Basic Information

Professional Memberships

• From Apr. 2023, To Present

  日本菌学会
• From Jun. 2015, To Present

  The Society for Biotechnology, Japan
• From Feb. 2010, To Present

  American Society for Microbiology
• From Apr. 1995, To Present

  The Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry (JSBBA)

Academic Degree

• (Tohoku University)
• (Tohoku University)

Research History

• From Apr. 2018, To Present

  Kyoto University, Institute of Advanced Energy
• From 2017, To 2017

  Kyoto Prefectural University of Medicine
• From Oct. 2009, To Mar. 2016

  Yamagata University, Graduate School of Science and Engineering
• From May 2003, To Dec. 2009

  University of California, Berkeley, Molecular and Cell Biology
• From Apr. 2001, To Mar. 2004

  東北大学 大学院農学研究科, 日本学術振興会特別研究員（PD）
• From Apr. 1998, To Mar. 2000

  Tohoku University, 大学院農学研究科, 日本学術振興会特別研究員（DC2）

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0001-5880-4026

• J-Global ID

  200901019733563207

researchmap URL

• https://researchmap.jp/y.takatsuka_0055368

Research

Research Interests

• Rhizoctonia solani
• Double-Repeating Homologous Sequence Antifungal Polypeptide (DRHS-AFP)
• reductive dehalogenase
• biphenyl dioxygenase
• polychlorinated biphenyls
• ルーメン細菌
• リジン脱炭酸酵素
• ポリアミン
• rumen bacteria
• lysine decarboxylase
• polyamine

Research Areas

• Life sciences, Applied microbiology
• Environmental science/Agricultural science, Environmental load reduction/restoration technology
• Life sciences, Applied biochemistry

Papers

• Heat-stable spores of carotenoid-producing Bacillus marisflavi and non-pigmented Bacillus subtilis cooperatively promote growth, quality, and gut microbiota of white-leg shrimp

  T.T. Nguyen; A.T.P. Bui; N.T.H. Le; H.T.N. Vo; A.H. Nguyen; T.D. Pham; T. Hara; K. Yokota; M. Matsutani; Y. Takatsuka; A.T.V. Nguyen

  Beneficial Microbes, 29 Nov. 2023, Peer-reviewed

  
• Manual recursive mapping method for the draft genome sequence of Comamonas testosteroni strain YAZ2

  Tomijiro Hara; Yumiko Takatsuka; Yuh Shiwa; Kenji Yokota; Tadasu Shin-i

  figshare, Dec. 2021

  
• Augmentation of an Engineered Bacterial Strain Potentially Improves the Cleanup of PCB Water Pollution.

  Tomijiro Hara; Yumiko Takatsuka; Eiji Nakata; Takashi Morii

  Microbiology spectrum, 22 Dec. 2021, Peer-reviewed

  Access this paper :

  
• Aerobic polychlorinated biphenyl-degrading bacteria isolated from the Tohoku region of Japan are not regionally endemic.

  Tomijiro Hara; Yumiko Takatsuka

  Canadian journal of microbiology, Mar. 2022, Peer-reviewed

  
• Draft Genome Sequence of the Polychlorinated Biphenyl Degrader Comamonas testosteroni Strain YAZ2, Isolated from a Natural Landscape in the Tohoku Region of Japan.

  Tomijiro Hara; Yumiko Takatsuka; Yuh Shiwa; Kenji Yokota

  Microbiology resource announcements, 20 Jan. 2022, Peer-reviewed

  Access this paper :

  
• Effect of ZnO Nanoparticles on the Physical Properties of PLA/PBS Biocomposite Films

  Tongsai Jamnongkan; Aksaraphak Yosta; Budsakorn Thanesthakul; Masataka Sugimoto; Tomijiro Hara; Yumiko Takatsuka; Rattanaphol Mongkholrattanasit

  Materials Science Forum, Jun. 2021

  
• Green adsorbents for copper (II) biosorption from waste aqueous solution based on hydrogel-beads of biomaterials

  Tongsai Jamnongkan; Rattanaphol Mongkholrattanasit; Amnuay Wattanakornsiri; Piyada Wachirawongsakorn; Yumiko Takatsuka; Tomijiro Hara

  South African Journal of Chemical Engineering, Jan. 2021, Peer-reviewed

  
• Cooperative improvement in growth rate, red‐colour score and astaxanthin level of white‐leg shrimp by Bacillus strains originating from shrimp gut

  T.T. Nguyen; H.T. Nguyen; H.T.T. Pham; A.H. Nguyen; T.N. Phan; T. Hara; Y. Takatsuka; A.T.V. Nguyen

  Journal of Applied Microbiology, Jul. 2020, Peer-reviewed

  
• ポリ塩化ビフェニル類汚染地区に棲息する嫌気性微生物に関する調査

  高塚 由美子; 原 富次郎; 平野 竜行

  日本生物工学会大会講演要旨集, Aug. 2018

  
• 複合微生物触媒による生物的防除

  原 富次郎; 高塚 由美子; 西野 徳三

  日本生物工学会大会講演要旨集, Sep. 2015

  
• 高活性な遺伝子組換え型ポリ塩化ビフェニル分解複合微生物触媒の検討と評価

  高塚 由美子; 太田 茉莉紗; 原 富次郎

  日本生物工学会大会講演要旨集, Sep. 2015

  
• Towards novel wound dressings: antibacterial properties of zinc oxide nanoparticles and electrospun fiber mats of zinc oxide nanoparticle/poly(vinyl alcohol) hybrids

  Tongsai Jamnongkan; Sathish K. Sukumaran; Masataka Sugimoto; Tomijiro Hara; Yumiko Takatsuka; Kiyohito Koyama

  JOURNAL OF POLYMER ENGINEERING, Aug. 2015, Peer-reviewed

  
• Cadaverine Covalently Linked to the Peptidoglycan Serves as the Correct Constituent for the Anchoring Mechanism between the Outer Membrane and Peptidoglycan in Selenomonas ruminantium

  Seiji Kojima; Jun Kaneko; Naoki Abe; Yumiko Takatsuka; Yoshiyuki Kamio

  JOURNAL OF BACTERIOLOGY, May 2011, Peer-reviewed

  
• Cadaverine Covalently Linked to Peptidoglycan Is Required for Interaction between the Peptidoglycan and the Periplasm-Exposed S-Layer-Homologous Domain of Major Outer Membrane Protein Mep45 in Selenomonas ruminantium

  Seiji Kojima; Kyong-Cheol Ko; Yumiko Takatsuka; Naoki Abe; Jun Kaneko; Yoshifumi Itoh; Yoshiyuki Kamio

  JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Nov. 2010, Peer-reviewed

  
• Mechanism of recognition of compounds of diverse structures by the multidrug efflux pump AcrB of Escherichia coli

  Yumiko Takatsuka; Cheng Chen; Hiroshi Nikaido

  PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2010, Peer-reviewed, Lead author

  
• Covalently Linked Trimer of the AcrB Multidrug Efflux Pump Provides Support for the Functional Rotating Mechanism

  Yumiko Takatsuka; Hiroshi Nikaido

  JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Mar. 2009, Peer-reviewed, Lead author

  
• Occurrence of agmatine pathway for putrescine synthesis in Selenomonas ruminatium

  Shaofu Liao; Phuntip Poonpairoj; Kyong-Cheol Ko; Yumiko Takatuska; Yoshihiro YamaguchI'; Naoki Abe; Jun Kaneko; Yoshiyuki Kamio

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, Feb. 2008, Peer-reviewed

  
• Two segments in bacterial antizyme P22 are essential for binding and enhance degradation of lysine/ornithine decarboxylase in Selenomonas ruminantium

  Yoshihiro Yamaguchi; Yumiko Takatsuka; Yoshiyuki Kamio

  JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Jan. 2008, Peer-reviewed

  
• Site-directed disulfide cross-linking shows that cleft flexibility in the periplasmic domain is needed for the multidrug efflux pump AcrB of Eschetichia coli

  Yumiko Takatsuka; Hiroshi Nikaido

  JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Dec. 2007, Peer-reviewed, Lead author

  
• [Polyamine-containing peptidoglycan and the regulation of biosynthesis of polyamines by lysine/ornithine decarboxylase in Selnomonas ruminantium].

  Kamio Y; Yamaguchi Y; Takatsuka Y

  Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, Mar. 2007, Peer-reviewed

  
• Conformation of the AcrB multidrug efflux pump in mutants of the putative proton relay pathway

  Chih-Chia Su; Ming Li; Ruoyu Gu; Yumiko Takatsuka; Gerry McDermott; Hiroshi Nikaido; Edward W. Yu

  JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Oct. 2006, Peer-reviewed

  
• Threonine-978 in the transmembrane segment of the multidrug efflux pump AcrB of Escherichia coli is crucial for drug transport as a probable component of the proton relay network

  Yumiko Takatsuka; Hiroshi Nikaido

  JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Oct. 2006, Peer-reviewed, Lead author

  
• Characterization of a counterpart to mammalian ornithine decarboxylase antizyme in prokaryotes

  Y Yamaguchi; Y Takatsuka; S Matsufuji; Y Murakami; Y Kamio

  JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2006, Peer-reviewed

  
• Identification of a 22-kDa protein required for the degradation of Selenomonas ruminantium lysine decarboxylase by ATP-dependent protease

  Y Yamaguchi; Y Takatsuka; Y Kamio

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, Jun. 2002, Peer-reviewed

  
• Gene cloning and molecular characterization of lysine decarboxylase from Selenomonas ruminantium delineate its evolutionary relationship to ornithine decarboxylases from eukaryotes

  Y Takatsuka; Y Yamaguchi; M Ono; Y Kamio

  JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Dec. 2000, Peer-reviewed, Lead author

  
• 偏性嫌気性細菌 Selenomonas ruminantium のリジン脱炭酸酵素に関する研究

  髙塚由美子

  博士学位論文（東北大学）, 2000, Peer-reviewed, Lead author, Last author, Corresponding author

  
• Identification of the amino acid residues conferring substrate specificity upon Selenomonas ruminantium lysine decarboxylase

  Y Takatsuka; T Tomita; Y Kamio

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, Oct. 1999, Peer-reviewed, Lead author

  
• Novel characteristics of Selenomonas ruminantium lysine decarboxylase capable of decarboxylating both L-lysine and L-ornithine

  Y Takatsuka; M Onoda; T Sugiyama; K Muramoto; T Tomita; Y Kamio

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, Jun. 1999, Peer-reviewed, Lead author

  
• Characterization of a second lysine decarboxylase isolated from Escherichia coli

  Y Kikuchi; H Kojima; T Tanaka; Y Takatsuka; Y Kamio

  JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Jul. 1997, Peer-reviewed

  

Misc.

• Development of the composite microbial catalysis for polychlorinated biphenyls degradation

  鈴木 貫; 高塚 由美子; 原 富次郎

  地下水・土壌汚染とその防止対策に関する研究集会講演集, 19 Jun. 2014

  
• Ultrasonically generated microbubble with oxygen up-modulates the catalytic reaction of the biphenyl dioxygenase over-expressed bacterial formulation

  Hara Tomijiro; Makuta Toshinori; Takatsuka Yumiko; Sano Katsunori; Niikuni Tokio

  Symposium on Environmental Engineering, 2013

  
• 3P-119 Composite ratio of biphenyl dioxygenase-overexpressed bacterial formulations seems to influence on the catalytic activity of polychlorinated biphenyl degradation

  Hara Tomijiro; Takatsuka Yumiko

  日本生物工学会大会講演要旨集, 2013

  
• 好気性細菌によるポリ塩化ビフェニル無害化研究と山形における実用化の将来展望

  原富次郎; 高塚由美子

  産業と環境, Oct. 2012, Invited

  
• 殺菌性抗生物質の作用機構−活性酸素を介した共通の「一本道」が明らかに−

  高塚由美子

  生物工学会誌, Jun. 2009, Lead author, Last author, Corresponding author

  
• Mechanisms of RND multidrug efflux pumps

  Hiroshi Nikaido; Yumiko Takatsuka

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, May 2009

  
• ポリアミン結合型細胞壁をもつ細菌とその真核生物型ポリアミン合成制御機構

  神尾好是; 山口良弘; 高塚由美子

  蛋白質 核酸 酵素, 01 Mar. 2007

  
• Selenomonas ruminantiumにおけるlysine decarboxylaseの分解に必須なアミノ酸残基の同定

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会大会講演要旨集, 05 Mar. 2005

  
• 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumのアルギニン脱炭酸酵素遺伝子(adc)のクローニングと発現

  りょう紹富; 阿部直樹; 山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会大会講演要旨集, 05 Mar. 2005

  
• 原核生物に見出された分解促進因子P22は真核生物アンチザイムである

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会大会講演要旨集, 05 Mar. 2004

  
• 偏性嫌気性菌Selenomonas ruminantiumのポリアミン代謝とS‐アデノシルメチオニン脱炭酸酵素の解析

  矢吹知佳子; 山口良弘; 高塚由美子; 阿部直樹; 神尾好是

  日本農芸化学会大会講演要旨集, 05 Mar. 2004

  
• Molecular dissection of the Selenomonas ruminantium cell envelope and lysine decarboxylase involved in the biosynthesis of a polyamine covalently linked to the cell wall peptidoglycan layer

  Y Takatsuka; Y Kamio

  BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, Jan. 2004, Lead author

  
• Selenomonas ruminantium におけるリジン脱炭酸酵素のATP依存性プロテアーゼによる分解に必須な22-kDaタンパク質の同定

  山口 良弘; 高塚 由美子; 神尾 好是

  日本農芸化学会誌, 01 Jan. 2004

  
• 定常期初期に引き起こされる急激なリジン脱炭酸酵素の分解の解析と分解促進因子遺伝子のクローニング

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  生化学, 25 Dec. 2003

  
• 定常期初期に引き起こされる急激なリジン脱炭酸酵素の分解の解析と分解促進因子遺伝子のクローニング

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会大会講演要旨集, 05 Mar. 2003

  
• 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumにおけるリジン脱炭酸酵素の発現調節機構に関する研究

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会大会講演要旨集, 05 Mar. 2002

  
• 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumにおけるリジン脱炭酸酵素の発現制御機構に関する研究

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会東北支部大会プログラム・講演要旨集, 25 Jun. 2001

  
• 偏性嫌気性細胞Selenomonas ruminantiumのリジン脱炭酸酵素の基質特異性に寄与するアミノ酸残基の同定 (第2報)

  高塚由美子; 山口良弘; 神尾好是

  日本農芸化学会誌, 05 Mar. 2001

  
• 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumのリジン脱炭酸酵素に作用するプロテアーゼの探索

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会誌, 05 Mar. 2001

  
• Identification of the amino acid residnes conferring substrate specificity upon ┣DBSelenomonas(/)-┫DB ┣DBruminantium(/)-┫DB lysine decarboxylase(2)

  2001

  
• ルーメン細菌に存在する真核生物型リジン脱炭酸酵素 – 2種類のアミノ酸を認識する機能をもち真核生物オルニチン脱炭酸酵素と同起源 –

  高塚由美子; 山口良弘; 神尾好是

  化学と生物, Dec. 2000, Lead author

  
• ルーメン細菌に存在する真核型リジン脱炭酸酵素の2つの特性-2種類のアミノ酸を認識する機能と真核生物オルニチン脱炭酸酵素との進化的関係-

  ビタミンB₆酵素を楽しむ会(大阪), 2000

  
• Identification of the amino acid residues conferring substrate specificity upon ┣DBSelenomonas(/)-┫DB ┣DBruminantium(/)-┫DB lysine decarboxylase

  10th International Symposium on Vitamin B₆ and Carbonyl Catalysis and 4th Meeting on PQQ and Quinoproteins Abstracts, 1999

  
• Novel characteristics of ┣DBSelenomonas(/)-┫DB ┣DBruminantium(/)-┫DB lysine decarboxylase capable of decarboxylating both L-lysine and L-ornithine

  10th International Symposium on Vitamin B₆ and Carbonyl Catalysis and 4th Meeting on PQQ and Quinoproteins Abstracts, 1999

  
• Study on Selenomonas ruminantium lysine decarboxylase : regulation of expression and activity, and mechanism of the substrates recognition

  1999

  
• 偏性嫌気性細菌┣DBSelenomonas(/)-┫DB ┣DBruminantium(/)-┫DBのリジン脱炭酸酵素に関する研究--2つのアミノ酸を認識する本酵素の特性と遺伝子の解析

  ビタミンB6酵素を楽しむ会(京都), 1998

  
• Molecular cloning and sequence analysis of the gene encoding the lysine decarboxylase from ┣DBSelenomonas(/)-┫DB ┣DBruminantium(/)-┫DB

  1998

  
• Characterization of a second lysine decarboxylase isolated from Escherichia coli

  Y Kikuchi; H Kojima; T Tanaka; Y Takatsuka; Y Kamio

  JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Jul. 1997

  
• ルーメン内窒素代謝と生産性[3] – ルーメン細菌のペプチドグリカン結合ポリアミンとリジン脱炭酸酵素(共著)

  神尾好是; 高塚由美子

  畜産の研究, Sep. 1996

  
• Purification and characterization of lysine decarboxylase from ┣DBSelenomonas(/)-┫DB ┣DBruminantium(/)-┫DB ; The bifunctional enzyme

  1996 Tokyo International Symposium on Polyamines Abstracts, 1996

  
• Study on Antimutagenic substance contained in Coix lacryma-Jobi ┣DBLinnaeus(/)-┫DB var. ma-yuen ┣DBStapf(/)-┫DB (2)

  1996

  
• Polyamines covalently linked to peptidoglycan and Lysine decarboxylase of Rumen Bacteria

  Animal Husbandry, 1996

  
• Study on Antimutagenic substance contained in Coix lacryma-Jobi ┣DBLinnaeus(/)-┫DB var. ma-yuen ┣DBStapf(/)-┫DB

  1995

  
• Identification of the amina acid residues conferring substrate specificity upon ┣DBSelenomonas(/)-┫DB ┣DBruminantium(/)-┫DB lysine decarboxylase

  /,246

  

Presentations

• Rhizoctonia solani 菌糸融合群・亜群間におけるDRHS-AFP分泌性の違い

  山田麗; 高塚由美子; 中西梨奈; 原富次郎

  日本農芸化学会2024年度大会, 25 Mar. 2024

  
• 遺伝子組換え型DRHS-AFPの抗真菌活性の検討評価

  中西梨奈; 高塚由美子; 山田麗; 原富次郎

  日本農芸化学会2024年度大会, 25 Mar. 2024

  
• Elucidation of the novel competitive function between microorganisms of genus Rhizoctonia by genomic approach

  Shiwa, Y; T. Hara; Y. Takatsuka; K. Yokota

  The 14th International Symposium of Advanced Energy Science

  
• 微生物分泌性物質によるコーヒーベリー病防除の可能性

  尾道祐子; 高塚由美子; 横田健治; 原富次郎

  日本農芸化学会2023年度大会（広島）

  
• 子嚢菌門糸状菌に特異的に作用する新奇な 10 kDa 抗真菌蛋白質の単離

  川村祥太; 有馬圭汰; 高塚由美子; 山岸純一; 原富次郎

  日本農芸化学会2023年度大会（広島）

  
• 島根県大根島における薬用人参共生アーバスキュラー菌根菌の調査

  坂山ひなた; 高塚由美子; 米田基人; 近藤美弥; 松本真悟; 原富次郎

  日本農芸化学会2023年度大会（広島）

  
• Characterization of fengycin, cyclic lipopeptides, derived from Bacillus subtilis YAE51

  Emata, Y; T. Fujimaki; Y. Takatsuka; T. Hara; K. Yokota

  The International Society for Southeast Asian Agricultural Sciences (ISSAAS) International Seminar & Congress 2022

  
• Rhizoctonia solani D138株分泌酵素群による薬用ニンジン病害性糸状菌の成長阻害

  山岸純一; 高塚由美子; 川端千翔; 上野誠; 松本慎吾; 原富次郎

  第73回日本生物工学会大会（2021）

  
• The enzymes derived from Rhizoctonia solon inhibit the growth of rice infectious filamentous fungi

  原富次郎; 髙塚由美子; Da Xia; 関未央

  第71回日本生物工学会大会（2019）, Sep. 2019

  
• Recombinant bacterial catalysts are cooperatively capable of polychlorinated biphenyls degradation

  Takatsuka, Y; T. Hara

  ASM Microbe 2019, American Society for Microbiology (San Francisco, California, USA), Jun. 2019

  
• 微生物と酵素 －小さな働き者－

  高塚由美子

  第24回 京都大学エネルギー理工学研究所 公開講演会, 12 May 2019

  
• The investigation for anaerobic bacteria in sand-laden water from polychlorinated biphenyls-contaminated sites

  Yumiko Takatsuka; Tomijiro Hara; Tatsuyuki Hirano

  第70回日本生物工学会大会（2018）, 06 Sep. 2018

  
• Detoxification of endocrine disruptors by microbial enzymes

  Takatsuka, Y; T. Hara; E. Nakata; T. Morii

  The 8th International Symposium of Advanced Energy Science, Sep. 2017

  
• 変異型ビフェニルジオキシゲナーゼを用いたPCB分解特性改変の検討

  青澤理恵; 泉咲綾; 高塚由美子; 原富次郎; 中田栄司; 森井孝; 渡辺 誠也

  日本農芸化学会2017年度大会, 京都市, 2017.3.17-20, 2017

  
• 組み換えラッカーゼによるPCB分解の検討

  泉咲綾; 青澤理恵; 家藤治幸; 原富次郎; 高塚由美子; 中田栄司; 森井孝; 渡辺誠也

  日本農芸化学会2017年度大会, 京都市, 2017.3.17-20, 2017

  
• 抗糸状菌作用を示す微生物の単離とそのメカニズムの解析

  杉村祐哉; 高塚由美子; 横田健治; 西野徳三; 原富次郎

  日本農芸化学会2016年度大会（札幌）, Mar. 2016

  
• 複合微生物触媒による生物的防除

  原富次郎; 高塚由美子; 西野徳三

  第67回日本生物工学会大会（2015）（鹿児島）, Oct. 2015

  
• 高活性な遺伝子組換え型ポリ塩化ビフェニル分解複合微生物触媒の検討と評価

  高塚由美子; 太田茉莉紗; 原富次郎

  第67回日本生物工学会大会（2015）（鹿児島）, Oct. 2015

  
• Microbe world and its harmless technology of PCBs

  Hara, T; Y. Takatsuka

  The capacity building for staff and students in the bachelor of science program in chemistry (Kasetsart University, Sriracha Campus, Thailand), Aug. 2015, Invited

  
• Enzymatic composition of two different types of bacterial catalyst efficiently degrade polychlorinated biphenyls

  Hara, T; Y. Takatsuka

  ASM Microbe 2015 115th General meeting, American Society for Microbiology, 2015

  
• 山形県米沢市の高活性型ポリ塩化ビフェニル分解細菌の単離と bph オペロン解析

  太田茉莉紗; 高塚由美子; 櫻間晴子; 原富次郎

  日本農芸化学会2015年度大会（岡山）, Mar. 2015

  
• Monitoring method for polychlorinated biphenyls degradation by composite bacterial catalyst

  Hara, T; Y. Takatsuka; T. Makuta; S. Katakura; M. Nakazato

  International workshop on environment & engineering 2014, Nov. 2014

  
• Antibacterial response of PVA/ZnO nanoparticle electrospun fiber mats against Gram-negative and Gram-positive bacteria

  Jamnongkan, T; S. K. Sukumaran; M. Sugimoto; T. Hara; Y. Takatsuka; K. Koyama

  第66回日本生物工学会大会（2014）（札幌）, Sep. 2014

  
• ビフェニルジオキシゲナーゼサブタイプ複合型の細菌触媒によるポリ塩化ビフェニル類の分解

  西山亜紀; 高塚由美子; 片倉苑香; 大場好弘; 原富次郎

  日本農芸化学会2014年度大会（東京）, Mar. 2014

  
• ビフェニルジオキシゲナーゼ高発現細菌群の複合比変化によるポリ塩化ビフェニル類分解制御の検討

  原富次郎; 高塚由美子; 片倉苑香

  第65回日本生物工学会大会（2013）（広島）, Sep. 2013

  
• ビフェニルジオキシゲナーゼ高発現細菌製剤の超音波利用型マイクロバブルによる触媒反応制御

  原富次郎; 幕田寿典; 高塚由美子; 佐野克憲; 新國時生

  第23回環境工学総合シンポジウム2013（東京）, Jul. 2013

  
• リボソーム蛋白質L10をアダプターとするClpP型プロテアーゼによるリジン脱炭酸酵素の分解

  沼子仁志; 李耀召; 金子淳; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会2012年度大会（京都）, Mar. 2012

  
• 新規ポリ塩化ビフェニル分解細菌の単離

  室月祥枝; 田中俊也; 高塚由美子; 神尾好是; 原富次郎

  日本農芸化学会2012年度大会（京都）, Mar. 2012

  
• Selenomonas ruminantium におけるペプチドグリカン（PG）結合型カダベリンを介した外膜-PG間接着機構の解析

  児島征司; 高塚由美子; 阿部直樹; 金子淳; 神尾好是

  日本農芸化学会2011年度大会（京都）, Mar. 2011

  
• リボソーム蛋白質L10がアンチザイムとして作動するポリアミン合成制御機構の解明：ATP依存性プロテアーゼの探索

  沼子仁志; 成田-山田佐知子; 藤田信之; 金子淳; 神尾好是; 高塚由美子

  日本農芸化学会2011年度大会（京都）, Mar. 2011

  
• Selenomonas ruminantium におけるペプチドグリカン（PG）結合型カダベリンを介した外膜-PG間接着機構の解析

  児島征司; 高塚由美子; 阿部直樹; 金子淳; 神尾好是

  日本ポリアミン学会 第2回年会（宇都宮）, Jan. 2011

  
• 大腸菌の多剤排出トランスポーターAcrBの作動機構

  高塚由美子

  第１１回農芸化学会東北・北海道支部合同若手の会（岩沼）, Sep. 2010, Invited

  
• 大腸菌の多剤排出トランスポーターAcrBの作動機構

  高塚由美子

  ポリアミンと核酸の共進化 東京慈恵会医科大学 学外共同研究シンポジウム 第９回合同シンポジウム（東京）, 11 Sep. 2010, Invited

  
• Linked-trimer of multidrug exporter AcrB of Escherichia coli – a new tool for the investigation of transport mechanisms

  Takatsuka, Y; H. Nikaido

  THE 2008 BACTERIAL CELL SURFACES GORDON RESEARCH CONFERENCE, Jun. 2008

  
• Selenomonas ruminantium におけるリジン脱炭酸酵素の分解に必須なアミノ酸残基の同定

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本ポリアミン研究会 第20回研究発表会（仙台）, Jan. 2006

  
• 偏性嫌気性細菌 Selenomonas ruminantium のアルギニン脱炭酸酵素遺伝子（adc）のクローニングと発現

  廖紹富; 阿部直樹; 山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会2005年度大会（札幌）講演要旨集, 05 Mar. 2005

  
• Selenomonas ruminantiumにおけるlysine decarboxylaseの分解に必須なアミノ酸残基の同定

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会2005年度大会（札幌）講演要旨集, 05 Mar. 2005

  
• 偏性嫌気性菌Selenomonas ruminantiumのポリアミン代謝とS‐アデノシルメチオニン脱炭酸酵素の解析

  矢吹知佳子; 山口良弘; 高塚由美子; 阿部直樹; 神尾好是

  日本農芸化学会2004年度大会（広島）講演要旨集, 05 Mar. 2004

  
• 原核生物に見出された分解促進因子P22は真核生物アンチザイムである

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会2004年度大会（広島）講演要旨集, 05 Mar. 2004

  
• 偏性嫌気性細菌 Selenomonas ruminantium のポリアミン代謝と関連酵素S-アデノシルメチオニン脱炭酸酵素の解析

  矢吹千佳子; 山口良弘; 高塚由美子

  日本ポリアミン研究会 第19回研究発表会（札幌）, Feb. 2004

  
• Selenomonas ruminantium に見出されたリジン脱炭酸酵素の分解を促進する“22-kDaタンパク質”の諸性質

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本ポリアミン研究会 第19回研究発表会（札幌）, Feb. 2004

  
• Selenomonas ruminantium におけるリジン脱炭酸酵素のATP依存性プロテアーゼによる分解に必須な22-kDaタンパク質の同定

  山口 良弘; 高塚 由美子; 神尾 好是

  日本農芸化学会誌, 01 Jan. 2004, 公益社団法人 日本農芸化学会

  
• 定常期初期に引き起こされる急激なリジン脱炭酸酵素の分解の解析と分解促進因子遺伝子のクローニング

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会2003年度大会（東京）講演要旨集, 05 Mar. 2003

  
• 偏性嫌気性細菌 Selenomonas ruminantium のアルギニン脱炭酸酵素遺伝子のクローニング

  廖紹富; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会2003年度大会（東京）, 2003

  
• 定常期初期に引き起こされる急激なリジン脱炭酸酵素の分解の解析と分解促進因子遺伝子のクローニング

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本ポリアミン研究会 第18回研究発表会（東京）, Feb. 2003

  
• 偏性嫌気性細菌 Selenomonas ruminantium のアルギニン脱炭酸酵素の精製と諸性質の解明および遺伝子クローニング

  廖紹富; 高塚由美子; 神尾好是

  日本ポリアミン研究会 第18回研究発表会（東京）, Feb. 2003

  
• 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumにおけるリジン脱炭酸酵素の発現調節機構に関する研究

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会 2002 年度大会（仙台）講演要旨集, 05 Mar. 2002

  
• 偏性嫌気性細菌 Selenomonas ruminantium のアルギニン脱炭酸酵素の精製と諸性質の解明

  廖紹富; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会2002年度大会（仙台）, Mar. 2002

  
• 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantium におけるリジン脱炭酸酵素の発現制御機構に関する研究

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本ポリアミン研究会 第１７回研究発表会（東京）, Jan. 2002

  
• 偏性嫌気性細菌 Selenomonas ruminantium のリジン脱炭酸酵素は、真核生物オルニチン脱炭酸酵素と進化的同起源である

  高塚由美子; 山口良弘; 神尾好是

  ポリアミン研究会 第17回研究発表会 講演要旨集, Jan. 2002

  
• 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumにおけるリジン脱炭酸酵素の発現制御機構に関する研究

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会東北支部大会プログラム・講演要旨集, 25 Jun. 2001

  
• Gene cloning and molecular characterization of lysine decarboxylase from Selenomonas ruminantium delineate its evolutionary relationship to ornithine decarboxylase

  Takatsuka, Y; Y. Yamaguchi; M. Ono; Y. Kamio

  THE 2001 POLYAMINES GORDON RESEARCH CONFERENCE, Jun. 2001

  
• Discovery of antizyme for specific degradation of lysine decarboxylase in Selenomonas ruminantium

  Yamaguchi, Y; Y. Takatsuka; S. Matsufuji; Y. Kamio

  THE 2001 POLYAMINES GORDON RESEARCH CONFERENCE, Jun. 2001

  
• The presence of the protease for specific degradation of the lysine decarboxylase in Selenomonas ruminantium

  Yamaguchi, Y; Y. Takatsuka; S. Matsufuji; Y. Kamio

  THE 2001 POLYAMINES GORDON RESEARCH CONFERENCE, Jun. 2001

  
• 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumのリジン脱炭酸酵素に作用するプロテアーゼの探索

  山口良弘; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会2001年度大会（京都）, Mar. 2001

  
• 偏性嫌気性細菌 Selenomonas ruminantium のリジン脱炭酸酵素の基質特異性に寄与するアミノ酸残基の同定(第２報)

  高塚由美子; 山口良弘; 神尾好是

  日本農芸化学会2001年度大会(京都)講演要旨集, Mar. 2001

  
• 偏性嫌気性細菌 Veillonella parvula のジアミン合成酵素の検索と遺伝子のクローニング

  小野峰伸; 高塚由美子; 神尾好是

  日本農芸化学会2000年度大会（東京）, 2000

  
• 偏性嫌気性細菌 Selenomonas ruminantium のリジン脱炭酸酵素の基質特異性に寄与するアミノ酸残基の同定

  高塚由美子; 冨田敏夫; 神尾好是

  日本農芸化学会2000年度大会(東京)講演要旨集, 2000

  
• ルーメン細菌に存在する真核型リジン脱炭酸酵素の２つの特性─２種類のアミノ酸を認識する機能と真核生物オルニチン脱炭酸酵素との進化的関係─

  高塚由美子; 神尾好是

  ビタミンB6酵素を楽しむ会（大阪）, 30 Jun. 2000

  
• Novel characteristics of Selenomonas ruminantium lysine decarboxylase capable of decarboxylating both L-lysine and L-ornithine

  Kamio, Y; Y. Takatsuka; M. Onoda; T. Sugiyama; K. Muramoto; T. Tomita

  10th International Symposium on Vitamin B6 and Carbonyl Catalysis and 4th Meeting on PQQ and Quinoproteins, 1999

  
• Identification of the amino acid residues conferring substrate specificity upon Selenomonas ruminantium lysine decarboxylase

  Takatsuka, Y; T. Tomita; Y. Kamio

  10th International Symposium on Vitamin B6 and Carbonyl Catalysis and 4th Meeting on PQQ and Quinoproteins, 1999

  
• 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantium のリジン脱炭酸酵素の活性発現調節と基質認識機構

  高塚由美子; 冨田敏夫; 神尾好是

  日本農芸化学会1999年度大会(福岡)講演要旨集, Mar. 1999

  
• 偏性嫌気性細菌 Selenomonas ruminantium のリジン脱炭酸酵素に関する研究─２つのアミノ酸を認識する本酵素の特性と遺伝子の解析

  高塚由美子; 神尾好是

  ビタミンB6酵素を楽しむ会(京都), Aug. 1998

  
• 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantium のリジン脱炭酸酵素のクローニングと一次構造解析

  高塚由美子; 小野峰伸; 村本光二; 冨田敏夫; 神尾好是

  日本農芸化学会1998年度大会(名古屋)講演要旨集, Mar. 1998

  
• Purification and characterization of lysine decarboxylase from Selenomonas ruminantium; The bifunctional enzyme

  Takatsuka, Y; M. Onoda; K. Muramoto; Y. Kamio

  1996 TOKYO INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON POLYAMINES, Oct. 1996

  
• ハトムギ種子中に含まれる抗変異原活性に関する研究(第2報)

  高塚由美子; 阿部直樹; 菊池智子; 忍頂寺晃嗣; 冨田敏夫; 神尾好是

  日本農芸化学会1996年度大会(京都)講演要旨集, Apr. 1996

  
• ハトムギ種子中に含まれる抗変異原活性に関する研究

  高塚由美子; 阿部直樹; 菊池智子; 忍頂寺晃嗣; 神尾好是

  日本農芸化学会1995年度大会(札幌)講演要旨集, Aug. 1995

  

Books and Other Publications

• Site-directed disulfide cross-linking to probe conformational change of a transporter during its functional cycle: Escherichia coli AcrB multidrug exporter as an example. In Vitro Mutagenesis Protocols, Third Edition (Methods in Molecular Biology, Vol. 634), J. Braman (Ed.)

  Takatsuka, Y; H. Nikaido, Joint work

  Humana Press, 2010

  
• ポリアミンとルーメン微生物の膜構造. 新 ルーメンの世界. (共著)

  高塚由美子; 神尾好是, Joint work

  農文協, 2004, Not refereed

  

Industrial Property Rights

• 特願2023-026847, コーヒーベリー病防除剤

  原富次郎; 高塚由美子; 横田健治

  
• 特願2022-111133, 新規ポリペプチド、新規ポリヌクレオチド及びそれらの用途

  原富次郎; 高塚由美子; 山岸純一; 横田健治; 志波優

  
• 特許第6619557号, 特願2014-169560, 微生物触媒及びその使用

  原富次郎; 高塚由美子; 杉本昌隆; トンサイ・ジャモノンカン

  
• 特許7296110, 特願2019-136696, 抗菌剤、農薬、および微生物による植物伝染病害の防除方法

  原富次郎; 高塚由美子

  
• PCT/JP2017007903, Antifungal agent, pesticide, method for controlling plant disease by means of microorganism, and novel Bacillus subtilis

  Hara, T; Y. Takatsuka; Y. Sugimura; K. Yokota

  
• PCT/JP2016/042827, 微生物触媒によるポリ塩化ビフェニル類分解反応のモニタリング方法

  原富次郎; 幕田寿典; 高塚由美子; 片倉苑香; 中里雅一

  
• 特許第5930289号, 特願2012-046270, 新規微生物及びこれを用いるポリ塩化ビフェニルの分解方法

  原富次郎; 高塚由美子; 室月祥枝; 三嶋留璃子; 木島龍朗; 神尾好是; 田中俊也

  
• 特願2016-230230, ポリ塩化ビフェニル類またはダイオキシン類用分解剤およびポリ塩化ビフェニル類またはダイオキシン類の分解方法

  原富次郎; 高塚由美子

  
• 特願2016-056374, 改変ビフェニルジオキシゲナーゼ及びポリ塩化ビフェニル類を分解するためのその使用

  原富次郎; 高塚由美子

  
• 特願2016-042659, 抗菌剤、農薬、微生物による植物病害の防除方法、および新規バチルス・サブティリス

  原富次郎; 高塚由美子; 杉村祐哉; 横田健治

  
• 特願2014-233593, 微生物触媒によるポリ塩化ビフェニル類分解反応のモニタリング方法

  原富次郎; 幕田寿典; 高塚由美子; 片倉苑香; 中里雅一

  
• 特願2014-169561, ポリ塩化ビフェニル類分解用微生物触媒及びその組み合わせ

  原富次郎; 高塚由美子; 杉本昌隆; トンサイ・ジャモノンカン

  
• PCT/JP2014/057865, Combined composition for detoxifying polychlorinated biphenyls and process for producing the same

  Hara, T; Y. Takatsuka; T. Niikuni

  
• 特願2014-015750, ポリ塩化ビフェニル類分解用組成物及びポリ塩化ビフェニル類を無害化するためのその使用

  原富次郎; 高塚由美子; 片倉苑香; 西山亜紀

  
• 特許第6347315号, 特願2013-141383, 酸素添加酵素含有組成物の活性化方法並びにこれに基づく汚染物質の無害化方法及び装置

  原富次郎; 高塚由美子; 片倉苑香; 幕田寿典; 佐野克憲; 新國時生

  
• 特願2013-058850, ポリ塩化ビフェニル類無害化複合組成物ならびにその製造方法

  原富次郎; 高塚由美子; 新國時生

  

External funds: Kakenhi

• Challenge to dechlorinate polychlorinated biphenyls under aerobic conditions with an engineered reductive dehalogenase

  Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

  Medium-sized Section 64:Environmental conservation measure and related fields

  Kyoto University

  Yumiko Takatsuka

  From 29 Jun. 2018, To 31 Mar. 2021, Project Closed

  ポリ塩化ビフェニル;還元的脱塩素化酵素;遺伝子組換え細菌;ビタミンB12;Dehalococcoides;ポリ塩化ビフェニル類;新機能性酵素;好気条件下;金属結合型ビタミンB12

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K19881/
• Creation of novel aromatic-ring hydroxylating dioxygenase with extended substrate specificity toward polychlorinated biphenyls

  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

  Kyoto Gakuen University;Yamagata University

  Haruko Sakurama

  From 21 Oct. 2015, To 31 Mar. 2018, Project Closed

  ポリ塩化ビフェニル;芳香環水酸化ジオキシゲナーゼ;環境浄化

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15K00590/
• Biocontainment of genetically modified bacterium by programed bacterial cell death.

  Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

  Yamagata University

  TOMIJIRO HARA

  From 01 Apr. 2014, To 31 Mar. 2016, Project Closed

  コマモナス・テストステロニYAZ2株;分子育種;生物学的封じ込め;プログラム細菌細胞死;環境修復;ポリ塩化ビフェニル;コマモナ・ステストステロニ;ゲノム解析;バイオレメディエーション;遺伝子組み換え技術;拡散防止技術;人工微生物;遺伝子組換え微生物の非拡散;合成生物;C. testosteroni YAZ2株;ビフェニルジオキシゲナーゼ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26550066/
• Molecular basis for the maintenance of envelope integrity in Selenomonas ruminantium: Controlled mechanism of cadaverine biosynthesis which covalently links to the peptidoglycan

  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

  Shokei Gakuin College;Tohoku University;Yamagata University

  Yoshiyuki KAMIO

  From 01 Apr. 2011, To 31 Mar. 2014, Project Closed

  バクテリアアンチザイム;リボソーム蛋白質L-10;L10遺伝子;ポリアミン生合成制御機構;ペプチドグリカン結合型ポリアミン;ClpXP protease;ポリアミン合成制御;リジンオルニチン脱炭酸酵素;アンチザイム;Clp型セリンプロテアーゼ;カダベリン;リジン脱炭酸酵素;ClpPプロテアーゼ;ClpX;バクテリアアンチザイム P22;リボソーム蛋白質L10;Selenomonas ruminantium;バクテリアアンチザイムP22;C1pPプロテアーゼ;C1pX;ATP依存性セリンプロテアーゼ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23380046/
• リボソーム蛋白質が分解制御因子として機能する新規ポリアミン合成制御機構の解明

  Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

  Yamagata University

  高塚 由美子

  From 01 Apr. 2010, To 31 Mar. 2013, Declined

  Selenomonas ruminantium;リジン/オルニチン脱炭酸酵素;発現制御;ポリアミン;リボソーム蛋白質;ATP依存性プロテアーゼ;ClpXP;ATP 依存性プロテアーゼ;ClpP

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22780060/
• New regulation mechanism of polyamine biosynthesis mediated by ribosomal Protein, L10 as an antizyme

  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

  Shokei Gakuin College

  Yoshiyuki KAMIO

  From 01 Apr. 2008, To 31 Mar. 2011, Project Closed

  アンチザイム;リボソーム蛋白質L-10;L10遺伝子;ポリアミン生合成制御機構;ペプチドグリカン結合型ポリアミン;Selenomonas rumiantium;外膜たんぱく質Mep45;アンカー;ClpA;ClpX;超高熱細菌 Thermotoga maritima

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20380054/
• 高塩素置換型ポリ塩化ビフェニル類の還元的脱塩素化を大気下で実現させる

  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

  Basic Section 64020:Environmental load reduction and remediation-related

  Kyoto University

  高塚 由美子

  From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2025, Granted

  ポリ塩化ビフェニル類;還元的脱塩素化酵素;遺伝子組換え細菌;ビタミンB12;Dehalococcoides;網羅的細菌叢解析;網羅的細菌叢メタゲノム解析;ポリ塩化ビフェニル

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K12427/
• Rhizoctonia 属糸状菌由来の新奇な抗真菌性蛋白質の機能解明

  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

  Basic Section 38020:Applied microbiology-related

  Kyoto University

  高塚 由美子

  From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2028, Adopted

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25K08880/