基本情報

協力講座

• 理学研究科, 生物科学専攻 生態学講座, 准教授

所属学協会

• 日本植物病理学会
• 日本進化学会
• 種生物学会
• 日本植物学会
• 日本生態学会

学位

• 修士（理学）(京都大学)
• 博士（理学）(京都大学)

経歴

• 自 2026年06月, 至 現在

  京都大学, 生態学研究センター, 教授
• 自 2020年04月, 至 2026年05月

  京都大学 生態学研究センター, Center for Ecological Research, 准教授
• 自 2014年, 至 2020年03月

  滋賀県立大学, 非常勤講師
• 自 2012年, 至 2020年03月

  京都大学, 生態学研究センター, 研究員
• 自 2006年08月, 至 2012年03月

  総合地球環境学研究所 研究部, プロジェクト研究員

ID,URL

• ORCID ID

  0000-0001-7613-293X

• J-Global ID

  200901095949437794

• 外部リンク

  https://sites.google.com/view/honjo/menu

関連Webサイト

• https://sites.google.com/view/honjo

researchmap URL

• https://researchmap.jp/read0147367

研究

研究テーマ・研究概要

• 研究テーマ

  生物間相互作用とその多様性・維持機構の解明
  ウイルス生態学

• 研究概要

  植物をとりまく病食害生物との相互作用は、どのように調整され、多様化しているのでしょうか。私は、“遺伝子”の働きそのものに着目し、生物間相互作用がどのように調整されているのか、RNA-seqをはじめとする遺伝子発現解析やエピジェネティック解析を用いて研究しています。特に、野生植物とウイルスの相互作用にも着目し、季節適応しながら、両者が共存する機構の解明を目指しています。そのほか、琵琶湖堆積物を用いて過去１００年のウイルス叢の復元にも取り組んでします。

研究キーワード

• 陸水学
• トランスクリプトーム
• 分子生態学
• ウイルス
• 植物生態学
• 微生物生態学

研究分野

• ライフサイエンス, 多様性生物学、分類学, 微生物生態学
• ライフサイエンス, 植物分子、生理科学, トランスクリプトミクス
• ライフサイエンス, 生態学、環境学, 植物生態学
• 環境・農学, 環境動態解析

論文

• Circadian entrainment and gating in a natural plant population

  Pirita Paajanen; Tomoaki Muranaka; Luíza Lane de Barros Dantas; Paige E. Panter; Genki Yumoto; Borja Ferrero-Bordera; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh; Antony N. Dodd

  2026年01月24日

  
• Ectopic, but not endogenous, expression of the transcription factor gene Mp SETA disrupts epidermal tissue formation in Marchantia polymorpha

  Kenta C Moriya; Hiromichi Kono; Yen-Ting Lu; Jeanne Loue-Manifel; Yoshito Oka; Tomonao Matsushita; Mie N Honjo; Kimitsune Ishizaki; Hiroshi Kudoh; Justin Goodrich; Tomoo Shimada

  Journal of Experimental Botany, 2026年01月20日

  この論文にアクセスする：

  
• 自然生態系における植物とウイルスの相互作用

  本庄三恵; 大坪雅; 神谷麻梨; 工藤洋

  感染生理談話会論文集, 2025年, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Turnip Mosaic Virus Infection in a Perennial Arabidopsis Reduces Aphid Fecundity in the Natural Environment

  Miyabi Otsubo; Haruki Nishio; Hiroshi Kudoh; Mie N. Honjo

  Molecular Ecology, 2025年10月14日, 査読有り, 最終著者, 責任著者

  この論文にアクセスする：

  
• Coincidence of the threshold temperature of seasonal switching for diel transcriptomic oscillations and growth

  Tomoaki Muranaka; Genki Yumoto; Mie N Honjo; Atsushi J Nagano; Ji Zhou; Hiroshi Kudoh

  Plant and Cell Physiology, 2025年08月07日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Flower movement induced by weather-dependent tropism satisfies attraction and protection

  Akari Shibata; Genki Yumoto; Hanako Shimizu; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh

  Nature Communications, 2025年05月03日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Cold suppresses virus accumulation and alters the host transcriptomic response in the turnip mosaic virus ̶ Arabidopsis halleri system.

  Mie N Honjo; Naoko Emura; Mari Kamitani; Hiroshi Kudoh

  Plant & cell physiology, 2025年01月18日, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者, 責任著者

  この論文にアクセスする：

  
• Circadian and environmental signal integration in a natural population of Arabidopsis

  Haruki Nishio; Dora L. Cano-Ramirez; Tomoaki Muranaka; Luíza Lane de Barros Dantas; Mie N. Honjo; Jiro Sugisaka; Hiroshi Kudoh; Antony N. Dodd

  Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024年08月22日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Seasonal switching of integrated leaf senescence controls in an evergreen perennial Arabidopsis

  Genki Yumoto; Haruki Nishio; Tomoaki Muranaka; Jiro Sugisaka; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh

  Nature Communications, 2024年06月07日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Establishment success of alien Daphnia in the ancient Lake Biwa: insights from sedimentary archives

  Narumi Tsugeki; Isana Hashimoto; Kai Nakane; Mie N. Honjo; Kimiko Uchii

  Hydrobiologia, 2024年04月10日, 査読有り

  
• eDNA metabarcoding analysis reveals the consequence of creating ecosystem‐scale refugia from deer grazing for the soil microbial communities

  Kohmei Kadowaki; Mie N. Honjo; Naoto Nakamura; Yoichiro Kitagawa; Masae I. Ishihara; Shunsuke Matsuoka; Yuuya Tachiki; Keitaro Fukushima; Shota Sakaguchi; Inoue Mizuki; Daisuke Fujiki; Masaru Sakai; Atsushi Takayanagi; Michimasa Yamasaki; Naoko Tokuchi; Daiki Takahashi; Koki Nagasawa; Kazutoshi Masuda

  Environmental DNA, 2023年11月28日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Spatial epidemiology model can explain the seasonal dynamics of infectious disease Cyprinid herpesvirus 3 (CyHV-3) by thermoregulation behavior of the host, common carp (Cyprinus carpio)

  Miki T; Yamanaka H; Sogabe A; Omori K; Saito Y; Minamoto T; Uchii K; Honjo MN; Suzuki AA; Kohmatsu Y; Kawabata Z

  Theoretical Ecology, 2023年, 査読有り

  
• Effects of fruit dimorphism on genetic structure and gene flow in the coastal shrub Scaevola taccada

  Naoko Emura; Tomoaki Muranaka; Takaya Iwasaki; Mie N Honjo; Atsushi J Nagano; Yuji Isagi; Hiroshi Kudoh

  Annals of Botany, 2022年12月19日, 査読有り

  
• Interspecific variation in ephippial size between Daphnia galeata and D. pulicaria in Lake Biwa, Japan.

  Tsugeki NK; Honjo MN; Kuwae M

  Limnology, 2021年, 査読有り, 筆頭著者

  
• Seasonality of interactions between a plant virus and its host during persistent infection in a natural environment.

  Mie N Honjo; Naoko Emura; Tetsuhiro Kawagoe; Jiro Sugisaka; Mari Kamitani; Atsushi J Nagano; Hiroshi Kudoh

  The ISME journal, 2020年02月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  この論文にアクセスする：

  
• Genet assignment and population structure analysis in a clonal forest-floor herb, Cardamine leucantha, using RAD-seq.

  Michiaki Tsujimoto; Kiwako S Araki; Mie N Honjo; Masaki Yasugi; Atsushi J Nagano; Satoru Akama; Masaomi Hatakeyama; Rie Shimizu-Inatsugi; Jun Sese; Kentaro K Shimizu; Hiroshi Kudoh

  AoB PLANTS, 2020年02月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Altered stomatal patterning accompanies a trichome dimorphism in a natural population of Arabidopsis.

  Simon NML; Sugisaka J; Honjo MN; Tunstad SA; Tunna G; Kudoh H; Dodd AN

  Plant Direct, 2020年, 査読有り

  
• Arabidopsis halleri: a perennial model system for studying population differentiation and local adaptation

  Mie N Honjo; Hiroshi Kudoh

  AoB PLANTS, 2019年11月01日, 査読有り, 招待有り, 筆頭著者

  この論文にアクセスする：

  
• Simplification of circadian rhythm measurement using species-independent time-indicated genes

  Yusuke Tanigaki; Takanobu Higashi; Kotaro Takayama; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Ayumi Tezuka; Mari Kamitani; Hirokazu Fukuda

  Current Plant Biology, 2019年09月01日, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Seasonal Stability and Dynamics of DNA Methylation in Plants in a Natural Environment

  Ito; Nishio; Tarutani; Emura; Honjo; Toyoda; Fujiyama; Kakutani; Kudoh

  Genes, 2019年07月17日, 査読有り

  
• Publisher Correction: Annual transcriptome dynamics in natural environments reveals plant seasonal adaptation.

  Atsushi J Nagano; Tetsuhiro Kawagoe; Jiro Sugisaka; Mie N Honjo; Koji Iwayama; Hiroshi Kudoh

  Nature plants, 2019年03月, 査読有り

  
• Annual transcriptome dynamics in natural environments reveals plant seasonal adaptation.

  Nagano AJ; Kawagoe T; Sugisaka J; Honjo MN; Iwayama K; Kudoh H

  Nature plants, 2019年01月, 査読有り

  
• A Survey on Plant Viruses in Natural Brassicaceae Communities Using RNA-Seq.

  Kamitani M; Nagano AJ; Honjo MN; Kudoh H

  Microbial ecology, 2018年10月, 査読有り

  
• Genetic differentiation in cauline-leaf-specific wettability of a rosette-forming perennial Arabidopsis from two contrasting montane habitats

  Biva Aryal; Wataru Shinohara; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh

  Annals of Botany, 2018年06月08日, 査読有り

  
• Phylogeographic analysis of the East Asian goldenrod (Solidago virgaurea complex, Asteraceae) reveals hidden ecological diversification with recurrent formation of ecotypes.

  Shota Sakaguchi; Takuma Kimura; Ryuta Kyan; Masayuki Maki; Takako Nishino; Naoko Ishikawa; Atsushi J Nagano; Mie N Honjo; Masaki Yasugi; Hiroshi Kudoh; Pan Li; Hyeok Jae Choi; Olga A Chernyagina; Motomi Ito

  Annals of botany, 2018年03月05日, 査読有り

  
• Phylogenetic relationships of Aurantioideae (Rutaceae) based on RAD-Seq

  Yukio Nagano; Takashi Mimura; Nobuhiro Kotoda; Ryoji Matsumoto; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh; Masashi Yamamoto

  Tree Genetics and Genomes, 2018年02月01日, 査読有り

  
• Growth and Environmental Change-Independent Genes Associated with Clock Gene TOC1 in Green Perilla

  Tanigaki Y; Higashi T; Nagano AJ; Honjo MN; Fukuda H

  Environmental Control in Biology, 2018年, 査読有り

  
• Estimation of the circadian phase by oscillatory analysis of the transcriptome in plants

  Mari Takeoka; Takanobu Higashi; Mie N. Honjo; Ayumi Tezuka; Atsushi J. Nagano; Yusuke Tanigaki; Hirokazu Fukuda

  Environmental Control in Biology, 2018年, 査読有り

  
• The Long-Term “In Natura” Study Sites of Arabidopsis halleri for Plant Transcription and Epigenetic Modification Analyses in Natural Environments

  Hiroshi Kudoh; Mie N. Honjo; Haruki Nishio; Jiro Sugisaka

  Methods in Molecular Biology, 2018年, 査読有り

  
• First report of Pelargonium zonate spot virus from wild Brassicaceae plants in Japan

  Mari Kamitani; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh

  JOURNAL OF GENERAL PLANT PATHOLOGY, 2017年09月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• 野生植物とウイルスの見えない相互作用をRNA-Seqで観る

  神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  植物科学の最前線（BSJ-Review), 2017年07月, 査読有り

  
• The population genomic signature of environmental association and gene flow in an ecologically divergent tree species Metrosideros polymorpha (Myrtaceae)

  Ayako Izuno; Kanehiro Kitayama; Yusuke Onoda; Yuki Tsujii; Masaomi Hatakeyama; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Rie Shimizu-Inatsugi; Hiroshi Kudoh; Kentaro K. Shimizu; Yuji Isagi

  MOLECULAR ECOLOGY, 2017年03月, 査読有り

  
• Transcriptome analysis of a cultivar of green perilla (perilla frutescens) using genetic similarity with other plants via public databases

  Yusuke Tanigaki; Takanobu Higashi; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hirokazu Fukuda

  Environmental Control in Biology, 2017年, 査読有り

  
• RAD-Seq analysis of typical and minor Citrus accessions, including Bhutanese varieties

  Tshering Penjor; Takashi Mimura; Nobuhiro Kotoda; Ryoji Matsumoto; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh; Masashi Yamamoto; Yukio Nagano

  BREEDING SCIENCE, 2016年12月, 査読有り

  
• RNA-Seq reveals virus-virus and virus-plant interactions in nature

  Mari Kamitani; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh

  FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 2016年11月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil

  Atsushi Hoshino; Vasanthan Jayakumar; Eiji Nitasaka; Atsushi Toyoda; Hideki Noguchi; Takehiko Itoh; Tadasu Shin-; Yohei Minakuchi; Yuki Koda; Atsushi J. Nagano; Masaki Yasugi; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh; Motoaki Seki; Asako Kamiya; Toshiyuki Shiraki; Piero Carninci; Erika Asamizu; Hiroyo Nishide; Sachiko Tanaka; Kyeung-Il Park; Yasumasa Morita; Kohei Yokoyama; Ikuo Uchiyama; Yoshikazu Tanaka; Satoshi Tabata; Kazuo Shinozaki; Yoshihide Hayashizaki; Yuji Kohara; Yutaka Suzuki; Sumio Sugano; Asao Fujiyama; Shigeru Iida; Yasubumi Sakakibara

  NATURE COMMUNICATIONS, 2016年11月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Circadian Oscillation of the Lettuce Transcriptome under Constant Light and Light-Dark Conditions

  Takanobu Higashi; Koh Aoki; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hirokazu Fukuda

  FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, 2016年07月, 査読有り

  
• Transcriptome Analysis of Plant Hormone-Related Tomato (Solanum lycopersicum) Genes in a Sunlight-Type Plant Factory (vol 10, e0143412, 2015)

  Yusuke Tanigaki; Takanobu Higashi; Kotaro Takayama; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hirokazu Fukuda

  PLOS ONE, 2016年03月, 査読有り

  
• Truncated yet functional viral protein produced via RNA polymerase slippage implies underestimated coding capacity of RNA viruses

  Yuka Hagiwara-Komoda; Sun Hee Choi; Masanao Sato; Go Atsumi; Junya Abe; Junya Fukuda; Mie N. Honjo; Atsushi J. Nagano; Keisuke Komoda; Kenji S. Nakahara; Ichiro Uyeda; Satoshi Naito

  SCIENTIFIC REPORTS, 2016年02月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Detection of Diurnal Variation of Tomato Transcriptome through the Molecular Timetable Method in a Sunlight-Type Plant Factory

  Takanobu Higashi; Yusuke Tanigaki; Kotaro Takayama; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hirokazu Fukuda

  FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, 2016年02月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• High-throughput linkage mapping of Australian white cypress pine (Callitris glaucophylla) and map transferability to related species

  Shota Sakaguchi; Takeshi Sugino; Yoshihiko Tsumura; Motomi Ito; Michael D. Crisp; David M. J. S. Bowman; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Masaki Yasugi; Hiroshi Kudoh; Yu Matsuki; Yoshihisa Suyama; Yuji Isagi

  TREE GENETICS & GENOMES, 2015年12月, 査読有り

  
• Transcriptome Analysis of Plant Hormone-Related Tomato (Solanum lycopersicum) Genes in a Sunlight-Type Plant Factory

  Yusuke Tanigaki; Takanobu Higashi; Kotaro Takayama; Atsushi J. Nagano; Mie N. Honjo; Hirokazu Fukuda

  PLOS ONE, 2015年12月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Microbial communities on flower surfaces act as signatures of pollinator visitation

  Masayuki Ushio; Eri Yamasaki; Hiroyuki Takasu; Atsushi J. Nagano; Shohei Fujinaga; Mie N. Honjo; Mito Ikemoto; Shoko Sakai; Hiroshi Kudoh

  SCIENTIFIC REPORTS, 2015年03月, 査読有り

  この論文にアクセスする：

  
• Monitoring fish pathogenic viruses in natural lakes in Yunnan, China

  Toshifumi Minamoto; Xiaoying Pu; Jie Xie; Yi Dong; Deyi Wu; Hainan Kong; Xiaoxia Yang; Teruhiko Takahara; Mie N. Honjo; Hiroki Yamanaka; Zen'ichiro Kawabata

  LIMNOLOGY, 2015年01月, 査読有り

  
• Detection of plant viruses in natural environments by using RNA-Seq.

  Nagano AJ; Honjo MN; Mihara M; Sato M; Kudoh H

  Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2015年, 査読有り, 筆頭著者

  
• Effects of daily temperature fluctuation on the survival of carp infected with Cyprinid herpesvirus 3

  Teruhiko Takahara; Mie N. Honjo; Kimiko Uchii; Toshifumi Minamoto; Hideyuki Doi; Takafumi Ito; Zen'ichiro Kawabata

  AQUACULTURE, 2014年09月, 査読有り

  
• Seasonal reactivation enables Cyprinid herpesvirus 3 to persist in a wild host population

  Kimiko Uchii; Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Zen'ichiro Kawabata

  FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 2014年02月, 査読有り

  
• Relationship between aquatic vegetation and water quality in the littoral zones of Lake Dian-chi and Lake Er-hai.

  Xie J; Wu D; Chen X; Kong H; Pu X; Yang X; Minamoto T; Yamanaka H; Honjo M. N; Kawabata Z

  Environmental Science & Technology [Wuhan] (in Chinese with English abstract)???, 2013年, 査読有り

  
• Surveillance of fish species composition using environmental DNA

  Toshifumi Minamoto; Hiroki Yamanaka; Teruhiko Takahara; Mie N. Honjo; Zen'ichiro Kawabata

  LIMNOLOGY, 2012年08月, 査読有り

  
• Nationwide Cyprinid herpesvirus 3 contamination in natural rivers of Japan

  Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Hiroki Yamanaka; Kimiko Uchii; Zen'ichiro Kawabata

  RESEARCH IN VETERINARY SCIENCE, 2012年08月, 査読有り

  
• Reservoirs of Cyprinid herpesvirus 3 (CyHV-3) DNA in sediments of natural lakes and ponds

  Mie N. Honjo; Toshifumi Minamoto; Zen'ichiro Kawabata

  VETERINARY MICROBIOLOGY, 2012年03月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Environment-KHV-carp-human linkage as a model for environmental diseases

  Zen'ichiro Kawabata; Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Kimiko Uchii; Hiroki Yamanaka; Alata A. Suzuki; Yukihiro Kohmatsu; Kota Asano; Tomoaki Itayama; Tomoaki Ichijo; Koji Omori; Noboru Okuda; Masayuki Kakehashi; Masao Nasu; Kazuaki Matsui; Masatomi Matsuoka; Hainan Kong; Teruhiko Takahara; Deyi Wu; Ryuji Yonekura

  ECOLOGICAL RESEARCH, 2011年11月, 査読有り

  
• Stress response to daily temperature fluctuations in common carp, Cyprinus carpio L.

  Teruhiko Takahara; Hiroki Yamanaka; Alata A. Suzuki; Mie N. Honjo; Toshifumi Minamoto; Ryuji Yonekura; Tomoaki Itayama; Yukihiro Kohmatsu; Takafumi Ito; Zen'ichiro Kawabata

  HYDROBIOLOGIA, 2011年10月, 査読有り

  
• Detection of cyprinid herpesvirus-3 DNA in lake plankton

  Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Hiroki Yamanaka; Nobuyuki Tanaka; Tomoaki Itayama; Zen' ichiro Kawabata

  RESEARCH IN VETERINARY SCIENCE, 2011年06月, 査読有り

  
• Transmission dynamics of an emerging infectious disease in wildlife through host reproductive cycles

  Kimiko Uchii; Arndt Telschow; Toshifumi Minamoto; Hiroki Yamanaka; Mie N. Honjo; Kazuaki Matsui; Zen'ichiro Kawabata

  ISME JOURNAL, 2011年02月, 査読有り

  
• Quantification of Cyprinid Herpesvirus 3 in Environmental Water by Using an External Standard Virus

  Mie N. Honjo; Toshifumi Minamoto; Kazuaki Matsui; Kimiko Uchii; Hiroki Yamanaka; Alata A. Suzuki; Yukihiro Kohmatsu; Takaji Iida; Zen' ichiro Kawabata

  APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 2010年01月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Seasonal Distribution of Cyprinid Herpesvirus 3 in Lake Biwa, Japan

  Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Zen'ichiro Kawabata

  APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 2009年11月, 査読有り

  
• Detection of cyprinid herpesvirus 3 DNA in river water during and after an outbreak

  Toshifumi Minamoto; Mie N. Honjo; Kimiko Uchii; Hiroki Yamanaka; Alata A. Suzuki; Yukihiro Kohmatsu; Takaji Iida; Zen'ichiro Kawabata

  VETERINARY MICROBIOLOGY, 2009年03月, 査読有り

  
• Detection and significance of koi herpesvirus (KHV) in freshwater environments

  Kazuaki Matsui; Mie Honjo; Yukihiro Kohmatsu; Kimiko Uchii; Ryuji Yonekura; Zen'ichiro Kawabata

  FRESHWATER BIOLOGY, 2008年06月, 査読有り

  
• Viral abundance and its related factors in a stratified lake

  Mie Honjo; Kazuaki Matsui; Nobuyoshi Ishii; Masami Nakanishi; Zen'ichiro Kawabata

  FUNDAMENTAL AND APPLIED LIMNOLOGY, 2007年, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Diversity of virus-like agents killing Microcystis aeruginosa in a hyper-eutrophic pond

  M Honjo; K Matsui; M Ueki; R Nakamura; JA Fuhrman; Z Kawabata

  JOURNAL OF PLANKTON RESEARCH, 2006年04月, 査読有り, 筆頭著者, 責任著者

  
• Microcystis aeruginosaを殺すウイルス様因子の組成と殺藻能力に与える水温の影響

  本庄 三恵; 垣原 登志子; CHOI Kwangsoon; 植木 昌也; 川端 善一郎

  日本陸水学会 講演要旨集, 2006年

  
• Use of the SYBR Green I fluorescent dye and a centrifugal filter device for rapid determination of dissolved DNA concentration in fresh water

  K Matsui; N Ishii; M Honjo; Z Kawabata

  AQUATIC MICROBIAL ECOLOGY, 2004年06月, 査読有り

  
• Estimation of the fate of dissolved DNA in thermally stratified lake water from the stability of exogenous plasmid DNA

  K Matsui; M Honjo; Z Kawabata

  AQUATIC MICROBIAL ECOLOGY, 2001年10月, 査読有り

  
• Experimental evaluation of differences in plastic phenotypes between cardamine fallax and c. Occulta: Effects of seasonality on phenology and gross morphology

  Honjo, M.N.; Marhold, K.; Kudoh, H.

  Acta Phytotaxonomica et Geobotanica, 2020年, 査読有り, 筆頭著者

  

MISC

• 自然環境下でのTurnip mosaic virus感染及びアブラムシに対するハクサンハタザオのトランスクリプトーム比較解析

  大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵

  日本植物病理学会報, 2025年

  
• コイにとっての岸辺環境の有用性とストレス回避のトレードオフ

  高原輝彦; 山中裕樹; 鈴木新; 本庄三恵; 源利文; 米倉竜次; 板山朋聡; 神松幸弘; 伊東尚史; 川端善一郎

  日本生態学会大会講演要旨集, 2011年

  
• 環境水中の低密度ウイルスに対する濃縮システムの開発

  田中伸幸; 板山朋聡; 源利文; 本庄三恵; 川端善一郎

  日本水環境学会年会講演集, 2010年

  
• ウイルス状粒子の迅速濃縮法とKHVの検出

  田中伸幸; 板山朋聡; 源利文; 本庄三恵; 川端善一郎

  日本水環境学会年会講演集, 2008年

  
• シカによる過採食が土壌微生物群集に与える影響:広域シカ柵設置サイトにおける解析例

  門脇浩明; 本庄三恵; 中村直人; 北川陽一郎; 石原正恵; 松岡俊将; 立木佑弥; 福島慶太郎; 阪口翔太; 井上みずき; 藤木大介; 境優; 高柳敦; 山崎理正; 徳地直子; 高橋大樹; 長澤耕樹; 増田和俊

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2023年

  
• クサトベラの種子散布に関わる果実二型の比較トランスクリプトーム解析

  栄村奈緒子; 内貴章世; 梶田忠; 吉永新; 高部圭司; 本庄三恵; 工藤洋

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2018年

  
• 形態観察と遺伝子発現解析によるクサトベラの果実二型の比較

  栄村奈緒子; 内貴章世; 梶田忠; 吉永新; 高部圭司; 本庄三恵; 工藤洋

  リグニン討論会講演集, 2017年

  
• A-29 プラスミドDNAを用いた湖における細胞外DNAの消長解析(水圏生態系,A会場,口頭発表)

  松井 一彰; 本庄 三恵; 川端 善一郎

  日本微生物生態学会講演要旨集, 2001年

  
• 04-068 大腸菌における遺伝子水平伝播経路を指標にした淡水環境特性の評価(水圏生態系,研究発表)

  松井 一彰; 本庄 三恵; 川端 善一郎; 内井 喜美子

  日本微生物生態学会講演要旨集, 2008年

  
• 野生植物のウイルス感染に対する季節応答性

  本庄三恵

  第67回日本生態学会大会, 2020年03月, 筆頭著者

  
• 冷たい世界で時を刻むものは何か

  村中智明; 本庄三恵; 川越哲博; 永野惇; 工藤洋

  時間生物学, 2020年

  
• 絶滅危惧種の分布フロント個体群を対象としたゲノムワイド解析

  芝林真友; 伊東拓朗; 國府方吾郎; 阿部篤志; 横田昌嗣; 遊川知久; 陶山佳久; 内貴章世; 栗田和紀; 永野惇; 本庄三恵; 井鷺裕司

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2020年

  
• Unravelling the virus diversity and host‐virus interaction in wild plants using RNA‐Seq

  神谷麻梨; 神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 2019年08月07日

  
• RNA‐Seqを用いたアブラナ科植物群集におけるウイルス感染の探索

  神谷麻梨; 神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2019年02月09日

  
• 琵琶湖堆積物からの過去100年のウイルス叢復元の試み

  本庄三恵; 槻木玲美; 加三千宣; 岡崎友輔; 木村成子; 吉田天士; 左子芳彦; 工藤洋

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2019年

  
• 年周トランスクリプトームから見る植物の季節適応

  永野惇; 川越哲博; 杉坂次郎; 本庄三恵; 岩山幸治; 工藤洋

  日本植物生理学会年会(Web), 2019年

  
• ハクサンハタザオ自然集団における日周リズム遺伝子の検出とその季節変化

  村中智明; 本庄三恵; 川越哲博; 永野惇; 工藤洋

  日本植物生理学会年会(Web), 2019年

  
• 長期感染における植物ウイルス-ホスト間相互作用の季節性

  本庄三恵; 榮村奈緒子; 榮村奈緒子; 川越哲博; 杉阪次郎; 神谷麻梨; 神谷麻梨; 永野惇; 永野惇; 工藤洋

  日本植物学会大会研究発表記録, 2019年

  
• ハクサンハタザオ自然集団における時計関連遺伝子の日内発現パターンの季節変化

  村中智明; 本庄三恵; 川越哲博; 永野惇; 工藤洋

  時間生物学, 2018年10月05日

  
• 季節的温度環境がもたらすウイルスー宿主の長期共存機構

  本庄三恵; 永野惇; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 神谷麻梨; 工藤洋

  日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 2018年

  
• 遺伝子発現解析から見える多年生草本植物におけるウイルス‐宿主相互作用の季節動態

  本庄三恵; 永野惇; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 栄村奈緒子; 神谷麻梨; 神谷麻梨; 工藤洋

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2018年

  
• 自然条件におけるハクサンハタザオの遺伝子発現の日周変化とその季節変化

  村中智明; 本庄三恵; 川越哲博; 永野惇; 工藤洋

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2018年

  
• 植物ウイルスの生態学:RNA‐Seqを用いた検出と宿主‐ウイルス相互作用解析

  神谷麻梨; 神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2018年

  
• ミカン亜科の分子系統解析

  永野幸生; 三村高史; 古藤田信博; 松本亮司; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 山本雅史

  園芸学研究 別冊, 2017年09月02日

  
• Growth and environmental change-independent genes associated with TOC1 in green perilla

  TANIGAKI Yusuke; HIGASHI Takanobu; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; HONJO Mie N; FUKUDA Hirokazu; FUKUDA Hirokazu

  日本生物環境工学会大会講演要旨, 2017年08月30日

  
• 特殊土壌への適応が促した森林植物の系統分化

  阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 福島慶太郎; 成田あゆ; 山崎理正; 井鷺裕司; 伊藤元己

  日本森林学会大会学術講演集, 2017年03月26日

  
• 北海道蛇紋岩地帯におけるアキノキリンソウの生態的種分化

  阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 福島慶太郎; 成田あゆ; 山崎理正; 井鷺裕司; 伊藤元己

  日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 2017年03月05日

  
• 異なる標高に生育するアキノキリンソウ(広義)は遺伝的に分化しているのか?―広域的・局所的スケールによる検証―

  木村拓真; 阪口翔太; 伊藤元己; 本庄三恵; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 工藤洋; 牧雅之

  日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 2017年03月05日

  
• RNA-Seqを用いた野生植物内ウイルスの網羅的探索と宿主応答の解析

  神谷麻梨; 神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  日本生化学会大会(Web), 2017年

  
• 野生植物とウイルスの見えない相互作用をRNA-Seqで観る

  神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  植物科学の最前線(Web), 2017年

  
• 自然生態系での植物ウイルスと宿主遺伝子発現の季節変動

  本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 神谷麻梨; 工藤洋

  日本微生物生態学会大会(Web), 2017年

  
• ハワイフトモモにおける種内ニッチ多様化のゲノム解析

  伊津野彩子; 北山兼弘; 小野田雄介; 辻井悠希; 永野惇; 本庄三恵; 畠山雅臣; 清水(稲継)理恵; 工藤洋; 清水健太郎; 井鷺裕司

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2017年

  
• 早期開花性を獲得した蛇紋岩型アキノキリンソウの集団分化と局所適応

  阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 福島慶太郎; 成田あゆ; 山崎理正; 井鷺裕司; 伊藤元己

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2017年

  
• 野生オオムギと栽培オオムギにおける胚乳細胞壁の厚さに関する解析

  最相大輔; 松島良; 本庄三恵; 八杉公基; 永野惇; 永野惇; 高萩航太郎; 高萩航太郎; 持田恵一; 持田恵一; 持田恵一; 武田真; 坂本亘

  育種学研究, 2016年09月24日

  
• ヒマラヤンライム等のブータンで発見した興味深いカンキツ遺伝資源

  永野幸生; PENJOR Tshering; PENJOR Tshering; 三村高史; 古藤田信博; 松本亮司; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 山本雅史

  園芸学研究 別冊, 2016年09月10日

  
• 野生植物内のウイルス・宿主間,ウイルス種間相互作用をRNA‐Seqで観る

  神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  日本植物学会大会研究発表記録, 2016年09月01日

  
• RNA‐seqを用いて見えてくる自然植物集団内でのウイルスの動態と宿主遺伝子発現の変動

  本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 栄村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋

  日本植物学会大会研究発表記録, 2016年09月01日

  
• RAD‐seq解析で明らかになったアキノキリンソウの土壌生態的種分化

  阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 伊藤元己

  日本植物学会大会研究発表記録, 2016年09月01日

  
• RNA-Seq of wild Arabidopsis halleri reveals interaction of viruses and the host

  KAMITANI Mari; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; HONJO Mie N; KUDOH Hiroshi

  日本植物生理学会年会要旨集, 2016年03月11日

  
• Seasonal replication of Turnip mosaic virus and its effect on host transcriptome under a natural environment

  HONJO Mie N; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; NAGANO Atsushi J; KAWAGOE Tetsuhiro; KUDOH Hiroshi

  日本植物生理学会年会要旨集, 2016年03月11日

  
• ハワイフトモモの環境適応における遺伝的基盤のゲノムワイド解析

  伊津野彩子; 北山兼弘; 小野田雄介; 辻井悠希; 畠山剛臣; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 清水(稲継; 理恵; 清水健太郎; 井鷺裕司

  日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 2016年03月05日

  
• 屋久島ミニチュア植物・イッスンキンカの系統的起源と遺伝的多様性

  阪口翔太; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 伊藤元己

  日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 2016年03月05日

  
• 種子散布形質と遺伝子流動パターンに変異をもたらすクサトベラの果実二型

  栄村奈緒子; 上田恵介; 傳田哲郎; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 井鷺裕司

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2016年

  
• 著しい種内形質多様化による広域ニッチ獲得プロセスの解明

  伊津野彩子; 北山兼弘; 小野田雄介; 辻井悠希; 永野惇; 手塚あゆみ; 本庄三恵; 工藤洋; 井鷺裕司

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2016年

  
• RNA‐Seqを用いたアブラナ科植物におけるウイルス・宿主相互作用の解析

  神谷麻梨; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2016年

  
• 野外における遺伝子発現量の予測

  岩山幸治; 本庄三恵; 岩崎貴也; 永野惇; 永野惇

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2016年

  
• アキノキリンソウ土壌エコタイプにおける環境適応と生殖隔離

  阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 伊藤元己

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2016年

  
• ゲノムワイド解析に基づくハワイフトモモの環境適応における遺伝的基盤の解明

  伊津野彩子; 北山兼弘; 小野田雄介; 辻井悠希; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 井鷺裕司

  日本植物学会大会研究発表記録, 2015年09月01日

  
• キク科植物における土壌エコタイプの形成過程

  阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 伊藤元己

  日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 2015年08月20日

  
• トピックモデルによる野外トランスクリプトームデータの解析

  岩山幸治; 本庄三恵; 岩崎貴也; 永野惇; 永野惇; 永野惇

  電子情報通信学会技術研究報告, 2015年06月16日

  
• オオムギ発芽時耐塩性のQTL解析

  伊藤大樹; 最相大輔; 本庄三恵; 八杉公基; 永野惇; 高萩航太郎; 持田恵一; 佐藤和広

  育種学研究, 2015年03月21日

  
• 北海道蛇紋岩地帯におけるアキノキリンソウ属植物の土壌エコタイプ形成

  阪口翔太; 堀江健二; 石川直子; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 伊藤元己

  日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 2015年03月05日

  
• 高密度連鎖地図上でのヒノキ科Callitris属のゲノム分化推定

  阪口翔太; 杉野壮; CRISP Michael; 永野惇; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 津村義彦; 伊藤元己; 井鷺裕司

  日本植物分類学会大会研究発表要旨集, 2015年03月05日

  
• ゲノムワイドSNP解析に基づくハワイフトモモの環境適応における遺伝的基盤の解明

  伊津野彩子; 北山兼弘; 小野田雄介; 辻井悠希; 内山憲太郎; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 井鷺裕司

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2015年

  
• 分子フェノロジー:網羅的遺伝子発現の季節解析

  工藤洋; 永野惇; 川越哲博; 本庄三恵; 杉阪次郎

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2015年

  
• クローン植物の優占ジェネットにおけるラメット生産様式:自然集団と移植実験による解析

  辻本典顯; 荒木希和子; 八杉公基; 本庄三恵; 永野惇; 工藤洋

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2015年

  
• RNA‐Seqを用いたアブラナ科植物内ウイルスの多様性の解明

  神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2015年

  
• 海岸植物クサトベラにおける分散性果実二型の適応的意義について考える

  栄村奈緒子; 上田恵介; 傳田哲郎; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 井鷺裕司

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2015年

  
• ハクサイ市販一代雑種品種“W77”における雑種強勢に関わるQTLの探索

  阿部寛史; 川辺隆大; 佐伯なつみ; 清水元樹; 今野周平; 永野惇; 本庄三恵; 八杉公基; 工藤洋; 畠山勝徳; 松元哲; 岡崎桂一; 加治誠; 藤本龍

  育種学研究, 2014年09月26日

  
• Phenotype/genotype association for pathogenesis of the pine wood nematode, Bursaphelenchus xylophilus

  Tetsuro Kato; Akira Kaneko; Mie N. Honjo; Atsushi J. Nagano; Hiroshi Kudoh; Kazuki Mori; Taisei Kikuchi; Satoru Kuhara; Kazuyoshi Futai; Yuko Takeuchi

  Japan-Korea Joint Symposium on Nematology 2014, 2014年09月

  
• RAD‐seqを用いたマツノザイセンチュウ組み換え近交系の重要形質関連遺伝子群の探索

  加藤徹朗; 金子彰; 本庄三恵; 八杉公基; 永野惇; 工藤洋; 森一樹; 久原哲; 竹内祐子

  日本森林学会大会学術講演集(CD-ROM), 2014年03月26日

  
• 組み換え近交系を用いたマツノザイセンチュウにおける重要形質のゲノム解析

  加藤徹朗; 金子彰; 本庄三恵; 永野惇; 工藤洋; 森一樹; 菊地泰生; 久原哲; 二井一禎; 竹内祐子

  日本応用動物昆虫学会大会講演要旨, 2014年03月12日

  
• シロイヌナズナ近縁多年草の自然集団におけるトランスクリプトームの季節変動

  永野惇; 本庄三恵; 川越哲博; 杉坂次郎; 工藤洋

  日本植物生理学会年会要旨集, 2014年03月11日

  
• 亜高山帯林床に生育するクローナル植物Cardamine trifoliaのRAD‐seqによる遺伝的変異解析

  荒木希和子; 辻本典顯; 永野惇; 八杉公基; 本庄三恵; 工藤洋

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2014年

  
• クローナル植物コンロンソウ集団の遺伝構造と生活史形質におけるジェネット間差の解析

  辻本典顯; 荒木希和子; 八杉公基; 本庄三恵; 永野惇; 工藤洋

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2014年

  
• ハワイフトモモの葉形質多型における遺伝的基盤をRNA‐seqにより解明する

  伊津野彩子; 上野真義; 永野惇; 小野田雄介; 辻井悠希; 北山兼弘; 本庄三恵; 工藤洋; 井鷺裕司

  日本生態学会大会講演要旨(Web), 2014年

  
• 野外植物集団における遺伝構造のRAD‐Seqによる解析

  辻本典顯; 荒木希和子; 八杉公基; 本庄三恵; 永野惇; 工藤洋

  日本植物学会大会研究発表記録, 2013年08月20日

  
• コイの行動性体温調節と環境水温の時空間的不均一性がコイヘルペスウイルス症の蔓延に与える影響について

  山中裕樹; 曽我部篤; 大森浩二; 源利文; 三木健; 齋藤保久; 内井喜美子; 本庄三恵; 鈴木新; 神松幸弘; 川端善一郎

  日本生態学会大会講演要旨集, 2010年03月15日

  
• コイヘルペスウイルス感染症と人間の相互作用環

  源利文; 本庄三恵; 内井喜美子; 山中裕樹; 鈴木新; 神松幸弘; 米倉竜次; 大森浩二; 白江祐介; 奥田昇; 川端善一郎

  日本生態学会, 2010年

  
• 野外におけるコイの行動性体温調節とその季節変化:コイヘルペスウイルス病蔓延時期との対応について

  山中裕樹; 曽我部篤; 大森浩二; 源利文; 内井喜美子; 本庄三恵; 鈴木新; 神松幸弘; 川端善一郎

  日本陸水学会大会講演要旨集, 2009年09月10日

  

講演・口頭発表等

• 多年⽣草本ハクサンハタザオへのウイルス感染は花への資源投資を増加させる

  大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵

  第73回日本生態学会大会, 2026年03月13日

  
• エピジェネティック分子記憶がもたらす頑健なフェノロジー調節

  工藤洋; 西尾治幾; 湯本原樹; 清水華子; 本庄三恵

  第73回日本生態学会大会, 2026年03月13日, 招待有り

  
• ヒストン修飾を介した植物における防御の季節制御

  本庄三恵; 小澤理香; 西尾治幾; 松井健二; 髙林純示; 工藤洋

  第73回日本生態学会大会, 2026年03月13日, 招待有り

  
• 森林型・海浜型ジャニンジンの全ゲノム解読と比較解析により局所適応の遺伝的基盤の探索

  佐川千理; 木下舞香; 内藤健; 本庄三恵; 工藤洋; 植村知博; 由良敬; 岩崎貴也

  第25回日本植物分類学会, 2026年03月06日

  
• 塩ストレス栽培実験と遺伝子発現解析によるジャニンジン野生系統の海浜環境適応の解明

  木下舞香; 中嶋菜月; 本庄三恵; 工藤洋; 岩崎貴也

  日本植物分類学会 第25回大会, 2026年03月06日

  
• RNA-seqから見る野生植物とウイルスの相互作用とその季節性

  本庄三恵

  環境ウイルス研究部会拡大研究交流会「多様性を超えるウイルス研究の最前線」, 2026年03月02日

  
• 自然環境下における植物のストレス応答遺伝子の発現に対するウイルス感染の影響

  本庄三恵; 工藤洋

  第57回種生物学シンポジウム, 2025年12月20日

  
• 多年⽣草本ハクサンハタザオへのカブモザイクウイルス感染は媒介昆⾍アブラムシを減少させる

  大坪雅; 西尾治幾; 工藤洋; 本庄三恵

  第57回種生物学シンポジウム, 2025年12月

  
• Field transcriptome reveals persistent interactions between virus and plant host in a seasonal environment

  Honjo MN

  International Symposium-Bridging Multi-omics and Ecology, 2025年12月02日, 招待有り

  
• Weather-dependent tropism satisfies pollinator attraction and floral protection in a perennial Arabidopsis flower

  Hiroshi Kudoh; Akari Shibata; Hanako Shimizu; Mie N. Honjo

  Cold Spring Harbor Asia Conference on Plant Reproductive Development and Genomics, 2025年05月19日, 招待有り

  
• 積雪域と非積雪域に生育するハクサンハタザオの越冬環境およぼす生理状態の比較

  一甲アレクサンドラ愛美子; 湯本原樹; 杉坂次郎; 大坪雅; 本庄三恵; 工藤洋

  第25回日本植物分類学会, 2025年03月06日

  
• 環境RNA検出のためのRNA結合タンパク質を用いた新規技術開発の可能性

  本庄三恵

  環境DNA・環境RNA研究の新たな挑戦, 2020年12月15日, 招待有り

  
• ウイルス長期感染による宿主植物の環境応答性の変化

  吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵

  東北植物学会第15回大会, 2025年12月12日

  
• ウイルス感染によるアントシアニン蓄積阻害は冬季ストレス耐性に影響を与えるのか？

  本庄三恵; 吉田直史; 工藤洋

  日本植物学会第89回大会, 2025年09月18日

  
• ウイルス感染が宿主ハクサンハタザオの低温+強光ストレス耐性の誘導速度低下を引き起こす

  吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵

  日本植物学会第89回大会, 2025年09月18日

  
• 葉寿命可塑性の季節スイッチング

  工藤洋; 湯本原樹; 西尾治幾; 村中智明; 杉阪次郎; 本庄三恵

  日本植物学会第89回大会, 2025年09月18日, 招待有り

  
• アブラナ科常緑多年草ハクサンハタザオの季節依存的な葉寿命制御におけるヒストン修飾解析

  湯本原樹; 西尾治幾; 本庄三恵; 工藤洋

  日本植物学会第89回大会, 2025年09月18日

  
• シロイヌナズナ近縁種の野外トランスクリプトームから見出した季節性温度応答遺伝子STTPの機能

  守屋健太; 清水華子; 上原晋; 杉阪次郎; 得津隆太郎; 嶋田知生; 相原悠介; 深城英弘; 野元美佳; 多田安臣; 石崎公庸; 本庄三恵; 工藤洋

  日本植物学会第89回大会, 2025年09月18日

  
• 季節応答性エンハンサー領域の探索

  清水華子; 西尾治幾; 本庄三恵; 工藤洋

  日本植物学会第89回大会, 2025年09月

  
• ハクサンハタザオ自然集団の毎週トランスクリプトームから見出した季節応答性遺伝子STTPの機能

  守屋健太; 清水華子; 杉阪次郎; 相原悠介; 深城英弘; 石崎公庸; 松林嘉克; 本庄三恵; 工藤洋

  第42回日本植物バイオテクノロジー学会（神戸）大会

  
• 自然⽣態系における植物とウイルスとの相互作用

  本庄三恵

  令和７年度（第59回）植物感染⽣理談話会, 2025年09月04日, 招待有り

  
• Turnip mosaic virus infection suppresses aphid fecundity by altering physiology of its host, Arabidopsis helleri

  Miyabi Otsubo; Haruki Nishio; Hiroshi Kudoh; Mie N Honjo

  2025 Annual Conference of the Canadian Society for Ecology and Evolution, 2025年07月09日

  
• Seasonality of virus-plant interaction during the long-term infection in a natural environment

  Mie N Honjo; Naoko Emura; Mari Kamitani; Hiroshi Kudoh

  2025 Annual Conference of the Canadian Society for Ecology and Evolution, 2025年07月08日

  
• ウイルス感染によるハクサンハタザオの 冬季ストレス耐性とアントシアニン蓄積への影響

  本庄三恵; 吉田直史; 工藤洋

  第72回日本生態学会大会, 2025年03月17日

  
• Cessation of leaf senescence in winter and subsequent leaf fate in Arabidopsis halleri.

  Genki Yumoto; Haruki Nishio; Tomoaki Muranaka; Jiro Sugisaka; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh

  The 72nd Annual Meeting of the Ecological Society of Japan, 2025年03月17日, 招待有り

  
• Turnip mosaic virus infection on Arabidopsis halleri suppresses aphid fecundity by altering host physiology in the natural habitat

  Miyabi OTSUBO; Haruki NISHIO; Hiroshi KUDOH; Mie N HONJO

  The 72nd Annual Meeting of the Ecological Society of Japan, 2025年03月17日

  
• ハクサンハタザオ自然集団におけるウイルス感染が花形質と繁殖成功に与える影響

  小茂尻真凜; 吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵

  第72回日本生態学会大会, 2025年03月17日

  
• 10年毎週トランスクリプトーム：ハクサンハタザオにおける季節的遺伝子発現の年間変動

  工藤洋; 本庄三恵; 西尾治幾; 村中智明; 湯本原樹; 杉阪次郎

  第72回日本生態学会大会, 2025年03月15日

  
• ハクサンハタザオの野外毎週トランスクリプトームデータから見出された新規温度応答遺伝子STTPの解析

  守屋健太; 清水華子; 上原晋; 湯本原樹; 杉阪次郎; 得津隆太郎; 嶋田知生; 野元美佳; 多田安臣; 西尾治幾; 本庄三恵; 工藤洋

  第66回日本植物生理学会年会, 2025年03月15日

  
• 全ゲノムリシーケンスとメチローム解析によるジャニンジン野生系統の局所適応の解明

  木下舞香; 佐川千理; 内藤健; 伊藤佑; 佐々木卓; 本庄三恵; 工藤洋; 植村知博; 由良敬; 岩崎貴也

  第24回大会（高知）日本植物分類学会

  
• ハクサンハタザオ自然集団でカブモザイクウイルス感染がアブラムシに与える影響とその介在遺伝子の探索

  大坪雅

  2024年度滋賀植物病理談話会, 2025年02月28日, 招待有り

  
• Seasonal dependent switching of leaf senescence control in Arabidopsis halleri

  Genki Yumoto; Haruki Nishio; Tomoaki Muranaka; Jiro Sugisaka; Mie N. Honjo; Hiroshi Kudoh

  British Ecological Society Annual Meeting 2024, 2024年

  
• 常緑多年生草本におけるウイルス持続感染に対する季節適応, シンポジウム:植物の個性に基づく生存戦略

  本庄三恵

  第４７回日本分子生物学会年会, 2024年11月29日, 招待有り

  
• ウイルス長期感染による宿主植物の環境応答性の変化

  吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵

  第20回 京大植物縦横無尽の会ワークショップ

  
• Seasonal dynamics of epigenome in a natural population of Arabidopsis halleri

  Haruki Nishio; Tasuku Ito; Mie N. Honjo; Tomoaki Muranaka; Naoko Emura; Hanako Shimizu; Hiroshi Kimura; Taiko Kim To; Tetsuji Kakutani; Hiroshi Kudoh

  1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference

  
• 外来種ミジンコの定着要因に関する研究：琵琶湖のプリカリアミジンコを例として

  槻木玲美; 橋本鯨; 中根快; 本庄三恵; 内井喜美子

  日本陸水学会第88回熊本大会

  
• ウイルス長期感染による宿主植物の環境応答性の変化

  吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵

  植物生理若手の会, 2024年09月27日

  
• GLVにより誘導されるストレス耐性候補因子CaMおよびCMLの探索

  伊澤真由子; 本庄三恵; 工藤洋; 水谷正治; 杉本幸裕; 山内靖雄

  第41回植物バイオテクノロジー学会

  
• ハクサンハタザオの野外光応答の季節性

  長谷あきら; 伊東杏花里; 杉阪次郎; 本庄三恵; 工藤洋

  第24回日本光生物学協会年会

  
• ハクサンハタザオにおける⽣育・繁殖ステージに応じた凍結耐性の標⾼分化

  湯本 原樹; 本庄 三恵; 工藤 洋

  日本生態学会近畿地区会例会, 2024年07月27日

  
• 低温順化・脱順化過程での凍結耐性におけるハクサンハタザオ集団の標高分化

  湯本原樹; 本庄三恵; 工藤洋

  第71回日本生態学会大会

  
• ウィルス感染によるハクサンハタザオのアントシアニン蓄積低下とストレス耐性への影響

  本庄三恵; 吉田直史; 工藤洋

  2024年度（第56回）種生物学シンポジウム, 2024年12月07日

  
• ウィルス感染が多年生宿主ハクサンハタザオの花形質と繁殖成功に与える影響

  小茂尻真凜; 吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵

  2024年度（第56回）種生物学シンポジウム, 2024年12月07日

  
• カブモザイクウィルス感染が多年生草本ハクサンハタザオの生存と繁殖様式に及ぼす影響

  大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵

  2024年度（第56回）種生物学シンポジウム, 2024年12月07日

  
• ウィルス長期感染による宿主植物の環境応答性の変化

  吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵

  2024年度（第56回）種生物学シンポジウム, 2024年12月07日

  
• 自然環境下でのTurnip mosaic virus感染及びアブラムシに対するハクサンハタザオのトランスクリプトーム比較解析

  大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵

  令和6年度 日本植物病理学会関西部会, 2024年09月20日

  
• カブモザイクウイルス感染によるハクサンハタザオのアントシアニン蓄積の低下と,光化学系と凍結耐性への影響

  本庄三恵; 吉田直史; 工藤洋

  令和６年度日本植物病理学会関西部会, 2024年09月20日

  
• 森林型・海浜型のジャニンジン種内系統についての全ゲノム解析による環境適応遺伝子候補の探索

  佐川千里; 木下舞香; 内藤健; 本庄三恵; 工藤洋; 植村知博; 由良敬; 岩崎貴也

  日本植物学会第88回大会, 2024年09月16日

  
• 天候依存的な花柄の屈性はポリネーター誘因と花の保護を両立させる

  柴田あかり; 清水華子; 本庄三恵; 工藤洋

  日本植物学会第88回大会, 2024年09月14日

  
• 季節環境下に見られる多年生草本ハクサンハタザオとカブモザイクウイルスの長期感染維持機構

  本庄三恵

  日本植物学会第88回大会, 2024年09月14日, 招待有り

  
• 植物ウイルスの感染が宿主環境応答性にもたらす影響

  吉田直史; 工藤洋; 本庄三恵

  ニガウリの会, 2024年07月28日

  
• カブモザイクウイルスの感染はハク サンハタザオのアブラムシに対する 防御を向上させる

  大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵

  第65回日本植物生理学会年会, 2024年03月18日

  
• 低温はウイルスに対するハクサンハタザオの遺伝子発現応答を変化させ、病徴を緩和する

  本庄三恵; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋

  第71回日本生態学会大会, 2024年03月17日

  
• ウイルスに感染したハクサンハタザオの越冬：低温順化速度に生じる変化

  吉田直史; 本庄三恵; 工藤洋

  第71回日本生態学会大会, 2024年03月17日

  
• 常緑草本ハクサンハタザオにおける温度ストレスに対する耐性および遺伝子発現の応答性の季節変化

  湯本原樹; 辻祥子; 本庄三恵; 工藤洋

  第65回日本植物生理学会年会

  
• クサトベラの種子散布に関する果実二型が遺伝子流動に与える影響

  榮村奈緒子; 吉村良; 村中智明; 岩崎貴也; 永野惇; 博田哲郎; 内貴章世; 梶田忠; 本庄三恵; 井鷺裕司; 工藤洋

  第71回日本生態学会大会

  
• 比較ゲノム解析によるジャニンジン沖縄系統の海浜環境への適応メカニズムの解析

  佐川千理; 内藤健; 本庄三恵; 工藤洋; 植村智博; 岩崎貴也

  第23回日本植物分類学会

  
• 積雪の有無が植物葉面微生物群集に与える効果

  Biva Aryal; 本庄三恵; 永野惇; 工藤洋

  第55回種生物学シンポジウム, 2023年11月25日

  
• ウイルス感染によるハクサンハタザオの低温応答性の変化

  吉田直史; 本庄三恵; 工藤洋

  第55回種生物学シンポジウム, 2023年11月25日

  
• 花の天気依存的な上下運動のメカニズムと適応的意義

  柴田あかり; 清水華子; 本庄三恵; 工藤洋

  第55回種生物学シンポジウム, 2023年11月25日

  
• ハクサンハタザオへのカブモザイクウイルス感染はアブラムシ防御を向上させる

  大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵

  第55回種生物学シンポジウム, 2023年11月25日

  
• アブラナ科植物ハクサンハタザオの野外光応答

  長谷あきら; 伊東杏花里; 杉阪次郎; 本庄三恵; 工藤洋

  第23回日本光生物学協会年会

  
• Turnip mosaic virus alters plant defense and gene expression against aphids in Arabidopsis helleri

  Otsubo M; Kudoh H; Honjo MN

  IRN France-Japan Frontiers in Plant Biology 2023, 2023年10月24日

  
• Cold temperature affects virus-induced growth inhibition and transcriptome response of Arabidopsis helleri

  Honjo MN; Emura N; Kamitani M; Kudoh H

  IRN France-Japan Frontiers in Plant Biology 2023, 2023年10月24日

  
• 季節環境下におけるウイルスの継続感染とその維持機構

  本庄 三恵

  山口大学研究拠点群形成プロジェクト「植物ロバストネスの理解に基づく環境適応植物の創出」令和５年度シンポジウム, 2023年09月21日, 招待有り

  
• 葉の老化調節の冬季における停止

  工藤洋; 湯本原樹; 尾治幾; 村中智明; 杉阪次郎; 本庄三恵

  日本植物学会第87回大会

  
• 野外に生育するハクサンハタザオの光応答の季節性

  長谷あきら; 伊東杏花里; 杉坂次郎; 本庄三恵; 工藤洋

  日本植物学会第87回大会

  
• 自然環境下でカブモザイクウイルスのハクサンハタザオへの感染はアブラムシ個体数を減少させる

  大坪 雅; 工藤洋; 本庄三恵

  第3回オンラインシンポジウムPlant Microbiota Research Network (PMRN), 2023年08月25日, 招待有り

  
• Seasonally distinct controls of leaf senescence in response to self-shading and sink demand in Arabidopsis helleri

  Yumoto G; Muranaka T; Sugisaka J; Honjo MN; Kudoh H

  The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research

  
• Weather-dependent flower movement: the functions and mechanisms for downward-facing of flowers during rain

  Shibata A; Shimizu H; Honjo MN; Kudoh H

  The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research

  
• Seasonality of virus-host interactions between Turnip mosaic virus and Arabidopsis halleri during the long-term infection in a natural environment

  Honjo MN; Emura N; Kamitani M; Kudoh H

  The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research, 招待有り

  
• Effects of Turnip mosaic virus on Arabidopsis halleri-aphid interaction and the exploration of its causal genes in a natural environment

  Otsubo M; Kudoh H; Honjo MN

  The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research

  
• Seasonal dynamics of epigenome in a natural population of Arabidopsis helleri

  Nishio N; Ito T; Honjo MN; Muranaka T; Emura N; Shimizu H; Kimura H; To TK; Kakutani T; Kudoh H

  The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research

  
• Altitudinal genetic differentiation in the leaf wax-mediated flowering bud protection against frost in an early-spring flowering herb, Arabidopsis heller

  Kudoh H; Yumoto G; Aryal B; Honjo MN; Sasaki-Sekimoto Y; Shinohara W; Ohta H

  The 33rd ICAR International Conference on Arabidopsis Research, 招待有り

  
• 花の晴雨反転運動：雨天時に下を向く仕組み

  柴田あかり; 本庄三恵; 工藤洋

  第70回日本生態学会大会, 2023年03月18日

  
• 季節プライミング：ストレスに対する遺伝子発現応答における前歴環境の効果

  工藤洋; 村中智明; 伊藤佑; 西尾治幾; 本庄三恵

  第70回日本生態学会大会, 2023年03月18日

  
• 葉寿命のイン・ナチュラ研究：生育 シーズンと越冬シーズンとで対照的な寿命制御

  工藤洋; 湯本原樹; 西尾治幾; 村中智明; 杉阪次郎; 本庄三恵

  第64回日本植物生理学会年会

  
• ウイルス感染によるハクサンハタザオの成長阻害と遺伝子発現応答に対する低温の効果

  本庄三恵; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工 藤洋

  第64回日本植物生理学会年会

  
• カブモザイクウイルスがハクサンハタ ザオ―アブラムシ相互作用に与える影響とその原因遺伝子の探索

  大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵

  第64回日本植物生理学会年会

  
• 常緑草本ハクサンハタザオの低温順化・ 脱順化過程を通した凍結耐性の標高生態型間比較

  湯本原樹; 本庄三恵; 工藤洋

  第64回日本植物生理学会年会

  
• 低温馴化に対する遺伝子発現応答における季節の効果

  工藤 洋; 村中 智明; 伊藤 佑; 西尾 治幾; 本庄 三恵

  第54回種生物学会シンポジウム, 2022年11月26日

  
• 自然生態系における植物ーウイルス相互作用をRNA-seqで紐解く

  本庄三恵

  第11回近畿植物学会講演会, 2022年11月19日, 招待有り

  
• カブモザイクウイルス感染が野生植物ハクサンハタザオ上のアブラムシ個体数に与える影響

  大坪雅; 工藤洋; 本庄三恵

  令和4年度 日本植物病理学会関西部会, 2022年09月22日

  
• 低温はハクサンハタザオでのカブモザイクウイルス増殖を抑制し遺伝子発現応答を変化させる

  本庄三恵; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋

  令和4年度 日本植物病理学会関西部会, 2022年09月22日

  
• 異なる温度環境がカブモザイクウイルス感染におけるハクサンハタザオの遺伝子発現応答に与える影響

  本庄 三恵; 榮村 奈緒子; 神谷 麻梨; 工藤 洋

  日本植物学会第86回大会, 2022年09月19日

  
• 環境ストレスに対する遺伝子発現応答における季節的前歴環境の効果

  工藤 洋; 村中 智明; 伊藤佑; 西尾 治幾; 本庄 三恵

  日本植物学会 第86回大会, 2022年09月18日

  
• 成長期と越冬期にみられる対照的な自己被陰・シ ンク需要に対する葉寿命制御

  湯本 原樹; 村中 智明; 杉阪次郎; 本庄 三恵; 工藤 洋

  日本植物学会 第86回大会, 2022年09月17日

  
• ハクサンハタザオが野外で経験する光環境変動とそれに対する応答

  長谷 あきら; 伊東 杏花里; 杉阪 次郎; 本庄 三恵; 工藤洋

  日本植物学会 第86回大会, 2022年09月17日

  
• Determinants of leaf longevity of Arabidopsis halleriunder the seasonal environmental fluctuations

  湯本原樹; 西尾治幾; 村中智明; 杉阪次郎; 本庄三恵; 工藤洋

  日本生態学会大会第69回全国大会, 2022年03月15日

  
• Effects of trunip mosaic virus infection on the aphid preference of Arabdopsis halleri plants in a natural environment

  Otsubo M; Kudoh H; Honjo MN

  Plant Microbiota Research Network, 2022年08月22日

  
• 遺伝子発現制御の生態学：DNAメチル化・クロマチン修飾・RNAサイレンシング「ウイルス感染がもたらす自然環境下での宿主植物トランスクリプトームの応答」

  本庄三恵

  第69回日本生態学会大会, 2022年03月18日, 招待有り

  
• RNA-seqで解明する生物間相互作用のダイナミクス

  本庄三恵

  日本生態学会第68回全国大会, 2021年03月17日, 招待有り

  
• 常緑草本ハクサンハタザオの葉寿命の季節的可塑性および遺伝子発現解析

  湯本 原樹; 西尾 治幾; 村中 智明; 杉阪 次郎; 本庄 三恵; 工藤 洋

  第52回種生物学シンポジウム, 2020年12月

  
• 多年生草本ハクサンハタザオにおける葉寿命は季節的な表現型可塑性を示す

  湯本 原樹; 西尾 治幾; 村中 智明; 杉阪 次郎; 本庄 三恵; 工藤 洋

  2020年度日本生態学会近畿地区会, 2020年12月03日

  
• アブラナ科多年草の野外集団における通年日周トランスクリプトームによる遺伝子発現パターンの分類

  村中智明; 本庄三恵; 工藤洋

  日本植物学会第84回大会, 2020年09月21日

  
• BrAD-seqによるハクサンハタザオの4年間季節トランスクリプトーム解析

  本庄三恵; 村中智明; 杉阪次郎; 工藤洋

  日本植物学会第84回大会, 2020年09月21日

  
• 常緑草本ハクサンハタザオの葉寿命における季節的表現型可塑性と枯死過程のRNA-seq解析

  湯本原樹; 杉阪次郎; 村中智明; 本庄三恵; 工藤

  日本植物学会第84回大会, 2020年09月21日

  
• 長期時系列データに基づく防御遺伝子の季節トランスクリプトーム解析

  本庄三恵; 西尾治幾; 杉阪次郎; 工藤洋

  日本植物学会第84回大会, 2020年09月21日

  
• 葉寿命の季節的可塑性におけるトランスクリプトーム解析

  湯本原樹; 杉阪次郎; 村中智明; 本庄三恵

  日本生態学会第67回全国大会

  
• 植物防御システムの季節プライミング

  本庄三恵, 西尾治幾, 杉阪次郎, 工藤洋

  日本生態学会第67回全国大会, 2020年03月08日

  
• 野生植物のウイルス感染に対する季節応答性 シンポジウム「分子から 探る生物の季節性：感知メカニズム、適応進化、生物間相互作用」

  本庄三恵

  日本生 態学会第 67 回全国大会, 2020年03月06日, 招待有り

  
• 遺伝子の働きから見た植物の季節性

  本庄 三恵

  2019年度植物分類学会講演会, 2019年12月14日, 招待有り

  
• 自然条件下における遺伝子発現パターンの分類.

  村中智明; 本庄三恵; 工藤洋

  第51 回種生物学シンポジウム, 2019年12月07日

  
• 常緑性草本ハクサンハタザオにおける葉寿命および寿命決定要因の季節変化．

  湯本原樹; 杉阪次郎; 村中智明; 本庄三恵; 工藤洋

  第51回種生物学シンポジウム, 2019年12月07日

  
• 季節プライミングは存在するのか？：植物の前歴環境がウイルス感染に与える効果．

  本庄三恵・ 伊藤佑・ 村中智明・西尾治幾・榮村奈緒子・ 工藤洋

  第51回種生物学シンポジウム, 2019年12月07日

  
• Transcriptome analysis revealed a seasonality of plant-virus interaction during persisten infection in a natural environment.

  Honjo MN; Emura N; Kawagoe T; Sugisaka J; Kamitani M; Nagano AJ; Kudoh H

  Frontiers in plant environmental response research (Nagoya), 2019年11月18日

  
• 長期感染における植物ウイルスーホスト間相互作用の季節性

  本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋

  2019年度（第8回）近畿植物学会講演会, 2019年11月16日

  
• 遺伝子発現から見た植物ウイルスーホスト間相互作用の季節性

  本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋

  微生物研究会, 2019年11月09日

  
• 長期感染における植物ウイルス－ホスト間相互作用の季節性

  本庄三恵; 榮村奈緒子; 川越哲博; 杉阪次郎; 神谷麻梨; 永野惇; 工藤洋

  第83回大会日本植物学会, 2019年09月16日

  
• 季節的な前歴環境が植物のウイルス抵抗性に与える効果

  本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋

  日本進化学会 第21回大会, 2019年08月07日

  
• RNA-Seqを用いたアブラナ科植物群集におけるウイルス感染の探索

  神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  第66回日本生態学会大会, 2019年03月18日

  
• ミジンコ遺骸・DNA情報から紐解く琵琶湖生態系の変化：栄養カスケードに着目して

  槻木(加) 玲美; 本庄 三恵; 加三 千宣; 早川 和秀; 工藤 洋

  日本生態学会第66回全国大会

  
• 植物における季節的な前歴環境による直接・間接プライミング

  本庄三恵; 村中智明; 西尾治幾; 栄村奈緒子; 伊藤佑; 工藤洋

  第66回日本生態学会大会

  
• 琵琶湖堆積物からの過去100年のウイルス叢復元の試み

  本庄三恵; 槻木玲美; 加三千宣; 岡崎友輔; 木村成子; 吉田天士; 左子芳彦; 工藤洋

  第66回日本生態学会大会

  
• 季節環境がもたらすウイルスー宿主の長期共存機構

  本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋

  第50回種生物学会

  
• ハクサンハタザオとカブモザイクウイルスの相互作用における季節性

  本庄三恵; 永野惇; 川越 哲博; 杉阪 次郎; 榮村 奈緒子; 神谷 麻梨; 工藤 洋

  近畿植物学会 2018 (京都), 2018年11月17日

  
• 季節的温度環境がもたらすウイルスー宿主の長期共存機構

  本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋

  日本進化学会第20回大会

  
• 遺伝子発現解析から見える多年生草本植物におけるウイルスー宿主相互作用の季節動態

  本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋

  日本生態学会第65回全国大会, 2018年03月17日

  
• 琵琶湖の過去100年にわたるミジンコ・ウイルス相解析の試み

  槻木(加)玲美; 本庄三恵; 加三千宣

  日本生態学会第65回全国大会

  
• 自然生態系での植物ウイルスと宿主遺伝子発現の季節変動

  本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋

  環境微生物系学会合同大会2017 (仙台)

  
• ハワイフトモモにおける種内ニッチ多様化のゲノム解析

  伊津野 彩子; 北山 兼弘; 小野田 雄介; 辻井 悠希; 永野惇; 本庄三恵; 畠山雅臣; 清水(稲継) 理恵; 工藤洋; 清水健太郎; 井鷺 裕司

  日本生態学会第64回全国大会, 2017年03月16日

  
• 野生植物内のウイルス・宿主間、ウイルス種間相互作用をRNA-Seqで観る

  神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  日本植物学会第80回大会

  
• RNA-Seqを用いて見えてくる自然植物集団内でのウイルスの動態と宿主遺伝子発現の変動

  本庄三恵; 永野惇; 川越哲博; 杉阪次郎; 榮村奈緒子; 神谷麻梨; 工藤洋

  日本植物学会第80回大会, 招待有り

  
• 野生植物のRNA-Seqによるウイルス・ホスト相互作用の解明

  神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋

  第57回日本植物生理学会年会

  
• ハワイフトモモの環境適応における遺伝的基盤のゲノムワイド解析

  伊津野彩子; 北山兼弘小野田雄介; 辻井悠希; 畠山剛臣; 永野惇; 本庄三恵; 清水-稲継理恵; 工藤洋; 清水健太郎; 井鷺裕司

  植物分類学会第15回大会

  
• トピックモデルによる野外トランスクリプトームデータの解析

  岩山幸治; 本庄三恵; 岩崎貴也; 永野惇

  第103回MPS・第42回BIO合同研究発表会

  
• 海岸植物クサトベラにおける分散性果実二型の適応的意義について考える

  栄村奈緒子; 上田恵介; 傳田哲郎; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋; 井鷺裕司

  日本生態学会第62回全国大会, 2015年03月19日

  
• RAD-seqを用いたマツノザイセンチュウ組み換え近交系の重要形質関連遺伝子群の探索

  加藤徹朗; 金子彰; 本庄三恵; 八杉公基; 永野惇; 工藤洋; 森 一樹; 久原 哲; 竹内祐子

  第125回日本森林学会大会

  
• ニホングリにおけるRAD-Seqを利用した連鎖地図の構築とゲノムワイド関連解析

  寺上伸吾; 本庄三恵; 工藤洋; 山本俊哉

  NGS現場の会, 2013年09月04日

  
• 野外植物集団における遺伝構造のRAD-Seq による解析

  辻本 典顕; 荒木 希和子; 八杉 公基; 本庄 三恵; 永野 惇; 工藤 洋

  日本植物学会第77回大会, 2013年09月

  
• 片岡奨励賞受賞講演「ウイルス生態学：水域から陸域へ」

  本庄三恵

  第53回種生物学シンポジウム, 2021年12月04日, 招待有り

  
• ハクサンハタザオの４年間毎週トランスクリプトームからわかる 自然条件下での遺伝子発現の特徴

  工藤 洋; 杉阪次郎; 本庄三恵

  第53回種生物学シンポジウム, 2021年12月04日

  
• 自然条件下でのカブモザイクウイルス感染による ハクサンハタザオの死亡と遺伝子発現の関係

  本庄三恵; 西尾治幾; 村中智明; 工藤洋

  第53回種生物学シンポジウム, 2021年12月04日

  
• RNA-seqで見る継続感染下での 植物―ウイルス相互作用

  本庄三恵

  第17回京大植物縦横無尽の会ワークショップ, 2021年11月12日, 招待有り

  
• 植物の分子フェノロジー:トランスクリプトーム,エピジェネティクス,生物間相互作用

  工藤洋; 湯本原樹; 杉阪次郎; 伊藤佑; 伊藤佑; 村中智明; 西尾治幾; 本庄三恵

  日本生態学会第68回全国大会, 2021年03月

  
• 多年草ハクサンハタザオにおける葉寿命の季節的可塑性および決定要因の解析

  湯本 原樹; 西尾 治幾; 村中 智明; 杉阪 次郎; 本庄 三恵; 工藤 洋

  日本生態学会第68回全国大会, 2021年03月

  

書籍等出版物

• 自然環境下における植物―ウイルス相互作用の季節性

  本庄三恵, 単著

  植物科学の最前線（BSJ-Review), 2025年, 査読有り

  
• 植物の行動生態学 : 感じて,伝えて,記憶し,応答する植物たち

  種生物学会; 山尾, 僚; 川窪, 伸光, 分担執筆, 第８章 植物の記憶：誘導防御とプライミング

  文一総合出版, 2023年01月, 査読有り

  京大の蔵書を調べる：

  
• 野生植物とウイルスの見えない相互作用をRNA-Seqで観る

  神谷麻梨; 永野惇; 本庄三恵; 工藤洋, 共著

  植物科学の最前線（BSJ-Review), 2017年, 査読無し

  

受賞

• 2021年

  種生物学会, 片岡奨励賞 種生物学会

  日本国, 国内学会・会議・シンポジウム等の賞

  本庄三恵

外部資金：科学研究費補助金

• 季節環境がもたらす植物防衛レディネスの多段階制御

  基盤研究(A)

  中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野

  京都大学

  工藤 洋

  自 2026年04月01日, 至 2029年03月31日, 交付

  遺伝子発現レディネス;食害防御;ヒストン修飾;ハクサンハタザオ;フェノロジー

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26H02391/
• 湖沼生態系への温暖化対策の影響解明に向けた環境DNAによる新たな評価手法の構築

  基盤研究(C)

  小区分63040:環境影響評価関連

  松山大学

  槻木 玲美

  自 2021年04月01日, 至 2024年03月31日, 完了

  堆積物DNA;動物プランクトン;琵琶湖;過去100年;遺伝的多様性;外来種;植物プランクトン;古陸水学;カイアシ類;温暖化;水位操作;近過去;環境DNA;湖沼;寄生者;環境変化;微生物

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K12273/
• 変動環境下での頑健な応答を支える長期クロマチン記憶

  特別推進研究

  生物系

  京都大学

  工藤 洋

  自 2021年05月18日, 至 2026年03月31日, 交付

  ヒストン修飾;H3K27me3;長期環境応答;エピジェネティクス;ハクサンハタザオ

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H04977/
• シカ食害が招く森林衰退:植物土壌フィードバックに着目して

  基盤研究(B)

  小区分40010:森林科学関連

  京都大学

  門脇 浩明

  自 2021年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  多種共存;土壌細菌;真菌;植物土壌フィードバック;土壌微生物;メタバーコーディング;細菌;DNAメタバーコーディング;実生;樹木群集

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02233/
• 琵琶湖におけるプランクトンとウイルスの過去100年にわたる相互作用解明への挑戦

  基盤研究(C)

  松山大学

  槻木 玲美

  自 2017年04月01日, 至 2020年03月31日, 完了

  宿主プランクトン;過去100年;生物間相互作用;感染症;琵琶湖;環境変化;人間活動;水環境;プランクトン;ウイルス;宿主－寄生者;古生物;近過去;ミジンコ;古陸水学

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K00528/
• 水域生態系において懸濁物質がウィルス感染に与える影響

  若手研究(B)

  京都大学;総合地球環境学研究所

  本庄 三恵

  自 2008年04月01日, 至 2012年03月31日, 完了

  ウィルス;コイヘルペスウィルス;懸濁物質;吸着;検出法;水域生態系;琵琶湖;堆積物;ウイルス;コイヘルペスウイルス

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20710013/
• 植物が揮発性化合物刺激を「記憶」し、次の刺激で「想起」するメカニズムの解明

  基盤研究(B)

  小区分38030:応用生物化学関連

  山口大学

  松井 健二

  自 2023年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  揮発性物質;誘導抵抗性;エピゲノミクス;プライミング

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23H02140/
• ウイルスの持続感染に対する植物の繁殖戦略

  基盤研究(C)

  小区分45040:生態学および環境学関連

  京都大学

  本庄 三恵

  自 2024年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  繁殖戦略;ハクサンハタザオ;ウイルス感染;カブモザイクウイルス;開花時期;花数;種子繁殖;栄養繁殖;ウイルス;生態系

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24K09617/
• 植物が揮発性化合物刺激を「記憶」し、次の刺激で「想起」するメカニズムの解明

  基盤研究(B)

  小区分38030:応用生物化学関連

  山口大学

  松井 健二

  自 2024年04月01日, 至 2027年03月31日, 交付

  香り受容;プライミング;みどりの香り;トウモロコシ;セイタカアワダチソウ;揮発性物質;誘導抵抗性;エピゲノミクス;構造活性相関

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K26833/
• シカ食害が招く森林衰退:植物土壌フィードバックに着目して

  基盤研究(B)

  小区分40010:森林科学関連

  京都大学

  門脇 浩明

  自 2024年04月01日, 至 2026年03月31日, 交付

  植物土壌フィードバック;多種共存;土壌細菌;真菌;土壌微生物;メタバーコーディング;細菌;DNAメタバーコーディング;実生;樹木群集

  https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23K21214/

外部資金：その他

• 公益財団法人クリタ水・環境科学振興財団（国内研究助成「湖底堆積物の遺伝子解析から紐解く、過去１００年にわたる琵琶湖のコイヘルペスウイルス量の復元」）本庄　三恵

  寄付金

  自 2017年09月28日, 至 2018年09月30日

  公益財団法人　クリタ水・環境科学振興財団　理事長　
• ２０２０　多検体ＲＮＡ－Ｓｅｑを用いた網羅的ウイルス検出による外来植物のリスク評価／（公財）日本生命財団　若手研究・奨励研究助成／本庄三恵

  寄付金

  自 2020年10月08日, 至 2021年03月31日

  公益財団法人　日本生命財団　理事長
• ２０２０　多検体ＲＮＡ－Ｓｅｑを用いた網羅的ウイルス検出による外来植物のリスク評価／（公財）日本生命財団　若手研究・奨励研究助成／本庄三恵

  寄付金

  自 2021年04月01日, 至 2021年09月30日

  公益財団法人　日本生命財団　理事長

教育

担当科目

• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生態学Ｉ

  8702, 前期, 理学部, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  野外実習第２部

  4741, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生物学実習Ｂ

  3763, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  ゲノム科学

  3729, 後期, 理学部, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｄ

  8559, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｃ

  8558, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｂ

  8557, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ａ

  8556, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生態科学 II特論第４部Ｂ

  8555, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2026年04月01日, 至 2027年03月31日

  生態科学 II特論第４部Ａ

  8554, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生物学実習Ｂ

  3763, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  ゲノム科学

  3729, 後期, 理学部, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生態学Ｉ

  8702, 前期, 理学部, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  野外実習第２部

  4741, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｄ

  8559, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生態科学 II特論第４部Ｂ

  8555, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生態科学 II特論第４部Ａ

  8554, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｃ

  8558, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｂ

  8557, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2025年04月01日, 至 2026年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ａ

  8556, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  ゲノム科学

  3729, 後期, 理学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生物学実習Ｂ

  3763, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生態学Ｉ

  8702, 前期, 理学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  野外実習第２部

  4741, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｄ

  8559, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｃ

  8558, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｂ

  8557, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ａ

  8556, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生態科学 II特論第４部Ｂ

  8555, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2024年04月01日, 至 2025年03月31日

  生態科学 II特論第４部Ａ

  8554, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生物学実習Ｂ

  3763, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生態学Ｉ

  8702, 前期, 理学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  野外実習第２部

  4741, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ａ

  8556, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生態科学 II特論第４部Ｂ

  8555, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生態科学 II特論第４部Ａ

  8554, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｄ

  8559, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｃ

  8558, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2023年04月01日, 至 2024年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｂ

  8557, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ａ

  8556, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生態学Ｉ

  8702, 前期, 理学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生態科学 II特論第４部Ａ

  8554, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｃ

  8558, 前期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  野外実習第２部

  4741, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｂ

  8557, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生態科学 II特論第４部Ｂ

  8555, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生態科学 IIゼミナール第４部Ｄ

  8559, 後期, 理学研究科, 2
• 自 2022年04月01日, 至 2023年03月31日

  生物学実習Ｂ

  3763, 前期集中, 理学部, 2
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生態学Ｉ

  前期, 理学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生態科学II特論第４部Ａ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生態科学II特論第４部Ｂ

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生態科学IIゼミナール第４部Ａ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生態科学IIゼミナール第４部Ｂ

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生態科学IIゼミナール第４部Ｃ

  前期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生態科学IIゼミナール第４部Ｄ

  後期, 理学研究科
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  生物学実習Ｂ　（１）

  前期集中, 理学部
• 自 2021年04月, 至 2022年03月

  野外実習第２部

  前期集中, 理学部

博士学位審査

• Effects of turnip mosaic virus on a host, Arabidopsis halleri, and vector aphids in a natural environment（自然環境下でカブモザイクウイルスが宿主植物ハクサンハタザオと媒介昆虫アブラムシに与える効果）

  大坪　雅, 理学研究科, 主査

  2026年03月23日
• Molecular ecology of season/altitude-specific longevity and function of leaves of an evergreen perennial, Arabidopsis halleri subsp. gemmifera （常緑多年草ハクサンハタザオにおける季節・標高特異的な葉の寿命と機能に関する分子生態学的研究）

  湯本　原樹, 理学研究科, 副査

  2022年03月23日
• Sexual differences in compositions and effects of flower microbes on a dioecious plant, Mallotus japonicus (Euphorbiaceae) （アカメガシワ（トウダイグサ科）における花圏微生物叢とその影響の性差）

  Marre Maxime, 理学研究科, 副査

  2022年03月23日

指導学生の業績：受賞

• 第70回日本生態学会大会ポスター最優秀賞

  大坪雅, 日本生態学会, 2023年03月19日
• 最優秀ポスター賞

  大坪雅, Plant Microbiota Research Network　, 2022年08月22日

大学運営

部局運営(役職等)

• 自 2024年04月01日, 至 2027年03月31日

  化学物質管理委員会委員長

学術・社会貢献

委員歴

• 自 2025年01月, 至 現在

  庶務幹事, 種生物学会
• 自 2024年01月, 至 2025年12月

  近畿地区会委員, 日本生態学会
• 自 2021年01月, 至 現在

  和文誌編集委員, 種生物学会
• 自 2020年12月

  第52回種生物学シンポジウム 大会実行委員長, 種生物学会
• 自 2021年03月, 至 2023年03月

  業務執行理事（会計）, 日本生態学会