Basic Information

Faculty

• 医学部

Professional Memberships

• From 2011

  日本化学療法学会
• From 2007

  ケミカルバイロジー研究会
• From 2007

  情報計算化学生物学会（CBI学会）
• From 2002

  日本分子生物学会
• From 2001

  日本バイオインフォマティクス学会
• From 1993

  日本薬学会

Academic Degree

• 修士（薬学）(京都大学)
• 博士（薬学）(京都大学)

Academic Resume (Graduate Schools)

• 京都大学, 大学院薬学研究科修士課程薬品作用制御システム専攻, 修了

Academic Resume (Undergraduate School/Majors)

• 京都大学, 薬学部, 卒業

Research History

• From Oct. 2023, To Present

  日本学術会議, 幹事
• From Apr. 2023, To Present

  一般社団法人クリニカルバイオバンク学会, 理事
• From 2021, To Present

  一般社団法人ライフインテリジェンスコンソーシアム, 代表理事（併任）
• From 2021, To Present

  理化学研究所 計算科学研究センター, HPC／AI駆動型医薬プラットフォーム, 部門長（併任）
• From 2016, To Present

  京都大学 大学院医学研究科, 人間健康科学系専攻 ビッグデータ医科学分野, 教授
• From 2017

  理化学研究所, 科技ハブ産連本部 医科学イノベーションハブ推進プログラム, 副プログラムディレクター
• From 2016

  理化学研究所, 科技ハブ産連本部 健康生き活き羅針盤リサーチコンプレックス推進プログラム, 融合研究推進グループディレクター
• From 2015

  神戸医療産業都市推進機構, クラスター推進センター 連携・事業化推進グループ, 客員部長

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0003-3596-4208

• J-Global ID

  200901094457032954

Website(s) (URL(s))

• http://clinfo.med.kyoto-u.ac.jp/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/read0113095

Research

Research Topics, Overview of the research

• Research Topics

  Data-driven sciences to improve precision medicine and drug discovery

• Overview of the research

  Our laboratory is working on the following research with the aim of developing simulation science and data science for medical and drug discovery applications.
  ・Big data analysis and medical simulation using medical and health care data
  ・Development of medical AI
  ・Drug simulation using a super computer
  ・Development of new methodology of AI-based drug discovery using AI

Research Interests

• ゲノム創薬
• ゲノムデータベース
• バイオインフォマティクス
• Genomic Drug Discovery
• Genome database
• Bioinformatics

Research Areas

• Other, Other
• Informatics, Biological, health, and medical informatics
• Life sciences, Systems genomics

Papers

• Precision spatiotemporal analysis of large-scale compound–protein interactions through molecular dynamics simulation

  Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Ryo Kanada; Biao Ma; Mitsugu Araki; Shuntaro Chiba; Atsushi Tokuhisa; Hiroaki Iwata; Shoichi Ishida; Yoshinobu Akinaga; Kei Terayama; Ryosuke Kojima; Yohei Harada; Kazuhiro Takemura; Teruki Honma; Akio Kitao; Yasushi Okuno

  PNAS Nexus, 22 Mar. 2025

  
• Generating Free-energy Landscapes and Mapping Conformational Transition Pathways from cryo-EM Images using a Deep Isometric Autoencoder

  Kimihiro Yamazaki; Mutsuyo Wada; Yuichiro Wada; Atsushi Tokuhisa; Kento Ohga; Akira Nakagawa; Yoshinobu Akinaga; Yoko Sasakura; Takashi Katoh; Shigeyuki Matsumoto; Yasushi Okuno

  05 Mar. 2025

  
• kMoL: an open-source machine and federated learning library for drug discovery

  Romeo Cozac; Haris Hasic; Jun Jin Choong; Vincent Richard; Loic Beheshti; Cyrille Froehlich; Takuto Koyama; Shigeyuki Matsumoto; Ryosuke Kojima; Hiroaki Iwata; Aki Hasegawa; Takao Otsuka; Yasushi Okuno

  Journal of Cheminformatics, 25 Feb. 2025

  
• cryoMDM; Molecular simulation Driven structural Matching Approach to Estimate Variety of Atomic Three-dimensional Model Based on Noisy cryoEM Single Particle Images.

  Atsushi Tokuhisa; Yoshinobu Akinaga; Yoko Sasakura; Kei Terayama; Shigeyuki Matsumoto; Takayuki Kato; Yasushi Okuno

  01 Nov. 2024

  
• Measurement of the Acetabular Cup Orientation After Total Hip Arthroplasty Based on 3-Dimensional Reconstruction From a Single X-Ray Image Using Generative Adversarial Networks

  Akira Fujita; Koji Goto; Akihiko Ueda; Yutaka Kuroda; Toshiyuki Kawai; Yaichiro Okuzu; Yasushi Okuno; Shuichi Matsuda

  The Journal of Arthroplasty, Jan. 2025

  
• Increased abundance of Ruminococcus gnavus in gut microbiota is associated with moyamoya disease and non-moyamoya intracranial large artery disease

  Yohei Mineharu; Yasuhisa Nakamura; Noriaki Sato; Takahiko Kamata; Yuki Oichi; Tomoko Fujitani; Takeshi Funaki; Yasushi Okuno; Susumu Miyamoto; Akio Koizumi; Kouji H. Harada

  Scientific Reports, 24 Nov. 2022

  Access this paper :

  
• Author Correction: Structure-based design and discovery of novel anti-tissue factor antibodies with cooperative double-point mutations, using interaction analysis (Scientific Reports, (2020), 10, 1, (17590), 10.1038/s41598-020-74545-4)

  Shuntaro Chiba; Aki Tanabe; Makoto Nakakido; Yasushi Okuno; Kouhei Tsumoto; Masateru Ohta

  Scientific Reports, 01 Dec. 2021

  
• Receptor-independent regulation of Gα13 by alpha-1-antitrypsin C-terminal peptides

  Yonghak Park; Shigeyuki Matsumoto; Kosuke Ogata; Biao Ma; Ryo Kanada; Yuta Isaka; Norihito Arichi; Xiaowen Liang; Ritsuko Maki; Tohru Kozasa; Yasushi Okuno; Hiroaki Ohno; Yasushi Ishihama; Fumiko Toyoshima

  Journal of Biological Chemistry, Dec. 2024

  
• Postoperative Karnofsky performance status prediction in patients with IDH wild-type glioblastoma: A multimodal approach integrating clinical and deep imaging features

  Tomoki Sasagasako; Akihiko Ueda; Yohei Mineharu; Yusuke Mochizuki; Souichiro Doi; Silsu Park; Yukinori Terada; Noritaka Sano; Masahiro Tanji; Yoshiki Arakawa; Yasushi Okuno

  PLOS ONE, 11 Nov. 2024, Last author

  Access this paper :

  
• Out-of-distribution Reject Option Method for Dataset Shift Problem in Early Disease Onset Prediction

  Taisei Tosaki; Eiichiro Uchino; Ryosuke Kojima; Yohei Mineharu; Mikio Arita; Nobuyuki Miyai; Yoshinori Tamada; Tatsuya Mikami; Koichi Murashita; Shigeyuki Nakaji; Yasushi Okuno

  30 May 2024

  
• Development of interpretable machine learning models to predict in‐hospital prognosis of acute heart failure patients

  Munekazu Tanaka; Hirohiko Kohjitani; Erika Yamamoto; Takeshi Morimoto; Takao Kato; Hidenori Yaku; Yasutaka Inuzuka; Yodo Tamaki; Neiko Ozasa; Yuta Seko; Masayuki Shiba; Yusuke Yoshikawa; Yugo Yamashita; Takeshi Kitai; Ryoji Taniguchi; Moritake Iguchi; Kazuya Nagao; Takafumi Kawai; Akihiro Komasa; Yuichi Kawase; Takashi Morinaga; Mamoru Toyofuku; Yutaka Furukawa; Kenji Ando; Kazushige Kadota; Yukihito Sato; Koichiro Kuwahara; Yasushi Okuno; Takeshi Kimura; Koh Ono

  ESC Heart Failure, 15 May 2024

  
• Differential Privacy under Incalculable Sensitivity.

  Tomoaki Mimoto; Masayuki Hashimoto; Hiroyuki Yokoyama; Toru Nakamura; Takamasa Isohara; Ryosuke Kojima; Aki Hasegawa; Yasushi Okuno

  6th International Conference on Cryptography, Security and Privacy(CSP), 2022

  
• Constructing a graph neural network-based artificial intelligence model to predict drug-induced phospholipidosis potential

  Yoshinobu Igarashi; Aki Hasegawa; Shigeyuki Matsumoto; Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno; Hiroshi Yamada

  Fundamental Toxicological Sciences, 22 Nov. 2024

  
• Comparison of Feature Extraction Methods for Prognosis Prediction in Hereditary Arrhythmia Disease

  MITANI Takeshi; OKAMOTO Yuji; HIROHIKO Kohjitani; AIZAWA Takanori; MAKIYAMA Takeru; OHNO Seiko; HORIE Minoru; OKUNO Yasushi

  Proceedings of the Annual Conference of JSAI, 2024

  
• Genes Feature Extraction Method in Gene Regulatory Networks Based on Distance between Graphs

  OSHIMA Sho; OKAMOTO Yuji; HARADA Yohei; KAMADA Mayumi; OKUNO Yasushi

  Proceedings of the Annual Conference of JSAI, 2024

  
• Synergistic involvement of the NZF domains of the LUBAC accessory subunits HOIL-1L and SHARPIN in the regulation of LUBAC function

  Yusuke Toda; Hiroaki Fujita; Koshiki Mino; Takuto Koyama; Seiji Matsuoka; Toshie Kaizuka; Mari Agawa; Shigeyuki Matsumoto; Akiko Idei; Momoko Nishikori; Yasushi Okuno; Hiroyuki Osada; Minoru Yoshida; Akifumi Takaori-Kondo; Kazuhiro Iwai

  Cell Death & Disease, 11 Nov. 2024

  Access this paper :

  
• Molecular Dynamics Unveils Multiple-Site Binding of Inhibitors with Reduced Activity on the Surface of Dihydrofolate Reductase

  Mitsugu Araki; Toru Ekimoto; Kazuhiro Takemura; Shigeyuki Matsumoto; Yunoshin Tamura; Hironori Kokubo; Gert-Jan Bekker; Tsutomu Yamane; Yuta Isaka; Yukari Sagae; Narutoshi Kamiya; Mitsunori Ikeguchi; Yasushi Okuno

  Journal of the American Chemical Society, 12 Oct. 2024

  
• ChemGLaM: Chemical-Genomics Language Models for Compound-Protein Interaction Prediction

  Takuto Koyama; Hayato Tsumura; Shigeyuki Matsumoto; Ryunosuke Okita; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  20 Feb. 2024

  
• Privacy-Preserving Correlation Coefficient.

  Tomoaki Mimoto; Hiroyuki Yokoyama; Toru Nakamura; Takamasa Isohara; Masayuki Hashimoto; Ryosuke Kojima; Aki Hasegawa; Yasushi Okuno

  IEICE Transactions on Information & Systems, May 2023

  
• Binding Mechanism between Platelet Glycoprotein and Cyclic Peptide Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking

  Gert-Jan Bekker; Kanji Oshima; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno; Narutoshi Kamiya

  Journal of Chemical Information and Modeling, 15 May 2024

  
• LTK mutations responsible for resistance to lorlatinib in non-small cell lung cancer harboring CLIP1-LTK fusion

  Shunta Mori; Hiroki Izumi; Mitsugu Araki; Jie Liu; Yu Tanaka; Yosuke Kagawa; Yukari Sagae; Biao Ma; Yuta Isaka; Yoko Sasakura; Shogo Kumagai; Yuta Sakae; Kosuke Tanaka; Yuji Shibata; Hibiki Udagawa; Shingo Matsumoto; Kiyotaka Yoh; Yasushi Okuno; Koichi Goto; Susumu S. Kobayashi

  Communications Biology, 04 Apr. 2024

  
• Feature extraction of particle morphologies of pharmaceutical excipients from scanning electron microscope images using convolutional neural networks

  Hiroaki Iwata; Yoshihiro Hayashi; Takuto Koyama; Aki Hasegawa; Kosuke Ohgi; Ippei Kobayashi; Yasushi Okuno

  International Journal of Pharmaceutics, 25 Mar. 2024

  Access this paper :

  
• Decoding the specificity of m6A RNA methylation and its implication in cancer therapy

  Yixian Cun; Wenbing Guo; Biao Ma; Yasushi Okuno; Jinkai Wang

  Molecular Therapy, 07 Aug. 2024

  
• Interpretable machine learning-based individual analysis of acute kidney injury in immune checkpoint inhibitor therapy.

  Minoru Sakuragi; Eiichiro Uchino; Noriaki Sato; Takeshi Matsubara; Akihiko Ueda; Yohei Mineharu; Ryosuke Kojima; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  PloS one, 19 Mar. 2024

  
• Developing a GNN-based AI model to predict mitochondrial toxicity using the bagging method

  Yoshinobu Igarashi; Ryosuke Kojima; Shigeyuki Matsumoto; Hiroaki Iwata; Yasushi Okuno; Hiroshi Yamada

  The Journal of Toxicological Sciences, 01 Mar. 2024

  
• A macrocyclic kinase inhibitor overcomes triple resistant mutations in EGFR-positive lung cancer

  Mai Suzuki; Ken Uchibori; Tomoko Oh-hara; Yumi Nomura; Ryusei Suzuki; Ai Takemoto; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Yukari Sagae; Mutsuko Kukimoto-Niino; Yusuke Kawase; Mikako Shirouzu; Yasushi Okuno; Makoto Nishio; Naoya Fujita; Ryohei Katayama

  npj Precision Oncology, 23 Feb. 2024

  
• Idiopathic pulmonary fibrosis-specific Bayesian network integrating extracellular vesicle proteome and clinical information

  Mei Tomoto; Yohei Mineharu; Noriaki Sato; Yoshinori Tamada; Mari Nogami-Itoh; Masataka Kuroda; Jun Adachi; Yoshito Takeda; Kenji Mizuguchi; Atsushi Kumanogoh; Yayoi Natsume-Kitatani; Yasushi Okuno

  Scientific Reports, 15 Jan. 2024

  
• Recent developments in machine learning modeling methods for hypertension treatment.

  Hirohiko Kohjitani; Hiroshi Koshimizu; Kazuki Nakamura; Yasushi Okuno

  Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension, 12 Jan. 2024

  
• Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model.

  Ryo Kanada; Atsushi Tokuhisa; Yusuke Nagasaka; Shingo Okuno; Koichiro Amemiya; Shuntaro Chiba; Gert-Jan Bekker; Narutoshi Kamiya; Koichiro Kato; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Theory and Computation, 09 Jan. 2024

  
• VGAE-MCTS: A New Molecular Generative Model Combining the Variational Graph Auto-Encoder and Monte Carlo Tree Search

  Hiroaki Iwata; Taichi Nakai; Takuto Koyama; Shigeyuki Matsumoto; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Journal of chemical information and modeling, 22 Nov. 2023

  
• Network-based prediction approach for cancer-specific driver missense mutations using a graph neural network.

  Narumi Hatano; Mayumi Kamada; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  BMC bioinformatics, 10 Oct. 2023

  Access this paper :

  
• An Auto-Encoder to Reconstruct Structure with Cryo-EM Images via Theoretically Guaranteed Isometric Latent Space, and Its Application for Automatically Computing the Conformational Pathway

  Kimihiro Yamazaki; Yuichiro Wada; Atsushi Tokuhisa; Mutsuyo Wada; Takashi Katoh; Yuhei Umeda; Yasushi Okuno; Akira Nakagawa

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 01 Oct. 2023

  
• Establishment of an MR1 Presentation Reporter Screening System and Identification of Phenylpropanoid Derivatives as MR1 Ligands.

  Takuro Matsuoka; Akira Hattori; Shinya Oishi; Mitsugu Araki; Biao Ma; Toshiki Fujii; Norihito Arichi; Yasushi Okuno; Hideaki Kakeya; Sho Yamasaki; Hiroaki Ohno; Shinsuke Inuki

  Journal of medicinal chemistry, 28 Aug. 2023

  
• Individual health-disease phase diagrams for disease prevention based on machine learning

  Kazuki Nakamura; Eiichiro Uchino; Noriaki Sato; Ayano Araki; Kei Terayama; Ryosuke Kojima; Koichi Murashita; Ken Itoh; Tatsuya Mikami; Yoshinori Tamada; Yasushi Okuno

  Journal of Biomedical Informatics, Aug. 2023

  
• Deep-learning-based differential diagnosis of follicular thyroid tumors using histopathological images

  Satoshi Nojima; Tokimu Kadoi; Ayana Suzuki; Chiharu Kato; Shoichi Ishida; Kansuke Kido; Kazutoshi Fujita; Yasushi Okuno; Mitsuyoshi Hirokawa; Kei Terayama; Eiichi Morii

  Modern Pathology, 31 Jul. 2023, Peer-reviewed

  
• Improving Compound–Protein Interaction Prediction by Self-Training with Augmenting Negative Samples

  Takuto Koyama; Shigeyuki Matsumoto; Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 17 Jul. 2023

  Access this paper :

  
• Inhibition of the bone morphogenetic protein pathway suppresses tumor growth through downregulation of epidermal growth factor receptor in MEK/ERK-dependent colorectal cancer.

  Shota Shimizu; Jumpei Kondo; Kunishige Onuma; Roberto Coppo; Kasumi Ota; Mayumi Kamada; Yohei Harada; Yoshihisa Tanaka; Mai Adachi Nakazawa; Yoshinori Tamada; Yasushi Okuno; Kenji Kawada; Kazutaka Obama; Robert J Coffey; Yoshiyuki Fujiwara; Masahiro Inoue

  Cancer science, 25 Jun. 2023

  
• Ensemble-Learning and Feature Selection Techniques for Enhanced Antisense Oligonucleotide Efficacy Prediction in Exon Skipping.

  Alex Zhu; Shuntaro Chiba; Yuki Shimizu; Katsuhiko Kunitake; Yasushi Okuno; Yoshitsugu Aoki; Toshifumi Yokota

  Pharmaceutics, 24 Jun. 2023

  
• Exploring the mechanism of BK polyomavirus-associated nephropathy through consensus gene network approach.

  Noriaki Sato; Keita P Mori; Kaoru Sakai; Hitomi Miyata; Shinya Yamamoto; Takashi Kobayashi; Hironori Haga; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  PloS one, 15 Jun. 2023

  
• Quantitative analysis of protein dynamics using a deep learning technique combined with experimental cryo-EM density data and MD simulations

  Shigeyuki Matsumoto; Shoichi Ishida; Kei Terayama; Yasuhshi Okuno

  Biophysics and Physicobiology, 16 May 2023

  
• Mutual induced-fit mechanism drives binding between intrinsically disordered Bim and cryptic binding site of Bcl-xL

  Gert-Jan Bekker; Mitsugu Araki; Kanji Oshima; Yasushi Okuno; Narutoshi Kamiya

  Communications Biology, 30 Mar. 2023

  
• Development of a GCN-based model to predict <i>in vitro</i> phototoxicity from the chemical structure and HOMO-LUMO gap

  Yoshinobu Igarashi; Suyong Re; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno; Hiroshi Yamada

  The Journal of Toxicological Sciences, 01 Mar. 2023

  
• Using incomplete Cholesky factorization to increase the time step in molecular dynamics simulations.

  Takumi Washio; Xiaoke Cui; Ryo Kanada; Jun-ichi Okada; Seiryo Sugiura; Yasushi Okuno; Shoji Takada; Toshiaki Hisada

  Journal of Computational and Applied Mathematics, 01 Dec. 2022

  
• Classification of scanning electron microscope images of pharmaceutical excipients using deep convolutional neural networks with transfer learning

  Hiroaki Iwata; Yoshihiro Hayashi; Aki Hasegawa; Kei Terayama; Yasushi Okuno

  International Journal of Pharmaceutics: X, Dec. 2022

  Access this paper :

  
• Inhibition of the BMP pathway suppresses tumor growth via downregulation of EGFR in MEK/ERK-dependent colorectal cancer

  Shota Shimizu; Jumpei Kondo; Kunishige Onuma; Kasumi Ota; Mayumi Kamada; Yohei Harada; Yoshihisa Tanaka; Mai Adachi Nakazawa; Yoshinori Tamada; Yasushi Okuno; Kenji Kawada; Kazutaka Obama; Robert J Coffey; Yoshiyuki Fujiwara; Masahiro Inoue

  02 Nov. 2022

  
• クライオEM密度マップからのタンパク質ダイナミクス情報推定

  寺山 慧; 石田 祥一; 松本 篤幸; 奥野 恭史

  生物工学会誌, Nov. 2022, Invited

  
• Novel Calcium-Binding Ablating Mutations Induce Constitutive RET Activity and Drive Tumorigenesis.

  Junya Tabata; Takashi Nakaoku; Mitsugu Araki; Ryunosuke Yoshino; Shinji Kohsaka; Ayaka Otsuka; Masachika Ikegami; Ayako Ui; Shin-Ichiro Kanno; Keiko Miyoshi; Shigeyuki Matsumoto; Yukari Sagae; Akira Yasui; Masakazu Sekijima; Hiroyuki Mano; Yasushi Okuno; Aikou Okamoto; Takashi Kohno

  Cancer research, 27 Sep. 2022

  
• Characterizing eye-gaze positions of people with severe motor dysfunction: Novel scoring metrics using eye-tracking and video analysis

  Mari Okamoto; Ryosuke Kojima; Akihiko Ueda; Machiko Suzuki; Yasushi Okuno

  PLOS ONE, 31 Aug. 2022

  
• Protein–ligand binding affinity prediction of cyclin‐dependent kinase‐2 inhibitors by dynamically averaged fragment molecular orbital‐based interaction energy

  Kenichiro Takaba; Chiduru Watanabe; Atsushi Tokuhisa; Yoshinobu Akinaga; Biao Ma; Ryo Kanada; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno; Yusuke Kawashima; Hirotomo Moriwaki; Norihito Kawashita; Teruki Honma; Kaori Fukuzawa; Shigenori Tanaka

  Journal of Computational Chemistry, 30 Jul. 2022

  
• Single-Image Super-Resolution Improvement of X-ray Single-Particle Diffraction Images Using a Convolutional Neural Network

  Atsushi Tokuhisa; Yoshinobu Akinaga; Kei Terayama; Yuji Okamoto; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 25 Jul. 2022

  Access this paper :

  
• A novel three-dimensional imaging system based on polysaccharide staining for accurate histopathological diagnosis of inflammatory bowel diseases.

  Satoshi Nojima; Shoichi Ishida; Kei Terayama; Katsuhiko Matsumoto; Takahiro Matsui; Shinichiro Tahara; Kenji Ohshima; Hiroki Kiyokawa; Kansuke Kido; Koto Ukon; Shota Y Yoshida; Tomoki T Mitani; Yuichiro Doki; Tsunekazu Mizushima; Yasushi Okuno; Etsuo A Susaki; Hiroki R Ueda; Eiichi Morii

  Cellular and molecular gastroenterology and hepatology, 11 Jul. 2022

  
• Extraction of Protein Dynamics Hidden in Cryo-EM Maps Using Deep Learning

  Shigeyuki MATSUMOTO; Kei TERAYAMA; Yasushi OKUNO

  Seibutsu Butsuri, Jun. 2022, Peer-reviewed, Lead author

  Access this paper :

  
• Sensitivity to dabrafenib and trametinib treatments in patients with non-small-cell cancer harboring BRAF compound mutations: A pooled analysis of BRAF p.V600E-positive advanced non-small-cell lung cancer.

  Katsutoshi Seto; Junichi Shimizu; Katsuhiro Masago; Mitsugu Araki; Ryohei Katayama; Yukari Sagae; Shiro Fujita; Yoshitsugu Horio; Eiichi Sasaki; Hiroaki Kuroda; Kenichi Okubo; Yasushi Okuno; Toyoaki Hida

  Cancer genetics, 11 May 2022

  
• 腎疾患診療最適化のためのAI・ICTの活用 機械学習によるAKI発症予測モデルの開発

  内野 詠一郎; 櫻木 実; 佐藤 憲明; 奥野 恭史; 柳田 素子

  日本腎臓学会誌, May 2022

  
• Enhanced Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model Using Short-Time All-Atom Molecular Dynamics

  Kanada R; Terayama K; Tokuhisa A; Matsumoto S; Okuno Y

  Journal of chemical theory and computation, Apr. 2022, Peer-reviewed

  
• AI-Driven Synthetic Route Design Incorporated with Retrosynthesis Knowledge.

  Shoichi Ishida; Kei Terayama; Ryosuke Kojima; Kiyosei Takasu; Yasushi Okuno

  Journal of chemical information and modeling, 28 Mar. 2022

  Access this paper :

  
• Integrated approach to functional analysis of an ERBB2 variant of unknown significance detected by a cancer gene panel test

  Yohei Harada; Akemi Sato; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Yukari Sagae; Tomonori Abe; Yasuko Aoyagi; Eisaburo Sueoka; Yasushi Okuno; Shinya Kimura; Naoko Sueoka-Aragane

  Cellular Oncology, 08 Jan. 2022

  
• 古典的な形態学的細胞病理学的手法を超える深層学習を用いた腫瘍悪性度診断システム(A deep-learning-based system to diagnose tumor malignancy beyond classical morphological cytopathology techniques)

  藤田 和利; 野島 聡; 寺山 慧; 中山 尭仁; 藤本 西蔵; 橋本 士; 安富 正悟; 清水 信貴; 吉村 一宏; 植村 天受; 奥野 恭史; 野々村 祝夫; 森井 英一

  日本泌尿器科学会総会, Dec. 2021

  
• Accurate Binding Configuration Prediction of a G-Protein-Coupled Receptor to Its Antagonist Using Multicanonical Molecular Dynamics-Based Dynamic Docking

  Gert-Jan Bekker; Mitsugu Araki; Kanji Oshima; Yasushi Okuno; Narutoshi Kamiya

  Journal of Chemical Information and Modeling, 25 Oct. 2021

  
• Evaluation of Kidney Histological Images Using Unsupervised Deep Learning.

  Noriaki Sato; Eiichiro Uchino; Ryosuke Kojima; Minoru Sakuragi; Shusuke Hiragi; Sachiko Minamiguchi; Hironori Haga; Hideki Yokoi; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  Kidney international reports, Sep. 2021

  Access this paper :

  
• Oncogenic mutations Q61L and Q61H confer active form-like structural features to the inactive state (state 1) conformation of H-Ras protein

  Shigeyuki Matsumoto; Haruka Taniguchi-Tamura; Mitsugu Araki; Takashi Kawamura; Ryo Miyamoto; Chiemi Tsuda; Fumi Shima; Takashi Kumasaka; Yasushi Okuno; Tohru Kataoka

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 06 Aug. 2021

  
• Network-based pathogenicity prediction for variants of uncertain significance

  Mayumi Kamada; Atsuko Takagi; Ryosuke Kojima; Yoshihisa Tanaka; Masahiko Nakatsui; Noriko Tanabe; Makoto Hirata; Teruhiko Yoshida; Yasushi Okuno

  16 Jul. 2021

  
• Efficient Search for Energetically Favorable Molecular Conformations against Metastable States via Gray-Box Optimization

  Kei Terayama; Masato Sumita; Michio Katouda; Koji Tsuda; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Theory and Computation, 14 Jul. 2021

  Access this paper :

  
• Structure-Based de Novo Molecular Generator Combined with Artificial Intelligence and Docking Simulations

  Biao Ma; Kei Terayama; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Yoko Sasakura; Hiroaki Iwata; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 09 Jul. 2021

  
• eSkip-Finder: a machine learning-based web application and database to identify the optimal sequences of antisense oligonucleotides for exon skipping.

  Shuntaro Chiba; Kenji Rowel Q Lim; Narin Sheri; Saeed Anwar; Esra Erkut; Md Nur Ahad Shah; Tejal Aslesh; Stanley Woo; Omar Sheikh; Rika Maruyama; Hiroaki Takano; Katsuhiko Kunitake; William Duddy; Yasushi Okuno; Yoshitsugu Aoki; Toshifumi Yokota

  Nucleic acids research, 02 Jul. 2021

  
• Prediction and visualization of acute kidney injury in intensive care unit using one-dimensional convolutional neural networks based on routinely collected data

  Noriaki Sato; Eiichiro Uchino; Ryosuke Kojima; Shusuke Hiragi; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  Computer Methods and Programs in Biomedicine, Jul. 2021

  Access this paper :

  
• 免疫チェックポイント阻害薬投与患者における急性腎障害発症予測モデルの構築と検証

  櫻木 実; 内野 詠一郎; 佐藤 憲明; 奧野 恭史; 柳田 素子

  日本腎臓学会誌, Jun. 2021

  
• 教師なし深層学習を用いたIgA腎症患者の病理所見の評価

  佐藤 憲明; 内野 詠一郎; 小島 諒介; 櫻木 実; 平木 秀輔; 南口 早智子; 羽賀 博典; 横井 秀基; 柳田 素子; 奥野 恭史

  日本腎臓学会誌, Jun. 2021

  
• 教師なし深層学習を用いたIgA腎症患者の病理所見の評価

  佐藤 憲明; 内野 詠一郎; 小島 諒介; 櫻木 実; 平木 秀輔; 南口 早智子; 羽賀 博典; 横井 秀基; 柳田 素子; 奥野 恭史

  日本腎臓学会誌, Jun. 2021

  
• A deep learning system to diagnose the malignant potential of urothelial carcinoma cells in cytology specimens

  Satoshi Nojima; Kei Terayama; Saeko Shimoura; Sachiko Hijiki; Norio Nonomura; Eiichi Morii; Yasushi Okuno; Kazutoshi Fujita

  CANCER CYTOPATHOLOGY, May 2021

  
• Health improvement framework for actionable treatment planning using a surrogate Bayesian model

  Kazuki Nakamura; Ryosuke Kojima; Eiichiro Uchino; Koh Ono; Motoko Yanagita; Koichi Murashita; Ken Itoh; Shigeyuki Nakaji; Yasushi Okuno

  Nature Communications, May 2021

  Access this paper :

  
• Dynamic changes in gene-to-gene regulatory networks in response to SARS-CoV-2 infection

  Yoshihisa Tanaka; Kako Higashihara; Mai Adachi Nakazawa; Fumiyoshi Yamashita; Yoshinori Tamada; Yasushi Okuno

  Scientific Reports, May 2021

  
• Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity

  Takahiro Yoshizawa; Ken Uchibori; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Biao Ma; Ryo Kanada; Yosuke Seto; Tomoko Oh-hara; Sumie Koike; Ryo Ariyasu; Satoru Kitazono; Hironori Ninomiya; Kengo Takeuchi; Noriko Yanagitani; Satoshi Takagi; Kazuma Kishi; Naoya Fujita; Yasushi Okuno; Makoto Nishio; Ryohei Katayama

  NPJ PRECISION ONCOLOGY, Apr. 2021

  
• Novel cancer subtyping method based on patient-specific gene regulatory network

  Mai Adachi Nakazawa; Yoshinori Tamada; Yoshihisa Tanaka; Marie Ikeguchi; Kako Higashihara; Yasushi Okuno

  25 Mar. 2021

  
• Novel Resistance Mechanisms Including L1196Q, P1094H, and R1248_D1249 Insertion in Three Patients With NSCLC After ALK Tyrosine Kinase Inhibitor Treatment

  Hiromi Furuta; Mitsugu Araki; Katsuhiro Masago; Yukari Sagae; Shiro Fujita; Katsutoshi Seto; Junichi Shimizu; Yoshitsugu Horio; Eiichi Sasaki; Waki Hosoda; Ryohei Katayama; Yasushi Okuno; Toyoaki Hida

  Journal of Thoracic Oncology, Mar. 2021

  
• Extraction of protein dynamics information from cryo-EM maps using deep learning

  Shigeyuki Matsumoto; Shoichi Ishida; Mitsugu Araki; Takayuki Kato; Kei Terayama; Yasushi Okuno

  Nature Machine Intelligence, Feb. 2021

  
• Topical application of toll-like receptor 3 inhibitors ameliorates chronic allergic skin inflammation in mice

  Risa Tamagawa-Mineoka; Mayumi Ueta; Yukiyasu Arakawa; Risa Yasuike; Hiromi Nishigaki; Yasushi Okuno; Ichiro Hijikuro; Shigeru Kinoshita; Norito Katoh

  Journal of Dermatological Science, Feb. 2021

  
• Gilteritinib overcomes lorlatinib resistance in ALK-rearranged cancer

  Hayato Mizuta; Koutaroh Okada; Mitsugu Araki; Jun Adachi; Ai Takemoto; Justyna Kutkowska; Kohei Maruyama; Noriko Yanagitani; Tomoko Oh-hara; Kana Watanabe; Keiichi Tamai; Luc Friboulet; Kazuhiro Katayama; Biao Ma; Yoko Sasakura; Yukari Sagae; Mutsuko Kukimoto-Niino; Mikako Shirouzu; Satoshi Takagi; Siro Simizu; Makoto Nishio; Yasushi Okuno; Naoya Fujita; Ryohei Katayama

  Nature Communications, Feb. 2021

  
• Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics

  Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Gert Jan Bekker; Yuta Isaka; Yukari Sagae; Narutoshi Kamiya; Yasushi Okuno

  Nature Communications, Feb. 2021

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• Discovery of natural TRPA1 activators through pharmacophore-based virtual screening and a biological assay

  Hiroaki Iwata; Naoto Kanda; Mitsugu Araki; Yukari Sagae; Katsuyoshi Masuda; Yasushi Okuno

  Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 01 Jan. 2021

  
• Artificial Intelligence in Kidney Pathology

  Sato Noriaki; Uchino Eiichiro; Okuno Yasushi

  Artificial Intelligence in Medicine, 2021

  
• Artificial Intelligence in Predicting Kidney Function and Acute Kidney Injury

  Eiichiro Uchino; Noriaki Sato; Yasushi Okuno

  Artificial Intelligence in Medicine, 2021

  
• AIM in Genomic Basis of Medicine: Applications

  Mayumi Kamada; Yasushi Okuno

  Artificial Intelligence in Medicine, 2021

  
• AIM in Pharmacology and Drug Discovery

  Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Artificial Intelligence in Medicine, 2021

  
• Lipocalin-type prostaglandin D synthase regulates light-induced phase advance of the central circadian rhythm in mice

  Chihiro Kawaguchi; Norihito Shintani; Atsuko Hayata-Takano; Michiyoshi Hatanaka; Ai Kuromi; Reiko Nakamura; Yui Yamano; Yusuke Shintani; Katsuya Nagai; Soken Tsuchiya; Yukihiko Sugimoto; Atsushi Ichikawa; Yasushi Okuno; Yoshihiro Urade; Hiroyuki Hirai; Kin ya Nagata; Masataka Nakamura; Shuh Narumiya; Takanobu Nakazawa; Atsushi Kasai; Yukio Ago; Kazuhiro Takuma; Akemichi Baba; Hitoshi Hashimoto

  Communications Biology, 01 Dec. 2020

  
• Structure-based design and discovery of novel anti-tissue factor antibodies with cooperative double-point mutations, using interaction analysis

  Shuntaro Chiba; Aki Tanabe; Makoto Nakakido; Yasushi Okuno; Kouhei Tsumoto; Masateru Ohta

  Scientific Reports, 01 Dec. 2020

  
• Metagenomic analysis of bacterial species in tongue microbiome of current and never smokers

  Noriaki Sato; Masanori Kakuta; Takanori Hasegawa; Rui Yamaguchi; Eiichiro Uchino; Wataru Kobayashi; Kaori Sawada; Yoshihiro Tamura; Itoyo Tokuda; Koichi Murashita; Shigeyuki Nakaji; Seiya Imoto; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  npj Biofilms and Microbiomes, 01 Dec. 2020, Peer-reviewed

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• Improvement in predicting drug sensitivity changes associated with protein mutations using a molecular dynamics based alchemical mutation method

  Fumie Ono; Shuntaro Chiba; Yuta Isaka; Shigeyuki Matsumoto; Biao Ma; Ryohei Katayama; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  Scientific Reports, 01 Dec. 2020, Peer-reviewed

  
• Future possibilities for artificial intelligence in the practical management of hypertension

  Hiroshi Koshimizu; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Hypertension Research, Dec. 2020

  
• Metagenomic profiling of gut microbiome in early chronic kidney disease.

  Noriaki Sato; Masanori Kakuta; Takanori Hasegawa; Rui Yamaguchi; Eiichiro Uchino; Koichi Murashita; Shigeyuki Nakaji; Seiya Imoto; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association, 01 Sep. 2020

  
• CompRet: A comprehensive recommendation framework for chemical synthesis planning with algorithmic enumeration

  Ryosuke Shibukawa; Shoichi Ishida; Kazuki Yoshizoe; Kunihiro Wasa; Kiyosei Takasu; Yasushi Okuno; Kei Terayama; Koji Tsuda

  Journal of Cheminformatics, 01 Sep. 2020

  
• Classification of glomerular pathological findings using deep learning and nephrologist–AI collective intelligence approach

  Eiichiro Uchino; Kanata Suzuki; Noriaki Sato; Ryosuke Kojima; Yoshinori Tamada; Shusuke Hiragi; Hideki Yokoi; Nobuhiro Yugami; Sachiko Minamiguchi; Hironori Haga; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Informatics, Sep. 2020, Peer-reviewed

  
• Trp53 Mutation in Keratin 5 (Krt5)-Expressing Basal Cells Facilitates the Development of Basal Squamous-Like Invasive Bladder Cancer in the Chemical Carcinogenesis of Mouse Bladder

  Norihiko Masuda; Kaoru Murakami; Yuki Kita; Akihiro Hamada; Mayumi Kamada; Yuki Teramoto; Toru Sakatani; Keiyu Matsumoto; Takeshi Sano; Ryoichi Saito; Yasushi Okuno; Osamu Ogawa; Takashi Kobayashi

  American Journal of Pathology, Aug. 2020, Peer-reviewed

  
• High-Precision Atomic Charge Prediction for Protein Systems Using Fragment Molecular Orbital Calculation and Machine Learning

  Koichiro Kato; Tomohide Masuda; Chiduru Watanabe; Naoki Miyagawa; Hideo Mizouchi; Shumpei Nagase; Kikuko Kamisaka; Kanji Oshima; Satoshi Ono; Hiroshi Ueda; Atsushi Tokuhisa; Ryo Kanada; Masateru Ohta; Mitsunori Ikeguchi; Yasushi Okuno; Kaori Fukuzawa; Teruki Honma

  Journal of Chemical Information and Modeling, 27 Jul. 2020, Peer-reviewed

  
• Exhaustive search of the configurational space of heat-shock protein 90 with its inhibitor by multicanonical molecular dynamics based dynamic docking

  Gert Jan Bekker; Mitsugu Araki; Kanji Oshima; Yasushi Okuno; Narutoshi Kamiya

  Journal of Computational Chemistry, 30 Jun. 2020

  
• Coarse-Grained Diffraction Template Matching Model to Retrieve Multiconformational Models for Biomolecule Structures from Noisy Diffraction Patterns

  Atsushi Tokuhisa; Ryo Kanada; Shuntaro Chiba; Kei Terayama; Yuta Isaka; Biao Ma; Narutoshi Kamiya; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 22 Jun. 2020, Peer-reviewed

  
• Landscape and function of multiple mutations within individual oncogenes

  Yuki Saito; Junji Koya; Mitsugu Araki; Yasunori Kogure; Sumito Shingaki; Mariko Tabata; Marni B. McClure; Kota Yoshifuji; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Hiroko Tanaka; Takanori Kanai; Satoru Miyano; Yuichi Shiraishi; Yasushi Okuno; Keisuke Kataoka

  Nature, 04 Jun. 2020, Peer-reviewed

  
• Identification of a new class of non-electrophilic TRPA1 agonists by a structure-based virtual screening approach

  Mitsugu Araki; Naoto Kanda; Hiroaki Iwata; Yukari Sagae; Katsuyoshi Masuda; Yasushi Okuno

  Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 01 Jun. 2020, Peer-reviewed

  
• Hydrophobic interactions at subsite S1′ of human dipeptidyl peptidase IV contribute significantly to the inhibitory effect of tripeptides

  Mitsugu Araki; Norimasa Kanegawa; Hiroaki Iwata; Yukari Sagae; Keisuke Ito; Katsuyoshi Masuda; Yasushi Okuno

  Heliyon, Jun. 2020, Peer-reviewed

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• KGCN: A graph-based deep learning framework for chemical structures

  Ryosuke Kojima; Shoichi Ishida; Masateru Ohta; Hiroaki Iwata; Teruki Honma; Yasushi Okuno

  Journal of Cheminformatics, 12 May 2020, Peer-reviewed

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• Prediction of blood pressure variability using deep neural networks

  Hiroshi Koshimizu; Ryosuke Kojima; Kazuomi Kario; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Informatics, Apr. 2020, Peer-reviewed, Lead author

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• 【AI、ICT】臨床データを用いた医療ビッグデータの解析と創薬への応用

  内野 詠一郎; 佐藤 憲明; 小島 諒介; 玉田 嘉紀; 柳田 素子; 奥野 恭史

  日本腎臓学会誌, Mar. 2020, Peer-reviewed

  
• Exploring successful parameter region for coarse-grained simulation of biomolecules by bayesian optimization and active learning

  Ryo Kanada; Atsushi Tokuhisa; Koji Tsuda; Yasushi Okuno; Kei Terayama

  Biomolecules, Mar. 2020, Peer-reviewed

  
• Extraction of Protein Dynamics Information Hidden in Cryogenic Electron Microscopy Maps Using Deep Learning

  Shigeyuki Matsumoto; Shoichi Ishida; Mitsugu Araki; Takayuki Kato; Kei Terayama; Yasushi Okuno

  18 Feb. 2020

  
• Stabilization Mechanism for a Nonfibrillar Amyloid β Oligomer Based on Formation of a Hydrophobic Core Determined by Dissipative Particle Dynamics

  Ryoko Kawai; Shuntaro Chiba; Koji Okuwaki; Ryo Kanada; Hideo Doi; Masahiro Ono; Yuji Mochizuki; Yasushi Okuno

  ACS Chemical Neuroscience, 05 Feb. 2020, Peer-reviewed, Lead author

  
• Protein-Drug Binding Mode Prediction from the Apo-Protein Structure using a Molecular Dynamics-Based Pocket Generation Approach

  Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  BIOPHYSICAL JOURNAL, Feb. 2020

  
• Novel Insights into the Structural Perturbation Induced by the Oncogenic Mutations, Q61L and Q61H, in Ras State 1

  Shigeyuki Matsumoto; Haruka Taniguchi-Tamura; Mitsugu Araki; Takashi Kawamura; Ryo Miyamoto; Chiemi Tsuda; Yasushi Okuno; Fumi Shima; Takashi Kumasaka; Tohru Kataoka

  BIOPHYSICAL JOURNAL, Feb. 2020

  
• System-based differential gene network analysis for characterizing a sample-specific subnetwork

  Yoshihisa Tanaka; Yoshinori Tamada; Marie Ikeguchi; Fumiyoshi Yamashita; Yasushi Okuno

  Biomolecules, Feb. 2020, Peer-reviewed

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• Combination of host immune metabolic biomarkers for the PD-1 blockade cancer immunotherapy

  Ryusuke Hatae; Kenji Chamoto; Young Hak Kim; Kazuhiro Sonomura; Kei Taneishi; Shuji Kawaguchi; Hironori Yoshida; Hiroaki Ozasa; Yuichi Sakamori; Maryam Akrami; Sidonia Fagarasan; Izuru Masuda; Yasushi Okuno; Fumihiko Matsuda; Toyohiro Hirai; Tasuku Honjo

  JCI Insight, 30 Jan. 2020, Peer-reviewed

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• The relationship between cigarette smoking and the tongue microbiome in an East Asian population

  Noriaki Sato; Masanori Kakuta; Eiichiro Uchino; Takanori Hasegawa; Ryosuke Kojima; Wataru Kobayashi; Kaori Sawada; Yoshihiro Tamura; Itoyo Tokuda; Seiya Imoto; Shigeyuki Nakaji; Koichi Murashita; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  Journal of Oral Microbiology, 01 Jan. 2020, Peer-reviewed

  
• An in silico Approach for Integrating Phenotypic and Target-based Approaches in Drug Discovery

  Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Molecular Informatics, 01 Jan. 2020, Peer-reviewed

  
• E487K-Induced Disorder in Functionally Relevant Dynamics of Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase 2

  Shigeyuki Matsumoto; Mitsugu Araki; Yuta Isaka; Fumie Ono; Kenshiro Hirohashi; Shinya Ohashi; Manabu Muto; Yasushi Okuno

  Biophysical Journal, 2020, Peer-reviewed

  
• A novel orexin antagonist from a natural plant was discovered using zebrafish behavioural analysis

  M. Yamanaka; H. Iwata; K. Masuda; M. Araki; Y. Okuno; M. Okamura; J. Koiwa; T. Tanaka

  European Review for Medical and Pharmacological Sciences, 2020, Peer-reviewed

  
• Prediction and Interpretable Visualization of Retrosynthetic Reactions Using Graph Convolutional Networks

  Shoichi Ishida; Kei Terayama; Ryosuke Kojima; Kiyosei Takasu; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 23 Dec. 2019, Peer-reviewed

  
• Systematic chemical screening identifies disulfiram as a repurposed drug that enhances sensitivity to cisplatin in bladder cancer: a summary of preclinical studies

  Yuki Kita; Akihiro Hamada; Ryoichi Saito; Yuki Teramoto; Ryusuke Tanaka; Keishi Takano; Kenji Nakayama; Kaoru Murakami; Keiyu Matsumoto; Shusuke Akamatsu; Toshinari Yamasaki; Takahiro Inoue; Yasuhiko Tabata; Yasushi Okuno; Osamu Ogawa; Takashi Kobayashi

  British Journal of Cancer, 10 Dec. 2019, Peer-reviewed

  
• MGeND: an integrated database for Japanese clinical and genomic information

  Mayumi Kamada; Masahiko Nakatsui; Ryosuke Kojima; Sachio Nohara; Eiichiro Uchino; Shigeki Tanishima; Masaya Sugiyama; Kenjiro Kosaki; Katsushi Tokunaga; Masashi Mizokami; Yasushi Okuno

  Human Genome Variation, 01 Dec. 2019, Peer-reviewed

  
• Calculation of absolute binding free energies between the hERG channel and structurally diverse drugs

  Tatsuki Negami; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno; Tohru Terada

  Scientific Reports, 01 Dec. 2019, Peer-reviewed

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• Force-field parametrization based on radial and energy distribution functions

  Shuntaro Chiba; Yasushi Okuno; Teruki Honma; Mitsunori Ikeguchi

  Journal of Computational Chemistry, 05 Nov. 2019, Peer-reviewed

  
• Combination treatment with highly bioavailable curcumin and NQO1 inhibitor exhibits potent antitumor effects on esophageal squamous cell carcinoma

  Ayaka Mizumoto; Shinya Ohashi; Mayumi Kamada; Tomoki Saito; Yukie Nakai; Kiichiro Baba; Kenshiro Hirohashi; Yosuke Mitani; Osamu Kikuchi; Junichi Matsubara; Atsushi Yamada; Tsukasa Takahashi; Hyunjin Lee; Yasushi Okuno; Masashi Kanai; Manabu Muto

  Journal of Gastroenterology, 05 Aug. 2019, Peer-reviewed

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• Molecular dynamics simulation-guided drug sensitivity prediction for lung cancer with rare EGFR mutations

  Shinnosuke Ikemura; Hiroyuki Yasuda; Shingo Matsumoto; Mayumi Kamada; Junko Hamamoto; Keita Masuzawa; Keigo Kobayashi; Tadashi Manabe; Daisuke Arai; Ichiro Nakachi; Ichiro Kawada; Kota Ishioka; Morio Nakamura; Ho Namkoong; Katsuhiko Naoki; Fumie Ono; Mitsugu Araki; Ryo Kanada; Biao Ma; Yuichiro Hayashi; Sachiyo Mimaki; Kiyotaka Yoh; Susumu S. Kobayashi; Takashi Kohno; Yasushi Okuno; Koichi Goto; Katsuya Tsuchihara; Kenzo Soejima

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 14 May 2019, Peer-reviewed

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• Structural modification of indomethacin toward selective inhibition of COX-2 with a significant increase in van der Waals contributions

  Akari Ikeda; Eishi Funakoshi; Mitsugu Araki; Biao Ma; Yukiko Karuo; Atsushi Tarui; Kazuyuki Sato; Yasushi Okuno; Kentaro Kawai; Masaaki Omote

  Bioorganic and Medicinal Chemistry, 01 May 2019, Peer-reviewed

  
• Repertoires of G protein-coupled receptors for Ciona-specific neuropeptides

  Akira Shiraishi; Toshimi Okuda; Natsuko Miyasaka; Tomohiro Osugi; Yasushi Okuno; Jun Inoue; Honoo Satake

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Apr. 2019, Peer-reviewed

  
• Dynamic Docking of a Medium-Sized Molecule to Its Receptor by Multicanonical MD Simulations

  Gert Jan Bekker; Mitsugu Araki; Kanji Oshima; Yasushi Okuno; Narutoshi Kamiya

  Journal of Physical Chemistry B, 21 Mar. 2019, Peer-reviewed

  
• Efficient construction method for phase diagrams using uncertainty sampling

  Kei Terayama; Ryo Tamura; Yoshitaro Nose; Hidenori Hiramatsu; Hideo Hosono; Yasushi Okuno; Koji Tsuda

  Physical Review Materials, 08 Mar. 2019, Peer-reviewed

  
• Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance and drug re-purposing to overcome the resistance

  Koutaroh Okada; Mitsugu Araki; Takuya Sakashita; Biao Ma; Ryo Kanada; Noriko Yanagitani; Atsushi Horiike; Sumie Koike; Tomoko Oh-hara; Kana Watanabe; Keiichi Tamai; Makoto Maemondo; Makoto Nishio; Takeshi Ishikawa; Yasushi Okuno; Naoya Fujita; Ryohei Katayama

  EBioMedicine, Mar. 2019, Peer-reviewed

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• Suppression of IgE-Independent Degranulation of Murine Connective Tissue-Type Mast Cells by Dexamethasone

  Keiko Yamada; Hitomi Sato; Kazuma Sakamaki; Mayumi Kamada; Yasushi Okuno; Nobuyuki Fukuishi; Kazuyuki Furuta; Satoshi Tanaka

  CELLS, Feb. 2019, Peer-reviewed

  
• Improving the Accuracy of Protein-Ligand Binding Mode Prediction Using a Molecular Dynamics-Based Pocket Generation Approach

  Mitsugu Araki; Hiroaki Iwata; Biao Ma; Atsuto Fujita; Kei Terayama; Yukari Sagae; Fumie Ono; Koji Tsuda; Narutoshi Kamiya; Yasushi Okuno

  Journal of Computational Chemistry, 15 Dec. 2018, Peer-reviewed

  
• A secondary RET mutation in the activation loop conferring resistance to vandetanib

  Takashi Nakaoku; Takashi Kohno; Mitsugu Araki; Seiji Niho; Rakhee Chauhan; Phillip P. Knowles; Katsuya Tsuchihara; Shingo Matsumoto; Yoko Shimada; Sachiyo Mimaki; Genichiro Ishii; Hitoshi Ichikawa; Satoru Nagatoishi; Kouhei Tsumoto; Yasushi Okuno; Kiyotaka Yoh; Neil Q. McDonald; Koichi Goto

  Nature Communications, 01 Dec. 2018, Peer-reviewed

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• Fibronectin type III domain-containing protein 5 interacts with APP and decreases amyloid β production in Alzheimer's disease 11 Medical and Health Sciences 1109 Neurosciences Tim Bliss

  Yasuha Noda; Akira Kuzuya; Kyousuke Tanigawa; Mitsugu Araki; Ryoko Kawai; Biao Ma; Yoko Sasakura; Masato Maesako; Yoshitaka Tashiro; Masakazu Miyamoto; Kengo Uemura; Yasushi Okuno; Ayae Kinoshita

  Molecular Brain, 24 Oct. 2018, Peer-reviewed

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• AI technology for precision medicine: current status and future perspectives

  Yasushi Okuno

  ANNALS OF ONCOLOGY, Oct. 2018, Peer-reviewed

  
• Core Binding Site of a Thioflavin-T-Derived Imaging Probe on Amyloid β Fibrils Predicted by Computational Methods

  Ryoko Kawai; Mitsugu Araki; Masashi Yoshimura; Narutoshi Kamiya; Masahiro Ono; Hideo Saji; Yasushi Okuno

  ACS Chemical Neuroscience, 16 May 2018, Peer-reviewed

  
• Clinical characterization and in silico drug sensitivity prediction model of rare EGFR mutations in non-small cell lung cancer

  Shinnosuke Ikemura; Hiroyuki Yasuda; Shingo Matsumoto; Mayumi Kamada; Junko Hamamoto; Tomoko Betsuyaku; Yasushi Okuno; Koichi Goto; Katsuya Tsuchihara; Kenzo Soejima

  JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY, May 2018

  
• Artificial intelligence in drug discovery

  Takeshi Fujiwara; Mayumi Kamada; Yasushi Okuno

  Japanese Journal of Cancer and Chemotherapy, Apr. 2018, Peer-reviewed

  
• Association between homologous recombination repair gene mutations and response to oxaliplatin in pancreatic cancer

  Tomohiro Kondo; Masashi Kanai; Tadayuki Kou; Tomohiro Sakuma; Hiroaki Mochizuki; Mayumi Kamada; Masahiko Nakatsui; Norimitsu Uza; Yuzo Kodama; Toshihiko Masui; Kyoichi Takaori; Shigemi Matsumoto; Hidehiko Miyake; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  Oncotarget, Apr. 2018, Peer-reviewed

  
• Machine learning accelerates MD-based binding pose prediction between ligands and proteins

  Kei Terayama; Hiroaki Iwata; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno; Koji Tsuda

  Bioinformatics, 01 Mar. 2018, Peer-reviewed

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• Molecular Mechanism of Resistance to Kinase Inhibitors Clarified by a Binding Free Energy Computation Method and Its Improvement by Incorporating Protein Flexibility

  Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  BIOPHYSICAL JOURNAL, Feb. 2018, Peer-reviewed

  
• Big data change cancer research

  Yasushi Okuno; Tatsuhiko Tsunoda

  CANCER SCIENCE, Jan. 2018, Peer-reviewed

  
• Novel inhibitor candidates of TRPV2 prevent damage of dystrophic myocytes and ameliorate against dilated cardiomyopathy in a hamster model

  Yuko Iwata; Yoshimi Katayama; Yasushi Okuno; Shigeo Wakabayashi

  Oncotarget, 2018, Peer-reviewed

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• A Platform for Comprehensive Genomic Profiling in Human Cancers and Pharmacogenomics Therapy Selection

  Tadayuki Kou; Masashi Kanai; Mayumi Kamada; Masahiko Nakatsui; Shigemi Matsumoto; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  Methods in Molecular Biology, 2018, Peer-reviewed

  
• Adjuvant chemotherapy improves survival of patients with high-risk upper urinary tract urothelial carcinoma: A propensity score-matched analysis

  Kazutoshi Fujita; Kei Taneishi; Teruo Inamoto; Yu Ishizuya; Shingo Takada; Masao Tsujihata; Go Tanigawa; Noriko Minato; Shigeaki Nakazawa; Tsuyoshi Takada; Toshichika Iwanishi; Motohide Uemura; Yasushi Okuno; Haruhito Azuma; Nonomura Norio

  BMC Urology, 01 Dec. 2017, Peer-reviewed

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• Exome Sequencing Landscape Analysis in Ovarian Clear Cell Carcinoma Shed Light on Key Chromosomal Regions and Mutation Gene Networks

  Ryusuke Murakami; Noriomi Matsumura; J. B. Brown; Koichiro Higasa; Takanobu Tsutsumi; Mayumi Kamada; Hisham Abou-Taleb; Yuko Hosoe; Sachiko Kitamura; Ken Yamaguchi; Kaoru Abiko; Junzo Hamanishi; Tsukasa Baba; Masafumi Koshiyama; Yasushi Okuno; Ryo Yamada; Fumihiko Matsuda; Ikuo Konishi; Masaki Mandai

  American Journal of Pathology, Oct. 2017, Peer-reviewed

  
• Relationships Between Quantitative Pulse-Echo Ultrasound Parameters from the Superficial Zone of the Human Articular Cartilage and Changes in Surface Roughness, Collagen Content or Collagen Orientation Caused by Early Degeneration

  Wataru Kiyan; Akira Ito; Yasuaki Nakagawa; Shogo Mukai; Koji Mori; Tatsuo Arai; Eiichiro Uchino; Yasushi Okuno; Hiroshi Kuroki

  Ultrasound in Medicine and Biology, Aug. 2017, Peer-reviewed

  
• Development and validation of a set of six adaptable prognosis prediction (SAP) models based on time-series real-world big data analysis for patients with cancer receiving chemotherapy: A multicenter case crossover study

  Yu Uneno; Kei Taneishi; Masashi Kanai; Kazuya Okamoto; Yosuke Yamamoto; Akira Yoshioka; Shuji Hiramoto; Akira Nozaki; Yoshitaka Nishikawa; Daisuke Yamaguchi; Teruko Tomono; Masahiko Nakatsui; Mika Baba; Tatsuya Morita; Shigemi Matsumoto; Tomohiro Kuroda; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  PLoS ONE, Aug. 2017, Peer-reviewed

  
• Clinical sequencing using a next-generation sequencing-based multiplex gene assay in patients with advanced solid tumors

  Tadayuki Kou; Masashi Kanai; Yoshihiro Yamamoto; Mayumi Kamada; Masahiko Nakatsui; Tomohiro Sakuma; Hiroaki Mochizuki; Akinori Hiroshima; Aiko Sugiyama; Eijiro Nakamura; Hidehiko Miyake; Sachiko Minamiguchi; Kyoichi Takaori; Shigemi Matsumoto; Hironori Haga; Hiroshi Seno; Shinji Kosugi; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  Cancer Science, Jul. 2017, Peer-reviewed

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• Genetic regulation of the RUNX transcription factor family has antitumor effects

  Ken Morita; Kensho Suzuki; Shintaro Maeda; Akihiko Matsuo; Yoshihide Mitsuda; Chieko Tokushige; Gengo Kashiwazaki; Junichi Taniguchi; Rina Maeda; Mina Noura; Masahiro Hirata; Tatsuki Kataoka; Ayaka Yano; Yoshimi Yamada; Hiroki Kiyose; Mayu Tokumasu; Hidemasa Matsuo; Sunao Tanaka; Yasushi Okuno; Manabu Muto; Kazuhito Naka; Kosei Ito; Toshio Kitamura; Yasufumi Kaneda; Paul P. Liu; Toshikazu Bando; Souichi Adachi; Hiroshi Sugiyama; Yasuhiko Kamikubo

  Journal of Clinical Investigation, 30 Jun. 2017, Peer-reviewed

  
• Accurate Prediction of Complex Structure and Affinity for a Flexible Protein Receptor and Its Inhibitor

  Gert Jan Bekker; Narutoshi Kamiya; Mitsugu Araki; Ikuo Fukuda; Yasushi Okuno; Haruki Nakamura

  Journal of Chemical Theory and Computation, 13 Jun. 2017, Peer-reviewed

  
• 高齢者に対する適正医療の推進のためのエビデンスと診療のギャップの解析 レセプト情報・特定健診等情報データベース(NDB)の活用対策の検討(Analysis of the evidence-practice gap to facilitate proper medical care for the elderly: investigation, using databases, of utilization measures for National Database of Health Insurance Claims and Specific Health Checkups of Japan(NDB))

  Nakayama Takeo; Imanaka Yuichi; Okuno Yasushi; Kato Genta; Kuroda Tomohiro; Goto Rei; Tanaka Shiro; Tamura Hiroshi; Fukuhara Shunichi; Fukuma Shingo; Muto Manabu; Yanagita Motoko; Yamamoto Yosuke; Funakoshi T; Goto Y; Goto E; Hanaki S; Ikenoue T; Iwao T; Kawakami K; Kondo N; Kunisawa S; Mori Y; Nakatsui M; Neff Y; Ohtera S; Okamoto K; Otsubo T; Saito H; Saito Y; Sakai M; Sato I; Seto K; Shimizu S; Takahashi Y; Yamashita K; Yoshida S; BiDAME:Big Data Analysis of Medical Care for the Elderly in Kyoto

  Environmental Health and Preventive Medicine, Jun. 2017

  
• Association between UGT1A1*28*28 genotype and lung cancer in the Japanese population

  Yoshitaka Nishikawa; Masashi Kanai; Maiko Narahara; Akiko Tamon; J. B. Brown; Kei Taneishi; Masahiko Nakatsui; Kazuya Okamoto; Yu Uneno; Daisuke Yamaguchi; Teruko Tomono; Yukiko Mori; Shigemi Matsumoto; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  International Journal of Clinical Oncology, Apr. 2017, Peer-reviewed

  
• Brigatinib combined with anti-EGFR antibody overcomes osimertinib resistance in EGFR-mutated non-small-cell lung cancer

  Ken Uchibori; Naohiko Inase; Mitsugu Araki; Mayumi Kamada; Shigeo Sato; Yasushi Okuno; Naoya Fujita; Ryohei Katayama

  Nature Communications, 13 Mar. 2017, Peer-reviewed

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• Impact of BRCAness on the efficacy of oxaliplatin-based chemotherapy in patients with unresectable pancreatic cancer.

  Tomohiro Kondo; Masashi Kanai; Tadayuki Kou; Tomohiro Sakuma; Hiroaki Mochizuki; Mayumi Kamada; Masahiko Nakatsui; Norimitsu Uza; Yuzo Kodama; Toshihiko Masui; Kyoichi Takaori; Shigemi Matsumoto; Hidehiko Miyake; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY, Feb. 2017, Peer-reviewed

  
• CGBVS-DNN: Prediction of Compound-protein Interactions Based on Deep Learning

  Masatoshi Hamanaka; Kei Taneishi; Hiroaki Iwata; Jun Ye; Jianguo Pei; Jinlong Hou; Yasushi Okuno

  Molecular Informatics, 01 Jan. 2017, Peer-reviewed

  
• De novo Drug Design – Ye olde Scoring Problem Revisited

  Gisbert Schneider; Kimito Funatsu; Yasushi Okuno; Dave Winkler

  Molecular Informatics, 01 Jan. 2017, Peer-reviewed

  
• In silico approaches accelerate reverse translational research from bedside to bench

  Yasushi Okuno

  Yakugaku Zasshi, 2017, Peer-reviewed

  
• In silico drug discovery by supercomputer “K”

  Masahiko Nakatsui; Mayumi Kamada; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  Folia Pharmacologica Japonica, 2017, Peer-reviewed

  
• Analysis of the evidence-practice gap to facilitate proper medical care for the elderly: Investigation, using databases, of utilization measures for National Database of Health Insurance Claims and Specific Health Checkups of Japan (NDB)

  Takeo Nakayama; Yuichi Imanaka; Yasushi Okuno; Genta Kato; Tomohiro Kuroda; Rei Goto; Shiro Tanaka; Hiroshi Tamura; Shunichi Fukuhara; Shingo Fukuma; Manabu Muto; Motoko Yanagita; Yosuke Yamamoto; T. Funakoshi; Y. Goto; E. Goto; N. Hanaki; S. Hiragi; T. Ikenoue; T. Iwao; K. Kawakami; N. Kondo; S. Kunisawa; Y. Mori; M. Nakatsui; Y. Neff; S. Ohtera; K. Okamoto; T. Otsubo; H. Saito; Y. Saito; M. Sakai; I. Sato; K. Seto; S. Shimizu; Y. Takahashi; K. Yamashita; S. Yoshida

  Environmental Health and Preventive Medicine, 2017, Peer-reviewed

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• The Effect of Conformational Flexibility on Binding Free Energy Estimation between Kinases and Their Inhibitors

  Mitsugu Araki; Narutoshi Kamiya; Miwa Sato; Masahiko Nakatsui; Takatsugu Hirokawa; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 27 Dec. 2016, Peer-reviewed

  
• Implementation of clinical sequencing using a comprehensive gene panel (OncoPrime (TM))

  Masashi Kanai; Tadayuki Kou; Tomohiro Sakuma; Hiroaki Mochizuki; Mayumi Kamada; Masashiko Nakatsui; Shigemi Matsumoto; Hidehiko Miyake; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  ANNALS OF ONCOLOGY, Jul. 2016, Peer-reviewed

  
• The possibility of clinical sequencing in the management of cancer

  Tadayuki Kou; Masashi Kanai; Shigemi Matsumoto; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  Japanese Journal of Clinical Oncology, May 2016, Peer-reviewed

  
• UGT1A1 遺伝子多型と肺癌のリスクに関する研究

  西川佳孝; 金井雅史; 奈良原舞子; 種石慶; 岡本和也; 釆野優; 森由希子; 松本繁巳; 奥野恭史; 武藤学

  医学生・研修医の日本内科学会ことはじめ 2016 東京 プログラム・抄録集, Apr. 2016, Peer-reviewed

  
• ALDH2 modulates autophagy flux to regulate acetaldehyde-mediated toxicity thresholds

  Kikuchi O; Ohashi S; Nakai Y; Nakagawa S; Matsuoka K; Kobunai T; Takechi T; Amanuma Y; Yoshioka M; Ida T; Yamamoto Y; Okuno Y; Miyamoto S; Nakagawa H; Matsubara K; Chiba T; Muto M

  Am J Cancer Res, Mar. 2016, Peer-reviewed

  
• Drug discovery in big data era

  Yasushi Okuno

  JOURNAL OF PHARMACOLOGICAL SCIENCES, Mar. 2016, Peer-reviewed

  
• Antipsychotics-associated serious adverse events in children: An analysis of the faers database

  Goji Kimura; Kaori Kadoyama; J. B. Brown; Tsutomu Nakamura; Ikuya Miki; Kohshi Nisiguchi; Toshiyuki Sakaeda; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 01 Jan. 2015, Peer-reviewed

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• Novel 5-fluorouracil-resistant human esophageal squamous cell carcinoma cells with dihydropyrimidine dehydrogenase overexpression

  Osamu Kikuchi; Shinya Ohashi; Yukie Nakai; Shunsaku Nakagawa; Kazuaki Matsuoka; Takashi Kobunai; Teiji Takechi; Yusuke Amanuma; Masahiro Yoshioka; Tomomi Ida; Yoshihiro Yamamoto; Yasushi Okuno; Shin'ichi Miyamoto; Hiroshi Nakagawa; Kazuo Matsubara; Tsutomu Chiba; Manabu Muto

  American Journal of Cancer Research, 2015, Peer-reviewed

  
• Tivantinib (ARQ 197) exhibits antitumor activity by directly interacting with tubulin and overcomes ABC transporter-mediated drug resistance

  Aki Aoyama; Ryohei Katayama; Tomoko Oh-hara; Shigeo Sato; Yasushi Okuno; Naoya Fujita

  Molecular Cancer Therapeutics, 01 Dec. 2014, Peer-reviewed

  
• Two novel ALK mutations mediate acquired resistance to the next-generation ALK inhibitor alectinib

  Ryohei Katayama; Luc Friboulet; Sumie Koike; Elizabeth L. Lockerman; Tahsin M. Khan; Justin F. Gainor; A. John Iafrate; Kengo Takeuchi; Makoto Taiji; Yasushi Okuno; Naoya Fujita; Jeffrey A. Engelman; Alice T. Shaw

  Clinical Cancer Research, 15 Nov. 2014, Peer-reviewed

  
• Reliable pre-eclampsia pathways based on multiple independent microarray data sets

  Kaoru Kawasaki; Eiji Kondoh; Yoshitsugu Chigusa; Mari Ujita; Ryusuke Murakami; Haruta Mogami; J. B. Brown; Yasushi Okuno; Ikuo Konishi

  Molecular Human Reproduction, 27 Aug. 2014, Peer-reviewed

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• Constructing a foundational platform driven by Japan's K supercomputer for next-generation drug design

  J. B. Brown; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  Molecular Informatics, 17 Jul. 2014, Peer-reviewed

  
• Computational chemogenomics: Is it more than inductive transfer?

  J. B. Brown; Yasushi Okuno; Gilles Marcou; Alexandre Varnek; Dragos Horvath

  Journal of Computer-Aided Molecular Design, Jun. 2014, Peer-reviewed

  
• Commonality of drug-associated adverse events detected by 4 commonly used data mining algorithms

  Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Keiko Minami; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 15 Mar. 2014, Peer-reviewed

  
• Cholinesterase inhibitors and pisa syndrome: A pharmacovigilance study

  Anthony S. Zannas; Yasushi Okuno; P. Murali Doraiswamy

  Pharmacotherapy, Mar. 2014, Peer-reviewed

  
• Histamine synthesis is required for granule maturation in murine mast cells

  Shunsuke Nakazawa; Mariko Sakanaka; Kazuyuki Furuta; Mayuko Natsuhara; Hirotsugu Takano; Soken Tsuchiya; Yasushi Okuno; Hiroshi Ohtsu; Masahiro Nishibori; Robin L. Thurmond; Noriyasu Hirasawa; Kazuhisa Nakayama; Atsushi Ichikawa; Yukihiko Sugimoto; Satoshi Tanaka

  European Journal of Immunology, Jan. 2014, Peer-reviewed

  
• Quantitative evaluation of initial symptoms as predictors to detect adverse drug reactions using bayes' theory: Expansion and evaluation of drug-adverse drug reaction-initial symptom combinations using adverse event reporting system database

  Daisuke Kobayashi; Shigeru Hosaka; Emiko Inoue; Kimie Ohshima; Nobuaki Kutsuma; Shinji Oshima; Yasushi Okuno

  Biological and Pharmaceutical Bulletin, Dec. 2013, Peer-reviewed

  
• On computational complexity of graph inference from counting

  Szilárd Zsolt Fazekas; Hiro Ito; Yasushi Okuno; Shinnosuke Seki; Kei Taneishi

  Natural Computing, Dec. 2013, Peer-reviewed

  
• Electroconvulsive seizure-induced changes in gene expression in the mouse hypothalamic paraventricular nucleus

  Mari Sakaida; Mamiko Sukeno; Yuhki Imoto; Soken Tsuchiya; Yukihiko Sugimoto; Yasushi Okuno; Eri Segi-Nishida

  Journal of Psychopharmacology, Nov. 2013, Peer-reviewed

  
• Electroconvulsive seizures activate anorexigenic signals in the ventromedial nuclei of the hypothalamus

  Eri Segi-Nishida; Mamiko Sukeno; Yuki Imoto; Toshihiko Kira; Mari Sakaida; Soken Tsuchiya; Yukihiko Sugimoto; Yasushi Okuno

  Neuropharmacology, Aug. 2013, Peer-reviewed

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• Chemical genomics approach for GPCR-ligand interaction prediction and extraction of ligand binding determinants

  Akira Shiraishi; Satoshi Niijima; J. B. Brown; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 24 Jun. 2013, Peer-reviewed

  
• Mice genetically deficient in vasopressin V1a and V1b receptors are resistant to jet lag

  Yoshiaki Yamaguchi; Toru Suzuki; Yasutaka Mizoro; Hiroshi Kori; Kazuki Okada; Yulin Chen; Jean Michel Fustin; Fumiyoshi Yamazaki; Naoki Mizuguchi; Jing Zhang; Xin Dong; Gozoh Tsujimoto; Yasushi Okuno; Masao Doi; Hitoshi Okamura

  Science, 2013, Peer-reviewed

  
• A survey of the FAERS database concerning the adverse event profiles of α1-adrenoreceptor blockers for lower urinary tract symptoms

  Koji Yoshimura; Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yoshio Sugino; Osamu Ogawa; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2013, Peer-reviewed

  
• On the behavior of tile assembly system at high temperatures

  Shinnosuke Seki; Yasushi Okuno

  Computability, 2013, Peer-reviewed

  
• Aspirin- and clopidogrel-associated bleeding complications: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS

  Takao Tamura; Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 25 Jul. 2012, Peer-reviewed

  
• Toxicogenomic multigene biomarker for predicting the future onset of proximal tubular injury in rats

  Yohsuke Minowa; Chiaki Kondo; Takeki Uehara; Yuji Morikawa; Yasushi Okuno; Noriyuki Nakatsu; Atsushi Ono; Toshiyuki Maruyama; Ikuo Kato; Jyoji Yamate; Hiroshi Yamada; Yasuo Ohno; Tetsuro Urushidani

  Toxicology, 16 Jul. 2012, Peer-reviewed

  
• Adverse event profile of tigecycline: Data mining of the public version of the U.S. Food and Drug Administration adverse event reporting system

  Kaori Kadoyama; Toshiyuki Sakaeda; Akiko Tamon; Yasushi Okuno

  Biological and Pharmaceutical Bulletin, Jun. 2012, Peer-reviewed

  
• Dissecting kinase profiling data to predict activity and understand cross-reactivity of kinase inhibitors

  Satoshi Niijima; Akira Shiraishi; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, Apr. 2012, Peer-reviewed

  
• Cbx2, a polycomb group gene, is required for Sry gene expression in mice

  Yuko Katoh-Fukui; Kanako Miyabayashi; Tomoko Komatsu; Akiko Owaki; Takashi Baba; Yuichi Shima; Tomohide Kidokoro; Yoshiakira Kanai; Andreas Schedl; Dagmar Wilhelm; Peter Koopman; Yasushi Okuno; Ken Ichirou Morohashi

  Endocrinology, Feb. 2012, Peer-reviewed

  
• Adverse event profiles of 5-fluorouracil and Capecitabine: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS, and reproducibility of clinical observations

  Kaori Kadoyama; Ikuya Miki; Takao Tamura; J. B. Brown; Toshiyuki Sakaeda; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2012, Peer-reviewed

  
• Omeprazole- and esomeprazole-associated hypomagnesaemia:Data mining of the public version of the fda adverse event reporting system

  Takao Tamura; Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2012, Peer-reviewed

  
• In silico drug discovery using multiple compound-protein interactions

  Yasushi Okuno

  JOURNAL OF PHARMACOLOGICAL SCIENCES, 2012, Peer-reviewed

  
• Chemogenomic approach to comprehensive predictions of ligand-target interactions: A comparative study.

  J. B. Brown; Satoshi Niijima; Akira Shiraishi; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  2012 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE WORKSHOPS (BIBMW), 2012, Peer-reviewed

  
• Statin-associated muscular and renal adverse events: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system

  Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  PLoS ONE, 20 Nov. 2011, Peer-reviewed

  
• Quantitative transcriptomic profiling of branching in a glycosphingolipid biosynthetic pathway

  Hiromu Takematsu; Harumi Yamamoto; Yuko Naito-Matsui; Reiko Fujinawa; Kouji Tanaka; Yasushi Okuno; Yoshimasa Tanaka; Mamoru Kyogashima; Reiji Kannagi; Yasunori Kozutsumi

  Journal of Biological Chemistry, 05 Aug. 2011, Peer-reviewed

  
• α-Mangostin extracted from the pericarp of the mangosteen (Garcinia mangostana Linn) reduces tumor growth and lymph node metastasis in an immunocompetent xenograft model of metastatic mammary cancer carrying a p53 mutation

  Masa Aki Shibata; Munekazu Iinuma; Junji Morimoto; Hitomi Kurose; Kanako Akamatsu; Yasushi Okuno; Yukihiro Akao; Yoshinori Otsuki

  BMC Medicine, 03 Jun. 2011, Peer-reviewed

  
• Cross-target view to feature selection: Identification of molecular interaction features in ligand-target space

  Satoshi Niijima; Hiroaki Yabuuchi; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 24 Jan. 2011, Peer-reviewed

  
• Analysis of multiple compound-protein interactions reveals novel bioactive molecules

  Hiroaki Yabuuchi; Satoshi Niijima; Hiromu Takematsu; Tomomi Ida; Takatsugu Hirokawa; Takafumi Hara; Teppei Ogawa; Yohsuke Minowa; Gozoh Tsujimoto; Yasushi Okuno

  Molecular Systems Biology, 2011, Peer-reviewed

  
• Hypersensitivity reactions to anticancer agents: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS

  Kaori Kadoyama; Akiko Kuwahara; Motohiro Yamamori; J. B. Brown; Toshiyuki Sakaeda; Yasushi Okuno

  Journal of Experimental and Clinical Cancer Research, 2011, Peer-reviewed

  
• Platinum agent-induced hypersensitivity reactions: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS

  Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Hiroaki Yabuuchi; Satoshi Niijima; Kyoko Seki; Yukinari Shiraishi; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2011, Peer-reviewed

  
• Adverse event profiles of platinum agents: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS, and reproducibility of clinical observations

  Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2011, Peer-reviewed

  
• Abnormal epithelial cell polarity and ectopic Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) expression induced in Emx2 KO Embryonic Gonads

  Masatomo Kusaka; Yuko Katoh-Fukui; Hidesato Ogawa; Kanako Miyabayashi; Takashi Baba; Yuichi Shima; Noriyuki Sugiyama; Yukihiko Sugimoto; Yasushi Okuno; Ryuji Kodama; Akiko Iizuka-Kogo; Takao Senda; Toshikuni Sasaoka; Kunio Kitamura; Shinichi Aizawa; Ken Ichirou Morohashi

  Endocrinology, Dec. 2010, Peer-reviewed

  
• A novel chemogenomics analysis of G protein-coupled receptors (GPCRs) and their ligands: A potential strategy for receptor de-orphanization

  Eelke van der Horst; Julio E. Peironcely; Adriaan P. IJzerman; Margot W. Beukers; Jonathan R. Lane; Herman W.T. van Vlijmen; Michael T.M. Emmerich; Yasushi Okuno; Andreas Bender

  BMC Bioinformatics, 10 Jun. 2010, Peer-reviewed

  
• Expression profiling of cumulus cells reveals functional changes during ovulation and central roles of prostaglandin EP2 receptor in cAMP signaling

  Shigero Tamba; Rieko Yodoi; Kazushi Morimoto; Tomoaki Inazumi; Mamiko Sukeno; Eri Segi-Nishida; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Shuh Narumiya; Yukihiko Sugimoto

  Biochimie, Jun. 2010, Peer-reviewed

  
• A reverse transcriptase stop assay revealed diverse quadruplex formations in UTRs in mRNA

  Masaki Hagihara; Keisuke Yoneda; Hiroaki Yabuuchi; Yasushi Okuno; Kazuhiko Nakatani

  Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, Apr. 2010, Peer-reviewed

  
• Design, synthesis, evaluation and QSAR analysis of N¹-substituted norcymserine derivatives as selective butyrylcholinesterase inhibitors

  Jun Takahashi; Ichiro Hijikuro; Takeshi Kihara; Modachur G. Murugesh; Shinichiro Fuse; Ryo Kunimoto; Yoshinori Tsumura; Akinori Akaike; Tetsuhiro Niidome; Yasushi Okuno; Takashi Takahashi; Hachiro Sugimoto

  Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 01 Mar. 2010, Peer-reviewed

  
• Identification of EP4 as a potential target for the treatment of castration-resistant prostate cancer using a novel xenograft model

  Naoki Terada; Yosuke Shimizu; Tomomi Kamba; Takahiro Inoue; Atsushi Maeno; Takashi Kobayashi; Eijiro Nakamura; Toshiyuki Kamoto; Toshiya Kanaji; Takayuki Maruyama; Yoshiki Mikami; Yoshinobu Toda; Toshiyuki Matsuoka; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Shuh Narumiya; Osamu Ogawa

  Cancer Research, 15 Feb. 2010, Peer-reviewed

  
• Salt-sensitive hypertension in circadian clock-deficient Cry-null mice involves dysregulated adrenal Hsd3b6

  Masao Doi; Yukari Takahashi; Rie Komatsu; Fumiyoshi Yamazaki; Hiroyuki Yamada; Shogo Haraguchi; Noriaki Emoto; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Akihiro Kanematsu; Osamu Ogawa; Takeshi Todo; Kazuyoshi Tsutsui; Gijsbertus T.J. Van Der Horst; Hitoshi Okamura

  Nature Medicine, Jan. 2010, Peer-reviewed

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• Gene profiles of electroconvulsive seizures in the mouse paraventricular nucleus of hypothalamus

  Eri Segi Nishida; Mari Sakaida; Soken Tsuchiya; Yukihiko Sugimoto; Yasushi Okuno

  NEUROSCIENCE RESEARCH, 2010, Peer-reviewed

  
• Identification of genomic biomarkers for concurrent diagnosis of drug-induced renal tubular injury using a large-scale toxicogenomics database

  Chiaki Kondo; Yohsuke Minowa; Takeki Uehara; Yasushi Okuno; Noriyuki Nakatsu; Atsushi Ono; Toshiyuki Maruyama; Ikuo Kato; Jyoji Yamate; Hiroshi Yamada; Yasuo Ohno; Tetsuro Urushidani

  Toxicology, 09 Nov. 2009, Peer-reviewed

  
• Laplacian linear discriminant analysis approach to unsupervised feature selection

  Satoshi Niijima; Yasushi Okuno

  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Oct. 2009, Peer-reviewed

  Access this paper :

  
• GEM-TREND: A web tool for gene expression data mining toward relevant network discovery

  Chunlai Feng; Michihiro Araki; Ryo Kunimoto; Akiko Tamon; Hiroki Makiguchi; Satoshi Niijima; Gozoh Tsujimoto; Yasushi Okuno

  BMC Genomics, 03 Sep. 2009, Peer-reviewed

  
• Identification of novel microRNA targets based on microRNA signatures in bladder cancer

  Takahiro Ichimi; Hideki Enokida; Yasushi Okuno; Ryo Kunimoto; Takeshi Chiyomaru; Ken Kawamoto; Kazuya Kawahara; Kazuki Toki; Kazumori Kawakami; Kenryu Nishiyama; Gozoh Tsujimoto; Masayuki Nakagawa; Naohiko Seki

  International Journal of Cancer, 15 Jul. 2009, Peer-reviewed

  
• Substructure mining of GPCR ligands reveals activity-class specific functional groups in an unbiased manner

  Eelke Van Der Horst; Yasushi Okuno; Andreas Bender; Adriaan P. IJzerman

  Journal of Chemical Information and Modeling, 23 Feb. 2009, Peer-reviewed

  
• Characterization of gene expression profiles for different types of mast cells pooled from mouse stomach subregions by an RNA amplification method

  Soken Tsuchiya; Yuki Tachida; Eri Segi-Nishida; Yasushi Okuno; Shigero Tamba; Gozoh Tsujimoto; Satoshi Tanaka; Yukihiko Sugimoto

  BMC Genomics, 20 Jan. 2009, Peer-reviewed

  
• MicroRNA-338-3p and microRNA-451 contribute to the formation of basolateral polarity in epithelial cells

  Soken Tsuchiya; Masahito Oku; Yukako Imanaka; Ryo Kunimoto; Yasushi Okuno; Kazuya Terasawa; Fumiaki Sato; Gozoh Tsujimoto; Kazuharu Shimizu

  Nucleic Acids Research, 2009, Peer-reviewed

  
• Global correlation analysis for micro-RNA and mRNA expression profiles in human cell lines

  Yoshinao Ruike; Atsuhiko Ichimura; Soken Tsuchiya; Kazuharu Shimizu; Ryo Kunimoto; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto

  Journal of Human Genetics, Jun. 2008, Peer-reviewed

  
• Secreted CXCL1 Is a potential mediator and marker of the tumor invasion of bladder cancer

  Hiroaki Kawanishi; Yoshiyuki Matsui; Masaaki Ito; Jun Watanabe; Takeshi Takahashi; Koji Nishizawa; Hiroyuki Nishiyama; Toshiyuki Kamoto; Yoshiki Mikami; Yoshinori Tanaka; Giman Jung; Hideo Akiyama; Hitoshi Nobumasa; Parry Guilford; Anthony Reeve; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Eijiro Nakamura; Osamu Ogawa

  Clinical Cancer Research, 01 May 2008, Peer-reviewed

  
• Establishment of the culture model system that reflects the process of terminal differentiation of connective tissue-type mast cells

  Hirotsugu Takano; Shunsuke Nakazawa; Yasushi Okuno; Naritoshi Shirata; Sohken Tsuchiya; Takayuki Kainoh; Seigoh Takamatsu; Kazuyuki Furuta; Yoshitaka Taketomi; Yuko Naito; Hiromu Takematsu; Yasunori Kozutsumi; Gozoh Tsujimoto; Makoto Murakami; Ichiro Kudo; Atsushi Ichikawa; Kazuhisa Nakayama; Yukihiko Sugimoto; Satoshi Tanaka

  FEBS Letters, Apr. 2008, Peer-reviewed

  
• New progressing crystallization technology of membrane protein and introduction of pharamaceutical innovation value chain

  Tsuyoshi Inoue; Hiroaki Adachi; Satoshi Murakami; Kazufumi Takano; Hiroyoshi Matsumura; Yusuke Mori; Yoshifumi Fukunishi; Haruki Nakamura; Takayoshi Kinoshita; Isao Nakanishi; Yasushi Okuno; Satoshi Minakata; Shinji Shimojo; Tsuneaki Sakata

  Yakugaku Zasshi, Apr. 2008, Peer-reviewed

  
• Compound-transporter interaction studies using canonical correlation analysis

  Masato Kitajima; Yohsuke Minowa; Hideo Matsuda; Yasushi Okuno

  Chem-Bio Informatics Journal, 12 Jan. 2008, Peer-reviewed

  
• GLIDA: GPCR - Ligand database for chemical genomics drug discovery - Database and tools update

  Yasushi Okuno; Akiko Tamon; Hiroaki Yabuuchi; Satoshi Niijima; Yohsuke Minowa; Koichiro Tonomura; Ryo Kunimoto; Chunlai Feng

  Nucleic Acids Research, Jan. 2008, Peer-reviewed

  
• Correlation index-based responsible-enzyme gene screening (CIRES), a novel DNA microarray-based method for enzyme gene involved in glycan biosynthesis

  Harumi Yamamoto; Hiromu Takematsu; Reiko Fujinawa; Yuko Naito; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Akemi Suzuki; Yasunori Kozutsumi

  PLoS ONE, 28 Nov. 2007, Peer-reviewed

  
• Abnormal features in mutant cerebellar Purkinje cells lacking junctophilins

  Atsushi Ikeda; Taisuke Miyazaki; Sho Kakizawa; Yasushi Okuno; Soken Tsuchiya; Akira Myomoto; Shin ya Saito; Tetsuji Yamamoto; Tetsuo Yamazaki; Masamitsu Iino; Gozoh Tsujimoto; Masahiko Watanabe; Hiroshi Takeshima

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 23 Nov. 2007, Peer-reviewed

  
• Augmentation of drug-induced cell death by ER protein BRI3BP

  Tetsuo Yamazaki; Nozomi Sasaki; Miyuki Nishi; Daiju Yamazaki; Atsushi Ikeda; Yasushi Okuno; Shinji Komazaki; Hiroshi Takeshima

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 03 Nov. 2007, Peer-reviewed

  
• Germinal center marker GL7 probes activation-dependent repression of N-glycolylneuraminic acid, a sialic acid species involved in the negative modulation of B-cell activation

  Yuko Naito; Hiromu Takematsu; Susumu Koyama; Shizu Miyake; Harumi Yamamoto; Reiko Fujinawa; Manabu Sugai; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Toshiyuki Yamaji; Yasuhiro Hashimoto; Shigeyoshi Itohara; Toshisuke Kawasaki; Akemi Suzuki; Yasunori Kozutsumi

  Molecular and Cellular Biology, Apr. 2007, Peer-reviewed

  
• Application of a new probabilistic model for mining implicit associated cancer genes from OMIM and Medline

  S. Zhu; Y. Okuno; G. Tsujimoto; H. Mamitsuka

  Cancer Informatics, Feb. 2007, Peer-reviewed

  
• Predicting implicit associated cancer genes from OMIM and MEDLINE by a new probabilistic model

  Shanfeng Zhu; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Hiroshi Mamitsuka

  BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2007, Peer-reviewed

  
• Altered gene expression of transcriptional regulatory factors in tumor marker-positive cells during chemically induced hepatocarcinogenesis

  Shigehiro Osada; Ayako Naganawa; Masashi Misonou; Soken Tsuchiya; Shigero Tamba; Yasushi Okuno; Jun ichi Nishikawa; Kimihiko Satoh; Masayoshi Imagawa; Gozoh Tsujimoto; Yukihiko Sugimoto; Tsutomu Nishihara

  Toxicology Letters, 01 Dec. 2006, Peer-reviewed

  
• GLIDA: GPCR-ligand database for chemical genomic drug discovery.

  Yasushi Okuno; Jiyoon Yang; Kei Taneishi; Hiroaki Yabuuchi; Gozoh Tsujimoto

  Nucleic acids research, 01 Jan. 2006, Peer-reviewed

  
• MicroRNA: Biogenetic and functional mechanisms and involvements in cell differentiation and cancer

  Soken Tsuchiya; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto

  Journal of Pharmacological Sciences, 2006, Peer-reviewed

  
• A probabilistic model for mining implicit 'chemical compound-gene' relations from literature

  Shanfeng Zhu; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Hiroshi Mamitsuka

  Bioinformatics, Sep. 2005, Peer-reviewed

  
• Prostaglandin E2 stimulates granulocyte colony-stimulating factor production via the prostanoid EP2 receptor in mouse peritoneal neutrophils

  Yukihiko Sugimoto; Yoko Fukada; Daisuke Mori; Satoshi Tanaka; Hana Yamane; Yasushi Okuno; Katsuya Deai; Soken Tsuchiya; Gozoh Tsujimoto; Atsushi Ichikawa

  Journal of Immunology, 15 Aug. 2005, Peer-reviewed

  
• Comprehensive analysis of the effect of phytoestrogen, daidzein, on a testicular cell line, using mRNA and protein expression profile

  Tetsuya Adachi; Yasushi Okuno; Shigeo Takenaka; Kazuyuki Matsuda; Naoki Ohta; Kyoka Takashima; Koji Yamazaki; Daisuke Nishimura; Kazutaka Miyatake; Chisato Mori; Gozoh Tsujimoto

  Food and Chemical Toxicology, Apr. 2005, Peer-reviewed

  
• Computational assignment of the EC numbers for genomic-scale analysis of enzymatic reactions

  Masaaki Kotera; Yasushi Okuno; Masahiro Hattori; Susumu Goto; Minoru Kanehisa

  Journal of the American Chemical Society, 22 Dec. 2004, Peer-reviewed

  
• Microarray evaluation of EP4 receptor-mediated prostaglandin E 2 suppression of 3T3-L1 adipocyte differentiation

  Yukihiko Sugimoto; Hiroaki Tsuboi; Yasushi Okuno; Shigero Tamba; Soken Tsuchiya; Gozo Tsujimoto; Atsushi Ichikawa

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 24 Sep. 2004, Peer-reviewed

  
• The KEGG resource for deciphering the genome

  Minoru Kanehisa; Susumu Goto; Shuichi Kawashima; Yasushi Okuno; Masahiro Hattori

  Nucleic Acids Research, 01 Jan. 2004, Peer-reviewed

  
• A Hierarchical Mixture of Markov Models for Finding Biologically Active Metabolic Paths Using Gene Expression and Protein Classes.

  Hiroshi Mamitsuka; Yasushi Okuno

  2004 IEEE COMPUTATIONAL SYSTEMS BIOINFORMATICS CONFERENCE, PROCEEDINGS, 2004, Peer-reviewed

  
• Development of a chemical structure comparison method for integrated analysis of chemical and genomic information in the metabolic pathways

  Masahiro Hattori; Yasushi Okuno; Susumu Goto; Minoru Kanehisa

  Journal of the American Chemical Society, 01 Oct. 2003, Peer-reviewed

  
• Common Features in Substrates of Multidrug Resistance Transporters

  Igarashi Yoshinobu; Okuno Yasushi; Hattori Masahiro; Goto Susumu; Kanehisa Minoru

  GI, 2003

  
• Statistical Significance of Tree Similarity Scores

  Aoki Kiyoko F.; Yamaguchi Atsuko; Okuno Yasushi; Akutsu Tatsuya; Ueda Nobuhisa; Kanehisa Minoru; Mamitsuka Hiroshi

  GI, 2003

  
• Mining biologically active patterns in metabolic pathways using microarray expression profiles.

  Hiroshi Mamitsuka; Yasushi Okuno; Atsuko Yamaguchi

  SIGKDD Explor., 2003, Peer-reviewed

  
• LIGAND: Database of chemical compounds and reactions in biological pathways

  Susumu Goto; Yasushi Okuno; Masahiro Hattori; Takaaki Nishioka; Minoru Kanehisa

  Nucleic Acids Research, 01 Jan. 2002, Peer-reviewed

  
• Improvement of the LIGAND Chemical Database

  Yamamoto Rumiko; Okuno Yasushi; Komeno Tomoko; Hattori Masahiro; Goto Susumu; Kanehisa Minoru

  GI, 2002

  
• Classification and Analysis of KEGG/REACTION Database

  Kotera Masaaki; Okuno Yasushi; Hattori Masahiro; Goto Susumu; Kanehisa Minoru

  GI, 2002

  
• The Construction and Analysis of the Multidrug Resistance Transporter Knowledge-Base

  Igarashi Yoshinobu; Okuno Yasushi; Goto Susumu; Kanehisa Minoru

  GI, 2002

  
• Coupling between substrate binding and allosteric regulation in ribozyme catalysis

  Michihiro Araki; Mie Hashima; Yasushi Okuno; Yukio Sugiura

  Bioorganic and Medicinal Chemistry, May 2001, Peer-reviewed

  
• Detecting Transcriptional cis-Regulation from Gene Expression Data

  Igarashi Yoshinobu; Okuno Yasushi; Vert Jean-Philippe; Kanehisa Minoru

  GI, 2001

  
• Artificial zinc finger peptide containing a novel his4 domain

  Yuichiro Hori; Kazuo Suzuki; Yasushi Okuno; Makoto Nagaoka; Shiroh Futaki; Yukio Sugiura

  Journal of the American Chemical Society, 16 Aug. 2000, Peer-reviewed

  
• Structural basis for reaction mechanism and drug delivery system of chromoprotein antitumor antibiotic C-1027

  Yasushi Okuno; Takashi Iwashita; Yukio Sugiura

  Journal of the American Chemical Society, 26 Jul. 2000, Peer-reviewed

  
• Allosteric regulation of a ribozyme activity through ligand-induced conformational change

  Michihiro Araki; Yasushi Okuno; Yuji Hara; Yukio Sugiura

  Nucleic Acids Research, 15 Jul. 1998, Peer-reviewed

  
• Selective cleavages of tRNA(Phe) with secondary and tertiary structures by enediyne antitumor antibiotics

  Yukio Sugiura; Ryuichi Totsuka; Michihiro Araki; Yasushi Okuno

  Bioorganic and Medicinal Chemistry, Jun. 1997, Peer-reviewed

  
• Interaction of C-1027 chromophore with d(GTATAC)2: A binding model based on NMR experiments

  Yasushi Okuno; Takashi Iwashita; Toshio Otani; Yukio Sugiura

  Journal of the American Chemical Society, 1996, Peer-reviewed

  
• RNA cleavage by C-1027 chromophore, an enediyne antitumor antibiotic: High selectivity to an anticodon arm

  Ryuichi Totsuka; Yasunori Aizawa; Motonari Uesugi; Yasushi Okuno; Takuyuki Matsumoto; Yukio Sugiura

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 1995, Peer-reviewed

  
• Computer Modeling Analysis for Enediyne Chromophore-Apoprotein Complex of Macromolecular Antitumor Antibiotic C-1027

  Yasushi Okuno; Masami Otsuka; Yukio Sugiura

  Journal of Medicinal Chemistry, 01 Jul. 1994, Peer-reviewed

  
• Specific interaction between a novel enediyne chromophore and apoprotein in macromolecular antitumor antibiotic C-1027

  Takuyuki Matsumoto; Yasushi Okuno; Yukio Sugiura

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 15 Sep. 1993, Peer-reviewed

  

Misc.

• CryoEM画像群から多様な分子構造変化を予測する生成A I

  山崎公裕; 和田裕一郎; 和田睦世; 河東孝; 德久淳師; 奥野恭史

  Medical Science Digest, Jan. 2025, Last author

  
• ［特別コラム］創薬プロセスを革新するDX基盤

  奥野恭史

  Dec. 2024, Lead author

  
• 臨床基盤モデル・マルチモーダル基盤モデルの現在地点

  戸﨑泰誠; 内野詠一郎; 奥野恭史

  実験医学, Dec. 2024, Last author

  
• AlphaFoldの革新と挑戦：生命科学への応用と未来への展望

  奥野恭史

  『化学』2024年12月号, Nov. 2024

  
• AI・シミュレーションが切り拓くドラッグリポジショニング

  松本篤幸; 岩田浩明; 奥野恭史

  月刊『細胞』2024年12月号, Nov. 2024

  
• 速く、安く、上手く コンピュータで薬をつくる

  奥野恭史

  京都大学 ビジュアルブック「KyotoU Future Commons」, Oct. 2024

  
• The AI Trends in Chemical Space for Drug Discovery

  Takuto Koyama; Yasushi Okuno

  Drug Development Supported by Informatics, Oct. 2024

  
• スーパーコンピュータ「富岳」を活用した創薬DX プラットフォーム開発

  奥野恭史; 徳久淳師; 千葉峻太朗; 井阪悠太; 岩田浩明; 大塚教雄; 鎌田真由美; 中澤麻衣

  スパコンと計算科学の産業利用事例集（FOCUS） , 第14号「スーパーコンピュータが創る身近な暮らしと未来社会」【健康・医療】, Apr. 2024

  
• AIによる生活習慣病の発症予測と予防戦略

  奥野恭史

  日本内科学会雑誌, Mar. 2024

  
• クローズアップ実験法：タンパク質立体構造予測AI 「富岳」版OpenFoldースパコンの多ノード性を活かしたハイスループット解析の実現

  奥野恭史; 徳久淳師; 大山洋介; 田渕晶大

  実験医学, Feb. 2024

  
• AIが画期的新薬を生み出す未来

  奥野恭史

  ファルマシア, Feb. 2024

  
• AIの臨床適用

  内野 詠一郎; 奥野 恭史

  BIO Clinica 2023年 11月号 医療におけるデジタルトランスフォーメーションの新展開, Oct. 2023

  
• 総論 COVID-19から学ぶシミュレーションの可能性

  奥野 恭史

  Precision Medicine 新型コロナウイルスとシミュレーション, Jan. 2023

  
• AIと高血圧

  糀谷泰彦; 小清水宏; 中村和貴; 奥野恭史

  日本臨牀, Jan. 2023

  
• 製剤処方設計AIの開発

  岩田浩明; 千葉峻太朗; 長谷川亜樹; 大田雅照; 奥野恭史

  月刊 PHARMSTAGE, Nov. 2022

  
• AI・シミュレーションによる薬剤開発の迅速化

  田中良尚; 松本篤幸; 奥野恭史

  実験医学, Oct. 2022

  
• ライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)

  奥野恭史

  別冊・医学のあゆみ, Jun. 2022

  
• スーパーコンピュータ「富岳」によるCOVID-19治療薬探索,特集：新興ウイルス感染症の早期予防・治療を目指して～COVID-19対策から考える～

  奥野 恭史

  日本薬理学雑誌, Mar. 2022

  
• 創薬におけるAIの活用

  奧野恭史

  先進医療 Navigator 『医療とAI最前線』, Feb. 2022

  
• 薬として使えそうな物質をAIが提案

  奧野恭史

  ニュートン別冊「ゼロからわかる人口知能 完全版」, Feb. 2022

  
• 日本人疾患バリアントデータベース MgeND

  鎌田真由美; 芦根怜; 峰晴陽平; 奧野恭史

  遺伝子医学, Jan. 2022

  
• 薬として使えそうな物質をAIが提案

  奧野恭史

  ニュートン別冊『ゼロからわかる人口知能』増補第2版, Jan. 2022

  
• A deep-learning-based system to diagnose tumor malignancy beyond classical morphological cytopathology techniques(和訳中)

  藤田 和利; 野島 聡; 寺山 慧; 中山 尭仁; 藤本 西蔵; 橋本 士; 安富 正悟; 清水 信貴; 吉村 一宏; 植村 天受; 奥野 恭史; 野々村 祝夫; 森井 英一

  日本泌尿器科学会総会, Dec. 2021

  
• これまでの創薬の”常識”をくつがえす新薬たち

  奧野恭史

  ニュートン別冊『くすりの科学知識 』, Nov. 2021

  
• 「AIによるAKI発症予測」

  櫻木実; 内野詠一郎; 佐藤憲明; 奧野恭史; 柳田素子

  腎臓内科, Oct. 2021

  
• ライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)

  奥野恭史

  医学のあゆみ, 07 Aug. 2021

  
• 医薬品開発におけるAI活用

  岩田浩明; 奥野恭史

  検査と技術, Jul. 2021

  
• An integrated database for Japanese clinical and genomic information: MGeND

  鎌田真由美; 中津井雅彦; 奥野恭史

  実験医学, May 2021

  
• 【小児外科医が学ぶ人工知能(AI)・情報伝達技術(ICT)】AIと創薬

  奥野 恭史

  小児外科, Apr. 2021

  
• Computer drug discovery that makes a leap forward in ”Fugaku”

  奥野恭史

  医学のあゆみ, Feb. 2021

  
• Application of artificial intelligence toward predictive medicine that enhances support for diagnosis and treatment

  奥野恭史

  月刊メディカル・サイエンス・ダイジェスト, 2021

  
• ダウン症候群の乳幼児の視線位置の特徴探索と発達の関連

  岡本麻里; 植田彰彦; 小島諒介; 毎原敏郎; 土屋賢治; 和田敬仁; 奥野恭史

  日本小児遺伝学会学術集会プログラム・抄録集, 2021

  
• 電子カルテデータを用いた機械学習によるAKI発症予測モデルの構築と検証

  内野詠一郎; 内野詠一郎; 佐藤憲明; 佐藤憲明; 櫻木実; 櫻木実; 玉田嘉紀; 山田博之; 山田博之; 柳田素子; 奥野恭史

  日本集中治療医学会学術集会(Web), 2021

  
• Complex network prediction using deep learning.

  Yoshihisa Tanaka; Ryosuke Kojima; Shoichi Ishida; Fumiyoshi Yamashita; Yasushi Okuno

  CoRR, 2021

  
• 尿路上皮ケラチン5発現細胞へのTrp53変異の誘導はマウス膀胱化学発癌モデルにおいてBasal squamousタイプの腫瘍形成を促進する

  小林 恭; 増田 憲彦; 村上 薫; 北 悠希; 濱田 彬弘; 鎌田 真由美; 寺本 祐記; 酒谷 徹; 松本 敬優; 佐野 剛視; 齋藤 亮一; 奥野 恭史; 小川 修

  日本癌学会総会記事, Oct. 2020

  
• 分子動力学シミュレーションを活用したRET意義不明変異に対するがん精密医療

  中奥 敬史; 田畑 潤哉; 荒木 望嗣; 奥野 恭史; 河野 隆志

  日本癌学会総会記事, Oct. 2020

  
• 【専門医はもういらない? せまりくるAI時代】医療における人工知能「AI」

  植田 彰彦; 小島 諒介; 山口 建; 濱西 潤三; 万代 昌紀; 奥野 恭史

  産婦人科の実際, May 2020

  
• 【AI、ICT】臨床データを用いた医療ビッグデータの解析と創薬への応用

  内野 詠一郎; 佐藤 憲明; 小島 諒介; 玉田 嘉紀; 柳田 素子; 奥野 恭史

  日本腎臓学会誌, Mar. 2020

  
• AI for Nephrology Using Electronic Medical Records

  Eiichiro Uchino; Yoshinori Tamada; Yasushi Okuno

  Proceedings for Annual Meeting of The Japanese Pharmacological Society, Mar. 2020

  
• AIと医療 データ主導型個別化医療と予測医療

  奥野 恭史; 小清水 宏; 鎌田 真由美; 玉田 嘉紀; 小島 諒介; 内野 詠一郎

  あいみっく, Feb. 2020

  
• 非構造化ドキュメントからの情報抽出のためのアノテーション・マニュアルキュレーションシステム

  中津井雅彦; 小島諒介; 岩田浩明; 奥野恭史

  言語処理学会年次大会発表論文集(Web), 2020

  
• 医薬品添付文書からの薬剤情報抽出システム

  小島諒介; 岩田浩明; 中津井雅彦; 奥野恭史

  言語処理学会年次大会発表論文集(Web), 2020

  
• 機械学習を利用した医療現場の退院時サマリ作成業務軽減に向けた試み

  早川龍雄; 内野詠一郎; 玉田嘉紀; 奥野恭史

  言語処理学会年次大会発表論文集(Web), 2020

  
• 岩木健康増進プロジェクトのビッグデータとSDGs

  中路重之; 奥野恭史

  日本医学放射線学会秋季臨床大会抄録集, 2020

  
• 健診ビッグデータのAI解析による疾患発症予測と応用に向けた取り組み

  内野詠一郎; 奥野恭史

  日本疲労学会誌, 2020

  
• 新薬創出を加速する症例データベースの構築・拡充/創薬ターゲット推定アルゴリズムの開発

  奥野恭史

  新薬創出を加速する症例データベースの構築・拡充/創薬ターゲット推定アルゴリズムの開発 令和元年度 総括研究報告書(Web), 2020

  
• Deep learningによる尿細胞診診断法の開発

  藤田和利; 藤田和利; 野島聡; 寺山慧; 下浦早英子; 日食祥子; 吉村一宏; 植村天受; 奥野恭史; 野々村祝夫; 森井英一

  日本癌治療学会学術集会(Web), 2020

  
• Trp53 mutation in Krt5-expressing cells facilitates tumor development in the chemical carcinogenesis of mouse bladder

  小林恭; 増田憲彦; 村上薫; 北悠希; 濱田彬弘; 鎌田真由美; 寺本祐記; 酒谷徹; 松本敬優; 佐野剛視; 齊藤亮一; 齊藤亮一; 奥野恭史; 小川修

  日本癌学会学術総会抄録集(Web), 2020

  
• Targeting RET-VUS in precision oncology using molecular dynamics simulation

  中奥敬史; 田畑潤哉; 田畑潤哉; 荒木望嗣; 奥野恭史; 河野隆志

  日本癌学会学術総会抄録集(Web), 2020

  
• 重度障害児(者)のコミュニケーション向上に向けたアイトラッカーを用いた視線分析

  小島 諒介; 鈴木 真知子; 荒木 綾乃; 奥野 恭史

  日本重症心身障害学会誌, Dec. 2019

  
• AIは創薬に何をもたらすか-日本の強みをどう生かすか- AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  医療と社会, Dec. 2019

  
• Predication of lorlatinib resistance mechanisms and therapeutic strategies to overcome the resistance in ALK rearranged non-small cell lung cancer

  Koutaroh Okada; Mitsugu Araki; Tomoko Oh-hara; Makoto Nishio; Yasushi Okuno; Naoya Fujita; Ryohei Katayama

  MOLECULAR CANCER THERAPEUTICS, Dec. 2019

  
• 医学の新時代を切り開くビッグデータ解析 岩木健康増進プロジェクトでの経験

  奥野 恭史

  Gastroenterological Endoscopy, Oct. 2019

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野 恭史

  日本小児科医会会報, Oct. 2019

  
• 【AIとがん研究 その妥当性、有効性 ゲノム・エピゲノムから細胞・医用画像まで】分子レベルにおけるAIの創薬応用

  田中 良尚; 小島 諒介; 玉田 嘉紀; 鎌田 真由美; 奥野 恭史

  実験医学, Oct. 2019

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  医療と社会, Aug. 2019

  
• Protein-ligand binding mode prediction from the apo-protein structure using a molecular dynamics-based pocket generation approach

  Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, Aug. 2019

  
• 総論 第4次産業革命における創薬イノベーション

  奥野恭史

  月刊「細胞」臨時増刊号, May 2019

  
• Data-driven Drug Discovery Using Artificial Intelligence

  奥野 恭史

  最新醫學 = The medical frontline, Mar. 2019

  
• Drug resistance acquired by local and allosteric conformational changes in oncogenic tyrosine kinases

  Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, Mar. 2019, Peer-reviewed

  
• 創薬を加速する心毒性スクリーニングシステムの開発

  寺田 透; 根上 樹; 奥野恭史; 久田俊明共著

  文部科学省 ポスト「京」開発事業 ポスト「京」重点課題２ 個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学 NEWS LETTER, Feb. 2019

  
• Drug Resistance Induced by Local and Allosteric Conformational Changes in Oncogenic Tyrosine Kinases

  Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  BIOPHYSICAL JOURNAL, Feb. 2019, Peer-reviewed

  
• 分子動力学計算を用いたアルデヒド脱水素酵素2(ALDH2)非活性型変異体の動的立体構造特性の解析

  松本篤幸; 荒木望嗣; 井阪悠太; 奥野恭史; 奥野恭史

  日本細胞生物学会大会(Web), 2019

  
• MGeND:ゲノム医療を促進する臨床ゲノム情報統合データベース

  鎌田真由美; 中津井雅彦; 小島諒介; 奥野恭史

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2019

  
• 動径分布関数・エネルギー分布関数をもとにした粗視化力場パラメータ決定手法の改良

  千葉峻太朗; 奥野恭史; 奥野恭史; 本間光貴; 池口満徳; 池口満徳

  分子シミュレーション討論会講演要旨集, 2019

  
• 医療におけるAIの実際と可能性

  奥野恭史

  Abstracts. Annual Symposium. Japanese Society for the Advancement of Women’s Imaging, 2019

  
• 医学の新時代を切り開くビッグデータ解析:岩木健康増進プロジェクトでの経験

  奥野恭史

  Gastroenterological Endoscopy (Web), 2019

  
• 構造生物学における人工知能

  奥野恭史

  CBI学会大会, 2019

  
• 散逸動力学シミュレーションによるアミロイドβオリゴマーの自己組織化の検討

  河合良子; 千葉峻太朗; 金田亮; 奥脇弘次; 土居英男; 望月祐志; 望月祐志; 奥野恭史; 奥野恭史; 奥野恭史

  日本細胞生物学会大会(Web), 2019

  
• 散逸動力学シミュレーションによるアミロイドβオリゴマーの自己組織化の検討

  河合良子; 千葉峻太朗; 金田亮; 奥脇弘次; 土居英男; 望月祐志; 望月祐志; 奥野恭史; 奥野恭史

  日本コンピュータ化学会年会講演予稿集, 2019

  
• Med2RDF: Semantic biomedical knowledge-base and APIs for the clinical genome medicine

  Mayumi Kamada; Toshiaki Katayama; Shuichi Kawashima; Ryosuke Kojima; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  CEUR Workshop Proceedings, 2019

  
• 重度障害児(者)のコミュニケーション向上に向けたアイトラッカーを用いた視線分析

  小島諒介; 鈴木真知子; 荒木綾乃; 奥野恭史

  日本重症心身障害学会誌, 2019

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野恭史

  日本成人病(生活習慣病)学会会誌, 2019

  
• 囲碁AIから逆合成解析へ―情報科学からのアプローチ

  寺山慧; 寺山慧; 石田祥一; 奥野恭史; 奥野恭史

  化学, 2019

  
• 医療におけるAIの活用 医療×AI―AIの基礎と医療への応用―

  玉田嘉紀; 佐藤憲明; 奥野恭史

  整形・災害外科, 2019

  
• 人工知能(AI)の医療分野への応用と解決すべき問題点 ビッグデータ創薬

  奥野恭史; 奥野恭史

  最新医学, 2019

  
• 計算創薬におけるシミュレーション・機械学習・実験の融合に向けて

  徳久淳師; 徳久淳師; 寺山慧; 寺山慧; 寺山慧; 奥野恭史

  アンサンブル, 2019

  
• 生活習慣病とIT・デバイス技術 機械学習を用いた医療データ解析

  佐藤憲明; 小島諒介; 奥野恭史

  月刊メディカル・サイエンス・ダイジェスト, 2019

  
• 創薬とIT【AIによる逆合成解析に向けて】

  寺山慧; 寺山慧; 寺山慧; 石田祥一; 奥野恭史; 奥野恭史

  月刊細胞, 2019

  
• 創薬とIT【臨床データからの創薬】

  佐藤憲明; 内野詠一郎; 奥野恭史

  月刊細胞, 2019

  
• 臨床ゲノム情報統合データベース“MGeND”

  奥野恭史

  日本神経学会学術大会プログラム・抄録集, Dec. 2018

  
• 神経疾患の克服を目指して 臨床ゲノム情報統合データベース"MGeND"

  奥野 恭史

  臨床神経学, Dec. 2018

  
• 異分野融合-AIは医師を超えられるか〜AIの現状と未来〜 ゲノム医療にみるAIの現状と可能性

  奥野 恭史

  日本癌治療学会学術集会抄録集, Oct. 2018

  
• 疾患レジストリーと知識データベース (特集 ゲノム医療 : 実地臨床での対応を目指して)

  奥野 恭史; 中津井 雅彦; 鎌田 真由美

  日本医師会雑誌 = The Journal of the Japan Medical Association, Oct. 2018

  
• 【人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション】 序文 LINCの設立とAI創薬

  奥野 恭史; 水口 賢司; 本間 光貴

  医薬ジャーナル, Sep. 2018

  
• 【人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション】 予防・先制医療における疾患発症予測モデルと細菌叢

  内野 詠一郎; 佐藤 憲明; 奥野 恭史

  医薬ジャーナル, Sep. 2018

  
• 【動き始めたがんゲノム医療 深化と普及のための基礎研究課題】 (第1章)ゲノム医療の体制 現状と課題 がんゲノム医療用知識データベース

  鎌田 真由美; 中津井 雅彦; 奥野 恭史

  実験医学, Sep. 2018

  
• 序文 : LINCの設立とAI創薬 (特集 人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション)

  奥野 恭史; 水口 賢司; 本間 光貴

  医薬ジャーナル, Sep. 2018

  
• 予防・先制医療における疾患発症予測モデルと細菌叢 (特集 人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション)

  内野 詠一郎; 佐藤 憲明; 奥野 恭史

  医薬ジャーナル, Sep. 2018

  
• A secondary RET mutation allosterically conferring resistance to vandetanib

  Takashi Nakaoku; Takashi Kohno; Mitsugu Araki; Seiji Nino; Rakhee Chauhan; Phillip P. Knowles; Katsuya Tsuchihara; Shingo Matsumoto; Yoko Shimada; Sachiyo Mimaki; Genichiro Ishii; Hitoshi Ichikawa; Yasushi Okuno; Kiyotaka Yoh; Neil Q. McDonald; Koichi Goto

  CANCER RESEARCH, Jul. 2018, Peer-reviewed

  
• Next-generation in-silico drug discovery

  荒木 望嗣; 奥野 恭史

  生体の科学, Jul. 2018

  
• ビッグデータ時代のゲノム創薬 (特集 ビッグデータ時代の精神医学)

  内野 詠一郎; 荒木 通啓; 奥野 恭史

  分子精神医学, Jul. 2018

  
• AI・スーパーコンピューターが拓く創薬の未来

  奥野 恭史

  日本放線菌学会誌, Jun. 2018

  
• 【シリーズ新潮流Vol.9-The Next Step of Imaging Technology 人工知能で医療は変わるのか-加速する医療分野のAI開発の現在と未来】 臨床におけるAI活用の現状と展望 AIを用いた創薬の実際と今後の展望 化学構造のための深層学習技術GCNの紹介とその応用

  小島 諒介; 奥野 恭史

  INNERVISION, Jun. 2018

  
• 業界展望 集合知によるAI創薬の展開 : ライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)

  荒木 通啓; 中津井 雅彦; 奥野 恭史

  国際医薬品情報, 28 May 2018

  
• Computer-aided Drug Discovery Based on Big Data Analysis and Molecular Simulation

  千葉 峻太朗; 荒木 望嗣; 奥野 恭史

  シミュレーション = Journal of the Japan Society for Simulation Technology, Mar. 2018

  
• Advances in medicine and drug design by supercomputer

  内野 詠一郎; 中津井 雅彦; 奥野 恭史

  腎臓内科・泌尿器科 = Nephrology & urology, Feb. 2018

  
• 医療健康ビックデータとAIによる個別化医療と地域医療の将来

  内野詠一郎; 奥野恭史

  日本医療薬学会年会講演要旨集(Web), 2018

  
• Current Computer Aided Organic Synthesis

  松原誠二郎; 寺山慧; 寺山慧; 奥野恭史; 奥野恭史

  Medchem News (Web), 2018, Invited

  
• AI創薬コンソーシアム(LINC)の現状と展望

  奥野恭史

  CBI学会研究講演会, 2018

  
• 人工知能・スーパーコンピュータが拓く医療・創薬の未来

  奥野恭史

  日本心血管内分泌代謝学会学術総会プログラム及び抄録集, 2018

  
• 低分子キナーゼ活性化剤CMB‐236の癌細胞に及ぼす生理活性および細胞死の解析

  田中義久; 前村憲太朗; 奥野恭史; 近藤洋一

  日本解剖学会総会・全国学術集会講演プログラム・抄録集, 2018

  
• 非小細胞肺癌における稀なEGFR遺伝子変異の特徴とスーパーコンピューターを用いた薬剤感受性予測

  池村辰之介; 池村辰之介; 池村辰之介; 安田浩之; 松本慎吾; 松本慎吾; 鎌田真由美; 浜本純子; 小野史恵; 別役智子; 奥野恭史; 後藤功一; 土原一哉; 副島研造

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2018

  
• ゲノム医療にみるAIの現状と可能性

  奥野恭史

  日本癌治療学会学術集会(Web), 2018

  
• 医療におけるAIの可能性

  奥野恭史

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2018

  
• 人工知能を利用する~創薬の未来

  奥野恭史

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2018

  
• 産業界と目指すAI創薬革命

  奥野恭史

  日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM), 2018

  
• 医療におけるスーパーコンピュータ・人工知能の可能性

  奥野恭史

  日本臨床検査自動化学会会誌, 2018

  
• Development of important keyword extraction function using machine learning for text data of electronic health records and perspective for the application to diagnostic aid system.

  早川龍雄; 井上和仁; 玉田嘉紀; 内野詠一郎; 奥野恭史

  医療情報学連合大会論文集(CD-ROM), 2018

  
• Big data in medicine and drug development

  佐藤憲明; 岩田浩明; 奥野恭史

  医学のあゆみ, 2018

  
• 腎泌尿器領域における個別化医療・精密医療 スーパーコンピュータが可能にする医療と創薬

  内野詠一郎; 中津井雅彦; 奥野恭史

  月刊腎臓内科・泌尿器科, 2018

  
• 分子動力学シミュレーションによる臨床ゲノム情報からの薬剤反応性予測

  池口茉莉恵; 浜谷枝里; 鎌田真由美; 荒木望嗣; 奥野恭史

  情報処理学会研究報告(Web), 2018

  
• ビッグデータ解析と分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬

  千葉峻太朗; 荒木望嗣; 奥野恭史; 奥野恭史

  シミュレーション, 2018

  
• 人工知能(AI)と腎臓 AIによる腎生検組織画像の診断支援システム開発

  内野詠一郎; 内野詠一郎; 佐藤憲明; 佐藤憲明; 奥野恭史; 柳田素子

  腎臓, 2018

  
• Artificial Intelligence in Drug Discovery

  藤原大; 鎌田真由美; 奥野恭史

  癌と化学療法, 2018

  
• シリーズ新潮流 Vol.9―The Next Step of Imaging Technology 人工知能で医療は変わるのか―加速する医療分野のAI開発の現在と未来 臨床におけるAI活用の現状と展望 6.AIを用いた創薬の実際と今後の展望―化学構造のための深層学習技術GCNの紹介とその応用

  小島諒介; 奥野恭史

  Innervision, 2018

  
• ビッグデータ時代の精神医学 ビッグデータ時代のゲノム創薬

  内野詠一郎; 荒木通啓; 奥野恭史

  分子精神医学, 2018

  
• いかに創薬を進めるか 次世代創薬シミュレーション

  荒木望嗣; 奥野恭史

  生体の科学, 2018

  
• 人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション 2.予防・先制医療における疾患発症予測モデルと細菌叢

  内野詠一郎; 佐藤憲明; 奥野恭史

  医薬ジャーナル, 2018

  
• ゲノム医療の体制:現状と課題 4.がんゲノム医療用知識データベース

  鎌田真由美; 中津井雅彦; 奥野恭史

  実験医学, 2018

  
• ゲノム医療―実地臨床での対応を目指して 疾患レジストリーと知識データベース

  奥野恭史; 中津井雅彦; 鎌田真由美

  日本医師会雑誌, 2018

  
• 非小細胞肺がん(NSCLC)における薬剤耐性獲得メカニズムの予測

  荒木望嗣; 奥野恭史

  がん分子標的治療, 2018

  
• 電子カルテ診療録に対する機械学習を用いた重要キーワード抽出機能の開発と今後の診療支援機能への展望

  早川龍雄; 玉田嘉紀; 内野詠一郎; 岩本和樹; 井上和仁; 奥野恭史

  医療情報学連合大会プログラム・抄録集, 2018

  
• 動径分布関数・エネルギー分布関数をもとにした進化戦略による力場パラメータ決定手法

  千葉峻太朗; 池口満徳; 奥野恭史

  分子シミュレーション討論会講演要旨集, 2018

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野恭史

  Anti-Aging Science, 2018

  
• In Silico Drug Discovery Accelerated by the Supercomputer and Artificial Intelligence

  岩田 浩明; 荒木 望嗣; 奥野 恭史

  化學工業, 2018

  
• Artificial intelligence in drug discovery

  藤原 大; 中津井 雅彦; 奥野 恭史

  医学のあゆみ, 25 Nov. 2017

  
• 機械学習アルゴリズムによる効率的なリアルワールドデータ解析を実現する手法の提案

  早川龍雄; 三木瑞穂; 中津井雅彦; 内野詠一郎; 種石慶; 奥野恭史

  医療情報学連合大会論文集, 01 Nov. 2017

  
• 我が国におけるクリニカルバイオバンクとクリニカルシークエンスのネットワーク構築

  武藤 学; 金井 雅史; 松本 繁巳; 奥野 恭史; 豊岡 伸一; 西原 広史; 松原 久裕; 三宅 智; 末岡Aezoe 三朗; 黒田 知宏; 秋田 弘俊

  日本癌治療学会学術集会抄録集, Oct. 2017

  
• Data centric science for precision medicine

  佐藤 憲明; 内野 詠一郎; 鎌田 真由美; 奥野 恭史

  腫瘍内科 = Clinical oncology, Oct. 2017

  
• 【がん分子標的薬の効果と副作用-期待される効果と評価-】 ゲノム医療と分子標的治療薬

  高 忠之; 金井 雅史; 松本 繁巳; 奥野 恭史; 武藤 学

  日本臨床, Sep. 2017

  
• がん分子標的薬の効果と副作用 III.特論 ゲノム医療と分子標的治療薬

  高忠之; 金井雅史; 松本繁巳; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床, Sep. 2017

  
• Genotype-directed therapy by molecularly targeted agents for precision cancer medicine

  髙 忠之; 金井 雅史; 松本 繁巳; 奥野 恭史; 武藤 学

  日本臨床 = Japanese journal of clinical medicine, Sep. 2017

  
• 創薬シリーズ 創薬研究の新潮流 スパコン「京」によるインシリコ創薬

  中津井 雅彦; 鎌田 真由美; 荒木 望嗣; 奥野 恭史

  日本薬理学雑誌, Jun. 2017

  
• 薬学研究のこれから 基礎と臨床の架け橋 In silico研究の視点から 臨床から基礎へのReverse Translational Research

  奥野 恭史

  薬学雑誌, Jun. 2017

  
• スーパーコンピュータ・人工知能で挑む創薬と医療

  奥野恭史

  遺伝子・デリバリー研究会シンポジウム要旨集, 27 May 2017

  
• スーパーコンピュータ・人工知能で挑む創薬と医療

  奥野恭史

  日本皮膚科学会雑誌, 15 May 2017

  
• より深くAI(愛)ある医療へ スーパーコンピュータ・人工知能で挑む創薬と医療

  奥野 恭史

  日本皮膚科学会雑誌, May 2017

  
• 実験的、計算科学的手法を用いた[123I]IMPYのアミロイドβ結合部位の探索

  河合 良子; 荒木 望嗣; 吉村 優志; 小野 正博; 佐治 英郎; 奥野 恭史

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 2017

  
• 今日から役立つ肝胆膵疾患の遺伝子診断学 臨床応用中の遺伝子診断 癌組織の遺伝子を調べて抗癌剤を選択する―クリニカルシーケンスの実際―

  金井雅史; 高忠之; 松本繁巳; 武藤学; 鎌田真由美; 奥野恭史; 中津井雅彦; 望月洋明; 広島明宣; 佐久間朋寛

  肝胆膵, Feb. 2017

  
• 【生命の複雑性と個別性に挑む オープンシステムサイエンス 新しい発見を新しい研究スタイルで】 医療ビッグデータ解析による実臨床からの生命科学展開

  中津井 雅彦; 種石 慶; 奥野 恭史

  実験医学, Jan. 2017

  
• Flexible docking between cyclin-dependent kinase 2 and its inhibitor CS3 using multicanonical MD and thermodynamic integration simulations

  BEKKER Gert-Jan; KAMIYA Narutoshi; KAMIYA Narutoshi; ARAKI Mitsugu; FUKUDA Ikuo; OKUNO Yasushi; NAKAMURA Haruki

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2017

  
• Flexible docking and affinity calculation between CDK2 and its inhibitor CS3 using multicanonical MD and thermodynamic integration

  BEKKER Gert-Jan; KAMIYA Narutoshi; ARAKI Mitsugu; FUKUDA Ikuo; OKUNO Yasushi; NAKAMURA Haruki

  生物物理(Web), 2017

  
• Real-world Clinical Data and Genome: A New Perspective on Clinical Big Data Analysis

  内野詠一郎; 種石慶; 中津井雅彦; 鎌田真由美; 荒木望嗣; 奥野恭史

  生体医工学, 2017

  
• AI創薬の現状と可能性

  奥野恭史

  日本医療薬学会年会講演要旨集(Web), 2017

  
• 機械学習アルゴリズムによる効率的なリアルワールドデータ解析を実現する手法の提案

  早川龍雄; 三木瑞穂; 中津井雅彦; 内野詠一郎; 種石慶; 奥野恭史

  医療情報学連合大会論文集(CD-ROM), 2017

  
• 創薬におけるAIの可能性

  種石 慶; 岩田 浩明; 小島 諒介; 奥野 恭史

  日本化学会情報化学部会誌, 2017

  
• Construction of Knowledge-base for Clinical Interpretation of Genomic Variants

  Mayumi Kamada; Toshiaki Katayama; Shuichi Kawashima; Fumie Ono; Ryosuke Kojima; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  CEUR Workshop Proceedings, 2017, Peer-reviewed

  
• 医療におけるビッグデータ・人工知能の可能性

  奥野恭史

  日本生物工学会大会講演要旨集, 2017

  
• クリニカルバイオバンクとがんゲノム医療の目指す未来

  武藤学; 金井雅史; 松本繁巳; 奥野恭史; 黒田知宏

  医療情報学連合大会プログラム・抄録集, 2017

  
• 機械学習アルゴリズムによる効率的なリアルワールドデータ解析を実現する手法の提案

  早川龍雄; 三木瑞穂; 中津井雅彦; 内野詠一郎; 種石慶; 奥野恭史

  医療情報学連合大会プログラム・抄録集, 2017

  
• EGFR‐C797S/T790M多剤耐性肺癌に対する新規治療法

  内堀健; 内堀健; 稲瀬直彦; 荒木望嗣; 鎌田真由美; 佐藤重男; 奥野恭史; 奥野恭史; 藤田直也; 片山量平

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2017

  
• 創薬におけるAIの可能性

  種石慶; 岩田浩明; 小島諒介; 奥野恭史

  CICSJ Bulletin (Web), 2017

  
• キナーゼ活性化剤CMB‐236による癌細胞死誘導

  田中義久; 前村憲太朗; 奥野恭史; 近藤洋一

  日本解剖学会総会・全国学術集会講演プログラム・抄録集, 2017

  
• 実験的,計算科学的手法を用いた[¹²³I]IMPYのアミロイドβ結合部位の探索

  河合良子; 荒木望嗣; 吉村優志; 小野正博; 佐治英郎; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2017

  
• 国内完結型がんクリニカルシークエンスの社会実装と統合データベース構築およびゲノム医療人材育成に関する研究開発

  武藤学; 豊岡伸一; 西原広史; 秋田弘俊; 松原久裕; 三宅智; 末岡榮三朗; 金井雅史; 松本繁巳; 奥野恭史

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2017

  
• 創薬・医療応用を目指す産学連携AIコンソーシアム

  奥野恭史

  CBI学会研究講演会, 2017

  
• 産学連携コンソーシアムLINCで挑むAI創薬

  奥野恭史

  CBI学会研究講演会, 2017

  
• 生命の複雑性と個別性に挑む オープンシステムサイエンス 医療ビッグデータ解析による実臨床からの生命科学展開

  中津井雅彦; 種石慶; 奥野恭史

  実験医学, 2017

  
• Real-world clinical data and genome：a new perspective on clinical big data analysis

  Eiichiro Uchino; Kei Taneishi; Masahiko Nakatsui; Mayumi Kamada; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  Transactions of Japanese Society for Medical and Biological Engineering, 2017

  
• ステロイド投与中のネフローゼ症候群患者に対する抗菌薬使用の検討

  佐藤憲明; 平木秀輔; 内野詠一郎; 横井秀基; 奥野恭史; 黒田知宏; 柳田素子

  日本腎臓学会誌, 2017

  
• がん領域におけるPrecision Medicineはどこまで進んだか?―臨床腫瘍医に求められる新たなスキル―Precision Medicine実現に必要なシミュレーション科学とデータ科学(data centric science)

  佐藤憲明; 内野詠一郎; 鎌田真由美; 奥野恭史

  月刊腫瘍内科, 2017

  
• 人工知能と医療のハーモニー 人工知能技術を用いたビッグデータ創薬

  藤原大; 中津井雅彦; 奥野恭史

  医学のあゆみ, 2017

  
• In Silico Approaches Accelerate Reverse Translational Research from Bedside to Bench

  Okuno Yasushi

  YAKUGAKU ZASSHI, 2017

  
• 前立腺癌患者に対するアンドロゲン除去療法による副作用としての下部尿路症状:FDA副作用報告システムからのデータマイニング

  吉村耕治; 角山香織; 多門啓子; 奥野恭史

  日本排尿機能学会誌, Dec. 2016

  
• スパコン創薬の実用化を目指して

  奥野恭史; 奥野恭史

  CBI学会大会, 24 Oct. 2016

  
• 消化器癌領域における最新の医療研究開発 クリニカルバイオバンク研究会とクリニカルシークエンスコンソーシアムの構築

  武藤 学; 金井 雅史; 松本 繁巳; 奥野 恭史; 豊岡 伸一; 西原 広史; 松原 久裕; 三宅 智; 末岡 榮三郎

  日本癌学会総会記事, Oct. 2016

  
• 膵癌分子診断研究の最前線:リキッドバイオプシーから次世代DNAシークエンシングまで 網羅的癌関連遺伝子変異検査(OncoPrime)による膵癌ゲノム異常解析と治療への応用

  金井雅史; 高忠之; 松本繁巳; 武藤学; 児玉裕三; 増井俊彦; 高折恭一; 南口早智子; 鎌田真由美; 中津井雅彦; 奥野恭史; 佐久間朋寛; 望月洋明; 広島明宣

  胆と膵, Sep. 2016

  
• スーパーコンピュータ「京」を基盤とした創薬オープンイノベーション

  奥野恭史

  Pharm Tech Japan, 01 Aug. 2016

  
• Genomic profiling of late stage tumors powering precision medicine in Japan

  Masashi Kanai; Matthew Schu; Tomohiro Sakuma; Steven Abbott; Tadayuki Kou; Ross Gagnon; Thomas Halsey; Shigemi Matsumoto; Mayunni Kannada; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno; Akinori Hiroshima; Hiroaki Mochizuki; Patrick Hurban; Manabu Muto; Victor J. Weigman

  CANCER RESEARCH, Jul. 2016, Peer-reviewed

  
• 薬学研究のこれから 基礎と臨床の架け橋 In silico研究の視点から

  奥野 恭史

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 2016

  
• Anti-multiple myeloma drug-associated taste dysfunction: An analysis of the FAERS database

  Ayano Inoba; Kaori Kadoyama; Keiko Minami; Akiko Tamon; Masahiro Tsuda; Toshiyuki Sakaeda; Yasushi Okuno

  Asian Journal of Pharmaceutical Sciences, 01 Feb. 2016

  Access this misc :

  
• Flexible docking simulation between cyclin-dependent kinase 2 and its inhibitor using multicanonical MD method

  KAMIYA Narutoshi; BEKKER Gert-Jan; ARAKI Mitsugu; OKUNO Yasushi

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2016

  
• Flexible docking between cyclin-dependent kinase 2 and its inhibitor using multicanonical MD

  BEKKER Gert-Jan; KAMIYA Narutoshi; ARAKI Mitsugu; OKUNO Yasushi; NAKAMURA Haruki

  生物物理(Web), 2016

  
• マウスマスト細胞の成熟過程におけるデキサメタゾンの作用

  田中智之; 山田圭位子; 佐藤仁美; 鎌田真由美; 奥野恭史; 福石信之

  日本生化学会大会(Web), 2016

  
• 原発不明がん患者に対するクリニカルシーケンス(OncoPrime)を用いたprecision medicine

  松本繁巳; 高忠之; 金井雅史; 永井宏樹; 森由希子; 佐久間朋寛; 鎌田真由美; 中津井雅彦; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2016

  
• 網羅的遺伝子変異パネル(OncoPrime)を用いたクリニカルシーケンスの実践

  金井雅史; 高忠之; 佐久間朋寛; 望月洋明; 鎌田真由美; 中津井雅彦; 松本繁巳; 三宅秀彦; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2016

  
• IgE非依存的なマスト細胞活性化に対するデキサメタゾンの作用

  田中智之; 山田圭位子; 佐藤仁美; 鎌田真由美; 奥野恭史; 福石信之; 古田和幸

  日本ヒスタミン学会プログラム・講演要旨集, 2016

  
• ポスト「京」が拓く創薬計算の未来

  奥野恭史; 奥野恭史

  CBI学会研究講演会, 2016

  
• In silico研究の視点から

  奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2016

  
• クリニカルシーケンスによる遺伝子変異解析が治療に有用であった原発不明癌の一例

  高忠之; 金井雅史; 永井宏樹; 佐久間朋寛; 望月洋明; 鎌田真由美; 中津井雅彦; 松本繁巳; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2016

  
• NGSによるクリニカルシーケンスにより稀なEGFR遺伝子変異を認め,Erlotinib/Bevacizumab療法が奏効した肺腺癌の一例

  永井宏樹; 永井宏樹; 金井雅史; 高忠之; KIM Young Hak; 佐久間朋寛; 鎌田真由美; 中津井雅彦; 松本繁巳; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2016

  
• 低分子キナーゼ活性化剤による癌細胞死誘導

  田中義久; 奥野恭史; 前村憲太朗

  日本解剖学会総会・全国学術集会講演プログラム・抄録集, 2016

  
• 時系列リアルワールドデータを用いた進行がん患者予後予測モデルの構築

  釆野優; 種石慶; 金井雅史; 岡本和也; 岡本和也; 山本洋介; 吉岡亮; 野崎明; 松本繁巳; 奥野恭史; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2016

  
• 受容体型チロシンキナーゼ活性化剤による癌細胞死誘導

  田中義久; 前村憲太朗; 奥野恭史; 近藤洋一

  日本臨床分子形態学会総会・学術集会講演プログラム・要旨集, 2016

  
• スーパーコンピュータが拓く創薬計算の未来

  奥野恭史

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2016

  
• 計算科学・情報科学が拓く創薬の未来

  奥野恭史

  分子シミュレーション討論会講演要旨集, 2016

  
• Prediction of target proteins using compound-protein-phenotype multi-layer model

  Hiroaki Iwata; Yasushi Okuno

  Proceedings of the Symposium on Chemoinformatics, 2016

  
• 個別化・予防医療での新たなパラダイムの創出 健康・医療ビッグデータとスーパーコンピュータがもたらすもの ポスト「京」による次世代計算創薬の展望

  奥野 恭史

  日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, Dec. 2015

  
• Introduction of clinical sequence using a comprehensive cancer gene panel (OncoPrime) to daily clinical practice

  Masashi Kanai; Tomohiro Sakuma; Koji Yanagisawa; Tomoyoshi Koyanagi; Shigemi Matsumoto; Tomohiro Kuroda; Satoshi Morita; Shinji Kosugi; Yasushi Okuno

  ANNALS OF ONCOLOGY, Nov. 2015, Peer-reviewed

  
• A new approach to collecting biobank and bioinformatics data at Kyoto University Cancer Center

  Manabu Muto; Yu Uneno; Yoshitaka Nishikawa; Yukiko Mori; Masashi Kanai; Shigemi Mastumoto; Genta Kato; Tomohiro Kuroda; Satoshi Morita; Yasushi Okuno

  ANNALS OF ONCOLOGY, Nov. 2015, Peer-reviewed

  
• Establishment of a terminal prognosis prediction model by applying time series analysis to real-world data

  Yu Uneno; Kei Taneishi; Masashi Kanai; Akiko Tamon; Kazuya Okamoto; Yoshitaka Nishikawa; J. B. Brown; Shigemi Matsumoto; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  ANNALS OF ONCOLOGY, Nov. 2015, Peer-reviewed

  
• 京大発ベンチャーから生まれたスパコン創薬コンソーシアム

  奥野恭史

  CBI学会大会, 26 Oct. 2015

  
• FDA大規模有害事象自発報告データベースを用いた多発性骨髄腫治療薬投与に伴う味覚障害の解析

  井野場郁乃; 角山香織; 南景子; 南景子; 多門啓子; 津田真弘; 栄田敏之; 栄田敏之; 奥野恭史

  日本医療薬学会年会講演要旨集, 23 Oct. 2015

  
• Prediction of compound-protein interactions based on deep learning methods

  Hamanaka Masatoshi; Taneishi Kei; Iwata Hiroaki; Okuno Yasushi

  Proceedings of the Symposium on Chemoinformatics, 01 Oct. 2015

  
• K supercomputer-based drug discovery project by Biogrid pharma consortium

  Araki Mitsugu; Nakatsui Masahiko; Hirokawa Takatsugu; Kanai Chisato; Sato miwa; Okamoto Atsushi; Hattori Kazunari; Shimizu Ryuichi; Okuno Yasushi

  Proceedings of the Symposium on Chemoinformatics, 01 Oct. 2015

  
• Analysis of clinical practice data for predictive factors of neutrophil counts during weekly paclitaxel chemotherapy

  D. Yamaguchi; K. Taneishi; A. Tamon; M. Hamanaka; J. B. Brown; Y. Mori; M. Kanai; S. Matsumoto; Y. Okuno; M. Muto

  EUROPEAN JOURNAL OF CANCER, Sep. 2015

  
• がん治療医のためのバイオインフォーマテイクス実践講座 がん研究者のための、本当にわかるがんゲノム解析実践講座

  奥野 恭史; 松村 謙臣; 鎌田 真由美; 村上 隆介; ブラウン・ジェイビー; 小西 郁生

  日本癌治療学会誌, Sep. 2015

  
• 基礎研究 基礎研究の臨床応用 わが国初の網羅的遺伝子変異パネルを用いたクリニカルシーケンスの臨床導入

  金井 雅史; 佐久間 朋寛; 柳澤 宏次; 松島 健太郎; 小柳 智義; 松本 繁巳; 黒田 知宏; 森田 智視; 小杉 眞司; 奥野 恭史; 武藤 学

  日本癌治療学会誌, Sep. 2015

  
• 京大病院におけるバイオバンク,クリニカルシークエンス,ビッグデータ解析の取組

  武藤学; 金井雅史; 森由希子; 松本繁巳; 佐久間朋寛; 小柳智義; 岡本和也; 加藤源太; 黒田知宏; 森田智視; 小杉眞司; 多門啓子; 種石慶; 奥野恭史; 高折晃史

  日本癌治療学会学術集会(Web), Sep. 2015

  
• わが国初の網羅的遺伝子変異パネルを用いたクリニカルシーケンスの臨床導入

  金井雅史; 佐久間朋寛; 柳澤宏次; 松島健太郎; 小柳智義; 松本繁巳; 黒田知宏; 森田智視; 小杉眞司; 奥野恭史; 武藤学

  日本癌治療学会学術集会(Web), Sep. 2015

  
• Tivantinib (ARQ 197) exhibits antitumor activity by directly interacting with tubulin and overcomes ABC transporter-mediated drug resistance

  Aki Aoyama; Ryohei Katayama; Yasushi Okuno; Naoya Fujita

  CANCER RESEARCH, Aug. 2015, Peer-reviewed

  
• Resistance mechanisms to ALK inhibitors

  Ryohei Katayama; Noriko Yanagitani; Sumie Koike; Takuya Sakashita; Satoru Kitazono; Makoto Nishio; Yasushi Okuno; Jeffrey A. Engelman; Alice T. Shaw; Naoya Fujita

  CANCER RESEARCH, Aug. 2015, Peer-reviewed

  
• 神戸インシリコ創薬拠点の形成について (特集 神戸医療産業都市の新たな展開)

  奥野 恭史

  都市政策, Jul. 2015

  
• (part 1)Clear Cell Carcinoma of the Ovary the present and the future ゲノム解析によって明らかとなった卵巣明細胞腺癌の病態

  松村 謙臣; 村上 隆介; 日笠 幸一郎; 堤 孝信; Brown J.B; Abou-Taleb Hisham; 濱西 潤三; 山口 建; 安彦 郁; 馬場 長; 越山 雅文; 山田 亮; 松田 文彦; 奥野 恭史; 小西 郁生

  日本婦人科腫瘍学会雑誌, Jun. 2015

  
• スーパーコンピュータ「京」による次世代創薬基盤の構築

  奥野恭史

  日本医学会総会総会会誌, Apr. 2015

  
• 網羅的がん関連遺伝子変異パネル(OncoPrime)を用いたクリニカルシークエンスの臨床導入

  金井雅史; 佐久間朋寛; 柳澤宏次; 小柳智義; 松本繁巳; 黒田知宏; 森田智視; 小杉眞司; 奥野恭史

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2015

  
• 時系列リアルワールドデータ解析による終末期予後予測モデルの確立

  釆野優; 種石慶; 金井雅史; 多門啓子; 岡本和也; 西川佳孝; BROWN J.B; 松本繁巳; 奥野恭史; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2015

  
• 京大病院がんセンターにおけるバイオバンクとメディカルバイオインフォマティクスプロジェクト

  武藤学; 釆野優; 西川佳孝; 森由希子; 金井雅史; 松本繁巳; 加藤源太; 黒田知宏; 森田智視; 奥野恭史

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2015

  
• 臨床リアルワールドデータを用いた癌薬物療法に伴う好中球数変動の予測因子解析

  山口大介; 種石慶; 多門啓子; 浜中雅俊; BROWN J.B; 森由希子; 金井雅史; 松本繁巳; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2015

  
• データ主導型の予測医療と精密医療

  奥野恭史

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2015

  
• ポスト「京」による次世代計算創薬の展望

  奥野恭史; 奥野恭史

  日本生化学会大会(Web), 2015

  
• がん研究者のための,本当にわかるがんゲノム解析実践講座

  奥野恭史; 松村謙臣; 鎌田真由美; 村上隆介; ブラウン ジェイビー; 小西郁生

  日本癌治療学会学術集会(Web), 2015

  
• 深層学習に基づくタンパク質と化合物の相互作用予測

  浜中雅俊; 種石慶; BROWN J. B; 奥野恭史

  情報処理学会全国大会講演論文集, 2015

  
• ゲノム解析によって明らかとなった卵巣明細胞腺癌の病態

  松村謙臣; 村上隆介; 日笠幸一郎; 堤孝信; BROWN J. B; ABOU‐TALEB Hisham; 濱西潤三; 山口建; 安彦都; 馬場長; 越山雅文; 山田亮; 松田文彦; 奥野恭史; 小西郁生

  日本婦人科腫瘍学会雑誌, 2015

  
• 低分子キナーゼアクチベーターによる細胞死誘導

  田中義久; 前村憲太朗; 奥野恭史; 大槻勝紀

  日本臨床分子形態学会総会・学術集会講演プログラム・要旨集, 2015

  
• 計算機科学と結晶解析との融合に向けて

  奥野恭史; 奥野恭史

  日本結晶学会年会講演要旨集, 2015

  
• 21-5-O6-07 FDA大規模有害事象自発報告データベースを用いた多発性骨髄腫治療薬投与に伴う味覚障害の解析(有害事象・副作用,口頭発表,一般演題,医療薬学の進歩と未来-次の四半世紀に向けて-)

  井野場 郁乃; 角山 香織; 南 景子; 多門 啓子; 津田 真弘; 栄田 敏之; 奥野 恭史

  日本医療薬学会年会講演要旨集, 2015

  
• FDA大規模有害事象自発報告システムを用いた抗悪性腫瘍薬の過敏症反応の解析

  佐伯克久; 角山香織; 栄田敏之; 奥野恭史

  臨床薬理, 07 Nov. 2014

  
• スパコン「京」から観えてきた10年後の計算創薬

  奥野恭史

  メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集, 07 Nov. 2014

  
• スパコン創薬から観えるインシリコ創薬の未来

  奥野恭史

  薬剤学, 01 Sep. 2014

  
• Early Results of the K computer：9. The Remarkable Computational Performance of the K computer reveals the Future of Computational Drug Design

  中津井 雅彦; 奥野 恭史

  情報処理, 15 Jul. 2014

  
• 分子標的薬時代に考えるべきこと 分子標的薬開発の低コスト化 スパコン「京」を用いたIT創薬

  奥野 恭史

  日本癌治療学会誌, Jun. 2014

  
• スパコン京と医療ビッグデータによる創薬イノベーション

  奥野恭史

  日本オペレーションズ・リサーチ学会春季研究発表会アブストラクト集, 06 Mar. 2014

  
• 講演3 スパコン京と医療ビッグデータによる創薬イノベーション(Big Dataでイノベーションを起こす,オーガナイズドセッション)

  奥野 恭史

  日本オペレーションズ・リサーチ学会春季研究発表会アブストラクト集, 06 Mar. 2014

  
• FDA大規模データベースを用いた抗精神病薬投与に伴うQT延長における性差の解析

  井野場郁乃; 角山香織; 木村豪仁; 栄田敏之; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), Mar. 2014

  
• モデルベース機械学習による配合注射薬外観変化予測アルゴリズムの開発

  中津井雅彦; 角山香織; 権丈紀子; 荒木通啓; 栄田敏之; 近藤昭彦; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), Mar. 2014

  
• 分子標的薬開発の低コスト化:スパコン「京」を用いたIT創薬

  奥野恭史

  日本癌治療学会学術集会(CD-ROM), 2014

  
• 「計算創薬が待ち望むエクサ級スーパーコンピュータ」

  奥野恭史

  CBI学会研究講演会, 2014

  
• スーパーコンピュータ「京」が拓くコンピュータ創薬の未来

  奥野恭史

  ファルマシア, 2014

  
• オミクス計測技術

  奥野 恭史

  ファルマシア, 2014

  
• Compound-protein interaction prediction within chemogenomics: Theoretical concepts, practical usage, and future directions

  J. B. Brown; Satoshi Niijima; Yasushi Okuno

  Molecular Informatics, Dec. 2013, Peer-reviewed

  
• FDA大規模有害事象自発報告データベースを用いた小児における抗精神病薬の有害事象の解析

  木村豪仁; 角山香織; 多門啓子; 奥野恭史; 栄田敏之

  日本医療薬学会年会講演要旨集, 28 Aug. 2013

  
• Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system

  Toshiyuki Sakaeda; Akiko Tamon; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, Apr. 2013, Peer-reviewed

  
• FDA大規模データベースを用いたスタチン系薬剤の筋肉系有害事象における性差の解析

  村上紘之; 栄田敏之; 角山香織; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), Mar. 2013

  
• 副作用検出シグナルとしての初期症状の定量的評価:AERSの利用による評価対象の拡大

  井上絵美子; 保坂茂; 久津間信明; 大島公惠; 山本碧; 大島新司; 大嶋繁; 奥野恭史; 小林大介

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), Mar. 2013

  
• ALK阻害剤耐性細胞を用いたキナーゼ阻害剤複合投与シナジー制御

  赤松香奈子; 片山量平; 田中義久; 藤田直也; 奥野恭史

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013

  
• 日-8-O26-07 FDA大規模有害事象自発報告データベースを用いた小児における抗精神病薬の有害事象の解析(有害事象・副作用1,一般演題(口頭)26,再興、再考、創ろう最高の医療の未来)

  木村 豪仁; 角山 香織; 多門 啓子; 奥野 恭史; 栄田 敏之

  日本医療薬学会年会講演要旨集, 2013

  
• 医薬品有害事象データベースを用いたデータマイニング

  五島誠; 奥野恭史

  SAR News, 01 Oct. 2012

  
• 米国FDA副作用自発報告からのデータマイニングによるα受容体阻害剤の副作用プロファイル

  吉村耕治; 角山香織; 杉野善雄; 小川修; 栄田敏之; 奥野恭史

  日本排尿機能学会誌, Aug. 2012

  
• コリスチンおよびチゲサイクリン投与に伴う有害事象~FDA有害事象自発報告システムのデータ解析

  角山香織; 多門啓子; 奥野恭史; 栄田敏之

  医療薬学フォーラム講演要旨集, Jul. 2012

  
• ケミカルバイオロジーの発想に基づく新規疾患ターゲットの発見と創薬 4.病態診断,薬理,創薬のためのシステムズバイオロジー

  奥野恭史

  実験医学, 01 May 2012

  
• 【疾患克服をめざしたケミカルバイオロジー がん医療や創薬に貢献するin vivoイメージングと生体機能解析・制御の最前線】 (第1章)ケミカルバイオロジーの発想に基づく新規疾患ターゲットの発見と創薬 病態診断、薬理、創薬のためのシステムズバイオロジー

  奥野 恭史

  実験医学, May 2012

  
• Systems biology and systems chemistry: New directions for drug discovery

  J. B. Brown; Yasushi Okuno

  Chemistry and Biology, 27 Jan. 2012, Peer-reviewed

  Access this misc :

  
• On the Behavior of Tile Assembly System at High Temperatures.

  Shinnosuke Seki; Yasushi Okuno

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2012, Peer-reviewed

  
• On the behavior of tile assembly system at high temperatures

  Shinnosuke Seki; Yasushi Okuno

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2012, Peer-reviewed

  
• Chemogenomic approach to comprehensive predictions of ligand-target interactions: A comparative study

  J. B. Brown; Satoshi Niijima; Akira Shiraishi; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  Proceedings - 2012 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops, BIBMW 2012, 2012

  
• システム創薬のためのケミカル‐バイオ‐クリニカル統合データベース

  馮春来; 荒木通啓; 種石慶; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2012

  
• チゲサイクリン投与に伴う有害事象~FDA有害事象自発報告システムのデータ解析

  角山香織; 多門啓子; 奥野恭史; 栄田敏之

  日本医薬品情報学会総会・学術大会講演要旨集, 2012

  
• Integration of Bioinformatics and Chemoinformatics for Drug Discovery

  奥野 恭史

  CICSJ Bulletin, 2012

  
• ケモゲノミクス：ゲノムからケミカルスペースへ

  奥野 恭史

  日本化学会情報化学部会誌, 2012

  
• Data mining of the public version of the FDA Adverse Event Reporting System, AERS: Colistin‐associated adverse events

  栄田敏之; 角山香織; 多門啓子; 奥野恭史

  日本化学療法学会雑誌, 10 Nov. 2011

  
• Data mining of the public version of the FDA Adverse Event Reporting System, AERS: Colistin-associated adverse events

  Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Akiko Tamon; Yasushi Okuno

  Japanese Journal of Chemotherapy, Nov. 2011

  
• 【最新創薬インフォマティクス活用マニュアル】 (第2章)リード化合物探索・最適化におけるインフォマティクス リガンド情報に基づくバーチャルスクリーニング

  藪内 弘昭; 奥野 恭史

  遺伝子医学MOOK, Oct. 2011

  
• 【最新創薬インフォマティクス活用マニュアル】 (第2章)リード化合物探索・最適化におけるインフォマティクス ケミカルゲノミクス情報に基づくバーチャルスクリーニング

  金井 千里; 村上 竜太; 奥野 恭史

  遺伝子医学MOOK, Oct. 2011

  
• システム創薬科学:分子標的創薬からのブレークスルー

  奥野恭史

  生化学, Sep. 2011

  
• コリスチン投与に伴う有害事象~FDA有害事象自発報告システムのデータ解析

  角山香織; 栄田敏之; 多門啓子; 奥野恭史

  日本化学療法学会総会プログラム・講演抄録, 01 Jun. 2011

  
• 信頼性・操作性に優れた医薬品有害事象解析システムの開発

  藪内弘昭; 五島誠; 多門啓子; 赤松香奈子; 馮春来; 角山香織; 栄田敏之; 村上竜太; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2011

  
• 有害事象自発報告データベースを用いた白金系抗がん剤の過敏症反応の解析

  角山香織; 新島聡; 薮内弘昭; 奥野恭史; 栄田敏之

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2011

  
• 現場が主導するサービスサイエンス 医薬品による有害事象の自発報告システム

  栄田敏之; 角山香織; 奥野恭史

  人工知能学会誌, 01 Mar. 2011

  
• The Public Version of the FDA Adverse Event Reporting System(Domain Driven Service Science)

  SAKAEDA Toshiyuki; KADOYAMA Kaori; OKUNO Yasushi; Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence, 01 Mar. 2011

  
• 新規な化学物質の安全性を予測・評価する新規計算手法の開発 平成22年度

  奥野恭史

  新規な化学物質の安全性を予測・評価する新規計算手法の開発 平成22年度 総括研究報告書, 2011

  
• トキシコゲノミクスによる細胞障害性肝発がん化合物のリスク評価マーカの探索および予測モデルの構築

  森川裕二; 上原健城; 箕輪洋介; 中津則之; 奥野恭史; 小野敦; 五十嵐芳暢; 山下智也; 山下智也; 山田弘; 大野泰雄; 漆谷徹郎

  Journal of Toxicological Sciences, 2011

  
• 胎児Leydig細胞におけるステロイド産生関連遺伝子の発現プロファイル(Expression profile of steroidogenic genes in the fetal Leydig cells)

  宮林 香奈子; 嶋 雄一; 馬場 崇; 大竹 博之; 栗原 淑子; 奥野 恭史; 諸橋 憲一郎

  日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, Dec. 2010

  
• うつ治療法である電気けいれん刺激による視床下部での網羅的遺伝子発現変化の解析

  坂井田真理; 土屋創健; 奥野恭史; 中山和久; 瀬木(西田)恵里

  次世代を担う若手ファーマ・バイオフォーラム講演要旨集, Sep. 2010

  
• マウス視床下部・室傍核における電気けいれん療法モデルを用いた網羅的遺伝子発現解析(Gene profiles of electroconvulsive seizures in the mouse paraventricular nucleus of hypothalamus)

  瀬木 恵里; 西田; 坂井田 真理; 土屋 創建; 杉本 幸彦; 奥野 恭史

  神経化学, Aug. 2010

  
• 新規in silicoスクリーニング手法CGBVSによる新規骨格リガンドの発見

  藪内弘昭; 新島聡; 竹松弘; 井田有美; 小川哲平; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2010

  
• The Trial of Drug Discovery using the In-Silico Screening Methods Developed by Pharmaceutical Innovation Value Chain

  INOUE Tsuyoshi; MATSUMURA Hiroyoshi; ADACHI Hiroaki; MORI Yusuke; TAKANO Kazufumi; MURAKAMI Satoshi; FUKUNISHI Yoshifumi; NAKAMURA Haruki; KINOSHITA Takayoshi; NAKANISHI Isao; OKUNO Yasushi; MINAKATA Satoshi; MIKAMI Yoshiaki; SAKUMA Toshihiro; KITAJIMA Masato; FUKUOKA Yoshitada; TAKADA Toshikazu; SAKATA Tsuneaki

  Nihon Kessho Gakkaishi, 28 Feb. 2010

  
• 新薬展望2010 第I部 新しい創薬技術 創薬インフォマティクス

  奥野恭史

  医薬ジャーナル, 31 Jan. 2010

  
• 【新薬展望2010】 新しい創薬技術 創薬インフォマティクス

  奥野 恭史

  医薬ジャーナル, Jan. 2010

  
• 医薬品―臨床知識統合データベースの構築

  馮春来; 荒木通啓; 種石慶; 多門啓子; 薮内弘昭; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2010

  
• Data mining of multiple compound-protein interactions for drug discovery

  奥野恭史

  情報化学討論会講演要旨集, 2010

  
• 創薬インフォマティクス (新薬展望2010) -- (新しい創薬技術)

  奥野 恭史

  医薬ジャ-ナル, 2010

  
• 【次世代創薬テクノロジー 実践 インシリコ創薬の最前線】 創薬インフォマティクス ケミカルゲノミクス情報に基づく創薬

  奥野 恭史

  遺伝子医学MOOK, Sep. 2009

  
• 生物化学・医療データからの有用情報の抽出と予測問題への適用 ケミカルゲノミクス情報に基づく創薬インフォマティクス

  奥野 恭史

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, Sep. 2009

  
• 基礎研究と創薬を結び付けるTranslational Research 創薬におけるコンピュータを用いた新しいアプローチ法 ケミカルゲノミクスに基づくin silicoリガンドスクリーニング(A novel computational approach for drug discovery: Chemical genomics-based in silico ligand screening)

  奥野 恭史; 村上 竜太

  神経化学, Jun. 2009

  
• トキシコゲノミクスによる薬剤誘発性腎尿細胞管障害の評価マーカーの探索

  上原 健城; 箕輪 洋介; 近藤 千晶; 中津 則之; 奥野 恭史; 小野 敦; 五十嵐 芳暢; 丸山 敏之; 加藤 育雄; 山田 弘; 大野 泰雄; 漆谷 徹郎

  The Journal of Toxicological Sciences, Jun. 2009

  
• トキシコゲノミクスによる薬剤誘発性腎尿細管障害の予測マーカーの探索

  箕輪洋介; 上原健城; 近藤千晶; 中津則之; 奥野恭史; 小野敦; 五十嵐芳暢; 丸山敏之; 加藤育雄; 山田弘; 大野泰雄; 漆谷徹郎

  Journal of Toxicological Sciences, Jun. 2009

  
• TGPデータベースを利用したラット肝臓におけるNrf2制御下遺伝子の発現解析

  清水俊敦; 中津則之; 小野敦; 奥野恭史; 山田弘; 漆谷徹郎; 大野泰雄

  Journal of Toxicological Sciences, Jun. 2009

  
• Identification of genomic biomarker candidates for concurrent diagnosis of drug-induced renal tubular injury

  UEHARA TAKEKI; YAMADA HIROSHI; OHNO YASUO; URUSHIDANI TETSURO; MINOWA YOHSUKE; KONDO CHIAKI; NAKATSU NORIYUKI; OKUNO YASUSHI; ONO ATSUDHI; IGARASHI YOSHINOBU; MARUYAMA TOSHIYUKI; KATO IKUO

  Annual Meeting of the Japanese Society of Toxicology, Jun. 2009

  
• 統合型薬学情報ナビゲーションシステムの開発

  多門啓子; 牧口大旭; 荒木通啓; 薮内弘昭; 奥野恭史; 金子周司

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2009

  
• ケミカルゲデノミクス情報を用いた標的タンパク質の予測法の開発

  藤田淳人; 藪内弘昭; 小川哲平; 荒木通啓; 大石真也; 藤井信孝; 中山和久; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2009

  
• 遺伝子発現プロファイルに基づいたマイクロアレイデータ検索システム(GEM‐TREND)

  馮春来; 荒木通啓; 国本亮; 多門啓子; 牧口大旭; 新島聡; 辻本豪三; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2009

  
• 医薬品―疾病作用情報データベース

  荒木通啓; 馮春来; 多門啓子; 薮内弘昭; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2009

  
• 新規in silicoスクリーニング手法CGBVSのためのGPCRカーネルの改良

  藪内弘昭; 新島聡; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2009

  
• ケミカルゲノミクスに基づくインシリコ創薬

  新島 聡; 奥野 恭史

  日本薬理学雑誌, 01 Mar. 2009

  
• Biogenesis and Function Mechanisms of Micro-RNAs and Their Role as Oncogenes and Tumor Suppressors

  Soken Tsuchiya; Kazuya Terasawa; Ryo Kunimoto; Yasushi Okuno; Fumiaki Sato; Kazuharu Shimizu; Gozoh Tsujimoto

  SYSTEMS BIOLOGY: THE CHALLENGE OF COMPLEXITY, 2009, Peer-reviewed

  
• テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 医療情報解析のためのテキストマイニングエンジンの開発

  奥野恭史

  テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 平成20年度 総括研究報告書, 2009

  
• テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 医療情報解析のためのテキストマイニングエンジンの開発

  奥野恭史

  テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 平成18-20年度 総合研究報告書, 2009

  
• 多重標的創薬のためのインフォマティクス

  奥野恭史

  構造活性フォーラム, 2009

  
• 新規樹立前立腺癌Xenograftを用いたアンドロゲン非依存性獲得機序に関する研究―EP4はホルモン抵抗性前立腺癌に対する新規治療標的分子となり得る

  寺田直樹; 清水洋祐; 神波大己; 小林恭; 井上貴博; 中村英二郎; 賀本敏行; 金治敏也; 戸田好信; 松岡俊行; 奥野恭史; 辻本豪三; 小川修

  日本泌尿器科学会雑誌, 2009

  
• 数理的手法に基づく化合物‐タンパク質間相互作用様式に関わる知識発見

  新島聡; 藪内弘昭; 藤井信孝; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2009

  
• パスウェイ情報を用いたトキシコゲノミクスデータの網羅的な比較と可視化の検討

  五十嵐芳暢; 箕輪洋介; 奥野恭史; 中津則之; 小野敦; 山田弘; 大野泰雄; 漆谷徹郎

  Journal of Toxicological Sciences, 2009

  
• ケミカルゲノミクス情報に基づく創薬インフォマティクス

  奥野恭史

  生化学, 2009

  
• 次世代創薬テクノロジー 実践:インシリコ創薬の最前線 第2章 創薬インフォマティクス 3.ケミカルゲノミクス情報に基づく創薬

  奥野恭史

  遺伝子医学MOOK, 2009

  
• APP-048-AM 新規樹立前立腺癌Xenograftを用いたアンドロゲン非依存性獲得機序に関する研究 : EP4はホルモン抵抗性前立腺癌に対する新規治療標的分子となり得る(総会賞応募ポスター,第97回日本泌尿器科学会総会)

  寺田 直樹; 松岡 俊行; 奥野 恭史; 辻本 豪三; 小川 修; 清水 洋祐; 神波 大己; 小林 恭; 井上 貴博; 中村 英二郎; 賀本 敏行; 金治 敏也; 戸田 好信

  日本泌尿器科学会雑誌, 2009

  
• In silico drug discovery based on the integration of bioinformatics and chemoinformatics

  Yasushi Okuno

  Yakugaku Zasshi, Nov. 2008, Peer-reviewed

  
• バイオインフォマティクスとケモインフォマティクスの融合によるインシリコ創薬研究

  奥野 恭史

  薬学雑誌, Nov. 2008

  
• 機械学習に基づく創薬支援システムの開発

  奥野恭史

  立石科学技術振興財団助成研究成果集, Sep. 2008

  
• 膜タンパク質の結晶化技術の新展開及び創薬バリューチェインの紹介

  井上 豪; 安達 宏昭; 村上 聡; 高野 和文; 松村 浩由; 森 勇介; 福西 快文; 中村 春木; 木下 誉富; 仲西 功; 奥野 恭史; 南方 聖司; 下条 真司; 坂田 恒昭

  薬学雑誌, Apr. 2008

  
• ケモゲノミクス&ケミカルバイオロジー

  奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2008

  
• バイオ空間とケミカル空間の包括的相関解析とそのインシリコ創薬への研究展開

  奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2008

  
• 化合物‐タンパク質相互作用情報に基づく新規in silico化合物探索手法の開発

  小川哲平; 北島正人; 箕輪洋介; 松田秀雄; 藤井信孝; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2008

  
• GLIDA:ケミカルゲノミクスに基づくドラッグ探索のためのGPCR‐リガンド相互作用解析データベース

  多門啓子; 薮内弘昭; 新島聡; 箕輪洋介; 外村孝一郎; 国本亮; 馮春来; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2008

  
• 包括的トランスクリプトーム解析を用いた上皮細胞の分化及び機能・形態を制御するmicro RNAとその標的遺伝子の探索

  奥雅仁; 土屋創健; 寺澤和哉; 奥野恭史; 佐藤史顕; 清水一治; 辻本豪三

  血管, 31 Jan. 2008

  
• テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 医療情報解析のためのテキストマイニングエンジンの開発

  奥野恭史

  テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 平成19年度 総括研究報告書, 2008

  
• トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成19年度

  奥野恭史

  トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成19年度 総括研究報告書, 2008

  
• トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成17年度~19年度

  奥野恭史

  トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成17-19年度 総合研究報告書, 2008

  
• 組織結合型マスト細胞への成熟を制御する因子の探索

  田中智之; 高野裕嗣; 奥野恭史; 村上誠; 辻本豪三; 工藤一郎; 中山和久; 杉本幸彦; 市川厚

  生化学, 2008

  
• Design of anti-allergic inhibitors for human hematopoietic prostaglandin D synthase

  Hiroshi Kikuchi; Yuji Kado; Hiroyoshi Matsumura; Yoshifumi Fukunishi; Takayoshi Kinoshita; Yasushi Okuno; Isao Nakanishi; Seiji Minakata; Tsuneaki Sakata; Kohsuke Aritake; Yoshihiro Urade; Tsuyoshi Inoue

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES, 2008, Peer-reviewed

  
• 組織マスト細胞の発現プロファイル解析

  舘田悠樹; 土屋創健; 奥野恭史; 杉本幸彦

  生化学, Nov. 2007

  
• DNAマイクロアレイ相関解析法による糖脂質関連遺伝子の発現解析

  山本 晴美; 藤縄 玲子; 奥野 恭史; 竹松 弘; 小堤 保則

  脂質生化学研究, 05 Jun. 2007

  
• DNAマイクロアレイ相関解析法による糖脂質関連遺伝子の発現解析

  山本晴美; 藤縄玲子; 奥野恭史; 竹松弘; 小堤保則

  脂質生化学研究, 20 May 2007

  
• microRNAによる制御遺伝子ネットワークの構築

  国本亮; 奥野恭史; 箕輪洋介; 外村孝一郎; 土屋創健; 寺澤和哉; 類家慶直; 津田謹輔; 辻本豪三

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2007

  
• ケミカル‐バイオ情報に基づく創薬インフォマティクス研究

  奥野恭史

  創薬ビジョンシンポジウム講演要旨集, 25 Jan. 2007

  
• Drug development value chain constructed by collaboration between the SOSHO project and the NPO BIOGRID

  Tsuyoshi Inoue; Yuji Kado; Keiji Tokuoka; Hiroyoshi Matsumura; Yasushi Kai; Yusuke Mori; Hiroaki Adachi; Kazufumi Takano; Satoshi Murakami; Yoshifumi Fukunishi; Haruki Nakamura; Takayoshi Kinoshita; Isao Nakanishi; Yasushi Okuno; Seiji Minakata; Tsuneaki Sakata

  AIP Conference Proceedings, 2007

  
• トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 総括研究報告書 平成18年度

  奥野恭史

  トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成18年度 総括研究報告書, 2007

  
• 糖鎖関連遺伝子マイクロアレイを用いた植物レクチン反応性糖鎖生合成調節遺伝子の同定:CIRES法を用いて

  竹松弘; 山本晴美; 藤縄玲子; 奥野恭史; 辻本豪三; 小堤保則

  生化学, 2007

  
• Emx2 regulates coelomic epithelial cell polarity via regulation of EGFR

  日下雅友; 福井由宇子; 小川英知; 宮林香奈子; 杉本幸彦; 奥野恭史; 向後晶子; 相沢慎一; 諸橋憲一郎

  生化学, 2007

  
• GPCR新規リガンドのIn silico探索手法の開発

  奥野恭史; 種石慶; 原貴史; 藪内弘昭; 平澤明; 辻本豪三

  血管, 2007

  
• DNAマイクロアレイデータと細胞表面糖鎖発現の相関法の開発および検証

  藤縄玲子; 竹松弘; 奥野恭史; 小堤保則

  日本糖質学会年会要旨集, 2007

  
• Compound-Transporter Interaction Studies using Canonical Correlation Analysis

  Kitajima Masato; Minowa Yohsuke; Matsuda Hideo; Okuno Yasushi

  Chem-Bio Informatics Journal, 2007

  
• In silico screening based on chemical genomics informatics

  奥野恭史

  構造活性相関シンポジウム講演要旨集, 07 Nov. 2006

  
• ヒスタミン合成の欠損によるマスト細胞のか粒形成異常のメカニズムの解析

  田中智之; 中沢俊介; 土屋創健; 高野裕嗣; 奥野恭史; 辻本豪三; 中山和久; 市川厚; 杉本幸彦

  日本薬学会年会要旨集, 06 Mar. 2006

  
• ゲノム創薬支援システムの開発

  奥野恭史; 種石慶; 土屋創健; 王質輝; 辻本豪三

  日本薬学会年会要旨集, 06 Mar. 2006

  
• ヒスタミン合成の欠損によるマスト細胞の顆粒形成異常のメカニズムの解析

  田中 智之; 中沢 俊介; 土屋 創健; 高野 裕嗣; 奥野 恭史; 辻本 豪三; 中山 和久; 市川 厚; 杉本 幸彦

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 2006

  
• Application of a new probabilistic model for mining implicit associated cancer genes from OMIM and Medline

  Shanfeng Zhu; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Hiroshi Mamitsuka

  Cancer Informatics, 2006

  
• トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 総括研究報告書 平成17年度

  奥野恭史

  トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成17年度 総括研究報告書, 2006

  
• In silicoリガンド予測法によるGPCR新規リガンドの探索とその評価

  原貴史; 奥野恭史; 藪内弘昭; 平澤明; 辻本豪三

  日本循環薬理学会口演要旨集, 2006

  
• 遺伝子解析による疾病発症のメカニズム解明および創薬 マウスマスト細胞の成熟に伴う特異的機能の獲得に関与する遺伝子発現

  高野裕嗣; 田中智之; 中沢俊介; 奥野恭史; 辻本豪三; 市川厚; 中山和久; 杉本幸彦

  日本薬学会年会要旨集, 2006

  
• Informatics Strategy for Chemical Genomic Drug Discovery

  Okuno Yasushi

  Abstracts of Annual meeting of Japanese Society for the Study of Xenobiotics, 2006

  
• Mining literature co-occurrence data using a probabilistic model

  ZHU Shanfeng; OKUNO Yasushi; TSUJIMOTO Gozoh; MAMITSUKA Hiroshi

  IPSJ SIG technical reports, 07 Oct. 2005

  
• Inhibition of protein kinase CK2 prevents the progression of glomerulonephritis

  Masateru Yamada; Susumu Katsuma; Tetsuya Adachi; Akira Hirasawa; Satoshi Shiojima; Tadashi Kadowaki; Yasushi Okuno; Taka Aki Koshimizu; Shigeo Fujii; Yumiko Sekiya; Yohei Miyamoto; Mitsutaka Tamura; Wako Yumura; Hiroshi Nihei; Makio Kobayashi; Gozoh Tsujimoto

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 24 May 2005

  
• ゲノム創薬のためのバイオインフォマティクス手法の開発

  奥野恭史; 薮内弘昭; 辻本豪三

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2005

  
• A hierarchical mixture of markov models for finding biologically active metabolic paths using gene expression and protein classes

  Hiroshi Mamitsuka; Yasushi Okuno

  Proceedings - 2004 IEEE Computational Systems Bioinformatics Conference, CSB 2004, 2004

  
• Analysis of Chemical-Genomic Network

  奥野恭史

  スーパーコンピューターラボラトリー 平成15年度 研究成果報告書, 2004

  
• Prediction of Glycan Structures from Glycosyltransferase Expression Profiles.

  Kawano Shin; Okuno Yasushi; Hashimoto Kosuke; Yamamoto Harumi; Takematsu Hiromu; Kozutsumi Yasunori; Goto Susumu; Kanehisa Minoru

  Genome Informatics, 2003

  
• Efficient tree-matching methods for accurate carbohydrate database queries.

  Kiyoko F. Aoki; Atsuko Yamaguchi; Yasushi Okuno; Tatsuya Akutsu; Nobuhisa Ueda; Minoru Kanehisa; Hiroshi Mamitsuka

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2003

  
• Heuristics for chemical compound matching.

  Masahiro Hattori; Yasushi Okuno; Susumu Goto; Minoru Kanehisa

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2003

  
• Prediction of Metabolome Network based on Chemical Reaction Knowledge

  奥野恭史

  スーパーコンピューターラボラトリー 平成14年度 研究成果報告書, 2003

  
• 人工金属フィンガーモチーフの設計 H4型配位構造を有する新規亜鉛フィンガー

  堀雄一郎; 鈴木教夫; 奥野恭史; 永岡真; 二木史朗; 杉浦幸雄

  日本薬学会年会要旨集, 05 Mar. 2000

  
• Expression mechanism of the allosteric interactions in a ribozyme catalysis.

  M. Araki; Y. Okuno; Y. Sugiura

  Nucleic acids symposium series, 2000

  
• The engineering, structure, and DNA binding properties of a novel His4-type zinc finger peptide.

  Y. Hori; K. Suzuki; Y. Okuno; M. Nagaoka; S. Futaki; Y. Sugiura

  Nucleic acids symposium series, 2000

  
• NMR構造解析に基づく抗腫瘍抗生物質C-1027の反応メカニズム

  奥野 恭史; 杉浦 幸雄; 岩下 孝

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1999

  
• Higher order structure analysis of the antitumor antibiotics C-1027 chromophore - DNA complex by NMR.

  奥野恭史; 荒木通啓; 杉浦幸雄; 岩下孝; 大谷敏夫

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1998

  
• Computer Analysis of DNA‐Drug Interactions.

  奥野恭史

  スーパーコンピューターラボラトリー 平成9年度 研究成果報告書, 1998

  
• Interaction of C-1027 Chromophore with d(TGCCATC)/d(GATGGCA): A Binding Model Based on NMR Experiments.

  奥野恭史; 杉浦幸雄; 岩下孝; 大谷敏夫

  NMR討論会講演要旨集, Oct. 1997

  
• Rational molecular design of new functional RNA ribozyme (flavin switch ribozyme).

  荒木通啓; 原雄二; 奥野恭史; 杉浦幸雄

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1997

  
• Research on the developmentof new functional genome medicine ( genome drug design ) for gene diseases. ( Foundation for the Promotion Res. on Medical Resources S ).

  奥野恭史

  医薬資源研究振興会助成研究報告集 1996, 1997

  
• Structual analysis of DNA-C1027 chromophore complex by NMR method.

  奥野恭史; 杉浦幸雄; 岩下孝; 大谷敏夫

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1996

  
• 抗腫よう性抗生物質C‐1027の三次構造モデリング解析

  奥野恭史; 大塚雅巳; 杉浦幸雄

  日本薬学会年会要旨集, Mar. 1994

  

Presentations

• 個人に寄り添う健診補助AIアプリの実証研究：COMPASS study

  峰晴陽平; 内野詠一郎; 渡邊拡人; 平井啓; 吉田安里; 小島諒介; 奥野恭史

  ARO協議会第11回学術集会, 21 Sep. 2024

  
• 弘前市岩木地区住民における睡眠とインフルエンザ罹患との関連 -免疫力向上に対する寄与への検討-

  森脇圭; 中村和貴; 石田高志; 内野詠一郎; 奥野恭史; 玉田嘉紀; 伊東健; 村下公一; 三上達也; 中路重之

  第32回体力·栄養·免疫学会大会, 25 Aug. 2024

  
• 末梢血のGATA2の発現上昇がRNF213変異の浸透率上昇ともやもや病の重症化に関連する

  峰晴 陽平; 鎌田 貴彦; 戸本 芽生; 佐藤 憲明; 玉田 嘉紀; 舟木 健史; 原田 浩二; 木村 哲晃; 井上 逸郎; 尾市 雄輝; 朴 実樹; 笹ヶ迫 知紀; 奥野 恭史; 宮本 享; 荒川 芳輝

  第24回日本分子脳神経外科学会, 19 Jul. 2024

  
• 医療セミナー「生成AIで変わる診療・研究・教育」・「AI・シミュレーションによる創薬DX」

  奥野恭史

  第32回日本消化器関連学会（JDDW 2024）, 02 Nov. 2024

  
• スポンサードセッション「LINCが目指す創薬DXプラットフォーム」・「創薬DXプラットフォームの概要と進捗」

  奥野恭史

  情報計算化学生物学会2024年大会(CBI2024), 30 Oct. 2024

  
• 会長企画 教育シンポジウム2「医学・医療における生成AIの可能性と課題」・「生成AIは創薬を変革できるのか」

  奥野恭史

  第62回日本癌治療学会学術集会, 26 Oct. 2024

  
• スポンサーセミナー：理化学研究所「AIは創薬を変革できるのか」

  奥野恭史

  BioJapan2024, 09 Oct. 2024

  
• 主催者セミナー：コホート研究から世界最先端のヘルスケア産業を！「AIによる疾患発症予測と予防戦略」

  奥野恭史

  BioJapan2024, 09 Oct. 2024

  
• 特別講演「AI・ビッグデータが拓く医療の新しいカタチ」

  奥野恭史

  第29回日本糖尿病教育・看護学会学術集会, 21 Sep. 2024

  
• 特別講演「AI・シミュレーションが画期的新薬を生み出す未来」

  奥野恭史

  ARO協議会第11回学術集会, 20 Sep. 2024

  
• Keynote Lecture「AI platform to accelerate drug discovery」

  Yasushi Okuno

  日本薬物動態学会第39回年会／26th North American ISSX Meeting（日米合同薬物動態学会）, 15 Sep. 2024

  
• 基調講演「生成AI時代のヘルスケアDX」

  奥野恭史

  神戸リサーチコンプレックス協議会シンポジウム, 06 Sep. 2024

  
• DXで目指す創薬イノベーション

  奥野恭史

  第24回薬制研究会, 17 Jul. 2024

  
• 特別講演「DXで目指す創薬イノベーション」

  奥野恭史

  第28回日本がん分子標的治療学会学術集会, 21 Jun. 2024

  
• 遺伝性不整脈疾患における遺伝子変異特徴抽出手法の比較

  三谷 孟司; 岡本 有司; 糀谷 泰彦; 相澤 卓範; 牧山 武; 大野 聖子; 堀江 稔; 奥野 恭史

  第38回人工知能学会全国大会, 28 May 2024

  
• ともに語ろう 薬学の未来

  奥野恭史

  日本薬系学会連合設立記念フォーラム, 11 May 2024

  
• AIは創薬を変革できるのか

  奥野恭史

  千里ライフサイエンスセミナー, 10 May 2024

  
• DXで目指す創薬イノベーション

  奥野恭史

  ファーマIT 2024, 19 Apr. 2024

  
• 医療におけるビッグデータ・AIの現状と未来

  奥野恭史

  医療AIとビッグデータを考える会, 14 Mar. 2024

  
• AI・データサイエンスによるウェルビーイングの創造

  奥野恭史

  2023年度 食創会 「第28回 安藤百福賞」 大賞受賞記念講演, 12 Mar. 2024, 安藤スポーツ･食文化振興財団

  
• Post-discharge Use of Tolvaptan in Patients with Heart Failure as a Predictor of 2-year Rehospitalization: Explainable Artificial-Intelligence Based Study

  糀谷 泰彦; 山本 絵里香; 内野 詠一郎; 田中 宗和; 瀬尾 拓哉; 仲山 加奈子; 高野橋 健太; 尾野 亘; 奥野 恭史

  The 88th Annual Scientific Meeting of the Japanese Circulation Society, 09 Mar. 2024

  
• Development of Deep-Generative Models with Fine-tuning Techniques for Genetic Risk Prediction and Prognosis Stratification of Hereditary Arrhythmic Disease

  三谷 孟司; 糀谷 泰彦; 岡本 有司; 相澤 卓範; 牧山 武; 大野 聖子; 堀江 稔; 奥野 恭史

  The 88th Annual Scientific Meeting of the Japanese Circulation Society, 09 Mar. 2024

  
• AI・シミュレーションによる疾患発症予測と予防戦略

  奥野恭史

  日本学術振興会 R021食と未病マーカー産学協力委員会 第17回定例研究会, 08 Feb. 2024

  
• DXで目指す創薬イノベーション

  奥野恭史

  第37回理研と未来を創る会, 07 Feb. 2024

  
• Development of a discriminative model to determine the structural accuracy of an antibody-antigen mutant models based on geometrical interaction descriptors

  S. Chiba; Y. Okuno; M. Ikeguchi; M. Ohta

  The 6th R-CCS International Symposium, 29 Jan. 2024

  
• Integrating Artificial Intelligence for Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations with a Smoothed Hybrid Potential

  Ryo Kanada; Atsushi Tokuhisa; Yusuke Nagasaka; Shingo Okuno; Koichiro Amemiya; Shuntaro Chiba; Gert-Jan Bekker; Narutoshi Kamiya; Koichiro Kato; Yasushi Okuno

  The 6th R-CCS International Symposium, 29 Jan. 2024

  
• 医療ビッグデータと次世代AIが変革のカギ～“患者中心”へのシフトと製薬ビジネスの未来～

  奥野恭史

  NTT DATA Foresight Day 2024, 26 Jan. 2024

  
• AI・シミュレーションが拓く創薬・医療の未来

  奥野恭史

  第41回コロイド界面技術シンポジウム, 25 Jan. 2024

  
• DXで目指す創薬イノベーション

  奥野恭史

  関西大学第68回研究部門別発表会, 15 Jan. 2024

  
• エスキッピングのためのアンチセンス核酸オリゴマーデータベースおよびスキップ効率予測

  小野史恵; 千葉峻太朗; 邦武克彦; 青木吉嗣; 横田俊文; 奥野恭史

  疾患モデルを駆使した筋ジストロフィーの治療法開発 2023年度研究班会議, 19 Dec. 2023

  
• 術前後MRI画像と臨床情報のマルチモーダル学習による膠芽腫のKPS低下予測

  峰晴陽平; 笹ヶ迫知紀; 植田彰彦; 望月勇佑; 沼侑佐; 土井聡一郎; 奥野恭史; 荒川芳輝

  第41回日本脳腫瘍学会学術集会, 03 Dec. 2023

  
• AIによる生活習慣病の発症予測と予防戦略

  奥野恭史

  日本内科学会学術集会 第51回内科学の展望, 03 Dec. 2023

  
• AI・シミュレーションが拓く創薬の未来

  奥野恭史

  第5回KBBM WEB セミナー, 30 Oct. 2023

  
• A New Molecular Generation Model Combining Deep Learning and Reinforcement Learning

  Iwata H; Nakai T; Koyama T; Matsumoto S; Kojima R; Okuno Y

  情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023), 25 Oct. 2023

  
• Elucidation of Mortality Triggers Using Temporal Predictive Models

  Tatsuki Yamamoto; Yuzuha Tsuji; Minoru Sakuragi; Yuji Okamoto; Mayumi Kamada; Yasushi Okuno

  情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023), 25 Oct. 2023

  
• Exploring Chemical Structural Insights of ADME Properties via Interpretable Deep Learning

  Ito S; Koyama T; Iwata H; Matsumoto S; Kojima R; Okuno Y

  情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023), 25 Oct. 2023

  
• Insight into Federated Learning for Compound-Protein Interaction Prediction

  Koyama T; Iwata H; Matsumoto S; Kojima R; Otsuka T; Hasegawa A; Okuno Y

  Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2023, 25 Oct. 2023

  
• Can AI Revolutionize Drug Discovery?

  奥野恭史

  情報計算化学生物学会2023年大会(CBI2023), 25 Oct. 2023, Invited

  
• Application of Machine Learning Models in Prediction of Disease Therapeutic Target Molecules Using Gene Expression Profiles

  Hatano N; Kamada M; Kojima R; Iwata H; Okuno Y

  Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2023, 24 Oct. 2023

  
• 特別講演「DXで目指す創薬イノベーション」

  奥野恭史

  第73回日本薬学会関西支部 総会・大会, 14 Oct. 2023

  
• Comprehensive Clinical Risk Assessment of Drug Candidate Compounds using ADMET-AI Models

  Ito S; Iwata H; Matsumoto S; Kojima R; Igarashi Y; Kuroda M; Kawashima H; Watanabe R; Yamada H; Mizuguchi K; Okuno Y

  日本薬物動態学会第38回年会／第23回シトクロムP450国際会議国際合同大会, 27 Sep. 2023

  
• 創薬科学副専攻「創薬科学特殊講義」「AI・シミュレーションが拓く創薬の未来」

  奥野恭史

  大阪公立大学第 11 回 創薬科学研究所セミナー 、第 133 回 生物科学フロンティアセミナー, 22 Sep. 2023

  
• A novel method for gene knockdown simulation using Markov chain Monte Carlo methods (MCMC)

  中澤 麻衣; 玉田 嘉紀; 奥野 恭史

  2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023）, 07 Sep. 2023

  
• Multi-omics network analysis for Elucidating Drug Sensitivity Mechanisms of Individual Cancer Patients

  太田 可純; 原田 陽平; 中澤 麻衣; 玉田 嘉紀; 奥野 恭史

  2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023）, 07 Sep. 2023

  
• INGOR / SiGN-BN - Gene Network Estimation Software

  玉田 嘉紀; 中澤 麻衣; 太田 可純; 原田 陽平; 藤本 健二; 鎌田 真由美; 奥野 恭史

  2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023）, 07 Sep. 2023

  
• Network-Based Prediction Method for Cancer Driver Missense Mutations.

  Hatano N; Kamada M; Kojima R; Okuno Y

  Intelligent Systems for Molecular Biology/European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB) 2023, 26 Jul. 2023

  
• Latent State Estimation of Cancer Patients Treated with Nivolumab Using Deep State Space Model.

  Nakamura A; Kojima R; Okamoto Y; Mineharu Y; Harada Y; Kamada M; Okuno Y

  Intelligent Systems for Molecular Biology/European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB), 25 Jul. 2023

  
• Iterative Data Augmentation of Near Boundary Negative Samples Improves the Model Generalizability in Compound-Protein Interaction Prediction.

  Koyama T; Matsumoto S; Iwata H; Kojima R; Okuno Y

  Intelligent Systems for Molecular Biology/European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB) 2023, 24 Jul. 2023

  
• 動脈硬化研究道場〜シングルセル、AIからビッグデータまで〜AI・シミュレーションが拓く創薬の未来

  奥野恭史

  第55回日本動脈硬化学会総会・学術集会 シンポジウム12, 09 Jul. 2023

  
• The Accuracy Differences in Developing A Deep Neural Network to Identify Pulmonary Vein Potentials Depend On Input Leads of A 12-leads Electrocardiogram.

  Tanaka M; Kohjitani H; Yoneda F; Nishiwaki S; Shizuta S; Okuno Y

  第69回日本不整脈心電学会学術大会, 07 Jul. 2023

  
• 多拠点健診データ間における棄却オプションによる疾患発症予測機械学習モデルの性能向上

  戸﨑 泰誠; 内野 詠一郎; 小島 諒介; 峰晴 陽平; 有田 幹雄; 宮井 信行; 玉田 嘉紀; 三上 達也; 村下 公一; 中路 重之; 奥野 恭史

  第27回日本医療情報学会春季学術大会シンポジウム2023, 01 Jul. 2023

  
• 悪性脳腫瘍の摘出範囲シミュレーターを活用した予後予測モデル

  土井聡一郎; 峰晴陽平; 植田彰彦; 笹ヶ迫知紀; 望月勇佑; 沼侑佐; 荒川芳輝; 奥野恭史

  第5回日本メディカルAI学会学術集会, 18 Jun. 2023, 理化学研究所 革新知能統合研究センター

  
• 術前後MRI画像と臨床背景情報のマルチモーダル学習による悪性脳腫瘍の機能予後予測

  望月勇佑; 峰晴陽平; 植田彰彦; 笹ヶ迫知紀; 沼侑佐; 土井聡一郎; 荒川芳輝; 奥野恭史

  第5回日本メディカルAI学会学術集会, 18 Jun. 2023, 理化学研究所 革新知能統合研究センター

  
• 前立腺癌病理画像の深層転移学習による薬物治療奏効性の特徴抽出

  大橋沙葵; 植田彰彦; 波多野浩士; 中田渡; 奥野恭史; 藤田和利

  第5回日本メディカルAI学会学術集会, 17 Jun. 2023, 理化学研究所 革新知能統合研究センター

  
• 健診データを用いた動的ベイジアンネットワークによる時系列の状態推移解析

  池上 莉理子; 内野 詠一郎; 小島 諒介; 玉田 嘉紀; 三上 達也; 村下 公一; 中路 重之; 奥野 恭史

  第5回日本メディカルAI学会学術集会, 17 Jun. 2023, 理化学研究所 革新知能統合研究センター

  
• 若手教育セミナー1 「ビッグデータからみた循環器疾患」

  奥野恭史

  第59回日本循環器病予防学会学術集会, 03 Jun. 2023

  
• メディカルAIの現状と未来 〜腎領域応用を中心に〜

  奥野恭史

  AIによる腎疾患診療の未来を考える会, 22 May 2023

  
• DXによる創薬イノベーション

  奥野恭史

  日本薬剤学会第38年, 16 May 2023

  
• ビッグデータ医科学

  奥野恭史

  第31回日本医学会総会2023東京 柱1:ビッグデータがもたらす医学・医療の変革 顕微鏡ビッグデータは医学に何をもたらすか？, 21 Apr. 2023

  
• DX drives the innovation in drug development

  奥野恭史

  第110回日本泌尿器科学会総会, 20 Apr. 2023

  
• 新薬開発を効率化・加速する製剤処方設計 AI の開発

  奥野恭史

  AI NEXT FORUM 2023―ビジネスとAI最新技術が出会う、新たなイノベーションが芽生える―, 16 Feb. 2023

  
• 特別企画２ デジタルツイン戦略最前線

  奥野恭史

  弘前大学COI-NEXT Well-beingイノベーションサミット2023, 10 Feb. 2023

  
• 「富岳」NOW 「富岳」を活用した研究の現在と今後の展望

  奥野恭史

  シンポジウム「富岳」EXPANDS ～可能性を拡張する～, 24 Jan. 2023

  
• データ駆動型医療・ヘルスケアに向けて

  AI技術・画像センシングワーキンググループ合同技術部会(オムロン技術・知財本部), 12 Dec. 2022

  
• データ科学に基づく医学・医療・創薬の変革

  奥野恭史

  一般社団法人 日本腎臓学会 第四回scChemRISC研究会, 07 Dec. 2022

  
• AI とシミュレーションの融合で目指す創薬 DX

  奥野恭史

  第39回メディシナルケミストリーシンポジウム, 24 Nov. 2022

  
• 創薬DX-PF構築の夜明け

  奥野恭史

  LINC SHOWCASE2022 Autumn, 21 Nov. 2022

  
• 第４次産業革命化における教育・臨床・研究

  奥野恭史

  関西学院大学 大学職員対象「大学運営」科目第7回講義「私たちの社会の変化：最先端の研究が導く未来の大学：イノベーション・社会との連関・人材育成, 19 Nov. 2022

  
• AIが拓くデータ駆動型ヘルスケアの未来

  奥野恭史

  医療･創薬･ヘルスケアにおけるDX －LINCの紹介と兵庫県、 神戸市企業との連携に向けて, 14 Nov. 2022

  
• AIが拓くデータ駆動型ヘルスケアの未来

  奥野恭史

  第36回日本泌尿器内視鏡・ロボティクス学会総会, 11 Nov. 2022

  
• 「富岳」を基軸としたライフサイエンスDXに向けて

  奥野恭史

  科技ハブ共同研究プログラム 2022年度合同ワークショップ, 04 Nov. 2022

  
• 創薬デジタルトランスフォーメーションに向けて

  第72回日本薬学会関西支部総会・大会,, 08 Oct. 2022

  
• Efficient Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model using Dynamic Cross-Correlation Coefficient

  Ryo Kanada; Kei Terayama; Atsushi Tokuhisa; Shigeyuki Matsumoto; Yasushi Okuno

  The 60th Annual meeting of the Biophysical Society of Japan, 30 Sep. 2022

  
• Structure evaluation for protein-peptide docking models using 3D convolutional neural networks

  Lim H; Matsumoto S; Chiba S; Isaka Y; Kamada M; Okuno Y

  The 60th Annual meeting of the Biophysical Society of Japan, 30 Sep. 2022

  
• DXによる創薬イノベーション

  奥野恭史

  創薬薬理フォーラム第30回シンポジウム, 13 Sep. 2022

  
• Network-based pathogenicity prediction for genomic variants

  鎌田 真由美; 高木 温子; 小島 諒介; 奥野 恭史

  第71回バイオ情報学研究発表会（ショートトークセッション）, 12 Sep. 2022

  
• 遺伝子発現量と知識グラフを組み合わせた深層学習モデルによるがん患者予後予測

  井上 和真; 小島 諒介; 鎌田 真由美; 奥野 恭史

  第71回バイオ情報学研究発表会（ショートトークセッション）, 12 Sep. 2022

  
• AIが拓く医療・創薬の未来

  奥野恭史

  Cardiovascular-Metabolism-Aging Research Seminar (MARS), 06 Sep. 2022

  
• AI が拓くデータ駆動型ヘルスケアの未来

  奥野恭史

  神戸リサーチコンプレックス協議会シンポジウム 市民の健康データを活用したデータサイエンスの社会実装, 26 Aug. 2022

  
• AI・ビッグデータが拓く医療の未来

  奥野恭史

  がん研究早期体験プログラム（がん研究 Early Exposure Program）, 05 Aug. 2022, Invited

  
• AI・シミュレーションが拓く医療の未来

  奥野恭史

  令和4年度第2回臨床研究推進センター講演会 RIKENの世界 計算科学研究センター ～計算の計算による計算のための科学～, 02 Aug. 2022

  
• 「富岳」創薬DXプラットフォーム構想の実現に向けて

  奥野恭史

  第4回理研ＤＭＰ創薬セミナー, 26 Jul. 2022

  
• 特別講演「DXによる創薬・医療イノベーション」

  奥野恭史

  DataRobot AI Experience 22 Japan, 20 Jul. 2022

  
• スーパーコンピュータ・AIによるデータ駆動型創薬の実現を目指して

  奥野恭史

  第119回 未来医療セミナー, 11 Jul. 2022

  
• スーパーコンピュータ・AI で挑む Precision Medicine

  奥野恭史

  第 30 回日本乳癌学会学術総会, 30 Jun. 2022

  
• 精密医療を見据えたRCTデータの新規層別化解析手法の開発

  当麻誠悟; 内野詠一郎; 玉田嘉紀; 糀谷泰彦; 峰晴陽平; 櫻木実; 永井良三; 尾野亘; 木村剛; 奥野恭史

  第4回日本メディカルAI学会学術集会, 10 Jun. 2022

  
• 時系列モデルを用いたニボルマブ投与がん患者の潜在状態推定

  中村綾; 小島諒介; 岡本有司; 鎌田真由美; 奥野恭史

  第4回日本メディカルAI学会学術集会, 10 Jun. 2022

  
• 遺伝子変異情報および臨床データを用いたVAEファインチューニングによる遺伝性不整脈疾患のリスク層別化

  三谷孟司; 岡本有司; 糀谷泰彦; 相澤卓範; 牧山武; 大野聖子; 堀江稔; 奥野恭史

  第4回日本メディカルAI学会学術集会, 10 Jun. 2022

  
• 機械学習によるAKI発症予測モデルの開発

  内野詠一郎; 櫻木実; 佐藤憲明; 奥野恭史; 柳田素子

  第65回日本腎臓学会学術総会 ワークショップ3 腎疾患診療最適化のためのAI・ICTの活用, 10 Jun. 2022

  
• Development of a Genetic Prognostic Model for Hereditary Arrhythmia Disease Using Machine Learning．

  Kohjitani H; Mitani T; Aizawa T; Makiyama T; Kashiwa A; Imamura T; Ohno S; Horie M; Shizuta S; Kimura T; Okuno Y

  第68回日本不整脈心電学会学術大会, 09 Jun. 2022

  
• 副作用研究におけるAIの可能性

  奥野恭史

  構造活性フォーラム2022, 03 Jun. 2022

  
• パネルディスカッション「健康DXサービスの創出に向けて 」

  奥野恭史

  バイオグリッド研究会2022 ―いのちかがやく未来社会のデザインに向けて 健康DXサービスの創出―, 28 May 2022

  
• LINCが目指す創薬DXプラットフォーム

  奥野恭史

  LINC講演会2022 - LINCが目指す創薬DXプラットフォーム -, 27 May 2022

  
• 創薬ターゲット推定とメカニズム解明のためのAI 技術の開発

  奥野恭史

  官民研究開発投資拡大プログラム(PRISM）「新薬創出を加速する症例データベースの構築・拡充／創薬ターゲットの推定アルゴリズムの開発」令和３年度成果報告会, 12 May 2022

  
• ビッグデータとAIを駆使した疾患発症予測と未来のヘルスケアの可能性

  奥野恭史

  花王社内セミナー, 09 May 2022

  
• 「富岳」でめざす創薬イノベーション

  「富岳」成果創出加速プログラム シンポジウム, 29 Mar. 2022

  
• AI・シミュレーションが拓く創薬・医療の未来

  京都大学サロンLHS2021 京都大学文理融合サロン【Life、Human、Society】, 25 Mar. 2022

  
• A multiscale molecular simulation approach to assess the effects of mutations on functional activity and drug sensitivity in kinases

  Araki M; Okuno Y

  Spring 2022 ACS National Meeting, 22 Mar. 2022

  
• 高血圧の個別化医療とAI

  奥野恭史

  第86回日本循環器学会学術集会, 13 Mar. 2022

  
• 創薬デジタルトランスフォーメーションに向けて

  奥野恭史

  第155回 PIフォーラム医薬事業委員会 会合, 08 Mar. 2022

  
• AIが拓くデータ駆動型医療・ヘルスケアの未来

  奥野恭史

  第56回 糖尿病学の進歩, 25 Feb. 2022

  
• Introduction to HPC- and AI-driven Drug Development Platform Division

  奥野恭史

  226th R-CCS Café, 10 Feb. 2022

  
• AI・ビッグデータが拓く医療の未来

  奥野恭史

  宮城県臨床細胞学会 共催セミナー, 06 Feb. 2022

  
• 特別企画１ ビッグデータ解析チーム最前線

  奥野恭史

  弘前大学COIヘルシーエイジング・イノベーションサミット2022, 04 Feb. 2022

  
• Precision Medicineにおけるオミクスデータ×AIの可能性

  奥野恭史

  トミーデジタルバイオロジー株式会社ウェビナー, 13 Jan. 2022

  
• がん分子標的治療における AI・スーパーコンピュータの可能性

  奥野恭史

  第25回日本肝がん分子標的治療研究会, 08 Jan. 2022

  
• AI創薬の現状と未来Today and future of AI-based drug development

  奥野恭史

  SEMIテクノロジーシンポ, 17 Dec. 2021

  
• COVID-19で加速する創薬デジタルトランスフォーメーション

  奥野恭史

  第3回 ファーマラボEXPO, 10 Dec. 2021

  
• ウィズコロナ時代の社会と情報科学

  奥野恭史

  第13回 総合科学を考えるセミナー, 04 Dec. 2021

  
• AI・シミュレーションが拓く医療・創薬の未来

  奥野恭史

  山口大学大学院医学系研究科主催第４回シンポジウム「人工知能・システム医学による難治性疾患への新たな挑戦」, 27 Nov. 2021

  
• ビッグデータ・AIが拓くヘルスケアの未来

  奥野恭史

  次世代ヘルスケアプロジェクト2021（日本能率協会）, 25 Nov. 2021

  
• AI・シミュレーションから見る創薬モダリティのNew normal－COVID-19を超えて

  奥野恭史

  日本薬物動態学会 第14回ショートコース, 16 Nov. 2021

  
• COVID-19から創薬DXを考える Thinking about DX in drug development from COVID-19

  奥野恭史

  CBI学会2021年大会, 26 Oct. 2021

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野恭史

  第39回日本骨代謝学会学術集会, 10 Oct. 2021

  
• ビッグデータ解析チーム最前線

  奥野恭史

  弘前大学COIヘルシーエイジング・イノベーションフォーラム2021, 08 Oct. 2021

  
• スーパーコンピュータ「富岳」で目指す創薬DX

  奥野恭史

  ONE NTTDATA ライフサイエンスイベント, 29 Sep. 2021

  
• AIによる薬効・ADMET予測と企業間連合学習

  奥野恭史

  生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2021), 29 Sep. 2021

  
• 医療におけるデジタルツール活用の展望

  奥野恭史

  中外製薬 京都婦人科臨床研究ミーティング, 24 Sep. 2021

  
• 「富岳ｘ創薬」に関する事例紹介

  奥野恭史

  「富岳」BEGINS ～活躍の場を無数に広げて～, 17 Sep. 2021

  
• スーパーコンピュータ「富岳」・AIによるデータ駆動型創薬の可能性

  奥野恭史

  第61回生物物理若手の会 夏の学校, 10 Sep. 2021

  
• 日本人疾患ゲノム情報統合データベース “MGeND”

  奥野恭史

  第29回日本組織適合性学会大会, 03 Sep. 2021

  
• ビッグデータ・人工知能が拓く医療の未来

  奥野恭史

  公益社団法人医療・病院管理研究協会 医療における人工知能の活用と影響, 27 Aug. 2021

  
• データ駆動型創薬・医療の実現に向けて

  奥野恭史

  武田薬品 第４回TDC-JX医薬品開発の分野でのAI x BIG DATAの活用, 03 Aug. 2021

  
• スーパーコンピュータ・AIが拓く創薬・医療の未来

  奥野恭史

  ものづくりなでしこ 第六回総会＆一般社団法人設立祝賀会, 09 Jul. 2021

  
• ビッグデータ・AIが拓く創薬・医療の未来

  奥野恭史

  2021年 KECセミナー 『AI・ビッグデータによる進化のスパイラル』, 02 Jul. 2021

  
• AI・スーパーコンピュータによるデータ駆動型創薬の可能性

  奥野恭史

  第15回ケミカルバイオロジー, 22 Jun. 2021

  
• スーパーコンピュータ「富岳」によるシミュレーション創薬とAI創薬

  奥野恭史

  第85回日本生化学会中部支部例会・シンポジウム, 22 May 2021

  
• AIがもたらす創薬研究へのインパクト

  奥野恭史

  第68回 日本実験動物学会総会, 20 May 2021

  
• 産学連携コンソーシアムLINCから観たAI創薬の現状と未来

  奥野恭史

  知的財産戦略ネットワーク講演会 医療AI 「AI創薬について」～Aiシリーズパート2～, 31 Mar. 2021

  
• スーパーコンピュータ「富岳」・AIによる新型コロナウイルス治療法開発への挑戦

  奥野恭史

  コンピュータ化学部会（第109回例会)「「富岳」を使った新型コロナウイルス研究, 23 Mar. 2021

  
• 医薬プロセス最適化プラットフォーム開発の現状と今後

  奥野恭史

  理化学研究所 医科学イノベーションハブ推進プログラム シンポジウム, 17 Mar. 2021

  
• Drug Screening for COVID-19 using Supercomputer “Fugaku”

  第94回日本薬理学会年会 特別講演 AI創薬の現状と未来Today and future of AI-based drug development シンポジウム, 08 Mar. 2021

  
• プレシジョンメディスンを加速する創薬ビッグデータ統合システムの推進

  奥野恭史

  富岳の創薬活用に向けたワークショップ, 04 Mar. 2021

  
• AI・シミュレーションによる新型コロナウイルス治療法開発への挑戦

  奥野恭史

  特別講演AIネットワーク社会フォーラム ～AI-Ready社会の実現に向けて～, 01 Mar. 2021

  
• データ駆動型 医療・医薬品・ヘルスケア産業

  奥野恭史

  IQVIAセミナー, 15 Feb. 2021

  
• スーパーコンピュータ「富岳」・AIによる新型コロナウイルス治療法開発への挑戦

  奥野恭史

  第38回コロイド界面技術シンポジウム 「みんなを元気にするすごい技術 アフターコロナの研究開発 ～動向/指針/変化する研究」, 04 Feb. 2021

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野恭史

  第16回がんトランスレーショナルリサーチ（TR）ワークショップ, 19 Jan. 2021

  
• AI・シミュレーションが拓く創薬・医療の未来

  奥野恭史

  けいはんなR&Dイノベーションフォーラム, 15 Dec. 2020

  
• 「富岳」がもたらす創薬・医療へのインパクト

  奥野恭史

  第13回 スーパーコンピューティング技術 産業応用シンポジウム, 10 Dec. 2020

  
• スーパーコンピュータ・AIが拓く創薬の未来

  奥野恭史

  Life Science Startup Ecosystem, 10 Dec. 2020

  
• スーパーコンピュータ・AIが拓く創薬の未来

  奥野恭史

  第3回産学官連携情報交流セミナー, 03 Dec. 2020

  
• スーパーコンピュータ「富岳」・AIによる新型コロナウイルス治療法開発への挑戦

  奥野恭史

  総務省 情報通信政策研究所主催「ＡＩネットワーク社会推進会議」, 12 Nov. 2020

  
• 創薬におけるAIの現状と未来

  奥野恭史

  第21回日本毒性病理学会, 07 Nov. 2020

  
• スーパーコンピューター「富岳」による新型コロナウィルス治療法開発への挑戦

  奥野恭史

  けいはんなR&Dフェア2020, 05 Nov. 2020

  
• Drug Screening against COVID-19 using Supercomputer “Fugaku,”

  奥野恭史

  HPCIコンソーシアムシンポジウム, 30 Oct. 2020

  
• スーパーコンピュータ「富岳」によるCOVID-19治療薬探索

  奥野恭史

  AMED-BINDS事業の公開シンポジウム, 30 Oct. 2020

  
• 医療におけるビッグデータ・AIの可能性ー岩木健康増進プロジェクトを例にー

  奥野恭史

  第56会日本医学放射線学会秋季臨床大会, 28 Oct. 2020

  
• スパコン「富岳」・AIによる新型コロナウイルス治療法開発への挑戦

  奥野恭史

  数理・AI・データサイエンスの市民講座, 23 Oct. 2020

  
• AIの発達による医療へのインパクトと製薬会社が採るべき戦略

  奥野恭史

  大和証券セミナー, 16 Oct. 2020

  
• Cancer molecular targeted therapy strategy challenged by supercomputer and AI

  奥野恭史

  第24回日本がん分子標的治療学会学術集会, 08 Oct. 2020

  
• スーパーコンピュータ「富岳」vs 新型コロナウイル

  奥野恭史

  STSフォーラム公開シンポジウム, 03 Oct. 2020

  
• スーパーコンピュータ・AIが拓く創薬・医療の未来

  奥野恭史

  人事労災対策委員会・総務委員会, 28 Sep. 2020

  
• 医療におけるAIの可能性～高血圧・生活習慣病を例に～

  奥野恭史

  第64回広島高血圧・生活習慣病研究, 25 Sep. 2020

  
• スーパーコンピュータ「富岳」によるCOVID-19 治療薬探索

  奥野恭史

  第９回生命医薬情報学連合大会, 04 Sep. 2020

  
• 医療におけるAIの実際と可能性

  奥野恭史

  第84回 日本循環器学会学術集会, 01 Aug. 2020

  
• 創薬AIとこれからの医薬品開発

  奥野恭史

  新たな産業の役割, IQVIAセミナー（製薬企業向け）, 27 Jul. 2020

  
• シミュレーション・AI駆動型創薬

  奥野恭史

  俯瞰ワークショップ ナノテクノロジー・材料分野 区分別分科会, 18 Jul. 2020

  
• 創薬AIとこれからの医薬品開発

  奥野恭史

  新たな産業の役割, IQVIAセミナー, 09 Jul. 2020

  
• AI・シミュレーションによる薬効・毒性予測

  奥野恭史

  第47回日本毒性学会学術年会シンポジウム, 29 Jun. 2020

  
• AI-driven pharmaceutical innovation in Japan

  奥野恭史

  第6回グローバルQA会議, 18 Feb. 2020

  
• ライフサイエンスからみるAIの現状と課題

  奥野恭史

  公益社団法人日本技術士会生物工学部会 特別例会, 15 Feb. 2020

  
• 医療・創薬におけるAIの現状と可能性

  奥野恭史

  日本臨床試験学会 第11回学術集会総会, 14 Feb. 2020

  
• ビックデータ解析チーム最前線

  奥野恭史

  弘前大学COIヘルシーエイジング・イノベーションフォーラム2020, 31 Jan. 2020

  
• 医療におけるAIの現状と可能性

  奥野恭史

  横浜市立みなと赤十字病院講演 第11回臨床研究セミナー, 29 Jan. 2020

  
• AI が拓く創薬・医療の未来

  奥野恭史

  全日本科学技術協会, 10 Jan. 2020

  
• AI・シミュレーションが拓く創薬・医療の未来

  奥野恭史

  第34回 けいはんな「エジソンの会」, 17 Dec. 2019

  
• 創薬・医療におけるAI・ビックデータの現状と未来

  奥野恭史

  アストラゼネカ株式会社, 16 Dec. 2019

  
• これからのビッグデータ活用と臨床研究

  奥野恭史

  第40回日本臨床薬理学会学術総会, 04 Dec. 2019

  
• AIが拓く創薬・医療の未来

  奥野恭史

  新価値創造展2019, 28 Nov. 2019

  
• Application of Graph Convolutional Network to Chemoinformatics

  奥野恭史

  第6回ケモインフォマティクス秋の学校, 27 Nov. 2019

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野恭史

  国際学際的生命科学学会2019, 24 Nov. 2019

  
• 医学の新時代を切り開くビッグデータ解析：岩木健康増進プロジェクトでの経験

  奥野恭史

  第27会日本消化器内視鏡学会, 21 Nov. 2019

  
• 創薬化学からみるAIの現状と可能性

  奥野恭史

  第5回 理研ー北大ー産総研ー物材機構「触媒インフォマティクス」シンポジウム, 12 Nov. 2019, Invited

  
• AIコンソーシアム”LINC”で目指す創薬イノベーション

  奥野恭史

  DIA日本年会, 11 Nov. 2019

  
• ビッグデータ・AIが拓くヘルスケアの未来

  奥野恭史

  株式会社インテージヘルスケア講演会, 07 Nov. 2019

  
• 特別講演

  奥野恭史

  第42回ケモインフォマティクス討論（CICSJ42）, 29 Oct. 2019

  
• AIによる生活習慣病発症予測と血圧変動予測

  奥野恭史

  第1回Digital Hypertension Conference, 25 Oct. 2019

  
• 構造生物学における人工知能

  奥野恭史

  CBI2019年大会, 23 Oct. 2019

  
• 主要大学による医療人材教育の取り組み

  奥野恭史

  関西広域医療データ人材教育拠点形成事業キックオフシンポジウム, 11 Oct. 2019

  
• 創薬におけるAIの現状と可能性

  奥野恭史

  製剤機械技術学会, 10 Oct. 2019

  
• ビッグデータ・AI時代の創薬

  奥野恭史

  バイオグリッド研究会 2019 IoT時代のデジタルメディスン, 05 Oct. 2019

  
• ビッグデータ解析研究最前線

  奥野恭史

  弘前大学COIヘルシーエイジング・イノベーションフォーラム2019, 04 Oct. 2019

  
• Protein-drug binding mode prediction from the apo-protein structure using a molecular dynamics-based pocket generation approach

  Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  第57会日本生物物理学会年会, 25 Sep. 2019

  
• Reinforcement Learning and Global Optimization Techniques in Molecular Dynamics Simulations

  Kei Terayama; Yasushi Okuno; Koji Tsuda

  The 57th Annual Meeting of The Biophysical Society of Japan, 25 Sep. 2019

  
• ビッグデータ・AIは拓く医薬品産業の未来

  奥野恭史

  一般財団法人日本製薬医学会 第10回年次大会, 20 Sep. 2019

  
• ビッグデータを活用したオープンイノベーション～AI戦略による産業競争力加速の取り組み～

  奥野恭史

  ビッグデータの利活用によるオープンイノベーション戦略 ～技術課題を解決に導く共同研究者探索～, 13 Sep. 2019

  
• ビッグデータで激変：Percision Medicineと医療現場の未来

  奥野恭史

  Hospital Management Japan Summit 2019, 12 Sep. 2019

  
• ビッグデータを活用したオープンイノベーション～AI戦略による産業競争力加速の取り組み～

  奥野恭史

  ビッグデータの利活用によるオープンイノベーション戦略 ～技術課題を解決に導く共同研究者探索～, 10 Sep. 2019

  
• データサイエンスからみるライフコース・ヘルスケア

  奥野恭史

  ライフコースヘルスケアシンポジウム ライフコース・ヘルスケアへの期待, 02 Sep. 2019

  
• 新時代の医科学：ビッグデータからの創薬・医療の進化

  奥野恭史

  第59回 生命科学 夏の学校, 31 Aug. 2019

  
• 弘前と神戸からみるデータヘルスの現状と可能性

  奥野恭史

  健康脆弱化予知予防コンソーシアム, 21 Aug. 2019

  
• 医療におけるビッグデータ・AIの現状と未来

  奥野恭史

  2019年度NPO法人西日本呼吸器内科医療推進機構夏季学術集会, 27 Jul. 2019

  
• 新薬創出を加速する人工知能の開発

  奥野恭史

  官民研究開発投資拡大プログラム(PRISM)「新薬創出を加速する人工知能の開発」平成30年度成果報告会, 17 Jul. 2019, Invited

  
• 創薬化学からみるAIの現状と可能性

  奥野恭史

  第54回天然物化学談話会, 05 Jul. 2019, Invited

  
• 腎臓内科におけるビッグデータ・AIの可能性

  奥野 恭史

  第62回日本腎臓学会学術総会, 22 Jun. 2019

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野 恭史

  第30回日本小児科総会フォーラム, 08 Jun. 2019

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  医療科学研究所 産官学シンポジウム 2019, 18 May 2019

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  サイエンステクノフロンティアフォーラム, 11 May 2019

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  千葉大学「自動問診項目解析による診断支援システムの研究」のキックオフミーティング, 28 Mar. 2019

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  ファーマIT 2019, 18 Mar. 2019

  
• 産学連携で目指すAI創薬革命

  奥野 恭史

  京都府京大オフィス産学連携セミナー, 12 Mar. 2019

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  山口大学医学部講演会, 08 Mar. 2019

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  公益財団法人医療科学研究所 産官学少人数懇談会, 05 Mar. 2019

  
• 医療におけるビッグデータ・AIの可能性

  奥野 恭史

  第41回近畿小児血液・がん研究会, 16 Feb. 2019

  
• AIが拓く創薬・医療の未来

  奥野 恭史

  東北大学講演, 29 Jan. 2019

  
• AI創薬の現状と未来

  奥野 恭史

  日本メディカルAI学会第1回学術集, 26 Jan. 2019

  
• Application of Deep Learnig to Drug Discoverty

  IWATA Hiroaki

  Crest International Symposium on Big Data Application, 20 Jan. 2019

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野 恭史

  第53回日本成人病（生活習慣病）学会学術集会, 13 Jan. 2019

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野 恭史

  脳心血管抗加齢研究会2018, 15 Dec. 2018

  
• AIが拓く創薬・医療の未来

  奥野 恭史

  技術同友会, 13 Dec. 2018

  
• ビッグデータ・AIが拓く創薬・医療の未来

  奥野 恭史

  IQVIA, 12 Dec. 2018

  
• AIを用いたビッグデータ解析の医療への応用について～肺がん領域での創薬・ 診断・治療 への応用も含め～

  奥野 恭史

  Scientific Exchange Meeting in Osaka, 09 Dec. 2018

  
• AIが拓く医療・創薬のイノベーション

  奥野 恭史

  情報化連携推進機構, 20 Nov. 2018

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  理研 創薬・医療技術基盤プログラム 第４回ワークショップ, 16 Nov. 2018

  
• 創薬化学にみるAIの現状と可能性

  奥野 恭史

  第2回化学MOP講演会, 09 Nov. 2018

  
• 創薬化学におけるAIの現状

  奥野 恭史

  特許庁審査官向け先端技術研修, 08 Nov. 2018

  
• ビッグデータ・人工知能が拓く医療の未来

  奥野 恭史

  北海道国民健康保険団体連合会講演会, 03 Nov. 2018

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療・創薬の未来

  奥野 恭史

  ノバルティス講演会, 31 Oct. 2018

  
• AI創薬の現状と未来

  奥野 恭史

  日本レチノイド研究会第29回学術集会, 27 Oct. 2018

  
• AIが引き起こす創薬革命

  奥野 恭史

  第8回CSJ化学フェスタ2018, 25 Oct. 2018

  
• ゲノム医療にみるAIの現状と可能性

  奥野 恭史

  第56回日本癌治療学会学術集会, 20 Oct. 2018

  
• 人工知能が拓く創薬・医療の未来

  奥野 恭史

  帝人ファーマ株式会社講演会, 19 Oct. 2018

  
• AI創薬の現状と未来

  奥野 恭史

  アステラス製薬株式会社講演会, 17 Oct. 2018

  
• 医療におけるスーパーコンピュータ・人工知能の可能性

  奥野 恭史

  日本臨床検査自動化学会第50回大会, 12 Oct. 2018

  
• ヘルスケア分野におけるAI・ビッグデータの可能性

  奥野 恭史

  健康科学ビジネス推進機構講演会, 08 Oct. 2018

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野 恭史

  第37回兵庫医療情報研究会, 08 Sep. 2018

  
• AI、スパコンで挑むゲノム医療、創薬

  奥野 恭史

  京都大学薬学部 第15回生涯教育講演会, 21 Jul. 2018

  
• 医療におけるAIの可能性

  奥野 恭史

  第16回日本臨床腫瘍学会学術集会特別講演, 19 Jul. 2018

  
• LINCの成果活用に向けて

  奥野 恭史

  LINC成果活用のための講演会, 09 Jul. 2018

  
• 経済産業省産学連携勉強会

  奥野 恭史

  25 Jun. 2018

  
• AIが拓く創薬のイノベーション

  奥野 恭史

  第55回薬剤学懇談会研究討論会, 14 Jun. 2018

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野 恭史

  尼崎医師会学術デー, 02 Jun. 2018

  
• AI・ビッグデータの活用で広がる医療の未来

  奥野 恭史

  メディカル・デバイス産業振興協議会, 30 May 2018

  
• 臨床ゲノム情報統合データベース

  奥野 恭史

  第59回日本神経学会学術集会, 25 May 2018

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療・創薬の未来

  奥野 恭史

  第22回日本心血管内分泌代謝学会, 28 Apr. 2018

  
• ゲノム医療にみるAIの現状と可能性

  奥野 恭史

  第106回日本泌尿器科学会総会, 20 Apr. 2018

  
• 医療・製薬などライフサイエンス分野へのAIの活用

  奥野 恭史

  ヘルスケアIT 2018, 18 Apr. 2018

  
• 産官学連携で目指すAI創薬 ライフインテリジェンスコンソーシアム (LINC) の取組みについて

  奥野 恭史

  経済産業省ヘルスケアIT研究会, 12 Apr. 2018

  
• 産業界と目指すAI創薬革命

  奥野 恭史

  日本化学会第98春季年会, 21 Mar. 2018

  
• 人工知能を利用する～創薬の未来

  奥野 恭史

  日本農芸化学会2018年度大会, 18 Mar. 2018

  
• AI創薬の現状と展望

  奥野 恭史

  日本QA研究会, 15 Mar. 2018

  
• AI・スーパーコンピュータが拓く創薬の未来

  奥野 恭史

  第62回日本放射菌学会学術講演会, 14 Mar. 2018

  
• AI・ビッグデータが拓く創薬・医療の未来

  奥野 恭史

  ファイザー株式会社講演会, 14 Mar. 2018

  
• 医療・創薬における人工知能の可能性

  奥野 恭史

  日本整形外科学会 Kyoto Orthopedic Seminar, 13 Mar. 2018

  
• AI・ビッグデータが拓く創薬・医療の未来

  奥野 恭史

  富士通DDWorksユーザー会, 02 Mar. 2018

  
• 人工知能(AI)利用によるビッグデータから創薬へー現状と将来の動向

  奥野 恭史

  医療品医療機器レギュラトリーサイエンス エキスパート研修会 専門コース, 01 Mar. 2018

  
• 産官学連携で目指すAI医療

  奥野 恭史

  千葉大学講演, 27 Feb. 2018

  
• 産官学連携で目指すAI創薬：ライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)の取組みについて

  奥野 恭史

  自民党人工知能未来社会経済戦略本部, 27 Feb. 2018

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療・創薬の未来

  奥野 恭史

  日本臨床試験学会第9回学術集会総会, 23 Feb. 2018

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  クラリベート・アナリティクス講演会 大阪, 22 Feb. 2018

  
• 産官学連携で目指すAI創薬

  奥野 恭史

  第4回医療・介護総合EXPO（メディカルジャパン2018）, 21 Feb. 2018

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  クラリベート・アナリティクス講演会 東京, 20 Feb. 2018

  
• 弘前COIビッグデータ解析チーム研究紹介

  奥野 恭史

  弘前大学岩木班 講演会, 18 Feb. 2018

  
• ライスサイエンスにおけるAIとシミュレーションとの融合

  奥野 恭史

  第40回スパコンセミナー スーパーコンピューティング技術産業応用協議会, 16 Feb. 2018

  
• AI創薬の現状と可能性

  奥野 恭史

  ライフサイエンス知財フォーラム2018, 13 Feb. 2018

  
• 創薬化学におけるAIの現状と可能性

  奥野 恭史

  有機合成化学協会開催支部主催2月セミナー, 05 Feb. 2018

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療・薬学の可能性

  奥野 恭史

  近畿薬剤師合同学術大会2018, 04 Feb. 2018

  
• ビッグデータ・人工知能の創薬・医療における可能性

  奥野 恭史

  医学統計研究会, 03 Feb. 2018

  
• AI創薬コンソーシアム(LINC)の現状と展望

  奥野 恭史

  CBI学会 AI講演会, 31 Jan. 2018

  
• AI創薬の現状と未来

  奥野 恭史

  神戸ポートアイランド創薬フォーラム, 26 Jan. 2018

  
• Medical Genomics Japan Variant Database (MGeND) の公開と展望

  奥野 恭史

  AMED平成29年度「ゲノム医療の実装に資する臨床ゲノム情報統合データバベースの整備と我が国の継続的なゲノム医療実施体制の構築」研究班シンポジウム”ゲノムデータベースと医療応用”, 20 Jan. 2018

  
• ビッグデータ・人工知能が拓く医療の未来

  奥野 恭史

  病院管理研究会（株式会社ホギメディカル）, 12 Jan. 2018

  
• 産学連携コンソーシアムLINCで挑むAI創薬

  奥野 恭史

  CBI学会 関西講演会, 22 Dec. 2017

  
• ライフサイエンスにおけるAIの現状と展望

  奥野 恭史

  農芸化学会産学官若手交流会セミナー, 13 Dec. 2017

  
• 医療・創薬におけるビッグデータ・AIの可能性

  奥野 恭史

  データ関連人材プログラムカリキュラム（東京医科歯科大学）, 12 Dec. 2017

  
• AIで描く未来

  奥野 恭史

  Health2.0 Asia-Japan 2017, 06 Dec. 2017

  
• 人工知能・スーパーコンピュータが拓く医療の未来

  奥野 恭史

  第30回京大健康科学市民公開講座, 18 Nov. 2017

  
• ゲノム医療の実装に資する臨床ゲノム情報統合データベースの整備と我が国の継続的なゲノム医療実施体制の構築

  奥野 恭史

  第15回全国遺伝子医療部門連絡会議, 18 Nov. 2017

  
• The 5th Autumn School of Chemoinfomatics in Nara

  OKUNO Yasushi

  Prediction of interactions from compound to target proteins and from target proteins to phenotypes, 15 Nov. 2017

  
• 創薬・医療・ものづくりにおけるAI戦略

  奥野 恭史

  富士フイルム株式会社 講演, 10 Nov. 2017

  
• AIが拓くパラダイムシフト

  奥野 恭史

  メディアフォーラム, 07 Nov. 2017

  
• がんゲノム医療における人工知能(AI)の応用

  奥野 恭史

  第27回日本医療薬学会年会, 05 Nov. 2017

  
• 健康ビッグデータ解析研究最前線

  奥野 恭史

  弘前COI東京フォーラム, 20 Oct. 2017

  
• 医療におけるビッグデータ・人工知能の可能性

  奥野 恭史

  東海分析研究会(協和メディックス株式会社), 13 Oct. 2017

  
• AI創薬の現状と可能性

  奥野 恭史

  VINAS Users Conference 2017, 12 Oct. 2017

  
• AI創薬の現状と可能性

  奥野 恭史

  大阪医薬品協会セミナー, 10 Oct. 2017

  
• ライフサイエンス分野におけるビッグデータ・AI戦略

  奥野 恭史

  旭化成ファーマ株式会社 講演, 02 Oct. 2017

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野 恭史

  第5回ARO協議会, 27 Sep. 2017

  
• AI創薬の現状と可能性

  奥野 恭史

  よこはまNMR研究会, 26 Sep. 2017

  
• スーパーコンピュータで薬をつくる～病気の原因分子と薬の作用を予測する～

  奥野 恭史

  理化学研究所・計算科学研究機構 スパコンセミナー, 24 Sep. 2017

  
• 医療におけるビッグデータ・人工知能の可能性

  奥野 恭史

  第69回日本生物工学会, 12 Sep. 2017

  
• ビッグデータ・人工知能が拓く医療・創薬の未来

  奥野 恭史

  ライサ5周年設立記念, 03 Sep. 2017

  
• 特になし

  奥野 恭史

  京大病院がん薬物治療科開設5周年記念会, 02 Sep. 2017

  
• 臨床ゲノム情報のデータベース基盤とAI利活用の展望

  奥野 恭史

  第23回日本家族性腫瘍学学術集会, 04 Aug. 2017

  
• AI×ビッグデータが織り成す新たな未来！ヘルスケア分野からみるAI産業革命の可能性

  奥野 恭史

  富士通フォーラム2017, 02 Aug. 2017

  
• AI創薬の現状と可能性

  奥野 恭史

  京都バイオ計測センターシンポジウム, 01 Aug. 2017

  
• ビッグデータの活用による医療の未来

  奥野 恭史

  関西再生医療産業コンソーシアム 第3回KRICフォーラム, 31 Jul. 2017

  
• AI創薬の現状と可能性

  奥野 恭史

  第15回日本臨床腫瘍学会学術集会, 28 Jul. 2017

  
• 人工知能が拓く創薬の未来

  奥野 恭史

  ”未来へのバイオ技術”勉強会 バイオインダストリー協会主催, 21 Jul. 2017

  
• スーパコンピュータ・人工知能が拓く創薬と医療の未来

  奥野 恭史

  第33回創薬セミナー, 13 Jul. 2017

  
• AI創薬の現状と可能性

  奥野 恭史

  AI創薬オフサイトミーティング 日本たばこ産業（株） 医薬総合研究所 主催, 08 Jul. 2017

  
• 医療・創薬におけるビッグデータの可能性

  奥野 恭史

  第18回薬制研究会, 05 Jul. 2017

  
• 創薬化学における人工知能の展望

  奥野 恭史

  AIと有機合成化学 有機合成化学協会主催, 04 Jul. 2017

  
• スパコン・AIで挑む創薬と医療

  奥野 恭史

  第30回インターフェックスジャパン2017, 30 Jun. 2017

  
• ビッグデータ・人工知能が拓く医療の未来

  奥野 恭史

  日本がんと炎症・代謝研究会 第4回学術総会・講演会, 24 Jun. 2017

  
• ビッグデータ・AIで挑む創薬と医療

  奥野 恭史

  第8回Pharm AI Forum, 22 Jun. 2017

  
• AItとは何か、その創薬における利活用について

  奥野 恭史

  JTオフサイトミーティング, 16 Jun. 2017

  
• スーパコンピュータ・人工知能で挑む創薬と医療

  奥野 恭史

  第116回日本皮膚科学会総会, 03 Jun. 2017

  
• スーパコンピュータ・人工知能で挑む創薬と医療

  奥野 恭史

  第17回遺伝子デリバリー研究会シンポジウム, 27 May 2017

  
• AI創薬の現状と可能性

  奥野 恭史

  原総合知的通信システム基金主催特別セミナー, 25 May 2017

  
• AIが生み出すこれからの産業・市場・社会

  奥野 恭史

  富士通フォーラム大阪2017, 18 May 2017

  
• AI とライフサエンスの今後展望

  奥野 恭史

  AI×Life Scienceシンポジウム, 17 May 2017

  
• ビッグデータ・スーパーコンピュータが拓く創薬の未来

  奥野 恭史

  ヘルスケアIT 2017, 21 Apr. 2017

  
• スーパコンピュータ・人工知能が拓く創薬の未来

  奥野 恭史

  高分子学会17-1ポリマーフロンティア21, 17 Apr. 2017

  
• ビッグデータ・人工知能が拓く医療の未来

  奥野 恭史

  First Penguin Salon, 10 May 2016

  
• エクソンスキッピングのためのアンチセンス核酸オリゴマーウェブデータベースおよびスキップ効率予測

  千葉峻太朗; 邦武克彦; 青木吉嗣; 横田俊文; 奥野恭史

  疾患モデル動物を基盤とした 筋ジストロフィーの新しい治療法開発 2022 年度 研究班会議

  
• Toward universally explainable Oriental Medicine: correlation analysis of the “Syndrome(証)” using real-world health care data.

  Wonja HAN(Sonoko; NAKAMICHI; Zikang LI; KOJIMA R; UCHINO E; TAMADA Y; MIKAMI T; MURASHITA K; NAKAJI S; OKUNO Y

  SAR International Research Conference

  
• AIが変える医学研究

  第31回日本医学会総会2023東京,2023

  
• 2. AIが変える医学研究

  奥野恭史

  第31回日本医学会総会2023東京

  
• AI・シミュレーションが拓く創薬・医療の未来

  奥野恭史

  CHUGAI DIGITAL DAY～ヘルスケア×デジタルの2030未来予想図

  
• 医療・創薬におけるAI・データ利活用の現状と可能性

  奥野恭史

  ATRオープンハウス2021 科学技術が描く明るい未来社会 ～大阪・関西万博に向けて～