Basic Information

Faculty

• 総合人間学部

Concurrent Affiliation

• Graduate School of Human and Environmental Studies, 相関環境学専攻 分子・生命環境論講座, 併任（助教）

Academic Degree

• 修士（農学）(京都大学)
• 博士（農学）(京都大学)

Academic Resume (Graduate Schools)

• 京都大学, 大学院農学研究科修士課程応用生物科学専攻, 修了
• 京都大学, 大学院農学研究科博士後期課程応用生物科学専攻, 修了

Academic Resume (Undergraduate School/Majors)

• 京都大学, 農学部生物生産科学科, 卒業

High School

• High School

  静岡県立浜松北高等学校

Research History

• From 2012

  University of Tsukuba, Graduate School of Life and Environmental Sciences, その他

ID,URL

• J-Global ID

  201301007910916950

• External link

  http://kaken.nii.ac.jp/d/r/40627634.ja.html

Website(s) (URL(s))

• https://sites.google.com/site/ryomakamikawa/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/ryomakamikawa

Research

Research Topics, Overview of the research

• Research Topics

  Diversity of microbial eukaryotes

• Overview of the research

  I have been trying to reveal biodiversity and phylogeny of unicellular eukaryotes which is distinct from animals, plants, and fungi, from the genomic and ecological aspects. Now I have an interest in the relationship between ecological factors and evolution of organelles in eukaryotes.

Research Areas

• Life sciences, Biodiversity and systematics

Papers

• Light-driven Proton Pumps as a Potential Regulator for Carbon Fixation in Marine Diatoms

  Susumu Yoshizawa; Tomonori Azuma; Keiichi Kojima; Keisuke Inomura; Masumi Hasegawa; Yosuke Nishimura; Masuzu Kikuchi; Gabrielle Armin; Yuya Tsukamoto; Hideaki Miyashita; Kentaro Ifuku; Takashi Yamano; Adrian Marchetti; Hideya Fukuzawa; Yuki Sudo; Ryoma Kamikawa

  Microbes and Environments, 2023, Peer-reviewed, Last author

  
• Draft genome of Parageobacillus thermoglucosidasius, a member of hydrogenogenic carbon monoxide utilizers, isolated from a freshwater lake sediment.

  Shiho Nishida; Jota Suzuki; Masao Inoue; Ryoma Kamikawa; Takashi Yoshida

  Microbiology resource announcements, 15 Feb. 2024

  Access this paper :

  
• Population‐level prokaryotic community structures associated with ferromanganese nodules in the Clarion‐Clipperton Zone (Pacific Ocean) revealed by 16S rRNA gene amplicon sequencing

  Kento Tominaga; Hiroaki Takebe; Chisato Murakami; Akira Tsune; Takahiko Okamura; Takuji Ikegami; Yosuke Onishi; Ryoma Kamikawa; Takashi Yoshida

  Environmental Microbiology Reports, 26 Dec. 2023

  
• Transcriptome data sets of free-living diplomonads, Trepomonas sp. and Hexamita sp.

  Keitaro Kume; Tsubasa Gen; Kazutaka Abe; Hiroshi Komatsuzaki; Euki Yazaki; Goro Tanifuji; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto

  Microbiology Resource Announcements, Nov. 2023

  
• A practical assembly guideline for genomes with various levels of heterozygosity

  Takako Mochizuki; Mika Sakamoto; Yasuhiro Tanizawa; Takuro Nakayama; Goro Tanifuji; Ryoma Kamikawa; Yasukazu Nakamura

  Briefings in Bioinformatics, 22 Sep. 2023, Peer-reviewed

  
• Encyclopedia of Family A DNA Polymerases Localized in Organelles: Evolutionary Contribution of Bacteria Including the Proto-Mitochondrion

  Ryo Harada; Yoshihisa Hirakawa; Akinori Yabuki; Eunsoo Kim; Euki Yazaki; Ryoma Kamikawa; Kentaro Nakano; Marek Eliáš; Yuji Inagaki

  Molecular Biology and Evolution, 25 Jan. 2024, Peer-reviewed

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• Construction of multiple metagenome assembled genomes containing carbon monoxide dehydrogenases from anaerobic carbon monoxide enrichment cultures

  Shiho Nishida; Kimiho Omae; Masao Inoue; Yoshihiko Sako; Ryoma Kamikawa; Takashi Yoshida

  Archives of Microbiology, 20 Jul. 2023, Peer-reviewed

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• Draft Genome Sequence of Thermolongibacillus altinsuensis Strain B1-1, a Novel Hydrogenogenic CO Oxidizer Isolated from Sediment from Lake Biwa in Japan

  Jota Suzuki; Yoshinari Imaura; Shiho Nishida; Ryoma Kamikawa; Takashi Yoshida

  Microbiology Resource Announcements, 18 Jul. 2023

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• Isolation, Genomic Sequence and Physiological Characterization of Parageobacillus sp. G301, an Isolate Capable of Both Hydrogenogenic and Aerobic Carbon Monoxide Oxidation

  Yoshinari Imaura; Shunsuke Okamoto; Taiki Hino; Yusuke Ogami; Yuka Adachi Katayama; Ayumi Tanimura; Masao Inoue; Ryoma Kamikawa; Takashi Yoshida; Yoshihiko Sako

  Applied and Environmental Microbiology, 28 Jun. 2023, Peer-reviewed

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• Taxonomic difference in marine bloom-forming phytoplanktonic species affects the dynamics of both bloom-responding prokaryotes and prokaryotic viruses

  Hiroaki Takebe; Kento Tominaga; Tatsuhiro Isozaki; Tetsuhiro Watanabe; Keigo Yamamoto; Ryoma Kamikawa; Takashi Yoshida

  mSystems, 16 Apr. 2024, Peer-reviewed

  
• Isolation and Selection of Microalgae Suitable for an Attached Culture System, a Possible Next Generation Biomass/biodiesel Production System

  宮下 英明; 荒谷 彰吾; 井村 綾子; 沈 元; 石井 健一郎; 神川 龍馬

  えねるみくす = Enermix : 日本エネルギー学会機関誌, Jan. 2017

  
• Development of a molecular-based method for monitorung harmful algae

  R. Kamikawa; Y. Sako

  Bulletin of the Plankton Society of Japan, 2009, Peer-reviewed

  
• Genome evolution of a nonparasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida

  Ryoma Kamikawa; Takako Mochizuki; Mika Sakamoto; Yasuhiro Tanizawa; Takuro Nakayama; Ryo Onuma; Ugo Cenci; Daniel Moog; Samuel Speak; Krisztina Sarkozi; Andrew Toseland; Cock van Oosterhout; Kaori Oyama; Misako Kato; Keitaro Kume; Motoki Kayama; Tomonori Azuma; Ken-ichiro Ishii; Hideaki Miyashita; Bernard Henrissat; Vincent Lombard; Joe Win; Sophien Kamoun; Yuichiro Kashiyama; Shigeki Mayama; Shin-ya Miyagishima; Goro Tanifuji; Thomas Mock; Yasukazu Nakamura

  Science Advances, 29 Apr. 2022, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

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• An Enigmatic Stramenopile Sheds Light on Early Evolution in Ochrophyta Plastid Organellogenesis

  Tomonori Azuma; Tomáš Pánek; Alexander K. Tice; Motoki Kayama; Mayumi Kobayashi; Hideaki Miyashita; Toshinobu Suzaki; Akinori Yabuki; Matthew W. Brown; Ryoma Kamikawa

  Molecular Biology and Evolution, 10 Apr. 2022, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author

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• Biome-specific distribution of Ni-containing carbon monoxide dehydrogenases

  Masao Inoue; Kimiho Omae; Issei Nakamoto; Ryoma Kamikawa; Takashi Yoshida; Yoshihiko Sako

  Extremophiles, Apr. 2022, Peer-reviewed

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• 非光合成性藻類の色素体進化

  神川 龍馬

  光合成研究, Apr. 2021, Peer-reviewed, Invited, Lead author, Last author, Corresponding author

  
• Rappemonads are haptophyte phytoplankton

  Masanobu Kawachi; Takuro Nakayama; Motoki Kayama; Mami Nomura; Hideaki Miyashita; Othman Bojo; Lesley Rhodes; Stuart Sym; Richard N. Pienaar; Ian Probert; Isao Inouye; Ryoma Kamikawa

  Current Biology, Jun. 2021, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author

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• Highly Reduced Plastid Genomes of the Non-photosynthetic Dictyochophyceans Pteridomonas spp. (Ochrophyta, SAR) Are Retained for tRNA-Glu-Based Organellar Heme Biosynthesis

  Motoki Kayama; Kacper Maciszewski; Akinori Yabuki; Hideaki Miyashita; Anna Karnkowska; Ryoma Kamikawa

  Frontiers in Plant Science, 27 Nov. 2020, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author

  
• A non-photosynthetic green alga illuminates the reductive evolution of plastid electron transport systems

  Motoki Kayama; Jun-Feng Chen; Takashi Nakada; Yoshiki Nishimura; Toshiharu Shikanai; Tomonori Azuma; Hideaki Miyashita; Shinichi Takaichi; Yuichiro Kashiyama; Ryoma Kamikawa

  BMC Biology, Sep. 2020, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author

  
• Fine Structure Observation of Feeding Behavior, Nephroselmis spp.-derived Chloroplast Enlargement, and Mitotic Processes in the Katablepharid Hatena arenicola

  Mami Nomura; Ryoma Kamikawa; Ken-ichiro Ishida

  Protist, Apr. 2020, Peer-reviewed

  
• Dinoflagellates with relic endosymbiont nuclei as models for elucidating organellogenesis

  Chihiro Sarai; Goro Tanifuji; Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa; Kazuya Takahashi; Euki Yazaki; Eriko Matsuo; Hideaki Miyashita; Ken-ichiro Ishida; Mitsunori Iwataki; Yuji Inagaki

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Feb. 2020, Peer-reviewed, Lead author

  
• Comparative Plastid Genomics of Cryptomonas Species Reveals Fine-Scale Genomic Responses to Loss of Photosynthesis

  Goro Tanifuji; Ryoma Kamikawa; Christa E Moore; Tyler Mills; Naoko T Onodera; Yuichiro Kashiyama; John M Archibald; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto

  Genome Biology and Evolution, 01 Feb. 2020, Peer-reviewed

  
• Putative genome features of relic green alga-derived nuclei in dinoflagellates and future perspectives as model organisms

  Takuro Nakayama; Kazuya Takahashi; Ryoma Kamikawa; Mitsunori Iwataki; Yuji Inagaki; Goro Tanifuji

  Communicative & Integrative Biology, 01 Jan. 2020, Peer-reviewed

  
• Substrate specificity of plastid phosphate transporters in a non-photosynthetic diatom and its implication in evolution of red alga-derived complex plastids

  Daniel Moog; Akira Nozawa; Yuzuru Tozawa; Ryoma Kamikawa

  Scientific Reports, Jan. 2020, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author

  
• Large DNA virus promoted the endosymbiotic evolution to make a photosynthetic eukaryote

  Mitsuhiro Matsuo; Atsushi Katahata; Makoto Tachikawa; Yohei Minakuchi; Hideki Noguchi; Atsushi Toyoda; Asao Fujiyama; Yutaka Suzuki; Takayuki Hata; Soichirou Satoh; Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa; Mami Nomura; Yuji Inagaki; Ken-ichiro Ishida; Junichi Obokata

  17 Oct. 2019

  
• Principles of plastid reductive evolution illuminated by nonphotosynthetic chrysophytes.

  Dorrell RG; Azuma T; Nomura M; Audren de Kerdrel G; Paoli L; Yang S; Bowler C; Ishii KI; Miyashita H; Gile GH; Kamikawa R

  Proc Natl Acad Sci U S A, Apr. 2019, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author

  
• Diversity of Organellar Genomes in Non-photosynthetic Diatoms

  Ryoma Kamikawa; Azuma T; Ishii K; Matsuno Y; Miyashita H

  Protist, Jun. 2018, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• The draft genome of Kipferlia bialata reveals reductive genome evolution in fornicate parasites

  Goro Tanifuji; Shun Takabayashi; Keitaro Kume; Mizue Takagi; Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto

  PLoS ONE, 01 Mar. 2018, Peer-reviewed

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• Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super-Group

  Matthew W Brown; Aaron A Heiss; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Akinori Yabuki; Alexander K Tice; Takashi Shiratori; Ken-Ichiro Ishida; Tetsuo Hashimoto; Alastair G. B. Simpson; Andrew J. Roger

  Genome Biology and Evolution, 01 Feb. 2018, Peer-reviewed

  
• Nuclear genome sequence of the plastid-lacking cryptomonad Goniomonas avonlea: phylogenomic and metabolic insights into the evolution of secondary plastids

  Cenci U; Sibbald SJ; Curtis BA; Ryoma Kamikawa; Eme L; Moog D; Henrissat B; Maréchal E; Chabi M; Djemiel C; Roger AJ; Kim E; Archibald JM

  BMC Biology, 2018, Peer-reviewed

  
• Fates of Evolutionarily Distinct, Plastid-type Glyceraldehyde 3-phosphate Dehydrogenase Genes in Kareniacean Dinoflagellates.

  Kamikawa R; Yazaki E; Tahara M; Sakura T; Matsuo E; Nagamune K; Hashimoto T; Inagaki Y

  Journal of Eukaryotic Microbiology, 2018, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• The Origin and Diversification of Mitochondria

  Andrew J. Roger; Sergio A. Munoz-Gomez; Ryoma Kamikawa

  CURRENT BIOLOGY, Nov. 2017, Peer-reviewed, Invited, Last author

  
• A Non-photosynthetic Diatom Reveals Early Steps of Reductive Evolution in Plastids

  Ryoma Kamikawa; Daniel Moog; Stefan Zauner; Goro Tanifuji; Ken-Ichiro Ishida; Hideaki Miyashita; Shigeki Mayama; Tetsuo Hashimoto; Uwe G. Maier; John M. Archibald; Yuji Inagaki

  MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, Sep. 2017, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Growth characterization of non-photosynthetic diatoms, Nitzschia spp., inhabiting estuarine mangrove forests of Ishigaki Island, Japan

  Ken-Ichiro Ishii; Ryoma Kamikawa

  PLANKTON & BENTHOS RESEARCH, Aug. 2017, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author

  
• Mitochondrial Genome Evolution and a Novel RNA Editing System in Deep-Branching Heteroloboseids

  Jiwon Yang; Tommy Harding; Ryoma Kamikawa; Alastair G. B. Simpson; Andrew J. Roger

  GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, May 2017, Peer-reviewed

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• Organelles that illuminate the origins of Trichomonas hydrogenosomes and Giardia mitosomes

  Michelle M. Leger; Martin Kolisko; Ryoma Kamikawa; Courtney W. Stairs; Keitaro Kume; Ivan Cepicka; Jeffrey D. Silberman; Jan O. Andersson; Feifei Xu; Akinori Yabuki; Laura Eme; Qianqian Zhang; Kiyotaka Takishita; Yuji Inagaki; Alastair G. B. Simpson; Tetsuo Hashimoto; Andrew J. Roger

  NATURE ECOLOGY & EVOLUTION, Apr. 2017, Peer-reviewed, Lead author

  
• Symbiotic green algae in eggs of Hynobius nigrescens, an amphibian endemic to Japan

  Kiyoaki Muto; Kanto Nishikawa; Ryoma Kamikawa; Hideaki Miyashita

  PHYCOLOGICAL RESEARCH, Apr. 2017, Peer-reviewed

  
• The Earliest Stages of Mitochondrial Adaptation to Low Oxygen Revealed in a Novel Rhizarian

  Ryan M. R. Gawryluk; Ryoma Kamikawa; Courtney W. Stairs; Jeffrey D. Silberman; Matthew W. Brown; Andrew J. Roger

  CURRENT BIOLOGY, Oct. 2016, Peer-reviewed

  
• Mitochondrial Genome of Palpitomonas bilix: Derived Genome Structure and Ancestral System for Cytochrome c Maturation

  Yuki Nishimura; Goro Tanifuji; Ryoma Kamikawa; Akinori Yabuki; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki

  GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, Oct. 2016, Peer-reviewed

  
• 光合成能力を失った種と葉緑体の進化・多様性 ～環境と栄養性の進化関係の解明へ向けて～

  神川 龍馬

  生物の科学 遺伝, Mar. 2016, Invited

  
• Group II Intron-Mediated Trans-Splicing in the Gene-Rich Mitochondrial Genome of an Enigmatic Eukaryote, Diphylleia rotans

  Ryoma Kamikawa; Takashi Shiratori; Ken-Ichiro Ishida; Hideaki Miyashita; Andrew J. Roger

  GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, Feb. 2016, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

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• Proposal of a Twin Aarginine Translocator System-Mediated Constraint against Loss of ATP Synthase Genes from Nonphotosynthetic Plastid Genomes (vol 32, pg 2598, 2015)

  Ryoma Kamikawa; Goro Tanifuji; Sohta A. Ishikawa; Ken-Ichiro Ishii; Yusei Matsuno; Naoko T. Onodera; Ken-Ichiro Ishida; Tetsuo Hashimoto; Hideaki Miyashita; Shigeki Mayama; Yuji Inagaki

  MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, Jan. 2016, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Proposal of a Twin Aarginine Translocator System-Mediated Constraint against Loss of ATP Synthase Genes from Nonphotosynthetic Plastid Genomes

  Ryoma Kamikawa; Goro Tanifuji; Sohta A. Ishikawa; Ken-Ichiro Ishii; Yusei Matsuno; Naoko T. Onodera; Ken-Ichiro Ishida; Tetsuo Hashimoto; Hideaki Miyashita; Shigeki Mayama; Yuji Inagaki

  MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, Oct. 2015, Peer-reviewed

  
• Discovery of PPi-type Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Genes in Eukaryotes and Bacteria

  Yoko Chiba; Ryoma Kamikawa; Kumiko Nakada-Tsukui; Yumiko Saito-Nakano; Tomoyoshi Nozaki

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, Sep. 2015, Peer-reviewed

  
• Multiple conversion between the genes encoding bacterial class-I release factors

  Sohta A. Ishikawa; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki

  SCIENTIFIC REPORTS, Aug. 2015, Peer-reviewed

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• The Mitochondrial Genomes of a Myxozoan Genus Kudoa Are Extremely Divergent in Metazoa

  Fumihiko Takeuchi; Tsuyoshi Sekizuka; Yumiko Ogasawara; Hiroshi Yokoyama; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tomoyoshi Nozaki; Yoshiko Sugita-Konishi; Takahiro Ohnishi; Makoto Kuroda

  PLOS ONE, Jul. 2015, Peer-reviewed

  Access this paper :

  
• Plastid Genome-Based Phylogeny Pinpointed the Origin of the Green-Colored Plastid in the Dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum

  Ryoma Kamikawa; Goro Tanifuji; Masanobu Kawachi; Hideaki Miyashita; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki

  GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, Apr. 2015, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  Access this paper :

  
• 珪藻類の休眠期細胞を利用した応用科学

  石井 健一郎; 神川 龍馬; 澤山 茂樹; 宮下 英明; 石川 輝; 今井 一郎

  生物の科学 遺伝, 2015, Invited

  
• Nitzschia、光合成やめるってよ

  神川 龍馬

  藻類, 2015

  
• Multiple losses of photosynthesis in Nitzschia (Bacillariophyceae)

  Ryoma Kamikawa; Naoji Yubuki; Masaki Yoshida; Misaka Taira; Noriaki Nakamura; Ken-ichiro Ishida; Brian S. Leander; Hideaki Miyashita; Tetsuo Hashimoto; Shigeki Mayama; Yuji Inagaki

  PHYCOLOGICAL RESEARCH, Jan. 2015, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Complete genome of a nonphotosynthetic cyanobacterium in a diatom reveals recent adaptations to an intracellular lifestyle

  Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa; Goro Tanifuji; Yuichiro Kashiyama; Naohiko Ohkouchi; John M. Archibald; Yuji Inagaki

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Aug. 2014, Peer-reviewed

  
• Secondary loss of a cis-spliced intron during the divergence of Giardia intestinalis assemblages

  Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto

  BMC Research Notes, 30 Jun. 2014, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Palpitomonas bilix represents a basal cryptist lineage: insight into the character evolution in Cryptista

  Akinori Yabuki; Ryoma Kamikawa; Sohta A. Ishikawa; Martin Kolisko; Eunsoo Kim; Akifumi S. Tanabe; Keitaro Kume; Ken-ichiro Ishida; Yuji Inagki

  SCIENTIFIC REPORTS, Apr. 2014, Peer-reviewed, Lead author

  
• Gene Content Evolution in Discobid Mitochondria Deduced from the Phylogenetic Position and Complete Mitochondrial Genome of Tsukubamonas globosa

  Ryoma Kamikawa; Martin Kolisko; Yuki Nishimura; Akinori Yabuki; Matthew W. Brown; Sohta A. Ishikawa; Ken-ichiro Ishida; Andrew J. Roger; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki

  GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2014, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• An intronic open reading frame was released from one of group II introns in the mitochondrial genome of a haptophyte Chrysochromulina sp. NIES-1333.

  Nishimura Y; Kamikawa R; Hashimoto T; Inagaki Y

  Mobile Genetic Elements, 2014, Peer-reviewed

  
• Ardenticatena maritima gen. nov., sp nov., a ferric iron- and nitrate-reducing bacterium of the phylum 'Chloroflexi' isolated from an iron-rich coastal hydrothermal field, and description of Ardenticatenia classis nov.

  Satoshi Kawaichi; Norihiro Ito; Ryoma Kamikawa; Tatsuya Sugawara; Takashi Yoshida; Yoshihiko Sako

  INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, Aug. 2013, Peer-reviewed

  
• Parallel re-modeling of EF-1 alpha function: divergent EF-1 alpha genes co-occur with EFL genes in diverse distantly related eukaryotes

  Ryoma Kamikawa; Matthew W. Brown; Yuki Nishimura; Yoshihiko Sako; Aaron A. Heiss; Naoji Yubuki; Ryan Gawryluk; Alastair G. B. Simpson; Andrew J. Roger; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki

  BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY, Jun. 2013, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Evolution of Elongation Factor-Like (EFL) Protein in Rhizaria is Revised by Radiolarian EFL Gene Sequences

  Yoshiyuki Ishitani; Ryoma Kamikawa; Akinori Yabuki; Masashi Tsuchiya; Yuji Inagaki; Kiyotaka Takishita

  JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY, Jul. 2012, Peer-reviewed

  
• Separate Origins of Group I Introns in Two Mitochondrial Genes of the Katablepharid Leucocryptos marina

  Yuki Nishimura; Ryoma Kamikawa; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki

  PLOS ONE, May 2012, Peer-reviewed

  
• Splintrons in Giardia intestinalis: Spliceosomal introns in a split form

  Ryoma Kamikawa; Inagaki Y; Roger AJ; Hashimoto T

  Communicative and Integrative Biology 4(4):454-456, Jun. 2011, Invited, Lead author, Corresponding author

  
• Split Introns in the Genome of Giardia intestinalis Are Excised by Spliceosome-Mediated trans-Splicing

  Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Masaharu Tokoro; Andrew J. Roger; Tetsuo Hashimoto

  CURRENT BIOLOGY, Feb. 2011, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Mitochondrial genomes from two red tide forming raphidophycean algae Heterosigma akashiwo and Chattonella marina var. marina

  Isao Masuda; Ryoma Kamikawa; Manabu Ueda; Kenichi Oyama; Sadaaki Yoshimatsu; Yuji Inagaki; Yoshihiko Sako

  HARMFUL ALGAE, Jan. 2011, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• A novel spliceosome-mediated trans-splicing can change our view on genome complexity of the divergent eukaryote Giardia intestinalis

  Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto

  Biophysical Reviews, 2011, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Cercozoa comprises both EF-1 alpha-containing and EFL-containing members

  Ryoma Kamikawa; Akinori Yabuki; Takuro Nakayama; Ken-ichiro Ishida; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki

  EUROPEAN JOURNAL OF PROTISTOLOGY, Jan. 2011, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Rooting for the root of elongation factor-like protein phylogeny

  Ryoma Kamikawa; Miako Sakaguchi; Takuya Matsumoto; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki

  MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION, Sep. 2010, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Distributions of IS607-type insertion sequence in the toxic cyanobacterium Microcystis aeruginosa and its phage

  Kuno S; Yoshida T; Ryoma Kamikawa; Hosoda N; Sako Y

  Microbes & Environments 25(4): 295-301, Aug. 2010, Peer-reviewed

  
• Genetic diversity of Gambierdiscus spp. (Gonyaulacales, Dinophyceae) in Japanese coastal areas

  Sotaro Kuno; Ryoma Kamikawa; Sadaaki Yoshimatsu; Takefumi Sagara; Sachio Nishio; Yoshihiko Sako

  PHYCOLOGICAL RESEARCH, Jan. 2010, Peer-reviewed, Corresponding author

  
• Expanded phylogenies of canonical and non-canonical types of methionine adenosyltransferase reveal a complex history of these gene families in eukaryotes

  Ryoma Kamikawa; Gabino F. Sanchez-Perez; Yoshihiko Sako; Andrew J. Roger; Yuji Inagaki

  MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION, Nov. 2009, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• 大阪湾における有毒渦鞭毛藻Ａｌｅｘａｎｄｒｉｕｍ属シストの動態に関する研究

  白石智孝; 今井一郎; 左子芳彦; 石井健一郎; 神川龍馬; 山本圭吾; 中嶋昌紀; 長井敏

  瀬戸内海, Oct. 2009

  
• Mitochondrial Group II Introns in the Raphidophycean Flagellate Chattonella spp. Suggest a Diatom-to-Chattonella Lateral Group II Intron Transfer

  Ryoma Kamikawa; Isao Masuda; Mikihide Demura; Kenichi Oyama; Sadaaki Yoshimatsu; Masanobu Kawachi; Yoshihiko Sako

  PROTIST, Aug. 2009, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Analysis of the mitochondrial genome, transcripts, and electron transport activity in the dinoflagellate Alexandrium catenella (Gonyaulacales, Dinophyceae)

  Ryoma Kamikawa; Hiroshi Nishimura; Yoshihiko Sako

  PHYCOLOGICAL RESEARCH, Mar. 2009, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• 有毒・有害微細藻類の分子モニタリング法の開発

  神川龍馬; 左子芳彦

  日本プランクトン学会誌 56(1): 43-46, Feb. 2009

  
• シアノファージの多様な感染戦略

  神川龍馬

  藻類 = The bulletin of Japanese Society of Phycology, 10 Nov. 2008

  
• rRNA sequences reveal the genetic diversity of Gambierdiscus spp. distributing in the coastal area of Western-Japan

  Ryoma Kamikawa; Yoshihiko Sako

  NIPPON SUISAN GAKKAISHI, Sep. 2008, Peer-reviewed

  
• アピコンピレクサ類のアピコプラストと渦鞭毛藻類の色素体のミッシングリング―色を纏った寄生虫の親戚―

  神川龍馬

  藻類56(2): 119-121, Jul. 2008

  
• Direct phylogenetic evidence for lateral transfer of elongation factor-like gene

  Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Yoshihiko Sako

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, May 2008, Peer-reviewed, Lead author

  
• Development of a novel molecular marker on the mitochondrial genome of a toxic dinoflagellate, Alexandrium spp., and its application in single-cell PCR

  Ryoma Kamikawa; Shoko Hosoi-Tanabe; Sadaaki Yoshimatsu; Kenichi Oyama; Isao Masuda; Yoshihiko Sako

  JOURNAL OF APPLIED PHYCOLOGY, Apr. 2008, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• 西日本に分布するＧａｍｂｉｅｒｄｉｓｃｕｓ属近縁種の遺伝的多様性

  神川龍馬; 神川龍馬; 左子芳彦

  日本水産学会誌, 2008

  
• 有害有毒微細藻ゲノム情報の応用

  神川龍馬; 左子芳彦

  海洋と生物 29(5): 418-422, Oct. 2007

  
• Genetic variation in mitochondrial genes and intergenic spacer region in harmful algae Chattonella species

  Ryoma Kamikawa; Isao Masuda; Kenichi Oyama; Sadaaki Yoshimatsu; Yoshihiko Sako

  FISHERIES SCIENCE, Aug. 2007, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Fragmentation of mitochondrial large subunit rRNA in the dinoflagellate Alexandrium catenella and the evolution of rRNA structure in alveolate mitochondria

  Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Yoshihiko Sako

  PROTIST, Apr. 2007, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

  
• Application of real-time PCR assay for detection and quantification of Alexandrium tamarense and Alexandrium catenella cysts from marine sediments

  Ryoma Kamikawa; Satoshi Nagai; Shoko Hosoi-Tanabe; Shigeru Itakura; Mineo Yamaguchi; Yoshitaka Uchida; Toshinori Baba; Yoshihiko Sako

  HARMFUL ALGAE, Apr. 2007, Peer-reviewed

  
• リアルタイム定量PCR法を用いた有害・有毒微細藻の現場モニタリング(<特集>水産微生物のリアルタイムモニタリング)

  神川 龍馬; 左子 芳彦

  日本水産学会誌, 15 Mar. 2007

  
• Real-time PCR assay for monitoring harmful algae in aquatic environments

  Ryoma Kamikawa; Yoshihiko Sako

  NIPPON SUISAN GAKKAISHI, Mar. 2007, Peer-reviewed

  
• 有害・有毒微細藻の包括的モニタリング法の開発

  神川龍馬; 田辺(細井)祥子; 左子芳彦

  BRAINテクノニュース 117号: 28-31, Sep. 2006

  
• Application of a Real-time PCR Assay to a Comprehensive Method of Monitoring Harmful Algae

  Ryoma Kamikawa; Junko Asai; Takahiro Miyahara; Keisuke Murata; Kenichi Oyama; Sadaaki Yoshimatsu; Takashi Yoshida; Yoshihiko Sako

  Microbes and Environments, 2006, Peer-reviewed

  
• Development of a quantification assay for the cysts of the toxic dinoflagellate Alexandrium tamarense using real-time polymerase chain reaction

  R Kamikawa; S Hosoi-Tanabe; S Nagai; S Itakura; Y Sako

  FISHERIES SCIENCE, Oct. 2005, Peer-reviewed

  

Misc.

• ヒト以外の遺伝子に関連する研究 光合成能喪失によるゲノム進化:従属栄養性珪藻を例に

  神川龍馬; 坂本美佳; 中村保一

  遺伝子医学, 2024

  
• A Practical Guide to Genome Assembly with Varied Levels of Heterozygosity

  望月孝子; 坂本美佳; 谷澤靖洋; 中山卓郎; 谷藤吾朗; 神川龍馬; 中村保一

  育種学研究, 2024

  
• Microalgal symbiosis in amphibian eggs

  宮下英明; 武藤清明; 武井萌; 神川龍馬; 西川完途; 西川完途

  植物科学の最前線(Web), 2022

  
• 非光合成性珪藻類のゲノム解析 光合成能の喪失はゲノム進化と生態にどこまで影響するか？

  神川龍馬

  第87回日本植物学会大会シンポジウム「次世代シークエンサーがスポットライトを当てた「なまら」面白い生き物たち」, Sep. 2023, Invited

  
• 寄生性の祖先から自由生活性に転じたディプロモナス類における自由生活関連タンパク質の探索

  厳翼; 久米慶太郎; 阿部一貴; 矢﨑裕規; 小松崎洋志; 谷藤吾朗; 神川龍馬; 稲垣 祐司; 橋本哲男

  第92回寄生虫学会大会, Mar. 2023

  
• Biosynthesis of chlorophyll-related pigments in non-photosynthetic algae

  Ryoma Kamikawa

  ISEP23, Jan. 2023, Lead author, Last author, Corresponding author

  
• 非光合成クリプトモナスは炭素固定能力を維持する

  谷藤吾朗; 松田真実; 吉田崇伸; 矢吹彬憲; 伊藤元雄; 石谷佳之; 野牧秀隆; 神川龍馬; 蓮沼誠久; 柏山祐一郎

  日本寄生虫学会東日本支部大会プログラム・講演要旨, 2022

  
• 大阪湾における有毒渦鞭毛藻Alexandrium tamarenseのシストと栄養細胞の動態

  白石智孝; 石井健一郎; 杉山隆仁; 夏池真史; 山本圭吾; 中嶋昌紀; 神川龍馬; 左子芳彦; 長井敏; 今井一郎

  藻類, 2009

  
• Comprehensive evaluation of genome assembly method to construct haploid representation using organisms with various heterozygosity

  望月孝子; 坂本美佳; 谷澤靖洋; 中山卓郎; 谷藤吾朗; 神川龍馬; 中村保一

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021

  
• 一次共生型の光合成アメーバにおけるDNAウイルスを介した大規模遺伝子転移

  松尾充啓; 潟端篤; 立川誠; 水口洋平; 野口英樹; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 鈴木穣; 佐藤壮一郎; 中山卓郎; 神川龍馬; 野村真未; 稲垣祐司; 石田健一郎; 小保方潤一

  日本植物生理学会年会(Web), 2019

  
• 有殻アメーバのゲノム解読による一次細胞内共生進化の初期プロセスの解析

  松尾充啓; 潟端篤; 立川誠; 水口洋平; 野口英樹; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 鈴木穣; 中山卓郎; 神川龍馬; 野村真未; 稲垣祐司; 石田健一郎; 小保方潤一

  日本植物学会大会研究発表記録, 2017

  
• 窒素固定はじめました-Rhopalodia科珪藻に見る細胞内共生進化

  中山卓郎; 神川龍馬; 谷藤吾朗; 稲垣祐司

  日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 2016

  
• 有殻アメーバPaulinella chromatophoraのゲノム・トランスクリプトームの解析より明らかとなったユニークな遺伝子構造とコアプロモーター構造

  潟端篤; 松尾充啓; 鈴木穣; 水口洋平; 野口英樹; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 佐藤壮一郎; 松崎素道; 中山卓郎; 神川龍馬; 野村真未; 稲垣裕司; 石田健一郎; 小保方潤一

  日本生化学会大会(Web), 2015

  
• The Distribution of a Phage-Related Insertion Sequence Element in the Cyanobacterium, Microcystis aeruginosa

  KUNO SOTARO; YOSHIDA TAKASHI; KAMIKAWA RYOMA; HOSODA NAOHIKO; SAKO YOSHIHIKO

  Microbes and environments, 01 Dec. 2010

  
• 西日本に分布する Gambierdiscus 属近縁種の遺伝的多様性 : 日本産"Gambierdiscus toxicus"株は本当に G. toxicus か?

  神川 龍馬; 左子 芳彦

  日本水産学会大会(日本農学大会水産部会)講演要旨集 = Abstracts for the annual meeting of the Japanese Society of Fisheries Science, 27 Mar. 2008

  
• Utilization of information on harmful algal genome

  神川 龍馬; 左子 芳彦

  Aquabiology, Oct. 2007

  
• Supporting genome analysis of diatom: genome assembly of Nitzschia sp. PL1-4

  望月孝子; 坂本美佳; 谷澤靖洋; 矢倉勝; 中山卓郎; 谷藤吾朗; 神川龍馬; 中村保一

  日本植物生理学会年会(Web), 2021

  
• 日本で新たに発見された両生類と緑藻の共生関係

  武藤 清明; 神川 龍馬; 西川 完途; 宮下 英明

  環境微生物系学会合同大会2017、仙台, Aug. 2017

  
• 地域資源を活用した再生可能エネルギー等の利活用技術の開発―微細藻類を利用した石油代替燃料等の製造技術の開発―第1章 微細藻類の分離・育種と評価 4 気生微細藻類の探索(2)気生微細藻類の簡易培養法の開発

  宮下英明; 立園裕美; 井村綾子; 荒谷彰吾; 神川龍馬

  農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果, 31 Mar. 2017

  
• 地域資源を活用した再生可能エネルギー等の利活用技術の開発―微細藻類を利用した石油代替燃料等の製造技術の開発―第1章 微細藻類の分離・育種と評価 4 気生微細藻類の探索(1)気生微細藻類の分離と増殖・含油量の解析

  宮下英明; 神川龍馬; 石井健一郎; 井村綾子; 立園裕美; 荒谷彰吾

  農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果, 31 Mar. 2017

  
• UV-A 単色光で生育する単細胞緑藻とそのUV-A 耐 性の仕組みの推定

  有保 秀徳; 神川龍馬; 宮下英明

  日本藻類学会第41回大会、高知, Mar. 2017

  
• 新規に分離された単細胞緑藻の分類学的考察

  今城 葉月; 仲田 崇志; Nor Hafizah Jumat; 泉田 仁; 神川 龍馬; 宮下 英明

  日本藻類学会第41回大会、高知, Mar. 2017

  
• 鳥取県湖山池に出現した珪素類Chaetoceros属について

  石井健一郎; 山口峰生; 外丸裕司; 神川龍馬; 石川輝; 今井一郎; 宮下英明

  日本陸水学会大会講演要旨集, 2015

  
• 伊勢湾海底堆積物中の珪藻類休眠期細胞

  石井健一郎; 大塚泰介; 宮下英明; 神川龍馬; 今井一郎; 石川輝

  Diatom, 25 Dec. 2014

  
• 多系統のシアノバクテリアからみえるクロロフィルfの誘導様式とエネルギー移動の共通性(口頭発表)

  大野 智輝; 松本 翔吾; 大久保 智司; 神川 龍馬; 宮下 英明

  日本微生物生態学会講演要旨集, Oct. 2014

  
• 新たに再発見した産地から採取した「天狗の麦飯」の微生物群集構造解析(ポスター発表)

  武藤 清明; 金井 眞知子; 坂本 皆子; 神川 龍馬; 宮下 英明

  日本微生物生態学会講演要旨集, Oct. 2014

  
• Induction of chlorophyll f in the artificial microbial mat

  Shogo Matsumoto; Satoshi Ohkubo; Ryoma Kamikawa; Hideaki Miyashita

  日本植物生理学会.2014.3.18, Mar. 2014

  
• 自己遮蔽条件下におけるシアノバクテリアKC1株のクロロフィル誘導

  松本翔吾; 大久保智司; 神川龍馬; 宮下英明

  日本微生物生態学会講演要旨集, 17 Nov. 2013

  
• CARD‐FISHを用いた「天狗の麦飯」の主要構成細菌の同定

  金井眞知子; 幡野恭子; 福井学; 久保響子; 神川龍馬; 宮下英明

  日本微生物生態学会講演要旨集, 17 Nov. 2013

  
• 琵琶湖湖心におけるAcaryochloris sp.の鉛直分布の季節変動

  酒井翔太; 成田隆造; 大久保智司; 石川可奈子; 神川龍馬; 宮下英明

  日本微生物生態学会講演要旨集, 17 Nov. 2013

  
• To be algae or not to be algae: losses of photosynthesis in diatoms

  Ryoma Kamikawa

  The 4th Asian Congress of Protistology, Nov. 2021, Invited

  
• ゲノム・トランスクリプトームから見た藻類の多様性と進化

  神川龍馬

  プランクトン学会若手の会, Sep. 2021, Invited

  
• Loss of photosynthesis in Ochrophyta

  Ryoma Kamikawa

  2nd AsiaEvo, Aug. 2021, Invited

  
• アピコンプレクサ類アピコプラストは葉緑体縮退進化の王道か？

  神川龍馬

  第90回日本寄生虫学会 第32回日本臨床寄生虫学会 合同大会サテライトミーティング, 16 Apr. 2021, Invited

  
• ハマサンゴの骨格から分離した糸状緑藻Phaeophila dendroidesによる遠赤色光の利用

  大波千恵子; 西堀洋平; 植野嘉文; 須田彰一郎; 神川龍馬; 秋本誠志; 宮下英明

  藻類, 2021

  
• 縮退オルガネラから見るオルガネラゲノムの存在意義

  神川龍馬

  日本分子生物学会ワークショップ「ミトコンドリア・葉緑体がもつ核外ゲノムの多彩な複製維持機構と構造」, Dec. 2020, Invited

  
• 微細藻類における光合成能の喪失と葉緑体縮退進化ーNo photosynthesis, no life?

  神川龍馬

  光合成学会ミニシンポジウム, 18 Sep. 2020, Invited

  
• ハマサンゴの一種Porites sp.の骨格から分離した糸状緑藻

  西堀 洋平; 大波 千恵子; 須田 彰一郞; 神川 龍馬; 宮下 英明

  第44回日本藻類学会, Mar. 2020

  
• 非光合成性藻類におけるclpC遺伝子の有無を介し た色素体ゲノム喪失に対する機能的制約

  加山 基; 矢吹 彬憲; 宮下 英明; 神川 龍馬

  第44回日本藻類学会, Mar. 2020

  
• ヤマアカガエル及びニホンアカガエルの卵塊に共生する藻類

  武井 萌; 西川 完途; 神川 龍馬; 宮下 英明

  第44回日本藻類学会, Mar. 2020

  
• 緑藻類における光合成能喪失と葉緑体電子伝達系の 縮退進化

  加山 基; 陳 俊峰; 仲田 崇志; 西村 芳樹; 鹿内 利治; 宮下 英明; 高市 真一; 柏山 祐一郎; 神川 龍馬

  第44回日本藻類学会, Mar. 2020

  
• 不等毛藻類の葉緑体喪失に伴う，葉緑体とミトコン ドリアへの二重局在性タンパク質の標的配列の進化

  東 智範; 加山 基; 宮下 英明; 神川 龍馬

  第44回日本藻類学会, Mar. 2020

  
• 琵琶湖から分離された,遠赤色光のみを光源として光合成生育する真核藻類

  西堀洋平; 北崎翔; 神川龍馬; 宮下英明

  藻類, 2020

  
• Is marine prokaryotic viral infection dependent on the host cell density?

  富永賢人; 山本圭吾; 神川龍馬; 緒方博之; 吉田天士

  日本地球化学会年会要旨集(Web), 2020

  
• Viral dynamics during marine prokaryotic succession analyzed using microcosm experiment

  武部紘明; 富永賢人; 神川龍馬; 山本圭吾; 渡邉哲弘; 吉田天士

  日本地球化学会年会要旨集(Web), 2020

  
• Genome evolution through loss of photosynthesis and adaptation to a heterotrophic lifestyle in a non-photosynthetic diatom.

  Ryoma Kamikawa

  第42回日本分子生物学会年会 【ワークショップ】 遺伝子の水平伝播からゲノム進化を考える, Dec. 2019, Invited, Lead author, Last author, Corresponding author

  
• 葉緑体喪失に伴うオルガネラ DNA polymerase の進化

  東 智範; 加山 基; 宮下 英明; 神川 龍馬

  第3回日本共生生物学会, Nov. 2019

  
• 非光合成性ディクティオカ藻類 Pteridomonas danica プラスチドゲノムにおける縮退進化

  加山 基; 矢吹 彬憲; 宮下 英明; 神川 龍馬

  第3回日本共生生物学会, Nov. 2019

  
• Plastid evolution in the heliozoan Actinophrys sol illuminated by transcriptome and phylogenomic analyses

  Azuma T; Panek T; Tice A; Kayama M; Kobayashi M; Miyashita H; Suzaki T; Brown MW; Ryoma Kamikawa

  ICES, Aug. 2019, Last author

  
• Intracellular evolution through loss of photosynthesis and adaptation to a heterotrophic lifestyle revealed by the genome analysis of a non-photosynthetic diatom

  Ryoma Kamikawa; Takuro Nakayama; Daniel Moog; Takayuki Fujiwara; Ryo Onuma; Shin-ya Miyagishima; Keitaro Kume; Ugo Cenci; Bernard Henrissat; Kaori Oyama; Misako Kato; Hideaki Miyashita; Goro Tanifuji; Yasuhiro Tanizawa; Takako Mochizuki; Mika Sakamoto; Yasukazu Nakamura

  ICES, Aug. 2019

  
• Evolution of chlorophyll biosynthesis pathway in a colorless diatom

  Motoki Kayama; Mami Nomura; Minami Goto; Akinori Yabuki; Hideaki Miyashita; Shigeki Mayama; Yuichiro Kashiyama; Ryoma Kamikawa

  7th European Phycological Congress, Aug. 2019

  
• “Rappemonads” is the third lineage of Haptophyta

  Ryoma Kamikawa; Azusa Itoh; Motoki Kayama; Mami Nomura; Takuro Nakayama; Hideaki Miyashita; Masanobu Kawachi

  7th European Phycological Congress, Aug. 2019, Peer-reviewed

  
• Plastoquinone-mediated electron transport in a non-photosynthetic plastid of the heterotrophic green alga Hyalogonium sp.

  Motoki Kayama; Jun-Feng Chen; Takashi Nakada; Yoshiki Nishimura; Toshiharu Shikanai; Hideaki Miyashita; Yuichiro Kashiyama; Ryoma Kamikawa

  VIII ECOP-ISOP 2019, Jul. 2019, Peer-reviewed

  
• 石垣島マングローブ林底質と隣接干潟に出現する珪藻および東京湾河口干潟と前浜干潟に出現する珪藻の比較

  西航一郎; 真山茂樹; 田口芳彦; 石井健一郎; 神川龍馬

  日本珪藻学会第40回大会, May 2019

  
• Chlf産生シアノバクテリアに見られる蛍光特性の多様性とその要因に関する考察

  長島章浩; 大野智輝; 小杉真貴子; 小林正美; 小池裕幸; 神川龍馬; 宮下英明

  藻類, 2019

  
• トランスクリプトーム解析と系統学的位置から見た太陽虫Actinophrys solの葉緑体進化

  東智範; PANEK Tomas; TICE Alex; 加山基; 小林真弓; 小林真弓; 宮下英明; 洲崎敏伸; BROWN Matthew W; 神川龍馬

  藻類, 2019

  
• 非光合成性無色珪藻類におけるクロロフィル生合成の進化

  加山基; 野村真未; 後藤みなみ; 矢吹彬憲; 宮下英明; 真山茂樹; 柏山祐一郎; 神川龍馬

  藻類, 2019

  
• Genome analysis for the liverwort Marchantia polymorpha and the diatom Nitzschia sp. NIES4239

  MOCHIZUKI Takako; TANIZAWA Yasuhiro; YAMAOKA Shohei; NISHIHAMA Ryuichi; KANAZAWA Takehiko; MONTGOMERY Sean A; LIU Chang; GALIK Bence; BERGER Frederic; UEDA Takashi; YAMATO Katsuyuki T; KOHCHI Takayuki; TANIFUJI Goro; KAMIKAWA Ryoma; NAKAMURA Yasukazu

  日本植物生理学会年会(Web), 2019

  
• 新規無色珪藻培養株の系統学的位置と白色体ゲノム解析

  野村真未; 加山基; 後藤みなみ; 石井健一郎; 宮下英明; 真山茂樹; 神川龍馬

  第2回日本共生生物学会, Nov. 2018

  
• ラピモナスとは何者か？

  伊藤梓; 加山基; 野村真未; 中山卓郎; 宮下英明; 河地正伸; 神川龍馬

  第2回日本共生生物学会, Nov. 2018

  
• 新規無色珪藻における葉緑体縮退進化

  加山基; 野村真未; 後藤みなみ; 矢吹彬憲; 宮下英明; 真山茂樹; 神川龍馬

  第2回日本共生生物学会, Nov. 2018

  
• トランスクリプトーム解析と系統学的位置からみた太陽虫Actinophrys solの葉緑体進化

  東智範; Tomas Panek; Alex Tice; 加山基; 小林真弓; 宮下英明; 洲崎敏伸; Matthew W Brown; 神川龍馬

  第2回日本共生生物学会, Nov. 2018

  
• THE COMPLETE GENOME OF A NON-PHOTOSYNTHETIC DIATOM AND ITS PLASTIDAL SULFOLIPID BIOSYNTHESIS

  Kamikawa R; Oyama K; Tanizawa Y; Mochizuki T; Nakayama T; Tanifuji G; Nakamura Y; Kato M; Miyashita H

  International Society of Protistologists, Jul. 2018

  
• Sigmoid Nitzschia species in girdle view

  Mayama N; Miura H; Ryoma Kamikawa; Mayama S

  25th International Diatom Symposium, Jun. 2018

  
• Diversity of genomes and functions in non-photosynthetic plastids of Ochrophyta

  Ryoma Kamikawa; Tomonori Azuma; Ishii K; Miyashita H

  ISEP18, May 2018

  
• 非光合成性珪藻類葉緑体トリオースリン酸輸送体の基質特異性と紅藻類由来葉緑体の進化

  神川 龍馬; Daniel Moog; 野澤 彰; 戸澤 譲

  第42回日本藻類学会, Mar. 2018

  
• 藻類が光合成を捨てるとき

  神川 龍馬

  第11回ゲノム微生物学会若手の会, Sep. 2017, Invited

  
• イントロダクション：現存真核生物の多様性

  神川 龍馬

  第19回進化学会シンポジウム, Aug. 2017, Invited

  
• REDUCTIVE EVOLUTION OF PLASTIDS IN DIATOMS AFTER LOSS OF PHOTOSYNTHESIS

  R. Kamikawa

  PHYCOLOGIA, Aug. 2017, Invited

  
• Evolutionary cross talk between the non-photosynthetic plastids and the cytosol of Nitzschia

  Ryoma Kamikawa; Daniel Moog; Akira Nozawa; Yuzuru Tozawa

  The IVth Molecular Life of Diatoms, Jul. 2017, Peer-reviewed

  
• 日本固有の両生類クロサンショウウオの卵に共生する単細胞緑藻

  武藤 清明; 西川 完途; 神川 龍馬; 宮下 英明

  日本藻類学会第41回大会、高知, Mar. 2017

  
• 非光合成性珪藻類葉緑体のゲノム進化

  神川 龍馬

  第41回日本藻類学会, Mar. 2017

  
• 光合成能喪失に伴う葉緑体ゲノム進化

  神川 龍馬

  第90回日本細菌学会総会, Mar. 2017, Invited

  
• Lumière et obscurité ～光合成能の喪失がもたらす真核生物進化～

  神川 龍馬

  水圏微生物のエネルギー利用戦略とその相互作用に関する研究会, Nov. 2016, Invited

  
• Rare loss of the Calvin Benson cycle in non-photosynthetic plastids

  Kamikawa R; Zauner S; Moog D; Tanifuji G; Ishida KI; Mayama S; Hashimoto T; Archibald JM; Maier UG; Miyashita H; Inagaki Y

  ICES2016 Kyoto, Sep. 2016

  
• インビジブル：色を捨てた"藻類"たち

  神川 龍馬

  第18回進化学会WS「プロティストワールド～アプローチの多様化がもたらすもの～」, Aug. 2016, Invited

  
• 非光合成性珪藻類無色葉緑体における機能

  神川龍馬; Stefan Zauner; Uwe Maier; Daniel Moog; John; M. Archibald、Andrew J. Roger; 真山 茂樹; 石田 健一郎; 宮下 英明; 稲垣 祐司

  第40回日本藻類学会, Mar. 2016

  
• Rhopalodia科珪藻における細胞内共生シアノバクテリアのゲノム縮小進化

  中山卓郎; 神川龍馬; 谷藤吾朗; 稲垣祐司

  日本植物学会第79回大会, Sep. 2015

  
• The dynamics of mitochondrial metabolism in a cercozoan capable of growth in aerobic and low-oxygen conditions

  Kamikawa Ryoma

  VIIECOP-ISOP joint meeting, Sep. 2015, Invited

  
• ヌクレオモルフをもつ2種の未記載渦鞭毛藻：「真核－真核型」細胞内共生を介した葉緑体成立過程を解き明かす新たなモデルとして.

  皿井千裕; 谷藤吾朗; 中山卓郎; 神川龍馬; 高橋和也; 石田健一郎; 岩滝光儀; 稲垣祐司

  日本進化学会第17回大会, Aug. 2015

  
• Two cercozoans from low-oxygen environments reveal the early stages of mitochondrial adaptation to anaerobiosis

  Kamikawa Ryoma

  Integrated Microbial Biodiversity Program meeting, Canadian Institute for Advanced Research, May 2015, Invited

  
• 新奇緑色渦鞭毛藻鶴岡株・室蘭株の葉緑体ゲノム比較解析

  森田幸之介; 谷藤吾朗; 中山卓郎; 神川龍馬; 皿井千裕; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣祐司

  日本藻類学会第39回大会, Mar. 2015

  
• 日本沿岸域における珪藻類Chaetoceros属の形態及び分子系統解析

  石井健一郎; 神川龍馬; 山口峰生; 山口晴生; 石川 輝; 今井一郎; 宮下英明

  日本藻類学会第39回大会, Mar. 2015

  
• 山形県鶴岡産緑色渦鞭毛藻TRD132株の細胞内微細構造

  皿井千裕; 高橋和也; 谷藤吾朗; 中山卓郎; 神川龍馬; 稲垣祐司; 石田健一郎; 岩滝光儀

  日本藻類学会第39回大会, Mar. 2015

  
• 新奇緑色渦鞭毛藻類における緑藻遺伝子の網羅的探索 ― 新たなヌクレオモルフゲノムへの示唆

  中山卓郎; 谷藤吾朗; 神川龍馬; 皿井千裕; 松尾恵梨子; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣祐司

  日本藻類学会第39回大会, Mar. 2015

  
• Identification and characterization of novel PEP carboxykinase from Entamoeba histolytica

  Chiba Yoko; Kamikawa Ryoma; Tsukui Kumiko; Nakano Yumiko; Nozaki Tomoyoshi

  第84回寄生虫学会大会, Mar. 2015

  
• Identification and characterization of a lost central metabolic enzyme, phosphoenolpyruvate carboxykinase

  Chiba Yoko; Kamikawa Ryoma; Nozaki Tomoyoshi

  日本農芸化学会2015年岡山大会, Mar. 2015

  
• 新奇ケルコゾア生物Brevimastigomonas sp.KY003株の持つ新たなミトコンドリア様オルガネラ

  松野佑成; 宮下英明; 神川龍馬; 石井健一郎

  日本微生物生態学会大会(Web), 2015

  
• Poster Presentation: The dynamics of mitochondrial metabolism in a cercozoan capable of growth in aerobic and low-oxygen conditions

  Ryoma Kamikawa; Yusei Matsuno; Tommy Harding; Courtney Stairs; Ryan Gawryluk; Ken-ichiro Ishii; Hideaki Miyashita; Andrew J Roger

  VII ECOP-ISOP Joint Meeting, 2015

  
• A draft genome of the anaerobic flagellate Carpediemonas membranifera, a free-living relative of metamonad parasites

  Dayana Salas-Leiva; Martin K; Curtis B; Kamikawa R; Roger AJ

  VII ECOP-ISOP Joint Meeting, 2015

  
• Comparative genome analysis of pedinophyte plastids and the pedinophyte-derived plastids in two dinoflagellates Lepidodinium chlorophorum and strain MRD-151.

  Kounosuke Morita; Goro Tanifuji; Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa; Chihiro Sarai; Kazuya Takahashi; Mitsunori Iwataki; Yuji Inagaki

  VII ECOP-ISOP Joint Meeting, 2015

  
• 海産珪藻類が形成する休眠期細胞の分類

  石井 健一郎; 神川 龍馬; 宮下 英明

  第１４回 日本分類学会連合 総会・公開シンポジウム, Jan. 2015, Invited

  
• "王道"から外れた葉緑体進化：渦鞭毛藻類や珪藻類を例に

  神川 龍馬

  藻類懇話会, Nov. 2014, Invited

  
• 有殻アメーバPaulinella chromatophoraのゲノム解析

  松尾充啓; 潟端篤; 水口洋平; 野口英樹; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 鈴木穣; 佐藤壮一郎; 松崎素道; 中山卓郎; 神川龍馬; 野村真未; 壁谷如洋; 宮城島進也; 稲垣祐司; 石田健一郎; 小保方潤一

  第37回日本分子生物学会年会, Nov. 2014

  
• 有殻アメーバPaulinella chromatophoraのトランスクリプトーム解析

  潟端篤; 松尾充啓; 鈴木穣; 水口洋平; 野口英樹; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 佐藤壮一郎; 松崎素道; 中山卓郎; 神川龍馬; 野村真未; 壁谷如洋; 宮城島進也; 稲垣祐司; 石田健一郎; 小保方潤一

  第37回日本分子生物学会年会, Nov. 2014

  
• 珪藻類休眠期細胞研究の現状と分子研究への応用

  石井健一郎; 神川龍馬; 宮下英明

  第１回分子珪藻研究集会, Nov. 2014

  
• 珪藻類休眠期細胞研究の現状と展望.

  石井健一郎; 大塚泰介; 神川龍馬; 石川 輝; 今井一郎; 宮下英明

  日本珪藻学会第 34 回研究集会, Nov. 2014

  
• 新たに再発見した産地から採取した「天狗の麦飯」の微生物群集構造解析(土壌生態系(soil ecosystem),一般講演,環境微生物系学会合同大会2014講演要旨)

  武藤 清明; 金井 眞知子; 坂本 皆子; 神川 龍馬; 宮下 英明

  土と微生物, 01 Oct. 2014

  
• 大規模配列データで解明される新奇真核微生物系統とそのオルガネラゲノム.

  稲垣祐司; 西村祐貴; 神川龍馬; 谷藤吾朗; 中山卓郎; 橋本哲男

  日本植物学会第78回大会, Sep. 2014

  
• Chlorophyll-based adaptation of cyanobacterial photosynthesis to niche light quality.

  Hideaki Miyashita; Satoshi Ohkubo; Shogo Matsumoto; Ryoma Kamikawa; Masami Kobayashi

  Humbort Kolleg & The International Conference on Natural Science 2014, Sep. 2014, Invited

  
• 伊勢湾海底泥中における珪藻類Chaeotoceros属休眠胞子の形態及び分子系統解析.

  石井健一郎; 神川龍馬; 石川輝; 今井一郎; 宮下英明

  2014年度日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会, Sep. 2014

  
• Fornicata生物のミトコンドリア関連オルガネラタンパク質におけるmatrix targeting signal

  久米慶太郎; 高林舜; 森田幸之介; 神川龍馬; 稲垣祐司; 橋本哲男

  第15回進化学会, Aug. 2014

  
• 真核微生物Palpitomonas bilixにおけるミトコンドリアゲノム解析

  西村祐貴; 神川龍馬; 谷藤吾朗; 橋本哲男; 稲垣祐司

  日本進化学会第16回大会, Aug. 2014

  
• Phylogenemic placement of the orphaned amorphean protists; ancyromonads, mantamonads, collodictyonids, and rigifilids.

  Matthew W Brown; Aaron A Heiss; Ryoma Kamikawa; Akinori Yabuki; Takashi Shiratori; Ken-ichiro Ishida; Yuji Inagaki; Alastair GB Simpson; Andrew J Roger

  Protist2014, Aug. 2014

  
• A snap shot of the gene replacement after endosymbiotic gene transfer: plastid GAPDH genes in the dinoflagellete Karenia brevis as a case study.

  Ryoma Kamikawa; Eriko Matsuo; Euki Yazaki; Michiru Tahara; Takaya Sakura; Kisaburo Nagamune; Yuji Inagaki

  Protist2014, Aug. 2014

  
• The discovery of novel nucleomorph-bearing algae.

  Goro Tanifuji; Chihiro Sarai; Ryoma Kamikawa; Kazuya Takahashi; Takuro Nakayama; Konosuke Morita; Tetsuo Hashimoto; Mitsunori Iwataki; Yuji Inagaki

  Protist2014, Aug. 2014

  
• "Green genes" in novel green colored dinoflagellates: signs of the nucleomorph genomes.

  Takuro Nakayama; Goro Tanifuji; Ryoma Kamikawa; Eriko Matsuo; Chihiro Sarai; Kazuya Takahashi; Ken-ichiro Ishida; Mitsunori Iwataki; Yuji Inagaki

  Protist2014, Aug. 2014

  
• Complex evolution of plastid GAPDHs in the dinoflagellate species with green alga-derived plastids.

  Eriko Matsuo; Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa; Goro Tanifuji; Chihiro Sarai; Kazuya Takahashi; Mitsunori iwataki; Yuji Inagaki

  Protist2014, Aug. 2014

  
• Mitochondrial genome of Palpitomonas bilix: unique genome structure and ancestral characteristics in gene content.

  Yuki Nishimura; Ryoma Kamikawa; Goro Tanifuji; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki

  Protist2014, Aug. 2014

  
• Cellular localization of evolutionally distinctive 'plastid-targeted' GAPDHs in Karenia brevis and K. mikimotoi.

  Ryoma Kamikawa; Eriko Matsuo; Euki Yazaki; Michiru Tahara; Takaya Sakura; Kisaburo Nagamune; Yuji Inagaki

  Integrated Microbial Biodiversity Program meeting, Canadian Institute for Advanced Research, Jun. 2014, Invited

  
• Inter- or intra-genomic gene conversions between peptide-chain release factor paralogs in Bacteriodetes.

  Sohta Ishikawa; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki

  Evolution2014, Jun. 2014

  
• フォルニカータ生物群におけるミトコンドリア関連オルガネラ標的シグナルの分子進化

  久米慶太郎; 高林舜; 森田幸之介; 神川龍馬; 稲垣祐司; 橋本哲男

  第83回日本寄生虫学会, Mar. 2014

  
• Rhopalodia科珪藻における細胞内共生シアノバクテリアのゲノム縮小進化

  中山卓郎; 神川龍馬; 谷藤吾朗; John M Archibald; 稲垣祐司

  第38回日本藻類学会, Mar. 2014

  
• 緑藻由来葉緑体をもつ渦鞭毛藻における葉緑体型gapdh遺伝子の進化

  松尾恵梨子; 中山卓郎; 神川龍馬; 谷藤吾朗; 皿井千裕; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣祐司

  第38回日本藻類学会, Mar. 2014

  
• シアノバクテリアの進化とクロロフィルの多様化

  宮下英明; 大久保智司; 神川龍馬

  日本陸水学会大会講演要旨集, 2014

  
• 嫌気環境下におけるミトコンドリアの縮退進化：フォルニカータ生物群を例に.

  神川 龍馬

  2013年度日本分子生物学会, Dec. 2013, Invited

  
• Morphologies and phylogenetic characteristics of two novel dinoflagellates with green-colored chloroplasts

  Sarai C; Ryoma Kamikawa; Takahashi K; Inagaki Y; Iwataki M

  10th International Congress of Phycology, Aug. 2013

  
• Karenia属渦鞭毛藻における進化的起源の異なる葉緑体型GAPDHの進化と細胞内局在

  松尾恵梨子; 神川龍馬; 矢崎裕規; 田原 美智留; 佐倉孝哉; 永宗喜三郎; 稲垣祐司

  第15回進化学会ワークショップ, Aug. 2013, Invited

  
• 紅（アカ）からミドリへのお色直し―渦鞭毛藻類における緑藻類由来葉緑体の獲得―

  皿井千裕; 神川龍馬; 高橋和也; 稲垣祐司; 岩滝光儀

  第15回進化学会ワークショップ 「ウズベン葉緑体の進化」, Aug. 2013, Invited

  
• 真正細菌由来翻訳終結因子パラログにおける相同組換えの検出

  石川 奏太; 神川 龍馬; 稲垣 祐司

  第15回進化学会, Aug. 2013

  
• 窒素固定オルガネラ？ - 珪藻細胞内共生シアノバクテリアに見るゲノム縮小進化

  中山卓郎; 神川龍馬; 谷藤吾朗; John; M. Archibald; 稲垣祐司

  第15回進化学会シンポジウム, Aug. 2013, Invited

  
• Reductive evolution of mitochondrion-related organelles in a monophyletic lineage

  Ryoma Kamikawa

  Matryoshka-type Evolution of Eukaryotic Cells (International Symposium), Jul. 2013, Invited

  
• Pedinophytes are easy: Origin and diversity of green-colored plastids in dinoflagellates

  Ryoma Kamikawa

  Annual General Meeting of the CANADIAN INSTITUTE FOR ADVANCED RESEARCH INTEGRATED MICROBIAL BIODIVERSITY PROGRAM, May 2013, Invited

  
• 渦鞭毛藻類における緑色葉緑体の起源と多様性

  稲垣祐司; 皿井千裕; 神川龍馬; 高橋和也; 岩滝光儀

  第54回日本植物生理学会, Mar. 2013, Invited

  
• ハプト藻類Chrysochromulina sp. ミトコンドリアゲ ノムと転移性イントロンの進化

  西村 祐貴; 神川 龍馬; 稲垣 祐司; 橋本 哲男

  第37回日本藻類学会, Mar. 2013

  
• Molecular evolution of energy metabolism-related proteins in anaerobic protozoan parasites

  橋本哲男; 神川龍馬; 林奈々子; 稲垣祐司

  第82回日本寄生虫学会, Mar. 2013

  
• 嫌気環境に適応したフォルニカータ生物群におけるミトコンドリア関連オルガネラのトランスクリプトーム比較解析

  神川 龍馬; Kolisko M; Andersson J; Simpson AGB; Roger AJ; 稲垣 祐司; 橋本 哲男

  第35回日本分子生物学会, Dec. 2012

  
• 真核生物における翻訳伸長因子EF-1alphaとEFLを両有するゲノムの分布

  神川 龍馬; 西村 祐貴; 左子 芳彦; 橋本 哲男; 稲垣 祐司

  第35回日本分子生物学会年会, Dec. 2012

  
• 新奇単細胞真核生物Tsukubamonas globosaの系統的位置とミトコンドリアゲノム

  神川 龍馬; 西村 祐貴; 矢吹 彬憲; Kolisko M; Simpson AGB; Roger AJ; 石田 健一郎; 橋本 哲男; 稲垣 祐司

  第35回日本分子生物学会, Dec. 2012

  
• ミトコンドリア関連オルガネラの縮退進化

  神川龍馬; Kolisko M; Andersson JO; Simpson AGB; Roger AJ; 稲垣祐司; 橋本哲男

  日本ミトコンドリア学会, Dec. 2012

  
• 断捨離：ミトコンドリアにおける機能縮退進化

  神川 龍馬

  第1回日本細胞共生学会若手の会（JSPYS）, Nov. 2012

  
• フォルニカータ生物群におけるミトコンドリア関連オルガネラの縮退進化 ― ハイドロジェノソームからマイトソームへ

  神川龍馬; Kolisko M; Andersson JO; Simpson AGB; Roger AJ; 稲垣祐司; 橋本哲男

  第７２回寄生虫学会東日本支部会／第１０回分子寄生虫マラリアフォーラム, Oct. 2012

  
• Searching for missing pieces in natural environments: With the emphasis on the importance of culture strains of enigmatic eukaryotes for global eukaryotic phylogeny.

  Ryoma Kamikawa; Yabuki A; Hashimoto T; Nishimura Y; Inagaki Y

  JSME2012, Sep. 2012, Invited

  
• New aspects of the evolution of endosymbiotic bacterium-derived organelles.

  Inagaki Y; Ryoma Kamikawa; Nakayama T; Tanifuji G; Hashimoto T

  JSME2012, Sep. 2012, Invited

  
• The phylogenetic position and mitochondrial genome sequence of the enigmatic discobid Tsukubamonas globosa

  Ryoma Kamikawa; Nishimura Y; Yabuki A; Kolisko M; Simpson AGB; Roger AJ; Ishida K; Hashimoto T; Inagaki Y

  Protist2012, Aug. 2012

  
• A new strategy of organellar genome sequencing incorporating rolling circle amplification: protist mitochondria genomes

  Nishimura Y; Ryoma Kamikawa; Inagaki Y; Hashimoto T

  Protist2012, Aug. 2012

  
• Is the replacement of a gene encoding plastid-targeted GAPDH on-going in the dinoflagellate genus in Karenia?

  Yazaki E; Ryoma Kamikawa; Hashimoto T; Inagaki Y

  Protist2012, Aug. 2012

  
• Evolutionary analysis of mitochondrial ancestry of diplomonads: Phylogenomics of mitochondrial-related organelles in Carpediemonas-like organisms.

  Kolisko M; Ryoma Kamikawa; Takishita K; Cepi?ka I; Zhang Q; Hashimoto T; Yabuki A; Inagaki Y; Roger AJ; Simpson AGB

  Protist2012, Aug. 2012

  
• A model for endosymbiotic genome reduction: epithemiacecan diatoms and their nitrogen-fixing organelle, spheroid body

  Inagaki Y; Nakayama T; Ryoma Kamikawa

  Protist2012, Aug. 2012, Invited

  
• 光合成能進化研究のモデルとしての無色珪藻類Nitzschia spp.

  神川龍馬; 吉田昌樹; 平美砂歌; 石田健一郎; 橋本哲男; 稲垣祐司

  第36回日本藻類学会, Jul. 2012

  
• Karenia属渦鞭毛藻類の三次葉緑体獲得に伴う葉緑体型GAPDHの進化

  矢崎裕規; 神川龍馬; 橋本哲男; 稲垣祐司

  第36回日本藻類学会, Jul. 2012

  
• 渦鞭毛藻Lepidodinium EST解析によるヌクレオモルフ関連遺伝子の探索

  松本拓也; 神川龍馬; 橋本哲男; 稲垣祐司

  第36回日本藻類学会, Jul. 2012

  
• 放散虫と有孔虫が互いに姉妹群であるとするレタリア仮説に基づくアクチン，チューブリン，ペプチド伸長因子の複雑な進化シナリオ

  石谷佳之; 石川奏太; 神川龍馬; 矢吹彬憲; 土屋正史; 稲垣祐司; 瀧下清貴

  日本地球惑星科学連合2012年大会, May 2012

  
• S15-2 New aspects of the evolution of endosymbiotic bacterium-derived organelles(Session 15 What is symbiosis?-from microbial interactions to regulation of organelle-,Symposium session)

  Inagaki Yuji; Kamikawa Ryoma; Nakayama Takuro; Tanifuji Goro; Hashimoto Tetsuo

  日本微生物生態学会講演要旨集, 2012

  
• 新奇真核微生物からの大規模配列データで変貌し続ける、我々の真核生物大系統像

  稲垣祐司; 矢吹彬憲; 神川龍馬

  第31回微生物系統分類研究会, Nov. 2011, Invited

  
• Tsukubamonas globosa is a deep-branching lineage in the Discoba clade: Morphology, phylogenomics, and mitochondrial genome.

  Akinori Yabuki; Ryoma Kamikawa; Martin Kolisko; Sohta A. Ishikawa; Ken- ichiro Ishida; Alastair G.B. Simpson; Andrew J. Roger; Yuji Inagaki

  International Union of Microbiological Societies 2011 Congress, Sep. 2011, Invited

  
• Splintron trans-splicing is required for the expressions of indispensable genes in Giardia intestinalis

  Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Andrew J. Roger; Tetsuo Hashimoto

  International Union of Microbiological Societies 2011 Congress, Sep. 2011, Invited

  
• Difference in transcriptional regulation between two genes encoding plastid-targeted GAPDH in the dinoflagellate Karenia mikimotoi.

  Euki Yazaki; Ryoma Kamikawa; Takuya Matsumoto; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki

  SMBE2011, Jul. 2011

  
• Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum

  Takuya Matsumoto; Ryoma Kamikawa; Tetsuo Hashimoto; Yuji Inagaki

  SMBE2011, Jul. 2011

  
• The phylogenetic position of the katablepharid Leucocryptos marina based on seven mitochondrial gene sequences.

  Yuki Nishimura; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto

  SMBE2011, Jul. 2011

  
• Intragenomic gene conversion in the evolution of bacterial peptide-chain release factors

  Sohta Ishikawa; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki

  SMBE2011, Jul. 2011

  
• Spliceosomal introns in a split form: Another aspect of intron evolution in eukaryotes

  Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Andrew J. Roger; Tetsuo Hashimoto

  SMBE2011, Jul. 2011

  
• 真核生物における翻訳伸長因子遺伝子の多様性

  神川龍馬; 橋本哲男; 稲垣祐司

  平成23年度日本水産学会春季大会, Jun. 2011

  
• 赤潮原因ラフィド藻類におけるミトコンドリアゲノムの全塩基配列

  神川龍馬; 増田功; 上田学; 大山憲一; 吉松定昭; 稲垣祐司; 左子芳彦

  平成23年度日本水産学会春季大会, Jun. 2011

  
• 寄生性真核微生物Giardiaの縮退ゲノムにおける複雑な遺伝子発現.

  神川龍馬; 稲垣祐司; Andrew J Roger; 橋本哲男

  第5回日本進化原生生物学研究会, Jun. 2011

  
• ミトコンドリア7遺伝子に基づくカタブレファリス類Leucocryptos marinaの系統的位置

  西村祐貴; 神川龍馬; 稲垣祐司; 橋本哲男

  第5回日本進化原生生物学研究会, Jun. 2011

  
• 緑色渦鞭毛藻類Lepidodinium chlorophorumが持つ共生体退化核遺伝子について

  松本拓也; 神川龍馬; 橋本哲男; 稲垣祐司

  第5回日本進化原生生物学研究会, Jun. 2011

  
• 159遺伝子データに基づく従属栄養性真核微生物Palpitomonas bilixの系統的位置

  矢吹彬憲; 神川龍馬; Martin Kolisko; 石田健一郎; 田辺晶史; 橋本哲男; 稲垣祐司

  第5回日本進化原生生物学研究会, Jun. 2011

  
• 渦鞭毛藻Lepidodinium「葉緑体型」GAPDH遺伝子の転写活性比較.

  矢崎裕規; 神川龍馬; 松本拓也; 橋本哲男; 稲垣祐司

  第5回日本進化原生生物学研究会, Jun. 2011

  
• 真核生物における翻訳伸長因子EF-1alphaおよび翻訳伸長因子様タンパク質EFLの進化

  神川龍馬; 稲垣祐司

  第5回日本進化原生生物学研究会, Jun. 2011

  
• Tsukubamonas globosaのPhylogenomic解析と部分的ミトコンドリアゲノム配列

  神川龍馬; 矢吹彬憲; Martin Kolisko; 西村祐貴; 石川奏太; 石田健一郎; 橋本哲男; Andrew J Roger; Alastair GB Simpson; 稲垣祐司

  第5回日本進化原生生物学研究会, Jun. 2011

  
• 所属不明原生生物Palpitomonas bilixの分子系統解析

  矢吹彬憲; 神川龍馬; Martin Kolisko; 田辺晶史; Andrew J. Roger; 橋本哲男; 石田健一郎; 稲垣祐司

  第35回日本藻類学会, Mar. 2011

  
• 無色系統群の研究から炙り出される真核藻類の進化―ゲノミクスの視点を含めて

  稲垣祐司; 矢吹彬憲; 神川龍馬; 西村祐貴; 石田健一郎; 橋本哲男

  NBRP「藻類」シンポジウム『未来を支える藻類，その多様性―ゲノミクス・ポストゲノミクスの視点から』, Jan. 2011, Invited

  
• Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum.

  Matsumoto T; Ryoma Kamikawa; Hashimoto T; Inagaki Y

  Memorial Symposium for the 26th International Prize for Biology, Dec. 2010

  
• Trans-splicing in the intron-poor eukaryotic parasite Giardia intestinalis.

  Ryoma Kamikawa; Inagaki Y; Tokoro M; Roger AJ; Hashimoto T

  Memorial Symposium for the 26th International Prize for Biology, Dec. 2010

  
• 寄生性真核生物における分割イントロン.

  神川 龍馬

  先端生物科学セミナー, Nov. 2010, Invited

  
• Giardia intestinalisゲノム中の「分割」イントロン群.

  神川龍馬; 稲垣祐司; 所正治; Andrew J Roger; 橋本哲男

  第9回分子寄生虫・マラリアフォーラム, Oct. 2010

  
• Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum.

  Matsumoto T; Ryoma Kamikawa; Inagaki Y

  the XIth International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis, Aug. 2010

  
• Mitochondrial genome of the katablepharid Leucocryptos marina.

  Nishimura Y; Ryoma Kamikawa; Matsumoto T; Inagaki Y; Hashimoto T

  18th conference of International Society for Evolutionary Protistology, Jul. 2010

  
• Transcriptional difference between two nucleus-encoded plastid-targeted GAPDH genes in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum.

  Yazaki Y; Ryoma Kamikawa; Matsumoto T; Inagaki Y; Hashimoto T

  18th conference of International Society for Evolutionary Protistology, Jul. 2010

  
• Spliceosome-mediated trans-splicing produces the complete mRNA for heat shock protein 90 in Giardia intestinalis.

  Ryoma Kamikawa; Inagaki Y; Tokoro M; Roger AJ; Hashimoto T

  18th conference of International Society for Evolutionary Protistology, Jul. 2010

  
• A simulation study for assessing phylogenetic inference attracted by inclusion of sequences with compositional bias and extraordinary substitution rate.

  Ishikawa S; Inagaki Y; Tanabe AS; Ryoma Kamikawa; Hashimoto T

  18th conference of International Society for Evolutionary Protistology, Jun. 2010

  
• 配列組成の極端な変化によるモデル不整合が分子系統解析に与える影響について

  石川奏太; 稲垣祐司; 神川龍馬; 田辺晶史; 橋本哲男

  第34回日本藻類学会, Mar. 2010

  
• ストラメノパイル類における翻訳伸長因子遺伝子の進化.

  神川龍馬; 橋本哲男; 稲垣祐司

  第34回日本藻類学会, Mar. 2010

  
• Evolution of the mitochondrial genomes from two closely related raphidophytes Chattonella marina and Heterosigma akashiwo.

  Ryoma Kamikawa; Isao Masuda; Manabu Ueda; Kenichi Oyama; Sadaaki Yoshimatsu; Yuji Inagaki; Yoshihiko Sako

  LEOPOLDINA-SYMPOSIUM "Molecular Genetics of Chloroplasts and Mitochondria", Sep. 2009

  
• Apicoplast由来配列を含む色素体rpo分子系統樹におけるアーティファクトの検出.

  石川奏太; 稲垣祐司; 田辺晶史; 神川龍馬; 橋本哲男

  第11回日本進化学会札幌大会, Sep. 2009

  
• 複数遺伝子解析によるFornicata生物群における進化系統の解明.

  小松崎洋志; 稲垣祐司; 瀧下清貴; 古我友樹; 矢吹彬憲; 松本拓也; 神川龍馬; 雪吹直史; Martin Kolisko; Alastair Simpson; Andrew J Roger; 橋本哲男

  第11回日本進化学会札幌大会, Sep. 2009

  
• ラフィド藻類ミトコンドリアゲノムの進化

  神川龍馬; 増田功; 上田学; 大山憲一; 吉松定昭; 稲垣祐司; 左子芳彦

  第11回日本進化学会札幌大会, Sep. 2009

  
• ラフィド藻類2種のミトコンドリアゲノムとその進化

  神川龍馬; 増田功; 上田学; 稲垣祐司; 左子芳彦

  第4回日本進化原生生物学研究会, Jul. 2009

  
• Apicoplast由来配列を含む色素体rpo分子系統樹におけるアーティファク トの検出

  石川奏太; 稲垣祐司; 田辺晶史; 神川龍馬; 橋本哲男

  第4回日本進化原生生物学研究会, Jul. 2009

  
• 複数遺伝子解析によるFornicata生物群の系統進化の解明

  小松崎洋志; 稲垣祐司; 瀧下清貴; 古我友樹; 矢吹彬憲; 松本拓也; 神川龍馬; 雪吹直史; Martin Kolisko; Alastair Simpson; Andrew J Roger; 橋本哲男

  第4回日本進化原生生物学研究会, Jul. 2009

  
• tRNA evolution in the mitochondrial genomes of the two raphidophycean flagellates Heterosigma akashiwo and Chattonella marina.

  神川 龍馬

  つくば藻類・プロティスト研究フォーラム, Apr. 2009, Invited

  
• 赤潮藻Chattonella marinaのミトコンドリアゲノムの全塩基配列

  上田学; 神川龍馬; 増田功; 吉松定昭; 大山憲一; 左子芳彦

  平成20年度日本水産学会近畿支部後期例会, Nov. 2008

  
• Elongation factor evolution in diatoms. International Symposium on Protistology: Evolution and Diversity.

  Ryoma Kamikawa; Matsumoto T; Sako Y

  Nov. 2008, Invited

  
• Seasonal distribution of resting cysts of the toxic dinoflagellate Alexandrium tamarense monitored by real-time PCR assay in sediments of Osaka Bay, the eastern Seto Inland Sea, Japan.

  Shiraishi T; Ishii K; Sugiyama T; Natsuike M; Yamamoto K; Nakajima M; Ryoma Kamikawa; Sako Y; Nagai S; Imai I

  13th International Conference on Harmful Algae, Nov. 2008

  
• Population dynamics of the shellfish-killing dinoflagellate Heterocapsa circularisquama monitored by an indirect fluorescent antibody technique and a real-time PCR assay in Uranouchi Inlet, Kochi Prefecture, Japan.

  Shiraishi T; Hiroishi S; Ryoma Kamikawa; Sako Y; Taino S; Ishikawa T; Hayashi Y; Imai I

  5th World Fisheries Congress, Oct. 2008

  
• 大阪湾における有毒渦鞭毛藻Alexandrium tamarenseシストのreal-time PCR法を用いたモニタリング.

  白石智孝; 石井健一郎; 杉山隆仁; 夏池真史; 山本圭吾; 中嶋昌紀; 神川龍馬; 左子芳彦; 長井 敏; 今井一郎

  2008年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会, Sep. 2008

  
• 珪藻におけるS－アデノシル－L－メチオニン合成酵素遺伝子の進化

  神川龍馬; Sanchez-Perez Gabino; 稲垣祐司; 左子芳彦; Roger J. Andrew

  第32回日本藻類学会, Mar. 2008

  
• 分子生物学的手法を用いたモニタリング

  左子芳彦; 神川龍馬

  2008年春季プランクトン学会、シンポジウム「有害渦鞭毛藻Cochlodinium polykrikoidesの赤潮を巡る問題-どこまで解っているのか，何をすべきか？-」, Mar. 2008, Invited

  
• 赤潮藻Heterosigma akashiwoのミトコンドリアゲノム全塩基配列.

  神川龍馬; 増田功; 上田学; 大山憲一; 吉松定昭; 左子芳彦

  平成20年度日本水産学会春季大会, Mar. 2008

  
• Real-time PCR法を用いた有害赤潮渦鞭毛藻Heterocapsa circularisquamaのテンポラリーシストの定量

  白石智孝; 神川龍馬; 左子芳彦; 今井一郎

  平成20年度日本水産学会春季大会, Mar. 2008

  
• 西日本沿岸に生息するGambierdiscus spp.の遺伝的多様性.

  神川龍馬; 左子芳彦

  平成20年度日本水産学会春季大会、ミニシンポジウム「熱帯/亜熱帯産有毒魚類と定生性有毒微細藻に関する緊急の課題」, Mar. 2008, Invited

  
• PCNA遺伝子を指標とした有害渦鞭毛藻Heterocapsa circularisquamaの増殖診断技術の開発に向けた基礎研究

  石井翔太郎; 吉田天士; 神川龍馬; 左子芳彦; 広石伸互

  平成19年度日本水産学会秋季大会, Sep. 2007

  
• 赤潮藻Chattonella属ミトコンドリアゲノムにおけるイントロンの分布

  増田功; 神川龍馬; 大山憲一; 吉松定昭; 左子芳彦

  平成19年度日本水産学会秋季大会, Sep. 2007

  
• 三重県英虞湾における有害赤潮渦鞭毛藻Heterocapsa circularisquamaのreal-time PCR法を用いたモニタリング

  白石智孝; 神川龍馬; 左子芳彦; 永井清仁; 郷 譲治; 山本貴志; 今井一郎

  2007年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会, Sep. 2007

  
• 珪藻におけるElongation factor-1a (EF-1a)およびEF-1a-like (EFL)遺伝子の進化とその起源

  神川龍馬; 稲垣祐司; 左子芳彦

  第3回日本進化原生生物学研究会, Jul. 2007

  
• Origin and Evolution of translation elongation factor 1a (EF-1a) and EF-1a-like (EFL) genes in diatoms.

  Ryoma Kamikawa; Inagaki Y; Sako Y

  Society for Molecular Biology and Evolution, Jun. 2007

  
• Application of real-time PCR assay for detection and quantification of Alexandrium tamarense and Alexandrium catenella cysts from marine sediments

  Ryoma Kamikawa; Satoshi Nagai; Shoko Hosoi-Tanabe; Shigeru Itakura; Mineo Yamaguchi; Yoshitaka Uchida; Toshinori Baba; Yoshihiko Sako

  HARMFUL ALGAE, Apr. 2007

  
• 赤潮藻Chattonella marinaのミトコンドリア遺伝子中に確認されたグループIIイントロンについての研究

  増田功; 神川龍馬; 大山憲一; 吉松定昭; 左子芳彦

  平成19年度日本水産学会春季大会, Mar. 2007

  
• 高知県浦ノ内湾におけるreal-time PCR法を用いた有害赤潮渦鞭毛藻Heterocapsa circularisquamaのモニタリング

  白石智孝; 神川龍馬; 左子芳彦; 田井野清也; 林芳弘; 今井一郎

  平成19年度日本水産学会春季大会, Mar. 2007

  
• 有毒渦鞭毛藻Alexandrium catenellaミトコンドリア大サブユニットrRNAは断片化している

  神川龍馬; 稲垣祐司; 左子芳彦

  平成19年度日本水産学会春季大会, Mar. 2007

  
• Development of a simple and sensitive monitoring method for the shellfish killing dinoflagellate Heterocapsa circularisquama using real-time PCR assay.

  Shiraishi T; Ryoma Kamikawa; Sako Y; Taino S; Hayashi Y; Imai I

  12th International Conference on Harmful Algae, Sep. 2006

  
• Development of a comprehensive method for monitoring harmful algae using real-time PCR assay.

  Ryoma Kamikawa; Asai J; Miyahara T; Murata K; Oyama K; Yoshimatsu S; Yoshida T; Sako Y

  12th International Conference on Harmful Algae, Sep. 2006

  
• Fragmentation of mitochondrial large subunit rRNA in dinoflagellates

  Ryoma Kamikawa; Inagaki Y; Sako Y

  16th conference of International Society for Evolutionary Protistology, Jul. 2006

  
• Real-Time PCR法を用いた有害赤潮渦鞭毛藻Heterocapsa circularisquamaの定量的簡易モニタリング法の開発

  白石智孝; 神川龍馬; 左子芳彦; 田井野清也; 林芳弘; 今井一郎

  平成18年度日本水産学会, Mar. 2006

  
• Heterocapsa circularisquamaのぺリクルシストによる越冬の可能性

  広石伸互; 高橋裕也; 神川龍馬; 左子芳彦; 吉田天士

  平成18年度日本水産学会, Mar. 2006

  
• 日本産Karenia brevis (=Gymnodinium breve)とされていた種について

  吉松定昭; 神川龍馬; 左子芳彦; 高山晴義

  平成18年度日本水産学会, Mar. 2006

  
• 赤潮藻Chattonella antiqua、C. marina、C. ovata

  神川龍馬; 増田功; 大山憲一; 吉松定昭; 左子芳彦

  平成18年度日本水産学会, Mar. 2006

  
• real-time PCRを用いた赤潮天然細胞の包括的モニタリング法の確立

  神川龍馬; 浅井純子; 宮原孝博; 村田圭介; 大山憲一; 吉松定昭; 吉田天士; 左子芳彦

  平成18年度日本水産学会, Mar. 2006

  
• 有毒渦鞭毛藻Alexandrium属の新規分子マーカーの開発

  神川龍馬; 左子芳彦

  平成18年度日本水産学会, Mar. 2006

  
• 渦鞭毛藻Alexandrium catenellaにおけるミトコンドリア遺伝子の解析

  神川龍馬; 稲垣祐司; 左子芳彦

  第30回日本藻類学会, Mar. 2006

  
• 渦鞭毛藻ミトコンドリアゲノムの多様性とその考察

  神川龍馬; 左子芳彦

  第30回日本藻類学会, Mar. 2006

  
• 有害赤潮藻のPCR法を用いた定量的分子検出法の開発

  神川龍馬; 浅井純子; 左子芳彦

  平成17年度マリンバイオテクノロジー学会, May 2005

  
• Real-Time PCR法を用いた有毒渦鞭毛藻Alexandrium tamarense及びA. catenellaシストの定量的検出法の確立

  神川龍馬; 長井敏; 田辺(細井)祥子; 板倉茂; 山口峰生; 内田喜隆; 馬場俊典; 左子芳彦

  平成17年度日本水産学会, Apr. 2005

  
• 赤潮藻の定量的PCR法開発の試み

  神川龍馬; 浅井純子; 左子芳彦

  平成17年度日本水産学会, Apr. 2005

  
• 二枚貝斃死原因藻Heterocapsa circularisquamaの分子生物学的検出・定量法の開発の試み

  神川龍馬; 浅井純子; 左子芳彦

  平成16年度日本水産学会近畿支部大会, Dec. 2004

  
• 分子生物学的手法を用いた有毒渦鞭毛藻Alexandrium属培養シストの検出・定量の試み

  神川龍馬; 長井敏; 田辺(細井)祥子; 板倉茂; 山口峰生; 左子芳彦

  平成16年度日本水産学会中国四国・近畿支部合同大会, Sep. 2004

  

Presentations

• Mitohondrial evolution: from genomes to metabolisms

  神川 龍馬

  筑波大学遺伝子実験センター 形質転換植物デザイン研究拠点 研究セミナー, 10 Sep. 2012, Invited

  
• 嫌気環境に生きる：フォルニカータ生物群のエネルギー生産機構とRNA代謝

  神川 龍馬

  国立環境研究所生物系若手セミナー, 19 Apr. 2012, Invited

  

Books and Other Publications

• アメーバのはなし

  神川 龍馬, Contributor, ミトコンドリアの起源・進化

  朝倉書店, Sep. 2018, Not refereed

  
• Monitoring harmful algae by using molecular biological techniques (Chapter 2, pp 15-28), in Food Quality (ed., Kostas Kapiris)

  Shiraishi T; Ryoma Kamikawa; Sako Y; Imai I

  INTECH, 20 Apr. 2012, Not refereed

  
• 貝毒原因プランクトンの分子モニタリング. In: 今井一郎、福代康夫・広石伸互 (編) 「貝毒研究の最先端―現状と展望」

  細井(田辺)祥子; 神川龍馬; 左子芳彦

  恒星社厚生閣, Not refereed

  

Awards

• 31 Oct. 2024

  "Research Paper Award 2023"of the Microbes and Environments
• 04 Sep. 2006

  井上科学振興財団, 井上科学振興財団国際研究集会出席旅費援助
• 20 Mar. 2010

  日本藻類学会, 第6回日本藻類学会 研究奨励賞受賞
• 16 Apr. 2010

  International Society for Evolutionary Protistology/International Society of Protistologists, The ISEP/ISOP travel award
• 22 Jun. 2018

  一般社団法人　日本進化学会, 日本進化学会研究奨励賞
• 17 Apr. 2019

  the Minister of Education, Culture, Sports, Science and Technology, The Young Scientists’ Prize, The Commendation for Science and Technology by the Minister of Education, Culture, Sports, Science and Technology
• 13 Oct. 2020

  公益財団法人　農学会, 第19回日本農学進歩賞受賞
• 11 Mar. 2015

  日本農芸化学会, 日本農芸化学会2015年大会トピックス賞受賞
• 11 Jun. 2011

  日本進化原生生物学研究会, 第5回日本進化原生生物学研究会Best Presentation Award受賞
• 05 Jul. 2009

  日本進化原生生物学研究会, 第4回日本進化原生生物学研究会Best Presentation Award受賞
• 26 Mar. 2008

  International Symposium on Protist biology: Cellular Functions, Evolution, and Environmental Impact, Best Poster Award受賞
• 08 Jul. 2007

  日本進化原生生物学研究会, 第3回日本進化原生生物学研究会Best Presentation Award受賞

External funds: Kakenhi

• Virus-driven clockwork in lower tropic level marine ecosystem and its impact on the ocean

  Grant-in-Aid for Scientific Research (S)

  Broad Section K

  Kyoto University

  吉田 天士

  From 05 Jul. 2021, To 31 Mar. 2026, Granted

  海洋ウイルス;海洋微生物;微細藻;オミックス解析;海洋低次生態系;微細藻類

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H05057/
• フォルニカータ生物群におけるミトコンドリア関連オルガネラの機能進化の解明

  Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))

  Medium-sized Section 45:Biology at organismal to population levels and anthropology, and related fields

  University of Tsukuba

  橋本 哲男

  From 07 Oct. 2019, To 31 Mar. 2024, Granted

  ミトコンドリア関連オルガネラ（MRO）;プロテオミクス;フォルニカータ;嫌気環境適応;機能進化;ミトコンドリア関連オルガネラ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19KK0185/
• 光合成補助色素フコキサンチンの未知なる生合成系の解明とその誕生の謎を紐解く

  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

  Basic Section 45020:Evolutionary biology-related

  Kyoto University

  神川 龍馬

  From 01 Apr. 2019, To 31 Mar. 2024, Granted

  フコキサンチン;珪藻;ゲノム;トランスクリプトーム;葉緑体;珪藻類;カロテノイド;従属栄養性藻類

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19H03274/
• Diverse photoreceptors in phytoplankton: A novel light utilization mechanism by microbial rhodopsin.

  Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

  Medium-sized Section 40:Forestry and forest products science, applied aquatic science, and related fields

  The University of Tokyo

  Susumu Yoshizawa

  From 29 Jun. 2018, To 31 Mar. 2021, Project Closed

  海洋微生物;微生物生態;ロドプシン;植物プランクトン;光エネルギー;物質循環;光合成

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K19224/
• Understanding of biochemistry of chlorophyll c to shed light on evolution of marine primary production over the Phanerozoic Eon

  Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

  Medium-sized Section 17:Earth and planetary science and related fields

  Fukui University of Technology

  柏山 祐一郎

  From 01 Apr. 2018, To 31 Mar. 2023, Granted

  クロロフィルｃの生合成;クロロフィルの分解代謝;微細藻類捕食性プロティスト;紅色植物起源の二次葉緑体;分子時計;海洋の光合成基礎生産;紅藻系二次植物の進化;海洋の基礎生産;クロロフィルの生合成;藻類の化石記録;藻類捕食者の進化;クロロフィルｃ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H03743/
• Elucidation of evolutionary process of light adaptation in a course of loss of photosynthesis.

  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

  National Museum of Nature and Science, Tokyo

  Goro Tanifuji

  From 01 Apr. 2017, To 31 Mar. 2021, Project Closed

  非光合成葉緑体;比較ゲノム;光応答;クリプト生物;進化

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17H03723/
• Comprehensive, spatiotemporal study and applied research of carboxydotrophs

  Grant-in-Aid for Scientific Research (S)

  Kyoto University

  Yoshihiko SAKO

  From 31 May 2016, To 31 Mar. 2021, Project Closed

  一酸化炭素資化菌;CO代謝;ゲノム解析;トランスクリプトーム解析;海洋コア;好熱菌;ミクロコズム;一酸化炭素資化性菌;水素生成;メタンハイドレード;好熱微生物

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16H06381/
• マトリョーシカ型進化原理の展開

  Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

  National Institute of Infectious Diseases

  野崎 智義

  From 01 Apr. 2016, To 31 Mar. 2017, Project Closed

  進化;オルガネラ;共生;寄生;微生物;生態学;ゲノム;感染症

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-WRAPUP-16H01703/
• Early steps prerequisite for evolution from aerobic eukaryotes to anaerobes

  Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

  Kyoto University

  Ryoma Kamikawa

  From 01 Apr. 2015, To 31 Mar. 2018, Project Closed

  ミトコンドリア;嫌気;原生生物;酸素;進化;トランスクリプトーム;ミトコンドリアゲノム

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15K14591/
• Factors mediating evolution to heterotrophy from autotrophy

  Grant-in-Aid for Young Scientists (A)

  Kyoto University

  Ryoma Kamikawa

  From 01 Apr. 2015, To 31 Mar. 2019, Project Closed

  藻類;葉緑体;ゲノム;トランスクリプトーム;遺伝子水平伝播;マングローブ林;生態;進化;光合成;植物;遺伝子;代謝経路;珪藻類;葉緑体ゲノム

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15H05606/
• Studies on the diversity of "Tenguno-mugimeshi" microbial community

  Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

  Kyoto University

  Hideaki MIYASHITA

  From 01 Apr. 2012, To 31 Mar. 2015, Project Closed

  天狗の麦飯;微生物群集構造;生態変化;微生物保全;土壌微生物;消滅因子

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24651266/
• Plastid genome evolution in serial secondary plastids of a green-colord dinoflagellate

  Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

  University of Tsukuba

  Ryoma KAMIKAWA

  From 01 Apr. 2011, To 31 Mar. 2013, Project Closed

  葉緑体;ゲノム;進化;細胞内共生;葉緑体置換;ゲノム進化;分子系統解析

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24870004/
• Investigation on the evolutionary process integrating an endosymbiotic cyanobacterium into the host cellular system

  Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

  Biological Sciences

  University of Tsukuba

  Yuji INAGAKI

  From 01 Apr. 2011, To 31 Mar. 2016, Project Closed

  オルガネラ進化;ゲノム進化;共生;光合成;窒素固定

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-23117006/
• 非光合成生物が有するクロロフィル関連物質の生理生態学的役割の検証と探索

  Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

  Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields

  Kyoto University

  神川 龍馬

  From 28 Jun. 2024, To 31 Mar. 2027, Adopted

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K21929/
• 見過ごされてきた全球分布する海洋一次生産者：パブロムリナ系統群の多様性とその生態

  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

  Basic Section 45030:Biodiversity and systematics-related

  Kyoto University

  神川 龍馬

  From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2029, Adopted

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K02334/
• 非光合成生物が有するクロロフィル関連物質の生理生態学的役割の検証と探索

  Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

  Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields

  Kyoto University

  神川 龍馬

  From 28 Jun. 2024, To 31 Mar. 2027, Granted

  色素体;クロロフィル;トランスクリプトーム

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K21929/
• Virus-driven clockwork in lower tropic level marine ecosystem and its impact on the ocean

  Grant-in-Aid for Scientific Research (S)

  Broad Section K

  Kyoto University

  吉田 天士

  From 05 Jul. 2021, To 31 Mar. 2026, Granted

  海洋ウイルス;海洋微生物;微細藻;オミックス解析;海洋低次生態系;微細藻類

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H05057/
• Elucidation of the functional evolution of mitochondrion-related organelles in fornicates

  Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))

  Medium-sized Section 45:Biology at organismal to population levels and anthropology, and related fields

  University of Tsukuba

  Hashimoto Tetsuo

  From 07 Oct. 2019, To 31 Mar. 2024, Project Closed

  ミトコンドリア関連オルガネラ（MRO）;プロテオミクス;フォルニカータ;嫌気環境適応;機能進化;ミトコンドリア関連オルガネラ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19KK0185/
• Evolution of genes for fucoxanthin biosynthesis-related pathways

  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

  Basic Section 45020:Evolutionary biology-related

  Kyoto University

  Ryoma Kamikawa

  From 01 Apr. 2019, To 31 Mar. 2024, Project Closed

  珪藻;ゲノム;光合成;色素体;フコキサンチン;トランスクリプトーム;葉緑体;珪藻類;カロテノイド;従属栄養性藻類

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19H03274/
• Understanding of biochemistry of chlorophyll c to shed light on evolution of marine primary production over the Phanerozoic Eon

  Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

  Medium-sized Section 17:Earth and planetary science and related fields

  Fukui University of Technology

  Yuichiro Kashiyama

  From 01 Apr. 2018, To 31 Mar. 2023, Project Closed

  クロロフィル生合成;CPE代謝;CACC;ゲノム編集;クロロフィルｃの生合成;クロロフィルの分解代謝;微細藻類捕食性プロティスト;紅色植物起源の二次葉緑体;分子時計;二次植物の進化;海洋の基礎生産;クロロフィルの生合成;藻類の化石記録;藻類捕食者の進化;海洋の光合成基礎生産;紅藻系二次植物の進化;クロロフィルｃ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H03743/

Education

Teaching subject(s)

• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Practical Course in Marine Bioscience and Technology III

  5381, Spring, Faculty of Agriculture, 1
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Seminar in Marine Molecular Microbiology

  DF08, Spring, Graduate School of Agriculture, 1.5
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Seminar in Marine Molecular Microbiology

  DF08, Fall, Graduate School of Agriculture, 1.5
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Laboratory Course in Marine Bioresource Science II

  5367, Fall, Faculty of Agriculture, 6
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Laboratory Course in Marine Bioresource Science I

  5365, Spring, Faculty of Agriculture, 6
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Laboratory Course in Marine Molecular Microbiology

  DG08, Spring, Graduate School of Agriculture, 3
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Laboratory Course in Marine Molecular Microbiology

  DG08, Fall, Graduate School of Agriculture, 3
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Seminar in Marine Microbiology

  5299, Year-long, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Marine Microbiology II

  5215, Fall, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Cell Biology III

  5075, Spring, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Basic Marine Microbiology

  5711, Fall, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Marine Biological Science

  5321, Spring, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025

  Marine Microbial Physiology

  DA15, Fall, Graduate School of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024

  Practical Course in Marine Bioscience and Technology III

  5381, Spring, Faculty of Agriculture, 1
• From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024

  Seminar in Marine Molecular Microbiology2

  DB43, Year-long, Graduate School of Agriculture, 3
• From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024

  Seminar in Marine Molecular Microbiology1

  DB42, Year-long, Graduate School of Agriculture, 3
• From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024

  Laboratory Course in Marine Molecular Microbiology2

  DC43, Year-long, Graduate School of Agriculture, 6
• From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024

  Laboratory Course in Marine Molecular Microbiology1

  DC42, Year-long, Graduate School of Agriculture, 6
• From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024

  Marine Microbiology II

  5215, Fall, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024

  Cell Biology III

  5075, Spring, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024

  Basic Marine Microbiology

  5711, Fall, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024

  Marine Biological Science

  5321, Spring, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024

  Seminar in Marine Microbiology

  5299, Year-long, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023

  Practical Course in Marine Bioscience and Technology III

  5261, Spring, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023

  Seminar in Marine Molecular Microbiology2

  DB43, Year-long, Graduate School of Agriculture, 3
• From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023

  Marine Microbiology II

  5215, Fall, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023

  Seminar in Marine Microbiology

  5299, Year-long, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023

  Laboratory Course in Marine Molecular Microbiology2

  DC43, Year-long, Graduate School of Agriculture, 6
• From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023

  Seminar in Marine Molecular Microbiology1

  DB42, Year-long, Graduate School of Agriculture, 3
• From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023

  Laboratory Course in Marine Molecular Microbiology1

  DC42, Year-long, Graduate School of Agriculture, 6
• From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023

  Basic Marine Microbiology

  5711, Fall, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023

  Marine Microbial Physiology

  DA15, Fall, Graduate School of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023

  Introduction to Foreign Literature in Bioresource Science II

  5189, Fall, Faculty of Agriculture, 2
• From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023

  Cell Biology III

  5075, Spring, Faculty of Agriculture, 2
• From Apr. 2014, To Mar. 2015

  Molecular Cell Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2014, To Mar. 2015

  Studies of Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2014, To Mar. 2015

  Experimental Practice in Biology III

  Spring, 全学共通科目
• From Apr. 2014, To Mar. 2015

  Experimental Practice in Biology III

  Fall, 全学共通科目
• From Apr. 2014, To Mar. 2015

  Experimental Practice in Biology III

  Spring, 全学共通科目
• From Apr. 2015, To Mar. 2016

  Molecular Cell Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2015, To Mar. 2016

  Experimental Practice in Biology III

  Spring, 全学共通科目
• From Apr. 2015, To Mar. 2016

  Experimental Practice in Biology III

  Spring, 全学共通科目
• From Apr. 2015, To Mar. 2016

  Experimental Practice in Biology III

  Fall, 全学共通科目
• From Apr. 2015, To Mar. 2016

  Studies of Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2016, To Mar. 2017

  ILAS Seminar

  Spring, 全学共通科目
• From Apr. 2016, To Mar. 2017

  Molecular Cell Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2016, To Mar. 2017

  Introductory Seminar: Fundamental Experiments in Microbiology

  Spring, 総合人間学部
• From Apr. 2016, To Mar. 2017

  Experimental Practice in Biology III

  Spring, 全学共通科目
• From Apr. 2016, To Mar. 2017

  Experimental Practice in Biology III

  Fall, 全学共通科目
• From Apr. 2016, To Mar. 2017

  Studies of Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2017, To Mar. 2018

  Molecular Cell Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2017, To Mar. 2018

  Experimental Practice in Biology III

  Spring, 全学共通科目
• From Apr. 2017, To Mar. 2018

  Experimental Practice in Biology III

  Fall, 全学共通科目
• From Apr. 2017, To Mar. 2018

  Studies of Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2018, To Mar. 2019

  Molecular Cell Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2018, To Mar. 2019

  Experimental Practice in Biology I

  Spring, 全学共通科目
• From Apr. 2018, To Mar. 2019

  Experimental Practice in Biology I

  Fall, 全学共通科目
• From Apr. 2018, To Mar. 2019

  Experimental Practice in Biology III

  Spring, 全学共通科目
• From Apr. 2018, To Mar. 2019

  Experimental Practice in Biology III

  Fall, 全学共通科目
• From Apr. 2018, To Mar. 2019

  Studies of Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2019, To Mar. 2020

  Molecular Cell Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2019, To Mar. 2020

  Experimental Practice in Biology I

  Spring, 全学共通科目
• From Apr. 2019, To Mar. 2020

  Experimental Practice in Biology I

  Fall, 全学共通科目
• From Apr. 2019, To Mar. 2020

  Experimental Practice in Biology III

  Spring, 全学共通科目
• From Apr. 2019, To Mar. 2020

  Experimental Practice in Biology III

  Fall, 全学共通科目
• From Apr. 2019, To Mar. 2020

  Studies of Biology

  Year-long, 総合人間学部
• From Apr. 2020, To Mar. 2021

  Laboratory Course in Marine Molecular Microbiology1

  Year-long, 農学研究科
• From Apr. 2020, To Mar. 2021

  Laboratory Course in Marine Molecular Microbiology2

  Year-long, 農学研究科
• From Apr. 2020, To Mar. 2021

  Seminar in Marine Molecular Microbiology1

  Year-long, 農学研究科
• From Apr. 2020, To Mar. 2021

  Seminar in Marine Molecular Microbiology2

  Year-long, 農学研究科
• From Apr. 2020, To Mar. 2021

  Marine Microbiology II

  Fall, 農学部
• From Apr. 2020, To Mar. 2021

  Seminar in Marine Microbiology

  Year-long, 農学部
• From Apr. 2020, To Mar. 2021

  Marine Microbial Physiology

  Fall, 農学研究科
• From Apr. 2020, To Mar. 2021

  Marine Biological Science

  Fall, 農学部
• From Apr. 2020, To Mar. 2021

  Practical Course in Marine Bioscience and Technology III

  Spring, 農学部
• From Apr. 2020, To Mar. 2021

  Cell Biology III

  Spring, 農学部
• From Apr. 2020, To Mar. 2021

  Introduction to Foreign Literature in Bioresource Science II

  Fall, 農学部
• From Apr. 2021, To Mar. 2022

  Laboratory Course in Marine Molecular Microbiology1

  Year-long, 農学研究科
• From Apr. 2021, To Mar. 2022

  Laboratory Course in Marine Molecular Microbiology2

  Year-long, 農学研究科
• From Apr. 2021, To Mar. 2022

  Seminar in Marine Molecular Microbiology1

  Year-long, 農学研究科
• From Apr. 2021, To Mar. 2022

  Seminar in Marine Molecular Microbiology2

  Year-long, 農学研究科
• From Apr. 2021, To Mar. 2022

  Marine Microbiology II

  Fall, 農学部
• From Apr. 2021, To Mar. 2022

  Seminar in Marine Microbiology

  Year-long, 農学部
• From Apr. 2021, To Mar. 2022

  Marine Biological Science

  Fall, 農学部
• From Apr. 2021, To Mar. 2022

  Practical Course in Marine Bioscience and Technology III

  Spring, 農学部
• From Apr. 2021, To Mar. 2022

  Cell Biology III

  Spring, 農学部
• From Apr. 2021, To Mar. 2022

  Introduction to Foreign Literature in Bioresource Science II

  Fall, 農学部

Participation in PhD Defense

• Studies on microbial diversity of carbon monoxide utilizers in the rare biosphere of aquatic environments

  NISHIDA SHIHO, Graduate School of Agriculture, Sub-chief Examiner

  25 Mar. 2024
• Molecular ecological studies on effects of a marine harmful algal bloom-forming species, Heterosigma akashiwo, on prokaryotic community

  TAKEBE HIROAKI, Graduate School of Agriculture, Sub-chief Examiner

  23 Mar. 2023

Administration

Faculty management (title, position)

• From 01 Apr. 2016, To 31 Mar. 2017

  地球環境学堂国際交流委員会　委員
• From 01 Apr. 2016, To 31 Mar. 2018

  地球環境学堂三才学林委員会　委員
• From 01 Apr. 2020, To 31 Mar. 2022

  広報委員会　委員