Basic Information

Email Address

• Email Address

  nishida.hiroshi.6skyoto-u.ac.jp

Academic Degree

• 23 Mar. 2023

  京都大学博士（薬科学）
• 23 Mar. 2020

  京都大学修士（薬科学）

Academic Resume (Graduate Schools)

• 京都大学, 大学院薬学研究科博士後期課程薬科学専攻, 修了
• 京都大学, 大学院薬学研究科修士課程薬科学専攻, 修了

Academic Resume (Undergraduate School/Majors)

• 京都大学, 薬学部薬科学科, 卒業

Research History

• From Oct. 2025, To Present

  Kyoto University, Graduate School of Pharmaceutical Sciences, 特定助教
• From Sep. 2023, To Sep. 2025

  Mayo Clinic, Department of Laboratory Medicine and Pathology, Research fellow
• From Apr. 2023, To Aug. 2023

  Kyoto University, Graduate School of Pharmaceutical Sciences, 特定研究員

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0001-8833-1901

• J-Global ID

  202301009976470635

researchmap URL

• https://researchmap.jp/hiroshinishida

Research

Research Interests

• タンパク質末端解析
• プロテオミクス
• LC/MS/MS

Research Areas

• Life sciences, Genomics

Papers

• Light‐Activated Protein‐Imprinted Hydrogels Capable of Translating Protein Surface Accessibility Into Missing‐Peptide Footprints

  Eisuke Kanao; Taichi Nihei; Kankichi Kako; Asato Maeda; Damla Ulker; Hiroshi Nishida; Kosuke Ogata; Mingdi Yan; Sergey Piletsky; Yasushi Ishihama; Takuya Kubo

  Small Structures, Jun. 2026

  
• Multiplexed Quantitation of Post-Translationally Modified Peptides in Single Cells Using Triggered MS/MS Combined with Super Heavy Tandem Mass Tags.

  Dong-Gi Mun; Hiroshi Nishida; Firdous A Bhat; Raghavendra Rao Pasupuleti; Bernard Delanghe; Akhilesh Pandey

  Journal of proteome research, 06 Feb. 2026, Lead author

  
• Long-read sequencing for 29 immune cell subsets reveals disease-linked isoforms

  Jun Inamo; Akari Suzuki; Mahoko Takahashi Ueda; Kensuke Yamaguchi; Hiroshi Nishida; Katsuya Suzuki; Yuko Kaneko; Tsutomu Takeuchi; Hiroaki Hatano; Kazuyoshi Ishigaki; Yasushi Ishihama; Kazuhiko Yamamoto; Yuta Kochi

  Nature Communications, 28 May 2024

  
• One-step N-terminomics based on isolation of protein N-terminal peptides from LysargiNase digests by tip-based strong cation exchange chromatography

  Kazuya Morikawa; Hiroshi Nishida; Koshi Imami; Yasushi Ishihama

  Molecular & cellular proteomics : MCP, 07 Feb. 2024

  
• Centrifugal Gel Crushing Tips for Gel-Based Proteome Analysis.

  Hiroshi Nishida; Eisuke Kanao; Yasushi Ishihama

  Analytical chemistry, 19 Dec. 2023, Lead author

  
• Classification of Extracellular Vesicles Based on Surface Glycan Structures by Spongy-like Separation Media.

  Eisuke Kanao; Shuntaro Wada; Hiroshi Nishida; Takuya Kubo; Tetsuya Tanigawa; Koshi Imami; Asako Shimoda; Kaori Umezaki; Yoshihiro Sasaki; Kazunari Akiyoshi; Jun Adachi; Koji Otsuka; Yasushi Ishihama

  Analytical chemistry, 27 Dec. 2022

  
• Immune Isoform Atlas: Landscape of alternative splicing in human immune cells

  Jun Inamo; Akari Suzuki; Mahoko Ueda; Kensuke Yamaguchi; Hiroshi Nishida; Katsuya Suzuki; Yuko Kaneko; Tsutomu Takeuchi; Yasushi Ishihama; Kazuhiko Yamamoto; Yuta Kochi

  15 Sep. 2022

  
• Protein N-Terminomics Reveals Major Proteases in Regulating Beige Adipocyte Differentiation

  Hsin-Yi Chang; Chih-Hsiang Chang; Hiroshi Nishida; Kaho Takamuro; Kosuke Ogata; Kuan-Chieh Peng; Li-Chun Lin; Yii-Jwu Lo; Tsui-Chin Huang; Yasushi Ishihama

  02 Aug. 2022

  
• One-Step Isolation of Protein C-Terminal Peptides from V8 Protease-Digested Proteins by Metal Oxide-Based Ligand-Exchange Chromatography.

  Hiroshi Nishida; Yasushi Ishihama

  Analytical chemistry, 18 Jan. 2022, Lead author

  
• Proteomics for Shedding Studies: Current Useful Technologies

  津曲和哉; 津曲和哉; 西田紘士; Chang Chih-Hsiang; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会誌(Web), 2022, Peer-reviewed

  
• Combinatorial analysis of translation dynamics reveals eIF2 dependence of translation initiation at near-cognate codons.

  Kazuya Ichihara; Akinobu Matsumoto; Hiroshi Nishida; Yuki Kito; Hideyuki Shimizu; Yuichi Shichino; Shintaro Iwasaki; Koshi Imami; Yasushi Ishihama; Keiichi I Nakayama

  Nucleic acids research, 21 Jul. 2021

  

Misc.

• Large-scale analysis of proteolysis in non-small cell lung cancer cell lines using protein terminomics

  千坂理佐; 谷口優斗; 佐川達也; 高室花歩; 富岡郁那; 西田紘士; 奥田修二郎; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2025

  
• 非小細胞肺がん細胞株のプロテオリシス解析

  千坂理佐; 谷口優斗; 富岡郁那; 西田紘士; 石濱泰; 石濱泰

  次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム講演要旨集, 2025

  
• プロテインターミノミクスを用いた非典型タンパク質大規模解析

  榮川理子; 西田紘士; 高地雄太; 小形公亮; 石濱泰; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2025

  
• プロテインターミノミクスを用いた非典型タンパク質大規模解析

  榮川理子; 西田紘士; 高地雄太; 小形公亮; 石濱泰; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2025

  
• Large-scale analysis of protein termini for elucidating the regulatory mechanism of proteolysis in macrophage differentiation.

  高室花歩; 西田紘士; 谷口優斗; 小形公亮; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2024

  
• 最終翻訳産物の同定に基づく非典型翻訳プロテオーム計測

  榮川理子; 西田紘士; 高地雄太; 小形公亮; 石濱泰; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2024

  
• Proteoform analysis of non-small cell lung cancers by protein terminomics

  谷口優斗; 西田紘士; 奥田修二郎; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2023

  
• がん細胞のプロテアーゼ制御機構解明に向けたタンパク質ターミノーム解析

  谷口優斗; 西田紘士; 奥田修二郎; 石濱泰; 石濱泰

  次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム講演要旨集, 2023

  
• Characterization assessment of substrate protein cleavage activity by Pmpcb in beige adipocyte induction

  高室花歩; CHANG Chih-Hsiang; 西田紘士; 小形公亮; CHANG Hsin-Yi; 石濱泰; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2023

  
• Ribosomal Protein Enrichment for High-Speed Microbiome Profiling

  工藤拓実; 西田紘士; WU Pei-Shan; 山下蓮太郎; 杉山直幸; 石濱泰; 石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集(CD-ROM), 2023

  
• One-step enrichment of protein terminal peptides using pipette tip columns for protein terminomics

  森川和哉; 西田紘士; 今見考志; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2023

  
• Protein N-terminomics by One-step Isolation Methods for Protein N-terminal Peptides

  森川和哉; 西田紘士; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2023

  
• Development of a high-throughput proteomics platform using spongy-like enzyme reactors

  田中俊輔; 中井郁那; 西田紘士; 金尾英佑; 金尾英佑; 金尾英佑; 今見考志; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2023

  
• Proteome-wide analysis of N-terminal acetylation of nascent polypeptides

  森川和哉; 内山純貴; 西田紘士; 今見考志; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), Mar. 2022

  
• Identification of non-canonical proteins by protein terminomics

  西田紘士; 今見考志; 今見考志; 高地雄太; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2022

  
• Identification of Non-canonical Proteins by N-terminomics of Nascent Polypeptide Chains

  森川和哉; 西田紘士; 今見考志; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2022

  
• One-Step Isolation of Protein C-terminal Peptides with Ligand Exchange Chromatography

  西田紘士; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2021

  
• Combinatorial analysis of translatome and proteome unveils the importance of hidden ORFs

  松本有樹修; 市原知哉; 西田紘士; 今見考志; 石濱泰; 中山敬一

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021

  
• Molecular mechanism and biological significance of non-AUG translation initiation revealed by precise identification of translation initiation sites

  市原知哉; 松本有樹修; 西田紘士; 今見孝志; 石濱泰; 中山敬一

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021

  
• Identification of novel translation initiation sites by protein N-terminomics

  西田紘士; 今見考志; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2021

  
• 酸化金属クロマトグラフィーを用いた新規タンパク質C末端ペプチド濃縮法の開発

  西田紘士; 杉山直幸; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2019

  
• 第13回質量分析「夏の学校」事業報告書

  西田 紘士; 堺 祥一; 奥山 萌恵; 三好 航平; 村上 絢菜

  質量分析, 01 Dec. 2018

  
• プロテオミクス試料調製用タンパク質固定化StageTipの開発

  西田紘士; 若林真樹; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2018

  

Education

Teaching subject(s)

• From 01 Apr. 2026, To 31 Mar. 2027

  SGD Classes for Pharmaceutical Research

  C501, Spring, Faculty of Pharmaceutical Sciences, 2