基本情報

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  nishida.hiroshi.6skyoto-u.ac.jp

学位

• 2023年03月23日

  京都大学博士（薬科学）
• 2020年03月23日

  京都大学修士（薬科学）

出身大学院・研究科等

• 京都大学, 大学院薬学研究科博士後期課程薬科学専攻, 修了
• 京都大学, 大学院薬学研究科修士課程薬科学専攻, 修了

出身学校・専攻等

• 京都大学, 薬学部薬科学科, 卒業

経歴

• 自 2025年10月, 至 現在

  京都大学, 大学院薬学研究科, 特定助教
• 自 2023年09月, 至 2025年09月

  Mayo Clinic, Department of Laboratory Medicine and Pathology, Research fellow
• 自 2023年04月, 至 2023年08月

  京都大学, 大学院薬学研究科, 特定研究員

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0001-8833-1901

• J-Global ID

  202301009976470635

researchmap URL

• https://researchmap.jp/hiroshinishida

研究

研究キーワード

• タンパク質末端解析
• プロテオミクス
• LC/MS/MS

研究分野

• ライフサイエンス, ゲノム生物学

論文

• Light‐Activated Protein‐Imprinted Hydrogels Capable of Translating Protein Surface Accessibility Into Missing‐Peptide Footprints

  Eisuke Kanao; Taichi Nihei; Kankichi Kako; Asato Maeda; Damla Ulker; Hiroshi Nishida; Kosuke Ogata; Mingdi Yan; Sergey Piletsky; Yasushi Ishihama; Takuya Kubo

  Small Structures, 2026年06月

  
• Multiplexed Quantitation of Post-Translationally Modified Peptides in Single Cells Using Triggered MS/MS Combined with Super Heavy Tandem Mass Tags.

  Dong-Gi Mun; Hiroshi Nishida; Firdous A Bhat; Raghavendra Rao Pasupuleti; Bernard Delanghe; Akhilesh Pandey

  Journal of proteome research, 2026年02月06日, 筆頭著者

  
• Long-read sequencing for 29 immune cell subsets reveals disease-linked isoforms

  Jun Inamo; Akari Suzuki; Mahoko Takahashi Ueda; Kensuke Yamaguchi; Hiroshi Nishida; Katsuya Suzuki; Yuko Kaneko; Tsutomu Takeuchi; Hiroaki Hatano; Kazuyoshi Ishigaki; Yasushi Ishihama; Kazuhiko Yamamoto; Yuta Kochi

  Nature Communications, 2024年05月28日

  
• One-step N-terminomics based on isolation of protein N-terminal peptides from LysargiNase digests by tip-based strong cation exchange chromatography

  Kazuya Morikawa; Hiroshi Nishida; Koshi Imami; Yasushi Ishihama

  Molecular & cellular proteomics : MCP, 2024年02月07日

  
• Centrifugal Gel Crushing Tips for Gel-Based Proteome Analysis.

  Hiroshi Nishida; Eisuke Kanao; Yasushi Ishihama

  Analytical chemistry, 2023年12月19日, 筆頭著者

  
• Classification of Extracellular Vesicles Based on Surface Glycan Structures by Spongy-like Separation Media.

  Eisuke Kanao; Shuntaro Wada; Hiroshi Nishida; Takuya Kubo; Tetsuya Tanigawa; Koshi Imami; Asako Shimoda; Kaori Umezaki; Yoshihiro Sasaki; Kazunari Akiyoshi; Jun Adachi; Koji Otsuka; Yasushi Ishihama

  Analytical chemistry, 2022年12月27日

  
• Immune Isoform Atlas: Landscape of alternative splicing in human immune cells

  Jun Inamo; Akari Suzuki; Mahoko Ueda; Kensuke Yamaguchi; Hiroshi Nishida; Katsuya Suzuki; Yuko Kaneko; Tsutomu Takeuchi; Yasushi Ishihama; Kazuhiko Yamamoto; Yuta Kochi

  2022年09月15日

  
• Protein N-Terminomics Reveals Major Proteases in Regulating Beige Adipocyte Differentiation

  Hsin-Yi Chang; Chih-Hsiang Chang; Hiroshi Nishida; Kaho Takamuro; Kosuke Ogata; Kuan-Chieh Peng; Li-Chun Lin; Yii-Jwu Lo; Tsui-Chin Huang; Yasushi Ishihama

  2022年08月02日

  
• One-Step Isolation of Protein C-Terminal Peptides from V8 Protease-Digested Proteins by Metal Oxide-Based Ligand-Exchange Chromatography.

  Hiroshi Nishida; Yasushi Ishihama

  Analytical chemistry, 2022年01月18日, 筆頭著者

  
• プロテオミクスによるエクトドメインシェディング研究:最新技術の応用例として

  津曲和哉; 津曲和哉; 西田紘士; Chang Chih-Hsiang; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会誌(Web), 2022年, 査読有り

  
• Combinatorial analysis of translation dynamics reveals eIF2 dependence of translation initiation at near-cognate codons.

  Kazuya Ichihara; Akinobu Matsumoto; Hiroshi Nishida; Yuki Kito; Hideyuki Shimizu; Yuichi Shichino; Shintaro Iwasaki; Koshi Imami; Yasushi Ishihama; Keiichi I Nakayama

  Nucleic acids research, 2021年07月21日

  

MISC

• タンパク質ターミノミクスによる非小細胞肺がん細胞株におけるプロテオリシス大規模解析

  千坂理佐; 谷口優斗; 佐川達也; 高室花歩; 富岡郁那; 西田紘士; 奥田修二郎; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2025年

  
• 非小細胞肺がん細胞株のプロテオリシス解析

  千坂理佐; 谷口優斗; 富岡郁那; 西田紘士; 石濱泰; 石濱泰

  次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム講演要旨集, 2025年

  
• プロテインターミノミクスを用いた非典型タンパク質大規模解析

  榮川理子; 西田紘士; 高地雄太; 小形公亮; 石濱泰; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2025年

  
• プロテインターミノミクスを用いた非典型タンパク質大規模解析

  榮川理子; 西田紘士; 高地雄太; 小形公亮; 石濱泰; 石濱泰

  日本生化学会大会(Web), 2025年

  
• タンパク質末端大規模解析によるマクロファージ分化におけるプロテオリシス制御機構の解明

  高室花歩; 西田紘士; 谷口優斗; 小形公亮; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2024年

  
• 最終翻訳産物の同定に基づく非典型翻訳プロテオーム計測

  榮川理子; 西田紘士; 高地雄太; 小形公亮; 石濱泰; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2024年

  
• タンパク質末端ペプチド濃縮法を用いた非小細胞肺がん細胞株のプロテオフォーム解析

  谷口優斗; 西田紘士; 奥田修二郎; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2023年

  
• がん細胞のプロテアーゼ制御機構解明に向けたタンパク質ターミノーム解析

  谷口優斗; 西田紘士; 奥田修二郎; 石濱泰; 石濱泰

  次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム講演要旨集, 2023年

  
• ベージュ脂肪細胞誘導におけるPmpcb基質タンパク質の切断活性評価

  高室花歩; CHANG Chih-Hsiang; 西田紘士; 小形公亮; CHANG Hsin-Yi; 石濱泰; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2023年

  
• 高速菌叢解析に向けたリボソームタンパク質濃縮

  工藤拓実; 西田紘士; WU Pei-Shan; 山下蓮太郎; 杉山直幸; 石濱泰; 石濱泰

  キャピラリー電気泳動シンポジウム講演要旨集(CD-ROM), 2023年

  
• ピペットチップ型カラムを用いたワンステップタンパク質末端ペプチド濃縮法

  森川和哉; 西田紘士; 今見考志; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2023年

  
• ワンステップタンパク質N末端ペプチド単離法による包括的タンパク質N末端解析

  森川和哉; 西田紘士; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2023年

  
• スポンジ状酵素リアクターを用いる超高速プロテオミクスプラットフォームの開発

  田中俊輔; 中井郁那; 西田紘士; 金尾英佑; 金尾英佑; 金尾英佑; 今見考志; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2023年

  
• 新生ポリペプチド鎖N末端アセチル化の大規模解析法の開発

  森川 和哉; 内山 純貴; 西田 紘士; 今見 考志; 石濱 泰

  日本薬学会年会要旨集, 2022年03月

  
• タンパク質末端解析データを用いたノンカノニカルタンパク質の同定

  西田紘士; 今見考志; 今見考志; 高地雄太; 石濱泰; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2022年

  
• 新生ポリペプチド鎖N末端解析によるノンカノニカルタンパク質の同定

  森川和哉; 西田紘士; 今見考志; 今見考志; 石濱泰; 石濱泰

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2022年

  
• 配位子交換クロマトグラフィーによるワンステップタンパク質C末端ペプチド濃縮法の開発

  西田紘士; 石濱泰

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2021年

  
• TranslatomeとProteomeの融合が切り開く未踏ORFの生物学

  松本有樹修; 市原知哉; 西田紘士; 今見考志; 石濱泰; 中山敬一

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021年

  
• 精密な翻訳開始点の同定により明らかとなったNon-AUG翻訳開始の分子機構と生物学的意義

  市原知哉; 松本有樹修; 西田紘士; 今見孝志; 石濱泰; 中山敬一

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2021年

  
• N末端プロテオミクスによる新規翻訳開始点の同定

  西田紘士; 今見考志; 石濱泰

  日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2021年

  
• 酸化金属クロマトグラフィーを用いた新規タンパク質C末端ペプチド濃縮法の開発

  西田紘士; 杉山直幸; 石濱泰

  質量分析総合討論会講演要旨集, 2019年

  
• 第13回質量分析「夏の学校」事業報告書

  西田 紘士; 堺 祥一; 奥山 萌恵; 三好 航平; 村上 絢菜

  質量分析, 2018年12月01日

  
• プロテオミクス試料調製用タンパク質固定化StageTipの開発

  西田紘士; 若林真樹; 若林真樹; 杉山直幸; 石濱泰

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2018年

  

教育

担当科目

• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  薬学研究SGD演習

  C501, 前期, 薬学部, 2