Ichikawa, Takafumi(Graduate School of Medicine, Medicine) | Activity Database on Education and Research, Kyoto University

Ichikawa, Takafumi

Graduate School of Medicine, Medicine Assistant Professor

Last Updated :2025/06/20

Basic Information

Faculty

Faculty of Medicine

Professional Memberships

From Apr. 2024, To Present
Japanese Society of Developmental Biologists

From Apr. 2023, To Present
Japan Society for Cell Biology

Academic Degree

博士（農学）(京都大学)

修士（農学）(京都大学)

Research History

From Nov. 2021, To Present
Hubrecht Institute, Visiting Researcher

From Oct. 2023, To Present
Kyoto University, Graduate School of Medicine, Assistant Professor

From Apr. 2021, To Sep. 2023
Kyoto University, Institute for the Advanced Study of Human Biology (ASHBi), Program-Specific Assistant Professor

From Apr. 2019, To Mar. 2021
European Molecular Biology Laboratory, JSPS Overseas Research Fellow

From Jun. 2017, To Mar. 2021
European Molecular Biology Laboratory, Postdoctoral Fellow

ID,URL

ORCID ID
0000-0002-0490-4176
J-Global ID
202101008305755634
External link
https://ashbi.kyoto-u.ac.jp/lab-sites/hiiragi/en/

researchmap URL

https://researchmap.jp/takafumi_ichikawa

Last Updated :2025/06/20

Research

Research Interests

Developmental Biology

Mammalian Early Embryogenesis

Morphogenesis

Tissue Patterning

Implantation

Light-sheet Microscopy Imaging

Research Areas

Life sciences, Developmental biology, Mammalian Peri-implantation Development

Papers

Boundary-guided cell alignment drives mouse epiblast maturation
Takafumi Ichikawa; Pamela C. Guruciaga; Shuchang Hu; Steffen Plunder; Mei Makino; Marina Hamaji; Anniek Stokkermans; Shinjiro Yoshida; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi
01 May 2025

Non-viral generation of transgenic non-human primates via the piggyBac transposon system
Masataka Nakaya; Chizuru Iwatani; Setsuko Tsukiyama-Fujii; Ai Mieda; Shoko Tarumoto; Taro Tsujimura; Takuya Yamamoto; Takafumi Ichikawa; Tomonori Nakamura; Ichiro Terakado; Ikuo Kawamoto; Takahiro Nakagawa; Iori Itagaki; Mitinori Saitou; Hideaki Tsuchiya; Tomoyuki Tsukiyama
Nature Communications, 24 Mar. 2025
Access this paper :

Coupling of cell shape, matrix and tissue dynamics ensures embryonic patterning robustness
Prachiti Moghe; Roman Belousov; Takafumi Ichikawa; Chizuru Iwatani; Tomoyuki Tsukiyama; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi
Nature Cell Biology, 18 Feb. 2025
Access this paper :

Temporal variability and cell mechanics control robustness in mammalian embryogenesis.
Dimitri Fabrèges; Bernat Corominas-Murtra; Prachiti Moghe; Alison Kickuth; Takafumi Ichikawa; Chizuru Iwatani; Tomoyuki Tsukiyama; Nathalie Daniel; Julie Gering; Anniek Stokkermans; Adrian Wolny; Anna Kreshuk; Véronique Duranthon; Virginie Uhlman; Edouard Hannezo; Takashi Hiiragi
Science (New York, N.Y.), 11 Oct. 2024

Boundary geometry controls topological defect transitions that determine lumen nucleation in embryonic development
Pamela C. Guruciaga; Takafumi Ichikawa; Takashi Hiiragi; Anna Erzberger
arXiv, 13 Mar. 2024

Apical-driven cell sorting optimised for tissue geometry ensures robust patterning
Prachiti Moghe; Roman Belousov; Takafumi Ichikawa; Chizuru Iwatani; Tomoyuki Tsukiyama; François Graner; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi
17 May 2023

The plasma membrane of focal adhesions has a high content of cholesterol and phosphatidylcholine with saturated acyl chains.
Hiroshi Tachibana; Kodai Minoura; Tomohiro Omachi; Kohjiro Nagao; Takafumi Ichikawa; Yasuhisa Kimura; Nozomu Kono; Yuta Shimanaka; Hiroyuki Arai; Kazumitsu Ueda; Noriyuki Kioka
Journal of cell science, 15 Aug. 2023

Temporal variability and cell mechanics control robustness in mammalian embryogenesis
Dimitri Fabrèges; Bernat Corominas Murtra; Prachiti Moghe; Alison Kickuth; Takafumi Ichikawa; Chizuru Iwatani; Tomoyuki Tsukiyama; Nathalie Daniel; Julie Gering; Anniek Stokkermans; Adrian Wolny; Anna Kreshuk; Véronique Duranthon; Virginie Uhlmann; Edouard Hannezo; Takashi Hiiragi
24 Jan. 2023

An ex vivo system to study cellular dynamics underlying mouse peri-implantation development.
Takafumi Ichikawa; Hui Ting Zhang; Laura Panavaite; Anna Erzberger; Dimitri Fabrèges; Rene Snajder; Adrian Wolny; Ekaterina Korotkevich; Nobuko Tsuchida-Straeten; Lars Hufnagel; Anna Kreshuk; Takashi Hiiragi
Developmental cell, 07 Feb. 2022
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The role of ATP hydrolysis in conformational changes of human P-glycoprotein in living cells
Ryota Futamata; Fumihiko Ogasawara; Takafumi Ichikawa; Yasuhisa Kimura; Noriyuki Kioka; Kazumitsu Ueda
May 2019

In vivo FRET analyses reveal a role of ATP hydrolysis-associated conformational changes in human P-glycoprotein.
Ryota Futamata; Fumihiko Ogasawara; Takafumi Ichikawa; Atsushi Kodan; Yasuhisa Kimura; Noriyuki Kioka; Kazumitsu Ueda
The Journal of biological chemistry, 10 Apr. 2020
Access this paper :

An amphipathic helix of vinexin α is necessary for a substrate stiffness-dependent conformational change in vinculin.
Naoya Hino; Takafumi Ichikawa; Yasuhisa Kimura; Michiyuki Matsuda; Kazumitsu Ueda; Noriyuki Kioka
Journal of cell science, 21 Jan. 2019

Vinexin family (SORBS) proteins play different roles in stiffness-sensing and contractile force generation.
Takafumi Ichikawa; Masahiro Kita; Tsubasa S Matsui; Ayaka Ichikawa Nagasato; Tomohiko Araki; Shian-Huey Chiang; Takuhito Sezaki; Yasuhisa Kimura; Kazumitsu Ueda; Shinji Deguchi; Alan R Saltiel; Noriyuki Kioka
Journal of cell science, 15 Oct. 2017

Cellular force assay detects altered contractility caused by a nephritis-associated mutation in nonmuscle myosin IIA.
Shota P Fukuda; Tsubasa S Matsui; Takafumi Ichikawa; Taichi Furukawa; Noriyuki Kioka; Shuichiro Fukushima; Shinji Deguchi
Development, growth & differentiation, Jun. 2017

Vinculin association with actin cytoskeleton is necessary for stiffness-dependent regulation of vinculin behavior.
Tomohiro Omachi; Takafumi Ichikawa; Yasuhisa Kimura; Kazumitsu Ueda; Noriyuki Kioka
PloS one, 2017
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The role of the interaction of the vinculin proline-rich linker region with vinexin α in sensing the stiffness of the extracellular matrix.
Hiroshi Yamashita; Takafumi Ichikawa; Daisuke Matsuyama; Yasuhisa Kimura; Kazumitsu Ueda; Susan W Craig; Ichiro Harada; Noriyuki Kioka
Journal of cell science, 01 May 2014

Role of Dlg5/lp-dlg, a membrane-associated guanylate kinase family protein, in epithelial-mesenchymal transition in LLc-PK1 renal epithelial cells.
Takuhito Sezaki; Kohki Inada; Takayuki Sogabe; Kumiyo Kakuda; Lucia Tomiyama; Yohsuke Matsuno; Takafumi Ichikawa; Michinori Matsuo; Kazumitsu Ueda; Noriyuki Kioka
PloS one, 2012
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Misc.

ビネキシンαの両親媒性ヘリックスはビンキュリンの頭部と相互作用する
日野直也; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本細胞生物学会大会要旨集, Jun. 2015, Peer-reviewed

細胞収縮力アッセイ
出口真次; 松井翼; 市川尚文; 木岡紀幸
月刊細胞, 2019

細胞収縮力のアッセイ-メカノバイオロジー研究のツール
出口真次; 松井翼; 市川尚文; 木岡紀幸
月刊Precision Medicine, 2018

接着斑細胞膜脂質の単離と解析
箕浦広大; 市川尚文; 大町朋弘; 真鍋祐樹; 菅原達也; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
脂質生化学研究, 2017

細胞-ECM間接着領域における細胞膜脂質組成の解析
箕浦広大; 市川尚文; 大町朋弘; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本生化学会大会(Web), 2017

細胞外基質の硬さの感知と収縮力発生におけるビネキシンファミリータンパク質の役割
市川尚文; 喜多真弘; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸; 木岡紀幸
日本細胞生物学会大会(Web), 2017

細胞の「力比べ」アッセイ
福田翔太; 松井翼; 市川尚文; 古川太一; 木岡紀幸; 福島修一郎; 出口真次
HAB研究機構学術年会プログラム・要旨集, 2017

細胞収縮力発生におけるビネキシンファミリータンパク質の役割
市川尚文; 松井翼; 松井翼; 荒木智彦; 喜多真弘; 植田和光; 植田和光; 出口真次; 出口真次; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2017

ビネキシンファミリータンパク質の接着斑を介したメカノセンシング機能の比較解析
市川尚文; 喜多真弘; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本細胞生物学会大会要旨集, 2015

接着斑タンパク質ビネキシンαの両親媒性ヘリックスはビンキュリンと相互作用する
日野直也; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2015

細胞外マトリクスの硬さ感知におけるビンキュリンのアクチン繊維結合能の重要性
大町朋弘; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2015

結合能と接着斑増強効果を指標としたビネキシンファミリー(Srobs)タンパク質の機能の比較解析
喜多真弘; 市川尚文; 瀬崎拓人; 松尾道憲; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2014

ビネキシンαのN末端側領域は細胞外マトリクスの硬さの感知に必要である
市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2014

接着斑タンパク質ビンキュリンによる細胞外基質の硬さ感知には,ビンキュリンの脂質ラフト局在化が必要である
長里彩花; 山下寛; 市川尚文; 松尾道憲; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2014

細胞外マトリクスの硬さの感知におけるビンキュリン-ビネキシンα相互作用
市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本生化学会大会(Web), 2014

接着斑タンパク質ビンキュリンによる細胞外基質の硬さ感知には脂質ラフト局在化が必要である
長里彩花; 山下寛; 市川尚文; 松尾道憲; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本生化学会大会(Web), 2014

ビネキシンは細胞外基質の硬さに依存したアクチン繊維の増強に必要である
市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2013

接着斑タンパク質ビンキュリンの脂質ラフト局在化にはPIP₂との相互作用が必要である
長里彩花; 山下寛; 市川尚文; 松尾道憲; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2013

ビネキシンファミリー(Sorbs)タンパク質の機能の比較解析
喜多真弘; 市川尚文; 瀬崎拓人; 松尾道憲; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013

細胞外マトリクスの硬さの感知におけるビンキュリン-ビネキシンα相互作用
市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会関西支部講演会講演要旨集, 2013

ビネキシンファミリー(Sorbs)タンパク質三重発現抑制細胞の作製
喜多真弘; 市川尚文; 瀬崎拓人; 松尾道憲; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012

クローン病関連タンパク質Dlg5とTGF-βI型受容体の結合部位の同定
瀬崎拓人; 市川尚文; TOMIYAMA Lucia; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2012

ビネキシンはビンキュリンの活性化を促進する
市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2012

接着斑タンパク質ビンキュリンは脂質ラフトに局在する
長里彩花; 山下寛; 市川尚文; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2012

接着斑でのメカノセンシングにおけるビネキシンの役割
山下寛; 市川尚文; 松山大輔; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2012

ビネキシン-ビンキュリン相互作用の生化学的解析
市川尚文; 山下寛; 松山大輔; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集, 2011

メカノセンサーとしてのビネキシン-ビンキュリン相互作用
山下寛; 松山大輔; 市川尚文; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集, 2011

ビネキシンはビンキュリンとアクチン繊維の複合体形成を促進する
市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
生化学, 2011

ビンキュリンはビネキシンに依存して脂質ラフトと相互作用する
山下寛; 市川尚文; 長里彩花; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
生化学, 2011

ビネキシンとビンキュリンの結合は接着斑のビンキュリンを安定化させる
松山大輔; 山下寛; 市川尚文; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
生化学, 2010

ビネキシンαの両親媒性ヘリックスはテーリンと協調的にビンキュリンと相互作用する
日野直也; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本細胞生物学会大会(Web), 2016

接着斑タンパク質ビネキシンαの両親媒性ヘリックスはビンキュリンの構造変化を引き起こすために必要である
日野直也; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本生化学会大会(Web), 2015

Comparison of the effect of the vinexin family proteins on vinculin-mediated mechanosensing.
T. Ichikawa; M. Kita; T. Sezaki; S. Chiang; A. R. Saltiel; Y. Kimura; K. Ueda; N. Kioka
MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL, Dec. 2014

Vinexin-dependent distribution of vinculin to lipid rafts stabilizes vinculin at focal adhesions.
H. Yamashita; A. Nagasato; T. Ichikawa; M. Matsuo; K. Ueda; N. Kioka
MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL, 2012

Vinculin-vinexin alpha interaction plays a key role in sensing extracellular matrix stiffness
T. Ichikawa; H. Yamashita; Y. Kimura; I. Harada; K. Ueda; N. Kioka
MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL, 2013

多剤輸送体P-glycoprotein(ABCB1)による薬剤輸送には2分子のATP結合・加水分解が共役する
二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木岡紀幸; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光
日本生化学会大会(Web), 2019

ヒト多剤排出ポンプMDR1(ABCB1)の構造変化においてATPが果たす役割の検討
二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2018

超音波処理を用いた接着斑単離法の確立
柴原正和; 箕浦広大; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2018

生細胞膜上でヒト多剤輸送体MDR1(ABCB1)の構造変化の際にATPが果たす役割の解明
二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光
日本生化学会大会(Web), 2018

超音波処理を用いた接着斑の単離
柴原正和; 箕浦広大; 市川尚文; 木村泰久; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸; 木岡紀幸
日本生化学会大会(Web), 2018

細胞外マトリックスの硬さによる細胞分化制御へのビンキュリンーYAP/TAZ系の関与
黒田美都; 市川尚文; 長里彩花; 大町朋弘; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸; 木岡紀幸
日本生化学会大会(Web), 2017

分子内FRETを用いたヒト多剤排出ポンプ(MDR1,ABCB1)の構造変化解析手法の確立
二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2017

ビネキシンのホスファチジン酸結合領域の解析
伊藤有亮; 市川尚文; 折田雄一郎; 安部真人; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 三芳秀人; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2017

分子内FRETを用いたヒト多剤排出ポンプMDR1(ABCB1)の構造変化解析手法の確立
二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木村泰久; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光
日本生化学会大会(Web), 2017

細胞-ECM間接着領域の細胞膜は脂質ラフト様の脂質組成を有する
箕浦広大; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会中四国支部講演会講演要旨集(Web), 2017

ビネキシンαの両親媒性ヘリックスはビンキュリンの構造変化に必要である
日野直也; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2017

分子内FRETを用いたヒト多剤排出ポンプMDR1(ABCB1)変異体の構造変化解析
二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光
日本農芸化学会中四国支部講演会講演要旨集(Web), 2017

ビネキシンαとホスファチジン酸の相互作用解析
伊藤有亮; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2016

ビンキュリンの細胞外マトリクスの硬さ感知にはアクチン繊維結合が必要である
大町朋弘; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本生化学会大会(Web), 2015

細胞外マトリクスの硬さの感知におけるビンキュリン-ビネキシンα相互作用
市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸
日本癌学会シンポジウム/共同利用・共同研究拠点シンポジウム抄録集, 2015

Presentations

Boundary-guided polar cell alignment drives mouse epiblast patterning and morphogenesis
Takafumi Ichikawa; Pamela Guruciaga; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi
The 76th Annual Meeting of the Japan Society for Cell Biology, 19 Jul. 2024

Interplay between boundary-guided polar cell alignment and tissue shape drives mouse epiblast development
Takafumi Ichikawa
International Symposium on Mechanical control of biological self-organization, 17 Jun. 2024, Invited

Tissue pattern emergence through boundary-driven ordering
Takafumi Ichikawa
International Conference on Interdisciplinary Life Sciences 2023 - 23rd Annual Conference of LSACJ, 20 Jan. 2024, Invited

Polar cell alignment drives mouse epiblast patterning and morphogenesis
Takafumi Ichikawa
BiMed-Math Workshop - Development across scales, 04 Dec. 2023, Invited

Tissue pattern emergence and lumen formation through the boundary-driven ordering
Takafumi Ichikawa; Pamela Guruciaga; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi
The 75th Annual Meeting of the Japan Society for Cell Biology, 30 Jun. 2023

Tissue pattern emerges through surface-induced ordering in the mouse epiblast
Takafumi Ichikawa
RIKEN BDR Symposium 2023 Transitions in Biological Systems, 08 Mar. 2023

生命が織りなす秩序の設計原理を探る
市川尚文
ASHBi First Contact Program, 02 Feb. 2023, Invited

Tissue pattern emerging through boundary-driven ordering in the mouse epiblast
Takafumi Ichikawa; Pamela Guruciaga; Shuchang Hu; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi
The 21st Takeda Science Foundation Symposium on Bioscience - Towards Understanding Human Development and Evolution, 27 Jan. 2023

Imaging Mouse Peri-Implantation Development in a 3D Ex-Vivo Culture with Light-Sheet Microscopy
Takafumi Ichikawa
LUXENDO Webinar, 22 Nov. 2022, Invited

配向秩序化を介した組織パターンの創発
市川尚文
生物物理学会北海道支部セミナー, 17 Oct. 2022, Invited

Tissue pattern emerging through cellular symmetry breaking and ordering
Takafumi Ichikawa
JAPAN-SINGAPORE JOINT DEVELOPMENTAL BIOLOGY MEETING 2022 "MULTI-SCALE PATTERNING IN DEVELOPMENT", 30 May 2022, Invited

External funds: Kakenhi

Mechano-chemical crosstalk regulating tissue patterning
Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
Transformative Research Areas, Section (III)
Kyoto University
柊卓志
From 16 Jun. 2022, To 31 Mar. 2027, Granted
発生生物学;哺乳類初期発生;力学ー化学相互作用;組織パターン形成;自律的秩序化
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-22H05166/

着床期のエピブラスト発生の分子から組織まで階層をまたぐ理解
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
Basic Section 44020:Developmental biology-related
Kyoto University
市川尚文
From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2027, Adopted
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K18475/

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