2021
      • 大阪科学賞に千葉大地教授、谷口雄一教授
        サンスポ, Webニュース, 28 Sep. 2021
      • 種をまく基礎研究が無ければ想像を超える大きな花は咲かない
        週刊ダイヤモンド, 66・67面, 14 Dec. 2020
      • 挑戦的研究テーマ 支援の採択者決定
        化学工業日報, 朝刊8面, 09 Dec. 2020
      • サントリー財団 京大の2人支援
        京都新聞, 朝刊27面, 08 Dec. 2020
      • サントリー生命科学財団、10人の若手研究者に5年総額5億円の支援。基礎研究軽視の風潮に一石投じる
        Yahoo!ニュース, 07 Dec. 2020
      • ヌクレオソーム3次元構造解析
        化学工業日報, 朝刊13面, 15 Feb. 2019
      • 理研、ひも状のDNAの立体構造を詳細解析
        日刊工業新聞, 21 Jan. 2019
      • DNA 立体構造・詳細な分析手法
        日本経済新聞, 朝刊11面, 21 Jan. 2019
      • 立体的な構造を詳細解析
        時事ドットコムニュース, 18 Jan. 2019
      • The noisy expression of genes into proteins
        Physics Today, 2010
      • Noisy bacteria
        ScienceNews, 2010
      • 'Identical' cells? Not so much
        The Scientist.com, 2010
      • Study : Lack of correlation between messenger RNA , protein product levels in single E . coli cells
        Genome Web News, 2010
      • Proteomics : Single-molecule methods quantify bacterium's proteome
        Chemical & Engineering News 88, 2010
      • レーザー技術で発見・ノイズ利用して"歩く"
        読売新聞, 朝刊28面, 26 Oct. 2005
      • たんぱく質動く仕組み解明
        日本経済新聞, 朝刊19面, 10 Oct. 2005

      External funds: Kakenhi

      • 1分子スケール蛍光分析化学の創出
        Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)
        Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields
        Kyoto University;Institute of Physical and Chemical Research
        谷口 雄一
        From 01 Apr. 2020, To 31 Mar. 2024, Granted
        1分子蛍光検出;超高感度顕微鏡;分析化学;医療分析;プロテオミクス;1分子蛍光検出;1分子;蛍光イメージング;生物物理学
      • Modality of nucleosome dynamics
        Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
        Transformative Research Areas, Section (III)
        National Institute of Genetics
        前島 一博
        From 19 Nov. 2020, To 31 Mar. 2025, Granted
        ヌクレオソーム;クロマチン;超解像顕微鏡;ゲノミックス解析;原子間力顕微鏡;ゲノミクス解析;超解像イメージング;AFM;PIポリアミド
      • Biophysics of higher-order molecular genome structure
        Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
        Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields
        Kyoto University
        谷口 雄一
        From 01 Apr. 2020, To 31 Mar. 2025, Granted
        ゲノム;ヌクレオソーム;次世代シーケンシング;分子動力学計算;物理モデル;次世代シーケンス
      • Single Molecule Glycomics by Nanoscale Electrophoresis
        Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
        Basic Section 28040:Nanobioscience-related
        Kyushu University;Institute of Physical and Chemical Research
        Takayuki Kawai
        From 01 Apr. 2019, To 31 Mar. 2023, Project Closed
        キャピラリー電気泳動;一分子顕微鏡;糖鎖;タンパク質;ナノスケール電気泳動;一分子検出;電気泳動;一分子;グライコーム;プロテオーム;グライコミクス;一分子解析;一分子観察;微小流体デバイス
      • Light Sheet Microscope Technics for a Single Molecule Imaging in Eukaryotic cell
        Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
        Institute of Physical and Chemical Research
        Kazuya Nishimura
        From 01 Apr. 2014, To 31 Mar. 2017, Project Closed
        蛍光イメージング;光シート顕微鏡;1分子計測;1分子計測;生物物理
      • Exploring mechanism of gene expression noise in eukaryotic cells
        Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
        Institute of Physical and Chemical Research
        Yuichi Taniguchi
        From 01 Apr. 2014, To 31 Mar. 2017, Project Closed
        1分子・1細胞生物学;生物物理学;システム生物学;超高感度顕微鏡技術;微細加工技術;生命反応の物理
      • High-throughput analysis of single-cell gene expression in higher organisms
        Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
        Institute of Physical and Chemical Research
        Yuichi Taniguchi
        From 01 Apr. 2012, To 31 Mar. 2016, Project Closed
        1分子・1細胞生物学;生物物理学;システム生物学;超高感度顕微鏡技術;微細加工技術;生命反応の物理;1分子・1細胞生物学
      • Small number issues in the genome biology
        Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
        Biological Sciences
        National Institute of Genetics
        Kazuhiro Maeshima
        From 01 Apr. 2011, To 31 Mar. 2016, Project Closed
        核酸;ゲノム;生体分子;生物物理;生体生命情報学

      External funds: others

      • 構造を軸としたゲノムの分子反応機構の理解
        武田科学振興財団・生命科学研究助成
        From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
        谷口雄一
      • ゲノムを対象とした新規の構造生物学分野の創生
        サントリーSunRiSE 生命科学研究者支援プログラム
        From 01 Apr. 2021, To 31 Mar. 2026
        谷口 雄一
      • 1細胞内多階層オミックス動態の連関性
        戦略的創造研究推進事業・さきがけ
        From 01 Apr. 2015, To 31 Mar. 2019
        谷口 雄一
      • 単一細胞レベルにおける遺伝子発現のばらつきの定量的理解
        武田科学振興財団・ライフサイエンス研究助成
        From 01 Apr. 2014, To 31 Mar. 2015
        谷口 雄一
      • 単一細胞の遺伝子発現のばらつきを生み出すエピジェネティクスの解明
        持田記念医学薬学振興財団・研究助成金
        From 01 Apr. 2013, To 31 Mar. 2014
        谷口 雄一
      • 細胞内全遺伝子発現の網羅的1分子解析
        日本学術振興会・特別研究員奨励費(PD)
        From 01 Apr. 2010, To 31 Mar. 2012
        谷口 雄一
      • 大腸菌の遺伝子発現ネットワークの1分子解析
        日本学術振興会・海外特別研究員
        From 01 Jul. 2008, To 31 Mar. 2010
        谷口 雄一
      • 細胞内酵素反応の1分子イメージング
        上原記念生命科学財団・海外留学助成
        From 01 Apr. 2006, To 31 Mar. 2007
        谷口 雄一
      • 普遍的な生命現象の分子論的理解を目指した生体ナノイメージング技術の技術開発
        丸文財団・交流研究助成
        From 01 Apr. 2006, To 31 Mar. 2007
        谷口 雄一
      • 生体エネルギー変換システムの入出力のダイナミックな相関の1分子計測とモデル化
        日本学術振興会・特別研究員奨励費(DC)
        From 01 Apr. 2005, To 31 Mar. 2007
        谷口 雄一
      list
        Last Updated :2025/04/23

        Education

        Teaching subject(s)

        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Introduction to Biology and Life Science
          N484, Spring, Institute for Liberal Arts and Sciences, 2
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          ILAS Seminar
          Z001, Spring, Institute for Liberal Arts and Sciences, 2
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Advanced Course in Multicellular Network
          1030, Spring, Graduate School of Biostudies, 1
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Advanced Experiments in Integrated Life Sciences
          5012, Spring, Graduate School of Biostudies, 4
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Advanced Experiments in Integrated Life Sciences
          5012, Fall, Graduate School of Biostudies, 4
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Experimental Course and Seminar C
          2008, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Experimental Course and Seminar B
          2007, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Experimental Course and Seminar B
          2007, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Experimental Course and Seminar D
          2009, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Experimental Course and Seminar D
          2009, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Experimental Course and Seminar C
          2008, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Experimental Course and Seminar A
          2006, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          Experimental Course and Seminar A
          2006, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          ILAS Seminar
          Z001, Spring, Institute for Liberal Arts and Sciences, 2
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Advanced Course in Multicellular Network
          1030, Fall, Graduate School of Biostudies, 1
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Experimental Course and Seminar A
          2006, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Experimental Course and Seminar D
          2009, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Experimental Course and Seminar B
          2007, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Experimental Course and Seminar B
          2007, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Experimental Course and Seminar A
          2006, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Experimental Course and Seminar D
          2009, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Experimental Course and Seminar C
          2008, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Experimental Course and Seminar C
          2008, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Advanced Experiments in Integrated Life Sciences
          5012, Fall, Graduate School of Biostudies, 4
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Advanced Experiments in Integrated Life Sciences
          5012, Spring, Graduate School of Biostudies, 4
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Advanced Experiments in Integrated Life Sciences
          5012, Spring, Graduate School of Biostudies, 4
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Experimental Course and Seminar D
          2009, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          ILAS Seminar
          Z001, Spring, Institute for Liberal Arts and Sciences, 2
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Experimental Course and Seminar B
          2007, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Experimental Course and Seminar B
          2007, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Experimental Course and Seminar A
          2006, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Advanced Course in Multicellular Network
          1030, Spring, Graduate School of Biostudies, 1
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Experimental Course and Seminar A
          2006, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Experimental Course and Seminar D
          2009, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Experimental Course and Seminar C
          2008, Spring, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Experimental Course and Seminar C
          2008, Fall, Graduate School of Biostudies, 5
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Advanced Experiments in Integrated Life Sciences
          5012, Fall, Graduate School of Biostudies, 4
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          ILAS Seminar : Research project design using cutting-edge biotechnology
          Spring, 全学共通科目
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Experimental Course and Seminar
          Spring, 生命科学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Experimental Course and Seminar
          Spring, 生命科学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Experimental Course and Seminar
          Spring, 生命科学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Experimental Course and Seminar
          Spring, 生命科学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Experimental Course and Seminar
          Fall, 生命科学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Experimental Course and Seminar
          Fall, 生命科学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Experimental Course and Seminar
          Fall, 生命科学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Experimental Course and Seminar
          Fall, 生命科学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Advanced Experiments in Integrated Life Sciences
          Spring, 生命科学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Advanced Experiments in Integrated Life Sciences
          Fall, 生命科学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Advanced Course in Multicellular Network
          Fall, 生命科学研究科

        Participation in PhD Defense

        • 核小体内の力学環境におけるDNAアンツイスティング機構の解明
          FUKUTE JUMPEI, Graduate School of Biostudies, Sub-chief Examiner
          25 Mar. 2024
        • ショウジョウバエ原腸胚における1細胞トランスクリプトームとその細胞間差異
          SAKAGUCHI SHUNTA, Graduate School of Biostudies, Sub-chief Examiner
          25 Sep. 2023
        • Molecular mechanisms of the asymmetric pit-closing in clathrin-mediated endocytosis
          Yiming Yu, Graduate School of Biostudies, Sub-chief Examiner
          24 Nov. 2023
        • 青色光作動性 Gal4 転写因子と近赤外光作動性 Tet 転写因子の哺乳類細胞における機能向上とその応用
          NAGASAKI SHINJI, Graduate School of Biostudies, Sub-chief Examiner
          23 Mar. 2023

        Part-time lecturer

        • From 14 Dec. 2020, To 15 Dec. 2020
          Frontier Bioscience Studies in BDR
          2020/12/14-15, 大阪大学大学院, 生命機能研究科
        list
          Last Updated :2025/04/23

          Academic, Social Contribution

          Committee Memberships

          • From Apr. 2024, To Mar. 2026
            会誌編集委員, 日本生物物理学会
          • From Apr. 2016, To Present
            -, -

          Academic Contribution

          • ゲノムモダリティから読み解くクロマチンダイナミクス
            Planning, management, etc.
            第45回日本分子生物学会年会, From 01 Dec. 2022
          • -
            Planning, management, etc.
            -, From 25 Nov. 2021
          • -
            Planning, management, etc.
            -, From 01 Mar. 2021
          • 顕微鏡特許(JP6086366号、US9880378号、EP2983029号)の製品化
            Other
            From 01 Dec. 2020
          • -
            Other
            -, From 01 Apr. 2018

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