Honjo, Mie(Center for Ecological Research (CER)) | Activity Database on Education and Research, Kyoto University

Honjo, Mie

Center for Ecological Research (CER) Associate Professor

Last Updated :2026/04/25

Basic Information

Affiliated programs (koza)

Graduate School of Science, 生物科学専攻生態学講座, 准教授

Professional Memberships

The Phytopathological Society of Japan

Society of Evolutionary Studies, Japan

種生物学会

日本植物学会

日本生態学会

Academic Degree

修士（理学）(京都大学)

博士（理学）(京都大学)

Research History

From Apr. 2020, To Present
Kyoto University, Center for Ecological Research, 准教授

From 2014, To Mar. 2020
The University of Shiga Prefecture, 非常勤講師

From 2012, To Mar. 2020
Kyoto University, Center for Ecological Research, 研究員

From Aug. 2006, To Mar. 2012
Research Institute for Humanity and Nature Research Department, プロジェクト研究員

Last Updated :2026/04/25

Research

Research Topics, Overview of the research

Research Topics
Biological interactions, and its diversity and maintenance mechanism
Viral Ecology
Overview of the research
How are the interactions with the pathogen and herbivore surrounding plants regulated and diversified? I am studying how biological interactions are regulated using transcriptomic and epigenetic analysis, focusing on the function of "genes".
In particular, I am investigate the interaction between wild plants and viruses, and aim to elucidate the mechanism by which they coexist under seasonal environment. In addition, I am also working on the restoration of the virome over the past 100 years using Lake Biwa sediments.

Research Interests

陸水学

トランスクリプトーム

分子生態学

ウイルス

植物生態学

微生物生態学

Research Areas

Life sciences, Biodiversity and systematics, 微生物生態学

Life sciences, Plants: molecular biology and physiology, トランスクリプトミクス

Life sciences, Ecology and environmental science, 植物生態学

Environmental science/Agricultural science, Environmental dynamics

Papers

Interaction of plants and viruses in natural environments
Honjo, M. N.; Otsubo, M.; Kamitani, M.; Kudoh, H.
感染生理談話会論文集, 2025, Invited, Lead author, Corresponding author

Turnip Mosaic Virus Infection in a Perennial Arabidopsis Reduces Aphid Fecundity in the Natural Environment
Miyabi Otsubo; Haruki Nishio; Hiroshi Kudoh; Mie N. Honjo
Molecular Ecology, 14 Oct. 2025, Peer-reviewed, Last author, Corresponding author
Access this paper :

Coincidence of the threshold temperature of seasonal switching for diel transcriptomic oscillations and growth
Tomoaki Muranaka; Genki Yumoto; Mie N Honjo; Atsushi J Nagano; Ji Zhou; Hiroshi Kudoh
Plant and Cell Physiology, 07 Aug. 2025, Peer-reviewed
Access this paper :

Flower movement induced by weather-dependent tropism satisfies attraction and protection
Akari Shibata; Genki Yumoto; Hanako Shimizu; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh
Nature Communications, 03 May 2025, Peer-reviewed
Access this paper :

Cold suppresses virus accumulation and alters the host transcriptomic response in the turnip mosaic virus ̶ Arabidopsis halleri system.
Mie N Honjo; Naoko Emura; Mari Kamitani; Hiroshi Kudoh
Plant & cell physiology, 18 Jan. 2025, Peer-reviewed, Invited, Lead author, Corresponding author
Access this paper :

Circadian and environmental signal integration in a natural population of Arabidopsis
Haruki Nishio; Dora L. Cano-Ramirez; Tomoaki Muranaka; Luíza Lane de Barros Dantas; Mie N. Honjo; Jiro Sugisaka; Hiroshi Kudoh; Antony N. Dodd
Proceedings of the National Academy of Sciences, 22 Aug. 2024, Peer-reviewed
Access this paper :

Seasonal switching of integrated leaf senescence controls in an evergreen perennial Arabidopsis
Genki Yumoto; Haruki Nishio; Tomoaki Muranaka; Jiro Sugisaka; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh
Nature Communications, 07 Jun. 2024, Peer-reviewed
Access this paper :

Establishment success of alien Daphnia in the ancient Lake Biwa: insights from sedimentary archives
Narumi Tsugeki; Isana Hashimoto; Kai Nakane; Mie N. Honjo; Kimiko Uchii
Hydrobiologia, 10 Apr. 2024, Peer-reviewed

eDNA metabarcoding analysis reveals the consequence of creating ecosystem‐scale refugia from deer grazing for the soil microbial communities
Kohmei Kadowaki; Mie N. Honjo; Naoto Nakamura; Yoichiro Kitagawa; Masae I. Ishihara; Shunsuke Matsuoka; Yuuya Tachiki; Keitaro Fukushima; Shota Sakaguchi; Inoue Mizuki; Daisuke Fujiki; Masaru Sakai; Atsushi Takayanagi; Michimasa Yamasaki; Naoko Tokuchi; Daiki Takahashi; Koki Nagasawa; Kazutoshi Masuda
Environmental DNA, 28 Nov. 2023, Peer-reviewed
Access this paper :

Spatial epidemiology model can explain the seasonal dynamics of infectious disease Cyprinid herpesvirus 3 (CyHV-3) by thermoregulation behavior of the host, common carp (Cyprinus carpio)
Miki T; Yamanaka H; Sogabe A; Omori K; Saito Y; Minamoto T; Uchii K; Honjo MN; Suzuki AA; Kohmatsu Y; Kawabata Z
Theoretical Ecology, 2023, Peer-reviewed

Effects of fruit dimorphism on genetic structure and gene flow in the coastal shrub Scaevola taccada
Naoko Emura; Tomoaki Muranaka; Takaya Iwasaki; Mie N Honjo; Atsushi J Nagano; Yuji Isagi; Hiroshi Kudoh
Annals of Botany, 19 Dec. 2022, Peer-reviewed

Interspecific variation in ephippial size between Daphnia galeata and D. pulicaria in Lake Biwa, Japan.
Tsugeki NK; Honjo MN; Kuwae M
Limnology, 2021, Peer-reviewed, Lead author

Seasonality of interactions between a plant virus and its host during persistent infection in a natural environment.
Mie N Honjo; Naoko Emura; Tetsuhiro Kawagoe; Jiro Sugisaka; Mari Kamitani; Atsushi J Nagano; Hiroshi Kudoh
The ISME journal, Feb. 2020, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author
Access this paper :

Genet assignment and population structure analysis in a clonal forest-floor herb, Cardamine leucantha, using RAD-seq.
Michiaki Tsujimoto; Kiwako S Araki; Mie N Honjo; Masaki Yasugi; Atsushi J Nagano; Satoru Akama; Masaomi Hatakeyama; Rie Shimizu-Inatsugi; Jun Sese; Kentaro K Shimizu; Hiroshi Kudoh
AoB PLANTS, Feb. 2020, Peer-reviewed
Access this paper :

Altered stomatal patterning accompanies a trichome dimorphism in a natural population of Arabidopsis.
Simon NML; Sugisaka J; Honjo MN; Tunstad SA; Tunna G; Kudoh H; Dodd AN
Plant Direct, 2020, Peer-reviewed

Arabidopsis halleri: a perennial model system for studying population differentiation and local adaptation
Mie N Honjo; Hiroshi Kudoh
AoB PLANTS, 01 Nov. 2019, Peer-reviewed, Invited, Lead author
Access this paper :

Simplification of circadian rhythm measurement using species-independent time-indicated genes
Yusuke Tanigaki; Takanobu Higashi; Kotaro Takayama; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Ayumi Tezuka; Mari Kamitani; Hirokazu Fukuda
Current Plant Biology, 01 Sep. 2019, Peer-reviewed
Access this paper :

Seasonal Stability and Dynamics of DNA Methylation in Plants in a Natural Environment
Ito; Nishio; Tarutani; Emura; Honjo; Toyoda; Fujiyama; Kakutani; Kudoh
Genes, 17 Jul. 2019, Peer-reviewed

Publisher Correction: Annual transcriptome dynamics in natural environments reveals plant seasonal adaptation.
Atsushi J Nagano; Tetsuhiro Kawagoe; Jiro Sugisaka; Mie N Honjo; Koji Iwayama; Hiroshi Kudoh
Nature plants, Mar. 2019, Peer-reviewed

Annual transcriptome dynamics in natural environments reveals plant seasonal adaptation.
Nagano AJ; Kawagoe T; Sugisaka J; Honjo MN; Iwayama K; Kudoh H
Nature plants, Jan. 2019, Peer-reviewed

A Survey on Plant Viruses in Natural Brassicaceae Communities Using RNA-Seq.
Kamitani M; Nagano AJ; Honjo MN; Kudoh H
Microbial ecology, Oct. 2018, Peer-reviewed

Genetic differentiation in cauline-leaf-specific wettability of a rosette-forming perennial Arabidopsis from two contrasting montane habitats
Biva Aryal; Wataru Shinohara; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh
Annals of Botany, 08 Jun. 2018, Peer-reviewed

Phylogeographic analysis of the East Asian goldenrod (Solidago virgaurea complex, Asteraceae) reveals hidden ecological diversification with recurrent formation of ecotypes.
Shota Sakaguchi; Takuma Kimura; Ryuta Kyan; Masayuki Maki; Takako Nishino; Naoko Ishikawa; Atsushi J Nagano; Mie N Honjo; Masaki Yasugi; Hiroshi Kudoh; Pan Li; Hyeok Jae Choi; Olga A Chernyagina; Motomi Ito
Annals of botany, 05 Mar. 2018, Peer-reviewed

Phylogenetic relationships of Aurantioideae (Rutaceae) based on RAD-Seq
Yukio Nagano; Takashi Mimura; Nobuhiro Kotoda; Ryoji Matsumoto; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh; Masashi Yamamoto
Tree Genetics and Genomes, 01 Feb. 2018, Peer-reviewed

Growth and Environmental Change-Independent Genes Associated with Clock Gene TOC1 in Green Perilla
Tanigaki Y; Higashi T; Nagano AJ; Honjo MN; Fukuda H
Environmental Control in Biology, 2018, Peer-reviewed

Estimation of the circadian phase by oscillatory analysis of the transcriptome in plants
Mari Takeoka; Takanobu Higashi; Mie N. Honjo; Ayumi Tezuka; Atsushi J. Nagano; Yusuke Tanigaki; Hirokazu Fukuda
Environmental Control in Biology, 2018, Peer-reviewed

The Long-Term “In Natura” Study Sites of Arabidopsis halleri for Plant Transcription and Epigenetic Modification Analyses in Natural Environments
Hiroshi Kudoh; Mie N. Honjo; Haruki Nishio; Jiro Sugisaka
Methods in Molecular Biology, 2018, Peer-reviewed

First report of Pelargonium zonate spot virus from wild Brassicaceae plants in Japan
Mari Kamitani; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh
JOURNAL OF GENERAL PLANT PATHOLOGY, Sep. 2017, Peer-reviewed
Access this paper :

http://bsj.or.jp/jpn/general/bsj-review/BSJ-Review_8A_12-21.pdf
神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋
植物科学の最前線（BSJ-Review), Jul. 2017, Peer-reviewed

The population genomic signature of environmental association and gene flow in an ecologically divergent tree species Metrosideros polymorpha (Myrtaceae)
Ayako Izuno; Kanehiro Kitayama; Yusuke Onoda; Yuki Tsujii; Masaomi Hatakeyama; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Rie Shimizu-Inatsugi; Hiroshi Kudoh; Kentaro K. Shimizu; Yuji Isagi
MOLECULAR ECOLOGY, Mar. 2017, Peer-reviewed

Transcriptome analysis of a cultivar of green perilla (perilla frutescens) using genetic similarity with other plants via public databases
Yusuke Tanigaki; Takanobu Higashi; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hirokazu Fukuda
Environmental Control in Biology, 2017, Peer-reviewed

RAD-Seq analysis of typical and minor Citrus accessions, including Bhutanese varieties
Tshering Penjor; Takashi Mimura; Nobuhiro Kotoda; Ryoji Matsumoto; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh; Masashi Yamamoto; Yukio Nagano
BREEDING SCIENCE, Dec. 2016, Peer-reviewed

RNA-Seq reveals virus-virus and virus-plant interactions in nature
Mari Kamitani; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh
FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, Nov. 2016, Peer-reviewed
Access this paper :

Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil
Atsushi Hoshino; Vasanthan Jayakumar; Eiji Nitasaka; Atsushi Toyoda; Hideki Noguchi; Takehiko Itoh; Tadasu Shin-; Yohei Minakuchi; Yuki Koda; Atsushi J. Nagano; Masaki Yasugi; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh; Motoaki Seki; Asako Kamiya; Toshiyuki Shiraki; Piero Carninci; Erika Asamizu; Hiroyo Nishide; Sachiko Tanaka; Kyeung-Il Park; Yasumasa Morita; Kohei Yokoyama; Ikuo Uchiyama; Yoshikazu Tanaka; Satoshi Tabata; Kazuo Shinozaki; Yoshihide Hayashizaki; Yuji Kohara; Yutaka Suzuki; Sumio Sugano; Asao Fujiyama; Shigeru Iida; Yasubumi Sakakibara
NATURE COMMUNICATIONS, Nov. 2016, Peer-reviewed
Access this paper :

Circadian Oscillation of the Lettuce Transcriptome under Constant Light and Light-Dark Conditions
Takanobu Higashi; Koh Aoki; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hirokazu Fukuda
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, Jul. 2016, Peer-reviewed

Transcriptome Analysis of Plant Hormone-Related Tomato (Solanum lycopersicum) Genes in a Sunlight-Type Plant Factory (vol 10, e0143412, 2015)
Yusuke Tanigaki; Takanobu Higashi; Kotaro Takayama; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hirokazu Fukuda
PLOS ONE, Mar. 2016, Peer-reviewed

Truncated yet functional viral protein produced via RNA polymerase slippage implies underestimated coding capacity of RNA viruses
Yuka Hagiwara-Komoda; Sun Hee Choi; Masanao Sato; Go Atsumi; Junya Abe; Junya Fukuda; Mie N. Honjo; Atsushi J. Nagano; Keisuke Komoda; Kenji S. Nakahara; Ichiro Uyeda; Satoshi Naito
SCIENTIFIC REPORTS, Feb. 2016, Peer-reviewed
Access this paper :

Detection of Diurnal Variation of Tomato Transcriptome through the Molecular Timetable Method in a Sunlight-Type Plant Factory
Takanobu Higashi; Yusuke Tanigaki; Kotaro Takayama; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hirokazu Fukuda
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, Feb. 2016, Peer-reviewed
Access this paper :

High-throughput linkage mapping of Australian white cypress pine (Callitris glaucophylla) and map transferability to related species
Shota Sakaguchi; Takeshi Sugino; Yoshihiko Tsumura; Motomi Ito; Michael D. Crisp; David M. J. S. Bowman; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Masaki Yasugi; Hiroshi Kudoh; Yu Matsuki; Yoshihisa Suyama; Yuji Isagi
TREE GENETICS & GENOMES, Dec. 2015, Peer-reviewed

Transcriptome Analysis of Plant Hormone-Related Tomato (Solanum lycopersicum) Genes in a Sunlight-Type Plant Factory
Yusuke Tanigaki; Takanobu Higashi; Kotaro Takayama; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hirokazu Fukuda
PLOS ONE, Dec. 2015, Peer-reviewed
Access this paper :

Microbial communities on flower surfaces act as signatures of pollinator visitation
Masayuki Ushio; Eri Yamasaki; Hiroyuki Takasu; Atsushi J. Nagano; Shohei Fujinaga; Mie N. Honjo; Mito Ikemoto; Shoko Sakai; Hiroshi Kudoh
SCIENTIFIC REPORTS, Mar. 2015, Peer-reviewed
Access this paper :

Monitoring fish pathogenic viruses in natural lakes in Yunnan, China
Toshifumi Minamoto; Xiaoying Pu; Jie Xie; Yi Dong; Deyi Wu; Hainan Kong; Xiaoxia Yang; Teruhiko Takahara; Mie N. Honjo; Hiroki Yamanaka; Zen'ichiro Kawabata
LIMNOLOGY, Jan. 2015, Peer-reviewed

Detection of plant viruses in natural environments by using RNA-Seq.
Nagano AJ; Honjo MN; Mihara M; Sato M; Kudoh H
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2015, Peer-reviewed, Lead author

Effects of daily temperature fluctuation on the survival of carp infected with Cyprinid herpesvirus 3
Teruhiko Takahara; Mie N. Honjo; Kimiko Uchii; Toshifumi Minamoto; Hideyuki Doi; Takafumi Ito; Zen'ichiro Kawabata
AQUACULTURE, Sep. 2014, Peer-reviewed

Seasonal reactivation enables Cyprinid herpesvirus 3 to persist in a wild host population
Kimiko Uchii; Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Zen'ichiro Kawabata
FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, Feb. 2014, Peer-reviewed

Relationship between aquatic vegetation and water quality in the littoral zones of Lake Dian-chi and Lake Er-hai.
Xie J; Wu D; Chen X; Kong H; Pu X; Yang X; Minamoto T; Yamanaka H; Honjo M. N; Kawabata Z
Environmental Science & Technology [Wuhan] (in Chinese with English abstract)???, 2013, Peer-reviewed

Surveillance of fish species composition using environmental DNA
Toshifumi Minamoto; Hiroki Yamanaka; Teruhiko Takahara; Mie N. Honjo; Zen'ichiro Kawabata
LIMNOLOGY, Aug. 2012, Peer-reviewed

Nationwide Cyprinid herpesvirus 3 contamination in natural rivers of Japan
Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Hiroki Yamanaka; Kimiko Uchii; Zen'ichiro Kawabata
RESEARCH IN VETERINARY SCIENCE, Aug. 2012, Peer-reviewed

Reservoirs of Cyprinid herpesvirus 3 (CyHV-3) DNA in sediments of natural lakes and ponds
Mie N. Honjo; Toshifumi Minamoto; Zen'ichiro Kawabata
VETERINARY MICROBIOLOGY, Mar. 2012, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

Environment-KHV-carp-human linkage as a model for environmental diseases
Zen'ichiro Kawabata; Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Kimiko Uchii; Hiroki Yamanaka; Alata A. Suzuki; Yukihiro Kohmatsu; Kota Asano; Tomoaki Itayama; Tomoaki Ichijo; Koji Omori; Noboru Okuda; Masayuki Kakehashi; Masao Nasu; Kazuaki Matsui; Masatomi Matsuoka; Hainan Kong; Teruhiko Takahara; Deyi Wu; Ryuji Yonekura
ECOLOGICAL RESEARCH, Nov. 2011, Peer-reviewed

Stress response to daily temperature fluctuations in common carp, Cyprinus carpio L.
Teruhiko Takahara; Hiroki Yamanaka; Alata A. Suzuki; Mie N. Honjo; Toshifumi Minamoto; Ryuji Yonekura; Tomoaki Itayama; Yukihiro Kohmatsu; Takafumi Ito; Zen'ichiro Kawabata
HYDROBIOLOGIA, Oct. 2011, Peer-reviewed

Detection of cyprinid herpesvirus-3 DNA in lake plankton
Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Hiroki Yamanaka; Nobuyuki Tanaka; Tomoaki Itayama; Zen' ichiro Kawabata
RESEARCH IN VETERINARY SCIENCE, Jun. 2011, Peer-reviewed

Transmission dynamics of an emerging infectious disease in wildlife through host reproductive cycles
Kimiko Uchii; Arndt Telschow; Toshifumi Minamoto; Hiroki Yamanaka; Mie N. Honjo; Kazuaki Matsui; Zen'ichiro Kawabata
ISME JOURNAL, Feb. 2011, Peer-reviewed

Quantification of Cyprinid Herpesvirus 3 in Environmental Water by Using an External Standard Virus
Mie N. Honjo; Toshifumi Minamoto; Kazuaki Matsui; Kimiko Uchii; Hiroki Yamanaka; Alata A. Suzuki; Yukihiro Kohmatsu; Takaji Iida; Zen' ichiro Kawabata
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, Jan. 2010, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

Seasonal Distribution of Cyprinid Herpesvirus 3 in Lake Biwa, Japan
Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Zen'ichiro Kawabata
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, Nov. 2009, Peer-reviewed

Detection of cyprinid herpesvirus 3 DNA in river water during and after an outbreak
Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Kimiko Uchii; Hiroki Yamanaka; Alata A. Suzuki; Yukihiro Kohmatsu; Takaji Iida; Zen'ichiro Kawabata
VETERINARY MICROBIOLOGY, Mar. 2009, Peer-reviewed

Detection and significance of koi herpesvirus (KHV) in freshwater environments
Kazuaki Matsui; Mie Honjo; Yukihiro Kohmatsu; Kimiko Uchii; Ryuji Yonekura; Zen'ichiro Kawabata
FRESHWATER BIOLOGY, Jun. 2008, Peer-reviewed

Viral abundance and its related factors in a stratified lake
Mie Honjo; Kazuaki Matsui; Nobuyoshi Ishii; Masami Nakanishi; Zen'ichiro Kawabata
FUNDAMENTAL AND APPLIED LIMNOLOGY, 2007, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

Diversity of virus-like agents killing Microcystis aeruginosa in a hyper-eutrophic pond
M Honjo; K Matsui; M Ueki; R Nakamura; JA Fuhrman; Z Kawabata
JOURNAL OF PLANKTON RESEARCH, Apr. 2006, Peer-reviewed, Lead author, Corresponding author

Microcystis aeruginosaを殺すウイルス様因子の組成と殺藻能力に与える水温の影響
本庄三恵; 垣原登志子; CHOI Kwangsoon; 植木昌也; 川端善一郎
日本陸水学会講演要旨集, 2006

Use of the SYBR Green I fluorescent dye and a centrifugal filter device for rapid determination of dissolved DNA concentration in fresh water
K Matsui; N Ishii; M Honjo; Z Kawabata
AQUATIC MICROBIAL ECOLOGY, Jun. 2004, Peer-reviewed

Estimation of the fate of dissolved DNA in thermally stratified lake water from the stability of exogenous plasmid DNA
K Matsui; M Honjo; Z Kawabata
AQUATIC MICROBIAL ECOLOGY, Oct. 2001, Peer-reviewed

Experimental evaluation of plastic phenotypes as diagnostic characters between Cardamine fallax and C. occulta: Effects of seasonal environments on phenology and gross morphology
Honjo MN; Marhold K; Kudoh H
Acta Phytotaxonomica et Geobotanica., 2020, Peer-reviewed, Lead author

Misc.

コイにとっての岸辺環境の有用性とストレス回避のトレードオフ
高原輝彦; 山中裕樹; 鈴木新; 本庄三恵; 源利文; 米倉竜次; 板山朋聡; 神松幸弘; 伊東尚史; 川端善一郎
日本生態学会大会講演要旨集, 2011

環境水中の低密度ウイルスに対する濃縮システムの開発
田中伸幸; 板山朋聡; 源利文; 本庄三恵; 川端善一郎
日本水環境学会年会講演集, 2010

ウイルス状粒子の迅速濃縮法とKHVの検出
田中伸幸; 板山朋聡; 源利文; 本庄三恵; 川端善一郎
日本水環境学会年会講演集, 2008

Effects of overbrowsing by sika deer on soil microbial communities: a case study using large-scale deer exclusion fences
門脇浩明; 本庄三恵; 中村直人; 北川陽一郎; 石原正恵; 松岡俊将; 立木佑弥; 福島慶太郎; 阪口翔太; 井上みずき; 藤木大介; 境優; 高柳敦; 山崎理正; 徳地直子; 高橋大樹; 長澤耕樹; 増田和俊
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2023

クサトベラの種子散布に関わる果実二型の比較トランスクリプトーム解析
栄村奈緒子; 内貴章世; 梶田忠; 吉永新; 高部圭司; 本庄三恵; 工藤洋
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2018

形態観察と遺伝子発現解析によるクサトベラの果実二型の比較
栄村奈緒子; 内貴章世; 梶田忠; 吉永新; 高部圭司; 本庄三恵; 工藤洋
リグニン討論会講演集, 2017

A-29 プラスミドDNAを用いた湖における細胞外DNAの消長解析(水圏生態系,A会場,口頭発表)
松井一彰; 本庄三恵; 川端善一郎
日本微生物生態学会講演要旨集, 2001

04-068 Use of bacterial horizontal gene transfer event to characterize freshwater environments with different trophic status(Aquatic ecosystem)
Matsui Kazuaki; Honjo Mie; Kawabata Zen'ichiro; Uchii Kimiko
日本微生物生態学会講演要旨集, 2008

野生植物のウイルス感染に対する季節応答性
本庄三恵
第67回日本生態学会大会, Mar. 2020, Lead author

How clock works in the cold world?
村中智明; 本庄三恵; 川越哲博; 永野惇; 工藤洋
時間生物学, 2020

Genome-wide analysis of endangered plant species growing at the edge of the species distribution
芝林真友; 伊東拓朗; 國府方吾郎; 阿部篤志; 横田昌嗣; 遊川知久; 陶山佳久; 内貴章世; 栗田和紀; 永野惇; 本庄三恵; 井鷺裕司
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2020

Unravelling the virus diversity and host‐virus interaction in wild plants using RNA‐Seq
神谷麻梨; 神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋
日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 07 Aug. 2019

RNA‐Seqを用いたアブラナ科植物群集におけるウイルス感染の探索
神谷麻梨; 神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋
日本生態学会大会講演要旨(Web), 09 Feb. 2019

琵琶湖堆積物からの過去100年のウイルス叢復元の試み
本庄三恵; 槻木玲美; 加三千宣; 岡崎友輔; 木村成子; 吉田天士; 左子芳彦; 工藤洋
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2019

年周トランスクリプトームから見る植物の季節適応
永野惇; 川越哲博; 杉坂次郎; 本庄三恵; 岩山幸治; 工藤洋
日本植物生理学会年会(Web), 2019

ハクサンハタザオ自然集団における日周リズム遺伝子の検出とその季節変化
村中智明; 本庄三恵; 川越哲博; 永野惇; 工藤洋
日本植物生理学会年会(Web), 2019

長期感染における植物ウイルス-ホスト間相互作用の季節性
本庄三恵; 榮村奈緒子; 榮村奈緒子; 川越哲博; 杉阪次郎; 神谷麻梨; 神谷麻梨; 永野惇; 永野惇; 工藤洋
日本植物学会大会研究発表記録, 2019

ハクサンハタザオ自然集団における時計関連遺伝子の日内発現パターンの季節変化
村中智明; 本庄三恵; 川越哲博; 永野惇; 工藤洋
時間生物学, 05 Oct. 2018

季節的温度環境がもたらすウイルスー宿主の長期共存機構
本庄三恵; 永野惇; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 神谷麻梨; 工藤洋
日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 2018

遺伝子発現解析から見える多年生草本植物におけるウイルス‐宿主相互作用の季節動態
本庄三恵; 永野惇; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 栄村奈緒子; 神谷麻梨; 神谷麻梨; 工藤洋
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2018

自然条件におけるハクサンハタザオの遺伝子発現の日周変化とその季節変化
村中智明; 本庄三恵; 川越哲博; 永野惇; 工藤洋
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2018

植物ウイルスの生態学:RNA‐Seqを用いた検出と宿主‐ウイルス相互作用解析
神谷麻梨; 神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2018

ミカン亜科の分子系統解析
永野幸生; 三村高史; 古藤田信博; 松本亮司; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 山本雅史
園芸学研究別冊, 02 Sep. 2017

Growth and environmental change-independent genes associated with TOC1 in green perilla
TANIGAKI Yusuke; HIGASHI Takanobu; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; HONJO Mie N; FUKUDA Hirokazu; FUKUDA Hirokazu
日本生物環境工学会大会講演要旨, 30 Aug. 2017

特殊土壌への適応が促した森林植物の系統分化
阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 福島慶太郎; 成田あゆ; 山崎理正; 井鷺裕司; 伊藤元己
日本森林学会大会学術講演集, 26 Mar. 2017

北海道蛇紋岩地帯におけるアキノキリンソウの生態的種分化
阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 福島慶太郎; 成田あゆ; 山崎理正; 井鷺裕司; 伊藤元己
日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 05 Mar. 2017

異なる標高に生育するアキノキリンソウ(広義)は遺伝的に分化しているのか?―広域的・局所的スケールによる検証―
木村拓真; 阪口翔太; 伊藤元己; 本庄三恵; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 工藤洋; 牧雅之
日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 05 Mar. 2017

RNA-Seqを用いた野生植物内ウイルスの網羅的探索と宿主応答の解析
神谷麻梨; 神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋
日本生化学会大会(Web), 2017

RNA-Seq reveals hidden-interactions between wild plants and viruses
神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋
植物科学の最前線(Web), 2017

自然生態系での植物ウイルスと宿主遺伝子発現の季節変動
本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 神谷麻梨; 工藤洋
日本微生物生態学会大会(Web), 2017

ハワイフトモモにおける種内ニッチ多様化のゲノム解析
伊津野彩子; 北山兼弘; 小野田雄介; 辻井悠希; 永野惇; 本庄三恵; 畠山雅臣; 清水(稲継)理恵; 工藤洋; 清水健太郎; 井鷺裕司
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2017

早期開花性を獲得した蛇紋岩型アキノキリンソウの集団分化と局所適応
阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 福島慶太郎; 成田あゆ; 山崎理正; 井鷺裕司; 伊藤元己
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2017

野生オオムギと栽培オオムギにおける胚乳細胞壁の厚さに関する解析
最相大輔; 松島良; 本庄三恵; 八杉公基; 永野惇; 永野惇; 高萩航太郎; 高萩航太郎; 持田恵一; 持田恵一; 持田恵一; 武田真; 坂本亘
育種学研究, 24 Sep. 2016

ヒマラヤンライム等のブータンで発見した興味深いカンキツ遺伝資源
永野幸生; PENJOR Tshering; PENJOR Tshering; 三村高史; 古藤田信博; 松本亮司; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 山本雅史
園芸学研究別冊, 10 Sep. 2016

野生植物内のウイルス・宿主間,ウイルス種間相互作用をRNA‐Seqで観る
神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋
日本植物学会大会研究発表記録, 01 Sep. 2016

RNA‐seqを用いて見えてくる自然植物集団内でのウイルスの動態と宿主遺伝子発現の変動
本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 栄村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
日本植物学会大会研究発表記録, 01 Sep. 2016

RAD‐seq解析で明らかになったアキノキリンソウの土壌生態的種分化
阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 伊藤元己
日本植物学会大会研究発表記録, 01 Sep. 2016

RNA-Seq of wild Arabidopsis halleri reveals interaction of viruses and the host
KAMITANI Mari; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; HONJO Mie N; KUDOH Hiroshi
日本植物生理学会年会要旨集, 11 Mar. 2016

Seasonal replication of Turnip mosaic virus and its effect on host transcriptome under a natural environment
HONJO Mie N; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; KAWAGOE Tetsuhiro; KUDOH Hiroshi
日本植物生理学会年会要旨集, 11 Mar. 2016

ハワイフトモモの環境適応における遺伝的基盤のゲノムワイド解析
伊津野彩子; 北山兼弘; 小野田雄介; 辻井悠希; 畠山剛臣; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 清水(稲継; 理恵; 清水健太郎; 井鷺裕司
日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 05 Mar. 2016

屋久島ミニチュア植物・イッスンキンカの系統的起源と遺伝的多様性
阪口翔太; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 伊藤元己
日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 05 Mar. 2016

種子散布形質と遺伝子流動パターンに変異をもたらすクサトベラの果実二型
栄村奈緒子; 上田恵介; 傳田哲郎; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 井鷺裕司
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2016

著しい種内形質多様化による広域ニッチ獲得プロセスの解明
伊津野彩子; 北山兼弘; 小野田雄介; 辻井悠希; 永野惇; 手塚あゆみ; 本庄三恵; 工藤洋; 井鷺裕司
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2016

RNA‐Seqを用いたアブラナ科植物におけるウイルス・宿主相互作用の解析
神谷麻梨; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2016

野外における遺伝子発現量の予測
岩山幸治; 本庄三恵; 岩崎貴也; 永野惇; 永野惇
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2016

アキノキリンソウ土壌エコタイプにおける環境適応と生殖隔離
阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 伊藤元己
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2016

ゲノムワイド解析に基づくハワイフトモモの環境適応における遺伝的基盤の解明
伊津野彩子; 北山兼弘; 小野田雄介; 辻井悠希; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 井鷺裕司
日本植物学会大会研究発表記録, 01 Sep. 2015

キク科植物における土壌エコタイプの形成過程
阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 伊藤元己
日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 20 Aug. 2015

トピックモデルによる野外トランスクリプトームデータの解析
IWAYAMA YUKIHARU; HONJO MIE; IWASAKI TAKAYA; NAGANO ATSUSHI; NAGANO ATSUSHI; NAGANO ATSUSHI
電子情報通信学会技術研究報告, 16 Jun. 2015

オオムギ発芽時耐塩性のQTL解析
ITO HIROKI; SAISHO DAISUKE; HONJO MIE; YASUGI MASAKI; NAGANO ATSUSHI; TAKAHAGI KOTARO; MOCHIDA KEIICHI; SATO KAZUHIRO
育種学研究, 21 Mar. 2015

北海道蛇紋岩地帯におけるアキノキリンソウ属植物の土壌エコタイプ形成
SAKAGUCHI SHOTA; HORIE KENJI; ISHIKAWA NAOKO; NAGANO ATSUSHI; NAGANO ATSUSHI; HONJO MIE; KUDO HIROSHI; ITO MOTOMI
日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 05 Mar. 2015

高密度連鎖地図上でのヒノキ科Callitris属のゲノム分化推定
SAKAGUCHI SHOTA; SUGINO SO; CRISP MICHAEL; NAGANO ATSUSHI; NAGANO ATSUSHI; HONJO MIE; KUDO HIROSHI; TSUMURA YOSHIHIKO; ITO MOTOMI; ISAGI YUJI
日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 05 Mar. 2015

ゲノムワイドSNP解析に基づくハワイフトモモの環境適応における遺伝的基盤の解明
IZUNO AYAKO; KITAYAMA KANEHIRO; ONODA YUSUKE; TSUJII YUKI; UCHIYAMA KENTARO; NAGANO ATSUSHI; HONJO MIE; KUDO HIROSHI; ISAGI YUJI
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2015

分子フェノロジー:網羅的遺伝子発現の季節解析
KUDO HIROSHI; NAGANO ATSUSHI; KAWAGOE TETSUHIRO; HONJO MIE; SUGISAKA JIRO
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2015

クローン植物の優占ジェネットにおけるラメット生産様式:自然集団と移植実験による解析
TSUJIMOTO NORIAKI; ARAKI KIWAKO; YASUGI KOKI; HONJO MIE; NAGANO ATSUSHI; KUDO HIROSHI
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2015

RNA‐Seqを用いたアブラナ科植物内ウイルスの多様性の解明
KAMIYA MARI; NAGANO ATSUSHI; HONJO MIE; KUDO HIROSHI
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2015

海岸植物クサトベラにおける分散性果実二型の適応的意義について考える
EMURA NAOKO; UEDA KEISUKE; DENDA TETSUO; NAGANO ATSUSHI; HONJO MIE; KUDO HIROSHI; ISAGI YUJI
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2015

ハクサイ市販一代雑種品種“W77”における雑種強勢に関わるQTLの探索
ABE HIROSHI; KAWANABE TAKAHIRO; SAEKI NATSUMI; SHIMIZU MOTOKI; KONNO SHUHEI; NAGANO ATSUSHI; HONJO MIE; YASUGI MASAKI; KUDO HIROSHI; HATAKEYAMA KATSUNORI; MATSUMOTO SATOSHI; OKAZAKI KEIICHI; KAJI MAKOTO; FUJIMOTO RYU
育種学研究, 26 Sep. 2014

Phenotype/genotype association for pathogenesis of the pine wood nematode, Bursaphelenchus xylophilus
Tetsuro Kato; Akira Kaneko; Mie N. Honjo; Atsushi J. Nagano; Hiroshi Kudoh; Kazuki Mori; Taisei Kikuchi; Satoru Kuhara; Kazuyoshi Futai; Yuko Takeuchi
Japan-Korea Joint Symposium on Nematology 2014, Sep. 2014

RAD‐seqを用いたマツノザイセンチュウ組み換え近交系の重要形質関連遺伝子群の探索
KATO TETSURO; KANEKO AKIRA; HONJO MIE; YASUGI KOKI; NAGANO ATSUSHI; KUDO HIROSHI; MORI KAZUKI; KUHARA SATORU; TAKEUCHI YUKO
日本森林学会大会学術講演集(CD-ROM), 26 Mar. 2014

組み換え近交系を用いたマツノザイセンチュウにおける重要形質のゲノム解析
KATO TETSURO; KANEKO AKIRA; HONJO MIE; NAGANO ATSUSHI; KUDO HIROSHI; MORI KAZUKI; KIKUCHI TAISEI; KUHARA SATORU; FUTAI KAZUYOSHI; TAKEUCHI YUKO
日本応用動物昆虫学会大会講演要旨, 12 Mar. 2014

シロイヌナズナ近縁多年草の自然集団におけるトランスクリプトームの季節変動
NAGANO ATSUSHI; HONJO MIE; KAWAGOE TETSUHIRO; SUGISAKA JIRO; KUDO HIROSHI
日本植物生理学会年会要旨集, 11 Mar. 2014

亜高山帯林床に生育するクローナル植物Cardamine trifoliaのRAD‐seqによる遺伝的変異解析
ARAKI KIWAKO; TSUJIMOTO NORIAKI; NAGANO ATSUSHI; YASUGI KOKI; HONJO MIE; KUDO HIROSHI
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2014

クローナル植物コンロンソウ集団の遺伝構造と生活史形質におけるジェネット間差の解析
TSUJIMOTO MICHIAKI; ARAKI KIWAKO; YASUGI KOKI; HONJO MIE; NAGANO ATSUSHI; KUDO HIROSHI
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2014

ハワイフトモモの葉形質多型における遺伝的基盤をRNA‐seqにより解明する
IZUNO AYAKO; UENO MASAYOSHI; NAGANO ATSUSHI; ONODA YUSUKE; TSUJII YUKI; KITAYAMA KANEHIRO; HONJO MIE; KUDO HIROSHI; ISAGI YUJI
日本生態学会大会講演要旨(Web), 2014

野外植物集団における遺伝構造のRAD‐Seqによる解析
TSUJIMOTO NORIAKI; ARAKI KIWAKO; YASUGI KOKI; HONJO MIE; NAGANO ATSUSHI; KUDO HIROSHI
日本植物学会大会研究発表記録, 20 Aug. 2013

コイの行動性体温調節と環境水温の時空間的不均一性がコイヘルペスウイルス症の蔓延に与える影響について
山中裕樹; 曽我部篤; 大森浩二; 源利文; 三木健; 齋藤保久; 内井喜美子; 本庄三恵; 鈴木新; 神松幸弘; 川端善一郎
日本生態学会大会講演要旨集, 15 Mar. 2010

コイヘルペスウイルス感染症と人間の相互作用環
源利文; 本庄三恵; 内井喜美子; 山中裕樹; 鈴木新; 神松幸弘; 米倉竜次; 大森浩二; 白江祐介; 奥田昇; 川端善一郎
日本生態学会, 2010

野外におけるコイの行動性体温調節とその季節変化:コイヘルペスウイルス病蔓延時期との対応について
山中裕樹; 曽我部篤; 大森浩二; 源利文; 内井喜美子; 本庄三恵; 鈴木新; 神松幸弘; 川端善一郎
日本陸水学会大会講演要旨集, 10 Sep. 2009

Presentations

Turnip mosaic virus infection increases resource allocation in flowers of perennial Arabidopsis
大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵
第73回日本生態学会大会, 13 Mar. 2026

Epigenetic molecular memory enables robust phenological regulation
工藤洋; 西尾治幾; 湯本原樹; 清水華子; 本庄三恵
第73回日本生態学会大会, 13 Mar. 2026, Invited

Seasonal control of defense readiness via histone modification in plants
本庄三恵; 小澤理香; 西尾治幾; 松井健二; 髙林純示; 工藤洋
第73回日本生態学会大会, 13 Mar. 2026, Invited

森林型・海浜型ジャニンジンの全ゲノム解読と比較解析により局所適応の遺伝的基盤の探索
佐川千理; 木下舞香; 内藤健; 本庄三恵; 工藤洋; 植村知博; 由良敬; 岩崎貴也
第25回日本植物分類学会, 06 Mar. 2026

塩ストレス栽培実験と遺伝子発現解析によるジャニンジン野生系統の海浜環境適応の解明
木下舞香; 中嶋菜月; 本庄三恵; 工藤洋; 岩崎貴也
日本植物分類学会第25回大会, 06 Mar. 2026

RNA-seqから見る野生植物とウイルスの相互作用とその季節性
本庄三恵
環境ウイルス研究部会拡大研究交流会「多様性を超えるウイルス研究の最前線」, 02 Mar. 2026

自然環境下における植物のストレス応答遺伝子の発現に対するウイルス感染の影響
本庄三恵; 工藤洋
第57回種生物学シンポジウム, 20 Dec. 2025

Reduction of aphid fecundity by turnip mosaic virus infection in perennial Arabidopsis
大坪雅; 西尾治幾; 工藤洋; 本庄三恵
第57回種生物学シンポジウム, Dec. 2025

Field transcriptome reveals persistent interactions between virus and plant host in a seasonal environment
Honjo MN
International Symposium-Bridging Multi-omics and Ecology, 02 Dec. 2025, Invited

Weather-dependent tropism satisfies pollinator attraction and floral protection in a perennial Arabidopsis flower
Hiroshi Kudoh; Akari Shibata; Hanako Shimizu; Mie N. Honjo
Cold Spring Harbor Asia Conference on Plant Reproductive Development and Genomics, 19 May 2025, Invited

積雪域と非積雪域に生育するハクサンハタザオの越冬環境およぼす生理状態の比較
一甲アレクサンドラ愛美子; 湯本原樹; 杉坂次郎; 大坪雅; 本庄三恵; 工藤洋
第25回日本植物分類学会, 06 Mar. 2025

環境RNA検出のためのRNA結合タンパク質を用いた新規技術開発の可能性
本庄三恵
環境DNA・環境RNA研究の新たな挑戦, 15 Dec. 2020, Invited

ウイルス長期感染による宿主植物の環境応答性の変化
吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵
東北植物学会第15回大会, 12 Dec. 2025

ウイルス感染によるアントシアニン蓄積阻害は冬季ストレス耐性に影響を与えるのか？
本庄三恵; 吉田直史; 工藤洋
日本植物学会第89回大会, 18 Sep. 2025

ウイルス感染が宿主ハクサンハタザオの低温+強光ストレス耐性の誘導速度低下を引き起こす
吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵
日本植物学会第89回大会, 18 Sep. 2025

葉寿命可塑性の季節スイッチング
工藤洋; 湯本原樹; 西尾治幾; 村中智明; 杉阪次郎; 本庄三恵
日本植物学会第89回大会, 18 Sep. 2025, Invited

アブラナ科常緑多年草ハクサンハタザオの季節依存的な葉寿命制御におけるヒストン修飾解析
湯本原樹; 西尾治幾; 本庄三恵; 工藤洋
日本植物学会第89回大会, 18 Sep. 2025

シロイヌナズナ近縁種の野外トランスクリプトームから見出した季節性温度応答遺伝子STTPの機能
守屋健太; 清水華子; 上原晋; 杉阪次郎; 得津隆太郎; 嶋田知生; 相原悠介; 深城英弘; 野元美佳; 多田安臣; 石崎公庸; 本庄三恵; 工藤洋
日本植物学会第89回大会, 18 Sep. 2025

季節応答性エンハンサー領域の探索
清水華子; 西尾治幾; 本庄三恵; 工藤洋
日本植物学会第89回大会, Sep. 2025

ハクサンハタザオ自然集団の毎週トランスクリプトームから見出した季節応答性遺伝子STTPの機能
守屋健太; 清水華子; 杉阪次郎; 相原悠介; 深城英弘; 石崎公庸; 松林嘉克; 本庄三恵; 工藤洋
第42回日本植物バイオテクノロジー学会（神戸）大会

自然⽣態系における植物とウイルスとの相互作用
本庄三恵
令和７年度（第59回）植物感染⽣理談話会, 04 Sep. 2025, Invited

Turnip mosaic virus infection suppresses aphid fecundity by altering physiology of its host, Arabidopsis helleri
Miyabi Otsubo; Haruki Nishio; Hiroshi Kudoh; Mie N Honjo
2025 Annual Conference of the Canadian Society for Ecology and Evolution, 09 Jul. 2025

Seasonality of virus-plant interaction during the long-term infection in a natural environment
Mie N Honjo; Naoko Emura; Mari Kamitani; Hiroshi Kudoh
2025 Annual Conference of the Canadian Society for Ecology and Evolution, 08 Jul. 2025

Effects of virus infection on winter-stress tolerance and anthocyanin accumulation in Arabidopsis halleri
Mie N Honjo; Naofumi Yoshida; Hiroshi Kudoh
The 72nd Annual Meeting of the Ecological Society of Japan, 17 Mar. 2025

Cessation of leaf senescence in winter and subsequent leaf fate in Arabidopsis halleri.
Genki Yumoto; Haruki Nishio; Tomoaki Muranaka; Jiro Sugisaka; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh
The 72nd Annual Meeting of the Ecological Society of Japan, 17 Mar. 2025, Invited

Turnip mosaic virus infection on Arabidopsis halleri suppresses aphid fecundity by altering host physiology in the natural habitat
Miyabi OTSUBO; Haruki NISHIO; Hiroshi KUDOH; Mie N HONJO
The 72nd Annual Meeting of the Ecological Society of Japan, 17 Mar. 2025

ハクサンハタザオ自然集団におけるウイルス感染が花形質と繁殖成功に与える影響
小茂尻真凜; 吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵
第72回日本生態学会大会, 17 Mar. 2025

Ten-year weekly transcriptome: Inter-annual variation of seasonal gene expression in Arabidopsis halleri subsp. gemmifera
工藤洋; 本庄三恵; 西尾治幾; 村中智明; 湯本原樹; 杉阪次郎
第72回日本生態学会大会, 15 Mar. 2025

An analysis of a novel temperature-responsive gene, STTP, identified from weekly field transcriptome data of Arabidopsis halleri subsp. gemmifera
Kenta C. Moriya; Hanako Shimizu; Susumu Uehara; Genki Yumoto; Jiro Sugisaka; Ryutaro Tokutsu; Tomoo Shimada; Mika Nomoto; Yasuomi Tada; Haruki Nishio; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh
第66回日本植物生理学会年会, 15 Mar. 2025

全ゲノムリシーケンスとメチローム解析によるジャニンジン野生系統の局所適応の解明
木下舞香; 佐川千理; 内藤健; 伊藤佑; 佐々木卓; 本庄三恵; 工藤洋; 植村知博; 由良敬; 岩崎貴也
第24回大会（高知）日本植物分類学会

ハクサンハタザオ自然集団でカブモザイクウイルス感染がアブラムシに与える影響とその介在遺伝子の探索
大坪雅
2024年度滋賀植物病理談話会, 28 Feb. 2025, Invited

Seasonal dependent switching of leaf senescence control in Arabidopsis halleri
Genki Yumoto; Haruki Nishio; Tomoaki Muranaka; Jiro Sugisaka; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh
British Ecological Society Annual Meeting 2024, 2024

常緑多年生草本におけるウイルス持続感染に対する季節適応, シンポジウム:植物の個性に基づく生存戦略
本庄三恵
第４７回日本分子生物学会年会, 29 Nov. 2024, Invited

ウイルス長期感染による宿主植物の環境応答性の変化
吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵
第20回京大植物縦横無尽の会ワークショップ

Seasonal dynamics of epigenome in a natural population of Arabidopsis halleri
Haruki Nishio; Tasuku Ito; Mie N. Honjo; Tomoaki Muranaka; Naoko Emura; Hanako Shimizu; Hiroshi Kimura; Taiko Kim To; Tetsuji Kakutani; Hiroshi Kudoh
1st Asia & Paciﬁc Bioinformatics Joint Conference

Establishment success of alien Daphnia in the ancient Lake Biwa: insights from sedimentary archives
Narumi Tsugeki; Isana Hashimoto; Kai Nakane; Mie N. Honjo; Kimiko Uchii
日本陸水学会第88回熊本大会

ウイルス長期感染による宿主植物の環境応答性の変化
吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵
植物生理若手の会, 27 Sep. 2024

Investigation of CaM and CML as stress tolerance candidate factors induced by GLVs
伊澤真由子; 本庄三恵; 工藤洋; 水谷正治; 杉本幸裕; 山内靖雄
第41回植物バイオテクノロジー学会

ハクサンハタザオの野外光応答の季節性
長谷あきら; 伊東杏花里; 杉阪次郎; 本庄三恵; 工藤洋
第24回日本光生物学協会年会

ハクサンハタザオにおける⽣育・繁殖ステージに応じた凍結耐性の標⾼分化
湯本原樹; 本庄三恵; 工藤洋
日本生態学会近畿地区会例会, 27 Jul. 2024

低温順化・脱順化過程での凍結耐性におけるハクサンハタザオ集団の標高分化
湯本原樹; 本庄三恵; 工藤洋
第71回日本生態学会大会

ウィルス感染によるハクサンハタザオのアントシアニン蓄積低下とストレス耐性への影響
本庄三恵; 吉田直史; 工藤洋
2024年度（第56回）種生物学シンポジウム, 07 Dec. 2024

ウィルス感染が多年生宿主ハクサンハタザオの花形質と繁殖成功に与える影響
小茂尻真凜; 吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵
2024年度（第56回）種生物学シンポジウム, 07 Dec. 2024

カブモザイクウィルス感染が多年生草本ハクサンハタザオの生存と繁殖様式に及ぼす影響
大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵
2024年度（第56回）種生物学シンポジウム, 07 Dec. 2024

ウィルス長期感染による宿主植物の環境応答性の変化
吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵
2024年度（第56回）種生物学シンポジウム, 07 Dec. 2024

自然環境下でのTurnip mosaic virus感染及びアブラムシに対するハクサンハタザオのトランスクリプトーム比較解析
大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵
令和6年度日本植物病理学会関西部会, 20 Sep. 2024

Suppression of anthocyanin accumulation and its effect on photosystem and freezing tolerance in Arabidopsis halleri by turnip mosaic virus infection
Honjo, N. M; Yoshida, N; Kudoh, H
令和６年度日本植物病理学会関西部会, 20 Sep. 2024

森林型・海浜型のジャニンジン種内系統についての全ゲノム解析による環境適応遺伝子候補の探索
佐川千里; 木下舞香; 内藤健; 本庄三恵; 工藤洋; 植村知博; 由良敬; 岩崎貴也
日本植物学会第88回大会, 16 Sep. 2024

天候依存的な花柄の屈性はポリネーター誘因と花の保護を両立させる
柴田あかり; 清水華子; 本庄三恵; 工藤洋
日本植物学会第88回大会, 14 Sep. 2024

季節環境下に見られる多年生草本ハクサンハタザオとカブモザイクウイルスの長期感染維持機構
本庄三恵
日本植物学会第88回大会, 14 Sep. 2024, Invited

植物ウイルスの感染が宿主環境応答性にもたらす影響
吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵
ニガウリの会, 28 Jul. 2024

カブモザイクウイルスの感染はハクサンハタザオのアブラムシに対する防御を向上させる
大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵
第65回日本植物生理学会年会, 18 Mar. 2024

低温はウイルスに対するハクサンハタザオの遺伝子発現応答を変化させ、病徴を緩和する
本庄三恵; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
第71回日本生態学会大会, 17 Mar. 2024

ウイルスに感染したハクサンハタザオの越冬：低温順化速度に生じる変化
吉田直史; 本庄三恵; 工藤洋
第71回日本生態学会大会, 17 Mar. 2024

Seasonal changes in tolerance to heat and freezing stress and responsiveness of gene expression in the evergreen herbaceous perennial Arabidopsis halleri.
Genki Yumoto, Shoko Tsuji, Mie N. Honjo, Hiroshi Kudoh
第65回日本植物生理学会年会

クサトベラの種子散布に関する果実二型が遺伝子流動に与える影響
榮村奈緒子; 吉村良; 村中智明; 岩崎貴也; 永野惇; 博田哲郎; 内貴章世; 梶田忠; 本庄三恵; 井鷺裕司; 工藤洋
第71回日本生態学会大会

比較ゲノム解析によるジャニンジン沖縄系統の海浜環境への適応メカニズムの解析
佐川千理; 内藤健; 本庄三恵; 工藤洋; 植村智博; 岩崎貴也
第23回日本植物分類学会

積雪の有無が植物葉面微生物群集に与える効果
Biva Aryal; 本庄三恵; 永野惇; 工藤洋
第55回種生物学シンポジウム, 25 Nov. 2023

ウイルス感染によるハクサンハタザオの低温応答性の変化
吉田直史; 本庄三恵; 工藤洋
第55回種生物学シンポジウム, 25 Nov. 2023

花の天気依存的な上下運動のメカニズムと適応的意義
柴田あかり; 清水華子; 本庄三恵; 工藤洋
第55回種生物学シンポジウム, 25 Nov. 2023

ハクサンハタザオへのカブモザイクウイルス感染はアブラムシ防御を向上させる
大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵
第55回種生物学シンポジウム, 25 Nov. 2023

アブラナ科植物ハクサンハタザオの野外光応答
長谷あきら; 伊東杏花里; 杉阪次郎; 本庄三恵; 工藤洋
第23回日本光生物学協会年会

Turnip mosaic virus alters plant defense and gene expression against aphids in Arabidopsis helleri
Otsubo M; Kudoh H; Honjo MN
IRN France-Japan Frontiers in Plant Biology 2023, 24 Oct. 2023

Cold temperature affects virus-induced growth inhibition and transcriptome response of Arabidopsis helleri
Honjo MN; Emura N; Kamitani M; Kudoh H
IRN France-Japan Frontiers in Plant Biology 2023, 24 Oct. 2023

季節環境下におけるウイルスの継続感染とその維持機構
本庄三恵
山口大学研究拠点群形成プロジェクト「植物ロバストネスの理解に基づく環境適応植物の創出」令和５年度シンポジウム, 21 Sep. 2023, Invited

葉の老化調節の冬季における停止
工藤洋; 湯本原樹; 尾治幾; 村中智明; 杉阪次郎; 本庄三恵
日本植物学会第87回大会

野外に生育するハクサンハタザオの光応答の季節性
長谷あきら; 伊東杏花里; 杉坂次郎; 本庄三恵; 工藤洋
日本植物学会第87回大会

自然環境下でカブモザイクウイルスのハクサンハタザオへの感染はアブラムシ個体数を減少させる
大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵
第3回オンラインシンポジウムPlant Microbiota Research Network (PMRN), 25 Aug. 2023, Invited

Seasonally distinct controls of leaf senescence in response to self-shading and sink demand in Arabidopsis helleri
Yumoto G; Muranaka T; Sugisaka J; Honjo MN; Kudoh H
The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research

Weather-dependent flower movement: the functions and mechanisms for downward-facing of flowers during rain
Shibata A; Shimizu H; Honjo MN; Kudoh H
The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research

Seasonality of virus-host interactions between Turnip mosaic virus and Arabidopsis halleri during the long-term infection in a natural environment
Honjo MN; Emura N; Kamitani M; Kudoh H
The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research, Invited

Effects of Turnip mosaic virus on Arabidopsis halleri-aphid interaction and the exploration of its causal genes in a natural environment
Otsubo M; Kudoh H; Honjo MN
The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research

Seasonal dynamics of epigenome in a natural population of Arabidopsis helleri
Nishio N; Ito T; Honjo MN; Muranaka T; Emura N; Shimizu H; Kimura H; To TK; Kakutani T; Kudoh H
The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research

Altitudinal genetic differentiation in the leaf wax-mediated flowering bud protection against frost in an early-spring flowering herb, Arabidopsis heller
Kudoh H; Yumoto G; Aryal B; Honjo MN; Sasaki-Sekimoto Y; Shinohara W; Ohta H
The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research, Invited

花の晴雨反転運動：雨天時に下を向く仕組み
柴田あかり; 本庄三恵; 工藤洋
第70回日本生態学会大会, 18 Mar. 2023

季節プライミング：ストレスに対する遺伝子発現応答における前歴環境の効果
工藤洋; 村中智明; 伊藤佑; 西尾治幾; 本庄三恵
第70回日本生態学会大会, 18 Mar. 2023

葉寿命のイン・ナチュラ研究：生育シーズンと越冬シーズンとで対照的な寿命制御
工藤洋; 湯本原樹; 西尾治幾; 村中智明; 杉阪次郎; 本庄三恵
第64回日本植物生理学会年会

ウイルス感染によるハクサンハタザオの成長阻害と遺伝子発現応答に対する低温の効果
本庄三恵; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
第64回日本植物生理学会年会

カブモザイクウイルスがハクサンハタザオ―アブラムシ相互作用に与える影響とその原因遺伝子の探索
大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵
第64回日本植物生理学会年会

常緑草本ハクサンハタザオの低温順化・脱順化過程を通した凍結耐性の標高生態型間比較
湯本原樹; 本庄三恵; 工藤洋
第64回日本植物生理学会年会

低温馴化に対する遺伝子発現応答における季節の効果
工藤洋; 村中智明; 伊藤佑; 西尾治幾; 本庄三恵
第54回種生物学会シンポジウム, 26 Nov. 2022

自然生態系における植物ーウイルス相互作用をRNA-seqで紐解く
本庄三恵
第11回近畿植物学会講演会, 19 Nov. 2022, Invited

カブモザイクウイルス感染が野生植物ハクサンハタザオ上のアブラムシ個体数に与える影響
大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵
令和4年度日本植物病理学会関西部会, 22 Sep. 2022

低温はハクサンハタザオでのカブモザイクウイルス増殖を抑制し遺伝子発現応答を変化させる
本庄三恵; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
令和4年度日本植物病理学会関西部会, 22 Sep. 2022

異なる温度環境がカブモザイクウイルス感染におけるハクサンハタザオの遺伝子発現応答に与える影響
本庄三恵; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
日本植物学会第86回大会, 19 Sep. 2022

環境ストレスに対する遺伝子発現応答における季節的前歴環境の効果
工藤洋; 村中智明; 伊藤佑; 西尾治幾; 本庄三恵
日本植物学会第86回大会, 18 Sep. 2022

成長期と越冬期にみられる対照的な自己被陰・シンク需要に対する葉寿命制御
湯本原樹; 村中智明; 杉阪次郎; 本庄三恵; 工藤洋
日本植物学会第86回大会, 17 Sep. 2022

ハクサンハタザオが野外で経験する光環境変動とそれに対する応答
長谷あきら; 伊東杏花里; 杉阪次郎; 本庄三恵; 工藤洋
日本植物学会第86回大会, 17 Sep. 2022

Determinants of leaf longevity of Arabidopsis halleriunder the seasonal environmental fluctuations
Yumoto G; Nishio H; Muranaka T; Sugisaka J; Honjo MN; Kudoh H
日本生態学会大会第69回全国大会, 15 Mar. 2022

Effects of trunip mosaic virus infection on the aphid preference of Arabdopsis halleri plants in a natural environment
Otsubo M; Kudoh H; Honjo MN
Plant Microbiota Research Network, 22 Aug. 2022

Gene regulation in ecological context: DNA methylation, chromatin modification, and RNA silencing「Transcriptome response of a host plant to viral infection in a natural environment」
HONJO MN
第69回日本生態学会大会, 18 Mar. 2022, Invited

RNA-seq reveals dynamics of biological interactions
本庄三恵
日本生態学会第68回全国大会, 17 Mar. 2021, Invited

常緑草本ハクサンハタザオの葉寿命の季節的可塑性および遺伝子発現解析
湯本原樹; 西尾治幾; 村中智明; 杉阪次郎; 本庄三恵; 工藤洋
第52回種生物学シンポジウム, Dec. 2020

多年生草本ハクサンハタザオにおける葉寿命は季節的な表現型可塑性を示す
湯本原樹; 西尾治幾; 村中智明; 杉阪次郎; 本庄三恵; 工藤洋
2020年度日本生態学会近畿地区会, 03 Dec. 2020

アブラナ科多年草の野外集団における通年日周トランスクリプトームによる遺伝子発現パターンの分類
村中智明; 本庄三恵; 工藤洋
日本植物学会第84回大会, 21 Sep. 2020

BrAD-seqによるハクサンハタザオの4年間季節トランスクリプトーム解析
本庄三恵; 村中智明; 杉阪次郎; 工藤洋
日本植物学会第84回大会, 21 Sep. 2020

常緑草本ハクサンハタザオの葉寿命における季節的表現型可塑性と枯死過程のRNA-seq解析
湯本原樹; 杉阪次郎; 村中智明; 本庄三恵; 工藤
日本植物学会第84回大会, 21 Sep. 2020

長期時系列データに基づく防御遺伝子の季節トランスクリプトーム解析
本庄三恵; 西尾治幾; 杉阪次郎; 工藤洋
日本植物学会第84回大会, 21 Sep. 2020

葉寿命の季節的可塑性におけるトランスクリプトーム解析
湯本原樹; 杉阪次郎; 村中智明; 本庄三恵
日本生態学会第67回全国大会

植物防御システムの季節プライミング
本庄三恵, 西尾治幾, 杉阪次郎, 工藤洋
日本生態学会第67回全国大会, 08 Mar. 2020

野生植物のウイルス感染に対する季節応答性シンポジウム「分子から探る生物の季節性：感知メカニズム、適応進化、生物間相互作用」
本庄三恵
日本生態学会第 67 回全国大会, 06 Mar. 2020, Invited

遺伝子の働きから見た植物の季節性
本庄三恵
2019年度植物分類学会講演会, 14 Dec. 2019, Invited

自然条件下における遺伝子発現パターンの分類.
村中智明; 本庄三恵; 工藤洋
第51 回種生物学シンポジウム, 07 Dec. 2019

常緑性草本ハクサンハタザオにおける葉寿命および寿命決定要因の季節変化．
湯本原樹; 杉阪次郎; 村中智明; 本庄三恵; 工藤洋
第51回種生物学シンポジウム, 07 Dec. 2019

季節プライミングは存在するのか？：植物の前歴環境がウイルス感染に与える効果．
本庄三恵・伊藤佑・村中智明・西尾治幾・榮村奈緒子・工藤洋
第51回種生物学シンポジウム, 07 Dec. 2019

Transcriptome analysis revealed a seasonality of plant-virus interaction during persisten infection in a natural environment.
Honjo MN; Emura N; Kawagoe T; Sugisaka J; Kamitani M; Nagano AJ; Kudoh H
Frontiers in plant environmental response research (Nagoya), 18 Nov. 2019

長期感染における植物ウイルスーホスト間相互作用の季節性
本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
2019年度（第8回）近畿植物学会講演会, 16 Nov. 2019

遺伝子発現から見た植物ウイルスーホスト間相互作用の季節性
本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
微生物研究会, 09 Nov. 2019

長期感染における植物ウイルス－ホスト間相互作用の季節性
本庄三恵; 榮村奈緒子; 川越哲博; 杉阪次郎; 神谷麻梨; 永野惇; 工藤洋
第83回大会日本植物学会, 16 Sep. 2019

季節的な前歴環境が植物のウイルス抵抗性に与える効果
本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
日本進化学会第21回大会, 07 Aug. 2019

RNA-Seqを用いたアブラナ科植物群集におけるウイルス感染の探索
神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋
第66回日本生態学会大会, 18 Mar. 2019

ミジンコ遺骸・DNA情報から紐解く琵琶湖生態系の変化：栄養カスケードに着目して
槻木(加) 玲美; 本庄三恵; 加三千宣; 早川和秀; 工藤洋
日本生態学会第66回全国大会

植物における季節的な前歴環境による直接・間接プライミング
本庄三恵; 村中智明; 西尾治幾; 栄村奈緒子; 伊藤佑; 工藤洋
第66回日本生態学会大会

琵琶湖堆積物からの過去100年のウイルス叢復元の試み
本庄三恵; 槻木玲美; 加三千宣; 岡崎友輔; 木村成子; 吉田天士; 左子芳彦; 工藤洋
第66回日本生態学会大会

季節環境がもたらすウイルスー宿主の長期共存機構
本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
第50回種生物学会

ハクサンハタザオとカブモザイクウイルスの相互作用における季節性
本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
近畿植物学会 2018 (京都), 17 Nov. 2018

季節的温度環境がもたらすウイルスー宿主の長期共存機構
本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
日本進化学会第20回大会

遺伝子発現解析から見える多年生草本植物におけるウイルスー宿主相互作用の季節動態
本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
日本生態学会第65回全国大会, 17 Mar. 2018

琵琶湖の過去100年にわたるミジンコ・ウイルス相解析の試み
槻木(加)玲美; 本庄三恵; 加三千宣
日本生態学会第65回全国大会

自然生態系での植物ウイルスと宿主遺伝子発現の季節変動
本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
環境微生物系学会合同大会2017 (仙台)

ハワイフトモモにおける種内ニッチ多様化のゲノム解析
伊津野彩子; 北山兼弘; 小野田雄介; 辻井悠希; 永野惇; 本庄三恵; 畠山雅臣; 清水(稲継) 理恵; 工藤洋; 清水健太郎; 井鷺裕司
日本生態学会第64回全国大会, 16 Mar. 2017

野生植物内のウイルス・宿主間、ウイルス種間相互作用をRNA-Seqで観る
神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋
日本植物学会第80回大会

RNA-Seqを用いて見えてくる自然植物集団内でのウイルスの動態と宿主遺伝子発現の変動
本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋
日本植物学会第80回大会, Invited

野生植物のRNA-Seqによるウイルス・ホスト相互作用の解明
神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋
第57回日本植物生理学会年会

ハワイフトモモの環境適応における遺伝的基盤のゲノムワイド解析
伊津野彩子; 北山兼弘小野田雄介; 辻井悠希; 畠山剛臣; 永野惇; 本庄三恵; 清水-稲継理恵; 工藤洋; 清水健太郎; 井鷺裕司
植物分類学会第15回大会

トピックモデルによる野外トランスクリプトームデータの解析
岩山幸治; 本庄三恵; 岩崎貴也; 永野惇
第103回MPS・第42回BIO合同研究発表会

海岸植物クサトベラにおける分散性果実二型の適応的意義について考える
栄村奈緒子; 上田恵介; 傳田哲郎; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 井鷺裕司
日本生態学会第62回全国大会, 19 Mar. 2015

RAD-seqを用いたマツノザイセンチュウ組み換え近交系の重要形質関連遺伝子群の探索
加藤徹朗; 金子彰; 本庄三恵; 八杉公基; 永野惇; 工藤洋; 森一樹; 久原哲; 竹内祐子
第125回日本森林学会大会

ニホングリにおけるRAD-Seqを利用した連鎖地図の構築とゲノムワイド関連解析
寺上伸吾; 本庄三恵; 工藤洋; 山本俊哉
NGS現場の会, 04 Sep. 2013

野外植物集団における遺伝構造のRAD-Seq による解析
辻本典顕; 荒木希和子; 八杉公基; 本庄三恵; 永野惇; 工藤洋
日本植物学会第77回大会, Sep. 2013

片岡奨励賞受賞講演「ウイルス生態学：水域から陸域へ」
本庄三恵
第53回種生物学シンポジウム, 04 Dec. 2021, Invited

ハクサンハタザオの４年間毎週トランスクリプトームからわかる自然条件下での遺伝子発現の特徴
工藤洋; 杉阪次郎; 本庄三恵
第53回種生物学シンポジウム, 04 Dec. 2021

自然条件下でのカブモザイクウイルス感染によるハクサンハタザオの死亡と遺伝子発現の関係
本庄三恵; 西尾治幾; 村中智明; 工藤洋
第53回種生物学シンポジウム, 04 Dec. 2021

RNA-seqで見る継続感染下での植物―ウイルス相互作用
本庄三恵
第17回京大植物縦横無尽の会ワークショップ, 12 Nov. 2021, Invited

Plant molecular phenology: transcriptome, epigenetics, and biological interactions
工藤洋; 湯本原樹; 杉阪次郎; 伊藤佑; 伊藤佑; 村中智明; 西尾治幾; 本庄三恵
日本生態学会第68回全国大会, Mar. 2021

多年草ハクサンハタザオにおける葉寿命の季節的可塑性および決定要因の解析
湯本原樹; 西尾治幾; 村中智明; 杉阪次郎; 本庄三恵; 工藤洋
日本生態学会第68回全国大会, Mar. 2021

Books and Other Publications

自然環境下における植物―ウイルス相互作用の季節性
本庄三恵, Single work
植物科学の最前線（BSJ-Review), 2025, Refereed

植物の行動生態学 : 感じて,伝えて,記憶し,応答する植物たち
種生物学会; 山尾, 僚; 川窪, 伸光, Contributor, 第８章植物の記憶：誘導防御とプライミング
文一総合出版, Jan. 2023, Refereed
Find Kyoto University's collection of books :

野生植物とウイルスの見えない相互作用をRNA-Seqで観る
神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋, Joint work
植物科学の最前線（BSJ-Review), 2017, Not refereed

Awards

2021
The Society for the Study of Species Biology, 15th Kataoka Prize
Japan, Japan society
Mie Honjo

External funds: Kakenhi

Development of a new assessment method using environmental DNA to elucidate the impact of global warming countermeasures on lake ecosystems
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Basic Section 63040:Environmental impact assessment-related
Matsuyama University
Narumi Tsugeki
From 01 Apr. 2021, To 31 Mar. 2024, Project Closed
堆積物DNA;動物プランクトン;琵琶湖;過去100年;遺伝的多様性;外来種;植物プランクトン;古陸水学;カイアシ類;温暖化;水位操作;近過去;環境DNA;湖沼;寄生者;環境変化;微生物
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K12273/

The roles and mechanisms of chromatin memory in the robust responses under flactuating environments
Grant-in-Aid for Specially Promoted Research
Biological Sciences
Kyoto University
工藤洋
From 18 May 2021, To 31 Mar. 2026, Granted
ヒストン修飾;H3K27me3;長期環境応答;エピジェネティクス;ハクサンハタザオ
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H04977/

シカ食害が招く森林衰退:植物土壌フィードバックに着目して
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Basic Section 40010:Forest science-related
Kyoto University
門脇浩明
From 01 Apr. 2021, To 31 Mar. 2026, Granted
多種共存;土壌細菌;真菌;植物土壌フィードバック;土壌微生物;メタバーコーディング;細菌;DNAメタバーコーディング;実生;樹木群集
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02233/

Challenge for the evaluation of the interaction between host plankton and its parasite in Lake Biwa during the past century
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Matsuyama University
Narumi Tsugeki
From 01 Apr. 2017, To 31 Mar. 2020, Project Closed
宿主プランクトン;過去100年;生物間相互作用;感染症;琵琶湖;環境変化;人間活動;水環境;プランクトン;ウイルス;宿主－寄生者;古生物;近過去;ミジンコ;古陸水学
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K00528/

Effect of suspended matter and its sediment on viral infection inaquatic ecosystems.
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Kyoto University;Research Institute for Humanity and Nature
Mie HONJO
From 01 Apr. 2008, To 31 Mar. 2012, Project Closed
ウィルス;コイヘルペスウィルス;懸濁物質;吸着;検出法;水域生態系;琵琶湖;堆積物;ウイルス;コイヘルペスウイルス
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20710013/

植物が揮発性化合物刺激を「記憶」し、次の刺激で「想起」するメカニズムの解明
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Basic Section 38030:Applied biochemistry-related
Yamaguchi University
松井健二
From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2027, Granted
揮発性物質;誘導抵抗性;エピゲノミクス;プライミング
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23H02140/

ウイルスの持続感染に対する植物の繁殖戦略
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Basic Section 45040:Ecology and environment-related
Kyoto University
本庄三恵
From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2027, Granted
繁殖戦略;ハクサンハタザオ;ウイルス感染;カブモザイクウイルス;開花時期;花数;種子繁殖;栄養繁殖;ウイルス;生態系
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K09617/

植物が揮発性化合物刺激を「記憶」し、次の刺激で「想起」するメカニズムの解明
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Basic Section 38030:Applied biochemistry-related
Yamaguchi University
松井健二
From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2027, Granted
香り受容;プライミング;みどりの香り;トウモロコシ;セイタカアワダチソウ;揮発性物質;誘導抵抗性;エピゲノミクス;構造活性相関
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K26833/

シカ食害が招く森林衰退:植物土壌フィードバックに着目して
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Basic Section 40010:Forest science-related
Kyoto University
門脇浩明
From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2026, Granted
植物土壌フィードバック;多種共存;土壌細菌;真菌;土壌微生物;メタバーコーディング;細菌;DNAメタバーコーディング;実生;樹木群集
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K21214/

External funds: others

公益財団法人クリタ水・環境科学振興財団（国内研究助成「湖底堆積物の遺伝子解析から紐解く、過去１００年にわたる琵琶湖のコイヘルペスウイルス量の復元」）本庄　三恵
寄付金
From 28 Sep. 2017, To 30 Sep. 2018
公益財団法人　クリタ水・環境科学振興財団　理事長

２０２０　多検体ＲＮＡ－Ｓｅｑを用いた網羅的ウイルス検出による外来植物のリスク評価／（公財）日本生命財団　若手研究・奨励研究助成／本庄三恵
寄付金
From 08 Oct. 2020, To 31 Mar. 2021
公益財団法人　日本生命財団　理事長

２０２０　多検体ＲＮＡ－Ｓｅｑを用いた網羅的ウイルス検出による外来植物のリスク評価／（公財）日本生命財団　若手研究・奨励研究助成／本庄三恵
寄付金
From 01 Apr. 2021, To 30 Sep. 2021
公益財団法人　日本生命財団　理事長

Last Updated :2026/04/25

Education

Teaching subject(s)

From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2026
Laboratory work in Biological Science B
3763, Spring, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2026
Genome Science
3729, Fall, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2026
Ecology I
8702, Spring, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2026
Field work in Biological Science 2
4741, Spring, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2026
Seminar on Ecological Sciences II-IVD
8559, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2026
Advanced Lectures:Ecological Science II-IVB
8555, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2026
Advanced Lectures:Ecological Science II-IVA
8554, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2026
Seminar on Ecological Sciences II-IVC
8558, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2026
Seminar on Ecological Sciences II-IVB
8557, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2025, To 31 Mar. 2026
Seminar on Ecological Sciences II-IVA
8556, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
Genome Science
3729, Fall, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
Laboratory work in Biological Science B
3763, Spring, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
Ecology I
8702, Spring, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
Field work in Biological Science 2
4741, Spring, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
Seminar on Ecological Sciences II-IVD
8559, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
Seminar on Ecological Sciences II-IVC
8558, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
Seminar on Ecological Sciences II-IVB
8557, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
Seminar on Ecological Sciences II-IVA
8556, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
Advanced Lectures:Ecological Science II-IVB
8555, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2024, To 31 Mar. 2025
Advanced Lectures:Ecological Science II-IVA
8554, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
Laboratory work in Biological Science B
3763, Spring, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
Ecology I
8702, Spring, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
Field work in Biological Science 2
4741, Spring, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
Seminar on Ecological Sciences II-IVA
8556, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
Advanced Lectures:Ecological Science II-IVB
8555, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
Advanced Lectures:Ecological Science II-IVA
8554, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
Seminar on Ecological Sciences II-IVD
8559, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
Seminar on Ecological Sciences II-IVC
8558, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2023, To 31 Mar. 2024
Seminar on Ecological Sciences II-IVB
8557, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
Seminar on Ecological Sciences II-IVA
8556, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
Ecology I
8702, Spring, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
Advanced Lectures:Ecological Science II-IVA
8554, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
Seminar on Ecological Sciences II-IVC
8558, Spring, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
Field work in Biological Science 2
4741, Spring, Faculty of Science, 2

From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
Seminar on Ecological Sciences II-IVB
8557, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
Advanced Lectures:Ecological Science II-IVB
8555, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
Seminar on Ecological Sciences II-IVD
8559, Fall, Graduate School of Science, 2

From 01 Apr. 2022, To 31 Mar. 2023
Laboratory work in Biological Science B
3763, Spring, Faculty of Science, 2

From Apr. 2021, To Mar. 2022
Ecology I
Spring, 理学部

From Apr. 2021, To Mar. 2022
Advanced Lectures:Ecological Science II-IVA
Spring, 理学研究科

From Apr. 2021, To Mar. 2022
Advanced Lectures:Ecological Science II-IVB
Fall, 理学研究科

From Apr. 2021, To Mar. 2022
Seminar on Ecological Sciences II-IVA
Spring, 理学研究科

From Apr. 2021, To Mar. 2022
Seminar on Ecological Sciences II-IVB
Fall, 理学研究科

From Apr. 2021, To Mar. 2022
Seminar on Ecological Sciences II-IVC
Spring, 理学研究科

From Apr. 2021, To Mar. 2022
Seminar on Ecological Sciences II-IVD
Fall, 理学研究科

From Apr. 2021, To Mar. 2022
Laboratory Work in Biological Science B
Spring, 理学部

From Apr. 2021, To Mar. 2022
Field Work in Biological Science 2
Spring, 理学部

Participation in PhD Defense

Molecular ecology of season/altitude-specific longevity and function of leaves of an evergreen perennial, Arabidopsis halleri subsp. gemmifera
YUMOTO GENKI, Graduate School of Science, Sub-chief Examiner
23 Mar. 2022

Sexual differences in compositions and effects of flower microbes on a dioecious plant, Mallotus japonicus (Euphorbiaceae)
MARRE MAXIME, Graduate School of Science, Sub-chief Examiner
23 Mar. 2022

Student achievements: Awards

The Annual Meeting Award of the Ecological Society of Japan (Best Poster Award)
Miyabi Otsubo, The Ecological Society of Japan, 19 Mar. 2023

Best Poster Award
Miyabi Otsubo, Plant Microbiota Research Network　, 22 Aug. 2022

ページ上部へ戻る

Search for faculty members

Honjo, Mie

Basic Information

Affiliated programs (koza)

Professional Memberships

Academic Degree

Research History

ID,URL

J-Global ID

External link

Website(s) (URL(s))

researchmap URL

Research

Research Topics, Overview of the research

Research Topics

Overview of the research

Research Interests

Research Areas

Papers

Misc.

Presentations

Books and Other Publications

Awards

External funds: Kakenhi

External funds: others

Education

Teaching subject(s)

Participation in PhD Defense

Student achievements: Awards

Academic, Social Contribution

Committee Memberships