基本情報

学部兼担

• 医学部

所属学協会

• 自 2024年04月, 至 現在

  日本発生生物学会
• 自 2023年04月, 至 現在

  日本細胞生物学会

学位

• 博士（農学）(京都大学)
• 修士（農学）(京都大学)

経歴

• 自 2021年11月, 至 現在

  Hubrecht Institute, 訪問研究員
• 自 2023年10月, 至 現在

  京都大学, 大学院医学研究科, 助教
• 自 2021年04月, 至 2023年09月

  京都大学, 高等研究院ヒト生物学高等研究拠点 (ASHBi), 特定助教
• 自 2019年04月, 至 2021年03月

  欧州分子生物学研究所 (European Molecular Biology Laboratory), 日本学術振興会海外特別研究員
• 自 2017年06月, 至 2021年03月

  欧州分子生物学研究所 (European Molecular Biology Laboratory), 博士研究員

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0002-0490-4176

• J-Global ID

  202101008305755634

• 外部リンク

  https://ashbi.kyoto-u.ac.jp/lab-sites/hiiragi/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/takafumi_ichikawa

研究

研究キーワード

• 発生生物学
• 哺乳類初期発生
• 形態形成
• 組織パターン形成
• 着床
• 光シート顕微鏡イメージング

研究分野

• ライフサイエンス, 発生生物学, 哺乳類着床期発生

論文

• Boundary-guided cell alignment drives mouse epiblast maturation

  Takafumi Ichikawa; Pamela C. Guruciaga; Shuchang Hu; Steffen Plunder; Mei Makino; Marina Hamaji; Anniek Stokkermans; Shinjiro Yoshida; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi

  2025年05月01日

  
• Non-viral generation of transgenic non-human primates via the piggyBac transposon system

  Masataka Nakaya; Chizuru Iwatani; Setsuko Tsukiyama-Fujii; Ai Mieda; Shoko Tarumoto; Taro Tsujimura; Takuya Yamamoto; Takafumi Ichikawa; Tomonori Nakamura; Ichiro Terakado; Ikuo Kawamoto; Takahiro Nakagawa; Iori Itagaki; Mitinori Saitou; Hideaki Tsuchiya; Tomoyuki Tsukiyama

  Nature Communications, 2025年03月24日

  
• Coupling of cell shape, matrix and tissue dynamics ensures embryonic patterning robustness

  Prachiti Moghe; Roman Belousov; Takafumi Ichikawa; Chizuru Iwatani; Tomoyuki Tsukiyama; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi

  Nature Cell Biology, 2025年02月18日

  
• Temporal variability and cell mechanics control robustness in mammalian embryogenesis.

  Dimitri Fabrèges; Bernat Corominas-Murtra; Prachiti Moghe; Alison Kickuth; Takafumi Ichikawa; Chizuru Iwatani; Tomoyuki Tsukiyama; Nathalie Daniel; Julie Gering; Anniek Stokkermans; Adrian Wolny; Anna Kreshuk; Véronique Duranthon; Virginie Uhlman; Edouard Hannezo; Takashi Hiiragi

  Science (New York, N.Y.), 2024年10月11日

  
• Boundary geometry controls topological defect transitions that determine lumen nucleation in embryonic development

  Pamela C. Guruciaga; Takafumi Ichikawa; Takashi Hiiragi; Anna Erzberger

  arXiv, 2024年03月13日

  
• Apical-driven cell sorting optimised for tissue geometry ensures robust patterning

  Prachiti Moghe; Roman Belousov; Takafumi Ichikawa; Chizuru Iwatani; Tomoyuki Tsukiyama; François Graner; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi

  2023年05月17日

  
• The plasma membrane of focal adhesions has a high content of cholesterol and phosphatidylcholine with saturated acyl chains.

  Hiroshi Tachibana; Kodai Minoura; Tomohiro Omachi; Kohjiro Nagao; Takafumi Ichikawa; Yasuhisa Kimura; Nozomu Kono; Yuta Shimanaka; Hiroyuki Arai; Kazumitsu Ueda; Noriyuki Kioka

  Journal of cell science, 2023年08月15日

  
• Temporal variability and cell mechanics control robustness in mammalian embryogenesis

  Dimitri Fabrèges; Bernat Corominas Murtra; Prachiti Moghe; Alison Kickuth; Takafumi Ichikawa; Chizuru Iwatani; Tomoyuki Tsukiyama; Nathalie Daniel; Julie Gering; Anniek Stokkermans; Adrian Wolny; Anna Kreshuk; Véronique Duranthon; Virginie Uhlmann; Edouard Hannezo; Takashi Hiiragi

  2023年01月24日

  
• An ex vivo system to study cellular dynamics underlying mouse peri-implantation development.

  Takafumi Ichikawa; Hui Ting Zhang; Laura Panavaite; Anna Erzberger; Dimitri Fabrèges; Rene Snajder; Adrian Wolny; Ekaterina Korotkevich; Nobuko Tsuchida-Straeten; Lars Hufnagel; Anna Kreshuk; Takashi Hiiragi

  Developmental cell, 2022年02月07日

  この論文にアクセスする：

  
• The role of ATP hydrolysis in conformational changes of human P-glycoprotein in living cells

  Ryota Futamata; Fumihiko Ogasawara; Takafumi Ichikawa; Yasuhisa Kimura; Noriyuki Kioka; Kazumitsu Ueda

  2019年05月

  
• In vivo FRET analyses reveal a role of ATP hydrolysis-associated conformational changes in human P-glycoprotein.

  Ryota Futamata; Fumihiko Ogasawara; Takafumi Ichikawa; Atsushi Kodan; Yasuhisa Kimura; Noriyuki Kioka; Kazumitsu Ueda

  The Journal of biological chemistry, 2020年04月10日

  この論文にアクセスする：

  
• An amphipathic helix of vinexin α is necessary for a substrate stiffness-dependent conformational change in vinculin.

  Naoya Hino; Takafumi Ichikawa; Yasuhisa Kimura; Michiyuki Matsuda; Kazumitsu Ueda; Noriyuki Kioka

  Journal of cell science, 2019年01月21日

  
• Vinexin family (SORBS) proteins play different roles in stiffness-sensing and contractile force generation.

  Takafumi Ichikawa; Masahiro Kita; Tsubasa S Matsui; Ayaka Ichikawa Nagasato; Tomohiko Araki; Shian-Huey Chiang; Takuhito Sezaki; Yasuhisa Kimura; Kazumitsu Ueda; Shinji Deguchi; Alan R Saltiel; Noriyuki Kioka

  Journal of cell science, 2017年10月15日

  
• Cellular force assay detects altered contractility caused by a nephritis-associated mutation in nonmuscle myosin IIA.

  Shota P Fukuda; Tsubasa S Matsui; Takafumi Ichikawa; Taichi Furukawa; Noriyuki Kioka; Shuichiro Fukushima; Shinji Deguchi

  Development, growth & differentiation, 2017年06月

  
• Vinculin association with actin cytoskeleton is necessary for stiffness-dependent regulation of vinculin behavior.

  Tomohiro Omachi; Takafumi Ichikawa; Yasuhisa Kimura; Kazumitsu Ueda; Noriyuki Kioka

  PloS one, 2017年

  この論文にアクセスする：

  
• The role of the interaction of the vinculin proline-rich linker region with vinexin α in sensing the stiffness of the extracellular matrix.

  Hiroshi Yamashita; Takafumi Ichikawa; Daisuke Matsuyama; Yasuhisa Kimura; Kazumitsu Ueda; Susan W Craig; Ichiro Harada; Noriyuki Kioka

  Journal of cell science, 2014年05月01日

  
• Role of Dlg5/lp-dlg, a membrane-associated guanylate kinase family protein, in epithelial-mesenchymal transition in LLc-PK1 renal epithelial cells.

  Takuhito Sezaki; Kohki Inada; Takayuki Sogabe; Kumiyo Kakuda; Lucia Tomiyama; Yohsuke Matsuno; Takafumi Ichikawa; Michinori Matsuo; Kazumitsu Ueda; Noriyuki Kioka

  PloS one, 2012年

  この論文にアクセスする：

  

MISC

• ビネキシンαの両親媒性ヘリックスはビンキュリンの頭部と相互作用する

  日野直也; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本細胞生物学会大会要旨集, 2015年06月, 査読有り

  
• 細胞収縮力アッセイ

  出口真次; 松井翼; 市川尚文; 木岡紀幸

  月刊細胞, 2019年

  
• 細胞収縮力のアッセイ-メカノバイオロジー研究のツール

  出口真次; 松井翼; 市川尚文; 木岡紀幸

  月刊Precision Medicine, 2018年

  
• 接着斑細胞膜脂質の単離と解析

  箕浦広大; 市川尚文; 大町朋弘; 真鍋祐樹; 菅原達也; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  脂質生化学研究, 2017年

  
• 細胞-ECM間接着領域における細胞膜脂質組成の解析

  箕浦広大; 市川尚文; 大町朋弘; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本生化学会大会(Web), 2017年

  
• 細胞外基質の硬さの感知と収縮力発生におけるビネキシンファミリータンパク質の役割

  市川尚文; 喜多真弘; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸; 木岡紀幸

  日本細胞生物学会大会(Web), 2017年

  
• 細胞の「力比べ」アッセイ

  福田翔太; 松井翼; 市川尚文; 古川太一; 木岡紀幸; 福島修一郎; 出口真次

  HAB研究機構学術年会プログラム・要旨集, 2017年

  
• 細胞収縮力発生におけるビネキシンファミリータンパク質の役割

  市川尚文; 松井翼; 松井翼; 荒木智彦; 喜多真弘; 植田和光; 植田和光; 出口真次; 出口真次; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2017年

  
• ビネキシンファミリータンパク質の接着斑を介したメカノセンシング機能の比較解析

  市川尚文; 喜多真弘; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本細胞生物学会大会要旨集, 2015年

  
• 接着斑タンパク質ビネキシンαの両親媒性ヘリックスはビンキュリンと相互作用する

  日野直也; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2015年

  
• 細胞外マトリクスの硬さ感知におけるビンキュリンのアクチン繊維結合能の重要性

  大町朋弘; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2015年

  
• 結合能と接着斑増強効果を指標としたビネキシンファミリー(Srobs)タンパク質の機能の比較解析

  喜多真弘; 市川尚文; 瀬崎拓人; 松尾道憲; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2014年

  
• ビネキシンαのN末端側領域は細胞外マトリクスの硬さの感知に必要である

  市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2014年

  
• 接着斑タンパク質ビンキュリンによる細胞外基質の硬さ感知には,ビンキュリンの脂質ラフト局在化が必要である

  長里彩花; 山下寛; 市川尚文; 松尾道憲; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2014年

  
• 細胞外マトリクスの硬さの感知におけるビンキュリン-ビネキシンα相互作用

  市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本生化学会大会(Web), 2014年

  
• 接着斑タンパク質ビンキュリンによる細胞外基質の硬さ感知には脂質ラフト局在化が必要である

  長里彩花; 山下寛; 市川尚文; 松尾道憲; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本生化学会大会(Web), 2014年

  
• ビネキシンは細胞外基質の硬さに依存したアクチン繊維の増強に必要である

  市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2013年

  
• 接着斑タンパク質ビンキュリンの脂質ラフト局在化にはPIP₂との相互作用が必要である

  長里彩花; 山下寛; 市川尚文; 松尾道憲; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2013年

  
• ビネキシンファミリー(Sorbs)タンパク質の機能の比較解析

  喜多真弘; 市川尚文; 瀬崎拓人; 松尾道憲; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013年

  
• 細胞外マトリクスの硬さの感知におけるビンキュリン-ビネキシンα相互作用

  市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会関西支部講演会講演要旨集, 2013年

  
• ビネキシンファミリー(Sorbs)タンパク質三重発現抑制細胞の作製

  喜多真弘; 市川尚文; 瀬崎拓人; 松尾道憲; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012年

  
• クローン病関連タンパク質Dlg5とTGF-βI型受容体の結合部位の同定

  瀬崎拓人; 市川尚文; TOMIYAMA Lucia; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2012年

  
• ビネキシンはビンキュリンの活性化を促進する

  市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2012年

  
• 接着斑タンパク質ビンキュリンは脂質ラフトに局在する

  長里彩花; 山下寛; 市川尚文; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2012年

  
• 接着斑でのメカノセンシングにおけるビネキシンの役割

  山下寛; 市川尚文; 松山大輔; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2012年

  
• ビネキシン-ビンキュリン相互作用の生化学的解析

  市川尚文; 山下寛; 松山大輔; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集, 2011年

  
• メカノセンサーとしてのビネキシン-ビンキュリン相互作用

  山下寛; 松山大輔; 市川尚文; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集, 2011年

  
• ビネキシンはビンキュリンとアクチン繊維の複合体形成を促進する

  市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  生化学, 2011年

  
• ビンキュリンはビネキシンに依存して脂質ラフトと相互作用する

  山下寛; 市川尚文; 長里彩花; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  生化学, 2011年

  
• ビネキシンとビンキュリンの結合は接着斑のビンキュリンを安定化させる

  松山大輔; 山下寛; 市川尚文; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  生化学, 2010年

  
• ビネキシンαの両親媒性ヘリックスはテーリンと協調的にビンキュリンと相互作用する

  日野直也; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本細胞生物学会大会(Web), 2016年

  
• 接着斑タンパク質ビネキシンαの両親媒性ヘリックスはビンキュリンの構造変化を引き起こすために必要である

  日野直也; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本生化学会大会(Web), 2015年

  
• Comparison of the effect of the vinexin family proteins on vinculin-mediated mechanosensing.

  T. Ichikawa; M. Kita; T. Sezaki; S. Chiang; A. R. Saltiel; Y. Kimura; K. Ueda; N. Kioka

  MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL, 2014年12月

  
• Vinexin-dependent distribution of vinculin to lipid rafts stabilizes vinculin at focal adhesions.

  H. Yamashita; A. Nagasato; T. Ichikawa; M. Matsuo; K. Ueda; N. Kioka

  MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL, 2012年

  
• 細胞外マトリクスの硬さの感知におけるビンキュリン-ビネキシンα相互作用

  市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013年

  
• 多剤輸送体P-glycoprotein(ABCB1)による薬剤輸送には2分子のATP結合・加水分解が共役する

  二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木岡紀幸; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光

  日本生化学会大会(Web), 2019年

  
• ヒト多剤排出ポンプMDR1(ABCB1)の構造変化においてATPが果たす役割の検討

  二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2018年

  
• 超音波処理を用いた接着斑単離法の確立

  柴原正和; 箕浦広大; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2018年

  
• 生細胞膜上でヒト多剤輸送体MDR1(ABCB1)の構造変化の際にATPが果たす役割の解明

  二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光

  日本生化学会大会(Web), 2018年

  
• 超音波処理を用いた接着斑の単離

  柴原正和; 箕浦広大; 市川尚文; 木村泰久; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸; 木岡紀幸

  日本生化学会大会(Web), 2018年

  
• 細胞外マトリックスの硬さによる細胞分化制御へのビンキュリンーYAP/TAZ系の関与

  黒田美都; 市川尚文; 長里彩花; 大町朋弘; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸; 木岡紀幸

  日本生化学会大会(Web), 2017年

  
• 分子内FRETを用いたヒト多剤排出ポンプ(MDR1,ABCB1)の構造変化解析手法の確立

  二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2017年

  
• ビネキシンのホスファチジン酸結合領域の解析

  伊藤有亮; 市川尚文; 折田雄一郎; 安部真人; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 三芳秀人; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2017年

  
• 分子内FRETを用いたヒト多剤排出ポンプMDR1(ABCB1)の構造変化解析手法の確立

  二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木村泰久; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光

  日本生化学会大会(Web), 2017年

  
• 細胞-ECM間接着領域の細胞膜は脂質ラフト様の脂質組成を有する

  箕浦広大; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会中四国支部講演会講演要旨集(Web), 2017年

  
• ビネキシンαの両親媒性ヘリックスはビンキュリンの構造変化に必要である

  日野直也; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2017年

  
• 分子内FRETを用いたヒト多剤排出ポンプMDR1(ABCB1)変異体の構造変化解析

  二股良太; 小笠原史彦; 市川尚文; 木村泰久; 木岡紀幸; 植田和光; 植田和光

  日本農芸化学会中四国支部講演会講演要旨集(Web), 2017年

  
• ビネキシンαとホスファチジン酸の相互作用解析

  伊藤有亮; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2016年

  
• ビンキュリンの細胞外マトリクスの硬さ感知にはアクチン繊維結合が必要である

  大町朋弘; 市川尚文; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本生化学会大会(Web), 2015年

  
• 細胞外マトリクスの硬さの感知におけるビンキュリン-ビネキシンα相互作用

  市川尚文; 山下寛; 木村泰久; 植田和光; 植田和光; 木岡紀幸

  日本癌学会シンポジウム/共同利用・共同研究拠点シンポジウム抄録集, 2015年

  

講演・口頭発表等

• 組織境界に誘起された極性細胞の整列がマウス胚盤葉上層のパターンと形態形成を促進する

  Takafumi Ichikawa; Pamela Guruciaga; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi

  第76回日本細胞生物学会大会, 2024年07月19日

  
• Interplay between boundary-guided polar cell alignment and tissue shape drives mouse epiblast development

  Takafumi Ichikawa

  International Symposium on Mechanical control of biological self-organization, 2024年06月17日, 招待有り

  
• Tissue pattern emergence through boundary-driven ordering

  Takafumi Ichikawa

  International Conference on Interdisciplinary Life Sciences 2023 - 23rd Annual Conference of LSACJ, 2024年01月20日, 招待有り

  
• Polar cell alignment drives mouse epiblast patterning and morphogenesis

  Takafumi Ichikawa

  BiMed-Math Workshop - Development across scales, 2023年12月04日, 招待有り

  
• Tissue pattern emergence and lumen formation through the boundary-driven ordering

  Takafumi Ichikawa; Pamela Guruciaga; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi

  第 75 回日本細胞生物学会大会, 2023年06月30日

  
• Tissue pattern emerges through surface-induced ordering in the mouse epiblast

  Takafumi Ichikawa

  RIKEN BDR Symposium 2023 Transitions in Biological Systems, 2023年03月08日

  
• 生命が織りなす秩序の設計原理を探る

  市川尚文

  ASHBi First Contact Program, 2023年02月02日, 招待有り

  
• Tissue pattern emerging through boundary-driven ordering in the mouse epiblast

  Takafumi Ichikawa; Pamela Guruciaga; Shuchang Hu; Anna Erzberger; Takashi Hiiragi

  第21回武田科学振興財団生命科学シンポジウム - ヒト発生と進化の理解に向けて, 2023年01月27日

  
• Imaging Mouse Peri-Implantation Development in a 3D Ex-Vivo Culture with Light-Sheet Microscopy

  Takafumi Ichikawa

  LUXENDO Webinar, 2022年11月22日, 招待有り

  
• 配向秩序化を介した組織パターンの創発

  市川尚文

  生物物理学会北海道支部セミナー, 2022年10月17日, 招待有り

  
• Tissue pattern emerging through cellular symmetry breaking and ordering

  Takafumi Ichikawa

  JAPAN-SINGAPORE JOINT DEVELOPMENTAL BIOLOGY MEETING 2022 "MULTI-SCALE PATTERNING IN DEVELOPMENT", 2022年05月30日, 招待有り

  

外部資金：科学研究費補助金

• 組織パターン形成を制御する力学-化学クロストーク

  学術変革領域研究(A)

  学術変革領域研究区分(Ⅲ)

  京都大学

  柊 卓志

  自 2022年06月16日, 至 2027年03月31日, 交付

  発生生物学;哺乳類初期発生;力学ー化学相互作用;組織パターン形成;自律的秩序化

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-22H05166/

学術・社会貢献

委員歴

• 自 2014年06月, 至 2015年07月

  初代事務局長, 細胞生物若手の会