基本情報

学部兼担

• 医学部

所属学協会

• 自 2011年

  日本化学療法学会
• 自 2007年

  ケミカルバイロジー研究会
• 自 2007年

  情報計算化学生物学会（CBI学会）
• 自 2002年

  日本分子生物学会
• 自 2001年

  日本バイオインフォマティクス学会
• 自 1993年

  日本薬学会

学位

• 修士（薬学）(京都大学)
• 博士（薬学）(京都大学)

出身大学院・研究科等

• 京都大学, 大学院薬学研究科修士課程薬品作用制御システム専攻, 修了

出身学校・専攻等

• 京都大学, 薬学部, 卒業

経歴

• 自 2023年10月, 至 現在

  日本学術会議, 会員（併任）
• 自 2023年10月, 至 2025年10月

  日本学術会議, 幹事
• 自 2023年04月, 至 現在

  一般社団法人クリニカルバイオバンク学会, 理事
• 自 2021年, 至 現在

  一般社団法人ライフインテリジェンスコンソーシアム, 代表理事（併任）
• 自 2021年, 至 現在

  理化学研究所 計算科学研究センター, HPC／AI駆動型医薬プラットフォーム, 部門長（併任）
• 自 2016年, 至 現在

  京都大学 大学院医学研究科, 人間健康科学系専攻 ビッグデータ医科学分野, 教授
• 自 2017年, 至 2021年03月

  理化学研究所, 科技ハブ産連本部 医科学イノベーションハブ推進プログラム, 副プログラムディレクター
• 自 2016年04月, 至 2020年03月

  理化学研究所, 科技ハブ産連本部 健康生き活き羅針盤リサーチコンプレックス推進プログラム, 融合研究推進グループディレクター
• 自 2015年04月, 至 2021年03月

  神戸医療産業都市推進機構, クラスター推進センター 連携・事業化推進グループ, 客員部長

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0003-3596-4208

• J-Global ID

  200901094457032954

関連Webサイト

• http://clinfo.med.kyoto-u.ac.jp/

researchmap URL

• https://researchmap.jp/read0113095

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  ゲノム医療、個別化医療、革新的創薬等の最先端医療のための研究開発

• 研究概要

  当研究室では、医療応用と創薬応用を目的としたシミュレーション科学とデータ科学の開拓を目指し、以下の研究を行っています。
  ・医療データを用いたビッグデータ解析・医療シミュレーション
  ・医療人工知能の開発
  ・スーパーコンピュータを用いた創薬シミュレーション
  ・AIを用いた創薬の新たな方法論開発

研究キーワード

• ゲノム創薬
• ゲノムデータベース
• バイオインフォマティクス
• Genomic Drug Discovery
• Genome database
• Bioinformatics

研究分野

• その他, その他
• 情報通信, 生命、健康、医療情報学
• ライフサイエンス, システムゲノム科学

論文

• Predictors of Bleeding Complications After Extracorporeal Cardiopulmonary Resuscitation

  Madoka Sano; Toshiaki Toyota; Yoshinori Matsuoka; Hirohiko Kohjitani; Yusuke Watanabe; Yuta Azumi; Hideyuki Hayashi; Ryosuke Murai; Junichi Ooka; Yasuhiro Sasaki; Tomohiko Taniguchi; Kitae Kim; Atsushi Kobori; Natsuhiko Ehara; Makoto Kinoshita; Akihiko Inoue; Toru Hifumi; Tetsuya Sakamoto; Yasuhiro Kuroda; Yosuke Yamamoto; Koichi Ariyoshi; Yasushi Okuno; Koh Ono; Yutaka Furukawa

  JACC: Asia, 2026年03月

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• intDesc-AbMut: A Tool for Describing and Understanding How Antibody Mutations Impact Their Environmental Interactions

  Shuntaro Chiba; Masateru Ohta; Tsutomu Yamane; Yasushi Okuno; Mitsunori Ikeguchi

  Computational and Structural Biotechnology Journal, 2026年03月01日

  
• Functional and structural analysis of KK-LC-1-specific T cell receptors from patients with lung Cancer for immunotherapy

  Yasunori Fukushima; Yizheng Wang; Yuki Yada-Makino; Hiroyasu Komuro; Ayako Demachi-Okamura; Yusuke Sugita; Takanari Okamoto; Hiromasa Ishihara; Ryo Mizuta; Yujia Sun; Takuya Matsui; Mitsugu Araki; Ma Biao; Yasushi Okuno; Katsuhiro Masago; Rui Yamaguchi; Zhongliang Guo; Kazuhide Onoguchi; Yoshiko Yamashita; Takashi Fukuyama; Tsukasa Nabekura; Hirokazu Matsushita; Hisashi Iwata; Daisuke Muraoka

  Cellular Immunology, 2026年01月

  
• HELM-BERT: A Transformer for Medium-Sized Peptide Property Prediction

  Seungeon Lee; Takuto Koyama; Itsuki Maeda; Shigeyuki Matsumoto; Yasushi Okuno

  arXiv:2512.23175, 2025年12月

  
• Molecular recognition of natural compounds by MR1 and their implication in MAIT cell activation elucidated through McMD-based dynamic docking simulations

  Gert-Jan Bekker; Mitsugu Araki; Kanji Oshima; Yasushi Okuno; Narutoshi Kamiya

  Scientific Reports, 2025年11月27日

  
• Predicting measurement continuity in home blood pressure monitoring using machine learning

  Asami Matsumoto; Yohei Mineharu; Hirohiko Kohjitani; Hiroshi Koshimizu; Yasushi Okuno

  Hypertension Research, 2025年11月07日

  
• Mutation of CMTR2 in Lung Adenocarcinoma Alters RNA Alternative Splicing and Reveals Therapeutic Vulnerabilities

  Takashi Nakaoku, Shigenari Nukaga, Kouya Shiraishi, Kenta Hamabe, Akifumi Mochizuki, Yu Hamaguchi, Emi Ogawa, Nguyen Le, Yoko Shimada, Hanako Ono, Hitomi Nishinakamura, Yoshihisa Kobayashi, Junko Hamamoto, Ayako Ui, Mitsugu Araki, Yukari Sagae, Keiko Ohgino, Kai Sugihara, Satoshi Endo, Jun Miyakoshi, Yuichi Shiraishi, Hiroyuki Yasuda, Yasushi Okuno, Tatsuya Yoshida, Yasushi Goto, Yuichiro Ohe, Shun-ichi Watanabe, Yasushi Yatabe, Hiroyoshi Nishikawa, Ryuji Hamamoto, and Takashi Kohno,

  Nature Communications, 2025年11月

  
• Multimodal Gene–Environment Modeling of Disease Onset Using a Context-Aware Genome Language Model,

  Minoru Sakuragi; Riko Asada; Mayumi Kamada; Yasushi Okuno

  Proceedings of IIBMP 2025, 2025年09月

  
• Quantitative Assessment of Microsurgical Skill in Intrascleral Fixation Surgery Using Wearable Strain Sensors: A Pilot Study

  Masahiro Akada; Hitoshi Tabuchi; Yuji Okamoto; Mao Tanabe; Ryo Nishikawa; Shin Yamane; Akitaka Tsujikawa; Yasushi Okuno

  Translational Vision Science & Technology, 2025年07月16日

  
• Out-of-distribution reject option method for dataset shift problem in early disease onset prediction

  Taisei Tosaki; Eiichiro Uchino; Ryosuke Kojima; Yohei Mineharu; Yuji Okamoto; Mikio Arita; Nobuyuki Miyai; Yoshinori Tamada; Tatsuya Mikami; Koichi Murashita; Shigeyuki Nakaji; Yasushi Okuno

  Scientific Reports, 2025年06月02日

  
• Robust prognostic prediction model developed with integrated biological markers for acute myocardial infarction

  Masahiro Nishi; Eiichiro Uchino; Yasushi Okuno; Satoaki Matoba

  PLOS ONE, 2022年11月03日

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• CBNplot: Bayesian network plots for enrichment analysis

  Noriaki Sato; Yoshinori Tamada; Guangchuang Yu; Yasushi Okuno

  Bioinformatics, 2022年03月25日

  
• Gender Effects on Statin-Associated Muscular Adverse Events: An Analysis of the FDA AERS Database

  Hiroyuki Murakami; Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  Pharmacology & Pharmacy, 2013年

  
• Metabolic Pathway Reconstruction for Malaria Parasite Plasmodium falciparum

  Limviphuvadh Vachiranee; Okuno Yasushi; Katayama Toshiaki; Goto Susumu; Yoshizawa Akiyasu C.; Kanehisa Minoru

  Genome Informatics, 2003年

  
• Vzyme: A Template-Based Method to Predict Reactions between Two Chemical Compounds

  Okuno Yasushi; Hattori Masahiro; Kotera Masaaki; Igarashi Yoshinobu; Goto Susumu; Kanehisa Minoru

  Genome Informatics, 2002年

  
• GCN-Based Structure-Activity Relationship and DFT Studies of Staphylococcus aureus FabI Inhibitors

  Gabriel Corrêa Veríssimo; Valtair Severino dos Santos Junior; Philipe Fernandes; Shoichi Ishida; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno; Jadson Castro Gertrudes; Vinicius Gonçalves Maltarollo

  International Journal of Quantitative Structure-Property Relationships, 2022年11月04日, 査読有り

  
• Elucidating Ligand Charge Effects in MR1 Cell-Surface Translocation Using Molecular Simulations

  Toshiki Fujii; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Biao Ma; Takao Otsuka; Gert-Jan Bekker; Narutoshi Kamiya; Hiroaki Ohno; Shinsuke Inuki; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2026年02月10日

  
• Chemical genomics language model toward reliable and explainable compound-protein interaction exploration.

  Takuto Koyama; Hayato Tsumura; Ryunosuke Okita; Kimihiro Yamazaki; Aki Hasegawa; Keiko Imamura; Takashi Kato; Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Haruhisa Inoue; Shigeyuki Matsumoto; Yasushi Okuno

  Journal of cheminformatics, 2026年01月30日

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• A deep state-space analysis framework for cancer patient latent state estimation and classification from EHR time-series data

  Yuji Okamoto; Aya Nakamura; Ryosuke Kojima; Eiichiro Uchino; Yohei Mineharu; Yohei Harada; Mayumi Kamada; Minoru Sakuragi; Manabu Muto; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  PLOS One, 2026年01月30日

  
• Empowering Federated Learning for Robust Compound-Protein Interaction Prediction across Heterogeneous Cross-Pharma Domains

  Takuto Koyama; Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Takao Otsuka; Aki Hasegawa; Hiroshi Ueda; Toshiharu Morimoto; Ryoko Sasaki; Nao Torimoto; Sei Murakami; Manabu Tojo; Teruki Honma; Shigeyuki Matsumoto; Yasushi Okuno

  Journal of Cheminformatics, 2025年09月23日

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• Functional Analysis of a Novel Pathogenic Glycine Amidinotransferase Mutant in Hereditary Fanconi Syndrome

  Shunsuke Takayanagi; Keita P. Mori; Youngna Kang; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Yukari Sagae; Nana Sakakibara; Tomoko Horinouchi; Yoshiaki Higashi; Tomomi Endo; Eri Muso; Kandai Nozu; Yasushi Okuno; Motoko Yanagita; Takeshi Matsubara; Tatsuo Tsukamoto

  Kidney Medicine, 2026年01月

  
• Optimizing Gene Regulatory Networks Inference Application on a Vector Processor

  Yoshiyuki Kido; Sosuke Kamisako; Yoshinori Tamada; Yasushi Okuno

  2025 2nd Beyond Technology Summit on Informatics International Conference (BTS-I2C), 2025年12月18日

  
• Improving ADME Prediction with Multitask Graph Neural Networks and Assessing Explainability in Lead Optimization

  Shoma Ito; Takuto Koyama; Shigeyuki Matsumoto; Ryosuke Kojima; Yuji Okamoto; Masataka Kuroda; Hitoshi Kawashima; Reiko Watanabe; Tomoki Yonezawa; Takaaki Sumiyoshi; Kazuyoshi Ikeda; Kenji Mizuguchi; Hiroaki Iwata; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2025年10月22日

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• Predicting mortality dynamics in cancer patients: A machine learning approach to pre-death events.

  Tatsuki Yamamoto; Minoru Sakuragi; Yuzuha Tuji; Yuji Okamoto; Eiichiro Uchino; Motoko Yanagita; Manabu Muto; Mayumi Kamada; Yasushi Okuno

  PloS one, 2025年

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• Subgrouping Causal Networks of Disease Onset in Large-scale Health and Medical Data using Supercomputer Fugaku

  Taisei Tosaki; Eiichiro Uchino; Yohei Harada; Minoru Sakuragi; Yusuke Koyanagi; Seiji Okajima; Hirofumi Suzuki; Kentaro Kanamori; Masahiro Asaoka; Kouji Kurihara; Takuya Takagi; Koji Maruhashi; Yoshinori Tamada; Tatsuya Mikami; Koichi Murashita; Shigeyuki Nakaji; Yasushi Okuno

  2024 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE, BIBM, 2024年

  
• Network analysis reveals causal relationships among individual background risk factors leading to influenza susceptibility

  Akihide Terada; Kenji Fujimoto; Kazuyoshi Kise; Kenta Fujiwara; Eiichiro Uchino; Yutaka Mizuma; Yoshinori Nishioku; Kenzo Takahashi; Ken Itoh; Tatsuya Mikami; Koichi Murashita; Shigeyuki Nakaji; Yukihiro Fujita; Yasushi Okuno; Yoshinori Tamada

  Scientific Reports, 2025年08月21日

  
• Conversion of an agonistic anti-TNFR2 biparatopic antibody into an antagonist by insertion of peptide linkers into the hinge region

  Takuya Otsuki; Shigeyuki Matsumoto; Junso Fujita; Tomoko Miyata; Keiichi Namba; Ryo Kanada; Yasushi Okuno; Haruhiko Kamada; Hiroaki Ohno; Hiroki Akiba

  Journal of Biological Chemistry, 2025年07月

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• In Silico Prediction and Selection of Exon-Skipping Antisense Oligonucleotide Sequences Using eSkip-Finder.

  Shuntaro Chiba; Yasushi Okuno

  Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2025年

  
• Peripheral blood GATA2 expression impacts RNF213 mutation penetrance and clinical severity in moyamoya disease

  Yohei Mineharu; Takahiko Kamata; Mei Tomoto; Noriaki Sato; Yoshinori Tamada; Takeshi Funaki; Yuki Oichi; Kouji H Harada; Akio Koizumi; Tetsuaki Kimura; Ituro Inoue; Yasushi Okuno; Susumu Miyamoto; Yoshiki Arakawa

  Stroke and Vascular Neurology, 2025年04月23日, 査読有り

  
• 機械学習を用いた遺伝性不整脈疾患の予後予測モデルの開発(Development of a Genetic Prognostic Model for Hereditary Arrhythmia Disease Using Machine Learning)

  Kohjitani Hirohiko; Mitani Takeshi; Aizawa Takanori; Makiyama Takeru; Kashiwa Asami; Imamura Tomohiko; Ohno Seiko; Horie Minoru; Shizuta Satoshi; Kimura Takeshi; Okuno Yasushi

  日本循環器学会学術集会抄録集, 2022年03月

  
• Precision spatiotemporal analysis of large-scale compound–protein interactions through molecular dynamics simulation

  Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Ryo Kanada; Biao Ma; Mitsugu Araki; Shuntaro Chiba; Atsushi Tokuhisa; Hiroaki Iwata; Shoichi Ishida; Yoshinobu Akinaga; Kei Terayama; Ryosuke Kojima; Yohei Harada; Kazuhiro Takemura; Teruki Honma; Akio Kitao; Yasushi Okuno

  PNAS Nexus, 2025年03月22日

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• Generating Free-energy Landscapes and Mapping Conformational Transition Pathways from cryo-EM Images using a Deep Isometric Autoencoder

  Kimihiro Yamazaki; Mutsuyo Wada; Yuichiro Wada; Atsushi Tokuhisa; Kento Ohga; Akira Nakagawa; Yoshinobu Akinaga; Yoko Sasakura; Takashi Katoh; Shigeyuki Matsumoto; Yasushi Okuno

  2025年03月05日

  
• kMoL: an open-source machine and federated learning library for drug discovery

  Romeo Cozac; Haris Hasic; Jun Jin Choong; Vincent Richard; Loic Beheshti; Cyrille Froehlich; Takuto Koyama; Shigeyuki Matsumoto; Ryosuke Kojima; Hiroaki Iwata; Aki Hasegawa; Takao Otsuka; Yasushi Okuno

  Journal of Cheminformatics, 2025年02月25日

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• cryoMDM; Molecular simulation Driven structural Matching Approach to Estimate Variety of Atomic Three-dimensional Model Based on Noisy cryoEM Single Particle Images.

  Atsushi Tokuhisa; Yoshinobu Akinaga; Yoko Sasakura; Kei Terayama; Shigeyuki Matsumoto; Takayuki Kato; Yasushi Okuno

  2024年11月01日

  
• Measurement of the Acetabular Cup Orientation After Total Hip Arthroplasty Based on 3-Dimensional Reconstruction From a Single X-Ray Image Using Generative Adversarial Networks

  Akira Fujita; Koji Goto; Akihiko Ueda; Yutaka Kuroda; Toshiyuki Kawai; Yaichiro Okuzu; Yasushi Okuno; Shuichi Matsuda

  The Journal of Arthroplasty, 2025年01月

  
• Increased abundance of Ruminococcus gnavus in gut microbiota is associated with moyamoya disease and non-moyamoya intracranial large artery disease

  Yohei Mineharu; Yasuhisa Nakamura; Noriaki Sato; Takahiko Kamata; Yuki Oichi; Tomoko Fujitani; Takeshi Funaki; Yasushi Okuno; Susumu Miyamoto; Akio Koizumi; Kouji H. Harada

  Scientific Reports, 2022年11月24日

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• Author Correction: Structure-based design and discovery of novel anti-tissue factor antibodies with cooperative double-point mutations, using interaction analysis (Scientific Reports, (2020), 10, 1, (17590), 10.1038/s41598-020-74545-4)

  Shuntaro Chiba; Aki Tanabe; Makoto Nakakido; Yasushi Okuno; Kouhei Tsumoto; Masateru Ohta

  Scientific Reports, 2021年12月01日

  
• Receptor-independent regulation of Gα13 by alpha-1-antitrypsin C-terminal peptides

  Yonghak Park; Shigeyuki Matsumoto; Kosuke Ogata; Biao Ma; Ryo Kanada; Yuta Isaka; Norihito Arichi; Xiaowen Liang; Ritsuko Maki; Tohru Kozasa; Yasushi Okuno; Hiroaki Ohno; Yasushi Ishihama; Fumiko Toyoshima

  Journal of Biological Chemistry, 2024年12月

  
• Postoperative Karnofsky performance status prediction in patients with IDH wild-type glioblastoma: A multimodal approach integrating clinical and deep imaging features

  Tomoki Sasagasako; Akihiko Ueda; Yohei Mineharu; Yusuke Mochizuki; Souichiro Doi; Silsu Park; Yukinori Terada; Noritaka Sano; Masahiro Tanji; Yoshiki Arakawa; Yasushi Okuno

  PLOS ONE, 2024年11月11日, 最終著者

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• Development of interpretable machine learning models to predict in‐hospital prognosis of acute heart failure patients

  Munekazu Tanaka; Hirohiko Kohjitani; Erika Yamamoto; Takeshi Morimoto; Takao Kato; Hidenori Yaku; Yasutaka Inuzuka; Yodo Tamaki; Neiko Ozasa; Yuta Seko; Masayuki Shiba; Yusuke Yoshikawa; Yugo Yamashita; Takeshi Kitai; Ryoji Taniguchi; Moritake Iguchi; Kazuya Nagao; Takafumi Kawai; Akihiro Komasa; Yuichi Kawase; Takashi Morinaga; Mamoru Toyofuku; Yutaka Furukawa; Kenji Ando; Kazushige Kadota; Yukihito Sato; Koichiro Kuwahara; Yasushi Okuno; Takeshi Kimura; Koh Ono

  ESC Heart Failure, 2024年05月15日

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• Differential Privacy under Incalculable Sensitivity.

  Tomoaki Mimoto; Masayuki Hashimoto; Hiroyuki Yokoyama; Toru Nakamura; Takamasa Isohara; Ryosuke Kojima; Aki Hasegawa; Yasushi Okuno

  6th International Conference on Cryptography, Security and Privacy(CSP), 2022年

  
• Constructing a graph neural network-based artificial intelligence model to predict drug-induced phospholipidosis potential

  Yoshinobu Igarashi; Aki Hasegawa; Shigeyuki Matsumoto; Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno; Hiroshi Yamada

  Fundamental Toxicological Sciences, 2024年11月22日

  
• 遺伝性不整脈疾患における遺伝子変異特徴抽出手法の比較

  三谷 孟司; 岡本 有司; 糀谷 泰彦; 相澤 卓範; 牧山 武; 大野 聖子; 堀江 稔; 奥野 恭史

  人工知能学会全国大会論文集, 2024年

  
• グラフ間距離に基づく遺伝子制御ネットワークの重要遺伝子抽出法の提案

  大島 将; 岡本 有司; 原田 陽平; 鎌田 真由美; 奥野 恭史

  人工知能学会全国大会論文集, 2024年

  
• Synergistic involvement of the NZF domains of the LUBAC accessory subunits HOIL-1L and SHARPIN in the regulation of LUBAC function

  Yusuke Toda; Hiroaki Fujita; Koshiki Mino; Takuto Koyama; Seiji Matsuoka; Toshie Kaizuka; Mari Agawa; Shigeyuki Matsumoto; Akiko Idei; Momoko Nishikori; Yasushi Okuno; Hiroyuki Osada; Minoru Yoshida; Akifumi Takaori-Kondo; Kazuhiro Iwai

  Cell Death & Disease, 2024年11月11日

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• Molecular Dynamics Unveils Multiple-Site Binding of Inhibitors with Reduced Activity on the Surface of Dihydrofolate Reductase

  Mitsugu Araki; Toru Ekimoto; Kazuhiro Takemura; Shigeyuki Matsumoto; Yunoshin Tamura; Hironori Kokubo; Gert-Jan Bekker; Tsutomu Yamane; Yuta Isaka; Yukari Sagae; Narutoshi Kamiya; Mitsunori Ikeguchi; Yasushi Okuno

  Journal of the American Chemical Society, 2024年10月12日

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• ChemGLaM: Chemical-Genomics Language Models for Compound-Protein Interaction Prediction

  Takuto Koyama; Hayato Tsumura; Shigeyuki Matsumoto; Ryunosuke Okita; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  2024年02月20日

  
• Privacy-Preserving Correlation Coefficient.

  Tomoaki Mimoto; Hiroyuki Yokoyama; Toru Nakamura; Takamasa Isohara; Masayuki Hashimoto; Ryosuke Kojima; Aki Hasegawa; Yasushi Okuno

  IEICE Transactions on Information & Systems, 2023年05月

  
• Binding Mechanism between Platelet Glycoprotein and Cyclic Peptide Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking

  Gert-Jan Bekker; Kanji Oshima; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno; Narutoshi Kamiya

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2024年05月15日

  
• LTK mutations responsible for resistance to lorlatinib in non-small cell lung cancer harboring CLIP1-LTK fusion

  Shunta Mori; Hiroki Izumi; Mitsugu Araki; Jie Liu; Yu Tanaka; Yosuke Kagawa; Yukari Sagae; Biao Ma; Yuta Isaka; Yoko Sasakura; Shogo Kumagai; Yuta Sakae; Kosuke Tanaka; Yuji Shibata; Hibiki Udagawa; Shingo Matsumoto; Kiyotaka Yoh; Yasushi Okuno; Koichi Goto; Susumu S. Kobayashi

  Communications Biology, 2024年04月04日

  
• Feature extraction of particle morphologies of pharmaceutical excipients from scanning electron microscope images using convolutional neural networks

  Hiroaki Iwata; Yoshihiro Hayashi; Takuto Koyama; Aki Hasegawa; Kosuke Ohgi; Ippei Kobayashi; Yasushi Okuno

  International Journal of Pharmaceutics, 2024年03月25日

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• Decoding the specificity of m6A RNA methylation and its implication in cancer therapy

  Yixian Cun; Wenbing Guo; Biao Ma; Yasushi Okuno; Jinkai Wang

  Molecular Therapy, 2024年08月07日

  
• Interpretable machine learning-based individual analysis of acute kidney injury in immune checkpoint inhibitor therapy.

  Minoru Sakuragi; Eiichiro Uchino; Noriaki Sato; Takeshi Matsubara; Akihiko Ueda; Yohei Mineharu; Ryosuke Kojima; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  PloS one, 2024年03月19日

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• Developing a GNN-based AI model to predict mitochondrial toxicity using the bagging method

  Yoshinobu Igarashi; Ryosuke Kojima; Shigeyuki Matsumoto; Hiroaki Iwata; Yasushi Okuno; Hiroshi Yamada

  The Journal of Toxicological Sciences, 2024年03月01日

  
• A macrocyclic kinase inhibitor overcomes triple resistant mutations in EGFR-positive lung cancer

  Mai Suzuki; Ken Uchibori; Tomoko Oh-hara; Yumi Nomura; Ryusei Suzuki; Ai Takemoto; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Yukari Sagae; Mutsuko Kukimoto-Niino; Yusuke Kawase; Mikako Shirouzu; Yasushi Okuno; Makoto Nishio; Naoya Fujita; Ryohei Katayama

  npj Precision Oncology, 2024年02月23日

  
• Idiopathic pulmonary fibrosis-specific Bayesian network integrating extracellular vesicle proteome and clinical information

  Mei Tomoto; Yohei Mineharu; Noriaki Sato; Yoshinori Tamada; Mari Nogami-Itoh; Masataka Kuroda; Jun Adachi; Yoshito Takeda; Kenji Mizuguchi; Atsushi Kumanogoh; Yayoi Natsume-Kitatani; Yasushi Okuno

  Scientific Reports, 2024年01月15日

  
• Recent developments in machine learning modeling methods for hypertension treatment.

  Hirohiko Kohjitani; Hiroshi Koshimizu; Kazuki Nakamura; Yasushi Okuno

  Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension, 2024年01月12日

  
• Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model.

  Ryo Kanada; Atsushi Tokuhisa; Yusuke Nagasaka; Shingo Okuno; Koichiro Amemiya; Shuntaro Chiba; Gert-Jan Bekker; Narutoshi Kamiya; Koichiro Kato; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Theory and Computation, 2024年01月09日

  
• VGAE-MCTS: A New Molecular Generative Model Combining the Variational Graph Auto-Encoder and Monte Carlo Tree Search

  Hiroaki Iwata; Taichi Nakai; Takuto Koyama; Shigeyuki Matsumoto; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Journal of chemical information and modeling, 2023年11月22日

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• Network-based prediction approach for cancer-specific driver missense mutations using a graph neural network.

  Narumi Hatano; Mayumi Kamada; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  BMC bioinformatics, 2023年10月10日

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• An Auto-Encoder to Reconstruct Structure with Cryo-EM Images via Theoretically Guaranteed Isometric Latent Space, and Its Application for Automatically Computing the Conformational Pathway

  Kimihiro Yamazaki; Yuichiro Wada; Atsushi Tokuhisa; Mutsuyo Wada; Takashi Katoh; Yuhei Umeda; Yasushi Okuno; Akira Nakagawa

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2023年10月01日

  
• Establishment of an MR1 Presentation Reporter Screening System and Identification of Phenylpropanoid Derivatives as MR1 Ligands.

  Takuro Matsuoka; Akira Hattori; Shinya Oishi; Mitsugu Araki; Biao Ma; Toshiki Fujii; Norihito Arichi; Yasushi Okuno; Hideaki Kakeya; Sho Yamasaki; Hiroaki Ohno; Shinsuke Inuki

  Journal of medicinal chemistry, 2023年08月28日

  
• Individual health-disease phase diagrams for disease prevention based on machine learning

  Kazuki Nakamura; Eiichiro Uchino; Noriaki Sato; Ayano Araki; Kei Terayama; Ryosuke Kojima; Koichi Murashita; Ken Itoh; Tatsuya Mikami; Yoshinori Tamada; Yasushi Okuno

  Journal of Biomedical Informatics, 2023年08月

  
• Deep-learning-based differential diagnosis of follicular thyroid tumors using histopathological images

  Satoshi Nojima; Tokimu Kadoi; Ayana Suzuki; Chiharu Kato; Shoichi Ishida; Kansuke Kido; Kazutoshi Fujita; Yasushi Okuno; Mitsuyoshi Hirokawa; Kei Terayama; Eiichi Morii

  Modern Pathology, 2023年07月31日, 査読有り

  
• Improving Compound–Protein Interaction Prediction by Self-Training with Augmenting Negative Samples

  Takuto Koyama; Shigeyuki Matsumoto; Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2023年07月17日

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• Inhibition of the bone morphogenetic protein pathway suppresses tumor growth through downregulation of epidermal growth factor receptor in MEK/ERK-dependent colorectal cancer.

  Shota Shimizu; Jumpei Kondo; Kunishige Onuma; Roberto Coppo; Kasumi Ota; Mayumi Kamada; Yohei Harada; Yoshihisa Tanaka; Mai Adachi Nakazawa; Yoshinori Tamada; Yasushi Okuno; Kenji Kawada; Kazutaka Obama; Robert J Coffey; Yoshiyuki Fujiwara; Masahiro Inoue

  Cancer science, 2023年06月25日

  
• Ensemble-Learning and Feature Selection Techniques for Enhanced Antisense Oligonucleotide Efficacy Prediction in Exon Skipping.

  Alex Zhu; Shuntaro Chiba; Yuki Shimizu; Katsuhiko Kunitake; Yasushi Okuno; Yoshitsugu Aoki; Toshifumi Yokota

  Pharmaceutics, 2023年06月24日

  
• Exploring the mechanism of BK polyomavirus-associated nephropathy through consensus gene network approach.

  Noriaki Sato; Keita P Mori; Kaoru Sakai; Hitomi Miyata; Shinya Yamamoto; Takashi Kobayashi; Hironori Haga; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  PloS one, 2023年06月15日

  
• Quantitative analysis of protein dynamics using a deep learning technique combined with experimental cryo-EM density data and MD simulations

  Shigeyuki Matsumoto; Shoichi Ishida; Kei Terayama; Yasuhshi Okuno

  Biophysics and Physicobiology, 2023年05月16日

  
• Mutual induced-fit mechanism drives binding between intrinsically disordered Bim and cryptic binding site of Bcl-xL

  Gert-Jan Bekker; Mitsugu Araki; Kanji Oshima; Yasushi Okuno; Narutoshi Kamiya

  Communications Biology, 2023年03月30日

  
• Development of a GCN-based model to predict <i>in vitro</i> phototoxicity from the chemical structure and HOMO-LUMO gap

  Yoshinobu Igarashi; Suyong Re; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno; Hiroshi Yamada

  The Journal of Toxicological Sciences, 2023年03月01日

  
• Using incomplete Cholesky factorization to increase the time step in molecular dynamics simulations.

  Takumi Washio; Xiaoke Cui; Ryo Kanada; Jun-ichi Okada; Seiryo Sugiura; Yasushi Okuno; Shoji Takada; Toshiaki Hisada

  Journal of Computational and Applied Mathematics, 2022年12月01日

  
• Classification of scanning electron microscope images of pharmaceutical excipients using deep convolutional neural networks with transfer learning

  Hiroaki Iwata; Yoshihiro Hayashi; Aki Hasegawa; Kei Terayama; Yasushi Okuno

  International Journal of Pharmaceutics: X, 2022年12月

  この論文にアクセスする：

  
• Inhibition of the BMP pathway suppresses tumor growth via downregulation of EGFR in MEK/ERK-dependent colorectal cancer

  Shota Shimizu; Jumpei Kondo; Kunishige Onuma; Kasumi Ota; Mayumi Kamada; Yohei Harada; Yoshihisa Tanaka; Mai Adachi Nakazawa; Yoshinori Tamada; Yasushi Okuno; Kenji Kawada; Kazutaka Obama; Robert J Coffey; Yoshiyuki Fujiwara; Masahiro Inoue

  2022年11月02日

  
• クライオEM密度マップからのタンパク質ダイナミクス情報推定

  寺山 慧; 石田 祥一; 松本 篤幸; 奥野 恭史

  生物工学会誌, 2022年11月, 招待有り

  
• Novel Calcium-Binding Ablating Mutations Induce Constitutive RET Activity and Drive Tumorigenesis.

  Junya Tabata; Takashi Nakaoku; Mitsugu Araki; Ryunosuke Yoshino; Shinji Kohsaka; Ayaka Otsuka; Masachika Ikegami; Ayako Ui; Shin-Ichiro Kanno; Keiko Miyoshi; Shigeyuki Matsumoto; Yukari Sagae; Akira Yasui; Masakazu Sekijima; Hiroyuki Mano; Yasushi Okuno; Aikou Okamoto; Takashi Kohno

  Cancer research, 2022年09月27日

  
• Characterizing eye-gaze positions of people with severe motor dysfunction: Novel scoring metrics using eye-tracking and video analysis

  Mari Okamoto; Ryosuke Kojima; Akihiko Ueda; Machiko Suzuki; Yasushi Okuno

  PLOS ONE, 2022年08月31日

  
• Protein–ligand binding affinity prediction of cyclin‐dependent kinase‐2 inhibitors by dynamically averaged fragment molecular orbital‐based interaction energy

  Kenichiro Takaba; Chiduru Watanabe; Atsushi Tokuhisa; Yoshinobu Akinaga; Biao Ma; Ryo Kanada; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno; Yusuke Kawashima; Hirotomo Moriwaki; Norihito Kawashita; Teruki Honma; Kaori Fukuzawa; Shigenori Tanaka

  Journal of Computational Chemistry, 2022年07月30日

  
• Single-Image Super-Resolution Improvement of X-ray Single-Particle Diffraction Images Using a Convolutional Neural Network

  Atsushi Tokuhisa; Yoshinobu Akinaga; Kei Terayama; Yuji Okamoto; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2022年07月25日

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• A novel three-dimensional imaging system based on polysaccharide staining for accurate histopathological diagnosis of inflammatory bowel diseases.

  Satoshi Nojima; Shoichi Ishida; Kei Terayama; Katsuhiko Matsumoto; Takahiro Matsui; Shinichiro Tahara; Kenji Ohshima; Hiroki Kiyokawa; Kansuke Kido; Koto Ukon; Shota Y Yoshida; Tomoki T Mitani; Yuichiro Doki; Tsunekazu Mizushima; Yasushi Okuno; Etsuo A Susaki; Hiroki R Ueda; Eiichi Morii

  Cellular and molecular gastroenterology and hepatology, 2022年07月11日

  
• 深層学習技術を用いたクライオ電子顕微鏡データに潜むタンパク質運動性情報の抽出

  松本 篤幸; 寺山 慧; 奥野 恭史

  生物物理, 2022年06月, 査読有り, 筆頭著者

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• Sensitivity to dabrafenib and trametinib treatments in patients with non-small-cell cancer harboring BRAF compound mutations: A pooled analysis of BRAF p.V600E-positive advanced non-small-cell lung cancer.

  Katsutoshi Seto; Junichi Shimizu; Katsuhiro Masago; Mitsugu Araki; Ryohei Katayama; Yukari Sagae; Shiro Fujita; Yoshitsugu Horio; Eiichi Sasaki; Hiroaki Kuroda; Kenichi Okubo; Yasushi Okuno; Toyoaki Hida

  Cancer genetics, 2022年05月11日

  
• 腎疾患診療最適化のためのAI・ICTの活用 機械学習によるAKI発症予測モデルの開発

  内野 詠一郎; 櫻木 実; 佐藤 憲明; 奥野 恭史; 柳田 素子

  日本腎臓学会誌, 2022年05月

  
• Enhanced Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model Using Short-Time All-Atom Molecular Dynamics

  Kanada R; Terayama K; Tokuhisa A; Matsumoto S; Okuno Y

  Journal of chemical theory and computation, 2022年04月, 査読有り

  
• AI-Driven Synthetic Route Design Incorporated with Retrosynthesis Knowledge.

  Shoichi Ishida; Kei Terayama; Ryosuke Kojima; Kiyosei Takasu; Yasushi Okuno

  Journal of chemical information and modeling, 2022年03月28日

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• Integrated approach to functional analysis of an ERBB2 variant of unknown significance detected by a cancer gene panel test

  Yohei Harada; Akemi Sato; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Yukari Sagae; Tomonori Abe; Yasuko Aoyagi; Eisaburo Sueoka; Yasushi Okuno; Shinya Kimura; Naoko Sueoka-Aragane

  Cellular Oncology, 2022年01月08日

  
• 古典的な形態学的細胞病理学的手法を超える深層学習を用いた腫瘍悪性度診断システム(A deep-learning-based system to diagnose tumor malignancy beyond classical morphological cytopathology techniques)

  藤田 和利; 野島 聡; 寺山 慧; 中山 尭仁; 藤本 西蔵; 橋本 士; 安富 正悟; 清水 信貴; 吉村 一宏; 植村 天受; 奥野 恭史; 野々村 祝夫; 森井 英一

  日本泌尿器科学会総会, 2021年12月

  
• Accurate Binding Configuration Prediction of a G-Protein-Coupled Receptor to Its Antagonist Using Multicanonical Molecular Dynamics-Based Dynamic Docking

  Gert-Jan Bekker; Mitsugu Araki; Kanji Oshima; Yasushi Okuno; Narutoshi Kamiya

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2021年10月25日

  
• Evaluation of Kidney Histological Images Using Unsupervised Deep Learning.

  Noriaki Sato; Eiichiro Uchino; Ryosuke Kojima; Minoru Sakuragi; Shusuke Hiragi; Sachiko Minamiguchi; Hironori Haga; Hideki Yokoi; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  Kidney international reports, 2021年09月

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• Oncogenic mutations Q61L and Q61H confer active form-like structural features to the inactive state (state 1) conformation of H-Ras protein

  Shigeyuki Matsumoto; Haruka Taniguchi-Tamura; Mitsugu Araki; Takashi Kawamura; Ryo Miyamoto; Chiemi Tsuda; Fumi Shima; Takashi Kumasaka; Yasushi Okuno; Tohru Kataoka

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 2021年08月06日

  
• Network-based pathogenicity prediction for variants of uncertain significance

  Mayumi Kamada; Atsuko Takagi; Ryosuke Kojima; Yoshihisa Tanaka; Masahiko Nakatsui; Noriko Tanabe; Makoto Hirata; Teruhiko Yoshida; Yasushi Okuno

  2021年07月16日

  
• Efficient Search for Energetically Favorable Molecular Conformations against Metastable States via Gray-Box Optimization

  Kei Terayama; Masato Sumita; Michio Katouda; Koji Tsuda; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Theory and Computation, 2021年07月14日

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• Structure-Based de Novo Molecular Generator Combined with Artificial Intelligence and Docking Simulations

  Biao Ma; Kei Terayama; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Yoko Sasakura; Hiroaki Iwata; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2021年07月09日

  
• eSkip-Finder: a machine learning-based web application and database to identify the optimal sequences of antisense oligonucleotides for exon skipping.

  Shuntaro Chiba; Kenji Rowel Q Lim; Narin Sheri; Saeed Anwar; Esra Erkut; Md Nur Ahad Shah; Tejal Aslesh; Stanley Woo; Omar Sheikh; Rika Maruyama; Hiroaki Takano; Katsuhiko Kunitake; William Duddy; Yasushi Okuno; Yoshitsugu Aoki; Toshifumi Yokota

  Nucleic acids research, 2021年07月02日

  
• Prediction and visualization of acute kidney injury in intensive care unit using one-dimensional convolutional neural networks based on routinely collected data

  Noriaki Sato; Eiichiro Uchino; Ryosuke Kojima; Shusuke Hiragi; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  Computer Methods and Programs in Biomedicine, 2021年07月

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• 免疫チェックポイント阻害薬投与患者における急性腎障害発症予測モデルの構築と検証

  櫻木 実; 内野 詠一郎; 佐藤 憲明; 奧野 恭史; 柳田 素子

  日本腎臓学会誌, 2021年06月

  
• 教師なし深層学習を用いたIgA腎症患者の病理所見の評価

  佐藤 憲明; 内野 詠一郎; 小島 諒介; 櫻木 実; 平木 秀輔; 南口 早智子; 羽賀 博典; 横井 秀基; 柳田 素子; 奥野 恭史

  日本腎臓学会誌, 2021年06月

  
• 教師なし深層学習を用いたIgA腎症患者の病理所見の評価

  佐藤 憲明; 内野 詠一郎; 小島 諒介; 櫻木 実; 平木 秀輔; 南口 早智子; 羽賀 博典; 横井 秀基; 柳田 素子; 奥野 恭史

  日本腎臓学会誌, 2021年06月

  
• A deep learning system to diagnose the malignant potential of urothelial carcinoma cells in cytology specimens

  Satoshi Nojima; Kei Terayama; Saeko Shimoura; Sachiko Hijiki; Norio Nonomura; Eiichi Morii; Yasushi Okuno; Kazutoshi Fujita

  CANCER CYTOPATHOLOGY, 2021年05月

  
• Health improvement framework for actionable treatment planning using a surrogate Bayesian model

  Kazuki Nakamura; Ryosuke Kojima; Eiichiro Uchino; Koh Ono; Motoko Yanagita; Koichi Murashita; Ken Itoh; Shigeyuki Nakaji; Yasushi Okuno

  Nature Communications, 2021年05月

  この論文にアクセスする：

  
• Dynamic changes in gene-to-gene regulatory networks in response to SARS-CoV-2 infection

  Yoshihisa Tanaka; Kako Higashihara; Mai Adachi Nakazawa; Fumiyoshi Yamashita; Yoshinori Tamada; Yasushi Okuno

  Scientific Reports, 2021年05月

  
• Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity

  Takahiro Yoshizawa; Ken Uchibori; Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Biao Ma; Ryo Kanada; Yosuke Seto; Tomoko Oh-hara; Sumie Koike; Ryo Ariyasu; Satoru Kitazono; Hironori Ninomiya; Kengo Takeuchi; Noriko Yanagitani; Satoshi Takagi; Kazuma Kishi; Naoya Fujita; Yasushi Okuno; Makoto Nishio; Ryohei Katayama

  NPJ PRECISION ONCOLOGY, 2021年04月

  
• Novel cancer subtyping method based on patient-specific gene regulatory network

  Mai Adachi Nakazawa; Yoshinori Tamada; Yoshihisa Tanaka; Marie Ikeguchi; Kako Higashihara; Yasushi Okuno

  2021年03月25日

  
• Novel Resistance Mechanisms Including L1196Q, P1094H, and R1248_D1249 Insertion in Three Patients With NSCLC After ALK Tyrosine Kinase Inhibitor Treatment

  Hiromi Furuta; Mitsugu Araki; Katsuhiro Masago; Yukari Sagae; Shiro Fujita; Katsutoshi Seto; Junichi Shimizu; Yoshitsugu Horio; Eiichi Sasaki; Waki Hosoda; Ryohei Katayama; Yasushi Okuno; Toyoaki Hida

  Journal of Thoracic Oncology, 2021年03月

  
• Extraction of protein dynamics information from cryo-EM maps using deep learning

  Shigeyuki Matsumoto; Shoichi Ishida; Mitsugu Araki; Takayuki Kato; Kei Terayama; Yasushi Okuno

  Nature Machine Intelligence, 2021年02月

  
• Topical application of toll-like receptor 3 inhibitors ameliorates chronic allergic skin inflammation in mice

  Risa Tamagawa-Mineoka; Mayumi Ueta; Yukiyasu Arakawa; Risa Yasuike; Hiromi Nishigaki; Yasushi Okuno; Ichiro Hijikuro; Shigeru Kinoshita; Norito Katoh

  Journal of Dermatological Science, 2021年02月

  
• Gilteritinib overcomes lorlatinib resistance in ALK-rearranged cancer

  Hayato Mizuta; Koutaroh Okada; Mitsugu Araki; Jun Adachi; Ai Takemoto; Justyna Kutkowska; Kohei Maruyama; Noriko Yanagitani; Tomoko Oh-hara; Kana Watanabe; Keiichi Tamai; Luc Friboulet; Kazuhiro Katayama; Biao Ma; Yoko Sasakura; Yukari Sagae; Mutsuko Kukimoto-Niino; Mikako Shirouzu; Satoshi Takagi; Siro Simizu; Makoto Nishio; Yasushi Okuno; Naoya Fujita; Ryohei Katayama

  Nature Communications, 2021年02月

  
• Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics

  Mitsugu Araki; Shigeyuki Matsumoto; Gert Jan Bekker; Yuta Isaka; Yukari Sagae; Narutoshi Kamiya; Yasushi Okuno

  Nature Communications, 2021年02月

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• Discovery of natural TRPA1 activators through pharmacophore-based virtual screening and a biological assay

  Hiroaki Iwata; Naoto Kanda; Mitsugu Araki; Yukari Sagae; Katsuyoshi Masuda; Yasushi Okuno

  Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 2021年01月01日

  
• Artificial Intelligence in Kidney Pathology

  Sato Noriaki; Uchino Eiichiro; Okuno Yasushi

  Artificial Intelligence in Medicine, 2021年

  
• Artificial Intelligence in Predicting Kidney Function and Acute Kidney Injury

  Eiichiro Uchino; Noriaki Sato; Yasushi Okuno

  Artificial Intelligence in Medicine, 2021年

  
• AIM in Genomic Basis of Medicine: Applications

  Mayumi Kamada; Yasushi Okuno

  Artificial Intelligence in Medicine, 2021年

  
• AIM in Pharmacology and Drug Discovery

  Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Artificial Intelligence in Medicine, 2021年

  
• Lipocalin-type prostaglandin D synthase regulates light-induced phase advance of the central circadian rhythm in mice

  Chihiro Kawaguchi; Norihito Shintani; Atsuko Hayata-Takano; Michiyoshi Hatanaka; Ai Kuromi; Reiko Nakamura; Yui Yamano; Yusuke Shintani; Katsuya Nagai; Soken Tsuchiya; Yukihiko Sugimoto; Atsushi Ichikawa; Yasushi Okuno; Yoshihiro Urade; Hiroyuki Hirai; Kin ya Nagata; Masataka Nakamura; Shuh Narumiya; Takanobu Nakazawa; Atsushi Kasai; Yukio Ago; Kazuhiro Takuma; Akemichi Baba; Hitoshi Hashimoto

  Communications Biology, 2020年12月01日

  
• Structure-based design and discovery of novel anti-tissue factor antibodies with cooperative double-point mutations, using interaction analysis

  Shuntaro Chiba; Aki Tanabe; Makoto Nakakido; Yasushi Okuno; Kouhei Tsumoto; Masateru Ohta

  Scientific Reports, 2020年12月01日

  
• Metagenomic analysis of bacterial species in tongue microbiome of current and never smokers

  Noriaki Sato; Masanori Kakuta; Takanori Hasegawa; Rui Yamaguchi; Eiichiro Uchino; Wataru Kobayashi; Kaori Sawada; Yoshihiro Tamura; Itoyo Tokuda; Koichi Murashita; Shigeyuki Nakaji; Seiya Imoto; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  npj Biofilms and Microbiomes, 2020年12月01日, 査読有り

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• Improvement in predicting drug sensitivity changes associated with protein mutations using a molecular dynamics based alchemical mutation method

  Fumie Ono; Shuntaro Chiba; Yuta Isaka; Shigeyuki Matsumoto; Biao Ma; Ryohei Katayama; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  Scientific Reports, 2020年12月01日, 査読有り

  
• Future possibilities for artificial intelligence in the practical management of hypertension

  Hiroshi Koshimizu; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Hypertension Research, 2020年12月

  
• Metagenomic profiling of gut microbiome in early chronic kidney disease.

  Noriaki Sato; Masanori Kakuta; Takanori Hasegawa; Rui Yamaguchi; Eiichiro Uchino; Koichi Murashita; Shigeyuki Nakaji; Seiya Imoto; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association, 2020年09月01日

  
• CompRet: A comprehensive recommendation framework for chemical synthesis planning with algorithmic enumeration

  Ryosuke Shibukawa; Shoichi Ishida; Kazuki Yoshizoe; Kunihiro Wasa; Kiyosei Takasu; Yasushi Okuno; Kei Terayama; Koji Tsuda

  Journal of Cheminformatics, 2020年09月01日

  
• Classification of glomerular pathological findings using deep learning and nephrologist–AI collective intelligence approach

  Eiichiro Uchino; Kanata Suzuki; Noriaki Sato; Ryosuke Kojima; Yoshinori Tamada; Shusuke Hiragi; Hideki Yokoi; Nobuhiro Yugami; Sachiko Minamiguchi; Hironori Haga; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Informatics, 2020年09月, 査読有り

  
• Trp53 Mutation in Keratin 5 (Krt5)-Expressing Basal Cells Facilitates the Development of Basal Squamous-Like Invasive Bladder Cancer in the Chemical Carcinogenesis of Mouse Bladder

  Norihiko Masuda; Kaoru Murakami; Yuki Kita; Akihiro Hamada; Mayumi Kamada; Yuki Teramoto; Toru Sakatani; Keiyu Matsumoto; Takeshi Sano; Ryoichi Saito; Yasushi Okuno; Osamu Ogawa; Takashi Kobayashi

  American Journal of Pathology, 2020年08月, 査読有り

  
• High-Precision Atomic Charge Prediction for Protein Systems Using Fragment Molecular Orbital Calculation and Machine Learning

  Koichiro Kato; Tomohide Masuda; Chiduru Watanabe; Naoki Miyagawa; Hideo Mizouchi; Shumpei Nagase; Kikuko Kamisaka; Kanji Oshima; Satoshi Ono; Hiroshi Ueda; Atsushi Tokuhisa; Ryo Kanada; Masateru Ohta; Mitsunori Ikeguchi; Yasushi Okuno; Kaori Fukuzawa; Teruki Honma

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2020年07月27日, 査読有り

  
• Exhaustive search of the configurational space of heat-shock protein 90 with its inhibitor by multicanonical molecular dynamics based dynamic docking

  Gert Jan Bekker; Mitsugu Araki; Kanji Oshima; Yasushi Okuno; Narutoshi Kamiya

  Journal of Computational Chemistry, 2020年06月30日

  
• Coarse-Grained Diffraction Template Matching Model to Retrieve Multiconformational Models for Biomolecule Structures from Noisy Diffraction Patterns

  Atsushi Tokuhisa; Ryo Kanada; Shuntaro Chiba; Kei Terayama; Yuta Isaka; Biao Ma; Narutoshi Kamiya; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2020年06月22日, 査読有り

  
• Landscape and function of multiple mutations within individual oncogenes

  Yuki Saito; Junji Koya; Mitsugu Araki; Yasunori Kogure; Sumito Shingaki; Mariko Tabata; Marni B. McClure; Kota Yoshifuji; Shigeyuki Matsumoto; Yuta Isaka; Hiroko Tanaka; Takanori Kanai; Satoru Miyano; Yuichi Shiraishi; Yasushi Okuno; Keisuke Kataoka

  Nature, 2020年06月04日, 査読有り

  
• Identification of a new class of non-electrophilic TRPA1 agonists by a structure-based virtual screening approach

  Mitsugu Araki; Naoto Kanda; Hiroaki Iwata; Yukari Sagae; Katsuyoshi Masuda; Yasushi Okuno

  Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 2020年06月01日, 査読有り

  
• Hydrophobic interactions at subsite S1′ of human dipeptidyl peptidase IV contribute significantly to the inhibitory effect of tripeptides

  Mitsugu Araki; Norimasa Kanegawa; Hiroaki Iwata; Yukari Sagae; Keisuke Ito; Katsuyoshi Masuda; Yasushi Okuno

  Heliyon, 2020年06月, 査読有り

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• KGCN: A graph-based deep learning framework for chemical structures

  Ryosuke Kojima; Shoichi Ishida; Masateru Ohta; Hiroaki Iwata; Teruki Honma; Yasushi Okuno

  Journal of Cheminformatics, 2020年05月12日, 査読有り

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• Prediction of blood pressure variability using deep neural networks

  Hiroshi Koshimizu; Ryosuke Kojima; Kazuomi Kario; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Informatics, 2020年04月, 査読有り, 筆頭著者

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• 【AI、ICT】臨床データを用いた医療ビッグデータの解析と創薬への応用

  内野 詠一郎; 佐藤 憲明; 小島 諒介; 玉田 嘉紀; 柳田 素子; 奥野 恭史

  日本腎臓学会誌, 2020年03月, 査読有り

  
• Exploring successful parameter region for coarse-grained simulation of biomolecules by bayesian optimization and active learning

  Ryo Kanada; Atsushi Tokuhisa; Koji Tsuda; Yasushi Okuno; Kei Terayama

  Biomolecules, 2020年03月, 査読有り

  
• Extraction of Protein Dynamics Information Hidden in Cryogenic Electron Microscopy Maps Using Deep Learning

  Shigeyuki Matsumoto; Shoichi Ishida; Mitsugu Araki; Takayuki Kato; Kei Terayama; Yasushi Okuno

  2020年02月18日

  
• Stabilization Mechanism for a Nonfibrillar Amyloid β Oligomer Based on Formation of a Hydrophobic Core Determined by Dissipative Particle Dynamics

  Ryoko Kawai; Shuntaro Chiba; Koji Okuwaki; Ryo Kanada; Hideo Doi; Masahiro Ono; Yuji Mochizuki; Yasushi Okuno

  ACS Chemical Neuroscience, 2020年02月05日, 査読有り, 筆頭著者

  
• Protein-Drug Binding Mode Prediction from the Apo-Protein Structure using a Molecular Dynamics-Based Pocket Generation Approach

  Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2020年02月

  
• Novel Insights into the Structural Perturbation Induced by the Oncogenic Mutations, Q61L and Q61H, in Ras State 1

  Shigeyuki Matsumoto; Haruka Taniguchi-Tamura; Mitsugu Araki; Takashi Kawamura; Ryo Miyamoto; Chiemi Tsuda; Yasushi Okuno; Fumi Shima; Takashi Kumasaka; Tohru Kataoka

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2020年02月

  
• System-based differential gene network analysis for characterizing a sample-specific subnetwork

  Yoshihisa Tanaka; Yoshinori Tamada; Marie Ikeguchi; Fumiyoshi Yamashita; Yasushi Okuno

  Biomolecules, 2020年02月, 査読有り

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• Combination of host immune metabolic biomarkers for the PD-1 blockade cancer immunotherapy

  Ryusuke Hatae; Kenji Chamoto; Young Hak Kim; Kazuhiro Sonomura; Kei Taneishi; Shuji Kawaguchi; Hironori Yoshida; Hiroaki Ozasa; Yuichi Sakamori; Maryam Akrami; Sidonia Fagarasan; Izuru Masuda; Yasushi Okuno; Fumihiko Matsuda; Toyohiro Hirai; Tasuku Honjo

  JCI Insight, 2020年01月30日, 査読有り

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• The relationship between cigarette smoking and the tongue microbiome in an East Asian population

  Noriaki Sato; Masanori Kakuta; Eiichiro Uchino; Takanori Hasegawa; Ryosuke Kojima; Wataru Kobayashi; Kaori Sawada; Yoshihiro Tamura; Itoyo Tokuda; Seiya Imoto; Shigeyuki Nakaji; Koichi Murashita; Motoko Yanagita; Yasushi Okuno

  Journal of Oral Microbiology, 2020年01月01日, 査読有り

  
• An in silico Approach for Integrating Phenotypic and Target-based Approaches in Drug Discovery

  Hiroaki Iwata; Ryosuke Kojima; Yasushi Okuno

  Molecular Informatics, 2020年01月01日, 査読有り

  
• E487K-Induced Disorder in Functionally Relevant Dynamics of Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase 2

  Shigeyuki Matsumoto; Mitsugu Araki; Yuta Isaka; Fumie Ono; Kenshiro Hirohashi; Shinya Ohashi; Manabu Muto; Yasushi Okuno

  Biophysical Journal, 2020年, 査読有り

  
• A novel orexin antagonist from a natural plant was discovered using zebrafish behavioural analysis

  M. Yamanaka; H. Iwata; K. Masuda; M. Araki; Y. Okuno; M. Okamura; J. Koiwa; T. Tanaka

  European Review for Medical and Pharmacological Sciences, 2020年, 査読有り

  
• Prediction and Interpretable Visualization of Retrosynthetic Reactions Using Graph Convolutional Networks

  Shoichi Ishida; Kei Terayama; Ryosuke Kojima; Kiyosei Takasu; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2019年12月23日, 査読有り

  
• Systematic chemical screening identifies disulfiram as a repurposed drug that enhances sensitivity to cisplatin in bladder cancer: a summary of preclinical studies

  Yuki Kita; Akihiro Hamada; Ryoichi Saito; Yuki Teramoto; Ryusuke Tanaka; Keishi Takano; Kenji Nakayama; Kaoru Murakami; Keiyu Matsumoto; Shusuke Akamatsu; Toshinari Yamasaki; Takahiro Inoue; Yasuhiko Tabata; Yasushi Okuno; Osamu Ogawa; Takashi Kobayashi

  British Journal of Cancer, 2019年12月10日, 査読有り

  
• MGeND: an integrated database for Japanese clinical and genomic information

  Mayumi Kamada; Masahiko Nakatsui; Ryosuke Kojima; Sachio Nohara; Eiichiro Uchino; Shigeki Tanishima; Masaya Sugiyama; Kenjiro Kosaki; Katsushi Tokunaga; Masashi Mizokami; Yasushi Okuno

  Human Genome Variation, 2019年12月01日, 査読有り

  
• Calculation of absolute binding free energies between the hERG channel and structurally diverse drugs

  Tatsuki Negami; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno; Tohru Terada

  Scientific Reports, 2019年12月01日, 査読有り

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• Force-field parametrization based on radial and energy distribution functions

  Shuntaro Chiba; Yasushi Okuno; Teruki Honma; Mitsunori Ikeguchi

  Journal of Computational Chemistry, 2019年11月05日, 査読有り

  
• Combination treatment with highly bioavailable curcumin and NQO1 inhibitor exhibits potent antitumor effects on esophageal squamous cell carcinoma

  Ayaka Mizumoto; Shinya Ohashi; Mayumi Kamada; Tomoki Saito; Yukie Nakai; Kiichiro Baba; Kenshiro Hirohashi; Yosuke Mitani; Osamu Kikuchi; Junichi Matsubara; Atsushi Yamada; Tsukasa Takahashi; Hyunjin Lee; Yasushi Okuno; Masashi Kanai; Manabu Muto

  Journal of Gastroenterology, 2019年08月05日, 査読有り

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• Molecular dynamics simulation-guided drug sensitivity prediction for lung cancer with rare EGFR mutations

  Shinnosuke Ikemura; Hiroyuki Yasuda; Shingo Matsumoto; Mayumi Kamada; Junko Hamamoto; Keita Masuzawa; Keigo Kobayashi; Tadashi Manabe; Daisuke Arai; Ichiro Nakachi; Ichiro Kawada; Kota Ishioka; Morio Nakamura; Ho Namkoong; Katsuhiko Naoki; Fumie Ono; Mitsugu Araki; Ryo Kanada; Biao Ma; Yuichiro Hayashi; Sachiyo Mimaki; Kiyotaka Yoh; Susumu S. Kobayashi; Takashi Kohno; Yasushi Okuno; Koichi Goto; Katsuya Tsuchihara; Kenzo Soejima

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2019年05月14日, 査読有り

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• Structural modification of indomethacin toward selective inhibition of COX-2 with a significant increase in van der Waals contributions

  Akari Ikeda; Eishi Funakoshi; Mitsugu Araki; Biao Ma; Yukiko Karuo; Atsushi Tarui; Kazuyuki Sato; Yasushi Okuno; Kentaro Kawai; Masaaki Omote

  Bioorganic and Medicinal Chemistry, 2019年05月01日, 査読有り

  
• Repertoires of G protein-coupled receptors for Ciona-specific neuropeptides

  Akira Shiraishi; Toshimi Okuda; Natsuko Miyasaka; Tomohiro Osugi; Yasushi Okuno; Jun Inoue; Honoo Satake

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2019年04月, 査読有り

  
• Dynamic Docking of a Medium-Sized Molecule to Its Receptor by Multicanonical MD Simulations

  Gert Jan Bekker; Mitsugu Araki; Kanji Oshima; Yasushi Okuno; Narutoshi Kamiya

  Journal of Physical Chemistry B, 2019年03月21日, 査読有り

  
• Efficient construction method for phase diagrams using uncertainty sampling

  Kei Terayama; Ryo Tamura; Yoshitaro Nose; Hidenori Hiramatsu; Hideo Hosono; Yasushi Okuno; Koji Tsuda

  Physical Review Materials, 2019年03月08日, 査読有り

  
• Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance and drug re-purposing to overcome the resistance

  Koutaroh Okada; Mitsugu Araki; Takuya Sakashita; Biao Ma; Ryo Kanada; Noriko Yanagitani; Atsushi Horiike; Sumie Koike; Tomoko Oh-hara; Kana Watanabe; Keiichi Tamai; Makoto Maemondo; Makoto Nishio; Takeshi Ishikawa; Yasushi Okuno; Naoya Fujita; Ryohei Katayama

  EBioMedicine, 2019年03月, 査読有り

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• Suppression of IgE-Independent Degranulation of Murine Connective Tissue-Type Mast Cells by Dexamethasone

  Keiko Yamada; Hitomi Sato; Kazuma Sakamaki; Mayumi Kamada; Yasushi Okuno; Nobuyuki Fukuishi; Kazuyuki Furuta; Satoshi Tanaka

  CELLS, 2019年02月, 査読有り

  
• Improving the Accuracy of Protein-Ligand Binding Mode Prediction Using a Molecular Dynamics-Based Pocket Generation Approach

  Mitsugu Araki; Hiroaki Iwata; Biao Ma; Atsuto Fujita; Kei Terayama; Yukari Sagae; Fumie Ono; Koji Tsuda; Narutoshi Kamiya; Yasushi Okuno

  Journal of Computational Chemistry, 2018年12月15日, 査読有り

  
• A secondary RET mutation in the activation loop conferring resistance to vandetanib

  Takashi Nakaoku; Takashi Kohno; Mitsugu Araki; Seiji Niho; Rakhee Chauhan; Phillip P. Knowles; Katsuya Tsuchihara; Shingo Matsumoto; Yoko Shimada; Sachiyo Mimaki; Genichiro Ishii; Hitoshi Ichikawa; Satoru Nagatoishi; Kouhei Tsumoto; Yasushi Okuno; Kiyotaka Yoh; Neil Q. McDonald; Koichi Goto

  Nature Communications, 2018年12月01日, 査読有り

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• Fibronectin type III domain-containing protein 5 interacts with APP and decreases amyloid β production in Alzheimer's disease.

  Noda Y; Kuzuya A; Tanigawa K; Araki M; Kawai R; Ma B; Sasakura Y; Maesako M; Tashiro Y; Miyamoto M; Uemura K; Okuno Y; Kinoshita A

  Molecular brain, 2018年10月24日, 査読有り

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• AI technology for precision medicine: current status and future perspectives

  Yasushi Okuno

  ANNALS OF ONCOLOGY, 2018年10月, 査読有り

  
• Core Binding Site of a Thioflavin-T-Derived Imaging Probe on Amyloid β Fibrils Predicted by Computational Methods.

  Kawai R; Araki M; Yoshimura M; Kamiya N; Ono M; Saji H; Okuno Y

  ACS chemical neuroscience, 2018年05月16日, 査読有り

  
• Clinical characterization and in silico drug sensitivity prediction model of rare EGFR mutations in non-small cell lung cancer

  Shinnosuke Ikemura; Hiroyuki Yasuda; Shingo Matsumoto; Mayumi Kamada; Junko Hamamoto; Tomoko Betsuyaku; Yasushi Okuno; Koichi Goto; Katsuya Tsuchihara; Kenzo Soejima

  JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY, 2018年05月

  
• Artificial intelligence in drug discovery

  Takeshi Fujiwara; Mayumi Kamada; Yasushi Okuno

  Japanese Journal of Cancer and Chemotherapy, 2018年04月, 査読有り

  
• Association between homologous recombination repair gene mutations and response to oxaliplatin in pancreatic cancer

  Tomohiro Kondo; Masashi Kanai; Tadayuki Kou; Tomohiro Sakuma; Hiroaki Mochizuki; Mayumi Kamada; Masahiko Nakatsui; Norimitsu Uza; Yuzo Kodama; Toshihiko Masui; Kyoichi Takaori; Shigemi Matsumoto; Hidehiko Miyake; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  Oncotarget, 2018年04月, 査読有り

  
• Machine learning accelerates MD-based binding pose prediction between ligands and proteins

  Kei Terayama; Hiroaki Iwata; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno; Koji Tsuda

  Bioinformatics, 2018年03月01日, 査読有り

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• Molecular Mechanism of Resistance to Kinase Inhibitors Clarified by a Binding Free Energy Computation Method and Its Improvement by Incorporating Protein Flexibility

  Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2018年02月, 査読有り

  
• Big data change cancer research

  Yasushi Okuno; Tatsuhiko Tsunoda

  CANCER SCIENCE, 2018年01月, 査読有り

  
• Novel inhibitor candidates of TRPV2 prevent damage of dystrophic myocytes and ameliorate against dilated cardiomyopathy in a hamster model

  Yuko Iwata; Yoshimi Katayama; Yasushi Okuno; Shigeo Wakabayashi

  Oncotarget, 2018年, 査読有り

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• A Platform for Comprehensive Genomic Profiling in Human Cancers and Pharmacogenomics Therapy Selection

  Tadayuki Kou; Masashi Kanai; Mayumi Kamada; Masahiko Nakatsui; Shigemi Matsumoto; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  Methods in Molecular Biology, 2018年, 査読有り

  
• Adjuvant chemotherapy improves survival of patients with high-risk upper urinary tract urothelial carcinoma: A propensity score-matched analysis

  Kazutoshi Fujita; Kei Taneishi; Teruo Inamoto; Yu Ishizuya; Shingo Takada; Masao Tsujihata; Go Tanigawa; Noriko Minato; Shigeaki Nakazawa; Tsuyoshi Takada; Toshichika Iwanishi; Motohide Uemura; Yasushi Okuno; Haruhito Azuma; Nonomura Norio

  BMC Urology, 2017年12月01日, 査読有り

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• Exome Sequencing Landscape Analysis in Ovarian Clear Cell Carcinoma Shed Light on Key Chromosomal Regions and Mutation Gene Networks

  Ryusuke Murakami; Noriomi Matsumura; J. B. Brown; Koichiro Higasa; Takanobu Tsutsumi; Mayumi Kamada; Hisham Abou-Taleb; Yuko Hosoe; Sachiko Kitamura; Ken Yamaguchi; Kaoru Abiko; Junzo Hamanishi; Tsukasa Baba; Masafumi Koshiyama; Yasushi Okuno; Ryo Yamada; Fumihiko Matsuda; Ikuo Konishi; Masaki Mandai

  American Journal of Pathology, 2017年10月, 査読有り

  
• Relationships Between Quantitative Pulse-Echo Ultrasound Parameters from the Superficial Zone of the Human Articular Cartilage and Changes in Surface Roughness, Collagen Content or Collagen Orientation Caused by Early Degeneration

  Wataru Kiyan; Akira Ito; Yasuaki Nakagawa; Shogo Mukai; Koji Mori; Tatsuo Arai; Eiichiro Uchino; Yasushi Okuno; Hiroshi Kuroki

  Ultrasound in Medicine and Biology, 2017年08月, 査読有り

  
• Development and validation of a set of six adaptable prognosis prediction (SAP) models based on time-series real-world big data analysis for patients with cancer receiving chemotherapy: A multicenter case crossover study

  Yu Uneno; Kei Taneishi; Masashi Kanai; Kazuya Okamoto; Yosuke Yamamoto; Akira Yoshioka; Shuji Hiramoto; Akira Nozaki; Yoshitaka Nishikawa; Daisuke Yamaguchi; Teruko Tomono; Masahiko Nakatsui; Mika Baba; Tatsuya Morita; Shigemi Matsumoto; Tomohiro Kuroda; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  PLoS ONE, 2017年08月, 査読有り

  
• Clinical sequencing using a next-generation sequencing-based multiplex gene assay in patients with advanced solid tumors

  Tadayuki Kou; Masashi Kanai; Yoshihiro Yamamoto; Mayumi Kamada; Masahiko Nakatsui; Tomohiro Sakuma; Hiroaki Mochizuki; Akinori Hiroshima; Aiko Sugiyama; Eijiro Nakamura; Hidehiko Miyake; Sachiko Minamiguchi; Kyoichi Takaori; Shigemi Matsumoto; Hironori Haga; Hiroshi Seno; Shinji Kosugi; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  Cancer Science, 2017年07月, 査読有り

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• Genetic regulation of the RUNX transcription factor family has antitumor effects

  Ken Morita; Kensho Suzuki; Shintaro Maeda; Akihiko Matsuo; Yoshihide Mitsuda; Chieko Tokushige; Gengo Kashiwazaki; Junichi Taniguchi; Rina Maeda; Mina Noura; Masahiro Hirata; Tatsuki Kataoka; Ayaka Yano; Yoshimi Yamada; Hiroki Kiyose; Mayu Tokumasu; Hidemasa Matsuo; Sunao Tanaka; Yasushi Okuno; Manabu Muto; Kazuhito Naka; Kosei Ito; Toshio Kitamura; Yasufumi Kaneda; Paul P. Liu; Toshikazu Bando; Souichi Adachi; Hiroshi Sugiyama; Yasuhiko Kamikubo

  Journal of Clinical Investigation, 2017年06月30日, 査読有り

  
• Accurate Prediction of Complex Structure and Affinity for a Flexible Protein Receptor and Its Inhibitor

  Gert Jan Bekker; Narutoshi Kamiya; Mitsugu Araki; Ikuo Fukuda; Yasushi Okuno; Haruki Nakamura

  Journal of Chemical Theory and Computation, 2017年06月13日, 査読有り

  
• 高齢者に対する適正医療の推進のためのエビデンスと診療のギャップの解析 レセプト情報・特定健診等情報データベース(NDB)の活用対策の検討(Analysis of the evidence-practice gap to facilitate proper medical care for the elderly: investigation, using databases, of utilization measures for National Database of Health Insurance Claims and Specific Health Checkups of Japan(NDB))

  Nakayama Takeo; Imanaka Yuichi; Okuno Yasushi; Kato Genta; Kuroda Tomohiro; Goto Rei; Tanaka Shiro; Tamura Hiroshi; Fukuhara Shunichi; Fukuma Shingo; Muto Manabu; Yanagita Motoko; Yamamoto Yosuke; Funakoshi T; Goto Y; Goto E; Hanaki S; Ikenoue T; Iwao T; Kawakami K; Kondo N; Kunisawa S; Mori Y; Nakatsui M; Neff Y; Ohtera S; Okamoto K; Otsubo T; Saito H; Saito Y; Sakai M; Sato I; Seto K; Shimizu S; Takahashi Y; Yamashita K; Yoshida S; BiDAME:Big Data Analysis of Medical Care for the Elderly in Kyoto

  Environmental Health and Preventive Medicine, 2017年06月

  
• Association between UGT1A1*28*28 genotype and lung cancer in the Japanese population

  Yoshitaka Nishikawa; Masashi Kanai; Maiko Narahara; Akiko Tamon; J. B. Brown; Kei Taneishi; Masahiko Nakatsui; Kazuya Okamoto; Yu Uneno; Daisuke Yamaguchi; Teruko Tomono; Yukiko Mori; Shigemi Matsumoto; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  International Journal of Clinical Oncology, 2017年04月, 査読有り

  
• Brigatinib combined with anti-EGFR antibody overcomes osimertinib resistance in EGFR-mutated non-small-cell lung cancer

  Ken Uchibori; Naohiko Inase; Mitsugu Araki; Mayumi Kamada; Shigeo Sato; Yasushi Okuno; Naoya Fujita; Ryohei Katayama

  Nature Communications, 2017年03月13日, 査読有り

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• Impact of BRCAness on the efficacy of oxaliplatin-based chemotherapy in patients with unresectable pancreatic cancer.

  Tomohiro Kondo; Masashi Kanai; Tadayuki Kou; Tomohiro Sakuma; Hiroaki Mochizuki; Mayumi Kamada; Masahiko Nakatsui; Norimitsu Uza; Yuzo Kodama; Toshihiko Masui; Kyoichi Takaori; Shigemi Matsumoto; Hidehiko Miyake; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY, 2017年02月, 査読有り

  
• CGBVS-DNN: Prediction of Compound-protein Interactions Based on Deep Learning

  Masatoshi Hamanaka; Kei Taneishi; Hiroaki Iwata; Jun Ye; Jianguo Pei; Jinlong Hou; Yasushi Okuno

  Molecular Informatics, 2017年01月01日, 査読有り

  
• De novo Drug Design – Ye olde Scoring Problem Revisited

  Gisbert Schneider; Kimito Funatsu; Yasushi Okuno; Dave Winkler

  Molecular Informatics, 2017年01月01日, 査読有り

  
• In silico approaches accelerate reverse translational research from bedside to bench

  Yasushi Okuno

  Yakugaku Zasshi, 2017年, 査読有り

  
• In silico drug discovery by supercomputer “K”

  Masahiko Nakatsui; Mayumi Kamada; Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  Folia Pharmacologica Japonica, 2017年, 査読有り

  
• Analysis of the evidence-practice gap to facilitate proper medical care for the elderly: Investigation, using databases, of utilization measures for National Database of Health Insurance Claims and Specific Health Checkups of Japan (NDB)

  Takeo Nakayama; Yuichi Imanaka; Yasushi Okuno; Genta Kato; Tomohiro Kuroda; Rei Goto; Shiro Tanaka; Hiroshi Tamura; Shunichi Fukuhara; Shingo Fukuma; Manabu Muto; Motoko Yanagita; Yosuke Yamamoto; T. Funakoshi; Y. Goto; E. Goto; N. Hanaki; S. Hiragi; T. Ikenoue; T. Iwao; K. Kawakami; N. Kondo; S. Kunisawa; Y. Mori; M. Nakatsui; Y. Neff; S. Ohtera; K. Okamoto; T. Otsubo; H. Saito; Y. Saito; M. Sakai; I. Sato; K. Seto; S. Shimizu; Y. Takahashi; K. Yamashita; S. Yoshida

  Environmental Health and Preventive Medicine, 2017年, 査読有り

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• The Effect of Conformational Flexibility on Binding Free Energy Estimation between Kinases and Their Inhibitors

  Mitsugu Araki; Narutoshi Kamiya; Miwa Sato; Masahiko Nakatsui; Takatsugu Hirokawa; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2016年12月27日, 査読有り

  
• Implementation of clinical sequencing using a comprehensive gene panel (OncoPrime (TM))

  Masashi Kanai; Tadayuki Kou; Tomohiro Sakuma; Hiroaki Mochizuki; Mayumi Kamada; Masashiko Nakatsui; Shigemi Matsumoto; Hidehiko Miyake; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  ANNALS OF ONCOLOGY, 2016年07月, 査読有り

  
• The possibility of clinical sequencing in the management of cancer

  Tadayuki Kou; Masashi Kanai; Shigemi Matsumoto; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  Japanese Journal of Clinical Oncology, 2016年05月, 査読有り

  
• UGT1A1 遺伝子多型と肺癌のリスクに関する研究

  西川佳孝; 金井雅史; 奈良原舞子; 種石慶; 岡本和也; 釆野優; 森由希子; 松本繁巳; 奥野恭史; 武藤学

  医学生・研修医の日本内科学会ことはじめ 2016 東京 プログラム・抄録集, 2016年04月, 査読有り

  
• ALDH2 modulates autophagy flux to regulate acetaldehyde-mediated toxicity thresholds

  Kikuchi O; Ohashi S; Nakai Y; Nakagawa S; Matsuoka K; Kobunai T; Takechi T; Amanuma Y; Yoshioka M; Ida T; Yamamoto Y; Okuno Y; Miyamoto S; Nakagawa H; Matsubara K; Chiba T; Muto M

  Am J Cancer Res, 2016年03月, 査読有り

  
• Drug discovery in big data era

  Yasushi Okuno

  JOURNAL OF PHARMACOLOGICAL SCIENCES, 2016年03月, 査読有り

  
• Antipsychotics-associated serious adverse events in children: An analysis of the faers database

  Goji Kimura; Kaori Kadoyama; J. B. Brown; Tsutomu Nakamura; Ikuya Miki; Kohshi Nisiguchi; Toshiyuki Sakaeda; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2015年01月01日, 査読有り

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• Novel 5-fluorouracil-resistant human esophageal squamous cell carcinoma cells with dihydropyrimidine dehydrogenase overexpression

  Osamu Kikuchi; Shinya Ohashi; Yukie Nakai; Shunsaku Nakagawa; Kazuaki Matsuoka; Takashi Kobunai; Teiji Takechi; Yusuke Amanuma; Masahiro Yoshioka; Tomomi Ida; Yoshihiro Yamamoto; Yasushi Okuno; Shin'ichi Miyamoto; Hiroshi Nakagawa; Kazuo Matsubara; Tsutomu Chiba; Manabu Muto

  American Journal of Cancer Research, 2015年, 査読有り

  
• Tivantinib (ARQ 197) exhibits antitumor activity by directly interacting with tubulin and overcomes ABC transporter-mediated drug resistance

  Aki Aoyama; Ryohei Katayama; Tomoko Oh-hara; Shigeo Sato; Yasushi Okuno; Naoya Fujita

  Molecular Cancer Therapeutics, 2014年12月01日, 査読有り

  
• Two novel ALK mutations mediate acquired resistance to the next-generation ALK inhibitor alectinib

  Ryohei Katayama; Luc Friboulet; Sumie Koike; Elizabeth L. Lockerman; Tahsin M. Khan; Justin F. Gainor; A. John Iafrate; Kengo Takeuchi; Makoto Taiji; Yasushi Okuno; Naoya Fujita; Jeffrey A. Engelman; Alice T. Shaw

  Clinical Cancer Research, 2014年11月15日, 査読有り

  
• Reliable pre-eclampsia pathways based on multiple independent microarray data sets

  Kaoru Kawasaki; Eiji Kondoh; Yoshitsugu Chigusa; Mari Ujita; Ryusuke Murakami; Haruta Mogami; J. B. Brown; Yasushi Okuno; Ikuo Konishi

  Molecular Human Reproduction, 2014年08月27日, 査読有り

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• Constructing a foundational platform driven by Japan's K supercomputer for next-generation drug design

  J. B. Brown; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  Molecular Informatics, 2014年07月17日, 査読有り

  
• Computational chemogenomics: Is it more than inductive transfer?

  J. B. Brown; Yasushi Okuno; Gilles Marcou; Alexandre Varnek; Dragos Horvath

  Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2014年06月, 査読有り

  
• Commonality of drug-associated adverse events detected by 4 commonly used data mining algorithms

  Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Keiko Minami; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2014年03月15日, 査読有り

  
• Cholinesterase inhibitors and pisa syndrome: A pharmacovigilance study

  Anthony S. Zannas; Yasushi Okuno; P. Murali Doraiswamy

  Pharmacotherapy, 2014年03月, 査読有り

  
• Histamine synthesis is required for granule maturation in murine mast cells

  Shunsuke Nakazawa; Mariko Sakanaka; Kazuyuki Furuta; Mayuko Natsuhara; Hirotsugu Takano; Soken Tsuchiya; Yasushi Okuno; Hiroshi Ohtsu; Masahiro Nishibori; Robin L. Thurmond; Noriyasu Hirasawa; Kazuhisa Nakayama; Atsushi Ichikawa; Yukihiko Sugimoto; Satoshi Tanaka

  European Journal of Immunology, 2014年01月, 査読有り

  
• Quantitative evaluation of initial symptoms as predictors to detect adverse drug reactions using bayes' theory: Expansion and evaluation of drug-adverse drug reaction-initial symptom combinations using adverse event reporting system database

  Daisuke Kobayashi; Shigeru Hosaka; Emiko Inoue; Kimie Ohshima; Nobuaki Kutsuma; Shinji Oshima; Yasushi Okuno

  Biological and Pharmaceutical Bulletin, 2013年12月, 査読有り

  
• On computational complexity of graph inference from counting

  Szilárd Zsolt Fazekas; Hiro Ito; Yasushi Okuno; Shinnosuke Seki; Kei Taneishi

  Natural Computing, 2013年12月, 査読有り

  
• Electroconvulsive seizure-induced changes in gene expression in the mouse hypothalamic paraventricular nucleus

  Mari Sakaida; Mamiko Sukeno; Yuhki Imoto; Soken Tsuchiya; Yukihiko Sugimoto; Yasushi Okuno; Eri Segi-Nishida

  Journal of Psychopharmacology, 2013年11月, 査読有り

  
• Electroconvulsive seizures activate anorexigenic signals in the ventromedial nuclei of the hypothalamus

  Eri Segi-Nishida; Mamiko Sukeno; Yuki Imoto; Toshihiko Kira; Mari Sakaida; Soken Tsuchiya; Yukihiko Sugimoto; Yasushi Okuno

  Neuropharmacology, 2013年08月, 査読有り

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• Chemical genomics approach for GPCR-ligand interaction prediction and extraction of ligand binding determinants

  Akira Shiraishi; Satoshi Niijima; J. B. Brown; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2013年06月24日, 査読有り

  
• Mice genetically deficient in vasopressin V1a and V1b receptors are resistant to jet lag

  Yoshiaki Yamaguchi; Toru Suzuki; Yasutaka Mizoro; Hiroshi Kori; Kazuki Okada; Yulin Chen; Jean Michel Fustin; Fumiyoshi Yamazaki; Naoki Mizuguchi; Jing Zhang; Xin Dong; Gozoh Tsujimoto; Yasushi Okuno; Masao Doi; Hitoshi Okamura

  Science, 2013年, 査読有り

  
• A survey of the FAERS database concerning the adverse event profiles of α1-adrenoreceptor blockers for lower urinary tract symptoms.

  Yoshimura K; Kadoyama K; Sakaeda T; Sugino Y; Ogawa O; Okuno Y

  International journal of medical sciences, 2013年, 査読有り

  
• On the behavior of tile assembly system at high temperatures

  Shinnosuke Seki; Yasushi Okuno

  Computability, 2013年, 査読有り

  
• Aspirin- and clopidogrel-associated bleeding complications: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS

  Takao Tamura; Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2012年07月25日, 査読有り

  
• Toxicogenomic multigene biomarker for predicting the future onset of proximal tubular injury in rats

  Yohsuke Minowa; Chiaki Kondo; Takeki Uehara; Yuji Morikawa; Yasushi Okuno; Noriyuki Nakatsu; Atsushi Ono; Toshiyuki Maruyama; Ikuo Kato; Jyoji Yamate; Hiroshi Yamada; Yasuo Ohno; Tetsuro Urushidani

  Toxicology, 2012年07月16日, 査読有り

  
• Adverse event profile of tigecycline: Data mining of the public version of the U.S. Food and Drug Administration adverse event reporting system

  Kaori Kadoyama; Toshiyuki Sakaeda; Akiko Tamon; Yasushi Okuno

  Biological and Pharmaceutical Bulletin, 2012年06月, 査読有り

  
• Dissecting kinase profiling data to predict activity and understand cross-reactivity of kinase inhibitors

  Satoshi Niijima; Akira Shiraishi; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2012年04月, 査読有り

  
• Cbx2, a polycomb group gene, is required for Sry gene expression in mice

  Yuko Katoh-Fukui; Kanako Miyabayashi; Tomoko Komatsu; Akiko Owaki; Takashi Baba; Yuichi Shima; Tomohide Kidokoro; Yoshiakira Kanai; Andreas Schedl; Dagmar Wilhelm; Peter Koopman; Yasushi Okuno; Ken Ichirou Morohashi

  Endocrinology, 2012年02月, 査読有り

  
• Adverse event profiles of 5-fluorouracil and Capecitabine: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS, and reproducibility of clinical observations

  Kaori Kadoyama; Ikuya Miki; Takao Tamura; J. B. Brown; Toshiyuki Sakaeda; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2012年, 査読有り

  
• Omeprazole- and esomeprazole-associated hypomagnesaemia:Data mining of the public version of the fda adverse event reporting system

  Takao Tamura; Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2012年, 査読有り

  
• In silico drug discovery using multiple compound-protein interactions

  Yasushi Okuno

  JOURNAL OF PHARMACOLOGICAL SCIENCES, 2012年, 査読有り

  
• Chemogenomic approach to comprehensive predictions of ligand-target interactions: A comparative study.

  J. B. Brown; Satoshi Niijima; Akira Shiraishi; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  2012 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE WORKSHOPS (BIBMW), 2012年, 査読有り

  
• Statin-associated muscular and renal adverse events: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system

  Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  PLoS ONE, 2011年11月20日, 査読有り

  
• Quantitative transcriptomic profiling of branching in a glycosphingolipid biosynthetic pathway

  Hiromu Takematsu; Harumi Yamamoto; Yuko Naito-Matsui; Reiko Fujinawa; Kouji Tanaka; Yasushi Okuno; Yoshimasa Tanaka; Mamoru Kyogashima; Reiji Kannagi; Yasunori Kozutsumi

  Journal of Biological Chemistry, 2011年08月05日, 査読有り

  
• α-Mangostin extracted from the pericarp of the mangosteen (Garcinia mangostana Linn) reduces tumor growth and lymph node metastasis in an immunocompetent xenograft model of metastatic mammary cancer carrying a p53 mutation.

  Shibata MA; Iinuma M; Morimoto J; Kurose H; Akamatsu K; Okuno Y; Akao Y; Otsuki Y

  BMC medicine, 2011年06月03日, 査読有り

  
• Cross-target view to feature selection: Identification of molecular interaction features in ligand-target space

  Satoshi Niijima; Hiroaki Yabuuchi; Yasushi Okuno

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2011年01月24日, 査読有り

  
• Analysis of multiple compound-protein interactions reveals novel bioactive molecules

  Hiroaki Yabuuchi; Satoshi Niijima; Hiromu Takematsu; Tomomi Ida; Takatsugu Hirokawa; Takafumi Hara; Teppei Ogawa; Yohsuke Minowa; Gozoh Tsujimoto; Yasushi Okuno

  Molecular Systems Biology, 2011年, 査読有り

  
• Hypersensitivity reactions to anticancer agents: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS

  Kaori Kadoyama; Akiko Kuwahara; Motohiro Yamamori; J. B. Brown; Toshiyuki Sakaeda; Yasushi Okuno

  Journal of Experimental and Clinical Cancer Research, 2011年, 査読有り

  
• Platinum agent-induced hypersensitivity reactions: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS

  Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Hiroaki Yabuuchi; Satoshi Niijima; Kyoko Seki; Yukinari Shiraishi; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2011年, 査読有り

  
• Adverse event profiles of platinum agents: Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system, AERS, and reproducibility of clinical observations

  Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2011年, 査読有り

  
• Abnormal epithelial cell polarity and ectopic Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) expression induced in Emx2 KO Embryonic Gonads

  Masatomo Kusaka; Yuko Katoh-Fukui; Hidesato Ogawa; Kanako Miyabayashi; Takashi Baba; Yuichi Shima; Noriyuki Sugiyama; Yukihiko Sugimoto; Yasushi Okuno; Ryuji Kodama; Akiko Iizuka-Kogo; Takao Senda; Toshikuni Sasaoka; Kunio Kitamura; Shinichi Aizawa; Ken Ichirou Morohashi

  Endocrinology, 2010年12月, 査読有り

  
• A novel chemogenomics analysis of G protein-coupled receptors (GPCRs) and their ligands: A potential strategy for receptor de-orphanization

  Eelke van der Horst; Julio E. Peironcely; Adriaan P. IJzerman; Margot W. Beukers; Jonathan R. Lane; Herman W.T. van Vlijmen; Michael T.M. Emmerich; Yasushi Okuno; Andreas Bender

  BMC Bioinformatics, 2010年06月10日, 査読有り

  
• Expression profiling of cumulus cells reveals functional changes during ovulation and central roles of prostaglandin EP2 receptor in cAMP signaling

  Shigero Tamba; Rieko Yodoi; Kazushi Morimoto; Tomoaki Inazumi; Mamiko Sukeno; Eri Segi-Nishida; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Shuh Narumiya; Yukihiko Sugimoto

  Biochimie, 2010年06月, 査読有り

  
• A reverse transcriptase stop assay revealed diverse quadruplex formations in UTRs in mRNA

  Masaki Hagihara; Keisuke Yoneda; Hiroaki Yabuuchi; Yasushi Okuno; Kazuhiko Nakatani

  Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 2010年04月, 査読有り

  
• Design, synthesis, evaluation and QSAR analysis of N¹-substituted norcymserine derivatives as selective butyrylcholinesterase inhibitors

  Jun Takahashi; Ichiro Hijikuro; Takeshi Kihara; Modachur G. Murugesh; Shinichiro Fuse; Ryo Kunimoto; Yoshinori Tsumura; Akinori Akaike; Tetsuhiro Niidome; Yasushi Okuno; Takashi Takahashi; Hachiro Sugimoto

  Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 2010年03月01日, 査読有り

  
• Identification of EP4 as a potential target for the treatment of castration-resistant prostate cancer using a novel xenograft model

  Naoki Terada; Yosuke Shimizu; Tomomi Kamba; Takahiro Inoue; Atsushi Maeno; Takashi Kobayashi; Eijiro Nakamura; Toshiyuki Kamoto; Toshiya Kanaji; Takayuki Maruyama; Yoshiki Mikami; Yoshinobu Toda; Toshiyuki Matsuoka; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Shuh Narumiya; Osamu Ogawa

  Cancer Research, 2010年02月15日, 査読有り

  
• Salt-sensitive hypertension in circadian clock-deficient Cry-null mice involves dysregulated adrenal Hsd3b6

  Masao Doi; Yukari Takahashi; Rie Komatsu; Fumiyoshi Yamazaki; Hiroyuki Yamada; Shogo Haraguchi; Noriaki Emoto; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Akihiro Kanematsu; Osamu Ogawa; Takeshi Todo; Kazuyoshi Tsutsui; Gijsbertus T.J. Van Der Horst; Hitoshi Okamura

  Nature Medicine, 2010年01月, 査読有り

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• Gene profiles of electroconvulsive seizures in the mouse paraventricular nucleus of hypothalamus

  Eri Segi Nishida; Mari Sakaida; Soken Tsuchiya; Yukihiko Sugimoto; Yasushi Okuno

  NEUROSCIENCE RESEARCH, 2010年, 査読有り

  
• Identification of genomic biomarkers for concurrent diagnosis of drug-induced renal tubular injury using a large-scale toxicogenomics database

  Chiaki Kondo; Yohsuke Minowa; Takeki Uehara; Yasushi Okuno; Noriyuki Nakatsu; Atsushi Ono; Toshiyuki Maruyama; Ikuo Kato; Jyoji Yamate; Hiroshi Yamada; Yasuo Ohno; Tetsuro Urushidani

  Toxicology, 2009年11月09日, 査読有り

  
• Laplacian linear discriminant analysis approach to unsupervised feature selection

  Satoshi Niijima; Yasushi Okuno

  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2009年10月, 査読有り

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• GEM-TREND: A web tool for gene expression data mining toward relevant network discovery

  Chunlai Feng; Michihiro Araki; Ryo Kunimoto; Akiko Tamon; Hiroki Makiguchi; Satoshi Niijima; Gozoh Tsujimoto; Yasushi Okuno

  BMC Genomics, 2009年09月03日, 査読有り

  
• Identification of novel microRNA targets based on microRNA signatures in bladder cancer

  Takahiro Ichimi; Hideki Enokida; Yasushi Okuno; Ryo Kunimoto; Takeshi Chiyomaru; Ken Kawamoto; Kazuya Kawahara; Kazuki Toki; Kazumori Kawakami; Kenryu Nishiyama; Gozoh Tsujimoto; Masayuki Nakagawa; Naohiko Seki

  International Journal of Cancer, 2009年07月15日, 査読有り

  
• Substructure mining of GPCR ligands reveals activity-class specific functional groups in an unbiased manner

  Eelke Van Der Horst; Yasushi Okuno; Andreas Bender; Adriaan P. IJzerman

  Journal of Chemical Information and Modeling, 2009年02月23日, 査読有り

  
• Characterization of gene expression profiles for different types of mast cells pooled from mouse stomach subregions by an RNA amplification method

  Soken Tsuchiya; Yuki Tachida; Eri Segi-Nishida; Yasushi Okuno; Shigero Tamba; Gozoh Tsujimoto; Satoshi Tanaka; Yukihiko Sugimoto

  BMC Genomics, 2009年01月20日, 査読有り

  
• MicroRNA-338-3p and microRNA-451 contribute to the formation of basolateral polarity in epithelial cells

  Soken Tsuchiya; Masahito Oku; Yukako Imanaka; Ryo Kunimoto; Yasushi Okuno; Kazuya Terasawa; Fumiaki Sato; Gozoh Tsujimoto; Kazuharu Shimizu

  Nucleic Acids Research, 2009年, 査読有り

  
• Global correlation analysis for micro-RNA and mRNA expression profiles in human cell lines

  Yoshinao Ruike; Atsuhiko Ichimura; Soken Tsuchiya; Kazuharu Shimizu; Ryo Kunimoto; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto

  Journal of Human Genetics, 2008年06月, 査読有り

  
• Secreted CXCL1 Is a potential mediator and marker of the tumor invasion of bladder cancer

  Hiroaki Kawanishi; Yoshiyuki Matsui; Masaaki Ito; Jun Watanabe; Takeshi Takahashi; Koji Nishizawa; Hiroyuki Nishiyama; Toshiyuki Kamoto; Yoshiki Mikami; Yoshinori Tanaka; Giman Jung; Hideo Akiyama; Hitoshi Nobumasa; Parry Guilford; Anthony Reeve; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Eijiro Nakamura; Osamu Ogawa

  Clinical Cancer Research, 2008年05月01日, 査読有り

  
• Establishment of the culture model system that reflects the process of terminal differentiation of connective tissue-type mast cells

  Hirotsugu Takano; Shunsuke Nakazawa; Yasushi Okuno; Naritoshi Shirata; Sohken Tsuchiya; Takayuki Kainoh; Seigoh Takamatsu; Kazuyuki Furuta; Yoshitaka Taketomi; Yuko Naito; Hiromu Takematsu; Yasunori Kozutsumi; Gozoh Tsujimoto; Makoto Murakami; Ichiro Kudo; Atsushi Ichikawa; Kazuhisa Nakayama; Yukihiko Sugimoto; Satoshi Tanaka

  FEBS Letters, 2008年04月, 査読有り

  
• 膜タンパク質の結晶化技術の新展開及び創薬バリューチェインの紹介

  井上豪; 井上豪; 安達宏昭; 村上聡; 高野和文; 松村浩由; 森勇介; 福西快文; 中村春木; 中村春木; 木下誉富; 仲西功; 奥野恭史; 南方聖司; 下条真司; 下条真司; 坂田恒昭; 坂田恒昭

  薬学雑誌, 2008年04月, 査読有り

  
• Compound-transporter interaction studies using canonical correlation analysis

  Masato Kitajima; Yohsuke Minowa; Hideo Matsuda; Yasushi Okuno

  Chem-Bio Informatics Journal, 2008年01月12日, 査読有り

  
• GLIDA: GPCR - Ligand database for chemical genomics drug discovery - Database and tools update

  Yasushi Okuno; Akiko Tamon; Hiroaki Yabuuchi; Satoshi Niijima; Yohsuke Minowa; Koichiro Tonomura; Ryo Kunimoto; Chunlai Feng

  Nucleic Acids Research, 2008年01月, 査読有り

  
• Correlation index-based responsible-enzyme gene screening (CIRES), a novel DNA microarray-based method for enzyme gene involved in glycan biosynthesis

  Harumi Yamamoto; Hiromu Takematsu; Reiko Fujinawa; Yuko Naito; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Akemi Suzuki; Yasunori Kozutsumi

  PLoS ONE, 2007年11月28日, 査読有り

  
• Abnormal features in mutant cerebellar Purkinje cells lacking junctophilins

  Atsushi Ikeda; Taisuke Miyazaki; Sho Kakizawa; Yasushi Okuno; Soken Tsuchiya; Akira Myomoto; Shin ya Saito; Tetsuji Yamamoto; Tetsuo Yamazaki; Masamitsu Iino; Gozoh Tsujimoto; Masahiko Watanabe; Hiroshi Takeshima

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 2007年11月23日, 査読有り

  
• Augmentation of drug-induced cell death by ER protein BRI3BP

  Tetsuo Yamazaki; Nozomi Sasaki; Miyuki Nishi; Daiju Yamazaki; Atsushi Ikeda; Yasushi Okuno; Shinji Komazaki; Hiroshi Takeshima

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 2007年11月03日, 査読有り

  
• Germinal center marker GL7 probes activation-dependent repression of N-glycolylneuraminic acid, a sialic acid species involved in the negative modulation of B-cell activation

  Yuko Naito; Hiromu Takematsu; Susumu Koyama; Shizu Miyake; Harumi Yamamoto; Reiko Fujinawa; Manabu Sugai; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Toshiyuki Yamaji; Yasuhiro Hashimoto; Shigeyoshi Itohara; Toshisuke Kawasaki; Akemi Suzuki; Yasunori Kozutsumi

  Molecular and Cellular Biology, 2007年04月, 査読有り

  
• Application of a new probabilistic model for mining implicit associated cancer genes from OMIM and medline.

  Zhu S; Okuno Y; Tsujimoto G; Mamitsuka H

  Cancer informatics, 2007年02月, 査読有り

  
• Predicting implicit associated cancer genes from OMIM and MEDLINE by a new probabilistic model

  Shanfeng Zhu; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Hiroshi Mamitsuka

  BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2007年, 査読有り

  
• Altered gene expression of transcriptional regulatory factors in tumor marker-positive cells during chemically induced hepatocarcinogenesis

  Shigehiro Osada; Ayako Naganawa; Masashi Misonou; Soken Tsuchiya; Shigero Tamba; Yasushi Okuno; Jun ichi Nishikawa; Kimihiko Satoh; Masayoshi Imagawa; Gozoh Tsujimoto; Yukihiko Sugimoto; Tsutomu Nishihara

  Toxicology Letters, 2006年12月01日, 査読有り

  
• GLIDA: GPCR-ligand database for chemical genomic drug discovery.

  Yasushi Okuno; Jiyoon Yang; Kei Taneishi; Hiroaki Yabuuchi; Gozoh Tsujimoto

  Nucleic acids research, 2006年01月01日, 査読有り

  
• MicroRNA: Biogenetic and functional mechanisms and involvements in cell differentiation and cancer

  Soken Tsuchiya; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto

  Journal of Pharmacological Sciences, 2006年, 査読有り

  
• A probabilistic model for mining implicit 'chemical compound-gene' relations from literature

  Shanfeng Zhu; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Hiroshi Mamitsuka

  Bioinformatics, 2005年09月, 査読有り

  
• Prostaglandin E2 stimulates granulocyte colony-stimulating factor production via the prostanoid EP2 receptor in mouse peritoneal neutrophils

  Yukihiko Sugimoto; Yoko Fukada; Daisuke Mori; Satoshi Tanaka; Hana Yamane; Yasushi Okuno; Katsuya Deai; Soken Tsuchiya; Gozoh Tsujimoto; Atsushi Ichikawa

  Journal of Immunology, 2005年08月15日, 査読有り

  
• Comprehensive analysis of the effect of phytoestrogen, daidzein, on a testicular cell line, using mRNA and protein expression profile

  Tetsuya Adachi; Yasushi Okuno; Shigeo Takenaka; Kazuyuki Matsuda; Naoki Ohta; Kyoka Takashima; Koji Yamazaki; Daisuke Nishimura; Kazutaka Miyatake; Chisato Mori; Gozoh Tsujimoto

  Food and Chemical Toxicology, 2005年04月, 査読有り

  
• Computational assignment of the EC numbers for genomic-scale analysis of enzymatic reactions

  Masaaki Kotera; Yasushi Okuno; Masahiro Hattori; Susumu Goto; Minoru Kanehisa

  Journal of the American Chemical Society, 2004年12月22日, 査読有り

  
• Microarray evaluation of EP4 receptor-mediated prostaglandin E 2 suppression of 3T3-L1 adipocyte differentiation

  Yukihiko Sugimoto; Hiroaki Tsuboi; Yasushi Okuno; Shigero Tamba; Soken Tsuchiya; Gozo Tsujimoto; Atsushi Ichikawa

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 2004年09月24日, 査読有り

  
• The KEGG resource for deciphering the genome

  Minoru Kanehisa; Susumu Goto; Shuichi Kawashima; Yasushi Okuno; Masahiro Hattori

  Nucleic Acids Research, 2004年01月01日, 査読有り

  
• A Hierarchical Mixture of Markov Models for Finding Biologically Active Metabolic Paths Using Gene Expression and Protein Classes.

  Hiroshi Mamitsuka; Yasushi Okuno

  2004 IEEE COMPUTATIONAL SYSTEMS BIOINFORMATICS CONFERENCE, PROCEEDINGS, 2004年, 査読有り

  
• Development of a chemical structure comparison method for integrated analysis of chemical and genomic information in the metabolic pathways

  Masahiro Hattori; Yasushi Okuno; Susumu Goto; Minoru Kanehisa

  Journal of the American Chemical Society, 2003年10月01日, 査読有り

  
• Common Features in Substrates of Multidrug Resistance Transporters

  Igarashi Yoshinobu; Okuno Yasushi; Hattori Masahiro; Goto Susumu; Kanehisa Minoru

  Genome Informatics, 2003年

  
• Statistical Significance of Tree Similarity Scores

  Aoki Kiyoko F.; Yamaguchi Atsuko; Okuno Yasushi; Akutsu Tatsuya; Ueda Nobuhisa; Kanehisa Minoru; Mamitsuka Hiroshi

  Genome Informatics, 2003年

  
• Mining biologically active patterns in metabolic pathways using microarray expression profiles.

  Hiroshi Mamitsuka; Yasushi Okuno; Atsuko Yamaguchi

  SIGKDD Explor., 2003年, 査読有り

  
• LIGAND: Database of chemical compounds and reactions in biological pathways

  Susumu Goto; Yasushi Okuno; Masahiro Hattori; Takaaki Nishioka; Minoru Kanehisa

  Nucleic Acids Research, 2002年01月01日, 査読有り

  
• Improvement of the LIGAND Chemical Database

  Yamamoto Rumiko; Okuno Yasushi; Komeno Tomoko; Hattori Masahiro; Goto Susumu; Kanehisa Minoru

  Genome Informatics, 2002年

  
• Classification and Analysis of KEGG/REACTION Database

  Kotera Masaaki; Okuno Yasushi; Hattori Masahiro; Goto Susumu; Kanehisa Minoru

  Genome Informatics, 2002年

  
• The Construction and Analysis of the Multidrug Resistance Transporter Knowledge-Base

  Igarashi Yoshinobu; Okuno Yasushi; Goto Susumu; Kanehisa Minoru

  Genome Informatics, 2002年

  
• Coupling between substrate binding and allosteric regulation in ribozyme catalysis

  Michihiro Araki; Mie Hashima; Yasushi Okuno; Yukio Sugiura

  Bioorganic and Medicinal Chemistry, 2001年05月, 査読有り

  
• Detecting Transcriptional cis-Regulation from Gene Expression Data

  Igarashi Yoshinobu; Okuno Yasushi; Vert Jean-Philippe; Kanehisa Minoru

  Genome Informatics, 2001年

  
• Artificial zinc finger peptide containing a novel his4 domain

  Yuichiro Hori; Kazuo Suzuki; Yasushi Okuno; Makoto Nagaoka; Shiroh Futaki; Yukio Sugiura

  Journal of the American Chemical Society, 2000年08月16日, 査読有り

  
• Structural basis for reaction mechanism and drug delivery system of chromoprotein antitumor antibiotic C-1027

  Yasushi Okuno; Takashi Iwashita; Yukio Sugiura

  Journal of the American Chemical Society, 2000年07月26日, 査読有り

  
• Allosteric regulation of a ribozyme activity through ligand-induced conformational change

  Michihiro Araki; Yasushi Okuno; Yuji Hara; Yukio Sugiura

  Nucleic Acids Research, 1998年07月15日, 査読有り

  
• Selective cleavages of tRNA(Phe) with secondary and tertiary structures by enediyne antitumor antibiotics

  Yukio Sugiura; Ryuichi Totsuka; Michihiro Araki; Yasushi Okuno

  Bioorganic and Medicinal Chemistry, 1997年06月, 査読有り

  
• Interaction of C-1027 chromophore with d(GTATAC)2: A binding model based on NMR experiments

  Yasushi Okuno; Takashi Iwashita; Toshio Otani; Yukio Sugiura

  Journal of the American Chemical Society, 1996年, 査読有り

  
• RNA cleavage by C-1027 chromophore, an enediyne antitumor antibiotic: High selectivity to an anticodon arm

  Ryuichi Totsuka; Yasunori Aizawa; Motonari Uesugi; Yasushi Okuno; Takuyuki Matsumoto; Yukio Sugiura

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 1995年, 査読有り

  
• Computer Modeling Analysis for Enediyne Chromophore-Apoprotein Complex of Macromolecular Antitumor Antibiotic C-1027

  Yasushi Okuno; Masami Otsuka; Yukio Sugiura

  Journal of Medicinal Chemistry, 1994年07月01日, 査読有り

  
• Specific interaction between a novel enediyne chromophore and apoprotein in macromolecular antitumor antibiotic C-1027

  Takuyuki Matsumoto; Yasushi Okuno; Yukio Sugiura

  Biochemical and Biophysical Research Communications, 1993年09月15日, 査読有り

  

MISC

• High-Dimensional Neural Networkモデルによる汎用的な粗視化AI力場の構築

  山田芙夕楓; 大山洋介; 長坂侑亮; 奥野伸吾; 金田亮; 徳久淳師; 奥野恭史; 奥野恭史

  情報処理学会研究報告(Web), 2024年

  
• 動的相互相関係数を用いる適応的粗視化弾性ネットワークモデルによる効率的な立体構造サンプリング

  KANADA Ryo; TERAYAMA Kei; TOKUHISA Atsushi; MATSUMOTO Shigeyuki; OKUNO Yasushi; OKUNO Yasushi

  生物物理(Web), 2022年

  
• 大腸がんにおけるBMP阻害による増殖抑制に関与する遺伝子群の取得

  青木秀人; 近藤純平; 近藤純平; 南浦朱里; 大山航季; 左近太佑; 太田可純; 原田陽平; 中澤(足立)麻衣; 中澤(足立)麻衣; 玉田嘉紀; 奥野恭史; 奥野恭史; 奥野恭史; 井上正宏; 三善英知

  日本癌学会学術総会抄録集(Web), 2024年

  
• 末梢血のGATA2の発現上昇がRNF213変異の浸透率上昇ともやもや病の重症化に関連する

  峰晴陽平; 鎌田貴彦; 戸本芽生; 佐藤憲明; 玉田嘉紀; 舟木健史; 原田浩二; 木村哲晃; 井上逸郎; 尾市雄輝; 朴実樹; 笹ヶ迫知紀; 奥野恭史; 宮本享; 荒川芳輝

  日本分子脳神経外科学会プログラム・抄録集, 2024年

  
• CryoEM画像群から多様な分子構造変化を予測する生成A I

  山崎公裕; 和田裕一郎; 和田睦世; 河東孝; 德久淳師; 奥野恭史

  Medical Science Digest, 2025年01月, 最終著者

  
• ［特別コラム］創薬プロセスを革新するDX基盤

  奥野恭史

  2024年12月, 筆頭著者

  
• 臨床基盤モデル・マルチモーダル基盤モデルの現在地点

  戸﨑泰誠; 内野詠一郎; 奥野恭史

  実験医学, 2024年12月, 最終著者

  
• AlphaFoldの革新と挑戦：生命科学への応用と未来への展望

  奥野恭史

  『化学』2024年12月号, 2024年11月

  
• AI・シミュレーションが切り拓くドラッグリポジショニング

  松本篤幸; 岩田浩明; 奥野恭史

  月刊『細胞』2024年12月号, 2024年11月

  
• 速く、安く、上手く コンピュータで薬をつくる

  奥野恭史

  京都大学 ビジュアルブック「KyotoU Future Commons」, 2024年10月

  
• The AI Trends in Chemical Space for Drug Discovery

  Takuto Koyama; Yasushi Okuno

  Drug Development Supported by Informatics, 2024年10月

  
• スーパーコンピュータ「富岳」を活用した創薬DX プラットフォーム開発

  奥野恭史; 徳久淳師; 千葉峻太朗; 井阪悠太; 岩田浩明; 大塚教雄; 鎌田真由美; 中澤麻衣

  スパコンと計算科学の産業利用事例集（FOCUS） , 第14号「スーパーコンピュータが創る身近な暮らしと未来社会」【健康・医療】, 2024年04月

  
• AIによる生活習慣病の発症予測と予防戦略

  奥野恭史

  日本内科学会雑誌, 2024年03月

  
• クローズアップ実験法：タンパク質立体構造予測AI 「富岳」版OpenFoldースパコンの多ノード性を活かしたハイスループット解析の実現

  奥野恭史; 徳久淳師; 大山洋介; 田渕晶大

  実験医学, 2024年02月

  
• AIが画期的新薬を生み出す未来

  奥野恭史

  ファルマシア, 2024年02月

  
• AIの臨床適用

  内野 詠一郎; 奥野 恭史

  BIO Clinica 2023年 11月号 医療におけるデジタルトランスフォーメーションの新展開, 2023年10月

  
• 総論 COVID-19から学ぶシミュレーションの可能性

  奥野 恭史

  Precision Medicine 新型コロナウイルスとシミュレーション, 2023年01月

  
• AIと高血圧

  糀谷泰彦; 小清水宏; 中村和貴; 奥野恭史

  日本臨牀, 2023年01月

  
• 製剤処方設計AIの開発

  岩田浩明; 千葉峻太朗; 長谷川亜樹; 大田雅照; 奥野恭史

  月刊 PHARMSTAGE, 2022年11月

  
• AI・シミュレーションによる薬剤開発の迅速化

  田中良尚; 松本篤幸; 奥野恭史

  実験医学, 2022年10月

  
• ライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)

  奥野恭史

  別冊・医学のあゆみ, 2022年06月

  
• スーパーコンピュータ「富岳」によるCOVID-19治療薬探索,特集：新興ウイルス感染症の早期予防・治療を目指して～COVID-19対策から考える～

  奥野 恭史

  日本薬理学雑誌, 2022年03月

  
• 創薬におけるAIの活用

  奧野恭史

  先進医療 Navigator 『医療とAI最前線』, 2022年02月

  
• 薬として使えそうな物質をAIが提案

  奧野恭史

  ニュートン別冊「ゼロからわかる人口知能 完全版」, 2022年02月

  
• 日本人疾患バリアントデータベース MgeND

  鎌田真由美; 芦根怜; 峰晴陽平; 奧野恭史

  遺伝子医学, 2022年01月

  
• 薬として使えそうな物質をAIが提案

  奧野恭史

  ニュートン別冊『ゼロからわかる人口知能』増補第2版, 2022年01月

  
• A deep-learning-based system to diagnose tumor malignancy beyond classical morphological cytopathology techniques(和訳中)

  藤田 和利; 野島 聡; 寺山 慧; 中山 尭仁; 藤本 西蔵; 橋本 士; 安富 正悟; 清水 信貴; 吉村 一宏; 植村 天受; 奥野 恭史; 野々村 祝夫; 森井 英一

  日本泌尿器科学会総会, 2021年12月

  
• これまでの創薬の”常識”をくつがえす新薬たち

  奧野恭史

  ニュートン別冊『くすりの科学知識 』, 2021年11月

  
• 「AIによるAKI発症予測」

  櫻木実; 内野詠一郎; 佐藤憲明; 奧野恭史; 柳田素子

  腎臓内科, 2021年10月

  
• ライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)

  奥野恭史

  医学のあゆみ, 2021年08月07日

  
• 医薬品開発におけるAI活用

  岩田浩明; 奥野恭史

  検査と技術, 2021年07月

  
• 【日本人の疾患と健康のためのバイオバンクとデータベース活用法 試料と情報の的確な探し方と使い方】(第3章)公共データベースを使う 使うための情報・手続き 日本人疾患ゲノム情報統合データベースMGeND

  鎌田 真由美; 中津井 雅彦; 奥野 恭史

  実験医学, 2021年05月

  
• 【小児外科医が学ぶ人工知能(AI)・情報伝達技術(ICT)】AIと創薬

  奥野 恭史

  小児外科, 2021年04月

  
• 【新型データ駆動型サイエンスの起動】「富岳」で飛躍するコンピュータ創薬

  奥野 恭史

  医学のあゆみ, 2021年02月

  
• Digital Hypertension 人工知能の利活用-診断・治療支援を高度化する予測医療

  奥野恭史

  月刊メディカル・サイエンス・ダイジェスト, 2021年

  
• ダウン症候群の乳幼児の視線位置の特徴探索と発達の関連

  岡本麻里; 植田彰彦; 小島諒介; 毎原敏郎; 土屋賢治; 和田敬仁; 奥野恭史

  日本小児遺伝学会学術集会プログラム・抄録集, 2021年

  
• 電子カルテデータを用いた機械学習によるAKI発症予測モデルの構築と検証

  内野詠一郎; 内野詠一郎; 佐藤憲明; 佐藤憲明; 櫻木実; 櫻木実; 玉田嘉紀; 山田博之; 山田博之; 柳田素子; 奥野恭史

  日本集中治療医学会学術集会(Web), 2021年

  
• Complex network prediction using deep learning.

  Yoshihisa Tanaka; Ryosuke Kojima; Shoichi Ishida; Fumiyoshi Yamashita; Yasushi Okuno

  CoRR, 2021年

  
• 尿路上皮ケラチン5発現細胞へのTrp53変異の誘導はマウス膀胱化学発癌モデルにおいてBasal squamousタイプの腫瘍形成を促進する

  小林 恭; 増田 憲彦; 村上 薫; 北 悠希; 濱田 彬弘; 鎌田 真由美; 寺本 祐記; 酒谷 徹; 松本 敬優; 佐野 剛視; 齋藤 亮一; 奥野 恭史; 小川 修

  日本癌学会総会記事, 2020年10月

  
• 分子動力学シミュレーションを活用したRET意義不明変異に対するがん精密医療

  中奥 敬史; 田畑 潤哉; 荒木 望嗣; 奥野 恭史; 河野 隆志

  日本癌学会総会記事, 2020年10月

  
• 【専門医はもういらない? せまりくるAI時代】医療における人工知能「AI」

  植田 彰彦; 小島 諒介; 山口 建; 濱西 潤三; 万代 昌紀; 奥野 恭史

  産婦人科の実際, 2020年05月

  
• 【AI、ICT】臨床データを用いた医療ビッグデータの解析と創薬への応用

  内野 詠一郎; 佐藤 憲明; 小島 諒介; 玉田 嘉紀; 柳田 素子; 奥野 恭史

  日本腎臓学会誌, 2020年03月

  
• 電子カルテデータを用いた腎疾患AI

  内野 詠一郎; 玉田 嘉紀; 奥野 恭史

  第93回日本薬理学会年会要旨集, 2020年03月

  
• AIと医療 データ主導型個別化医療と予測医療

  奥野 恭史; 小清水 宏; 鎌田 真由美; 玉田 嘉紀; 小島 諒介; 内野 詠一郎

  あいみっく, 2020年02月

  
• 非構造化ドキュメントからの情報抽出のためのアノテーション・マニュアルキュレーションシステム

  中津井雅彦; 小島諒介; 岩田浩明; 奥野恭史

  言語処理学会年次大会発表論文集(Web), 2020年

  
• 医薬品添付文書からの薬剤情報抽出システム

  小島諒介; 岩田浩明; 中津井雅彦; 奥野恭史

  言語処理学会年次大会発表論文集(Web), 2020年

  
• 機械学習を利用した医療現場の退院時サマリ作成業務軽減に向けた試み

  早川龍雄; 内野詠一郎; 玉田嘉紀; 奥野恭史

  言語処理学会年次大会発表論文集(Web), 2020年

  
• 岩木健康増進プロジェクトのビッグデータとSDGs

  中路重之; 奥野恭史

  日本医学放射線学会秋季臨床大会抄録集, 2020年

  
• 健診ビッグデータのAI解析による疾患発症予測と応用に向けた取り組み

  内野詠一郎; 奥野恭史

  日本疲労学会誌, 2020年

  
• 新薬創出を加速する症例データベースの構築・拡充/創薬ターゲット推定アルゴリズムの開発

  奥野恭史

  新薬創出を加速する症例データベースの構築・拡充/創薬ターゲット推定アルゴリズムの開発 令和元年度 総括研究報告書(Web), 2020年

  
• Deep learningによる尿細胞診診断法の開発

  藤田和利; 藤田和利; 野島聡; 寺山慧; 下浦早英子; 日食祥子; 吉村一宏; 植村天受; 奥野恭史; 野々村祝夫; 森井英一

  日本癌治療学会学術集会(Web), 2020年

  
• 尿路上皮ケラチン5発現細胞へのTrp53変異の誘導はマウス膀胱化学発癌モデルにおいてBasal squamousタイプの腫瘍形成を促進する

  小林恭; 増田憲彦; 村上薫; 北悠希; 濱田彬弘; 鎌田真由美; 寺本祐記; 酒谷徹; 松本敬優; 佐野剛視; 齊藤亮一; 齊藤亮一; 奥野恭史; 小川修

  日本癌学会学術総会抄録集(Web), 2020年

  
• 分子動力学シミュレーションを活用したRET意義不明変異に対するがん精密医療

  中奥敬史; 田畑潤哉; 田畑潤哉; 荒木望嗣; 奥野恭史; 河野隆志

  日本癌学会学術総会抄録集(Web), 2020年

  
• 重度障害児(者)のコミュニケーション向上に向けたアイトラッカーを用いた視線分析

  小島 諒介; 鈴木 真知子; 荒木 綾乃; 奥野 恭史

  日本重症心身障害学会誌, 2019年12月

  
• AIは創薬に何をもたらすか-日本の強みをどう生かすか- AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  医療と社会, 2019年12月

  
• Predication of lorlatinib resistance mechanisms and therapeutic strategies to overcome the resistance in ALK rearranged non-small cell lung cancer

  Koutaroh Okada; Mitsugu Araki; Tomoko Oh-hara; Makoto Nishio; Yasushi Okuno; Naoya Fujita; Ryohei Katayama

  MOLECULAR CANCER THERAPEUTICS, 2019年12月

  
• 医学の新時代を切り開くビッグデータ解析 岩木健康増進プロジェクトでの経験

  奥野 恭史

  Gastroenterological Endoscopy, 2019年10月

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野 恭史

  日本小児科医会会報, 2019年10月

  
• 【AIとがん研究 その妥当性、有効性 ゲノム・エピゲノムから細胞・医用画像まで】分子レベルにおけるAIの創薬応用

  田中 良尚; 小島 諒介; 玉田 嘉紀; 鎌田 真由美; 奥野 恭史

  実験医学, 2019年10月

  
• AIが拓く創薬イノベーション

  奥野 恭史

  医療と社会, 2019年08月

  
• Protein-ligand binding mode prediction from the apo-protein structure using a molecular dynamics-based pocket generation approach

  Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2019年08月

  
• 総論 第4次産業革命における創薬イノベーション

  奥野恭史

  月刊「細胞」臨時増刊号, 2019年05月

  
• ビッグデータ創薬 (特集 人工知能(AI)の医療分野への応用と解決すべき問題点)

  奥野 恭史

  最新醫學 = The medical frontline, 2019年03月

  
• Drug resistance acquired by local and allosteric conformational changes in oncogenic tyrosine kinases

  Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2019年03月, 査読有り

  
• 創薬を加速する心毒性スクリーニングシステムの開発

  寺田 透; 根上 樹; 奥野恭史; 久田俊明共著

  文部科学省 ポスト「京」開発事業 ポスト「京」重点課題２ 個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学 NEWS LETTER, 2019年02月

  
• Drug Resistance Induced by Local and Allosteric Conformational Changes in Oncogenic Tyrosine Kinases

  Mitsugu Araki; Yasushi Okuno

  BIOPHYSICAL JOURNAL, 2019年02月, 査読有り

  
• 分子動力学計算を用いたアルデヒド脱水素酵素2(ALDH2)非活性型変異体の動的立体構造特性の解析

  松本篤幸; 荒木望嗣; 井阪悠太; 奥野恭史; 奥野恭史

  日本細胞生物学会大会(Web), 2019年

  
• MGeND:ゲノム医療を促進する臨床ゲノム情報統合データベース

  鎌田真由美; 中津井雅彦; 小島諒介; 奥野恭史

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2019年

  
• 動径分布関数・エネルギー分布関数をもとにした粗視化力場パラメータ決定手法の改良

  千葉峻太朗; 奥野恭史; 奥野恭史; 本間光貴; 池口満徳; 池口満徳

  分子シミュレーション討論会講演要旨集, 2019年

  
• 医療におけるAIの実際と可能性

  奥野恭史

  Abstracts. Annual Symposium. Japanese Society for the Advancement of Women’s Imaging, 2019年

  
• 医学の新時代を切り開くビッグデータ解析:岩木健康増進プロジェクトでの経験

  奥野恭史

  Gastroenterological Endoscopy (Web), 2019年

  
• 構造生物学における人工知能

  奥野恭史

  CBI学会大会, 2019年

  
• 散逸動力学シミュレーションによるアミロイドβオリゴマーの自己組織化の検討

  河合良子; 千葉峻太朗; 金田亮; 奥脇弘次; 土居英男; 望月祐志; 望月祐志; 奥野恭史; 奥野恭史; 奥野恭史

  日本細胞生物学会大会(Web), 2019年

  
• 散逸動力学シミュレーションによるアミロイドβオリゴマーの自己組織化の検討

  河合良子; 千葉峻太朗; 金田亮; 奥脇弘次; 土居英男; 望月祐志; 望月祐志; 奥野恭史; 奥野恭史

  日本コンピュータ化学会年会講演予稿集, 2019年

  
• Med2RDF: Semantic biomedical knowledge-base and APIs for the clinical genome medicine

  Mayumi Kamada; Toshiaki Katayama; Shuichi Kawashima; Ryosuke Kojima; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  CEUR Workshop Proceedings, 2019年

  
• 重度障害児(者)のコミュニケーション向上に向けたアイトラッカーを用いた視線分析

  小島諒介; 鈴木真知子; 荒木綾乃; 奥野恭史

  日本重症心身障害学会誌, 2019年

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野恭史

  日本成人病(生活習慣病)学会会誌, 2019年

  
• 囲碁AIから逆合成解析へ-情報科学からのアプローチ

  寺山慧; 寺山慧; 石田祥一; 奥野恭史; 奥野恭史

  化学, 2019年

  
• 医療におけるAIの活用 医療×AI-AIの基礎と医療への応用-

  玉田嘉紀; 佐藤憲明; 奥野恭史

  整形・災害外科, 2019年

  
• 人工知能(AI)の医療分野への応用と解決すべき問題点 ビッグデータ創薬

  奥野恭史; 奥野恭史

  最新医学, 2019年

  
• 計算創薬におけるシミュレーション・機械学習・実験の融合に向けて

  徳久淳師; 徳久淳師; 寺山慧; 寺山慧; 寺山慧; 奥野恭史

  アンサンブル, 2019年

  
• 生活習慣病とIT・デバイス技術 機械学習を用いた医療データ解析

  佐藤憲明; 小島諒介; 奥野恭史

  月刊メディカル・サイエンス・ダイジェスト, 2019年

  
• 創薬とIT【AIによる逆合成解析に向けて】

  寺山慧; 寺山慧; 寺山慧; 石田祥一; 奥野恭史; 奥野恭史

  月刊細胞, 2019年

  
• 創薬とIT【臨床データからの創薬】

  佐藤憲明; 内野詠一郎; 奥野恭史

  月刊細胞, 2019年

  
• 神経疾患の克服を目指して 臨床ゲノム情報統合データベース"MGeND"

  奥野 恭史

  臨床神経学, 2018年12月

  
• 神経疾患の克服を目指して 臨床ゲノム情報統合データベース"MGeND"

  奥野 恭史

  臨床神経学, 2018年12月

  
• 異分野融合-AIは医師を超えられるか〜AIの現状と未来〜 ゲノム医療にみるAIの現状と可能性

  奥野 恭史

  日本癌治療学会学術集会抄録集, 2018年10月

  
• 疾患レジストリーと知識データベース (特集 ゲノム医療 : 実地臨床での対応を目指して)

  奥野 恭史; 中津井 雅彦; 鎌田 真由美

  日本医師会雑誌 = The Journal of the Japan Medical Association, 2018年10月

  
• 【人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション】序文 LINCの設立とAI創薬

  奥野 恭史; 水口 賢司; 本間 光貴

  医薬ジャーナル, 2018年09月

  
• 【人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション】 予防・先制医療における疾患発症予測モデルと細菌叢

  内野 詠一郎; 佐藤 憲明; 奥野 恭史

  医薬ジャーナル, 2018年09月

  
• 【動き始めたがんゲノム医療 深化と普及のための基礎研究課題】 (第1章)ゲノム医療の体制 現状と課題 がんゲノム医療用知識データベース

  鎌田 真由美; 中津井 雅彦; 奥野 恭史

  実験医学, 2018年09月

  
• 序文 : LINCの設立とAI創薬 (特集 人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション)

  奥野 恭史; 水口 賢司; 本間 光貴

  医薬ジャーナル, 2018年09月

  
• 予防・先制医療における疾患発症予測モデルと細菌叢 (特集 人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション)

  内野 詠一郎; 佐藤 憲明; 奥野 恭史

  医薬ジャーナル, 2018年09月

  
• A secondary RET mutation allosterically conferring resistance to vandetanib

  Takashi Nakaoku; Takashi Kohno; Mitsugu Araki; Seiji Nino; Rakhee Chauhan; Phillip P. Knowles; Katsuya Tsuchihara; Shingo Matsumoto; Yoko Shimada; Sachiyo Mimaki; Genichiro Ishii; Hitoshi Ichikawa; Yasushi Okuno; Kiyotaka Yoh; Neil Q. McDonald; Koichi Goto

  CANCER RESEARCH, 2018年07月, 査読有り

  
• 次世代創薬シミュレーション (特集 いかに創薬を進めるか)

  荒木 望嗣; 奥野 恭史

  生体の科学, 2018年07月

  
• ビッグデータ時代のゲノム創薬 (特集 ビッグデータ時代の精神医学)

  内野 詠一郎; 荒木 通啓; 奥野 恭史

  分子精神医学, 2018年07月

  
• AI・スーパーコンピューターが拓く創薬の未来

  奥野 恭史

  日本放線菌学会誌, 2018年06月

  
• 【シリーズ新潮流Vol.9-The Next Step of Imaging Technology 人工知能で医療は変わるのか-加速する医療分野のAI開発の現在と未来】 臨床におけるAI活用の現状と展望 AIを用いた創薬の実際と今後の展望 化学構造のための深層学習技術GCNの紹介とその応用

  小島 諒介; 奥野 恭史

  INNERVISION, 2018年06月

  
• 業界展望 集合知によるAI創薬の展開 : ライフインテリジェンスコンソーシアム(LINC)

  荒木 通啓; 中津井 雅彦; 奥野 恭史

  国際医薬品情報, 2018年05月28日

  
• 最先端研究 ビックデータ解析と分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬

  千葉 峻太朗; 荒木 望嗣; 奥野 恭史

  シミュレーション = Journal of the Japan Society for Simulation Technology, 2018年03月

  
• スーパーコンピュータが可能にする医療と創薬 (特集 腎泌尿器領域における個別化医療・精密医療)

  内野 詠一郎; 中津井 雅彦; 奥野 恭史

  腎臓内科・泌尿器科 = Nephrology & urology, 2018年02月

  
• 医療健康ビックデータとAIによる個別化医療と地域医療の将来

  内野詠一郎; 奥野恭史

  日本医療薬学会年会講演要旨集(Web), 2018年

  
• コンピュータ支援有機合成の現在

  松原誠二郎; 寺山慧; 寺山慧; 奥野恭史; 奥野恭史

  Medchem News (Web), 2018年, 招待有り

  
• AI創薬コンソーシアム(LINC)の現状と展望

  奥野恭史

  CBI学会研究講演会, 2018年

  
• 人工知能・スーパーコンピュータが拓く医療・創薬の未来

  奥野恭史

  日本心血管内分泌代謝学会学術総会プログラム及び抄録集, 2018年

  
• 低分子キナーゼ活性化剤CMB-236の癌細胞に及ぼす生理活性および細胞死の解析

  田中義久; 前村憲太朗; 奥野恭史; 近藤洋一

  日本解剖学会総会・全国学術集会講演プログラム・抄録集, 2018年

  
• 非小細胞肺癌における稀なEGFR遺伝子変異の特徴とスーパーコンピューターを用いた薬剤感受性予測

  池村辰之介; 池村辰之介; 池村辰之介; 安田浩之; 松本慎吾; 松本慎吾; 鎌田真由美; 浜本純子; 小野史恵; 別役智子; 奥野恭史; 後藤功一; 土原一哉; 副島研造

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2018年

  
• ゲノム医療にみるAIの現状と可能性

  奥野恭史

  日本癌治療学会学術集会(Web), 2018年

  
• 医療におけるAIの可能性

  奥野恭史

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2018年

  
• 人工知能を利用する~創薬の未来

  奥野恭史

  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2018年

  
• 産業界と目指すAI創薬革命

  奥野恭史

  日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM), 2018年

  
• 医療におけるスーパーコンピュータ・人工知能の可能性

  奥野恭史

  日本臨床検査自動化学会会誌, 2018年

  
• 電子カルテ診療録に対する機械学習を用いた重要キーワード抽出機能の開発と今後の診療支援機能への展望

  早川龍雄; 井上和仁; 玉田嘉紀; 内野詠一郎; 奥野恭史

  医療情報学連合大会論文集(CD-ROM), 2018年

  
• テレメディシン-遠隔医療の現状と課題 Vol.18)医学・創薬におけるビッグデータ

  佐藤憲明; 岩田浩明; 奥野恭史

  医学のあゆみ, 2018年

  
• 腎泌尿器領域における個別化医療・精密医療 スーパーコンピュータが可能にする医療と創薬

  内野詠一郎; 中津井雅彦; 奥野恭史

  月刊腎臓内科・泌尿器科, 2018年

  
• 分子動力学シミュレーションによる臨床ゲノム情報からの薬剤反応性予測

  池口茉莉恵; 浜谷枝里; 鎌田真由美; 荒木望嗣; 奥野恭史

  情報処理学会研究報告(Web), 2018年

  
• ビッグデータ解析と分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬

  千葉峻太朗; 荒木望嗣; 奥野恭史; 奥野恭史

  シミュレーション, 2018年

  
• 人工知能(AI)と腎臓 AIによる腎生検組織画像の診断支援システム開発

  内野詠一郎; 内野詠一郎; 佐藤憲明; 佐藤憲明; 奥野恭史; 柳田素子

  腎臓, 2018年

  
• ゲノム医療とゲノム創薬におけるビックデータの活用 人工知能を用いた創薬(AI創薬)

  藤原大; 鎌田真由美; 奥野恭史

  癌と化学療法, 2018年

  
• シリーズ新潮流 Vol.9-The Next Step of Imaging Technology 人工知能で医療は変わるのか-加速する医療分野のAI開発の現在と未来 臨床におけるAI活用の現状と展望 6.AIを用いた創薬の実際と今後の展望-化学構造のための深層学習技術GCNの紹介とその応用

  小島諒介; 奥野恭史

  Innervision, 2018年

  
• ビッグデータ時代の精神医学 ビッグデータ時代のゲノム創薬

  内野詠一郎; 荒木通啓; 奥野恭史

  分子精神医学, 2018年

  
• いかに創薬を進めるか 次世代創薬シミュレーション

  荒木望嗣; 奥野恭史

  生体の科学, 2018年

  
• 人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション 2.予防・先制医療における疾患発症予測モデルと細菌叢

  内野詠一郎; 佐藤憲明; 奥野恭史

  医薬ジャーナル, 2018年

  
• ゲノム医療の体制:現状と課題 4.がんゲノム医療用知識データベース

  鎌田真由美; 中津井雅彦; 奥野恭史

  実験医学, 2018年

  
• ゲノム医療-実地臨床での対応を目指して 疾患レジストリーと知識データベース

  奥野恭史; 中津井雅彦; 鎌田真由美

  日本医師会雑誌, 2018年

  
• 非小細胞肺がん(NSCLC)における薬剤耐性獲得メカニズムの予測

  荒木望嗣; 奥野恭史

  がん分子標的治療, 2018年

  
• 電子カルテ診療録に対する機械学習を用いた重要キーワード抽出機能の開発と今後の診療支援機能への展望

  早川龍雄; 玉田嘉紀; 内野詠一郎; 岩本和樹; 井上和仁; 奥野恭史

  医療情報学連合大会プログラム・抄録集, 2018年

  
• 動径分布関数・エネルギー分布関数をもとにした進化戦略による力場パラメータ決定手法

  千葉峻太朗; 池口満徳; 奥野恭史

  分子シミュレーション討論会講演要旨集, 2018年

  
• ビッグデータ・AIが拓く医療の未来

  奥野恭史

  Anti-Aging Science, 2018年

  
• スーパーコンピュータ・人工知能によるインシリコ創薬

  岩田浩明; 荒木望嗣; 奥野恭史

  化学工業, 2018年

  
• 人工知能技術を用いたビッグデータ創薬 (特集 人工知能と医療のハーモニー)

  藤原 大; 中津井 雅彦; 奥野 恭史

  医学のあゆみ, 2017年11月25日

  
• 機械学習アルゴリズムによる効率的なリアルワールドデータ解析を実現する手法の提案

  早川龍雄; 三木瑞穂; 中津井雅彦; 内野詠一郎; 種石慶; 奥野恭史

  医療情報学連合大会論文集, 2017年11月01日

  
• 我が国におけるクリニカルバイオバンクとクリニカルシークエンスのネットワーク構築

  武藤 学; 金井 雅史; 松本 繁巳; 奥野 恭史; 豊岡 伸一; 西原 広史; 松原 久裕; 三宅 智; 末岡Aezoe 三朗; 黒田 知宏; 秋田 弘俊

  日本癌治療学会学術集会抄録集, 2017年10月

  
• Precision Medicine実現に必要なシミュレーション科学とデータ科学(data centric science) (特集 がん領域におけるPrecision Medicineはどこまで進んだか? : 臨床腫瘍医に求められる新たなスキル)

  佐藤 憲明; 内野 詠一郎; 鎌田 真由美; 奥野 恭史

  腫瘍内科 = Clinical oncology, 2017年10月

  
• 【がん分子標的薬の効果と副作用-期待される効果と評価-】ゲノム医療と分子標的治療薬

  高 忠之; 金井 雅史; 松本 繁巳; 奥野 恭史; 武藤 学

  日本臨床, 2017年09月

  
• 【がん分子標的薬の効果と副作用-期待される効果と評価-】ゲノム医療と分子標的治療薬

  高 忠之; 金井 雅史; 松本 繁巳; 奥野 恭史; 武藤 学

  日本臨床, 2017年09月

  
• ゲノム医療と分子標的治療薬 (特集 がん分子標的薬の効果と副作用 : 期待される効果と評価) -- (特論)

  髙 忠之; 金井 雅史; 松本 繁巳; 奥野 恭史; 武藤 学

  日本臨床 = Japanese journal of clinical medicine, 2017年09月

  
• 創薬シリーズ 創薬研究の新潮流 スパコン「京」によるインシリコ創薬

  中津井 雅彦; 鎌田 真由美; 荒木 望嗣; 奥野 恭史

  日本薬理学雑誌, 2017年06月

  
• 薬学研究のこれから 基礎と臨床の架け橋 In silico研究の視点から 臨床から基礎へのReverse Translational Research

  奥野 恭史

  薬学雑誌, 2017年06月

  
• スーパーコンピュータ・人工知能で挑む創薬と医療

  奥野恭史

  遺伝子・デリバリー研究会シンポジウム要旨集, 2017年05月27日

  
• スーパーコンピュータ・人工知能で挑む創薬と医療

  奥野恭史

  日本皮膚科学会雑誌, 2017年05月15日

  
• より深くAI(愛)ある医療へ スーパーコンピュータ・人工知能で挑む創薬と医療

  奥野 恭史

  日本皮膚科学会雑誌, 2017年05月

  
• 実験的、計算科学的手法を用いた[123I]IMPYのアミロイドβ結合部位の探索

  河合 良子; 荒木 望嗣; 吉村 優志; 小野 正博; 佐治 英郎; 奥野 恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2017年03月

  
• 【今日から役立つ肝胆膵疾患の遺伝子診断学】臨床応用中の遺伝子診断 癌組織の遺伝子を調べて抗癌剤を選択する クリニカルシーケンスの実際

  金井 雅史; 高 忠之; 松本 繁巳; 武藤 学; 鎌田 真由美; 奥野 恭史; 中津井 雅彦; 望月 洋明; 広島 明宣; 佐久間 朋寛

  肝・胆・膵, 2017年02月

  
• 【生命の複雑性と個別性に挑む オープンシステムサイエンス 新しい発見を新しい研究スタイルで】 医療ビッグデータ解析による実臨床からの生命科学展開

  中津井 雅彦; 種石 慶; 奥野 恭史

  実験医学, 2017年01月

  
• 多重カノニカルMDおよび熱力学統合シミュレーションを用いたサイクリン依存性キナーゼ2およびその阻害剤の間のフレキシブルドッキング

  BEKKER Gert-Jan; KAMIYA Narutoshi; KAMIYA Narutoshi; ARAKI Mitsugu; FUKUDA Ikuo; OKUNO Yasushi; NAKAMURA Haruki

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2017年

  
• マルチ標準的分子動力学及び熱力学的統合を用いたCDK2及びその阻害剤CS3間の柔軟な結合と親和性計算

  BEKKER Gert-Jan; KAMIYA Narutoshi; ARAKI Mitsugu; FUKUDA Ikuo; OKUNO Yasushi; NAKAMURA Haruki

  生物物理(Web), 2017年

  
• 医療ビッグデータの可能性と現状の取り組み 臨床ビッグデータ解析の展望-実臨床データとゲノム情報への応用

  内野詠一郎; 種石慶; 中津井雅彦; 鎌田真由美; 荒木望嗣; 奥野恭史

  生体医工学, 2017年

  
• AI創薬の現状と可能性

  奥野恭史

  日本医療薬学会年会講演要旨集(Web), 2017年

  
• 機械学習アルゴリズムによる効率的なリアルワールドデータ解析を実現する手法の提案

  早川龍雄; 三木瑞穂; 中津井雅彦; 内野詠一郎; 種石慶; 奥野恭史

  医療情報学連合大会論文集(CD-ROM), 2017年

  
• 創薬におけるAIの可能性

  種石 慶; 岩田 浩明; 小島 諒介; 奥野 恭史

  日本化学会情報化学部会誌, 2017年

  
• Construction of Knowledge-base for Clinical Interpretation of Genomic Variants

  Mayumi Kamada; Toshiaki Katayama; Shuichi Kawashima; Fumie Ono; Ryosuke Kojima; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  CEUR Workshop Proceedings, 2017年, 査読有り

  
• 医療におけるビッグデータ・人工知能の可能性

  奥野恭史

  日本生物工学会大会講演要旨集, 2017年

  
• クリニカルバイオバンクとがんゲノム医療の目指す未来

  武藤学; 金井雅史; 松本繁巳; 奥野恭史; 黒田知宏

  医療情報学連合大会プログラム・抄録集, 2017年

  
• 機械学習アルゴリズムによる効率的なリアルワールドデータ解析を実現する手法の提案

  早川龍雄; 三木瑞穂; 中津井雅彦; 内野詠一郎; 種石慶; 奥野恭史

  医療情報学連合大会プログラム・抄録集, 2017年

  
• EGFR-C797S/T790M多剤耐性肺癌に対する新規治療法

  内堀健; 内堀健; 稲瀬直彦; 荒木望嗣; 鎌田真由美; 佐藤重男; 奥野恭史; 奥野恭史; 藤田直也; 片山量平

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2017年

  
• 創薬におけるAIの可能性

  種石慶; 岩田浩明; 小島諒介; 奥野恭史

  CICSJ Bulletin (Web), 2017年

  
• キナーゼ活性化剤CMB-236による癌細胞死誘導

  田中義久; 前村憲太朗; 奥野恭史; 近藤洋一

  日本解剖学会総会・全国学術集会講演プログラム・抄録集, 2017年

  
• 実験的,計算科学的手法を用いた[¹²³I]IMPYのアミロイドβ結合部位の探索

  河合良子; 荒木望嗣; 吉村優志; 小野正博; 佐治英郎; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2017年

  
• 国内完結型がんクリニカルシークエンスの社会実装と統合データベース構築およびゲノム医療人材育成に関する研究開発

  武藤学; 豊岡伸一; 西原広史; 秋田弘俊; 松原久裕; 三宅智; 末岡榮三朗; 金井雅史; 松本繁巳; 奥野恭史

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2017年

  
• 創薬・医療応用を目指す産学連携AIコンソーシアム

  奥野恭史

  CBI学会研究講演会, 2017年

  
• 産学連携コンソーシアムLINCで挑むAI創薬

  奥野恭史

  CBI学会研究講演会, 2017年

  
• 生命の複雑性と個別性に挑む オープンシステムサイエンス 医療ビッグデータ解析による実臨床からの生命科学展開

  中津井雅彦; 種石慶; 奥野恭史

  実験医学, 2017年

  
• 医療ビッグデータの可能性と現状の取り組み 臨床ビッグデータ解析の展望-実臨床データとゲノム情報への応用

  内野詠一郎; 種石慶; 中津井雅彦; 鎌田真由美; 荒木望嗣; 奥野恭史

  生体医工学, 2017年

  
• ステロイド投与中のネフローゼ症候群患者に対する抗菌薬使用の検討

  佐藤憲明; 平木秀輔; 内野詠一郎; 横井秀基; 奥野恭史; 黒田知宏; 柳田素子

  日本腎臓学会誌, 2017年

  
• がん領域におけるPrecision Medicineはどこまで進んだか?-臨床腫瘍医に求められる新たなスキル-Precision Medicine実現に必要なシミュレーション科学とデータ科学(data centric science)

  佐藤憲明; 内野詠一郎; 鎌田真由美; 奥野恭史

  月刊腫瘍内科, 2017年

  
• 人工知能と医療のハーモニー 人工知能技術を用いたビッグデータ創薬

  藤原大; 中津井雅彦; 奥野恭史

  医学のあゆみ, 2017年

  
• In silico研究の視点から：臨床から基礎へのReverse Translational Research

  奥野 恭史

  薬学雑誌. 乙号, 2017年

  
• 前立腺癌患者に対するアンドロゲン除去療法による副作用としての下部尿路症状:FDA副作用報告システムからのデータマイニング

  吉村耕治; 角山香織; 多門啓子; 奥野恭史

  日本排尿機能学会誌, 2016年12月

  
• スパコン創薬の実用化を目指して

  奥野恭史; 奥野恭史

  CBI学会大会, 2016年10月24日

  
• 消化器癌領域における最新の医療研究開発 クリニカルバイオバンク研究会とクリニカルシークエンスコンソーシアムの構築

  武藤 学; 金井 雅史; 松本 繁巳; 奥野 恭史; 豊岡 伸一; 西原 広史; 松原 久裕; 三宅 智; 末岡 榮三郎

  日本癌学会総会記事, 2016年10月

  
• 【膵癌分子診断研究の最前線:リキッドバイオプシーから次世代DNAシークエンシングまで】網羅的癌関連遺伝子変異検査(OncoPrime)による膵癌ゲノム異常解析と治療への応用

  金井 雅史; 高 忠之; 松本 繁巳; 武藤 学; 児玉 裕三; 増井 俊彦; 高折 恭一; 南口 早智子; 鎌田 真由美; 中津井 雅彦; 奥野 恭史; 佐久間 朋寛; 望月 洋明; 広島 明宣

  胆と膵, 2016年09月

  
• スーパーコンピュータ「京」を基盤とした創薬オープンイノベーション

  奥野恭史

  Pharm Tech Japan, 2016年08月01日

  
• Genomic profiling of late stage tumors powering precision medicine in Japan

  Masashi Kanai; Matthew Schu; Tomohiro Sakuma; Steven Abbott; Tadayuki Kou; Ross Gagnon; Thomas Halsey; Shigemi Matsumoto; Mayunni Kannada; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno; Akinori Hiroshima; Hiroaki Mochizuki; Patrick Hurban; Manabu Muto; Victor J. Weigman

  CANCER RESEARCH, 2016年07月, 査読有り

  
• 薬学研究のこれから 基礎と臨床の架け橋 In silico研究の視点から

  奥野 恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2016年03月

  
• Anti-multiple myeloma drug-associated taste dysfunction: An analysis of the FAERS database

  Ayano Inoba; Kaori Kadoyama; Keiko Minami; Akiko Tamon; Masahiro Tsuda; Toshiyuki Sakaeda; Yasushi Okuno

  Asian Journal of Pharmaceutical Sciences, 2016年02月01日

  このMISCにアクセスする：

  
• マルチカノニカルMD法を用いたサイクリン依存性キナーゼ2とその阻害剤間のフレキシブルドッキングシミュレーション

  KAMIYA Narutoshi; BEKKER Gert-Jan; ARAKI Mitsugu; OKUNO Yasushi

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2016年

  
• マルチカノニカルMDを使用するサイクリン依存性キナーゼ2とその阻害剤との間のフレキシブルドッキング

  BEKKER Gert-Jan; KAMIYA Narutoshi; ARAKI Mitsugu; OKUNO Yasushi; NAKAMURA Haruki

  生物物理(Web), 2016年

  
• マウスマスト細胞の成熟過程におけるデキサメタゾンの作用

  田中智之; 山田圭位子; 佐藤仁美; 鎌田真由美; 奥野恭史; 福石信之

  日本生化学会大会(Web), 2016年

  
• 原発不明がん患者に対するクリニカルシーケンス(OncoPrime)を用いたprecision medicine

  松本繁巳; 高忠之; 金井雅史; 永井宏樹; 森由希子; 佐久間朋寛; 鎌田真由美; 中津井雅彦; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2016年

  
• 網羅的遺伝子変異パネル(OncoPrime)を用いたクリニカルシーケンスの実践

  金井雅史; 高忠之; 佐久間朋寛; 望月洋明; 鎌田真由美; 中津井雅彦; 松本繁巳; 三宅秀彦; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2016年

  
• IgE非依存的なマスト細胞活性化に対するデキサメタゾンの作用

  田中智之; 山田圭位子; 佐藤仁美; 鎌田真由美; 奥野恭史; 福石信之; 古田和幸

  日本ヒスタミン学会プログラム・講演要旨集, 2016年

  
• ポスト「京」が拓く創薬計算の未来

  奥野恭史; 奥野恭史

  CBI学会研究講演会, 2016年

  
• In silico研究の視点から

  奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2016年

  
• クリニカルシーケンスによる遺伝子変異解析が治療に有用であった原発不明癌の一例

  高忠之; 金井雅史; 永井宏樹; 佐久間朋寛; 望月洋明; 鎌田真由美; 中津井雅彦; 松本繁巳; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2016年

  
• NGSによるクリニカルシーケンスにより稀なEGFR遺伝子変異を認め,Erlotinib/Bevacizumab療法が奏効した肺腺癌の一例

  永井宏樹; 永井宏樹; 金井雅史; 高忠之; KIM Young Hak; 佐久間朋寛; 鎌田真由美; 中津井雅彦; 松本繁巳; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2016年

  
• 低分子キナーゼ活性化剤による癌細胞死誘導

  田中義久; 奥野恭史; 前村憲太朗

  日本解剖学会総会・全国学術集会講演プログラム・抄録集, 2016年

  
• 時系列リアルワールドデータを用いた進行がん患者予後予測モデルの構築

  釆野優; 種石慶; 金井雅史; 岡本和也; 岡本和也; 山本洋介; 吉岡亮; 野崎明; 松本繁巳; 奥野恭史; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2016年

  
• 受容体型チロシンキナーゼ活性化剤による癌細胞死誘導

  田中義久; 前村憲太朗; 奥野恭史; 近藤洋一

  日本臨床分子形態学会総会・学術集会講演プログラム・要旨集, 2016年

  
• スーパーコンピュータが拓く創薬計算の未来

  奥野恭史

  バイオメディカル分析科学シンポジウム講演要旨集, 2016年

  
• 計算科学・情報科学が拓く創薬の未来

  奥野恭史

  分子シミュレーション討論会講演要旨集, 2016年

  
• 化合物-タンパク質-フェノタイプの多階層モデルによる標的タンパク質予測

  岩田浩明; 奥野恭史

  ケモインフォマティクス討論会予稿集(Web), 2016年

  
• 個別化・予防医療での新たなパラダイムの創出 健康・医療ビッグデータとスーパーコンピュータがもたらすもの ポスト「京」による次世代計算創薬の展望

  奥野 恭史

  日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, 2015年12月

  
• Introduction of clinical sequence using a comprehensive cancer gene panel (OncoPrime) to daily clinical practice

  Masashi Kanai; Tomohiro Sakuma; Koji Yanagisawa; Tomoyoshi Koyanagi; Shigemi Matsumoto; Tomohiro Kuroda; Satoshi Morita; Shinji Kosugi; Yasushi Okuno

  ANNALS OF ONCOLOGY, 2015年11月, 査読有り

  
• A new approach to collecting biobank and bioinformatics data at Kyoto University Cancer Center

  Manabu Muto; Yu Uneno; Yoshitaka Nishikawa; Yukiko Mori; Masashi Kanai; Shigemi Mastumoto; Genta Kato; Tomohiro Kuroda; Satoshi Morita; Yasushi Okuno

  ANNALS OF ONCOLOGY, 2015年11月, 査読有り

  
• Establishment of a terminal prognosis prediction model by applying time series analysis to real-world data

  Yu Uneno; Kei Taneishi; Masashi Kanai; Akiko Tamon; Kazuya Okamoto; Yoshitaka Nishikawa; J. B. Brown; Shigemi Matsumoto; Yasushi Okuno; Manabu Muto

  ANNALS OF ONCOLOGY, 2015年11月, 査読有り

  
• 京大発ベンチャーから生まれたスパコン創薬コンソーシアム

  奥野恭史

  CBI学会大会, 2015年10月26日

  
• FDA大規模有害事象自発報告データベースを用いた多発性骨髄腫治療薬投与に伴う味覚障害の解析

  井野場郁乃; 角山香織; 南景子; 南景子; 多門啓子; 津田真弘; 栄田敏之; 栄田敏之; 奥野恭史

  日本医療薬学会年会講演要旨集, 2015年10月23日

  
• ディープラーニングに基づく化合物とタンパク質の相互作用予測

  浜中 雅俊; 種石 慶; 岩田 浩明; 奥野 恭史

  ケモインフォマティクス討論会予稿集, 2015年10月01日

  
• 「新薬開発を加速する「京」インシリコ創薬基盤の構築」プロジェクトの取り組み

  荒木 望嗣; 中津井 雅彦; 広川 貴次; 金井 千里; 佐藤 美和; 岡本 敦之; 服部 一成; 志水 隆一; 奥野 恭史

  ケモインフォマティクス討論会予稿集, 2015年10月01日

  
• Analysis of clinical practice data for predictive factors of neutrophil counts during weekly paclitaxel chemotherapy

  D. Yamaguchi; K. Taneishi; A. Tamon; M. Hamanaka; J. B. Brown; Y. Mori; M. Kanai; S. Matsumoto; Y. Okuno; M. Muto

  EUROPEAN JOURNAL OF CANCER, 2015年09月

  
• がん治療医のためのバイオインフォーマテイクス実践講座 がん研究者のための、本当にわかるがんゲノム解析実践講座

  奥野 恭史; 松村 謙臣; 鎌田 真由美; 村上 隆介; ブラウン・ジェイビー; 小西 郁生

  日本癌治療学会誌, 2015年09月

  
• 基礎研究 基礎研究の臨床応用 わが国初の網羅的遺伝子変異パネルを用いたクリニカルシーケンスの臨床導入

  金井 雅史; 佐久間 朋寛; 柳澤 宏次; 松島 健太郎; 小柳 智義; 松本 繁巳; 黒田 知宏; 森田 智視; 小杉 眞司; 奥野 恭史; 武藤 学

  日本癌治療学会誌, 2015年09月

  
• 京大病院におけるバイオバンク、クリニカルシークエンス、ビッグデータ解析の取組

  武藤 学; 金井 雅史; 森 由希子; 松本 繁巳; 佐久間 朋寛; 小柳 智義; 岡本 和也; 加藤 源太; 黒田 知宏; 森田 智視; 小杉 眞司; 多門 啓子; 種石 慶; 奥野 恭史; 高折 晃史

  日本癌治療学会誌, 2015年09月

  
• 基礎研究 基礎研究の臨床応用 わが国初の網羅的遺伝子変異パネルを用いたクリニカルシーケンスの臨床導入

  金井 雅史; 佐久間 朋寛; 柳澤 宏次; 松島 健太郎; 小柳 智義; 松本 繁巳; 黒田 知宏; 森田 智視; 小杉 眞司; 奥野 恭史; 武藤 学

  日本癌治療学会誌, 2015年09月

  
• Tivantinib (ARQ 197) exhibits antitumor activity by directly interacting with tubulin and overcomes ABC transporter-mediated drug resistance

  Aki Aoyama; Ryohei Katayama; Yasushi Okuno; Naoya Fujita

  CANCER RESEARCH, 2015年08月, 査読有り

  
• Resistance mechanisms to ALK inhibitors

  Ryohei Katayama; Noriko Yanagitani; Sumie Koike; Takuya Sakashita; Satoru Kitazono; Makoto Nishio; Yasushi Okuno; Jeffrey A. Engelman; Alice T. Shaw; Naoya Fujita

  CANCER RESEARCH, 2015年08月, 査読有り

  
• 神戸インシリコ創薬拠点の形成について (特集 神戸医療産業都市の新たな展開)

  奥野 恭史

  都市政策, 2015年07月

  
• (part 1)Clear Cell Carcinoma of the Ovary the present and the future ゲノム解析によって明らかとなった卵巣明細胞腺癌の病態

  松村 謙臣; 村上 隆介; 日笠 幸一郎; 堤 孝信; Brown J.B; Abou-Taleb Hisham; 濱西 潤三; 山口 建; 安彦 郁; 馬場 長; 越山 雅文; 山田 亮; 松田 文彦; 奥野 恭史; 小西 郁生

  日本婦人科腫瘍学会雑誌, 2015年06月

  
• スーパーコンピュータ「京」による次世代創薬基盤の構築

  奥野恭史

  日本医学会総会総会会誌, 2015年04月

  
• 網羅的がん関連遺伝子変異パネル(OncoPrime)を用いたクリニカルシークエンスの臨床導入

  金井雅史; 佐久間朋寛; 柳澤宏次; 小柳智義; 松本繁巳; 黒田知宏; 森田智視; 小杉眞司; 奥野恭史

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2015年

  
• 時系列リアルワールドデータ解析による終末期予後予測モデルの確立

  釆野優; 種石慶; 金井雅史; 多門啓子; 岡本和也; 西川佳孝; BROWN J.B.; 松本繁巳; 奥野恭史; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2015年

  
• 京大病院がんセンターにおけるバイオバンクとメディカルバイオインフォマティクスプロジェクト

  武藤学; 釆野優; 西川佳孝; 森由希子; 金井雅史; 松本繁巳; 加藤源太; 黒田知宏; 森田智視; 奥野恭史

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2015年

  
• 臨床リアルワールドデータを用いた癌薬物療法に伴う好中球数変動の予測因子解析

  山口大介; 種石慶; 多門啓子; 浜中雅俊; BROWN J.B; 森由希子; 金井雅史; 松本繁巳; 奥野恭史; 武藤学

  日本臨床腫瘍学会学術集会(CD-ROM), 2015年

  
• データ主導型の予測医療と精密医療

  奥野恭史

  日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, 2015年

  
• ポスト「京」による次世代計算創薬の展望

  奥野恭史; 奥野恭史

  日本生化学会大会(Web), 2015年

  
• がん研究者のための,本当にわかるがんゲノム解析実践講座

  奥野恭史; 松村謙臣; 鎌田真由美; 村上隆介; ブラウン ジェイビー; 小西郁生

  日本癌治療学会学術集会(Web), 2015年

  
• 深層学習に基づくタンパク質と化合物の相互作用予測

  浜中雅俊; 種石慶; BROWN J. B.; 奥野恭史

  情報処理学会全国大会講演論文集, 2015年

  
• ゲノム解析によって明らかとなった卵巣明細胞腺癌の病態

  松村謙臣; 村上隆介; 日笠幸一郎; 堤孝信; BROWN J. B.; ABOU-TALEB Hisham; 濱西潤三; 山口建; 安彦都; 馬場長; 越山雅文; 山田亮; 松田文彦; 奥野恭史; 小西郁生

  日本婦人科腫瘍学会雑誌, 2015年

  
• 低分子キナーゼアクチベーターによる細胞死誘導

  田中義久; 前村憲太朗; 奥野恭史; 大槻勝紀

  日本臨床分子形態学会総会・学術集会講演プログラム・要旨集, 2015年

  
• 計算機科学と結晶解析との融合に向けて

  奥野恭史; 奥野恭史

  日本結晶学会年会講演要旨集, 2015年

  
• 21-5-O6-07 FDA大規模有害事象自発報告データベースを用いた多発性骨髄腫治療薬投与に伴う味覚障害の解析(有害事象・副作用,口頭発表,一般演題,医療薬学の進歩と未来-次の四半世紀に向けて-)

  井野場 郁乃; 角山 香織; 南 景子; 多門 啓子; 津田 真弘; 栄田 敏之; 奥野 恭史

  日本医療薬学会年会講演要旨集, 2015年

  
• FDA大規模有害事象自発報告システムを用いた抗悪性腫瘍薬の過敏症反応の解析

  佐伯克久; 角山香織; 栄田敏之; 奥野恭史

  臨床薬理, 2014年11月07日

  
• スパコン「京」から観えてきた10年後の計算創薬

  奥野恭史

  メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集, 2014年11月07日

  
• スパコン創薬から観えるインシリコ創薬の未来

  奥野恭史

  薬剤学, 2014年09月01日

  
• （続）スーパーコンピュータ「京」の利用：9．スーパーコンピュータ「京」が拓くコンピュータ創薬の未来

  中津井 雅彦; 奥野 恭史

  情報処理, 2014年07月15日

  
• 分子標的薬時代に考えるべきこと 分子標的薬開発の低コスト化 スパコン「京」を用いたIT創薬

  奥野 恭史

  日本癌治療学会誌, 2014年06月

  
• スパコン京と医療ビッグデータによる創薬イノベーション

  奥野恭史

  日本オペレーションズ・リサーチ学会春季研究発表会アブストラクト集, 2014年03月06日

  
• 講演3 スパコン京と医療ビッグデータによる創薬イノベーション(Big Dataでイノベーションを起こす,オーガナイズドセッション)

  奥野 恭史

  日本オペレーションズ・リサーチ学会春季研究発表会アブストラクト集, 2014年03月06日

  
• FDA大規模データベースを用いた抗精神病薬投与に伴うQT延長における性差の解析

  井野場郁乃; 角山香織; 木村豪仁; 栄田敏之; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2014年03月

  
• モデルベース機械学習による配合注射薬外観変化予測アルゴリズムの開発

  中津井雅彦; 角山香織; 権丈紀子; 荒木通啓; 栄田敏之; 近藤昭彦; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2014年03月

  
• 分子標的薬開発の低コスト化:スパコン「京」を用いたIT創薬

  奥野恭史

  日本癌治療学会学術集会(CD-ROM), 2014年

  
• 「計算創薬が待ち望むエクサ級スーパーコンピュータ」

  奥野恭史

  CBI学会研究講演会, 2014年

  
• スーパーコンピュータ「京」が拓くコンピュータ創薬の未来

  奥野恭史; 奥野恭史; 奥野恭史

  ファルマシア, 2014年

  
• オミクス計測技術

  奥野 恭史

  ファルマシア, 2014年

  
• CompoundProtein Interaction Prediction Within Chemogenomics: Theoretical Concepts, Practical Usage, and Future Directions.

  Brown JB; Niijima S; Okuno Y

  Molecular informatics, 2013年12月, 査読有り

  
• FDA大規模有害事象自発報告データベースを用いた小児における抗精神病薬の有害事象の解析

  木村豪仁; 角山香織; 多門啓子; 奥野恭史; 栄田敏之

  日本医療薬学会年会講演要旨集, 2013年08月28日

  
• Data mining of the public version of the FDA adverse event reporting system

  Toshiyuki Sakaeda; Akiko Tamon; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  International Journal of Medical Sciences, 2013年04月, 査読有り

  
• FDA大規模データベースを用いたスタチン系薬剤の筋肉系有害事象における性差の解析

  村上紘之; 栄田敏之; 角山香織; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2013年03月

  
• 副作用検出シグナルとしての初期症状の定量的評価:AERSの利用による評価対象の拡大

  井上絵美子; 保坂茂; 久津間信明; 大島公惠; 山本碧; 大島新司; 大嶋繁; 奥野恭史; 小林大介

  日本薬学会年会要旨集(CD-ROM), 2013年03月

  
• ALK阻害剤耐性細胞を用いたキナーゼ阻害剤複合投与シナジー制御

  赤松香奈子; 赤松香奈子; 片山量平; 田中義久; 藤田直也; 奥野恭史

  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013年

  
• 日-8-O26-07 FDA大規模有害事象自発報告データベースを用いた小児における抗精神病薬の有害事象の解析(有害事象・副作用1,一般演題(口頭)26,再興、再考、創ろう最高の医療の未来)

  木村 豪仁; 角山 香織; 多門 啓子; 奥野 恭史; 栄田 敏之

  日本医療薬学会年会講演要旨集, 2013年

  
• 医薬品有害事象データベースを用いたデータマイニング

  五島誠; 奥野恭史

  SAR News, 2012年10月01日

  
• 米国FDA副作用自発報告からのデータマイニングによるα受容体阻害剤の副作用プロファイル

  吉村耕治; 角山香織; 杉野善雄; 小川修; 栄田敏之; 奥野恭史

  日本排尿機能学会誌, 2012年08月

  
• コリスチンおよびチゲサイクリン投与に伴う有害事象~FDA有害事象自発報告システムのデータ解析

  角山香織; 多門啓子; 奥野恭史; 栄田敏之

  医療薬学フォーラム講演要旨集, 2012年07月

  
• ケミカルバイオロジーの発想に基づく新規疾患ターゲットの発見と創薬 4.病態診断,薬理,創薬のためのシステムズバイオロジー

  奥野恭史

  実験医学, 2012年05月01日

  
• 【疾患克服をめざしたケミカルバイオロジー がん医療や創薬に貢献するin vivoイメージングと生体機能解析・制御の最前線】 (第1章)ケミカルバイオロジーの発想に基づく新規疾患ターゲットの発見と創薬 病態診断、薬理、創薬のためのシステムズバイオロジー

  奥野 恭史

  実験医学, 2012年05月

  
• Systems biology and systems chemistry: New directions for drug discovery

  J. B. Brown; Yasushi Okuno

  Chemistry and Biology, 2012年01月27日, 査読有り

  このMISCにアクセスする：

  
• On the Behavior of Tile Assembly System at High Temperatures.

  Shinnosuke Seki; Yasushi Okuno

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2012年, 査読有り

  
• On the behavior of tile assembly system at high temperatures

  Shinnosuke Seki; Yasushi Okuno

  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2012年, 査読有り

  
• Chemogenomic approach to comprehensive predictions of ligand-target interactions: A comparative study

  J. B. Brown; Satoshi Niijima; Akira Shiraishi; Masahiko Nakatsui; Yasushi Okuno

  Proceedings - 2012 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops, BIBMW 2012, 2012年

  
• システム創薬のためのケミカル-バイオ-クリニカル統合データベース

  馮春来; 荒木通啓; 種石慶; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2012年

  
• チゲサイクリン投与に伴う有害事象~FDA有害事象自発報告システムのデータ解析

  角山香織; 多門啓子; 奥野恭史; 奥野恭史; 栄田敏之

  日本医薬品情報学会総会・学術大会講演要旨集, 2012年

  
• Integration of Bioinformatics and Chemoinformatics for Drug Discovery

  奥野 恭史

  日本化学会情報化学部会誌, 2012年

  
• ケモゲノミクス：ゲノムからケミカルスペースへ

  奥野 恭史

  日本化学会情報化学部会誌, 2012年

  
• データマイニング手法によるFDA有害事象自発報告データの活用~コリスチンを例に

  栄田敏之; 角山香織; 多門啓子; 奥野恭史

  日本化学療法学会雑誌, 2011年11月10日

  
• Data mining of the public version of the FDA Adverse Event Reporting System, AERS: Colistin-associated adverse events

  Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Akiko Tamon; Yasushi Okuno

  Japanese Journal of Chemotherapy, 2011年11月

  
• 【最新創薬インフォマティクス活用マニュアル】 (第2章)リード化合物探索・最適化におけるインフォマティクス リガンド情報に基づくバーチャルスクリーニング

  藪内 弘昭; 奥野 恭史

  遺伝子医学MOOK, 2011年10月

  
• 【最新創薬インフォマティクス活用マニュアル】 (第2章)リード化合物探索・最適化におけるインフォマティクス ケミカルゲノミクス情報に基づくバーチャルスクリーニング

  金井 千里; 村上 竜太; 奥野 恭史

  遺伝子医学MOOK, 2011年10月

  
• システム創薬科学:分子標的創薬からのブレークスルー

  奥野恭史

  生化学, 2011年09月

  
• コリスチン投与に伴う有害事象~FDA有害事象自発報告システムのデータ解析

  角山香織; 栄田敏之; 多門啓子; 奥野恭史

  日本化学療法学会総会プログラム・講演抄録, 2011年06月01日

  
• 信頼性・操作性に優れた医薬品有害事象解析システムの開発

  藪内弘昭; 五島誠; 多門啓子; 赤松香奈子; 馮春来; 角山香織; 栄田敏之; 村上竜太; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2011年03月05日

  
• 有害事象自発報告データベースを用いた白金系抗がん剤の過敏症反応の解析

  角山香織; 新島聡; 薮内弘昭; 奥野恭史; 栄田敏之

  日本薬学会年会要旨集, 2011年03月05日

  
• 現場が主導するサービスサイエンス 医薬品による有害事象の自発報告システム

  栄田敏之; 角山香織; 奥野恭史

  人工知能学会誌, 2011年03月01日

  
• 医薬品による有害事象の自発報告システム(<特集>現場が主導するサービスサイエンス)

  栄田 敏之; 角山 香織; 奥野 恭史; Toshiyuki Sakaeda; Kaori Kadoyama; Yasushi Okuno

  人工知能学会誌 = Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence, 2011年03月01日

  
• 新規な化学物質の安全性を予測・評価する新規計算手法の開発 平成22年度

  奥野恭史

  新規な化学物質の安全性を予測・評価する新規計算手法の開発 平成22年度 総括研究報告書, 2011年

  
• トキシコゲノミクスによる細胞障害性肝発がん化合物のリスク評価マーカの探索および予測モデルの構築

  森川裕二; 森川裕二; 上原健城; 箕輪洋介; 中津則之; 奥野恭史; 小野敦; 五十嵐芳暢; 山下智也; 山下智也; 山田弘; 大野泰雄; 漆谷徹郎; 漆谷徹郎

  Journal of Toxicological Sciences, 2011年

  
• 胎児Leydig細胞におけるステロイド産生関連遺伝子の発現プロファイル(Expression profile of steroidogenic genes in the fetal Leydig cells)

  宮林 香奈子; 嶋 雄一; 馬場 崇; 大竹 博之; 栗原 淑子; 奥野 恭史; 諸橋 憲一郎

  日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集, 2010年12月

  
• うつ治療法である電気けいれん刺激による視床下部での網羅的遺伝子発現変化の解析

  坂井田真理; 土屋創健; 奥野恭史; 中山和久; 瀬木(西田)恵里

  次世代を担う若手ファーマ・バイオフォーラム講演要旨集, 2010年09月

  
• マウス視床下部・室傍核における電気けいれん療法モデルを用いた網羅的遺伝子発現解析(Gene profiles of electroconvulsive seizures in the mouse paraventricular nucleus of hypothalamus)

  瀬木 恵里; 西田; 坂井田 真理; 土屋 創建; 杉本 幸彦; 奥野 恭史

  神経化学, 2010年08月

  
• 新規in silicoスクリーニング手法CGBVSによる新規骨格リガンドの発見

  藪内弘昭; 新島聡; 竹松弘; 井田有美; 小川哲平; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2010年03月05日

  
• 創薬バリューチェインのインシリコ技術を活用した阻害剤開発の試み

  井上 豪; 松村 浩由; 安達 宏昭; 森 勇介; 高野 和文; 村上 聡; 福西 快文; 中村 春木; 木下 誉富; 仲西 功; 奥野 恭史; 南方 聖司; 三上 義明; 佐久間 俊広; 北島 正人; 福岡 良忠; 高田 俊和; 坂田 恒昭

  日本結晶学会誌, 2010年02月28日

  
• 新薬展望2010 第I部 新しい創薬技術 創薬インフォマティクス

  奥野恭史

  医薬ジャーナル, 2010年01月31日

  
• 【新薬展望2010】 新しい創薬技術 創薬インフォマティクス

  奥野 恭史

  医薬ジャーナル, 2010年01月

  
• 医薬品-臨床知識統合データベースの構築

  馮春来; 荒木通啓; 種石慶; 多門啓子; 多門啓子; 薮内弘昭; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2010年

  
• 創薬のための多重化合物-蛋白質相互作用のデータマイニング

  奥野恭史

  情報化学討論会講演要旨集, 2010年

  
• 創薬インフォマティクス (新薬展望2010) -- (新しい創薬技術)

  奥野 恭史

  医薬ジャ-ナル, 2010年

  
• 【次世代創薬テクノロジー 実践 インシリコ創薬の最前線】 創薬インフォマティクス ケミカルゲノミクス情報に基づく創薬

  奥野 恭史

  遺伝子医学MOOK, 2009年09月

  
• 生物化学・医療データからの有用情報の抽出と予測問題への適用 ケミカルゲノミクス情報に基づく創薬インフォマティクス

  奥野 恭史

  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, 2009年09月

  
• 基礎研究と創薬を結び付けるTranslational Research 創薬におけるコンピュータを用いた新しいアプローチ法 ケミカルゲノミクスに基づくin silicoリガンドスクリーニング(A novel computational approach for drug discovery: Chemical genomics-based in silico ligand screening)

  奥野 恭史; 村上 竜太

  神経化学, 2009年06月

  
• トキシコゲノミクスによる薬剤誘発性腎尿細胞管障害の評価マーカーの探索

  上原 健城; 箕輪 洋介; 近藤 千晶; 中津 則之; 奥野 恭史; 小野 敦; 五十嵐 芳暢; 丸山 敏之; 加藤 育雄; 山田 弘; 大野 泰雄; 漆谷 徹郎

  The Journal of Toxicological Sciences, 2009年06月

  
• トキシコゲノミクスによる薬剤誘発性腎尿細管障害の予測マーカーの探索

  箕輪洋介; 上原健城; 近藤千晶; 中津則之; 奥野恭史; 小野敦; 五十嵐芳暢; 丸山敏之; 加藤育雄; 山田弘; 大野泰雄; 漆谷徹郎

  Journal of Toxicological Sciences, 2009年06月

  
• TGPデータベースを利用したラット肝臓におけるNrf2制御下遺伝子の発現解析

  清水俊敦; 中津則之; 小野敦; 奥野恭史; 山田弘; 漆谷徹郎; 大野泰雄

  Journal of Toxicological Sciences, 2009年06月

  
• トキシコゲノミクスによる薬剤誘発性腎尿細管障害の評価マーカーの探索

  上原 健城; 山田 弘; 大野 泰雄; 漆谷 徹郎; 箕輪 洋介; 近藤 千晶; 中津 則之; 奥野 恭史; 小野 敦; 五十嵐 芳暢; 丸山 敏之; 加藤 育雄

  日本トキシコロジー学会学術年会, 2009年06月

  
• 統合型薬学情報ナビゲーションシステムの開発

  多門啓子; 牧口大旭; 荒木通啓; 薮内弘昭; 奥野恭史; 金子周司

  日本薬学会年会要旨集, 2009年03月05日

  
• ケミカルゲデノミクス情報を用いた標的タンパク質の予測法の開発

  藤田淳人; 藪内弘昭; 小川哲平; 荒木通啓; 大石真也; 藤井信孝; 中山和久; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2009年03月05日

  
• 遺伝子発現プロファイルに基づいたマイクロアレイデータ検索システム(GEM‐TREND)

  馮春来; 荒木通啓; 国本亮; 多門啓子; 牧口大旭; 新島聡; 辻本豪三; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2009年03月05日

  
• 医薬品―疾病作用情報データベース

  荒木通啓; 馮春来; 多門啓子; 薮内弘昭; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2009年03月05日

  
• 新規in silicoスクリーニング手法CGBVSのためのGPCRカーネルの改良

  藪内弘昭; 新島聡; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2009年03月05日

  
• ケミカルゲノミクスに基づくインシリコ創薬

  新島 聡; 奥野 恭史

  日本薬理学雑誌, 2009年03月01日

  
• Biogenesis and Function Mechanisms of Micro-RNAs and Their Role as Oncogenes and Tumor Suppressors

  Soken Tsuchiya; Kazuya Terasawa; Ryo Kunimoto; Yasushi Okuno; Fumiaki Sato; Kazuharu Shimizu; Gozoh Tsujimoto

  SYSTEMS BIOLOGY: THE CHALLENGE OF COMPLEXITY, 2009年, 査読有り

  
• テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 医療情報解析のためのテキストマイニングエンジンの開発

  奥野恭史

  テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 平成20年度 総括研究報告書, 2009年

  
• テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 医療情報解析のためのテキストマイニングエンジンの開発

  奥野恭史

  テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 平成18-20年度 総合研究報告書, 2009年

  
• 多重標的創薬のためのインフォマティクス

  奥野恭史

  構造活性フォーラム, 2009年

  
• 新規樹立前立腺癌Xenograftを用いたアンドロゲン非依存性獲得機序に関する研究-EP4はホルモン抵抗性前立腺癌に対する新規治療標的分子となり得る

  寺田直樹; 清水洋祐; 神波大己; 小林恭; 井上貴博; 中村英二郎; 賀本敏行; 金治敏也; 戸田好信; 松岡俊行; 奥野恭史; 辻本豪三; 小川修

  日本泌尿器科学会雑誌, 2009年

  
• 数理的手法に基づく化合物-タンパク質間相互作用様式に関わる知識発見

  新島聡; 藪内弘昭; 藤井信孝; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2009年

  
• パスウェイ情報を用いたトキシコゲノミクスデータの網羅的な比較と可視化の検討

  五十嵐芳暢; 箕輪洋介; 奥野恭史; 中津則之; 小野敦; 山田弘; 大野泰雄; 漆谷徹郎; 漆谷徹郎

  Journal of Toxicological Sciences, 2009年

  
• ケミカルゲノミクス情報に基づく創薬インフォマティクス

  奥野恭史

  生化学, 2009年

  
• 次世代創薬テクノロジー 実践:インシリコ創薬の最前線 第2章 創薬インフォマティクス 3.ケミカルゲノミクス情報に基づく創薬

  奥野恭史; 奥野恭史

  遺伝子医学MOOK, 2009年

  
• APP-048-AM 新規樹立前立腺癌Xenograftを用いたアンドロゲン非依存性獲得機序に関する研究 : EP4はホルモン抵抗性前立腺癌に対する新規治療標的分子となり得る(総会賞応募ポスター,第97回日本泌尿器科学会総会)

  寺田 直樹; 松岡 俊行; 奥野 恭史; 辻本 豪三; 小川 修; 清水 洋祐; 神波 大己; 小林 恭; 井上 貴博; 中村 英二郎; 賀本 敏行; 金治 敏也; 戸田 好信

  日本泌尿器科学会雑誌, 2009年

  
• In silico drug discovery based on the integration of bioinformatics and chemoinformatics

  Yasushi Okuno

  Yakugaku Zasshi, 2008年11月, 査読有り

  
• バイオインフォマティクスとケモインフォマティクスの融合によるインシリコ創薬研究

  奥野 恭史

  薬学雑誌, 2008年11月

  
• 機械学習に基づく創薬支援システムの開発

  奥野恭史

  立石科学技術振興財団助成研究成果集, 2008年09月

  
• 膜タンパク質の結晶化技術の新展開及び創薬バリューチェインの紹介

  井上 豪; 安達 宏昭; 村上 聡; 高野 和文; 松村 浩由; 森 勇介; 福西 快文; 中村 春木; 木下 誉富; 仲西 功; 奥野 恭史; 南方 聖司; 下条 真司; 坂田 恒昭

  薬学雑誌, 2008年04月

  
• ケモゲノミクス&ケミカルバイオロジー

  奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2008年03月05日

  
• バイオ空間とケミカル空間の包括的相関解析とそのインシリコ創薬への研究展開

  奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2008年03月05日

  
• 化合物‐タンパク質相互作用情報に基づく新規in silico化合物探索手法の開発

  小川哲平; 北島正人; 箕輪洋介; 松田秀雄; 藤井信孝; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2008年03月05日

  
• GLIDA:ケミカルゲノミクスに基づくドラッグ探索のためのGPCR‐リガンド相互作用解析データベース

  多門啓子; 薮内弘昭; 新島聡; 箕輪洋介; 外村孝一郎; 国本亮; 馮春来; 奥野恭史

  日本薬学会年会要旨集, 2008年03月05日

  
• 包括的トランスクリプトーム解析を用いた上皮細胞の分化及び機能・形態を制御するmicro RNAとその標的遺伝子の探索

  奥雅仁; 土屋創健; 寺澤和哉; 奥野恭史; 佐藤史顕; 清水一治; 辻本豪三

  血管, 2008年01月31日

  
• テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 医療情報解析のためのテキストマイニングエンジンの開発

  奥野恭史

  テキストマイニングによる薬物有害事象の自動抽出を目的としたオントロジー構築とシステム開発に関する研究 平成19年度 総括研究報告書, 2008年

  
• トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成19年度

  奥野恭史

  トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成19年度 総括研究報告書, 2008年

  
• トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成17年度~19年度

  奥野恭史

  トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成17-19年度 総合研究報告書, 2008年

  
• 組織結合型マスト細胞への成熟を制御する因子の探索

  田中智之; 高野裕嗣; 奥野恭史; 村上誠; 辻本豪三; 工藤一郎; 中山和久; 杉本幸彦; 市川厚

  生化学, 2008年

  
• Design of anti-allergic inhibitors for human hematopoietic prostaglandin D synthase

  Hiroshi Kikuchi; Yuji Kado; Hiroyoshi Matsumura; Yoshifumi Fukunishi; Takayoshi Kinoshita; Yasushi Okuno; Isao Nakanishi; Seiji Minakata; Tsuneaki Sakata; Kohsuke Aritake; Yoshihiro Urade; Tsuyoshi Inoue

  ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES, 2008年, 査読有り

  
• 組織マスト細胞の発現プロファイル解析

  舘田悠樹; 土屋創健; 奥野恭史; 杉本幸彦

  生化学, 2007年11月

  
• DNAマイクロアレイ相関解析法による糖脂質関連遺伝子の発現解析

  山本 晴美; 藤縄 玲子; 奥野 恭史; 竹松 弘; 小堤 保則

  脂質生化学研究, 2007年06月05日

  
• DNAマイクロアレイ相関解析法による糖脂質関連遺伝子の発現解析

  山本晴美; 藤縄玲子; 奥野恭史; 竹松弘; 小堤保則

  脂質生化学研究, 2007年05月20日

  
• microRNAによる制御遺伝子ネットワークの構築

  国本亮; 奥野恭史; 箕輪洋介; 外村孝一郎; 土屋創健; 寺澤和哉; 類家慶直; 津田謹輔; 辻本豪三

  日本薬学会年会要旨集, 2007年03月05日

  
• ケミカル‐バイオ情報に基づく創薬インフォマティクス研究

  奥野恭史

  創薬ビジョンシンポジウム講演要旨集, 2007年01月25日

  
• Drug development value chain constructed by collaboration between the SOSHO project and the NPO BIOGRID

  Tsuyoshi Inoue; Yuji Kado; Keiji Tokuoka; Hiroyoshi Matsumura; Yasushi Kai; Yusuke Mori; Hiroaki Adachi; Kazufumi Takano; Satoshi Murakami; Yoshifumi Fukunishi; Haruki Nakamura; Takayoshi Kinoshita; Isao Nakanishi; Yasushi Okuno; Seiji Minakata; Tsuneaki Sakata

  AIP Conference Proceedings, 2007年

  
• トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 総括研究報告書 平成18年度

  奥野恭史

  トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成18年度 総括研究報告書, 2007年

  
• 糖鎖関連遺伝子マイクロアレイを用いた植物レクチン反応性糖鎖生合成調節遺伝子の同定:CIRES法を用いて

  竹松弘; 竹松弘; 山本晴美; 藤縄玲子; 奥野恭史; 辻本豪三; 小堤保則; 小堤保則; 小堤保則

  生化学, 2007年

  
• Emx2はEGFRの調節を通して体腔の上皮細胞極性を調節する

  日下雅友; 福井由宇子; 小川英知; 宮林香奈子; 杉本幸彦; 奥野恭史; 向後晶子; 相沢慎一; 諸橋憲一郎

  生化学, 2007年

  
• GPCR新規リガンドのIn silico探索手法の開発

  奥野恭史; 種石慶; 原貴史; 藪内弘昭; 平澤明; 辻本豪三

  血管, 2007年

  
• DNAマイクロアレイデータと細胞表面糖鎖発現の相関法の開発および検証

  藤縄玲子; 竹松弘; 竹松弘; 奥野恭史; 小堤保則; 小堤保則; 小堤保則

  日本糖質学会年会要旨集, 2007年

  
• 正準相関分析によるトランスポータ相互作用解析

  北島 正人; 箕輪 洋介; 松田 秀雄; 奥野 恭史

  ＣＢＩジャーナル, 2007年

  
• ケミカルゲノミクス情報に基づく化合物探索

  奥野恭史

  構造活性相関シンポジウム講演要旨集, 2006年11月07日

  
• ヒスタミン合成の欠損によるマスト細胞のか粒形成異常のメカニズムの解析

  田中智之; 中沢俊介; 土屋創健; 高野裕嗣; 奥野恭史; 辻本豪三; 中山和久; 市川厚; 杉本幸彦

  日本薬学会年会要旨集, 2006年03月06日

  
• ゲノム創薬支援システムの開発

  奥野恭史; 種石慶; 土屋創健; 王質輝; 辻本豪三

  日本薬学会年会要旨集, 2006年03月06日

  
• ヒスタミン合成の欠損によるマスト細胞の顆粒形成異常のメカニズムの解析

  田中 智之; 中沢 俊介; 土屋 創健; 高野 裕嗣; 奥野 恭史; 辻本 豪三; 中山 和久; 市川 厚; 杉本 幸彦

  日本薬学会年会要旨集, 2006年03月

  
• Application of a new probabilistic model for mining implicit associated cancer genes from OMIM and Medline

  Shanfeng Zhu; Yasushi Okuno; Gozoh Tsujimoto; Hiroshi Mamitsuka

  Cancer Informatics, 2006年

  
• トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 総括研究報告書 平成17年度

  奥野恭史

  トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成17年度 総括研究報告書, 2006年

  
• In silicoリガンド予測法によるGPCR新規リガンドの探索とその評価

  原貴史; 奥野恭史; 藪内弘昭; 平澤明; 辻本豪三

  日本循環薬理学会口演要旨集, 2006年

  
• 遺伝子解析による疾病発症のメカニズム解明および創薬 マウスマスト細胞の成熟に伴う特異的機能の獲得に関与する遺伝子発現

  高野裕嗣; 田中智之; 中沢俊介; 奥野恭史; 辻本豪三; 市川厚; 中山和久; 杉本幸彦

  日本薬学会年会要旨集, 2006年

  
• ケミカルゲノミクスからの創薬インフォマティクス

  奥野 恭史

  日本薬物動態学会年会講演要旨集, 2006年

  
• 確率モデルに基づくテキスト共起データからのマイニング

  Zhu Shanfeng; 奥野 恭史; 辻本 豪三; 馬見塚 拓

  情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学, 2005年10月07日

  
• Inhibition of protein kinase CK2 prevents the progression of glomerulonephritis

  Masateru Yamada; Susumu Katsuma; Tetsuya Adachi; Akira Hirasawa; Satoshi Shiojima; Tadashi Kadowaki; Yasushi Okuno; Taka Aki Koshimizu; Shigeo Fujii; Yumiko Sekiya; Yohei Miyamoto; Mitsutaka Tamura; Wako Yumura; Hiroshi Nihei; Makio Kobayashi; Gozoh Tsujimoto

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2005年05月24日

  
• ゲノム創薬のためのバイオインフォマティクス手法の開発

  奥野恭史; 薮内弘昭; 辻本豪三

  日本薬学会年会要旨集, 2005年03月05日

  
• A hierarchical mixture of markov models for finding biologically active metabolic paths using gene expression and protein classes

  Hiroshi Mamitsuka; Yasushi Okuno

  Proceedings - 2004 IEEE Computational Systems Bioinformatics Conference, CSB 2004, 2004年

  
• 京都大学化学研究所スーパーコンピュータラボラトリー利用報告書 ケミカル-ゲノム融合ネットワークの解析 平成15年度

  奥野恭史

  スーパーコンピューターラボラトリー 平成15年度 研究成果報告書, 2004年

  
• Prediction of Glycan Structures from Glycosyltransferase Expression Profiles

  Kawano Shin; Okuno Yasushi; Hashimoto Kosuke; Yamamoto Harumi; Takematsu Hiromu; Kozutsumi Yasunori; Goto Susumu; Kanehisa Minoru

  Genome Informatics, 2003年

  
• Efficient Tree-Matching Methods for Accurate Carbohydrate Database Queries

  Aoki Kiyoko F.; Yamaguchi Atsuko; Okuno Yasushi; Akutsu Tatsuya; Ueda Nobuhisa; Kanehisa Minoru; Mamitsuka Hiroshi

  Genome Informatics, 2003年

  
• Heuristics for chemical compound matching.

  Masahiro Hattori; Yasushi Okuno; Susumu Goto; Minoru Kanehisa

  Genome informatics. International Conference on Genome Informatics, 2003年

  
• 京都大学化学研究所スーパーコンピューターラボラトリー利用報告書 化合物の反応パターン抽出によるメタボロームネットワーク予測 平成14年度

  奥野恭史

  スーパーコンピューターラボラトリー 平成14年度 研究成果報告書, 2003年

  
• 人工金属フィンガーモチーフの設計 H4型配位構造を有する新規亜鉛フィンガー

  堀雄一郎; 鈴木教夫; 奥野恭史; 永岡真; 二木史朗; 杉浦幸雄

  日本薬学会年会要旨集, 2000年03月05日

  
• Expression mechanism of the allosteric interactions in a ribozyme catalysis.

  M. Araki; Y. Okuno; Y. Sugiura

  Nucleic acids symposium series, 2000年

  
• The engineering, structure, and DNA binding properties of a novel His4-type zinc finger peptide.

  Y. Hori; K. Suzuki; Y. Okuno; M. Nagaoka; S. Futaki; Y. Sugiura

  Nucleic acids symposium series, 2000年

  
• NMR構造解析に基づく抗腫瘍抗生物質C-1027の反応メカニズム

  奥野 恭史; 杉浦 幸雄; 岩下 孝

  日本薬学会年会要旨集, 1999年03月

  
• NMRによる抗腫よう性抗生物質C‐1027クロモフォア‐DNA複合体の高次構造解析

  奥野恭史; 荒木通啓; 杉浦幸雄; 岩下孝; 大谷敏夫

  日本薬学会年会要旨集, 1998年03月

  
• DNA‐薬物相互作用のコンピューターによる解析 (京都大学化学研究所S)

  奥野恭史

  スーパーコンピューターラボラトリー 平成9年度 研究成果報告書, 1998年

  
• 2次元NMRによるDNA C‐1027クロモフォア複合体の構造解析

  奥野恭史; 杉浦幸雄; 岩下孝; 大谷敏夫

  NMR討論会講演要旨集, 1997年10月

  
• 新規機能性RNAリボザイム(フラビンスイッチリボザイム)の合理的分子設計

  荒木通啓; 原雄二; 奥野恭史; 杉浦幸雄

  日本薬学会年会要旨集, 1997年03月

  
• 遺伝子疾患を標的とした新機能ゲノム医薬の開発(ゲノムドラッグデザイン)に関する研究 (医薬資源研究振興会S)

  奥野恭史

  医薬資源研究振興会助成研究報告集 1996, 1997年

  
• NMR法によるDNA‐C1027クロモフォア複合体の構造解析

  奥野恭史; 杉浦幸雄; 岩下孝; 大谷敏夫

  日本薬学会年会要旨集, 1996年03月

  
• 抗腫よう性抗生物質C‐1027の三次構造モデリング解析

  奥野恭史; 大塚雅巳; 杉浦幸雄

  日本薬学会年会要旨集, 1994年03月