Basic Information

Academic Degree

• 博士（理学）(兵庫県立大学)
• 修士（理学）(同志社大学)

Research History

• From Oct. 2021, To Present

  Kyoto University, バイオマスプロダクトツリー産学共同研究部門 （兼化学研究所 附属元素科学国際研究センター ）, 特定助教
• From Apr. 2018, To Mar. 2019

  日本学術振興会特別研究員DC2

Language of Instruction

• Japanese
• English

ID,URL

• J-Global ID

  202101000331026054

researchmap URL

• https://researchmap.jp/y.nakagawa

Research

Papers

• The past, present, and future of artificial zinc finger proteins: design strategies and chemical and biological applications.

  Shigeru Negi; Miki Imanishi; Mami Hamori; Yuka Kawahara-Nakagawa; Wataru Nomura; Kanae Kishi; Nobuhito Shibata; Yukio Sugiura

  Journal of biological inorganic chemistry : JBIC : a publication of the Society of Biological Inorganic Chemistry, Apr. 2023

  
• Effect of charged-cluster distribution of the ZIF268 zinc finger surface on cell membrane permeability

  Shigeru Negi; Mami Hamori; Yuka Kawahara-Nakagawa; Masato Mashimo; Miki Imanishi; Nozomi Kuki; Yuri Kawahito; Takayuki Manabe; Nobuyuki Kawamura; Jyunichiro Yasukawa; Hiroaki Kitagishi; Yukio Sugiura

  Chemistry Letters, 24 Dec. 2022

  
• Transpeptidation Reaction Mediated by Ligand- and Metal Cofactor-Substituted Sortase A from Staphylococcus aureus

  Shigeru Negi; Mami Hamori; Ayaka Sato; Kyoko Shimizu; Yuka Kawahara-Nakagawa; Takayuki Manabe; Nobuhito Shibata; Hiroaki Kitagishi; Masato Mashimo; Yukio Sugiura

  BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN, Jul. 2022

  
• Importance of two-dimensional cation clusters induced by protein folding in intrinsic intracellular membrane permeability.

  Shigeru Negi; Mami Hamori; Yuka Kawahara-Nakagawa; Miki Imanishi; Miku Kurehara; Chieri Kitada; Yuri Kawahito; Kanae Kishi; Takayuki Manabe; Nobuyuki Kawamura; Hiroaki Kitagishi; Masato Mashimo; Nobuhito Shibata; Yukio Sugiura

  RSC chemical biology, 03 Aug. 2022

  
• Fundamental electron-transfer and proton-coupled electron-transfer properties of Ru(iv)-oxo complexes.

  Hiroaki Kotani; Hinatsu Shimomura; Momoka Horimoto; Tomoya Ishizuka; Yoshihito Shiota; Kazunari Yoshizawa; Sachiko Yanagisawa; Yuka Kawahara-Nakagawa; Minoru Kubo; Takahiko Kojima

  Dalton transactions (Cambridge, England : 2003), 21 Sep. 2019

  
• New assay method based on Raman spectroscopy for enzymes reacting with gaseous substrates.

  Yuka Kawahara-Nakagawa; Koji Nishikawa; Satoru Nakashima; Shota Inoue; Takehiro Ohta; Takashi Ogura; Yasuteru Shigeta; Katsuyuki Fukutani; Tatsuhiko Yagi; Yoshiki Higuchi

  Protein science : a publication of the Protein Society, Mar. 2019

  
• Roles of carboxylate donors in O-O bond scission of peroxodi-iron(III) to high-spin oxodi-iron(IV) with a new carboxylate-containing dinucleating ligand

  Masahito Kodera; Tomokazu Tsuji; Tomohiro Yasunaga; Yuka Kawahara; Tomoya Hirano; Yutaka Hitomi; Takashi Nomura; Takashi Ogura; Yoshio Kobayashi; P. K. Sajith; Yoshihito Shiota; Kazunari Yoshizawa

  CHEMICAL SCIENCE, 2014

  
• Reversible O-O bond scission of peroxodiiron(III) to high-spin oxodiiron(IV) in dioxygen activation of a diiron center with a bis-tpa dinucleating ligand as a soluble methane monooxygenase model.

  Masahito Kodera; Yuka Kawahara; Yutaka Hitomi; Takashi Nomura; Takashi Ogura; Yoshio Kobayashi

  Journal of the American Chemical Society, 15 Aug. 2012

  

Misc.

• Differences in the behavior of wood cell wall degradation induced by organic acids in response to the addition of water

  中川由佳; 中川由佳; 橋爪知弘; 橋爪知弘; 渡辺隆司; 渡辺隆司

  日本木材学会大会研究発表要旨集(完全版)(CD-ROM), 2024

  
• Mild Separation of Woody Biomass Components-Analysis of solubilized components by oxidation

  今井牧子; 爾見聡; 寶子雅貴; 中村友紀; 峰尾恵人; 中川由佳; 中川由佳; 磯崎勝弘; 中村正治; 松村裕之

  日本木材学会大会研究発表要旨集(完全版)(CD-ROM), 2024

  
• Preparation of Partially Acetylated Cellulosic Materials Using Mild Separation Reaction of Woody Biomass Components

  中村友紀; 爾見聡; 寶子雅貴; 今井牧子; 峰尾恵人; 中川由佳; 中川由佳; 磯崎勝弘; 中村正治; 松村裕之

  日本木材学会大会研究発表要旨集(完全版)(CD-ROM), 2024

  
• QCM法によるDNA修復関連タンパク質PARP-1の定量的機能解析

  川人友里; 佐藤有華; 細井咲良; 吉富英里佳; 古澤宏幸; 中川由佳; 根木滋

  日本蛋白質科学会年会(Web), 2024

  
• 亜鉛フィンガータンパク質の過酸化水素による酸化反応メカニズムの解明

  横関麻佑; 岸果苗; 中川由佳; 羽森真美; 芝田信人; 根木滋

  生体分子科学討論会講演要旨集, 2021

  
• Molecular mechanism underlying oxidation reactions of zinc finger protein with H₂O₂

  岸果苗; 羽森真美; 中川由佳; 芝田信人; 杉浦幸雄; 根木滋

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2021

  
• Elucidation of cooperative reduction mechanism based on the interaction between glutathione and metal ions

  井谷優香; 橋本梨奈; 小松由佳; 中川由佳; 根木滋

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2021

  
• A new role of Zn(II) and other transition metal ions in the cooperative reduction with glutathione and its derivatives

  根木滋; 橋本梨奈; 中川由佳

  日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM), 2020

  
• A moleclar machanism of redox reactions of ZEP

  岸果苗; 中川由佳; 根木滋

  日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM), 2020

  
• ラマン分光によるヒドロゲナーゼ活性測定法の開発

  中川由佳; 西川幸志; 垣本敦子; 樋口芳樹; 小倉尚志

  生体分子科学討論会講演要旨集, 2017

  
• Effect of spatial arrangement of cation cluster structure on DNA aggregation morphology

  辻唯央; 薮田恵; 山根李奈; 中川由佳; 吉川研一; 吉川裕子

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2024

  
• Kinetic approach to position-dependent Cys oxidation of Met by H₂O₂

  川人友里; 岸果苗; 中川由佳; 根木滋

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2024

  
• The Effect of Water on the Solubilization of Lignocellulose by Organic Acids

  中川由佳; 中川由佳; 橋爪知弘; 橋爪知弘; 渡辺隆司; 渡辺隆司

  日本化学会春季年会講演予稿集(Web), 2024

  
• Mild Separation Reaction of Woody Biomass Components: Degradation Mechanism Study using Lignin Structural Model

  寶子雅貴; 爾見聡; 中村友紀; 今井牧子; 峰尾惠人; 中川由佳; 中川由佳; 磯崎勝弘; 中村正治; 松村裕之

  日本化学会春季年会講演予稿集(Web), 2024

  
• 木質バイオマスの化学品利用に向けた課題:林政学的立場から

  峰尾恵人; 中川由佳; 中村友紀; 今井牧子; 松村裕之; 青木敏; PINCELLA Francesca; 磯崎勝弘; 中村正治; 峰尾恵人; 中川由佳; 中村友紀; 今井牧子; 松村裕之; 中村正治

  日本森林学会大会学術講演集, 2023

  
• GSHの構造機能相関の再考:ルイス塩基部位と金属イオンの相互作用が還元反応に及ぼす影響

  村上花楓; 小松由佳; 中川由佳; 羽森真美; 根木滋

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2023

  
• 水晶振動子マイクロバランス(QCM)法によるPARP-1が関与するDNA修復機構の定量的評価

  根木滋; 細井咲良; 古澤宏幸; 中川由佳; 間下雅士

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2023

  
• ペプチド転移酵素Sortase AのCaイオン配位部位における金属置換が酵素反応性及び二次構造に及ぼす影響

  水田安紀; 中川由佳; 羽森真美

  日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2023

  
• Solubilization mechanism of lignocelluloses in organic acid

  中川由佳; 中川由佳; 小林直子; 小林直子; 高尾直樹; 橋爪知弘; 橋爪知弘; 北山健司; 渡辺隆司; 渡辺隆司

  日本化学会春季年会講演予稿集(Web), 2023

  
• Wood solubilization in organic acid for production of new materials-Analysis of disintegration behavior of wood structure-

  中川由佳; 中川由佳; 小林直子; 小林直子; 高尾直樹; 橋爪知弘; 橋爪知弘; 渡辺隆司; 渡辺隆司

  日本木材学会大会研究発表要旨集(完全版)(CD-ROM), 2023

  
• Investigation of the importance of the number of amino acids between Cys residues in redox couples in vivo using zinc finger protein as a model.

  横関麻佑; 川人友里; 岸果苗; 中川由佳; 羽森真美; 根木滋

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2023

  
• Kinetic Approach to the Mechanism of Zinc Finger Oxidation by Hydrogen Peroxide

  川人友里; 岸果苗; 横関麻佑; 中川由佳; 羽森真美; 根木滋

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2023

  
• Importance of two-dimensional cation cluster structure formation by folding in protein cell membrane permeation

  羽森真美; 中川由佳; 今西未来; 呉原美空; 北田千江梨; 間下雅士; 芝田信人; 根木滋

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2023

  
• H2O2による亜鉛フィンガータンパク質の酸化反応機構の速度論的解析

  川人友里; 岸果苗; 中川由佳; 羽森真美; 根木滋

  日本生化学会大会(Web), 2023

  
• A moleclar machanism of redox reactions of ZEP

  岸果苗; 中川由佳; 根木滋

  日本薬学会年会要旨集(Web), 2020

  
• Deciphering the Molecular Mechanism Underlying Oxidation Reactions of Zinc Finger Proteins Using H₂O₂

  KISHI Kanae; HAMORI Mami; KAWAHARA-NAKAGAWA Yuka; SHIBATA Nobuhito; SUGIURA Yukio; NEGI Shigeru

  Peptide Science, 2021

  
• New Role of Biological Trace Metal Elements in Cooperative Protein Reduction by Glutathione and its Derivatives

  NEGI Shigeru; HASHIMOTO Rina; ITANI Yuka; KAWAHARA-NAKAGAWA Yuka; SUGIURA Yukio

  Peptide Science, 2021

  
• NEW ROLE OF BIOLOGICAL METAL IONS FOR THE COOPERATIVE REDUCTION OF PROTEIN BY GLUTATHIONE AND ITS DERIVETIVES

  NEGI Shigeru; HASHIMOTO Rina; KAWAHARA-NAKAGAWA Yuka; SUGIURA Yukio

  ペプチド討論会講演要旨集, 2020

  
• Development of inverse Raman micro spectroscopic system toward visualizing the dynamics of biomolecule in vivo and in cellulo

  KAWAHARA-NAKAGAWA Yuka; NAKASHIMA Satoru; OGURA Takashi

  生物物理(Web), 2017

  
• Involvement of trace metals in the reduction of disulfide bonds by glutathione

  Shigeru Negi; Mami Hamori; Rina Hashimoto; Yuka Nakagawa-Kawahara; Hiroaki Kitagishi; Yukio Sugiura

  30 Apr. 2022

  
• 高スピン二核鉄(IV)酸化活性種のsyn-anti構造変化による活性化:高いBDEをもつ強いC-H結合の活性化と非常に大きなKIE

  河原由佳

  Bulletin of Japan Society of Coordination Chemistry, 2014

  
• 6-hpa配位子のanti-dioxo high-spin diiron(IV)酸化活性種の生成と反応性:過酸化水素を酸化剤とする高効率高選択的アルカン水酸化

  石賀慎; 河原由佳; 辻朋和; 人見穣; 小寺政人

  錯体化学会討論会講演要旨集, 2014

  
• high spin(S=2)オキソ二核鉄(IV)錯体によるC-H活性化

  河原由佳; 人見穣; 小寺政人

  日本化学会講演予稿集, 2013

  
• カルボン酸含有二核化配位子(BPG₂E)を用いたパーオキソ二核鉄(III)錯体のO-O結合の開裂と基質酸化活性

  平野智也; 河原由佳; 人見穣; 小寺政人; 小林義男; 野村高志; 小倉尚志

  日本化学会講演予稿集, 2013

  
• 高スピン二核鉄(IV)酸化活性種のsyn-anti構造変化による活性化

  河原由佳; 人見穣; 小寺政人

  錯体化学会討論会講演要旨集, 2013

  
• 二核鉄錯体の酸素活性化に及ぼす電子効果: 6-hpa^R(R=4-OMe-3,5-Me₂or4-NO₂)二核化配位子を用いた二核鉄錯体の合成,結晶構造,及び酸素活性化

  日野彰大; 河原由佳; 人見穣; 小寺政人

  日本化学会講演予稿集, 2013

  
• 二核化配位子6-hpaの二核鉄錯体と過酸化水素の反応:パーオキソ二核鉄(III)からオキソ二核鉄(IV)酸化活性種への変換の分光学的追跡

  河原由佳; 野村高志; 小倉尚志; 小林義男; 人見穣; 小寺政人

  日本化学会講演予稿集, 2012

  
• 4つの電子供与性ペンダントピリジル基をもつbis-tpa型新規二核化配位子を用いた二核鉄錯体の合成

  葛尾昌晃; 入江寛彰; 河原由佳; 人見穣; 小寺政人

  日本化学会講演予稿集, 2012

  
• オキソ二核鉄(IV)high spin(S=2)錯体の反応性

  河原由佳; 野村高志; 小倉尚志; 小林義男; 人見穣; 小寺政人

  錯体化学会討論会講演要旨集, 2012

  
• オキソ二核鉄(IV)high spin(S=2)錯体の酸化反応活性

  河原由佳; 野村高志; 人見穣; 小林義男; 小倉尚志; 小寺政人

  酸化反応討論会講演要旨集, 2012

  
• 非ヘム二核鉄酸化酵素のcarboxylate-rich配位環境を模倣したカルボン酸含有二核化配位子(BPG₂E)を用いた二核鉄錯体による酸素活性化:パーオキソ二核鉄(III)およびオキソ二核鉄(IV)の生成と反応

  平野智也; 安永具弘; 河原由佳; 野村高志; 人見穣; 小林義男; 小倉尚志; 小寺政人

  酸化反応討論会講演要旨集, 2012

  
• 二核化配位子6-hpaの二核鉄錯体と過酸化水素の反応:パーオキソ二核鉄(III)から高原子価二核鉄(IV)酸化活性種への変換の検出

  河原由佳; 小林義男; 人見穣; 小寺政人

  酸化反応討論会講演要旨集, 2011