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Kitabatake, Makoto

Institute for Life and Medical Sciences (LiMe) Assistant Professor

Kitabatake, Makoto
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    Last Updated :2025/12/19

    Basic Information

    Affiliated programs (koza)

    • Graduate School of Science, 生物科学専攻 生物物理学系, 助教

    Professional Memberships

    • 日本RNA学会
    • 日本分子生物学会

    Academic Degree

    • 修士（理学）(京都大学)
    • 博士（理学）(京都大学)

    Research History

    • From 2002, To 2004
      京都大学 研究員
    • From 2004
      - 京都大学 助手
    • From 2002, To 2002
      理化学研究所 リサーチアソシエイト
    • From 1999, To 2002
      理化学研究基礎科学 特別研究員
    • From 1998, To 1999
      イェール大学 特別研究員
    • From 1996, To 1998
      学術振興会 海外特別研究員（米国Yale大学）

    Language of Instruction

    • English

    ID,URL

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      Last Updated :2025/12/19

      Research

      Research Topics, Overview of the research

      • Research Topics

        Quality control mechanism of biomolecules

      • Overview of the research

        Proteins and RNAs in the cells often form a stable complex. An error in any components of a complex can kill the function of the complex. Using S. cerevisiae ribosome as a model, we are trying to reveal the molecular mechanism that eliminates such nonfunctional complexes from the cell.

      Research Interests

      • リボソーム
      • RNA
      • 品質管理
      • 分子認識
      • RNA
      • quality control

      Research Areas

      • Life sciences, Molecular biology

      Papers

      • Quick and affordable DNA cloning by reconstitution of Seamless Ligation Cloning Extract using defined factors.
        Alexander Y Liu; Hiroto Koga; Chihiro Goya; Makoto Kitabatake
        Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 03 May 2023
        Access this paper :
      • ISG20 and nuclear exosome promote destabilization of nascent transcripts for spliceosomal U snRNAs and U1 variants
        Takahito Kawamoto; Rei Yoshimoto; Ichiro Taniguchi; Makoto Kitabatake; Mutsuhito Ohno
        Genes to Cells, Jan. 2021, Peer-reviewed
      • Translational Control of Sox9 RNA by mTORC1 Contributes to Skeletogenesis
        Takashi Iezaki; Tetsuhiro Horie; Kazuya Fukasawa; Makoto Kitabatake; Yuka Nakamura; Gyujin Park; Yuki Onishi; Kakeru Ozaki; Takashi Kanayama; Manami Hiraiwa; Yuka Kitaguchi; Katsuyuki Kaneda; Takayuki Manabe; Yasuhito Ishigaki; Mutsuhito Ohno; Eiichi Hinoi
        Stem Cell Reports, 10 Jul. 2018, Peer-reviewed
        Access this paper :
      • Ribosomal protein uS7/Rps5 serine-223 in protein kinase-mediated phosphorylation and ribosomal small subunit maturation.
        Makoto Tomioka; Mitsugu Shimobayashi; Makoto Kitabatake; Mutsuhito Ohno; Yasunori Kozutsumi; Shogo Oka; Hiromu Takematsu
        Scientific reports, 19 Jan. 2018, Peer-reviewed
        Access this paper :
      • Transport Granules Bound with Nuclear Cap Binding Protein and Exon Junction Complex Are Associated with Microtubules and Spatially Separated from eIF4E Granules and P Bodies in Human Neuronal Processes.
        Dan O Wang; Kensuke Ninomiya; Chihiro Mori; Ayako Koyama; Martine Haan; Makoto Kitabatake; Masatoshi Hagiwara; Kazuhiro Chida; Shin-Ichiro Takahashi; Mutsuhito Ohno; Naoyuki Kataoka
        Frontiers in molecular biosciences, 2017, Peer-reviewed
      • Crt10 directs the cullin-E3 ligase Rtt101 to nonfunctional 25S rRNA decay
        Tomoko Sakata; Kotaro Fujii; Mutsuhito Ohno; Makoto Kitabatake
        BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, Jan. 2015, Peer-reviewed
        Access this paper :
      • Random mutagenesis of yeast 25S rRNA identify bases critical for 60S subunit structural integrity and function.
        Nemoto N; Udagawa T; Chowdhury W; Kitabatake M; Hiraishi H; Wang S; Singh CR; Brown SJ; Ohno M; Asano K
        Translation, Sep. 2013, Peer-reviewed
      • 40S subunit dissociation and proteasome-dependent RNA degradation in nonfunctional 25S rRNA decay
        Kotaro Fujii; Makoto Kitabatake; Tomoko Sakata; Mutsuhito Ohno
        EMBO JOURNAL, May 2012, Peer-reviewed
        Access this paper :
      • Site-specific incorporation of 4-Iodo-l-phenylalanine through opal suppression
        Koichiro Kodama; Hiroshi Nakayama; Kensaku Sakamoto; Seketsu Fukuzawa; Takanori Kigawa; Takashi Yabuki; Makoto Kitabatake; Koji Takio; Shigeyuki Yokoyama
        JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, Aug. 2010, Peer-reviewed
      • Insights into tRNA-Dependent Amidotransferase Evolution and Catalysis from the Structure of the Aquifex aeolicus Enzyme
        Jing Wu; Weishu Bu; Kelly Sheppard; Makoto Kitabatake; Suk-Tae Kwon; Dieter Soell; Janet L. Smith
        JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, Aug. 2009, Peer-reviewed
      • A role for ubiquitin in the clearance of nonfunctional rRNAs
        Kotaro Fujii; Makoto Kitabatake; Tomoko Sakata; Atsumi Miyata; Mutsuhito Ohno
        GENES & DEVELOPMENT, Apr. 2009, Peer-reviewed
      • [Quality control of ribosomal RNAs].
        M. Kitabatake; K. Fujii; M. Ohno
        Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 2009, Peer-reviewed
      • Protein synthesis in Escherichia coli with mischarged tRNA
        B Min; M Kitabatake; C Polycarpo; J Pelaschier; G Rraczniak; B Ruan; H Kobayashi; S Namgoong; D Soll
        JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Jun. 2003, Peer-reviewed
      • Escherichia coli glutamyl-tRNA reductase - Trapping the thioester intermediate
        S Schauer; S Chaturvedi; L Randau; J Moser; M Kitabatake; S Lorenz; E Verkamp; WD Schubert; T Nakayashiki; M Murai; K Wall; HU Thomann; DW Heinz; H Inokuchi; D Soll; D Jahn
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, Dec. 2002, Peer-reviewed
      • Site-specific incorporation of an unnatural amino acid into proteins in mammalian cells
        K Sakamoto; A Hayashi; A Sakamoto; D Kiga; H Nakayama; A Soma; T Kobayashi; M Kitabatake; K Takio; K Saito; M Shirouzu; Hirao, I; S Yokoyama
        NUCLEIC ACIDS RESEARCH, Nov. 2002, Peer-reviewed
      • Indolmycin resistance of Streptomyces coelicolor A3(2) by induced expression of one of its two tryptophanyl-tRNA synthetases
        M Kitabatake; K Ali; A Demain; K Sakamoto; S Yokoyama; D Soll
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, Jun. 2002, Peer-reviewed
      • A mutant Escherichia coli tyrosyl-tRNA synthetase utilizes the unnatural amino acid azatyrosine more efficiently than tyrosine
        F Hamano-Takaku; T Iwama; S Saito-Yano; K Takaku; Y Monden; M Kitabatake; D Soll; S Nishimura
        JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, Dec. 2000, Peer-reviewed
      • A dual-specificity aminoacyl-tRNA synthetase in the deep-rooted eukaryote Giardia lamblia
        S Bunjun; C Stathopoulos; D Graham; B Min; M Kitabatake; AL Wang; CC Wang; CP Vivares; LM Weiss; D Soll
        PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Nov. 2000, Peer-reviewed
      • Ancient adaptation of the active site of tryptophanyl-tRNA synthetase for tryptophan binding
        M Praetorius-Ibba; N Stange-Thomann; M Kitabatake; K Ali; Soll, I; CW Carter; M Ibba; D Soll
        BIOCHEMISTRY, Oct. 2000, Peer-reviewed
      • Cysteine biosynthesis pathway in the archaeon Methanosarcina barkeri encoded by acquired bacterial genes?
        M Kitabatake; MW So; DL Tumbula; D Soll
        JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Jan. 2000, Peer-reviewed
      • Cysteinyl-tRNA formation: the last puzzle of aminoacyl-tRNA synthesis
        T Li; DE Graham; C Stathopoulos; PJ Haney; H Kim; U Vothknecht; M Kitabatake; KW Hong; G Eggertsson; AW Curnow; W Lind; Celic, I; W Whitman; D Soll
        FEBS LETTERS, Dec. 1999, Peer-reviewed
      • Cloning of a gene from Escherichia coli that confers resistance to fosmidomycin as a consequence of amplification
        S Fujisaki; S Ohnuma; T Horiuchi; Takahashi, I; S Tsukui; Y Nishimura; T Nishino; M Kitabatake; H Inokuchi
        GENE, Oct. 1996, Peer-reviewed
      • Genetic analysis of functional connectivity between substrate recognition domains of Escherichia coli glutaminyl-tRNA synthetase
        M Kitabatake; M Ibba; KW Hong; D Soll; H Inokuchi
        MOLECULAR AND GENERAL GENETICS, Oct. 1996, Peer-reviewed
      • Cloning of a gene from Escherichia coli that confers resistance to fosmidomycin as a consequence of amplification
        S Fujisaki; S Ohnuma; T Horiuchi; Takahashi, I; S Tsukui; Y Nishimura; T Nishino; M Kitabatake; H Inokuchi
        GENE, Oct. 1996, Peer-reviewed
      • 10Sa RNA is associated with 70S ribosome particles in Escherichia coli
        Y Komine; M Kitabatake; H Inokuchi
        JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, Mar. 1996, Peer-reviewed
      • 10Sa RNA complements the temperature-sensitive phenotype caused by a mutation in the phosphoribosyl pyrophosphate synthetase (prs) gene in Escherichia coli
        H Ando; M Kitabatake; H Inokuchi
        GENES & GENETIC SYSTEMS, Feb. 1996, Peer-reviewed
      • A TRANSFER-RNA-LIKE STRUCTURE IS PRESENT IN 10SA RNA, A SMALL STABLE RNA FROM ESCHERICHIA-COLI
        Y KOMINE; M KITABATAKE; T YOKOGAWA; K NISHIKAWA; H INOKUCHI
        PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Sep. 1994, Peer-reviewed
      • A SIMPLIFIED METHOD FOR GENERATING STEP-WISE DELETIONS USING PCR
        M KITABATAKE; H INOKUCHI
        GENE, Jan. 1993, Peer-reviewed

      Misc.

      • 市販の酵素を混ぜるだけの相同組換えDNAクローニング
        Alexander Y. Liu; 古賀大翔; 合屋智尋; 北畠 真
        実験医学, Mar. 2024, Invited, Corresponding author
      • Development of a batch culture system that works for a long period of time, using a combination of quorum sensing, lysis system, and mechanism for recycling dead E. coli.
        Ryohei Ishibashi; Issei Mihara; Hayato Mitoma; Junnosuke Abe; Misaki Tsuchida; Taku Fukuoka; Ryu Sekikawa; Taiyo Hayashi; Montanez Marjana; Kento Kiriyama; Yuta Inagaki; Haru Okamoto; Shiko Kanai; Rei Suzawa; Taiki Odo; Knut Woltjen; Makoto Kitabatake
        MBSJ 2023, Dec. 2023, Corresponding author
      • Quick and affordable DNA cloning by reconstitution of Seamless Ligation Cloning Extract (SLiCE) using defined factors
        Alexander Y. Liu; Hiroto Koga; Chihiro Goya; Makoto Kitabatake
        MBSJ 2023, Dec. 2023, Corresponding author
      • 機能不全リボソーム品質管理機構25S NRDにおけるプロテアソーム標的タンパク質の探索
        浜島 りな; 酒井 朗恵; 藤井 耕太郎; 北畠 真; 大野 睦人
        第5回リボソームミーティング、新潟大学、9月13日ー9月14日, Sep. 2018
      • リボソームの品質管理25S NRDはリン酸化酵素CK2により制御されている
        北畠 真; 鎌田 宏美; 佐野 広大; 大野 睦人
        第5回リボソームミーティング、新潟大学、9月13日ー9月14日, Sep. 2018
      • 機能不全 25S rRNA 分解機構におけるプロテアソーム標的因子の探索
        浜島 りな; 酒井 朗恵; 藤井 耕太郎; 北畠 真; 大野 睦人
        第20回日本RNA学会、ホテルフクラシア大阪ベイ（大阪）、7月9日−7月11日, Jul. 2018
      • リボソームの品質管理におけるリン酸化酵素CK2の役割
        鎌田 宏美; 佐野 広大; 北畠 真; 大野 睦人
        第20回日本RNA学会、ホテルフクラシア大阪ベイ（大阪）、7月9日−7月11日, Jul. 2018
      • Novel factor involved in the quality control of eukaryotic ribosomes
        KITABATAKE Makoto
        4th Ribosome Meeting, Osaka Medical University, 9/17-9/18, 2016, Sep. 2016, Peer-reviewed
      • Selective ubiquitination and degradation of defective 60S particles
        Kitabatake, M; Sakata, T; Ohno, M
        RNA2016 satellite-symposium, Kyoto, Jun. 2016, Invited
      • A bridge that links an E3 ubiquitin ligase complex and nonfunctional 60S ribosomal particles.
        KITABATAKE Makoto; SAKATA Tomoko; OHNO Mutsuhito
        RNA2016、京都国際会議場、6月28日-7月2日, Jun. 2016, Peer-reviewed
      • Quality Control of Eukaryotic Ribosomes
        KITABATAKE Makoto
        18th Tokyo RNA Club, Jan. 2016, Peer-reviewed, Invited
      • 真核生物60Sリボソームの品質管理とストレス応答経路との関わり
        北畠真
        第3回リボソームミーティング、宮崎、3月17日-18日, Mar. 2015
      • Crt10 directs the cullin-E3 ligase Rtt101 to nonfunctional 25S rRNA decay
        Tomoko Sakata; Kotaro Fujii; Mutsuhito Ohno; Makoto Kitabatake
        BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, Jan. 2015, Peer-reviewed
        Access this misc :
      • 真核生物リボソームRNAの機能を検査し,不良品を分解する共通のメカニズム
        北畠真; 佐野広大; 坂田知子; 大野睦人
        第36回日本分子生物学会年会、神戸市、2013年12月4日, Dec. 2013
      • リボソームの機能調節と疾患 II.リボソームRNAの転写後修飾とアセンブリー II‐4 リボソームの品質管理機構~選択的分解から修復まで
        北畠真
        生化学, Oct. 2013, Invited
      • 真核生物リボソームの品質管理
        北畠真
        第2回リボソームミーティング、東京農工大、2013年3月29日, Mar. 2013
      • 40S subunit dissociation and proteasome-dependent RNA degradation in nonfunctional 25S rRNA decay
        Makoto Kitabatake; Kotaro Fujii; Tomoko Sakata; Mutsuhito Ohno
        The 9th International Conference on Ribosome Synthesis, Banff, August 22-26 ( 2012), Aug. 2012
      • 40S subunit dissociation and proteasome-dependent RNA degradation in nonfunctional 25S rRNA decay
        Makoto Kitabatake; Kotaro Fujii; Tomoko Sakata; Mutsuhito Ohno
        The 17th Annual Meeting of the RNA Society, Ann Arbor, May29-June3, 2012, Jul. 2012
      • 真核生物リボソームの品質管理に関わる新たな因子の探索
        佐野広大; 北畠真; 大野睦人
        第14 回日本RNA 学会年会、仙台市、2012 年7月18-20日, Jul. 2012
      • 機能不全リボソームRNA の分解においてたんぱく質分解経路の果たす役割
        北畠真; 藤井耕太郎; 坂田知子; 大野睦人
        第12 回 日本蛋白質科学会年会、名古屋市、2012年6月20-22日, Jun. 2012, Invited
      • 機能不全リボソームの分解に関わるE3ユビキチンリガーゼ複合体の解析
        坂田知子; 北畠真; 藤井耕太郎; 大野睦人
        第1回リボソームミーティング、広島市、2012 年3 月16 日, Mar. 2012
      • 機能不全RNA の分解においてクンパク質分解経路の果たす役割
        藤井耕太郎; 北畠真; 坂田知子; 酒井朗恵; 大野睦人
        第1回リボソームミーティング、広島市、2012 年3 月16 日, Mar. 2012
      • 真核生物リボソームの品質管理
        北畠真; 藤井耕太郎; 坂田知子; 酒井朗恵; 大野睦人
        第1回リボソームミーティング、広島市、2012 年3 月16 日, Mar. 2012
      • 真核生物におけるリボソームRNA の品質管理のメカニズム
        北畠真; 藤井耕太郎; 坂田知子; 酒井朗恵; 大野睦人
        第34 回日本分子生物学会年会, 横浜市,2011年12月13-16日, Dec. 2011
      • Nonfunctional rRNA decay functionally requires proteasome activity.
        Fujii K; Kitabatake M; Sakata T; Sakai T; Ohno M
        第34 回日本分子生物学会年会, 横浜市, 2011年12月13-16日, Dec. 2011
      • Characterization of a degradation intermediate of the nonfunctional ribosome.
        Sakai T; Fujii K; Kitabatake M; Ohno M
        第34 回日本分子生物学会年会, 横浜市, 2011年12月13-16日, Dec. 2011
      • Nonfunctional rRNA decay functionally requires proteasome activity.
        KITABATAKE Makoto
        NTU-JST Joint Meeting on RNA and Biofunctions-Asia Studies, Taiwan, Nov.10, 2011, Nov. 2011
      • Unraveling the Molecular Mechanism of Nonfunctional 25 S rRNA Decay: Proteasome-Dependent Step-wise Degradation of Mutant rRNAs in S. cerevisiae.
        Kitabatake M; Fujii K; Sakata T; Sakai T; Ohno M
        The 16th Annual Meeting of the RNA Society, Kyoto, Japan, Jun 14-19,2011., Jun. 2011
      • マウス細胞内における28S rRNA 上に生じた紫外線損傷の修復
        宮田淳美; 北畠真; 鈴木健夫; 小林洋平; 坂田知子; 米原伸; 森和俊; 鈴木勉; 大野睦人
        RNA フロンティア ミーティング2011 、大府市,2011 年8 月30 日-9 月1 日, 2011, Peer-reviewed
      • 真核生物における機能不全リボソームの選択的分解
        北畠真; 藤井耕太郎; 酒井朗恵; 坂田知子; 大野睦人
        第33回分子生物学会・第83回生化学会、神戸、2010, Dec. 2010, Invited
      • リボソームRNAの品質管理におけるユビキチンの役割~DNA修復との接点~
        北畠真; 藤井耕太郎; 坂田知子; 酒井朗恵; 大野睦人
        第39回日本環境変異原学会大会, Oct. 2010, Invited
      • 翻訳阻害剤等によるリボソーム複合体のユビキチン化の解析
        坂田知子; 北畠真; 大野睦人
        第12 回日本RNA 学会年会, 東京,2010 年7 月27-29 日, Jul. 2010
      • 機能不全リボソームが分解される仕組み
        北畠真; 藤井耕太郎; 酒井朗恵; 大野睦人
        第12 回日本RNA学会年会、東京、2010年7月27-29日, Jul. 2010
      • Distinct ubiquitinations of ribosomal particles caused by translation elongation inhibitors.
        Sakata T; Kitabatake M; Ohno M
        The 15th Annual Meeting of the RNA Society, University of Washington, Seattle Jun 22-26. 2010, Jun. 2010
      • Multistep RNA degradation mechanism in nonfunctional 25S rRNA decay.
        Fujii K; Kitabatake M; Ohno M
        The 15th Annual Meeting of the RNA Society, University of Washington, Seattle Jun 22-26. 2010, Jun. 2010
      • Biochemical purification and characterization of nonfunctional mutant ribosomes.
        Kitabatake M; Fujii K; Sakata T; Miyata A; Ohno M
        The 15th Annual Meeting of the RNA Society, University of Washington, Seattle Jun 22-26. 2010, Jun. 2010
      • Biosynthesis and quality control of ribosomes
        KITABATAKE Makoto
        実験医学, Jun. 2010, Invited
      • Selective Degradation of nonfunctional ribosomal particles.
        北畠真; 藤井耕太郎; 酒井朗恵; 大野睦人
        第12 回日本RNA 学会年会, 東京,2010年7 月27-29 日, 2010, Peer-reviewed
      • 機能不全rRNA の品質管理機構~ユビキチン-プロテアソーム系の関わり
        藤井耕太郎; 坂田知子; 宮田淳美; 北畠真; 大野睦人
        第82回生化学会, 神戸, 2009年12月9-12日, Dec. 2009
      • リボソームRNAの品質管理
        北畠真; 藤井耕太郎; 大野睦人
        蛋白質 核酸 酵素, Dec. 2009, Invited
      • リボソームRNAの品質管理におけるユビキチンの新たな役割
        北畠真; 藤井耕太郎; 坂田知子; 宮田淳美; 大野睦人
        第32回分子生物学会、横浜、2009, Sep. 2009, Invited
      • Selective degradation of nonfunctional ribosomal protein in S.cerevisiae.
        Sakata T; Kitabatake M; Fujii K; Miyata A; Ohno M
        The 8th International Conference on Ribosome Synthesis, Regensburg, Germany Aug 26-30, 2009, Aug. 2009
      • A Role for Ubiquitin in the Clearance of nonfunctional rRNAs
        Makoto Kitabatake; Kotaro Fujii; Tomoko Sakata; Atsumi Miyata; Mutsuhito Ohno
        The 14th Annual Meeting of the RNA Society, UW-Madison, 5/26-31, 2009, Jun. 2009
      • A role for ubiquitin in the clearance of nonfunctional rRNAs
        Kotaro Fujii; Makoto Kitabatake; Tomoko Sakata; Atsumi Miyata; Mutsuhito Ohno
        GENES & DEVELOPMENT, Apr. 2009
      • 出芽酵母における機能不全リボソーム蛋白質の選択的分解
        坂田知子; 北畠真; 大野睦人
        第31 回日本分子生物学会、神戸、2008 年12 月9-12 日, Dec. 2008
      • 出芽酵母におけるrRNAの品質管理機構
        藤井耕太郎; 北畠真; 大野睦人
        第30回日本分子生物学会、横浜、2007年12月11日-15日, Dec. 2007
      • A comprehensive analysis of miRNA expression during human cell cycle progression
        McCloskey A; Kitabatake M; Ohno M
        20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress, Kyoto, June 18-23,2006., Jun. 2006
      • 放線菌の持つ2つのトリプトファニルtRNA合成酵素 インドールマイシン耐性の分子機構
        北畠真; ALI K; DEMAIN A; 横山茂之; SOELL D
        第3回日本RNA学会, Aug. 2001
      • グルタミルtRNA合成酵素のグルタミン酸認識メカニズム
        北畠真; 関根俊一; 濡木理; 坂本健作; 横山茂之
        第23回日本分子生物学会、神戸市、2000年12月13日-16日, Nov. 2000
      • 放線菌トリプトファニルtRNA合成酵素のクローニングと解析 インドールマイシン耐性の分子機構
        北畠真; ALI K; DEMAIN A; 横山茂之; SOELL D
        第2回日本RNA学会, Jul. 2000
      • トリプトファニルtRNA合成酵素を標的とした抗生物質indolmycinの作用機構
        北畠真; YIN Y W; ALI K; IBBA M P; CARTER C W JR; SOELL D
        第1回日本RNA学会, Aug. 1999
      • 大腸菌dnaY株からの新奇な温度感受性変異株
        中野宏昭; 中屋敷徹; 北畠真; 井口八郎
        第19回日本分子生物学会、札幌、8月26日-30日, Aug. 1996
      • 10Sa RNAによる温度感受性変異の相補
        北畠真; 中屋敷徹; 中野宏昭; 井口八郎
        第19回日本分子生物学会、札幌、8月26日-30日, Aug. 1996
      • 10Sa RNAによって相補される大腸菌の温度感受性変異株
        中野宏昭; 北畠真; 中屋敷徹; 井口八郎
        第18回日本分子生物学会、名古屋、12月6日-9日, Dec. 1995
      • 大腸菌su+6とsu+1株からの新奇な温度感受性変異株
        井口八郎; 中野宏昭; 北畠真; 中屋敷徹
        第18回日本分子生物学会、名古屋、12月6日-9日, Dec. 1995
      • su+2 am tRNAGinに対するチャージング効率の変化した大腸菌グルタミニルtRNA合成酵素の変異株
        北畠真; 井口八郎
        第18回日本分子生物学会、名古屋、12月6日-9日, Dec. 1995
      • 大腸菌10Sa RNAの機能
        安東英明; 北畠真; 井口八郎
        第17回日本分子生物学会、神戸、12月13日-16日, Dec. 1994
      • 大腸菌グルタミニルtRNA合成酵素の遺伝学的解析
        北畠真; 井口八郎
        第17回日本分子生物学会、神戸、12月13日-16日, Dec. 1994
      • 大腸菌のヘミン透過性変異株の解析
        北畠真; 西村耕一; 井口八郎
        第17回日本分子生物学会、神戸、12月13日-16日, Dec. 1994
      • サプレッサーtRNAの成熟に関わる因子の研究
        北畠真; 井口八郎
        第16回日本分子生物学会、幕張、12月16日-19日, Dec. 1993
      • 大腸菌10SaRNAの機能
        安東英明; 北畠真; 井口八郎
        第16回日本分子生物学会、幕張、12月16日-19日, Dec. 1993

      Presentations

      • 出芽酵母のリボソーム合成経路における品質管理
        北畠 真
        第８８回酵母研究会, 05 Mar. 2021, Invited
      • 真核生物リボソームの品質管理に関わる新たな因子の探索
        北畠真
        国立遺伝学研究所研究会「単細胞システムの細胞構築・運動・増殖機構の研究」, 25 Mar. 2014
      • 40S Subunit Dissociation and Proteasome-dependent RNA Degradation in Nonfunctional 25S rRNA Decay
        Makoto Kitabatake; Kotaro Fujii; Tomoko Sakata; Mutsuhito Ohno
        The 22nd CDB Meeting RNA Sciences in Cell and Developmental Biology II, 11 Jun. 2012
      • Selective degradation of nonfunctional ribosomal RNAs mediated by the Ubiquitin-proteasome system.
        Kitabatake M; Fujii K; Sakata T; Miyata A; Ohno M
        The 19th CDB Meeting RNA Sciences in Cell and Developmental Biology, 10 May 2010
      • リボソームの品質管理における機能不全25S rRNA の分解
        酒井朗恵; 北畠真; 藤井耕太郎; 大野睦人
        RNA フロンティアミーティング2010、静岡、2010年9 月27-29 日, 2010
      • Functional Decay of Nonfunctional 25 S rRNA Requires Proteasome Activity.
        Fujii K; Sakata T; Kitabatake M; Miyata A; Ohno M
        The 16th East Asia Joint Conference on Biomedical Research. Kyoto, Japan. Sep 13-14, 2009 ・, 2009
      • Quality Control of Ribosomal RNAs in S.cerevisiae
        Fujii K; Kitabatake M; Sakata T; Ohno M
        The 6th International Student Seminar International Symposium Kyoto, Japan March 6, 2008., 2008

      Books and Other Publications

      • mRNAの制御機構の解明と治療薬・ワクチンへの活用
        技術情報協会, Contributor, 18節 リボソームの機能不全と細胞内での検出
        技術情報協会, Feb. 2023
        Find Kyoto University's collection of books :

      Media Coverage

      • 京大生が格安反応液開発
        京都新聞社, 「京都新聞」, 夕刊 第１面, 28 Jun. 2023, Paper
      • 安価で簡便なDNAクローニング技術、京都大学の学部生研究団体が開発
        ユニバースケープ株式会社, 「大学ジャーナルONLINE」, 研究成果, 28 May 2023, Internet
      • 京大、低コストで実行できるDNAクローニング技術
        角川アスキー総合研究所, 「MIT Technology Review Japan」, 23 May 2023, Internet
      • 新しいDNAクローニング技術の開発―京大学部生研究チームの発見が契機に―
        「日本の研究.com」, 17 May 2023, Internet

      External funds: Kakenhi

      • Substrate recognition system for quality control of eukaryotic ribosome
        Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
        Basic Section 43010:Molecular biology-related
        Kyoto University
        Kitabatake Makoto
        From 01 Apr. 2019, To 31 Mar. 2024, Project Closed
        リボソーム;品質管理;ユビキチン;RNA
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19K06487/
      • Recognition of ribosomes damaged by vero-toxin
        Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
        Kyoto University
        Makoto Kitabatake
        From 01 Apr. 2014, To 31 Mar. 2017, Project Closed
        リボソーム;品質管理;ユビキチン;RNA;ベロ毒素
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26440004/
      • Quality control system that monitors ribosomes damaged by verotoxin
        Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
        Kyoto University
        Makoto KITABATAKE
        From 01 Apr. 2012, To 31 Mar. 2014, Project Closed
        リボソーム;品質管理;RNA
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24657117/
      • リボソームの品質管理における機能不全ＲＮＡの認識メカニズム
        Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
        Biological Sciences
        Kyoto University
        北畠 真
        From 01 Apr. 2011, To 31 Mar. 2013, Project Closed
        リボソーム;品質管理;ユビキチン;RNA
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-23112710/
      • 機能不全リボソームRNAを選択的に認識する因子の同定
        Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
        Biological Sciences
        Kyoto University
        北畠 真
        From 01 Apr. 2009, To 31 Mar. 2011, Project Closed
        品質管理;リボソーム;RNA
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PUBLICLY-21112511/
      • 酵母リボソームRNAの品質管理機構の研究
        Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
        Kyoto University
        北畠 真
        From 01 Apr. 2006, To 31 Mar. 2008, Project Closed
        リボソーム;RNA;品質管理;DNA損傷
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18770151/
      • アミノアシルtRNA合成酵素を標的とした抗生物質に対する耐性メカニズム
        Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
        特殊法人理化学研究所
        北畠 真
        From 01 Apr. 2001, To 31 Mar. 2003, Project Closed
        抗生物質耐性;アミノアシレーション;tRNA;転写制御;放線菌;分子認識;アミノアシルtRNA合成酵素
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13771397/
      • リボソームの品質管理における機能不全分子の識別機構
        Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
        Basic Section 43010:Molecular biology-related
        Kyoto University
        北畠 真
        From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2025, Granted
        リボソーム;品質管理;ユビキチン
        https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06080/
      list
        Last Updated :2025/12/19

        Education

        Teaching subject(s)

        • From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2026
          ILAS Seminar
          Z001, Spring, Institute for Liberal Arts and Sciences, 2
        • From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
          ILAS Seminar
          Z001, Spring, Institute for Liberal Arts and Sciences, 2
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Introduction to Gene Expression
          9008, Fall, Graduate School of Science, 2
        • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
          Molecular Genetics I
          2704, Fall, Faculty of Science, 2
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Molecular Genetics I
          2704, Fall, Faculty of Science, 2
        • From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
          Introduction to Gene Expression
          9008, Fall, Graduate School of Science, 2
        • From Apr. 2013, To Mar. 2014
          The Front Line of Life Science Research I
          Spring, 全学共通科目
        • From Apr. 2014, To Mar. 2015
          The Front Line of Life Science Research I
          Spring, 全学共通科目
        • From Apr. 2015, To Mar. 2016
          The Front Line of Life Science Research I
          Spring, 全学共通科目
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Gene Expression Seminar IA
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Gene Expression Seminar IB
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Gene Expression Seminar IC
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Gene Expression Seminar ID
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Gene Expression Seminar IIA
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Gene Expression Seminar IIB
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Gene Expression Seminar IIC
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2016, To Mar. 2017
          Gene Expression Seminar IID
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Gene Expression Seminar IA
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Gene Expression Seminar IB
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Gene Expression Seminar IC
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Gene Expression Seminar ID
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Gene Expression Seminar IIA
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Gene Expression Seminar IIB
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Gene Expression Seminar IIC
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2017, To Mar. 2018
          Gene Expression Seminar IID
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Gene Expression Seminar IA
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Gene Expression Seminar IB
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Gene Expression Seminar IC
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Gene Expression Seminar ID
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Gene Expression Seminar IIA
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Gene Expression Seminar IIB
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Gene Expression Seminar IIC
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2018, To Mar. 2019
          Gene Expression Seminar IID
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Gene Expression Seminar IA
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Gene Expression Seminar IB
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Gene Expression Seminar IC
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Gene Expression Seminar ID
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Gene Expression Seminar IIA
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Gene Expression Seminar IIB
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Gene Expression Seminar IIC
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2019, To Mar. 2020
          Gene Expression Seminar IID
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Molecular Genetics I
          Fall, 理学部
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Gene Expression Seminar IA
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Gene Expression Seminar IB
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Gene Expression Seminar IC
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Gene Expression Seminar ID
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Gene Expression Seminar IIA
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Gene Expression Seminar IIB
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Gene Expression Seminar IIC
          Spring, 理学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Gene Expression Seminar IID
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2020, To Mar. 2021
          Introduction to Gene Expression
          Fall, 理学研究科
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Molecular Genetics I
          Fall, 理学部
        • From Apr. 2021, To Mar. 2022
          Introduction to Gene Expression
          Fall, 理学研究科

        Other educational achievements

        • As a supervisor of the undergraduate research group iGEM Kyoto, I have been supervising the research activities of the team: from 2013 as an advisor, from 2014 as an instructor and from 2016 as PI. 2016, 2019, 2021, 2023 and 2024 at the giant jamboree in Boston (or Paris), the team was a gold medal winner; in 2019, 2021, 2023 and 2024, in addition, the team was nominated to category award(s).
        list
          Last Updated :2025/12/19

          Administration

          School management (title, position)

          • From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2027
            京都大学化学物質専門委員会
          • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2025
            京都大学化学物質専門委員会
          • From 01 Apr. 2021, To 31 Mar. 2023
            京都大学化学物質専門委員会

          Faculty management (title, position)

          • From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2027
            医学図書館連絡委員会委員
          • From 01 Apr. 2023
            広報委員会　委員
          • From 01 Apr. 2024
            医生物学研究所　研究支援室　広報ユニット
          • From 01 Apr. 2024
            医生物学研究所　研究支援室　共同研究拠点推進ユニット
          • From 01 Apr. 2019
            化学物質管理委員会　委員長
          • From 01 Apr. 2019
            安全衛生委員会　委員
          • From 01 Apr. 2018, To 31 Mar. 2023
            共同利用機器等委員会　委員
          • From 01 Apr. 2010, To 31 Mar. 2012
            図書委員会　委員
          • From 01 Apr. 2011, To 31 Mar. 2012
            共同利用機器等委員会　委員
          • From 01 Apr. 2011, To 31 Mar. 2013
            化学物質管理委員会　委員
          • From 01 Apr. 2014, To 31 Mar. 2019
            共同利用機器等委員会　委員
          • From 01 Apr. 2013, To 31 Mar. 2015
            化学物質管理委員会　委員
          • From 01 Apr. 2015, To 31 Mar. 2017
            化学物質管理委員会　委員長
          • From 01 Apr. 2015, To 31 Mar. 2019
            安全衛生委員会　委員
          • From 01 Oct. 2016, To 31 Mar. 2018
            （旧ウイルス研）共同利用機器等委員会　委員
          • From 01 Oct. 2016, To Mar. 2018
            安全衛生委員会　委員
          • From 01 Oct. 2016, To 31 Mar. 2019
            化学物質管理委員会　委員

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